view metaMS/INFO_structure_of_LC.txt @ 16:fe4682eb938c

small improvement
author pieter.lukasse@wur.nl
date Mon, 23 Mar 2015 08:40:42 +0100
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str(LC)
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  ..$ STDmix_RP_pos02: num [1:1828] 343.4 54.5 79.1 64.9 210.8 ...
 $ xset      :Formal class 'xsAnnotate' [package "CAMERA"] with 15 slots
  .. ..@ groupInfo        : num [1:1828, 1:13] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
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  and groups() function:
  "mzmed", "mzmin", "mzmax", "rtmed", "rtmin", "rtmax",  "npeaks", "CLASS1", "CLASS2"
  
  .. ..@ pspectra         :List of 340
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  .. .. ..$ : Named num 1
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  .. .. ..$ : Named num 149
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  .. .. ..$ : Named num 546
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  .. .. ..$ :List of 4
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  .. .. .. ..$ charge: Named num 1
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  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
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  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:13] "mz", "mzmin", "mzmax", "rt", "rtmin", "rtmax", "into", "intf", "maxo", "maxf", "i", "sn", "sample"  (found with dput)
  From http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/manuals/xcms/man/xcms.pdf:
  
  mz weighted (by intensity) mean of peak m/z across scans
mzmin m/z of minimum step
mzmax m/z of maximum step
rt retention time of peak midpoint
rtmin leading edge of peak retention time
rtmax trailing edge of peak retention time
into integrated area of original (raw) peak
intf integrated area of filtered peak
maxo maximum intensity of original (raw) peak
maxf maximum intensity of filtered peak
i rank of peak identified in merged EIC (<= max)
sn signal to noise ratio of the peak

  .. .. .. ..@ groups          : num [1:1828, 1:9] 30.2 30.5 31.4 32.4 33.4 ...
  .. .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2
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  .. .. .. .. .. ..$ : chr [1:9] "mzmed" "mzmin" "mzmax" "rtmed" ...
  .. .. .. ..@ groupidx        :List of 1828
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