Mercurial > repos > pjbriggs > pal_finder

comparison test-data/illuminaPE_r1_no_microsats.fq @ 8:4e625d3672ba draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
Pal_finder tool version 0.02.04.7: add detection/reporting of bad ranges; enable subset of reads to be used; check n-mers.
author pjbriggs
date Wed, 16 May 2018 07:39:16 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
7:5e133b7b79a6 8:4e625d3672ba
1 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:10979:1695 1:N:0:TCCTGA
2 TACTGTTTAGAATAGACTGTTCTCCCACTATATTTTGCATTGGTGCATACTCAGCTTTAGTAATAAGTGTGATTCTGGTAGAGAGAGAGAGAGATACCAACCTCTTCTTCCCACTA
3 +
4 IIIIIHIIIGHHIIDGHIIIIIIHIIIIIIIIIIIIHGIIIIHGIIIIHHHIHHGHIIHHEHHIGHGDHDHHHGGHEGAHGDGEHEGEGBGCEDBDDGEEFDEECGDEGDEDEDE8
5 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:19063:1614 1:N:0:TCCTGA
6 TATATATATATATACACATATATATATATATTTTTTACATTATTTCACTTCGCCCAAACTAGAGAGTCTAACAAAGTACAACCCAGCATATTAAAGTTCATCTCAGTTTTGTTCTG
7 +
8 IIIIIIIGIEIIIIGIIIHHIHIGIGIIIIIHIIIIHGBEIIIIHIFHHIHFIIIIFHFIHIIHFF>EEEBDGDD;BD8DDBBDDBGHGHHHHEFE=DBCDEEEBEBEGHGAFH@E
9 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:1978:1220 1:N:0:TCCTGA
10 TCATAAGAATGAGCAGTAAACAAAGGCAAAGGGGAGATAACACACACACACAAAATAAAAAAACATCAATTTCTAATACACGCCTTTATTATAAAGAAATAAATCACTGAAAAACA
11 +
12 DDDDDBDBDDB7?BBB5BB>1?<?88>DDD?4(6367;>?2<164=;>8<0DDD>>A6A?>;;6>+6>><>4-8484888&@D@@DD<D;D>>?<9DD;6DDC<DD;<88@#####
13 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5879:1238 1:N:0:TCCTGA
14 TCCCCACCCTGTCATGGTTCTATGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTATGGTTTCCGTATTCCACATTAAAACCTTATGTAACGTACGGGCCAATAAATAGTTACTCGCCATATCC
15 +
16 ####################################################################################################################
17 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:6204:1090 1:N:0:TCCTGA
18 TGCTTTGGTTCTAAGAGAAAAACAATTATTATAAATGTTTATAATTGATGATAAGCATTTTTGTACAAAGCCAAGACCATTCTGAATGAAGCACCCAAAAAGCCCGGAGGCAACAA
19 +
20 ####################################################################################################################
21 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8044:1926 1:N:0:TCCTGA
22 TAGATTTTTTTTTTTATATATATATAAATATAGATGTACATATATTTATATAAATATAAAAGCACAGCATCCTCCTGTCTCTCCTCCTGATTTATTATGGTTAAAGCTTGTGACAG
23 +
24 HHHHHHHHHHHHHHHFHFGFHEFFDF92=@=>;;;=HHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHFHHHHFHFDHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHHHHHHHHEHHHHGEHHHEFE>EB
25 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8157:1636 1:N:0:TCCTGA
26 TACTAGTCTAATAATTGCAGGCAGCTGAACTAGATAGGTCCTAAAGTACAGTGGGGAGGCTGGTGTGTGTGTGTGCATGGGATTGTCAGCCTTACCATCAGTCCTGATTTGTAGGT
27 +
28 HHHHHHHHHHHHHFHHHHHGHHHHHHGHHHHGHHHHHH>HHGGGGFFHHHHGHGHHFHHHHGGBGDCAC>CBDBDDCFGED@BDDB@BBBBECCD@<CC>C=?9==@CECB=BBB8
29 @ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8899:1514 1:N:0:TCCTGA
30 TCTTTATCTAAACACATCCTGAAATACCATCTGTTACACACACACACAGCAGTGGAAGTATAAAAAAAAATCTGGACATCTCAAAATAATTGCGTTTCTGAAGTGTTACATTTTTC
31 +
32 IIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIGIIIIIIIIIIIIIIHHGIIIIHIHHHHIHHHHHHHGHHHHHGFHEHEHHHHHHHII>