--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/454_in.fa	Thu Dec 11 09:23:24 2014 -0500
@@ -0,0 +1,200 @@
+>FW1N29Q04EHWSH rank=0000058 x=1727.0 y=431.5 length=236
+AATAGTATAATGCACAGCAGGCAGTTAACATGCATGTGAATTGTAACACATCTGTTATAC
+ATTACTATTAAACTTTCTGACAGTTTCTCTTTAGGTGCTTGCCCTGCCAGGCTCCGTTGT
+GTAGGGTTAAAGAACAGTCGTTTACCACCTCGCAACCTGGTAAGGATCCATAATATTCCC
+GTAATGTGGTATCAGACAGTTTGCATTGGTGCTTAGTACCTTTTAAATTTAAATTT
+>FW1N29Q04ECSPS rank=0000063 x=1668.0 y=3534.0 length=259
+TTTATGAATTTATCTATGTAACATTTGGCTTGGATGCTTCCTTAATTTAGCAAAGTGTCA
+TTGGCGCACTCCATCTCTTCCAACTAGTTTAATATTTTTATCATTTGACATCTGTTCAGT
+TAGGAGCAGGTCAGTTCTAAGCAACTAAGCATATGTTGACAAACTTAGCAGAAATGTTTG
+AGGCTTAGTCATTACTTACACAAGAGAGAGCAACAACTTACATTGATGAAATTGATCTTT
+GCTTATTTTAACCAGTTAT
+>FW1N29Q04ECFP3 rank=0000073 x=1664.5 y=3081.0 length=55
+TTTGGCCCTGTATACCAATATATTGCGCTTTGATGATGCCTCCTCCCCACCCTTT
+>FW1N29Q04EIN9F rank=0000081 x=1735.0 y=3265.0 length=51
+ATATGAGTATATAGGCCAAGGGTGGGAGGAGGCATCATCAAGACACCATAT
+>FW1N29Q04EE3VT rank=0000085 x=1695.5 y=727.0 length=223
+GTTGCCTCATATTCTCTACGAGACATTAGTGTGGTGGTAATAGGATGCAGAATAACACTT
+ATAATTCATAATTGTAATTCTTGAGTTAGAAGTGAGTTAGATAGAAAGACTCATAGTAAT
+TAGGGATCTCACATGAGAAGGACACTTAGCAAAGGTAACAGATAGGACAGATGGCGGAGA
+ATGCTCCAAATGACTCTGGTAAAATGACTAACAGTCAAGATAG
+>FW1N29Q04ECD63 rank=0000097 x=1664.0 y=1101.0 length=199
+TTCATGTCCTTCTCTATCACTCAGCCCTCCACTGTTCTCTCCCTCTCCGACCTTTCACCT
+TGGCTTCTCTACTTTGTCAAATCACCAGGAGAGATTACCTGAAAGACAAACAGGAAGGAT
+TTCTCAACTATTCAAAGCAATAGAAGTGGATTCTTAGTTGCAAACCACAGCATGTTCCTG
+TTGACCCAGATCCTGTTTC
+>FW1N29Q04EIIT4 rank=0000106 x=1734.5 y=330.0 length=354
+TCTCAAGTCAAGCTGTCAATTTGCCATCTCAGCCAACTCCATCAGCTTCACCATCCATTC
+TTCCACTATAGGTAATGTCTTATCTTTCCACCTCTGTGCATATAAAGCCTTGCTGCTGTT
+ATATATAAACAAAGTTCCATAGGTTTTCCAACTGTTTATTCATCAACCGAAAGGAAGTCT
+CTGGTTTTGATTTAATATTAAATCTTGAAAATCTTCTGTATACAGATATGTATCTTGTTC
+CAGATTATTTTTGTCTTTTATAAGTCCACCAGAGATGTAGAGCAGCCTCCTCCAGCCAGC
+TACTGGTTGGCTATGTTATGTGGATACAAGGGCTGGATCTAAAAGTCNGCATCT
+>FW1N29Q04EW9OS rank=0000113 x=1902.0 y=186.5 length=85
+GGTTAGTATTGAGACACGCTGTTGGCTTGGCCAGTGCTCCGTGCTAGTAATTAATAAGAA
+TGCTTACATAGGTCATCCTGTTGAA
+>FW1N29Q04ED6UB rank=0000114 x=1684.5 y=2961.0 length=344
+TTGACATACACCTTAGGCCCTTCATTCATAATTAACGCTACATTTCACTTCCCTGCATAT
+ATTTATCAATTCTACAAGATTAGATCATCTTCCTATTAGACCCTTCTCTTTCTTCTTCCT
+TTCACAAACAATAAGAGATCTACAACATGTGTATCTTGTTTAACAGATAACCAATCTGTA
+ATGATGAAACATTAAGCCTCTGCGCATAATAACTTATCTTTCCCATAGCTGCAAACAATA
+ACGTAGATTAAAAGCCACATTTTGCTTTCATTAAAAGTACTTCTCAACTTTCATTGTCAG
+GCAAACGTAAATGTATCTTTATTGTGGCTTCATTATGCTTTGTG
+>FW1N29Q04EJ8OD rank=0000117 x=1753.0 y=2651.0 length=157
+CATCCATGTTGCTAGTTGAGAGAACTTAATCATACTAATAAATTCATGTGTATTTGTATA
+TGAGTTTCAAATCCATTAGATTACTTTCCATTACATCATGGAGGTGGGAAATCTGTGGCC
+CTGCAAATTCTGCAGAATTACACCGGCCCACCCACTC
+>FW1N29Q04EBJG5 rank=0000123 x=1654.0 y=2247.0 length=322
+TGGCAATGGCAAGTTACTTTCATTTCAGAGCAAGATAAAGTGGCTGCTGCAATTATTACC
+AAAGCTTCATAAATTACTATGCAACCTTTCAACTTCTCTAGAACTCTTCAACAAGTGAAG
+AGGTAAGAGAAAGAAGCAGCTTATATCCATGCCATGTTATTTACAGTTAGCATGGTTTAT
+TCTTCTAAATAGTACAGTATTTATGCTAATTTAGCATCAGTGCTACATCACTGTGTTTCT
+CAACATTGTCCTCTTTGACAGCCAAATCATTTGCTTCCAGCTTGACTATGGCACATCTCA
+AATCACAAAGCTTTCAAACTGC
+>FW1N29Q04EKD0V rank=0000126 x=1755.0 y=1389.0 length=299
+TGGCTCAGATCACCGCAGATGGAGACTGCAGCCATGAATTAAGACTCTTGCTCCTTGGAG
+GAAGCTATGGCAACCTAGATAGCATATTAAGACAGAGATGTCACCTTGCCGACAAGATCC
+GCATAGTCAAGCTATGGTTTCCTAGTAGTAATGTATGGCTGTGAGAGCTGGACCATAAGA
+AGGCTGAGCGCCGAGATTGATGCCTTTGAACTGTGGTGCTGGAGAGACTCTTAAGAGTCC
+CTGGACTGCTAGGAGATCAAACCAGTCAATCTTAAGGATCAACCCTGATTGCTCATTGG
+>FW1N29Q04EKXU7 rank=0000132 x=1761.5 y=2529.0 length=150
+TTACAACACCACTGGCAGAGGAATGGATCTAGGCAAATATGACATTGTGAGTAAGGCTCT
+CAGGAGACTCTCTCCTCTTTATTCATGTTTGTCCTTTGTTTGTCTTGCAAAGCCGACCAG
+CAAAAATAGTACCATCTAAAGCAAAGAAAT
+>FW1N29Q04EOC22 rank=0000134 x=1800.0 y=2476.5 length=236
+TTAATATTACCTAGAATAAATGATTTCATCCTTTTTATTATTTCTATATATGAAGTGGAC
+TTTATTTTATTGGTTGGTTAATCTTCAGAGAAGAAATAGGAGACAGGATTTTTAAAATTA
+GTAACTATTTCCATGAACCAAGGAATCTACTAAATGTTATGGAGGAAACATGGCCATCAT
+TGATCTGCAGGTCCTCAGAATCATGTAGTAAATTTATGCAATATCATTAACTTGGC
+>FW1N29Q04EF0UZ rank=0000135 x=1705.0 y=2505.0 length=273
+TTCTATATCGCTTAACGAGGAGTCAAGCTAACTTGGAGGAGATTTATCTTTATGAGGGTA
+GATGATGCCATTTATGAGGAAATGCAAGATCTTGTTGCAAGGAGCCAGTGTTGGTGATGA
+TTCAACTCTTCCTCCTCCACAATCTTCTGAAATGACCTCCCTTCACCCTAGTTTGACCAC
+TCTTCCTCCTAAACCAGCCTTCAAGCGGAAAGTCATTCTTGTTGAGGCAAAAAGGTTCTG
+GGGGCATTTGAAGGGCGCAGGAGTGGGAGCAAA
+>FW1N29Q04EH316 rank=0000142 x=1729.5 y=1660.0 length=60
+TTTGGCCCTGTATACCAATATATTGCGCTTTGATGATGCTCTCCCACCCTTTGGCCCTGT
+
+>FW1N29Q04EJHIK rank=0000147 x=1745.0 y=218.0 length=370
+TTTAAATTATTTGTATAATGATGGGAATATCAATTTCCTAGATTTGGTCTTCCATGAAAT
+CAGTATTTCCATGTCAACACCACCCAAAGAAATGAAATAAGTTGTGCAAGTGAGGTAGTC
+TATGTAGAAATATAGAGGGTGACCTTGACAGAGAGAGGGAAGATCTGTTACCAAGGCAAC
+AAACAGATAAACATGGCTTAAAACCCATACAAAGAGAGTGTTTTACAAACAGGCATCCCC
+TAAGAAGATAAAAAGCACATTCAGACTTGCAAGATTTTGCAAAATATAGCCCATTCTAAA
+TAGTTAGGCCTATGTGGCATCTGTTCCTTGGTCCAGGGCTACCCTTGTAGGGCTGACAAT
+CAGTCTTTCT
+>FW1N29Q04D6RZR rank=0000148 x=1600.5 y=1189.0 length=344
+TGACTGATTACTATATTAACTATAATGTGGTTGGTTGGTTCAGTATGGGAATTCAGATTC
+AATCAAACACCACACTTCCTGTGTTAGCATTATGTTTGACCCACCGTGTTTAAACAACTA
+CATTATGGATTAACCATGACTTTCAAAGTTCCAGGCACCTTTCTAATCTGGAACTACTGA
+ACCTGGAGCTTCTGCAAATAATTAATGCCTGTCAACTGACTTACACTTATTCCCTTCTGT
+AACATTGCTGCATCTGGCAACAACGTGAGAATGTACAGCAGCCATGAAGGTCTTCTGTGT
+TTCATCTGACAGAAGAATTTAGCTGGAGTTCAAGTACAATTAAA
+>FW1N29Q04EFU7E rank=0000151 x=1703.5 y=3368.0 length=65
+ATGATGCTGTCATCTAGGTGTTGTGGTTGGATGTCATGGTTGATGACAGTTGCATGTTAC
+GTACC
+>FW1N29Q04D78RB rank=0000158 x=1616.5 y=4037.0 length=274
+TTAACCTGGTGATACAAATACCTGGATTTGCTGCTGGACAGCTGGAAAGAACTGCAACTG
+TTCACTGGCCTATGAAAGGAGTTATTCAGATGCAATATATTTAACAAGGTGCTGATAAAC
+TCAAACCTCACGCAAGAAGGAACTGATATGGCCATTGAGCAGCAGAAAAGTGGGCTGGGG
+GATACATAAAATCTAAGTAGAAACTATGTTTGCCGCCTACCCAATCCGCTTTGTTCTAAA
+ATGGGAAGCCTCAGAATTCACCGCTGTTCTAATT
+>FW1N29Q04EUK6W rank=0000162 x=1871.5 y=2102.0 length=378
+TTTGGTCTGGTAGTGTCTGGTTCACATCCTTGTCTTAACAATGACCTAGCAAGGGAAGAG
+GAGGACTAGATCCATCATGAGAAGTGTCTGGATTCTCATAGAGGTGCCTTTAGTTAATTA
+GGTGCCATAGAGTCATGTTTGATTTCTGCTGACTGAATGAACAATACCTGCCATCCTGAC
+CTGATTCCAGTAATAATCTCTGCATTTCCCAAGCACATTCCAGTTAATTTATTTGATCCC
+ATTCATCTGTGATCTAAGGGTTGACCAAGGCATTAGTCACCACTAGAAATGAGAGGGTGA
+CAGTGACCTTGGATTGGATCATGTCTATGTGGACTCCATGCATGTGGATCCTGGTGGCCC
+CTGATTCTGAGAAGCTCT
+>FW1N29Q04EOQ8A rank=0000163 x=1805.5 y=328.0 length=252
+GAATCTCAGGTATTAAGGAAATCATTGCAAAGTGATCAGGAGCTTCAAGGGCATTTAAGT
+TATGGAATCATACACCATAAGGAGTAGATGATCTCTGGTTACCATAGGGACCTAATGGCT
+AATACAGCAGCTCATCATCCCTACAGCACCTTTGACAGAGTCTTCCAGCAGGGACTACAA
+AGAAGTGTGTTTCTTTGCACTGAAGAGTGATTTTCACCAGAAGGAACACCTGACAGAGAT
+GCAGAGCTAAAT
+>FW1N29Q04EOZ5Y rank=0000173 x=1807.0 y=3716.0 length=55
+GGTTGAGAGAGTACATGAATGTTCAGTACAAGGCCAGTTTCTTGGGTTTAATCCC
+>FW1N29Q04EGGLO rank=0000175 x=1710.0 y=2426.0 length=208
+GCAATTAAGGCCTTGGCTACTGAGCTTCAGATGAAGTCAATTGAGAGGAGAAGAACAGCA
+CAGGGAATGAATCAGTAGACATAGAATAGATCGATCTAGCTAGGACTTTTGTTGAGTTGG
+AACAGGAGGGATATTGGAAGACAGATTTATAATAATTTAATAATGCTCAGAATCTGCTGC
+TGTGTCTGGGTGGCCATGGTACAGATAT
+>FW1N29Q04EKZW7 rank=0000178 x=1762.0 y=1097.0 length=403
+GTTTAGTTGATTTGAACTGTGAGAATAATTTAATTCGACCAGAGTATAGAAACATAATTA
+AACAACATTCCATTCATTCAATTTAATTTCATGGGAAAGAAGAGAGAGTGAGGCCACACT
+CCCAATTACTTGTGGTCAGCAATCACTTTCTTTATTAGCATCAGTCACTTATTGGTTTCT
+GACTGTTGAGGGCAGCAGGCGACTTTGCATCACTTCAGAATCCTCTGAGCCTCTTTCTTC
+TCATGCTAACATCTTCTGGGTTTGCCAACTAATCTAATGTTCTGGCTCAATTGTGGTACA
+TCCAAAATCACAAATAGACACATACGCGCACATACATACACAAAATATATTTATGTTTTC
+AGAACAGAAGTGAAGCTTTGCAAAGCTGTGGATAGTCTGCTGT
+>FW1N29Q04EP35X rank=0000180 x=1820.5 y=2307.0 length=298
+TTTATTTACCCATCTTATTTGTGCAGCTGTAAGAGATTGATAAGGGGAAAAAGCAAAAGT
+ATATGAATTTGTATTTGTATTTGTAATCAGAGGGATGTGTGTTTGTGTGTGTGTGTATAA
+GGATCCATCCCTGGATTATGGGTTCCACTTCACTGGACATGTTTACCAGAAGTGAATATA
+GCTATTCTAGAGGGACATTTCTGGAACACAAAAAGTAAATTAGATGAATCACATTGCATG
+TATATTTAAGCAATTTAAATGACACACACACACACACACACACACACACACACACACA
+>FW1N29Q04EQDJ2 rank=0000185 x=1823.0 y=2192.0 length=65
+TTCCTGATAGGCCAGGATTCTGATTAACCTCTGCCCACTACAGGATGCTTACATGAGCTC
+CTGGT
+>FW1N29Q04EK7RS rank=0000186 x=1764.5 y=3078.5 length=112
+AATGATTACGAGATCATCTCACCAACACCTTCTCTGACTCATGGCTAAGATCAGCTGGAA
+GGCCTTGCTTGTGACCCATTGGGAGGACTCATCTTAATCTGGGTTGAGAGCA
+>FW1N29Q04EO2M2 rank=0000190 x=1808.0 y=2828.5 length=262
+TGGTCCTTCAGGTCTTCCAACAGTGCACCCATTGCCTCCGTAACTGAGTCCATCCACTTT
+GCTGCTGGTCATCCTCTTCTCTTCCTTCCATATTTCCCAGCAATAGAGCCTTCTTCAGGC
+AGTGAGGTCTTCACATAATGTGTCCAAAGTAGGATAATTTGAGCCTGGTCATTTATGCCT
+CAAATTCTTTACAGGTTAGATATCACAGCAATGACTAGGTTCTTGGACAGTAGTTAACAG
+TTAAGATGTTAATGTTTATTAA
+>FW1N29Q04EXPGO rank=0000196 x=1907.0 y=150.0 length=120
+GACAGAACACACTTACAACTAGCCATATATAAGCAATGATCAGGCACCTGCCAATGTCTG
+AACTAAGGTAAGGGCTACTCATCAGTCACCTTCCAGACACAGATCAAGAAATCCAGAAAG
+
+>FW1N29Q04EBESH rank=0000203 x=1653.5 y=271.0 length=142
+AGTCATGCAAGCCTAATCATGTAACAACATTTAAATTAAGCAAATACACTGATACCTTAT
+AGTTTGACTAAAGACTTTGGCTTTCCATAAACAACTCCAGTAAACTGATTTTGCTTGCTG
+TAGTATTCCTAGCTTAACTATT
+>FW1N29Q04D8NWF rank=0000214 x=1621.0 y=3181.0 length=365
+TTAGGCTTAGTACATTGTATGAACTCAGATATTGTGATATATAAACCAGGGCTGGTGGCT
+CAACATGCTGGGTAAATCCAGCCAATTATGATAACTAGAATAGTATAGCAGTTAGTGTTA
+AACTTGTATAAGGGAACTCAAGTCCAAGTCCTCACTCATTCATGGAACGCCTTGTGTGAT
+TTTGGGCTAGTCACTCTTCTCAGCCCAACCTATCTCACAATCATGATTTAGAAATAATGG
+CTTAGCATGACAAATGGATCCAATCATATTCAGTATTTATTTGTTTGGGGGATGTGATGT
+AGAAGCATGGCTCAGTGATGCTTCTACCAAATGATACTCTCTCAAGTGTCAAACCTTCAG
+TACAG
+>FW1N29Q04ETFO7 rank=0000224 x=1858.0 y=1577.0 length=148
+TTGGCCTTTCTTGATAGATAATTTCTAGTAATTTCACACATACCCGTGCTGGACCATCTC
+CAACACCATCTGTCCTGGGCTGACATAATTTCATCAGTTGCCCATAAACATGGAGAGTAA
+TGGGTTTCAGGCTGTGGGGTAGGGAGGC
+>FW1N29Q04ECPCP rank=0000226 x=1667.5 y=3271.0 length=376
+TTAGTGATGACATCACAACTGGTTGGTGGTGCTAACAACTGCTATTGAATGTGTCTTCTC
+GATATATCACAGAGCCTAGCTTGTAATGCAATAACAACTAGCTGAATACATGATTTAATT
+GTTTGTTGCCCAGCTGTACTAATAAGCAAGCTTGATGTTAGGGATCACCCAAGGTCATTT
+CCTTAATGCTGCTAACCTGCTGGAGCTGTCATTTATTACTAGATTTGTTGAATTATGACC
+AGTGTGTTCTAAAGAGCCAGATGTTTAGTCTAAAGAATAACACATGATCTAGTAGGGATT
+ACAAGAGCTCCAGTTTCCCTCTGGAATTTGTTGGTCATGGCTTGTGATGATCAAAGTTGA
+ATATGCCTGAAATAAT
+>FW1N29Q04ECVNR rank=0000229 x=1669.5 y=3253.0 length=386
+TTCTCTGCAAGTTGGTGGCACACATGCAGGATGGCTAAGATTATCATCTGAAATGAAAGC
+CACAAGGTGAACTTCCAACAAATACCATGAAAAATGACTGACCTGCAAAAGGTAGAGGTA
+ATAAGAACTCTGGGAAAGTTGAGCAAGTACTTAAAGAATCAGTGTTAAAATGTCATGCCA
+CTGATGTGTGTTAATTTCATATGGTAATTTATATGTATGGATGAGATAATTCTTGCACTG
+TAAATAGAATAAGGGAGAATAGAGAAAACTGCAGCCAGGTGAGTAATATTTCTTTTAGCC
+TGTGCAGGTGTTATTTGTTGAAAAGGTGTTGTTCTACTGTCAGGCTCAGTCCAAGAACAG
+TTCATCCAAATTCATTTCATTTATTG
+>FW1N29Q04EFJFR rank=0000232 x=1700.0 y=405.5 length=379
+TGGCAATGGCAAGTTACTTCATTTCAGAGCAAGATAAAGTGGCTGCTGCAATTATTACCA
+AAGCTTCATAAATTACTATGCAACCTTTCAACTTCTCTAGAACTCTTCAACAAGTGAAGA
+GGTAAGAGAAAGAAGCAGCTTATATCCATGCCATGTTATTTACAGTTAGCATGGTTTATT
+CTTCTAAATAGTACAGTATTTATGCTAATTTAGCATCAGTGCTACATCACTGTGTTTCTC
+AACATTGTCCTCTTTTGACAGCCAAATCATTTGCTTCCAGCTTGACTATGGCACATCTCA
+AATCACAAAGCTTTCAAACTGCAATTTGCACACTGGAGCTTGGAGGCAAACTTATTTTGT
+TCACGGAAACTCTCACTCC
+>FW1N29Q04EGERL rank=0000233 x=1710.5 y=47.0 length=274
+TTGAATCTGATCAGGAAGGTTCAACTGGTACAGAATGTAGAAGCCAGGTTACTGAGTGAG
+TCACCCAGTCACGTTCATGTTACTTCTTCATTGAAGCAACTGCATTGGATGTCAATTACC
+AAGCCAGGTTCAGAGTTTGGTTAGGATATATAAAGCCTTAAACATCTGGAAACCAGGATG
+CCCATCAAATTGCCTTTCTGTTATCAACCTGATTACTCACTGAGATCATCAAGTGAGGTG
+CTGCAATGTGTAATGAATGCTGGTGGTTGCTTGT
+>FW1N29Q04EILAM rank=0000235 x=1734.0 y=3516.5 length=127
+TTTGGACATATGTTCAAGCCAAGGTTAGTACATTTCTCCTTCAGACCTCCCAGATGCACT