diff test-data/illuminaPE_r2_no_microsats.fq @ 8:4e625d3672ba draft

Pal_finder tool version 0.02.04.7: add detection/reporting of bad ranges; enable subset of reads to be used; check n-mers.
author pjbriggs
date Wed, 16 May 2018 07:39:16 -0400
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/illuminaPE_r2_no_microsats.fq	Wed May 16 07:39:16 2018 -0400
@@ -0,0 +1,32 @@
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:10979:1695 2:N:0:TCCTGA
+TACTGTTTAGAAAGCCTGTTCCAGAACTTGATCACTGTCACAGAAAATCTTTCTTACTATCCAGACTGAAGCTACCCTGGTGCAGCTTTGTGCTGTTACCTTGAGTCATGTCATCA
++
+IIIIIHIIIIIHIIIIHIHIIIIIIIHIIIHIIIHIHGIIIIIIHEHHHHHHHHIIHIIHFHHEHHIGHHGHGIHGHHFGAGIEHHGEGHBFIFDBHHHGDFHBDBHGGFGD8EB@
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:19063:1614 2:N:0:TCCTGA
+TATATATATATATAAACATATATATATATATTTTTTTCTCATTTCAGAACAAAAGTGAGATGAACTTTAATATGGTGGGGTGTATTTTGAGAGACTCTCTAGTTTGGGAGGAGTGA
++
+DDDDDDDDDDDD:D@D+DDDDDDDDDDDD6DDDDD>A@:5>@##########################################################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:1978:1220 2:N:0:TCCTGA
+TCCTCTGACTAGGCAACAACAGCTTTTTTGCTCCTGGGCAGAGGTGTTCCGAGTGTATATTTTTTATAATTACGGCGCGCATTGGAAATTGATGTTATTTTATTTTGCGTGTGTGT
++
+B?/?################################################################################################################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5879:1238 2:N:0:TCCTGA
+TCCCCACCCTGTCATGGTTCTATGTATATATATATAGCCATGTGTGTGGTACCAGGGATAGGTACCTGGGATTGGGGCAGTGACACTTTAGTGCCCCGTACACTACATGATGTTTT
++
+HHHHHHHHHHHHHHHHHEHHGGGGFDHGHGHHHHHHFHHHHHGHEHEHEBEHEFB8EEEFEDAGEDBCEBBB@>BEC>@B@DCBBBECBB<AECBBBC>BA>B<;BA@A@######
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:6204:1090 2:N:0:TCCTGA
+TGCTTTGGTTCTAAGAGAAAAACAAGTGATGCACAAGCAATTCCTCGCCACCACCCAACTGATGCCCAGCCACCCCCCCAAGCAGTGAAAGAGAGAGAGAGATGAACCCCCTTCAA
++
+HHHDBHHHEFGHHHHEHFHEHDDDDD@HHEHHEEHEFFEEEGDEGGGGEGEB>EBC>@@@@@@BB@FEBFBBB@A>AAA<;>A>;3>=??>>BB>?>@?1?>:9*@##########
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8044:1926 2:N:0:TCCTGA
+TCAGGCAAGGTCACTGCCACCACTGGGGAGTGCCTGTTTCTGAAGGGCCCAGCCAACTCTGTCACAAGCTTTAACCATAATAAATCAGGAGGAGAGACAGGAGGATGCTGTGCTTT
++
+IIIIIIIIIIHIIIIIIIIIIIIIIGIIIIFIIIIIGHHIIIIIGGEIHGHGHHHGGCHHCGGGGGGHGHGEGEGEGGGDGBECCBGGEDGB;8?BBBBDABC@:3==;=:<30:6
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8157:1636 2:N:0:TCCTGA
+TAAACAACCAAATGAAACCATCTTTTCTACACAGCTCAAGTAGCCCTACATACAACACAAGCCACCTACAAATCAGGACTGATGGTAAGGCTGACAATCCAATCCACCACAACAAC
++
+HFHHHHHHHHHHHHDHGHHDHHHHHHHHHHHHHHHHHHGGGHHGHHHHHHHHHHHGHHHHH@HHHFHGHFHHEHHHHHHDHBFEBBHFFDHE>EFHBEFD################
+@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8899:1514 2:N:0:TCCTGA
+TATCATTGAAATTTTTATAAAAACTGTGAAGAGAAAAATGTAACACTTCAGAAACGCAATTATTTTGAGATGTCCAGATTTTTTTTTATACTTCCACTGCTGTGTGTGTGTGTAAC
++
+IG+GGGIIIIIIIIIIDIIIIIIGHHIIHIIIIIEGHIHIHIIHIIIIIIIIIIIIIIHIIDIIIIIEDIIIDIHGHFIIIIIIIIIHIFFBHGIGBGGHBDBFEGEGCGEIEDEB