view test-data/illuminaPE_r1.fq @ 8:4e625d3672ba draft

Pal_finder tool version 0.02.04.7: add detection/reporting of bad ranges; enable subset of reads to be used; check n-mers.
author pjbriggs
date Wed, 16 May 2018 07:39:16 -0400
parents b6ccc7dd7b02
children
line wrap: on
line source

@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:10979:1695 1:N:0:TCCTGA
TACTGTTTAGAATAGACTGTTCTCCCACTATATTTTGCATTGGTGCATACTCAGCTTTAGTAATAAGTGTGATTCTGGTAGAGAGAGAGAGAGATACCAACCTCTTCTTCCCACTA
+
IIIIIHIIIGHHIIDGHIIIIIIHIIIIIIIIIIIIHGIIIIHGIIIIHHHIHHGHIIHHEHHIGHGDHDHHHGGHEGAHGDGEHEGEGBGCEDBDDGEEFDEECGDEGDEDEDE8
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:17449:1584 1:N:0:TCCTGA
TCGTAGCATGTGTATGCTTTGGGGTTTCATGCTGTTGATTCATAACTGCTGCTGGCTGTAGACTGAACCTTCTGGGTAGGAGGAATATGCTTAGACAAGCACACCAGTCAGCCCGA
+
IIIIIIIIIIHIIIIIGIIIIFIIIIIIGIIIIGBIHBIIIHIIIIHIIHHHEHFHHFEFHEFEICHEGGDBDBDD.=??<A@???BBBBDBBB?@CEEE@BBB@B<72?;@####
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:19063:1614 1:N:0:TCCTGA
TATATATATATATACACATATATATATATATTTTTTACATTATTTCACTTCGCCCAAACTAGAGAGTCTAACAAAGTACAACCCAGCATATTAAAGTTCATCTCAGTTTTGTTCTG
+
IIIIIIIGIEIIIIGIIIHHIHIGIGIIIIIHIIIIHGBEIIIIHIFHHIHFIIIIFHFIHIIHFF>EEEBDGDD;BD8DDBBDDBGHGHHHHEFE=DBCDEEEBEBEGHGAFH@E
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:1978:1220 1:N:0:TCCTGA
TCATAAGAATGAGCAGTAAACAAAGGCAAAGGGGAGATAACACACACACACAAAATAAAAAAACATCAATTTCTAATACACGCCTTTATTATAAAGAAATAAATCACTGAAAAACA
+
DDDDDBDBDDB7?BBB5BB>1?<?88>DDD?4(6367;>?2<164=;>8<0DDD>>A6A?>;;6>+6>><>4-8484888&@D@@DD<D;D>>?<9DD;6DDC<DD;<88@#####
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5626:1554 1:N:0:TCCTGA
TCTAATATTATATATATCTGTGTGTGTATATATATATATACACACACACACACACATTGCTATTGTTAAATTAACCACCTTTTTATTTATAATACTATTATAACACTTATCTGTAT
+
3<=<<;BEECCAEABEB@B:@7679219<:>=B=@@??A9;B@@@@######################################################################
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:5879:1238 1:N:0:TCCTGA
TCCCCACCCTGTCATGGTTCTATGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTATGGTTTCCGTATTCCACATTAAAACCTTATGTAACGTACGGGCCAATAAATAGTTACTCGCCATATCC
+
####################################################################################################################
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:6204:1090 1:N:0:TCCTGA
TGCTTTGGTTCTAAGAGAAAAACAATTATTATAAATGTTTATAATTGATGATAAGCATTTTTGTACAAAGCCAAGACCATTCTGAATGAAGCACCCAAAAAGCCCGGAGGCAACAA
+
####################################################################################################################
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8044:1926 1:N:0:TCCTGA
TAGATTTTTTTTTTTATATATATATAAATATAGATGTACATATATTTATATAAATATAAAAGCACAGCATCCTCCTGTCTCTCCTCCTGATTTATTATGGTTAAAGCTTGTGACAG
+
HHHHHHHHHHHHHHHFHFGFHEFFDF92=@=>;;;=HHHGHHHHHHHHHHHHHHHHGHHHFHHHHFHFDHHHHHHHHHHHHHHHHGHHGGHHHHHHHHHHEHHHHGEHHHEFE>EB
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8157:1636 1:N:0:TCCTGA
TACTAGTCTAATAATTGCAGGCAGCTGAACTAGATAGGTCCTAAAGTACAGTGGGGAGGCTGGTGTGTGTGTGTGCATGGGATTGTCAGCCTTACCATCAGTCCTGATTTGTAGGT
+
HHHHHHHHHHHHHFHHHHHGHHHHHHGHHHHGHHHHHH>HHGGGGFFHHHHGHGHHFHHHHGGBGDCAC>CBDBDDCFGED@BDDB@BBBBECCD@<CC>C=?9==@CECB=BBB8
@ILLUMINA-545855:49:FC61RLR:2:1:8899:1514 1:N:0:TCCTGA
TCTTTATCTAAACACATCCTGAAATACCATCTGTTACACACACACACAGCAGTGGAAGTATAAAAAAAAATCTGGACATCTCAAAATAATTGCGTTTCTGAAGTGTTACATTTTTC
+
IIIIIHIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIGIIIIIGIIIIIIIIIIIIIIHHGIIIIHIHHHHIHHHHHHHGHHHHHGFHEHEHHHHHHHII>