Mercurial > repos > pjbriggs > weeder2
view test-data/weeder_in.fa @ 2:3c5f10f7dd40 draft
Updated to tool version 2.0.1 (use data table to locate freqfiles).
author | pjbriggs |
---|---|
date | Fri, 27 Nov 2015 11:06:28 -0500 |
parents | 496bc4eff47e |
children |
line wrap: on
line source
>chr1:3467418-3467618 CCATAATACACCCTTGTATAGCTAATAATACATTACTTTGATCCTGTGCTAATCACATTGATCCTGGGAAAAGGAAACTCACATACCTCTGTGTATGAGGAAGCTCACTGTACTGTATTCTTCAAGGAGTGGAATTTTATCACCACTTCACACCATTTGGAACAGGCAGAGGAATTCTAGGCATTTTAATTGAAAATTCA >chr1:4024990-4025190 CTTACTTTGCAGTGATCCCGTTGACACAAACTGTGTAAAGAAATCAGAGTGAGAACAGGTGGTGAATGTGACTCAGAGTGTTAAAACATGTGCACGTAGTTCACTTGCTGTCTTACCTAAAATGTAGCACAGCAGTGTGCCCAAAGGAATTTGGGGGTCTAGTAGATCTACATGTATTTATTGCTTGATTATTTCTCTTG >chr1:4402453-4402653 TAAAACATGTCTCTAGTAGTCACAGTGCCCACACTGCTGATGGAGTCACCTTTTCCAGGGAACGGCTGCTGCTCTCGATATCTGGTGGATCTCTGGAAAGACTTGTGCTGATCTCTCTCTGCCCCTTCCTTGATTCACATCTCAAGGGACCGAGAAGGGAGGGAAAACACCAGTCCAGTATTTCCTATCAGTTCAGCGGG >chr1:4562216-4562416 TTGCTGAGCCCTGCTGCCCGCACTGCAACGCTGGGCTCTCTCATCACCTTTGCCAACACCTGCCTCTTCTGTGCAGCCTTCCATCAAGTATGACGGGAGCCCTCACCAAGGACGATTCTAGACATATTTAGCAGCAATATTGTTTGATTTCAACTAGACATTGTTCTAAACACAAAGGAGTTCAAGGCTGGGGCTTTGAT >chr1:4662531-4662731 GTCAACTTCAGCCTCCTGGGACAACGCACAATGTGAGTAAAACTGCCTTTCATCATAAATCGTTCTTACCCACCCCGAATCCCAGGGAGAACTGACAAACAGCCTGCCTGTGAGAGGAAAGGCAGATGACTCCTTCAACTTCGAGGTAGGAGCAAAACATTAACCCAGTGCAACCACAACAATCTAGGCAGGATGAAGGG >chr1:4774948-4775148 CGTAAATATGTAATTAGATCACATATGGCTAAGGAAAACTCCAATTTTTGCTAGGGACACATTCTAATTTCCTAAATTCCTAAAAGATAAGCTCCTGGCAACTTGTCCCCCTCCACAGAATTGTAAAACTGATGTGAAATGATTAATTGCTTCGGTAAAGTTCCTCATGTAGCTGTAAGTTCCCCAGAAATAAAGTAATT >chr1:4833767-4833967 TTTTGAGTCAAGATAGAAGTATTATCAAATGTCAAGAGCGGGAGCAGAGTTCTTGGGAGCTTAATCGTTACTTAGATGAGAAACACCTGGATGGATTTAGGGTACTTGTAATGGCCTAGAATAAAATTTGATTGATGGCTAATCTCTGGGGTATAGTCCACTGTTGTACAACCACTAAGTGAGGTTAAATCACTTGCTTC >chr1:5072821-5073021 AAAATGAAGTTAGGTAAACAATGAATAACTTTTTCTGAGACATGTATTACTGGTGGGTCTACATATACTTATACCATGGGTCTATGATTCATTTCTCAGTCTGAGTCTTATGCTTAAAATCGGAGTATGAATGCCTGGCCCGCTGAGATGTTTAATTCAAACAAACCCAAACCACTCAAAGGTCATAAACCAAGCTTCTT >chr1:5168670-5168870 AAAGTCAGCACTCCTCAGGAACTTGTGAAAATGATTTCCATCTGCTAAAAGAAAACATTTCCCTTGCCTCTGGCAGAATGGACATATGGGATATGCATGGACCCCTCTCAGCAGATCAGAGCCCATGCAGGCCTCCAGGCTCCCACAGTCCCTATTCACAAGTACTTAGTCCTTGCTGCCCTCCCCACCTACTTATCCTC >chr1:5805347-5805547 TCTATTTCAGAGAAGGTTAAACAAAAAACAGGTCTGGATATTTTCACAACCACTTGAAGTCAGCAATAATTTCTTAGTCTGACAAGGACCATGAGAAATTCTTTCTATACCTTGTCTGTGTCAAATTACAATGTGAAGTTTCCAGAATTACAGTATTTTATTTCTGAACTTGCAAAGTAATTTGAACAGGTTTTTCCTGG >chr1:6090845-6091045 GAGCCATTTTCATATGTACAGTAATGCTTTTCACAAAGTTGCATTATTCTAGATGCGTATGTGTGTGTCTGCAGACTGAACCAATTATTGTAATTATACTCTTGAAAAAACTGCTTGAATTCAATTTAAAGTGGCTTCTGCTAGCTGTCATTTTAACATCCTGCTTATGATTAAAAAGACTTGACACTTGGAATAAACTA >chr1:6183701-6183901 GTAATTAGTTATACAAGAACACCTGTCACAGTGGCTGATCCATGACAGGTCTTTGTTGAGTGAACTAACCATGAATCAGTAAGACATTGAATGCAGGGCATGCTGAGTGTCATGGTGTGGACACGTGTCAGACGGTGGCTGACATCCTTAGGAACTGCAATGCCTAAGGGAAGTAGTCATAGGTATAGCTGGTGTTCTCC >chr1:6205539-6205739 TAATCCTGTCCCTTCCGTCATGAGTCTTTAAAATGTGATCATTCCATGAACTGGTACATAGGACTGATGCCACGGAACACTCGTGGACTCACTTATTGATAGAGTCCCTGCAAGACATTCAGTTGGGTGCGGATGTTGACAAGTCTATTATGAGCGTTAAAATTTATACATTTTGCTAACCATTTTCTGTAAAGAATTGG >chr1:6262414-6262614 CTGAGTCCAAGTTGTGTGTGTGTTGCTGCTGCTGTGCTAGGCACTGGTTACAGCTTCCTTCACACACTGACCGACTGCCAGCCACTCAGAAGTCTGGAGGTTGTCATTCGTTCCTTCAGTAGGTGGCAGTGTTGAGTCAGTTATTGGTTCATCACTTAGATTACTAGTGTTCCGTGAATGAGTATTTTAAAAAGCACACA >chr1:6266967-6267167 ATTAAAATCTGATAGTGAATTAtagttacctttctgttggctgttaaaaagccaaggtaacctgtagaagaaagggtggtgtttggcatatggtttcagatgtccatgatgatgatggagcagaggtgacaggtggcagacagctaattggagcagcagcagctgagagttcacatttcaacTCTCTTCCAGGTTCAACC >chr1:6277750-6277950 CCCGTCTCCTTTCAGCTTGTCTTATTGAATTCACATTCAAAACTCATTGCCACCATCAAGGAGGAAAAATCTGGAAAACAAAAGTGCTCTGCTATCTATCATTCCAAGACCAGCTTACAGCTGCCAGAAACACCCAGAAAAGCAAGCATCTCAGGAAGCTGAAATCAGTCCTCAGAGCTAATGCCAGGAAAGGGCTCTCT >chr1:6360131-6360331 gtttttgtttaaggcagagttttgcaatatagtccagggtaaacttaagctccagtcctcctgcttcagcctccggagtgccaagattactggcatgtgccaccctgactagttatgtgggttctTTCTTAAAGCATTTTTATTAAACATGACAGAGGTTCCTAGCCTGATGCTTTGCTGTACACTTACATAGAAAATGA >chr1:6396504-6396704 TAAATAAAGATCAAACAACAAACAAAACTGGGAAGTCAACTGATCACTGCGGGAATTATTTTTAATGTAGGGTCATCTTTCTTCCACACGGTGGCGCCTCGCTGTCAGACTTAAAAACACTGAAACATTGTGGCCACCAACAACTCCAGATGGGCTTCTCTGTGCTAGTAGTTTCATTTTGAAACAGAAAGTCAGTACTT >chr1:6437830-6438030 GTTAAATGTCAAGTTCTTGCACCCCCTGAACCTCGGTGCAAGGAAGGCAGGGCTGAAAGGAGGGGATTGTGTCTTCTCCAGGAAATGTCTGAAGTTTTGTTGGATATACAACCGCTGCAGGTGTGAATAATTCATCTTTTGTTTCAGTCCTGAATGCAGTCCAGGAGTCAGCTCTTTACAAAGCCTCATCTCACTTACTG >chr1:6472202-6472402 ATATATTATTCTGTTTAGGATGAGTGACAGTAATTTTACTAGTTCTTAGTGTCCACCTTATTTGGTGGCTAGGATGTGATTGTGGGACAGAAATGTACAGTGACAGAGTGCTAAGTAGTTCTATGCAGGTTTGTTTTAGGCTAGTCATTTATGTTGCATTCCCATAGGTCCCAACAGTAATCTCCCTTATAGTTACCATA >chr1:6588721-6588921 GGTCAGTTAGTAATGCCTTCCATGTGAGCATTCACCCAAGTGTGGAATCTCCAGGTGGGATCTCTCCTGACAGGACTCATTTTTCTTTATAAAAGTAGTCTTGAAATTTCCCTTTTTGCTCTGATGAGCACTGTCTAGTTGTAATTATCAATAACAATAAATGTAGACACAAAATGTTTGGCATATTGTGATGCAGTGTC >chr1:6719561-6719761 AAGTGACAGCGCTCCTGCAAGCTCTCCTGCTGTATCTTGAGGCACTTTTCTTTTCAGTATCGGTGCTGTCTAATTCGTGAGCTTCTGTGAAGCAAGCGCAGGAGGGTACAAGGCCTACAGGGAGGAATTACACCTAATTACTCAAATAATTGCTAGGCTGTTGCCTTCTTAGTCACTGAAAATAATTTCCAGGTCCCTGG >chr1:6721868-6722068 ACTGTGTCCTGGAGCACATGGGGTTTGTATCTGAAACCTGTAAAGTACATTGGAACCTTTCTCAAGAGTCTAATTCAGTTAGCCTTGAATGAGAGTCTTTATAGTGACTGCCATTCTTCTGCTATTATACCAACCACAAAGATTTAAAGTTTTGTGTTTCCTTGTCTGTGGATTAACTACAGGTGACAAGGAAAGGCAAG >chr1:6750817-6751017 GTTCTAGTCTCCAGGGAGGGAAGCCACAGCAGATGGGGTTAGGGCAGAGGGCTGACGCATCTGACAGCAAACGGCGGTGAGGCTGCAGAGTAGAAACTATGAGCGTCAGGAAGCTCCTTCTCCCAGGAGACCCAACTAACCACTGAAGAAAGTTGAAAATGAGCCCTTTGAGAAACGCTATTAAAAGTAGTAAAAAAATG >chr1:6878570-6878770 ATGTTGATCTTGCCTCATGGGCTTTTGTCAGGCTGATTGTAATAATGCATATGTGAATTGTGGAGTAATGACATGTTCTATGTCCTGAATTAATCAAAACTCACATCCTTCCTGTCTTTGTACATGTGGAAACAGATGTTCTGCATTATCAGCAATCTGAACCCTGCCAGCCAGCCAGCCTCCTCCATCAGTCTCTTTTC >chr1:7209035-7209235 aatcaggaaaatacttcacagtcttgctttcaggcaatctgatgaactaattttttcaactgatgatgcttgtcccaaataactctagcttgagtgatggtgacaaaaaTCCTCAAACACATGTCAATGTGAACATTTTGCCAAAAGAGGGCAGCATTCACCTACTATAAAGAGCCTGAAAAATTACTGCAGAGGAGGAT >chr1:7303541-7303741 AATTGCTTCATTAAAACCAAGTTTTTCTTTGTTCATTAGGCGTTAGCCAGATGGGAATTCAGTGTTTTTAAGCAGACACTCACATGGGGTTTTGTTTCTGACATTGATGAATGACTGCCTGCATCCCAAGATGGAAGTTTCCACCCTGGGCTCTGACTGCAACTTTTGTTATTCATAGCAGAAGTCACACCAGTCCACAG >chr1:7309743-7309943 ttcatccttctctcctccccccacccccacctctcctcgtcctttttcacttccagtccccctttcaggttatccagttcatccaatgctgctggagagctacatgtagtgaggtttgggtggagaggagctttgagttttgagctttcaaaagccatcggttgtttccagtgtgttttctctgcttcctatgtgtggtt >chr1:7386917-7387117 ttcaatcctttaaaaatatccaatatcttttaaaatccaaagtctttacaattaaaagtctcttaactgtgggatctgagttcgaggccagcctagagtacagagtgagttccagggctacacagagaaacccagcctcaaaaaaaaaacaaaaAACAAAACAAAACAAAAAGCAAACAAAAAGCGAGCGGGAGCATTGC >chr1:7388025-7388225 CTTTCAATCAGGAAGCTTCCCCACTTGCTATTTCCAGGAGCAGGGAATAGCGCCAGAAGTCCCGCCCGCCCGGCTGTGACTGACAGCCGCGCCTTCCAATGGAAGGCTGGATTTCTTCCCCCCCCCCTCCCCCACACACACCCACCGTCCATGTCTGACAAGAGGCAGTGTCTGAGGCTTTTTTTCCCTCTATAAAGGAA >chr1:7388801-7389001 ggcgtgtgccacccctgcctggcGACCCTAACACTCTTAAACCCCCCAAATAAAACCCTAGCATTTTAAATAAAAATACTCAAGAGCACTAAACACTACTCttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaGCAGCAAAACCCTGACCCTCCCCCCCaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaCTCTAAATGTCTGGGGCGGGGCCGGAGCAC >chr1:7413722-7413922 tacaggggcaattttacagagacaaattgcagagagaacaggtaaagacagaataagttagagactgagaacgagccagatcagaatatattgccagagttagtttgagactaagcagaactattcaatgaaaaggagagagaagtcagaccaagtcagtcaacttgagtcaacccagaattgctgagtttaaccagcca >chr1:7444756-7444956 gagatatttgtcaatcatccttattttctaagtgacaggagtcatattcagaagtctttacctatgccagtataatgaagTGTTTTCCATTtgtggtggtttaaatgatgatggcctctataggcttctatgtttgaatactcggATTCTTCCAAAACAGTTTCAAAACTGTACCTGGAAACACTATTTAACTAGTCATA >chr1:7768736-7768936 aaatatagtggtggattaccttagggtaaggagctacgtctgttttctagctctcaagctacagttaccttacctgtcaatgttatcagaagtctggggaagaataaattatgatctaagagtcatgtattaattaaaatgacagagtttcatctatggtccattacctaaacagttcccaagtccctgcggtaaccatg >chr1:8797248-8797448 catttattgatttatgtaggctgaaccaccttcacatctgtgggatgaagtctactctatcatggtggtgctattttttatgtacttaattccatttcttcataacatctttatgtggtttaagtgtcaacataactatgatttcataaaatgagctgggaaaggtttcttctgtttcaattatgtggaacattattgga >chr1:8851545-8851745 gaggtgtagtggcttagaacagctctgctttatcagcacccaattttgtaagtcaaaagtcagacatgggatagatggactcttaattcatagactcaaatgttaaaatagaggGGGAATCAATCATCCATGAAGACAAAAGAATACTGGTGGTCTGTTTGGATTTCAGCCAGAGCAATCTGTTCAAATTTGACAGCAGA >chr1:9013525-9013725 AGAAACACCACACACACATTTCATTTTTCTGAAGAAAGAAATGATCTGCTGTTTCACTTACATTCCACACACCAGGGAATATAAAGTCTAAATAGCACTCTAGTCTGCAGTTTAAAATTCATGTGTCACAAGAATAAAATAACAAGTCAGAGTCTCCAGTTGTTTAAGTAAGGTTAATCATAAGTAATCTTTATGACTCT >chr1:9460371-9460571 ccaaccaccaagtcaccgggttcaaggcctgtgcttgactgggaaccaggctgtctatgcactgcctcacTGCACCGCAGCTGGTATCAATTtgtcttagtcagagttactattgttatgatgaaacaccatgagcaaagagcaaattggggaggaaatggcttatttagcttacatttccactgttcatcatcaaaaga >chr1:9535189-9535389 TTTACCCATAGACACTGTGGTGTAGACGCTCCATTCGGAAGCTACAATGCAGGCACTTCCAAGAGTTTGAGCAGCCCGCGTCCTACTGCACTACCTCTGCCCCACAGCATGCTGGGAAACGTAGTCCCAACCAGGTCCTGAGCTGGTTAGCCAACCCTCAGCGCCAGTCGGGCCAACATCCGGTGACGAATCCAAGTCCC >chr1:9554705-9554905 ACACCAGCCCTTTGTGTGCCCCAGGGCTCCAGGTGCTGTGTGGGGAATGTTAATGTCAGAAGCCCGGGACTTGGACCCAAGCCCAGGCTTCAGTTCACAGTATGTACTGTGTGCACACATTGGCAGTGATTCCAGGGGCCTGTATCCCTTCTCCCTTTAGGGAAGGGAATTTCGGCCATGCTGAGACATAGCTCTGGCCT >chr1:9568576-9568776 TCTAAGTTGAGCCACGTCACTGTGATTTATTGTCACATGCCACAATAAGCATGTTTTGCTCTCTTGTCCCTTCTGCAGGAAGGGCTGTGTTGAGTTGGGCATTGTTTGTATAGTGCTGGACACAGCTGCAGGGTGTTTTTACGTGTTCAATGAAGTAATTCTGTTCTCAGAAAGCTCAGACAAGTACAGTATCAAAACAG >chr1:9574131-9574331 AGGGTAAACAGTTCCATTTGTGACCATGAAATCCCCCATCTGTTGAGTGTATTCATGACTTAAGAGTTCTCGGCAGAGACAGATGAATGAACCTGCCTCCCCGATGTTAATGACATCCATCATACAACTGAACATGTGGCTTCATAAATCAAGGGCTAATGGTAATACTGTCTGCTCGTGTCATGAACAAGCTATCCGAT >chr1:9738400-9738600 CTTCTCACTTCTCCACTGCCTTAGCCGTTGCCCCGAACGTAACGGCCACCACCCCACCCCGCACTCACACTCACTCACTCTCGCTCTCTCCCTCAGACACAGACATACACGCCCTCACTGAGACTGCGCAGGCGTAGCTTCTGCTCTGCCCTCTGGGAACCAGAGTCTTCCGGCTCCTCTCTCGCGAAGGAGTGCTAGGC >chr1:9813405-9813605 TTTAGTTTGCTAGCAGCTGTCAGGAAGTACAATATAGGTCGAAGGACCCCATGTTCAAATCTCTAATGTGAGGACAGCCTGGGCCCCTCAGGAAAGTGAAAGCGGTGTGTCTTTCCCGTTCTCTGGTTTTTTAAAATGAGTTTTAAATTACAAgcatgtgccgctggagtccaggtgttggcttctctggggttggggtt >chr1:9932599-9932799 CGGCAAAAACTTAAGTCATCATTGTGCCAGCTATTAAGGCCCTGTTAATCAAACCTCAAAGAAAAAAAAAAACCACACACACAATTTGTACCTTGTTATTGGCAAATGTAGTCCTGGCAGCTTGTTTCAATCACTCTCCATGACAAGTGTTTAGAAAATATTTGTTCAAGCACCTTCAAATGAGCAGGTTTTGTTGCACC >chr1:9942670-9942870 AAGAGAAACATAAATGACCCTAGTCAGAAATGCATGACTTTCCTATATAAAAGCCTTTCACCCTCCGGCAAGATTATTTTTAAACATAATATTGACATTGAGATAATCGTAGCACTTATATATTTTGTCCAATTTAAAATTCCAAATCTGTGGAAAATACATTGAATTGTCAGAAAATAGGGCATTGATCTAGATGAAAC >chr1:9948240-9948440 CAATTCTCCAGCTCACAATTTAAAAGCTTCTGAGAGTTAAATGCTATGGCATAGTTTATAATGGAGCACTCGAGTGACTGATGTGTATTTCAGTGAACTGGTCTCTCGGAGTTGAAACTACGACTTGTATAAACAGGAATGGAAATCCTTCTGGGTTTATGTAGTTAGGCAAGAATATTCCCAACTGTGTGCCGCTCCCA >chr1:9956513-9956713 TCCCACTCATGACCACTTCACATATACGTAAAGAAATCATGCAAAATGGTTTCTCTTGGCTAATCTGAATACAGACCAATTCACTCAACATACAGGCAATCTAATATGACAGTTAATGGAAACATGGGTTTTCTTCTAACATTCTTGGTGGCTGTATATTCCACTAGATTTAACTGTGATTGAAATTTTACTCTATGGGG >chr1:9962925-9963125 TATTTTTTAAACCACCAAGGTTCAAGCACCCCCTAGCATATTTGAAGAAAGGAAACGTCTGTCAGAAGTGCTCGCTGTGACAAATACAGAGGGAAGTGACAATGTGCTGCCTTTGCTTACTTAACACCATACATTATTTTTAACTGAACAGTGAAGGCATTTGTTCAGAACCAGCCTTTACATAAAAAATAATTTAGACC >chr1:9978791-9978991 AAATCCTTTCACTCTCCTGCCCCTCGATAAATTACTCAAGGCACCAGACACTTTTCTGGACAGTCTCTGTTTGATAAATGATCATGTCATGCTATCGCTTAGAGGCGCACTGCAAAATTCTGAGTGGCCAATTGTCTTTCCCTGCAGGCTGGTGCCCTGCTCCTGCCTGGGTGTTTGTGGCAGGCGGTCTCAGCTTTAAT