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"planemo upload for repository https://github.com/QFAB-Bioinformatics/metaDEGalaxy/tree/master/reheader commit 6783cd68521863b34f8e77cbb7ba404700c72313-dirty"
author qfabrepo
date Thu, 03 Sep 2020 01:32:31 +0000
parents
children 9cb93e3df272
files reheader.py reheader.xml test-data/F3D0_R1.fastq test-data/F3D0_R2.fastq test-data/test_output.txt
diffstat 5 files changed, 12154 insertions(+), 0 deletions(-) [+]
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line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reheader.py	Thu Sep 03 01:32:31 2020 +0000
@@ -0,0 +1,85 @@
+#!/usr/bin/env python 
+import sys
+from Bio.Seq import Seq
+from Bio import SeqIO
+from Bio.SeqRecord import SeqRecord
+from os.path import basename
+import os
+import re
+import argparse
+
+parser = argparse.ArgumentParser(
+    description="reformat the read name (header) by appending the sample name to the read name\n" + 
+				"Example:\n python reheader.py -n F3D0_R1.fastq -i test-data/F3D0_R1.fastq -o test-data/test -l mylog -d test-data/")
+parser.add_argument("-v","--version",action="version",version="%(prog)s 1.0")
+parser.add_argument("-n","--samplename",dest="samplename",default=False,help="input sample name")
+parser.add_argument("-i","--input",dest="inputfile",default=False,help="input filename in FASTQ format")
+parser.add_argument("-l","--log", dest="logfile",default=False,help="output log file")
+parser.add_argument("-o","--outfile",dest="outputfile",default=False,help="output filename")
+parser.add_argument("-d","--outdir",dest="outputdir",default=False,help="output directory")
+
+
+if(len(sys.argv) == 1):
+       parser.print_help(sys.stderr)
+       sys.exit()
+
+args = parser.parse_args()
+
+
+filename = args.samplename
+infile = args.inputfile
+str_to_add = os.path.splitext(basename(filename))[0]
+outfile = args.outputfile
+outdir = args.outputdir
+logfile = args.logfile
+
+
+rdict = {
+    '_R1': '/1',
+    '_R2': '/2',
+    '_1': '/1',
+    '_2': '/2',
+}
+
+rdict_remove = {
+    '_R1': '',
+    '_R2': '',
+    '_1': '',
+    '_2': '',
+}
+
+def makesubs(s):
+    for pattern, repl in rdict.items():
+        pat1 = pattern +'_?[A-Za-z0-9]+$'
+        pat2 = pattern
+        combined_pat = r'|'.join((pat1, pat2))
+        s = re.sub(combined_pat, repl,s)
+    return s
+
+def makesubs_remove(s):
+    for pattern, repl in rdict_remove.items():
+        pat1 = pattern +'_?[A-Za-z0-9]+$'
+        pat2 = pattern
+        combined_pat = r'|'.join((pat1, pat2))
+        s = re.sub(combined_pat, repl,s)
+    return s
+
+def appendStringToSequenceHeader(inputfile,header_to_add):
+    records=[]
+    for seq_record in SeqIO.parse(inputfile, "fastq"):
+        header =seq_record.id
+        header = "{0}".format(header) + "_" +header_to_add
+        record = SeqRecord(seq_record.seq,id=header,description="")
+        record.letter_annotations["phred_quality"]=seq_record.letter_annotations["phred_quality"]
+        records.append(record)
+    return records
+
+str_to_search = makesubs_remove(str_to_add)
+str_to_add = makesubs(str_to_add)
+final_records=[]
+outlogfile=open(os.path.join(outdir,logfile),"w")
+
+final_records=appendStringToSequenceHeader(infile,str_to_add)
+outlogfile.write(str_to_search)
+SeqIO.write(final_records, outfile , "fastq")
+outlogfile.close()
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/reheader.xml	Thu Sep 03 01:32:31 2020 +0000
@@ -0,0 +1,69 @@
+<tool id="rename" name="reheader" version="1.0.0" force_history_refresh="True">
+  <description>Rename sequence header in FASTQ file</description>
+  <requirements>
+    <requirement type="package" version="1.74">biopython</requirement>
+  </requirements>
+  <version_command>
+	    python ${__tool_directory__}/reheader.py --version
+  </version_command>
+  <command detect_errors="aggressive">
+        python  ${__tool_directory__}/reheader.py -n $inputfile.display_name -i $inputfile -o $output -d $log.files_path -l $log
+  </command>
+
+  <inputs>
+    <param format="fastq,fastq.gz,fastq.bz2" name="inputfile" type="data" label="Short read data from your current history"/>
+  </inputs>
+  <outputs>
+    <data name="output" format="fastq" label="${tool.name}.${inputfile.display_name}"/>
+    <data name="log" format="txt" label="${tool.name}.${inputfile.display_name}.log"/>
+  </outputs>
+  <tests>
+    <test>
+      <param name="inputfile" value="F3D0_R1.fastq"/>
+      <output name="outout" file="test_output.txt"/>
+    </test>
+  </tests>
+
+  <help>
+**what it does**
+
+Renames sequence header in FASTQ file by appending SAMPLEFILENAME/1 to the end of the sequence header for the forward read or SAMPLEFILENAME_2 to the end of the sequence header for the reverse read using python_ and Biopython_
+
+.. _python : https://www.python.org/downloads/release/python-370/
+.. _Biopython : https://biopython.org/
+
+-----
+
+Forward Read
+------------
+**Input**
+
+- **sequence header** : @M03033:102:000000000-ATN0P:1:1101:9793:1042
+
+**Output**
+
+- **sequence header** : @M03033:102:000000000-ATN0P:1:1101:9793:1042_Sample1/1
+
+Reverse Read
+------------
+
+**Input**
+
+- **sequence header** : @M03033:102:000000000-ATN0P:1:1101:9793:1042
+
+**Output**
+
+- **sequence header** : @M03033:102:000000000-ATN0P:1:1101:9793:1042_Sample1/2
+
+-----
+
+=========
+Resources
+=========
+
+**Wrapper Authors**
+
+QFAB Bioinformatics (support@qfab.org)
+  </help>
+
+</tool>
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/F3D0_R1.fastq	Thu Sep 03 01:32:31 2020 +0000
@@ -0,0 +1,4000 @@
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18327:1699 1:N:0:188
+NACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+#>>AABABBFFFGGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGGHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGGHHHHHHHHHHGGGGGHHHHGHGGGGGGHHBGHGDGGGGGHHHGGGGHHHHHHHHGGGGGHG@DHHGHEGGGGGGBFGGEGGGGGGGG.DFEFFFFFFFDCFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFDFDFFFEFFCFF?FDFFFFFFFFAFFFFFFFFFFFBDDFFFFFEFADFFFFFBAFFFA?EFFFBFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:14069:1827 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGCCTGCCAAGTCAGCGGTAAAATTGCGGGGCTCAACCCCGTACAGCCGTTGAAACTGCCGGGCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACCCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCTACTGACGCTGAGGCACGAAAGTGCGGGGATCAAACAG
++
+3AA?ABBDBFFBEGGEGGGGAFFGGGGGHHHCGGGGGGHFGHGGCFDEFGGGHGGGEGF1GGFGHHHHHGGEGGHHHHHFGGGGGGHHHHHGGGGCDDGHHGGGFHHHHHHHHCD@CCHGGGGHEHGGG@GFGGGGGGG@BGGGEGCEBFFFBFFB;9@EFFFEFFFFFFFFFFFFAFBBBFFFFFBBBFFFFBBBFFFFFFFFFFFBBBBBBBFFFFFFFFFDDFAFFFFF.AF9/FBBBBB.EAFFE?F
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18044:1900 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTGTCCGGAATCACTGGGCGTAAAGGGCGCGTAGGCGGTTTAATAAGTCAGTGGTGAAAACTGAGGGCTCAACCCTCAGCCTGCCACTGATACTGTTAGACTTGAGTATGGAAGAGGAGAATGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGATTCTCTGGGCCAAGACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:13234:1983 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGAAGATCAAGTCAGCGGTAAAATTGAGAGGCTCAACCTCTTCGAGCCGTTGAAACTGGTTTTCTTGAGTGAGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCTCAACTGACGCTCATGCACGAAAGTGTGGGTATCGAACAG
++
+BCBCCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHGGGHHHHHGHGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHHGGGGGHHHHHHHHHGGHHHHHHHHGHHHGHGGGGGGHHHHHHHGHHGHHHGHHHHHHHGGGGGHHHHHHGGGGGHHGGGGHGHHHHGGGGGGGGGGGGGGGGGGFGGGGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFAFFFFFFFFAFFFFFFFFFFFFFFBFFFFFFFFFFEFFFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:16780:2259 1:N:0:188
+TACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGGACGCAAGTCAGATGTGAAAACCACGGGCTCAACCTGTGGCCTGCATTTGAAACTGTGTTTCTTGAGTACTGGAGAGGCAGACGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCTGCTGGACAGCAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACG
++
+BBCCBFFCDFCFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHHGGHFHHHGGGEGGHHHGGGGGGGEFGGGHHHHFHHHHGHHHHG/FGGGFGHFHHHGA?CGEHGGGHGHHFBGHHHGGHHHHDGHHFHFHHHHHEC0DDDEDAFFDDEGHHHHHEHHHHHEGGAFFGGGGBDGGGGGGFFFGGFFG.FFFFFFFFFFFFFFFDEFF@=FFFFFF.AFFEFFFFFFFDFFFBFF.:;F-@FFBDAFAAC.;9?FFE.
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:19378:2540 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGAAGATCAAGTCAGCGGTAAAATTGAGAGGCTCAACCTCTTCGAGCCGTTGAAACTGGTTTTCTTGAGTGAGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCTCAACTGACGCTCATGCACGAAAGTGTGGGTATCGAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:17674:2779 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGCAGGCGGACTCTCAAGTCAGCGGTCAAATCGCGGGGCTCAACCCCGTTCCGCCGTTGAAACTGGGAGCCTTGAGTGCGCGAGAAGTAGGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCCTACCGGCGCGCAACTGACGCTCATGCACGAAAGCGTGGGTATCGAACAG
++
+ABB@BABDAFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHGHHGHGGGHFDHHGHEGCGGGGGGGFEECGHHHHHHHHHGGGGGHHHGGGGGGGGGHGHGHGGGGHHHGGGGDGGEHHHGFHHGGGFHHGHFHFHCGGGGGGGFGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF?FFFFFFFFFFFFFAFEFFFFFFFFFFBFFDFFFFFFFFFDBF/AEFFFF
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:18089:2781 1:N:0:188
+TACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGCGCCAAGTCTGGAGTGAAATGCCGCAGCTTAACTGCGGAACTGCTTTGGAAACTGGCGGACTAGAGTGCGGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCGGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACCGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:14203:2907 1:N:0:188
+TACGGAGGATGCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGTGCGTAGGCGGGCTGTTAAGTCAGCGGTCAAATGTCGGGGCTCAACCCCGGCCTGCCGTTGAAACTGGCGGCCTCGAGTGGGCGAGAAGTATGCGGAATGCGTGGTGTAGCGGTGAAATGCATAGATATCACGCAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCATACCGGCGCCCGACTGACGCTGAGGCACGAAAGCGTGGGTATCGAACAG
++
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:19561:3147 1:N:0:188
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:16061:3516 1:N:0:188
+TACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCAGTGCAAGTCTGAAGTGAAAGGCGGGGGCCCAACCCCCGGACTGCTTTGGAAACTGTGCTGCTGGAGTGCAGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+BBBCCFFCCCCCGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHHFFEHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGFHGHHHHHHHHHHHGGHHHHGGGGGGFFFGHGGGGGGGGGGHHHHHHHHHHGHHHHHHHHHGGGGGGFGGGGGGGGGGGGBFGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFAFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFE?FFFFFFFFFFFFFFFFFFFF--FDDBD.AAFA.;.AFF..
+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:21880:3715 1:N:0:188
+TACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGAGCGCGCAGGTGGTTAATTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAGGGTCATTGGAAACTGGTTGACTTGAGTGCAGAAGAGGGAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGTCTGCAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA
++
+BCCCCFFCCCCCGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHHGGGGGGHFFHHFGGGGGGFGGEGHHHHHHHHHHHHFHHHHHHHHHHHGGGGGGHHHHGEHGFHGGGHGHHHFHHHGHHHFGGHHHHHHGHHHHHHHHHHGGGFGHHGGHHHHHHGHHFGDDGGG:DGHHHHHGFDCEGFFFFGFGGGGGGFGGGGGFEGFGA;DFFFFCFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFFFFCFFFFFFFFFFFFE;?EF9..
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++
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+BCBBCCCCCFFFGGGGGGGGGGHGGGGGHHHHHGHGGGHHHHHGHGGGGGGGHGGGGGFHHHHHHHHGGGGGGGHHHHHHGGGGFHHHHHGGGGCGFGGGGGGGGHHGHHHGHGGGFGHGHHHHGHGGGGCGGFFFGGGGGGGGGGADGGGGGGGFFDFFFFFFFFFFFFFEFFFFFFFFFFFBFFFFFFEFFFFFBFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFBFFFEDFFFBDFFFFFFE-F
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++
+?AABBBBBBFFFFGGGGGGGGGGGGGGGHHHHHHHGGGFHFHGGHGGGFGGGHGG>EEFHGEFHDDFHFEH@FGFHHFHFGGGGGGGGHHHFHGGGGGHFHHFGFFFHFHHHHHGGGGGHHGHGGFFHHHHHGGDDGGGGGAFGH0CGHHFHHHHHGGGGGGGGGGFGFEFFFGGFFFGGGGGGGGGGFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF/BFDA.DDFFFFFEEFF..AADFFFEA..=BA.9D.FFF.
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:15120:4326 1:N:0:188
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+@M00967:43:000000000-A3JHG:1:1101:11296:4480 1:N:0:188
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++
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