# HG changeset patch
# User rnateam
# Date 1506630448 14400
# Node ID d78cdda646bc65a9e1c634529b2a5eb5a42cc1fc
# Parent  685d5971df5bb8bc73482df0fd6813ebac7e969d
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/rna_tools/vienna_rna commit d9f13fd859165e4280412ec73f8f3f8b258d351d-dirty

diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/rnafold_result1.txt
--- a/test-data/rnafold_result1.txt	Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400
+++ b/test-data/rnafold_result1.txt	Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400
@@ -1,6 +1,14 @@
 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343590.trna2-A
 UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
 .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. (-22.00)
+,((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))),)), [-23.20]
+.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 d=9.72}
+.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 MEA=58.88}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.142309; ensemble diversity 14.51 
 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343207.trna3-A
 GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUUGAUGCCCGCAUUCUCCA
 (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). (-29.60)
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). [-29.88]
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-29.60 d=0.64}
+(((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). {-29.60 MEA=71.81}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.63265; ensemble diversity 1.15  
diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/rnafold_result2.txt
--- a/test-data/rnafold_result2.txt	Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400
+++ b/test-data/rnafold_result2.txt	Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400
@@ -1,6 +1,14 @@
 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343590.trna2-A
 UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
 ..(((.....((((....((..(((....)))..))...)))).....(((((.......)))))....))). ( -3.37)
+.{((,..,..{(({.,{,.{,.(((....)))},.}},.}}}},,..,(((((.......)))))..,,})). [ -7.81]
+...........((...(.....(((....)))....)...))......(((((.......)))))........ {  2.85 d=11.83}
+.((........(((..(.....(((....)))....)..)))......(((((.......))))).....)). {  1.96 MEA=51.92}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.00162209; ensemble diversity 17.27 
 >Anolis_carolinensis_chrUn_GL343207.trna3-A
 GGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGCGAGAGGUAGCGGGAUUGAUGCCCGCAUUCUCCA
 (((((..((.(((.....((..(((....)))..))......))).))(((((.......)))))..))))). ( -5.02)
+(((((..,..{({...{,.{.,{((....))),..},,..,.}},.,,(((((.......))))).,))))). [ -9.30]
+(((((.................(((....)))................(((((.......)))))..))))). { -4.42 d=10.17}
+(((((......((.........(((....)))..........))....(((((.......)))))..))))). { -2.50 MEA=54.73}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.00205781; ensemble diversity 15.91 
diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/rnafold_result3.txt
--- a/test-data/rnafold_result3.txt	Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400
+++ b/test-data/rnafold_result3.txt	Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400
@@ -1,3 +1,7 @@
 >Sequence
 UGGGAAUUAGCUCAAAUGGUAGAGCGCUCGCUUAGCAUGUGAGAGGUAGUGGGAUCGAUGCCCACAUUCUCCA
 .((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))).. (-22.00)
+,((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))),)), [-23.20]
+.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 d=9.72}
+.((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))).)). {-21.90 MEA=58.88}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.142309; ensemble diversity 14.51 
diff -r 685d5971df5b -r d78cdda646bc test-data/sample_3_result.txt
--- a/test-data/sample_3_result.txt	Fri Sep 22 15:59:40 2017 -0400
+++ b/test-data/sample_3_result.txt	Thu Sep 28 16:27:28 2017 -0400
@@ -1,9 +1,21 @@
 >SECIS_1
 AUUUUAUCCAUGAAAGUGUUUCCUCUAAACCUAUGUGGAGGAACACCUGAUGUCCAGGAAAAU
 .((((...(((.(..(((.((((((((........))))))))))).).))).....)))).. (-27.97)
+.((((...(((.{..(((.((((((((........))))))))))).}.))).....)))}.. [-29.13]
+..(((...(((....(((.((((((((........)))))))))))...))).....)))... {-26.59 d=5.82}
+.((((...(((.(..(((.((((((((........))))))))))).).))).....)))).. {-27.97 MEA=54.87}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.151171; ensemble diversity 8.50
 >6S_1
 GAAACCCUAAUGUAUUCGAUAUAGUUCCUGAUAUUUUUGAACCGAACAAUUUUUUAUACCUAGGGAGCUUGGAGUUCCGGCGCGGCGCACAUGCCUUCACACGAGGAAGUGCAAACCGUUAGACAGAGCACCCACCUGCUUUAAUUGAGAGCGGGUUCAAAGGAAGGGAAUCCUAAACGGUACGAUUGGGGUUUCU
 (((((((...(((((.((.....((((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((.(.((((.....))))).))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))))......)))))))....))))))). (-110.38)
+(((((((,,{(((((,((.....{(((((....(((((((((({{{....,},.........(((.((((.....((.((((.(..((((.{.((((.....)))),.))))...))))).))}.)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))),......))))))).}.,))))))). [-115.12]
+(((((((..((((((.((......(((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((...((((.....))))..))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))).......))))))).)..))))))). {-109.37 d=10.73}
+(((((((..((((((.((......(((((....((((((((((...................(((.((((.....((.((((.(..((((...((((.....))))..))))...))))).))..)))).)))....(((((.....))))).))))))))))..))))).......))))))).)..))))))). {-109.37 MEA=177.59}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.000456946; ensemble diversity 17.02
 >6S_2
 UUGUCCCUGCCGUGCUCGUGACUUGGCCAUACAUUCUCUGAACCUAUGUCUUACGGCAUAUGGGUUGCGGGAGUGUAGAGCUGGAGUGAUCGUCUACUCGUAGACGAACCCGAUGCUCUUCGGAUCGCGACCACCUUGAACCUCAGGGUUCGAGAUGCCGGCCUUGACGGCACAGGCGGGGCAUC
 .((.(((((((((((.(((.(...((((...((.((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............))))))))))))..)))).).))))))).))))))))).. (-129.27)
+.((,(((((((((((.(((.{...((((...,,.((((.((((((..(((....))).....((((((((...{(.(((((.((.((..((((((,....,))))))))))...))))).)}..)))))))).....,,...,,.)))))))))),}..)))).}.))))))).))))))))).. [-132.48]
+.((.(((((((((((.(((.(...((((......((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............))))))))))....)))).).))))))).))))))))).. {-129.23 d=10.34}
+.((.(((((((((((.(((.(...((((...(..((((.((((((..(((....))).....((((((((...((.(((((.((.((..((((((......))))))))))...))))).))..)))))))).............)))))))))).)..)))).).))))))).))))))))).. {-128.23 MEA=168.16}
+ frequency of mfe structure in ensemble 0.00547171; ensemble diversity 14.91