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0
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1 CC= gcc.exe
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2 AR= ar.exe
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3 CFLAGS= -g -Wall -O2
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4 DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
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5 LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
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6 bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
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7 knetfile.o
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8 AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
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9 bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
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10 bamtk.o
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11 PROG= samtools
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12 INCLUDES= -Iwin32
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13 SUBDIRS= .
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14 LIBPATH=
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15
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16 .SUFFIXES:.c .o
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17
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18 .c.o:
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19 $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
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20
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21 all:$(PROG)
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22
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23 lib:libbam.a
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24
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25 libbam.a:$(LOBJS)
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26 $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
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27
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28 samtools:lib $(AOBJS)
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29 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
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30
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31 razip:razip.o razf.o
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32 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
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33
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34 bgzip:bgzip.o bgzf.o
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35 $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
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36
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37 razip.o:razf.h
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38 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
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39 sam.o:sam.h bam.h
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40 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
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41 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
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42 bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
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43 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
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44 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
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45 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
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46 bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
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47 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
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48 bam_md.o:bam.h faidx.h
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49 glf.o:glf.h
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50
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51 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
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52 faidx_main.o:faidx.h razf.h
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53
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54 clean:
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55 rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
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