# HG changeset patch # User tduigou # Date 1743501610 0 # Node ID 1aadcfdae10b1fad82625e928697a485bb3df276 # Parent 062f51695ae04732c06d49ca9df8bdc7f16a3132 planemo upload for repository https://github.com/brsynth/synbiocad-galaxy-wrappers commit 94f89a44e330ccfccc8d94b5e7acf583c9d39343 diff -r 062f51695ae0 -r 1aadcfdae10b get_infos.py --- a/get_infos.py Tue Apr 01 09:59:21 2025 +0000 +++ b/get_infos.py Tue Apr 01 10:00:10 2025 +0000 @@ -41,12 +41,11 @@ def args(): parser = ArgumentParser("Returns cell informations") parser.add_argument("infile", type=str, help="SBML input file (xml)") - parser.add_argument("--biomassid", type=str, help="ID of biomass reaction") - parser.add_argument("--taxonid", type=str, help="Taxonomy ID") - parser.add_argument("--standalone", action="store_true", help="Standalone mode, e.g. do not retrieve taxonomy ID on Internet (true if --taxonid is provided)") - parser.add_argument("--compartments-outfile", type=str, help="Path to store cell compartments") - parser.add_argument("--biomassid-outfile", type=str, help="Path to store biomass reaction ID") - parser.add_argument("--taxonid-outfile", type=str, help="Path to store host taxonomy ID") + parser.add_argument("--hostname-or-id", type=str, help="Hostname or model ID") + parser.add_argument("--comp", type=str, help="Path to store cell compartments") + parser.add_argument("--biomass", type=str, help="Path to store biomass reaction ID") + parser.add_argument("--biomass-id", type=str, help="ID of biomass reaction") + parser.add_argument("--taxid", type=str, help="Path to store host taxonomy ID") params = parser.parse_args() return params @@ -97,13 +96,13 @@ print("Compartments:") for comp in compartments: print(f"{comp.getId()}\t{comp.getName()}".replace("\n", " | ")) - if params.compartments_outfile: - with open(params.compartments_outfile, "w") as f: + if params.comp: + with open(params.comp, "w") as f: f.write("#ID\tNAME\n") f.write(comp_str) - if params.biomassid: - biomass_rxn = sbml_doc.getModel().getReaction(params.biomassid) + if params.biomass_id: + biomass_rxn = sbml_doc.getModel().getReaction(params.biomass_id) else: biomass_rxn = get_biomass_rxn(sbml_doc) if not biomass_rxn: @@ -112,17 +111,16 @@ else: biomass_id = biomass_rxn.getId() print(f"Biomass reaction ID: {biomass_id}") - if params.biomassid_outfile: - with open(params.biomassid_outfile, "w") as f: + if params.biomass: + with open(params.biomass, "w") as f: f.write("#ID\n") f.write(f"{biomass_id}\n") - if params.taxonid: - taxid = params.taxonid - elif params.standalone: - taxid = -1 + if params.hostname_or_id: + taxid = get_taxon_id(params.hostname_or_id) else: model_id = sbml_doc.getModel().getId() + taxid = -1 if model_id: taxid = get_taxon_id(sbml_doc.getModel().getId()) if taxid == -1: @@ -132,8 +130,8 @@ taxid = get_taxon_id(sbml_doc.getModel().getName()) print(f"Taxonomy ID: {taxid}") - if params.taxonid_outfile: - with open(params.taxonid_outfile, "w") as f: + if params.taxid: + with open(params.taxid, "w") as f: f.write("#ID\n") f.write(f"{taxid}\n") diff -r 062f51695ae0 -r 1aadcfdae10b get_sbml_model.xml --- a/get_sbml_model.xml Tue Apr 01 09:59:21 2025 +0000 +++ b/get_sbml_model.xml Tue Apr 01 10:00:10 2025 +0000 @@ -1,33 +1,25 @@ - + Get an SBML model (BiGG) curl gzip python-libsbml - requests + requests taxonid '$model' && + curl -o - 'http://bigg.ucsd.edu/static/models/${cond_src.hostid.hostid}.xml.gz' | gunzip > '$model' && #else #set model=$cond_src.input_file #end if python '$__tool_directory__/'get_infos.py '$model' - #if str($cond_src.from_src) == 'from_bigg' - --taxonid-outfile '$taxid_bigg' - --compartments-outfile '$compartments_bigg' - --biomassid-outfile '$biomass_bigg' - #else - --biomassid '$cond_src.adv.biomassid' - --taxonid '$cond_src.adv.taxonid' - $cond_src.adv.standalone - --taxonid-outfile '$taxid_history' - --compartments-outfile '$compartments_history' - --biomassid-outfile '$biomass_history' - #end if + --hostname-or-id '$cond_src.hostid.hostid' + --taxid '$taxid' + --comp '$compartments' + --biomass '$biomass' ]]> @@ -37,165 +29,122 @@ -
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GENE_ASSOCIATION:(875)

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EC Number:2.1.1.13

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EC Number:1.1.1.103

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GENE_ASSOCIATION:(2224 or 9453)

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 - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

GENE_ASSOCIATION:(2222)

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 - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

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EC Number:[]

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GENE_ASSOCIATION:(1595)

EC Number:[]

 - - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

GENE_ASSOCIATION:(1595)

EC Number:[]

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EC Number:[]

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GENE_ASSOCIATION:(6307)

EC Number:[]

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GENE_ASSOCIATION:(6307)

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GENE_ASSOCIATION:(6307)

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GENE_ASSOCIATION:(6307)

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 - - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

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 - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

GENE_ASSOCIATION:(1718)

EC Number:1.3.1.72

 - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

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EC Number:1.14.21.6

 - - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

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 - - - - - - - - - - - -FLUX_VALUE - - - - - - - - -

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GENE_ASSOCIATION:(262)

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