# HG changeset patch
# User tduigou
# Date 1738930579 0
# Node ID 2ed696bb6a6bbeabca8c1b22db967bb593a128b3
# Parent  3244fa368e7c1fc73b385b3a2f0a81195d78a6f0
planemo upload for repository https://github.com/brsynth/molecule-signature commit 23ed4c204be0ab50a03cbde02f1e1e2b83531965

diff -r 3244fa368e7c -r 2ed696bb6a6b enumerate.xml
--- a/enumerate.xml	Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000
+++ b/enumerate.xml	Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000
@@ -12,7 +12,12 @@
             --output '$output_enumerate_tsv'
     ]]></command>
     <inputs>
-        <param name="input_smiles_str" type="text" label="SMILES of the molecule" />
+        <param name="input_smiles_str" type="text" label="SMILES of the molecule">
+            <validator type="empty_field" message="You must provide the InChI string" />
+            <validator type="length" max="999" message="Length of SMILES is comprised between [1-999]" />
+            <validator type="regex" negate="true" message="Wildcards are not allowed">^(?:\*)$</validator>
+            <sanitizer sanitize="false" />
+        </param>
         <param name="input_alphabet_npz" type="data" format="npz" label="Alphabet file" />
     </inputs>
     <outputs>
@@ -20,7 +25,7 @@
     </outputs>
     <tests>
         <test>
-            <param name="input_smiles_str" value="CCO" />
+            <param name="input_smiles_str" value="C=C1CC[C@H]2[C@]3(C)CC[C@H]4C(C)(C)CCC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]2(C)[C@H]1CO" />
             <param name="input_alphabet_npz" value="alphabet.npz" />
             <output name="output_enumerate_tsv" value="enumerate.tsv" ftype="tabular" compare="diff" />
         </test>
diff -r 3244fa368e7c -r 2ed696bb6a6b macros.xml
--- a/macros.xml	Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000
+++ b/macros.xml	Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000
@@ -1,6 +1,6 @@
 <macros>
     <token name="@TOOL_VERSION@">2.1.0</token>
-    <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>
+    <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token>
     <xml name="requirements">
         <requirements>
             <requirement type="package" version="@TOOL_VERSION@">molecule-signature</requirement>
diff -r 3244fa368e7c -r 2ed696bb6a6b test-data/signature.tsv
--- a/test-data/signature.tsv	Fri Feb 07 10:33:51 2025 +0000
+++ b/test-data/signature.tsv	Fri Feb 07 12:16:19 2025 +0000
@@ -1,2 +1,2 @@
 SMILES	signature
-CCO	80-1410 ## [C;H3;h3;D1;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[O;H1;h1;D1;X2] .. 807-222 ## [C;H3;h3;D1;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2:1] .. 1057-294 ## [O;H1;h1;D1;X2]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H3;h3;D1;X4:1]
+C=C1CC[C@H]2[C@]3(C)CC[C@H]4C(C)(C)CCC[C@]4(C)[C@H]3CC[C@]2(C)[C@H]1CO	80-1516-1032 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[O;H1;h1;D1;X2] .. 807-222 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2:1] .. 926-1028-2028 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1162-1096 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 926-1162-1656 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 926-1162-1951 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H1;h1;D3;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 926-1162-1951 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H1;h1;D3;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 926-1325-104 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1325-267 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1325-267 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H0;h0;D4;X4] .. 926-1738-483 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4:1]-[C;H0;h0;D3;X3](-[C;H1;h1;D3;X4])=[C;H2;h2;D1;X3] .. 1019-127-1363 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[O;H1;h1;D1;X2])-[C;H0;h0;D3;X3](=[C;H2;h2;D1;X3])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1019-478-1054 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1019-478-1290 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1019-478-1290 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H1;h1;D3;X4:1](-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H1;h1;D3;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1057-1274 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D4;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H3;h3;D1;X4:1] .. 1060-1232-1531 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H3;h3;D1;X4])-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-756 ## [C;H0;h0;D3;X3]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-889 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1060-1477-889 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D4;X4:1](-[C;H3;h3;D1;X4])(-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H0;h0;D4;X4])-[C;H2;h2;D2;X4] .. 1366-35 ## [C;H1;h1;D3;X4]-[C;H0;h0;D3;X3](-[C;H2;h2;D2;X4])=[C;H2;h2;D1;X3:1] .. 1380-574-232 ## [C;H0;h0;D4;X4]-[C;H1;h1;D3;X4](-[C;H2;h2;D2;X4])-[C;H0;h0;D3;X3:1](=[C;H2;h2;D1;X3])-[C;H2;h2;D2;X4]-[C;H2;h2;D2;X4]