Mercurial > repos > triasteran > trips_create_new_organism
changeset 6:dd580d6ff10d draft
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| author | triasteran |
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| date | Tue, 01 Mar 2022 12:42:24 +0000 |
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| files | trips_create_new_organism/Dockerfile trips_create_new_organism/create_annotation_sqlite.py trips_create_new_organism/create_annotation_sqlite.xml trips_create_new_organism/test-data/sacCer3_transcripts.fasta trips_create_new_organism/test-data/saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.84.gtf |
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trips_create_new_organism/Dockerfile Tue Mar 01 12:42:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,14 @@ +FROM alpine +WORKDIR /tmp +COPY create_annotation_sqlite.py . +RUN chmod +x create_annotation_sqlite.py +RUN ln create_annotation_sqlite.py /usr/local/bin/create_annotation_sqlite +RUN export PATH="$PATH:/usr/local/bin" +ENV PATH="/usr/local/bin:${PATH}" +RUN apk add bash +RUN apk add python3 +RUN apk add py3-pip +RUN pip install --upgrade pip +RUN pip install --no-cache-dir 'pysqlite3==0.4.6' +RUN pip install --no-cache-dir 'regex==2022.1.18' +RUN pip install --no-cache-dir 'intervaltree==3.1.0'
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trips_create_new_organism/create_annotation_sqlite.py Tue Mar 01 12:42:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,788 @@ +#!/usr/bin/env python3 + +# Python3 script which takes in an annotation file(gtf/gff3) and a transcriptomic fasta file +# and produces an sqlite file which can be uploaded to Trips-Viz +# All co-ordinates produced are 1 based +# All start codon positions (including cds_start) should be at the first nucleotide of the codon +# All stop codon positions (including cds_stop) should be at the last nucleotide of the codon +import sys +import re +import sqlite3 +import intervaltree +from intervaltree import Interval, IntervalTree +import itertools + +#This should be a GTF or GFF3 file +annotation_file = open(sys.argv[1],"r") +#This needs to be the transcriptomic fasta file +fasta_file = open(sys.argv[2],"r") +#This value will be added used to create UTRs of this length, useful when looking at transcriptomes without annotated UTRs +pseudo_utr_len = int(sys.argv[3]) +#An example of a transcript_id from the annotation file, e.g ENST000000123456 +user_transcript_id = sys.argv[4] +#An example of a gene name from the annotation file +user_gene_name = sys.argv[5] +# Set to true if transcript version is included in transcript_id, e.g: ENST000000123456.1 +TRAN_VERSION = True + + + +delimiters = {"transcripts":{"before":[],"after":[],"annot_types": ["cds","utr"]}, + "genes":{"before":[],"after":['"'],"annot_types": ["lnc_rna"]}} + +punctuation = [";"," ","-",":","-",".","=","\t"] +#Find delimiters in the annotation and fasta files using the user_transcript_id +#and user_gene_name examples given by user. +for line in annotation_file: + if user_transcript_id in line: + tabsplitline = line.split("\t") + annot_type = tabsplitline[2] + if annot_type not in delimiters["transcripts"]["annot_types"]: + delimiters["transcripts"]["annot_types"].append(annot_type.lower()) + splitline = line.split(user_transcript_id) + before_delimiter = splitline[0] + for item in punctuation: + if item in before_delimiter: + if len(before_delimiter.split(item)[-1]) >= 5: + before_delimiter = before_delimiter.split(item)[-1] + after_delimiter = splitline[1][:2] + if before_delimiter not in delimiters["transcripts"]["before"] and len(before_delimiter) >= 5: + delimiters["transcripts"]["before"].append(before_delimiter) + if after_delimiter not in delimiters["transcripts"]["after"]: + delimiters["transcripts"]["after"].append(after_delimiter) + if user_gene_name in line: + tabsplitline = line.split("\t") + annot_type = tabsplitline[2] + if annot_type not in delimiters["genes"]["annot_types"]: + delimiters["genes"]["annot_types"].append(annot_type.lower()) + splitline = line.split(user_gene_name) + before_delimiter = splitline[0] + for item in punctuation: + if item in before_delimiter: + if len(before_delimiter.split(item)[-1]) >= 5: + before_delimiter = before_delimiter.split(item)[-1] + after_delimiter = splitline[1][0] + if before_delimiter not in delimiters["genes"]["before"] and len(before_delimiter) >= 5: + delimiters["genes"]["before"].append(before_delimiter) + if after_delimiter not in delimiters["genes"]["after"]: + if after_delimiter in punctuation: + delimiters["genes"]["after"].append(after_delimiter) +for line in fasta_file: + if user_transcript_id in line: + splitline = line.split(user_transcript_id) + before_delimiter = splitline[0] + for item in punctuation: + if item in before_delimiter: + if len(before_delimiter.split(item)[1]) >= 5: + before_delimiter = before_delimiter.split(item)[1] + after_delimiter = splitline[1][0] + if before_delimiter not in delimiters["transcripts"]["before"] and len(before_delimiter) >= 5: + delimiters["transcripts"]["before"].append(before_delimiter) + if after_delimiter not in delimiters["transcripts"]["after"]: + delimiters["transcripts"]["after"].append(after_delimiter) +fasta_file.close() +annotation_file.close() + + + + + +if delimiters["transcripts"]["before"] == []: + print ("ERROR: No transcript_id with the name {} could be found in the annotation file".format(user_transcript_id)) + sys.exit() +if delimiters["genes"]["before"] == []: + print ("ERROR: No gene with the name {} could be found in the annotation file".format(user_gene_name)) + sys.exit() + +master_dict = {} +coding_dict = {} +notinfasta = open("notinfasta.csv","w") + +#Given a nucleotide sequence returns the positions of all start and stop codons. +def get_start_stops(transcript_sequence): + transcript_sequence = transcript_sequence.upper() + start_codons = ['ATG'] + stop_codons = ['TAA', 'TAG', 'TGA'] + seq_frames = {'starts': [], 'stops': []} + for codons, positions in ((start_codons, 'starts'),(stop_codons, 'stops')): + if len(codons) > 1: + pat = re.compile('|'.join(codons)) + else: + pat = re.compile(codons[0]) + for m in re.finditer(pat, transcript_sequence): + # Increment position by 1, Frame 1 starts at position 1 not 0, + # if it's a stop codon add another 2 so it points to the last nuc of the codon + if positions == "starts": + start = m.start() + 1 + else: + start = m.start() + 3 + seq_frames[positions].append(start) + return seq_frames + + +#parse fasta to get the nucleotide sequence of transcripts and the positions of start/stop codons. +fasta_file = open(sys.argv[2],"r") +read_fasta = fasta_file.read() +split_fasta = read_fasta.split(">") +for entry in split_fasta[1:]: + newline_split = entry.split("\n") + tran = newline_split[0] + for item in delimiters["transcripts"]["after"]: + if item in tran: + tran = tran.split(item)[0] + tran = tran.replace("-","_").replace("(","").replace(")","") + seq = ("".join(newline_split[1:])) + if "_PAR_Y" in tran: + tran += "_chrY" + elif "_PAR_X" in tran: + tran += "_chrX" + tran = tran.upper() + starts_stops = get_start_stops(seq) + if tran not in master_dict: + master_dict[tran] = {"utr":[], "cds":[], "exon":[],"start_codon":[],"stop_codon":[],"start_list":starts_stops["starts"], + "stop_list":starts_stops["stops"],"transcript":[], "strand":"" ,"gene_name":"","chrom":"","seq":seq,"cds_start":"NULL","cds_stop":"NULL", + "length":len(seq),"principal":0,"version":"NULL"} + + + + +def to_ranges(iterable): + tup_list = [] + iterable = sorted(set(iterable)) + for key, group in itertools.groupby(enumerate(iterable),lambda t: t[1] - t[0]): + group = list(group) + tup_list.append((group[0][1], group[-1][1])) + return tup_list + +#parse annotation file to get chromsome, exon location and CDS info for each transcript +def parse_gtf_file(annotation_file): + for line in annotation_file: + if line == "\n": + continue + if line[0] != '#': + splitline = (line.replace("\n","")).split("\t") + chrom = splitline[0] + try: + annot_type = splitline[2].lower() + except: + print ("ERROR tried to index to second item in splitline: ",splitline, line) + sys.exit() + #if annot_type not in ["cds", "utr", "exon", "transcript","five_prime_utr", "three_prime_utr","stop_codon","start_codon"]: + # continue + if annot_type not in delimiters["transcripts"]["annot_types"] and annot_type not in delimiters["genes"]["annot_types"]: + continue + if annot_type == "five_prime_utr" or annot_type == "three_prime_utr": + annot_type = "utr" + strand = splitline[6] + if strand == "+": + start = int(splitline[3]) + end = int(splitline[4]) + else: + start = int(splitline[3])+1 + end = int(splitline[4])+1 + desc = splitline[8] + tran = desc + gene = desc + for item in delimiters["transcripts"]["before"]: + if item in tran: + tran = tran.split(item)[1] + for item in delimiters["transcripts"]["after"]: + if item in tran: + tran = tran.split(item)[0] + if "." in tran and TRAN_VERSION == True: + #print ("raw tran",tran) + tran = tran.split(".") + version = int(tran[-1].split("_")[0]) + tran = tran[0] + else: + version = "NULL" + tran = tran.replace("-","_").replace(".","_") + tran = tran.replace("(","").replace(")","") + tran = tran.replace(" ","").replace("\t","") + tran = tran.upper() + tran = tran.replace("GENE_","").replace("ID_","") + #print ("tran",tran,version) + #if tran == "ENST00000316448": + # print ("annot type",annot_type) + # print ("appending exon to tran", start, end,line) + + gene_found = False + + if annot_type in delimiters["genes"]["annot_types"]: + for item in delimiters["genes"]["before"]: + if item in gene: + gene_found = True + gene = gene.split(item)[1] + for item in delimiters["genes"]["after"]: + if item in gene: + gene = gene.split(item)[0] + gene = gene.replace("'","''") + gene = gene.replace("GENE_","") + gene = gene.replace("ID_","") + gene = gene.upper() + + if tran in master_dict: + if annot_type in master_dict[tran]: + master_dict[tran][annot_type].append((start, end)) + master_dict[tran]["strand"] = strand + master_dict[tran]["chrom"] = chrom + master_dict[tran]["version"] = version + if gene_found == True: + master_dict[tran]["gene_name"] = gene + else: + notinfasta.write("{}\n".format(tran)) + +annotation_file = open(sys.argv[1],"r") +parse_gtf_file(annotation_file) + + +#remove transcripts that were in fasta file but not in annotation_file +notinannotation = [] +for tran in master_dict: + if master_dict[tran]["chrom"] == "": + #print ("tran {} has no chrom :(".format(tran)) + notinannotation.append(tran) +for tran in notinannotation: + del master_dict[tran] + +#Dictionary to store the coding status of a gene, if any transcript of this gene is coding, the value will be True +coding_genes_dict = {} +#parse master_dict to calculate length, cds_start/stop and exon junction positions +for tran in master_dict: + try: + transeq = master_dict[tran]["seq"] + except Exception as e: + print ("not in fasta", tran) + notinfasta.write("{}\n".format(tran)) + continue + exon_junctions = [] + total_length = len(transeq) + three_len = 1 + five_len = 1 + strand = master_dict[tran]["strand"] + if master_dict[tran]["gene_name"] == "": + master_dict[tran]["gene_name"] = tran + gene = master_dict[tran]["gene_name"] + if gene not in coding_genes_dict: + coding_genes_dict[gene] = False + + if master_dict[tran]["cds"] == []: + tran_type = "noncoding" + cds_start = 'NULL' + cds_stop = 'NULL' + else: + #get utr lengths from annotation + tran_type = "coding" + coding_genes_dict[gene] = True + sorted_exons = sorted(master_dict[tran]["exon"]) + sorted_cds = sorted(master_dict[tran]["cds"]) + min_cds = sorted_cds[0][0] + #Some annotation files do not have utr annotation types, so fix that here if thats the case + if master_dict[tran]["utr"] == []: + for exon_tup in master_dict[tran]["exon"]: + if exon_tup not in master_dict[tran]["cds"]: + # Now check if this overlaps with any of the CDS exons + overlap = False + for cds_tup in master_dict[tran]["cds"]: + if exon_tup[0] == cds_tup[0] and exon_tup[1] != cds_tup[1]: + master_dict[tran]["utr"].append((cds_tup[1],exon_tup[1])) + overlap = True + if exon_tup[0] != cds_tup[0] and exon_tup[1] == cds_tup[1]: + master_dict[tran]["utr"].append((exon_tup[0],cds_tup[0])) + overlap = True + if overlap == False: + master_dict[tran]["utr"].append(exon_tup) + + + ''' + if tran == "NM_001258497": + print ("sorted cds",sorted_cds) + print ("min cds",min_cds) + print ("chrom",master_dict[tran]["chrom"]) + print ("sorted exons", sorted_exons) + print ("utr",master_dict[tran]["utr"]) + sys.exit() + ''' + #if tran == "ENST00000381401": + # print ("min cds,sorted utr",min_cds,sorted(master_dict[tran]["utr"])) + for tup in sorted(master_dict[tran]["utr"]): + #if tran == "ENST00000381401": + # print ("tup", tup) + if tup[0] < min_cds: + five_len += (tup[1]-tup[0])+1 + #if tran == "ENST00000381401": + # print ("adding to fivelen") + elif tup[0] > min_cds: + three_len += (tup[1] - tup[0])+1 + #if tran == "ENST00000381401": + # print ("adding to three len") + else: + pass + if strand == "+": + if len(sorted_exons) > 1: + sorted_exons[0] = (sorted_exons[0][0]-pseudo_utr_len, sorted_exons[0][1]) + sorted_exons[-1] = (sorted_exons[-1][0], sorted_exons[-1][1]+pseudo_utr_len) + else: + sorted_exons[0] = (sorted_exons[0][0]-pseudo_utr_len, sorted_exons[0][1]+pseudo_utr_len) + master_dict[tran]["exon"] = sorted_exons + cds_start = (five_len+pseudo_utr_len) + cds_stop = ((total_length - three_len)-pseudo_utr_len)+1 + elif strand == "-": + if len(sorted_exons) > 1: + sorted_exons[0] = (sorted_exons[0][0]-pseudo_utr_len, sorted_exons[0][1]) + sorted_exons[-1] = (sorted_exons[-1][0], sorted_exons[-1][1]+pseudo_utr_len) + else: + sorted_exons[0] = (sorted_exons[0][0]-pseudo_utr_len, sorted_exons[0][1]+pseudo_utr_len) + master_dict[tran]["exon"] = sorted_exons + cds_start = (three_len+pseudo_utr_len) + cds_stop = ((total_length - (five_len))-pseudo_utr_len)+1 + #if tran == "ENST00000381401": + # print ("cds start, cds stop, five_len, three_len",cds_start,cds_stop,five_len,three_len) + # #sys.exit() + else: + print ("strand is unknown: {}".format(strand)) + sys.exit() + + #get exon junctions, cds is easy just get end of each tuple except last, same for utr except for if same as cds start/stop + total_intronic = 0 + try: + if strand == "+": + tx_start = min(sorted(master_dict[tran]["exon"]))[0] + prev_end = tx_start + for tup in sorted(master_dict[tran]["exon"])[:-1]: + total_intronic += tup[0]-prev_end + exon_junctions.append(((tup[1])-tx_start)-total_intronic) + prev_end = tup[1] + elif strand == "-": + tx_start = max(sorted(master_dict[tran]["exon"]))[-1] + prev_end = tx_start + for tup in (sorted(master_dict[tran]["exon"])[1:])[::-1]: + total_intronic += (tup[0]+1)-prev_end + exon_junctions.append(((tup[1])-tx_start)-total_intronic) + prev_end = tup[1] + except: + if strand == "+": + tx_start = min(sorted(master_dict[tran]["cds"]))[0] + prev_end = tx_start + for tup in sorted(master_dict[tran]["cds"])[:-1]: + total_intronic += tup[0]-prev_end + exon_junctions.append(((tup[1])-tx_start)-total_intronic) + prev_end = tup[1] + elif strand == "-": + tx_start = max(sorted(master_dict[tran]["cds"]))[-1] + prev_end = tx_start + for tup in (sorted(master_dict[tran]["cds"])[1:])[::-1]: + total_intronic += (tup[0]+1)-prev_end + exon_junctions.append(((tup[1])-tx_start)-total_intronic) + prev_end = tup[1] + if strand == "+" and cds_start != "NULL": + master_dict[tran]["cds_start"] = cds_start + master_dict[tran]["cds_stop"] = cds_stop + elif strand == "-" and cds_start != "NULL": + master_dict[tran]["cds_start"] = cds_start + master_dict[tran]["cds_stop"] = cds_stop + master_dict[tran]["strand"] = strand + master_dict[tran]["tran_type"] = tran_type + master_dict[tran]["exon_junctions"] = exon_junctions + +longest_tran_dict = {} +for tran in master_dict: + try: + gene = master_dict[tran]["gene_name"] + except: + continue + if coding_genes_dict[gene] == True: + if "cds_start" in master_dict[tran]: + if master_dict[tran]["cds_stop"] != "NULL" and master_dict[tran]["cds_start"] != "NULL": + cds_length = master_dict[tran]["cds_stop"]- master_dict[tran]["cds_start"] + if gene not in longest_tran_dict: + longest_tran_dict[gene] = {"tran":tran,"length":cds_length} + else: + if cds_length > longest_tran_dict[gene]["length"]: + longest_tran_dict[gene] = {"tran":tran,"length":cds_length} + if cds_length == longest_tran_dict[gene]["length"]: + if master_dict[tran]["length"] > master_dict[longest_tran_dict[gene]["tran"]]["length"]: + longest_tran_dict[gene] = {"tran":tran,"length":cds_length} + else: + length = master_dict[tran]["length"] + if gene not in longest_tran_dict: + longest_tran_dict[gene] = {"tran":tran,"length":length} + elif length > longest_tran_dict[gene]["length"]: + longest_tran_dict[gene] = {"tran":tran,"length":length} + + + + + +for gene in longest_tran_dict: + longest_tran = longest_tran_dict[gene]["tran"] + master_dict[longest_tran]["principal"] = 1 + +gene_sample = [] +for key in list(master_dict)[:10]: + try: + gene_sample.append(master_dict[key]["gene_name"]) + except: + pass + +print ("Here is a sample of the transcript ids: {}".format(list(master_dict)[:10])) +print ("Here is a sample of the gene names: {}".format(gene_sample)) + + +# Takes a transcript, transcriptomic position and a master_dict (see ribopipe scripts) and returns the genomic position, positions should be passed 1 at a time. +def tran_to_genome(tran, start_pos, end_pos, master_dict): + pos_list = [] + for i in range(start_pos,end_pos+1): + pos_list.append(i) + genomic_pos_list = [] + if tran in master_dict: + transcript_info = master_dict[tran] + else: + return ("Null", []) + + chrom = transcript_info["chrom"] + strand = transcript_info["strand"] + exons = transcript_info["exon"] + #print ("chrom,strand,exons",chrom,strand,exons) + for pos in pos_list: + #print ("pos",pos) + if strand == "+": + exon_start = 0 + for tup in exons: + #print ("tup",tup) + exon_start = tup[0] + exonlen = tup[1] - tup[0] + if pos > exonlen: + pos = (pos - exonlen)-1 + else: + break + #print ("appending exon_start-pos", exon_start, pos, exon_start+pos) + genomic_pos_list.append((exon_start+pos)-1) + elif strand == "-": + exon_start = 0 + for tup in exons[::-1]: + #print ("tup",tup) + exon_start = tup[1] + exonlen = tup[1] - tup[0] + #print ("exonlen",exonlen) + if pos > exonlen: + #print ("pos is greater") + pos = (pos - exonlen)-1 + #print ("new pos",pos) + else: + break + #print ("appending exon_start-pos", exon_start, pos, exon_start-pos) + genomic_pos_list.append((exon_start-pos)+1) + return (chrom, genomic_pos_list) + + + + +orf_dict = {"uorf":{}, + "ouorf":{}, + "cds":{}, + "nested":{}, + "odorf":{}, + "dorf":{}, + "minusone":{}, + "readthrough":{}, + "plusone":{}, + "noncoding":{}, + "extension":{}, + "inframe_stop":{} + } + +start_codons = ["ATG","GTG","CTG"] +stop_codons = ["TAG","TAA","TGA"] + + +# Keep track of the longest transcript for each noncoding gene, append this to transcript list later +longest_noncoding = {} + + +tran_count = 0 +# This section is used to gather all cds regions, convert them to genomic regions and store them in a dictionary to check against later (all transcript contribute to this not just those +# in the transcript list) +genomic_cds_dict = {} +tree_dict = {} +for transcript in master_dict: + #print (transcript, master_dict[transcript]["tran_type"]) + tran_count += 1 + if "seq" not in master_dict[transcript]: + continue + chrom = master_dict[transcript]["chrom"] + if chrom not in genomic_cds_dict: + genomic_cds_dict[chrom] = [] + if "cds_start" in master_dict[transcript]: + cds_start = master_dict[transcript]["cds_start"] + cds_stop = master_dict[transcript]["cds_stop"] + if cds_start != "NULL": + cds_pos = [] + for i in range(cds_start, cds_stop+1): + cds_pos.append(i) + + for tup in master_dict[transcript]["cds"]: + if tup[0] != tup[1]: + if tup not in genomic_cds_dict[chrom]: + genomic_cds_dict[chrom].append(tup) + +print ("genomic cds dict built") +print (list(genomic_cds_dict)) +for chrom in genomic_cds_dict: + tree_dict[chrom] = IntervalTree.from_tuples(genomic_cds_dict[chrom]) + +#print (list(tree_dict)) + + +connection = sqlite3.connect("{}".format(sys.argv[6])) +cursor = connection.cursor() +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS transcripts (transcript VARCHAR(50), gene VARCHAR(50), length INT(6), cds_start INT(6), cds_stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), strand CHAR(1), stop_list VARCHAR(10000), start_list VARCHAR(10000), exon_junctions VARCHAR(1000), tran_type INT(1), gene_type INT(1), principal INT(1), version INT(2),gc INT(3),five_gc INT(3), cds_gc INT(3), three_gc INT(3), chrom VARCHAR(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS coding_regions (transcript VARCHAR(50), coding_start INT(6), coding_stop INT(6));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS exons (transcript VARCHAR(50), exon_start INT(6), exon_stop INT(6));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS uorf (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS ouorf (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS cds (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS nested (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS odorf (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS dorf (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS minusone(transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS readthrough (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS plusone (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS noncoding (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS extension (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +cursor.execute("CREATE TABLE IF NOT EXISTS inframe_stop (transcript VARCHAR(300), start_codon VARCHAR(10), length INT(6), start INT(6), stop INT(6), sequence VARCHAR(50000), cds_coverage FLOAT(20));") +connection.commit(); + + +print ("Finding ORFs") +transcript_count = 0 +total_transcripts = len(list(master_dict)) +for transcript in master_dict: + #print ("transcript",transcript) + #if transcript != "ENST00000316448": + # continue + transcript_count += 1 + if transcript_count%100 == 0: + print ("Transcripts complete: {}/{}".format(transcript_count,total_transcripts)) + if "seq" not in master_dict[transcript]: + print ("transcript {} has no sequence".format(transcript)) + continue + seq = master_dict[transcript]["seq"] + cds_start = "NULL" + cds_stop = "NULL" + transcript_len = len(seq) + if "cds_start" in master_dict[transcript]: + cds_start = master_dict[transcript]["cds_start"] + cds_stop = master_dict[transcript]["cds_stop"] + + #Find out what regions of this transcript overlap with any other coding regions + coding_positions = [] + if cds_start != "NULL": + #If this is a coding transcript don't bother checking the CDS + for i in range(cds_start,cds_stop): + coding_positions.append(i) + #check 5' leader + chrom, pos_list = tran_to_genome(transcript, 0, cds_start, master_dict) + for i in range(0,cds_start): + genomic_pos = pos_list[i] + overlap = tree_dict[chrom][genomic_pos] + if len(overlap) != 0: + coding_positions.append(i) + #check 3' trailer + chrom, pos_list = tran_to_genome(transcript, cds_stop, transcript_len, master_dict) + for i in range(cds_stop,transcript_len+1): + #print ("i",i) + genomic_pos = pos_list[i-cds_stop] + #print ("genomic position",genomic_pos) + overlap = tree_dict[chrom][genomic_pos] + if len(overlap) != 0: + #print ("overlap not empty appending i",overlap) + coding_positions.append(i) + else: + #check entire transcript + chrom, pos_list = tran_to_genome(transcript, 0, transcript_len, master_dict) + for i in range(0,transcript_len): + genomic_pos = pos_list[i] + overlap = tree_dict[chrom][genomic_pos] + if len(overlap) != 0: + coding_positions.append(i) + coding_positions_tuple = to_ranges(coding_positions) + coding_dict[transcript] = coding_positions_tuple + coding_positions = set(coding_positions) + #if this is a coding transcript find the minusone, readhtrough, plusone co-ordinates + if cds_start != "NULL": + if pseudo_utr_len != 0: + cds_stop -= 3 # take 3 from stop so we can match it with orf_stop, do it here rather than above in case cds_stop is null + recoding_dict = {0:"minusone",1:"readthrough",2:"plusone"} + for addition in recoding_dict: + orftype = recoding_dict[addition] + for i in range(cds_stop+addition,transcript_len,3): + if seq[i:i+3] in stop_codons: + orf_seq = seq[cds_stop:i+3] + orf_start = cds_stop + orf_stop = i+2 # +2 so it refers to the end of the stop codon + start_codon = None + if orf_seq: + length = len(orf_seq) + orf_pos_list = [] + #determine how many nucleotides in this orf overlap with an annotated coding region + cds_cov_count = 0.0 + for position in range(orf_start,orf_stop): + orf_pos_list.append(position) + for pos in range(orf_start, orf_stop+1): + if pos in coding_positions: + cds_cov_count += 1 + cds_cov = cds_cov_count/length + cursor.execute("INSERT INTO {} VALUES('{}','{}',{},{},{},'{}',{});".format(orftype, transcript, start_codon, length,orf_start,orf_stop,orf_seq,cds_cov)) + break + for frame in [0,1,2]: + for i in range(frame,transcript_len,3): + if seq[i:i+3] in start_codons: + for x in range(i, transcript_len,3): + if seq[x:x+3] in stop_codons: + orf_seq = seq[i:x+3] + orf_start = i + orf_stop = x+2 # +2 so it refers to the end of the stop codon + start_codon = seq[i:i+3] + length = len(orf_seq) + orf_pos_list = [] + #determine how many nucleotides in this orf overlap with an annotated coding region + cds_cov_count = 0.0 + for pos in range(orf_start, orf_stop+1): + if pos in coding_positions: + cds_cov_count += 1 + cds_cov = float(cds_cov_count)/float(length) + # Now determine orf type + if cds_start == "NULL": + orftype = "noncoding" + else: + #print ("cds start is not null :{}:".format(cds_start)) + if orf_start == cds_start and orf_stop == cds_stop: + orftype = "cds" + elif orf_start < cds_start and orf_stop == cds_stop: + orftype = "extension" + #special case for extensions, we only take from the orf_start to the cds_start, and re-calculate cds coverage + orf_stop = cds_start + cds_cov_count = 0.0 + for pos in range(orf_start, orf_stop+1): + if pos in coding_positions: + cds_cov_count += 1 + cds_cov = float(cds_cov_count)/float(length) + orf_seq = seq[orf_start:cds_start] + length = len(orf_seq) + elif orf_start < cds_start and orf_stop <= cds_start: + orftype = "uorf" + elif orf_start < cds_start and orf_stop > cds_start: + orftype = "ouorf" + elif orf_start >= cds_start and orf_start <= cds_stop and orf_stop <= cds_stop: + if orf_stop == cds_stop: + break + orftype = "nested" + elif orf_start >= cds_start and orf_start <= cds_stop and orf_stop > cds_stop: + orftype = "odorf" + elif orf_start > cds_stop and orf_stop > cds_stop: + orftype = "dorf" + if orf_stop > cds_start and orf_stop < cds_stop: + if (orf_stop+1)%3 == cds_start%3: + orftype = "inframe_stop" + if transcript not in orf_dict: + orf_dict[orftype][transcript] = [] + cursor.execute("INSERT INTO {} VALUES('{}','{}',{},{},{},'{}',{});".format(orftype, transcript, start_codon, length,orf_start,orf_stop,orf_seq,cds_cov)) + break +# Used to keep track of the codons at cds_start and cds_stop positions, +# If there is an issue with the cds co-ordinates the starts and stops counts will +# be much lower than the other count, start with 1 to prevent division by 0 +nuc_dict = {"stops":{"stops":1,"other":0}, "starts":{"starts":1,"other":0}} + +def calcgc(seq): + if seq == "": + return "NULL" + g_count = 0 + c_count = 0 + a_count = 0 + t_count = 0 + for char in seq: + if char == "A": + a_count += 1 + if char == "T": + t_count += 1 + if char == "G": + g_count += 1 + if char == "C": + c_count += 1 + gc = ((g_count+c_count)/float(len(seq)))*100 + return round(gc,2) + + + + +for transcript in master_dict: + #print ("transcripts", transcript) + length = master_dict[transcript]["length"] + cds_start = master_dict[transcript]["cds_start"] + cds_stop = master_dict[transcript]["cds_stop"] + seq = master_dict[transcript]["seq"] + strand = master_dict[transcript]["strand"] + chrom = master_dict[transcript]["chrom"] + gene = master_dict[transcript]["gene_name"] + gc = calcgc(seq) + five_gc = "NULL" + cds_gc = "NULL" + three_gc = "NULL" + if cds_start != "NULL": + five_gc = calcgc(seq[:cds_start]) + cds_gc = calcgc(seq[cds_start:cds_stop]) + three_gc = calcgc(seq[cds_stop:]) + # check that the nucleotide cds_start points to is the first of the start codon + # take one becase cds_start is 1 based but python indexing is 0 based + start_nuc = seq[cds_start-1:cds_start+2] + #print ("start nuc",start_nuc) + if start_nuc == "ATG": + nuc_dict["starts"]["starts"] += 1 + else: + nuc_dict["starts"]["other"] += 1 + stop_nuc = seq[cds_stop-3:cds_stop] + #print ("stop_nuc",stop_nuc) + if stop_nuc in ["TAG","TAA","TGA"]: + nuc_dict["stops"]["stops"] += 1 + else: + nuc_dict["stops"]["other"] += 1 + tran_type = master_dict[transcript]["tran_type"] + if coding_genes_dict[gene] == True: + gene_type = 1 + else: + gene_type = 0 + #print ("tran type before",tran_type) + if tran_type == "coding": + tran_type = 1 + else: + tran_type = 0 + #print ("tran type after",tran_type) + start_list = str(master_dict[transcript]["start_list"]).replace(" ","").strip("[]") + stop_list = str(master_dict[transcript]["stop_list"]).replace(" ","").strip("[]") + exon_junctions = str(master_dict[transcript]["exon_junctions"]).replace(" ","").strip("[]") + principal = master_dict[transcript]["principal"] + version = master_dict[transcript]["version"] + #print (master_dict[transcript]) + #print (tran_type) + #print (gene_type) + #print (principal) + #print (version) + #print ("INSERT INTO transcripts VALUES('{}','{}',{},{},{},'{}','{}','{}','{}','{}',{},{},{},{});".format(transcript, gene, length, cds_start, cds_stop, seq, strand,stop_list, start_list, exon_junctions, tran_type,gene_type,principal,version)) + cursor.execute("INSERT INTO transcripts VALUES('{}','{}',{},{},{},'{}','{}','{}','{}','{}',{},{},{},{},{},{},{},{},'{}');".format(transcript, gene, length, cds_start, cds_stop, seq, strand,stop_list, start_list, exon_junctions, tran_type,gene_type,principal,version,gc,five_gc,cds_gc,three_gc,chrom)) + + for tup in master_dict[transcript]["exon"]: + cursor.execute("INSERT INTO exons VALUES('{}',{},{});".format(transcript,tup[0],tup[1])) + if transcript in coding_dict: + for tup in coding_dict[transcript]: + cursor.execute("INSERT INTO coding_regions VALUES('{}',{},{});".format(transcript,tup[0],tup[1])) + +connection.commit() +connection.close() + +if (nuc_dict["starts"]["other"]/nuc_dict["starts"]["starts"]) > 0.05: + print ("Warning: {} transcripts do not have a an AUG at the CDS start position".format(nuc_dict["starts"]["other"])) +if (nuc_dict["stops"]["other"]/nuc_dict["stops"]["stops"]) > 0.05: + print ("Warning: {} transcripts do not have a an stop codon at the CDS stop position".format(nuc_dict["stops"]["other"])) +if len(notinannotation) >0: + print ("Warning: {} transcripts were in the fasta file, but not the annotation file, these will be discarded".format(len(notinannotation)))
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trips_create_new_organism/create_annotation_sqlite.xml Tue Mar 01 12:42:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,85 @@ +<tool id="create_annotation_sqlite" name="create annotation in sqlite for trips-viz" version="0.1.4"> + <requirements> + <container type="docker">triasteran/trips_create_annotation:latest</container> + </requirements> + <command detect_errors="exit_code"><![CDATA[ + create_annotation_sqlite $annotation $fasta $pseudo_utr_len $transcript $gene $output + ]]></command> + <inputs> + <param format="gtf,gff" name="annotation" type="data" label="GTF/GFF3 File"/> + <param format="fasta" name="fasta" type="data" label="Transcriptome FASTA file"/> + <param name="pseudo_utr_len" type="text" label="Pseudo UTR length"/> + <param name="transcript" type="text" label="Example transcript"/> + <param name="gene" type="text" label="Example gene"/> + </inputs> + <outputs> + <data format="sqlite" name="output" /> + </outputs> + <tests> + <test> + <param name="fasta" value="sacCer3_transcripts.fasta"/> + <param name="annotation" value="saccharomyces_cerevisiae.R64-1-1.84.gtf"/> + <param name="pseudo_utr_len" value="300"/> + <param name="transcript" value="YDL248W"/> + <param name="gene" value="COS7"/> + <output name="output" file="output"/> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ + **GTF/GFF3 File** + +GFF lines have nine required fields that must be tab-separated. +The GFF3 format addresses the most common extensions to GFF, while preserving backward compatibility with previous formats. + +Both transcript ids and gene names should be listed in the file. + +----- + +**Transcriptome FASTA file** + +A FASTA file with an entry for every transcript. The headers should be the transcript id's as they appear in the GTF/GFF3 file. + +----- + +**Psuedo UTR length** +An integer representing the length (in nucleotides) to be added to the 5' end and 3' end of every transcript with an annotated +CDS. Useful for when an organism does not have any annotated UTR's, if it does use 0. If not 0, the extra nucleotides should +already be present in the FASTA file. + +----- + +**Example transcript** + +An example of a transcript id that appears in the FASTA/GTF/GFF3 file, e.g ENST00000123456 + +----- + +**Example Gene** + +An example of a gene name as it appears in the GTF/GFF3 file, e.g BRCA1 + +----- + +**Output** + +The output of the script can be downloaded and uploaded to Trips-viz_. by signing in and going to the uploads page, then selecting +"Upload new transcriptome". When uploaded the new organism will appear on the home page of Trips-viz, or under the transcriptomes +page if the organism name used is already present on Trips-viz. + + + +.. _Trips-viz: http://trips.ucc.ie + + ]]></help> + <citations> + <citation type="bibtex"> +@misc{githubTrips-Viz, + author = {LastTODO, FirstTODO}, + year = {TODO}, + title = {Trips-Viz}, + publisher = {GitHub}, + journal = {GitHub repository}, + url = {https://github.com/skiniry/Trips-Viz}, +}</citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/trips_create_new_organism/test-data/sacCer3_transcripts.fasta Tue Mar 01 12:42:24 2022 +0000 @@ -0,0 +1,271320 @@ +>YAL012W +GACCCCATACCACTTCTTTTTGTTATTCTTAAATATGTTGTAACGCTATG +TAATTCCACCCTTCATTACTAATAATTAGCCATTCACGTGATCTCAGCCA +GTTGTGGCGCCACACTTTTTTTTCCATAAAAATCCTCGAGGAAAAGAAAA +GAAAAAAATATTTCAGTTATTTAAAGCATAAGATGCCAGGTAGATGGAAC +TTGTGCCGTGCCAGATTGAATTTTGAAAGTACAATTGAGGCCTATACACA +TAGACATTTGCACCTTATACATATACACACAAGACAAAACCAAAAAAAAT +ATGACTCTACAAGAATCTGATAAATTTGCTACCAAGGCCATTCATGCCGG +TGAACATGTGGACGTTCACGGTTCCGTGATCGAACCCATTTCTTTGTCCA +CCACTTTCAAACAATCTTCTCCAGCTAACCCTATCGGTACTTACGAATAC +TCCAGATCTCAAAATCCTAACAGAGAGAACTTGGAAAGAGCAGTTGCCGC +TTTAGAGAACGCTCAATACGGGTTGGCTTTCTCCTCTGGTTCTGCCACCA +CCGCCACAATCTTGCAATCGCTTCCTCAGGGCTCCCATGCGGTCTCTATC +GGTGATGTGTACGGTGGTACCCACAGATACTTCACCAAAGTCGCCAACGC +TCACGGTGTGGAAACCTCCTTCACTAACGATTTGTTGAACGATCTACCTC +AATTGATAAAGGAAAACACCAAATTGGTCTGGATCGAAACCCCAACCAAC +CCAACTTTGAAGGTCACCGACATCCAAAAGGTGGCAGACCTTATCAAGAA +GCACGCTGCCGGCCAAGACGTGATCTTGGTTGTCGACAACACCTTCTTGT +CCCCATATATCTCCAATCCATTGAACTTCGGTGCAGACATCGTTGTCCAC +TCCGCTACAAAGTACATCAACGGTCACTCAGACGTTGTGCTCGGTGTCCT +GGCCACTAATAACAAGCCATTGTACGAGCGTCTGCAGTTCTTACAAAACG +CCATTGGTGCTATCCCATCTCCTTTCGATGCTTGGTTGACCCACAGAGGT +TTGAAGACTTTGCATCTACGTGTCAGACAAGCTGCCCTCAGCGCCAACAA +AATCGCTGAATTCTTGGCAGCAGACAAGGAAAACGTTGTCGCAGTCAACT +ACCCAGGTTTGAAGACACACCCTAACTACGACGTAGTGTTAAAGCAACAC +CGTGATGCCCTTGGTGGTGGTATGATCTCCTTCAGAATCAAGGGTGGTGC +TGAAGCTGCTTCCAAGTTCGCCTCCTCCACAAGACTGTTCACATTGGCCG +AATCCCTTGGTGGTATCGAATCTCTATTGGAAGTGCCCGCTGTGATGACC +CACGGTGGTATCCCAAAGGAGGCCAGAGAGGCCTCTGGTGTTTTTGACGA +CTTGGTTAGAATCTCTGTCGGTATTGAAGACACTGACGATCTTTTGGAAG +ACATCAAGCAAGCCTTGAAACAAGCCACCAACTAATCGCCAGTGCCACGT +CTCTGCCTTCGACCGGACCTTTTTAAGTACGATAAATATCCTTTTATAAA +TATATAGTCTAAAATATCCATTAATACTGTGCTCAATCAATCGTGTTAGA +TGATTTAGTTTTTTCCAAATCGTTATTATAGTGCAGAAGTAGTATACATA +AAGGCATATGCATGCGATTTGGAAGTAACGCTCGCCGTAGACAAGTAAGA +ATGCCTGCTGTCTTGAGAACCAGGTCCAAAGAATCCTCTATAGAGCAGAA +GCCTGCTTCCAGAACTAGAACGAGATCAAGAAGGG +>YAL069W +CACACCACACCACACCCACACACACACATCCTAACACTACCCTAACACAG +CCCTAATCTAACCCTGGCCAACCTGTCTCTCAACTTACCCTCCATTACCC +TGCCTCCACTCGTTACCCTGTCCCATTCAACCATACCACTCCGAACCACC +ATCCATCCCTCTACTTACTACCACTCACCCACCGTTACCCTCCAATTACC +CATATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCAT +GACCTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAA +ATGATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCAC +CACATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACG +GATGCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACT +TCACTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATC +ATTATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCA +TAACGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTC +CCAAATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCAC +CATATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAA +ATCCCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATA +ATACATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAA +CGTAAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGA +ATATTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACT +GTCGTAACACTCTTT +>YAL068W_A +ATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCATGAC +CTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAAATG +ATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCACCAC +ATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACGGAT +GCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACTTCA +CTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATCATT +ATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCATAA +CGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTCCCA +AATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCACCAT +ATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAAATC +CCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATAATA +CATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAACGT +AAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGAATA +TTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACTGTC +GTAACACTCTTTATTCACCGAGCAATAATACGGTAGTGGCTCAAACTCAT +GCGGGTGCTATGATACAATTATATCTTATTTCCATTCCCATATGCTAACC +GCAATATCCTAAAAGCATAACTGATGCATCTTTAATCTTGTATGTGACAC +TACTC +>YAL068C +TGCGCATACGAATACACATAAGCGCCATAAAACAGTACTCCACATACGAA +ACCTATGAAAGATTTATGATTCGTTCAGAAACAAGAGCATCTCCATAGAG +ATAATGAGATTGTGTGAAAGATGAGATATAGAGAATATTTGATGAGGAAC +TGGTGCCAGTCAGCGATCGTTTAAATAGCAACAACCCATGAGGGAATGGG +TATAAATAGAGCTGCTTCAACTATATGCCTTTGAGAATATGTCTTTATTC +TTTCCTTTCCTGTTAAGCTTATATCAGCACTAACAAACAAAACAAATACA +ATGGTCAAATTAACTTCAATCGCCGCTGGTGTCGCTGCCATCGCTGCTAC +TGCTTCTGCAACCACCACTCTAGCTCAATCTGACGAAAGAGTCAACTTGG +TGGAATTGGGTGTCTACGTCTCTGATATCAGAGCTCACTTAGCCCAATAC +TACATGTTCCAAGCCGCCCACCCAACTGAAACCTACCCAGTCGAAGTTGC +TGAAGCCGTTTTCAACTACGGTGACTTCACCACCATGTTGACCGGTATTG +CTCCAGACCAAGTGACCAGAATGATCACCGGTGTTCCATGGTACTCCAGC +AGATTAAAGCCAGCCATCTCCAGTGCTCTATCCAAGGACGGTATCTACAC +TATCGCAAACTAGAGACAAACGCCAATTTTACGAACGGGTTTCCATAGAA +ATTGAAAATTAACGAACAAAATAAAATAAAAAAACTACTTTTTTTTGATG +ATATAAATACCGTAGATTATATAAATGTATATTAATATTATAGACCTATT +TGATCAATGACGGTGTTCGTGAAGCATTTTATGAATACGATGAACATAAG +AAAGAAACTTCTACACTATTGTAGAAAAAACGTGGACGGTAATAAAGCTA +ACAGTGTATGTCCAATAAACAACAATGAAATTGGAAATGTGCGGCTTCGC +AACCTTTGTCCTT +>YAL067W_A +TTGTTTGTTAGTGCTGATATAAGCTTAACAGGAAAGGAAAGAATAAAGAC +ATATTCTCAAAGGCATATAGTTGAAGCAGCTCTATTTATACCCATTCCCT +CATGGGTTGTTGCTATTTAAACGATCGCTGACTGGCACCAGTTCCTCATC +AAATATTCTCTATATCTCATCTTTCACACAATCTCATTATCTCTATGGAG +ATGCTCTTGTTTCTGAACGAATCATAAATCTTTCATAGGTTTCGTATGTG +GAGTACTGTTTTATGGCGCTTATGTGTATTCGTATGCGCAGAATGTGGGA +ATGCCAATTATAGGGGTGCCGAGGTGCCTTATAAAACCCTTTTCTGTGCC +TGTGACATTTCCTTTTTCGGTCAAAAAGAATATCCGAATTTTAGATTTGG +ACCCTCGTACAGAAGCTTATTGTCTAAGCCTGAATTCAGTCTGCTTTAAA +CGGCTTCCGCGGAGGAAATATTTCCATCTCTTGAATTCGTACAACATTAA +ACGTGTGTTGGGAGTCGTATACTGTTAGGGTCTGTAAACTTGTGAACTCT +CGGCAAATGCCTTGGTGCAATTACGTAATTTTAGCCGCTGAGAAGCGGAT +GGTAATGAGACAAGTTGATATCAAACAGATACATATTTAAAAGAGGGTAC +CGCTAATTTAGCAGGGCAGTATTATTGTAGTTTGATATGTACGGCTAACT +GAACCTAAGTAGGGATATGAGAGTAAGAACGTTCGGCTACTCTTCTTTCT +AAGTGGGATTTTTCTTAATCCTTGGATTCTTAAAAGGTTATTAAAGTTCC +GCACAAAGAACGCTTGGAAATCGCATTC +>YAL067C +AATCATTAGAAATAGTAAAAACTGTGTAATGGTAAAGATTGTGTCACTGG +AAAAAAACTGCTACAAATAATAAATAAATAAAAAAATACGAAAGCACAGT +ACTACGGGTGCCTCCACAAATAGATAAGAAACCAAGCGGAGACATGCGTT +TAGATGAGGATATAAATTATTTATACAACCAGACTATATAAAAGAGCATC +TAGTTTACCTGTTATGATGAATGGACATTCGCTACATATCTTACTCTCTA +TTTGTTAAAAAAAATTACAAAGAGAACTACTGCATATATAAATAACATAC +ATGTATTCAATTGTTAAAGAGATTATTGTAGATCCTTACAAAAGACTAAA +ATGGGGTTTTATTCCAGTAAAGCGGCAGGTGGAAGACCTGCCAGATGACT +TAAATTCAACAGAAATTGTCACTATCTCCAACAGTATCCAGAGTCATGAA +ACAGCTGAAAATTTCATCACGACTACAAGTGAAAAAGATCAACTACATTT +TGAGACTAGTAGCTATAGTGAACATAAAGACAATGTGAACGTTACTAGAA +GTTATGAATATAGAGATGAAGCCGATAGGCCATGGTGGAGATTTTTCGAT +GAACAAGAGTATCGGATCAATGAAAAGGAAAGATCTCACAATAAATGGTA +TAGTTGGTTCAAACAGGGTACCTCTTTCAAAGAAAAAAAATTATTAATTA +AATTGGATGTCCTTTTAGCCTTTTATTCTTGTATTGCTTATTGGGTGAAA +TATCTGGATACGGTTAATATAAACAACGCTTACGTTTCGGGAATGAAGGA +AGATTTAGGCTTTCAAGGTAATGATTTGGTGCATACTCAAGTAATGTACA +CAGTTGGTAATATTATATTTCAATTGCCATTTTTGATTTACCTGAACAAG +CTCCCATTAAACTATGTTTTACCAAGCCTCGACTTATGTTGGTCGCTTTT +AACCGTTGGTGCTGCATATGTCAATTCTGTACCACACTTGAAAGCAATTA 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