Mercurial > repos > ucsb-phylogenetics > osiris_phylogenetics
view orthologs/ucsb_hamster/lib/wisecfg/cb.tmf @ 0:5b9a38ec4a39 draft default tip
First commit of old repositories
| author | osiris_phylogenetics <ucsb_phylogenetics@lifesci.ucsb.edu> |
|---|---|
| date | Tue, 11 Mar 2014 12:19:13 -0700 |
| parents | |
| children |
line wrap: on
line source
tmfreq paired internal -:- 5836 -:A 906 -:B 0.00 -:C 0.00 -:D 107 -:E 84 -:F 1 -:G 330 -:H 4 -:I 6 -:J 0.00 -:K 879 -:L 178 -:M 234 -:N 288 -:O 0.00 -:P 629 -:Q 67 -:R 423 -:S 692 -:T 377 -:U 0.00 -:V 475 -:W 50 -:X 0.00 -:Y 148 -:Z 0.00 A:A 8356 A:B 0.00 A:C 0.00 A:D 11 A:E 237 A:F 0.00 A:G 872 A:H 5 A:I 19 A:J 0.00 A:K 412 A:L 16 A:M 12 A:N 112 A:O 0.00 A:P 698 A:Q 71 A:R 61 A:S 1072 A:T 875 A:U 0.00 A:V 902 A:W 7 A:X 0.00 A:Y 0.00 A:Z 0.00 B:B 0.00 B:C 0.00 B:D 0.00 B:E 0.00 B:F 0.00 B:G 0.00 B:H 0.00 B:I 0.00 B:J 0.00 B:K 0.00 B:L 0.00 B:M 0.00 B:N 0.00 B:O 0.00 B:P 0.00 B:Q 0.00 B:R 0.00 B:S 0.00 B:T 0.00 B:U 0.00 B:V 0.00 B:W 0.00 B:X 0.00 B:Y 0.00 B:Z 0.00 C:C 1 C:D 0.00 C:E 0.00 C:F 96 C:G 50 C:H 0.00 C:I 0.00 C:J 0.00 C:K 0.00 C:L 2 C:M 0.00 C:N 0.00 C:O 0.00 C:P 0.00 C:Q 0.00 C:R 0.00 C:S 0.00 C:T 0.00 C:U 0.00 C:V 0.00 C:W 0.00 C:X 0.00 C:Y 0.00 C:Z 0.00 D:D 9289 D:E 957 D:F 0.00 D:G 180 D:H 0.00 D:I 3 D:J 0.00 D:K 0.00 D:L 0.00 D:M 0.00 D:N 55 D:O 0.00 D:P 37 D:Q 36 D:R 99 D:S 117 D:T 125 D:U 0.00 D:V 45 D:W 0.00 D:X 0.00 D:Y 50 D:Z 0.00 E:E 9911 E:F 0.00 E:G 667 E:H 49 E:I 34 E:J 0.00 E:K 147 E:L 50 E:M 0.00 E:N 14 E:O 0.00 E:P 218 E:Q 461 E:R 1 E:S 157 E:T 129 E:U 0.00 E:V 173 E:W 0.00 E:X 0.00 E:Y 0.00 E:Z 0.00 F:F 5946 F:G 0.00 F:H 0.00 F:I 0.00 F:J 0.00 F:K 0.00 F:L 365 F:M 0.00 F:N 0.00 F:O 0.00 F:P 0.00 F:Q 0.00 F:R 0.00 F:S 1 F:T 0.00 F:U 0.00 F:V 2 F:W 52 F:X 0.00 F:Y 141 F:Z 0.00 G:G 15636 G:H 0.00 G:I 14 G:J 0.00 G:K 35 G:L 52 G:M 4 G:N 82 G:O 0.00 G:P 243 G:Q 179 G:R 9 G:S 355 G:T 150 G:U 0.00 G:V 456 G:W 0.00 G:X 0.00 G:Y 0.00 G:Z 0.00 H:H 0.00 H:I 0.00 H:J 0.00 H:K 2 H:L 0.00 H:M 0.00 H:N 0.00 H:O 0.00 H:P 49 H:Q 0.00 H:R 0.00 H:S 3 H:T 38 H:U 0.00 H:V 0.00 H:W 0.00 H:X 0.00 H:Y 0.00 H:Z 0.00 I:I 781 I:J 0.00 I:K 0.00 I:L 1113 I:M 0.00 I:N 6 I:O 0.00 I:P 433 I:Q 0.00 I:R 0.00 I:S 155 I:T 91 I:U 0.00 I:V 112 I:W 2 I:X 0.00 I:Y 0.00 I:Z 0.00 J:J 0.00 J:K 0.00 J:L 0.00 J:M 0.00 J:N 0.00 J:O 0.00 J:P 0.00 J:Q 0.00 J:R 0.00 J:S 0.00 J:T 0.00 J:U 0.00 J:V 0.00 J:W 0.00 J:X 0.00 J:Y 0.00 J:Z 0.00 K:K 6931 K:L 412 K:M 49 K:N 8 K:O 0.00 K:P 268 K:Q 6 K:R 870 K:S 404 K:T 324 K:U 0.00 K:V 22 K:W 0.00 K:X 0.00 K:Y 0.00 K:Z 0.00 L:L 10639 L:M 9 L:N 26 L:O 0.00 L:P 242 L:Q 0.00 L:R 47 L:S 7 L:T 128 L:U 0.00 L:V 525 L:W 0.00 L:X 0.00 L:Y 50 L:Z 0.00 M:M 1035 M:N 1 M:O 0.00 M:P 1 M:Q 0.00 M:R 1 M:S 6 M:T 13 M:U 0.00 M:V 0.00 M:W 0.00 M:X 0.00 M:Y 0.00 M:Z 0.00 N:N 1186 N:O 0.00 N:P 5 N:Q 16 N:R 8 N:S 89 N:T 228 N:U 0.00 N:V 42 N:W 0.00 N:X 0.00 N:Y 98 N:Z 0.00 O:O 0.00 O:P 0.00 O:Q 0.00 O:R 0.00 O:S 0.00 O:T 0.00 O:U 0.00 O:V 0.00 O:W 0.00 O:X 0.00 O:Y 0.00 O:Z 0.00 P:P 12009 P:Q 34 P:R 52 P:S 1012 P:T 399 P:U 0.00 P:V 547 P:W 15 P:X 0.00 P:Y 0.00 P:Z 0.00 Q:Q 61 Q:R 1 Q:S 152 Q:T 23 Q:U 0.00 Q:V 32 Q:W 0.00 Q:X 0.00 Q:Y 0.00 Q:Z 0.00 R:R 3652 R:S 41 R:T 33 R:U 0.00 R:V 0.00 R:W 0.00 R:X 0.00 R:Y 0.00 R:Z 0.00 S:S 6355 S:T 541 S:U 0.00 S:V 73 S:W 63 S:X 0.00 S:Y 0.00 S:Z 0.00 T:T 4355 T:U 0.00 T:V 304 T:W 12 T:X 0.00 T:Y 50 T:Z 0.00 U:U 0.00 U:V 0.00 U:W 0.00 U:X 0.00 U:Y 0.00 U:Z 0.00 V:V 3145 V:W 0.00 V:X 0.00 V:Y 0.00 V:Z 0.00 W:W 2401 W:X 0.00 W:Y 47 W:Z 0.00 X:X 0.00 X:Y 0.00 X:Z 0.00 Y:Y 6033 Y:Z 0.00 Z:Z 0.00 endpaired unpaired internal - 351 A 460 B 0.00 C 3 D 408 E 464 F 251 G 699 H 3 I 71 J 0.00 K 354 L 490 M 48 N 69 O 0.00 P 578 Q 24 R 179 S 353 T 251 U 0.00 V 200 W 101 X 0.00 Y 253 Z 0.00 endunpaired paired external -:- 2260 -:A 2 -:B 0.00 -:C 0.00 -:D 0.00 -:E 0.00 -:F 0.00 -:G 0.00 -:H 0.00 -:I 0.00 -:J 0.00 -:K 92 -:L 0.00 -:M 0.00 -:N 45 -:O 0.00 -:P 0.00 -:Q 46 -:R 50 -:S 1 -:T 46 -:U 0.00 -:V 48 -:W 0.00 -:X 0.00 -:Y 0.00 -:Z 0.00 A:A 7600 A:B 0.00 A:C 1 A:D 86 A:E 66 A:F 161 A:G 139 A:H 0.00 A:I 1 A:J 0.00 A:K 138 A:L 123 A:M 0.00 A:N 644 A:O 0.00 A:P 186 A:Q 35 A:R 0.00 A:S 1605 A:T 141 A:U 0.00 A:V 327 A:W 0.00 A:X 0.00 A:Y 145 A:Z 0.00 B:B 0.00 B:C 0.00 B:D 0.00 B:E 0.00 B:F 0.00 B:G 0.00 B:H 0.00 B:I 0.00 B:J 0.00 B:K 0.00 B:L 0.00 B:M 0.00 B:N 0.00 B:O 0.00 B:P 0.00 B:Q 0.00 B:R 0.00 B:S 0.00 B:T 0.00 B:U 0.00 B:V 0.00 B:W 0.00 B:X 0.00 B:Y 0.00 B:Z 0.00 C:C 0.00 C:D 0.00 C:E 0.00 C:F 0.00 C:G 0.00 C:H 0.00 C:I 0.00 C:J 0.00 C:K 0.00 C:L 0.00 C:M 0.00 C:N 0.00 C:O 0.00 C:P 1 C:Q 0.00 C:R 0.00 C:S 0.00 C:T 3 C:U 0.00 C:V 45 C:W 0.00 C:X 0.00 C:Y 0.00 C:Z 0.00 D:D 3495 D:E 320 D:F 0.00 D:G 100 D:H 0.00 D:I 0.00 D:J 0.00 D:K 44 D:L 0.00 D:M 0.00 D:N 147 D:O 0.00 D:P 0.00 D:Q 58 D:R 0.00 D:S 50 D:T 6 D:U 0.00 D:V 2 D:W 47 D:X 0.00 D:Y 0.00 D:Z 0.00 E:E 3347 E:F 0.00 E:G 2 E:H 0.00 E:I 0.00 E:J 0.00 E:K 44 E:L 0.00 E:M 0.00 E:N 1 E:O 0.00 E:P 0.00 E:Q 190 E:R 0.00 E:S 30 E:T 2 E:U 0.00 E:V 0.00 E:W 1 E:X 0.00 E:Y 0.00 E:Z 0.00 F:F 5036 F:G 0.00 F:H 0.00 F:I 13 F:J 0.00 F:K 0.00 F:L 105 F:M 0.00 F:N 17 F:O 0.00 F:P 0.00 F:Q 0.00 F:R 0.00 F:S 74 F:T 4 F:U 0.00 F:V 4 F:W 96 F:X 0.00 F:Y 454 F:Z 0.00 G:G 9902 G:H 0.00 G:I 0.00 G:J 0.00 G:K 193 G:L 0.00 G:M 0.00 G:N 2 G:O 0.00 G:P 4 G:Q 2 G:R 49 G:S 51 G:T 5 G:U 0.00 G:V 98 G:W 1 G:X 0.00 G:Y 0.00 G:Z 0.00 H:H 1275 H:I 0.00 H:J 0.00 H:K 0.00 H:L 0.00 H:M 0.00 H:N 0.00 H:O 0.00 H:P 0.00 H:Q 0.00 H:R 0.00 H:S 0.00 H:T 0.00 H:U 0.00 H:V 0.00 H:W 0.00 H:X 0.00 H:Y 50 H:Z 0.00 I:I 1426 I:J 0.00 I:K 0.00 I:L 808 I:M 0.00 I:N 1 I:O 0.00 I:P 0.00 I:Q 1 I:R 0.00 I:S 1 I:T 0.00 I:U 0.00 I:V 89 I:W 0.00 I:X 0.00 I:Y 34 I:Z 0.00 J:J 0.00 J:K 0.00 J:L 0.00 J:M 0.00 J:N 0.00 J:O 0.00 J:P 0.00 J:Q 0.00 J:R 0.00 J:S 0.00 J:T 0.00 J:U 0.00 J:V 0.00 J:W 0.00 J:X 0.00 J:Y 0.00 J:Z 0.00 K:K 3191 K:L 0.00 K:M 11 K:N 361 K:O 0.00 K:P 0.00 K:Q 133 K:R 385 K:S 90 K:T 138 K:U 0.00 K:V 45 K:W 22 K:X 0.00 K:Y 22 K:Z 0.00 L:L 5074 L:M 0.00 L:N 2 L:O 0.00 L:P 49 L:Q 1 L:R 0.00 L:S 14 L:T 1 L:U 0.00 L:V 248 L:W 48 L:X 0.00 L:Y 3 L:Z 0.00 M:M 0.00 M:N 0.00 M:O 0.00 M:P 0.00 M:Q 0.00 M:R 35 M:S 0.00 M:T 0.00 M:U 0.00 M:V 0.00 M:W 2 M:X 0.00 M:Y 2 M:Z 0.00 N:N 7464 N:O 0.00 N:P 0.00 N:Q 3 N:R 0.00 N:S 207 N:T 86 N:U 0.00 N:V 168 N:W 1 N:X 0.00 N:Y 37 N:Z 0.00 O:O 0.00 O:P 0.00 O:Q 0.00 O:R 0.00 O:S 0.00 O:T 0.00 O:U 0.00 O:V 0.00 O:W 0.00 O:X 0.00 O:Y 0.00 O:Z 0.00 P:P 3731 P:Q 0.00 P:R 50 P:S 0.00 P:T 103 P:U 0.00 P:V 45 P:W 0.00 P:X 0.00 P:Y 0.00 P:Z 0.00 Q:Q 1279 Q:R 0.00 Q:S 17 Q:T 6 Q:U 0.00 Q:V 50 Q:W 0.00 Q:X 0.00 Q:Y 0.00 Q:Z 0.00 R:R 595 R:S 1 R:T 0.00 R:U 0.00 R:V 0.00 R:W 70 R:X 0.00 R:Y 70 R:Z 0.00 S:S 2017 S:T 6 S:U 0.00 S:V 76 S:W 0.00 S:X 0.00 S:Y 43 S:Z 0.00 T:T 1230 T:U 0.00 T:V 190 T:W 0.00 T:X 0.00 T:Y 3 T:Z 0.00 U:U 0.00 U:V 0.00 U:W 0.00 U:X 0.00 U:Y 0.00 U:Z 0.00 V:V 4431 V:W 0.00 V:X 0.00 V:Y 3 V:Z 0.00 W:W 2404 W:X 0.00 W:Y 4 W:Z 0.00 X:X 0.00 X:Y 0.00 X:Z 0.00 Y:Y 1790 Y:Z 0.00 Z:Z 0.00 endpaired unpaired external - 97 A 380 B 0.00 C 1 D 157 E 147 F 220 G 409 H 52 I 76 J 0.00 K 162 L 231 M 1 N 333 O 0.00 P 158 Q 62 R 38 S 126 T 64 U 0.00 V 206 W 102 X 0.00 Y 89 Z 0.00 endunpaired paired hydrophobic -:- 0.00 -:A 0.00 -:B 0.00 -:C 0.00 -:D 0.00 -:E 0.00 -:F 0.00 -:G 0.00 -:H 0.00 -:I 0.00 -:J 0.00 -:K 0.00 -:L 0.00 -:M 0.00 -:N 0.00 -:O 0.00 -:P 0.00 -:Q 0.00 -:R 0.00 -:S 0.00 -:T 0.00 -:U 0.00 -:V 0.00 -:W 0.00 -:X 0.00 -:Y 0.00 -:Z 0.00 A:A 9335 A:B 0.00 A:C 108 A:D 0.00 A:E 0.00 A:F 230 A:G 302 A:H 0.00 A:I 26 A:J 0.00 A:K 0.00 A:L 315 A:M 0.00 A:N 11 A:O 0.00 A:P 0.00 A:Q 2 A:R 0.00 A:S 97 A:T 109 A:U 0.00 A:V 80 A:W 0.00 A:X 0.00 A:Y 0.00 A:Z 0.00 B:B 0.00 B:C 0.00 B:D 0.00 B:E 0.00 B:F 0.00 B:G 0.00 B:H 0.00 B:I 0.00 B:J 0.00 B:K 0.00 B:L 0.00 B:M 0.00 B:N 0.00 B:O 0.00 B:P 0.00 B:Q 0.00 B:R 0.00 B:S 0.00 B:T 0.00 B:U 0.00 B:V 0.00 B:W 0.00 B:X 0.00 B:Y 0.00 B:Z 0.00 C:C 1937 C:D 0.00 C:E 0.00 C:F 60 C:G 78 C:H 0.00 C:I 98 C:J 0.00 C:K 0.00 C:L 0.00 C:M 98 C:N 0.00 C:O 0.00 C:P 0.00 C:Q 0.00 C:R 0.00 C:S 554 C:T 330 C:U 0.00 C:V 150 C:W 50 C:X 0.00 C:Y 0.00 C:Z 0.00 D:D 0.00 D:E 0.00 D:F 0.00 D:G 0.00 D:H 0.00 D:I 0.00 D:J 0.00 D:K 0.00 D:L 0.00 D:M 0.00 D:N 0.00 D:O 0.00 D:P 0.00 D:Q 0.00 D:R 0.00 D:S 0.00 D:T 0.00 D:U 0.00 D:V 0.00 D:W 0.00 D:X 0.00 D:Y 0.00 D:Z 0.00 E:E 2550 E:F 0.00 E:G 0.00 E:H 0.00 E:I 0.00 E:J 0.00 E:K 0.00 E:L 0.00 E:M 0.00 E:N 0.00 E:O 0.00 E:P 49 E:Q 1 E:R 0.00 E:S 0.00 E:T 0.00 E:U 0.00 E:V 0.00 E:W 0.00 E:X 0.00 E:Y 0.00 E:Z 0.00 F:F 6104 F:G 0.00 F:H 0.00 F:I 0.00 F:J 0.00 F:K 0.00 F:L 330 F:M 0.00 F:N 0.00 F:O 0.00 F:P 0.00 F:Q 0.00 F:R 0.00 F:S 4 F:T 210 F:U 0.00 F:V 10 F:W 0.00 F:X 0.00 F:Y 98 F:Z 0.00 G:G 8731 G:H 0.00 G:I 0.00 G:J 0.00 G:K 0.00 G:L 0.00 G:M 0.00 G:N 0.00 G:O 0.00 G:P 0.00 G:Q 0.00 G:R 50 G:S 57 G:T 2 G:U 0.00 G:V 49 G:W 0.00 G:X 0.00 G:Y 0.00 G:Z 0.00 H:H 2550 H:I 0.00 H:J 0.00 H:K 0.00 H:L 0.00 H:M 0.00 H:N 0.00 H:O 0.00 H:P 0.00 H:Q 0.00 H:R 50 H:S 0.00 H:T 0.00 H:U 0.00 H:V 0.00 H:W 0.00 H:X 0.00 H:Y 0.00 H:Z 0.00 I:I 5218 I:J 0.00 I:K 0.00 I:L 448 I:M 48 I:N 0.00 I:O 0.00 I:P 0.00 I:Q 0.00 I:R 0.00 I:S 0.00 I:T 95 I:U 0.00 I:V 2349 I:W 0.00 I:X 0.00 I:Y 0.00 I:Z 0.00 J:J 0.00 J:K 0.00 J:L 0.00 J:M 0.00 J:N 0.00 J:O 0.00 J:P 0.00 J:Q 0.00 J:R 0.00 J:S 0.00 J:T 0.00 J:U 0.00 J:V 0.00 J:W 0.00 J:X 0.00 J:Y 0.00 J:Z 0.00 K:K 1275 K:L 0.00 K:M 0.00 K:N 50 K:O 0.00 K:P 0.00 K:Q 50 K:R 0.00 K:S 0.00 K:T 0.00 K:U 0.00 K:V 0.00 K:W 0.00 K:X 0.00 K:Y 0.00 K:Z 0.00 L:L 9469 L:M 96 L:N 0.00 L:O 0.00 L:P 0.00 L:Q 0.00 L:R 0.00 L:S 49 L:T 3 L:U 0.00 L:V 433 L:W 188 L:X 0.00 L:Y 0.00 L:Z 0.00 M:M 4854 M:N 0.00 M:O 0.00 M:P 0.00 M:Q 0.00 M:R 0.00 M:S 0.00 M:T 0.00 M:U 0.00 M:V 0.00 M:W 0.00 M:X 0.00 M:Y 0.00 M:Z 0.00 N:N 1280 N:O 0.00 N:P 0.00 N:Q 22 N:R 0.00 N:S 457 N:T 0.00 N:U 0.00 N:V 0.00 N:W 0.00 N:X 0.00 N:Y 0.00 N:Z 0.00 O:O 0.00 O:P 0.00 O:Q 0.00 O:R 0.00 O:S 0.00 O:T 0.00 O:U 0.00 O:V 0.00 O:W 0.00 O:X 0.00 O:Y 0.00 O:Z 0.00 P:P 2451 P:Q 49 P:R 0.00 P:S 0.00 P:T 0.00 P:U 0.00 P:V 0.00 P:W 0.00 P:X 0.00 P:Y 0.00 P:Z 0.00 Q:Q 3776 Q:R 0.00 Q:S 74 Q:T 0.00 Q:U 0.00 Q:V 0.00 Q:W 0.00 Q:X 0.00 Q:Y 0.00 Q:Z 0.00 R:R 3775 R:S 0.00 R:T 0.00 R:U 0.00 R:V 0.00 R:W 0.00 R:X 0.00 R:Y 0.00 R:Z 0.00 S:S 3338 S:T 72 S:U 0.00 S:V 10 S:W 0.00 S:X 0.00 S:Y 0.00 S:Z 0.00 T:T 1287 T:U 0.00 T:V 105 T:W 0.00 T:X 0.00 T:Y 0.00 T:Z 0.00 U:U 0.00 U:V 0.00 U:W 0.00 U:X 0.00 U:Y 0.00 U:Z 0.00 V:V 8357 V:W 0.00 V:X 0.00 V:Y 0.00 V:Z 0.00 W:W 2306 W:X 0.00 W:Y 0.00 W:Z 0.00 X:X 0.00 X:Y 0.00 X:Z 0.00 Y:Y 1176 Y:Z 0.00 Z:Z 0.00 endpaired unpaired hydrophobic - 0.00 A 399 B 0.00 C 108 D 0.00 E 103 F 263 G 360 H 103 I 270 J 0.00 K 53 L 416 M 199 N 62 O 0.00 P 100 Q 155 R 153 S 161 T 70 U 0.00 V 398 W 97 X 0.00 Y 49 Z 0.00 endunpaired endtmfreq