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comparison test-data/e_coli.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft

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author workflow4metabolomics
date Mon, 04 May 2020 03:24:12 -0400
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children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:9b03a930b08b
1 PROJECT
2 NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT
3 K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees
4
5 NETWORK
6 FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2
7
8 // Glycolyse.
9 // PPP
10 // TCA
11 // voies anaplerotiques: pepc. enz malique
12 // voie glyoxylate
13 // avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre)
14 // saisie differentielle des substrats marques
15
16
17 //## Uptake substrats
18
19 Glucupt_1 Gluc_1 Glc6P // fehlt bei wolfgang
20 #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang
21
22 Glucupt_U Gluc_U Glc6P // fehlt bei wolfgang
23 #ABCDEF #ABCDEF // fehlt bei wolfgang
24
25 // CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque
26 // #A #A // ce flux est a laisser libre
27
28 // FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque
29 // #A #A
30
31 // FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque
32 // #a #a
33
34
35 //## Embden Meyerhof Parnas Pathway
36
37 pgi Glc6P Fru6P
38 #ABCDEF #ABCDEF
39
40 pfk Fru6P FruBP
41 #ABCDEF #ABCDEF
42
43 ald FruBP GA3P GA3P
44 #ABCDEF #CBA #DEF
45
46 // tpi DHAP GA3P
47 // #ABC #CBA
48
49 pgk GA3P PGA
50 #ABC #ABC
51
52 eno PGA PEP
53 #ABC #ABC
54
55 pyk PEP Pyr
56 #ABC #ABC
57
58
59 //## Methylglyoxal Pathway
60
61 // mgs DHAP Pyr
62 // #ABC #ABC
63
64
65 //## Pentose Phosphate Pathway
66
67 zwf Glc6P Gnt6P
68 #ABCDEF #ABCDEF
69
70 gnd Gnt6P CO2 Rib5P
71 #ABCDEF #A #BCDEF
72
73 edd Gnt6P Pyr GA3P
74 #ABCDEF #ABC #DEF
75
76 // ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P
77 // #ABCD #abcdef #def #abcABCD
78
79 // tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P
80 // #ABC #abcdefg #abABC #cdefg
81
82 // tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P
83 // #ABC #abcdef #abABC #cdef
84
85 ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P
86 #ABC #abcdefg #defg #abcABC
87
88 tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P
89 #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde
90
91 tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P
92 #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd
93
94
95 //## Tricarboxylic Acid Cycle
96
97 pdh Pyr AcCoA CO2
98 #ABC #BC #A
99
100 citsynth AcCoA OAA ICit
101 #AB #abcd #dcbaBA
102
103 idh ICit AKG CO2
104 #ABCDEF #ABCEF #D
105
106 akgdh AKG Suc CO2
107 #ABCDE #BCDE #A
108
109 fum_a Suc Mal
110 #ABCD #ABCD
111
112 fum_b Suc Mal
113 #ABCD #DCBA
114
115 maldh Mal OAA
116 #ABCD #ABCD
117
118
119 //## Glyoxylate Shunt
120
121 // gs1 ICit GlyOx Suc
122 // #ABCDEF #AB #DCEF
123
124 // gs2 GlyOx AcCoA OAA
125 // #AB #ab #ABba
126
127
128 //## Anaplerotic Reactions
129
130 ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase
131 #ABC #a #ABCa
132
133 mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique
134 #ABCD #ABC #D
135
136 // pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase
137 // #ABCD #ABC #D
138
139
140 //## Biosynthetic Pathways
141
142 // Glucose-6-Phosphate Family
143
144 bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P
145 #ABCDEF #ABCDEF
146
147 // Fructose-6-Phosphate Family
148
149 bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse
150 #ABCDEF #ABCDEF
151
152 // Phosphoglycerate Family
153
154 bs_pga PGA BM_PGA
155 #ABC #ABC
156
157 bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux
158 #ABC #ABC
159
160 bs_pga1 BM_PGA Ser
161 #ABC #ABC
162
163 bs_pga1_aux Ser Ser_Aux
164 #ABC #ABC
165
166 bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
167 #ABC #ABC
168
169 bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
170 #ABC #ABC
171
172 bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse
173 #ABC #AB #C // ce flux est reversible
174
175 bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire
176 #AB #AB
177
178 // TrioseP Family
179
180 bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides
181 #ABC #ABC
182
183 // Pyruvate Family
184
185 bs_pyr Pyr BM_Pyr
186 #ABC #ABC
187
188 bs_pyr1 BM_Pyr Ala
189 #ABC #ABC
190
191 bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire
192 #ABC #ABC
193
194 bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C
195 #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val
196
197 bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val
198 #ABCDE #ABCDE
199
200 bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val
201 #ABCDE #ABCDE
202
203 bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2
204 #ABCDE #ab #abBCDE #A
205
206 bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire
207 #ABCDEF #ABCDEF
208
209
210 // Erythrose-4-Phosphate Family
211
212 bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P
213 #ABCD #ABCD
214
215 // bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P
216 // #ABCD #ABCD
217
218
219 // Ribose-5-Phosphate Family
220
221 bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P
222 #ABCDE #ABCDE
223
224 bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P
225 #ABCDE #a #EDCBAa
226
227 bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire
228 #ABCDEF #ABCDEF
229
230 bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His
231 #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie
232
233
234 // Aromatic Amino Acids
235
236 bs_pep PEP BM_PEP
237 #ABC #ABC
238
239 bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP
240 #ABC #abcd #ABCabcd
241
242 bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor
243 #ABC #abcdefg #ABCabcdefg
244
245 bs_pep3a Chor Phe CO2
246 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
247
248 bs_pep3b Chor Phe CO2
249 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
250
251 bs_pep3_aux Phe Phe_Aux
252 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
253
254 bs_pep4a Chor Tyr CO2
255 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
256
257 bs_pep4b Chor Tyr CO2
258 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
259
260 bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux
261 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
262
263 bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux
264 #ABC #ABC
265
266 bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2
267 #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD
268
269 bs_pep6_aux Trp Trp_Aux
270 #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK
271
272 bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2
273 #ABCD #ABC #D
274
275
276 // Acetyl-CoA
277
278 bs_accoa AcCoA BM_AcCoA
279 #AB #AB
280
281 bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux
282 #AB #AB
283
284
285 // Alpha-Ketoglutarate Family
286
287 bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
288 #ABCDE #ABCDE
289
290 bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
291 #ABCDE #ABCDE
292
293 bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
294 #ABCDE #ABCDE
295
296 bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
297 #ABCDE #ABCDE
298
299 bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
300 #ABCDE #a #ABCDEa
301
302 bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
303 #ABCDEF #ABCDEF
304
305
306 // Oxaloacetate Family
307
308 bs_oaa OAA BM_OAA
309 #ABCD #ABCD
310
311 bs_oaa1 BM_OAA Asp
312 #ABCD #ABCD
313
314 bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux
315 #ABCD #ABCD
316
317 bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2
318 #ABCD #abc #ABbCDc #a
319
320 bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux
321 #ABCDEF #ABCDEF
322
323 bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
324 #ABCD #abc #ABCDcb #a
325
326 bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
327 #ABCD #abc #abcDCB #A
328
329 bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux
330 #ABCDEF #ABCDEF
331
332 bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux
333 #ABCD #ABCD
334
335 bs_oaa5 BM_OAA Thr
336 #ABCD #ABCD
337
338 bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux
339 #ABCD #ABCD
340
341 bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met
342 #ABCD #a #ABCDa
343
344 bs_oaa6_aux Met Met_Aux
345 #ABCDE #ABCDE
346
347 bs_oaa7 BM_OAA Asn
348 #ABCD #ABCD
349
350 bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux
351 #ABCD #ABCD
352
353
354 //## Flux de sortie
355
356 out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2
357 #A #A
358
359 out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate
360 #AB #AB
361
362 out_FTHF FTHF FTHF_out
363 #A #A
364
365 FLUXES
366 NET
367 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
368
369 Glucupt_1 F 0.7 //0.807194
370 Glucupt_U D
371 // CO2upt F 0.669589
372 // FTHF0 F 0.00224836
373 // FTHF1 F 0.001
374
375 pgi D
376 pfk D
377 ald D
378 // tpi D
379 pgk D
380 eno D
381 pyk F 1.4
382
383 zwf F 0.2
384 gnd F 0.15062
385 edd D
386 ta D
387 tk1 D
388 tk2 D
389
390 pdh D
391 citsynth D
392 idh D
393 akgdh D
394 fum_a D
395 fum_b D
396 maldh D
397
398 // gs1 C 0
399 // gs2 D
400
401 ppc D
402 mae D
403 // pck D
404
405 // flux de biomasse
406
407 bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P
408 bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P
409 bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse
410 bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse
411 bs_pga1 D // conversion PGA donne ser
412 bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser
413 bs_pga2 D
414 bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys
415 bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly
416 bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly
417 bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides
418 bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse
419 bs_pyr1 D // formation d'Ala
420 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu
421 bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
422 bs_pyr4 D
423 bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
424 bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
425 bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu
426 bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse
427 // bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp
428 bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His
429 bs_rib5p1 D // synthese d'His
430 bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His
431 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
432 bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP
433 bs_pep1 D // sortie de PEP
434 bs_pep2 D
435 bs_pep3a D
436 bs_pep3b D
437 bs_pep3_aux C 0.0093
438 bs_pep4a D
439 bs_pep4b D
440 bs_pep4_aux C 0.0069
441 bs_pep5 C 0.0027
442 bs_pep6 D
443 bs_pep6_aux D
444 bs_pep7 D
445 bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse
446 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
447 bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG
448 bs_akg1 D
449 bs_akg2 C 0.0111
450 bs_akg3 C 0.0132
451 bs_akg4 D
452 bs_akg4_aux D
453 bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse
454 bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp
455 bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp
456 bs_oaa2 D // synthese d'Ile
457 bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile
458 bs_oaa3a D
459 bs_oaa3b D
460 bs_oaa3_aux C 0.0173
461 bs_oaa4 D
462 bs_oaa5 D
463 bs_oaa5_aux C 0.0128
464 bs_oaa6 D
465 bs_oaa6_aux C 0.0077
466 bs_oaa7 D
467 bs_oaa7_aux C 0.0121
468
469 // Flux de sortie
470
471 out_co2 D // sortie de CO2
472 out_Ac F 0.213 // sortie d'acetate
473 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
474
475
476 XCH
477 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
478
479 Glucupt_1 D
480 Glucupt_U D
481 // CO2upt D
482 // FTHF0 D
483 // FTHF1 D
484
485 pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
486 pfk C 0
487 ald F 0.413926
488 // tpi F 0.5
489 pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
490 eno F 0.800962
491 pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited
492
493 zwf C 0
494 gnd C 0
495 edd C 0
496 ta F 0.359468
497 tk1 F 0.166316
498 tk2 F 2.11559e-03
499
500 pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo
501 citsynth C 0
502 idh C 0
503 akgdh C 0
504 fum_a F 0.395958
505 fum_b D
506 maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation
507
508 // gs1 C 0
509 // gs2 C 0
510
511 ppc F 0.256772
512 mae C 0
513 // pck C 0
514
515 bs_glc6P D // sortie de G6P
516 bs_fru6P D // sortie de F6P
517 bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser
518 bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser
519 bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser
520 bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser
521 bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly
522 bs_pga2_aux D
523 bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible
524 bs_pga3_aux D // sortie de Gly
525 bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides
526 bs_pyr C 0 // formation d'Ala
527 bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala
528 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile
529 bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
530 bs_pyr4 C 0
531 bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
532 bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
533 bs_pyr3_aux D // sortie de Leu
534 bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p
535 // bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp
536 bs_rib5p C 0 // synthese d'His
537 bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His
538 bs_rib5p1_aux D // sortie d'His
539 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
540 bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse
541 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
542 bs_pep C 0 // sortie de PEP
543 bs_pep1 C 0 // sortie de PEP
544 bs_pep2 C 0
545 bs_pep3a C 0
546 bs_pep3b C 0
547 bs_pep3_aux D
548 bs_pep4a C 0
549 bs_pep4b C 0
550 bs_pep4_aux D
551 bs_pep5 D
552 bs_pep6 C 0
553 bs_pep6_aux D
554 bs_pep7 C 0
555 bs_akg C 0 // sortie d'AKG
556 bs_akg1 C 0
557 bs_akg2 D
558 bs_akg3 D
559 bs_akg4 C 0
560 bs_akg4_aux D
561 bs_oaa C 0
562 bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met
563 bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met
564 bs_oaa2 C 0 // synthese de Met
565 bs_oaa2_aux D // sortie de Met
566 bs_oaa3a C 0
567 bs_oaa3b C 0
568 bs_oaa3_aux D
569 bs_oaa4 D
570 bs_oaa5 C 0
571 bs_oaa5_aux D
572 bs_oaa6 C 0
573 bs_oaa6_aux D
574 bs_oaa7 C 0
575 bs_oaa7_aux D
576
577 // Flux de sortie
578
579 out_co2 D // sortie de CO2
580 out_Ac D // sortie d'acetate
581 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
582
583
584 EQUALITIES
585 NET
586 VALUE FORMULA
587
588 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction
589 1 Glucupt_1+Glucupt_U
590 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b
591 0 bs_pep3a-bs_pep3b
592 0 bs_pep4a-bs_pep4b
593
594 XCH
595 VALUE FORMULA
596
597 0 fum_a-fum_b
598
599 INEQUALITIES
600 NET
601 VALUE COMP FORMULA
602 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
603 1 <= pyk
604 0.0001 <= edd
605 0.0001 <= gnd
606 0.0001 <= zwf
607 0.0001 <= ppc
608 0.0001 <= mae
609 // 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient
610 XCH
611 VALUE COMP FORMULA
612 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
613
614
615 FLUX_MEASUREMENTS
616 FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev
617 out_Ac 0.213 0.0001
618
619 LABEL_INPUT
620 META_NAME ISOTOPOMER VALUE
621
622 Gluc_U #111111 1
623 #000000 0.
624 Gluc_1 #100000 1.
625 #000000 0.
626 // CO2_ext #0 0.989
627 // #1 0.011
628
629 // FTHF_0 #0 1
630 // FTHF_1 #1 1
631
632
633 LABEL_MEASUREMENTS
634 META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS
635 // Example
636
637 PEAK_MEASUREMENTS
638 META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T
639
640
641 MASS_SPECTROMETRY
642 META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION
643
644 // Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062
645
646
647
648 Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01
649 2 0.360829749 0.01
650 3 0.208425325 0.01
651 4 0.059139607 0.01
652 // Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02
653 // 1 0.110072868518 0.02
654 // 2 0.637801316225333 0.02
655 // 3 0.0863461044204333 0.02
656 // 4 0.00116038135315367 0.02
657 ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02
658 1 0.225857638569 0.02
659 2 0.256421170949333 0.02
660 3 0.209230210478667 0.02
661 4 0.116863585449667 0.02
662 5 0.0457727744643333 0.02
663 6 0.0139900806697867 0.02
664 PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01
665 1 0.358998301162333 0.01
666 2 0.0348521859365667 0.01
667 3 0.184789673534 0.01
668 PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01
669 1 0.352829683224667 0.01
670 2 0.0323479804176 0.01
671 3 0.180486551285333 0.01
672 FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01
673 1 0.454450017158667 0.01
674 2 0.160823529969333 0.01
675 3 0.0944468077710667 0.01
676 4 0.105281338489667 0.01
677 5 0.0155016033633 0.01
678 6 0.0956846003217333 0.01
679 Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01
680 1 0.673510772480667 0.01
681 2 0.0930110047641 0.01
682 3 0.0280359937297 0.01
683 4 0.0397315614067667 0.01
684 5 0.0145524520950667 0.01
685 6 0.135099498189 0.01
686 Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01
687 1 0.624253565357667 0.01
688 2 0.113068441282333 0.01
689 3 0.0456605631765 0.01
690 4 0.0516089447155667 0.01
691 5 0.0185881765378333 0.01
692 6 0.123317313800333 0.01
693 Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01
694 1 0.25454117519 0.01
695 2 0.159027180368333 0.01
696 3 0.113789577528667 0.01
697 4 0.0615266612553333 0.01
698 5 0.0694997351590667 0.01
699 Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01
700 1 0.672556163913 0.01
701 2 0.0866890773125333 0.01
702 3 0.0313987199704333 0.01
703 4 0.0314691889898667 0.01
704 5 0.0138168327362333 0.01
705 6 0.139114789690333 0.01
706 // Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01
707 // 1 0.412398433968333 0.01
708 // 2 0.273694508221667 0.01
709 // 3 0.116142498670667 0.01
710 // 4 0.0193110980315 0.01
711
712 OPTIONS
713 OPT_NAME OPT_VALUE
714 //MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR 1
715 //optctrl_history 1 // nlsic
716 //optctrl_trace 3 // BFGS
717 //optctrl_reltol 1.e-10 // BFGS
718 //optctrl_maxit 1000 // BFGS
719 commandArgs --TIMEIT
720 posttreat_R plot_smeas.R