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comparison test-data/e_coli_U-Glc_exact.ftbl @ 0:9b03a930b08b draft

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author workflow4metabolomics
date Mon, 04 May 2020 03:24:12 -0400
parents
children
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:9b03a930b08b
1 PROJECT
2 NAME VERSION FORMAT DATE COMMENT
3 K12_MG1655.ftbl 1 101109 modele E coli K12 MG1655 WT avec voies centrales completes et voies biomasse simplifiees
4
5 NETWORK
6 FLUX_NAME EDUCT_1 EDUCT_2 PRODUCT_1 PRODUCT_2
7
8 // Glycolyse.
9 // PPP
10 // TCA
11 // voies anaplerotiques: pepc. enz malique
12 // voie glyoxylate
13 // avec pool interne unique de CO2 provenant soit du metabolisme soit de l'exterieur (CO2upt laisse libre)
14 // saisie differentielle des substrats marques
15
16
17 // Uptake substrats
18
19 Glucupt Gluc Glc6P
20 #ABCDEF #ABCDEF
21 // CO2upt CO2_ext CO2 // entree de CO2 non marque
22 // #A #A // ce flux est a laisser libre
23
24 // FTHF0 FTHF_0 FTHF // prise en charge de FTHF non marque
25 // #A #A
26
27 // FTHF1 FTHF_1 FTHF // prise en charge de FTHF marque
28 // #a #a
29
30
31 // Embden Meyerhof Parnas Pathway
32
33 pgi Glc6P Fru6P
34 #ABCDEF #ABCDEF
35
36 pfk Fru6P FruBP
37 #ABCDEF #ABCDEF
38
39 ald FruBP GA3P GA3P
40 #ABCDEF #CBA #DEF
41
42 // tpi DHAP GA3P
43 // #ABC #CBA
44
45 pgk GA3P PGA
46 #ABC #ABC
47
48 eno PGA PEP
49 #ABC #ABC
50
51 pyk PEP Pyr
52 #ABC #ABC
53
54
55 // Methylglyoxal Pathway
56
57 // mgs DHAP Pyr
58 // #ABC #ABC
59
60
61 // Pentose Phosphate Pathway
62
63 zwf Glc6P Gnt6P
64 #ABCDEF #ABCDEF
65
66 gnd Gnt6P CO2 Rib5P
67 #ABCDEF #A #BCDEF
68
69 edd Gnt6P Pyr GA3P
70 #ABCDEF #ABC #DEF
71
72 // ta Ery4P Fru6P GA3P Sed7P
73 // #ABCD #abcdef #def #abcABCD
74
75 // tk1 GA3P Sed7P Rib5P Rib5P
76 // #ABC #abcdefg #abABC #cdefg
77
78 // tk2 GA3P Fru6P Rib5P Ery4P
79 // #ABC #abcdef #abABC #cdef
80
81 ta GA3P Sed7P Ery4P Fru6P
82 #ABC #abcdefg #defg #abcABC
83
84 tk1 Rib5P Rib5P GA3P Sed7P
85 #ABCDE #abcde #CDE #ABabcde
86
87 tk2 Rib5P Ery4P GA3P Fru6P
88 #ABCDE #abcd #CDE #ABabcd
89
90
91 // Tricarboxylic Acid Cycle
92
93 pdh Pyr AcCoA CO2
94 #ABC #BC #A
95
96 citsynth AcCoA OAA ICit
97 #AB #abcd #dcbaBA
98
99 idh ICit AKG CO2
100 #ABCDEF #ABCEF #D
101
102 akgdh AKG Suc CO2
103 #ABCDE #BCDE #A
104
105 fum_a Suc Mal
106 #ABCD #ABCD
107
108 fum_b Suc Mal
109 #ABCD #DCBA
110
111 maldh Mal OAA
112 #ABCD #ABCD
113
114
115 // Glyoxylate Shunt
116
117 // gs1 ICit GlyOx Suc
118 // #ABCDEF #AB #DCEF
119
120 // gs2 GlyOx AcCoA OAA
121 // #AB #ab #ABba
122
123
124 // Anaplerotic Reactions
125
126 ppc PEP CO2 OAA // PEPcarboxylase
127 #ABC #a #ABCa
128
129 mae Mal Pyr CO2 // enzyme malique
130 #ABCD #ABC #D
131
132 // pck OAA PEP CO2 // PEP carboxykinase
133 // #ABCD #ABC #D
134
135
136 // Biosynthetic Pathways
137
138 // Glucose-6-Phosphate Family
139
140 bs_glc6P Glc6P BM_Glc6P
141 #ABCDEF #ABCDEF
142
143 // Fructose-6-Phosphate Family
144
145 bs_fru6P Fru6P BM_Fru6P // sortie de Fru6P pour biomasse
146 #ABCDEF #ABCDEF
147
148 // Phosphoglycerate Family
149
150 bs_pga PGA BM_PGA
151 #ABC #ABC
152
153 bs_pga_aux BM_PGA PGA_Aux
154 #ABC #ABC
155
156 bs_pga1 BM_PGA Ser
157 #ABC #ABC
158
159 bs_pga1_aux Ser Ser_Aux
160 #ABC #ABC
161
162 bs_pga2 Ser Cys // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
163 #ABC #ABC
164
165 bs_pga2_aux Cys Cys_Aux // ce flux sert de sortie pour PGA hors formation de Gly
166 #ABC #ABC
167
168 bs_pga3 Ser Gly FTHF // formation de gly pour biomasse
169 #ABC #AB #C // ce flux est reversible
170
171 bs_pga3_aux Gly Gly_Aux // pour conserver Gly comme metabolite intracellulaire
172 #AB #AB
173
174 // TrioseP Family
175
176 bs_DHAP GA3P Glp // formation glycerolP pour lipides
177 #ABC #ABC
178
179 // Pyruvate Family
180
181 bs_pyr Pyr BM_Pyr
182 #ABC #ABC
183
184 bs_pyr1 BM_Pyr Ala
185 #ABC #ABC
186
187 bs_pyr1_aux Ala Ala_Aux // pour conserver Ala comme metabolite intracellulaire
188 #ABC #ABC
189
190 bs_pyr2 BM_Pyr BM_Pyr AKV CO2 // AKV et Val ont le meme squelette C
191 #ABC #abc #ABbcC #a // cette reaction permet d'utiliser eventuellement les donnees obtenues sur Val
192
193 bs_pyr4 AKV Val // permet de tenir compte de la sortie de Val
194 #ABCDE #ABCDE
195
196 bs_pyr4_aux Val Val_Aux // permet de tenir compte de la sortie de Val
197 #ABCDE #ABCDE
198
199 bs_pyr3 AKV BM_AcCoA Leu CO2
200 #ABCDE #ab #abBCDE #A
201
202 bs_pyr3_aux Leu Leu_Aux // pour conserver Leu comme metabolite intracellulaire
203 #ABCDEF #ABCDEF
204
205
206 // Erythrose-4-Phosphate Family
207
208 bs_e4p Ery4P BM_Ery4P // pour utiliser les donnees sur Ery4P
209 #ABCD #ABCD
210
211 // bs_e4p_aux BM_Ery4P Ery4P_aux // pour utiliser les donnees sur Ery4P
212 // #ABCD #ABCD
213
214
215 // Ribose-5-Phosphate Family
216
217 bs_rib5p Rib5P BM_Rib5P // pour utiliser les donnees sur Rib5P
218 #ABCDE #ABCDE
219
220 bs_rib5p1 BM_Rib5P FTHF His // pour utiliser les donnees sur Rib5P
221 #ABCDE #a #EDCBAa
222
223 bs_rib5p1_aux His His_Aux // sortie pour conserver His comme metabolite intracellulaire
224 #ABCDEF #ABCDEF
225
226 bs_rib5p2 BM_Rib5P Ri5P_Aux // sortie de Ri5P pour autres besoins que His
227 #ABCDE #ABCDE // ce flux est important pour ne pas imposer de fausses contraintes sur FTHF si on considerait His comme seule sortie
228
229
230 // Aromatic Amino Acids
231
232 bs_pep PEP BM_PEP
233 #ABC #ABC
234
235 bs_pep1 BM_PEP BM_Ery4P DAHP
236 #ABC #abcd #ABCabcd
237
238 bs_pep2 BM_PEP DAHP Chor
239 #ABC #abcdefg #ABCabcdefg
240
241 bs_pep3a Chor Phe CO2
242 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
243
244 bs_pep3b Chor Phe CO2
245 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
246
247 bs_pep3_aux Phe Phe_Aux
248 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
249
250 bs_pep4a Chor Tyr CO2
251 #ABCDEFGHIJ #ABCEFGHIJ #D
252
253 bs_pep4b Chor Tyr CO2
254 #ABCDEFGHIJ #ABCEJIHGF #D
255
256 bs_pep4_aux Tyr Tyr_Aux
257 #ABCEFGHIJ #ABCEFGHIJ
258
259 bs_pep5 BM_PEP PEP_Aux
260 #ABC #ABC
261
262 bs_pep6 Chor BM_Rib5P Trp PyrCO2
263 #ABCDEFGHIJ #abcde #edcbaJEFGHI #ABCD
264
265 bs_pep6_aux Trp Trp_Aux
266 #ABCDEFGHIJK #ABCDEFGHIJK
267
268 bs_pep7 PyrCO2 Pyr CO2
269 #ABCD #ABC #D
270
271
272 // Acetyl-CoA
273
274 bs_accoa AcCoA BM_AcCoA
275 #AB #AB
276
277 bs_accoa_aux BM_AcCoA AcCoA_Aux
278 #AB #AB
279
280
281 // Alpha-Ketoglutarate Family
282
283 bs_akg AKG BM_AKG // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
284 #ABCDE #ABCDE
285
286 bs_akg1 BM_AKG Glu // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
287 #ABCDE #ABCDE
288
289 bs_akg2 Glu Pro // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
290 #ABCDE #ABCDE
291
292 bs_akg3 Glu Gln // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
293 #ABCDE #ABCDE
294
295 bs_akg4 Glu CO2 Arg // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
296 #ABCDE #a #ABCDEa
297
298 bs_akg4_aux Arg Arg_Aux // Les donnees sur Glu peuvent etre assimilee a AKG
299 #ABCDEF #ABCDEF
300
301
302 // Oxaloacetate Family
303
304 bs_oaa OAA BM_OAA
305 #ABCD #ABCD
306
307 bs_oaa1 BM_OAA Asp
308 #ABCD #ABCD
309
310 bs_oaa1_aux Asp Asp_Aux
311 #ABCD #ABCD
312
313 bs_oaa2 Thr BM_Pyr Ile CO2
314 #ABCD #abc #ABbCDc #a
315
316 bs_oaa2_aux Ile Ile_Aux
317 #ABCDEF #ABCDEF
318
319 bs_oaa3a BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
320 #ABCD #abc #ABCDcb #a
321
322 bs_oaa3b BM_OAA BM_Pyr Lys CO2
323 #ABCD #abc #abcDCB #A
324
325 bs_oaa3_aux Lys Lys_Aux
326 #ABCDEF #ABCDEF
327
328 bs_oaa4 BM_OAA OAA_Aux
329 #ABCD #ABCD
330
331 bs_oaa5 BM_OAA Thr
332 #ABCD #ABCD
333
334 bs_oaa5_aux Thr Thr_Aux
335 #ABCD #ABCD
336
337 bs_oaa6 BM_OAA FTHF Met
338 #ABCD #a #ABCDa
339
340 bs_oaa6_aux Met Met_Aux
341 #ABCDE #ABCDE
342
343 bs_oaa7 BM_OAA Asn
344 #ABCD #ABCD
345
346 bs_oaa7_aux Asn Asn_Aux
347 #ABCD #ABCD
348
349
350 // Flux de sortie
351
352 out_co2 CO2 CO2_out // Sortie de CO2
353 #A #A
354
355 out_Ac AcCoA Acetate // Sortie d'acetate
356 #AB #AB
357
358 out_FTHF FTHF FTHF_out
359 #A #A
360
361 FLUXES
362 NET
363 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
364
365 Glucupt C 1
366 // CO2upt F 0.669589
367 // FTHF0 F 0.00224836
368 // FTHF1 F 0.001
369
370 pgi D
371 pfk D
372 ald D
373 // tpi D
374 pgk D
375 eno D
376 pyk F 1.54425507
377
378 zwf F 0.14233479
379 gnd F 0.14223479
380 edd D
381 ta D
382 tk1 D
383 tk2 D
384
385 pdh D
386 citsynth D
387 idh D
388 akgdh D
389 fum_a D
390 fum_b D
391 maldh D
392
393 // gs1 C 0
394 // gs2 D
395
396 ppc D
397 mae D
398 // pck D
399
400 // flux de biomasse
401
402 bs_glc6P C 0.0109 // sortie de G6P
403 bs_fru6P C 0.0038 // sortie de F6P
404 bs_pga C 0.0791 // sortie de PGA pour formation de biomasse
405 bs_pga_aux D // sortie de PGA pour formation de biomasse
406 bs_pga1 D // conversion PGA donne ser
407 bs_pga1_aux C 0.0109 // conversion PGA donne ser
408 bs_pga2 D
409 bs_pga2_aux C 0.0046 // conversion PGA donne Cys
410 bs_pga3 D // reaction de synthese de Gly
411 bs_pga3_aux C 0.0308 // sortie de Gly
412 bs_DHAP C 0.0068 // formation de glycerolP pour lipides
413 bs_pyr C 0.1501 // avant : 0.1547 // sortie de Pyr pour formation de biomasse
414 bs_pyr1 D // formation d'Ala
415 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Leu
416 bs_pyr2 D // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
417 bs_pyr4 D
418 bs_pyr4_aux C 0.0213 // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
419 bs_pyr3 D // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
420 bs_pyr3_aux C 0.0227 // sortie de Leu
421 bs_e4p D // sortie d'Ery4p pour biomasse
422 // bs_e4p_aux C 0 // sortie d'Ery4p pour Trp
423 bs_rib5p C 0.0476 // synthese d'His
424 bs_rib5p1 D // synthese d'His
425 bs_rib5p1_aux C 0.0048 // sortie d'His
426 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
427 bs_pep C 0.0381 // sortie de PEP
428 bs_pep1 D // sortie de PEP
429 bs_pep2 D
430 bs_pep3a D
431 bs_pep3b D
432 bs_pep3_aux C 0.0093
433 bs_pep4a D
434 bs_pep4b D
435 bs_pep4_aux C 0.0069
436 bs_pep5 C 0.0027
437 bs_pep6 D
438 bs_pep6_aux D
439 bs_pep7 D
440 bs_accoa C 0.1565 // sortie d'AcCoA pour biomasse
441 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
442 bs_akg C 0.0571 // sortie d'AKG
443 bs_akg1 D
444 bs_akg2 C 0.0111
445 bs_akg3 C 0.0132
446 bs_akg4 D
447 bs_akg4_aux D
448 bs_oaa C 0.0947 // sortie d'OAA pour formation de biomasse
449 bs_oaa1 D // sortie d'OAA pour Asp
450 bs_oaa1_aux C 0.0121 // sortie d'Asp
451 bs_oaa2 D // synthese d'Ile
452 bs_oaa2_aux C 0.0146 // sortie d'Ile
453 bs_oaa3a D
454 bs_oaa3b D
455 bs_oaa3_aux C 0.0173
456 bs_oaa4 D
457 bs_oaa5 D
458 bs_oaa5_aux C 0.0128
459 bs_oaa6 D
460 bs_oaa6_aux C 0.0077
461 bs_oaa7 D
462 bs_oaa7_aux C 0.0121
463
464 // Flux de sortie
465
466 out_co2 D // sortie de CO2
467 out_Ac F 0.213000005
468 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
469
470
471 XCH
472 NAME FCD VALUE(F/C) ED_WEIGHT LOW(F) INC(F) UP(F)
473
474 Glucupt C 0
475 // CO2upt D
476 // FTHF0 D
477 // FTHF1 D
478
479 pgi C 0.752386 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
480 pfk C 0
481 ald F 0.420281957
482 // tpi F 0.5
483 pgk C 0.984718 // 2011-02-22 ssg: was F => often unresolved with --irand option
484 eno F 0.999
485 pyk C 0.0109591 // 2010-10-01 ssg: was F => unresolved if co2 uptake is unlimited
486
487 zwf C 0
488 gnd C 0
489 edd C 0
490 ta F 0.361648085
491 tk1 F 0.151671492
492 tk2 F 0
493
494 pdh C 0.0322745 // 2010-10-02 ssg: was F, otherwise unsolvable in monte-carlo
495 citsynth C 0
496 idh C 0
497 akgdh C 0
498 fum_a F 0.3013683
499 fum_b D
500 maldh C 0.647115 //********************************************** C pour analyse de sensibilite, F pour minimisation
501
502 // gs1 C 0
503 // gs2 C 0
504
505 ppc F 0.147615337
506 mae C 0
507 // pck C 0
508
509 bs_glc6P D // sortie de G6P
510 bs_fru6P D // sortie de F6P
511 bs_pga C 0 // conversion PGA donne Ser
512 bs_pga_aux D // conversion PGA donne Ser
513 bs_pga1 C 0 // conversion PGA donne Ser
514 bs_pga1_aux D // conversion PGA donne Ser
515 bs_pga2 C 0 // ser donne Cys. correspond a la sortie de PGA pour biomasse autre que formation Gly
516 bs_pga2_aux D
517 bs_pga3 C 0.011799 // reaction de synthese de Gly. cette reaction est reversible
518 bs_pga3_aux D // sortie de Gly
519 bs_DHAP D // formation de glycerolP pour lipides
520 bs_pyr C 0 // formation d'Ala
521 bs_pyr1 C 0 // formation d'Ala
522 bs_pyr1_aux D // sortie d'Ala. correspond aux sorties de Pyr qui ne sont pas associees a Val et Ile
523 bs_pyr2 C 0 // synthese d'AKV. consomme 2 Pyr
524 bs_pyr4 C 0
525 bs_pyr4_aux D // sortie correspondant a l'utilisation de Val pour la biomasse
526 bs_pyr3 C 0 // synthese de Leu (AKV+AcCoA consommes)
527 bs_pyr3_aux D // sortie de Leu
528 bs_e4p C 0 // sortie d'Ery4p
529 // bs_e4p_aux D // sortie d'Ery4p pour Trp
530 bs_rib5p C 0 // synthese d'His
531 bs_rib5p1 C 0 // synthese d'His
532 bs_rib5p1_aux D // sortie d'His
533 bs_rib5p2 D // sortie de Rib5P autre que His
534 bs_accoa C 0 // sortie d'AcCoA pour biomasse
535 bs_accoa_aux D // sortie d'AcCoA pour biomasse en dehors de synthese Leu
536 bs_pep C 0 // sortie de PEP
537 bs_pep1 C 0 // sortie de PEP
538 bs_pep2 C 0
539 bs_pep3a C 0
540 bs_pep3b C 0
541 bs_pep3_aux D
542 bs_pep4a C 0
543 bs_pep4b C 0
544 bs_pep4_aux D
545 bs_pep5 D
546 bs_pep6 C 0
547 bs_pep6_aux D
548 bs_pep7 C 0
549 bs_akg C 0 // sortie d'AKG
550 bs_akg1 C 0
551 bs_akg2 D
552 bs_akg3 D
553 bs_akg4 C 0
554 bs_akg4_aux D
555 bs_oaa C 0
556 bs_oaa1 C 0 // sortie d'OAA autres que Met
557 bs_oaa1_aux D // sortie d'OAA autres que Met
558 bs_oaa2 C 0 // synthese de Met
559 bs_oaa2_aux D // sortie de Met
560 bs_oaa3a C 0
561 bs_oaa3b C 0
562 bs_oaa3_aux D
563 bs_oaa4 D
564 bs_oaa5 C 0
565 bs_oaa5_aux D
566 bs_oaa6 C 0
567 bs_oaa6_aux D
568 bs_oaa7 C 0
569 bs_oaa7_aux D
570
571 // Flux de sortie
572
573 out_co2 D // sortie de CO2
574 out_Ac D // sortie d'acetate
575 out_FTHF D // sortie de FTHF. a laisser libre pour ne pas imposer de contraintes sur FTHF
576
577
578 EQUALITIES
579 NET
580 VALUE FORMULA
581
582 0 fum_a-fum_b // scrambling reaction
583 0 bs_oaa3a-bs_oaa3b
584 0 bs_pep3a-bs_pep3b
585 0 bs_pep4a-bs_pep4b
586
587 XCH
588 VALUE FORMULA
589
590 0 fum_a-fum_b
591
592 INEQUALITIES
593 NET
594 VALUE COMP FORMULA
595 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
596 1 <= pyk
597 0.0001 <= edd
598 0.0001 <= gnd
599 0.0001 <= zwf
600 0.0001 <= ppc
601 0.0001 <= mae
602 // 2 >= CO2upt // 2010-08-18 too high value makes jacobian rank deficient
603 XCH
604 VALUE COMP FORMULA
605 // Inequalities for Input and Output Fluxes are generated automatically
606
607
608 FLUX_MEASUREMENTS
609 FLUX_NAME VALUE DEVIATION // Val Dev
610 out_Ac 0.213 0.0001
611
612 LABEL_INPUT
613 META_NAME ISOTOPOMER VALUE
614
615 Gluc #111111 0.2
616 #000000 0.8
617 // CO2_ext #0 0.989
618 // #1 0.011
619
620 // FTHF_0 #0 1
621 // FTHF_1 #1 1
622
623
624 LABEL_MEASUREMENTS
625 META_NAME CUM_GROUP VALUE DEVIATION CUM_CONSTRAINTS
626 // Example
627
628 PEAK_MEASUREMENTS
629 META_NAME PEAK_NO VALUE_S VALUE_D- VALUE_D+ VALUE_DD VALUE_T DEVIATION_S DEVIATION_D- DEVIATION_D+ DEVIATION_DD/T
630
631
632 MASS_SPECTROMETRY
633 META_NAME FRAGMENT WEIGHT VALUE DEVIATION
634
635 // Deviation fixee a 0.02 // correction inoc 0.062
636
637
638
639 Suc 1,2,3,4 1 0.371605319 0.01
640 2 0.360829749 0.01
641 3 0.208425325 0.01
642 4 0.059139607 0.01
643 // Mal 1,2,3,4 0 0.164619329483 0.02
644 // 1 0.110072868518 0.02
645 // 2 0.637801316225333 0.02
646 // 3 0.0863461044204333 0.02
647 // 4 0.00116038135315367 0.02
648 ICit 1,2,3,4,5,6 0 0.131864539419667 0.02
649 1 0.225857638569 0.02
650 2 0.256421170949333 0.02
651 3 0.209230210478667 0.02
652 4 0.116863585449667 0.02
653 5 0.0457727744643333 0.02
654 6 0.0139900806697867 0.02
655 PEP 1,2,3 0 0.421359839367667 0.01
656 1 0.358998301162333 0.01
657 2 0.0348521859365667 0.01
658 3 0.184789673534 0.01
659 PGA 1,2,3 0 0.434335785072667 0.01
660 1 0.352829683224667 0.01
661 2 0.0323479804176 0.01
662 3 0.180486551285333 0.01
663 FruBP 1,2,3,4,5,6 0 0.0738121029259333 0.01
664 1 0.454450017158667 0.01
665 2 0.160823529969333 0.01
666 3 0.0944468077710667 0.01
667 4 0.105281338489667 0.01
668 5 0.0155016033633 0.01
669 6 0.0956846003217333 0.01
670 Glc6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0160587173349 0.01
671 1 0.673510772480667 0.01
672 2 0.0930110047641 0.01
673 3 0.0280359937297 0.01
674 4 0.0397315614067667 0.01
675 5 0.0145524520950667 0.01
676 6 0.135099498189 0.01
677 Fru6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0235029951295 0.01
678 1 0.624253565357667 0.01
679 2 0.113068441282333 0.01
680 3 0.0456605631765 0.01
681 4 0.0516089447155667 0.01
682 5 0.0185881765378333 0.01
683 6 0.123317313800333 0.01
684 Rib5P 1,2,3,4,5 0 0.341615670498667 0.01
685 1 0.25454117519 0.01
686 2 0.159027180368333 0.01
687 3 0.113789577528667 0.01
688 4 0.0615266612553333 0.01
689 5 0.0694997351590667 0.01
690 Gnt6P 1,2,3,4,5,6 0 0.0249552273874 0.01
691 1 0.672556163913 0.01
692 2 0.0866890773125333 0.01
693 3 0.0313987199704333 0.01
694 4 0.0314691889898667 0.01
695 5 0.0138168327362333 0.01
696 6 0.139114789690333 0.01
697 // Ery4P 1,2,3,4 0 0.178453461108 0.01
698 // 1 0.412398433968333 0.01
699 // 2 0.273694508221667 0.01
700 // 3 0.116142498670667 0.01
701 // 4 0.0193110980315 0.01
702
703 OPTIONS
704 OPT_NAME OPT_VALUE
705 MATLAB_FOR_FLUX_EQ_CONSTR_MATR 1
706 //optctrl_history 1 // nlsic
707 //optctrl_trace 3 // BFGS
708 //optctrl_reltol 1.e-10 // BFGS
709 //optctrl_maxit 1000 // BFGS
710 posttreat_R plot_smeas.R
711