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view tools/maf/maf_split_by_species.xml @ 2:c2a356708570

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author xuebing
date Fri, 09 Mar 2012 19:45:42 -0500
parents 9071e359b9a3
children
line wrap: on
line source

<tool id="MAF_split_blocks_by_species1" name="Split MAF blocks" version="1.0.0">
  <description>by Species</description>
  <command interpreter="python">maf_split_by_species.py $input1 $out_file1 $collapse_columns</command>
  <inputs>
    <param format="maf" name="input1" type="data" label="MAF file to split"/>
    <param name="collapse_columns" type="select" label="Collapse empty alignment columns" help="Removes columns that are gaps in all sequences">
      <option value="True" selected="true">Yes</option>
      <option value="False">No</option>
    </param>
  </inputs>
  <outputs>
    <data format="maf" name="out_file1" />
  </outputs>
  <tests>
    <test>
      <param name="input1" value="maf_split_by_species_in.maf"/>
      <param name="collapse_columns" value="True"/>
      <output name="out_file1" file="maf_split_by_species_collapsed_out.maf"/>
    </test>
    <test>
      <param name="input1" value="maf_split_by_species_in.maf"/>
      <param name="collapse_columns" value="False"/>
      <output name="out_file1" file="maf_split_by_species_not_collapsed_out.maf"/>
    </test>
  </tests>
  <help>

**What it does**

This tool examines each MAF block for multiple occurrences of a species in a single block. When this occurs, a block is split into multiple blocks where every combination of one sequence per species per block is represented.

The interface for this tool has two inputs: 

 * **MAF file to split**. Choose multiple alignments from history to be split by species.
 * **Collapse empty alignment columns**. Should alignment columns containing only gaps in the new blocks be removed.

-----

**Example 1**: **Collapse empty alignment columns is Yes**:

For the following alignment::

  ##maf version=1
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 

the tool will create **a single** history item containing 12 alignment blocks (notice that no columns contain only gaps)::

  ##maf version=1
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT-GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT-GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC--GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
 
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC-GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC-GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGCAG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC---AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC---AG 

-----

**Example 2**: **Collapse empty alignment columns is No**:

For the following alignment::

  ##maf version=1
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 

the tool will create **a single** history item containing 12 alignment blocks (notice that some columns contain only gaps)::

  ##maf version=1
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 85 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723125 83 - 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCT--GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTCGTCCTCAG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 85 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984545 83 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTT--GTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTCCTCAG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 + 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTT------AG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 
  
  a score=2047408.0
  s species1.chr1 147984645 79 - 245522847 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTC---GGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTTGTC---AG 
  s species2.chr1 129723925 79 + 229575298 ATGGCGTCGGCCTCCTCCGGGCCGTCGTCTTCGGTCGGTTTTTCATCCTTTGATCCCGCGGTCCCTTCCTGTACCTC------AG 
  s species3.chr3  68255714 76 - 258222147 ATGGCGTCCGCCTCCTCAGGGCCAGCGGC---GGCGGGGTTTTCACCCCTTGATTCCGGGGTCCCTGCCGGTACCGC------AG 

-------

.. class:: infomark

**About formats**

**MAF format** multiple alignment format file. This format stores multiple alignments at the DNA level between entire genomes. 

 - The .maf format is line-oriented. Each multiple alignment ends with a blank line.
 - Each sequence in an alignment is on a single line.
 - Lines starting with # are considered to be comments.
 - Each multiple alignment is in a separate paragraph that begins with an "a" line and contains an "s" line for each sequence in the multiple alignment.
 - Some MAF files may contain two optional line types: 

   - An "i" line containing information about what is in the aligned species DNA before and after the immediately preceding "s" line; 
   - An "e" line containing information about the size of the gap between the alignments that span the current block.

------

**Citation**

If you use this tool, please cite `Blankenberg D, Taylor J, Nekrutenko A; The Galaxy Team. Making whole genome multiple alignments usable for biologists. Bioinformatics. 2011 Sep 1;27(17):2426-2428. &lt;http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/21775304&gt;`_


    </help>
</tool>