Mercurial > repos > xuebing > sharplabtool
directory /tools/mytools/ @ 1:cdcb0ce84a1b
name | size | permissions |
---|---|---|
[up] | drwxr-xr-x | |
cdf-old-not-used/ | drwxr-xr-x | |
dreme_out/ | drwxr-xr-x | |
fimo_out/ | drwxr-xr-x | |
splicesitescore/ | drwxr-xr-x | |
.DS_Store | 6148 | -rw-r--r-- |
._.DS_Store | 82 | -rw-r--r-- |
._StartGenometriCorr.xml | 403 | -rw-r--r-- |
._Start_GenometriCorr.R | 402 | -rw-r--r-- |
._align2database.py | 259 | -rw-r--r-- |
._align2database.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._align2multiple.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._alignr.py | 251 | -rw-r--r-- |
._alignr.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._alignvis.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._altschulEriksonDinuclShuffle.py | 415 | -rw-r--r-- |
._bed_to_bam.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._bedclean.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._bedsort.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._bigWigAverageOverBed.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._binaverage.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._bowtie2bed.pl | 193 | -rwxr-xr-x |
._bowtie2bed.xml | 193 | -rwxr-xr-x |
._bwBinavg.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._cdf.r | 171 | -rwxr-xr-x |
._cdf.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._closestBed.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._collapseBed.py | 530 | -rw-r--r-- |
._collapseBed.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._collapseTab.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._convertEnsembl.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._dreme.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._endbias.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._fastamarkov.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._fastashuffle1.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._fastashuffle2.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._fastqdump.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._fimo2-old.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._fimo2.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._fimo2bed.py | 530 | -rw-r--r-- |
._fimo2bed.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._genomeView.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._genomeview-old2.r | 572 | -rw-r--r-- |
._genomeview.r | 572 | -rw-r--r-- |
._genomeview_notused | 171 | -rw-r--r-- |
._headtail.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._intersectSig.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._intersectbed.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._intervalSize.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._iupac2meme.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._makebigwig.sh | 403 | -rwxr-xr-x |
._makebigwig.sh-old | 287 | -rwxr-xr-x |
._makebigwig.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._makewindow.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._meme.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._memelogo.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._metaintv.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._metaintv_ext.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._phastCons.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._plotmatrix.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._r_wrapper.sh | 641 | -rwxr-xr-x |
._r_wrapper_old.sh | 641 | -rwxr-xr-x |
._random_interval.py | 521 | -rw-r--r-- |
._random_interval.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._removeDuplicate.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._resize.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._revcompl.py | 521 | -rw-r--r-- |
._revcompl.xml | 581 | -rw-r--r-- |
._sampline.py | 193 | -rwxr-xr-x |
._seq2meme.py | 530 | -rw-r--r-- |
._seq2meme.xml | 171 | -rwxr-xr-x |
._seqshuffle.py | 521 | -rw-r--r-- |
._shuffleBed.py | 521 | -rw-r--r-- |
._shuffleBed.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._shuffleSequenceUsingAltschulErikson.txt | 542 | -rw-r--r-- |
._spatial_proximity.xml | 572 | -rw-r--r-- |
._splicesite.xml | 171 | -rw-r--r-- |
._splicesitescore | 240 | -rwxr-xr-x |
._stats.txt | 392 | -rw-r--r-- |
._venn.xml | 581 | -rw-r--r-- |
.sorted.bed | 0 | -rw-r--r-- |
AATAAA.motif | 492 | -rw-r--r-- |
StartGenometriCorr.xml | 1025 | -rw-r--r-- |
Start_GenometriCorr.R | 3007 | -rw-r--r-- |
align2database.py | 4665 | -rw-r--r-- |
align2database.xml | 4554 | -rw-r--r-- |
align2multiple.xml | 4736 | -rw-r--r-- |
alignr.py | 13819 | -rw-r--r-- |
alignr.xml | 7471 | -rw-r--r-- |
alignvis.py | 2647 | -rw-r--r-- |
alignvis.r | 270 | -rw-r--r-- |
alignvis.xml | 1979 | -rwxr-xr-x |
altschulEriksonDinuclShuffle.py | 3960 | -rw-r--r-- |
bedClean.py | 1112 | -rw-r--r-- |
bed_to_bam.xml | 1421 | -rw-r--r-- |
bedclean.xml | 1209 | -rwxr-xr-x |
bedsort.xml | 692 | -rwxr-xr-x |
bigWigAverageOverBed.xml | 560 | -rw-r--r-- |
binaverage.xml | 3397 | -rw-r--r-- |
binnedAverage.py | 2564 | -rw-r--r-- |
bowtie2bed.pl | 1018 | -rwxr-xr-x |
bowtie2bed.xml | 1580 | -rwxr-xr-x |
bwBinavg.xml | 1954 | -rw-r--r-- |
cdf.r | 2976 | -rwxr-xr-x |
cdf.xml | 2876 | -rw-r--r-- |
closestBed.py | 0 | -rw-r--r-- |
closestBed.xml | 1309 | -rw-r--r-- |
collapseBed.py | 1711 | -rw-r--r-- |
collapseBed.xml | 839 | -rw-r--r-- |
collapseBed2.py | 1076 | -rw-r--r-- |
collapseTab.py | 1032 | -rw-r--r-- |
collapseTab.xml | 737 | -rw-r--r-- |
convertEnsembl.py | 413 | -rw-r--r-- |
convertEnsembl.xml | 667 | -rw-r--r-- |
dreme.xml | 2480 | -rw-r--r-- |
endbias.py | 1351 | -rw-r--r-- |
endbias.xml | 504 | -rw-r--r-- |
fasta-dinucleotide-shuffle.py | 5849 | -rwxr-xr-x |
fastamarkov.xml | 727 | -rwxr-xr-x |
fastashuffle1.xml | 579 | -rwxr-xr-x |
fastashuffle2.xml | 1306 | -rw-r--r-- |
fastqdump.xml | 677 | -rwxr-xr-x |
fimo2-old.xml | 2628 | -rw-r--r-- |
fimo2.xml | 1762 | -rwxr-xr-x |
fimo2bed.py | 1881 | -rw-r--r-- |
fimo2bed.xml | 635 | -rw-r--r-- |
genomeView.xml | 4704 | -rw-r--r-- |
genomeview-old2.r | 1539 | -rw-r--r-- |
genomeview.r | 2146 | -rw-r--r-- |
genomeview_notused | 1394 | -rw-r--r-- |
getGenomicScore.py | 3471 | -rw-r--r-- |
headtail.xml | 1021 | -rwxr-xr-x |
intersectSig.py | 3539 | -rw-r--r-- |
intersectSig.xml | 2305 | -rw-r--r-- |
intersectbed.xml | 4311 | -rw-r--r-- |
intervalOverlap.py | 2880 | -rw-r--r-- |
intervalSize.py | 430 | -rw-r--r-- |
intervalSize.xml | 475 | -rwxr-xr-x |
iupac2meme.xml | 2083 | -rwxr-xr-x |
makebigwig.sh | 1366 | -rwxr-xr-x |
makebigwig.sh-old | 1490 | -rwxr-xr-x |
makebigwig.xml | 1723 | -rw-r--r-- |
makewindow.py | 526 | -rw-r--r-- |
makewindow.xml | 594 | -rwxr-xr-x |
meme.xml | 16934 | -rw-r--r-- |
memelogo.xml | 673 | -rwxr-xr-x |
metaintv.py | 3359 | -rw-r--r-- |
metaintv.xml | 1288 | -rw-r--r-- |
metaintv2.py | 3410 | -rw-r--r-- |
metaintv3.py | 3410 | -rw-r--r-- |
metaintv_ext.py | 4265 | -rw-r--r-- |
metaintv_ext.xml | 958 | -rw-r--r-- |
phastCons.xml | 2355 | -rw-r--r-- |
plotmatrix.py | 2626 | -rw-r--r-- |
plotmatrix.xml | 2110 | -rwxr-xr-x |
ptb-3t3 | 512473 | -rw-r--r-- |
ptb-ptb | 3322303 | -rw-r--r-- |
r_wrapper.sh | 36 | -rwxr-xr-x |
r_wrapper_old.sh | 565 | -rwxr-xr-x |
random_interval.py | 2843 | -rw-r--r-- |
random_interval.xml | 2941 | -rw-r--r-- |
removeDuplicate.xml | 316 | -rw-r--r-- |
resize.py | 1869 | -rw-r--r-- |
resize.xml | 1691 | -rwxr-xr-x |
revcompl.py | 1911 | -rw-r--r-- |
revcompl.xml | 998 | -rw-r--r-- |
sampline.py | 4639 | -rwxr-xr-x |
sampline.xml | 4449 | -rwxr-xr-x |
seq2meme.py | 3335 | -rw-r--r-- |
seq2meme.xml | 979 | -rwxr-xr-x |
seqshuffle.py | 1121 | -rw-r--r-- |
sequence.py | 29075 | -rwxr-xr-x |
shuffleBed.py | 3247 | -rw-r--r-- |
shuffleBed.xml | 2107 | -rw-r--r-- |
shuffleSequenceUsingAltschulErikson.txt | 1564 | -rw-r--r-- |
spatial_proximity.py | 1038 | -rw-r--r-- |
spatial_proximity.xml | 1701 | -rw-r--r-- |
splicesite.xml | 1438 | -rw-r--r-- |
stats.txt | 721 | -rw-r--r-- |
venn.xml | 3138 | -rw-r--r-- |