# HG changeset patch
# User yating-l
# Date 1518732305 18000
# Node ID 237707a6b74dfedde52d44a7435d8a7a726f6edc
# Parent e762f4b9e4bdf8ccfc3ac34263eb2886d81920b9
planemo upload for repository https://github.com/Yating-L/jbrowse-archive-creator.git commit a500f7ab2119cc5faaf80393bd87428389d06880-dirty
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d README.md
--- a/README.md Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ b/README.md Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -4,11 +4,10 @@
## Features
1. Similar interface to Hub Archive Creator.
2. Convert tracks to GFF3 datatypes (e.g Blastxml => GFF3) in order to import feature data from the flat files
-3. Generate a zip file including all the tracks and configuration for JBrowse visualization
-4. Group the tracks
-5. Set the color for each track
-6. Set the label for each track
-7. Create workflows within Galaxy to automatize pipeline analysis and get them ready to visualization inside JBrowse...in a few clicks!
+3. Group the tracks
+4. Set the color for each track
+5. Set the label for each track
+6. Create workflows within Galaxy to automatize pipeline analysis and get them ready to visualization inside JBrowse...in a few clicks!
At the moment, Supported datatypes are:
- Bam
@@ -19,6 +18,7 @@
- Gff3
- Gtf
- Blastxml
+- BigPsl
## Installation:
1. You would need to add this tool into your Galaxy.
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d TrackHub.py
--- a/TrackHub.py Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ b/TrackHub.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -5,164 +5,184 @@
import shutil
import zipfile
import json
-import utils
+import tempfile
+import logging
+from mako.lookup import TemplateLookup
+
+from datatypes.Datatype import Datatype
+from tracks.TrackStyles import TrackStyles
+from util import subtools
+from util import santitizer
class TrackHub:
- def __init__(self, inputFiles, reference, outputDirect, tool_dir, genome, extra_files_path, metaData, jbrowse_host):
- self.input_files = inputFiles.tracks
- self.outfile = outputDirect
- self.outfolder = extra_files_path
- self.out_path = os.path.join(extra_files_path, 'myHub')
- self.reference = reference
- self.tool_dir = tool_dir
- self.metaData = metaData
- self.raw = os.path.join(self.out_path, 'raw')
- self.json = os.path.join(self.out_path, 'json')
- self.jbrowse_host = jbrowse_host
- try:
- if os.path.exists(self.json):
- shutil.rmtree(self.json)
- os.makedirs(self.json)
- except OSError as e:
- print "Cannot create json folder error({0}): {1}".format(e.errno, e.strerror)
- else:
- print "Create jbrowse folder {}".format(self.out_path)
-
- def createHub(self):
- self.prepareRefseq()
- for input_file in self.input_files:
- self.addTrack(input_file)
- self.indexName()
- slink = self.makeArchive()
- self.outHtml(slink)
- print "Success!\n"
+ def __init__(self, inputFastaFile, outputFile, extra_files_path, tool_directory, trackType):
+
+ self.rootAssemblyHub = None
+
+ self.mySpecieFolderPath = None
+
+ # Store intermediate files, will be removed if not in debug mode
+ self.myTracksFolderPath = None
+
+ # Store binary files: Bam, BigWig
+ self.myBinaryFolderPath = None
+
+ self.tool_directory = tool_directory
+ self.trackType = trackType
+ self.reference_genome = inputFastaFile
+ self.genome_name = inputFastaFile.assembly_id
+ self.extra_files_path = extra_files_path
+ self.outputFile = outputFile
+ self.chromSizesFile = None
+
+
+ # Set all the missing variables of this class, and create physically the folders/files
+ self.rootAssemblyHub = self.__createAssemblyHub__(extra_files_path=extra_files_path)
+ # Init the Datatype
+ Datatype.pre_init(self.reference_genome, self.chromSizesFile,
+ self.extra_files_path, self.tool_directory,
+ self.mySpecieFolderPath, self.myTracksFolderPath, self.myBinaryFolderPath, self.trackType)
+
+ self._prepareRefseq()
+ self.trackList = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, "trackList.json")
+ self._createTrackList()
+
+ self.myTrackStyle = TrackStyles(self.tool_directory, self.mySpecieFolderPath, self.trackList)
+ #self.cssFolderPath = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, 'css')
+ #self.cssFilePath = os.path.join(self.cssFolderPath, 'custom_track_styles.css')
+ self.logger = logging.getLogger(__name__)
+
- def prepareRefseq(self):
- try:
+
+ def addTrack(self, trackDbObject):
+ if trackDbObject['dataType'].lower() == 'bam':
+ #new_track = subprocess.Popen(['echo', trackDbObject['options']], stdout=subprocess.PIPE)
+ #subprocess.call(['add-track-json.pl', json_file], stdin=new_track.stdout)
+ subtools.add_track_json(self.trackList, trackDbObject['options'])
+ #subtools.add_track_json(self.trackList, trackDbObject['track_json'])
+ elif trackDbObject['dataType'].lower() == 'bigwig':
+ subtools.add_track_json(self.trackList, trackDbObject['options'])
+ else:
+ if trackDbObject['trackType'] == 'HTMLFeatures':
+ self._customizeHTMLFeature(trackDbObject)
+ subtools.flatfile_to_json(trackDbObject['trackDataURL'], trackDbObject['dataType'], trackDbObject['trackType'], trackDbObject['trackLabel'], self.mySpecieFolderPath, trackDbObject['options'])
+
+
+ def terminate(self, debug=False):
+ """ Write html file """
+ self._indexName()
+ if not debug:
+ self._removeRaw()
+ #self._makeArchive()
+ self._outHtml()
+ print "Success!\n"
+
+
+ def _customizeHTMLFeature(self, trackDbObject):
+ if trackDbObject['options']:
+ subfeatures = trackDbObject['options'].get('subfeatureClasses')
+ feature_color = trackDbObject['options']['feature_color']
+ if subfeatures:
+ for key, value in subfeatures.items():
+ self.myTrackStyle.addCustomColor(value, feature_color)
+ else:
+ customizedFeature = santitizer.sanitize_name(trackDbObject['trackLabel'])
+ clientConfig = json.loads(trackDbObject['options']['clientConfig'])
+ clientConfig['renderClassName'] = customizedFeature
+ trackDbObject['options']['clientConfig'] = json.dumps(clientConfig)
+ self.myTrackStyle.addCustomColor(customizedFeature, feature_color)
+
+ def _removeRaw(self):
+ if os.path.exists(self.myTracksFolderPath):
+ shutil.rmtree(self.myTracksFolderPath)
+
+ def _createTrackList(self):
+ if not os.path.exists(self.trackList):
+ os.mknod(self.trackList)
+
+ def _prepareRefseq(self):
+ subtools.prepare_refseqs(self.reference_genome.false_path, self.mySpecieFolderPath)
+ #try:
#print os.path.join(self.tool_dir, 'prepare-refseqs.pl') + ", '--fasta', " + self.reference +", '--out', self.json])"
- subprocess.call(['prepare-refseqs.pl', '--fasta', self.reference, '--out', self.json])
- except OSError as e:
- print "Cannot prepare reference error({0}): {1}".format(e.errno, e.strerror)
- #TODO: hard coded the bam and bigwig tracks. Need to allow users to customize the settings
- def addTrack(self, track):
- #print "false_path" , track['false_path']
- if track['false_path'] in self.metaData.keys():
- metadata = self.metaData[track['false_path']]
- else:
- metadata = {}
- self.SetMetadata(track, metadata)
- if track['dataType'] == 'bam':
- self.Bam(track, metadata)
- # print "add bam track\n"
- elif track['dataType'] == 'bigwig':
- self.BigWig(track, metadata)
- else:
- flat_file = os.path.join(self.raw, track['fileName'])
- if track['dataType'] == 'bed':
- subprocess.call(['flatfile-to-json.pl', '--bed', flat_file, '--trackType', metadata['type'], '--trackLabel', metadata['label'], '--Config', '{"category" : "%s"}' % metadata['category'], '--clientConfig', '{"color" : "%s"}' % metadata['color'], '--out', self.json])
- elif track['dataType'] == 'bedSpliceJunctions' or track['dataType'] == 'gtf' or track['dataType'] == 'blastxml':
- subprocess.call(['flatfile-to-json.pl', '--gff', flat_file, '--trackType', metadata['type'], '--trackLabel', metadata['label'], '--Config', '{"glyph": "JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments", "category" : "%s"}' % metadata['category'], '--clientConfig', '{"color" : "%s"}' % metadata['color'], '--out', self.json])
- elif track['dataType'] == 'gff3_transcript':
- subprocess.call(['flatfile-to-json.pl', '--gff', flat_file, '--trackType', metadata['type'], '--trackLabel', metadata['label'], '--Config', '{"transcriptType": "transcript", "category" : "%s"}' % metadata['category'], '--clientConfig', '{"color" : "%s"}' % metadata['color'], '--out', self.json])
- else:
- subprocess.call(['flatfile-to-json.pl', '--gff', flat_file, '--trackType', metadata['type'], '--trackLabel', metadata['label'], '--Config', '{"category" : "%s"}' % metadata['category'], '--clientConfig', '{"color" : "%s"}' % metadata['color'], '--out', self.json])
-
- def indexName(self):
- subprocess.call(['generate-names.pl', '-v', '--out', self.json])
+ #subprocess.call(['prepare-refseqs.pl', '--fasta', self.reference_genome.false_path, '--out', self.mySpecieFolderPath])
+ #except OSError as e:
+ #print "Cannot prepare reference error({0}): {1}".format(e.errno, e.strerror)
+
+ def _indexName(self):
+ #subprocess.call(['generate-names.pl', '-v', '--out', self.mySpecieFolderPath])
+ subtools.generate_names(self.mySpecieFolderPath)
print "finished name index \n"
- def makeArchive(self):
- file_dir = os.path.abspath(self.outfile)
- source_dir = os.path.dirname(file_dir)
- folder_name = os.path.basename(self.outfolder)
- source_name = os.path.basename(self.out_path)
- source = os.path.join(source_dir, folder_name, source_name)
- slink = source.replace('/', '_')
- slink = os.path.join('/var/www/html/JBrowse-1.12.1/data', slink)
- try:
- if os.path.islink(slink):
- os.unlink(slink)
- except OSError as oserror:
- print "Cannot create symlink to the data({0}): {1}".format(oserror.errno, oserror.strerror)
- os.symlink(source, slink)
- return slink
-
- def outHtml(self, slink):
- with open(self.outfile, 'w') as htmlfile:
- htmlstr = 'The JBrowse Hub is created:
'
- url = self.jbrowse_host + "/JBrowse-1.12.1/index.html?data=%s"
- jbrowse_hub = '
View JBrowse Hub' % url
- link_name = os.path.basename(slink)
- relative_path = os.path.join('data', link_name + '/json')
- htmlstr += jbrowse_hub % relative_path
- htmlfile.write(htmlstr)
+ def _outHtml(self):
+ mylookup = TemplateLookup(directories=[os.path.join(self.tool_directory, 'templates')],
+ output_encoding='utf-8', encoding_errors='replace')
+ htmlTemplate = mylookup.get_template("display.txt")
- def createTrackList(self):
- trackList = os.path.join(self.json, "trackList.json")
- if not os.path.exists(trackList):
- os.mknod(trackList)
-
- def Bam(self, track, metadata):
- #create trackList.json if not exist
- self.createTrackList()
- json_file = os.path.join(self.json, "trackList.json")
- bam_track = dict()
- bam_track['type'] = 'JBrowse/View/Track/Alignments2'
- bam_track['storeClass'] = 'JBrowse/Store/SeqFeature/BAM'
- bam_track['urlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['fileName'])
- bam_track['baiUrlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['index'])
- bam_track['label'] = metadata['label']
- bam_track['category'] = metadata['category']
- bam_track = json.dumps(bam_track)
- #Use add-track-json.pl to add bam track to json file
- new_track = subprocess.Popen(['echo', bam_track], stdout=subprocess.PIPE)
- subprocess.call(['add-track-json.pl', json_file], stdin=new_track.stdout)
-
- def BigWig(self, track, metadata):
- #create trackList.json if not exist
- self.createTrackList()
- json_file = os.path.join(self.json, "trackList.json")
- bigwig_track = dict()
- bigwig_track['urlTemplate'] = os.path.join('../raw', track['fileName'])
- bigwig_track['type'] = 'JBrowse/View/Track/Wiggle/XYPlot'
- bigwig_track['storeClass'] = 'JBrowse/Store/SeqFeature/BigWig'
- bigwig_track['label'] = metadata['label']
- bigwig_track['style'] = metadata['style']
- bigwig_track['category'] = metadata['category']
- bigwig_track = json.dumps(bigwig_track)
- #Use add-track-json.pl to add bigwig track to json file
- new_track = subprocess.Popen(['echo', bigwig_track], stdout=subprocess.PIPE)
- #output = new_track.communicate()[0]
- subprocess.call(['add-track-json.pl', json_file], stdin=new_track.stdout)
-
- #If the metadata is not set, use the default value
- def SetMetadata(self, track, metadata):
- if 'label' not in metadata.keys() or metadata['label'] == '':
- metadata['label'] = track['fileName']
- if 'color' not in metadata.keys() or metadata['color'] == '':
- metadata['color'] = "#daa520"
- if track['dataType'] == 'bigwig':
- if 'style' not in metadata.keys():
- metadata['style'] = {}
- if 'pos_color' not in metadata['style'] or metadata['style']['pos_color'] == '':
- metadata['style']['pos_color'] = "#FFA600"
- if 'neg_color' not in metadata['style'] or metadata['style']['neg_color'] == '':
- metadata['style']['neg_color'] = "#005EFF"
- if 'category' not in metadata.keys() or metadata['category'] == '':
- metadata['category'] = "Default group"
- if track['dataType'] == 'blastxml':
- metadata['type'] = "G-OnRamp_plugin/BlastAlignment"
- elif track['dataType'] == 'bigpsl':
- metadata['type'] = "G-OnRamp_plugin/BlatAlignment"
- elif track['dataType'] == 'gff3_transcript' or track['dataType'] == 'gff3_mrna':
- metadata['type'] = "G-OnRamp_plugin/GenePred"
- else:
- metadata['type'] = "CanvasFeatures"
+ with open(self.outputFile, 'w') as htmlfile:
+ htmlMakoRendered = htmlTemplate.render(
+ species_folder = os.path.relpath(self.mySpecieFolderPath, self.extra_files_path),
+ trackList = os.path.relpath(self.trackList, self.extra_files_path)
+ )
+ htmlfile.write(htmlMakoRendered)
+ #with open(self.outputFile, 'w') as htmlfile:
+ # htmlstr = 'The new Organism "%s" is created on Apollo:
' % self.genome_name
+ # jbrowse_hub = 'View JBrowse Hub on Apollo' % host_name
+ # htmlstr += jbrowse_hub
+ # htmlfile.write(htmlstr)
+
+ def __createAssemblyHub__(self, extra_files_path):
+ # Get all necessaries infos first
+ # 2bit file creation from input fasta
-
+ # baseNameFasta = os.path.basename(fasta_file_name)
+ # suffixTwoBit, extensionTwoBit = os.path.splitext(baseNameFasta)
+ # nameTwoBit = suffixTwoBit + '.2bit'
+ twoBitFile = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0)
+ subtools.faToTwoBit(self.reference_genome.false_path, twoBitFile.name)
+
+ # Generate the twoBitInfo
+ twoBitInfoFile = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0)
+ subtools.twoBitInfo(twoBitFile.name, twoBitInfoFile.name)
+
+ # Then we get the output to generate the chromSizes
+ self.chromSizesFile = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".chrom.sizes")
+ subtools.sortChromSizes(twoBitInfoFile.name, self.chromSizesFile.name)
+
+ # We can get the biggest scaffold here, with chromSizesFile
+ with open(self.chromSizesFile.name, 'r') as chrom_sizes:
+ # TODO: Check if exists
+ self.default_pos = chrom_sizes.readline().split()[0]
+ # TODO: Manage to put every fill Function in a file dedicated for reading reasons
+ # Create the root directory
+ myHubPath = os.path.join(extra_files_path, "myHub")
+ if not os.path.exists(myHubPath):
+ os.makedirs(myHubPath)
+ # Create the specie folder
+ # TODO: Generate the name depending on the specie
+ mySpecieFolderPath = os.path.join(myHubPath, self.genome_name)
+ if not os.path.exists(mySpecieFolderPath):
+ os.makedirs(mySpecieFolderPath)
+ self.mySpecieFolderPath = mySpecieFolderPath
+ # We create the 2bit file while we just created the specie folder
+ #self.twoBitName = self.genome_name + ".2bit"
+ #self.two_bit_final_path = os.path.join(self.mySpecieFolderPath, self.twoBitName)
+ #shutil.copyfile(twoBitFile.name, self.two_bit_final_path)
+
+ # Create the folder tracks into the specie folder
+ tracksFolderPath = os.path.join(mySpecieFolderPath, "raw")
+ if not os.path.exists(tracksFolderPath):
+ os.makedirs(tracksFolderPath)
+ self.myTracksFolderPath = tracksFolderPath
+
+ myBinaryFolderPath = os.path.join(mySpecieFolderPath, 'bbi')
+ if not os.path.exists(myBinaryFolderPath):
+ os.makedirs(myBinaryFolderPath)
+ self.myBinaryFolderPath = myBinaryFolderPath
+
+ return myHubPath
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d TrackHub.pyc
Binary file TrackHub.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d bedToGff3.py
--- a/bedToGff3.py Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,139 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-'''
-Convert BED format to gff3
-reference for gff3: https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
-'''
-import os
-from collections import OrderedDict
-import utils
-
-class bedToGff3():
- def __init__(self, inputBedFile, chrom_sizes, bed_type, output):
- self.input = inputBedFile
- #file_dir = os.path.basename(inputBedFile)
- #print file_dir + "\n\n"
- self.output = output
- self.chrom_sizes = chrom_sizes
- self.type = bed_type
- if self.type == "trfbig":
- self.trfbig_to_gff3()
- if self.type == "regtools":
- self.splicejunctions_to_gff3()
- if self.type == "blat":
- self.bigpsl_to_gff3()
-
- def trfbig_to_gff3(self):
- gff3 = open(self.output, 'w')
- gff3.write("##gff-version 3\n")
- sizes_dict = utils.sequence_region(self.chrom_sizes)
- seq_regions = dict()
- with open(self.input, 'r') as bed:
- for line in bed:
- field = OrderedDict()
- attribute = OrderedDict()
- li = line.rstrip().split("\t")
- field['seqid'] = li[0]
- if field['seqid'] not in seq_regions:
- end_region = sizes_dict[field['seqid']]
- gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
- seq_regions[field['seqid']] = end_region
- field['source'] = li[3]
- field['type'] = 'tandem_repeat'
- # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
- field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
- field['end'] = li[2]
- field['score'] = li[9]
- field['strand'] = '+'
- field['phase'] = '.'
- attribute['length of repeat unit'] = li[4]
- attribute['mean number of copies of repeat'] = li[5]
- attribute['length of consensus sequence'] = li[6]
- attribute['percentage match'] = li[7]
- attribute['percentage indel'] = li[8]
- attribute['percent of a\'s in repeat unit'] = li[10]
- attribute['percent of c\'s in repeat unit'] = li[11]
- attribute['percent of g\'s in repeat unit'] = li[12]
- attribute['percent of t\'s in repeat unit'] = li[13]
- attribute['entropy'] = li[14]
- attribute['sequence of repeat unit element'] = li[15]
- utils.write_features(field, attribute, gff3)
- gff3.close()
-
-
- def splicejunctions_to_gff3(self):
- gff3 = open(self.output, 'w')
- gff3.write("##gff-version 3\n")
- sizes_dict = utils.sequence_region(self.chrom_sizes)
- seq_regions = dict()
- with open(self.input, 'r') as bed:
- for line in bed:
- field = OrderedDict()
- attribute = OrderedDict()
- li = line.rstrip().split("\t")
- field['seqid'] = li[0]
- if field['seqid'] not in seq_regions:
- end_region = sizes_dict[field['seqid']]
- gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
- seq_regions[field['seqid']] = end_region
- field['source'] = li[3]
- field['type'] = 'junction'
- # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
- field['start'] = int(li[1]) + 1
- field['end'] = li[2]
- field['score'] = li[12]
- field['strand'] = li[5]
- field['phase'] = '.'
- attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
- attribute['Name'] = li[3]
- attribute['blockcount'] = li[9]
- attribute['blocksizes'] = li[10]
- attribute['chromstarts'] = li[11]
- utils.write_features(field, attribute, gff3)
- utils.child_blocks(field, attribute, gff3, 'exon_junction')
- gff3.close()
-
- def bigpsl_to_gff3(self):
- gff3 = open(self.output, 'w')
- gff3.write("##gff-version 3\n")
- sizes_dict = utils.sequence_region(self.chrom_sizes)
- seq_regions = dict()
- with open(self.input, 'r') as bed:
- for line in bed:
- field = OrderedDict()
- attribute = OrderedDict()
- li = line.rstrip().split("\t")
- field['seqid'] = li[0]
- if field['seqid'] not in seq_regions:
- end_region = sizes_dict[field['seqid']]
- gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
- seq_regions[field['seqid']] = end_region
- field['source'] = 'UCSC BLAT alignment tool'
- field['type'] = 'match'
- # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
- field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
- field['end'] = li[2]
- field['score'] = li[4]
- field['strand'] = li[5]
- field['phase'] = '.'
- attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
- attribute['Name'] = li[3]
- attribute['blockcount'] = li[9]
- attribute['blocksizes'] = li[10]
- attribute['chromstarts'] = li[11]
- attribute['ochrom_start'] = li[12]
- attribute['ochrom_end'] = li[13]
- attribute['ochrom_strand'] = li[14]
- attribute['ochrom_size'] = li[15]
- attribute['ochrom_starts'] = li[16]
- attribute['sequence on other chromosome'] = li[17]
- attribute['cds in ncbi format'] = li[18]
- attribute['size of target chromosome'] = li[19]
- attribute['number of bases matched'] = li[20]
- attribute['number of bases that don\'t match'] = li[21]
- attribute['number of bases that match but are part of repeats'] = li[22]
- attribute['number of \'N\' bases'] = li[23]
- utils.write_features(field, attribute, gff3)
- utils.child_blocks(field, attribute, gff3, 'match_part')
- gff3.close()
-
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d bedToGff3.pyc
Binary file bedToGff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d bigGenePred.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bigGenePred.as Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,25 @@
+table bigGenePred
+"bigGenePred gene models"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+ uint score; "Score (0-1000)"
+ char[1] strand; "+ or - for strand"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+ string name2; "Alternative/human readable name"
+ string cdsStartStat; "Status of CDS start annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+ string cdsEndStat; "Status of CDS end annotation (none, unknown, incomplete, or complete)"
+ int[blockCount] exonFrames; "Exon frame {0,1,2}, or -1 if no frame for exon"
+ string type; "Transcript type"
+ string geneName; "Primary identifier for gene"
+ string geneName2; "Alternative/human readable gene name"
+ string geneType; "Gene type"
+ )
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d bigPsl.as
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/bigPsl.as Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,33 @@
+table bigPsl
+"bigPsl pairwise alignment"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name or ID of item, ideally both human readable and unique"
+ uint score; "Score (0-1000)"
+ char[1] strand; "+ or - for strand"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "RGB value (use R,G,B string in input file)"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+
+ uint oChromStart;"Start position in other chromosome"
+ uint oChromEnd; "End position in other chromosome"
+ char[1] oStrand; "+ or - for other strand"
+ uint oChromSize; "Size of other chromosome."
+ int[blockCount] oChromStarts; "Start positions relative to oChromStart"
+
+ lstring oSequence; "Sequence on other chrom (or edit list, or empty)"
+ string oCDS; "CDS in NCBI format"
+
+ uint chromSize;"Size of target chromosome"
+
+ uint match; "Number of bases matched."
+ uint misMatch; " Number of bases that don't match "
+ uint repMatch; " Number of bases that match but are part of repeats "
+ uint nCount; " Number of 'N' bases "
+ )
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d blastxmlToGff3.py
--- a/blastxmlToGff3.py Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,159 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-
-from Bio.Blast import NCBIXML
-from collections import OrderedDict
-import utils
-
-
-def align2cigar(hsp_query, hsp_reference):
- """
- Build CIGAR representation from an hsp_query
- input:
- hsp_query
- hsp_sbjct
- output:
- CIGAR string
- """
- query = hsp_query
- ref = hsp_reference
- # preType, curType:
- # 'M' represents match,
- # 'I' represents insert a gap into the reference sequence,
- # 'D' represents insert a gap into the target (delete from reference)
- # some ideas of this algin2cigar function are coming from
- # https://gist.github.com/ozagordi/099bdb796507da8d9426
- prevType = 'M'
- curType = 'M'
- count = 0
- cigar = []
- num = len(query)
- for i in range(num):
- if query[i] == '-':
- curType = 'D'
- elif ref[i] == '-':
- curType = 'I'
- else:
- curType = 'M'
- if curType == prevType:
- count += 1
- else:
- cigar.append('%s%d' % (prevType, count))
- prevType = curType
- count = 1
- cigar.append('%s%d' % (curType, count))
- return ' '.join(cigar)
-
-def gff3_writer(blast_records, gff3_file):
- gff3 = open(gff3_file, 'a')
- gff3.write("##gff-version 3\n")
- seq_regions = dict()
- for blast_record in blast_records:
- query_name = blast_record.query.split(" ")[0]
- source = blast_record.application
- method = blast_record.matrix
- for alignment in blast_record.alignments:
- group = {
- "parent_field" : OrderedDict(),
- "parent_attribute" : OrderedDict(),
- "alignments" : []
- }
- title = alignment.title.split(" ")
- contig_name = title[len(title) - 1]
- length = alignment.length
- group['parent_field']['seqid'] = contig_name
- group['parent_field']['source'] = source
- group['parent_field']['type'] = 'match'
- group['parent_attribute']['ID'] = contig_name + '_' + query_name
- group['parent_attribute']['method'] = method
- group['parent_attribute']['length'] = length
- if contig_name not in seq_regions:
- gff3.write("##sequence-region " + contig_name + ' 1 ' + str(length) + '\n')
- seq_regions[contig_name] = length
- match_num = 0
- coords = [length, 0]
- for hsp in alignment.hsps:
- hsp_align = {}
- field = OrderedDict()
- attribute = OrderedDict()
- ref = hsp.sbjct
- query = hsp.query
- field['seqid'] = contig_name
- field['source'] = source
- field['type'] = 'match_part'
-
- field['start'] = hsp.sbjct_start
- if field['start'] < coords[0]:
- coords[0] = field['start']
- ref_length = len(ref.replace('-', ''))
- # if run tblastn, the actual length of reference should be multiplied by 3
- if source.lower() == "tblastn":
- ref_length *= 3
- field['end'] = field['start'] + ref_length - 1
- if field['end'] > coords[1]:
- coords[1] = field['end']
- field['score'] = hsp.score
- #decide if the alignment in the same strand or reverse strand
- #reading frame
- # (+, +), (0, 0), (-, -) => +
- # (+, -), (-, +) => -
- if hsp.frame[1] * hsp.frame[0] > 0:
- field['strand'] = '+'
- elif hsp.frame[1] * hsp.frame[0] < 0:
- field['strand'] = '-'
- else:
- if hsp.frame[0] + hsp.frame[1] >= 0:
- field['strand'] = '+'
- else:
- field['strand'] = '-'
- field['phase'] = '.'
-
- target_start = hsp.query_start
- target_len = len(query.replace('-', ''))
- # if run blastx, the actual length of query should be multiplied by 3
- if source.lower() == "blastx":
- target_len *= 3
- target_end = target_start + target_len -1
- attribute['ID'] = group['parent_attribute']['ID'] + '_match_' + str(match_num)
- attribute['Parent'] = group['parent_attribute']['ID']
- attribute['Target'] = query_name + " " + str(target_start) + " " + str(target_end)
- attribute['Gap'] = align2cigar(query, ref)
- #store the query sequence and match string in the file in order to display alignment with BlastAlignment plugin
- attribute['subject'] = hsp.sbjct
- attribute['query'] = hsp.query
- attribute['match'] = hsp.match
- attribute['gaps'] = attribute['match'].count(' ')
- similar = attribute['match'].count('+')
- attribute['identities'] = len(attribute['match']) - similar - attribute['gaps']
- attribute['positives'] = attribute['identities'] + similar
- attribute['expect'] = hsp.expect
- # show reading frame attribute only if the frame is not (0, 0)
- attribute['frame'] = hsp.frame[1]
- match_num += 1
- hsp_align['field'] = field
- hsp_align['attribute'] = attribute
- group['alignments'].append(hsp_align)
- group['parent_field']['start'] = coords[0]
- group['parent_field']['end'] = coords[1]
- group['parent_field']['score'] = group['parent_field']['strand'] = group['parent_field']['phase'] = '.'
- group['parent_attribute']['match_num'] = match_num
- group['alignments'].sort(key=lambda x: (x['field']['start'], x['field']['end']))
- utils.write_features(group['parent_field'], group['parent_attribute'], gff3)
- prev_end = -1
- for align in group['alignments']:
- overlap = ''
- if align['field']['start'] <= prev_end:
- overlap += str(align['field']['start']) + ',' + str(prev_end)
- prev_end = align['field']['end']
- align['attribute']['overlap'] = overlap
- utils.write_features(align['field'], align['attribute'], gff3)
- gff3.close()
-
-def blastxml2gff3(xml_file, gff3_file):
- result_handle = open(xml_file)
- blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
- gff3_writer(blast_records, gff3_file)
-
-if __name__ == "__main__":
- blastxml2gff3("../dbia3/raw/tblastn_dmel-hits-translation-r6.11.fa_vs_nucleotide_BLAST_database_from_data_3.blastxml", "gff3.txt")
-
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d blastxmlToGff3.pyc
Binary file blastxmlToGff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/Datatype.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/Datatype.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,122 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+Super Class of the managed datatype
+"""
+
+import os
+import tempfile
+import collections
+from util import subtools
+import logging
+import abc
+from abc import ABCMeta
+from tracks.HTMLFeatures import HTMLFeatures
+from tracks.CanvasFeatures import CanvasFeatures
+from tracks.BamFeatures import BamFeatures
+from tracks.BigwigFeatures import BigwigFeatures
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+
+
+class Datatype(object):
+ __metaclass__ = ABCMeta
+
+ chromSizesFile = None
+ input_fasta_file = None
+ extra_files_path = None
+ tool_directory = None
+
+ mySpecieFolderPath = None
+ myTrackFolderPath = None
+ myBinaryFolderPath = None
+
+ trackType = None
+
+ def __init__(self):
+ not_init_message = "The {0} is not initialized." \
+ "Did you use pre_init static method first?"
+ if Datatype.input_fasta_file is None:
+ raise TypeError(not_init_message.format('reference genome'))
+ if Datatype.extra_files_path is None:
+ raise TypeError(not_init_message.format('track Hub path'))
+ if Datatype.tool_directory is None:
+ raise TypeError(not_init_message.format('tool directory'))
+ self.inputFile = None
+ self.trackType = None
+ self.dataType = None
+ self.trackFileType = None
+ self.track = None
+ self.trackSettings = dict()
+ self.extraSettings = collections.OrderedDict()
+
+
+ @staticmethod
+ def pre_init(reference_genome, chrom_sizes_file,
+ extra_files_path, tool_directory, specie_folder, tracks_folder, binary_folder, track_type):
+ Datatype.extra_files_path = extra_files_path
+ Datatype.tool_directory = tool_directory
+
+ # TODO: All this should be in TrackHub and not in Datatype
+ Datatype.mySpecieFolderPath = specie_folder
+ Datatype.myTrackFolderPath = tracks_folder
+ Datatype.myBinaryFolderPath = binary_folder
+
+ Datatype.input_fasta_file = reference_genome
+
+ # 2bit file creation from input fasta
+ #Datatype.twoBitFile = two_bit_path
+ Datatype.chromSizesFile = chrom_sizes_file
+ Datatype.trackType = track_type
+
+
+ def generateCustomTrack(self):
+ self.validateData()
+ self.initSettings()
+ #Create the track file
+ self.createTrack()
+ # Create the TrackDb Object
+ self.createTrackDb()
+ logging.debug("- %s %s created", self.dataType, self.trackName)
+
+
+ @abc.abstractmethod
+ def validateData(self):
+ """validate the input data with DataValidation"""
+
+ def initSettings(self):
+ #Initialize required fields: trackName, longLabel, shortLable
+ self.trackName = self.trackSettings["name"]
+ self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName)
+ if self.trackSettings["long_label"]:
+ self.trackLabel = self.trackSettings["long_label"]
+ else:
+ self.trackLabel = self.trackName
+ if "trackType" in self.trackSettings and self.trackSettings["trackType"]:
+ self.trackType = self.trackSettings["trackType"]
+ if self.trackSettings["group_name"]:
+ self.extraSettings["category"] = self.trackSettings["group_name"]
+ if "track_color" in self.trackSettings and self.trackSettings["track_color"]:
+ self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"]
+
+
+ @abc.abstractmethod
+ def createTrack(self):
+ """Create the final track file"""
+
+ def createTrackDb(self):
+ if self.trackType == 'HTMLFeatures':
+ self.track = HTMLFeatures(self.trackName, self.trackLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.dataType, self.extraSettings)
+ elif self.trackType == "CanvasFeatures":
+ self.track = CanvasFeatures(self.trackName, self.trackLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.dataType, self.extraSettings)
+ elif self.trackType == "bam":
+ self.track = BamFeatures(self.trackName, self.trackLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.dataType, self.extraSettings)
+ elif self.trackType == "bigwig":
+ self.track = BigwigFeatures(self.trackName, self.trackLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.dataType, self.extraSettings)
+ else:
+ logging.error("Cannot createTrackDb, because trackType is not defined or invalid! trackType = %s", self.trackType)
+ self.track.createTrackDb()
+
+ #self.track = TrackDb(self.trackName, self.trackLabel, self.trackDataURL, self.trackType, self.dataType, self.extraSettings)
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/Datatype.pyc
Binary file datatypes/Datatype.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/__init__.pyc
Binary file datatypes/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/Bam.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/binary/Bam.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,51 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+Class to handle Bam files to UCSC TrackHub
+"""
+
+import logging
+import os
+import shutil
+
+from Binary import Binary
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from util import subtools
+
+
+
+
+class Bam(Binary):
+ def __init__(self, input_bam_false_path, data_bam):
+ super(Bam, self).__init__()
+ self.inputFile = input_bam_false_path
+ self.trackSettings = data_bam
+ self.dataType = "bam"
+ self.trackType = "bam"
+
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name)
+ self.validator.validate()
+
+ def createTrack(self):
+ #shutil.copy(self.inputFile, self.trackDataURL)
+ extension = os.path.splitext(self.trackName)[1]
+ if extension != '.bam':
+ self.trackName = self.trackName + '.bam'
+ self.trackDataURL = os.path.join(self.myBinaryFolderPath, self.trackName)
+ #self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName)
+ shutil.copyfile(self.inputFile, self.trackDataURL)
+ bam_index = subtools.createBamIndex(self.inputFile)
+ indexName = os.path.basename(bam_index)
+ trackIndexURL = os.path.join(self.myBinaryFolderPath, indexName)
+ #trackIndexURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, indexName)
+ shutil.copyfile(bam_index, trackIndexURL)
+ self.extraSettings['index'] = indexName
+
+
+
+
+
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/Bam.pyc
Binary file datatypes/binary/Bam.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/BigBed.pyc
Binary file datatypes/binary/BigBed.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/BigWig.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/binary/BigWig.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,31 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import shutil
+from subprocess import Popen, PIPE
+import re
+
+# Internal dependencies
+from Binary import Binary
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+
+
+
+class BigWig(Binary):
+ def __init__(self, input_bigwig_path, data_bigwig):
+ super(BigWig, self).__init__()
+ self.inputFile = input_bigwig_path
+ self.trackSettings = data_bigwig
+ self.dataType = "bigWig"
+ self.trackType= "bigwig"
+
+ def initSettings(self):
+ super(BigWig, self).initSettings()
+ if 'style' in self.trackSettings:
+ self.extraSettings['style'] = self.trackSettings['style']
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name)
+ self.validator.validate()
+
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/BigWig.pyc
Binary file datatypes/binary/BigWig.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/Binary.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/binary/Binary.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,37 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+Super Class of the managed datatype
+"""
+
+import os
+import tempfile
+import collections
+import shutil
+import util
+from datatypes.Datatype import Datatype
+
+
+class Binary(Datatype):
+
+ def __init__(self):
+ super(Binary, self).__init__()
+
+
+ def initSettings(self):
+ super(Binary, self).initSettings()
+ self.trackDataURL = os.path.join(self.myBinaryFolderPath, self.trackName)
+
+
+ def createTrack(self):
+ shutil.copy(self.inputFile, self.trackDataURL)
+
+
+
+
+
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/Binary.pyc
Binary file datatypes/binary/Binary.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/binary/__init__.pyc
Binary file datatypes/binary/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/BedConversion.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/converters/BedConversion.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,154 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+'''
+Convert BED format to gff3
+reference for gff3: https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
+'''
+import os
+import tempfile
+from collections import OrderedDict
+
+from util import subtools
+from DataConversion import DataConversion
+
+class BedConversion(DataConversion):
+ def __init__(self, inputBedFile, outputFile, chromSizesFile, bedType, trackType, options=None):
+ super(BedConversion, self).__init__(inputBedFile, outputFile, chromSizesFile, bedType, options)
+
+
+ def convertFormats(self):
+ self.dataToJson()
+
+
+ def dataToJson(self):
+ if self.dataType != 'bed':
+ self.convertToGff3()
+ self.inputFile = self.gff3_file
+ self.dataType == 'gff'
+ subtools.flatfile_to_json(self.inputFile, self.dataType, self.trackType, self.trackLabel, self.outputFile, self.options)
+
+ def convertToGff3(self):
+ self.gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(suffix=".gff3")
+ if self.dataType == "trfbig":
+ self.trfbig_to_gff3()
+ elif self.dataType == "regtools":
+ self.splicejunctions_to_gff3()
+ elif self.dataType == "blat":
+ self.bigpsl_to_gff3()
+ else:
+ raise ValueError("dataType %s is not support for converting to GFF3", self.dataType)
+
+ def trfbig_to_gff3(self):
+ gff3 = open(self.gff3_file.name, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(self.chromSizesFile)
+ seq_regions = dict()
+ with open(self.inputFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = li[3]
+ field['type'] = 'tandem_repeat'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[9]
+ field['strand'] = '+'
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['length of repeat unit'] = li[4]
+ attribute['mean number of copies of repeat'] = li[5]
+ attribute['length of consensus sequence'] = li[6]
+ attribute['percentage match'] = li[7]
+ attribute['percentage indel'] = li[8]
+ attribute['percent of a\'s in repeat unit'] = li[10]
+ attribute['percent of c\'s in repeat unit'] = li[11]
+ attribute['percent of g\'s in repeat unit'] = li[12]
+ attribute['percent of t\'s in repeat unit'] = li[13]
+ attribute['entropy'] = li[14]
+ attribute['sequence of repeat unit element'] = li[15]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ gff3.close()
+
+
+ def splicejunctions_to_gff3(self):
+ gff3 = open(self.gff3_file.name, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(self.chromSizesFile)
+ seq_regions = dict()
+ with open(self.inputFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = li[3]
+ field['type'] = 'junction'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = int(li[1]) + 1
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[12]
+ field['strand'] = li[5]
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
+ attribute['Name'] = li[3]
+ attribute['blockcount'] = li[9]
+ attribute['blocksizes'] = li[10]
+ attribute['chromstarts'] = li[11]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ subtools.child_blocks(field, attribute, gff3, 'exon_junction')
+ gff3.close()
+
+ def bigpsl_to_gff3(self):
+ gff3 = open(self.gff3_file.name, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(self.chromSizesFile)
+ seq_regions = dict()
+ with open(self.inputFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = 'UCSC BLAT alignment tool'
+ field['type'] = 'match'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[4]
+ field['strand'] = li[5]
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
+ attribute['Name'] = li[3]
+ attribute['blockcount'] = li[9]
+ attribute['blocksizes'] = li[10]
+ attribute['chromstarts'] = li[11]
+ attribute['ochrom_start'] = li[12]
+ attribute['ochrom_end'] = li[13]
+ attribute['ochrom_strand'] = li[14]
+ attribute['ochrom_size'] = li[15]
+ attribute['ochrom_starts'] = li[16]
+ attribute['sequence on other chromosome'] = li[17]
+ attribute['cds in ncbi format'] = li[18]
+ attribute['size of target chromosome'] = li[19]
+ attribute['number of bases matched'] = li[20]
+ attribute['number of bases that don\'t match'] = li[21]
+ attribute['number of bases that match but are part of repeats'] = li[22]
+ attribute['number of \'N\' bases'] = li[23]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ subtools.child_blocks(field, attribute, gff3, 'match_part')
+ gff3.close()
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/BedConversion.pyc
Binary file datatypes/converters/BedConversion.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/DataConversion.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/converters/DataConversion.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,51 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This class handles the subprocess calls of the different tools used
+in HubArchiveCreator
+"""
+
+import logging
+import os
+import subprocess
+import sys
+import string
+import tempfile
+
+from bedToGff3 import bedToGff3
+from blastxmlToGff3 import blastxmlToGff3
+from gtfToGff3 import gtfToGff3
+
+
+
+
+class DataConversion(object):
+ CONVERT_OPERATIONS = {("bed", "gff"): "bedtogff3",
+ ("blastxml", "gff"): "blastxmltogff3",
+ ("gtf", "gff"): "gtftogff3"}
+
+ def __init__(self, inputFile, outputFile, chromSizesFile, operateType, options=None):
+ if not operateType:
+ return
+ if not inputFile:
+ raise TypeError("the input file is not specified!\n")
+ self.inputFile = inputFile
+ self.chromSizesFile = chromSizesFile
+ self.outputFile = outputFile
+ self.operateType = operateType
+ self.options = options
+
+
+
+ def convertFormats(self):
+ """ Convert data into JBrowse track """
+ convertMethod = self.CONVERT_OPERATIONS[self.operateType]
+ if convertMethod == "bedtogff3":
+ bedToGff3(self.inputFile, self.chromSizesFile, self.outputFile, self.options)
+ elif convertMethod == "blastxmltogff3":
+ blastxmlToGff3(self.inputFile, self.outputFile)
+ elif convertMethod == "gtftogff3":
+ gtfToGff3(self.inputFile, self.outputFile, self.chromSizesFile)
+ else:
+ raise ValueError("the operation %s is not defined!\n", self.operateType)
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/DataConversion.pyc
Binary file datatypes/converters/DataConversion.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/__init__.pyc
Binary file datatypes/converters/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/bedToGff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/converters/bedToGff3.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,133 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+'''
+Convert BED format to gff3
+reference for gff3: https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
+'''
+import os
+from collections import OrderedDict
+from util import subtools
+
+def bedToGff3(inputBedFile, chrom_sizes, output, bed_type):
+ if bed_type == "trfbig":
+ trfbig_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output)
+ if bed_type == "regtools":
+ splicejunctions_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output)
+ if bed_type == "blat":
+ bigpsl_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output)
+
+def trfbig_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output):
+ gff3 = open(output, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(chrom_sizes)
+ seq_regions = dict()
+ with open(inputBedFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " +
+ field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = li[3]
+ field['type'] = 'tandem_repeat'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[9]
+ field['strand'] = '+'
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['length of repeat unit'] = li[4]
+ attribute['mean number of copies of repeat'] = li[5]
+ attribute['length of consensus sequence'] = li[6]
+ attribute['percentage match'] = li[7]
+ attribute['percentage indel'] = li[8]
+ attribute['percent of a\'s in repeat unit'] = li[10]
+ attribute['percent of c\'s in repeat unit'] = li[11]
+ attribute['percent of g\'s in repeat unit'] = li[12]
+ attribute['percent of t\'s in repeat unit'] = li[13]
+ attribute['entropy'] = li[14]
+ attribute['sequence of repeat unit element'] = li[15]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ gff3.close()
+
+def splicejunctions_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output):
+ gff3 = open(output, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(chrom_sizes)
+ seq_regions = dict()
+ with open(inputBedFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " +
+ field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = li[3]
+ field['type'] = 'junction'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = int(li[1]) + 1
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[12]
+ field['strand'] = li[5]
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
+ attribute['Name'] = li[3]
+ attribute['blockcount'] = li[9]
+ attribute['blocksizes'] = li[10]
+ attribute['chromstarts'] = li[11]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ subtools.child_blocks(field, attribute, gff3, 'exon_junction')
+ gff3.close()
+
+def bigpsl_to_gff3(inputBedFile, chrom_sizes, output):
+ gff3 = open(output, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(chrom_sizes)
+ seq_regions = dict()
+ with open(inputBedFile, 'r') as bed:
+ for line in bed:
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ field['seqid'] = li[0]
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " +
+ field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = 'UCSC BLAT alignment tool'
+ field['type'] = 'match'
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = str(int(li[1]) + 1)
+ field['end'] = li[2]
+ field['score'] = li[4]
+ field['strand'] = li[5]
+ field['phase'] = '.'
+ attribute['ID'] = li[0] + '_' + li[3]
+ attribute['Name'] = li[3]
+ attribute['blockcount'] = li[9]
+ attribute['blocksizes'] = li[10]
+ attribute['chromstarts'] = li[11]
+ attribute['ochrom_start'] = li[12]
+ attribute['ochrom_end'] = li[13]
+ attribute['ochrom_strand'] = li[14]
+ attribute['ochrom_size'] = li[15]
+ attribute['ochrom_starts'] = li[16]
+ attribute['sequence on other chromosome'] = li[17]
+ attribute['cds in ncbi format'] = li[18]
+ attribute['size of target chromosome'] = li[19]
+ attribute['number of bases matched'] = li[20]
+ attribute['number of bases that don\'t match'] = li[21]
+ attribute['number of bases that match but are part of repeats'] = li[22]
+ attribute['number of \'N\' bases'] = li[23]
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ subtools.child_blocks(field, attribute, gff3, 'match_part')
+ gff3.close()
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/bedToGff3.pyc
Binary file datatypes/converters/bedToGff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/blastxmlToGff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/converters/blastxmlToGff3.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,158 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+
+from Bio.Blast import NCBIXML
+from collections import OrderedDict
+from util import subtools
+
+
+def align2cigar(hsp_query, hsp_reference):
+ """
+ Build CIGAR representation from an hsp_query
+ input:
+ hsp_query
+ hsp_sbjct
+ output:
+ CIGAR string
+ """
+ query = hsp_query
+ ref = hsp_reference
+ # preType, curType:
+ # 'M' represents match,
+ # 'I' represents insert a gap into the reference sequence,
+ # 'D' represents insert a gap into the target (delete from reference)
+ # some ideas of this algin2cigar function are coming from
+ # https://gist.github.com/ozagordi/099bdb796507da8d9426
+ prevType = 'M'
+ curType = 'M'
+ count = 0
+ cigar = []
+ num = len(query)
+ for i in range(num):
+ if query[i] == '-':
+ curType = 'D'
+ elif ref[i] == '-':
+ curType = 'I'
+ else:
+ curType = 'M'
+ if curType == prevType:
+ count += 1
+ else:
+ cigar.append('%s%d' % (prevType, count))
+ prevType = curType
+ count = 1
+ cigar.append('%s%d' % (curType, count))
+ return ' '.join(cigar)
+
+def gff3_writer(blast_records, gff3_file):
+ gff3 = open(gff3_file, 'a')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ seq_regions = dict()
+ for blast_record in blast_records:
+ query_name = blast_record.query.split(" ")[0]
+ source = blast_record.application
+ method = blast_record.matrix
+ for alignment in blast_record.alignments:
+ group = {
+ "parent_field" : OrderedDict(),
+ "parent_attribute" : OrderedDict(),
+ "alignments" : []
+ }
+ title = alignment.title.split(" ")
+ contig_name = title[len(title) - 1]
+ length = alignment.length
+ group['parent_field']['seqid'] = contig_name
+ group['parent_field']['source'] = source
+ group['parent_field']['type'] = 'match'
+ group['parent_attribute']['ID'] = contig_name + '_' + query_name
+ group['parent_attribute']['method'] = method
+ group['parent_attribute']['length'] = length
+ if contig_name not in seq_regions:
+ gff3.write("##sequence-region " + contig_name + ' 1 ' + str(length) + '\n')
+ seq_regions[contig_name] = length
+ match_num = 0
+ coords = [length, 0]
+ for hsp in alignment.hsps:
+ hsp_align = {}
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ ref = hsp.sbjct
+ query = hsp.query
+ field['seqid'] = contig_name
+ field['source'] = source
+ field['type'] = 'match_part'
+
+ field['start'] = hsp.sbjct_start
+ if field['start'] < coords[0]:
+ coords[0] = field['start']
+ ref_length = len(ref.replace('-', ''))
+ # if run tblastn, the actual length of reference should be multiplied by 3
+ if source.lower() == "tblastn":
+ ref_length *= 3
+ field['end'] = field['start'] + ref_length - 1
+ if field['end'] > coords[1]:
+ coords[1] = field['end']
+ field['score'] = hsp.score
+ #decide if the alignment in the same strand or reverse strand
+ #reading frame
+ # (+, +), (0, 0), (-, -) => +
+ # (+, -), (-, +) => -
+ if hsp.frame[1] * hsp.frame[0] > 0:
+ field['strand'] = '+'
+ elif hsp.frame[1] * hsp.frame[0] < 0:
+ field['strand'] = '-'
+ else:
+ if hsp.frame[0] + hsp.frame[1] >= 0:
+ field['strand'] = '+'
+ else:
+ field['strand'] = '-'
+ field['phase'] = '.'
+
+ target_start = hsp.query_start
+ target_len = len(query.replace('-', ''))
+ # if run blastx, the actual length of query should be multiplied by 3
+ if source.lower() == "blastx":
+ target_len *= 3
+ target_end = target_start + target_len -1
+ attribute['ID'] = group['parent_attribute']['ID'] + '_match_' + str(match_num)
+ attribute['Parent'] = group['parent_attribute']['ID']
+ attribute['Target'] = query_name + " " + str(target_start) + " " + str(target_end)
+ attribute['Gap'] = align2cigar(query, ref)
+ #store the query sequence and match string in the file in order to display alignment with BlastAlignment plugin
+ attribute['subject'] = hsp.sbjct
+ attribute['query'] = hsp.query
+ attribute['match'] = hsp.match
+ attribute['gaps'] = attribute['match'].count(' ')
+ similar = attribute['match'].count('+')
+ attribute['identities'] = len(attribute['match']) - similar - attribute['gaps']
+ attribute['positives'] = attribute['identities'] + similar
+ attribute['expect'] = hsp.expect
+ # show reading frame attribute only if the frame is not (0, 0)
+ attribute['frame'] = hsp.frame[1]
+ match_num += 1
+ hsp_align['field'] = field
+ hsp_align['attribute'] = attribute
+ group['alignments'].append(hsp_align)
+ group['parent_field']['start'] = coords[0]
+ group['parent_field']['end'] = coords[1]
+ group['parent_field']['score'] = group['parent_field']['strand'] = group['parent_field']['phase'] = '.'
+ group['parent_attribute']['match_num'] = match_num
+ group['alignments'].sort(key=lambda x: (x['field']['start'], x['field']['end']))
+ subtools.write_features(group['parent_field'], group['parent_attribute'], gff3)
+ prev_end = -1
+ for align in group['alignments']:
+ overlap = ''
+ if align['field']['start'] <= prev_end:
+ overlap += str(align['field']['start']) + ',' + str(prev_end)
+ prev_end = align['field']['end']
+ align['attribute']['overlap'] = overlap
+ subtools.write_features(align['field'], align['attribute'], gff3)
+ gff3.close()
+
+def blastxmlToGff3(xml_file, gff3_file):
+ result_handle = open(xml_file)
+ blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
+ gff3_writer(blast_records, gff3_file)
+
+if __name__ == "__main__":
+ blastxmlToGff3("../dbia3/raw/tblastn_dmel-hits-translation-r6.11.fa_vs_nucleotide_BLAST_database_from_data_3.blastxml", "gff3.txt")
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc
Binary file datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/gtfToGff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/converters/gtfToGff3.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,60 @@
+#!/usr/bin/env python
+
+'''
+Convert GTF format to GFF3
+reference for gff3: https://github.com/The-Sequence-Ontology/Specifications/blob/master/gff3.md
+'''
+import os
+from collections import OrderedDict
+from util import subtools
+
+
+
+
+def gtfToGff3(gtf_file, gff3_file, chrom_sizes):
+ """
+ Covert gtf file output from StringTie to gff3 format
+ """
+ gff3 = open(gff3_file, 'w')
+ gff3.write("##gff-version 3\n")
+ sizes_dict = subtools.sequence_region(chrom_sizes)
+ seq_regions = dict()
+ parents = dict()
+ with open(gtf_file, 'r') as gtf:
+ for line in gtf:
+ if line.startswith('#') or not line.strip():
+ continue
+ field = OrderedDict()
+ attribute = OrderedDict()
+ li = line.rstrip().split("\t")
+ #print li
+ field['seqid'] = li[0]
+ #print field['seqid']
+ if field['seqid'] not in seq_regions:
+ end_region = sizes_dict[field['seqid']]
+ gff3.write("##sequence-region " + field['seqid'] + ' 1 ' + str(end_region) + '\n')
+ seq_regions[field['seqid']] = end_region
+ field['source'] = li[1]
+ field['type'] = li[2]
+ # The first base in a chromosome is numbered 0 in BED format
+ field['start'] = li[3]
+ field['end'] = li[4]
+ field['score'] = li[5]
+ field['strand'] = li[6]
+ field['phase'] = li[7]
+ attr_li = li[8].split(';')
+ gene_id = attr_li[0].split()[1].strip('"')
+ attribute['ID'] = gene_id + '_' + field['type'] + '_' + str(field['start']) + '_' + str(field['end'])
+ if field['type'] == 'transcript':
+ parents[gene_id] = attribute['ID']
+ attribute['transcript_id'] = attr_li[1].split()[1].strip('"')
+ attribute['coverage'] = attr_li[2].split()[1].strip('"')
+ attribute['fpkm'] = attr_li[3].split()[1].strip('"')
+ attribute['tpm'] = attr_li[4].split()[1].strip('"')
+ elif field['type'] == 'exon':
+ attribute['Parent'] = parents[gene_id]
+ attribute['transcript_id'] = attr_li[1].split()[1].strip('"')
+ attribute['coverage'] = attr_li[3].split()[1].strip('"')
+ subtools.write_features(field, attribute, gff3)
+ gff3.close()
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/converters/gtfToGff3.pyc
Binary file datatypes/converters/gtfToGff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Bed.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Bed.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import logging
+import shutil
+
+# Internal dependencies
+from Interval import Interval
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+class Bed(Interval):
+ def __init__(self, inputBedGeneric, data_bed_generic):
+ super(Bed, self).__init__()
+ self.inputFile = inputBedGeneric
+ self.trackSettings = data_bed_generic
+ self.bedFields = None
+ self.extFields = None
+ self.dataType = "bed"
+
+ def createTrack(self):
+ shutil.copyfile(self.inputFile, self.trackDataURL)
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name)
+ self.validator.validate()
+
+ def _getBedFields(self):
+ """count number of bed fields for generic bed format"""
+ with open(self.inputFile, 'r') as bed:
+ l = bed.readline().split()
+ return len(l)
+
+ def getValidateType(self):
+ if not self.bedFields:
+ logging.debug("bedFields is not defined, consider the file as Bed generic format, datatype = bed%s", str(self.bedFields))
+ self.bedFields = self._getBedFields()
+ return self.dataType + str(self.bedFields)
+ elif not self.extFields:
+ return self.dataType + str(self.bedFields)
+ else:
+ return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields)
+
+
+
+
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Bed.pyc
Binary file datatypes/interval/Bed.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedBlastAlignments.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BedBlastAlignments.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,25 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import string
+
+from BigPsl import BigPsl
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+from util import subtools
+
+
+class BedBlastAlignments( BigPsl ):
+ def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments):
+
+ super(BedBlastAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments)
+ #self.seqType = 1
+ self.trackType = "G-OnRamp_plugin/BlastAlignment"
+
+ def initSettings(self):
+ super(BedBlastAlignments, self).initSettings()
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "match_part"
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedBlastAlignments.pyc
Binary file datatypes/interval/BedBlastAlignments.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedBlatAlignments.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BedBlatAlignments.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,23 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import string
+
+from BigPsl import BigPsl
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+from util import subtools
+
+
+class BedBlatAlignments( BigPsl ):
+ def __init__(self, input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments):
+
+ super(BedBlatAlignments, self).__init__(input_bed_blast_alignments_false_path, data_bed_blast_alignments)
+ #self.seqType = 1
+ #self.trackType = "G-OnRamp_plugin/BlatAlignment"
+
+ def initSettings(self):
+ super(BedBlatAlignments, self).initSettings()
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "match_part"
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedBlatAlignments.pyc
Binary file datatypes/interval/BedBlatAlignments.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedSimpleRepeats.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BedSimpleRepeats.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,33 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+
+from Bed import Bed
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+
+class BedSimpleRepeats( Bed ):
+ def __init__(self, input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats):
+
+ super(BedSimpleRepeats, self).__init__(input_bed_simple_repeats_false_path, data_bed_simple_repeats)
+ self.bedFields = 4
+ self.extFields = 12
+ self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'trf_simpleRepeat.as')
+ self.trackFileType = "gff"
+
+
+
+ def validateData(self):
+ self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql)
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions)
+ self.validator.validate()
+
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, 'trfbig')
+ self.converter.convertFormats()
+ self.dataType = self.trackFileType
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedSimpleRepeats.pyc
Binary file datatypes/interval/BedSimpleRepeats.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedSpliceJunctions.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BedSpliceJunctions.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,36 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+
+from Bed import Bed
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+
+
+class BedSpliceJunctions( Bed ):
+ def __init__(self, input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions):
+
+ super(BedSpliceJunctions, self).__init__(input_bed_splice_junctions_false_path, data_bed_splice_junctions)
+ self.bedFields = 12
+ self.extFields = 1
+ self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'spliceJunctions.as')
+ self.trackFileType = "gff"
+
+ def initSettings(self):
+ super(BedSpliceJunctions, self).initSettings()
+ self.extraSettings["glyph"] = "JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments"
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "exon_junction"
+
+ def validateData(self):
+ self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql)
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions)
+ self.validator.validate()
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, 'regtools')
+ self.converter.convertFormats()
+ self.dataType = self.trackFileType
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BedSpliceJunctions.pyc
Binary file datatypes/interval/BedSpliceJunctions.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BigPsl.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BigPsl.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,53 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import string
+
+from Interval import Interval
+from util.index.DatabaseIndex import DatabaseIndex
+from util.index.TrixIndex import TrixIndex
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+
+class BigPsl(Interval):
+ def __init__(self, input_bigpsl_false_path, data_bigpsl):
+
+ super(BigPsl, self).__init__()
+ self.inputFile = input_bigpsl_false_path
+ self.trackSettings = data_bigpsl
+ self.dataType = "bed"
+ self.bedFields = 12
+ self.extFields = 12
+ #self.seqType = None
+ self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as')
+
+ def initSettings(self):
+ super(BigPsl, self).initSettings()
+ self.extraSettings["glyph"] = "JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments"
+ #self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "match_part"
+
+ def validateData(self):
+ self.validateOptions = self.getValidateOptions(tab="True", autoSql=self.autoSql)
+ self.validator = DataValidation(self.inputFile, self.getValidateType(), self.chromSizesFile.name, self.validateOptions)
+ self.validator.validate()
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, 'blat')
+ self.converter.convertFormats()
+ self.dataType = self.trackFileType
+
+ def getValidateType(self):
+ if not self.bedFields or not self.extFields:
+ raise Exception("Invalid bigPsl format, no {0} or {1}".format("bedFields", "extFields"))
+ return self.dataType + str(self.bedFields) + "+" + str(self.extFields)
+
+ def _getSeqType(self):
+ with open(self.inputFile, "r") as bigpsl:
+ sampleSeq = bigpsl.readline().split()
+ if len(sampleSeq) == 25:
+ return sampleSeq[-1]
+ else:
+ return None
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BigPsl.pyc
Binary file datatypes/interval/BigPsl.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BlastXml.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/BlastXml.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,34 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import string
+
+from Interval import Interval
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+from util import subtools
+
+
+class BlastXml( Interval ):
+ def __init__(self, input_blast_alignments_false_path, data_blast_alignments):
+
+ super(BlastXml, self).__init__()
+ self.inputFile = input_blast_alignments_false_path
+ self.trackSettings = data_blast_alignments
+ self.dataType = "blastxml"
+ #self.trackType = "G-OnRamp_plugin/BlatAlignment"
+
+ def initSettings(self):
+ super(BlastXml, self).initSettings()
+ self.extraSettings["glyph"] = "JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments"
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "match_part"
+
+ def validateData(self):
+ return
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType)
+ self.converter.convertFormats()
+ self.dataType = self.trackFileType
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/BlastXml.pyc
Binary file datatypes/interval/BlastXml.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/CytoBand.pyc
Binary file datatypes/interval/CytoBand.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Gff.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,25 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import abc
+import shutil
+
+
+# Internal dependencies
+from Interval import Interval
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+class Gff(Interval):
+ def __init__(self):
+ super(Gff, self).__init__()
+ self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigGenePred.as')
+
+
+ def createTrack(self):
+ shutil.copyfile(self.inputFile, self.trackDataURL)
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff.pyc
Binary file datatypes/interval/Gff.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff3.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Gff3.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,44 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+import logging
+
+# Internal dependencies
+from Gff import Gff
+from datatypes.validators.Gff3Validation import Gff3Validation
+
+
+class Gff3( Gff ):
+ def __init__(self, input_Gff3_false_path, data_gff3):
+ super( Gff3, self ).__init__()
+ self.inputFile = input_Gff3_false_path
+ self.trackSettings = data_gff3
+ self.dataType = "gff"
+
+ def initSettings(self):
+ super(Gff3, self).initSettings()
+ feature_type = self._checkFeatureType(self.inputFile)
+ if feature_type != -1:
+ self.extraSettings["type"] = feature_type
+ if feature_type == "transcript":
+ self.extraSettings["transcriptType"] = "transcript"
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "CDS"
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = Gff3Validation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name)
+ self.inputFile = self.validator.validate()
+
+ @staticmethod
+ def _checkFeatureType(gff_file):
+ TYPES = ["transcript", "mRNA"]
+ with open(gff_file, 'r') as f:
+ lines = f.readlines()
+ for li in lines:
+ if "#" not in li:
+ feature_type = li.split()[2]
+ if feature_type in TYPES:
+ return feature_type
+ logging.debug("The type of the feature either transcript or mRNA is not found in Gff3 file")
+ return -1
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff3.pyc
Binary file datatypes/interval/Gff3.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff3_mrna.pyc
Binary file datatypes/interval/Gff3_mrna.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gff3_transcript.pyc
Binary file datatypes/interval/Gff3_transcript.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gtf.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Gtf.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,34 @@
+#!/usr/bin/python
+
+import os
+import tempfile
+
+# Internal dependencies
+from Gff import Gff
+from datatypes.validators.GtfValidation import GtfValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+
+class Gtf(Gff):
+ def __init__( self, input_gtf_false_path, data_gtf):
+
+ super(Gtf, self).__init__()
+ self.inputFile = input_gtf_false_path
+ self.trackSettings = data_gtf
+ self.dataType = "gtf"
+
+ def initSettings(self):
+ super(Gtf, self).initSettings()
+ self.extraSettings["glyph"] = "JBrowse/View/FeatureGlyph/Segments"
+ self.extraSettings["subfeatureClasses"] = "UTR"
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType)
+ self.converter.convertFormats()
+ self.dataType = self.trackFileType
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = GtfValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile.name)
+ self.inputFile = self.validator.validate()
+
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Gtf.pyc
Binary file datatypes/interval/Gtf.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/GtfStringTie.pyc
Binary file datatypes/interval/GtfStringTie.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Interval.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Interval.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,42 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+Super Class of the managed datatype
+"""
+
+import logging
+from datatypes.Datatype import Datatype
+
+
+class Interval(Datatype):
+
+ def __init__(self):
+ super(Interval, self).__init__()
+ if not Datatype.trackType:
+ self.trackType = "HTMLFeatures"
+ else:
+ self.trackType = Datatype.trackType
+ logging.debug("Set default trackType = %s for feature tracks", self.trackType)
+ self.trackFileType = "gff"
+
+
+ def getValidateOptions(self, tab=None, autoSql=None):
+ options = dict()
+ if tab:
+ options["tab"] = tab
+ if autoSql:
+ options["autoSql"] = autoSql
+ return options
+
+ def getConvertType(self):
+ if not self.trackFileType or not self.dataType:
+ raise ValueError("dataType or trackFileType has not been set!")
+ return (self.dataType.lower(), self.trackFileType.lower())
+
+
+
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Interval.pyc
Binary file datatypes/interval/Interval.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Psl.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/interval/Psl.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,42 @@
+import logging
+import os
+import tempfile
+
+# Internal dependencies
+from Interval import Interval
+from datatypes.validators.PslValidation import PslValidation
+from datatypes.converters.DataConversion import DataConversion
+
+
+class Psl(Interval):
+ def __init__(self, input_psl_path, data_psl):
+ super(Psl, self).__init__()
+ self.inputFile = input_psl_path
+ self.trackSettings = data_psl
+ self.dataType = "psl"
+ self.trackType = "bigPsl"
+ self.autoSql = os.path.join(self.tool_directory, 'bigPsl.as')
+
+ def initSettings(self):
+ super(Psl, self).initSettings()
+ self.trackName = "".join( ( self.trackName, ".bb") )
+ self.trackDataURL = os.path.join(self.myTrackFolderPath, self.trackName)
+ if "track_color" in self.trackSettings:
+ self.extraSettings["color"] = self.trackSettings["track_color"]
+ if "group_name" in self.trackSettings:
+ self.extraSettings["group"] = self.trackSettings["group_name"]
+ self.extraSettings["visibility"] = "dense"
+ self.extraSettings["priority"] = self.trackSettings["order_index"]
+
+ def validateData(self):
+ self.validator = PslValidation(self.inputFile, self.dataType, self.chromSizesFile)
+ self.validator.validate()
+
+ def createTrack(self):
+ self.convertType = self.getConvertType()
+ self.options = self.getConvertOptions("bed12+12", tab="True", autoSql=self.autoSql, extraIndex="name")
+ self.converter = DataConversion(self.inputFile, self.trackDataURL, self.chromSizesFile.name, self.convertType, self.options)
+ self.converter.convertFormats()
+
+ def getConvertType(self):
+ return (self.dataType.lower(), self.trackType.lower())
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/Psl.pyc
Binary file datatypes/interval/Psl.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/interval/__init__.pyc
Binary file datatypes/interval/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/sequence/Fasta.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/sequence/Fasta.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,16 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+Class describing the Fasta format
+(As of the 07/20/2016, only used with the reference genome)
+"""
+
+class Fasta(object):
+ def __init__(self, false_path, name, assembly_id):
+ self.false_path = false_path
+ self.name = name
+
+ if not assembly_id:
+ assembly_id = "unknown"
+ self.assembly_id = assembly_id
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/sequence/Fasta.pyc
Binary file datatypes/sequence/Fasta.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/sequence/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/sequence/__init__.pyc
Binary file datatypes/sequence/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/DataValidation.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/validators/DataValidation.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,43 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This class handles the subprocess calls of the different tools used
+in HubArchiveCreator
+"""
+
+import logging
+import os
+import subprocess
+import sys
+import string
+import tempfile
+import re
+
+from util import subtools
+
+
+class DataValidation(object):
+ BED_TYPE = re.compile(r'bed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$')
+ BIGBED_TYPE = re.compile(r'bigBed([1-9][0-9]?)\+?([1-9][0-9]?)?$')
+ FILE_TYPE = ["fasta", "fastq", "bam", "bigwig", "bed", "bigbed", "bedgraph"]
+
+ def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None):
+ self.inputFile = inputFile
+ self.fileType = fileType
+ self.chromSizesFile = chromSizesFile
+ self.options = options
+
+ def validate(self):
+ """validate input file format"""
+ if self._checkDatatype():
+ subtools.validateFiles(self.inputFile, self.chromSizesFile, self.fileType, self.options)
+ else:
+ raise TypeError("validateFiles cannot validate format {0}. Only the following formats can be validated by this tool: \n{1}\n".format(self.fileType, self.FILE_TYPE))
+
+ def _checkDatatype(self):
+ if re.match(self.BED_TYPE, self.fileType) or re.match(self.BIGBED_TYPE, self.fileType):
+ return True
+ elif self.fileType.lower() in self.FILE_TYPE:
+ return True
+ return False
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/DataValidation.pyc
Binary file datatypes/validators/DataValidation.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/Gff3Validation.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/validators/Gff3Validation.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This class handles the subprocess calls of the different tools used
+in HubArchiveCreator
+"""
+
+import logging
+import os
+import subprocess
+import sys
+import string
+import tempfile
+import re
+
+from DataValidation import DataValidation
+
+
+
+class Gff3Validation(DataValidation):
+
+ def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None):
+ super(Gff3Validation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options)
+
+ def validate(self):
+ """validate input file format"""
+ if self._removeExtraHeader() > 1:
+ print("- Warning: Gff3 created with a modified version of your Gff3 by removing extra headers '##gff-version 3'.")
+ return self.inputFile
+
+ def _removeExtraHeader(self):
+ """
+ Remove extra meta line: ##gff-version 3
+ """
+ valid_gff3_file = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gff3", delete=False)
+ valid = open(valid_gff3_file.name, 'w')
+ num = 0
+ with open(self.inputFile, 'r') as f:
+ for line in f:
+ if '##gff-version 3' in line:
+ if num == 0:
+ num += 1
+ else:
+ continue
+ valid.write(line)
+ self.inputFile = valid_gff3_file.name
+ return num
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/Gff3Validation.pyc
Binary file datatypes/validators/Gff3Validation.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/GtfValidation.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/validators/GtfValidation.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,108 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This class handles the subprocess calls of the different tools used
+in HubArchiveCreator
+"""
+
+import logging
+import os
+import subprocess
+import sys
+import string
+import tempfile
+import re
+
+from DataValidation import DataValidation
+
+
+class GtfValidation(DataValidation):
+
+ def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None):
+ super(GtfValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options)
+
+ def validate(self):
+ """validate input file format"""
+ self._checkAndFixGtf()
+ if self.is_modified:
+ print("- Warning: Gtf created with a modified version of your Gtf because of start/end coordinates issues.")
+ print("Here are the lines removed: " + self._get_str_modified_lines())
+ return self.inputFile
+
+
+
+ def _checkAndFixGtf(self):
+ """
+ Call _checkAndFixGtf, check the integrity of gtf file,
+ if coordinates exceed chromosome size, either removed the whole line(s) or truncated to the end of the scaffold
+ depending on the user choice
+ default: remove the whole line(s)
+ """
+ # Set the boolean telling if we had to modify the file
+ self.is_modified = False
+ self.array_modified_lines = []
+ # Create a temp gtf just in case we have issues
+ temp_gtf = tempfile.NamedTemporaryFile(bufsize=0, suffix=".gtf", delete=False)
+
+ # TODO: Get the user choice and use it
+ # TODO: Check if the start > 0 and the end <= chromosome size
+ # Get the chrom.sizes into a dictionary to have a faster access
+ # TODO: Think about doing this in Datatype.py, so everywhere we have access to this read-only dictionary
+ dict_chrom_sizes = {}
+ with open(self.chromSizesFile, 'r') as chromSizes:
+ lines = chromSizes.readlines()
+ for line in lines:
+ fields = line.split()
+ # fields[1] should be the name of the scaffold
+ # fields[2] should be the size of the scaffold
+ # TODO: Ensure this is true for all lines
+ dict_chrom_sizes[fields[0]] = fields[1]
+
+ # Parse the GTF and check each line using the chrom sizes dictionary
+ with open(temp_gtf.name, 'a+') as tmp:
+ with open(self.inputFile, 'r') as gtf:
+ lines = gtf.readlines()
+ for index, line in enumerate(lines):
+ # If this is not a comment, we check the fields
+ if not line.startswith('#'):
+ fields = line.split()
+ # We are interested in fields[0] => Seqname (scaffold)
+ # We are interested in fields[3] => Start of the scaffold
+ # We are interested in fields[4] => End of the scaffold
+ scaffold_size = dict_chrom_sizes[fields[0]]
+ start_position = fields[3]
+ end_position = fields[4]
+
+ if start_position > 0 and end_position <= scaffold_size:
+ # We are good, so we copy this line
+ tmp.write(line)
+ tmp.write(os.linesep)
+
+
+ # The sequence is not good, we are going to process it regarding the user choice
+ # TODO: Process the user choice
+ # By default, we are assuming the user choice is to remove the lines: We don't copy it
+
+ # If we are here, it means the gtf has been modified
+ else:
+ # We save the line for the feedback to the user
+ self.array_modified_lines.append(index + 1)
+
+ if self.is_modified is False:
+ self.is_modified = True
+ else:
+ pass
+ else:
+ tmp.write(line)
+ tmp.write(os.linesep)
+
+ # Once the process it completed, we just replace the path of the gtf
+ self.inputFile = temp_gtf.name
+
+ # TODO: Manage the issue with the fact the dataset is going to still exist on the disk because of delete=False
+ #return modified_gtf
+
+ def _get_str_modified_lines(self):
+ return ','.join(map(str, self.array_modified_lines))
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/GtfValidation.pyc
Binary file datatypes/validators/GtfValidation.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/PslValidation.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/datatypes/validators/PslValidation.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,31 @@
+#!/usr/bin/python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This class handles the subprocess calls of the different tools used
+in HubArchiveCreator
+"""
+
+import logging
+import os
+import subprocess
+import sys
+import string
+import tempfile
+import re
+
+from util import subtools
+from datatypes.validators.DataValidation import DataValidation
+
+
+class PslValidation(DataValidation):
+
+ def __init__(self, inputFile, fileType, chromSizesFile, options=None):
+ super(PslValidation, self).__init__(inputFile, fileType, chromSizesFile, options)
+
+ def validate(self):
+ """validate input file format"""
+ self.pslCheck()
+
+ def pslCheck(self):
+ subtools.pslCheck(self.inputFile)
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/PslValidation.pyc
Binary file datatypes/validators/PslValidation.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/__init__.py
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d datatypes/validators/__init__.pyc
Binary file datatypes/validators/__init__.pyc has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d jbrowseArchiveCreator.py
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/jbrowseArchiveCreator.py Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,83 @@
+#!/usr/bin/env python
+# -*- coding: utf8 -*-
+
+"""
+This Galaxy tool permits to prepare your files to be ready for JBrowse visualization.
+"""
+
+import sys
+import argparse
+import json
+import logging
+import collections
+
+
+# Internal dependencies
+from util.Reader import Reader
+from util.Logger import Logger
+from TrackHub import TrackHub
+
+
+def main(argv):
+ parser = argparse.ArgumentParser(description='Create a hub to display in jbrowse.')
+ parser.add_argument('-j', '--data_json', help='JSON file containing the metadata of the inputs')
+ parser.add_argument('-o', '--output', help='Name of the HTML summarizing the content of the JBrowse Hub Archive')
+
+ # Get the args passed in parameter
+ args = parser.parse_args()
+ json_inputs_data = args.data_json
+ outputFile = args.output
+
+ ##Parse JSON file with Reader
+ reader = Reader(json_inputs_data)
+
+ # Begin init variables
+ extra_files_path = reader.getExtFilesPath()
+ toolDirectory = reader.getToolDir()
+ #outputFile = reader.getOutputDir()
+ user_email = reader.getUserEmail()
+ reference_genome = reader.getRefGenome()
+ debug_mode = reader.getDebugMode()
+ track_type = reader.getTrackType()
+
+
+ #### Logging management ####
+ # If we are in Debug mode, also print in stdout the debug dump
+ log = Logger(tool_directory=toolDirectory, debug=debug_mode, extra_files_path=extra_files_path)
+ log.setup_logging()
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Start ####\n')
+ logging.debug('---- Welcome in JBrowseArchiveCreator Debug Mode ----\n')
+ logging.debug('JSON parameters: %s\n\n', json.dumps(reader.args))
+ #### END Logging management ####
+
+ # Create the Track Hub folder
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Creating the Track Hub folder ####\n')
+ trackHub = TrackHub(reference_genome, outputFile, extra_files_path, toolDirectory, track_type)
+
+ # Create Ordered Dictionary to add the tracks in the tool form order
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Preparing track data ####\n')
+ all_datatype_dictionary = reader.getTracksData()
+ all_datatype_ordered_dictionary = collections.OrderedDict(all_datatype_dictionary)
+
+ logging.debug("----- End of all_datatype_dictionary processing -----")
+ #logging.debug("all_datatype_ordered_dictionary are: %s", json.dumps(all_datatype_ordered_dictionary))
+
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Adding tracks to Track Hub ####\n')
+ logging.debug("----- Beginning of Track adding processing -----")
+
+ for index, datatypeObject in all_datatype_ordered_dictionary.iteritems():
+ trackHub.addTrack(datatypeObject.track.track_db)
+
+ logging.debug("----- End of Track adding processing -----")
+
+ # We terminate the process and so create a HTML file summarizing all the files
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Creating the HTML file ####\n')
+ trackHub.terminate(debug_mode)
+
+ logging.debug('---- End of JBrowseArchiveCreator Debug Mode: Bye! ----\n')
+ logging.info('#### JBrowseArchiveCreator: Congratulation! Assembly Hub is created! ####\n')
+
+ sys.exit(0)
+
+if __name__ == "__main__":
+ main(sys.argv)
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d jbrowseArchiveCreator.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/jbrowseArchiveCreator.xml Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,368 @@
+
+
+ This Galaxy tool is used to prepare your files to be ready for displaying on JBrowse with Apollo plugin
+
+
+ macros.xml
+
+
+ samtools
+ numpy
+ biopython
+ ucsc_hac
+ jbrowse_tools
+
+
+
+
+
+
+
+
+import json
+import sys
+
+file_path = sys.argv[1]
+#set global data_parameter_dict = {}
+
+## Ask the user to enter the genome name
+#silent $data_parameter_dict.update({"genome_name": str($genome_name)})
+
+## Function to retrieve the data of the inputs
+#def prepare_json($datatype, $input_to_prepare, $order_index, $extra_data_dict={})
+ #set false_path = str($input_to_prepare)
+ #set $data_dict = {"false_path": $false_path}
+
+ #set name = str($input_to_prepare.name)
+ #silent $data_dict.update({"name": $name})
+ #silent $data_dict.update($extra_data_dict)
+ ## Add the ordering by taking the tool form indexes
+ #silent $data_dict.update({"order_index": $order_index})
+
+ #if $datatype in $data_parameter_dict
+ #silent $data_parameter_dict[$datatype].append($data_dict)
+ #else
+ #set array_inputs = []
+ #silent $array_inputs.append($data_dict)
+ #silent $data_parameter_dict.update({$datatype: $array_inputs})
+ #end if
+#end def
+
+## Get the number of digits from tracks, to have a unique integer from group index and track index
+
+#set temp_max_digit = 0
+
+#for $g in $group
+ #if len($g.format) > $temp_max_digit
+ #silent temp_max_digit = len($g.format)
+ #end if
+#end for
+
+#set nb_digits_max_track = len(str($temp_max_digit))
+
+## END Get the number of digits
+
+#for $i_g, $g in enumerate( $group )
+ #for $i, $f in enumerate( $g.format )
+ ## Create the order index using index_group+1 concatenated with index_track
+ #set index_group_final = str($i_g + 1)
+ #set index_track_final = str($index_group_final) + str($i).zfill($nb_digits_max_track)
+
+ ## For each format, we have a few mandatory fields we store in a dict
+ #set track_color = str($f.formatChoice.track_color)
+ #set group_name = str($g.group_name)
+ #set longLabel = str($f.formatChoice.longLabel)
+ #set extra_data_dict = {"track_color": $track_color,
+ "group_name": $group_name,
+ "long_label": $longLabel}
+ #if $f.formatChoice.format_select == "bam"
+ #set bam_index = $f.formatChoice.BAM.metadata.bam_index
+
+ ## Add Bam format specific fields
+ #silent $extra_data_dict.update({"index": $bam_index})
+
+ #silent $prepare_json("Bam", $f.formatChoice.BAM, $index_track_final, $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.format_select == "bed"
+ #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_generic"
+ #silent $prepare_json("Bed", $f.formatChoice.bedChoice.BED_generic, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_simple_repeats_option"
+ #silent $prepare_json("BedSimpleRepeats", $f.formatChoice.bedChoice.BED_simple_repeats, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_splice_junctions_option"
+ #silent $prepare_json("BedSpliceJunctions", $f.formatChoice.bedChoice.BED_splice_junctions, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blast_alignment_option"
+ ##set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database)
+ ##silent $extra_data_dict.update({"database": $database})
+ #silent $prepare_json("BedBlastAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blast_alignment, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.bedChoice.bed_select == "bed_blat_alignment_option"
+ ##set database = str($f.formatChoice.bedChoice.database)
+ ##silent $extra_data_dict.update({"database": $database})
+ #silent $prepare_json("BedBlatAlignments", $f.formatChoice.bedChoice.BED_blat_alignment, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.format_select == "blastxml"
+ #silent $prepare_json("BlastXml", $f.formatChoice.BlastXML, $index_track_final,
+ extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.format_select == "bigwig"
+ #silent $prepare_json("BigWig", $f.formatChoice.BIGWIG, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.format_select == 'gff3'
+ #silent $prepare_json("Gff3", $f.formatChoice.GFF3, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #if $f.formatChoice.format_select == "gtf"
+ ## Add also GTF from Agustus? See https://github.com/ENCODE-DCC/kentUtils/issues/8
+ #silent $prepare_json("Gtf", $f.formatChoice.GTF, $index_track_final,
+ $extra_data_dict)
+ #end if
+ #end for
+#end for
+
+## We combine the fasta file dataset name with his false path in a JSON object
+#set fasta_json = {"false_path": str($fasta_file), "name": str($fasta_file.name)}
+$data_parameter_dict.update({"fasta": $fasta_json})
+
+## Retrieve the user email
+#silent $data_parameter_dict.update({"user_email": str($__user_email__)})
+
+#silent $data_parameter_dict.update({"tool_directory": str($__tool_directory__)})
+
+#silent $data_parameter_dict.update({"extra_files_path": str($output.extra_files_path)})
+
+#silent $data_parameter_dict.update({"debug_mode": str($advanced_options.debug_mode)})
+
+with open(file_path, 'w') as f:
+ json.dump($data_parameter_dict, f)
+
+
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+ Use this option if you are a G-OnRamp developer
+
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+
+
+
+
+
+
+
+ This Galaxy tool will create a jbrowse hub which including binary datasets and json datasets that can be used for
+ JBrowse visualization.
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d jbrowse_hub.py
--- a/jbrowse_hub.py Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,176 +0,0 @@
-#!/usr/bin/env python
-
-import sys
-import argparse
-import json
-import utils
-import trackObject
-import TrackHub
-
-
-
-def main(argv):
- parser = argparse.ArgumentParser(description='Create a hub to display in jbrowse.')
-
- # Reference genome mandatory
- parser.add_argument('-f', '--fasta', help='Fasta file of the reference genome (Required)')
-
- # Genome name
- parser.add_argument('-g', '--genome_name', help='Name of reference genome')
-
- # Output folder
- parser.add_argument('-o', '--out', help='output html')
-
- # Output folder
- parser.add_argument('-e', '--extra_files_path', help='Directory of JBrowse Hub folder')
-
- #Tool Directory
- parser.add_argument('-d', '--tool_directory', help='The directory of JBrowse file convertion scripts and UCSC tools')
-
- #GFF3
- parser.add_argument('--gff3', action='append', help='GFF3 format')
-
- # GFF3 structure: gene->transcription->CDS
- parser.add_argument('--gff3_transcript', action='append', help='GFF3 format for gene prediction, structure: gene->transcription->CDS')
-
- # GFF3 structure: gene->mRNA->CDS
- parser.add_argument('--gff3_mrna', action='append', help='GFF3 format for gene prediction, structure: gene->mRNA->CDS')
-
- # generic BED
- parser.add_argument('--bed', action='append', help='BED format')
-
- # trfBig simple repeats (BED 4+12)
- parser.add_argument('--bedSimpleRepeats', action='append', help='BED 4+12 format, using simpleRepeats.as')
-
- # regtools (BED 12+1)
- parser.add_argument('--bedSpliceJunctions', action='append', help='BED 12+1 format, using spliceJunctions.as')
-
- # tblastn alignment (blastxml)
- parser.add_argument('--blastxml', action='append', help='blastxml format from tblastn')
-
- # blat alignment (bigpsl 12+12)
- parser.add_argument('--bigpsl', action='append', help='bigpsl format from blat alignment')
-
- # BAM format
- parser.add_argument('--bam', action='append', help='BAM format from HISAT')
-
- # BIGWIG format
- parser.add_argument('--bigwig', action='append', help='BIGWIG format to show rnaseq coverage')
-
- # GTF format
- parser.add_argument('--gtf', action='append', help='GTF format from StringTie')
-
- # Metadata json format
- parser.add_argument('-j', '--data_json', help='Json containing the metadata of the inputs')
-
- #JBrowse host
- parser.add_argument('--jbrowse_host', help="JBrowse Host")
-
- args = parser.parse_args()
- all_datatype_dictionary = dict()
-
-
- if not args.fasta:
- parser.print_help()
- raise RuntimeError("No reference genome\n")
- reference = args.fasta
- genome = 'unknown'
- out_path = 'unknown.html'
- extra_files_path = '.'
- tool_directory = '.'
- jbrowse_host = ''
- if args.jbrowse_host:
- jbrowse_host = args.jbrowse_host
- if args.genome_name:
- genome = args.genome_name
- if args.out:
- out_path = args.out
- if args.extra_files_path:
- extra_files_path = args.extra_files_path
-
- #tool_directory not work for Galaxy tool, all tools need to exist in the current PATH, deal with it with tool dependencies
- if args.tool_directory:
- tool_directory = args.tool_directory
-
- #Calculate chromsome sizes using genome reference and uscs tools
- chrom_size = utils.getChromSizes(reference, tool_directory)
-
- #get metadata from json file
- json_inputs_data = args.data_json
- if json_inputs_data:
- inputs_data = json.loads(json_inputs_data)
- else:
- inputs_data = {}
-
- #print inputs_data
-
- #Initate trackObject
- all_tracks = trackObject.trackObject(chrom_size.name, genome, extra_files_path)
-
- array_inputs_bam = args.bam
- array_inputs_bed = args.bed
- array_inputs_bed_simple_repeats = args.bedSimpleRepeats
- array_inputs_bed_splice_junctions = args.bedSpliceJunctions
- array_inputs_bigwig = args.bigwig
- array_inputs_gff3 = args.gff3
- array_inputs_gff3_transcript = args.gff3_transcript
- array_inputs_gff3_mrna = args.gff3_mrna
- array_inputs_gtf = args.gtf
- array_inputs_blastxml = args.blastxml
- array_inputs_bigpsl = args.bigpsl
-
- if array_inputs_bam:
- all_datatype_dictionary['bam'] = array_inputs_bam
- if array_inputs_bed:
- all_datatype_dictionary['bed'] = array_inputs_bed
- if array_inputs_bed_simple_repeats:
- all_datatype_dictionary['bedSimpleRepeats'] = array_inputs_bed_simple_repeats
- if array_inputs_bed_splice_junctions:
- all_datatype_dictionary['bedSpliceJunctions'] = array_inputs_bed_splice_junctions
- if array_inputs_bigwig:
- all_datatype_dictionary['bigwig'] = array_inputs_bigwig
- if array_inputs_gff3:
- all_datatype_dictionary['gff3'] = array_inputs_gff3
- if array_inputs_gff3_transcript:
- all_datatype_dictionary['gff3_transcript'] = array_inputs_gff3_transcript
- if array_inputs_gff3_mrna:
- all_datatype_dictionary['gff3_mrna'] = array_inputs_gff3_mrna
- if array_inputs_gtf:
- all_datatype_dictionary['gtf'] = array_inputs_gtf
- if array_inputs_blastxml:
- all_datatype_dictionary['blastxml'] = array_inputs_blastxml
- if array_inputs_bigpsl:
- all_datatype_dictionary['bigpsl'] = array_inputs_bigpsl
- print "input tracks: \n", all_datatype_dictionary
-
- for datatype, inputfiles in all_datatype_dictionary.items():
- try:
- if not inputfiles:
- raise ValueError('empty input, must provide track files!\n')
- except IOError:
- print 'Cannot open', datatype
- else:
- for f in inputfiles:
- #metadata = {}
- #print f
- #if f in inputs_data.keys():
- # metadata = inputs_data[f]
- #print metadata
- #Convert tracks into gff3 format
- all_tracks.addToRaw(f, datatype)
-
- jbrowseHub = TrackHub.TrackHub(all_tracks, reference, out_path, tool_directory, genome, extra_files_path, inputs_data, jbrowse_host)
- jbrowseHub.createHub()
-
-"""
-def extractMetadata(array_inputs, inputs_data):
- metadata_dict = {}
- for input_false_path in array_inputs:
- for key, data_value in inputs_data.items():
- if key == input_false_path:
- metadata_dict[input_false_path]
-"""
-
-if __name__ == "__main__":
- main(sys.argv)
-
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d jbrowse_hub.xml
--- a/jbrowse_hub.xml Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,306 +0,0 @@
-
-
- This Galaxy tool is used to prepare your files to be ready for displaying on JBrowse
-
-
-
- samtools
- numpy
- biopython
- ucsc_tools_340
- jbrowse_tools
-
-
-
-
-
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-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
- This Galaxy tool will create a tar file which including raw datasets and json datasets that can be used for
- JBrowse visualization.
-
-
-
-
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d logging.json
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/logging.json Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,48 @@
+{
+ "version": 1,
+ "disable_existing_loggers": false,
+ "formatters": {
+ "simple": {
+ "format": "%(asctime)s - %(name)s - %(levelname)s - %(message)s"
+ }
+ },
+
+ "handlers": {
+ "console": {
+ "class": "logging.StreamHandler",
+ "level": "INFO",
+ "formatter": "simple",
+ "stream": "ext://sys.stdout"
+ },
+
+ "console_stderr": {
+ "class": "logging.StreamHandler",
+ "level": "ERROR",
+ "formatter": "simple",
+ "stream": "ext://sys.stderr"
+ },
+
+ "debug_file_handler": {
+ "class": "logging.handlers.RotatingFileHandler",
+ "level": "DEBUG",
+ "formatter": "simple",
+ "filename": "__main__.log",
+ "maxBytes": 10485760,
+ "backupCount": 20,
+ "encoding": "utf8"
+ }
+ },
+
+ "loggers": {
+ "Reader": {
+ "level": "INFO",
+ "handlers": ["console"],
+ "propagate": "yes"
+ }
+ },
+
+ "root": {
+ "level": "DEBUG",
+ "handlers": ["console", "console_stderr", "debug_file_handler"]
+ }
+}
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d macros.xml
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/macros.xml Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,32 @@
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
+
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+
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+
+
+
+
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d spliceJunctions.as
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@@ -0,0 +1,17 @@
+table spliceJunctions
+"Predicted splice junctions"
+ (
+ string chrom; "Reference sequence chromosome or scaffold"
+ uint chromStart; "Start position in chromosome"
+ uint chromEnd; "End position in chromosome"
+ string name; "Name of item"
+ uint score; "Score from 0-1000"
+ char[1] strand; "+ or -"
+ uint thickStart; "Start of where display should be thick (start codon)"
+ uint thickEnd; "End of where display should be thick (stop codon)"
+ uint reserved; "Used as itemRgb as of 2004-11-22"
+ int blockCount; "Number of blocks"
+ int[blockCount] blockSizes; "Comma separated list of block sizes"
+ int[blockCount] chromStarts; "Start positions relative to chromStart"
+ uint junctionScore; "Number of reads supporting the splice junction"
+ )
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+++ b/templates/custom_track_styles.css Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,9 @@
+.${label},
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+}
+
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
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@@ -0,0 +1,13 @@
+
+
+
+ The following JBrowse hub has been generated by JBrowse Archive Creator:
+
+
+
+
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html
--- a/test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html Fri Jul 07 17:21:23 2017 -0400
+++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
@@ -1,1 +0,0 @@
-The JBrowse Hub is created:
DownloadView JBrowse Hub
\ No newline at end of file
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d test-data/common/Dbia3.2bit
Binary file test-data/common/Dbia3.2bit has changed
diff -r e762f4b9e4bd -r 237707a6b74d test-data/common/dbia3.fa
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/common/dbia3.fa Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
@@ -0,0 +1,66784 @@
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+TATACTATTGGGAAAATAGTTTATTATATTTTAAAGAATTTCCAATTAAA
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+GGCTTGCCGAATGTAATTTCCATTCTTGTTTGACTTGAGTTTATAACTTA
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+CGCATGCGCCTGTAAATAATAAATAAGATAGATTTTAGCGTTATGGGTAT
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+ATATCATTTTTCAGGTCAATCGATGGGTATCGGCGAAACCAATACCTTAC
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+TTAGCGATAAGGTTGTTTGTGAGCTTTAAAGTGGGCCCTTTGCTGTAATT
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+AAGTCTTGGTATGCAATTCTTTTAGTTTTTACGATACCTTAGGTTTGATG
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-ATACGCTGCTAAAGCTTTTCGTAGGCTCTGTTTTTACCAAGGTACCCATT
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-GGATTTGCCTTGTTGTGATATTGCTTCATGTGGGGCAAGTTGCACAAAAG
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-TTTTGTAACTGTAATATGTATCGATAGATGGTGGTGTCAACCCTAGTTTA
-GCGAGTACACACACCTT
->contig3
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-TATTGATCATATATTCATTCGAAGCCTCTAATGAATGAGCCGAAAAATGT
-CGTGGAATAACACCATGACTTATATATTCCAAAAGGGTAACTACTTGTAC
-TTGTACTTGATTTCTTCTCTATCAAACTGAATATGTTTAAGAAAAATTTA
-GTTTTACTCAGATAAAACGAGAGCGAAAAGAATACATGCTTGTAGAAAAT
-TGTCCACTAAAACACCTGGTGGCGTATTCTTCAATTTTGTGACGAAATAA
-TATTATACAACCTACTAAATAAATAAACTTTAAAATTTTTCTCAATCGGG
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-TCAGCGTCACAAGACGAGTCGATCTAGCCATGTCCGTCTGTTCGTACGTC
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-CCAGCCGGATCGGAAAAAATATTAAAAAATGATATTGTTTTTAATGATTG
-TTTTTTAACACATAAACACCTACGCTTGGAAATAACATTTTTTAGTTATT
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->contig7
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-ACCCTTGCAGTTATAAGAAAGACTGAAGACCTTTAGTAACACCATGTACA
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-TTTTCCACCAATATTTCGACCGTTCCTATGACAGCTATATGATATAGTCG
-TCCGATATTGATAAAATTTAAGTAGAAATTTATAACTAAAAAATATTATT
-TCCAAGCTTATAAGGTTATATGTCATAAAGCACCACAGCTATAATTTGTT
-TCATATTATATTCCCACAAATTTTCCGATTGTTCCTATGACAGCTATGAT
-ATAATCGATGCAAACAAGATAGGGACCATTTTTTAGTAATTCCGTCAATT
-ATTGAGAAAATTGAAAAGATAAGTCTAGTAATTCTATCGGTTTCTTTTTT
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-TAGGCAAGAAATCTGTCTATTAGGGTGAAAGCGGCTCCTTTATCATCCAA
-CGCAAACTCTGCGCAGCAATTTTACTCATATAATATATAGAAAGGCACTT
-CTAGACGACTTGAAAATCCTGCACGCCTTCCTAATGTACCATTATGTTCA
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-CCGTGCTTATAGAAAGGCATTTAATTGCATAAAATAATTTGTCATGCTTG
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->contig8
-TTAATCGTAGGAAAGTAAAGAAAGGTAAATGATGTATGTATATATTGGGC
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->contig9
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-TGTAAATACTTTTAGGGGTTCTGAAACGTTTCCTTCTTGCAACGCAGTGA
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-GTTTTTGGACGAATTATCTTATAATATTGGGAATATAATTTTTTATATTT
-TTAAGAATTTCGAATTAAATTTAATAAAAATTGGACGATTATTTTTTATA
-AGTGCGAGGGTATACAAACTTCCTAACAAATCCAAATCAATAAAAATCAA
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-TTCATTGGTTTTGCTAGCATAACAAAACACATAAATCGTCTGAATAAAAA
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->contig32
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->contig37
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->contig38
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-TCGGTGTATAAATCCATCTGAGGACGCTGTTTGGTAGTTTATGTTTCTCT
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->contig39
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-CCTTCTTTTTTTAACTGAATTTAAATCCAAAGTTTATTTGTTGATGCTCA
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-GTGGTTCAAATAAACTTTGAGAAAATATTTCATTGCAGTGTTTCTTGGCG
-TGATTTGTATAGCTAAATTTAAAGAATTTTTTTCTGTTATCCGTCTTTTA
-ATCGTCTTTTTATATATAAGCAACTTAGAACAAAATTCAGACTGTCACCT
-TTCCAAAAGTATACAATATCTTTCACTAGCGCCACTACCAAAGGTGCTAT
-GCAATCAATCACTACTGGGCAATACTTATAAACCAGACCAACCATACCAT
-TTAGTTAGGGAAATTAATGTTCAACTTATACATATTTATTACCCTATATT
-CAAGACCTTTTTGTCTCCATATCTCATGTTGAATTTTTTTTAAATAAATG
-AGTAACACTAATCAGACATATATTAATAGAATAAGTTCCCACGCAAAACA
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-TGTGATTTTATAATGTATAACCGAATCTTTTCGGTGGGAATGCTTTAATG
-AAAGCAAAACCGTAATTAGATTATAACTTCCTATAATGAATATAACACAG
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-TCCCTTAATGCTACCGGCACACGATTTCAGTCGTTACTGAAAATTTGAAT
-TTTCCATAAATATATGTATAGATCTGGCAATACATAATATTTATTACAGT
-ATGTTTTACCATGCACACATACACATATACACCGTTGTCATTTTCTCCCC
-GTTTCCCCAGTTAAGCTTTGGGCGCCAGAGTCAAAACACTTTTACATAAA
-TAGGGAGGTATGCTTTTTTTGTAGCAAACCGTATAGCATTCTTTGACATC
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->contig43
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-CGTTTCTCTTGATAAGTAGCCTTATATTCGATTATCTGTTTATATATTTC
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-CCTCCTTCAATCGTTGATGTCCAAGAATCTTATTCTGTTGTTGAAGGTAA
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-GCAAAAAGTAATAATAAACGGACGTCGTCAGATGCGTAGAAATAATTTTA
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->contig51
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-TCATTACAACATTTATTTTCTATGTATAAAAGTTAATATCTATATAAAGA
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-CCTGTGCAGCGTAAGGTACGTTACGTTGCGTGTTTGTAAATGTTTTATCT
-CGTATTATTTCTTATAATGTTTAAGGCCAGAAGATGTGTATAAAAACTCA
-GAGGTATTACTTTTATTCGGTCATCGATCTGCCAGACTTCCACTTTTTTC
-CGAACTTCTGTTAACATAATATAAAGAATGAATTAAAAAGGGTCGATAAC
-GGTGGAAAGATGTAAGCAGTTGCGCCAAAAAAACCTTCATTTTAACACTC
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-AAAATGTGTGTGCTGGCCGATTGGCTTATGATAATTTACGTGAATAATAT
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-TTTTTATAAATTGTTTTCTGAATTTTATTACTAAATTATTTTTTGACCCA
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-AGGGATACAATATATCTTAGCTGCTTTTGTTTCTATTTTTCTTTGGCTCC
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-CTCAATTGCCGATCCTGACCAAGAATATATAAATGAGTTTGGAAACGCTT
-CCTTCTGTCTGTTATATTCTTTTCGACGAGTCTACTCTATGAAACTCTAC
-GAGTAACG
->contig62
-ATCACCTGAATGATTTTGGTTTAAGGGCTAAGTGGCACTTTTACACCCCC
-GCTATTCATAAAATACGAGTCGAATATCACCTCAACTGTCATTATCGGAC
-GCTCCGTTCAAAAGTAATTCGCAAATAAGATTTTGGGGGACTGCTCAAAA
-TGAAAATTTAAGTTTGTTTATCAGTTTGTCCCAAAATTTTATTTTAGCGT
-CCTGAAAATTCTAGACGATGCTAAACAGGTCAATACATCACAAATTCTAA
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-TTAATCAACAAAATTGCCACACAAATTAAATAAAACATGTTATTTCCAAG
-CGCAGGCTGTTATATGTTAAAAAGCGTAAAAAATATCATTAAAAAAATTT
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/012/b57/e6/scaffold_55-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/064/693/ff/scaffold_51-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/064/693/ff/scaffold_51-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/089/d1b/cd/scaffold_59-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/114/2f1/7e/scaffold_7-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/114/2f1/7e/scaffold_7-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/124/0a2/74/scaffold_14-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/152/d66/6d/scaffold_10-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/162/f35/67/scaffold_3-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/162/f35/67/scaffold_3-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/183/066/a7/scaffold_45-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/183/066/a7/scaffold_45-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/1bf/6ee/5f/scaffold_18-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/1f5/da2/be/scaffold_41-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/1f5/da2/be/scaffold_41-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/1f5/da2/be/scaffold_41-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/207/6c0/f6/scaffold_34-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/207/6c0/f6/scaffold_34-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/23b/048/0e/scaffold_69-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/271/b04/ef/scaffold_30-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/271/b04/ef/scaffold_30-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/29c/08c/dd/scaffold_38-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/2a0/604/25/scaffold_65-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/2d6/bc0/3c/scaffold_61-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/30d/bbd/9c/scaffold_28-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/30d/bbd/9c/scaffold_28-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/396/df1/b7/scaffold_24-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/3e0/035/ae/scaffold_20-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/3e0/035/ae/scaffold_20-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/437/7c1/eb/scaffold_70-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/437/7c1/eb/scaffold_70-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/47d/c8d/0a/scaffold_29-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/47d/c8d/0a/scaffold_29-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/490/705/38/scaffold_21-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/4e6/ac1/21/scaffold_25-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/4e6/ac1/21/scaffold_25-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/501/c34/79/scaffold_31-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/501/c34/79/scaffold_31-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/54b/778/98/scaffold_68-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/577/1f0/60/scaffold_35-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/5a6/cf0/aa/scaffold_60-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/5d0/134/b3/scaffold_64-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/5ec/7bc/4b/scaffold_39-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/5ec/7bc/4b/scaffold_39-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/612/805/f1/scaffold_2-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/622/a56/fb/scaffold_11-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/654/792/e2/scaffold_15-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/654/792/e2/scaffold_15-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/664/5c1/e8/scaffold_6-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/668/11a/1a/scaffold_48-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/668/11a/1a/scaffold_48-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/668/11a/1a/scaffold_48-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/685/a92/28/scaffold_40-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/685/a92/28/scaffold_40-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/6cf/1de/c9/scaffold_19-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/6cf/1de/c9/scaffold_19-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/6f3/756/31/scaffold_44-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/714/1a3/69/scaffold_50-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/762/c67/70/scaffold_54-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/7f9/a2b/5b/scaffold_58-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/7f9/a2b/5b/scaffold_58-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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G
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/813/937/1d/scaffold_46-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/81f/dec/ef/scaffold_8-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/865/4f3/04/scaffold_42-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/865/4f3/04/scaffold_42-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/865/4f3/04/scaffold_42-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/884/ba0/c4/scaffold_4-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/884/ba0/c4/scaffold_4-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/8b4/9f3/ce/scaffold_17-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/8b4/9f3/ce/scaffold_17-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/8c2/437/d7/scaffold_13-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/8c2/437/d7/scaffold_13-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/982/206/5c/scaffold_56-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/9f4/fc2/45/scaffold_52-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/9f4/fc2/45/scaffold_52-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/a06/4a0/0d/scaffold_27-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/a06/4a0/0d/scaffold_27-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/a70/964/14/scaffold_23-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/b30/f55/9f/scaffold_66-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/b46/291/86/scaffold_62-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/b97/f91/4c/scaffold_37-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/be1/255/55/scaffold_33-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/c36/5a1/10/scaffold_63-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/c36/5a1/10/scaffold_63-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/c40/865/09/scaffold_67-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/c40/865/09/scaffold_67-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/c91/565/c3/scaffold_32-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/ce7/8a1/da/scaffold_36-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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G
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/ce7/8a1/da/scaffold_36-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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C
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/d00/e54/82/scaffold_22-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/d00/e54/82/scaffold_22-2.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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G
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/d76/390/9b/scaffold_26-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/d76/390/9b/scaffold_26-1.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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A
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+++ b/test-data/only_genome/myHub/Dbia3/seq/e84/8f2/d3/scaffold_53-0.txt Thu Feb 15 17:05:05 2018 -0500
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