# HG changeset patch # User yating-l # Date 1495482536 14400 # Node ID 25ad6770359e3707679f7f8db2e0d10560feb0fd # Parent ac83821b0e065416dd53c0ae76e3feae73b14fdc planemo upload for repository https://github.com/Yating-L/jbrowse-archive-creator.git commit 479fc6490e24ca0e5034ae6c3579882e97e095e6 diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e TrackHub.py --- a/TrackHub.py Thu Apr 13 10:36:12 2017 -0400 +++ b/TrackHub.py Mon May 22 15:48:56 2017 -0400 @@ -87,20 +87,6 @@ print "Cannot create symlink to the data({0}): {1}".format(oserror.errno, oserror.strerror) os.symlink(source, slink) return slink - ''' - data_folder = '/gonramp/static/JBrowse-1.12.1/jbrowse_hub' - try: - if os.path.exists(data_folder): - if os.path.isdir(data_folder): - shutil.rmtree(data_folder) - else: - os.remove(data_folder) - except OSError as oserror: - print "Cannot create data folder({0}): {1}".format(oserror.errno, oserror.strerror) - shutil.copytree(self.out_path, data_folder) - subprocess.call(['chmod', '-R', 'o+rx', '/var/www/html/JBrowse-1.12.1/jbrowse_hub']) - shutil.rmtree(self.out_path) - ''' #TODO: this will list all zip files in the filedir and sub-dirs. worked in Galaxy but all list zip files in test-data when #run it locally. May need modify diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e TrackHub.pyc Binary file TrackHub.pyc has changed diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e bedToGff3.pyc Binary file bedToGff3.pyc has changed diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e blastxmlToGff3.pyc Binary file blastxmlToGff3.pyc has changed diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e jbrowse_hub.xml --- a/jbrowse_hub.xml Thu Apr 13 10:36:12 2017 -0400 +++ b/jbrowse_hub.xml Mon May 22 15:48:56 2017 -0400 @@ -270,18 +270,12 @@ - - - - - - - - - - - - + + + + + + diff -r ac83821b0e06 -r 25ad6770359e test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/JBrowse_Archive_Creator_html.html Mon May 22 15:48:56 2017 -0400 @@ -0,0 +1,1 @@ +The JBrowse Hub is created:
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