# HG changeset patch # User sargentl # Date 1536875003 14400 # Node ID 62dee5369e80ea8c2e10be078b0abf3e6b2c1219 # Parent 79b23a8afb15c4415768a7c0cd8ebe91795d0e2f planemo upload for repository https://github.com/goeckslab/jbrowse-archive-creator.git commit afd782e8741a859506794bea92475f620265c50e diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 TrackHub.py --- a/TrackHub.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/TrackHub.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import os import subprocess diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 TrackHub.pyc Binary file TrackHub.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 bigGenePred.as diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 bigPsl.as diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/Datatype.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/Datatype.pyc Binary file datatypes/Datatype.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/__init__.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 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python +#!/usr/bin/env python2 from Bio.Blast import NCBIXML diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc Binary file datatypes/converters/blastxmlToGff3.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/converters/gtfToGff3.py --- a/datatypes/converters/gtfToGff3.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/datatypes/converters/gtfToGff3.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 ''' Convert GTF format to GFF3 diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/converters/gtfToGff3.pyc Binary file datatypes/converters/gtfToGff3.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/interval/Bed.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/interval/Bed.pyc Binary file datatypes/interval/Bed.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/interval/BedBlastAlignments.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 datatypes/interval/BedBlastAlignments.pyc Binary file 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- The following JBrowse hub has been generated by JBrowse Archive Creator: -

-
    -
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    • -
      -
    • Dbia3
      • -
    -
  • Track configuration
    • - -
- - \ No newline at end of file diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 test-data/only_genome/__main__.log --- a/test-data/only_genome/__main__.log Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,57 +0,0 @@ -2018-04-20 07:39:49,692 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Start #### - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - ---- Welcome in JBrowseArchiveCreator Debug Mode ---- - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - JSON parameters: {"extra_files_path": "/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files", "feature_tracks_type": "CanvasFeatures", "debug_mode": "false", "genome_name": "Dbia3", "fasta": {"false_path": "/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dataset_595.dat", "name": "dbia3.fa"}, "tool_directory": "/home/galaxy/shed_tools/testtoolshed.g2.bx.psu.edu/repos/yating-l/jbrowsearchivecreator/4a69515eed63/jbrowsearchivecreator", "user_email": "demo@apollo.com"} - - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Creating the Track Hub folder #### - -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - Calling faToTwoBit: -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - ['faToTwoBit', u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dbia3.fa.fasta', '/tmp/tmpzDAir8'] -2018-04-20 07:39:49,693 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,722 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - Calling twoBitInfo: -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - ['twoBitInfo', '/tmp/tmpzDAir8', '/tmp/tmpgN38vZ'] -2018-04-20 07:39:49,723 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - Calling sort: -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - ['sort', '-k2rn', '/tmp/tmpgN38vZ', '-o', '/tmp/tmpwk5mtf.chrom.sizes'] -2018-04-20 07:39:49,731 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,735 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,755 - root - DEBUG - Calling prepare-refseqs.pl: -2018-04-20 07:39:49,756 - root - DEBUG - ['prepare-refseqs.pl', '--indexed_fasta', u'/home/galaxy/galaxy/database/datasets/000/dbia3.fa.fasta', '--out', u'/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub'] -2018-04-20 07:39:49,756 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,881 - root - DEBUG - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Preparing track data #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- End of all_datatype_dictionary processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Adding tracks to Track Hub #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- Beginning of Track adding processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ----- End of Track adding processing ----- -2018-04-20 07:39:49,882 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Creating the HTML file #### - -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - Calling generate-names.pl: -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - ['generate-names.pl', '--hashBits', '4', '-v', '--out', u'/home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub'] -2018-04-20 07:39:49,882 - root - DEBUG - --------- -2018-04-20 07:39:49,992 - root - DEBUG - Tracks: - DNA -Sampled input stats: - total namerec bytes 1120 - namerecs converted to operations 70 - total input bytes 0 - avg record text bytes 16 - operations made 551 - name input records 70 - operation stream estimated count 0 - namerecs buffered 70 - record stream estimated count 0 -Removing existing contents of target dir /home/galaxy/galaxy/database/jobs/000/514/dataset_596_files/myHub/names -Hash store cache size: 2684 buckets -Using 1 chars for sort log names (16 sort logs) - -2018-04-20 07:39:49,998 - root - DEBUG - ---- End of JBrowseArchiveCreator Debug Mode: Bye! ---- - -2018-04-20 07:39:49,998 - root - INFO - #### JBrowseArchiveCreator: Congratulation! Assembly Hub is created! #### - diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 test-data/only_genome/myHub/.htaccess --- a/test-data/only_genome/myHub/.htaccess Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,10 +0,0 @@ -# This Apache .htaccess file is generated by JBrowse (GenomeDB) for -# allowing cross-origin requests as defined by the Cross-Origin -# Resource Sharing working draft from the W3C -# (http://www.w3.org/TR/cors/). In order for Apache to pay attention -# to this, it must have mod_headers enabled, and its AllowOverride -# configuration directive must allow FileInfo overrides. - - Header onsuccess set Access-Control-Allow-Origin * - Header onsuccess set Access-Control-Allow-Headers X-Requested-With,Range - diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 test-data/only_genome/myHub/names/0.json --- a/test-data/only_genome/myHub/names/0.json Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ -{"cont":{"exact":[],"prefix":["contig1","contig10","contig11","contig12","contig13","contig14","contig15","contig16","contig17","contig18","contig19","contig2","contig20","contig21","contig22","contig23","contig24","contig25","contig26","contig27",{"name":"too many 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biopython. +This package is based on package_biopython_1_67 owned by biopython. https://toolshed.g2.bx.psu.edu/repository?user_id=fd5c6d0f82f315d8 This Galaxy Tool Shed package installs Biopython from source, having @@ -41,10 +41,10 @@ $INSTALL_DIR/lib/python - export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$INSTALL_DIR/lib/python && - export PATH=$PATH:$PATH_NUMPY && - export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$PYTHONPATH_NUMPY && - python setup.py install --install-lib $INSTALL_DIR/lib/python + export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$INSTALL_DIR/lib/python && + export PATH=$PATH:$PATH_NUMPY && + export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:$PYTHONPATH_NUMPY && + python2 setup.py install --install-lib $INSTALL_DIR/lib/python $INSTALL_DIR/lib/python @@ -66,9 +66,9 @@ export HOME=$INSTALL_DIR/jbrowse && ./setup.sh - . + . $INSTALL_DIR/jbrowse - + $INSTALL_DIR/jbrowse $INSTALL_DIR/jbrowse/bin diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/BamFeatures.py --- a/tracks/BamFeatures.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/tracks/BamFeatures.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import os import json import logging diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/BamFeatures.pyc Binary file tracks/BamFeatures.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/BigwigFeatures.py --- a/tracks/BigwigFeatures.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/tracks/BigwigFeatures.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import os import json import logging diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/BigwigFeatures.pyc Binary file tracks/BigwigFeatures.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/CanvasFeatures.py --- a/tracks/CanvasFeatures.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/tracks/CanvasFeatures.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import os import json import logging diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/CanvasFeatures.pyc Binary file tracks/CanvasFeatures.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/HTMLFeatures.py --- a/tracks/HTMLFeatures.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/tracks/HTMLFeatures.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import json import logging diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/HTMLFeatures.pyc Binary file tracks/HTMLFeatures.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/TrackDb.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/TrackDb.pyc Binary file tracks/TrackDb.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/TrackStyles.py --- a/tracks/TrackStyles.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/tracks/TrackStyles.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 import os import json import logging diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/TrackStyles.pyc Binary file tracks/TrackStyles.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/__init__.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 tracks/__init__.pyc Binary file tracks/__init__.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 trf_simpleRepeat.as diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/Logger.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/Logger.pyc Binary file util/Logger.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/Reader.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/Reader.pyc Binary file util/Reader.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/__init__.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/__init__.pyc Binary file util/__init__.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/__pycache__/Reader.cpython-35.pyc Binary file util/__pycache__/Reader.cpython-35.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/__pycache__/__init__.cpython-35.pyc Binary file util/__pycache__/__init__.cpython-35.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/DatabaseIndex.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/DatabaseIndex.pyc Binary file util/index/DatabaseIndex.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/ExternIndex.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/ExternIndex.pyc Binary file util/index/ExternIndex.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/TrixIndex.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/TrixIndex.pyc Binary file util/index/TrixIndex.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/__init__.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/index/__init__.pyc Binary file util/index/__init__.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/santitizer.py diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/santitizer.pyc Binary file util/santitizer.pyc has changed diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/subtools.py --- a/util/subtools.py Fri Jul 20 12:25:36 2018 -0400 +++ b/util/subtools.py Thu Sep 13 17:43:23 2018 -0400 @@ -1,4 +1,4 @@ -#!/usr/bin/env python +#!/usr/bin/env python2 """ This file include common used functions for converting file format to gff3 diff -r 79b23a8afb15 -r 62dee5369e80 util/subtools.pyc Binary file util/subtools.pyc has changed