# HG changeset patch # User m-zytnicki # Date 1367220209 14400 # Node ID 9bcfa7936eec139c2ac86746c4b4311ff2c4f82c # Parent 94ab73e8a19053e6939f25c84b965fadbe64d5aa Deleted selected files diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/HTseqClean.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/HTseqClean.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ -# HTseqClean -# remove extra counts out of genes -# for HTseq output - -# input : rawCounts -# output : cleaned rawCounts - -# created Feb 6th, 2012 -# Modified Feb 16th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -HTseqClean <- function( rawCounts ){ - - row2remove <- c("alignment_not_unique", "ambiguous", "no_feature", "not_aligned", "too_low_aQual") - rawCounts <- rawCounts[!rawCounts$Id %in% row2remove,] - rawCounts[is.na(rawCounts)] <- 0 - return(rawCounts) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/MAplotDE.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/MAplotDE.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ -# MAplotDE -# MAplot of DE genes - -# input : res, alpha,OUT_MAplotDEName -# output : MAplot (png) - -MAplotDE <- function( res, alpha, OUT_MAplotDEName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_MAplotDEName ) - - plot( res$baseMean, res$log2FoldChange, pch=".", xlab="Mean expression", ylab="log2FC", main="", - log="x", col=ifelse(res$padj < alpha, "red", "black") ) - abline(h=0, col="red") - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/RNAseqFunctions.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/RNAseqFunctions.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,38 +0,0 @@ -# RNAseqFunctions -# when sourced, sources all R functions associated with RNAseq data analysis - -RNAseqFunctions <- function( RfuncDir ){ - - source(paste(RfuncDir, "loadTargetFile.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "loadCountData.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "loadStrandData.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "HTseqClean.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "raw2counts.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "barplotTC.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "barplotNul.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "removeNul.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "densityPlot.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "boxplotCounts.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "majSequence.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "clusterPlot.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "pairwiseSERE.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "pairwiseScatterPlots.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "pairwiseScatterPlotsAll.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "plotDispEstimates.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "deseqByCond.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "edgeRByCond.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "fisher.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "histoRawp.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "histoRawpMconds.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "MAplotDE.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "MAplotDEMconds.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "exportComplete.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportCompleteEdgeR.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportCompleteFisher.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportCompleteMconds.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportCompleteByCond.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportCompletePaired.R", sep="")) - source(paste(RfuncDir, "exportDiff.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "synthese.R", sep="")) -# source(paste(RfuncDir, "exportDiffByCond.R", sep="")) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,191 +0,0 @@ -# Analyse differentielle de donnees d expression par gene -# avec DESeq -# 2 conditions - -args <- commandArgs() -#print(args[1]) -#print(args[2]) -#print(args[3]) -#print(args[4]) -#print(args[5]) -#print(args[6]) -#output file names -#print(args[7]) # HTML file name -#print(args[8]) # HTML file all images directory -#print(args[9]) # complete xls file name -#print(args[10])# UP xls file name -#print(args[11]) #Down xls file name -#print(args[12]) #the executable scipt (for getting the path) - -library(R2HTML) -library(R.utils) - -#run example: -projectName <- "DESeqAnalysis" -analysisVersion <- "V1" # fitType=local, sharingMode=fit-only, method=blind -rawDir <- "raw" -targetFile <- args[4] -header <- as.integer(args[5]) #si on a header ou pas, si on a, header=1, sinon header=0 -withOutReplicates <- as.integer(args[6]) - -#get the directory to write the results -tab <- splitByPattern(args[7], pattern="/") -res_dir <- "" -for (e in tab[1:length(tab)-1]) { res_dir <- paste(res_dir, e, sep="")} -#get the html output file name -OUT_HTMLname <- args[7] -#get the images directory to write to -OUT_imgDir <- args[8] -#if the directory dosen't existe, we should create it first - -alpha <- 0.05 -adjMethod <- "BH" -outfile <- T -runningScriptTab <- splitByPattern(args[12], pattern="/") -RfuncDir <- "" -for (r in runningScriptTab[1:length(runningScriptTab)-1]) { RfuncDir <- paste(RfuncDir, r, sep="")} #find the path of executable script -RfuncDir <- paste(RfuncDir, "DESeqTools/", sep="") #define the function files path -# Dossier contenant les fonctions -print(RfuncDir) -source( paste(RfuncDir, "RNAseqFunctions.R", sep="/") ) - -# Chargement des packages et des fonctions -library(DESeq) -RNAseqFunctions(RfuncDir) -# Chargement du target file -target <- loadTargetFile( targetFile, header ) -# Chargement des donnees, construction d'une table de comptages par gene -#have changed -rawCounts <- loadCountData( target, header ) -conds <- unique(target$group) -cond1 <- as.character(conds[1]) -cond2 <- as.character(conds[!conds == conds[1]]) -rawCounts <- HTseqClean( rawCounts ) - -# Transformation en matrice de comptages -counts <- raw2counts( rawCounts )[[1]] - -# Nombre de reads par echantillon -OUT_barplotTCName <- paste(OUT_imgDir, "barplotTC.png", sep="/") -barplotTC( counts, target$group, OUT_barplotTCName, out=outfile ) - -# Proportion comptages nuls -OUT_barplotNulName <- paste(OUT_imgDir, "barplotNul.png", sep="/") -barplotNul( counts, target$group, OUT_barplotNulName, out=outfile ) - -# Suppression comptages nuls -counts <- removeNul( counts )[[1]] - -# Density plot -OUT_densityPlotName <- paste(OUT_imgDir, "densityPlot.png", sep="/") -densityPlot( counts, target$group, OUT_densityPlotName, out=outfile ) - -# Boxplot -OUT_boxplotCountsName <- paste(OUT_imgDir, "boxplotCounts.png", sep="/") -boxplotCounts( counts, target$group, type = c("raw", "norm"), OUT_boxplotCountsName, out=outfile ) -# Sequence majoritaire -OUT_majSequenceName <- paste(OUT_imgDir, "majSequence.png", sep="/") -majSequence( counts, target$group, OUT_majSequenceName, out=outfile ) - -# ScatterPlot between two samples -OUT_scatterPlot <- paste(OUT_imgDir, "scatterPlot.png", sep="/") -pairwiseScatterPlots(counts, target, OUT_scatterPlot, out=outfile, pdffile=FALSE) - -# SERE coefficient calculation (Poisson hypothesis for replicates techiques), to know if the variability between the réplicates or the conditons is hight or not. -coef <- pairwiseSERE(counts) -print(coef) -coef -# Creation structure de donnees cds, !! we use newCountDataset because that we have first column not numeric, and DESeq dosen't take non numeric values. -cds <- newCountDataSet( counts, target$group ) - -# Diagnostic for clustering of non-normalized samples -OUT_clusterPlot_before <- paste(OUT_imgDir, "clusteringOfSamplesBefore.png", sep="/") -clusterPlot(cds, OUT_clusterPlot_before, out=outfile) - - -# Normalisation (calcul des lib size factors ) -cds <- estimateSizeFactors( cds ) - -# Estimation de la dispersion -# parametres: - # method: how samples are pooled to estimate dispersion. If no replicates use "blind" - # sharingMode: how variance estimate is computed with respect to the fitted line. - # "Maximum" is the most conservative (max between fit and estimation), "fit-only" keeps the estimated value - # fitType: refers to the model. "Local" is the published model, "parametric" is glm-based (may not converge), now we use "parametric" as default value. -#in this case, without replicates -if(withOutReplicates!=0){ - cds <- estimateDispersions( cds, sharingMode="fit-only", method="blind") -} else if(withOutReplicates==0){ - #cds <- estimateDispersions( cds, sharingMode="fit-only", fitType="local")} - cds <- estimateDispersions( cds)} -# Analyse differentielle, ajustement BH par defaut -res <- nbinomTest( cds, cond1, cond2) - -# Diagnostic for clustering of normalized samples -OUT_clusterPlot <- paste(OUT_imgDir, "clusteringOfSamples.png", sep="/") -clusterPlot(cds, OUT_clusterPlot, out=outfile) - -# Control plot of dispersion estimates -OUT_plotDispEstimatesName <- paste(OUT_imgDir, "disperssionEstimates.png", sep="/") -plotDispEstimates( cds, OUT_plotDispEstimatesName, out=outfile ) - -# Distribution of raw p-values -OUT_histoRawpName <- paste(OUT_imgDir, "histoRawPvalue.png", sep="/") -histoRawp( res, OUT_histoRawpName, out=outfile ) - -# MAplot showing DE genes -OUT_MAplotDEName <- paste(OUT_imgDir, "MAplotDE.png", sep="/") -MAplotDE( res, alpha, OUT_MAplotDEName, out=outfile ) - -# export complete data -OUT_completeName <- args[9] -complete <- exportComplete( counts, res, target, adjMethod, cond1, cond2, OUT_completeName, out=outfile ) - -# export significant genes -OUT_upName <- args[10] -OUT_downName <- args[11] -diff <- exportDiff( complete, alpha, adjMethod, OUT_upName, OUT_downName, out=outfile ) - -# write all images results into an HTML file -prefixHTMLname <- tab[length(tab)] -#HTMLCSS(file.path(res_dir), filename=prefixHTMLname, CSSfile="R2HTML") -HTMLInitFile(file.path(res_dir), filename=prefixHTMLname, BackGroundColor="white") -HTML.title("
Differential Expression DESeq analysis.", HR=1) -HTML.title("
BarplotTC: number of RNA-seq reads per sample.", HR=2) - HTMLInsertGraph("barplotTC.png") - -HTML.title("
BarplotNul: number of RNA-seq reads that the count is 0 (nul).", HR=2) - HTMLInsertGraph("barplotNul.png") - -HTML.title("
DensityPlot: density of each sample.", HR=2) - HTMLInsertGraph("densityPlot.png") - -HTML.title("
Boxplot: number of RNA-seq reads distribution per sample.", HR=2) - HTMLInsertGraph("boxplotCounts.png") - -HTML.title("
MajorSequence: the proportion of reads associated with the most expressed sequence.", HR=2) - HTMLInsertGraph("majSequence.png") - -HTML.title("
ScatterPlot: Scatter plot of samples.", HR=2) - HTMLInsertGraph("scatterPlot.png") - -HTML.title("
Clustering Of No-Normalized Samples: Representing the no-normalized samples in Diagnostic.", HR=2) - HTMLInsertGraph("clusteringOfSamplesBefore.png") - -HTML.title("
Clustering Of Normalized Samples: Representing the normalized samples in Diagnostic.", HR=2) - HTMLInsertGraph("clusteringOfSamples.png") - -HTML.title("
DispersionEstimates: representing dispersion estimates vs mean expression.", HR=2) - HTMLInsertGraph("disperssionEstimates.png") - -HTML.title("
HistoRawPValue: histogram of raw p-value.", HR=2) - HTMLInsertGraph("histoRawPvalue.png") - -HTML.title("
MAplotDE: the differentially expressed genes (red point).", HR=2) - HTMLInsertGraph("MAplotDE.png") -HTMLEndFile() -absoluPrefixHTMLname <- paste(res_dir, prefixHTMLname, sep="") -outName <- paste(absoluPrefixHTMLname, ".html", sep="") -# change name is to be adapted into Galaxy -file.rename(outName, OUT_HTMLname) - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/barplotNul.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/barplotNul.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ -# barplotNul -# barplot representing null counts per sample - -# input : counts, target, projectName -# output : barplotNul (png) - -# created Feb 7th, 2012 -# modified April 30th, 2012 (target$group instead of target) - -barplotNul <- function( counts, group, OUT_barplotNulName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_barplotNulName ) - - N <- apply(counts, 2, function(x){sum(x == 0)})/nrow(counts) - barplot(N, col=as.integer(group)+1, main = "Proportion of null counts per Sample", ylim = c(0,1)) - legend("topright", as.character(unique(group)), lty=1, col=as.integer(unique(group))+1) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/barplotTC.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/barplotTC.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -# barplotTC -# barplot representing total count per sample - -# input : counts, target, projectName -# output : barplotTC (png) - -# created Feb 7th, 2012 -# modified April 30th, 2012 (group instead of target$group) - -barplotTC <- function( counts, group, OUT_barplotTCName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_barplotTCName ) - - ylim <- c(0, max(colSums(counts))*1.2) - barplot( colSums(counts), col=as.integer(group)+1, main = "Total Read Count per Sample", ylim=ylim ) - legend( "topright", as.character(unique(group)), lty=1, - col=as.integer(unique(group))+1 ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/boxplotCounts.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/boxplotCounts.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,18 +0,0 @@ -# boxplotCounts -# boxplots representing counts distribution per sample - -# input : counts, target, projectName, type of data (raw or norm) -# output : boxplot (png) - -# created Feb 7th, 2012 -# modified April 30th, 2012 - -boxplotCounts <- function( counts, group, type = c("raw", "norm"), OUT_boxplotCountsName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_boxplotCountsName ) - - boxplot( log2(counts+1), col=as.integer(group)+1, main = paste(type[1], " counts distribution", sep="" ) ) - legend( "topright", as.character(unique(group)), lty=1, col=as.integer(unique(group))+1 ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/clusterPlot.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/clusterPlot.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,27 +0,0 @@ -# clusterPlot -# dendrogram of sample clustering - -# input : counts, outputName, type of data (raw or norm) -# output : dendrogram (jpeg) - -# created Sept 13th, 2012 -# modified Oct 30th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -clusterPlot <- function( cds, OUT_clusterPlot, type = "raw", out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_clusterPlot ) - - if (type == "norm"){ - cdsblind <- estimateDispersions( cds, method="blind" ) - vsd <- getVarianceStabilizedData( cdsblind ) - } - else { - vsd <- counts(cds) - } - hc <- hclust( dist(t(vsd)), method="ward" ) - plot( hc, xlab = "Euclidean distance, Ward criterion", main=paste("Cluster Dendrogram, ", type, " data", sep="") ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/densityPlot.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/densityPlot.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,23 +0,0 @@ -# densityPlot -# density plot of all samples - -# input : counts, target, projectName -# output : densplot (png) - -# created Feb 7th, 2012 -# modified April 30th, 2012 - - -densityPlot <- function( counts, group, OUT_densityPlotName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_densityPlotName ) - - couleurs <- as.integer( group ) + 1 - ylim <- c(0, max(density(log2(counts)+1)$y)*1.5) - plot( density(log2(counts[,1])+1), main="Density of counts distribution", col=couleurs[1], ylim = ylim ) - for (i in 2:ncol(counts)) - lines( density(log2(counts[,i])+1), col=couleurs[i] ) - legend( "topright", as.character(unique(group)), lty=1, col=as.integer(unique(group))+1 ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/exportComplete.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/exportComplete.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -# exportComplete -# export complete data and results - -# input : counts res, target -# output : complete data and xls file (in text format) - -# created Feb 14th, 2012 -# modified March 9th, 2012 (order of cond1 and cond2) - - -exportComplete <- function( counts, res, target, adjMethod, cond1, cond2, OUT_completeName, out = T ){ - - complete <- data.frame( res$id, counts, res[,3:ncol(res)] ) - colnames(complete) <- c( "id", as.character(target$label), cond2, cond1, "FC", "log2FC", "rawp", - paste("adjp",adjMethod,sep="") ) - - if (out) - write.table( complete, file=OUT_completeName, sep="\t", row.names=F ) - return( complete ) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/exportDiff.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/exportDiff.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,42 +0,0 @@ -# exportDiff -# export differentially expressed genes - -# input : complete, alpha, adjMethod, projectName -# output : diff genes, up and down in xls files - -# created Feb 14th, 2012 - - -exportDiff <- function( complete, alpha, adjMethod, OUT_upName, OUT_downName, out = T ){ - - diff <- complete[which(complete[,grep("adjp",colnames(complete))] < alpha),] - - gup <- up( diff ) - gdown <- down( diff ) - - if (out){ - gup[,(ncol(gup)-4):ncol(gup)] <- format( gup[,(ncol(gup)-4):ncol(gup)], digits=3, dec=",") - gdown[,(ncol(gdown)-4):ncol(gdown)] <- format( gdown[,(ncol(gdown)-4):ncol(gdown)], digits=3, dec=",") - write.table(gup, file=OUT_upName, row.names=F, sep="\t") - write.table(gdown, file=OUT_downName, row.names=F, sep="\t") - } - return( diff ) -} - - -up <- function( diff ){ - - up <- diff[diff$log2FC > 0,] - up <- up[order(up[,grep("adjp",colnames(up))]),] - - return( up ) -} - - -down <- function( diff ){ - - down <- diff[diff$log2FC < 0,] - down <- down[order(down[,grep("adjp",colnames(down))]),] - - return( down ) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/histoRawp.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/histoRawp.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,18 +0,0 @@ -# histoRawp -# histogram of raw p-values - -# input : res, OUT_histoRawpName -# output : histogram (png) - - -histoRawp <- function( res, OUT_histoRawpName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_histoRawpName ) - - ind <- grep("val", colnames(res)) - hist( res[,ind], nclass=50, xlab="Raw p-values", main="", col="skyblue" ) - - if (out) dev.off() -} - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/loadCountData.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/loadCountData.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,36 +0,0 @@ -# loadCountData -# loads counts, one file per lane -# file names from target file - -# input : target -# output : raw count table - -# created Feb 6th, 2012 -# modified May 2nd, 2012 (colnames -> target$label) -# Marie-Agnes Dillies - - -loadCountData <- function(target, header){ - - require(DESeq) - fileNames <- target$files - -if(header!=0){ - #rawCounts <- read.table(as.character(paste(rawDir,target$files[1],sep="/")), sep="\t", header=TRUE) - rawCounts <- read.table(as.character(target$files[1],sep="/"), sep="\t", header=TRUE) -} else if(header==0){ - rawCounts <- read.table(as.character(target$files[1],sep="/"), sep="\t")} - - colnames(rawCounts) <- c("Id", as.character(target$label[1])) - - for (i in 2:length(fileNames)){ - if(header!=0){ - tmp <- read.table(as.character(target$files[i],sep="/"), sep="\t", header=TRUE) - } else if(header==0){ - tmp <- read.table(as.character(target$files[i],sep="/"), sep="\t")} - colnames(tmp) <- c("Id", as.character(target$label[i])) - rawCounts <- merge(rawCounts, tmp, by="Id", all=T) - } - rawCounts[is.na(rawCounts)] <- 0 - return(rawCounts) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/loadTargetFile.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/loadTargetFile.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,17 +0,0 @@ -# loadTargetFile -# loads file containing sample info - -# input : targetFile Name -# output : target - -# created Feb 6th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -loadTargetFile <- function(targetFile, header){ -if(header!=0){ - return(read.table(targetFile, header=T, sep="\t")) - }else if(header==0){ - return(read.table(targetFile, sep="\t")) - } -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/majSequence.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/majSequence.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,26 +0,0 @@ -# majSequence -# compute proportion of reads associated with most expressed sequence - -# input : counts, target, projectName -# output : barplot, % associated with majority gene - -# created Feb 7th, 2012 -# modified Feb 20th, 2012 -# modified April 30th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -majSequence <- function( counts, group, OUT_majSequenceName, out = T, position = "topright" ){ - - if (out) png( file=OUT_majSequenceName ) - - maj <- apply(counts, 2, function(x){x <- x[order(x, decreasing=T)]; x[1]*100/sum(x)}) - seqname <- apply(counts, 2, function(x){x <- x[order(x, decreasing=T)]; names(x)[1]}) - - x <- barplot( maj, col=as.integer(group)+1, main = "Proportion of reads from most expressed gene", - ylim = c(0, max(maj)*1.2), cex.main=0.8 ) - for (i in 1:length(seqname)) text( x[i], maj[i]/2, seqname[i], cex=0.8, srt=90, adj=0) - legend( position, as.character(unique(group)), lty=1, col=as.integer(unique(group))+1 ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/pairwiseSERE.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/pairwiseSERE.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,41 +0,0 @@ -# pairwiseSERE -# compute pairwise SERE statistics - -# input : counts -# output : matrix of SERE values - -# created october 19th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -pairwiseSERE <- function( counts ){ - - sere <- matrix( NA, ncol=ncol(counts), nrow=ncol(counts) ) - for (i in 1:ncol(counts)){ - for (j in 1:ncol(counts)){ - sere[i,j] <- sigfun_Pearson( counts[,c(i,j)] ) - } - } - colnames(sere) <- rownames(sere) <- colnames(counts) - return( formatC(sere, format="f", digits=2) ) -} - -sigfun_Pearson <- function(observed) { - #calculate lambda and expected values - laneTotals<- colSums(observed); - total <- sum(laneTotals) - fullObserved <- observed[rowSums(observed)>0,]; - fullLambda <- rowSums(fullObserved)/total; - fullLhat <- fullLambda > 0; - fullExpected<- outer(fullLambda, laneTotals); - - #keep values - fullKeep <- which(fullExpected > 0); - - #calculate degrees of freedom (nrow*(ncol -1) >> number of parameters - calculated (just lamda is calculated >> thats why minus 1) - #calculate pearson and deviance for all values - oeFull <- (fullObserved[fullKeep] - fullExpected[fullKeep])^2/ fullExpected[fullKeep] # pearson chisq test - dfFull <- length(fullKeep) - sum(fullLhat!=0); - - return(c(sqrt(sum(oeFull)/dfFull))); -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/pairwiseScatterPlots.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/pairwiseScatterPlots.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,31 +0,0 @@ -# pairwiseScatterPlots -# scatter plots for pairwise comparaisons of log counts - -# input : counts, target, outputName -# output : scatter plots (pdf: allows multiple figures in one file) - -# created Feb 21th, 2012 -# modified Sept 27th, 2012 (pdf output file) -# modified Oct 30th, 2012 (png) -# Marie-Agnes Dillies - - -pairwiseScatterPlots <- function( counts, target, OUT_scatterPlot, out = TRUE, pdffile = FALSE ){ - - if (out & !pdffile) png( OUT_scatterPlot ) - if (pdffile) pdf( OUT_scatterPlot ) - - conds <- unique(target$group) - # colnames(counts) <- target$label - - for (i in 1:(length(conds)-1)){ - for (j in (i+1):length(conds)){ - cond1 <- conds[i]; cond2 <- conds[j] - pairs( log2(counts[, which(target$group %in% c(as.character(cond1), as.character(cond2)))]+1), - pch=".", cex=0.5, main = paste(cond1, cond2, sep=" vs ") ) - } - } - - if (pdffile) dev.off() - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/plotDispEstimates.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/plotDispEstimates.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,21 +0,0 @@ -# plotDispEstimates -# scatter plots representing dispersion estimates vs mean expression - -# input : cds, OUT_plotDispEstimatesName -# output : scatterplot (png) - -plotDispEstimates <- function( cds, OUT_plotDispEstimatesName, out = TRUE ){ - - if (out) png( file=OUT_plotDispEstimatesName ) - - plot( - rowMeans( counts(cds, normalized=T) ), - fitInfo(cds)$perGeneDispEsts, - pch=".", log="xy", - xlab = "Mean expression strength", ylab = "Dispersion estimate" ) - - xg <- 10^seq(-.5, 5, length.out=300) - lines( xg, fitInfo(cds)$dispFun(xg), col="red" ) - - if (out) dev.off() -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/raw/f1cond1.tsv --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/raw/f1cond1.tsv Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,18761 +0,0 @@ -GliNS1 G144 -13CDNA73 4 -15E1.2 75 -182-FIP 118 -2'-PDE 39 -3'HEXO 18 -3.8-1 0 -384D8-2 3 -76P 61 -7h3 4 -8D6A 1 -A1BG 1 -A2BP1 19 -A2M 2724 -A4GALT 0 -A4GNT 0 -AAA1 2 -AAAS 57 -AACS 1904 -AADACL1 3 -AADAT 18 -AAK1 2 -AAMP 215 -AANAT 0 -AARS 157 -AARSD1 27 -AARSL 21 -AASDH 15 -AASDHPPT 162 -AASS 159 -AATF 68 -AATK 3 -ABAT 493 -ABC1 7 -ABCA1 23 -ABCA10 1 -ABCA11 10 -ABCA12 3 -ABCA13 0 -ABCA2 38 -ABCA3 95 -ABCA4 0 -ABCA5 1 -ABCA6 0 -ABCA7 23 -ABCA8 98 -ABCA9 155 -ABCB1 0 -ABCB10 64 -ABCB11 0 -ABCB4 51 -ABCB5 2 -ABCB6 26 -ABCB7 34 -ABCB8 84 -ABCB9 12 -ABCC1 24 -ABCC10 17 -ABCC11 4 -ABCC12 0 -ABCC13 4 -ABCC2 1 -ABCC3 4 -ABCC4 17 -ABCC5 41 -ABCC6 27 -ABCC8 29 -ABCC9 4 -ABCD1 9 -ABCD2 2 -ABCD3 147 -ABCD4 44 -ABCE1 490 -ABCF1 68 -ABCF2 42 -ABCF3 35 -ABCG1 1 -ABCG2 48 -ABCG4 0 -ABHD1 0 -ABHD10 6 -ABHD11 1804 -ABHD14A 44 -ABHD14B 18 -ABHD2 85 -ABHD3 133 -ABHD4 114 -ABHD5 34 -ABHD6 62 -ABHD7 0 -ABHD8 49 -ABI1 275 -ABI2 195 -ABI3 0 -ABI3BP 3 -ABL1 112 -ABL2 25 -ABLIM1 70 -ABLIM2 0 -ABLIM3 1 -ABO 0 -ABR 199 -ABRA 0 -ABT1 51 -ABTB1 11 -ABTB2 19 -ACAA1 34 -ACAA2 144 -ACACA 47 -ACACB 2 -ACAD10 36 -ACAD11 109 -ACAD8 22 -ACAD9 116 -ACADL 1 -ACADM 69 -ACADS 37 -ACADSB 36 -ACADVL 200 -ACAS2 9 -ACAS2L 3 -ACAT1 111 -ACAT2 165 -ACATE2 12 -ACBD3 213 -ACBD4 4 -ACBD5 14 -ACBD6 130 -ACBD7 6 -ACCN2 20 -ACCN3 11 -ACCN4 1 -ACD 9 -ACDC 2 -ACE 0 -ACF 25 -ACHE 199 -ACIN1 44 -ACLY 313 -ACMSD 6 -ACN9 133 -ACO1 70 -ACO2 348 -ACOT2 19 -ACOT4 1 -ACOT7 192 -ACOT8 2 -ACOT9 15 -ACOX1 97 -ACOX2 2 -ACOX3 4 -ACOXL 0 -ACP1 239 -ACP2 42 -ACP5 0 -ACP6 241 -ACPL2 55 -ACPP 7 -ACR 0 -ACRBP 0 -ACRC 3 -ACRV1 0 -ACSBG1 7 -ACSL1 5 -ACSL3 440 -ACSL4 63 -ACSL5 2 -ACSL6 19 -ACSM2 0 -ACSM3 1 -ACSS1 91 -ACSS2 55 -ACTA1 74 -ACTA2 0 -ACTB 26071 -ACTC 1 -ACTG1 2667 -ACTG2 26 -ACTL6A 58 -ACTL6B 0 -ACTL8 0 -ACTN1 463 -ACTN2 12 -ACTN4 3028 -ACTR10 77 -ACTR1A 234 -ACTR1B 18 -ACTR2 3044 -ACTR3 319 -ACTR3B 2 -ACTR5 13 -ACTR6 162 -ACTR8 64 -ACTRT1 0 -ACVR1 7 -ACVR1B 17 -ACVR1C 0 -ACVR2 14 -ACVR2A 3 -ACVR2B 2 -ACVRL1 0 -ACY1 10 -ACY1L2 46 -ACY3 0 -ACYP1 59 -ACYP2 58 -AD-003 1 -AD-020 9 -AD023 0 -AD031 51 -AD7C-NTP 3 -ADA 1889 -ADAL 0 -ADAM10 251 -ADAM11 9 -ADAM12 932 -ADAM15 74 -ADAM17 101 -ADAM18 0 -ADAM19 118 -ADAM20 0 -ADAM21 6 -ADAM22 264 -ADAM23 66 -ADAM28 0 -ADAM32 0 -ADAM33 35 -ADAM8 0 -ADAM9 581 -ADAMDEC1 0 -ADAMTS1 61 -ADAMTS10 58 -ADAMTS12 22 -ADAMTS13 3 -ADAMTS15 19 -ADAMTS16 16 -ADAMTS17 1 -ADAMTS18 0 -ADAMTS19 0 -ADAMTS2 2 -ADAMTS20 0 -ADAMTS3 147 -ADAMTS4 23 -ADAMTS5 43 -ADAMTS6 31 -ADAMTS7 2 -ADAMTS8 0 -ADAMTS9 321 -ADAMTSL1 6 -ADAMTSL2 0 -ADAMTSL3 0 -ADAMTSL4 1 -ADAR 53 -ADARB1 7 -ADARB2 0 -ADAT1 38 -ADC 0 -ADCK1 28 -ADCK2 11 -ADCK4 106 -ADCK5 4 -ADCY1 186 -ADCY2 0 -ADCY3 14 -ADCY5 9 -ADCY6 182 -ADCY7 19 -ADCY8 0 -ADCY9 21 -ADCYAP1 0 -ADCYAP1R1 3 -ADD1 322 -ADD2 48 -ADD3 448 -ADFP 31 -ADH1B 0 -ADH1C 0 -ADH4 3 -ADH5 490 -ADHFE1 5 -ADI1 181 -ADIPOR1 102 -ADIPOR2 26 -ADK 135 -ADM 78 -ADM2 0 -ADMP 0 -ADMR 2386 -ADNP 253 -ADORA1 3 -ADORA2A 1 -ADORA2B 7 -ADPGK 2019 -ADPN 7 -ADPRH 2 -ADPRHL1 0 -ADPRHL2 31 -ADRA1A 0 -ADRA1B 0 -ADRA1D 1 -ADRA2A 39 -ADRA2B 0 -ADRB1 11 -ADRB2 0 -ADRB3 17 -ADRBK1 51 -ADRBK2 4 -ADRM1 189 -ADSL 96 -ADSS 165 -ADSSL1 0 -AE2 6 -AEBP1 1856 -AEBP2 144 -AEGP 3 -AER61 3 -AES 1381 -AF15Q14 1 -AF1Q 24 -AF5Q31 244 -AFAP 139 -AFAR3 6 -AFF1 19 -AFF2 0 -AFF3 7 -AFF4 1 -AFG3L1 5 -AFG3L2 107 -AFMID 92 -AFP 0 -AFTIPHILIN 81 -AG1 6 -AGA 19 -AGBL2 1 -AGBL3 2 -AGC1 8 -AGER 4 -AGGF1 52 -AGL 71 -AGMAT 5 -AGPAT1 83 -AGPAT2 2 -AGPAT3 20 -AGPAT4 51 -AGPAT5 260 -AGPAT6 51 -AGPAT7 25 -AGPS 96 -AGR2 21 -AGRN 345 -AGRP 0 -AGT 948 -AGTPBP1 28 -AGTR1 0 -AGTR2 0 -AGTRAP 204 -AGXT2L1 0 -AHCTF1 69 -AHCY 594 -AHCYL1 709 -AHDC1 8 -AHI1 55 -AHNAK 0 -AHR 458 -AHSA1 136 -AHSA2 38 -AHSG 0 -AICDA 1 -AIFL 0 -AIG1 63 -AIM1 2 -AIM1L 0 -AIP 87 -AIP1 92 -AIPL1 8 -AK1 37 -AK2 156 -AK3 197 -AK3L1 14 -AK5 9 -AK7 1 -AKAP1 42 -AKAP10 86 -AKAP11 78 -AKAP12 72 -AKAP13 26 -AKAP14 9 -AKAP3 3 -AKAP6 29 -AKAP7 57 -AKAP8 51 -AKAP8L 155 -AKAP9 56 -AKIP 1 -AKNA 8 -AKR1A1 126 -AKR1B1 305 -AKR1B10 0 -AKR1C1 0 -AKR1C2 0 -AKR1C3 0 -AKR1C4 0 -AKR1CL2 0 -AKR1D1 11 -AKR7A2 36 -AKR7A3 3 -AKT1 99 -AKT1S1 14 -AKT2 359 -AKT3 217 -ALAD 38 -ALAS1 71 -ALAS2 0 -ALB 0 -ALCAM 236 -ALDH16A1 71 -ALDH18A1 79 -ALDH1A1 111 -ALDH1A2 0 -ALDH1A3 0 -ALDH1B1 35 -ALDH1L1 0 -ALDH1L2 0 -ALDH2 93 -ALDH3A1 2 -ALDH3A2 307 -ALDH3B1 15 -ALDH4A1 17 -ALDH5A1 6 -ALDH6A1 110 -ALDH7A1 199 -ALDH8A1 5 -ALDH9A1 45 -ALDOA 501 -ALDOB 0 -ALDOC 56 -ALF 117 -ALG1 13 -ALG10 17 -ALG12 27 -ALG14 20 -ALG2 24 -ALG3 25 -ALG5 39 -ALG6 260 -ALG8 61 -ALG9 14 -ALK 0 -ALKBH 8 -ALKBH1 67 -ALKBH3 4 -ALKBH4 32 -ALKBH5 103 -ALKBH6 23 -ALKBH7 340 -ALKBH8 18 -ALLC 0 -ALMS1 18 -ALOX12 2 -ALOX12B 0 -ALOX12P2 0 -ALOX15 0 -ALOX15B 0 -ALOX5 0 -ALOX5AP 0 -ALOXE3 0 -ALPK1 101 -ALPK2 56 -ALPK3 0 -ALPP 9 -ALS2 125 -ALS2CL 0 -ALS2CR10 1 -ALS2CR11 0 -ALS2CR13 25 -ALS2CR15 6 -ALS2CR16 1 -ALS2CR19 6 -ALS2CR2 7 -ALS2CR3 55 -ALS2CR4 18 -ALS2CR7 0 -ALS2CR8 5 -ALS4 222 -ALX3 3 -ALX4 0 -AMACO 4 -AMACR 15 -AMBN 0 -AMD1 68 -AMDHD1 0 -AMDHD2 18 -AMFR 139 -AMH 5 -AMHR2 0 -AMICA1 1 -AMID 2 -AMIGO 7 -AMIGO1 2 -AMIGO2 0 -AMMECR1 41 -AMN 4 -AMOT 27 -AMOTL1 171 -AMOTL2 62 -AMPD1 0 -AMPD2 194 -AMPD3 12 -AMPH 7 -AMSH-LP 1 -AMT 5 -AMY1A 0 -AMY2A 5 -AMY2B 2 -AMZ2 89 -ANAPC1 26 -ANAPC10 47 -ANAPC11 496 -ANAPC13 137 -ANAPC2 10 -ANAPC4 18 -ANAPC5 74 -ANAPC7 85 -ANGEL1 18 -ANGEL2 19 -ANGPT1 47 -ANGPT2 0 -ANGPTL1 27 -ANGPTL2 46 -ANGPTL4 2 -ANGPTL7 0 -ANK1 10 -ANK2 660 -ANK3 10 -ANKDD1A 1 -ANKFY1 83 -ANKH 486 -ANKHD1 95 -ANKIB1 972 -ANKMY1 13 -ANKMY2 53 -ANKRA2 70 -ANKRD1 0 -ANKRD10 208 -ANKRD11 17 -ANKRD12 168 -ANKRD13 83 -ANKRD13B 145 -ANKRD13C 3 -ANKRD13D 15 -ANKRD15 263 -ANKRD16 11 -ANKRD17 152 -ANKRD19 4 -ANKRD2 0 -ANKRD20A 9 -ANKRD20A1 0 -ANKRD20B 0 -ANKRD21 0 -ANKRD23 20 -ANKRD24 1 -ANKRD25 149 -ANKRD26 39 -ANKRD27 69 -ANKRD28 200 -ANKRD29 0 -ANKRD30B 1895 -ANKRD32 37 -ANKRD36 2 -ANKRD37 13 -ANKRD38 2 -ANKRD39 9 -ANKRD40 5 -ANKRD42 12 -ANKRD44 0 -ANKRD45 0 -ANKRD46 10 -ANKRD47 4 -ANKRD49 1 -ANKRD5 1 -ANKRD50 0 -ANKRD52 132 -ANKRD6 42 -ANKRD7 3 -ANKRD9 72 -ANKS1 15 -ANKS1A 7 -ANKS1B 85 -ANKS3 6 -ANKS6 11 -ANKZF1 41 -ANLN 74 -ANP32A 170 -ANP32B 413 -ANP32C 0 -ANP32E 348 -ANPEP 0 -ANTXR1 89 -ANTXR2 83 -ANUBL1 10 -ANXA1 103 -ANXA10 0 -ANXA11 169 -ANXA13 0 -ANXA2 621 -ANXA2P1 0 -ANXA2P3 2 -ANXA3 0 -ANXA4 27 -ANXA5 874 -ANXA6 164 -ANXA7 230 -ANXA8 3 -ANXA9 3 -AOAH 2 -AOC2 5 -AOC3 4 -AOF1 41 -AOF2 287 -AOX1 0 -AP1B1 67 -AP1G1 308 -AP1G2 13 -AP1GBP1 95 -AP1M1 64 -AP1S1 10 -AP1S2 1445 -AP1S3 3 -AP2A1 33 -AP2A2 10 -AP2B1 467 -AP2M1 509 -AP2S1 95 -AP3B1 424 -AP3B2 9 -AP3D1 1299 -AP3M1 206 -AP3M2 34 -AP3S1 259 -AP3S2 36 -AP4B1 25 -AP4E1 23 -AP4M1 73 -AP4S1 36 -APAF1 56 -APBA1 19 -APBA2 135 -APBA2BP 9 -APBA3 50 -APBB1 182 -APBB1IP 1 -APBB2 121 -APBB3 4 -APC 44 -APC2 24 -APCDD1 158 -APEG1 11 -APEH 174 -APEX1 2812 -APEX2 38 -APG10L 16 -APG12L 42 -APG16L 7 -APG3L 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-ZNF432 15 -ZNF433 12 -ZNF434 30 -ZNF435 0 -ZNF436 455 -ZNF438 62 -ZNF439 80 -ZNF44 42 -ZNF440 28 -ZNF440L 0 -ZNF441 19 -ZNF442 0 -ZNF443 88 -ZNF444 959 -ZNF445 3 -ZNF446 27 -ZNF447 298 -ZNF449 39 -ZNF45 367 -ZNF451 138 -ZNF452 0 -ZNF454 11 -ZNF46 27 -ZNF462 376 -ZNF467 1 -ZNF468 350 -ZNF469 0 -ZNF471 51 -ZNF473 1 -ZNF479 0 -ZNF480 44 -ZNF482 175 -ZNF483 3 -ZNF484 26 -ZNF485 29 -ZNF486 648 -ZNF488 44 -ZNF490 0 -ZNF491 0 -ZNF492 1 -ZNF493 28 -ZNF496 229 -ZNF497 7 -ZNF498 69 -ZNF499 8 -ZNF500 8 -ZNF501 7 -ZNF502 6 -ZNF503 13 -ZNF505 1 -ZNF506 3 -ZNF507 291 -ZNF509 39 -ZNF510 80 -ZNF511 649 -ZNF512 56 -ZNF513 10 -ZNF514 0 -ZNF516 78 -ZNF517 120 -ZNF518 150 -ZNF519 47 -ZNF521 145 -ZNF524 38 -ZNF525 8 -ZNF526 48 -ZNF527 5 -ZNF528 35 -ZNF529 136 -ZNF530 8 -ZNF532 830 -ZNF533 0 -ZNF536 0 -ZNF537 0 -ZNF539 114 -ZNF540 32 -ZNF542 58 -ZNF543 40 -ZNF544 49 -ZNF545 71 -ZNF546 4 -ZNF547 302 -ZNF548 98 -ZNF549 1 -ZNF550 23 -ZNF551 44 -ZNF552 0 -ZNF553 300 -ZNF554 17 -ZNF555 24 -ZNF557 0 -ZNF558 22 -ZNF559 237 -ZNF560 0 -ZNF561 315 -ZNF562 11 -ZNF563 36 -ZNF564 110 -ZNF565 0 -ZNF566 11 -ZNF567 18 -ZNF568 59 -ZNF569 58 -ZNF570 0 -ZNF571 19 -ZNF572 3 -ZNF573 4 -ZNF574 47 -ZNF575 2 -ZNF576 37 -ZNF577 42 -ZNF578 3 -ZNF579 19 -ZNF580 695 -ZNF581 133 -ZNF582 3 -ZNF583 24 -ZNF584 87 -ZNF585A 192 -ZNF585B 5 -ZNF586 24 -ZNF587 47 -ZNF588 18 -ZNF589 2 -ZNF592 182 -ZNF593 98 -ZNF594 3 -ZNF595 0 -ZNF596 321 -ZNF597 9 -ZNF598 32 -ZNF599 36 -ZNF6 93 -ZNF600 7 -ZNF605 17 -ZNF606 100 -ZNF607 83 -ZNF608 45 -ZNF609 16 -ZNF610 8 -ZNF611 178 -ZNF613 44 -ZNF614 3 -ZNF615 86 -ZNF616 46 -ZNF618 1 -ZNF619 0 -ZNF620 15 -ZNF621 52 -ZNF622 128 -ZNF623 121 -ZNF624 28 -ZNF625 1 -ZNF626 14 -ZNF627 95 -ZNF629 336 -ZNF630 0 -ZNF638 1201 -ZNF639 225 -ZNF641 60 -ZNF642 26 -ZNF643 0 -ZNF644 151 -ZNF646 5 -ZNF649 124 -ZNF650 136 -ZNF651 263 -ZNF652 14 -ZNF653 20 -ZNF654 2 -ZNF655 416 -ZNF658 23 -ZNF659 0 -ZNF66 1 -ZNF660 44 -ZNF663 0 -ZNF664 241 -ZNF665 0 -ZNF667 120 -ZNF668 8 -ZNF669 15 -ZNF670 11 -ZNF671 312 -ZNF672 81 -ZNF673 31 -ZNF677 6 -ZNF678 4 -ZNF680 22 -ZNF681 0 -ZNF682 0 -ZNF684 0 -ZNF687 59 -ZNF688 15 -ZNF689 10 -ZNF69 48 -ZNF690 22 -ZNF691 129 -ZNF692 10 -ZNF694 86 -ZNF695 4 -ZNF697 22 -ZNF7 80 -ZNF70 0 -ZNF700 100 -ZNF701 10 -ZNF702 20 -ZNF703 22 -ZNF704 0 -ZNF706 996 -ZNF707 15 -ZNF708 67 -ZNF71 77 -ZNF710 260 -ZNF713 0 -ZNF714 0 -ZNF718 1 -ZNF720 170 -ZNF721 21 -ZNF722 0 -ZNF74 112 -ZNF740 28 -ZNF75 88 -ZNF75A 349 -ZNF76 407 -ZNF77 19 -ZNF79 34 -ZNF8 2 -ZNF80 0 -ZNF81 4 -ZNF83 470 -ZNF84 161 -ZNF85 113 -ZNF9 249 -ZNF91 86 -ZNF92 69 -ZNF93 53 -ZNF96 0 -ZNFN1A2 1 -ZNFN1A3 0 -ZNFN1A4 62 -ZNFN1A5 120 -ZNFX1 31 -ZNHIT1 6 -ZNHIT2 48 -ZNHIT3 181 -ZNHIT4 30 -ZNRD1 84 -ZNRF1 180 -ZNRF2 109 -ZNRF3 218 -ZP3 176 -ZPBP 0 -ZPLD1 0 -ZRANB1 144 -ZRANB3 55 -ZRF1 104 -ZSCAN1 208 -ZSCAN2 51 -ZSCAN5 32 -ZSWIM1 116 -ZSWIM3 0 -ZSWIM4 35 -ZSWIM5 1 -ZSWIM6 629 -ZW10 24 -ZWILCH 31 -ZWINT 371 -ZXDA 0 -ZXDB 63 -ZXDC 35 -ZYG11B 2909 -ZYG11BL 72 -ZYX 3056 -ZZANK1 67 -ZZEF1 16 -ZZZ3 270 diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/raw2counts.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/raw2counts.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,20 +0,0 @@ -# raw2counts -# extract counts only from rawCounts -# and add rownames to counts - -# input : rawCounts -# output : counts - -# created Feb 6th, 2012 -# modified April 12, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -raw2counts <- function( rawCounts, annot=1 ){ - - ex <- 1:annot - counts <- as.matrix( rawCounts[,-ex] ) - rownames(counts) <- rawCounts[,1] - infoCounts <- rawCounts[,ex] - return( list("counts"=counts, "infoCounts"= infoCounts) ) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/removeNul.R --- a/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/removeNul.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,14 +0,0 @@ -# removeNul -# remove genes with null counts in all samples - -# input : counts -# output : counts - -# created Feb 7th, 2012 -# Marie-Agnes Dillies - - -removeNul <- function( counts, info = NULL ){ - - return( list(counts[rowSums(counts) > 0,], info[rowSums(counts) > 0,]) ) -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/__init__.py diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel.py --- a/SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,172 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -""" -Converts BAM data to sorted SAM data. -usage: bam_to_sam.py [options] - --input1: SAM file to be converted - --output1: output dataset in bam format -""" - -import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil, tarfile, random -#from galaxy import eggs -#import pkg_resources; pkg_resources.require( "bx-python" ) -#from bx.cookbook import doc_optparse -#from galaxy import util - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( '%s\n' % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, samOutputNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in samOutputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-t', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all SAM results in a tar file.' ) - parser.add_option( '', '--input1', dest='input1', help='The input list of BAM datasets on txt format.' ) - #parser.add_option( '', '--input1', dest='input1', help='The input BAM dataset' ) - parser.add_option( '', '--output1', dest='output1', help='The output list of SAM datasets on txt format.' ) - #parser.add_option( '', '--output1', dest='output1', help='The output SAM dataset' ) - parser.add_option( '', '--header', dest='header', action='store_true', default=False, help='Write SAM Header' ) - ( options, args ) = parser.parse_args() - - - #Parse the input txt file and read a list of BAM files. - file = open(options.input1, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - samOutputNames = [] - outputName = options.output1 - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - #Write output txt file and define all output sam file names. - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - samOutName = resDirName + tab[0] + '_samOutput_%s.sam' % random.randrange(0, 10000) - samOutputNames.append(samOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + samOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - # output version # of tool - try: - tmp_files = [] - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp) - tmp_stdout = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args='samtools 2>&1', shell=True, stdout=tmp_stdout ) - tmp_stdout.close() - returncode = proc.wait() - stdout = None - for line in open( tmp_stdout.name, 'rb' ): - if line.lower().find( 'version' ) >= 0: - stdout = line.strip() - break - if stdout: - sys.stdout.write( 'Samtools %s\n' % stdout ) - else: - raise Exception - except: - sys.stdout.write( 'Could not determine Samtools version\n' ) - - - - tmp_dirs = [] - for i in range(len(inputFileNames)): - try: - # exit if input file empty - if os.path.getsize( inputFileNames[i] ) == 0: - raise Exception, 'Initial input txt file is empty.' - # Sort alignments by leftmost coordinates. File .bam will be created. This command - # may also create temporary files .%d.bam when the whole alignment cannot be fitted - # into memory ( controlled by option -m ). - tmp_dir = tempfile.mkdtemp() - tmp_dirs.append(tmp_dir) - tmp_sorted_aligns_file = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_dir ) - tmp_sorted_aligns_file_base = tmp_sorted_aligns_file.name - tmp_sorted_aligns_file_name = '%s.bam' % tmp_sorted_aligns_file.name - tmp_files.append(tmp_sorted_aligns_file_name) - tmp_sorted_aligns_file.close() - - command = 'samtools sort %s %s' % ( inputFileNames[i], tmp_sorted_aligns_file_base ) - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_dir ).name - tmp_stderr = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args=command, shell=True, cwd=tmp_dir, stderr=tmp_stderr.fileno() ) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - # get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open( tmp, 'rb' ) - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read( buffsize ) - if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - # exit if sorted BAM file empty - if os.path.getsize( tmp_sorted_aligns_file_name) == 0: - raise Exception, 'Intermediate sorted BAM file empty' - except Exception, e: - stop_err( 'Error sorting alignments from (%s), %s' % ( inputFileNames[i], str( e ) ) ) - - try: - # Extract all alignments from the input BAM file to SAM format ( since no region is specified, all the alignments will be extracted ). - if options.header: - view_options = "-h" - else: - view_options = "" - command = 'samtools view %s -o %s %s' % ( view_options, samOutputNames[i], tmp_sorted_aligns_file_name ) - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_dir ).name - tmp_stderr = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args=command, shell=True, cwd=tmp_dir, stderr=tmp_stderr.fileno() ) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - # get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open( tmp, 'rb' ) - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read( buffsize ) - if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - except Exception, e: - stop_err( 'Error extracting alignments from (%s), %s' % ( inputFileNames[i], str( e ) ) ) - if os.path.getsize( samOutputNames[i] ) > 0: - sys.stdout.write( 'BAM file converted to SAM' ) - else: - stop_err( 'The output file is empty, there may be an error with your input file.' ) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, samOutputNames) - #clean up temp files - for tmp_dir in tmp_dirs: - if os.path.exists( tmp_dir ): - shutil.rmtree( tmp_dir ) - #print tmp_files - #for tmp in tmp_files: - # os.remove(tmp) - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,32 +0,0 @@ - - converts a list of BAM format files to SAM format. - - samtools - - bam_to_sam_parallel.py - --input1=$input1 - --output1=$output1 - $header - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - tar - - - - -**What it does** - -This tool uses the SAMTools_ toolkit to produce a SAM file from a BAM file. - -.. _SAMTools: http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,145 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -""" -Converts BAM data to sorted SAM data. -usage: bam_to_sam.py [options] - --input1: SAM file to be converted - --output1: output dataset in bam format -""" - -import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil, tarfile, random -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory -#from galaxy import eggs -#import pkg_resources; pkg_resources.require( "bx-python" ) -#from bx.cookbook import doc_optparse -#from galaxy import util - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( '%s\n' % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, samOutputNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in samOutputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.extend(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.extend(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.extend(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def _createSamToolsViewCmd(iLauncher, inputFile, tmp_sorted_aligns_file_name, header): - lArgs = [] - lArgs.append("-o %s" % inputFile) - lArgs.append("%s" % tmp_sorted_aligns_file_name) - if header: - lArgs.append("-h") - return iLauncher.getSystemCommand("samtools view", lArgs) - -def _createSamToolsSortCmd(iLauncher, inputFile, tmp_sorted_aligns_file_base): - lArgs = [] - lArgs.append("%s" % inputFile) - lArgs.append("%s" % tmp_sorted_aligns_file_base) - return iLauncher.getSystemCommand("samtools sort", lArgs) - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-t', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all SAM results in a tar file.' ) - parser.add_option( '', '--input1', dest='input1', help='The input list of BAM datasets on txt format.' ) - #parser.add_option( '', '--input1', dest='input1', help='The input BAM dataset' ) - parser.add_option( '', '--output1', dest='output1', help='The output list of SAM datasets on txt format.' ) - #parser.add_option( '', '--output1', dest='output1', help='The output SAM dataset' ) - parser.add_option( '', '--header', dest='header', action='store_true', default=False, help='Write SAM Header' ) - ( options, args ) = parser.parse_args() - - - #Parse the input txt file and read a list of BAM files. - file = open(options.input1, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - samOutputNames = [] - outputName = options.output1 - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - #Write output txt file and define all output sam file names. - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - samOutName = resDirName + tab[0] + '_samOutput_%s.sam' % random.randrange(0, 10000) - samOutputNames.append(samOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + samOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - # output version # of tool - try: - tmp_files = [] - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp) - tmp_stdout = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args='samtools 2>&1', shell=True, stdout=tmp_stdout ) - tmp_stdout.close() - returncode = proc.wait() - stdout = None - for line in open( tmp_stdout.name, 'rb' ): - if line.lower().find( 'version' ) >= 0: - stdout = line.strip() - break - if stdout: - sys.stdout.write( 'Samtools %s\n' % stdout ) - else: - raise Exception - except: - sys.stdout.write( 'Could not determine Samtools version\n' ) - - tmp_dirs = [] - acronym = "bam_to_sam" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - lCmdsTuples = [] - for i in range(len(inputFileNames)): #Construct the lines commands - if os.path.getsize( inputFileNames[i] ) == 0: - raise Exception, 'Initial input txt file is empty.' - tmp_dir = tempfile.mkdtemp(dir="%s" % os.getcwd()) - tmp_dirs.append(tmp_dir) - tmp_sorted_aligns_file = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_dir ) - tmp_sorted_aligns_file_base = tmp_sorted_aligns_file.name - tmp_sorted_aligns_file_name = '%s.bam' % tmp_sorted_aligns_file.name - tmp_files.append(tmp_sorted_aligns_file_name) - tmp_sorted_aligns_file.close() - - inputFile = inputFileNames[i] - outputFile = samOutputNames[i] - cmd2Launch = [] - cmd2Launch.append(_createSamToolsSortCmd(iLauncher, inputFile, tmp_sorted_aligns_file_base)) - cmd2Launch.append(_createSamToolsViewCmd(iLauncher, outputFile, tmp_sorted_aligns_file_name, options.header)) - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, samOutputNames) - #clean up temp files - for tmp_dir in tmp_dirs: - if os.path.exists( tmp_dir ): - shutil.rmtree( tmp_dir ) - #print tmp_files - #for tmp in tmp_files: - # os.remove(tmp) - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/bam_to_sam_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,32 +0,0 @@ - - converts a list of BAM format files to SAM format (parallelized). - - samtools - - bam_to_sam_parallel_unSQL.py - --input1=$input1 - --output1=$output1 - $header - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - tar - - - - -**What it does** - -This tool uses the SAMTools_ toolkit to produce a SAM file from a BAM file. - -.. _SAMTools: http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtml - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel.py --- a/SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,175 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python -#This program is a wrapp for CompareOverlapping.py. -import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil, tarfile, glob -import os, struct, time, random -from optparse import OptionParser -from commons.core.parsing.ParserChooser import ParserChooser -from commons.core.writer.Gff3Writer import Gff3Writer -from SMART.Java.Python.CompareOverlapping import CompareOverlapping -from SMART.Java.Python.structure.Transcript import Transcript -from SMART.Java.Python.structure.Interval import Interval -from SMART.Java.Python.ncList.NCList import NCList -from SMART.Java.Python.ncList.NCListCursor import NCListCursor -from SMART.Java.Python.ncList.NCListFilePickle import NCListFilePickle, NCListFileUnpickle -from SMART.Java.Python.ncList.FileSorter import FileSorter -from SMART.Java.Python.misc.Progress import Progress -from SMART.Java.Python.misc.UnlimitedProgress import UnlimitedProgress -from SMART.Java.Python.misc import Utils - - - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( "%s\n" % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, overlapOutputNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in overlapOutputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def __main__(): - description = "Compare Overlapping wrapp script: Get the a list of data which overlap with a reference set. [Category: Data Comparison]" - parser = OptionParser(description = description) - parser.add_option("-i", "--input1", dest="inputFileName1", action="store", type="string", help="input file 1 (for annotation) [compulsory] [format: file in transcript format given by -f]") - parser.add_option("-f", "--format1", dest="format1", action="store", type="string", help="format of file 1 [compulsory] [format: transcript file format]") - parser.add_option("", "--inputTxt", dest="inputTxt", action="store", type="string", help="input, a txt file for a list of input reads files. Should identify all reads files format, given by -g [compulsory]") - #parser.add_option("-j", "--input2", dest="inputFileName2", action="store", default="inputRead", type="string", help="input file 2 [compulsory] [format: file in transcript format given by -g]") - parser.add_option("-g", "--format2", dest="format2", action="store", type="string", help="format of file 2 [compulsory] [format: transcript file format]") - #parser.add_option("-o", "--output", dest="output", action="store", default=None, type="string", help="output file [compulsory] [format: output file in GFF3 format]") - parser.add_option("-S", "--start1", dest="start1", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n first nucleotides of the transcripts in file 1 (do not use it with -U) [format: int]") - parser.add_option("-s", "--start2", dest="start2", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n first nucleotides of the transcripts in file 2 (do not use it with -u) [format: int]") - parser.add_option("-U", "--end1", dest="end1", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n last nucleotides of the transcripts in file 1 (do not use it with -S) [format: int]") - parser.add_option("-u", "--end2", dest="end2", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n last nucleotides of the transcripts in file 2 (do not use it with -s) [format: int]") - parser.add_option("-t", "--intron", dest="introns", action="store_true", default=False, help="also report introns [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-E", "--5primeExtension1", dest="fivePrime1", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 5' in file 1 [format: int]") - parser.add_option("-e", "--5primeExtension2", dest="fivePrime2", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 5' in file 2 [format: int]") - parser.add_option("-N", "--3primeExtension1", dest="threePrime1", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 3' in file 1 [format: int]") - parser.add_option("-n", "--3primeExtension2", dest="threePrime2", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 3' in file 2 [format: int]") - parser.add_option("-c", "--colinear", dest="colinear", action="store_true", default=False, help="colinear only [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-a", "--antisense", dest="antisense", action="store_true", default=False, help="antisense only [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-d", "--distance", dest="distance", action="store", default=None, type="int", help="accept some distance between query and reference [format: int]") - parser.add_option("-k", "--included", dest="included", action="store_true", default=False, help="keep only elements from file 1 which are included in an element of file 2 [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-K", "--including", dest="including", action="store_true", default=False, help="keep only elements from file 2 which are included in an element of file 1 [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-m", "--minOverlap", dest="minOverlap", action="store", default=None, type="int", help="minimum number of nucleotides overlapping to declare an overlap [format: int] [default: 1]") - parser.add_option("-p", "--pcOverlap", dest="pcOverlap", action="store", default=None, type="int", help="minimum percentage of nucleotides to overlap to declare an overlap [format: int]") - parser.add_option("-O", "--notOverlapping", dest="notOverlapping", action="store_true", default=False, help="also output not overlapping data [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-x", "--exclude", dest="exclude", action="store_true", default=False, help="invert the match [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-v", "--verbosity", dest="verbosity", action="store", default=1, type="int", help="trace level [format: int]") - parser.add_option('', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all SAM results in a tar file.' ) - parser.add_option( '', '--outTxt', dest='outTxtFile', help='The output list of results files on txt format.[compulsory]' ) - (options, args) = parser.parse_args() - - - #Parse the input txt file and read a list of BAM files. - file = open(options.inputTxt, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - overlapOutputNames = [] - outputName = options.outTxtFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + "/" - #Write output txt file and define all output sam file names. - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - overlapOutName = resDirName + tab[0] + '_overlapOut_%s.gff3' % random.randrange(0, 10000) - overlapOutputNames.append(overlapOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + overlapOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - #construction the commandes for each input file - cmds = [] - for i in range(len(inputFileNames)): - absFile = sys.argv[0] - absDir = os.path.dirname(absFile) - parentDir = os.path.abspath(os.path.join(absDir, os.path.pardir)) - cmd = "python %s/Java/Python/CompareOverlappingSmallQuery.py " % parentDir - opts = "-i %s -f %s -j %s -g %s -o %s " % (options.inputFileName1, options.format1, inputFileNames[i], options.format2, overlapOutputNames[i]) - #if options.start1 != None: - # opts += "-S %s " % options.start1 - #if options.start2 != None: - # opts += "-s %s " % options.start2 - #if options.end1 != None: - # opts += "-U %s " % options.end1 - #if options.end2 != None: - # opts += "-u %s " % options.end2 - #if options.fivePrime1 != None: - # opts += "-E %s " % options.fivePrime1 - #if options.fivePrime2 != None: - # opts += "-e %s " % options.fivePrime2 - #if options.threePrime1 != None: - # opts += "-N %s " % options.threePrime1 - #if options.threePrime2 != None: - # opts += "-n %s " % options.threePrime2 - #if options.colinear: - # opts += "-c " - #if options.antisense: - # opts +="-a " - #if options.included: - # opts += "-k " - #if options.including: - # opts += "-K " - #if options.pcOverlap != None: - # opts += "-p %s " % options.pcOverlap - if options.notOverlapping: - opts += "-O " - if options.exclude: - opts += "-x " - if options.distance != None: - opts += "-d %s " % options.distance - #if options.minOverlap != None: - # opts += "-m %s " % options.minOverlap - cmd += opts - cmds.append(cmd) - - - print "les commandes sont %s \n" % cmds - - tmp_files = [] - for i in range(len(cmds)): - try: - tmp_out = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_out) - tmp_stdout = open( tmp_out, 'wb' ) - tmp_err = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_err) - tmp_stderr = open( tmp_err, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args=cmds[i], shell=True, cwd=".", stdout=tmp_stdout, stderr=tmp_stderr ) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - # get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open( tmp_err, 'rb' ) - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read( buffsize ) - if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stdout.close() - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - except Exception, e: - stop_err( 'Error in :\n' + str( e ) ) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, overlapOutputNames) - - for tmp_file in tmp_files: - os.remove(tmp_file) - - -if __name__=="__main__": __main__() - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,251 +0,0 @@ - - Shrink or extend the sets of genomic coordinates to get the information between starts of reads and starts of genes. - - compareOverlapping_parallel.py -i $formatType.inputFileName1 - #if $formatType.FormatInputFileName1 == 'bed': - -f bed - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff': - -f gff - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff2': - -f gff2 - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff3': - -f gff3 - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'sam': - -f sam - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gtf': - -f gtf - #end if - - --inputTxt $inputTxt - - -g $format2 - - --outTxt $outTxtFile - - #if $optionNFirstFile1.NFirstForFile1 == 'Yes': - -S $optionNFirstFile1.firstNtFile1 - #end if - #if $optionNFirstFile2.NFirstForFile2 == 'Yes': - -s $optionNFirstFile2.firstNtFile2 - #end if - #if $optionNLastFile1.NLastForFile1 == 'Yes': - -U $optionNLastFile1.lastNtFile1 - #end if - #if $optionNLastFile2.NLastForFile2 == 'Yes': - -u $optionNLastFile2.lastNtFile2 - #end if - - #if $optionExtentionCinqFile1.extentionFile1 == 'Yes': - -E $optionExtentionCinqFile1.extention51 - #end if - #if $optionExtentionCinqFile2.extentionFile2 == 'Yes': - -e $optionExtentionCinqFile2.extention52 - #end if - - #if $optionExtentionTroisFile1.extentionFile1 == 'Yes': - -N $optionExtentionTroisFile1.extention31 - #end if - #if $optionExtentionTroisFile2.extentionFile2 == 'Yes': - -n $optionExtentionTroisFile2.extention32 - #end if - - #if $OptionColinearOrAntiSens.OptionCA == 'Colinear': - -c - #elif $OptionColinearOrAntiSens.OptionCA == 'AntiSens': - -a - #end if - - #if $OptionDistance.Dist == 'Yes': - -d $OptionDistance.distance - #end if - - #if $OptionMinOverlap.MO == 'Yes': - -m $OptionMinOverlap.minOverlap - #end if - - $InvertMatch - $ReportIntron - $NotOverlapping - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tar - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,205 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python -#This program is a wrapp for CompareOverlapping.py. -import os, sys, tarfile, optparse -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory -from optparse import OptionParser -from commons.core.utils.FileUtils import FileUtils -from commons.core.parsing.ParserChooser import ParserChooser -from SMART.Java.Python.structure.TranscriptList import TranscriptList -from commons.core.writer.WriterChooser import WriterChooser - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( "%s\n" % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, overlapOutputNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in overlapOutputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def _createCompareOverlappingCmd(iLauncher, options, inputFileName, annotationFile, overlapOutputName): - lArgs = [] - lArgs.append("-i %s" % annotationFile) - lArgs.append("-f %s" % options.format1) - lArgs.append("-j %s" % inputFileName) - lArgs.append("-g %s" % options.format2) - lArgs.append("-o %s" % overlapOutputName) - if options.notOverlapping: - lArgs.append("-O") - if options.exclude: - lArgs.append("-x") - if options.distance != None: - lArgs.append("-d %s" % options.distance) - return(iLauncher.getSystemCommand("python %s/SMART/Java/Python/CompareOverlappingSmallQuery.py" % os.environ["REPET_PATH"], lArgs)) - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.append(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.append(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.append(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def split(fileName, nbOfSeqPerBatch): - filePrefix, fileExt = os.path.splitext(os.path.basename(fileName)) - resDir = os.path.dirname(fileName) - lInputName = [] - fileNb = 1 - SeqNb = 0 - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lInputName.append(outFileName) - outFile = open(outFileName, "w") - f = open(fileName, "r") - line = f.readline() - previousRefName = "" - while line != "": - if not line.startswith('@SQ'): - if SeqNb == nbOfSeqPerBatch: - SeqNb = 0 - fileNb += 1 - outFile.close() - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lInputName.append(outFileName) - outFile = open(outFileName, "w") - refName = line.split("\t")[2] - if previousRefName != refName: - SeqNb += 1 - outFile.write(line) - else: - previousRefName = refName - outFile.write(line) - line = f.readline() - return lInputName - -def join(dCutOut2Out, options): - chooser = ParserChooser() - chooser.findFormat("gtf") - gtfParser = chooser.getParser(options.inputFileName1) - ref = {} - for transcript in gtfParser.getIterator(): - ref[transcript.getTagValue("ID")] = transcript - for key in dCutOut2Out.keys(): - writerChooser = WriterChooser() - writerChooser.findFormat("gff3") - for inputFile in dCutOut2Out[key]: - chooser = ParserChooser() - chooser.findFormat("gff") - gffParser = chooser.getParser(inputFile) - for transcript in gffParser.getIterator(): - finalTranscript = ref[transcript.getTagValue("ID")] - if finalTranscript.getTagValue("nbOverlaps"): - nbOverlap = int(finalTranscript.getTagValue("nbOverlaps")) + int(transcript.getTagValue("nbOverlaps")) - finalTranscript.setTagValue("nbOverlaps", nbOverlap) - else: - finalTranscript.setTagValue("nbOverlaps", transcript.getTagValue("nbOverlaps")) - - if finalTranscript.getTagValue("overlapsWith") and transcript.getTagValue("overlapsWith") != None: - overlapName = "--".join([finalTranscript.getTagValue("overlapsWith"), transcript.getTagValue("overlapsWith")]) - finalTranscript.setTagValue("overlapsWith", overlapName) - else: - if transcript.getTagValue("overlapsWith") != None: - finalTranscript.setTagValue("overlapsWith", transcript.getTagValue("overlapsWith")) - - gffWriter = writerChooser.getWriter(key) - gffWriter.setTitle("S-MART") - for transcript in ref.values(): - gffWriter.addTranscript(transcript) - gffWriter.write() - transcript.deleteTag("nbOverlaps") - transcript.deleteTag("overlapsWith") - gffWriter.close() - -def __main__(): - description = "Compare Overlapping wrapp script: Get the a list of data which overlap with a reference set. [Category: Data Comparison]" - parser = OptionParser(description = description) - parser.add_option("-i", "--input1", dest="inputFileName1", action="store", type="string", help="input file 1 (for annotation) [compulsory] [format: file in transcript format given by -f]") - parser.add_option("-f", "--format1", dest="format1", action="store", type="string", help="format of file 1 [compulsory] [format: transcript file format]") - parser.add_option("", "--inputTxt", dest="inputTxt", action="store", type="string", help="input, a txt file for a list of input reads files. Should identify all reads files format, given by -g [compulsory]") - #parser.add_option("-j", "--input2", dest="inputFileName2", action="store", default="inputRead", type="string", help="input file 2 [compulsory] [format: file in transcript format given by -g]") - parser.add_option("-g", "--format2", dest="format2", action="store", type="string", help="format of file 2 [compulsory] [format: transcript file format]") - #parser.add_option("-o", "--output", dest="output", action="store", default=None, type="string", help="output file [compulsory] [format: output file in GFF3 format]") - parser.add_option("-S", "--start1", dest="start1", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n first nucleotides of the transcripts in file 1 (do not use it with -U) [format: int]") - parser.add_option("-s", "--start2", dest="start2", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n first nucleotides of the transcripts in file 2 (do not use it with -u) [format: int]") - parser.add_option("-U", "--end1", dest="end1", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n last nucleotides of the transcripts in file 1 (do not use it with -S) [format: int]") - parser.add_option("-u", "--end2", dest="end2", action="store", default=None, type="int", help="only consider the n last nucleotides of the transcripts in file 2 (do not use it with -s) [format: int]") - parser.add_option("-t", "--intron", dest="introns", action="store_true", default=False, help="also report introns [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-E", "--5primeExtension1", dest="fivePrime1", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 5' in file 1 [format: int]") - parser.add_option("-e", "--5primeExtension2", dest="fivePrime2", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 5' in file 2 [format: int]") - parser.add_option("-N", "--3primeExtension1", dest="threePrime1", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 3' in file 1 [format: int]") - parser.add_option("-n", "--3primeExtension2", dest="threePrime2", action="store", default=None, type="int", help="extension towards 3' in file 2 [format: int]") - parser.add_option("-c", "--colinear", dest="colinear", action="store_true", default=False, help="colinear only [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-a", "--antisense", dest="antisense", action="store_true", default=False, help="antisense only [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-d", "--distance", dest="distance", action="store", default=None, type="int", help="accept some distance between query and reference [format: int]") - parser.add_option("-k", "--included", dest="included", action="store_true", default=False, help="keep only elements from file 1 which are included in an element of file 2 [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-K", "--including", dest="including", action="store_true", default=False, help="keep only elements from file 2 which are included in an element of file 1 [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-m", "--minOverlap", dest="minOverlap", action="store", default=None, type="int", help="minimum number of nucleotides overlapping to declare an overlap [format: int] [default: 1]") - parser.add_option("-p", "--pcOverlap", dest="pcOverlap", action="store", default=None, type="int", help="minimum percentage of nucleotides to overlap to declare an overlap [format: int]") - parser.add_option("-O", "--notOverlapping", dest="notOverlapping", action="store_true", default=False, help="also output not overlapping data [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-x", "--exclude", dest="exclude", action="store_true", default=False, help="invert the match [format: bool] [default: false]") - parser.add_option("-v", "--verbosity", dest="verbosity", action="store", default=1, type="int", help="trace level [format: int]") - parser.add_option('', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all SAM results in a tar file.' ) - parser.add_option( '', '--outTxt', dest='outTxtFile', help='The output list of results files on txt format.[compulsory]' ) - (options, args) = parser.parse_args() - - - #Parse the input txt file and read a list of BAM files. - file = open(options.inputTxt, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - overlapOutputNames = [] - outputName = options.outTxtFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + "/" - #Write output txt file and define all output sam file names. - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - overlapOutName = resDirName + tab[0] + '_overlapOut.gff3' - overlapOutputNames.append(overlapOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + overlapOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - #Launch on nodes - acronym = "compareOverlapping" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "test", acronym, acronym, False, True) - - - - - #construction the commandes for each input file - lCmdsTuples = [] - dCutOut2Out = {} - lAllFile2remove = [] - for i in range(len(inputFileNames)): - lCutInputFile = split(inputFileNames[i], 20000) - lAllFile2remove.extend(lCutInputFile) - lCutOutput = [] - for cutInput in lCutInputFile: - cutOutput = "%s_out" % cutInput - lCutOutput.append(cutOutput) - lAllFile2remove.extend(lCutOutput) - cmd2Launch = _createCompareOverlappingCmd(iLauncher, options, cutInput, options.inputFileName1, cutOutput) - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, "", "")) - chooser = ParserChooser() - chooser.findFormat(options.format2) - dCutOut2Out[overlapOutputNames[i]] = lCutOutput - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - join(dCutOut2Out, options) - FileUtils.removeFilesFromListIfExist(lAllFile2remove) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, overlapOutputNames) - -if __name__=="__main__": __main__() \ No newline at end of file diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/compareOverlapping_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,251 +0,0 @@ - - Shrink or extend the sets of genomic coordinates to get the information between starts of reads and starts of genes (parallelized). - - compareOverlapping_parallel_unSQL.py -i $formatType.inputFileName1 - #if $formatType.FormatInputFileName1 == 'bed': - -f bed - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff': - -f gff - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff2': - -f gff2 - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gff3': - -f gff3 - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'sam': - -f sam - #elif $formatType.FormatInputFileName1 == 'gtf': - -f gtf - #end if - - --inputTxt $inputTxt - - -g $format2 - - --outTxt $outTxtFile - - #if $optionNFirstFile1.NFirstForFile1 == 'Yes': - -S $optionNFirstFile1.firstNtFile1 - #end if - #if $optionNFirstFile2.NFirstForFile2 == 'Yes': - -s $optionNFirstFile2.firstNtFile2 - #end if - #if $optionNLastFile1.NLastForFile1 == 'Yes': - -U $optionNLastFile1.lastNtFile1 - #end if - #if $optionNLastFile2.NLastForFile2 == 'Yes': - -u $optionNLastFile2.lastNtFile2 - #end if - - #if $optionExtentionCinqFile1.extentionFile1 == 'Yes': - -E $optionExtentionCinqFile1.extention51 - #end if - #if $optionExtentionCinqFile2.extentionFile2 == 'Yes': - -e $optionExtentionCinqFile2.extention52 - #end if - - #if $optionExtentionTroisFile1.extentionFile1 == 'Yes': - -N $optionExtentionTroisFile1.extention31 - #end if - #if $optionExtentionTroisFile2.extentionFile2 == 'Yes': - -n $optionExtentionTroisFile2.extention32 - #end if - - #if $OptionColinearOrAntiSens.OptionCA == 'Colinear': - -c - #elif $OptionColinearOrAntiSens.OptionCA == 'AntiSens': - -a - #end if - - #if $OptionDistance.Dist == 'Yes': - -d $OptionDistance.distance - #end if - - #if $OptionMinOverlap.MO == 'Yes': - -m $OptionMinOverlap.minOverlap - #end if - - $InvertMatch - $ReportIntron - $NotOverlapping - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tar - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber.pl --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,34 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w - -use strict; - -my $in_file = $ARGV[0]; -my $out_file = $ARGV[1]; -my $sort_type = $ARGV[2]; # n(umeric) or a(lphanumeric) -my ($line,$ID,$nbOverlaps,%hash); - -open(IN, $in_file); -while ($line = ){ - chomp($line); - $line=~s/\t/|/g; - my @part=split(/\|/,$line); - my @split=split(";",$part[$#part]); - $split[0] =~ m/^(\w+).+$/; - - foreach my $i (@split){ - if ($i=~m/nbOverlaps=(.+)/){ - $nbOverlaps=$1; - } - if ($i=~m/gene_id=(.+)/){ - $ID=$1; - $hash{$ID}=$nbOverlaps; - } - } -} -close(IN); - -open(OUT, ">$out_file"); -foreach my $key ( sort keys %hash) { - print OUT "$key\t$hash{$key}\n"; -} -close(OUT); diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,16 +0,0 @@ - - Calculate the number of reads(annotations) overlapping for each transcript. - countNumber.pl $input $outputCSV - - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel.py --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,96 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python - - -import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil, tarfile, random -from optparse import OptionParser - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write('%s\n' % msg) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, outCountNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in outCountNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option("-i", "--input", dest="inputFile", help="input txt file, a list of overlapping results files.") - parser.add_option("-o", "--output", dest="outputFile", help="Out txt file.") - parser.add_option("-t", "--tar", dest="outputTar", default=None, help="output all count results in a tar file.") - (options, args) = parser.parse_args() - - #Parse the input txt file and read a list of transcripts files. - file = open(options.inputFile, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - outCountNames = [] - outputName = options.outputFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - - #Write output txt file and define all output count file names - out = open(outputName, "w") - out.write("label\tfiles\tgroup\n") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - outCountName = resDirName + tab[0] + "_outCount_%s.csv" % random.randrange(0, 10000) - outCountNames.append(outCountName) - out.write(tab[0] + '\t' + outCountName + '\t' + tab[0][5] + '\n') - file.close() - out.close() - - #Construct the lines commands - cmds = [] - for i in range(len(inputFileNames)): - cmd = "perl %s/SMART/DiffExpAnal/countNumber.pl " % os.environ["REPET_PATH"] - opts = "%s %s " % (inputFileNames[i], outCountNames[i]) - cmd += opts - cmds.append(cmd) - - tmp_files = [] - for i in range(len(cmds)): - try: - tmp_out = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_out) - tmp_stdout = open(tmp_out, 'wb') - tmp_err = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_err) - tmp_stderr = open(tmp_err, 'wb') - proc = subprocess.Popen(args=cmds[i], shell=True, cwd=".", stdout=tmp_stdout, stderr=tmp_stderr) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - #get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open(tmp_err, 'rb') - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read(buffsize) - if not stderr or len(stderr) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stdout.close() - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - except Exception, e: - stop_err('Error in :\n' + str(e)) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, outCountNames) - - for tmp_file in tmp_files: - os.remove(tmp_file) - -if __name__=="__main__":__main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ - - - Calculate the number of reads(annotations) overlapping for each transcript. - countNumber_parallel.py -i $inputTxt -o $outputTxt $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - tar - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,91 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python - - -import optparse, os, sys, tarfile, random -from optparse import OptionParser -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write('%s\n' % msg) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, outCountNames): - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in outCountNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.append(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.append(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.append(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def _createCountNumberCommand(iLauncher, inputFile, outputFile): - lArgs = [] - lArgs.append("%s" % inputFile) - lArgs.append("%s" % outputFile) - return iLauncher.getSystemCommand("perl %s/SMART/DiffExpAnal/countNumber.pl " % os.environ["REPET_PATH"], lArgs) - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option("-i", "--input", dest="inputFile", help="input txt file, a list of overlapping results files.") - parser.add_option("-o", "--output", dest="outputFile", help="Out txt file.") - parser.add_option("-t", "--tar", dest="outputTar", default=None, help="output all count results in a tar file.") - (options, args) = parser.parse_args() - - #Parse the input txt file and read a list of transcripts files. - file = open(options.inputFile, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - outCountNames = [] - outputName = options.outputFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - - #Write output txt file and define all output count file names - out = open(outputName, "w") - out.write("label\tfiles\tgroup\n") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - outCountName = resDirName + tab[0] + "_outCount_%s.csv" % random.randrange(0, 10000) - outCountNames.append(outCountName) - out.write(tab[0] + '\t' + outCountName + '\t' + tab[0][5] + '\n') - file.close() - out.close() - - #Launch on nodes - acronym = "countNumber" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - lCmdsTuples = [] - for i in range(len(inputFileNames)): #Construct the lines commands - inputFile = inputFileNames[i] - outputFile = outCountNames[i] - cmd2Launch = _createCountNumberCommand(iLauncher, inputFile, outputFile) - cmdStart = "" - cmdFinish = "" - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - - - - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, outCountNames) - - -if __name__=="__main__":__main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/countNumber_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ - - - Calculate the number of reads(annotations) overlapping for each transcript (parallelized). - countNumber_parallel_unSQL.py -i $inputTxt -o $outputTxt $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - tar - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/deseq.sh --- a/SMART/DiffExpAnal/deseq.sh Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,21 +0,0 @@ -#! /bin/sh - -#Arguments : -#$1=targetFile(the list of files) -#$2=with or without header -#$3=with or without replicates -#$4=OUT_HTML.html -#$5=OUT_HTML images directory -#$6=OUT_complete.xls -#$7=OUT_up.xls -#$8=OUT_down.xls - -#run example: -#bash deseq.sh DESeqTools/targetTest.txt 1 1 testOUT_HTML.html /tmp/ testOUT_complet.xls testOUT_up.xls testOUT_down.xls - -#echo $5 -#mkdir -p $5 #First, create the images tmp directory given by Galaxy, -p option can create the parent directory which dosen't exist. - -mkdir -p $5 -MY_PATH=`dirname $0` -cat $MY_PATH/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R | R --slave --args $1 $2 $3 $4 $5 $6 $7 $8 $0 < $MY_PATH/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/deseq.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/deseq.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,22 +0,0 @@ - - Differential expression analysis for reads count data - deseq.sh $inputFile $header $withOutReplicates $outHTML $outHTML.files_path $outComplete $outUP $outDown 2> $log - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel.py --- a/SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,115 +0,0 @@ -import sys, os, optparse, random -from galaxy_utils.sequence.fastq import fastqReader, fastqVerboseErrorReader, fastqAggregator, fastqWriter - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write("%s\n" % msg) - sys.exit() - -def main(): - - input_filename = sys.argv[1] #a txt file - input_type = sys.argv[2] - output_filename = sys.argv[3] #a txt file - output_type = sys.argv[4] - force_quality_encoding = sys.argv[5] - summarize_input = sys.argv[6] == 'summarize_input' - pairedEnd_input = sys.argv[7] - if pairedEnd_input == 'None': - pairedEnd_input = None - else: - output_pairedEndFileName = sys.argv[8] - - if force_quality_encoding == 'None': - force_quality_encoding = None - - #Parse the input txt file and read a list of fastq files - file = open(input_filename, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - outGroomerNames = [] - resDirName = os.path.dirname(output_filename) + "/" - #Write output txt file and define all output groomer file names - outFile = open(output_filename, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - outGroomerName = resDirName + tab[0] + '_outGroomer_%s.fastq' % random.randrange(0, 10000) - outGroomerNames.append(outGroomerName) - outFile.write(tab[0] + '\t' + outGroomerName + '\n') - outFile.close() - file.close() - - if pairedEnd_input != None: - inPairedFile = open(pairedEnd_input, "r") - lines = inPairedFile.readlines() - inputPairedEndFileNames = [] - outGroomerPairedEndNames = [] - outPairedEndFile = open(output_pairedEndFileName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputPairedEndFileNames.append(tab[1]) - outGroomerPairedEndName = resDirName + tab[0] + '_outGroomer_pairedEnd_%s.fastq' % random.randrange(0, 10000) - outGroomerPairedEndNames.append(outGroomerPairedEndName) - outPairedEndFile.write(tab[0] + '\t' + outGroomerPairedEndName + '\n') - outPairedEndFile.close() - inPairedFile.close() - - # Write output file - aggregator = fastqAggregator() - for i in range(len(outGroomerNames)): - out = fastqWriter( open( outGroomerNames[i], 'wb' ), format = output_type, force_quality_encoding = force_quality_encoding ) - read_count = None - if summarize_input: - reader = fastqVerboseErrorReader - else: - reader = fastqReader - for read_count, fastq_read in enumerate( reader( open( inputFileNames[i] ), format = input_type, apply_galaxy_conventions = True ) ): - if summarize_input: - aggregator.consume_read( fastq_read ) - out.write( fastq_read ) - out.close() - - if read_count is not None: - print "Groomed %i %s reads into %s reads." % ( read_count + 1, input_type, output_type ) - if input_type != output_type and 'solexa' in [ input_type, output_type ]: - print "Converted between Solexa and PHRED scores." - if summarize_input: - print "Based upon quality and sequence, the input data is valid for: %s" % ( ", ".join( aggregator.get_valid_formats() ) or "None" ) - ascii_range = aggregator.get_ascii_range() - decimal_range = aggregator.get_decimal_range() - print "Input ASCII range: %s(%i) - %s(%i)" % ( repr( ascii_range[0] ), ord( ascii_range[0] ), repr( ascii_range[1] ), ord( ascii_range[1] ) ) #print using repr, since \x00 (null) causes info truncation in galaxy when printed - print "Input decimal range: %i - %i" % ( decimal_range[0], decimal_range[1] ) - else: - print "No valid FASTQ reads were provided." - - - # Write output pairedEnd file - if pairedEnd_input != None: - aggregator = fastqAggregator() - for i in range(len(outGroomerPairedEndNames)): - outPair = fastqWriter(open(outGroomerPairedEndNames[i], 'wb'), format = output_type, force_quality_encoding = force_quality_encoding) - read_count = None - if summarize_input: - reader = fastqVerboseErrorReader - else: - reader = fastqReader - for read_count, fastq_reader in enumerate(reader(open(inputPairedEndFileNames[i]), format=input_type, apply_galaxy_conventions=True)): - if summarize_input: - aggregator.consume_read(fastq_read) - outPair.write(fastq_read) - outPair.close() - - if read_count is not None: - print "Groomed %i %s reads into %s reads." % ( read_count + 1, input_type, output_type ) - if input_type != output_type and 'solexa' in [ input_type, output_type ]: - print "Converted between Solexa and PHRED scores." - if summarize_input: - print "Based upon quality and sequence, the input data is valid for: %s" % ( ", ".join( aggregator.get_valid_formats() ) or "None" ) - ascii_range = aggregator.get_ascii_range() - decimal_range = aggregator.get_decimal_range() - print "Input ASCII range: %s(%i) - %s(%i)" % ( repr( ascii_range[0] ), ord( ascii_range[0] ), repr( ascii_range[1] ), ord( ascii_range[1] ) ) #print using repr, since \x00 (null) causes info truncation in galaxy when printed - print "Input decimal range: %i - %i" % ( decimal_range[0], decimal_range[1] ) - else: - print "No valid paired-end FASTQ reads were provided." - -if __name__ == "__main__": main() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,122 +0,0 @@ - - convert between various FASTQ quality formats for a list of inputs. - fastq_groomer_parallel.py '$input_file' '$input_type' '$output_file' -#if str( $options_type['options_type_selector'] ) == 'basic': -#if str( $input_type ) == 'cssanger': -'cssanger' -#else: -'sanger' -#end if -'ascii' 'summarize_input' -#else: -'${options_type.output_type}' '${options_type.force_quality_encoding}' '${options_type.summarize_input}' -#end if -#if $OptionPairedEnd.pairedEnd == "Yes": -'$OptionPairedEnd.pairedEnd_input' '$output_pairedEndFile' -#else: -'None' 'None' -#end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (OptionPairedEnd['pairedEnd']=='Yes') - - - -**What it does** - -This tool offers several conversions options relating to the FASTQ format. - -When using *Basic* options, the output will be *sanger* formatted or *cssanger* formatted (when the input is Color Space Sanger). - -When converting, if a quality score falls outside of the target score range, it will be coerced to the closest available value (i.e. the minimum or maximum). - -When converting between Solexa and the other formats, quality scores are mapped between Solexa and PHRED scales using the equations found in `Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res. 2009 Dec 16.`_ - -When converting between color space (csSanger) and base/sequence space (Sanger, Illumina, Solexa) formats, adapter bases are lost or gained; if gained, the base 'G' is used as the adapter. You cannot convert a color space read to base space if there is no adapter present in the color space sequence. Any masked or ambiguous nucleotides in base space will be converted to 'N's when determining color space encoding. - ------ - -**Quality Score Comparison** - -:: - - SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS - ...............................IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII - ..........................XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX - !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ - | | | | | | - 33 59 64 73 104 126 - - S - Sanger Phred+33, 93 values (0, 93) (0 to 60 expected in raw reads) - I - Illumina 1.3 Phred+64, 62 values (0, 62) (0 to 40 expected in raw reads) - X - Solexa Solexa+64, 67 values (-5, 62) (-5 to 40 expected in raw reads) - -Diagram adapted from http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format - -.. class:: infomark - -Output from Illumina 1.8+ pipelines are Sanger encoded. - ------- - -**Citation** - -If you use this tool, please cite `Blankenberg D, Gordon A, Von Kuster G, Coraor N, Taylor J, Nekrutenko A; Galaxy Team. Manipulation of FASTQ data with Galaxy. Bioinformatics. 2010 Jul 15;26(14):1783-5. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20562416>`_ - - -.. _Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res. 2009 Dec 16.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20015970 - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,168 +0,0 @@ -import sys, os, optparse,shutil, random -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory -from commons.core.utils.FileUtils import FileUtils - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.extend(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.extend(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.extend(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def splitFastQ(fileName, nbOfSeqPerBatch): - nbOfLinesPerFile = nbOfSeqPerBatch * 4 - lOutput = [] - filePrefix, fileExt = os.path.splitext(os.path.basename(fileName)) - resDir = os.path.dirname(fileName) - with open(fileName) as inF: - fileNb = 1 - line = inF.readline() - if not line or nbOfLinesPerFile == 0: - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lOutput.append(outFileName) - f = open(outFileName, "wb") - shutil.copyfileobj(open(fileName, "rb"), f) - f.close() - else: - while line: - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lOutput.append(outFileName) - with open(outFileName, "w") as outF: - lineNb = 1 - while lineNb <= nbOfLinesPerFile and line: - outF.write(line) - line = inF.readline() - lineNb += 1 - fileNb += 1 - return lOutput - -def joinFastQ(dCutOut2Out): - for key in dCutOut2Out.keys(): - FileUtils.catFilesFromList(dCutOut2Out[key],key, False) - -def _createFastqGroomerCode(outGroomerNames, inputFileNames, input_type, output_type, force_quality_encoding, summarize_input): - cmd2Launch = [] - cmd2Launch.append("log = 0") - cmd2Launch.append("from galaxy_utils.sequence.fastq import fastqReader, fastqVerboseErrorReader, fastqAggregator, fastqWriter") - cmd2Launch.append("aggregator = fastqAggregator()") - cmd2Launch.append("out = fastqWriter( open( '%s', 'wb' ), format = '%s', force_quality_encoding = '%s')" % (outGroomerNames,output_type,force_quality_encoding)) - cmd2Launch.append("read_count = None") - if summarize_input: - cmd2Launch.append("reader = fastqVerboseErrorReader") - else: - cmd2Launch.append("reader = fastqReader") - cmd2Launch.append("for read_count, fastq_read in enumerate( reader( open( '%s' ), format = '%s', apply_galaxy_conventions = True ) ):" % (inputFileNames, input_type)) - if summarize_input: - cmd2Launch.append("\taggregator.consume_read( fastq_read )") - cmd2Launch.append("\tout.write( fastq_read )") - cmd2Launch.append("out.close()") - cmd2Launch.append("if read_count is not None:") - #cmd2Launch.append("\tprint 'Groomed %s %s reads into %s reads.' % ( read_count + 1, %s, %s )" % ('%i', '%s', '%s', input_type,output_type)) - cmd2Launch.append("\tif '%s' != '%s' and 'solexa' in [ '%s', '%s' ]:" % (input_type, output_type, input_type, output_type)) - cmd2Launch.append("\t\tprint 'Converted between Solexa and PHRED scores.'") - if summarize_input: - cmd2Launch.append("\tprint 'Based upon quality and sequence, the input data is valid for: %s' % ( ', '.join( aggregator.get_valid_formats() ) or 'None' )") - cmd2Launch.append("\tascii_range = aggregator.get_ascii_range()") - cmd2Launch.append("\tdecimal_range = aggregator.get_decimal_range()") - cmd2Launch.append("\tprint 'Input ASCII range: %s(%i) - %s(%i)' % ( repr( ascii_range[0] ), ord( ascii_range[0] ), repr( ascii_range[1] ), ord( ascii_range[1] ) )") - cmd2Launch.append("\tprint 'Input decimal range: %i - %i' % ( decimal_range[0], decimal_range[1] ) ") - cmd2Launch.append("else:") - cmd2Launch.append("\tprint 'No valid FASTQ reads were provided.'") - cmd2Launch.append("\tlog = 255") - return cmd2Launch - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write("%s\n" % msg) - sys.exit() - -def main(): - - input_filename = sys.argv[1] #a txt file - input_type = sys.argv[2] - output_filename = sys.argv[3] #a txt file - output_type = sys.argv[4] - force_quality_encoding = sys.argv[5] - summarize_input = sys.argv[6] == 'summarize_input' - pairedEnd_input = sys.argv[7] - if pairedEnd_input == 'None': - pairedEnd_input = None - else: - output_pairedEndFileName = sys.argv[8] - - if force_quality_encoding == 'None': - force_quality_encoding = None - - #Parse the input txt file and read a list of fastq files - file = open(input_filename, "r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - outGroomerNames = [] - resDirName = os.path.dirname(output_filename) + "/" - #Write output txt file and define all output groomer file names - outFile = open(output_filename, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - outGroomerName = resDirName + tab[0] + '_outGroomer_%s.fastq' % random.randrange(0, 10000) - outGroomerNames.append(outGroomerName) - outFile.write(tab[0] + '\t' + outGroomerName + '\n') - outFile.close() - file.close() - - if pairedEnd_input != None: - inPairedFile = open(pairedEnd_input, "r") - lines = inPairedFile.readlines() - inputPairedEndFileNames = [] - outGroomerPairedEndNames = [] - outPairedEndFile = open(output_pairedEndFileName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputPairedEndFileNames.append(tab[1]) - outGroomerPairedEndName = resDirName + tab[0] + '_outGroomer_pairedEnd_%s.fastq' % random.randrange(0, 10000) - outGroomerPairedEndNames.append(outGroomerPairedEndName) - outPairedEndFile.write(tab[0] + '\t' + outGroomerPairedEndName + '\n') - outPairedEndFile.close() - inPairedFile.close() - - acronym = "fastqGroomer" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - lCmdsTuples = [] - dCutOut2Out = {} - lAllFile2remove = [] - # Write output file - for i in range(len(outGroomerNames)): - lCutInputFile = splitFastQ(inputFileNames[i], 20000) - lAllFile2remove.extend(lCutInputFile) - lCutOutput = [] - for cutInput in lCutInputFile: - cutOutput = "%s_out" % cutInput - lCutOutput.append(cutOutput) - lAllFile2remove.extend(lCutOutput) - cmd2Launch = _createFastqGroomerCode(cutOutput, cutInput, input_type, output_type, force_quality_encoding, summarize_input) - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - dCutOut2Out[outGroomerNames[i]] = lCutOutput - if pairedEnd_input != None: - lCutInputFile = splitFastQ(inputPairedEndFileNames[i], 20000) - lAllFile2remove.extend(lCutInputFile) - lCutOutput = [] - for cutInput in lCutInputFile: - cutOutput = "%s_out" % cutInput - lCutOutput.append(cutOutput) - lAllFile2remove.extend(lCutOutput) - cmd2Launch = _createFastqGroomerCode(cutOutput, cutInput, input_type, output_type, force_quality_encoding, summarize_input) - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - dCutOut2Out[outGroomerPairedEndNames[i]] = lCutOutput - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, False) - - joinFastQ(dCutOut2Out) - FileUtils.removeFilesFromListIfExist(lAllFile2remove) - -if __name__ == "__main__": main() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/fastq_groomer_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,122 +0,0 @@ - - convert between various FASTQ quality formats for a list of inputs (parallelized). - fastq_groomer_parallel_unSQL.py '$input_file' '$input_type' '$output_file' -#if str( $options_type['options_type_selector'] ) == 'basic': -#if str( $input_type ) == 'cssanger': -'cssanger' -#else: -'sanger' -#end if -'ascii' 'summarize_input' -#else: -'${options_type.output_type}' '${options_type.force_quality_encoding}' '${options_type.summarize_input}' -#end if -#if $OptionPairedEnd.pairedEnd == "Yes": -'$OptionPairedEnd.pairedEnd_input' '$output_pairedEndFile' -#else: -'None' 'None' -#end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (OptionPairedEnd['pairedEnd']=='Yes') - - - -**What it does** - -This tool offers several conversions options relating to the FASTQ format. - -When using *Basic* options, the output will be *sanger* formatted or *cssanger* formatted (when the input is Color Space Sanger). - -When converting, if a quality score falls outside of the target score range, it will be coerced to the closest available value (i.e. the minimum or maximum). - -When converting between Solexa and the other formats, quality scores are mapped between Solexa and PHRED scales using the equations found in `Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res. 2009 Dec 16.`_ - -When converting between color space (csSanger) and base/sequence space (Sanger, Illumina, Solexa) formats, adapter bases are lost or gained; if gained, the base 'G' is used as the adapter. You cannot convert a color space read to base space if there is no adapter present in the color space sequence. Any masked or ambiguous nucleotides in base space will be converted to 'N's when determining color space encoding. - ------ - -**Quality Score Comparison** - -:: - - SSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSSS - ...............................IIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIIII - ..........................XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX - !"#$%&'()*+,-./0123456789:;<=>?@ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ[\]^_`abcdefghijklmnopqrstuvwxyz{|}~ - | | | | | | - 33 59 64 73 104 126 - - S - Sanger Phred+33, 93 values (0, 93) (0 to 60 expected in raw reads) - I - Illumina 1.3 Phred+64, 62 values (0, 62) (0 to 40 expected in raw reads) - X - Solexa Solexa+64, 67 values (-5, 62) (-5 to 40 expected in raw reads) - -Diagram adapted from http://en.wikipedia.org/wiki/FASTQ_format - -.. class:: infomark - -Output from Illumina 1.8+ pipelines are Sanger encoded. - ------- - -**Citation** - -If you use this tool, please cite `Blankenberg D, Gordon A, Von Kuster G, Coraor N, Taylor J, Nekrutenko A; Galaxy Team. Manipulation of FASTQ data with Galaxy. Bioinformatics. 2010 Jul 15;26(14):1783-5. <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20562416>`_ - - -.. _Cock PJ, Fields CJ, Goto N, Heuer ML, Rice PM. The Sanger FASTQ file format for sequences with quality scores, and the Solexa/Illumina FASTQ variants. Nucleic Acids Res. 2009 Dec 16.: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20015970 - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/gsnap.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/gsnap.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,42 +0,0 @@ - - - GSNAP version 2012-12-20. - GMAP: A Genomic Mapping and Alignment Program for mRNA and EST Sequences, and - GSNAP: Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program - - - wrappGSNAP.py - -d $genomeName -i $inputFasta -k $kmer -q $inputFastq -A $outputFormat -o $outputSam - - #if $optionPairedEnd.paire == 'Yes': - -p $optionPairedEnd.pairedEndFile - #end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/gsnap_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/gsnap_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,195 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python - -import optparse, os, shutil, subprocess, sys, tempfile, fileinput, tarfile, glob -import time -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory -from commons.core.utils.FileUtils import FileUtils -from optparse import OptionParser - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( "%s\n" % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, accepted_hits_outputNames): - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in accepted_hits_outputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def joinSAM(dCutOut2Out): - for key in dCutOut2Out.keys(): - FileUtils.catFilesFromList(dCutOut2Out[key],key, False) - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.extend(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.extend(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.extend(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def _createGsnapSplicingOptions(options): - lArgs = [] - lArgs.append("-N %s" % options.novelsplicing) - if options.useSplicing: - lArgs.append("-s %s" % options.useSplicing) - lArgs.append("-w %s" % options.localsplicedist) - lArgs.append("-e %s" % options.localSplicePenality) - lArgs.append("-E %s" % options.distantSplicePenality) - lArgs.append("-K %s" % options.distantSpliceEndlength) - lArgs.append("-l %s" % options.shortendSpliceEndlength) - - - return lArgs - -def _createGsnapPairedEndOptions(options): - lArgs = [] - if not(options.useSplicing or options.pairedEndFile): - lArgs.append("--pairmax-dna %s" % options.pairmaxRna) - if options.useSplicing or options.pairedEndFile: - lArgs.append("--pairmax-rna %s" % options.pairmaxRna) - lArgs.append("--pairexpect=%s" % options.pairexpect) - lArgs.append("--pairdev=%s" % options.pairedev) - - - -def _createGsnapCommand(iLauncher, options, workingDir, inputFileNames, inputRevFilesNames, outputFileName, batchNumber, numberOfBatch): - lArgs = [] - lArgs.append("-d %s" % options.genomeName) - lArgs.append("-k %s" % options.kmer) - lArgs.append("-D %s" % workingDir) - lArgs.append("-A %s" % options.outputFormat) - lArgs.append("-q %s/%s" % (batchNumber, numberOfBatch)) - lArgs.append("--no-sam-headers") - lArgs.append(inputFileNames) - print 'N option: %s, pairedEndFile option: %s' %(options.novelsplicing, options.pairedEndFile) - if options.pairedEndFile: - lArgs.append(inputRevFilesNames) - if options.novelsplicing == '1': - lArgs.extend(_createGsnapSplicingOptions(options)) - elif options.pairedEndFile: - lArgs.extend(_createGsnapPairedEndOptions(options)) - - lArgs.append("> %s" % outputFileName) - return iLauncher.getSystemCommand("gsnap", lArgs) - -def __main__(): - #Parse Command Line - description = "GMAP/GSNAP version:2012-12-20." - parser = OptionParser(description = description) - parser.add_option('-o', '--outputTxtFile', dest='outputTxtFile', help='for Differential expression analysis pipeline, new output option gives a txt output containing the list of mapping results.') - parser.add_option("-q", "--inputTxt", dest="inputTxt", action="store", type="string", help="input, a txt file for a list of input reads files [compulsory]") - parser.add_option('-t', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all accepted hits results in a tar file.' ) - parser.add_option("-d", "--genomeName", dest="genomeName", help="Define the reference genome name.[compulsory]") -# parser.add_option("-o", "--outputFile", dest="outputfile", help="output[compulsory]") - parser.add_option("-k", "--kmer", dest="kmer", default=12, help="Choose kmer value (<=16), a big kmer value can take more RAM(4Go).[compulsory]") - parser.add_option("-i", "--inputFasta", dest="inputFastaFile", help="Reference genome file, fasta format.[compulsory]") - parser.add_option("-p", "--pairedEnd", dest="pairedEndFile", default=None, help="Input paired-end fastq file.") - parser.add_option("-A", "--outputFormat", dest="outputFormat", default="sam", help="Choose an output format [sam, goby (need to re-compile with appropriate options)].") - #Splicing options for RNA-Seq - parser.add_option("-N","--novelsplicing", dest="novelsplicing", default=0, help="Look for novel splicing (0=no (default), 1=yes)") - parser.add_option("-s","--use-splicing", dest="useSplicing",action="store", type="string", help="Look for splicing involving known sites or known introns (in .iit), at short or long distances") - parser.add_option("-w","--localsplicedist", dest="localsplicedist", default=200000, help="Definition of local novel splicing event (default 200000)") - parser.add_option("-e","--local-splice-penality", dest="localSplicePenality", default=0, help="Penalty for a local splice (default 0). Counts against mismatches allowed") - parser.add_option("-E","--distant-splice-penality", dest="distantSplicePenality", default=1, help="Penalty for a distant splice (default 1). A distant splice is one where the intron length exceeds the value of -w, or --localsplicedist, or is an inversion, scramble, or translocation between two different chromosomes Counts against mismatches allowed") - parser.add_option("-K","--distant-splice-endlength", dest="distantSpliceEndlength", default=16, help="Minimum length at end required for distant spliced alignments (default 16, min allowed is the value of -k, or kmer size)") - parser.add_option("-l","--shortend-splice-endlength", dest="shortendSpliceEndlength", default=2, help="Minimum length at end required for short-end spliced alignments (default 2, but unless known splice sites are provided with the -s flag, GSNAP may still need the end length to be the value of -k, or kmer size to find a given splice") - - #Specific paired-ends reads - parser.add_option("--pairmax-dna", dest="pairmaxDna", default=1000, help="Max total genomic length for DNA-Seq paired reads, or other reads without splicing (default 1000).") - parser.add_option("--pairmax-rna", dest="pairmaxRna", default=2000, help="Max total genomic length for RNA-Seq paired reads, or other reads that could have a splice (default 200000).") - parser.add_option("--pairexpect", dest="pairexpect", default=200, help="Expected paired-end length, used for calling splices in medial part of paired-end reads (default 200)") - parser.add_option("--pairdev", dest="pairdev", default=25, help="Allowable deviation from expected paired-end length, used for calling splices in medial part of paired-end reads (default 25)") - - (options, args) = parser.parse_args() - - workingDir = os.path.dirname(options.inputFastaFile) - - file = open(options.inputTxt,"r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - gsnapOutputNames = [] - outputName = options.outputTxtFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - timeId = time.strftime("%Y%m%d%H%M%S") - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - OutputName = resDirName + tab[0] + '_samOutput_%s.sam' % timeId - gsnapOutputNames.append(OutputName) - out.write(tab[0] + '\t' + OutputName + '\n') - file.close() - out.close() - - if options.pairedEndFile: - revFile = open(options.pairedEndFile,"r") - lines = revFile.readlines() - inputRevFileNames = [] - for line in lines: - revTab = line.split() - inputRevFileNames.append(revTab[1]) - revFile.close() - - #Create gsnap make - lCmdsTuples =[] - acronym = "gsnap_make" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - cmds = [] - cmd_setup = "gmap_setup -d %s -D %s -k %s %s;" % (options.genomeName, workingDir, options.kmer, options.inputFastaFile) - cmds.append(cmd_setup) - cmd_make_coords = "make -f Makefile.%s coords;" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_coords) - cmd_make_gmapdb = "make -f Makefile.%s gmapdb;" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_gmapdb) - cmd_make_install = "make -f Makefile.%s install;" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_install) - cmd_index = iLauncher.getSystemCommand("", cmds) - cmd2Launch = [] - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - cmd2Launch.append(cmd_index) - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - acronym = "gsnap" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - lCmdsTuples = [] - dCutOut2Out = {} - lAllFile2remove = [] - numberOfBatch = 20 #usually for testing, working on to find a value for default launch on galaxy - for i in range(len(inputFileNames)): - lCutOutput = [] - for j in range(numberOfBatch): - cutOutput = "%s_out_%s" % (inputFileNames[i], j) - lCutOutput.append(cutOutput) - lAllFile2remove.extend(lCutOutput) - cmd2Launch = [] - if options.pairedEndFile: - inputRevFile = inputRevFileNames[i] - else: - inputRevFile = "" - cmd2Launch.append(_createGsnapCommand(iLauncher, options, workingDir, inputFileNames[i], inputRevFile, cutOutput, j, numberOfBatch)) - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - dCutOut2Out[gsnapOutputNames[i]] = lCutOutput - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - joinSAM(dCutOut2Out) - FileUtils.removeFilesFromListIfExist(lAllFile2remove) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, gsnapOutputNames) - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/gsnap_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/gsnap_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,46 +0,0 @@ - - Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program in parallel for Differential Expression Analysis (DEA) - gsnap_parallel_unSQL.py - -i $genome_file - -q $fastq_file_list - -o $output_file_list - -d $genome_prefix - -k $kmer_size - #if $OptionPairedEnd.pairedEnd == 'Yes': - -p $pairedEnd_input - #end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -**What it does** - -To complete - -**Citation** - -If you use this tool, please cite "Thomas D. Wu and Serban Nacu, Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads, Bioinformatics 2010 26:873-881" - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/listInputs.pl --- a/SMART/DiffExpAnal/listInputs.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,13 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w - -use strict; - -my $in_file1 = $ARGV[0]; -my $in_file2 = $ARGV[1]; -my $out_file = $ARGV[2]; - -open(OUT, ">$out_file"); -print OUT "label\tfiles\tgroup\n"; -print OUT "fileID=1\t$in_file1\tgroup1\n"; -print OUT "fileID=2\t$in_file2\tgroup2\n"; -close(OUT); diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/listInputs.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/listInputs.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,25 +0,0 @@ - - Give a list of input files from different conditions/groups for DESeq analysis, DESeq can then charge these input files from the given list. - listInputs.pl $inputFromGroup1 $inputFromGroup2 $output - - - - - - - - - - - - - This tool can facilate the the chargement for DESeq tool. - Example: - From group1, we have input1. - From group2, we have input2. - This tool will give us a list like: - fileID=1 input1 group1 - fileID=2 input2 group2 - Where the value of fileID is unique for each input file. - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/loadHTSeqResultFiles.py --- a/SMART/DiffExpAnal/loadHTSeqResultFiles.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,40 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python - -import optparse, sys - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-i', '--inputs', dest='inputFiles', default=None, help='several input files. (seperated by @ or @@' ) - parser.add_option( '-o', '--output', dest='outputFile', default=None, help='The output list of HTSeq results files(.tabular) on txt format.' ) - ( options, args ) = parser.parse_args() - - - out = open(options.outputFile, 'w') - out.write("label\tfiles\tgroup\n") - if options.inputFiles == None: - raise Exception, 'input file name is not defined!' - - groupCount = 1 - fileCount = 0 - - inputFiles = sys.argv[6:] - print '\n\nthe length of inputfiles is : %s \n' % len(inputFiles) - i = 0 - while i < (len(inputFiles)-1): - if inputFiles[i] == "@": - i += 1 - fileCount = 1 - groupCount += 1 - out.write("Group%s_%s\t%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i], groupCount)) - else: - fileCount += 1 - out.write("Group%s_%s\t%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i], groupCount)) - i += 1 - - out.close() - - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/loadHTSeqResultFiles.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/loadHTSeqResultFiles.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,29 +0,0 @@ - - To load several HTSeq result files from different conditions. - loadHTSeqResultFiles.py -o $htseqRes_out - -i - #for $i in $condition_groups - #for $j in $i.replicates - $j.tabular_file - #end for - @ - #end for - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.py --- a/SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,70 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python - -import optparse, sys - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-i', '--inputs', dest='inputFiles', default=None, help='several input files. (seperated by @ or @@' ) - parser.add_option( '-o', '--output', dest='outputSingleFile', default=None, help='The output list of fastq files on txt format.' ) - parser.add_option( '', '--pairedEnd', dest='outputPaireFile', default=None, help='paired end option help to upload the corresponding paired end complementary fastq files' ) - ( options, args ) = parser.parse_args() - - - - if options.outputSingleFile == None: - raise Exception, 'OutSingleFile txt file name is not defined!' - else: - outSingle = open(options.outputSingleFile, 'w') - - if options.inputFiles == None: - raise Exception, 'input file name is not defined!' - - groupCount = 1 - fileCount = 0 - - if options.outputPaireFile == None: - inputFiles = sys.argv[4:] - i = 0 - while i < (len(inputFiles)-1): - if inputFiles[i] == "@": - i += 1 - fileCount = 1 - groupCount += 1 - outSingle.write("Group%s_%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i])) - - else: - fileCount += 1 - outSingle.write("Group%s_%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i])) - - i += 1 - else: - inputFiles = sys.argv[6:] - print '\n\nthe length of inputfiles is : %s \n' % len(inputFiles) - outPaire = open(options.outputPaireFile, 'w') - i = 0 - while i < (len(inputFiles)-1): - if inputFiles[i] == "@@": - i += 1 - outPaire.write("Group%s_%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i])) - elif inputFiles[i] == "@": - i += 1 - fileCount = 1 - groupCount += 1 - outSingle.write("Group%s_%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i])) - else: - fileCount += 1 - outSingle.write("Group%s_%s\t%s\n" % (groupCount, fileCount, inputFiles[i])) - - i += 1 - - - - outPaire.close() - - outSingle.close() - - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.sh --- a/SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.sh Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,24 +0,0 @@ -#!/bin/bash - -OUTFile=${1} -shift -groupCount=1 -replicateNumber=1 - -arrayZ=( $@ ) -#remove the last symble '@' given by commande line -unset arrayZ[${#arrayZ[@]}-1] - -for FILE in ${arrayZ[@]} -do - #if a new group of fastq, re-count the replicateNumber - if echo $FILE | grep -q "@" - then - groupCount=$(($groupCount + 1)) - replicateNumber=1 - else - echo -e "Group${groupCount}_${replicateNumber}\t${FILE}" >>${OUTFile} - replicateNumber=$(($replicateNumber + 1)) - fi -done - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/loadMultiFastqFiles.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,75 +0,0 @@ - - To load several FASTQ files from different conditions. - loadMultiFastqFiles.py -o $multiFASTQfiles_out -#if $single_end_paired_end.mapping_mode == 'single': - -i - #for $i in $single_end_paired_end.condition_groups - #for $j in $i.replicates - $j.fastq_file - #end for - @ - #end for - -#elif $single_end_paired_end.mapping_mode == 'paired': - - --pairedEnd $multiFASTQfiles_paired_end_out - -i - #for $i in $single_end_paired_end.condition_groups - #for $j in $i.replicates - $j.fastq_file - @@ - $j.fastq_paired_end_file - #end for - @ - #end for -#end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (single_end_paired_end['mapping_mode']=='paired') - - - - - **This tool is to help upload several data for differential expression pipeline. Before click 'Execute', you should Click** Ctrl + here_ **first to open the pipeline in a new page.** - - .. _here: http://127.0.0.1:8085/u/yufei-luo/w/differentialexpressiondeseq-with-replicates - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/testR.R --- a/SMART/DiffExpAnal/testR.R Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,93 +0,0 @@ -#!/usr/bin - -library(DESeq) -library(hexbin) -library(latticeExtra) -library(gplots) -library(geneplotter) -library(Biobase) - -##In a file called test_args.R -args <- commandArgs() - - -fileName <- args[4] -colNames <- as.integer(unlist(strsplit(args[5], ","))) -colCond1 <- as.integer(unlist(strsplit(args[6], ","))) -colCond2 <- as.integer(unlist(strsplit(args[7], ","))) -OUTPUTCSV <- args[8] -OUTPUTPNG <- args[9] - -if(colNames[1]!=0){ - countsTable <- read.delim(fileName, row.names=1) - conditions <- c((colNames[length(colNames)]+1):ncol(countsTable)) -} else if(colNames[1]==0){ - countsTable <- read.delim(fileName) - conditions <- c(1:ncol(countsTable)) - rownames(countsTable) <- paste( "Gene", 1:nrow(countsTable), sep="_" )} - -for(i in colCond1){conditions[i] = "A"} -for(i in colCond2){conditions[i] = "B"} -conditions -#analysis with DESeq -cds <- newCountDataSet( countsTable, conditions ) -cds <- estimateSizeFactors( cds ) -cds <- estimateVarianceFunctions( cds ) -result <- nbinomTest( cds, "A", "B" ) -#stock the result dans un .tsv as output file -write.table(result, OUTPUTCSV, sep = " ", quote = FALSE, col.names = NA) - -#figures for DE analysis -#pdf( OUTPUTPNG, width=4, height=4 ) -png( filename=OUTPUTPNG, width=700, height=700 ) -#png format is not as clear as pdf format!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!! -print(xyplot( - log2FoldChange ~ I(baseMean), - result, - pch=16, cex=.3, - col=ifelse(result$padj < .1, "#FF000040","#00000040" ), - panel = function( x, y, col, ...) { - above <- (y > 5.8) - below <- (y < -5.8) - inside <- !( above | below ) - panel.xyplot( x=x[inside], y=y[inside], col=col[inside], ...) - panel.arrows( x[above], 5.8, x[above], 5.95, col=col[above],length=".1", unit="native" ) - panel.arrows( x[below], -5.8, x[below], -5.95, col=col[below],length=".1", unit="native" ) }, - axis = function(side, ...) { - if( side=="left") { - panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(-14,14,by=1), labels=FALSE ) - panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(-10,10,by=5), labels=TRUE ) - } - if( side=="bottom") { - panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(-2,10,by=1), rot=0, - labels = do.call( expression, - lapply( seq(-2,10,by=1), function(a) - substitute( 10^b, list(b=a) ) ) ) ) - } }, - xlab = "mean", ylab = "log2 fold change", - scales = list(x = list( log=TRUE ),y = list( log=FALSE, limits=c( -6, 6 ) ) ) )) -dev.off() - -#The volcano plot -#pdf( "vulcano_fly.pdf", width=4, height=4 ) -#print(xyplot( -log10( pval ) ~ log2FoldChange, -# result, -# pch=20, cex=.2, -# col=ifelse( result$padj<.1, "#FF000050", "#00000050" ), -# axis = function( side, ... ) { -# if( side=="bottom") { -# panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(-14,14,by=1), labels=FALSE ) -# panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(-10,10,by=5), labels=TRUE ) -# } -# if( side=="left") { -# panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(0,25,by=1), labels=FALSE ) -# panel.axis( side, outside=TRUE, at=seq(0,25,by=5), -# labels = do.call( expression, -# lapply( seq(0,25,by=5), function(a) -# substitute( 10^-b, list(b=a) ) ) ) ) -# } }, -# xlab = "log2 fold change", ylab = "p value", -# scales = list( -# x = list( limits=c( -6, 6 ) ), -# y = list( limits=c( 0, 25 ) ) ) )) -#dev.off() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/testR.sh --- a/SMART/DiffExpAnal/testR.sh Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,11 +0,0 @@ -#! /bin/sh - -#cat testR.R | R --slave --args $1 $2 $3 $4 $5 $6 < DiffExpAnal/testR.R - -#ex1. sh testR.sh fly_RNA_counts.tsv 0 1,3 2,4 output_fly.csv output_fly.png -#ex2. sh testR.sh NeuralStemCellData.tab 1 2,3,4 5,6 output_modif.csv output_modif.png - -#cat /share/apps/galaxy-dist/tools/repet_pipe/SMART/DiffExpAnal/testR.R | R --slave --args $1 $2 $3 $4 $5 $6 < /share/apps/galaxy-dist/tools/repet_pipe/SMART/DiffExpAnal/testR.R - -#$1=targetFile(the list of files) $2=with or without replicate -cat /share/apps/galaxy-dist/tools/repet_pipe/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R| R --slave --args $1 $2 < /share/apps/galaxy-dist/tools/repet_pipe/SMART/DiffExpAnal/DESeqTools/anadiffGenes2conds.R diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel.py --- a/SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,325 +0,0 @@ - -#!/usr/bin/env python - -import optparse, os, shutil, subprocess, sys, tempfile, fileinput, tarfile,random - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( "%s\n" % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, accepted_hits_outputNames): - fileName = os.path.splitext(tarFileName)[0] - fileNameBaseName = os.path.basename(fileName) - dir = os.path.dirname(tarFileName) - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in accepted_hits_outputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-o', '--outputTxtFile', dest='outputTxtFile', help='for Differential expression analysis pipeline, new output option gives a txt output containing the list of mapping results.') - parser.add_option('-t', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all accepted hits results in a tar file.' ) - parser.add_option( '-p', '--num-threads', dest='num_threads', help='Use this many threads to align reads. The default is 1.' ) - parser.add_option( '-C', '--color-space', dest='color_space', action='store_true', help='This indicates color-space data' ) - parser.add_option( '-J', '--junctions-output', dest='junctions_output_file', default='junctions_output.bed', help='Junctions output file; formate is BED.' ) - parser.add_option( '-H', '--hits-output', dest='accepted_hits_output_file', default='hits_output_%s.bam' % random.randrange(0, 10000), help='Accepted hits output file; formate is BAM.' ) - parser.add_option( '', '--own-file', dest='own_file', help='' ) - parser.add_option( '-D', '--indexes-path', dest='index_path', help='Indexes directory; location of .ebwt and .fa files.' ) - parser.add_option( '-r', '--mate-inner-dist', dest='mate_inner_dist', help='This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. \ - For, example, for paired end runs with fragments selected at 300bp, \ - where each end is 50bp, you should set -r to be 200. There is no default, \ - and this parameter is required for paired end runs.') - parser.add_option( '', '--mate-std-dev', dest='mate_std_dev', help='Standard deviation of distribution on inner distances between male pairs.' ) - parser.add_option( '-a', '--min-anchor-length', dest='min_anchor_length', - help='The "anchor length". TopHat will report junctions spanned by reads with at least this many bases on each side of the junction.' ) - parser.add_option( '-m', '--splice-mismatches', dest='splice_mismatches', help='The maximum number of mismatches that can appear in the anchor region of a spliced alignment.' ) - parser.add_option( '-i', '--min-intron-length', dest='min_intron_length', - help='The minimum intron length. TopHat will ignore donor/acceptor pairs closer than this many bases apart.' ) - parser.add_option( '-I', '--max-intron-length', dest='max_intron_length', - help='The maximum intron length. When searching for junctions ab initio, TopHat will ignore donor/acceptor pairs farther than this many bases apart, except when such a pair is supported by a split segment alignment of a long read.' ) - parser.add_option( '-F', '--junction_filter', dest='junction_filter', help='Filter out junctions supported by too few alignments (number of reads divided by average depth of coverage)' ) - parser.add_option( '-g', '--max_multihits', dest='max_multihits', help='Maximum number of alignments to be allowed' ) - parser.add_option( '', '--initial-read-mismatches', dest='initial_read_mismatches', help='Number of mismatches allowed in the initial read mapping' ) - parser.add_option( '', '--seg-mismatches', dest='seg_mismatches', help='Number of mismatches allowed in each segment alignment for reads mapped independently' ) - parser.add_option( '', '--seg-length', dest='seg_length', help='Minimum length of read segments' ) - parser.add_option( '', '--library-type', dest='library_type', help='TopHat will treat the reads as strand specific. Every read alignment will have an XS attribute tag. Consider supplying library type options below to select the correct RNA-seq protocol.' ) - parser.add_option( '', '--allow-indels', action="store_true", help='Allow indel search. Indel search is disabled by default.(Not used since version 1.3.0)' ) - parser.add_option( '', '--max-insertion-length', dest='max_insertion_length', help='The maximum insertion length. The default is 3.' ) - parser.add_option( '', '--max-deletion-length', dest='max_deletion_length', help='The maximum deletion length. The default is 3.' ) - - # Options for supplying own junctions - parser.add_option( '-G', '--GTF', dest='gene_model_annotations', help='Supply TopHat with a list of gene model annotations. \ - TopHat will use the exon records in this file to build \ - a set of known splice junctions for each gene, and will \ - attempt to align reads to these junctions even if they \ - would not normally be covered by the initial mapping.') - parser.add_option( '-j', '--raw-juncs', dest='raw_juncs', help='Supply TopHat with a list of raw junctions. Junctions are \ - specified one per line, in a tab-delimited format. Records \ - look like: <+/-> left and right are \ - zero-based coordinates, and specify the last character of the \ - left sequenced to be spliced to the first character of the right \ - sequence, inclusive.') - parser.add_option( '', '--no-novel-juncs', action="store_true", dest='no_novel_juncs', help="Only look for junctions indicated in the \ - supplied GFF file. (ignored without -G)") - parser.add_option( '', '--no-novel-indels', action="store_true", dest='no_novel_indels', help="Skip indel search. Indel search is enabled by default.") - # Types of search. - parser.add_option( '', '--microexon-search', action="store_true", dest='microexon_search', help='With this option, the pipeline will attempt to find alignments incident to microexons. Works only for reads 50bp or longer.') - parser.add_option( '', '--closure-search', action="store_true", dest='closure_search', help='Enables the mate pair closure-based search for junctions. Closure-based search should only be used when the expected inner distance between mates is small (<= 50bp)') - parser.add_option( '', '--no-closure-search', action="store_false", dest='closure_search' ) - parser.add_option( '', '--coverage-search', action="store_true", dest='coverage_search', help='Enables the coverage based search for junctions. Use when coverage search is disabled by default (such as for reads 75bp or longer), for maximum sensitivity.') - parser.add_option( '', '--no-coverage-search', action="store_false", dest='coverage_search' ) - parser.add_option( '', '--min-segment-intron', dest='min_segment_intron', help='Minimum intron length that may be found during split-segment search' ) - parser.add_option( '', '--max-segment-intron', dest='max_segment_intron', help='Maximum intron length that may be found during split-segment search' ) - parser.add_option( '', '--min-closure-exon', dest='min_closure_exon', help='Minimum length for exonic hops in potential splice graph' ) - parser.add_option( '', '--min-closure-intron', dest='min_closure_intron', help='Minimum intron length that may be found during closure search' ) - parser.add_option( '', '--max-closure-intron', dest='max_closure_intron', help='Maximum intron length that may be found during closure search' ) - parser.add_option( '', '--min-coverage-intron', dest='min_coverage_intron', help='Minimum intron length that may be found during coverage search' ) - parser.add_option( '', '--max-coverage-intron', dest='max_coverage_intron', help='Maximum intron length that may be found during coverage search' ) - - # Wrapper options. - parser.add_option( '-1', '--input1', dest='input1', help='A list of the (forward or single-end) reads files of Sanger FASTQ format, txt format' ) - #parser.add_option( '-1', '--input1', dest='input1', help='The (forward or single-end) reads file in Sanger FASTQ format' ) - #parser.add_option( '-2', '--input2', dest='input2', help='The reverse reads file in Sanger FASTQ format' ) - parser.add_option( '-2', '--input2', dest='input2', help='The list of reverse reads file in Sanger FASTQ format' ) - parser.add_option( '', '--single-paired', dest='single_paired', help='' ) - parser.add_option( '', '--settings', dest='settings', help='' ) - - (options, args) = parser.parse_args() - - # output version # of tool - try: - tmp_files = [] - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp) - tmp_stdout = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args='tophat -v', shell=True, stdout=tmp_stdout ) - tmp_stdout.close() - returncode = proc.wait() - stdout = open( tmp_stdout.name, 'rb' ).readline().strip() - if stdout: - sys.stdout.write( '%s\n' % stdout ) - else: - raise Exception - except: - sys.stdout.write( 'Could not determine Tophat version\n' ) - - # Color or base space - space = '' - if options.color_space: - space = '-C' - - - #reads = options.input1 - file = open(options.input1,"r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - accepted_hits_outputNames = [] - outputName = options.outputTxtFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - aHitOutName = resDirName + tab[0] + '_' + options.accepted_hits_output_file - accepted_hits_outputNames.append(aHitOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + aHitOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - if options.input2: - revFile = open(options.input2,"r") - lines = revFile.readlines() - inputRevFileNames = [] - for line in lines: - revTab = line.split() - inputRevFileNames.append(revTab[1]) - revFile.close() - - - # Creat bowtie index if necessary. - tmp_index_dirs = [] - index_paths = [] - tmp_index_dir = tempfile.mkdtemp() - tmp_index_dirs.append(tmp_index_dir) - if options.own_file: - index_path = os.path.join( tmp_index_dir, '.'.join( os.path.split( options.own_file )[1].split( '.' )[:-1] ) ) - index_paths.append(index_path) - try: - os.link( options.own_file, index_path + '.fa' ) - except: - # Tophat prefers (but doesn't require) fasta file to be in same directory, with .fa extension - pass - cmd_index = 'bowtie-build %s -f %s %s' % ( space, options.own_file, index_path ) - try: - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile( dir=tmp_index_dir ).name - tmp_stderr = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args=cmd_index, shell=True, cwd=tmp_index_dir, stderr=tmp_stderr.fileno() ) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - # get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open( tmp, 'rb' ) - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read( buffsize ) - if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - except Exception, e: - if os.path.exists( tmp_index_dir ): - shutil.rmtree( tmp_index_dir ) - stop_err( 'Error indexing reference sequence\n' + str( e ) ) - else: - for file in inputFileNames: - tmp_index_dir = tempfile.mkdtemp() - index_path = tmp_index_dir + '/' + os.path.basename(file).split('.')[0] - index_paths.append(index_path) - tmp_index_dirs.append(tmp_index_dir) - - - - # Build tophat command. - cmds = [] - # for inputFileName in inputFileNames: - for i in range(len(inputFileNames)): - cmd = 'tophat %s %s %s ' - input_files = inputFileNames[i] - if options.input2: - input_files += ' ' + inputRevFileNames[i] - opts = '-p %s %s' % ( options.num_threads, space ) - if options.single_paired == 'paired': - opts += '-r %s ' % options.mate_inner_dist - if options.settings == 'preSet': - if options.own_file: - cmd = cmd % ( opts, index_paths[0], input_files ) #here add paired end file - else: - cmd = cmd % ( opts, index_paths[i], input_files ) #here add paired end file - else: - try: - if int( options.min_anchor_length ) >= 3: - opts += '-a %s ' % options.min_anchor_length - else: - raise Exception, 'Minimum anchor length must be 3 or greater' - opts += '-m %s ' % options.splice_mismatches - opts += '-i %s ' % options.min_intron_length - opts += '-I %s ' % options.max_intron_length - if float( options.junction_filter ) != 0.0: - opts += '-F %s ' % options.junction_filter - opts += '-g %s ' % options.max_multihits - # Custom junctions options. - if options.gene_model_annotations: - opts += '-G %s ' % options.gene_model_annotations - if options.raw_juncs: - opts += '-j %s ' % options.raw_juncs - if options.no_novel_juncs: - opts += '--no-novel-juncs ' - if options.library_type: - opts += '--library-type %s ' % options.library_type - if options.no_novel_indels: - opts += '--no-novel-indels ' - else: - if options.max_insertion_length: - opts += '--max-insertion-length %i ' % int( options.max_insertion_length ) - if options.max_deletion_length: - opts += '--max-deletion-length %i ' % int( options.max_deletion_length ) - # Max options do not work for Tophat v1.2.0, despite documentation to the contrary. (Fixed in version 1.3.1) - # need to warn user of this fact - #sys.stdout.write( "Max insertion length and max deletion length options don't work in Tophat v1.2.0\n" ) - - # Search type options. - if options.coverage_search: - opts += '--coverage-search --min-coverage-intron %s --max-coverage-intron %s ' % ( options.min_coverage_intron, options.max_coverage_intron ) - else: - opts += '--no-coverage-search ' - if options.closure_search: - opts += '--closure-search --min-closure-exon %s --min-closure-intron %s --max-closure-intron %s ' % ( options.min_closure_exon, options.min_closure_intron, options.max_closure_intron ) - else: - opts += '--no-closure-search ' - if options.microexon_search: - opts += '--microexon-search ' - if options.single_paired == 'paired': - opts += '--mate-std-dev %s ' % options.mate_std_dev - if options.initial_read_mismatches: - opts += '--initial-read-mismatches %d ' % int( options.initial_read_mismatches ) - if options.seg_mismatches: - opts += '--segment-mismatches %d ' % int( options.seg_mismatches ) - if options.seg_length: - opts += '--segment-length %d ' % int( options.seg_length ) - if options.min_segment_intron: - opts += '--min-segment-intron %d ' % int( options.min_segment_intron ) - if options.max_segment_intron: - opts += '--max-segment-intron %d ' % int( options.max_segment_intron ) - if options.own_file: - cmd = cmd % ( opts, index_paths[0], input_files ) #here to add paired end file - else: - cmd = cmd % ( opts, index_paths[i], input_files ) #here to add paired end file - except Exception, e: - # Clean up temp dirs - if os.path.exists( tmp_index_dir ): - shutil.rmtree( tmp_index_dir ) - stop_err( 'Something is wrong with the alignment parameters and the alignment could not be run\n' + str( e ) ) - - cmds.append(cmd) - - # Run the command line for each file. - for i in range(len(cmds)): - try: - tmp_out = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_out) - tmp_stdout = open( tmp_out, 'wb' ) - tmp_err = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_err) - tmp_stderr = open( tmp_err, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args=cmds[i], shell=True, cwd=".", stdout=tmp_stdout, stderr=tmp_stderr ) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - # get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open( tmp_err, 'rb' ) - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read( buffsize ) - if not stderr or len( stderr ) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stdout.close() - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - - # Copy output files from tmp directory to specified files. - #shutil.copyfile( os.path.join( "tophat_out", "junctions.bed" ), junctions_outputNames[i] ) - shutil.copyfile( os.path.join( "tophat_out", "accepted_hits.bam" ), accepted_hits_outputNames[i] ) - # TODO: look for errors in program output. - except Exception, e: - stop_err( 'Error in tophat:\n' + str( e ) ) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, accepted_hits_outputNames) - - - # Clean up temp dirs - for tmp_index_dir in tmp_index_dirs: - if os.path.exists( tmp_index_dir ): - shutil.rmtree( tmp_index_dir ) - - for tmp in tmp_files: - os.remove(tmp) - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,577 +0,0 @@ - - Find splice junctions using RNA-seq data, can have several input RNA-seq data. - tophat --version - - tophat - - - tophat_parallel.py - ## Change this to accommodate the number of threads you have available. - --num-threads="4" - - ## Provide outputs. - -o $outputFileName - ##--junctions-output=$junctions - ##--hits-output=$accepted_hits - - ## Handle reference file. - #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": - --own-file=$refGenomeSource.ownFile - #else: - --indexes-path="${ filter( lambda x: str( x[0] ) == str( $refGenomeSource.index ), $__app__.tool_data_tables[ 'tophat_indexes' ].get_fields() )[0][-1] }" - #end if - - ## Are reads single-end or paired? - --single-paired=$singlePaired.sPaired - - ## First input file always required. - --input1=$input1 - - ## Set params based on whether reads are single-end or paired. - #if $singlePaired.sPaired == "single": - --settings=$singlePaired.sParams.sSettingsType - #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": - -a $singlePaired.sParams.anchor_length - -m $singlePaired.sParams.splice_mismatches - -i $singlePaired.sParams.min_intron_length - -I $singlePaired.sParams.max_intron_length - -F $singlePaired.sParams.junction_filter - -g $singlePaired.sParams.max_multihits - --min-segment-intron $singlePaired.sParams.min_segment_intron - --max-segment-intron $singlePaired.sParams.max_segment_intron - --initial-read-mismatches=$singlePaired.sParams.initial_read_mismatches - --seg-mismatches=$singlePaired.sParams.seg_mismatches - --seg-length=$singlePaired.sParams.seg_length - --library-type=$singlePaired.sParams.library_type - - ## Indel search. - #if $singlePaired.sParams.indel_search.allow_indel_search == "Yes": - ## --allow-indels - --max-insertion-length $singlePaired.sParams.indel_search.max_insertion_length - --max-deletion-length $singlePaired.sParams.indel_search.max_deletion_length - #else: - --no-novel-indels - #end if - - ## Supplying junctions parameters. - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.use_junctions == "Yes": - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.gene_model_ann.use_annotations == "Yes": - -G $singlePaired.sParams.own_junctions.gene_model_ann.gene_annotation_model - #end if - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.raw_juncs.use_juncs == "Yes": - -j $singlePaired.sParams.own_junctions.raw_juncs.raw_juncs - #end if - ## TODO: No idea why a string cast is necessary, but it is: - #if str($singlePaired.sParams.own_junctions.no_novel_juncs) == "Yes": - --no-novel-juncs - #end if - #end if - - #if $singlePaired.sParams.closure_search.use_search == "Yes": - --closure-search - --min-closure-exon $singlePaired.sParams.closure_search.min_closure_exon - --min-closure-intron $singlePaired.sParams.closure_search.min_closure_intron - --max-closure-intron $singlePaired.sParams.closure_search.max_closure_intron - #else: - --no-closure-search - #end if - #if $singlePaired.sParams.coverage_search.use_search == "Yes": - --coverage-search - --min-coverage-intron $singlePaired.sParams.coverage_search.min_coverage_intron - --max-coverage-intron $singlePaired.sParams.coverage_search.max_coverage_intron - #else: - --no-coverage-search - #end if - ## TODO: No idea why the type conversion is necessary, but it seems to be. - #if str($singlePaired.sParams.microexon_search) == "Yes": - --microexon-search - #end if - #end if - #else: - --input2=$singlePaired.input2 - -r $singlePaired.mate_inner_distance - --settings=$singlePaired.pParams.pSettingsType - #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": - --mate-std-dev=$singlePaired.pParams.mate_std_dev - -a $singlePaired.pParams.anchor_length - -m $singlePaired.pParams.splice_mismatches - -i $singlePaired.pParams.min_intron_length - -I $singlePaired.pParams.max_intron_length - -F $singlePaired.pParams.junction_filter - -g $singlePaired.pParams.max_multihits - --min-segment-intron $singlePaired.pParams.min_segment_intron - --max-segment-intron $singlePaired.pParams.max_segment_intron - --initial-read-mismatches=$singlePaired.pParams.initial_read_mismatches - --seg-mismatches=$singlePaired.pParams.seg_mismatches - --seg-length=$singlePaired.pParams.seg_length - --library-type=$singlePaired.pParams.library_type - - ## Indel search. - #if $singlePaired.pParams.indel_search.allow_indel_search == "Yes": - ## --allow-indels - --max-insertion-length $singlePaired.pParams.indel_search.max_insertion_length - --max-deletion-length $singlePaired.pParams.indel_search.max_deletion_length - #else: - --no-novel-indels - #end if - - ## Supplying junctions parameters. - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.use_junctions == "Yes": - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.gene_model_ann.use_annotations == "Yes": - -G $singlePaired.pParams.own_junctions.gene_model_ann.gene_annotation_model - #end if - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.raw_juncs.use_juncs == "Yes": - -j $singlePaired.pParams.own_junctions.raw_juncs.raw_juncs - #end if - ## TODO: No idea why type cast is necessary, but it is: - #if str($singlePaired.pParams.own_junctions.no_novel_juncs) == "Yes": - --no-novel-juncs - #end if - #end if - - #if $singlePaired.pParams.closure_search.use_search == "Yes": - --closure-search - --min-closure-exon $singlePaired.pParams.closure_search.min_closure_exon - --min-closure-intron $singlePaired.pParams.closure_search.min_closure_intron - --max-closure-intron $singlePaired.pParams.closure_search.max_closure_intron - #else: - --no-closure-search - #end if - #if $singlePaired.pParams.coverage_search.use_search == "Yes": - --coverage-search - --min-coverage-intron $singlePaired.pParams.coverage_search.min_coverage_intron - --max-coverage-intron $singlePaired.pParams.coverage_search.max_coverage_intron - #else: - --no-coverage-search - #end if - ## TODO: No idea why the type conversion is necessary, but it seems to be. - #if str ($singlePaired.pParams.microexon_search) == "Yes": - --microexon-search - #end if - #end if - #end if - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tar - - - - - - -**Tophat Overview** - -TopHat_ is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. Please cite: Trapnell, C., Pachter, L. and Salzberg, S.L. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics 25, 1105-1111 (2009). - -.. _Tophat: http://tophat.cbcb.umd.edu/ - ------- - -**Know what you are doing** - -.. class:: warningmark - -There is no such thing (yet) as an automated gearshift in splice junction identification. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy. - -.. __: http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html - ------- - -**Input formats** - -Tophat accepts files in Sanger FASTQ format. Use the FASTQ Groomer to prepare your files. - ------- - -**Outputs** - -Tophat produces two output files: - -- junctions -- A UCSC BED_ track of junctions reported by TopHat. Each junction consists of two connected BED blocks, where each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction. The score is the number of alignments spanning the junction. -- accepted_hits -- A list of read alignments in BAM_ format. - -.. _BED: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 -.. _BAM: http://samtools.sourceforge.net/ - -Two other possible outputs, depending on the options you choose, are insertions and deletions, both of which are in BED format. - -------- - -**Tophat settings** - -All of the options have a default value. You can change any of them. Some of the options in Tophat have been implemented here. - ------- - -**Tophat parameter list** - -This is a list of implemented Tophat options:: - - -r This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. For, example, for paired end runs with fragments - selected at 300bp, where each end is 50bp, you should set -r to be 200. There is no default, and this parameter - is required for paired end runs. - --mate-std-dev INT The standard deviation for the distribution on inner distances between mate pairs. The default is 20bp. - -a/--min-anchor-length INT The "anchor length". TopHat will report junctions spanned by reads with at least this many bases on each side of the junction. Note that individual spliced - alignments may span a junction with fewer than this many bases on one side. However, every junction involved in spliced alignments is supported by at least one - read with this many bases on each side. This must be at least 3 and the default is 8. - -m/--splice-mismatches INT The maximum number of mismatches that may appear in the "anchor" region of a spliced alignment. The default is 0. - -i/--min-intron-length INT The minimum intron length. TopHat will ignore donor/acceptor pairs closer than this many bases apart. The default is 70. - -I/--max-intron-length INT The maximum intron length. When searching for junctions ab initio, TopHat will ignore donor/acceptor pairs farther than this many bases apart, except when such a pair is supported by a split segment alignment of a long read. The default is 500000. - -F/--min-isoform-fraction 0.0-1.0 TopHat filters out junctions supported by too few alignments. Suppose a junction spanning two exons, is supported by S reads. Let the average depth of coverage of - exon A be D, and assume that it is higher than B. If S / D is less than the minimum isoform fraction, the junction is not reported. A value of zero disables the - filter. The default is 0.15. - -g/--max-multihits INT Instructs TopHat to allow up to this many alignments to the reference for a given read, and suppresses all alignments for reads with more than this many - alignments. The default is 40. - -G/--GTF [GTF 2.2 file] Supply TopHat with a list of gene model annotations. TopHat will use the exon records in this file to build a set of known splice junctions for each gene, and will attempt to align reads to these junctions even if they would not normally be covered by the initial mapping. - -j/--raw-juncs [juncs file] Supply TopHat with a list of raw junctions. Junctions are specified one per line, in a tab-delimited format. Records look like: [chrom] [left] [right] [+/-], left and right are zero-based coordinates, and specify the last character of the left sequenced to be spliced to the first character of the right sequence, inclusive. - -no-novel-juncs Only look for junctions indicated in the supplied GFF file. (ignored without -G) - --no-closure-search Disables the mate pair closure-based search for junctions. Currently, has no effect - closure search is off by default. - --closure-search Enables the mate pair closure-based search for junctions. Closure-based search should only be used when the expected inner distance between mates is small (about or less than 50bp) - --no-coverage-search Disables the coverage based search for junctions. - --coverage-search Enables the coverage based search for junctions. Use when coverage search is disabled by default (such as for reads 75bp or longer), for maximum sensitivity. - --microexon-search With this option, the pipeline will attempt to find alignments incident to microexons. Works only for reads 50bp or longer. - --butterfly-search TopHat will use a slower but potentially more sensitive algorithm to find junctions in addition to its standard search. Consider using this if you expect that your experiment produced a lot of reads from pre-mRNA, that fall within the introns of your transcripts. - --segment-mismatches Read segments are mapped independently, allowing up to this many mismatches in each segment alignment. The default is 2. - --segment-length Each read is cut up into segments, each at least this long. These segments are mapped independently. The default is 25. - --min-closure-exon During closure search for paired end reads, exonic hops in the potential splice graph must be at least this long. The default is 50. - --min-closure-intron The minimum intron length that may be found during closure search. The default is 50. - --max-closure-intron The maximum intron length that may be found during closure search. The default is 5000. - --min-coverage-intron The minimum intron length that may be found during coverage search. The default is 50. - --max-coverage-intron The maximum intron length that may be found during coverage search. The default is 20000. - --min-segment-intron The minimum intron length that may be found during split-segment search. The default is 50. - --max-segment-intron The maximum intron length that may be found during split-segment search. The default is 500000. - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel_unSQL.py --- a/SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel_unSQL.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,353 +0,0 @@ - -#!/usr/bin/env python - -import optparse, os, shutil, subprocess, sys, tempfile, fileinput, tarfile, glob -from commons.core.launcher.Launcher import Launcher -from commons.core.sql.TableJobAdaptatorFactory import TableJobAdaptatorFactory -from commons.core.utils.FileUtils import FileUtils - -def stop_err( msg ): - sys.stderr.write( "%s\n" % msg ) - sys.exit() - -def toTar(tarFileName, accepted_hits_outputNames): - tfile = tarfile.open(tarFileName + ".tmp.tar", "w") - currentPath = os.getcwd() - os.chdir(dir) - for file in accepted_hits_outputNames: - relativeFileName = os.path.basename(file) - tfile.add(relativeFileName) - os.system("mv %s %s" % (tarFileName + ".tmp.tar", tarFileName)) - tfile.close() - os.chdir(currentPath) - -def splitFastQ(fileName, nbOfSeqPerBatch): - nbOfLinesPerFile = nbOfSeqPerBatch * 4 - lOutput = [] - filePrefix, fileExt = os.path.splitext(os.path.basename(fileName)) - resDir = os.path.dirname(fileName) - with open(fileName) as inF: - fileNb = 1 - line = inF.readline() - if not line or nbOfLinesPerFile == 0: - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lOutput.append(outFileName) - f = open(outFileName, "wb") - shutil.copyfileobj(open(fileName, "rb"), f) - f.close() - else: - while line: - outFileName = "%s/%s-%s%s" %(resDir, filePrefix, fileNb, fileExt) - lOutput.append(outFileName) - with open(outFileName, "w") as outF: - lineNb = 1 - while lineNb <= nbOfLinesPerFile and line: - outF.write(line) - line = inF.readline() - lineNb += 1 - fileNb += 1 - return lOutput - -def joinBAM(dCutOut2Out): - for key in dCutOut2Out.keys(): - fh = open(key, "w") - fh.close() - nbFile = 0 - cmd = "samtools merge -f %s" % key - for fileName in dCutOut2Out[key]: - nbFile = nbFile + 1 - if nbFile < 225: - cmd += " %s" % fileName - else: - nbFile = 0 - cmd += ";mv %s tmpBAM;" % (key) - cmd += "samtools merge -f %s tmpBAM %s" % (key, fileName) - proc = subprocess.Popen( args=cmd , shell=True) - returncode = proc.wait() - - -def _map(iLauncher, cmd, cmdStart, cmdFinish ): - lCmds = [] - lCmds.extend(cmd) - lCmdStart = [] - lCmdStart.extend(cmdStart) - lCmdFinish = [] - lCmdFinish.extend(cmdFinish) - return(iLauncher.prepareCommands_withoutIndentation(lCmds, lCmdStart, lCmdFinish)) - -def _createTopHatCommand(iLauncher, options, index_paths, inputFileNames, inputRevFilesNames, space): - lArgs = [] - lArgs.append('-p %s %s' % ( options.num_threads, space )) - if options.single_paired == 'paired': - lArgs.append('-r %s ' % options.mate_inner_dist) - if options.settings == 'preSet': - lArgs.append(index_paths) - lArgs.append(inputFileNames) - if options.input2: - lArgs.append(inputRevFilesNames) - return iLauncher.getSystemCommand("tophat", lArgs) - else: - if int( options.min_anchor_length ) >= 3: - lArgs.append('-a %s ' % options.min_anchor_length) - else: - raise Exception, 'Minimum anchor length must be 3 or greater' - lArgs.append('-m %s ' % options.splice_mismatches) - lArgs.append('-i %s ' % options.min_intron_length) - lArgs.append('-I %s ' % options.max_intron_length) - if float( options.junction_filter ) != 0.0: - lArgs.append('-F %s ' % options.junction_filter) - lArgs.append('-g %s ' % options.max_multihits) - # Custom junctions options. - if options.gene_model_annotations: - lArgs.append('-G %s ' % options.gene_model_annotations) - if options.raw_juncs: - lArgs.append('-j %s ' % options.raw_juncs) - if options.no_novel_juncs: - lArgs.append('--no-novel-juncs ') - if options.library_type: - lArgs.append('--library-type %s ' % options.library_type) - if options.no_novel_indels: - lArgs.append('--no-novel-indels ') - else: - if options.max_insertion_length: - lArgs.append('--max-insertion-length %i ' % int( options.max_insertion_length )) - if options.max_deletion_length: - lArgs.append('--max-deletion-length %i ' % int( options.max_deletion_length )) - # Max options do not work for Tophat v1.2.0, despite documentation to the contrary. (Fixed in version 1.3.1) - # need to warn user of this fact - #sys.stdout.write( "Max insertion length and max deletion length options don't work in Tophat v1.2.0\n" ) - - # Search type options. - if options.coverage_search: - lArgs.append('--coverage-search --min-coverage-intron %s --max-coverage-intron %s ' % ( options.min_coverage_intron, options.max_coverage_intron )) - else: - lArgs.append('--no-coverage-search ') - if options.closure_search: - lArgs.append('--closure-search --min-closure-exon %s --min-closure-intron %s --max-closure-intron %s ' % ( options.min_closure_exon, options.min_closure_intron, options.max_closure_intron )) - else: - lArgs.append('--no-closure-search ') - if options.microexon_search: - lArgs.append('--microexon-search ') - if options.single_paired == 'paired': - lArgs.append('--mate-std-dev %s ' % options.mate_std_dev) - if options.initial_read_mismatches: - lArgs.append('--initial-read-mismatches %d ' % int( options.initial_read_mismatches )) - if options.seg_mismatches: - lArgs.append('--segment-mismatches %d ' % int( options.seg_mismatches )) - if options.seg_length: - lArgs.append('--segment-length %d ' % int( options.seg_length )) - if options.min_segment_intron: - lArgs.append('--min-segment-intron %d ' % int( options.min_segment_intron )) - if options.max_segment_intron: - lArgs.append('--max-segment-intron %d ' % int( options.max_segment_intron )) - lArgs.append(index_paths) - lArgs.append(inputFileNames) - if options.input2: - lArgs.append(inputRevFilesNames) - return iLauncher.getSystemCommand("tophat", lArgs) - - - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option('-o', '--outputTxtFile', dest='outputTxtFile', help='for Differential expression analysis pipeline, new output option gives a txt output containing the list of mapping results.') - parser.add_option('-t', '--tar', dest='outputTar', default=None, help='output all accepted hits results in a tar file.' ) - parser.add_option( '-p', '--num-threads', dest='num_threads', help='Use this many threads to align reads. The default is 1.' ) - parser.add_option( '-C', '--color-space', dest='color_space', action='store_true', help='This indicates color-space data' ) - parser.add_option( '-J', '--junctions-output', dest='junctions_output_file', default='junctions_output.bed', help='Junctions output file; formate is BED.' ) - parser.add_option( '-H', '--hits-output', dest='accepted_hits_output_file', default='hits_output.bam', help='Accepted hits output file; formate is BAM.' ) - parser.add_option( '', '--own-file', dest='own_file', help='' ) - parser.add_option( '-D', '--indexes-path', dest='index_path', help='Indexes directory; location of .ebwt and .fa files.' ) - parser.add_option( '-r', '--mate-inner-dist', dest='mate_inner_dist', help='This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. \ - For, example, for paired end runs with fragments selected at 300bp, \ - where each end is 50bp, you should set -r to be 200. There is no default, \ - and this parameter is required for paired end runs.') - parser.add_option( '', '--mate-std-dev', dest='mate_std_dev', help='Standard deviation of distribution on inner distances between male pairs.' ) - parser.add_option( '-a', '--min-anchor-length', dest='min_anchor_length', - help='The "anchor length". TopHat will report junctions spanned by reads with at least this many bases on each side of the junction.' ) - parser.add_option( '-m', '--splice-mismatches', dest='splice_mismatches', help='The maximum number of mismatches that can appear in the anchor region of a spliced alignment.' ) - parser.add_option( '-i', '--min-intron-length', dest='min_intron_length', - help='The minimum intron length. TopHat will ignore donor/acceptor pairs closer than this many bases apart.' ) - parser.add_option( '-I', '--max-intron-length', dest='max_intron_length', - help='The maximum intron length. When searching for junctions ab initio, TopHat will ignore donor/acceptor pairs farther than this many bases apart, except when such a pair is supported by a split segment alignment of a long read.' ) - parser.add_option( '-F', '--junction_filter', dest='junction_filter', help='Filter out junctions supported by too few alignments (number of reads divided by average depth of coverage)' ) - parser.add_option( '-g', '--max_multihits', dest='max_multihits', help='Maximum number of alignments to be allowed' ) - parser.add_option( '', '--initial-read-mismatches', dest='initial_read_mismatches', help='Number of mismatches allowed in the initial read mapping' ) - parser.add_option( '', '--seg-mismatches', dest='seg_mismatches', help='Number of mismatches allowed in each segment alignment for reads mapped independently' ) - parser.add_option( '', '--seg-length', dest='seg_length', help='Minimum length of read segments' ) - parser.add_option( '', '--library-type', dest='library_type', help='TopHat will treat the reads as strand specific. Every read alignment will have an XS attribute tag. Consider supplying library type options below to select the correct RNA-seq protocol.' ) - parser.add_option( '', '--allow-indels', action="store_true", help='Allow indel search. Indel search is disabled by default.(Not used since version 1.3.0)' ) - parser.add_option( '', '--max-insertion-length', dest='max_insertion_length', help='The maximum insertion length. The default is 3.' ) - parser.add_option( '', '--max-deletion-length', dest='max_deletion_length', help='The maximum deletion length. The default is 3.' ) - - # Options for supplying own junctions - parser.add_option( '-G', '--GTF', dest='gene_model_annotations', help='Supply TopHat with a list of gene model annotations. \ - TopHat will use the exon records in this file to build \ - a set of known splice junctions for each gene, and will \ - attempt to align reads to these junctions even if they \ - would not normally be covered by the initial mapping.') - parser.add_option( '-j', '--raw-juncs', dest='raw_juncs', help='Supply TopHat with a list of raw junctions. Junctions are \ - specified one per line, in a tab-delimited format. Records \ - look like: <+/-> left and right are \ - zero-based coordinates, and specify the last character of the \ - left sequenced to be spliced to the first character of the right \ - sequence, inclusive.') - parser.add_option( '', '--no-novel-juncs', action="store_true", dest='no_novel_juncs', help="Only look for junctions indicated in the \ - supplied GFF file. (ignored without -G)") - parser.add_option( '', '--no-novel-indels', action="store_true", dest='no_novel_indels', help="Skip indel search. Indel search is enabled by default.") - # Types of search. - parser.add_option( '', '--microexon-search', action="store_true", dest='microexon_search', help='With this option, the pipeline will attempt to find alignments incident to microexons. Works only for reads 50bp or longer.') - parser.add_option( '', '--closure-search', action="store_true", dest='closure_search', help='Enables the mate pair closure-based search for junctions. Closure-based search should only be used when the expected inner distance between mates is small (<= 50bp)') - parser.add_option( '', '--no-closure-search', action="store_false", dest='closure_search' ) - parser.add_option( '', '--coverage-search', action="store_true", dest='coverage_search', help='Enables the coverage based search for junctions. Use when coverage search is disabled by default (such as for reads 75bp or longer), for maximum sensitivity.') - parser.add_option( '', '--no-coverage-search', action="store_false", dest='coverage_search' ) - parser.add_option( '', '--min-segment-intron', dest='min_segment_intron', help='Minimum intron length that may be found during split-segment search' ) - parser.add_option( '', '--max-segment-intron', dest='max_segment_intron', help='Maximum intron length that may be found during split-segment search' ) - parser.add_option( '', '--min-closure-exon', dest='min_closure_exon', help='Minimum length for exonic hops in potential splice graph' ) - parser.add_option( '', '--min-closure-intron', dest='min_closure_intron', help='Minimum intron length that may be found during closure search' ) - parser.add_option( '', '--max-closure-intron', dest='max_closure_intron', help='Maximum intron length that may be found during closure search' ) - parser.add_option( '', '--min-coverage-intron', dest='min_coverage_intron', help='Minimum intron length that may be found during coverage search' ) - parser.add_option( '', '--max-coverage-intron', dest='max_coverage_intron', help='Maximum intron length that may be found during coverage search' ) - - # Wrapper options. - parser.add_option( '-1', '--input1', dest='input1', help='A list of the (forward or single-end) reads files of Sanger FASTQ format, txt format' ) - parser.add_option( '-2', '--input2', dest='input2', help='The list of reverse reads file in Sanger FASTQ format' ) - parser.add_option( '', '--single-paired', dest='single_paired', help='' ) - parser.add_option( '', '--settings', dest='settings', help='' ) - - (options, args) = parser.parse_args() - - # output version # of tool - try: - tmp_files = [] - tmp = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp) - tmp_stdout = open( tmp, 'wb' ) - proc = subprocess.Popen( args='tophat -v', shell=True, stdout=tmp_stdout ) - tmp_stdout.close() - returncode = proc.wait() - stdout = open( tmp_stdout.name, 'rb' ).readline().strip() - if stdout: - sys.stdout.write( '%s\n' % stdout ) - else: - raise Exception - except: - sys.stdout.write( 'Could not determine Tophat version\n' ) - - # Color or base space - space = '' - if options.color_space: - space = '-C' - - - #reads = options.input1 - file = open(options.input1,"r") - lines = file.readlines() - inputFileNames = [] - accepted_hits_outputNames = [] - outputName = options.outputTxtFile - resDirName = os.path.dirname(outputName) + '/' - out = open(outputName, "w") - for line in lines: - tab = line.split() - inputFileNames.append(tab[1]) - aHitOutName = resDirName + tab[0] + '_' + options.accepted_hits_output_file - accepted_hits_outputNames.append(aHitOutName) - out.write(tab[0] + '\t' + aHitOutName + '\n') - file.close() - out.close() - - if options.input2: - revFile = open(options.input2,"r") - lines = revFile.readlines() - inputRevFileNames = [] - for line in lines: - revTab = line.split() - inputRevFileNames.append(revTab[1]) - revFile.close() - - - # Creat bowtie index if necessary. - tmp_index_dirs = [] - index_paths = [] - tmp_index_dir = tempfile.mkdtemp(dir="%s" % os.getcwd()) - tmp_index_dirs.append(tmp_index_dir) - if options.own_file: - index_path = os.path.join( tmp_index_dir, '.'.join( os.path.split( options.own_file )[1].split( '.' )[:-1] ) ) - index_paths.append(index_path) - try: - os.link( options.own_file, index_path + '.fa' ) - except: - # Tophat prefers (but doesn't require) fasta file to be in same directory, with .fa extension - pass - lCmdsTuples =[] - acronym = "tophat_index" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - cmd_index = iLauncher.getSystemCommand("bowtie-build", [space, "-f %s" % options.own_file, index_path]) - cmd2Launch = [] - cmdStart = [] - cmdFinish = [] - cmd2Launch.append(cmd_index) - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - else: - for file in inputFileNames: - tmp_index_dir = tempfile.mkdtemp() - index_path = tmp_index_dir + '/' + os.path.basename(file).split('.')[0] - index_paths.append(index_path) - tmp_index_dirs.append(tmp_index_dir) - - - - acronym = "tophat" - jobdb = TableJobAdaptatorFactory.createJobInstance() - iLauncher = Launcher(jobdb, os.getcwd(), "", "", os.getcwd(), os.getcwd(), "jobs", "", acronym, acronym, False, True) - lCmdsTuples = [] - dCutOut2Out = {} - lAllFile2remove = [] - # for inputFileName in inputFileNames: - for i in range(len(inputFileNames)): - lCutOutput = [] - lCutInputFile = splitFastQ(inputFileNames[i], 20000) - lAllFile2remove.extend(lCutInputFile) - if options.input2: - lCutPairInputFile = splitFastQ(inputRevFileNames[i], 20000) - lAllFile2remove.extend(lCutPairInputFile) - for j in range(len(lCutInputFile)): - cutOutput = "%s_out" % lCutInputFile[j] - lCutOutput.append(cutOutput) - lAllFile2remove.extend(lCutOutput) - cmd2Launch = [] - if options.input2: - inputRevFile = lCutPairInputFile[j] - else: - inputRevFile = "" - if options.own_file: - cmd2Launch.append(_createTopHatCommand(iLauncher, options, index_paths[0], lCutInputFile[j], inputRevFile, space)) - else: - cmd2Launch.append(_createTopHatCommand(iLauncher, options, index_paths[i], lCutInputFile[j], inputRevFile, space)) - cmdStart = [] - cmdFinish = ["shutil.copyfile( os.path.join( 'tophat_out', 'accepted_hits.bam' ), '%s')" % cutOutput] - lCmdsTuples.append(_map(iLauncher, cmd2Launch, cmdStart, cmdFinish)) - dCutOut2Out[accepted_hits_outputNames[i]] = lCutOutput - iLauncher.runLauncherForMultipleJobs(acronym, lCmdsTuples, True) - - joinBAM(dCutOut2Out) - FileUtils.removeFilesFromListIfExist(lAllFile2remove) - - if options.outputTar != None: - toTar(options.outputTar, accepted_hits_outputNames) - - - # Clean up temp dirs - for tmp_index_dir in tmp_index_dirs: - if os.path.exists( tmp_index_dir ): - shutil.rmtree( tmp_index_dir ) - - for tmp in tmp_files: - os.remove(tmp) - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel_unSQL.xml --- a/SMART/DiffExpAnal/tophat_parallel_unSQL.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,577 +0,0 @@ - - Find splice junctions using RNA-seq data, can have several input RNA-seq data (parallelized). - tophat --version - - tophat - - - tophat_parallel_unSQL.py - ## Change this to accommodate the number of threads you have available. - --num-threads="4" - - ## Provide outputs. - -o $outputFileName - ##--junctions-output=$junctions - ##--hits-output=$accepted_hits - - ## Handle reference file. - #if $refGenomeSource.genomeSource == "history": - --own-file=$refGenomeSource.ownFile - #else: - --indexes-path="${ filter( lambda x: str( x[0] ) == str( $refGenomeSource.index ), $__app__.tool_data_tables[ 'tophat_indexes' ].get_fields() )[0][-1] }" - #end if - - ## Are reads single-end or paired? - --single-paired=$singlePaired.sPaired - - ## First input file always required. - --input1=$input1 - - ## Set params based on whether reads are single-end or paired. - #if $singlePaired.sPaired == "single": - --settings=$singlePaired.sParams.sSettingsType - #if $singlePaired.sParams.sSettingsType == "full": - -a $singlePaired.sParams.anchor_length - -m $singlePaired.sParams.splice_mismatches - -i $singlePaired.sParams.min_intron_length - -I $singlePaired.sParams.max_intron_length - -F $singlePaired.sParams.junction_filter - -g $singlePaired.sParams.max_multihits - --min-segment-intron $singlePaired.sParams.min_segment_intron - --max-segment-intron $singlePaired.sParams.max_segment_intron - --initial-read-mismatches=$singlePaired.sParams.initial_read_mismatches - --seg-mismatches=$singlePaired.sParams.seg_mismatches - --seg-length=$singlePaired.sParams.seg_length - --library-type=$singlePaired.sParams.library_type - - ## Indel search. - #if $singlePaired.sParams.indel_search.allow_indel_search == "Yes": - ## --allow-indels - --max-insertion-length $singlePaired.sParams.indel_search.max_insertion_length - --max-deletion-length $singlePaired.sParams.indel_search.max_deletion_length - #else: - --no-novel-indels - #end if - - ## Supplying junctions parameters. - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.use_junctions == "Yes": - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.gene_model_ann.use_annotations == "Yes": - -G $singlePaired.sParams.own_junctions.gene_model_ann.gene_annotation_model - #end if - #if $singlePaired.sParams.own_junctions.raw_juncs.use_juncs == "Yes": - -j $singlePaired.sParams.own_junctions.raw_juncs.raw_juncs - #end if - ## TODO: No idea why a string cast is necessary, but it is: - #if str($singlePaired.sParams.own_junctions.no_novel_juncs) == "Yes": - --no-novel-juncs - #end if - #end if - - #if $singlePaired.sParams.closure_search.use_search == "Yes": - --closure-search - --min-closure-exon $singlePaired.sParams.closure_search.min_closure_exon - --min-closure-intron $singlePaired.sParams.closure_search.min_closure_intron - --max-closure-intron $singlePaired.sParams.closure_search.max_closure_intron - #else: - --no-closure-search - #end if - #if $singlePaired.sParams.coverage_search.use_search == "Yes": - --coverage-search - --min-coverage-intron $singlePaired.sParams.coverage_search.min_coverage_intron - --max-coverage-intron $singlePaired.sParams.coverage_search.max_coverage_intron - #else: - --no-coverage-search - #end if - ## TODO: No idea why the type conversion is necessary, but it seems to be. - #if str($singlePaired.sParams.microexon_search) == "Yes": - --microexon-search - #end if - #end if - #else: - --input2=$singlePaired.input2 - -r $singlePaired.mate_inner_distance - --settings=$singlePaired.pParams.pSettingsType - #if $singlePaired.pParams.pSettingsType == "full": - --mate-std-dev=$singlePaired.pParams.mate_std_dev - -a $singlePaired.pParams.anchor_length - -m $singlePaired.pParams.splice_mismatches - -i $singlePaired.pParams.min_intron_length - -I $singlePaired.pParams.max_intron_length - -F $singlePaired.pParams.junction_filter - -g $singlePaired.pParams.max_multihits - --min-segment-intron $singlePaired.pParams.min_segment_intron - --max-segment-intron $singlePaired.pParams.max_segment_intron - --initial-read-mismatches=$singlePaired.pParams.initial_read_mismatches - --seg-mismatches=$singlePaired.pParams.seg_mismatches - --seg-length=$singlePaired.pParams.seg_length - --library-type=$singlePaired.pParams.library_type - - ## Indel search. - #if $singlePaired.pParams.indel_search.allow_indel_search == "Yes": - ## --allow-indels - --max-insertion-length $singlePaired.pParams.indel_search.max_insertion_length - --max-deletion-length $singlePaired.pParams.indel_search.max_deletion_length - #else: - --no-novel-indels - #end if - - ## Supplying junctions parameters. - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.use_junctions == "Yes": - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.gene_model_ann.use_annotations == "Yes": - -G $singlePaired.pParams.own_junctions.gene_model_ann.gene_annotation_model - #end if - #if $singlePaired.pParams.own_junctions.raw_juncs.use_juncs == "Yes": - -j $singlePaired.pParams.own_junctions.raw_juncs.raw_juncs - #end if - ## TODO: No idea why type cast is necessary, but it is: - #if str($singlePaired.pParams.own_junctions.no_novel_juncs) == "Yes": - --no-novel-juncs - #end if - #end if - - #if $singlePaired.pParams.closure_search.use_search == "Yes": - --closure-search - --min-closure-exon $singlePaired.pParams.closure_search.min_closure_exon - --min-closure-intron $singlePaired.pParams.closure_search.min_closure_intron - --max-closure-intron $singlePaired.pParams.closure_search.max_closure_intron - #else: - --no-closure-search - #end if - #if $singlePaired.pParams.coverage_search.use_search == "Yes": - --coverage-search - --min-coverage-intron $singlePaired.pParams.coverage_search.min_coverage_intron - --max-coverage-intron $singlePaired.pParams.coverage_search.max_coverage_intron - #else: - --no-coverage-search - #end if - ## TODO: No idea why the type conversion is necessary, but it seems to be. - #if str ($singlePaired.pParams.microexon_search) == "Yes": - --microexon-search - #end if - #end if - #end if - $tar $outputTarFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tar - - - - - - -**Tophat Overview** - -TopHat_ is a fast splice junction mapper for RNA-Seq reads. It aligns RNA-Seq reads to mammalian-sized genomes using the ultra high-throughput short read aligner Bowtie, and then analyzes the mapping results to identify splice junctions between exons. Please cite: Trapnell, C., Pachter, L. and Salzberg, S.L. TopHat: discovering splice junctions with RNA-Seq. Bioinformatics 25, 1105-1111 (2009). - -.. _Tophat: http://tophat.cbcb.umd.edu/ - ------- - -**Know what you are doing** - -.. class:: warningmark - -There is no such thing (yet) as an automated gearshift in splice junction identification. It is all like stick-shift driving in San Francisco. In other words, running this tool with default parameters will probably not give you meaningful results. A way to deal with this is to **understand** the parameters by carefully reading the `documentation`__ and experimenting. Fortunately, Galaxy makes experimenting easy. - -.. __: http://tophat.cbcb.umd.edu/manual.html - ------- - -**Input formats** - -Tophat accepts files in Sanger FASTQ format. Use the FASTQ Groomer to prepare your files. - ------- - -**Outputs** - -Tophat produces two output files: - -- junctions -- A UCSC BED_ track of junctions reported by TopHat. Each junction consists of two connected BED blocks, where each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction. The score is the number of alignments spanning the junction. -- accepted_hits -- A list of read alignments in BAM_ format. - -.. _BED: http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html#format1 -.. _BAM: http://samtools.sourceforge.net/ - -Two other possible outputs, depending on the options you choose, are insertions and deletions, both of which are in BED format. - -------- - -**Tophat settings** - -All of the options have a default value. You can change any of them. Some of the options in Tophat have been implemented here. - ------- - -**Tophat parameter list** - -This is a list of implemented Tophat options:: - - -r This is the expected (mean) inner distance between mate pairs. For, example, for paired end runs with fragments - selected at 300bp, where each end is 50bp, you should set -r to be 200. There is no default, and this parameter - is required for paired end runs. - --mate-std-dev INT The standard deviation for the distribution on inner distances between mate pairs. The default is 20bp. - -a/--min-anchor-length INT The "anchor length". TopHat will report junctions spanned by reads with at least this many bases on each side of the junction. Note that individual spliced - alignments may span a junction with fewer than this many bases on one side. However, every junction involved in spliced alignments is supported by at least one - read with this many bases on each side. This must be at least 3 and the default is 8. - -m/--splice-mismatches INT The maximum number of mismatches that may appear in the "anchor" region of a spliced alignment. The default is 0. - -i/--min-intron-length INT The minimum intron length. TopHat will ignore donor/acceptor pairs closer than this many bases apart. The default is 70. - -I/--max-intron-length INT The maximum intron length. When searching for junctions ab initio, TopHat will ignore donor/acceptor pairs farther than this many bases apart, except when such a pair is supported by a split segment alignment of a long read. The default is 500000. - -F/--min-isoform-fraction 0.0-1.0 TopHat filters out junctions supported by too few alignments. Suppose a junction spanning two exons, is supported by S reads. Let the average depth of coverage of - exon A be D, and assume that it is higher than B. If S / D is less than the minimum isoform fraction, the junction is not reported. A value of zero disables the - filter. The default is 0.15. - -g/--max-multihits INT Instructs TopHat to allow up to this many alignments to the reference for a given read, and suppresses all alignments for reads with more than this many - alignments. The default is 40. - -G/--GTF [GTF 2.2 file] Supply TopHat with a list of gene model annotations. TopHat will use the exon records in this file to build a set of known splice junctions for each gene, and will attempt to align reads to these junctions even if they would not normally be covered by the initial mapping. - -j/--raw-juncs [juncs file] Supply TopHat with a list of raw junctions. Junctions are specified one per line, in a tab-delimited format. Records look like: [chrom] [left] [right] [+/-], left and right are zero-based coordinates, and specify the last character of the left sequenced to be spliced to the first character of the right sequence, inclusive. - -no-novel-juncs Only look for junctions indicated in the supplied GFF file. (ignored without -G) - --no-closure-search Disables the mate pair closure-based search for junctions. Currently, has no effect - closure search is off by default. - --closure-search Enables the mate pair closure-based search for junctions. Closure-based search should only be used when the expected inner distance between mates is small (about or less than 50bp) - --no-coverage-search Disables the coverage based search for junctions. - --coverage-search Enables the coverage based search for junctions. Use when coverage search is disabled by default (such as for reads 75bp or longer), for maximum sensitivity. - --microexon-search With this option, the pipeline will attempt to find alignments incident to microexons. Works only for reads 50bp or longer. - --butterfly-search TopHat will use a slower but potentially more sensitive algorithm to find junctions in addition to its standard search. Consider using this if you expect that your experiment produced a lot of reads from pre-mRNA, that fall within the introns of your transcripts. - --segment-mismatches Read segments are mapped independently, allowing up to this many mismatches in each segment alignment. The default is 2. - --segment-length Each read is cut up into segments, each at least this long. These segments are mapped independently. The default is 25. - --min-closure-exon During closure search for paired end reads, exonic hops in the potential splice graph must be at least this long. The default is 50. - --min-closure-intron The minimum intron length that may be found during closure search. The default is 50. - --max-closure-intron The maximum intron length that may be found during closure search. The default is 5000. - --min-coverage-intron The minimum intron length that may be found during coverage search. The default is 50. - --max-coverage-intron The maximum intron length that may be found during coverage search. The default is 20000. - --min-segment-intron The minimum intron length that may be found during split-segment search. The default is 50. - --max-segment-intron The maximum intron length that may be found during split-segment search. The default is 500000. - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/DiffExpAnal/wrappGSNAP.py --- a/SMART/DiffExpAnal/wrappGSNAP.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,76 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python - -import os, sys, subprocess,tempfile -from optparse import OptionParser - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write('%s\n' % msg) - sys.exit() - -def __main__(): - #Parse Command Line - description = "GMAP/GSNAP version:2012-12-20." - parser = OptionParser(description = description) - parser.add_option("-d", "--genomeName", dest="genomeName", help="Define the reference genome name.[compulsory]") - parser.add_option("-o", "--outputFile", dest="outputfile", help="output[compulsory]") - #parser.add_option("-D", "--workingDir", dest="workingdir", help="Define the directory of writing reference genome index.[compulsory]") - parser.add_option("-k", "--kmer", dest="kmer", default=12, help="Choose kmer value (<=16), a big kmer value can take more RAM(4Go).[compulsory]") - parser.add_option("-i", "--inputFasta", dest="inputFastaFile", help="Reference genome file, fasta format.[compulsory]") - parser.add_option("-q", "--inputFastq", dest="inputFastqFile", help="Input fastq file.") - parser.add_option("-p", "--pairedEnd", dest="pairedEndFile", default=None, help="Input paired-end fastq file.") - parser.add_option("-A", "--outputFormat", dest="outputFormat", default="sam", help="Choose an output format [sam, goby (need to re-compile with appropriate options)].") - (options, args) = parser.parse_args() - - #If workingDir dose not exist, should create before run the job. - - workingDir = os.path.dirname(options.inputFastaFile) - - cmds = [] - cmd_setup = "gmap_setup -d %s -D %s -k %s %s" % (options.genomeName, workingDir, options.kmer, options.inputFastaFile) - cmds.append(cmd_setup) - cmd_make_coords = "make -f Makefile.%s coords" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_coords) - cmd_make_gmapdb = "make -f Makefile.%s gmapdb" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_gmapdb) - cmd_make_install = "make -f Makefile.%s install" % options.genomeName - cmds.append(cmd_make_install) - cmd_run = "gsnap -d %s -D %s -A %s %s " % (options.genomeName, workingDir, options.outputFormat, options.inputFastqFile) - if options.pairedEndFile != None: - cmd_run += "%s" % options.pairedEndFile - cmd_run += " > %s" % options.outputfile - cmds.append(cmd_run) - - tmp_files = [] - for i in range(len(cmds)): - try: - tmp_out = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_out) - tmp_stdout = open(tmp_out, 'wb') - tmp_err = tempfile.NamedTemporaryFile().name - tmp_files.append(tmp_err) - tmp_stderr = open(tmp_err, 'wb') - proc = subprocess.Popen(args=cmds[i], shell=True, cwd=".", stdout=tmp_stdout, stderr=tmp_stderr) - returncode = proc.wait() - tmp_stderr.close() - #get stderr, allowing for case where it's very large - tmp_stderr = open(tmp_err, 'rb') - stderr = '' - buffsize = 1048576 - try: - while True: - stderr += tmp_stderr.read(buffsize) - if not stderr or len(stderr) % buffsize != 0: - break - except OverflowError: - pass - tmp_stdout.close() - tmp_stderr.close() - if returncode != 0: - raise Exception, stderr - except Exception, e: - stop_err('Error in :\n' + str(e)) - - for tmp_file in tmp_files: - os.remove(tmp_file) - -if __name__=="__main__":__main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/changeName.py --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/changeName.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,99 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python - -import optparse, os, sys, subprocess, tempfile, shutil -from optparse import OptionParser - -def stop_err(msg): - sys.stderr.write('%s\n' % msg) - sys.exit() - -def changeName(fileName, format, name, outputName): - file = open(fileName, 'r') - line = file.readline() - if format == "fasta": - while not line.startswith('>'): - line = file.readline() - old_name = line[1:] - elif format == "gff": - while line.startswith('#'): - line = file.readline() - old_name = (line.split('\t'))[0] - elif format == "sam": - while line.startswith('@'): - line = file.readline() - old_name = (line.split('\t'))[2] - file.close() - cmd = "sed \"s/%s/%s/g\" %s >%s " % (old_name.strip(), name.strip(), fileName, outputName) - proc = subprocess.Popen(cmd, shell=True) - proc.communicate() - if proc.returncode != 0: - raise Exception("ERROR when launching '%s'" % cmd) - -def getName(fileName, format): - file = open(fileName, 'r') - line = file.readline() - if format == "gff": - while line.startswith('#'): - line = file.readline() - old_name = (line.split('\t'))[0] - elif format == "sam": - while line.startswith('@') or line.startswith('#'): - line = file.readline() - old_name = (line.split('\t'))[2] - file.close() - return old_name - -def __main__(): - #Parse Command Line - parser = optparse.OptionParser() - parser.add_option("", "--input1", dest="inputFile1", default=None, help="Choose a fasta file.") - parser.add_option("", "--input2", dest="inputFile2", default=None, help="Choose a gff file.") - parser.add_option("", "--input3", dest="inputFile3", default=None, help="Choose a sam file.") - parser.add_option("", "--name", dest="name", default=None, help="Change to a new name.[compulsory] if there is only one input.") - parser.add_option("", "--output1", dest="outputFile1", default=None, help="OutputFile1") - parser.add_option("", "--output2", dest="outputFile2", default=None, help="OutputFile2") - parser.add_option("", "--output3", dest="outputFile3", default=None, help="OutputFile3") - (options, args) = parser.parse_args() - -#TODO:write raise Exception!! - - #In case only one input - if options.name == None: - #find a default_name to unify the name for all input files - if options.inputFile1 != None: - if options.inputFile2 == None and options.inputFile3 == None: - raise Exception("ERROR, only one input, you should identify a new name to modify.") - elif options.inputFile2 != None and options.outputFile2 != None: - default_name = getName(options.inputFile2, 'gff') - changeName(options.inputFile1, 'fasta', default_name, options.outputFile1) - changeName(options.inputFile2, 'gff', default_name, options.outputFile2) - if options.inputFile3 != None and options.outputFile3 != None: - changeName(options.inputFile3, 'sam', default_name, options.outputFile3) - elif options.inputFile3 != None and options.outputFile3 != None: - default_name = getName(options.inputFile3, 'sam') - changeName(options.inputFile3, 'sam', default_name, options.outputFile3) - changeName(options.inputFile1, 'fasta', default_name, options.outputFile1) - if options.inputFile2 != None and options.outputFile2 != None: - changeName(options.inputFile2, 'gff', default_name, options.outputFile2) - else: - if options.inputFile1 != None and options.outputFile1 != None: - changeName(options.inputFile1, 'fasta', options.name, options.outputFile1) - if options.inputFile2 != None and options.outputFile2 != None: - changeName(options.inputFile2, 'gff', options.name, options.outputFile2) - if options.inputFile3 != None and options.outputFile3 != None: - changeName(options.inputFile3, 'sam', options.name, options.outputFile3) - -if __name__ == '__main__':__main__() - - -#test commands: -#only one input: -#python changeName.py --input1 NC_011744.fna --name NC_test --output1 out.fna -#several inputs: -#python changeName.py --input1 NC_011744.fna --input2 NC_011744.gff --output1 out.fna --output2 out.gff -#python changeName.py --input1 NC_011744.fna --input2 NC_011744.gff --name NC_test --output1 out.fna --output2 out.gff -#python changeName.py --input1 NC_011744.fna --input2 NC_011744.gff --input3 NC_011744.sam --name NC_test2 --output1 out.fna --output2 out.gff --output3 out.sam -#python changeName.py --input1 NC_011744.fna --input3 out.sam --output1 out.fna --output3 out.sam - - - \ No newline at end of file diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/changeName.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/changeName.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,80 +0,0 @@ - - Change the chromosome name or gene name of a singla fasta, gff or sam file. For this tool, it can not treat mutiple-chromosome, gene files. - - changeName.py - #if $optionFasta.fastaFile == 'Yes': - --input1 $optionFasta.fasta --output1 $outputFasta - #end if - #if $optionGff.gffFile == 'Yes': - --input2 $optionGff.gff --output2 $outputGff - #end if - #if $optionSam.samFile == 'Yes': - --input3 $optionSam.sam --output3 $outputSam - #end if - #if $optionName.name == 'Yes': - --name $optionName.nameValue - #end if - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - optionFasta['fastaFile'] == 'Yes' - - - optionGff['gffFile'] == 'Yes' - - - optionSam['samFile'] == 'Yes' - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/colorGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/colorGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,71 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : ajout ou modif de couleur d'un gff -# -# Entrees : fichier gff -# -# Sortie : gff affiche a l'ecran -# -###------------------------------------------------------ -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -colorGff.pl - add or change color of a gff file - -=head1 SYNOPSIS - -% colorGff.pl -i file.gff -c color [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will parse DOOR repport file and write information in gff3 format. - - -i|--input fileName gff input file name - -c|--color RGBcode RGB code for color - -o|--output fileName gff3 output file name - [-h|--help] help mode then die - -=head1 AUTHOR - Claire Toffano-Nioche - jan.11 - -=cut -#----------------------- -my ($fileName, $colourGff, $outFileName) = ("", "", "colorOut.gff3") ; - # command line check - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { - $fileName=$ARGV[$num+1]; - open ( fichierGff, "< $fileName" ) or die "Can't open gff file: \"$fileName\"\n" ; - last }; - /--color|-c/ && do { - $colourGff =$ARGV[$num+1]." ".$ARGV[$num+2]." ".$ARGV[$num+3]; - last }; -# /--output|-o/ && do { -# $outFileName=$ARGV[$num+1]; -# last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } -# open(OUT,">$outFileName") or die "Error can't $outFileName open for output. $!\n"; - # informations retrieval - my @lines = ; - close fichierGff ; - # treatment - #print "gff file read ; number of lines : $#lines\n"; - for (my $i=0 ; $i <= $#lines ; $i++) { - if ($lines[$i] =~ /;/) { - if ($lines[$i] =~ /color=/) { - $lines[$i] =~ s/color=.*;/color=$colourGff;/ ; - } else { # add colour - $lines[$i] =~ s/;/;color=$colourGff;/ ; - } - } else { # (no = gff bug if col9 begin with semi-coma ?) or only one tag : add color tag - chomp($lines[$i]) ; - $lines[$i] .= "; color=".$colourGff.";\n"; - } -# print OUT $lines[$i] ; - print $lines[$i]; - } -# close OUT ; -exit(0); diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/colorGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/colorGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ - - Parses a DOOR report file and writes the information in a gff3 out file. - - colorGff.pl -i $inputFile -c $RGBcode > $outputFile - - - - - - - - - - - - - Command example: perl colorGff.pl -i trans_covUp5_nbEUp10_lgUp50.gff3 -c "250 128 114" > trans_covUp5_nbEUp10_lgUp50_c.gff3 - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/coverageGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/coverageGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,74 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : ajout ou modif de la couverture d'un gff -# -# Entrees : fichier gff -# -# Sortie : gff affiche a l'ecran -# -###------------------------------------------------------ - -#!/usr/bin/perl -w - -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -coverageGff.pl - add or compute the coverage of a gff file - -=head1 SYNOPSIS - -% coverageGff.pl -i file.gff -l readLength [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will parse gff file, compute read coverage form the "nbElements" tag and write coverage in gff3 format. - - -i|--input fileName gff input file name - -l|--length ReadLength lenght of the reads in bp [38 default] - -o|--output fileName gff3 output file name - [-h|--help] help mode then die - -=head1 AUTHOR - Claire Toffano-Nioche - fev.11 - -=cut -#----------------------- -my ($fileName, $length, $outFileName) = ("", 38, "coverageOut.gff3") ; - # command line check - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { - $fileName=$ARGV[$num+1]; - open ( fichierGff, "< $fileName" ) or die "Can't open gff file: \"$fileName\"\n" ; - last }; - /--length|-l/ && do { - $length=$ARGV[$num+1]; - last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } - # informations retrieval -# open(OUT,">$outFileName") or die "Error can't $outFileName open for output. $!\n"; - my @lines = ; - close fichierGff ; - # treatment - #print "gff file read ; number of lines : $#lines\n"; - for (my $i=0 ; $i <= $#lines ; $i++) { - # compute coverage : - if ($lines[$i] =~ /nbElements=/) { - my ($nbE)=($lines[$i] =~ /nbElements=(\d+)/) ; - my @gffCol=split("\t", $lines[$i]) ; - # print "ligne : $i, nbE : $nbE, length : $length, debut : $gffCol[3], fin : $gffCol[4].\n"; - my $cover=$length*$nbE/($gffCol[4]-$gffCol[3]+1) ; - $cover=int(100*$cover+0.5)/100 ; # arronri sup. precision 2 chiffres - if ($lines[$i] =~ /coverage=/) { # replace coverage - $lines[$i] =~ s/coverage=.*;/coverage=$cover;/ ; - } else { # add coverage - $lines[$i] =~ s/;/;coverage=$cover;/ ; - } - } -# print OUT $lines[$i] ; - print $lines[$i] ; - } -#close OUT ; -exit(0); diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/coverageGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/coverageGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,17 +0,0 @@ - - Computes reads coverage form a "nbElements" tag and writes the calculated coverage in a gff3 out file. - coverageGff.pl -i $inputFile -l $readSize > $outputFile - - - - - - - - - - - - command example: perl coverageGff.pl -i *_trans_inIG.gff > *_trans_inIG_cov.gff - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/interElementGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/interElementGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,187 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : protocol permettant la detection d'RNA non codant potentiel -# -# Entrees : fichier de mapping Smart gff3 -# fichier gff des gènes -# fichier gff des clusters Cis regulateur potentiel -# -# Sortie : fichier gff des clusters ARN nc -# -###------------------------------------------------------ -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -interElementGff.pl - creation of a new Gff corresponding to the region of two successive Elements - -=head1 SYNOPSIS - -% interElementGff.pl -i inputFile.gff3 -o outputFile.gff3 [-s 50] [-a 20] [-n seqName] [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will determine cluster ok ncRNA. - - -i|--input fileName gff input file name - -o|--output fileName gff output file name - -n|--name seqName sequence name - -p|--print print parameters used - - -f5ff n number of nt to exclude from 5' seed when gene before is Forward, seed is Forward and next gene is Forward [default 0] - -ff3f n number... " ...[default 0] - - -f5fr n number... " ...[default 0] - -ff3r n number... " ...[default 0] - - -fr3f n number... " ...[default 0] - -fr5f n number... " ...[default 0] - - -f3rr n number... " ...[default 0] - -fr5r n number... " ...[default 0] - - -r5ff n number... " ...[default 0] - -rf3f n number... " ...[default 0] - - -r5fr n number... " ...[default 0] - -rf3r n number... " ...[default 0] - - -r3rf n number... " ...[default 0] - -rr5f n number... " ...[default 0] - - -r3rr n number... " ...[default 0] - -rr5r n number... " ...[default 0] - - [-h|--help] help mode then die - - -USAGE_CASE - -% interElementGff.pl -i inputFile.gff3 -o outputFile.gff3 -ff 53 -rr 23 -n NC_011744 - -BUG - -Caution : input file needs to be sorted on positions - -Caution : for -f/r options add +3 bp to include stop codon if not in input file - -=head1 AUTHOR - CTN - apr.11 -(from RNA-Vibrio/protocol_NC_V2.pl - Claire KUCHLY) - -=cut -#---------------------------------------------------------------------------- -# check command line : -my ($IDfile, $OutputFileName, $f5ff, $ff3f, $f5fr, $ff3r, $f3rf, $fr5f, $f3rr,$fr5r, $r5ff, $rf3f, $r5fr, $rf3r, $r3rf, $rr5f, $r3rr, $rr5r, $seqName, $printParameters) = - (undef, undef , 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, "", 0) ; -if ($#ARGV==0) { - die (exec("pod2text $0\n")); -} else { - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { $IDfile=$ARGV[$num+1]; - open(F,"<$IDfile") or die "Error: Can't open \"$IDfile\", $!"; - last; }; - /-f5ff/ && do { $f5ff=$ARGV[$num+1]+1; last; }; # need +1 for intervall computations - /-ff3f/ && do { $ff3f=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-f5fr/ && do { $f5fr=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-ff3r/ && do { $ff3r=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-f3rf/ && do { $f3rf=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-fr5f/ && do { $fr5f=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-f3rr/ && do { $f3rr=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-fr5r/ && do { $fr5r=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-r5ff/ && do { $r5ff=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-rf3f/ && do { $rf3f=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-r5fr/ && do { $r5fr=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-rf3r/ && do { $rf3r=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-r3rf/ && do { $r3rf=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-rr5f/ && do { $rr5f=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - - /-r3rr/ && do { $r3rr=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - /-rr5r/ && do { $rr5r=$ARGV[$num+1]+1; last; }; - -# /--name|-n/ && do { $seqName=$ARGV[$num+1]; last; }; - /--print|-p/ && do { $printParameters=1; last; }; - /--output|-o/ && do { $OutputFileName=$ARGV[$num+1]; - open(S,">$OutputFileName") or die "Error : Can't open result file \"$OutputFileName\", $!"; - last; }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } - if ($printParameters) { - print " - --> f5ff ",$f5ff-1," --> ff3f ",$ff3f-1," --> ; - --> f5fr ",$f5fr-1," --> ff3r ",$ff3r-1," <-- ; - --> f3rf ",$f3rf-1," <-- fr5f ",$fr5f-1," --> ; - --> f3rr ",$f3rr-1," <-- fr5r ",$fr5r-1," <-- ; - <-- r5ff ",$r5ff-1," --> rf3f ",$rf3f-1," --> ; - <-- r5fr ",$r5fr-1," --> rf3r ",$rf3r-1," <-- ; - <-- r3rf ",$r3rf-1," <-- rr5f ",$rr5f-1," --> ; - <-- r3rr ",$r3rr-1," <-- rr5r ",$rr5r-1," <-- ;\n"; - } - ##NC_011753.2 RefSeq gene 367 834 . - . locus_tag=VS_0001;db_xref=GeneID:7162789 - my $finSeedSens; - my $finSeedAntisens; - my $debSeedSens; - my $debSeedAntisens; - my $info_gene=""; - my $sensGeneAvant = "+" ; # 1rst seed definition : geneAvant (gene[i-1]) doesn't exist - my @chromList; - while(my $ligne = ){ - chomp($ligne); - my @list = split(/\t/,$ligne); - if ((scalar(@chromList) == 0) or ($chromList[$#chromList] ne $list[0])){ - push(@chromList, $list[0]); - my $finSeedSens; - my $finSeedAntisens; - my $debSeedSens; - my $debSeedAntisens; - my $info_gene=""; - my $sensGeneAvant = "+" ; # 1rst seed definition : geneAvant (gene[i-1]) doesn't exist - } - if (($sensGeneAvant eq "+") and ($list[6] eq "+")) { #CTN ie geneavant == f, geneapres == f - $debSeedSens += $f5ff; - $finSeedSens = $list[3]- $ff3f; - $debSeedAntisens += $f3rf; - $finSeedAntisens = $list[3]- $fr5f; - } elsif (($sensGeneAvant eq "+") and ($list[6] eq "-")) { #CTN ie geneaavant == f, geneapres == r - $debSeedSens += $f5fr; - $finSeedSens = $list[3]- $ff3r; - $debSeedAntisens += $f3rr; - $finSeedAntisens = $list[3]- $fr5r; - } elsif (($sensGeneAvant eq "-") and ($list[6] eq "+")) { #CTN ie geneaavant == r, geneapres == f - $debSeedSens += $r5ff; - $finSeedSens = $list[3]- $rf3f; - $debSeedAntisens += $r3rf; - $finSeedAntisens = $list[3]- $rr5f; - } else { #CTN ie geneaavant == r, geneapres == r - $debSeedSens += $r5fr; - $finSeedSens = $list[3]- $rf3r; - $debSeedAntisens += $r3rr; - $finSeedAntisens = $list[3]- $rr5r; - } - if ($debSeedSens <= 0) { $debSeedSens=1 ; } # 1srt - if ($debSeedAntisens <= 0) { $debSeedAntisens=1 ; } - if($debSeedSens < $finSeedSens){ # only "real" seed - #print "$gene_avant\nNC_011753\tperso\tseed\t$deb_seed\t$fin_seed\t.\t+\t.\tgeneavant=$info_gene;geneapres=$list[@list-1]\n$ligne\n\n"; - # - - print S "$list[0]\tperso\tseedIR\t$debSeedSens\t$finSeedSens\t.\t+\t.\tgeneavant=$info_gene;geneapres=$list[@list-1]\n"; - } - if ($debSeedAntisens < $finSeedAntisens){ - print S "$list[0]\tperso\tseedIR\t$debSeedAntisens\t$finSeedAntisens\t.\t-\t.\tgeneavant=$info_gene;geneapres=$list[@list-1]\n"; - } - $sensGeneAvant = $list[6] ; # GFF : column 6 gives strand - $debSeedSens = $list[4]; - $debSeedAntisens = $list[4]; - $info_gene = $list[@list-1]; - } - close F; - close S; - exit(0); -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/interElementGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/interElementGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,284 +0,0 @@ - - Creates a new Gff output, which corresponds to the region of two successive Elements. - - interElementGff.pl -i $inputFile - - #if $Optionf5ff.option == "Yes": - -f5ff $Optionf5ff.f5ffValue - #end if - - #if $Optionff3f.option == "Yes": - -ff3f $Optionff3f.ff3fValue - #end if - - #if $Optionf5fr.option == "Yes": - -f5fr $Optionf5fr.f5frValue - #end if - - #if $Optionff3r.option == "Yes": - -ff3r $Optionff3r.ff3rValue - #end if - - #if $Optionf3rf.option == "Yes": - -f3rf $Optionf3rf.f3rfValue - #end if - - #if $Optionfr5f.option == "Yes": - -fr5f $Optionfr5f.fr5fValue - #end if - - #if $Optionf3rr.option == "Yes": - -f3rr $Optionf3rr.f3rrValue - #end if - - #if $Optionfr5r.option == "Yes": - -fr5r $Optionfr5r.fr5rValue - #end if - - #if $Optionr5ff.option == "Yes": - -r5ff $Optionr5ff.r5ffValue - #end if - - #if $Optionrf3f.option == "Yes": - -rf3f $Optionrf3f.rf3fValue - #end if - - #if $Optionr5fr.option == "Yes": - -r5fr $Optionr5fr.r5frValue - #end if - - #if $Optionrf3r.option == "Yes": - -rf3r $Optionrf3r.rf3rValue - #end if - - #if $Optionr3rf.option == "Yes": - -r3rf $Optionr3rf.r3rfValue - #end if - - #if $Optionrr5f.option == "Yes": - -rr5f $Optionrr5f.rr5fValue - #end if - - #if $Optionr3rr.option == "Yes": - -r3rr $Optionr3rr.r3rrValue - #end if - - #if $Optionrr5r.option == "Yes": - -rr5r $Optionrr5r.rr5rValue - #end if - - -o $outputFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - command example: interElementGff.pl -i ${i}_annot.gff -o ${i}_trans_IG.gff -f5ff 10 -ff3f 30 -f5fr 10 -ff3r -10 -f3rf -10 -fr5f 10 -f3rr -10 -fr5r 10 -r5ff 10 -rf3f 30 -r5fr 10 -rf3r -10 -r3rf 30 -rr5f 10 -r3rr 30 -rr5r 10 - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/listGff.sh --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/listGff.sh Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -#!/bin/bash -awk '{print $3}' $1 | grep "[[:alpha:]]" | sort -n | uniq -c - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/prepareAnnot.sh --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/prepareAnnot.sh Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,5 +0,0 @@ -#!/bin/bash -python $GALAXY_ROOT/tools/repet_pipe/SMART/Java/Python/clusterize.py -f gff -i $1 -o intermedia.gff3 -c -d 150 -awk '{if ($3!="exon") {print $0}}' intermedia.gff3 > intermedia.gff -#perl sortGff.pl -i intermedia.gff > $2 -python $GALAXY_ROOT/tools/repet_pipe/SMART/Java/Python/CollapseReads.py -i intermedia.gff -f gff -o $2 diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/prepareAnnot.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/prepareAnnot.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,15 +0,0 @@ - - Prepares Annotation file -> clusterizes, filters exon and sorts annotations. - prepareAnnot.sh $inputFile $outputFile - - - - - - - - - - command example: sh prepareAnnot.sh NC_011744r_annot_tmp1.gff NC_011744r_annot_pre1.gff - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/seedGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/seedGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,91 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : extension des UTR5 à partir des clusters de reads -# -# Entrees : fichier gff annotation + cluster -# -# Sortie : UTR5.gff -# -###------------------------------------------------------ -use vars qw($USAGE); -use strict; -use Getopt::Long; - -=head1 NAME - -seedGff.pl - -=head1 SYNOPSIS - -% seedGff.pl -i annotation.gff -p BeginPosFromAtg [-l lgSeed | -e EndPosFromAtg ] [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will parse input gff file and write information in gff3 format. - - -i|--input fileName gff input file name of annotations - -p|--pos BeginPosFromAtg greather positive number for the begin position of the seed from Atg - [-l|--length seedLength] lentgth of the seed to compute (default 4nt) - [-e|--end seedEnd] end of the seed to compute (smaller positive number) - -o|--output fileName gff output file name - [-h|--help] help mode then die - -=head1 AUTHOR - Claire Toffano-Nioche - mar.11 - from Claire Kuchly initial script - -=cut -#----------------------- -my ($inFileName, $beginSeed, $endSeed, $lgSeed, $outFileName) = ("", 0, 0, 0, "SEED.gff") ; - # command line check - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { - $inFileName=$ARGV[$num+1]; - open (INGFF, "< $inFileName" ) or die "Can't open gff file: \"$inFileName\"\n" ; - last }; - /--pos|-p/ && do { - $beginSeed=$ARGV[$num+1]; - last }; - /--end|-e/ && do { - $endSeed=$ARGV[$num+1]; - last }; - /--length|-l/ && do { - $lgSeed=$ARGV[$num+1]; - last }; - /--output|-o/ && do { - $outFileName=$ARGV[$num+1]; - last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } - open(UTR5,">$outFileName") or die "Error can't $outFileName open for output. $!\n"; - if (($endSeed > 0) and ($lgSeed > 0)) { - print "Error : only -e or -l definition, not both\n"; - exec("pod2text $0\n") ; die ; - } elsif ($lgSeed > 0) { - print "ERROR : Lg Seed => TODO \n"; - } - - #Création des fichiers de filtres (séquences UTR) : - #print "Création des fichiers de séquences !\n"; -###Creer les fichiers des séquences en 5' et 3' des gènes. -###Seed pour les clusters en 5' : il faut qu'ils soient encrés sur le -20 par rapport à l'ATG. Donc seed de -22/-18. - while(my $ligne = ){ - chomp($ligne); - my @list = split(/\t/,$ligne) ; - my $finUTR5 ; - my $debUTR5 ; - my $strand = $list[6] ; - if($strand eq "+"){ - $finUTR5 = $list[3]-$endSeed; - $debUTR5 = $list[3]-$beginSeed; - } elsif($strand eq "-"){ - $debUTR5 = $list[4]+$endSeed; - $finUTR5 = $list[4]+$beginSeed; - } - if($debUTR5 < 0){$debUTR5 =0;} - if($finUTR5 < 0){$finUTR5 =0;} - print UTR5 "$list[0]\t$list[1]\t5UTR\t$debUTR5\t$finUTR5\t$list[5]\t$list[6]\t$list[7]\t$list[8]\n"; - } - close INGFF; - close UTR5; -exit(0); diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/seedGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/seedGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,35 +0,0 @@ - - Creates the seed from -15 to -25 bp before ATG - seedGff.pl -i $inputFile -p $startPosFromAtg -e $endPosSeed - #if $optionSeedSize.seedSize == "Yes": - -l $optionSeedSize.seedLength - #end if - -o $outputFile - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - command example: perl seedGff.pl -i input_annot.gff -p 25 -e 15 -o output_cis_seed.gff - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/sortGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/sortGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,88 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : ajout ou modif de couleur d'un gff -# -# Entrees : fichier gff -# -# Sortie : gff affiche a l'ecran -# -###------------------------------------------------------ - -#!/usr/bin/perl -w - -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -sortGff.pl - sort a gff file - -=head1 SYNOPSIS - -% sortGff.pl -i file.gff [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will sort a gff file (only when inversion of two successive lines). - - -i|--input fileName gff input file name - -o|--output fileName gff3 output file name - [-h|--help] help mode then die - -=head1 AUTHOR - Claire Toffano-Nioche - mar.11 - -=cut - -#----------------------- -my ($fileName, $colourGff, $outFileName) = ("", "", "sortOut.gff3") ; - # command line check - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { - $fileName=$ARGV[$num+1]; - open ( fichierGff, "< $fileName" ) or die "Can't open gff file: \"$fileName\"\n" ; - last }; -# /--output|-o/ && do { -# $outFileName=$ARGV[$num+1]; -# last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } - # informations retrieval -# open(OUT,">$outFileName") or die "Error can't $outFileName open for output. $!\n"; - my @lines = ; - close fichierGff ; - # treatment - #print "gff file read ; number of lines : $#lines\n"; - my $previous = 0; - my $i = 0; - #print "$#lines\n" ; - while ($i <= $#lines) { - my @infos = split('\t', $lines[$i]) ; - #print "info[3]:$infos[3]; prv:$previous!\n"; - if ($infos[3] < $previous) { - &exchange($i, $infos[3]) ; - $previous=$infos[3] ; - $i--; - } - $previous=$infos[3]; - $i++; - } - for (my $i=0 ; $i <= $#lines ; $i++) { -# print OUT $lines[$i] ; - print $lines[$i] ; - } -#close OUT ; -exit(0); -#----------------------- -sub exchange { - my ($index, $position) = @_ ; - my @info_col = split("\t", $lines[$index-1]) ; - if ($info_col[3] > $position) { - #print "$lines[$index]"; - my $line_to_push = $lines[$index-1] ; - $lines[$index-1] = $lines[$index] ; - $lines[$index] = $line_to_push ; - } else { - print "TODO : push > one line\n" ; - } -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/sortGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/sortGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,15 +0,0 @@ - - Sorts a gff file. - sortGff.pl -i $inputFile > $outputFile - - - - - - - - - - command example: perl sortGff.pl -i *_unsort.gff3 > *_sort.gff3 - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/splitTranscriptGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/splitTranscriptGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,189 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# Main : defining utr and intergenic operonic intervalles from a transcripts file following a referencies file -# -# Input : 2 gff files to intersect, transcript queries vs referencies -# -# Output : resulting gff file printing to standard output -# -###------------------------------------------------------ -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -splitTranscriptGff.pl - compare 2 input gff files and define utr and intergenic operonic intervalles by couple of overlapping elements - -=head1 SYNOPSIS - -% intervallsExtractorGff.pl -i referencies.gff -j transcriptQueries.gff -s strand [-h] - -=head1 DESCRIPTION -This script will intersect 2 gff files and compute distance between 2 successives lines. Take care both of sorting by positions the input files and of that referencies are included in transcriptQueries. - - -i|--input1 fileName gff input file name: included elements - -j|--input2 fileName gff input file name: extended elements - [-s|--strand] [s|d] s for single strand (colinear) or d for double strands (antisense) [default d] - [-h|--help] help mode then die - -=head1 USECASE -Define many fragments for each extended element (transcript): UTR5, gene, UTR3, "inOperon" for intergenomic region between 2 genes -intervallsExtractorGff.pl -i CDSannotations.gff -j RNAseqTranscripts.gff > UTRsGenesOperonsLists.gff; - -=head1 KWON BUGS -No disjonction of overlapping elements of the included elements (-i file). -In usecase, overlapping genes are fused in one long gene. - -=head1 AUTHOR -Claire Toffano-Nioche - sep.11 - -=cut -#----------------------- -sub feedPositionTab { my ($val, $pF, $pB, @info) = @_ ; - #print "feedPositionTab::$#info, ", ($#info+1)/4," \n"; - for (my $i=0 ; $i <= $#info ; $i+=4) { # for each extended element - #print "....$info[$i+2]\n"; - if ($info[$i+3] =~ /\+/) { - for (my $c = $info[$i+1] ; $c <= $info[$i+2] ; $c++) { @$pF[$c]=$val } ; # sequence Forward - } else { - for (my $c = $info[$i+1] ; $c <= $info[$i+2] ; $c++) { @$pB[$c]=$val } ; # sequence Backward - } - } - #print "feedPos...:: ", join(".", @$pF[0..100]), "\n"; - #print "feedPos...:: ", join(".", @$pB[0..100]), "\n"; -} -#----------------------- -sub recupInfo { my ($pInfo, @lines) = @_ ; - for (my $i=0 ; $i <= ($#lines+1)*4-1 ; $i+=4) { - my @line = split("\t",$lines[$i/4]); - push(@$pInfo, $line[0], $line[3], $line[4], $line[6]) ; # 0=nom, 3=debut, 4=fin, 6=sens - } - #print "recupInfo::fin=", ($#lines+1)*4, "\n" ; -} -#----------------------- -sub tagName { my ($seqN, $posB, $posE, $strand) = @_ ; - my $tagN=$seqN.$strand.$posB."..".$posE; - #print "tagName:",join("_",@_)," et tagName:$tagN\n"; -return $tagN; -} -#----------------------- -sub transitionAnalysis { -my ($pos, $seq, $s, $pdebAmont, $pfinAmont, $pdebIn, $pfinIn, $pdebAval, $pfinAval, $ptag) = @_ ; - my $enCours = 0 ; my $precedant = 0 ; - $enCours = @$ptag[$pos] ; - $precedant = ($s =~ /\+/?@$ptag[$pos-1]:@$ptag[$pos+1]) ; - if ($enCours ne $precedant) { - #print "transi...:: $s, $pos, $precedant, $enCours\n"; - #print "transition::$$pdebAmont, $$pfinAmont, $$pdebIn, $$pfinIn, $$pdebAval, $$pfinAval\n"; - SWITCH: for ($precedant.$enCours) { - /01/ && do { $$pdebAmont = $pos ; last SWITCH ;}; - /02/ && do { $$pdebIn = $pos ; last SWITCH ;}; - /10/ && do { $$pfinAval = ($s =~/\+/?$pos-1:$pos+1) ; - if (($s =~ /\+/)and ($$pdebAval!=$$pfinAval)) { - printf "%s\tsplit\tutr3\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pdebAval, $$pfinAval, $s, &tagName($seq, $$pdebAval, $$pfinAval, $s) ; - #if ($$pdebAval==$$pfinAval) { print "transition 10 +\n"}; - } elsif ($$pfinAval!=$$pdebAval) { - printf "%s\tsplit\tutr3\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pfinAval, $$pdebAval, $s, &tagName($seq, $$pfinAval, $$pdebAval, $s) ; - #if ($$pfinAval==$$pdebAval){ print "transition 10 -\n"}; - } - $$pdebAval = 0 ; $$pfinAval = 0 ; - last SWITCH ; - }; - /12/ && do { $$pdebIn = $pos ; $$pfinAmont=($s =~/\+/?$pos-1:$pos+1) ; - my $type="utr5"; - if ($$pdebAmont == 0) { # in case of interOperon : utr5-CDS-interOperon-CDS-utr3 - $$pdebAmont=($s =~/\+/?$$pfinIn+1:$$pfinIn-1) ; - $type="inOperon" ; - } - if (($s =~ /\+/) and ($$pdebAmont!=$$pfinAmont)) { - printf "%s\tsplit\t%s\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $type, $$pdebAmont, $$pfinAmont, $s, &tagName($seq, $$pdebAmont, $$pfinAmont, $s) ; - # if ($$pdebAmont==$$pfinAmont) { print "transition 12 +\n"}; - } elsif ($$pfinAmont!=$$pdebAmont) { - printf "%s\tsplit\t%s\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $type, $$pfinAmont, $$pdebAmont, $s, &tagName($seq, $$pfinAmont, $$pdebAmont, $s) ; - #if ($$pfinAmont==$$pdebAmont) { print "transition 12 -\n"} ; - } - $$pdebAmont = 0 ; $$pfinAmont = 0 ; - last SWITCH ; - }; - /20/ && do { $$pfinIn=($s =~/\+/?$pos-1:$pos+1) ; - if (($s =~ /\+/) and ($$pdebIn!=$$pfinIn)) { - printf "%s\tsplit\tgene\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pdebIn, $$pfinIn, $s, &tagName($seq, $$pdebIn, $$pfinIn, $s) ; - } elsif ($$pfinIn!=$$pdebIn) { - printf "%s\tsplit\tgene\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pfinIn, $$pdebIn, $s, &tagName($seq, $$pfinIn, $$pdebIn, $s) ; - } - $$pdebIn = 0 ; $$pfinIn = 0 ; - last SWITCH ; - }; - /21/ && do { $$pdebAval=$pos ; $$pfinIn=($s =~/\+/?$pos-1:$pos+1) ; - if (($s =~ /\+/) and ($$pdebIn!=$$pfinIn)) { - printf "%s\tsplit\tgene\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pdebIn, $$pfinIn, $s, &tagName($seq, $$pdebIn, $$pfinIn, $s) ; - } elsif ($$pfinIn!=$$pdebIn) { - printf "%s\tsplit\tgene\t%s\t%s\t.\t%s\t.\tName=%s;\n", - $seq, $$pfinIn, $$pdebIn, $s, &tagName($seq, $$pfinIn, $$pdebIn, $s) ; - } - #$$pdebIn = 0 ; $$pfinIn = 0 ; - last SWITCH ; - }; - } - } - } -#----------------------- -my ($fileNameI, $fileNameE, $strand) = ("", "", 0) ; -# command line check -foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input1|-i/ && do { - $fileNameI=$ARGV[$num+1]; - open ( fichierGffI, "< $fileNameI" ) or die "Can't open gff file: \"$fileNameI\"\n" ; - last }; - /--input2|-j/ && do { - $fileNameE=$ARGV[$num+1]; - open ( fichierGffE, "< $fileNameE" ) or die "Can't open gff file: \"$fileNameE\"\n" ; - last }; - /--strand|-s/ && do { - if ($ARGV[$num+1] eq "s") { $strand=1}; - last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } -} -# memory declarations: -my @infoI ; my @infoE ; -my $seqName ; -my @tagF ; my @tagB ; # Forward and Backward sequence -# data retrieval: -my @linesI = ; my @linesE = ; -close fichierGffI ; close fichierGffE ; - #print "gff files read ; number of lines : $#lines1 + $#lines2\n"; - # positions management -&recupInfo(\@infoI, @linesI) ; -&recupInfo(\@infoE, @linesE) ; -# treatement: -# transform gff lines into chromosomal position tags : 0 for nothing, 1 resp. 2 for extended resp. included elements -if (($#infoI) and ($#infoE)) { - $seqName=$infoI[0] ; - #print "fin : $infoE[$#infoE-1]\n"; - for (my $i=0 ; $i <= $infoE[$#infoE-1] ; $i++) { $tagF[$i] = 0 ; $tagB[$i] = 0 ; } ; # "O" tag in all chr. positions - #print "seqName : $seqName\n" ; - &feedPositionTab(1, \@tagF, \@tagB, @infoE) ; # "1" tag for all extended elements - &feedPositionTab(2, \@tagF, \@tagB, @infoI) ; # "2" tag for all included elements - #print join("", @tagF), "\n"; - #print join("", @tagB), "\n"; - # transition management: - my ($beginUpstream, $endUpstream, $beginIncluded, $endIncluded, $beginDownstream, $endDownstream) - = (0, 0, 0, 0, 0, 0) ; - for (my $i=1 ; $i <= $#tagF-1 ; $i+=1) { - &transitionAnalysis($i, $seqName, "+", \$beginUpstream, \$endUpstream, \$beginIncluded, \$endIncluded, \$beginDownstream, \$endDownstream, \@tagF) ; - } - ($beginUpstream, $endUpstream, $beginIncluded, $endIncluded, $beginDownstream, $endDownstream) = ($infoE[$#infoE-1], $infoE[$#infoE-1], $infoE[$#infoE-1], $infoE[$#infoE-1], $infoE[$#infoE-1], $infoE[$#infoE-1]) ; - for (my $i=$#tagB-1 ; $i >= 1 ; $i-=1) { - &transitionAnalysis($i, $seqName, "-", \$beginUpstream, \$endUpstream, \$beginIncluded, \$endIncluded, \$beginDownstream, \$endDownstream, \@tagB) ; - } -} -exit(0) ; diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/splitTranscriptGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/splitTranscriptGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,21 +0,0 @@ - - Define UTRs and intergenic operonic regions from a transcript file and following a reference file - - splitTranscriptGff.pl -i $referenciesFile -j $transcriptsFile > $outputFile - - - - - - - - - - - - - Note that iputs files should be sorted by increasing positions and that expressed referencies should be included in transcripts. - - Command example: perl splitTranscriptGff.pl -i annotations.gff -j transcripts.gff > TUTag.gff3 - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/strictlyIncludeGff.pl --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/strictlyIncludeGff.pl Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,79 +0,0 @@ -#!/usr/bin/perl -w -### -# But : protocol permettant la detection d'RNA non codant potentiel -# -# Entrees : fichier de mapping Smart gff3 -# fichier gff des gènes -# fichier gff des clusters Cis regulateur potentiel -# -# Sortie : fichier gff des clusters ARN nc -# -###------------------------------------------------------ - -use vars qw($USAGE); -use strict; - -=head1 NAME - -protocol_NC_V2_CTN3.pl - -=head1 SYNOPSIS - -% strictlyIncludeGff.pl -i toSelect.gff3 -t template.gff3 > result.gff3 - -=head1 DESCRIPTION - -strictlyIncludeGff.pl - print elements strictly include in template (gff files) - - -i|--input fileName gff input file name - -t|--template fileName gff template file name - [-h|--help] help mode then die - -=head1 AUTHOR - CTN - mar.11 -(from RNA-Vibrio/protocol_NC_V2_CTN3.pl - Claire KUCHLY) - -=cut - -#---------------------------------------------------------------------------- -# check command line : -my $outFileName = "outSIG.gff3"; -if ($#ARGV==0) { - die (exec("pod2text $0\n")); -} else { - foreach my $num (0 .. $#ARGV) { - SWITCH: for ($ARGV[$num]) { - /--input|-i/ && do { open(ARN,"<$ARGV[$num+1]") - or die "Error: Can't open \"$ARGV[$num+1]\", $!"; - last }; - /--template|-t/ && do { open(SEED,"<$ARGV[$num+1]") - or die "Error : Can't open file \"$ARGV[$num+1]\", $!"; - last }; - /--help|-h/ && do { exec("pod2text $0\n") ; die }; - } - } - ##NC_011753.2 RefSeq gene 367 834 . - . locus_tag=VS_0001;db_xref=GeneID:7162789 -# open(OUT,">$outFileName") or die "Error can't $outFileName open for output. $!\n"; - my @seed ; - my $s=0; - while (my $seedLine = ) { - my @list = split(/\t/,$seedLine); - $seed[$s][0]= $list[3] ; # position begin seed - $seed[$s][1]= $list[4] ; # position end seed - $seed[$s][2]= $list[6] ; # seed sens - $seed[$s][3]= $list[0] ; # chromesome name - $s++; - } - close SEED ; - while(my $ligne = ){ - $s=0; - my @list = split(/\t/,$ligne); - while (($s <= $#seed)) { - if (($seed[$s][3] eq $list[0]) and ($seed[$s][0] <= $list[3]) and ($seed[$s][1] >= $list[4]) and ($seed[$s][2] eq $list[6])) { # if list include in seed + same direction - print "$ligne"; - } - $s++; - } - } - close ARN ; - exit(0); -} diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/strictlyIncludeGff.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/strictlyIncludeGff.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,17 +0,0 @@ - - Prints the elements which are strictly included in the template. - strictlyIncludeGff.pl -i $inputFile -t $template > $outputFile - - - - - - - - - - - - command example: perl strictlyIncludeGff.pl -i toSelect.gff3 -t template.gff -o result.gff3 - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/writeResToHTML.py --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/writeResToHTML.py Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,124 +0,0 @@ -#! /usr/bin/env python - -import optparse, os, shutil -from optparse import OptionParser - - -def image(text, url): - return "
%s
" % (text, url) - - -def __main__(): - description = "Write all results in one HTML file." - parser = OptionParser(description = description) - parser.add_option("", "--input1Gff1", dest="input1Gff3_1", action="store", type="string", help="First gff3 result in the first analyse.(TRANS detection)") - parser.add_option("", "--input1Gff2", dest="input1Gff3_2", action="store", type="string", help="Second gff3 result in the first analyse. (TRANS detection)") - parser.add_option("", "--input1PNG1", dest="input1PNG1", action="store", type="string", help="PNG (getSize) result in the first analyse. (TRANS detection)") - parser.add_option("", "--input1PNG2", dest="input1PNG2", action="store",type="string", help="PNG (plot) result in the first analyse. (TRANS detection)") - parser.add_option("", "--input2Gff1", dest="input2Gff3_1", action="store", type="string", help="First gff3 result in the second analyse. (ANTISENSE detection)") - parser.add_option("", "--input2Gff2", dest="input2Gff3_2", action="store", type="string", help="Second gff3 result in the second analyse. (ANTISENSE detection)") - parser.add_option("", "--input2PNG1", dest="input2PNG1", action="store", type="string", help="PNG (getSize) result in the second analyse. (ANTISENSE detection)") - parser.add_option("", "--input2PNG2", dest="input2PNG2", action="store", type="string", help="PNG (plot) result in the second analyse. (ANTISENSE detection)") - parser.add_option("", "--input3Gff1", dest="input3Gff3_1", action="store", type="string", help="First gff3 result in the third analyse. (CIS detection)") - parser.add_option("", "--input3Gff2", dest="input3Gff3_2", action="store", type="string", help="Second gff3 result in the third analyse. (CIS detection)") - parser.add_option("", "--input3PNG1", dest="input3PNG1", action="store", type="string", help="PNG (getSize) result in the third analyse. (CIS detection)") - parser.add_option("", "--input3PNG2", dest="input3PNG2", action="store", type="string", help="PNG (plot) result in the third analyse. (CIS detection)") - parser.add_option("", "--outHTML", dest="outHTML", action="store", type="string", help="An HTML output.") - parser.add_option("", "--outImgDir", dest="imgDir", action="store", type="string", help="Copy all result images into imgDir, for Galaxy option.") - (options, args) = parser.parse_args() - - - if not os.path.exists(options.imgDir): - os.makedirs(options.imgDir) - - shutil.copy(options.input1PNG1, options.imgDir) - shutil.copy(options.input1PNG2, options.imgDir) - shutil.copy(options.input2PNG1, options.imgDir) - shutil.copy(options.input2PNG2, options.imgDir) - shutil.copy(options.input3PNG1, options.imgDir) - shutil.copy(options.input3PNG2, options.imgDir) - - - outfile=open(options.outHTML, "w") - #print >>outfile, "The results for ncRNAs detections." - print >>outfile, "

The results for ncRNAs detections.

" - - #write results for the first analysis - print >>outfile, "
The results of intergenic sRNAs detection.(TRANS)
" - print >>outfile, "
The results of comparison to already known ncRNA to validate some candidates.

" - input1Gff1 = open(options.input1Gff3_1, "r") - lines = input1Gff1.readlines() - input1Gff1.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - print >>outfile, "

The results of comparison to already known ncRNA to see which ncRNAs are not detected.

" - input1Gff2 = open(options.input1Gff3_2, "r") - lines = input1Gff2.readlines() - input1Gff2.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - img_input1PNG1 = os.path.basename(options.input1PNG1) - image1=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input1PNG1) - print >>outfile, "%s" % image1 - print >>outfile, "

" - img_input1PNG2 = os.path.basename(options.input1PNG2) - image2=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input1PNG2) - print >>outfile, "%s" % image2 - print >>outfile, "

" - - - #write results for the second analysis - print >>outfile, "

The results of asRNAs detection.(ANTISENSE)
" - print >>outfile, "
The results of comparison to already known ncRNA to validate some candidates.

" - input2Gff1 = open(options.input2Gff3_1, "r") - lines = input2Gff1.readlines() - input2Gff1.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - print >>outfile, "

The results of comparison to already known ncRNA to see which ncRNAs are not detected.

" - input2Gff2 = open(options.input2Gff3_2, "r") - lines = input2Gff2.readlines() - input2Gff2.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - img_input2PNG1 = os.path.basename(options.input2PNG1) - image1=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input2PNG1) - print >>outfile, "%s" % image1 - print >>outfile, "

" - img_input2PNG2 = os.path.basename(options.input2PNG2) - image2=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input2PNG2) - print >>outfile, "%s" % image2 - print >>outfile, "

" - - - #write results for the third analysis - print >>outfile, "

The results of long 5'UTRs detection.(CIS)
" - print >>outfile, "
The results of comparison to already known ncRNA to validate some candidates.

" - input3Gff1 = open(options.input3Gff3_1, "r") - lines = input3Gff1.readlines() - input3Gff1.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - print >>outfile, "

The results of comparison to already known ncRNA to see which ncRNAs are not detected.

" - input3Gff2 = open(options.input3Gff3_2, "r") - lines = input3Gff2.readlines() - input3Gff2.close() - for line in lines: - print >>outfile, "%s

" % line - print >>outfile, "

" - img_input3PNG1 = os.path.basename(options.input3PNG1) - image1=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input3PNG1) - print >>outfile, "%s" % image1 - print >>outfile, "

" - img_input3PNG2 = os.path.basename(options.input3PNG2) - image2=image("Resulting image : get the candidates sizes distribution.", img_input3PNG2) - print >>outfile, "%s" % image2 - print >>outfile, "

" - - -if __name__=="__main__": __main__() diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/writeResToHTML.xml --- a/SMART/bacteriaRegulatoryRegion_Detection/writeResToHTML.xml Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,36 +0,0 @@ - - Write all ncRNAs analysis results into an HTML file (Only for ncRNAs analysis pipeline). - writeResToHTML.py - --input1Gff1 $input1GffFile1 --input1Gff2 $input1GffFile2 --input1PNG1 $input1PNGFile1 --input1PNG2 $input1PNGFile2 - --input2Gff1 $input2GffFile1 --input2Gff2 $input2GffFile2 --input2PNG1 $input2PNGFile1 --input2PNG2 $input2PNGFile2 - --input3Gff1 $input3GffFile1 --input3Gff2 $input3GffFile2 --input3PNG1 $input3PNGFile1 --input3PNG2 $input3PNGFile2 - --outHTML $outHTML - --outImgDir $outHTML.files_path - 2> $log - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - diff -r 94ab73e8a190 -r 9bcfa7936eec SMART/data/REF.fasta --- a/SMART/data/REF.fasta Mon Apr 29 03:20:15 2013 -0400 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,33148 +0,0 @@ ->C10HBa0111D09_LR276 15142 24441 |Longueur=9300 -GAACAAACAACCCCTTTTTGGAGGTGTTGGCGCGTCGTGCAGCTTACACTCAAAAGTTAA -AAAGTTGCCTTGCGATGCGGTCATGTTACAAACCTCTCTGCCTTAAATTAAATTCCATAA -CCAAGATTTGGAGGTGCCTCAACGATGCGCAGCCATGTCCCATATTTGGTCGCCTCGTTT -AAAAGTCAAGTTAGACTTAATTAAGAGGTCCAACTAGTGTAGGGGCGTTTTGAGTACTTG -TGGGATTTATTATAAACGGTTTTGAGTCACTTTAAACCCACTTCACCAATTAAAACAAAA -TCCTCAAGTTAAAACTCAATATCTTTCCATTCTCTCTCTCTAAAACCTTCATTGGAGATA -TTTGAAGCTCCACGGAAGAAGGTTAATTTTCCAAGGTTTCAATGAAAATTTCGTGTATAG -GTCTTCAATAAGGTATGGTGATTTCATCCTTGATTCTTCTATCATTCAAGGATCCAATTC -AAAGGTTTTTCAAAAGATCTCAAAAATCCTATTTCGAATTCTAAGTATGGGTTCTTCCAT -TTAAAGGTTTAAATGGATGAATTATGATGTTTTCAATGTTAGTTGATGTTTTTATGATAA -AAAAACTCCATGAACCCATGAGCATCCTAATTCTCTAATTTTGTCTTGTAAATTGAGTTT -GATAATTGTGATTGGTTATGGATGGAATTGTATTTAGATTGCTCTATATTGTTGATTCTT -ATTGTTAACCTATCTCTATATATGTAGAATTGAGATTGTAAGGATGAGTTAGTAATCTTG -GCTTTATGGGCTTTCGAATCCGGGTTTACCCCCTGGATGTAACCGGCATCCTCGCCCTTT -TTCAAGGACTAAGACCAACCTTTTAGTCTCATGTCATTACATTCATAGGTTGACAAATGC -GGAAAAATTTAAAACTTTCATTATCACTACTTGGAGGTTTACATAGACCTCTACATACAC -ATAAGATATATTCATATAGAGTATACATAGACCCTTCGTATAGGAAGGTTACATAGCCAT -CTACTTTTATTACACATACATATATATAAAATATAAAAATAGTCTAACGATTGTCTCATC -TCATACCCTCTAAACGATTATCACAATATGGGCATAACCCTTACATCAATCAAACAAGAG -CACATATAGGTCATACAAAAGTATAGTACTCAATTAAAAAGGAAAGAAATGAAAGAGTCT -TTAAGCTCATAACAAGTCCATAAGCTAGATTATGGCATTGACCTCAAAAGTTGAGGACCT -TATGTGCGTACACAAGCAAAACATGCTAAAAAGGGACTTTTTAGTCAAAACATGCCCATT -TATCCCTTTAAGAACCTACTACAAAGCCAACAAGTCATACCAACCAACCAAACATGCTTA -CTATCTCAACAAGTAATACTTATCCCAACATACTTGAAACCATGATTTACTACAACCCTA -TCACCAAGGAAAAATATCACAAGAATGAATAAGAGTCAATCATATCATGATAGAGAGACA -ACTATTCATGAATCCTTATCAACTCAACAAGTGCAATAACCAAGCAAAGCCTCATAACCT -TACTCAATCAAGTATCCTCAAAAAGAAACCATGACCAATGTCCAACTTTACCTAACATAG -CATTTAGGTTTACATTTTATCATATATTAACATTATGACCCAAGGCATACTCATTAGTAA -ACTAATTAATATATAATATCAACAATGTGCCATAGTAATCATATATACATAATATATCAT -CATAACATAAACATATATAAAAACCTCCTTCTAAGACTCCCCTCAAGGCTAACTAGTGAA -ATGTTTAGGTAGAGCCCCATACCCCTACCTAGATTAAGCTAGACCCCTTAGGTTATCCAA -GTTAGAGTTCAAGTCCTTTAATTCGTTTTACCTTTTGGGAACATCTTGCCCTAACCGACA -TAGACCACATGAGCTAGTGTGGGATACGGTTCCAAAAAACCCTACACAGAAAGAAGGCGG -ACTACTTGCCAAAGTATTACCAAAACATGAAACATAGCAACTACGTTGATCCACTAGCAA -GTATTTCTATAGGGGCAACATAGTTCAAGAACTCTGAGATATACTTGAGACCCTCTTTAT -GCGCCATGCATTATAGTCTCCAACCTCAAGAGTAATGTAGTGTTCCTACCTTCCCCATGT -GAGAAAGGACACTCCTCAATCTAGTTCACTCGGTGCTAAGCTAGAGACCCTTTTTGAAAT -GTCTTTAAGCCTTTAATTATCAATCATAGCTTAGCTTAGGTCATAGGGTATATCTCTTGT -ATAATCATCATCATCAATAGCTCAATAATAATTGTATGAGTATAAGTCCTTTCATCACAA -TTCATATAAGTGAGGTTAACATGTTAGCATTTCATTGCATATCAAGAAACATTGATGATT -CTTACCATCCTTGTATCACATACACCTTAATCAATCTCACAACATAGTCAGGACATATCA -ATTCAACATCATACCACCCTATAATCCTAATATAAGGCATACTCCAATATAACTTCACGT -CTTAACAAAAATTTATCACAATTGGAATTAAAGATAGAGATTCTAAGACTTAACAAGTCT -TCCTTGTAGTTCATCATCAAGGTCTTACCATCAACCCATAACTCAACCAAGTTTGGGGAG -TAACATCATCACACAATGATAATCAATAGGATAACAAGGCTAATTTCATCTCTATAACAC -AATTCAACACTAGATCATAACTTAAGACAAGATACATAGGCTAATTTCACACTATAATTC 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