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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/bgruening/galaxytools/tree/master/tools/hifiasm commit ed3c07cc67bacb7c1c5a929d5f427536a35db5ca |
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hifiasm.xml |
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test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa test-data/hifiasm-out1-ont-processed.gfa test-data/hifiasm-out1-ont-raw.gfa |
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| diff -r 170061c052ad -r 5d365d5cbe9d hifiasm.xml --- a/hifiasm.xml Mon Mar 10 08:09:25 2025 +0000 +++ b/hifiasm.xml Mon Mar 24 18:10:21 2025 +0000 |
| [ |
| b'@@ -1,7 +1,7 @@\n <tool id="hifiasm" name="Hifiasm" version="@TOOL_VERSION@+galaxy@VERSION_SUFFIX@">\n <description>haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads</description>\n <macros>\n- <token name="@TOOL_VERSION@">0.24.0</token>\n+ <token name="@TOOL_VERSION@">0.25.0</token>\n <token name="@VERSION_SUFFIX@">0</token>\n <token name="@FORMATS@">fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz</token>\n <xml name="reads">\n@@ -72,6 +72,9 @@\n #end if\n #end if\n hifiasm\n+ #if str($mode.mode_selector) == \'ont\':\n+ --ont\n+ #end if\n -t \\${GALAXY_SLOTS:-1}\n -o output\n -f $filter_bits\n@@ -88,6 +91,8 @@\n #if $advanced_options.hg_size\n --hg-size $advanced_options.hg_size\n #end if\n+ --rl-cut $advanced_options.rl_cut\n+ --sc-cut $advanced_options.sc_cut\n \n #end if\n #if str($assembly_options.assembly_selector) == \'set\':\n@@ -181,11 +186,15 @@\n <conditional name="mode">\n <param name="mode_selector" type="select" label="Assembly mode">\n <option value="standard">Standard</option>\n+ <option value="ont">ONT</option>\n <option value="trio">Trio mode</option>\n </param>\n <when value="standard">\n <expand macro="reads"/>\n </when>\n+ <when value="ont">\n+ <expand macro="reads"/>\n+ </when>\n <when value="trio">\n <expand macro="reads"/>\n <conditional name="trioinput">\n@@ -303,6 +312,8 @@\n </sanitizer>\n <validator type="regex">[0-9kKmMGg]+</validator>\n </param>\n+ <param argument="--rl-cut" type="integer" min="0" value="1000" optional="true" label="ONT Read length cutoff" help="Filter out ONT simplex reads shorter than specified length for assembly"/>\n+ <param argument="--sc-cut" type="integer" min="0" value="10" optional="true" label="ONT Base Quality Score cutoff" help="Filter out ONT simplex reads with mean base quality score specified value for assembly"/>\n </when>\n </conditional>\n <conditional name="scaffolding_options">\n@@ -319,18 +330,18 @@\n <param name="bins_out" type="boolean" label="Output .bin files (used for development and debugging)?" truevalue="yes" falsevalue="no"/> \n </inputs>\n <outputs>\n- <!--Standard mode-->\n+ <!--Standard and ONT mode-->\n <data name="raw_unitigs" format="gfa1" from_work_dir="output.r_utg.gfa" label="${tool.name} on ${on_string}: haplotype-resolved raw unitig graph for pseudohaplotype assembly">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n </data>\n <data name="processed_unitigs" format="gfa1" from_work_dir="output.p_utg.gfa" label="${tool.name} on ${on_string}: processed unitig graph for pseudohaplotype assembly">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n </data>\n <data name="primary_contig_graph" format="gfa1" from_work_dir="output.p_ctg.gfa" label="${tool.name} on ${on_string}: primary assembly contig graph for pseudohaplotype assembly">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'blank\'</filter>\n </data>\n <data name="alternate_contig_graph" format="gfa1" from_work_dir="output.a_ctg.gfa" '..b'ter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n </data>\n <data name="hic_acontig_graph" format="gfa1" from_work_dir="output.hic.a_ctg.gfa" label="${tool.name} ${on_string}: Hi-C alternate contig graph">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n </data>\n <data name="hic_balanced_contig_hap1_graph" format="gfa1" from_work_dir="output.hic.hap1.p_ctg.gfa" label="${tool.name} ${on_string}: Hi-C hap1 balanced contig graph hap1">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n </data>\n <data name="hic_balanced_contig_hap2_graph" format="gfa1" from_work_dir="output.hic.hap2.p_ctg.gfa" label="${tool.name} ${on_string}: Hi-C hap2 balanced contig graph hap2">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n </data>\n <data name="hic_raw_initig" format="gfa1" from_work_dir="output.hic.r_utg.gfa" label="${tool.name} ${on_string}: Hi-C raw unitig">\n- <filter>mode[\'mode_selector\'] == \'standard\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n+ <filter>mode[\'mode_selector\'] != \'trio\' and hic_partition[\'hic_partition_selector\'] == \'set\'</filter>\n </data>\n <!--Trio outputs with Hi-c reads-->\n <data name="hap1_contigs_hic" format="gfa1" from_work_dir="output.hic.bench.r_utg.gfa" label="${tool.name} on ${on_string}: raw unitig graph">\n@@ -436,13 +447,13 @@\n <has_size value="83914" delta="500"/>\n </assert_contents>\n </output>\n- <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1" >\n+ <output name="hic_balanced_contig_hap1_graph" ftype="gfa1">\n <assert_contents>\n <has_text_matching expression="^S"/>\n <has_size value="83914" delta="500"/>\n </assert_contents>\n </output>\n- <output name="hic_raw_initig" ftype="gfa1" >\n+ <output name="hic_raw_initig" ftype="gfa1">\n <assert_contents>\n <has_text_matching expression="^S"/>\n <has_size value="83904" delta="500"/>\n@@ -606,6 +617,15 @@\n </assert_contents>\n </output>\n </test>\n+ <!-- TEST 16: ONT mode -->\n+ <test expect_num_outputs="5">\n+ <param name="reads" location="https://zenodo.org/records/15075976/files/ont.fastq.gz" ftype="fasta.gz"/>\n+ <param name="filter_bits" value="0"/>\n+ <param name="mode_selector" value="ont"/>\n+ <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out1-ont-raw.gfa" ftype="gfa1"/>\n+ <output name="processed_unitigs" file="hifiasm-out1-ont-processed.gfa" ftype="gfa1"/>\n+ <output name="primary_contig_graph" file="hifiasm-out1-ont-primary.gfa" ftype="gfa1"/>\n+ </test>\n </tests>\n <help><![CDATA[\n .. class:: infomark\n@@ -622,6 +642,7 @@\n **Assembly mode**\n \n - *Standard*: Standard assembly can be run in pseudohaplotype mode, or with Hi-C phasing using Hi-C reads from the same individual.\n+- *ONT*: Enables direct, haplotype-resolved assembly of Oxford Nanopore simplex R10 reads with integrated error correction, optimizing for contiguity without requiring pre-corrected input.\n - *Trio*: When parental short reads are available, hifiasm can generate a pair of haplotype-resolved assemblies with trio binning.\n \n ----\n' |
| b |
| diff -r 170061c052ad -r 5d365d5cbe9d test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa Mon Mar 24 18:10:21 2025 +0000 |
| b |
| b'@@ -0,0 +1,69 @@\n+S\tptg000001l\tATTTAAATTTAATTTTATTATAAATTTTTAATTTAAAGCTTATCCCCTAATATATTAAATTTAAAATTTTTATAATTTTTATTATTAAATTATAAAATTATTTAAATTTTAAATTAAATTTATTTCTAAAATAACTAGATATATTTAAAAACGATTAACATTTCATTTCTAATTAATTATTTAAAATAATTATGCAACATTAACTTTTATAATTAATTAATTCTTTTAAATTCGAGATTTTTTTATAAAAAAAATATATTTAATAAACTCTGATACACAAGATACAACAAACCAAATTTTCTTTTAAATTAATTAATTTTCAATTATTTCAAATTTCTTTTACAATACTTAATTCCATATAAAATTTTAAATTTTTTCTATTAAAAATACTTTAACCCCCATTATTTATTTTTAACTTAAAAATTTTTTTTATTATTTTTATTTTATTAATTTTTCCCCCTCAAATTAATTAAATTTTAATTTCTTTTCAATGTAAATGAAATACTTTAAACAAGCTCTAATTTGTTCATTCTAGAAACACTTTCCAGTACCTCTACTTTGTTACGACTTATTTCAATTTTCAAATGAAAGTGACGGGCAATATGTACATATTTCAATTTTTAATCATTTTAATAAACTAATTAAAATTACATTTAAATCCACCTTCAAATTAATTTTAAAATTAAATTATTCATATTAAATTATTTTATTGTAATCCATTATATTCTTAATTATAATCTACATCTTGATCTGAATTAATTTTATTTAAAAATTTTTAAATATTATTTTTATTATAAAATATTTTTATAACAACGATATATAAAACAATAAATTAAGTAAATTTATTCGTGGATTATCAATTATTAAACAGATTCCTCTAAATGAACTAAAATACCGCCATATTATTTAAGTTTCAATATTTATTATTTACTATTTTAGTATTATAAATTAAATTTTTAATAGTAGGGTATCTAATCCTAGTTTATTATTAAATTTATTAAATCATAAAATTATCTTAAAATTTAATTAAATTAAAAATTTCACTTAATAATTTAATATTTATTTTAATTAATATTTTATTTATTAAATACTGAAATAATTTAATTTAATTTTTGTATAACCGCAACTGCTGGCACAAAATTAGTTATTAATTTTTATATTACTAAATCTTAATTTCTTAAATTTTTAATTTTAATTACTACAATTCTTATAATTATTATTAAAATAATTAAAATTTAATACTAAAATTTATATGTAAAATAAATTTATAATAAATTATAAAAAACATAAAAATTTTATTATTAATGTAATTTTACACATAGAATTTTTTTTTTTTTTTTATATTAAATGTATAATAAACATTAATAAATTTTTATTACTTCTCCTATTTTTTTTCTATAATATTCATATTAAATGTATATTTCATGATAATCCTAATACAGTTCATTTTAAATAAGAAATATTATTTAATAGATTTGAATTTTTCCAATAATTTATGAATTATTAATATATTAATTTATTAAATATATATATATATATGTATATTTATAATAAATTAAATATTTAATATTTATATATATATATTTATAATAAATTAAATATTTAATATAAATTTATATATATATATATATGTAATATATAAATAAAAATTTATTTGAGCCATTTGTAATATTTTTTATAATAAATATAAATAATAAAATTTAAAAATAAGCTAAATAAAGCTTTTGGGCTCATACCTCAAATATAAAGGAAATCCCTTTTTTTTAAAAATAAAGTGCCTGATAAAAGGATTATTCTGATAGAATAAATAATGTAATTTTTTACCTTTATTATATTTTATAGAATTAAACTATACCTAATAATTTCAAAAATTATTGTGCATCTTACACTAAAATATATTTATAAAAAAAATGATCATCTTCATTTAAGAAATACTTCTTATTTTAAATTTTATTTTTTTTTAATTCTAATAAAATATTTTTCTTATTTACTTTATTTTTTAGAACATTAATTTCAATTTCTTCTAATTCTTGATTAGGGTGTTGAATTGGATTAGAAATTAATCTATTAAGATTTATCCCCTTAATTGTAAATCCAAATAATTTATTAAATTCAGAAGCTTCATTAAAATATTTTTTAACTCAATCTATTGCATCAATTAATTTTTTATTTGCAATTATTTTAAATTTATTTTTAATAAAAAATTTTATTACAAATAATTTTATTTCTATTTTAATTAATTCCTCTATATTAATAAAAATAGGATCTACACCTTTTCATCATTGATTCCCTAATATTAGAGAAGGTCTTTCTTGATTAAATTGTTTTTTTTTAATAACTTGACAAAAAATTACCCCCATAATTTTATTATCATATTATTTTAATATAAACTTTTTAATATTTATTATAATTTTAAATGTTTTAATTGGAGCTATTGGAGGATTTAATCAAACTTCATTACGAAAATTAATAGCATTTTCTTCAATTAATAATTTAGGTTGAATATTGTCAGCTTTATTAATTAGAGAAAATTTATGAATAATTTATTTTTTTTTATATTCTTTTCTAATTAGTATTATGTGTTTTTTATTTTATATATTAAATATTTTTTATATTAATCAAATATTTAATTTTAATATTAATTTTTCTATTAAATTTTGTATTATAATTAATTTTCTTTCATTGGGAGGTCTTCCACCATTCCTAGGATTTTTCCCTAAATGATTAATTATTAATTATTTAATTTTAAATAAATTATATATTATTACATTCTTTTTTATTATAATAAGTTTAGTTATATTAATTTTTTATATTCGCATTATTTATTCCTCTTTTATATTTTTTTCTTTTAAATTTAAATGATTTAAAATTTTTATTAAAAATAATTTATTAATTTTAATTAATTTTCTTAGATTTCTTTCTTTATTAGGAATAATTTTTAGAACTTTATTTTTTTTTTAAGGTTTTAAGTTAATTTAAACTAATAATTTTCAAAATTATTTATAAAGAAATCTCTTTAAGCCTTAGTATTTATATACCCCATAAAATTTGCAATTTTATATCAAAATATGACTATAAGGCTTAGTAAAAGAGAATTTCTCGTTAATAAATTTACAATTTATCGCTTTATATCCCTCAGCCATTTTACTTTAGCGAAAATGACTTTTTTCTACTAATCATAAAGATATTGGAACTTTATACTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCACTTAGTCTTATTATCCGAACAGAATTAGGTAACCCAGGATCTCTAATTGGAAATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGACTTATCCCCCTTATACTAGGAGCCCCCGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTTCCCCCCTCTTTGATTTTGTTAATTTCAAGTAGTATTGTAGAAAATGGAGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCTCATGGTGGATCTTCTGTTGATCTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATCTCATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCCCTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACTGCATTATTACTTTTACTTTCTTTACCAGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATCGAAACTTAAATACTTCTTTTTTTGATCCAGCAGGAGGTGGTGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGTATAATTTCTCATATTATTTCCCAAGAAAGCGGTAAAAAAGAAACTTTTGGAAGTTTAGGTATAATTTA'..b'CTTCAGGAGAGGGGGAGGAGGAGAAGAGGATAGCTAGTTCTTTATCGACTAACTCTACGTGAGACCTATCAAGGGAGGTTGTGCTTGGAGAGCATTGGGCTTCTAGGCTATCAGCTAATAGCTCGGCCTTATCGACATCTTCAAAGGCGGGCGGGTGGTTAGGACGTATAAGCGGAGGGGTAGCTGAGACAGGGTCGGCTTTGAGAGCCCTAGCCAACCTGTAGTACGCTACATGCGATGGCGAGAGTTCGCTCAGCTTCCTGTCCCATTGTTCGTCGCGGAGTTCGGCAAGGCGAGCCTTTACCTCCCTCTGGGCTCTCCAGAGTTCTCTCCGGTTGTCAGCGGTCGGACATGCGTCATGGGCTCTACGTTTGGCGTTTTTATTTGTAATTAATTCTCTAGCGTCGTCCGGTAGTTGCTGGCGGATAAAACCGTTAGGCATTTCCCGGGAACAGGCGCTAAGAGCATCGCGGATGTGATTGGTTAGGTGCAGTGAGGCTGCATGCGCTTCGTCTAAGCTTTCTATGTTGTCAGGAATTTGAGAGAGGTGCACTGATTCTATGGACTTAAGATACTCAGAGAGTTTCTTGAAGTCAATGACTGTTTTGGTCGGGGGGGCTGCGTTGGGCGGGGGTCCTAGCCGGAGTAGGACGGGGCGATGGTCTGAACATAGTTCGGATAACACTTCCAAAGGACTCACCTGTAAGGTGATGTTCTTTAGCAGTGCTATGTCTAGTATGTCCGGTCGGTCAGTAGTCCGTTCTGTATTTGGATAACGAGTCGGTATGTCAGGGGCCAAAAGTATAAAATTAAGGTCCTGTCGGTTTGTCAGTCTTTCGAGTATAACTCCTCGTTGGTTTGTGGTGTTACAGTTCCAGCGGCGGTGTTTGGCGTTAAAATCTCCTGCCAGAATGACGGAGTCTCCGAGGGAGAAGAGTGAGCTGATGTCACTCTCTAGGAGTTGTTTTGTTGGTGAGAGATAGACAGATGCTAGTATGACCGTCGGATGGCCGGACATACTAACCTGACAAATAGATGCTTCCATGTTGGTTAGGGGAGGAGTGTCGAGAGGAGTGCAGTGAAGAGCCCTTCTATAGTAAATCGCGGTACCGCCGAGGGCGGTTGCTCTGTCGTTTCGTATTAAATTATAATTGGCAATTCGCGGATTGCTTCTACTAGGTTTTAAGAAGGTCTCTTGCACTAGGAGAATATCGATTTGATGTGCGCAGACAAATTCACGTACTTCATCTATTTGGTCGATAAGGCCGGCAGCATTGTAAAACGCGACCGTAAGGGAGTGTGGTTTGATTCTGCTATTATTTGTGTTGGCCATTTAGAGAGTCAAATAATTGTTTTACCGGAACGAAAAAGTCCATATGTTTTTGGAGGACTGTAACTATATCTGGGTTTGTCCTAACATCCCAGATGAATCTGTGCAATTTAATAAGGTCTATCGTCAGGAGAAGTTTGCTGAGGACATCGATGTTAGTGCTTGCATATGCATAAGCAGAGGCATCAGAATACTCATCTGAGTTGGCCTGATTGGCCGAATTGGGCGTTGTTGGTGAGGCCTGGGACGGTGTTGGTTGGGCGGGCTTAGCCGCGGAAGCTGGGCGATTGGCCCTGGGAAGAGGTTTGTCCCAAGCGTTGGTGGCCGGAGCCGGCGCCGGGACGAATGTTGGAGTCGGTTTGGAAGGGGTGGCAGGTTTGCGGCCGGCCGATTTGACCCTTCGCTTGGGTTCCTTGGGGGCTCTAGGGCATCCGCGATAGTTCGCAGGGTGCCCTTGAGACCTGCAAAGAACACAGCTTGGGGGCTCCTCGGTCGGTTGTGTCCTAGCGCAATCTGCCGTGCCGTGGTCTCCTAGGCACTTGACGCACCTAGGGCGGGCGAAGCAATTCCTAGCGGAATGGCCGTATAACTGGCAGCGATGACACTGCCCTAATCTACCGCGCTGACGAGGGGATTCGACCTTAAGGCCTGAAAGACGACATATTGCCGTGAGATTATAGATTTTCTTACCTTCTGGGGTAAGGTCTAGGATGACAAGAATCATCTCATAAGGAGATTTCGATTGAGCGTGGTACATACGATGTACCTCCTGAACTGGGAACCCTTGGGATACGAGATCGTCTTTAATTGCGTCGGTGTTTAATTCTTTTGGAATGTTGCGTACTACGACGCGGAGGACGCGCTCTTCGGGCAGAGCGTACGTGTGGAACCCTACGTTCTCTTGTCTGAGAACAGAGGTAAGACCCCGGTGGTCTTGGGAGGTAGGGCATTCTACTCTAATGCCTATGGCGGTGGAGCGTGCTTCAGAGAAGGTTATGCCTTTCTCTGTTAGGATCGGGAGGATACGCTGCCAGCTCAGCTTCTCTCTAATATAGAGAGGAGGGACTTTTTCCCTTACTGGTTCCTCCATCGGGGAGTCTTCCGACTCCTCTCCGGAGGAGGACTGGGTGGCGGAGGGACCTTGGGATTTGGGAGAATCTGAAGGATTTGTGGGTGGCGTGGCGGCAAGACCAACCTTCTTAGGAGGGTTTGCGCAGGATTTTGAGGCCTTTAGCTTTCGCTTTTGGCTTTTGGACTGGACGGGGGTAAAATCGTCCGATTCGGATGAGGCGGGAGAGGTCTCATTTTGAGGTTCCTCGGATATTGCTGGAAGAGCGATTCGGGCTACGGGACCAGGGATGGTCTTGGGCAGGGATGGTCTAGCGGGGGCGGCTGAAGGTCCAGAGAGGGGCAAGGAGAGAAGCTCCTTGGGTTTGGGGGGCGCGGGGGTGATCTCCATGGCTGTCGCCTGGGAGAGAGCAGTTGGCTGCCTGAAGGGCGGTTCGGTTGGCGGCATGACCGGGGGGACTGATGCAGGAGAGGAGCTATAAAAATAGCTCAAATATTCAGGACTGCGTTTTTGCAGATCCTCTAACAAAGCCTGGATATTAAAATTGTAATGAACTTGCTTCAGCGGGGCCCTAGTGGCCCCGAGAGCGGGTCGGTCAGTGGGTCGGGGGTCCATAGTGGACCCGGGGGCTGGATTTGTCCCCCCTGCCGGGGCAGGGAGGTGGGTACCTAAGGTGAATACCCTAGCTGAGTCCCCGTCCTTTGGAGACGGGGGTGTGGACCTATGCTGCGCTTAGAATAGTGTACTCACGGAATCCTAGACCCTGGAACTACACTACACTATACACAACGCTGGAACAATGTCCATCCACAACACTAGCACAATCACTTTCGGAGTCGGGCGGCACAACACTAGCGCGAGAGGAAAGTCGGAGCACTGCAGACCGGGCATGGGAGACGTCCGCTCGGGGCGAACGCTATGCACGGAATGTCCGTTCGCTGCTGACGCTGATGGTTTTATAAAAATCGTGAGCGCATTTCTGAAGCTTATATGCTTTATGGGCTCACACGCGCGTAGGAAGGGGCGAGGGGAAAACGGGCAACGGCGCGCGCGTGTGTGTGAGCGAGAGAGAGAGAGAGTATTTTTATGTTAACAAAAAAATATAATTTAGAACTGAAAACGTTATAAAAATATTAAATTCCCTAAGTTTCCACTGGACAGAAAAAATATCGTCTCATAGATTACTAGGTGACCAACAAACAAACCAAAAAAACAAACAAACGAACGAACAAACACTCTTTCGCATTTCGGATGACTGTGACGTCATTCAGAATTTCATGCACGCTTTGGCGTGTTGCTACTCATGTTTTTTTTTTCTTTTTAA\tLN:i:28644\trd:i:0\n+A\tptg000006l\t0\t+\tERR12952298.31348\t0\t6978\tid:i:35203\tHG:A:a\n+A\tptg000006l\t4309\t+\tERR12952298.248071\t0\t6773\tid:i:35242\tHG:A:a\n+A\tptg000006l\t5271\t+\tERR12952298.323198\t0\t7488\tid:i:35241\tHG:A:a\n+A\tptg000006l\t6853\t-\tERR12952298.200403\t0\t21791\tid:i:35255\tHG:A:a\n' 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| diff -r 170061c052ad -r 5d365d5cbe9d test-data/hifiasm-out1-ont-processed.gfa --- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out1-ont-processed.gfa Mon Mar 24 18:10:21 2025 +0000 |
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