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Commit message:
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/hifiasm commit cf0dddde6f2663d2723bd19991cd1d935e44ff44 |
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modified:
hifiasm.xml test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa test-data/hifiasm-out1-ont-processed.gfa test-data/hifiasm-out1-ont-raw.gfa |
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| @@ -2,7 +2,7 @@ <description>haplotype-resolved de novo assembler for PacBio Hifi reads</description> <macros> <token name="@TOOL_VERSION@">0.25.0</token> - <token name="@VERSION_SUFFIX@">1</token> + <token name="@VERSION_SUFFIX@">2</token> <token name="@FORMATS@">fasta,fasta.gz,fastq,fastq.gz</token> <xml name="reads"> <param name="reads" type="data" format="@FORMATS@" multiple="true" label="Input reads"/> @@ -175,7 +175,8 @@ 2> output.log #end if - && mkdir noseq_files && mv *noseq*gfa noseq_files + && mkdir noseq_files + && find ./ -maxdepth 1 -type f -name "*noseq*gfa" -exec mv {} ./noseq_files + #if $bins_out: && mkdir bin_files && mv *.bin bin_files @@ -383,7 +384,7 @@ <data name="log_file" format="txt" from_work_dir="output.log" label="${tool.name} ${on_string}: log file"> <filter>log_out</filter> </data> - <collection name="noseq_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: noseq files"> + <collection name="noseq_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: No sequence graph files"> <discover_datasets pattern="__name_and_ext__" format="gfa1" directory="noseq_files"/> </collection> <collection name="bin_files" type="list" label="${tool.name} on ${on_string}: bin files"> @@ -436,7 +437,7 @@ <param name="h2" value="hic_2.fastq.gz"/> <param name="n_weight" value="1"/> <param name="n_perturb" value="1"/> - <param name="l_perturb" value="0"/> + <param name="f_perturb" value="0"/> <param name="l_msjoin" value="0"/> </conditional> <output name="hic_pcontig_graph" file="hifiasm-out-hifi-p.gfa" ftype="gfa1"/> @@ -619,7 +620,7 @@ </test> <!-- TEST 16: ONT mode --> <test expect_num_outputs="5"> - <param name="reads" location="https://zenodo.org/records/15075976/files/ont.fastq.gz" ftype="fasta.gz"/> + <param name="reads" location="https://zenodo.org/records/18471320/files/ont.fastq.gz" ftype="fasta.gz"/> <param name="filter_bits" value="0"/> <param name="mode_selector" value="ont"/> <output name="raw_unitigs" file="hifiasm-out1-ont-raw.gfa" ftype="gfa1"/> |
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| diff -r e5e767089163 -r fafc9b2b1657 test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa --- a/test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa Thu Dec 11 12:53:36 2025 +0000 +++ b/test-data/hifiasm-out1-ont-primary.gfa Wed Feb 04 08:59:09 2026 +0000 |
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| b'@@ -1,69 +1,5 @@\n-S\tptg000001l\tATTTAAATTTAATTTTATTATAAATTTTTAATTTAAAGCTTATCCCCTAATATATTAAATTTAAAATTTTTATAATTTTTATTATTAAATTATAAAATTATTTAAATTTTAAATTAAATTTATTTCTAAAATAACTAGATATATTTAAAAACGATTAACATTTCATTTCTAATTAATTATTTAAAATAATTATGCAACATTAACTTTTATAATTAATTAATTCTTTTAAATTCGAGATTTTTTTATAAAAAAAATATATTTAATAAACTCTGATACACAAGATACAACAAACCAAATTTTCTTTTAAATTAATTAATTTTCAATTATTTCAAATTTCTTTTACAATACTTAATTCCATATAAAATTTTAAATTTTTTCTATTAAAAATACTTTAACCCCCATTATTTATTTTTAACTTAAAAATTTTTTTTATTATTTTTATTTTATTAATTTTTCCCCCTCAAATTAATTAAATTTTAATTTCTTTTCAATGTAAATGAAATACTTTAAACAAGCTCTAATTTGTTCATTCTAGAAACACTTTCCAGTACCTCTACTTTGTTACGACTTATTTCAATTTTCAAATGAAAGTGACGGGCAATATGTACATATTTCAATTTTTAATCATTTTAATAAACTAATTAAAATTACATTTAAATCCACCTTCAAATTAATTTTAAAATTAAATTATTCATATTAAATTATTTTATTGTAATCCATTATATTCTTAATTATAATCTACATCTTGATCTGAATTAATTTTATTTAAAAATTTTTAAATATTATTTTTATTATAAAATATTTTTATAACAACGATATATAAAACAATAAATTAAGTAAATTTATTCGTGGATTATCAATTATTAAACAGATTCCTCTAAATGAACTAAAATACCGCCATATTATTTAAGTTTCAATATTTATTATTTACTATTTTAGTATTATAAATTAAATTTTTAATAGTAGGGTATCTAATCCTAGTTTATTATTAAATTTATTAAATCATAAAATTATCTTAAAATTTAATTAAATTAAAAATTTCACTTAATAATTTAATATTTATTTTAATTAATATTTTATTTATTAAATACTGAAATAATTTAATTTAATTTTTGTATAACCGCAACTGCTGGCACAAAATTAGTTATTAATTTTTATATTACTAAATCTTAATTTCTTAAATTTTTAATTTTAATTACTACAATTCTTATAATTATTATTAAAATAATTAAAATTTAATACTAAAATTTATATGTAAAATAAATTTATAATAAATTATAAAAAACATAAAAATTTTATTATTAATGTAATTTTACACATAGAATTTTTTTTTTTTTTTTATATTAAATGTATAATAAACATTAATAAATTTTTATTACTTCTCCTATTTTTTTTCTATAATATTCATATTAAATGTATATTTCATGATAATCCTAATACAGTTCATTTTAAATAAGAAATATTATTTAATAGATTTGAATTTTTCCAATAATTTATGAATTATTAATATATTAATTTATTAAATATATATATATATATGTATATTTATAATAAATTAAATATTTAATATTTATATATATATATTTATAATAAATTAAATATTTAATATAAATTTATATATATATATATATGTAATATATAAATAAAAATTTATTTGAGCCATTTGTAATATTTTTTATAATAAATATAAATAATAAAATTTAAAAATAAGCTAAATAAAGCTTTTGGGCTCATACCTCAAATATAAAGGAAATCCCTTTTTTTTAAAAATAAAGTGCCTGATAAAAGGATTATTCTGATAGAATAAATAATGTAATTTTTTACCTTTATTATATTTTATAGAATTAAACTATACCTAATAATTTCAAAAATTATTGTGCATCTTACACTAAAATATATTTATAAAAAAAATGATCATCTTCATTTAAGAAATACTTCTTATTTTAAATTTTATTTTTTTTTAATTCTAATAAAATATTTTTCTTATTTACTTTATTTTTTAGAACATTAATTTCAATTTCTTCTAATTCTTGATTAGGGTGTTGAATTGGATTAGAAATTAATCTATTAAGATTTATCCCCTTAATTGTAAATCCAAATAATTTATTAAATTCAGAAGCTTCATTAAAATATTTTTTAACTCAATCTATTGCATCAATTAATTTTTTATTTGCAATTATTTTAAATTTATTTTTAATAAAAAATTTTATTACAAATAATTTTATTTCTATTTTAATTAATTCCTCTATATTAATAAAAATAGGATCTACACCTTTTCATCATTGATTCCCTAATATTAGAGAAGGTCTTTCTTGATTAAATTGTTTTTTTTTAATAACTTGACAAAAAATTACCCCCATAATTTTATTATCATATTATTTTAATATAAACTTTTTAATATTTATTATAATTTTAAATGTTTTAATTGGAGCTATTGGAGGATTTAATCAAACTTCATTACGAAAATTAATAGCATTTTCTTCAATTAATAATTTAGGTTGAATATTGTCAGCTTTATTAATTAGAGAAAATTTATGAATAATTTATTTTTTTTTATATTCTTTTCTAATTAGTATTATGTGTTTTTTATTTTATATATTAAATATTTTTTATATTAATCAAATATTTAATTTTAATATTAATTTTTCTATTAAATTTTGTATTATAATTAATTTTCTTTCATTGGGAGGTCTTCCACCATTCCTAGGATTTTTCCCTAAATGATTAATTATTAATTATTTAATTTTAAATAAATTATATATTATTACATTCTTTTTTATTATAATAAGTTTAGTTATATTAATTTTTTATATTCGCATTATTTATTCCTCTTTTATATTTTTTTCTTTTAAATTTAAATGATTTAAAATTTTTATTAAAAATAATTTATTAATTTTAATTAATTTTCTTAGATTTCTTTCTTTATTAGGAATAATTTTTAGAACTTTATTTTTTTTTTAAGGTTTTAAGTTAATTTAAACTAATAATTTTCAAAATTATTTATAAAGAAATCTCTTTAAGCCTTAGTATTTATATACCCCATAAAATTTGCAATTTTATATCAAAATATGACTATAAGGCTTAGTAAAAGAGAATTTCTCGTTAATAAATTTACAATTTATCGCTTTATATCCCTCAGCCATTTTACTTTAGCGAAAATGACTTTTTTCTACTAATCATAAAGATATTGGAACTTTATACTTTATTTTTGGAATTTGAGCAGGTATAGTAGGTACATCACTTAGTCTTATTATCCGAACAGAATTAGGTAACCCAGGATCTCTAATTGGAAATGATCAAATTTATAATACTATTGTTACAGCACATGCTTTTATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGACTTATCCCCCTTATACTAGGAGCCCCCGATATAGCTTTCCCCCGAATAAATAATATAAGATTTTGACTTCTTCCCCCCTCTTTGATTTTGTTAATTTCAAGTAGTATTGTAGAAAATGGAGCTGGTACAGGATGAACGGTTTATCCCCCCCTTTCATCTAATATTGCTCATGGTGGATCTTCTGTTGATCTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGAATCTCATCAATTCTTGGAGCTATTAATTTTATTACAACAATTATTAATATACGAATTAATAATATATCTTATGATCAAATACCCCTATTTGTTTGAGCTGTAGGAATTACTGCATTATTACTTTTACTTTCTTTACCAGTATTAGCTGGAGCTATTACAATACTTCTTACAGATCGAAACTTAAATACTTCTTTTTTTGATCCAGCAGGAGGTGGTGATCCTATTTTATACCAACATTTATTTTGATTTTTTGGACACCCAGAAGTTTATATTTTAATTTTACCAGGATTTGGTATAATTTCTCATATTATTTCCCAAGAAAGCGGTAAAAAAGAAACTTTTGGAAGTTTAGGTATAATTTA'..b'CAGCTAGTTATAATATAGTAATTACGTTAGCAACGAACTGACAGGGTCTCGTGTTCAAGCATGCTAATTTTCTAGTAATAAGTTATATTATTTTATTTATTAGTAATTGCATGAAAGCTATAAATAAAAAAATAAAAAATGAGTATGCTTATATATTGTGTTTGTTGACGCTTCAACAGAGCAGAGGATCAGTATATTATTTTCCATAGGTATTTTTGTTAAAAACTTTGAGAGTGGCATAGGCTAAGAAATTCACTGAATTCCCATGATATTTTAACGGCCCTAAATCTATAGCGAATATCATCTAGTGCTAAGTGTAACCCAATTTAATTGTGTAAATTGTGAAATATTTATTTAAAAAGAGTAACCACCGAGTTTCTTGCTGGTTCGTCTCGTTAGGAATGGCATTCCGAACCAGAGGTAGATTCACTTGACGATTCAAAAGTACTTGTTAAAGTTTGTTTGAATAAAAAACATTTGAATTTTGAATTGAATTTGAATCCAGTTTTCAGATGCCATTAGGATAATAAAAGTATTTTTATCTGTTTTCCTCTAATAGTTACAGTCACTCGAGAGAAAAGAATGGAATGCTAACTTTCATCCTAATAGCATCTGGATAAGCATGATAGTATGATTATTTTATTGTGGCTAAAAAACTTTCTAAAATGGTTTTAAAAAGTTGTAAACATGTGAAATCATAAATAATAAATATGTATCTAATTTAGGTTTATTATCTCGCAGGTCAAGAGAAAACTAATAATTTGGATACAACAATGATCTGTCAAAAGTTTTAAGGTCTAACTCCACTCACTACATAGGCACGGCGCGGCCTTTTACAAATATGCCGCATTGCATCTCGGTGCCGCGTCGCTTAAGTGGGCCCAGCCCTAAGGGCGCCTCCTATGAGGTTCGGACCACGGCTTAGGATGACGTTGGGATGAATGGGAGGTCCGTTGGACTAGATTAGTCCATACGCCCCCGAGGCCGTGGGTTAAGACCACGTCCGGGTGACGTAAGATATCGGGGTCCTCGTCTTCGCCGGCGAAGACGCTGTGTTTGCTAGGCCAGCGCCATACGAACTCATAGGGTTATACAAGAATATTCGACGCTACGTGCCGCGCCGTGCCGTGCATCTGTAGTGGAGCTAGGCCTTTATGCAATTTCGCCGAAGGACAACAATCATACCGGTTTGGTCTGAACCACGGTAAACTTTGACTCGGCGAATAGTGAACTTTCCAATTCGTGAGGTTCCGGCGCTGCGTCGTTACACAATTTGATACGATTTCATCAGGACGACAATTCATTCCATCGTTTGTTTTATTTGGGAGGAAATCTCGCTTTTTATTGTTATGTGAATAGCCCAAAGATTAAATAAACAACTAAAGACGTAATAGCTTCGTGTGTTATATTTTATGGGTAAAAAAAAGTTATGATTAAAGAAAGCTGCATATTTTCCGTTCCGAGTAATTATTGTTAATTAAGCTATTTTTTTTTAATTAACAAGTTAAACCTTGACTGCGATGTCACGTGATGGTAAGTGATGATGCAGTCTAAGATGGTAGCGGGCTTACCTGATATGGCAGGGGTATGGCAGTTATACTAAACCCATATCCCTAGTCGGTTTCTACACAGCACCATACAGAATAGGCATGATGACTGATTTTGAAAAATGGTCAGATTATGTTCGGAAGTATCTACTATTTCGAAAAAATATCTTATTTCAGCAGAAAAATAAGGTTTGGTAGATAAAATTGGCATTTGAAATTTAAATTTTAAATTTCACGCCAAAACGCTAGCCGGTGTCATGGCGTCCTTTGTGACGTCACTATTGTTTTTACCAATGTACTCCGTGCAGTGTGCAGTAACCAATAGTGTGATTGTCAAAGCTCGAAACAAACAATTGTGACGTCATACGCTTCTTGGCGTTTAATTCAATATGGCGGATTTATGTATTTTATAGTTTTATTTTATCAAAATAAATAGCAATCTCACTCGAAATAGAAAAATAAATACGTTTTTTATAATCCATGAATCCTATTTCATTAGATAAATTCATAATTTCATTGATTCATGGTTACTGTCATCATGCCTATTAGCTAAATCGCTTTGCGGCACCGGTCCAGTCTTTGCTGGTAGAGTGGTAACTAGCCACGGCCGAAACCTCATGTAGTATTTTCTATAACAATTAATGTGTTAGGTATAGATAAGCAGCGAAAGCCTTGTGATTAAATTGAGCCTCTTATGCGTCGGGCGTACAGGGTTTTACTCCCAGTGGTAGACACTTCTAACTTTTCTACTGCTTCTCACTATAATGCATCAAATATTGAGTGACTCACACACACTTTACAATCGTGCATTGTCGAGTCAACATCTCCTGAAGATGCTCCGGTGTCGGAGTGAAACGTACGTTGAGAGTGATTTGGAGGATTTGTGTGGTGTGGTGTTGTGCCTGTGCGAATTGCTGGGTGGTGGGTGTCGTATGCTGCAGGTGAAAGACACACACTGTACCACACAGATTTGTCTACTGTAGCGGATTATAGCGAATTAAACTTCTTGTTCATTCACTATAATGCATCAGTTATCTATAATGGTCTCAAAGGCGTGTGACGTCTGCCGATCCATATTTGGGTACCGTGGTAGACTATGGTCTATACCCACTACTGAGGACGTTTCCAGATGCACGGTATTGGTAATTGAGATAATTATATTTATTTATTTATTTATTTATATATTTAGTACCAAACTTAAAAACTAAACATACAAATTTAAAGGACATGTACAAGGACAACTTATCTCTTGGAGAGATTTCTTCCAGCAGCCCTAGAATGTGAGAATGGTGAAAAATAGATAAAGCTGAATAGGTACTTATAAACTAGAGAATAGTTTATAATATAATCCGTGAATTAAAAATAGTCATCGAATAATAAAAAGGCCTCTAACAGTAGGTATTCATTCATGCAAAAGCTCGACTCGAACAATGGTTAATTAATAAAGATGTAGGCTAAAAAAATAAGTAAGTAACTCGTTTAAATATAATTCAACGTGTGAGCAAAAACACAGCCACGTGGGCGATGCTATGGTACACGTTACATGTTACATCACCGAGTCAAGCATGATTTAATCTTAGCATTACTTAATAAACCTTTGTTGTCGAGGAGCTAGGCGATATGATTAAAAAAAAACTTGTTTATTTAGGACCCTTATTTTTAGTCCATATGTTGTTAGTACAGTATTAAACTTAAAAACAATGTTAGTATACATACAATAAAAACACAGTAACTTATTTAAATACCTACCTTTTAATATTAATAATATTTAGCGATTTTAGCGTTAAAGAATTCCTGACTAAAACCGACTGTGACCGGCTGGACACAGGTGACCCTTTGTCCTAGATGAGCGATAGAAGCAACGCGAGTCGCGACGCGAAATGACACCATAGAAAATGACAGACGTATCTACGCGACAAGTTGGCAGTTTGATACTGTCGCGTCGCGTAGTACTGTTTGCCTGAAAATGGGTCACGCAGTTTGGTACAGTTTTTGAAAGGTTTCTGTTTAATTTGCTGATTACAGAGCAAAAATCAATGTTCATTGGTTCTTTTACCCTGCTCGTAGTCCCTTTAACTACAAGTGTCAAGATTTAATGAAATATTACATCGGTTACTCTAATTCTTCTACGGATCGGCACATTTCTAATTTTATCTCGTATACGAAGTACATTAAATATC\tLN:i:10490\trd:i:0\n+A\tptg000001l\t0\t+\tERR12952298.230241\t0\t5867\tid:i:1891\tHG:A:a\n+A\tptg000001l\t1798\t+\tERR12952298.442884\t0\t4477\tid:i:1892\tHG:A:a\n+A\tptg000001l\t4265\t+\tERR12952298.347709\t0\t5155\tid:i:1893\tHG:A:a\n+A\tptg000001l\t6022\t-\tERR12952298.518766\t0\t4468\tid:i:1894\tHG:A:a\n' 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