Mercurial > repos > artbio > mutational_patterns

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##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	TUMOR
chr1	269731	.	G	T	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.016586;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:25,7:9,2:16,5
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chr1	2020828	.	A	C	0	PASS	DP=64;GPV=1;SPV=0.00080797;SS=2;SSC=30;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:25,11:13,4:12,7
chr1	2085733	.	C	T	0	PASS	DP=74;GPV=1;SPV=0.012493;SS=2;SSC=19;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:41:34,7:16,2:18,5
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chr1	2658795	.	A	T	0	PASS	DP=21;GPV=1;SPV=0.11947;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:13:9,4:9,4:0,0
chr1	2672087	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.11845;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:34:29,5:12,3:17,2
chr1	3668055	.	C	A	0	PASS	DP=54;GPV=1;SPV=0.00031346;SS=2;SSC=35;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:19,13:10,5:9,8
chr1	4066911	.	A	ACT	0	PASS	DP=24;GPV=1;SPV=0.037185;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:15:9,6:5,3:4,3
chr1	4111429	.	A	C	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=0.0011142;SS=2;SSC=29;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:24,8:14,6:10,2
chr1	4206589	.	G	A	0	PASS	DP=72;GPV=1;SPV=0.00094617;SS=2;SSC=30;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:48:33,15:17,7:16,8
chr1	6498731	.	TACGGG	T	0	PASS	DP=75;GPV=1;SPV=0.00022147;SS=2;SSC=36;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:35:25,10:13,4:12,6
chr1	8327243	.	C	A	0	PASS	DP=68;GPV=1;SPV=7.8465e-05;SS=2;SSC=41;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:24,14:11,10:13,4
chr1	8556639	.	A	G	0	PASS	DP=70;GPV=1;SPV=0.000154;SS=2;SSC=38;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:20,9:10,3:10,6
chr1	9108397	.	G	T	0	PASS	DP=65;GPV=1;SPV=0.025922;SS=2;SSC=15;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:23,4:14,2:9,2
chr1	10758330	.	T	C	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.081016;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:17,7:14,4:3,3
chr1	10791081	.	C	CA	0	PASS	DP=47;GPV=1;SPV=0.034636;SS=2;SSC=14;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:20,5:14,2:6,3
chr1	10964151	.	G	A	0	PASS	DP=63;GPV=1;SPV=0.00022074;SS=2;SSC=36;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:23,13:13,7:10,6
chr1	11877601	.	C	T	0	PASS	DP=62;GPV=1;SPV=0.0019011;SS=2;SSC=27;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:33:24,9:10,3:14,6
chr1	12888921	.	T	TCC	0	PASS	DP=34;GPV=1;SPV=0.041789;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:19:14,5:8,3:6,2
chr1	12938147	.	C	A	0	PASS	DP=73;GPV=1;SPV=0.049083;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:40:31,9:15,1:16,8
chr1	13070264	.	T	C	0	PASS	DP=43;GPV=1;SPV=0.12114;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:26:22,4:8,2:14,2
chr1	13369246	.	T	C	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.045787;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:36:27,9:12,5:15,4
chr1	13597732	.	G	C	0	PASS	DP=55;GPV=1;SPV=0.0010783;SS=2;SSC=29;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:32:21,11:14,6:7,5
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chr1	14883334	.	G	A	0	PASS	DP=16;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:5,3:2,2:3,1
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chr1	16509719	.	C	A	0	PASS	DP=130;GPV=1;SPV=0.039535;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:76:59,17:32,8:27,9
chr1	16512994	.	A	G	0	PASS	DP=119;GPV=1;SPV=0.0097219;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:63:46,17:19,8:27,9
chr1	16513547	.	G	A	0	PASS	DP=216;GPV=1;SPV=0.044761;SS=2;SSC=13;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:130:114,16:61,7:53,9
chr1	16513636	.	C	T	0	PASS	DP=178;GPV=1;SPV=0.010031;SS=2;SSC=19;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:102:80,22:43,10:37,12
chr1	16564382	.	G	C	0	PASS	DP=264;GPV=1;SPV=0.037792;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:156:134,22:85,12:49,10
chr1	16601216	.	C	A	0	PASS	DP=226;GPV=1;SPV=0.018555;SS=2;SSC=17;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:129:103,26:39,14:64,12
chr1	16725350	.	C	T	0	PASS	DP=273;GPV=1;SPV=0.0084694;SS=2;SSC=20;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:157:130,27:60,9:70,18
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chr1	17524364	.	T	TACAC	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.049774;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:18:6,6:3,5:3,1
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chr1	20035496	.	A	C	0	PASS	DP=68;GPV=1;SPV=0.00017262;SS=2;SSC=37;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:38:25,13:12,7:13,6
chr1	20668564	.	C	A	0	PASS	DP=78;GPV=1;SPV=5.9655e-06;SS=2;SSC=52;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:23,14:9,8:14,6
chr1	21214809	.	C	CT	0	PASS	DP=40;GPV=1;SPV=0.00085614;SS=2;SSC=30;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:25:9,15:5,11:4,4
chr1	22069170	.	CTTTT	C	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.0081269;SS=2;SSC=20;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:11:4,5:2,2:2,3
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chr1	23992096	.	T	TTTC	0	PASS	DP=40;GPV=1;SPV=0.0016669;SS=2;SSC=27;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:27:14,13:5,7:9,6
chr1	24017891	.	T	G	0	PASS	DP=20;GPV=1;SPV=0.10217;SS=2;SSC=9;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:12:8,4:3,3:5,1
chr1	24196544	.	A	C	0	PASS	DP=33;GPV=1;SPV=0.1;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	1/1:.:19:0,2:0,2:0,0
chr1	24553122	.	T	C	0	PASS	DP=50;GPV=1;SPV=0.021038;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:20:16,4:9,2:7,2
chr1	27489252	.	G	A	0	PASS	DP=27;GPV=1;SPV=0.039732;SS=2;SSC=14;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:6,5:2,4:4,1
chr1	27666312	.	A	AAT	0	PASS	DP=18;GPV=1;SPV=0.18301;SS=2;SSC=7;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
chr1	28658736	.	G	A	0	PASS	DP=51;GPV=1;SPV=0.022713;SS=2;SSC=16;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:24,7:13,5:11,2
chr1	30487019	.	C	CAA	0	PASS	DP=35;GPV=1;SPV=0.059497;SS=2;SSC=12;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:9,9:5,7:4,2
chr1	31251996	.	C	T	0	PASS	DP=44;GPV=1;SPV=0.090497;SS=2;SSC=10;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:28:23,5:3,4:20,1
chr1	31552470	.	G	A	0	PASS	DP=74;GPV=1;SPV=0.00017822;SS=2;SSC=37;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:39:27,12:19,10:8,2
chr1	32093399	.	CT	C	0	PASS	DP=18;GPV=1;SPV=0.041176;SS=2;SSC=13;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:9:5,4:1,2:4,2
chr1	32753269	.	G	C	0	PASS	DP=41;GPV=1;SPV=0.0057147;SS=2;SSC=22;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:13,16:11,11:2,5
chr1	32976485	.	A	AACACACACAC	0	PASS	DP=37;GPV=1;SPV=0.019565;SS=2;SSC=17;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:16:8,5:6,2:2,3
chr1	33052839	.	T	TG	0	PASS	DP=61;GPV=1;SPV=0.064526;SS=2;SSC=11;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:31:27,4:21,3:6,1
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chr6	911480	.	TCTACAGACAGGTGAGGGGCCCC	T	0	PASS	DP=66;GPV=1;SPV=0.00040386;SS=2;SSC=33;INDEL;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:37:20,17:12,8:8,9
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chr6	4258452	.	C	T	0	PASS	DP=42;GPV=1;SPV=0.20263;SS=2;SSC=6;SOMATIC	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:29:21,5:13,1:8,4
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author	artbio
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