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comparison test-data/hg38.vcf @ 1:02861b32a62f draft default tip

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author artbio
date Sun, 14 Jun 2020 20:27:29 -0400
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31 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total depth of quality bases">
32 ##INFO=<ID=SOMATIC,Number=0,Type=Flag,Description="Indicates if record is a somatic mutation">
33 ##INFO=<ID=SS,Number=1,Type=String,Description="Somatic status of variant (0=Reference,1=Germline,2=Somatic,3=LOH, or 5=Unknown)">
34 ##INFO=<ID=SSC,Number=1,Type=String,Description="Somatic score in Phred scale (0-255) derived from somatic p-value">
35 ##INFO=<ID=GPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor+normal versus no variant for Germline calls">
36 ##INFO=<ID=SPV,Number=1,Type=Float,Description="Fisher's Exact Test P-value of tumor versus normal for Somatic/LOH calls">
37 ##FILTER=<ID=str10,Description="Less than 10% or more than 90% of variant supporting reads on one strand">
38 ##FILTER=<ID=indelError,Description="Likely artifact due to indel reads at this position">
39 ##FILTER=<ID=VarCount,Description="Fewer than 4 variant-supporting reads">
40 ##FILTER=<ID=VarFreq,Description="Variant allele frequency below 0.05">
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43 ##FILTER=<ID=VarDist3,Description="Average distance to effective 3' end < 0.1">
44 ##FILTER=<ID=VarMMQS,Description="Average mismatch quality sum for variant reads > 100">
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48 ##FILTER=<ID=RefAvgRL,Description="Average clipped length of ref-supporting reads < 90">
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54 ##FILTER=<ID=MMQSdiff,Description="Mismatch quality sum difference (var - ref) > 50">
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59 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype code">
60 ##FORMAT=<ID=GQ,Number=1,Type=Integer,Description="Genotype quality">
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64 ##FORMAT=<ID=ADR,Number=R,Type=Integer,Description="Read depth for each allele on the reverse strand">
65 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT NORMAL TUMOR
66 chr1 596365 . A G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090872 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:15,0:4,0 0/1:.:23:16,7:8,4:8,3
67 chr1 736360 . C T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017168 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:16,0:9,0 0/1:.:22:17,5:13,3:4,2
68 chr1 753088 . C T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036872 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:17,0:11,0 0/1:.:32:27,5:18,3:9,2
69 chr1 803762 . T A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.081606 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:10,0:16,0 0/1:.:42:37,5:18,3:19,2
70 chr1 864068 . CA C . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049568;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:37,3:21,1:16,2 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3
71 chr1 2031615 . GCTGCAGGACCCAGGTGTCTGGGGCGCTACCATCCT G . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025971;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:14,1:13,1 0/1:.:22:15,7:11,5:4,2
72 chr1 2086056 . T C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.42424 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:4,0:4,0:0,0 0/1:.:34:6,2:1,1:5,1
73 chr1 2852846 . G T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094538 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:18,0:5,0 0/1:.:12:8,4:8,3:0,1
74 chr1 6535928 . C CA . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:10,1:9,1 0/1:.:21:12,8:6,4:6,4
75 chr1 6555867 . T C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29371 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:4,0:1,0:3,0 0/1:.:17:6,3:1,1:5,2
76 chr1 8255373 . C CTTCT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16643;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:1,0:10,0 0/1:.:21:17,4:5,3:12,1
77 chr1 8400224 . G A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017896 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:21,0:11,0 0/1:.:20:16,4:9,2:7,2
78 chr1 9026881 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.007971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:9,0:5,0 0/1:.:14:8,6:8,2:0,4
79 chr1 9546174 . AT A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:9,0:7,0 0/1:.:16:12,4:10,1:2,3
80 chr1 10014343 . G A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=45;GPV=1;SPV=2.6013e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:19,0:17,0 0/1:.:24:14,10:8,5:6,5
81 chr1 12076097 . C CT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017544;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:7,0:4,0 0/1:.:13:6,5:2,3:4,2
82 chr1 12508542 . TAAA T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022983;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,1:6,0:5,1 0/1:.:31:17,14:9,8:8,6
83 chr1 12534848 . G GGT . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0073495;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:9,1:12,0 0/1:.:17:10,7:4,5:6,2
84 chr1 13038082 . C T . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045217 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,0:3,0:6,0 0/1:.:16:10,6:4,1:6,5
85 chr1 13048038 . A C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037397 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,1:7,0 0/1:.:20:13,7:5,3:8,4
86 chr1 13658425 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035545 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,0:4,1 0/1:.:21:13,8:11,4:2,4
87 chr1 15398276 . C CAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015942;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:10,0:4,0 0/1:.:16:8,5:5,3:3,2
88 chr1 15632912 . C CT . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1
89 chr1 15632933 . A T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045652 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:6,0:5,0 0/1:.:16:10,5:3,2:7,3
90 chr1 15632934 . A T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017391 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:7,0:3,0 0/1:.:17:9,7:3,3:6,4
91 chr1 16166221 . GCCAT G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011166;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:12,1:4,1:8,0 0/1:.:27:8,9:5,2:3,7
92 chr1 16515470 . G T . PASS DP=126;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038112 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:63,2:54,2:9,0 0/1:.:61:53,8:42,7:11,1
93 chr1 16515569 . A C . PASS DP=230;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022639 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:122:117,5:62,3:55,2 0/1:.:108:95,13:51,5:44,8
94 chr1 16557372 . A G . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021942 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:55:55,0:30,0:25,0 0/1:.:50:45,5:25,2:20,3
95 chr1 16578304 . C T . PASS DP=262;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013351 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:135:127,8:64,0:63,8 0/1:.:127:108,19:50,8:58,11
96 chr1 16578783 . A C . PASS DP=221;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022256 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:124:118,6:73,3:45,3 0/1:.:97:84,13:39,11:45,2
97 chr1 16578785 . A G . PASS DP=220;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018809 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:121:114,7:69,4:45,3 0/1:.:99:84,15:39,13:45,2
98 chr1 16589773 . G A . PASS DP=87;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048433 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:39,1:12,0:27,1 0/1:.:47:40,7:8,1:32,6
99 chr1 16625772 . T C . PASS DP=253;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0050547 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:125:116,9:73,6:43,3 0/1:.:128:104,24:62,14:42,10
100 chr1 16627386 . C G . PASS DP=251;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0047406 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:129:119,10:47,4:72,6 0/1:.:122:98,24:41,7:57,17
101 chr1 16643745 . C G . PASS DP=229;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023308 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:130:120,10:58,5:62,5 0/1:.:99:82,17:32,8:50,9
102 chr1 16721182 . C CTTATT . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011674;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:61,5:23,2:38,3 0/1:.:54:41,13:18,6:23,7
103 chr1 16873555 . G C . PASS DP=275;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020226 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:125:120,5:62,1:58,4 0/1:.:150:133,17:64,8:69,9
104 chr1 17217012 . AGAGGAGAGGGGAGGGAGGGGAGGAGAG A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.081081;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:14,0:3,0 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2
105 chr1 17781237 . CT C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00089264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:19:8,11:5,4:3,7
106 chr1 18305546 . T TG . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:17:13,4:10,3:3,1
107 chr1 25252048 . G A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.087731 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:13,0:10,0 0/1:.:29:25,4:14,2:11,2
108 chr1 26166113 . CT C . PASS DP=84;SOMATIC;SS=2;SSC=51;GPV=1;SPV=7.3122e-06;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:19,0:25,0 0/1:.:40:26,14:14,9:12,5
109 chr1 26512302 . GTCTCTCTCTCTCTCTCTC G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:8,0:5,0 0/1:.:15:11,4:4,1:7,3
110 chr1 29771426 . C CAT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046146;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:10,1:8,1 0/1:.:15:9,6:5,2:4,4
111 chr1 31251996 . C T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030593 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:8,0:12,1 0/1:.:27:19,8:6,3:13,5
112 chr1 31252096 . C CAT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088148;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:6,0:12,0 0/1:.:26:18,8:8,4:10,4
113 chr1 35078537 . AT A . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11304;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2
114 chr1 35720442 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,0:5,0:4,0 0/1:.:12:7,5:3,4:4,1
115 chr1 38961586 . CAAA C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,0:5,0:1,0 0/1:.:12:5,4:5,4:0,0
116 chr1 39579857 . CT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031734;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:7,0:3,1 0/1:.:11:5,6:3,1:2,5
117 chr1 40573079 . C CA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0049947;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:11,0:2,1 0/1:.:19:8,10:6,7:2,3
118 chr1 42495019 . G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055746 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:14,0:14,0 0/1:.:28:24,4:9,3:15,1
119 chr1 43320861 . T A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042105 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:13,0:6,0:7,0 0/1:.:23:5,3:1,1:4,2
120 chr1 45001621 . C A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.002714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:13,0:20,0 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3
121 chr1 47103595 . C CT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:14:9,4:2,2:7,2
122 chr1 49347252 . CT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0046977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:12,1:2,0 0/1:.:14:6,8:6,5:0,3
123 chr1 50219749 . ATGTG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018425;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,1:4,0 0/1:.:10:5,5:3,2:2,3
124 chr1 51426817 . G GTC . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0036934;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:15,0:11,1 0/1:.:28:16,9:7,5:9,4
125 chr1 52711054 . C CA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,1:4,1:5,0 0/1:.:18:7,9:4,7:3,2
126 chr1 55967690 . CT C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:8,0:4,0 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0
127 chr1 56683071 . ATTTT A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023736;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:8,0:2,1 0/1:.:8:3,5:0,2:3,3
128 chr1 57238852 . C CACACAT . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:10,1:8,1 0/1:.:34:19,13:12,6:7,7
129 chr1 60560469 . G GATAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030499;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,1:8,1:10,0 0/1:.:18:11,6:8,4:3,2
130 chr1 60754843 . GCAAAAAA G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22807;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:4,0:2,0 0/1:.:18:11,4:10,4:1,0
131 chr1 63493417 . AAAAC A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01607;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:9,0:12,1 0/1:.:28:19,9:10,3:9,6
132 chr1 64067710 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01828;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,1:4,0 0/1:.:18:10,8:8,6:2,2
133 chr1 69473350 . T A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098337 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2
134 chr1 72419883 . G T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18447 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:6,0:2,0:4,0 0/1:.:24:9,4:4,2:5,2
135 chr1 75537034 . ATAT A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11429;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:3,0:0,0:3,0 1/1:.:15:1,3:0,2:1,1
136 chr1 75546579 . T A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0091524 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:7,1:19,0 0/1:.:34:24,10:10,8:14,2
137 chr1 77324980 . C CTTTTTTTTTTT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023615;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:13,2:8,0 0/1:.:21:13,8:4,6:9,2
138 chr1 80588678 . C CAAA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:25,2:18,0:7,2 0/1:.:19:12,7:6,4:6,3
139 chr1 82056094 . CTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2
140 chr1 84338432 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:6,1:3,0 0/1:.:16:6,9:4,8:2,1
141 chr1 85315448 . C CA . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011313;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:24,0:20,0 0/1:.:30:23,7:13,5:10,2
142 chr1 85933096 . AAAAAAG A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:19,0:4,0 0/1:.:20:16,4:10,3:6,1
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144 chr1 89776376 . TA T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071318;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:9,0:12,0 0/1:.:24:20,4:16,1:4,3
145 chr1 89978349 . G GT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062713;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:5,0:5,1 0/1:.:10:2,6:1,3:1,3
146 chr1 90493929 . C CT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020026;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:4,1:11,0 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5
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148 chr1 95099053 . C CAAAA . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011696;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1
149 chr1 105107824 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00060106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,1:6,1 0/1:.:25:10,15:6,5:4,10
150 chr1 105171195 . CTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032151;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:6,1:4,0 1/1:.:10:2,7:1,6:1,1
151 chr1 105292156 . G GT . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057118;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,0:7,0:3,0 0/1:.:21:13,6:7,3:6,3
152 chr1 108797339 . C CA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:6,0:4,0 0/1:.:15:10,4:5,3:5,1
153 chr1 110511883 . A ACT . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00069014;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:8,0:13,2 0/1:.:28:13,15:4,4:9,11
154 chr1 110511951 . TCTATCTG T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03183;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,0:5,1 0/1:.:21:12,9:5,3:7,6
155 chr1 110890579 . AAG A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.099966;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,0:15,0:15,0 0/1:.:28:24,3:11,1:13,2
156 chr1 112294488 . AG A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:12,0:1,0 0/1:.:26:22,4:18,3:4,1
157 chr1 112845141 . C CTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:14,0:3,0 0/1:.:15:8,6:8,5:0,1
158 chr1 113345311 . G A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11624 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3
159 chr1 114104666 . C CTCCA . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:10,0:16,2 0/1:.:32:20,10:12,4:8,6
160 chr1 114145502 . GT G . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032809;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,1:15,1:5,0 0/1:.:17:9,8:6,7:3,1
161 chr1 117151200 . C CT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025362;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:5,0:8,0 0/1:.:22:15,7:9,4:6,3
162 chr1 120067241 . C CA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080302;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:20:12,8:5,5:7,3
163 chr1 120203880 . C T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:10,0:1,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
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169 chr1 121398912 . C G . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038159 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:31,3:17,0:14,3 0/1:.:40:29,11:8,6:21,5
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171 chr1 122382300 . C T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017548 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:34,0:0,0 0/1:.:21:17,4:17,4:0,0
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174 chr1 122430692 . C G . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016999 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:6,0:4,0 0/1:.:13:7,6:6,1:1,5
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176 chr1 124835980 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16912 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:0,0:12,0 0/1:.:24:19,4:0,1:19,3
177 chr1 124847141 . C G . PASS DP=108;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03267 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:59:58,1:15,1:43,0 0/1:.:49:43,6:10,2:33,4
178 chr1 124886916 . G A . PASS DP=109;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070017 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:71:70,1:62,1:8,0 0/1:.:38:32,6:26,4:6,2
179 chr1 124927138 . A G . PASS DP=85;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024694 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:48:47,1:25,0:22,1 0/1:.:37:31,6:9,1:22,5
180 chr1 125178316 . A C . PASS DP=12934;SOMATIC;SS=2;SSC=60;GPV=1;SPV=8.646e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:6325:5707,579:1379,102:4328,477 0/1:.:6609:5793,776:1569,195:4224,581
181 chr1 143501998 . GTGAAA G . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033479;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:23,0:11,0 0/1:.:38:32,5:20,4:12,1
182 chr1 143506035 . C A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.025087 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:32,2:28,2:4,0 0/1:.:30:22,8:21,6:1,2
183 chr1 143537609 . A G . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014782 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:16,0:17,0 0/1:.:27:22,5:13,1:9,4
184 chr1 146067345 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036707 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:12,1:8,0 0/1:.:11:7,4:3,1:4,3
185 chr1 146139092 . CTTTTT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074494;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:15,0:12,0:3,0 0/1:.:20:11,7:7,4:4,3
186 chr1 147570625 . A ATTTTC . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083578;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2
187 chr1 147899952 . A G . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02247 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:16,1:4,0 0/1:.:25:17,8:13,4:4,4
188 chr1 148412245 . T A . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:14,0:23,0 0/1:.:35:31,4:11,2:20,2
189 chr1 148455655 . C T . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031608 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:10,1:9,0 0/1:.:22:15,7:8,3:7,4
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191 chr1 148591803 . G C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029941 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:19:13,6:5,5:8,1
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193 chr1 148913382 . G A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20342 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:7,0:3,0 0/1:.:22:18,4:15,3:3,1
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198 chr1 151349498 . AACACACACACACACACAC A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034545;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:16,1:11,1:5,0 0/1:.:20:10,6:3,3:7,3
199 chr1 151692406 . C CTT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2066;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:3,0:3,0 0/1:.:16:10,4:3,2:7,2
200 chr1 151770077 . GAGAGAGGGAGAGGGAGACCATGGGGAGAC G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011475;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:30,2:12,1:18,1 0/1:.:24:16,8:9,5:7,3
201 chr1 154514851 . C CTTATTTAT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048872;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:3,0:6,0 0/1:.:18:8,5:4,2:4,3
202 chr1 154898605 . TC T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,0:6,1 0/1:.:11:6,5:3,4:3,1
203 chr1 156775512 . A AT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032417;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:16,2:2,0 0/1:.:21:12,8:7,7:5,1
204 chr1 157054917 . G GTTTATTTA . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,2:11,0:7,2 0/1:.:31:14,14:6,8:8,6
205 chr1 159075574 . C CATAT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033054;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:6,0:2,0 0/1:.:19:9,7:8,5:1,2
206 chr1 160391405 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00011357 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:15,0:16,0 0/1:.:37:24,13:14,10:10,3
207 chr1 162617912 . G GT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:13,2:7,0 0/1:.:15:7,8:5,4:2,4
208 chr1 166310054 . TCTTC T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016858;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3
209 chr1 166691725 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:4,0:1,0:3,0 0/1:.:19:1,2:1,1:0,1
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211 chr1 168171400 . T C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037055 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:18,1:7,0:11,1 0/1:.:17:9,5:3,1:6,4
212 chr1 169722126 . G GGTGTGTGTGT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031832;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,2:15,0:9,2 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2
213 chr1 170236123 . G T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04484 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:6,0:12,1 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2
214 chr1 171099759 . CTTTT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049774;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 0/1:.:17:6,6:3,3:3,3
215 chr1 173849861 . CT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0079095;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,0:4,1 0/1:.:13:5,8:3,6:2,2
216 chr1 176257332 . A C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:10,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1
217 chr1 176281969 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:1,0:9,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2
218 chr1 178695911 . AGATAGAT A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028465;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,0:14,0:15,0 0/1:.:31:25,5:13,4:12,1
219 chr1 178695929 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059705 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,0:12,0:12,0 0/1:.:26:21,4:11,3:10,1
220 chr1 178695952 . T TA . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011322;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:21,1:8,1:13,0 0/1:.:30:17,9:10,7:7,2
221 chr1 178977187 . A AAC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013127;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:20,2:17,0:3,2 0/1:.:16:8,7:6,1:2,6
222 chr1 179040531 . CG C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3
223 chr1 179040546 . CCT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088889;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3
224 chr1 181839873 . C CA . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016558;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:15,0:5,0 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2
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245 chr1 207458059 . A AACACACACACAC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:5,0:1,0 0/1:.:15:8,4:8,3:0,1
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249 chr1 211604021 . C CT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032477;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,2:8,0 0/1:.:17:10,6:9,5:1,1
250 chr1 213151146 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:4,0:9,0 0/1:.:18:15,3:5,1:10,2
251 chr1 216050560 . T C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:11,0:0,0:11,0 0/1:.:10:6,4:2,1:4,3
252 chr1 217170315 . CTTTTT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:9,0:5,0 0/1:.:18:13,5:9,3:4,2
253 chr1 219238144 . G T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:4,0:9,0 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
254 chr1 224101744 . G A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019763 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:10:6,4:3,3:3,1
255 chr1 224142047 . T C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010694 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:17,0:14,0 0/1:.:30:24,6:8,4:16,2
256 chr1 224165096 . CT C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038324;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:19:11,8:6,7:5,1
257 chr1 225059869 . A G . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015964 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:38,1:20,0:18,1 0/1:.:27:21,6:13,1:8,5
258 chr1 225201873 . C CTTTT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088061;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,1:7,1:10,0 0/1:.:15:8,7:2,4:6,3
259 chr1 227674607 . T C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021372 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:11,1:9,0 0/1:.:13:8,5:4,1:4,4
260 chr1 228171379 . G C . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00018355 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:12,0:26,0 0/1:.:42:30,12:14,5:16,7
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262 chr1 232196600 . G GTA . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004257;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:12:4,7:4,6:0,1
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264 chr1 233283031 . AAT A . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057106;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:17,0:18,0 0/1:.:35:31,4:9,3:22,1
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269 chr1 241942101 . C CT . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:3,0:2,0 0/1:.:9:2,4:2,3:0,1
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273 chr1 248943718 . C T . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028437 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:28,1:8,0:20,1 0/1:.:41:32,9:6,2:26,7
274 chr10 915832 . C CAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.056522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:14:9,4:5,3:4,1
275 chr10 982116 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10613 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:8,0:1,0 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1
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281 chr10 3070898 . A AATTATTATTATT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2
282 chr10 3951784 . T C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092258 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:19,0:5,0 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3
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285 chr10 8006175 . AAAATACAC A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033075;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:11,0:7,0 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1
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288 chr10 8362984 . A ATG . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026014;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,0:10,0:16,0 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2
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290 chr10 10462504 . TC T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065012;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:8,0:15,0 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1
291 chr10 10527446 . C CA . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043511;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:8,1:7,0 0/1:.:29:18,9:7,6:11,3
292 chr10 13836755 . CTT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036089;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,1:6,0 0/1:.:13:7,5:4,4:3,1
293 chr10 13867709 . TA T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010197;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:18,1:8,0:10,1 0/1:.:20:7,6:6,1:1,5
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295 chr10 16229484 . T G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044511 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:4,0:4,1 0/1:.:26:13,13:4,8:9,5
296 chr10 16295162 . GGGA G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:12:7,5:3,1:4,4
297 chr10 17412732 . T TATACTTTTGATAGAATATGATATG . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:8,2:16,0 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3
298 chr10 17849303 . T TA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021122;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,1:7,1:11,0 0/1:.:20:12,7:4,4:8,3
299 chr10 19088536 . CTT C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010062;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:13:6,7:3,5:3,2
300 chr10 19493645 . T TAA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019346;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:22:13,8:12,6:1,2
301 chr10 20290348 . C CT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:14,1:6,1:8,0 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2
302 chr10 20348044 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:5,0:4,0:1,0 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1
303 chr10 21227704 . C CT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.093185;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:2,0:17,0 0/1:.:25:21,4:3,1:18,3
304 chr10 21575879 . C T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=51;GPV=1;SPV=7.0929e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:18,0:14,0 0/1:.:31:17,14:10,5:7,9
305 chr10 24110600 . TA T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,1:20,0:15,1 0/1:.:26:18,8:13,3:5,5
306 chr10 24278854 . C CT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030805;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,0:7,1 0/1:.:19:12,7:8,2:4,5
307 chr10 24315929 . T TG . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031857;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:4,1:1,1:3,0 0/1:.:14:1,7:1,5:0,2
308 chr10 24872807 . T TATATATA . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,1:2,0:5,1 0/1:.:12:2,6:1,4:1,2
309 chr10 25149275 . TA T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00029183;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:13,0:22,0 0/1:.:28:19,9:10,6:9,3
310 chr10 25418690 . T C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035323 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:13,0:8,2 0/1:.:23:15,8:6,1:9,7
311 chr10 28733372 . CT C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059432;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,0:9,0:13,0 0/1:.:28:19,4:10,3:9,1
312 chr10 29138806 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014832 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,1:2,1:8,0 0/1:.:19:8,10:3,5:5,5
313 chr10 30813394 . C T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038123 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:18,0:10,0:8,0 0/1:.:23:11,7:6,3:5,4
314 chr10 31324559 . T C . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00051333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:21,0:19,0 0/1:.:29:21,8:14,6:7,2
315 chr10 31617745 . T G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021672 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:5,0:4,0 0/1:.:15:5,5:2,2:3,3
316 chr10 31949197 . C CAAAAAA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0081121;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:13,1:9,1:4,0 0/1:.:18:8,9:7,8:1,1
317 chr10 32115364 . C A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:10:6,4:1,1:5,3
318 chr10 32189513 . T G . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011625 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,1:8,0 0/1:.:10:4,6:1,2:3,4
319 chr10 34684778 . TACACACACACACACACAC T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,1:3,1:3,0 0/1:.:11:2,6:2,2:0,4
320 chr10 34837531 . GT G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0083426;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:13,1:3,0 0/1:.:18:9,8:6,5:3,3
321 chr10 35837226 . CA C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:11,0:1,0 0/1:.:11:5,6:5,5:0,1
322 chr10 36412853 . C CA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048962;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:13,1:6,0 0/1:.:17:11,5:7,3:4,2
323 chr10 38529085 . A T . PASS DP=306;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.009209 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:167:154,13:81,3:73,10 0/1:.:139:115,24:45,10:70,14
324 chr10 38931851 . G A . PASS DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032348 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:70:64,6:58,5:6,1 0/1:.:66:52,14:48,11:4,3
325 chr10 38956622 . G A . PASS DP=408;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051571 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:229:218,11:103,8:115,3 0/1:.:179:157,22:86,12:71,10
326 chr10 38963374 . T C . PASS DP=108;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0097427 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:64:64,0:37,0:27,0 0/1:.:44:39,5:24,4:15,1
327 chr10 38963375 . G A . PASS DP=107;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051829 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:61,0:36,0:25,0 0/1:.:46:40,6:25,5:15,1
328 chr10 40086884 . C T . PASS DP=139;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01561 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:83:78,1:24,0:54,1 0/1:.:56:46,6:14,1:32,5
329 chr10 40300849 . G T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0034369 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:48,4:25,1:23,3 0/1:.:25:16,9:5,1:11,8
330 chr10 40409770 . G A . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04557 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:58:56,2:37,1:19,1 0/1:.:22:18,4:9,3:9,1
331 chr10 40436846 . C G . PASS DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034119 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:58:57,1:54,1:3,0 0/1:.:60:53,7:51,4:2,3
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333 chr10 40542067 . A T . PASS DP=148;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013048 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:71:69,1:30,0:39,1 0/1:.:77:68,9:21,1:47,8
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376 chr10 46355997 . C G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045822 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:4,1:6,0 0/1:.:20:11,9:3,5:8,4
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381 chr10 47906765 . G C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:13,0:0,0 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0
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383 chr10 48578544 . G C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:21,0:16,0 0/1:.:29:25,4:9,1:16,3
384 chr10 50090559 . T TA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066185;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,0:7,0:8,0 0/1:.:18:13,4:5,1:8,3
385 chr10 50134985 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012514 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,1:8,1 0/1:.:42:27,15:13,8:14,7
386 chr10 52236745 . G A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:7,0:16,0 0/1:.:18:12,6:2,4:10,2
387 chr10 53238195 . TATACATAC T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:8,0:11,0 0/1:.:17:13,4:7,2:6,2
388 chr10 53239601 . T A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:9,1:3,0:6,1 0/1:.:19:5,7:2,3:3,4
389 chr10 53945840 . T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:4,0:3,0:1,0 0/1:.:9:1,2:1,1:0,1
390 chr10 54945339 . TA T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:33,1:13,0:20,1 0/1:.:26:20,6:10,2:10,4
391 chr10 57230752 . G GAC . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024876;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,0:7,1 0/1:.:27:12,15:6,8:6,7
392 chr10 58425110 . A G . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015017 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,1:10,0 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1
393 chr10 59305408 . G A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023764 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:32:24,8:14,4:10,4
394 chr10 59783722 . G C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045113 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1
395 chr10 60955043 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:6,0:1,0 0/1:.:22:11,7:7,3:4,4
396 chr10 61280098 . G A . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00060912 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,0:8,1 0/1:.:33:12,21:3,11:9,10
397 chr10 65770608 . G A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064666 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:17,0:10,0 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2
398 chr10 66014179 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00031329 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:15,0:21,0 0/1:.:29:20,9:11,4:9,5
399 chr10 66147608 . GTT G . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055341;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:7,0:4,0:3,0 0/1:.:19:8,6:5,4:3,2
400 chr10 67250267 . G A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07299 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:18,0:12,0 0/1:.:34:30,4:18,2:12,2
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402 chr10 70768302 . CAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0085986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:14,1:6,1:8,0 0/1:.:12:3,5:2,4:1,1
403 chr10 72562147 . C CTTTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13725;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:6,0:5,0 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0
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421 chr10 93965870 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028638;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,1:4,1:5,0 0/1:.:10:4,6:3,4:1,2
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428 chr10 102071131 . C CT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030651;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:9,0:5,0 0/1:.:18:11,5:8,3:3,2
429 chr10 103143602 . ATT A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:6,0:2,0 0/1:.:16:6,5:3,1:3,4
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431 chr10 110760998 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:8,2:10,0 0/1:.:29:17,12:11,9:6,3
432 chr10 112925985 . A T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066957 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:12,0:6,0:6,0 0/1:.:18:10,4:4,2:6,2
433 chr10 119275587 . G GCTCTCTCT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046775;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:21,1:7,0 0/1:.:18:12,4:10,2:2,2
434 chr10 120083370 . T G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:13,0:5,0:8,0 0/1:.:13:5,2:4,1:1,1
435 chr10 121437476 . ACCCC A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014495;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,0:10,0:9,0 0/1:.:27:19,7:8,4:11,3
436 chr10 121571647 . C A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:5,0:2,0 0/1:.:14:6,2:5,1:1,1
437 chr10 121878613 . G GA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00034776;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:26,2:18,2:8,0 0/1:.:20:9,11:6,8:3,3
438 chr10 125780944 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094953;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,1:7,0 0/1:.:15:7,8:2,7:5,1
439 chr10 126579255 . ATTTC A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003276;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,0:8,0:12,0 0/1:.:19:12,7:3,3:9,4
440 chr10 128219580 . CCACTCACACACT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076628;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:11,0:2,0 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1
441 chr10 129015805 . AAAAG A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042122;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:15,1:6,1 0/1:.:24:16,8:12,6:4,2
442 chr10 130149935 . A T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,0:2,0:2,0 0/1:.:21:1,2:0,0:1,2
443 chr10 131097202 . A C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:9,0:5,0:4,0 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1
444 chr10 131467195 . ATATATATATATTTTTTTTTTTTT A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:0,0:3,0 0/1:.:11:3,2:1,1:2,1
445 chr10 131540052 . C CT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024163;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,1:6,0 0/1:.:17:10,7:4,5:6,2
446 chr10 131544777 . C T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:31:23,8:7,4:16,4
447 chr10 132820734 . C T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:3,0:8,0 0/1:.:10:7,2:1,1:6,1
448 chr10 133291257 . CCT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10909;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:0,0:7,0 0/1:.:11:2,2:0,1:2,1
449 chr10 133643917 . A G . PASS DP=132;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016447 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:58,3:19,0:39,3 0/1:.:71:58,13:21,4:37,9
450 chr10 133645068 . G A . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041275 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:64,1:26,1:38,0 0/1:.:60:52,6:23,4:29,2
451 chr10 133783431 . C G . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088926 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:11,0:3,0 0/1:.:37:30,7:21,6:9,1
452 chr11 183702 . C T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022239 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:17:12,5:5,4:7,1
453 chr11 600495 . T A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:5,0:1,0:4,0 1/1:.:19:1,3:0,1:1,2
454 chr11 741547 . A C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:5,0:3,0:2,0 0/1:.:28:5,5:3,2:2,3
455 chr11 1295042 . T C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072765 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,0:11,0:7,0 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1
456 chr11 4303268 . G C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.095104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:16,0:10,0 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2
457 chr11 4625289 . A G . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016294 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:35:24,11:11,2:13,9
458 chr11 4809161 . A G . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.095104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:34:30,4:20,3:10,1
459 chr11 5194343 . A C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:1,0:9,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1
460 chr11 5608847 . A ATTTTTT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:10,0:5,1 0/1:.:17:9,7:6,4:3,3
461 chr11 9778335 . CAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:16:8,7:4,6:4,1
462 chr11 11247075 . G C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:10,0:3,0:7,0 0/1:.:11:5,4:2,1:3,3
463 chr11 14252345 . T C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:4,0:12,0 0/1:.:20:17,3:6,1:11,2
464 chr11 15502869 . CAG C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:12,0:11,0 0/1:.:21:16,4:8,1:8,3
465 chr11 15686827 . A ATTT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022595;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:9,0:8,1 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3
466 chr11 18159595 . T G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023024 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:5,1:11,0 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1
467 chr11 18442660 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,1:7,0:4,1 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2
468 chr11 18719320 . G T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.098394 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:8,0:12,0 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2
469 chr11 19777024 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024738 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:16,1:6,1 0/1:.:22:14,8:8,4:6,4
470 chr11 20717598 . T C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00047821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:18,0:11,0 0/1:.:30:20,10:13,8:7,2
471 chr11 20943055 . GT G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037847;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:20,0:11,0 0/1:.:26:22,4:15,3:7,1
472 chr11 23511207 . T TCA . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013929;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:34:27,7:15,2:12,5
473 chr11 23511224 . T C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014137 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:6,0:13,0 0/1:.:21:15,6:6,1:9,5
474 chr11 24401741 . C A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0031368 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:17,0:14,0 0/1:.:33:25,8:13,5:12,3
475 chr11 24755085 . C T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:16,0:15,0 0/1:.:32:25,7:11,4:14,3
476 chr11 24857326 . CACACAT C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045025;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:13,0:11,1 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2
477 chr11 25651441 . C T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,0:4,0:4,0 0/1:.:17:6,5:1,3:5,2
478 chr11 29636294 . C A . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025256 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:17,0:21,0 0/1:.:37:32,5:19,3:13,2
479 chr11 30184762 . TA T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049793;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:17,2:5,0 0/1:.:26:18,8:14,7:4,1
480 chr11 30635014 . T G . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024076 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:28:21,7:14,4:7,3
481 chr11 39144319 . A G . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3
482 chr11 39787606 . ATGTG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034783;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:16:10,6:7,4:3,2
483 chr11 41488761 . G C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090498 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,1:6,1:3,0 1/1:.:11:2,6:0,2:2,4
484 chr11 42844485 . AT A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.067669;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1
485 chr11 43362149 . TTGTGTG T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0084738;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:15,1:7,1 0/1:.:27:16,11:8,8:8,3
486 chr11 43488024 . G A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2
487 chr11 44037869 . A G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048788 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:9,1:12,0 0/1:.:32:24,8:12,5:12,3
488 chr11 44212306 . AAT A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:8,1:4,1:4,0 0/1:.:30:4,6:2,5:2,1
489 chr11 46418344 . T TTA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041789;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:7,0:8,0 0/1:.:19:14,5:5,4:9,1
490 chr11 47122093 . T A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,1:2,0:4,1 1/1:.:12:2,6:0,2:2,4
491 chr11 47348908 . T TTATATATATATATATATATATATA . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20798;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:1,0:4,0 0/1:.:14:8,4:3,3:5,1
492 chr11 48131053 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015103 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:12,1:7,1:5,0 0/1:.:13:6,7:4,5:2,2
493 chr11 49947563 . T G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00024011 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:13,1:6,1 0/1:.:34:14,20:9,12:5,8
494 chr11 50229965 . CT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052904;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:15,1:6,0:9,1 0/1:.:13:4,6:1,5:3,1
495 chr11 50426910 . G T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031253 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:23,0:19,0 0/1:.:32:28,4:13,2:15,2
496 chr11 51480002 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090194 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:0,0:21,0 0/1:.:27:23,4:0,0:23,4
497 chr11 51537090 . C A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:2,0:17,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4
498 chr11 51729796 . A C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042105 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:9,0:4,0 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1
499 chr11 52688708 . C T . PASS DP=99;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048127 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:48,3:38,1:10,2 0/1:.:48:39,9:29,5:10,4
500 chr11 52688895 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043382 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:0,0:16,0 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4
501 chr11 54290138 . G T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039244 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:10,0:8,0 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1
502 chr11 54359291 . T C . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046279 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:35,2:18,1:17,1 0/1:.:26:20,6:10,3:10,3
503 chr11 54367920 . C T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041789 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:19:14,5:4,2:10,3
504 chr11 54402839 . T G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:2,0:19,0 0/1:.:9:7,2:0,1:7,1
505 chr11 54421550 . C G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0
506 chr11 54533805 . G T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:2,0:6,0 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3
507 chr11 54535967 . C T . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016406 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:56,1:37,1:19,0 0/1:.:48:41,7:36,3:5,4
508 chr11 55865684 . A T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058628 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:24:18,6:12,4:6,2
509 chr11 60099331 . CAAA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:12,0:3,0:9,0 0/1:.:15:7,5:2,4:5,1
510 chr11 66587869 . G GC . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058163;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:16,0:14,0 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1
511 chr11 66654684 . G GT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042555;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,0:4,1 0/1:.:22:14,8:8,7:6,1
512 chr11 67565145 . C A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051209 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1
513 chr11 68219436 . A G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12281 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,0:7,0:5,0 0/1:.:12:5,2:2,1:3,1
514 chr11 68913043 . C A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:4,0:2,0 0/1:.:15:8,4:4,1:4,3
515 chr11 69735373 . C CAA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098884;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,1:12,1:8,0 0/1:.:17:8,6:7,4:1,2
516 chr11 69795361 . CT C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082251;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:2,0:14,0 0/1:.:20:16,4:1,1:15,3
517 chr11 70539523 . A ACTCG . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0091635;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:26:17,8:8,5:9,3
518 chr11 71174678 . C CAAAAA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011104;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,0:16,0:10,0 0/1:.:21:12,7:9,6:3,1
519 chr11 72133546 . T TTTCTTC . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011884;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:8,0:19,0 0/1:.:22:16,5:7,2:9,3
520 chr11 72785560 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013487;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:6,0:8,0 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1
521 chr11 75353801 . T A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:7,0:9,0 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3
522 chr11 76941041 . G A . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039653 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:20,1:11,0:9,1 0/1:.:33:14,6:11,3:3,3
523 chr11 77252053 . TG T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.087179;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3
524 chr11 77252061 . T G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17679 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:6,0:4,0 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3
525 chr11 78263631 . TG T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059574;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:12,0:11,0 0/1:.:24:20,4:10,1:10,3
526 chr11 80060021 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032123 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:13,0:25,0 0/1:.:33:26,7:10,3:16,4
527 chr11 81523123 . T TAC . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,1:3,0 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2
528 chr11 81523127 . T C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,1:3,0 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2
529 chr11 82662384 . T C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:20:15,5:9,4:6,1
530 chr11 83099163 . C CAAAAAAAAACA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0099416;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,0:12,0:6,0 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
531 chr11 86328929 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.175 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:9,0:5,0:4,0 0/1:.:13:5,2:1,1:4,1
532 chr11 86588499 . T C . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00033461 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:21,0:16,0 0/1:.:30:21,9:12,7:9,2
533 chr11 87092803 . T TTTACTTTTTGTAGTCTGTTGGTTTTACTTTTTGTAG . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.099229;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:32:26,5:13,3:13,2
534 chr11 87819717 . C T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,1:4,0:5,1 0/1:.:15:5,7:1,3:4,4
535 chr11 87819724 . G A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026224 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:6,0:3,0:3,0 0/1:.:14:4,6:1,3:3,3
536 chr11 87819732 . A ATGTGTGTG . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15909;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:2,0:1,0 0/1:.:13:4,5:1,2:3,3
537 chr11 87878251 . CATCT C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0087567;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:12,1:8,0:4,1 0/1:.:19:6,8:3,5:3,3
538 chr11 94419465 . G GGAGAGA . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041183;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,1:12,1:7,0 0/1:.:29:20,8:11,6:9,2
539 chr11 94908816 . T TACACACACACACAC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011868;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:7,0:3,1 0/1:.:12:4,7:4,3:0,4
540 chr11 96555089 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01451 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:13,0:14,2 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5
541 chr11 96683307 . C CA . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014356;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:19,0:13,0 0/1:.:26:21,5:10,4:11,1
542 chr11 96977486 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=48;GPV=1;SPV=1.4566e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:20,0:18,0 0/1:.:27:16,11:10,3:6,8
543 chr11 97004242 . A T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024242 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:3,0:1,0:2,0 1/1:.:9:1,7:0,2:1,5
544 chr11 97594814 . C T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019228 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:29,1:13,1:16,0 0/1:.:37:25,8:5,5:20,3
545 chr11 98392443 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037198 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2
546 chr11 99201350 . CT C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:0,0:6,0 0/1:.:10:5,4:1,2:4,2
547 chr11 103632759 . TCTAC T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.080354;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:17,0:8,0 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1
548 chr11 105209682 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029063 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:7,2:13,0 0/1:.:14:6,8:4,6:2,2
549 chr11 106353106 . C CT . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:13,0:15,0 0/1:.:29:20,9:7,3:13,6
550 chr11 106922662 . CATATATATATATAT C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031857;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,1:6,1:1,0 0/1:.:8:1,4:1,4:0,0
551 chr11 107684738 . C CA . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041535;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,0:9,0:4,0 0/1:.:17:9,8:7,6:2,2
552 chr11 109502411 . AAT A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034525;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:27,0:12,0:15,0 0/1:.:22:18,4:5,3:13,1
553 chr11 109502429 . A G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012996 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:10,0:17,0 0/1:.:28:22,6:8,4:14,2
554 chr11 109731497 . A G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.002821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:18,0:16,0 0/1:.:29:22,7:13,1:9,6
555 chr11 112325677 . G A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016747 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:7,2:15,0 0/1:.:27:17,10:8,7:9,3
556 chr11 112598573 . C CAAATAAATAAATAAATAAAT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:5,0:4,0 0/1:.:27:13,8:7,4:6,4
557 chr11 114095249 . T TC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026903;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:9,1:11,0 0/1:.:22:15,7:5,4:10,3
558 chr11 115601657 . A AT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,1:4,0:6,1 0/1:.:18:7,7:3,6:4,1
559 chr11 115603737 . GAAATAAAT G . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001114;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:9,0:14,2 0/1:.:21:10,11:8,7:2,4
560 chr11 116159183 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,0:2,0:6,0 0/1:.:24:10,4:3,3:7,1
561 chr11 116995266 . CA C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016624;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:4,1:5,0 0/1:.:13:5,8:3,7:2,1
562 chr11 118735506 . ATTCT A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:3,0:9,0 0/1:.:31:21,10:9,8:12,2
563 chr11 118774464 . CT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057692;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:5,0:1,0 0/1:.:13:5,5:3,4:2,1
564 chr11 118840260 . AAAAT A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:30,2:13,0:17,2 0/1:.:29:18,11:9,6:9,5
565 chr11 118987025 . C CAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:10,1:3,0 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1
566 chr11 119245956 . CTTTTTTTTTTT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028708;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:9,0:3,0 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1
567 chr11 119973299 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10745 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:15,0:7,0 0/1:.:31:27,4:19,1:8,3
568 chr11 120699551 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16484 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:8,0:3,0:5,0 0/1:.:19:4,2:0,1:4,1
569 chr11 121760881 . T C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,0:5,0:3,0 0/1:.:17:7,2:5,1:2,1
570 chr11 122688621 . C CTTTAT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041602;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:3,0:11,0 0/1:.:18:10,8:3,6:7,2
571 chr11 123644802 . T A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 1/1:.:9:0,3:0,3:0,0
572 chr11 124393474 . A G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:24:18,6:6,4:12,2
573 chr11 128612874 . C CGT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012445;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:10,2:8,0 0/1:.:22:12,10:9,8:3,2
574 chr11 128891439 . C CAG . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:14,1:8,0:6,1 0/1:.:27:8,6:3,5:5,1
575 chr11 130891846 . C CTT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033806;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,2:6,0 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2
576 chr11 131263798 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012694;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:11,1:3,0 0/1:.:15:7,7:5,5:2,2
577 chr11 132923091 . TA T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088906;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:11,0:11,0 0/1:.:28:24,4:9,3:15,1
578 chr11 132954139 . T TG . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030521;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:11,0:13,0 0/1:.:33:27,6:15,2:12,4
579 chr11 134406971 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024063 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:12,2:15,0 0/1:.:30:21,9:10,3:11,6
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581 chr11 134486472 . CACTGCTGTCCACTTCCTGGGGT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038556;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:13,1:6,0 0/1:.:19:13,6:6,2:7,4
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584 chr12 2603436 . C T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017823 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:31:23,8:17,5:6,3
585 chr12 3043440 . G A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019656 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,0:9,0:8,0 0/1:.:24:15,6:8,4:7,2
586 chr12 4007894 . T A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29167 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:3,0:1,0:2,0 0/1:.:27:4,3:2,2:2,1
587 chr12 5119540 . T C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034783 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:16:10,6:4,1:6,5
588 chr12 5467228 . CAAAAAAAAAAA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041563;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,1:12,1:7,0 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1
589 chr12 7126988 . A ATT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048055;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,1:5,1:7,0 0/1:.:13:6,5:3,2:3,3
590 chr12 7227909 . C CTTTTTT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0013527;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:7,0:6,0 0/1:.:14:6,8:1,7:5,1
591 chr12 7421614 . T TGTAC . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11029;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:5,0:6,0 0/1:.:8:4,2:2,1:2,1
592 chr12 7879325 . AACAAC A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058905;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:21:16,4:9,2:7,2
593 chr12 8393610 . G C . PASS DP=91;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032421 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:42,2:18,1:24,1 0/1:.:47:38,9:21,2:17,7
594 chr12 9300524 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030178 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,1:6,0 0/1:.:28:18,10:8,7:10,3
595 chr12 9354513 . GAGCAGGTGACTAAGGATGACTAAGAACAC G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063676;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:12,0:10,0 0/1:.:32:27,5:11,3:16,2
596 chr12 9443249 . G A . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,1:20,1:9,0 0/1:.:47:36,11:14,4:22,7
597 chr12 12850406 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=48;GPV=1;SPV=1.4269e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:13,0:21,0 0/1:.:15:7,8:3,3:4,5
598 chr12 14312061 . T G . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
599 chr12 18615375 . G GTATGTATA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032901;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:3,0:12,1 0/1:.:17:9,6:2,1:7,5
600 chr12 19797448 . C CAAA . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010256;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,0:10,0:8,0 0/1:.:11:6,4:4,1:2,3
601 chr12 20333572 . A G . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01767 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:18,0:16,0 0/1:.:38:32,6:12,2:20,4
602 chr12 20532689 . T C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:8,0:6,0:2,0 0/1:.:25:6,3:3,1:3,2
603 chr12 21013642 . C A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=45;GPV=1;SPV=2.979e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:13,0:19,0 0/1:.:29:17,12:9,7:8,5
604 chr12 23759038 . C G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075758 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:5,1:3,1:2,0 1/1:.:24:0,6:0,4:0,2
605 chr12 24269839 . AT A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057971;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:16:8,8:2,2:6,6
606 chr12 24984655 . C CTT . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040793;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,1:2,1:4,0 1/1:.:8:0,6:0,4:0,2
607 chr12 25869710 . A G . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012384 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:12:6,6:5,3:1,3
608 chr12 27203141 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023921 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:11,0:10,0 0/1:.:21:16,5:2,3:14,2
609 chr12 31066481 . T C . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035662 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:21,0:15,2 0/1:.:42:33,9:12,5:21,4
610 chr12 31184046 . CT C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023692;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:0,0:10,1 0/1:.:23:11,11:2,4:9,7
611 chr12 31914326 . A G . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00077284 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,0:7,1 0/1:.:18:6,12:4,4:2,8
612 chr12 34801933 . T A . PASS DP=123;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020087 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:71:67,4:34,3:33,1 0/1:.:52:42,10:20,7:22,3
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614 chr12 35200032 . C A . PASS DP=262;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030042 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:156:145,11:73,6:72,5 0/1:.:106:90,16:52,5:38,11
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630 chr12 51337539 . C CAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,1:7,1:2,0 0/1:.:15:6,9:4,8:2,1
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633 chr12 53392347 . ATT A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025519;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:9,1:11,1 0/1:.:14:8,6:5,1:3,5
634 chr12 53812274 . C T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15033 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:23:19,4:1,1:18,3
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640 chr12 57508693 . A AG . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03845;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1
641 chr12 58706722 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.0348e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:20,0:20,0 0/1:.:36:24,12:10,5:14,7
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646 chr12 64945394 . AAG A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028251;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:10,0:17,0 0/1:.:28:23,5:10,4:13,1
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654 chr12 74908819 . CGAGGTTGAGACAGCTCCTGGTGAGACCTCA C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014141;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:8,0:9,1 0/1:.:23:14,9:9,8:5,1
655 chr12 76122474 . G A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078894 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:19,0:7,0 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3
656 chr12 80178041 . TTTTC T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030556;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:5,0:8,0 0/1:.:15:10,5:2,3:8,2
657 chr12 82773462 . CT C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00062289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:12,0:4,1 0/1:.:20:8,12:3,6:5,6
658 chr12 84762680 . C A . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.001302 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:23,0:18,0 0/1:.:29:22,7:14,5:8,2
659 chr12 85879185 . T TTTTATGTATA . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044505;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:24,0:12,0:12,0 0/1:.:31:13,6:8,3:5,3
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663 chr12 89653283 . CTTT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:7,0:1,0 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1
664 chr12 91475508 . T C . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017331 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:10,2:10,0 0/1:.:25:12,13:7,3:5,10
665 chr12 92118582 . A T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031493 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:39,1:22,1:17,0 0/1:.:26:21,5:11,2:10,3
666 chr12 92988576 . CTT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:5,0:7,1 0/1:.:20:9,11:7,6:2,5
667 chr12 93142956 . C CA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.006237;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:19,0:12,0:7,0 0/1:.:21:14,7:8,6:6,1
668 chr12 94486278 . T G . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:6,1:1,0 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1
669 chr12 95037894 . C CA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012263;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:14,0:3,0 0/1:.:11:5,6:3,5:2,1
670 chr12 95239948 . A AAGAGAGAG . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1592;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:5,0:4,0 0/1:.:22:13,4:10,3:3,1
671 chr12 95757774 . A T . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:5,0:4,0:1,0 0/1:.:40:1,2:0,1:1,1
672 chr12 96458855 . C CT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0047431;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:10:5,5:2,2:3,3
673 chr12 96495907 . A G . PASS DP=78;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0013049 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:11,0:22,0 0/1:.:45:34,11:16,3:18,8
674 chr12 96512301 . T A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:6,0:4,0:2,0 0/1:.:19:4,5:3,3:1,2
675 chr12 96827083 . A T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:20,1:11,0 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2
676 chr12 97320254 . T A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04257 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,1:3,0:6,1 0/1:.:13:5,6:1,4:4,2
677 chr12 98475036 . GACACACACAC G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.080745;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,0:6,0:4,0 0/1:.:17:9,4:7,3:2,1
678 chr12 99134649 . A T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:5,0:3,0:2,0 0/1:.:27:5,5:2,4:3,1
679 chr12 99652145 . T G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010505 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:19,0:16,0 0/1:.:19:13,6:7,5:6,1
680 chr12 99899054 . C T . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=58;GPV=1;SPV=1.4604e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:17,0:25,0 0/1:.:33:19,14:12,7:7,7
681 chr12 102330236 . AT A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:14,0:8,0 0/1:.:31:24,7:10,2:14,5
682 chr12 102415596 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
683 chr12 104454404 . AAC A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012044;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:26:21,5:7,2:14,3
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685 chr12 108022596 . T TTTG . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057104;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,0:13,0:7,0 0/1:.:31:21,9:11,3:10,6
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727 chr13 28787481 . C CAA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:12,0:3,0 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1
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729 chr13 31480147 . AAG A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0012812;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:20:10,10:6,5:4,5
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732 chr13 42745737 . CA C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:13,0:1,0 0/1:.:21:13,5:9,4:4,1
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734 chr13 43936440 . T TATCTATCTATCAATC . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033787;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:32,1:16,0:16,1 0/1:.:19:12,4:5,2:7,2
735 chr13 43936452 . TATCAATC T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030621;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:28,3:14,2:14,1 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2
736 chr13 45485135 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04252 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:37,3:14,0:23,3 0/1:.:32:24,8:3,3:21,5
737 chr13 45663555 . CTT C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058687;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:18,0:5,0:13,0 0/1:.:25:15,4:2,2:13,2
738 chr13 46496965 . G GTAAATAAATAAATAAATAAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,1:5,0:3,1 0/1:.:15:4,6:1,3:3,3
739 chr13 48020311 . AAT A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0048821;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:3,0:6,1 0/1:.:13:2,7:2,6:0,1
740 chr13 48027612 . A AT . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077337;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1
741 chr13 48027615 . A T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068696 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1
742 chr13 48027625 . ATATAAT A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064462;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:13,0:17,0 0/1:.:32:28,4:14,3:14,1
743 chr13 48409570 . ATTT A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17128;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:6,0:2,0 0/1:.:18:12,4:8,3:4,1
744 chr13 61304107 . C CAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:19,2:13,2:6,0 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2
745 chr13 63173625 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048994 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:14,0:11,0:3,0 0/1:.:29:14,5:6,1:8,4
746 chr13 64411791 . A C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0012759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:16,0:5,0 0/1:.:13:7,6:4,2:3,4
747 chr13 64895993 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001042 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:15,0:18,0 0/1:.:33:24,9:14,5:10,4
748 chr13 68911615 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043382 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:7,0:9,0 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2
749 chr13 69685047 . T C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060573 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:3,0:9,1 0/1:.:11:4,7:2,1:2,6
750 chr13 69719211 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:3,0:1,0:2,0 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1
751 chr13 69719213 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:3,0:1,0:2,0 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1
752 chr13 70378174 . CATATATATATATATAGATATAT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012174;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:14:6,8:4,6:2,2
753 chr13 70701949 . T TACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026636;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:12,1:9,1:3,0 0/1:.:16:6,6:5,5:1,1
754 chr13 73186864 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
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756 chr13 73575568 . G A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05062 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:25:21,4:15,3:6,1
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758 chr13 75625433 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:3,0:1,0:2,0 1/1:.:20:1,4:1,1:0,3
759 chr13 75938283 . A G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:3,0:2,0:1,0 0/1:.:18:1,2:1,2:0,0
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769 chr13 85377184 . CT C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:14,0:4,2 0/1:.:15:8,7:8,5:0,2
770 chr13 86625205 . C CA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.007971;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:12,0:2,0 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1
771 chr13 87664276 . CG C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037237;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,0:6,1 0/1:.:19:9,10:6,5:3,5
772 chr13 89438436 . CA C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077778;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1
773 chr13 93037959 . C CAAATAAAT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025641;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:4,1:14,1 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3
774 chr13 97888192 . AAAAGAAAG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021739;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:3,0:8,0 0/1:.:15:9,6:7,3:2,3
775 chr13 100015740 . A C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015152 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:10,0:3,0:7,0 1/1:.:22:0,2:0,1:0,1
776 chr13 100328689 . A ATTT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:15:9,5:4,2:5,3
777 chr13 100585822 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027191;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:12,1:4,0 0/1:.:15:9,6:7,5:2,1
778 chr13 101254370 . C CAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:9,1:6,1:3,0 0/1:.:16:4,5:3,4:1,1
779 chr13 102297723 . A T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:4,0:2,0:2,0 0/1:.:22:1,2:1,1:0,1
780 chr13 102508430 . C CATTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:2,0:4,0 0/1:.:12:4,5:1,4:3,1
781 chr13 103458612 . TAG T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:10,0:5,0 0/1:.:21:17,4:14,1:3,3
782 chr13 103612130 . C CA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037112;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,1:5,1:2,0 0/1:.:19:4,7:3,4:1,3
783 chr13 103953936 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042336 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:17,0:5,0 0/1:.:27:22,5:11,1:11,4
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785 chr13 104991284 . A AATAT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:5,0:1,0 0/1:.:11:4,5:4,4:0,1
786 chr13 105992816 . T TCTTCCTTCCTTC . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11053;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:4,0:9,0 0/1:.:8:5,2:1,1:4,1
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795 chr14 18315569 . TA T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041596;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:24,0:13,0 0/1:.:32:28,4:11,3:17,1
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797 chr14 18467830 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018514 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:12,0:16,0 0/1:.:25:20,5:9,4:11,1
798 chr14 18566066 . TTTTA T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048514;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:4,0:17,2 0/1:.:21:14,7:4,1:10,6
799 chr14 18930347 . A ATTTTT . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00091926;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:34,0:14,0:20,0 0/1:.:33:20,8:7,2:13,6
800 chr14 19055978 . A G . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:45,0:27,0:18,0 0/1:.:36:31,5:16,1:15,4
801 chr14 19071068 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.054106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:1,0:10,0 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3
802 chr14 19084149 . G A . PASS DP=160;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021503 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:84:76,8:37,5:39,3 0/1:.:76:59,17:31,10:28,7
803 chr14 19096590 . G T . PASS DP=162;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01558 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:88:83,5:44,3:39,2 0/1:.:74:61,13:31,7:30,6
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809 chr14 19228330 . C G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04342 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:14,0:20,0 0/1:.:41:36,5:14,4:22,1
810 chr14 19258912 . C T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024789 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:19,1:0,0 0/1:.:13:8,5:7,4:1,1
811 chr14 19344454 . AG A . PASS DP=128;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013998;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:67:64,3:31,2:33,1 0/1:.:61:50,11:31,9:19,2
812 chr14 19344457 . C A . PASS DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060586 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:69:66,3:31,2:35,1 0/1:.:67:54,13:31,10:23,3
813 chr14 19353768 . T C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023715 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:0,0:13,0 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4
814 chr14 19405603 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022724 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:8,0:10,0 0/1:.:13:9,4:3,2:6,2
815 chr14 19681182 . C CAA . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023735;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,0:18,0:17,0 0/1:.:47:37,6:24,1:13,5
816 chr14 20980693 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:12,0:8,0 0/1:.:21:16,5:12,2:4,3
817 chr14 21146026 . GTCTTTCTTTCTTTCTT G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:7,0:0,0:7,0 0/1:.:13:3,3:0,0:3,3
818 chr14 21654412 . A ACACG . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:13,0:7,0:6,0 0/1:.:23:11,4:5,3:6,1
819 chr14 23466153 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018485;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:20:10,10:8,8:2,2
820 chr14 25698511 . A T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:3,0:0,0:3,0 0/1:.:19:1,2:0,0:1,2
821 chr14 26687919 . TA T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:21,0:16,0 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2
822 chr14 28145940 . A C . PASS DP=87;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:49:49,0:20,0:29,0 0/1:.:38:33,5:14,2:19,3
823 chr14 29028410 . G A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029457 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:15,1:12,2 0/1:.:32:18,14:10,4:8,10
824 chr14 34325972 . CTT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10791;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:10,0:7,0:3,0 0/1:.:16:11,4:9,3:2,1
825 chr14 34977853 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.3956 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:5,0:1,0:4,0 0/1:.:19:7,2:2,1:5,1
826 chr14 35414163 . C CT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043327;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:5,0:6,1 0/1:.:24:14,10:10,7:4,3
827 chr14 37596047 . T C . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15282 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:20,0:14,0:6,0 0/1:.:46:21,3:16,2:5,1
828 chr14 38145609 . C CA . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012694;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:14,1:10,0:4,1 0/1:.:14:7,7:7,6:0,1
829 chr14 38818307 . C CTATATATA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065801;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:17,0:14,0:3,0 0/1:.:21:15,4:13,2:2,2
830 chr14 40532846 . G GTTTGTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018648;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:3,0:4,0 0/1:.:11:3,5:1,3:2,2
831 chr14 46405223 . T A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:4,0:1,0:3,0 0/1:.:22:1,2:1,2:0,0
832 chr14 49756200 . A ATATT . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049105;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:12,1:9,0 0/1:.:37:28,9:11,4:17,5
833 chr14 52114937 . T TTTCCTTCCTTCC . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1114;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3
834 chr14 53895134 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:6,0:0,0:6,0 0/1:.:11:4,2:0,1:4,1
835 chr14 53895185 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1
836 chr14 54288840 . T TATATACATATACATATACATATAC . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:8,0:3,0:5,0 0/1:.:20:10,6:6,4:4,2
837 chr14 56792199 . GT G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046407;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1
838 chr14 57095520 . T G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.7231e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:34:20,14:12,8:8,6
839 chr14 59582919 . G A . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023817 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:25,0:19,0 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1
840 chr14 59750513 . TAA T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.125;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:10,0:2,0:8,0 0/1:.:8:4,2:0,1:4,1
841 chr14 60202790 . C CTT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:6,0:1,0 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1
842 chr14 64164087 . C CTTAT . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035323;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:7,1:14,1 0/1:.:24:15,8:6,2:9,6
843 chr14 65300809 . A ATGTGTG . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014047;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:16,0:10,0:6,0 0/1:.:13:6,4:3,3:3,1
844 chr14 66445732 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027299 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:10,1:14,1 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1
845 chr14 68957636 . C T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:24:17,7:9,6:8,1
846 chr14 70765735 . TA T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011229;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,1:5,0 0/1:.:18:9,9:5,8:4,1
847 chr14 71290262 . C CA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044851;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:8,1:1,0 0/1:.:17:8,8:5,7:3,1
848 chr14 71834185 . CAAAAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013155;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:10,0:5,1 0/1:.:13:6,6:3,4:3,2
849 chr14 73143988 . TAA T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.098383;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:3,0:4,0 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2
850 chr14 73991608 . CA C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068649;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:15,0:6,2 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2
851 chr14 74190389 . C CTTT . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026515;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:5,0:1,0:4,0 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1
852 chr14 74890124 . CT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029799;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2
853 chr14 75293331 . A AACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:7,0:5,0:2,0 0/1:.:17:6,5:5,4:1,1
854 chr14 76612005 . AGAGTGAGTGT A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031813;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:17,0:9,0:8,0 0/1:.:17:10,4:7,3:3,1
855 chr14 77019656 . AAG A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088413;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,1:7,0 0/1:.:10:4,6:2,3:2,3
856 chr14 77168290 . CAA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,0:5,0:3,0 0/1:.:15:6,5:4,4:2,1
857 chr14 77534588 . T TACACACACACACACACAC . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010101;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:1,0:3,0 0/1:.:11:1,7:0,2:1,5
858 chr14 77751844 . AC A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0019606;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:12,1:5,0 0/1:.:29:15,14:7,4:8,10
859 chr14 78062571 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1
860 chr14 83490690 . AAG A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:17,2:5,0 0/1:.:21:14,7:10,5:4,2
861 chr14 84131363 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:7,0:7,1 0/1:.:15:8,6:6,2:2,4
862 chr14 84320234 . CAA C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097902;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:4,0:1,0 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1
863 chr14 85453414 . G C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,0:3,0:2,0 0/1:.:21:4,3:1,2:3,1
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869 chr14 92661723 . T TCACACACACA . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032462;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:10,1:6,0 0/1:.:30:20,10:15,5:5,5
870 chr14 93300704 . TTGTGTGTGTGTGTG T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:4,0:10,0 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4
871 chr14 94913750 . T A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021726 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:7,1:14,1 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5
872 chr14 94940296 . T C . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044663 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:18,0:13,0 0/1:.:38:33,5:23,1:10,4
873 chr14 96177063 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041383 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:17,1:8,0 0/1:.:30:23,7:14,5:9,2
874 chr14 96407571 . CTTTCT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16319;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1
875 chr14 96432202 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1
876 chr14 97032848 . CAG C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:12:5,4:3,3:2,1
877 chr14 97849157 . TTC T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.070922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:9,0:13,0 0/1:.:25:21,4:6,3:15,1
878 chr14 98903849 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:8,0:5,0:3,0 0/1:.:17:4,4:3,3:1,1
879 chr14 99199683 . T TGTGTGCGC . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048951;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,0:3,0:3,0 0/1:.:12:3,4:2,2:1,2
880 chr14 101771222 . C CGTGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021798;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:9,1:10,0 0/1:.:21:13,7:6,3:7,4
881 chr14 101840482 . CA C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1
882 chr14 103349709 . C CA . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015574;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:14,0:14,3 0/1:.:31:20,11:9,7:11,4
883 chr14 103354084 . CAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.03028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,0:7,0:4,0 0/1:.:15:8,5:3,4:5,1
884 chr14 104308858 . G T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:13,0:2,1 0/1:.:18:11,7:9,2:2,5
885 chr14 104329521 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021554;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,0:12,0:11,0 0/1:.:22:17,5:9,2:8,3
886 chr14 104776101 . G GCC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1184;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:13,0:5,0:8,0 0/1:.:24:16,4:6,1:10,3
887 chr14 105759808 . T G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012858 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,1:14,0:15,1 0/1:.:35:26,9:15,1:11,8
888 chr14 106498330 . T G . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0056882 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:18,0:14,0 0/1:.:26:20,6:9,1:11,5
889 chr14 106710695 . C T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03925 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:11,0:17,0 0/1:.:24:20,4:5,2:15,2
890 chr15 17025880 . T TAGAG . PASS DP=137;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:88:84,4:36,0:48,4 0/1:.:49:41,8:17,1:24,7
891 chr15 17071844 . T TAATAA . PASS DP=171;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021325;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:99:82,9:37,8:45,1 0/1:.:72:54,16:21,13:33,3
892 chr15 17076653 . G T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:8,0:6,1 0/1:.:14:7,6:4,5:3,1
893 chr15 18911082 . G C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010357 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:21,2:6,1 0/1:.:31:16,15:13,13:3,2
894 chr15 20129124 . G T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:0,0:11,0 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4
895 chr15 20232140 . AAG A . PASS DP=213;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026035;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:112:103,9:47,6:56,3 0/1:.:101:83,18:35,8:48,10
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897 chr15 20237184 . CAA C . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:28,1:13,0:15,1 0/1:.:35:27,7:14,3:13,4
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953 chr15 31165579 . C CTT . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,1:2,0:3,1 0/1:.:8:0,4:0,3:0,1
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956 chr15 32195915 . TTTTG T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.002235;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:5,0:13,0 0/1:.:33:21,12:11,5:10,7
957 chr15 32532570 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0087027 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:10,0:10,0 0/1:.:33:24,9:15,1:9,8
958 chr15 32592049 . G A . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014046 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:19,0:11,0 0/1:.:37:27,10:16,4:11,6
959 chr15 32655313 . A C . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011098 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:19,0:15,0 0/1:.:33:27,6:10,3:17,3
960 chr15 33137087 . CA C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017149;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:4,1:6,0 0/1:.:14:6,8:3,6:3,2
961 chr15 33747376 . CTT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11304;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:14:10,4:8,3:2,1
962 chr15 33794043 . C T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04394 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:12,1:9,1 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3
963 chr15 33794051 . TA T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02066;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:11,1:11,1 0/1:.:11:6,5:3,2:3,3
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968 chr15 40681609 . T A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044241 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:3,1:4,0 1/1:.:17:4,13:1,3:3,10
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979 chr15 57240879 . C CAAAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:8,0:2,0:6,0 0/1:.:12:5,4:1,3:4,1
980 chr15 61175541 . T TAAATAAAAAAA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034056;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,0:3,0:4,0 0/1:.:17:6,6:2,4:4,2
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991 chr15 72519475 . GTT G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:10,0:0,0 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1
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994 chr15 75632802 . C CGTTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021053;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:11,0:1,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1
995 chr15 76431676 . CAAAA C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,1:3,1:2,0 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0
996 chr15 78632168 . TTTCTCTTTCTTTC T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07478;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:4,0:11,0 0/1:.:18:14,4:2,2:12,2
997 chr15 79789080 . C CTT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045151;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,1:4,0 0/1:.:20:13,7:7,6:6,1
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999 chr15 82096994 . ATTT A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040724;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:4,0:3,0 0/1:.:14:5,5:3,3:2,2
1000 chr15 82452998 . G A . PASS DP=171;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023137 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:93:89,4:42,0:47,4 0/1:.:78:67,11:25,3:42,8
1001 chr15 82474574 . G A . PASS DP=155;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0435 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:73:71,2:36,2:35,0 0/1:.:82:73,9:38,7:35,2
1002 chr15 82500774 . A G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025981 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:35,2:12,2:23,0 0/1:.:38:29,9:10,2:19,7
1003 chr15 82501765 . TATG T . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014393;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:64:62,1:38,0:24,1 0/1:.:41:35,6:24,4:11,2
1004 chr15 85271612 . GC G . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.086103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:11,0:8,0 0/1:.:24:20,4:10,2:10,2
1005 chr15 85379203 . CA C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:6,0:4,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1
1006 chr15 87512424 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:16,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
1007 chr15 90819258 . T A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027163 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:14,0:13,0 0/1:.:20:16,4:8,3:8,1
1008 chr15 90819305 . A T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018698 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,3:21,0:9,3 0/1:.:30:20,10:14,2:6,8
1009 chr15 91131147 . GT G . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0035566;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:13,0:8,1 0/1:.:21:12,9:8,7:4,2
1010 chr15 93448493 . A C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:11,0:4,0:7,0 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1
1011 chr15 93681124 . T C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:5,1:9,0 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1
1012 chr15 94148008 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1
1013 chr15 95251092 . ATTTC A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004222;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:6,0:15,2 0/1:.:18:9,9:1,2:8,7
1014 chr15 96823383 . A C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1
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1016 chr15 98495378 . T G . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065559 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:16:9,7:3,2:6,5
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1019 chr15 99282177 . G GTTTTTTTTT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:9,0:11,0 0/1:.:22:17,5:11,2:6,3
1020 chr15 100409381 . G A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020691 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:11,0:13,0 0/1:.:29:23,6:12,4:11,2
1021 chr15 100603166 . C T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029941 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:3,0:10,1 0/1:.:22:13,9:4,3:9,6
1022 chr15 100776662 . A ATTT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046518;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:6,1:7,0 0/1:.:18:11,7:5,4:6,3
1023 chr15 101252080 . A C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.33333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:4,0:1,0:3,0 0/1:.:30:4,2:1,1:3,1
1024 chr15 101961824 . C G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2
1025 chr16 267639 . T TACAC . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.039955;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:25,2:12,2:13,0 0/1:.:23:16,7:4,1:12,6
1026 chr16 383197 . T G . PASS DP=88;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010578 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:50:49,1:32,0:17,1 0/1:.:38:31,7:18,2:13,5
1027 chr16 1429118 . A C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040741 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:14:9,4:3,1:6,3
1028 chr16 1507841 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0085545 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:7,1:8,0 0/1:.:19:10,9:3,4:7,5
1029 chr16 4127000 . C CAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010716;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:6,0:9,1 0/1:.:19:9,8:1,4:8,4
1030 chr16 4547689 . C T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010101 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:4,1:1,0:3,1 1/1:.:12:0,7:0,1:0,6
1031 chr16 6931279 . ATCTG A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:11,0:6,0 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2
1032 chr16 6931335 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:7,0:7,0 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2
1033 chr16 6931337 . C A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:22:18,4:8,2:10,2
1034 chr16 6955080 . AC A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054348;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:16:8,7:4,4:4,3
1035 chr16 8394619 . CTTTT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048309;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,0:4,1 0/1:.:16:9,7:6,3:3,4
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1037 chr16 10317308 . T A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017857 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:5,0:3,0:2,0 1/1:.:18:0,3:0,0:0,3
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1058 chr16 24644081 . A ATTTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:2,0:8,1 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2
1059 chr16 24664769 . T TCACA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037466;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:8,1:7,0 0/1:.:19:12,7:7,6:5,1
1060 chr16 24871264 . T C . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041838 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:15,0:8,0 0/1:.:28:23,5:11,4:12,1
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1064 chr16 29050206 . C T . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:6,0:10,0 0/1:.:16:12,4:4,3:8,1
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1066 chr16 29550731 . ATTTG A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037129;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,2:8,0 0/1:.:28:19,9:9,5:10,4
1067 chr16 29713677 . A AAT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036036;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:12,0:8,0 0/1:.:17:13,4:11,2:2,2
1068 chr16 29722691 . A ATT . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028846;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:4,0:3,0 0/1:.:9:4,5:1,4:3,1
1069 chr16 30129057 . A T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.175 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:9,0:4,0:5,0 0/1:.:19:5,2:4,1:1,1
1070 chr16 32154200 . TTTTC T . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021397;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:13,2:14,0 0/1:.:46:33,13:19,8:14,5
1071 chr16 32375732 . G A . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058107 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:58:57,1:37,0:20,1 0/1:.:62:52,10:31,2:21,8
1072 chr16 32432148 . CTATTTT C . PASS DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078205;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:70:64,6:24,1:40,5 0/1:.:48:35,13:14,8:21,5
1073 chr16 32599509 . C CA . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046785;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:29,3:18,3:11,0 0/1:.:32:22,9:12,8:10,1
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1079 chr16 32838480 . CTGTT C . PASS DP=237;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00044458;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:113:70,6:29,3:41,3 0/1:.:124:67,27:35,15:32,12
1080 chr16 32852798 . C T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12846 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4
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1091 chr16 33966824 . C G . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:37,3:16,2:21,1 0/1:.:37:28,9:12,3:16,6
1092 chr16 34151621 . AG A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034946;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:20,1:15,1:5,0 0/1:.:17:10,5:5,3:5,2
1093 chr16 34801485 . C A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028951 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:21,0:21,0 0/1:.:21:16,5:9,2:7,3
1094 chr16 34821910 . A G . PASS DP=101;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027521 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:52,2:22,0:30,2 0/1:.:47:39,8:11,1:28,7
1095 chr16 36091496 . C T . PASS DP=213;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019783 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:122:112,10:43,2:69,8 0/1:.:91:74,17:23,13:51,4
1096 chr16 36091498 . T G . PASS DP=231;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033454 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:134:123,11:47,3:76,8 0/1:.:97:76,21:23,16:53,5
1097 chr16 36100859 . G C . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080998 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:81:76,5:40,1:36,4 0/1:.:80:64,16:38,7:26,9
1098 chr16 36105065 . TA T . PASS DP=151;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:86:84,2:63,2:21,0 0/1:.:65:58,7:38,4:20,3
1099 chr16 37680260 . C A . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024326 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:84:81,3:44,1:37,2 0/1:.:77:63,14:25,10:38,4
1100 chr16 46634392 . A T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:9,0:10,0 0/1:.:20:16,4:11,3:5,1
1101 chr16 47540819 . GT G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042724;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:6,1:10,0 0/1:.:18:11,6:5,5:6,1
1102 chr16 48635724 . A AGTGTGTGTGT . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088608;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:12,2:10,0 0/1:.:21:12,9:7,6:5,3
1103 chr16 48932270 . C G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22067 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:9,0:13,0 0/1:.:20:18,2:10,1:8,1
1104 chr16 49989145 . AC A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:3,0:3,0:0,0 1/1:.:17:0,2:0,0:0,2
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1106 chr16 54440281 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077778 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:1,0:11,0 0/1:.:15:11,4:2,1:9,3
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1120 chr16 61135184 . A ATATGTATACAC . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11429;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:3,0:2,0:1,0 1/1:.:12:1,3:0,2:1,1
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1124 chr16 67624071 . ATG A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057971;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:14,0:8,0:6,0 0/1:.:15:7,6:4,5:3,1
1125 chr16 69955554 . C T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030744 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,3:13,3:17,0 0/1:.:29:20,9:9,8:11,1
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1128 chr16 71049137 . C T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:35,3:19,0:16,3 0/1:.:31:23,8:9,2:14,6
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1134 chr16 75468905 . CA C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047101;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:9,0:1,0 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1
1135 chr16 75862414 . TATC T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046584;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:12,0:7,0:5,0 0/1:.:21:8,4:4,1:4,3
1136 chr16 78687090 . A AT . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0079392;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:28,3:16,2:12,1 0/1:.:31:19,12:15,6:4,6
1137 chr16 79270900 . G GTT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0053956;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:23,2:12,1:11,1 0/1:.:26:15,11:9,8:6,3
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1139 chr16 80676962 . TA T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046962;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,0:4,1 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2
1140 chr16 82797774 . C CGTGTGTGTGT . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054024;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:11,0:11,0 0/1:.:23:16,7:10,5:6,2
1141 chr16 82998862 . CT C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:7,1:6,0 0/1:.:13:7,6:6,4:1,2
1142 chr16 86144966 . T TAA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0034716;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:14,1:11,0 0/1:.:11:5,5:1,4:4,1
1143 chr16 87739097 . T C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.054545 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:3,0:10,0 0/1:.:9:6,3:3,1:3,2
1144 chr16 88174469 . T TCTGC . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026197;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:32,3:21,2:11,1 0/1:.:38:27,11:12,5:15,6
1145 chr16 88257115 . ATTTTT A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010718;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:9,1:5,0:4,1 0/1:.:23:5,9:4,7:1,2
1146 chr16 89015787 . TC T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:19,2:9,1:10,1 0/1:.:31:12,8:7,4:5,4
1147 chr16 89258553 . A AT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:8,0:6,0:2,0 0/1:.:23:11,8:5,4:6,4
1148 chr16 89616774 . A G . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044663 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:14,0:17,0 0/1:.:38:33,5:21,3:12,2
1149 chr16 89884864 . C A . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:8:5,3:0,1:5,2
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1157 chr17 2404333 . CA C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012821;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,1:3,1:7,0 0/1:.:10:2,5:2,4:0,1
1158 chr17 2923668 . G T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010449 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:9,2:11,0 0/1:.:33:16,17:7,6:9,11
1159 chr17 3401591 . A AAT . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:12,1:14,1 0/1:.:26:14,12:5,7:9,5
1160 chr17 4360640 . A G . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047026 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:29,0:14,0 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1
1161 chr17 8168035 . G T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028571 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:4,0:4,0:0,0 1/1:.:38:0,3:0,1:0,2
1162 chr17 9018549 . G GC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00033726;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:11,0:10,0 0/1:.:22:12,10:8,6:4,4
1163 chr17 10158341 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010926 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:21,2:10,1:11,1 0/1:.:17:8,7:1,4:7,3
1164 chr17 11291170 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:16,0:22,0 0/1:.:38:31,7:24,4:7,3
1165 chr17 13213571 . G A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049645 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:15,0:9,0 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3
1166 chr17 15317992 . T C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013393 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:7,0:6,1 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6
1167 chr17 15749829 . C CGGCTGAGG . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:6,0:10,1 0/1:.:15:7,8:4,2:3,6
1168 chr17 15749845 . A G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017058 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:10:3,7:2,1:1,6
1169 chr17 16208206 . A ATTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:1,0:6,0 0/1:.:11:5,4:2,2:3,2
1170 chr17 18441065 . C T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057792 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0
1171 chr17 18684907 . A AAAAAAAAAACC . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014025;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:23,1:6,0:17,1 0/1:.:15:8,5:1,3:7,2
1172 chr17 19278071 . C CAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022999;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:3,0:3,0 0/1:.:25:7,9:5,4:2,5
1173 chr17 19760400 . A G . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0039596 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:19,0:17,0 0/1:.:33:26,7:13,4:13,3
1174 chr17 21648795 . G A . PASS DP=127;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025214 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:68:64,4:37,3:27,1 0/1:.:59:48,11:28,2:20,9
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1176 chr17 21664772 . G A . PASS DP=163;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036621 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:94:91,3:49,2:42,1 0/1:.:69:61,8:39,4:22,4
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1205 chr17 40194232 . CGT C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011671;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:18,0:14,0:4,0 0/1:.:20:13,6:4,4:9,2
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1222 chr17 47359679 . G A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017544 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:1,0:7,1 0/1:.:18:7,11:3,4:4,7
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1224 chr17 49339196 . A ATT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:7,1:15,1 0/1:.:16:7,9:1,6:6,3
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1231 chr17 56881329 . A ATATT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:6,0:1,0 0/1:.:13:3,3:3,1:0,2
1232 chr17 57191903 . G A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:15,0:6,0:9,0 0/1:.:35:8,5:4,2:4,3
1233 chr17 59540251 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013369 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:8,1:0,0 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2
1234 chr17 60506622 . T A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:32:27,5:11,2:16,3
1235 chr17 61357262 . A T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:16,0:9,1 0/1:.:26:20,6:12,4:8,2
1236 chr17 61618646 . CTCTGTGTG C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057842;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:15,0:10,0:5,0 0/1:.:19:12,4:8,1:4,3
1237 chr17 62365588 . TACACACACACAC T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020875;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:11,1:7,1:4,0 0/1:.:22:9,9:7,6:2,3
1238 chr17 64294536 . T G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1
1239 chr17 66057758 . TACAC T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0401;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,1:7,1:1,0 0/1:.:29:10,11:7,7:3,4
1240 chr17 66812965 . GTC G . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010144;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:22,2:6,1:16,1 0/1:.:35:19,12:7,6:12,6
1241 chr17 69695680 . A G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048309 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:8,0:3,1 0/1:.:16:9,7:3,3:6,4
1242 chr17 70136731 . C CTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04735;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,1:6,0:6,1 0/1:.:17:10,7:5,6:5,1
1243 chr17 70517424 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025729 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:17,0:11,0 0/1:.:28:23,5:14,2:9,3
1244 chr17 71040903 . C G . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026832 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:22,1:10,0:12,1 0/1:.:15:10,5:8,3:2,2
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1246 chr17 72029732 . T C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044988 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:16,0:15,0 0/1:.:28:24,4:12,1:12,3
1247 chr17 72473470 . A AAT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051645;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:18,1:9,1:9,0 0/1:.:22:9,8:5,4:4,4
1248 chr17 72670214 . T C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:13,1:8,1:5,0 0/1:.:18:7,6:6,4:1,2
1249 chr17 72754020 . GTATA G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1
1250 chr17 78587149 . AGAG A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028662;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:11,1:10,1 0/1:.:29:19,10:8,6:11,4
1251 chr17 78778318 . AAAG A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:4,1:6,0 0/1:.:23:9,8:7,4:2,4
1252 chr17 79930064 . T C . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:4,1:3,0 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2
1253 chr17 81054242 . CT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1893;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:19:15,4:14,4:1,0
1254 chr17 82396320 . A G . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032315 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:12,1:11,0 0/1:.:26:19,7:11,4:8,3
1255 chr17 83022357 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:12:7,4:0,1:7,3
1256 chr18 51864 . T TC . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013944;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:18,0:18,2 0/1:.:34:25,9:13,1:12,8
1257 chr18 274948 . C G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2
1258 chr18 696204 . CTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037185;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:15:9,6:3,5:6,1
1259 chr18 2767584 . CTT C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065359;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:8,0:2,0 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2
1260 chr18 2858583 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2
1261 chr18 3882526 . C CA . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036102;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:14,2:5,0 0/1:.:18:11,7:7,5:4,2
1262 chr18 5308551 . G GTA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014934;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,1:5,0 0/1:.:16:9,7:6,6:3,1
1263 chr18 5557471 . G A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013809 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:22,0:17,0 0/1:.:40:34,6:17,4:17,2
1264 chr18 5958062 . G A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:14,0:10,0:4,0 0/1:.:22:13,4:8,3:5,1
1265 chr18 7960478 . T C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:9,0:3,0:6,0 0/1:.:19:6,2:4,1:2,1
1266 chr18 9512724 . T G . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:3,0:1,0:2,0 1/1:.:24:0,2:0,2:0,0
1267 chr18 9686516 . G GTT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0059696;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:7,0:9,1 0/1:.:16:8,8:2,5:6,3
1268 chr18 10530188 . CTTTTTTTTTT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:5,1:3,0 0/1:.:11:4,7:2,4:2,3
1269 chr18 10591506 . T TAAA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,1:5,1:3,0 0/1:.:9:1,4:0,2:1,2
1270 chr18 12225701 . T TGTGCACGCGC . PASS DP=78;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.0307;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,1:20,1:17,0 0/1:.:39:32,7:19,6:13,1
1271 chr18 12292488 . A C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.41667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:3,0:2,0:1,0 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1
1272 chr18 12494838 . C CA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018593;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:6,0:1,0 0/1:.:19:8,9:4,8:4,1
1273 chr18 15162430 . C T . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:17,0:20,0 0/1:.:35:31,4:19,3:12,1
1274 chr18 15373143 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032384 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:13,0:27,0 0/1:.:31:27,4:14,3:13,1
1275 chr18 15407772 . G A . PASS DP=320;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088719 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:153:146,7:71,6:75,1 0/1:.:167:146,21:71,12:75,9
1276 chr18 15410003 . A T . PASS DP=246;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025184 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:126:120,6:60,4:60,2 0/1:.:120:105,15:52,7:53,8
1277 chr18 15493194 . T C . PASS DP=110;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017311 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:60:60,0:29,0:31,0 0/1:.:50:45,5:25,4:20,1
1278 chr18 15599941 . T A . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031632 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:65,1:15,0:50,1 0/1:.:54:48,6:14,3:34,3
1279 chr18 15600114 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012297 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:30,0:14,0 0/1:.:24:18,6:13,1:5,5
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1284 chr18 18140558 . A T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07913 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1
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1287 chr18 18909928 . C G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2
1288 chr18 19025362 . C T . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018548 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:89,2:40,1:49,1 0/1:.:70:62,8:44,2:18,6
1289 chr18 19170562 . A G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034309 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:33,1:7,0:26,1 0/1:.:23:18,5:4,1:14,4
1290 chr18 19276510 . A G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11166 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:0,0:12,0 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4
1291 chr18 20330396 . A G . PASS DP=159;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:92:90,2:47,2:43,0 0/1:.:67:59,8:31,7:28,1
1292 chr18 20760315 . T A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036782 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:4,0:9,0 0/1:.:16:11,5:5,4:6,1
1293 chr18 21268560 . CATATAT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,1:4,1:3,0 0/1:.:16:4,8:3,5:1,3
1294 chr18 21577361 . T TA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017458;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:14,1:8,0:6,1 0/1:.:15:2,6:2,3:0,3
1295 chr18 22057625 . C CAAAAA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:13,2:9,0 0/1:.:24:16,8:7,6:9,2
1296 chr18 24583250 . C CTTT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12238;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:0,0:3,0 0/1:.:14:4,6:2,4:2,2
1297 chr18 26304168 . G GT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:4,0:3,0:1,0 0/1:.:17:2,7:0,6:2,1
1298 chr18 26725024 . A AT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10779;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:11,0:2,0 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1
1299 chr18 27426450 . T C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038561 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:18,0:14,0 0/1:.:27:23,4:17,1:6,3
1300 chr18 31342897 . G A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.000516 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:13,0:9,0:4,0 1/1:.:12:1,5:1,4:0,1
1301 chr18 32009632 . C CCTTTCTTT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097778;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:3,0:11,0 0/1:.:15:10,3:2,1:8,2
1302 chr18 36973812 . T TACAC . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041026;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:17,1:14,0:3,1 0/1:.:12:6,4:3,3:3,1
1303 chr18 39950720 . G C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00092727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:23:16,7:7,3:9,4
1304 chr18 40363369 . CTTT C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085139;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:0,0:8,0 0/1:.:11:7,4:4,1:3,3
1305 chr18 40447856 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:9,0:12,0 0/1:.:32:25,7:16,4:9,3
1306 chr18 40455211 . GAAAA G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:10,0:1,0 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1
1307 chr18 43167523 . ATT A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.02531;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:12,0:14,0 0/1:.:26:21,5:8,3:13,2
1308 chr18 43394389 . T A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:8,0:3,0:5,0 0/1:.:19:6,2:4,1:2,1
1309 chr18 43693309 . A T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017857 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:5,0:0,0 1/1:.:8:0,3:0,0:0,3
1310 chr18 44576090 . T TTGTGTG . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012836;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:12,1:6,0:6,1 0/1:.:21:7,8:2,4:5,4
1311 chr18 47066847 . T TTA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:6,1:3,1:3,0 0/1:.:11:2,6:1,3:1,3
1312 chr18 49466890 . C CT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10134;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:16,6:12,4:4,2
1313 chr18 50416874 . CT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015152;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,1:4,1:2,0 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0
1314 chr18 51130149 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0073959 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5
1315 chr18 51130159 . C CT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,0:5,1 0/1:.:23:13,9:4,4:9,5
1316 chr18 51781600 . A AATAT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031857;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:4,1:3,1:1,0 0/1:.:10:1,7:1,5:0,2
1317 chr18 53619319 . A ATT . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028638;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,1:6,1:3,0 0/1:.:13:4,6:4,5:0,1
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1319 chr18 54344116 . C T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:7,0:18,1 0/1:.:18:13,5:5,1:8,4
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1321 chr18 55142800 . TAGAGA T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013164;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,1:14,1:8,0 0/1:.:24:13,7:7,4:6,3
1322 chr18 55511330 . T TAAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:15,0:6,0 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1
1323 chr18 55511331 . T A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037594 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,1:5,1:3,0 0/1:.:19:3,10:3,8:0,2
1324 chr18 57579265 . A ATATATATATGTGTGTATATC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.09062;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,0:8,0:8,0 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2
1325 chr18 57687773 . ATT A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018157;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:29:16,13:7,8:9,5
1326 chr18 59504384 . CTT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011474;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:12,1:7,0 0/1:.:19:9,10:7,6:2,4
1327 chr18 60023593 . A AATATAT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27273;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:2,0:3,0 0/1:.:12:4,2:2,1:2,1
1328 chr18 63660930 . G A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:14,0:14,0 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1
1329 chr18 64545677 . TATATAGGATATAC T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,1:12,1:9,0 0/1:.:23:14,7:11,3:3,4
1330 chr18 64962267 . T C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011012 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:6,0:10,1 0/1:.:15:8,7:4,2:4,5
1331 chr18 69190458 . A T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:3,0:1,0:2,0 0/1:.:31:1,2:0,1:1,1
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1333 chr18 69606273 . AAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014275;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:15,1:5,1:10,0 0/1:.:25:10,8:5,1:5,7
1334 chr18 70540585 . GATATATATATATAT G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:2,0:2,0 0/1:.:11:6,4:4,2:2,2
1335 chr18 72388085 . T A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029463 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:18,0:18,0 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3
1336 chr18 74266751 . A C . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:3,0:2,0:1,0 0/1:.:34:1,2:1,1:0,1
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1338 chr18 77446346 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:23,2:10,1:13,1 0/1:.:21:7,6:5,4:2,2
1339 chr18 80092331 . GTATA G . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05154;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:17,0:4,0 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4
1340 chr19 140571 . C T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027769 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:63:59,4:23,2:36,2 0/1:.:56:45,11:18,6:27,5
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1342 chr19 2347162 . T TTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29601;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:26:22,3:9,2:13,1
1343 chr19 2405706 . CT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.00289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:15,0:2,0 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1
1344 chr19 2582656 . AT A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037466;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:8,1:7,0 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4
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1346 chr19 3423759 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=49;GPV=1;SPV=1.256e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:16,0:18,0 0/1:.:31:18,13:12,7:6,6
1347 chr19 3491089 . T C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:3,0:7,0 0/1:.:22:17,5:5,2:12,3
1348 chr19 4125070 . G GAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030571;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:21,1:13,1:8,0 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1
1349 chr19 4827372 . CAAAAAAAA C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14757;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:3,0:3,0 0/1:.:17:10,5:2,4:8,1
1350 chr19 5801650 . G T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031869 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:14,1:4,0 0/1:.:25:17,8:16,5:1,3
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1352 chr19 6676927 . C CA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:7,0:6,0 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0
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1354 chr19 7197758 . A AGTGTGT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,1:4,0:2,1 0/1:.:8:1,4:1,3:0,1
1355 chr19 8076248 . G A . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042577 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:29,0:11,0:18,0 0/1:.:35:30,5:13,2:17,3
1356 chr19 8086465 . A ATTTT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032529;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:35:20,13:15,5:5,8
1357 chr19 8544330 . G A . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:24,0:13,0 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2
1358 chr19 8574579 . C CTTTCTTTCTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:2,0:6,1 0/1:.:12:4,6:1,1:3,5
1359 chr19 8635325 . A T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:3,0:2,0:1,0 0/1:.:23:1,2:1,1:0,1
1360 chr19 8747672 . T A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:9,0:22,0 0/1:.:17:13,4:3,3:10,1
1361 chr19 8873540 . CT C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=5.9538e-05;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,1:5,0:5,1 0/1:.:17:0,9:0,4:0,5
1362 chr19 9030826 . A C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:6,0:3,0:3,0 0/1:.:18:1,2:0,1:1,1
1363 chr19 11162219 . A AAAAAG . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.7012e-05;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,0:9,0:13,0 0/1:.:26:11,12:4,6:7,6
1364 chr19 11640496 . A ATGTGTGTG . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020067;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:7,0:8,0 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2
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1368 chr19 13189908 . C CT . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:6,1:4,0 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0
1369 chr19 13345889 . C T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014884 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,1:5,0 0/1:.:10:3,7:3,5:0,2
1370 chr19 13402875 . T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:4,0:5,0 0/1:.:10:3,4:2,1:1,3
1371 chr19 14770680 . T C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012097 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:3,0:18,0 0/1:.:12:8,4:6,1:2,3
1372 chr19 15571336 . TATCTATCTATCTATCTA T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:7,0:7,0 0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
1373 chr19 15615997 . TCTC T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065637;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:5,0:13,0 0/1:.:20:16,4:5,3:11,1
1374 chr19 15856977 . T A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:3,0:2,0:1,0 0/1:.:14:2,5:1,2:1,3
1375 chr19 16857553 . G A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016748 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:20,1:9,1:11,0 0/1:.:23:9,9:6,2:3,7
1376 chr19 17485191 . C CTTTTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036089;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:3,1:12,0 0/1:.:13:7,5:1,1:6,4
1377 chr19 20282962 . C A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.070707 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:5,0:2,0:3,0 0/1:.:12:3,4:3,1:0,3
1378 chr19 22253443 . T G . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1
1379 chr19 23417477 . TA T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071429;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:2,0:1,0 1/1:.:9:1,4:0,3:1,1
1380 chr19 23727196 . CA C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010589;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:10,2:9,0 0/1:.:14:5,9:3,6:2,3
1381 chr19 24896047 . A G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.0204 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:16,0:0,1 0/1:.:27:17,10:17,9:0,1
1382 chr19 25379529 . T C . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:8,0:0,0 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0
1383 chr19 25938406 . G T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11067 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:1,0:14,0 0/1:.:9:6,2:0,0:6,2
1384 chr19 30606276 . TA T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088935;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:17,0:10,0:7,0 0/1:.:25:18,4:12,2:6,2
1385 chr19 30606287 . AAAAT A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044477;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:17,0:10,0:7,0 0/1:.:26:12,4:6,2:6,2
1386 chr19 30609895 . T TATCCATCC . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025944;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:7,2:11,0 0/1:.:16:9,7:2,5:7,2
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1388 chr19 35153883 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024351 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:20,0:19,0 0/1:.:27:23,4:12,3:11,1
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1404 chr19 48521892 . G GTCTCTCTC . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22085;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:4,0:4,0 0/1:.:20:15,4:5,3:10,1
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1406 chr19 49587479 . AT A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041254;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:24:18,6:11,4:7,2
1407 chr19 49625193 . G A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=51;GPV=1;SPV=7.2838e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:20,0:16,0 0/1:.:24:13,11:8,5:5,6
1408 chr19 50078397 . CAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017848;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,1:8,0:4,1 0/1:.:20:8,8:4,7:4,1
1409 chr19 50500004 . C T . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047343 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,1:5,0 0/1:.:12:6,4:6,4:0,0
1410 chr19 52533843 . C A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046407 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:8,1:3,0 0/1:.:13:7,6:4,4:3,2
1411 chr19 54275657 . C T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017127 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:16,1:15,0 0/1:.:23:17,6:7,4:10,2
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1418 chr19 57840075 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,1:4,1:2,0 1/1:.:8:2,6:2,3:0,3
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1420 chr19 58427381 . T TC . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:10,0:2,0:8,0 0/1:.:25:15,5:2,1:13,4
1421 chr19 58587018 . G T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012501 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:26,0:16,0 0/1:.:32:27,5:15,4:12,1
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1424 chr2 570333 . T TAAGAAG . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047286;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,1:14,1:7,0 0/1:.:24:16,6:11,5:5,1
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1427 chr2 2275202 . A ATGTG . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010096;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,1:8,1:10,0 0/1:.:19:8,10:6,8:2,2
1428 chr2 3813732 . C CT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:8,1:2,1:6,0 0/1:.:8:1,4:1,2:0,2
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1430 chr2 4651060 . CTT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023024;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:11,1:5,0 0/1:.:21:13,8:10,5:3,3
1431 chr2 4718956 . A T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1592 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:13,4:8,1:5,3
1432 chr2 6496000 . G T . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01931 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:34,1:12,1:22,0 0/1:.:38:30,8:19,4:11,4
1433 chr2 7174967 . AATCTATCT A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015677;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:10,1:10,0 0/1:.:23:15,8:7,4:8,4
1434 chr2 8686620 . A G . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045179 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:2,0:11,1 0/1:.:20:9,11:4,4:5,7
1435 chr2 8912377 . A G . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,0:5,0:1,0 0/1:.:27:6,3:1,2:5,1
1436 chr2 9503137 . C CA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.008898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:9,1:3,0 0/1:.:21:10,11:6,9:4,2
1437 chr2 10587017 . AAAAT A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:14:8,6:2,1:6,5
1438 chr2 11135668 . T G . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.46154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:4,0:2,0:2,0 0/1:.:31:7,2:4,1:3,1
1439 chr2 11339543 . A C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:5,0:3,0:2,0 1/1:.:26:0,2:0,0:0,2
1440 chr2 11630245 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00029214 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:15,0:28,0 0/1:.:28:20,8:8,5:12,3
1441 chr2 13816704 . A T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:13,0:14,0 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2
1442 chr2 15528527 . T C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016908 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:12,0:6,0:6,0 0/1:.:32:9,6:5,1:4,5
1443 chr2 15781103 . A AGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0050173;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:10,0:5,1 0/1:.:25:13,12:7,10:6,2
1444 chr2 17623669 . CA C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033618;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:8,1:5,0 0/1:.:17:7,10:6,9:1,1
1445 chr2 18296497 . A ATATGTATG . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053015;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:8,0:12,0 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3
1446 chr2 19218734 . C CGTGT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016023;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:8,2:10,0 0/1:.:23:13,10:9,6:4,4
1447 chr2 22200777 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:34,1:22,0:12,1 0/1:.:33:26,7:13,3:13,4
1448 chr2 22698282 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10784 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:4,0:3,0 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1
1449 chr2 25396731 . TA T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028886;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:19:9,10:7,7:2,3
1450 chr2 27183611 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019346;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:21:13,8:10,6:3,2
1451 chr2 27346016 . CT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082707;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2
1452 chr2 28878537 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.091949 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:3,0:3,0 0/1:.:35:11,7:4,4:7,3
1453 chr2 28887447 . C CAA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037112;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,1:5,1:2,0 0/1:.:13:4,7:4,5:0,2
1454 chr2 29099454 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:20,0:11,0 0/1:.:25:20,5:12,2:8,3
1455 chr2 35920002 . A AGAAGGAAGGAAGGAAG . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038406;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:13,1:3,0:10,1 0/1:.:17:8,6:5,3:3,3
1456 chr2 38708107 . A AAAAAT . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024338;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:31,2:10,0:21,2 0/1:.:29:21,8:9,4:12,4
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1458 chr2 42478956 . ATT A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0071642;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:11,2:9,0 0/1:.:33:19,14:9,9:10,5
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1464 chr2 56201079 . CACACACA C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010718;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:9,1:6,0:3,1 0/1:.:22:5,9:4,7:1,2
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1467 chr2 59142055 . A T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021744 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:16,0:15,0 0/1:.:29:24,5:15,1:9,4
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1475 chr2 72466344 . C CA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0064629;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:7,1:8,0 0/1:.:27:14,12:9,10:5,2
1476 chr2 73188370 . G GACACACACACACACACACACAC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019258;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:12,1:2,0 0/1:.:28:16,11:11,9:5,2
1477 chr2 74729699 . CA C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041026;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:9,1:8,0 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1
1478 chr2 76299016 . TCACA T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:6,1:5,0 0/1:.:24:12,10:8,5:4,5
1479 chr2 76719692 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020229 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:0,0:11,1 0/1:.:13:6,7:1,2:5,5
1480 chr2 77867054 . T A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053015 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:20,0:12,0:8,0 0/1:.:37:16,4:10,2:6,2
1481 chr2 79701997 . CAAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043344;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:11,1:5,1:6,0 0/1:.:14:5,5:1,4:4,1
1482 chr2 80375562 . C CTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11624;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:6,0:5,0 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1
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1484 chr2 83404730 . ATT A . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045113;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:9,0:2,0 0/1:.:12:7,4:5,2:2,2
1485 chr2 85955841 . A C . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072072 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:21,0:10,0:11,0 0/1:.:27:13,3:2,2:11,1
1486 chr2 86863570 . TG T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013049;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,1:14,0:16,1 0/1:.:31:23,8:11,2:12,6
1487 chr2 86864113 . C G . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025587 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:48:44,4:25,3:19,1 0/1:.:38:28,10:12,8:16,2
1488 chr2 87300700 . TTCTC T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010322;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:4,1:15,1 0/1:.:25:14,11:8,5:6,6
1489 chr2 87364750 . TGATGA T . PASS DP=129;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038426;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:69:68,1:44,1:24,0 0/1:.:60:54,6:27,3:27,3
1490 chr2 87879624 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:2,0:14,0 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3
1491 chr2 89589711 . A G . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024263 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:60,6:34,0:26,6 0/1:.:39:29,10:19,6:10,4
1492 chr2 89650616 . C CTT . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006563;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:53,3:31,0:22,3 0/1:.:68:52,15:30,7:22,8
1493 chr2 89847500 . GT G . PASS DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013621;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:75:69,6:33,3:36,3 0/1:.:61:47,14:21,6:26,8
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1516 chr2 92557295 . G C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11275 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:10,0:2,0 0/1:.:24:19,5:15,1:4,4
1517 chr2 92602274 . T C . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036743 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:63,1:42,1:21,0 0/1:.:55:49,6:24,3:25,3
1518 chr2 92603441 . T C . PASS DP=164;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0059011 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:89:84,4:19,0:65,4 0/1:.:75:59,13:10,1:49,12
1519 chr2 92604879 . T G . PASS DP=232;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010682 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:123:119,4:44,3:75,1 0/1:.:109:96,13:34,6:62,7
1520 chr2 92616386 . A G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049522 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:11,0:22,0 0/1:.:31:27,4:2,0:25,4
1521 chr2 92620049 . A G . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04222 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:76:73,3:28,0:45,3 0/1:.:49:42,7:8,2:34,5
1522 chr2 92620365 . C G . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011236 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:12,1:19,0 0/1:.:36:27,9:14,6:13,3
1523 chr2 92650830 . GC G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024824;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:39,2:34,1:5,1 0/1:.:24:18,6:16,2:2,4
1524 chr2 92674343 . T C . PASS DP=317;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:177:170,7:118,2:52,5 0/1:.:140:126,14:73,9:53,5
1525 chr2 92696402 . A T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10217 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:5,0:3,0 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1
1526 chr2 92826303 . T C . PASS DP=141;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003961 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:93:93,0:20,0:73,0 0/1:.:48:43,5:6,2:37,3
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1578 chr2 127243868 . T TA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027999;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:10,0:6,1 0/1:.:23:14,8:8,6:6,2
1579 chr2 129526980 . C A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=65;GPV=1;SPV=2.9935e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:25,0:15,0 0/1:.:22:10,12:5,5:5,7
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1582 chr2 131038880 . G A . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:36:26,10:18,6:8,4
1583 chr2 131214489 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,2:18,1:19,1 0/1:.:34:27,7:16,3:11,4
1584 chr2 131270480 . GA G . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024918;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:34,3:21,0:13,3 0/1:.:44:32,12:16,8:16,4
1585 chr2 131769099 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,0:5,1 0/1:.:8:4,4:3,1:1,3
1586 chr2 137736499 . TATATAC T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047431;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:8,1:6,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1
1587 chr2 140068469 . T TATACCAGATTTTTACCATTTGTG . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049194;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:26,1:14,1:12,0 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4
1588 chr2 141463595 . A AT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1
1589 chr2 141690408 . T A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:4,0:2,0:2,0 0/1:.:16:5,4:4,1:1,3
1590 chr2 141947280 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014003 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:9,1:5,0 0/1:.:31:18,13:14,8:4,5
1591 chr2 145047601 . T A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12939 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:10,0:11,0 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2
1592 chr2 146865588 . C G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045694 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:11,0:6,0:5,0 0/1:.:31:13,6:4,2:9,4
1593 chr2 148971290 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016129 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:19,2:11,0:8,2 0/1:.:25:10,8:8,6:2,2
1594 chr2 151376865 . CT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075758;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,1:0,1:5,0 0/1:.:10:0,6:0,4:0,2
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1614 chr2 169385034 . A AAATTTTTTTTTTTTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:7,0:3,1 0/1:.:17:9,8:4,6:5,2
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1617 chr2 169722209 . A ATTTCT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017965;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:8,0:16,2 0/1:.:22:14,8:6,3:8,5
1618 chr2 170246529 . GAC G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027123;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:11,1:7,0:4,1 0/1:.:20:4,9:3,2:1,7
1619 chr2 172255267 . C CAAA . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027473;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,1:6,1:5,0 0/1:.:10:0,4:0,3:0,1
1620 chr2 173618962 . T G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065325 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:9,0:4,0 0/1:.:20:15,5:7,2:8,3
1621 chr2 174599794 . T A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088578 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:6,1:3,1:3,0 1/1:.:21:1,7:1,1:0,6
1622 chr2 176216868 . C CTT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011071;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,1:8,1:3,0 0/1:.:17:7,9:6,8:1,1
1623 chr2 176653173 . G A . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052006 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:22,0:19,0 0/1:.:39:35,4:19,2:16,2
1624 chr2 178102428 . GT G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045652;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:7,0:4,0 0/1:.:16:10,5:4,4:6,1
1625 chr2 178431116 . G T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0056346 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:8,1:5,0 0/1:.:23:11,12:6,4:5,8
1626 chr2 179071823 . CAA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031813;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:12,0:5,0 0/1:.:15:10,4:8,3:2,1
1627 chr2 179578958 . T C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036676 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:12,0:13,0 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2
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1641 chr2 191699845 . T C . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036411 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:22,1:15,0 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3
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1644 chr2 197922877 . A G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:11,0:5,0 0/1:.:10:7,3:4,2:3,1
1645 chr2 198932135 . A AAT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055222;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:12,0:14,0 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1
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1647 chr2 201836041 . A ATT . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046548;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:15,0:13,1 0/1:.:23:17,5:10,4:7,1
1648 chr2 201836066 . ATTTATAT A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012299;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:31,2:16,1:15,1 0/1:.:25:17,8:10,5:7,3
1649 chr2 205941708 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029614;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,0:6,1 0/1:.:17:7,9:6,7:1,2
1650 chr2 206267100 . CTTTTTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:4,1:6,0 0/1:.:10:3,4:2,3:1,1
1651 chr2 206917458 . C A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,0:6,0:8,0 0/1:.:16:7,6:4,4:3,2
1652 chr2 208739374 . G GGTGTAGTAACTCTCCACCTGCTCCAGGACTGCAATGGGGTA . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013669;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:10,0:13,0 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3
1653 chr2 209303733 . T A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023791 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:9,1:4,0 0/1:.:29:13,16:8,10:5,6
1654 chr2 209303734 . C T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0035533 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:9,1:4,0 0/1:.:26:12,14:8,10:4,4
1655 chr2 209938710 . C G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030681 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:9,1:17,0 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3
1656 chr2 211913659 . A G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:10,1:1,0:9,1 0/1:.:17:3,4:0,0:3,4
1657 chr2 211944164 . C CTA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018873;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:12,0:6,1 0/1:.:15:9,6:5,4:4,2
1658 chr2 212702650 . TAA T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1184;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:13,0:4,0:9,0 0/1:.:25:16,4:9,3:7,1
1659 chr2 212864382 . TTTA T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076832;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:11,0:11,0 0/1:.:26:22,4:7,1:15,3
1660 chr2 216320834 . C CT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040248;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,0:3,0:5,0 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1
1661 chr2 217229439 . CTTTT C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047101;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,0:7,0:3,0 0/1:.:15:9,5:5,4:4,1
1662 chr2 217548941 . T TATA . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028003;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:11,0:14,0 0/1:.:26:21,5:14,3:7,2
1663 chr2 217961262 . G C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:15,0:8,0 0/1:.:21:17,4:6,1:11,3
1664 chr2 221990260 . T A . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:24:19,5:6,4:13,1
1665 chr2 222084688 . C CTTTTT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:4,0:7,0 0/1:.:12:6,4:2,2:4,2
1666 chr2 223713425 . GA G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023173;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:13,0:8,0 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1
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1668 chr2 224044146 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013765 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:20,0:7,0:13,0 0/1:.:18:8,4:2,3:6,1
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1687 chr2 241558052 . G GAAACAGACACACACACACACACACAC . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11996;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:15,0:9,0:6,0 0/1:.:26:19,4:10,1:9,3
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1694 chr20 11769171 . CT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065359;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,0:6,0:4,0 0/1:.:11:3,5:1,3:2,2
1695 chr20 12877545 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086346 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:18,0:13,0 0/1:.:35:28,7:10,4:18,3
1696 chr20 12987132 . A AT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038123;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:10,0:8,0 0/1:.:18:11,7:5,4:6,3
1697 chr20 13675308 . AAG A . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022876;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,0:9,0:1,0 0/1:.:16:4,4:4,4:0,0
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1701 chr20 20090688 . CAAAAA C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035523;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:8,1:1,1:7,0 0/1:.:17:6,8:5,7:1,1
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1703 chr20 22049169 . CTCTT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.056522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:10,0:0,0:10,0 0/1:.:18:10,5:0,2:10,3
1704 chr20 23067956 . G GAAGGGCCTGTACAGGCCA . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021771;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:14,1:9,0 0/1:.:19:13,6:6,4:7,2
1705 chr20 23766959 . A T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034525 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:15,0:12,0 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1
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1708 chr20 26550290 . C A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:13,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0
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1711 chr20 28633833 . A G . PASS DP=126;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018934 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:64:61,3:27,1:34,2 0/1:.:62:51,11:24,6:27,5
1712 chr20 28641934 . C T . PASS DP=208;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039612 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:110:100,10:48,5:52,5 0/1:.:98:80,18:47,7:33,11
1713 chr20 28645762 . G C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13043 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:12,0:3,0 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1
1714 chr20 28695349 . C A . PASS DP=187;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:105:102,3:66,3:36,0 0/1:.:82:69,13:44,10:25,3
1715 chr20 28695373 . G A . PASS DP=194;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0036884 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:109:103,6:65,4:38,2 0/1:.:85:69,16:41,12:28,4
1716 chr20 28890297 . CCACTACACTA C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085139;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:11:7,4:0,0:7,4
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1718 chr20 29249039 . C T . PASS DP=225;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03171 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:134:126,8:65,5:61,3 0/1:.:91:78,13:42,7:36,6
1719 chr20 29329155 . A G . PASS DP=353;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:173:162,11:77,6:85,5 0/1:.:180:158,22:81,14:77,8
1720 chr20 29333312 . C T . PASS DP=262;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:129:121,8:64,4:57,4 0/1:.:133:114,19:57,13:57,6
1721 chr20 29392197 . T C . PASS DP=184;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:98:94,4:42,0:52,4 0/1:.:86:76,10:29,2:47,8
1722 chr20 29481486 . T C . PASS DP=139;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:79:77,2:25,1:52,1 0/1:.:60:53,7:21,2:32,5
1723 chr20 29519222 . G C . PASS DP=195;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013099 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:99:94,5:31,1:63,4 0/1:.:96:81,15:31,7:50,8
1724 chr20 29968649 . C G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:9,0:4,0 0/1:.:8:6,2:5,1:1,1
1725 chr20 30357212 . C T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045414 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:34,3:19,2:15,1 0/1:.:40:30,10:14,3:16,7
1726 chr20 30366406 . A T . PASS DP=148;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01618 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:88:80,8:52,8:28,0 0/1:.:60:46,14:34,11:12,3
1727 chr20 30510253 . A G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018627 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:13,1:5,1:8,0 0/1:.:8:1,3:1,2:0,1
1728 chr20 30642103 . A T . PASS DP=398;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:211:199,12:85,9:114,3 0/1:.:187:163,24:58,7:105,17
1729 chr20 31059010 . G A . PASS DP=334;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.02949 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:184:170,14:62,8:108,6 0/1:.:150:128,22:49,13:79,9
1730 chr20 31059753 . C A . PASS DP=231;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012721 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:120:114,4:58,2:56,2 0/1:.:111:95,13:49,9:46,4
1731 chr20 31059935 . G C . PASS DP=301;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013745 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:169:163,6:68,4:95,2 0/1:.:132:118,14:34,3:84,11
1732 chr20 31064245 . G A . PASS DP=792;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021682 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:399:365,34:200,23:165,11 0/1:.:393:341,52:178,22:163,30
1733 chr20 31085947 . A C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083578 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:7,0:8,0 0/1:.:19:15,4:6,1:9,3
1734 chr20 32240836 . A ATTATTTATTTATTTAT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15398;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:7,0:4,0 0/1:.:22:16,4:10,2:6,2
1735 chr20 34035175 . A AAAAC . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:9,1:5,0:4,1 0/1:.:8:2,4:0,3:2,1
1736 chr20 34456196 . ATATATATATATATATATATTT A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10784;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:5,0:2,0 0/1:.:13:7,4:5,1:2,3
1737 chr20 34879504 . C G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=2;GPV=1;SPV=0.50909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:3,0:1,0:2,0 0/1:.:24:6,2:5,1:1,1
1738 chr20 35887797 . A G . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014606 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:11,1:8,1 0/1:.:26:12,14:6,10:6,4
1739 chr20 36977673 . AGAGAGG A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023908;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:9,1:9,1 0/1:.:8:3,4:0,2:3,2
1740 chr20 36981394 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044675 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:43,1:24,1:19,0 0/1:.:32:27,5:10,4:17,1
1741 chr20 37614565 . ATATATAT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013369;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,1:6,0:2,1 1/1:.:13:2,6:0,3:2,3
1742 chr20 38877952 . GT G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:6,0:1,0 0/1:.:8:4,2:3,1:1,1
1743 chr20 39652207 . G A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020355 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:27:20,7:9,3:11,4
1744 chr20 43862624 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10577 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:1,0:4,0 0/1:.:14:6,5:1,1:5,4
1745 chr20 43867150 . CTTAT C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:19,2:5,1:14,1 0/1:.:22:12,8:5,4:7,4
1746 chr20 47293184 . GAGGCAGGC G . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12821;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:8,0:0,0 0/1:.:9:3,2:3,2:0,0
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1748 chr20 47903273 . T C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064666 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:19,0:8,0 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1
1749 chr20 47903274 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.074163 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:19,0:8,0 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1
1750 chr20 48661556 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2
1751 chr20 48892265 . T C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10021 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:12,0:6,0:6,0 0/1:.:19:13,4:4,2:9,2
1752 chr20 50988466 . CTT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:7,0:3,0 0/1:.:15:10,4:3,3:7,1
1753 chr20 51031528 . T C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16319 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,0:6,0:4,0 0/1:.:24:15,4:7,1:8,3
1754 chr20 51666680 . A C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046752 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:9,2:11,0 0/1:.:20:13,7:8,6:5,1
1755 chr20 52010141 . CA C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047101;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:6,0:4,0 0/1:.:14:9,5:6,4:3,1
1756 chr20 53608921 . G A . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016026 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:12,0:19,0 0/1:.:39:29,10:13,6:16,4
1757 chr20 53633596 . CA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021859;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:19:8,10:6,8:2,2
1758 chr20 54278310 . T TTTTTTTTTG . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04257;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,1:4,0:5,1 0/1:.:12:5,6:1,3:4,3
1759 chr20 55387694 . A G . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.31818 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:5,0:2,0:3,0 0/1:.:24:5,2:3,1:2,1
1760 chr20 56019407 . C T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014756 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:23,0:14,0 0/1:.:30:25,5:14,3:11,2
1761 chr20 56599418 . A G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12318 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:21:15,4:8,3:7,1
1762 chr20 56636525 . C CA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020223;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:16,1:2,1 0/1:.:28:16,11:8,6:8,5
1763 chr20 57091116 . A C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:3,0:1,0 0/1:.:8:2,2:2,1:0,1
1764 chr20 57392017 . C CGCCCCCACCACCCCAGGCCCCG . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:8,0:0,0:8,0 0/1:.:9:5,2:0,0:5,2
1765 chr20 57394312 . AGCCTGGCTCCCAGGTGAATGGGTCCCCTGGG A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040748;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:17,1:11,0 0/1:.:33:26,7:10,3:16,4
1766 chr20 57928552 . C A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:0,0:12,0 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
1767 chr20 58468429 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010842 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:11,1:8,1 0/1:.:32:15,17:8,7:7,10
1768 chr20 61097719 . AAGAAAGAAAG A . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090909;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:15,0:0,0 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0
1769 chr20 61406544 . G A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,0:5,1 0/1:.:9:3,6:2,5:1,1
1770 chr20 63357202 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,0:12,0:6,0 0/1:.:20:10,4:8,2:2,2
1771 chr21 6130115 . A G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:8,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
1772 chr21 6366981 . A G . PASS DP=309;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027326 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:180:169,11:93,3:76,8 0/1:.:129:112,17:61,9:51,8
1773 chr21 7246474 . T C . PASS DP=144;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:72:71,1:31,1:40,0 0/1:.:72:63,9:27,3:36,6
1774 chr21 7281808 . G A . PASS DP=101;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027767 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:50:48,2:19,0:29,2 0/1:.:51:42,9:22,2:20,7
1775 chr21 7947794 . G GTCCAGTCCAT . PASS DP=201;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031456;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:101:94,6:49,4:45,2 0/1:.:100:85,15:40,10:45,5
1776 chr21 7947815 . T A . PASS DP=177;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020605 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:92:85,6:43,4:42,2 0/1:.:85:70,15:33,10:37,5
1777 chr21 7957223 . T A . PASS DP=128;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03872 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:78:60,2:24,0:36,2 0/1:.:50:34,6:8,2:26,4
1778 chr21 7965559 . A AT . PASS DP=264;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00088446;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:145:137,8:75,4:62,4 0/1:.:119:97,22:52,13:45,9
1779 chr21 8005255 . G C . PASS DP=248;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019159 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:130:124,6:63,2:61,4 0/1:.:118:103,15:47,9:56,6
1780 chr21 8030412 . A C . PASS DP=89;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0063525 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:49,3:34,3:15,0 0/1:.:37:27,10:15,6:12,4
1781 chr21 8401989 . C T . PASS DP=474;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021329 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:224:208,16:23,8:185,8 0/1:.:250:217,33:24,25:193,8
1782 chr21 8435420 . T TCGCC . PASS DP=5598;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00028582;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:2934:2638,286:1477,71:1161,215 0/1:.:2664:2310,337:1364,89:946,248
1783 chr21 8537569 . C T . PASS DP=100;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032146 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:44,1:28,1:16,0 0/1:.:55:47,8:33,5:14,3
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1785 chr21 8578142 . G A . PASS DP=149;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:80:74,6:40,4:34,2 0/1:.:69:54,15:34,7:20,8
1786 chr21 8589456 . G A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05132 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:0,0:17,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4
1787 chr21 8695775 . A T . PASS DP=126;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0042662 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:63:62,1:35,1:27,0 0/1:.:63:53,10:26,8:27,2
1788 chr21 8775198 . G T . PASS DP=197;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001024 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:110:101,9:41,7:60,2 0/1:.:87:65,22:32,16:33,6
1789 chr21 8781605 . C A . PASS DP=217;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0055804 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:121:119,2:62,2:57,0 0/1:.:96:86,10:50,8:36,2
1790 chr21 8781618 . C T . PASS DP=198;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058495 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:116:111,5:55,4:56,1 0/1:.:82:69,13:36,11:33,2
1791 chr21 8837938 . G A . PASS DP=317;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016888 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:173:156,17:99,9:57,8 0/1:.:144:117,27:65,17:52,10
1792 chr21 8842106 . G T . PASS DP=309;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016938 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:146:135,11:58,4:77,7 0/1:.:163:137,26:42,7:95,19
1793 chr21 8846496 . G A . PASS DP=372;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004447 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:210:199,11:135,11:64,0 0/1:.:162:140,22:81,17:59,5
1794 chr21 8846884 . A G . PASS DP=555;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027437 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:304:291,13:124,10:167,3 0/1:.:251:224,27:106,13:118,14
1795 chr21 8858565 . G C . PASS DP=458;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:238:218,20:138,13:80,7 0/1:.:220:185,35:120,19:65,16
1796 chr21 8879787 . G T . PASS DP=490;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010153 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:276:260,16:143,5:117,11 0/1:.:214:188,26:90,11:98,15
1797 chr21 8880579 . G A . PASS DP=291;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017566 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:169:157,12:100,8:57,4 0/1:.:122:103,19:54,9:49,10
1798 chr21 8881334 . C T . PASS DP=459;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0013742 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:244:222,22:129,15:93,7 0/1:.:215:174,41:91,28:83,13
1799 chr21 9004659 . A T . PASS DP=152;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020846 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:79:75,4:42,0:33,4 0/1:.:73:61,12:34,5:27,7
1800 chr21 9110881 . T C . PASS DP=466;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:254:232,22:106,7:126,15 0/1:.:212:180,32:82,8:98,24
1801 chr21 9113097 . A G . PASS DP=235;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021457 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:134:125,9:75,8:50,1 0/1:.:101:85,16:42,10:43,6
1802 chr21 9135876 . A G . PASS DP=506;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013737 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:300:275,25:161,15:114,10 0/1:.:206:175,31:95,18:80,13
1803 chr21 9251550 . C G . PASS DP=918;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028071 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:475:438,37:221,17:217,20 0/1:.:443:391,52:196,23:195,29
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1805 chr21 9254628 . G A . PASS DP=610;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:309:280,29:164,11:116,18 0/1:.:301:255,46:135,28:120,18
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1848 chr21 12986633 . G C . PASS DP=117;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023482 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:67:66,1:34,0:32,1 0/1:.:50:44,6:21,3:23,3
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1851 chr21 13439493 . C T . PASS DP=85;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044791 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:21,0:19,0 0/1:.:45:37,8:15,2:22,6
1852 chr21 13785658 . A G . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037636 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,1:17,1:18,0 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3
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1854 chr21 18387612 . TACACACACAC T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0047012;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:16,2:4,0 0/1:.:25:12,11:10,3:2,8
1855 chr21 18524192 . T A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.6426e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:17,0:21,0 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6
1856 chr21 20018873 . A T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:3,0:2,0:1,0 0/1:.:35:1,2:0,1:1,1
1857 chr21 20226487 . A C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:17,0:10,0 0/1:.:26:21,5:13,1:8,4
1858 chr21 20226496 . GAA G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071318;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:18,0:3,0 0/1:.:24:20,4:14,1:6,3
1859 chr21 23550269 . C CT . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024242;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:3,1:0,0:3,1 1/1:.:24:0,7:0,3:0,4
1860 chr21 23675046 . CAAA C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024224;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:11,0:1,0 0/1:.:13:8,5:7,3:1,2
1861 chr21 24012201 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024163;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:6,0:9,1 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2
1862 chr21 25869337 . A AT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030401;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:23:14,8:9,7:5,1
1863 chr21 27298891 . G GTTTT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063246;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,0:5,0:3,0 0/1:.:14:8,5:3,3:5,2
1864 chr21 27627497 . T TATATATATAAAG . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0079457;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,1:10,1:7,0 0/1:.:10:4,5:0,2:4,3
1865 chr21 30144611 . A G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020907 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:25,2:13,2:12,0 0/1:.:30:17,13:8,11:9,2
1866 chr21 30367795 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029565 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:2,0:7,0 0/1:.:18:10,7:3,2:7,5
1867 chr21 30498226 . G T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019656 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:19,0:6,0:13,0 0/1:.:31:13,5:3,4:10,1
1868 chr21 33097231 . CT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026248;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:15:8,7:3,6:5,1
1869 chr21 33490120 . C CT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.062963;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:5,0:6,0 0/1:.:17:12,5:6,3:6,2
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1871 chr21 34682801 . A AT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27198;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:4,0:3,0:1,0 0/1:.:14:8,4:3,1:5,3
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1897 chr22 10736362 . C T . PASS DP=404;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088025 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:201:184,17:122,13:62,4 0/1:.:203:169,34:109,21:60,13
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1899 chr22 10759967 . G A . PASS DP=208;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0066894 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:106:97,9:48,3:49,6 0/1:.:102:80,22:34,10:46,12
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1919 chr22 11910813 . C A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,0:28,0:9,0 0/1:.:29:22,5:15,2:7,3
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1921 chr22 11973283 . T C . PASS DP=176;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015678 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:94:87,7:40,4:47,3 0/1:.:82:66,16:40,7:26,9
1922 chr22 12040665 . A G . PASS DP=370;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041138 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:218:199,19:79,5:120,14 0/1:.:152:129,23:45,14:84,9
1923 chr22 12044639 . GA G . PASS DP=90;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046052;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:50:44,2:19,1:25,1 0/1:.:40:32,7:17,2:15,5
1924 chr22 12049523 . G T . PASS DP=228;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031173 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:131:122,9:18,0:104,9 0/1:.:97:82,15:11,1:71,14
1925 chr22 12072529 . G C . PASS DP=235;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00078271 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:135:123,12:72,8:51,4 0/1:.:100:75,25:32,17:43,8
1926 chr22 12106831 . C G . PASS DP=189;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025498 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:106:97,9:47,5:50,4 0/1:.:83:67,16:32,9:35,7
1927 chr22 12120271 . A G . PASS DP=209;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044559 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:121:112,9:47,5:65,4 0/1:.:88:74,14:26,2:48,12
1928 chr22 12123970 . G T . PASS DP=269;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0046247 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:145:136,9:71,3:65,6 0/1:.:124:103,21:51,10:52,11
1929 chr22 12130801 . G A . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024599 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:38,4:9,0:29,4 0/1:.:25:17,8:4,2:13,6
1930 chr22 12130802 . A T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011252 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:37,3:9,0:28,3 0/1:.:24:16,8:3,2:13,6
1931 chr22 12137240 . A C . PASS DP=426;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037793 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:243:226,17:128,11:98,6 0/1:.:183:160,23:74,18:86,5
1932 chr22 12155367 . G A . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012972 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:29,3:19,3:10,0 0/1:.:42:25,13:18,8:7,5
1933 chr22 12288875 . C A . PASS DP=96;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03997 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:40,2:19,1:21,1 0/1:.:54:44,10:23,6:21,4
1934 chr22 12292772 . A T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00084379 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:30:20,10:10,6:10,4
1935 chr22 12357045 . C T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015055 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:60:59,1:33,0:26,1 0/1:.:59:51,8:30,3:21,5
1936 chr22 12421818 . G T . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032338 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,2:22,1:15,1 0/1:.:42:33,9:18,5:15,4
1937 chr22 12428705 . G A . PASS DP=197;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023183 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:97:93,4:46,3:47,1 0/1:.:100:87,13:63,9:24,4
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1967 chr22 16319475 . GTTCCATTCGATTCCATTCGATGATGATTCTATTCGAGTCAATTTGATGA G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063246;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:2,0:6,0 0/1:.:13:8,5:5,4:3,1
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1975 chr22 18570148 . A ATTTTT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018062;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:18,0:15,0:3,0 0/1:.:15:8,4:8,4:0,0
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1992 chr22 23316582 . A G . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028073 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:8,1:12,1 0/1:.:21:13,8:3,3:10,5
1993 chr22 24003398 . T TG . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033752;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:33,3:18,2:15,1 0/1:.:32:23,9:12,3:11,6
1994 chr22 24259872 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10034 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:9,0:10,0 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2
1995 chr22 24582886 . A AT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:14,1:4,1 0/1:.:28:14,14:8,8:6,6
1996 chr22 24811868 . C CAA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015459;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:15,1:4,0 0/1:.:24:14,8:13,5:1,3
1997 chr22 25001199 . GTA G . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041365;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:12,0:19,0 0/1:.:27:23,4:12,2:11,2
1998 chr22 25606170 . T C . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0053319 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:15,0:21,2 0/1:.:37:26,11:12,5:14,6
1999 chr22 28805331 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032805;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:7,1:3,0 0/1:.:21:11,10:7,9:4,1
2000 chr22 31171156 . C CTTATTTATTTAT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023537;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:11,0:5,0:6,0 0/1:.:17:7,5:2,2:5,3
2001 chr22 31458925 . CT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11424;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:21:15,6:12,4:3,2
2002 chr22 31588730 . T C . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022331 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:18,0:24,0 0/1:.:28:24,4:7,1:17,3
2003 chr22 33978252 . T A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,1:7,1:3,0 1/1:.:11:1,4:0,3:1,1
2004 chr22 34209120 . AAC A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.06037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:19,0:12,0 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2
2005 chr22 36831777 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051084 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:8,0:5,0:3,0 0/1:.:20:7,5:1,1:6,4
2006 chr22 37786950 . G GC . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04773;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,0:16,0:21,0 0/1:.:34:30,4:12,2:18,2
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2065 chr3 72954399 . C CTGTGTGTGTG . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:5,0:8,0 0/1:.:26:15,8:9,4:6,4
2066 chr3 72961676 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.28173 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:5,0:2,0:3,0 0/1:.:21:11,4:6,1:5,3
2067 chr3 73492984 . C CTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:4,1:3,0:1,1 0/1:.:13:1,6:1,5:0,1
2068 chr3 74557727 . G GA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018904;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:12,1:8,0 0/1:.:24:16,8:13,7:3,1
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2071 chr3 75146030 . AAG A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:11,0:3,0:8,0 0/1:.:36:22,6:13,4:9,2
2072 chr3 75688170 . AT A . PASS DP=201;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040911;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:109:100,9:43,1:57,8 0/1:.:92:76,16:29,2:47,14
2073 chr3 75760751 . A AG . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0061467;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:47:43,3:26,1:17,2 0/1:.:35:23,10:15,4:8,6
2074 chr3 75886383 . T A . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014585 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:17,0:12,0 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2
2075 chr3 77754334 . A C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033651 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:30,1:14,0:16,1 0/1:.:21:16,5:4,2:12,3
2076 chr3 79844065 . T TTATC . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.0264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:13,0:8,2 0/1:.:25:16,9:8,4:8,5
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2078 chr3 80976193 . TGATAGATAGATAGATA T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094934;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:8,0:10,0 0/1:.:25:20,4:6,1:14,3
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2123 chr3 122011677 . T TCACACACACACACACACACACACA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037933;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:10,0:12,0 0/1:.:18:11,6:7,4:4,2
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2125 chr3 130225729 . C T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019062 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:16,0:2,0 0/1:.:17:12,5:11,4:1,1
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2127 chr3 133451110 . C CA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12771;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:1,0:3,0 0/1:.:23:8,7:5,5:3,2
2128 chr3 134063803 . AAAAGAAAG A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027191;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:16,1:10,1:6,0 0/1:.:19:9,6:5,3:4,3
2129 chr3 136468906 . T C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:12,0:16,0 0/1:.:26:22,4:11,1:11,3
2130 chr3 138890301 . C CT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:12,0:7,0:5,0 0/1:.:20:5,6:3,4:2,2
2131 chr3 138902538 . A AATAT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,1:2,1:5,0 0/1:.:22:6,9:2,8:4,1
2132 chr3 140236824 . A AGTGT . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036342;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:18,0:7,0:11,0 0/1:.:30:21,6:14,4:7,2
2133 chr3 140982625 . C CAA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02039;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,0:7,0:4,0 0/1:.:19:11,7:8,6:3,1
2134 chr3 141969152 . G GAT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019763;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:6,0:8,0 0/1:.:11:6,4:6,2:0,2
2135 chr3 149003115 . T A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:8,0:4,0:4,0 0/1:.:25:2,2:1,1:1,1
2136 chr3 151624121 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029252 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:3,0:10,1 0/1:.:21:9,12:5,4:4,8
2137 chr3 153312790 . C CAAAA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055478;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:22:16,6:11,4:5,2
2138 chr3 153441820 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,0:5,1 0/1:.:19:7,12:1,2:6,10
2139 chr3 156854542 . TTCC T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1019;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:14,0:11,0 0/1:.:34:30,4:20,3:10,1
2140 chr3 160066329 . C CT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:4,0:1,0:3,0 0/1:.:16:5,6:4,4:1,2
2141 chr3 163465110 . C CA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090498;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:6,0:3,0 0/1:.:9:3,5:3,4:0,1
2142 chr3 164818501 . C A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034373 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:26,0:9,0 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2
2143 chr3 168275645 . G GT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023376;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,1:9,1:5,0 0/1:.:20:11,8:5,7:6,1
2144 chr3 171990754 . C CTT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:3,0:6,0 0/1:.:11:4,4:1,3:3,1
2145 chr3 174066516 . G GTCTC . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055901;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:8,0:3,0 0/1:.:13:8,4:5,3:3,1
2146 chr3 175120067 . TG T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072331;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:36:32,4:16,3:16,1
2147 chr3 177748197 . A T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017544 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:11,0:9,0:2,0 0/1:.:19:6,5:3,4:3,1
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2207 chr4 36192168 . GTTT G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17677;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:5,0:2,0 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1
2208 chr4 36720645 . A ATATC . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,0:10,0:5,0 0/1:.:24:17,4:6,2:11,2
2209 chr4 37012768 . G T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00039798 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:16,0:27,0 0/1:.:24:17,7:8,4:9,3
2210 chr4 37211052 . A T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072233 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2
2211 chr4 40332547 . C CA . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:22,1:15,0:7,1 0/1:.:26:18,8:14,7:4,1
2212 chr4 40466265 . CA C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:10,0:1,0 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1
2213 chr4 42300053 . C CT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:0,0:18,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4
2214 chr4 43758049 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012085 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:15,1:7,1 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5
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2217 chr4 45024171 . CTATATGTCTTCA C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:9:5,4:4,2:1,2
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2278 chr4 122112868 . G A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:38,3:25,3:13,0 0/1:.:38:28,10:15,8:13,2
2279 chr4 124915672 . TTCTTTCTTTC T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:11:6,4:0,1:6,3
2280 chr4 126392918 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00044441 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:20,0:22,0 0/1:.:24:17,7:6,5:11,2
2281 chr4 127045665 . A AACACACACAC . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,1:10,0 0/1:.:26:18,8:7,3:11,5
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2347 chr5 7288789 . CTCTTCCTCT C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043206;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:3,1:16,0 0/1:.:24:17,7:7,1:10,6
2348 chr5 7958101 . G GGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032417;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:10,1:8,1 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2
2349 chr5 8084323 . G A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011528 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:5,0:10,0 0/1:.:20:13,7:5,2:8,5
2350 chr5 8690102 . AC A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022022;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:32,0:9,0:23,0 0/1:.:32:25,5:10,1:15,4
2351 chr5 9162382 . A ATGTG . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012187;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:25,2:13,0:12,2 0/1:.:21:13,8:5,4:8,4
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2419 chr5 86055564 . G A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.175 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:8,0:1,0 0/1:.:8:5,2:3,1:2,1
2420 chr5 86122820 . A G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044318 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:25,2:14,2:11,0 0/1:.:15:10,5:2,2:8,3
2421 chr5 88616181 . G C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097251 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:5,0:8,0 0/1:.:18:14,4:7,3:7,1
2422 chr5 96954616 . CTCTATA C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022413;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,2:9,1:11,1 0/1:.:20:12,8:7,6:5,2
2423 chr5 97884467 . G GA . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:15,1:5,0 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1
2424 chr5 99412646 . C CA . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=38;GPV=1;SPV=0.00014325;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:16,0:19,0 0/1:.:21:13,8:8,6:5,2
2425 chr5 100593972 . CTA C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:14,0:9,0 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2
2426 chr5 100594072 . A G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,1:17,0:13,1 0/1:.:31:22,7:12,2:10,5
2427 chr5 101559293 . T A . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:3,0:0,0:3,0 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1
2428 chr5 103237446 . GCT G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025708;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3
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2490 chr6 371693 . G T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013865 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:16,0:8,1 0/1:.:26:18,8:8,4:10,4
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2492 chr6 469154 . C CTG . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00081572;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,0:9,0:7,0 0/1:.:17:7,8:3,3:4,5
2493 chr6 1210780 . TAA T . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:6,0:0,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0
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2496 chr6 5432314 . TA T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,0:8,1 0/1:.:18:7,6:2,5:5,1
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2498 chr6 8263179 . CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.080745;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,0:2,0:8,0 0/1:.:13:9,4:1,2:8,2
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2561 chr6 115825283 . AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:4,0:4,0:0,0 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3
2562 chr6 116410721 . G A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:14:8,6:5,3:3,3
2563 chr6 116544151 . A AAGAGAGAGAGAG . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:6,1:9,0 0/1:.:18:9,7:8,6:1,1
2564 chr6 116865983 . TTC T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:7,1:13,0 0/1:.:19:13,6:3,3:10,3
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2615 chr7 742697 . AAT A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029495;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,1:14,1:15,0 0/1:.:14:10,4:9,1:1,3
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2625 chr7 20067485 . A T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:6,0:5,0:1,0 1/1:.:16:1,3:1,2:0,1
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2627 chr7 24290778 . T A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046942 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:15,1:9,0 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1
2628 chr7 25697442 . T TACACACACACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,0:5,1 0/1:.:19:7,10:2,6:5,4
2629 chr7 28612543 . G GGTGTGT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:12,1:11,1:1,0 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3
2630 chr7 30754636 . TATCC T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0069119;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:11,0:5,1 0/1:.:11:5,6:2,5:3,1
2631 chr7 34349020 . C T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016807 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3
2632 chr7 38260126 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036816 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:17,0:10,2 0/1:.:24:17,7:5,5:12,2
2633 chr7 39796351 . C A . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024657 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:51,0:20,0:31,0 0/1:.:35:31,4:17,3:14,1
2634 chr7 39915687 . T C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:3,0:0,0:3,0 0/1:.:9:1,2:0,1:1,1
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2638 chr7 51017427 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054027 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:19,0:14,0 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2
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2698 chr7 76976851 . G A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:8,0:15,1 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2
2699 chr7 77063861 . C T . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:65,1:51,0:14,1 0/1:.:54:45,9:35,8:10,1
2700 chr7 77095255 . G A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0095925 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:8,0:20,3 0/1:.:22:13,9:7,2:6,7
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2702 chr7 82288424 . C T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:4,0:2,0:2,0 1/1:.:14:0,2:0,0:0,2
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2745 chr7 144149753 . G GATAT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016624;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,0:5,1 0/1:.:14:5,9:2,4:3,5
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2768 chr8 4519932 . T TGTGTGC . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019748;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:11,1:8,1 0/1:.:31:17,11:14,5:3,6
2769 chr8 6003697 . G T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:11,0:20,0 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2
2770 chr8 6115237 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033264 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:11,0:9,1 0/1:.:19:13,6:7,3:6,3
2771 chr8 6982675 . T C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
2772 chr8 7238156 . T A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043956 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:11:3,3:2,1:1,2
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2774 chr8 7418450 . GA G . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010659;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:35,0:7,0 0/1:.:41:32,9:22,5:10,4
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2839 chr8 86248962 . TAG T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10313;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:6,0:15,0 0/1:.:29:25,4:11,1:14,3
2840 chr8 86720839 . TACAC T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003612;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:12,0:10,0:2,0 0/1:.:18:3,5:1,1:2,4
2841 chr8 87464454 . C CT . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:9,1:1,0 0/1:.:20:10,10:8,9:2,1
2842 chr8 88025273 . CT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063246;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:4,0:4,0 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3
2843 chr8 90776540 . AGTGTGTGTGTGT A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024256;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,1:6,0:4,1 0/1:.:19:7,8:2,7:5,1
2844 chr8 95937969 . G A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010395 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4
2845 chr8 96103865 . A AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:2,0:2,0 0/1:.:13:5,4:5,4:0,0
2846 chr8 97600759 . A T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:10,0:3,0 0/1:.:10:6,2:4,1:2,1
2847 chr8 98869034 . G GGAAGGAAGGAAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039271;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:15,2:9,0 0/1:.:15:9,5:7,4:2,1
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2909 chr9 33353683 . C CT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:7,0:3,0 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0
2910 chr9 33605339 . GTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTC G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00095261;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:9,1:5,1:4,0 1/1:.:18:2,10:1,3:1,7
2911 chr9 37123194 . T G . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.3 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:7,0:3,0:4,0 0/1:.:34:7,2:1,1:6,1
2912 chr9 38833653 . A C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15766 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:11,0:6,0 0/1:.:21:18,3:12,2:6,1
2913 chr9 38967545 . C T . PASS DP=115;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017549 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:68:63,5:32,4:31,1 0/1:.:47:33,14:13,9:20,5
2914 chr9 38975542 . T C . PASS DP=98;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029466 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:47,5:16,0:31,5 0/1:.:46:34,12:15,3:19,9
2915 chr9 38986958 . C A . PASS DP=104;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006405 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:62:57,5:30,4:27,1 0/1:.:42:30,12:17,7:13,5
2916 chr9 38986960 . AT A . PASS DP=104;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0082588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:56,5:30,4:26,1 0/1:.:43:31,12:17,7:14,5
2917 chr9 39015483 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:23,1:8,0 0/1:.:36:29,7:24,6:5,1
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2919 chr9 39069432 . A G . PASS DP=159;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043685 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:75:68,7:32,5:36,2 0/1:.:84:67,17:25,5:42,12
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3051 chr9 115087704 . T C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034129 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:14,1:9,1 0/1:.:13:8,5:5,2:3,3
3052 chr9 115437902 . A G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032622 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:17,1:9,1:8,0 0/1:.:27:16,8:10,4:6,4
3053 chr9 117258532 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00023122 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:45,0:22,0:23,0 0/1:.:28:20,8:4,4:16,4
3054 chr9 118198912 . CA C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027999;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:14,1:2,0 0/1:.:22:14,8:10,6:4,2
3055 chr9 120057856 . G A . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14737 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:2,0:10,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1
3056 chr9 123848228 . TAAAAAA T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:5,0:4,0 0/1:.:14:7,5:6,4:1,1
3057 chr9 125899298 . A AAT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010016;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:28,1:16,1:12,0 0/1:.:14:9,5:4,2:5,3
3058 chr9 126576134 . ATT A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:12:7,5:6,2:1,3
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3061 chr9 133271060 . GTGTGTATATATATATATATA G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:5,0:4,1 0/1:.:14:5,7:2,5:3,2
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3116 chrX 61167576 . G T . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032769 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:55:53,2:13,0:40,2 0/1:.:50:42,8:21,3:21,5
3117 chrX 61341924 . T A . PASS DP=102;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:48,3:34,0:14,3 0/1:.:51:40,11:22,2:18,9
3118 chrX 62916769 . A T . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=65;GPV=1;SPV=2.5777e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:19,0:22,0 0/1:.:34:18,16:9,6:9,10
3119 chrX 63217312 . A G . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010792 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:19,0:9,0:10,0 0/1:.:18:10,5:1,1:9,4
3120 chrX 68592885 . TATTA T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12846;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1
3121 chrX 71021787 . A C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042246 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:11,0:15,0 0/1:.:40:34,6:15,2:19,4
3122 chrX 71172639 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:22,0:15,0 0/1:.:29:25,4:16,3:9,1
3123 chrX 72172701 . CAA C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,0:3,0:1,0 0/1:.:25:6,4:3,1:3,3
3124 chrX 72741616 . T C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0063526 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:23:17,6:7,5:10,1
3125 chrX 77121961 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1
3126 chrX 79838647 . G GATTATATATATAT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:12,1:9,0:3,1 0/1:.:12:5,5:3,3:2,2
3127 chrX 81417054 . T C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003548 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:11,0:15,0 0/1:.:34:25,9:15,4:10,5
3128 chrX 83091207 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35217 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:4,0:3,0:1,0 0/1:.:28:11,4:6,3:5,1
3129 chrX 85044272 . A G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.062015 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:37:32,5:21,3:11,2
3130 chrX 85535286 . AAAAAG A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0035851;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:15,0:3,1 0/1:.:30:17,13:15,7:2,6
3131 chrX 86654260 . C G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00054683 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:10,0:9,0 0/1:.:16:8,8:3,3:5,5
3132 chrX 87205365 . G GA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037648;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:12,1:9,1:3,0 0/1:.:20:9,7:7,4:2,3
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3187 chrY 11114445 . CT C . PASS DP=198;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.025103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:115:104,11:57,8:47,3 0/1:.:83:66,17:43,11:23,6
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3191 chrY 11210966 . C A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15398 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:2,0:9,0 0/1:.:20:16,4:0,0:16,4
3192 chrY 11253162 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:4,0:10,0 0/1:.:13:7,6:0,2:7,4
3193 chrY 11259725 . G A . PASS DP=304;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:164:155,9:89,7:66,2 0/1:.:140:123,17:71,12:52,5
3194 chrY 11260010 . A G . PASS DP=318;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018729 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:171:158,13:92,8:66,5 0/1:.:147:124,23:71,13:53,10
3195 chrY 11260073 . T A . PASS DP=434;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00073403 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:225:213,12:117,4:96,8 0/1:.:209:178,31:105,15:73,16
3196 chrY 11260181 . A T . PASS DP=285;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020174 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:151:144,7:60,2:84,5 0/1:.:134:118,16:66,6:52,10
3197 chrY 11283782 . G A . PASS DP=195;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0414 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:99:93,6:50,0:43,6 0/1:.:96:82,14:43,8:39,6
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