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#CHROM	POS	ID	REF	ALT	QUAL	FILTER	INFO	FORMAT	NORMAL	TUMOR
chr1	596365	.	A	G	.	PASS	DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090872	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:19,0:15,0:4,0	0/1:.:23:16,7:8,4:8,3
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chr1	753088	.	C	T	.	PASS	DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036872	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:28:28,0:17,0:11,0	0/1:.:32:27,5:18,3:9,2
chr1	803762	.	T	A	.	PASS	DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.081606	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:10,0:16,0	0/1:.:42:37,5:18,3:19,2
chr1	864068	.	CA	C	.	PASS	DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049568;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:40:37,3:21,1:16,2	0/1:.:28:21,7:10,4:11,3
chr1	2031615	.	GCTGCAGGACCCAGGTGTCTGGGGCGCTACCATCCT	G	.	PASS	DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025971;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:29:27,2:14,1:13,1	0/1:.:22:15,7:11,5:4,2
chr1	2086056	.	T	C	.	PASS	DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.42424	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:4,0:4,0:0,0	0/1:.:34:6,2:1,1:5,1
chr1	2852846	.	G	T	.	PASS	DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094538	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:23:23,0:18,0:5,0	0/1:.:12:8,4:8,3:0,1
chr1	6535928	.	C	CA	.	PASS	DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026907;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:19,2:10,1:9,1	0/1:.:21:12,8:6,4:6,4
chr1	6555867	.	T	C	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29371	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:11:4,0:1,0:3,0	0/1:.:17:6,3:1,1:5,2
chr1	8255373	.	C	CTTCT	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16643;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:11,0:1,0:10,0	0/1:.:21:17,4:5,3:12,1
chr1	8400224	.	G	A	.	PASS	DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017896	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:32:32,0:21,0:11,0	0/1:.:20:16,4:9,2:7,2
chr1	9026881	.	C	T	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.007971	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:14,0:9,0:5,0	0/1:.:14:8,6:8,2:0,4
chr1	9546174	.	AT	A	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:16,0:9,0:7,0	0/1:.:16:12,4:10,1:2,3
chr1	10014343	.	G	A	.	PASS	DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=45;GPV=1;SPV=2.6013e-05	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:36:36,0:19,0:17,0	0/1:.:24:14,10:8,5:6,5
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chr1	12508542	.	TAAA	T	.	PASS	DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022983;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:11,1:6,0:5,1	0/1:.:31:17,14:9,8:8,6
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chr1	13658425	.	G	A	.	PASS	DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035545	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:14,1:10,0:4,1	0/1:.:21:13,8:11,4:2,4
chr1	15398276	.	C	CAA	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015942;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:14,0:10,0:4,0	0/1:.:16:8,5:5,3:3,2
chr1	15632912	.	C	CT	.	PASS	DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:11:11,0:6,0:5,0	0/1:.:16:12,4:7,3:5,1
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chr1	15632934	.	A	T	.	PASS	DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017391	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:10,0:7,0:3,0	0/1:.:17:9,7:3,3:6,4
chr1	16166221	.	GCCAT	G	.	PASS	DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011166;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:12,1:4,1:8,0	0/1:.:27:8,9:5,2:3,7
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chr1	16515569	.	A	C	.	PASS	DP=230;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022639	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:122:117,5:62,3:55,2	0/1:.:108:95,13:51,5:44,8
chr1	16557372	.	A	G	.	PASS	DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021942	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:55:55,0:30,0:25,0	0/1:.:50:45,5:25,2:20,3
chr1	16578304	.	C	T	.	PASS	DP=262;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013351	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:135:127,8:64,0:63,8	0/1:.:127:108,19:50,8:58,11
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chr1	16578785	.	A	G	.	PASS	DP=220;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018809	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:121:114,7:69,4:45,3	0/1:.:99:84,15:39,13:45,2
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chr1	31252096	.	C	CAT	.	PASS	DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088148;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:18,0:6,0:12,0	0/1:.:26:18,8:8,4:10,4
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chr1	35720442	.	C	CT	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038921;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:9,0:5,0:4,0	0/1:.:12:7,5:3,4:4,1
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chr1	39579857	.	CT	C	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031734;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:10,1:7,0:3,1	0/1:.:11:5,6:3,1:2,5
chr1	40573079	.	C	CA	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0049947;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:13,1:11,0:2,1	0/1:.:19:8,10:6,7:2,3
chr1	42495019	.	G	T	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055746	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:28:28,0:14,0:14,0	0/1:.:28:24,4:9,3:15,1
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chr1	124886916	.	G	A	.	PASS	DP=109;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070017	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:71:70,1:62,1:8,0	0/1:.:38:32,6:26,4:6,2
chr1	124927138	.	A	G	.	PASS	DP=85;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024694	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:48:47,1:25,0:22,1	0/1:.:37:31,6:9,1:22,5
chr1	125178316	.	A	C	.	PASS	DP=12934;SOMATIC;SS=2;SSC=60;GPV=1;SPV=8.646e-07	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:6325:5707,579:1379,102:4328,477	0/1:.:6609:5793,776:1569,195:4224,581
chr1	143501998	.	GTGAAA	G	.	PASS	DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033479;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:34,0:23,0:11,0	0/1:.:38:32,5:20,4:12,1
chr1	143506035	.	C	A	.	PASS	DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.025087	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:32,2:28,2:4,0	0/1:.:30:22,8:21,6:1,2
chr1	143537609	.	A	G	.	PASS	DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014782	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:33,0:16,0:17,0	0/1:.:27:22,5:13,1:9,4
chr1	146067345	.	A	C	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036707	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:20,1:12,1:8,0	0/1:.:11:7,4:3,1:4,3
chr1	146139092	.	CTTTTT	C	.	PASS	DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074494;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:15,0:12,0:3,0	0/1:.:20:11,7:7,4:4,3
chr1	147570625	.	A	ATTTTC	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083578;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:15,0:9,0:6,0	0/1:.:19:15,4:6,2:9,2
chr1	147899952	.	A	G	.	PASS	DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02247	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:20,1:16,1:4,0	0/1:.:25:17,8:13,4:4,4
chr1	148412245	.	T	A	.	PASS	DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050895	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:37:37,0:14,0:23,0	0/1:.:35:31,4:11,2:20,2
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chr1	148560567	.	C	G	.	PASS	DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:0,0:10,0	0/1:.:14:10,4:0,0:10,4
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chr1	151349498	.	AACACACACACACACACAC	A	.	PASS	DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034545;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:25:16,1:11,1:5,0	0/1:.:20:10,6:3,3:7,3
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chr1	154514851	.	C	CTTATTTAT	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048872;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:9,0:3,0:6,0	0/1:.:18:8,5:4,2:4,3
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chr1	157054917	.	G	GTTTATTTA	.	PASS	DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037259;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/1:.:23:18,2:11,0:7,2	0/1:.:31:14,14:6,8:8,6
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chr1	166310054	.	TCTTC	T	.	PASS	DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016858;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:15,0:9,0:6,0	0/1:.:14:9,5:1,2:8,3
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chr1	168171400	.	T	C	.	PASS	DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037055	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:32:18,1:7,0:11,1	0/1:.:17:9,5:3,1:6,4
chr1	169722126	.	G	GGTGTGTGTGT	.	PASS	DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031832;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:27:24,2:15,0:9,2	0/1:.:21:14,7:7,5:7,2
chr1	170236123	.	G	T	.	PASS	DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04484	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:18,1:6,0:12,1	0/1:.:19:13,6:8,4:5,2
chr1	171099759	.	CTTTT	C	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049774;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:6,0:3,0:3,0	0/1:.:17:6,6:3,3:3,3
chr1	173849861	.	CT	C	.	PASS	DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0079095;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:11,1:7,0:4,1	0/1:.:13:5,8:3,6:2,2
chr1	176257332	.	A	C	.	PASS	DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:10,0:0,0	0/1:.:9:7,2:7,1:0,1
chr1	176281969	.	C	T	.	PASS	DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:1,0:9,0	0/1:.:8:6,2:0,0:6,2
chr1	178695911	.	AGATAGAT	A	.	PASS	DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028465;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:30:29,0:14,0:15,0	0/1:.:31:25,5:13,4:12,1
chr1	178695929	.	T	C	.	PASS	DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059705	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:27:24,0:12,0:12,0	0/1:.:26:21,4:11,3:10,1
chr1	178695952	.	T	TA	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011322;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:21,1:8,1:13,0	0/1:.:30:17,9:10,7:7,2
chr1	178977187	.	A	AAC	.	PASS	DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013127;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:27:20,2:17,0:3,2	0/1:.:16:8,7:6,1:2,6
chr1	179040531	.	CG	C	.	PASS	DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057037;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:13,0:6,0:7,0	0/1:.:14:10,4:6,1:4,3
chr1	179040546	.	CCT	C	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088889;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:12,0:9,0:3,0	0/1:.:16:12,4:8,1:4,3
chr1	181839873	.	C	CA	.	PASS	DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016558;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:20,0:15,0:5,0	0/1:.:23:17,6:9,4:8,2
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chr1	183280775	.	ATTT	A	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.03028;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:11,0:8,0:3,0	0/1:.:18:8,5:5,4:3,1
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chr1	195553401	.	G	T	.	PASS	DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:32:4,0:3,0:1,0	0/1:.:34:1,2:1,2:0,0
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chr1	201933609	.	AT	A	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:4,0:3,0:1,0	0/1:.:14:1,2:1,1:0,1
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chr1	202446240	.	A	C	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012653	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:18,0:6,0:12,0	0/1:.:15:10,5:6,3:4,2
chr1	203268404	.	A	G	.	PASS	DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03311	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:14,0:8,0:6,0	0/1:.:20:8,4:2,1:6,3
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chr1	205698309	.	C	CT	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:6,0:3,0:3,0	0/1:.:10:4,5:0,4:4,1
chr1	205771313	.	G	A	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026676	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:28:18,0:9,0:9,0	0/1:.:28:14,5:6,1:8,4
chr1	206221946	.	CT	C	.	PASS	DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085139;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:8,0:7,0:1,0	0/1:.:11:7,4:5,3:2,1
chr1	206762852	.	C	CTCCTTTCCTT	.	PASS	DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030499;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:27:18,1:7,0:11,1	0/1:.:22:11,6:2,2:9,4
chr1	207458059	.	A	AACACACACACAC	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:8:6,0:5,0:1,0	0/1:.:15:8,4:8,3:0,1
chr1	208098432	.	CCTCT	C	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029832;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:13,1:9,1:4,0	0/1:.:19:11,8:9,3:2,5
chr1	211404566	.	T	A	.	PASS	DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062312	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:18,0:14,0:4,0	0/1:.:24:16,8:10,3:6,5
chr1	211404567	.	T	C	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0076974	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:17,0:12,0:5,0	0/1:.:24:16,8:10,3:6,5
chr1	211604021	.	C	CT	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032477;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:22,2:14,2:8,0	0/1:.:17:10,6:9,5:1,1
chr1	213151146	.	T	C	.	PASS	DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18154	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:13,0:4,0:9,0	0/1:.:18:15,3:5,1:10,2
chr1	216050560	.	T	C	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:11,0:0,0:11,0	0/1:.:10:6,4:2,1:4,3
chr1	217170315	.	CTTTTT	C	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042547;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:14,0:9,0:5,0	0/1:.:18:13,5:9,3:4,2
chr1	219238144	.	G	T	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15584	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:13,0:4,0:9,0	0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
chr1	224101744	.	G	A	.	PASS	DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019763	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:14,0:8,0:6,0	0/1:.:10:6,4:3,3:3,1
chr1	224142047	.	T	C	.	PASS	DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010694	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:31:31,0:17,0:14,0	0/1:.:30:24,6:8,4:16,2
chr1	224165096	.	CT	C	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038324;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:12,1:7,1:5,0	0/1:.:19:11,8:6,7:5,1
chr1	225059869	.	A	G	.	PASS	DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015964	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:39:38,1:20,0:18,1	0/1:.:27:21,6:13,1:8,5
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chr1	227674607	.	T	C	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021372	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:20,1:11,1:9,0	0/1:.:13:8,5:4,1:4,4
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chr10	31949197	.	C	CAAAAAA	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0081121;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:13,1:9,1:4,0	0/1:.:18:8,9:7,8:1,1
chr10	32115364	.	C	A	.	PASS	DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05418	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:1,0:8,0	0/1:.:10:6,4:1,1:5,3
chr10	32189513	.	T	G	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011625	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:12,1:4,1:8,0	0/1:.:10:4,6:1,2:3,4
chr10	34684778	.	TACACACACACACACACAC	T	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:6,1:3,1:3,0	0/1:.:11:2,6:2,2:0,4
chr10	34837531	.	GT	G	.	PASS	DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0083426;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:16,1:13,1:3,0	0/1:.:18:9,8:6,5:3,3
chr10	35837226	.	CA	C	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045767;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:12,0:11,0:1,0	0/1:.:11:5,6:5,5:0,1
chr10	36412853	.	C	CA	.	PASS	DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048962;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:19,1:13,1:6,0	0/1:.:17:11,5:7,3:4,2
chr10	38529085	.	A	T	.	PASS	DP=306;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.009209	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:167:154,13:81,3:73,10	0/1:.:139:115,24:45,10:70,14
chr10	38931851	.	G	A	.	PASS	DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032348	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:70:64,6:58,5:6,1	0/1:.:66:52,14:48,11:4,3
chr10	38956622	.	G	A	.	PASS	DP=408;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051571	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:229:218,11:103,8:115,3	0/1:.:179:157,22:86,12:71,10
chr10	38963374	.	T	C	.	PASS	DP=108;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0097427	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:64:64,0:37,0:27,0	0/1:.:44:39,5:24,4:15,1
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chr10	50134985	.	C	T	.	PASS	DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012514	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:22,2:14,1:8,1	0/1:.:42:27,15:13,8:14,7
chr10	52236745	.	G	A	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041286	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:23:23,0:7,0:16,0	0/1:.:18:12,6:2,4:10,2
chr10	53238195	.	TATACATAC	T	.	PASS	DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:19,0:8,0:11,0	0/1:.:17:13,4:7,2:6,2
chr10	53239601	.	T	A	.	PASS	DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:23:9,1:3,0:6,1	0/1:.:19:5,7:2,3:3,4
chr10	53945840	.	T	C	.	PASS	DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:4,0:3,0:1,0	0/1:.:9:1,2:1,1:0,1
chr10	54945339	.	TA	T	.	PASS	DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021972;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:33,1:13,0:20,1	0/1:.:26:20,6:10,2:10,4
chr10	57230752	.	G	GAC	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024876;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:13,1:6,0:7,1	0/1:.:27:12,15:6,8:6,7
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chr10	59305408	.	G	A	.	PASS	DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023764	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:32:32,0:16,0:16,0	0/1:.:32:24,8:14,4:10,4
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chr11	600495	.	T	A	.	PASS	DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:5,0:1,0:4,0	1/1:.:19:1,3:0,1:1,2
chr11	741547	.	A	C	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:28:5,0:3,0:2,0	0/1:.:28:5,5:3,2:2,3
chr11	1295042	.	T	C	.	PASS	DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072765	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:18,0:11,0:7,0	0/1:.:21:17,4:15,3:2,1
chr11	4303268	.	G	C	.	PASS	DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.095104	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:16,0:10,0	0/1:.:34:30,4:16,2:14,2
chr11	4625289	.	A	G	.	PASS	DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016294	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:36:36,0:17,0:19,0	0/1:.:35:24,11:11,2:13,9
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chr11	5608847	.	A	ATTTTTT	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:15,1:10,0:5,1	0/1:.:17:9,7:6,4:3,3
chr11	9778335	.	CAAA	C	.	PASS	DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:12,1:7,1:5,0	0/1:.:16:8,7:4,6:4,1
chr11	11247075	.	G	C	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:10,0:3,0:7,0	0/1:.:11:5,4:2,1:3,3
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chr11	69735373	.	C	CAA	.	PASS	DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098884;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:23:20,1:12,1:8,0	0/1:.:17:8,6:7,4:1,2
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chr11	76941041	.	G	A	.	PASS	DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039653	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:38:20,1:11,0:9,1	0/1:.:33:14,6:11,3:3,3
chr11	77252053	.	TG	T	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.087179;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:5,0:5,0	0/1:.:18:13,5:6,2:7,3
chr11	77252061	.	T	G	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17679	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:6,0:4,0	0/1:.:20:16,4:9,1:7,3
chr11	78263631	.	TG	T	.	PASS	DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059574;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:23:23,0:12,0:11,0	0/1:.:24:20,4:10,1:10,3
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chr11	81523123	.	T	TAC	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:9,1:6,1:3,0	0/1:.:12:5,7:3,5:2,2
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chr11	82662384	.	T	C	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1088	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:5,0:5,0	0/1:.:20:15,5:9,4:6,1
chr11	83099163	.	C	CAAAAAAAAACA	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0099416;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:18,0:12,0:6,0	0/1:.:14:9,5:5,3:4,2
chr11	86328929	.	C	T	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.175	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:9,0:5,0:4,0	0/1:.:13:5,2:1,1:4,1
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chr12	7421614	.	T	TGTAC	.	PASS	DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11029;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:11,0:5,0:6,0	0/1:.:8:4,2:2,1:2,1
chr12	7879325	.	AACAAC	A	.	PASS	DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058905;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:19,0:12,0:7,0	0/1:.:21:16,4:9,2:7,2
chr12	8393610	.	G	C	.	PASS	DP=91;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032421	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:44:42,2:18,1:24,1	0/1:.:47:38,9:21,2:17,7
chr12	9300524	.	T	C	.	PASS	DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030178	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:15,1:9,1:6,0	0/1:.:28:18,10:8,7:10,3
chr12	9354513	.	GAGCAGGTGACTAAGGATGACTAAGAACAC	G	.	PASS	DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063676;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:22:22,0:12,0:10,0	0/1:.:32:27,5:11,3:16,2
chr12	9443249	.	G	A	.	PASS	DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01564	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:30:29,1:20,1:9,0	0/1:.:47:36,11:14,4:22,7
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chr12	14312061	.	T	G	.	PASS	DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:3,0:7,0	0/1:.:9:7,2:2,1:5,1
chr12	18615375	.	G	GTATGTATA	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032901;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:15,1:3,0:12,1	0/1:.:17:9,6:2,1:7,5
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chr12	87432436	.	G	A	.	PASS	DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0076174	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:9,1:3,1:6,0	1/1:.:21:1,5:1,2:0,3
chr12	88505993	.	C	T	.	PASS	DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00029281	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:33,0:13,0:20,0	0/1:.:31:21,10:11,6:10,4
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chr14	18930347	.	A	ATTTTT	.	PASS	DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00091926;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:39:34,0:14,0:20,0	0/1:.:33:20,8:7,2:13,6
chr14	19055978	.	A	G	.	PASS	DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014714	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:45:45,0:27,0:18,0	0/1:.:36:31,5:16,1:15,4
chr14	19071068	.	T	C	.	PASS	DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.054106	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:11:11,0:1,0:10,0	0/1:.:16:11,5:4,2:7,3
chr14	19084149	.	G	A	.	PASS	DP=160;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021503	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:84:76,8:37,5:39,3	0/1:.:76:59,17:31,10:28,7
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chr14	92634068	.	CTT	C	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:8,1:8,1:0,0	0/1:.:14:4,6:2,3:2,3
chr14	92661723	.	T	TCACACACACA	.	PASS	DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032462;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:16,1:10,1:6,0	0/1:.:30:20,10:15,5:5,5
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chr15	22179639	.	TACACACAC	T	.	PASS	DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03707;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:42:21,1:14,1:7,0	0/1:.:41:18,7:15,5:3,2
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chr15	22280846	.	T	G	.	PASS	DP=272;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033247	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:148:142,6:84,3:58,3	0/1:.:124:111,13:63,9:48,4
chr15	22282183	.	G	A	.	PASS	DP=209;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040096	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:114:104,10:51,3:53,7	0/1:.:95:78,17:39,9:39,8
chr15	22304445	.	GA	G	.	PASS	DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024981;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:31:31,0:16,0:15,0	0/1:.:22:18,4:7,3:11,1
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chr15	23140260	.	C	T	.	PASS	DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030033	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:45:41,4:15,0:26,4	0/1:.:37:27,10:13,4:14,6
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chr16	32154200	.	TTTTC	T	.	PASS	DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021397;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:29:27,2:13,2:14,0	0/1:.:46:33,13:19,8:14,5
chr16	32375732	.	G	A	.	PASS	DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058107	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:58:57,1:37,0:20,1	0/1:.:62:52,10:31,2:21,8
chr16	32432148	.	CTATTTT	C	.	PASS	DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078205;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:70:64,6:24,1:40,5	0/1:.:48:35,13:14,8:21,5
chr16	32599509	.	C	CA	.	PASS	DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046785;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:35:29,3:18,3:11,0	0/1:.:32:22,9:12,8:10,1
chr16	32806459	.	ATCATT	A	.	PASS	DP=124;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017061;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:72:66,2:29,1:37,1	0/1:.:52:44,8:22,2:22,6
chr16	32837186	.	T	C	.	PASS	DP=240;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040133	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:134:128,6:54,0:74,6	0/1:.:106:94,12:34,5:60,7
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chr16	82998862	.	CT	C	.	PASS	DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:13,1:7,1:6,0	0/1:.:13:7,6:6,4:1,2
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chr17	42556492	.	G	A	.	PASS	DP=110;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020445	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:61:59,2:24,1:35,1	0/1:.:49:41,8:24,2:17,6
chr17	42944112	.	A	C	.	PASS	DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11429	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:30:3,0:1,0:2,0	1/1:.:25:1,3:0,1:1,2
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chr18	15600114	.	G	A	.	PASS	DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012297	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:44:44,0:30,0:14,0	0/1:.:24:18,6:13,1:5,5
chr18	15818067	.	G	A	.	PASS	DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082353	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:0,0:9,0	0/1:.:8:5,3:0,0:5,3
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chr19	8086465	.	A	ATTTT	.	PASS	DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032529;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:8:8,0:3,0:5,0	0/1:.:35:20,13:15,5:5,8
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chr2	86864113	.	C	G	.	PASS	DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025587	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:48:44,4:25,3:19,1	0/1:.:38:28,10:12,8:16,2
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chr20	1766249	.	A	G	.	PASS	DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:7,0:2,0	0/1:.:11:7,4:4,3:3,1
chr20	2237943	.	C	T	.	PASS	DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:11:9,0:0,0:9,0	0/1:.:9:6,2:0,0:6,2
chr20	11769171	.	CT	C	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065359;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:10,0:6,0:4,0	0/1:.:11:3,5:1,3:2,2
chr20	12877545	.	T	C	.	PASS	DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086346	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:31:31,0:18,0:13,0	0/1:.:35:28,7:10,4:18,3
chr20	12987132	.	A	AT	.	PASS	DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038123;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:18,0:10,0:8,0	0/1:.:18:11,7:5,4:6,3
chr20	13675308	.	AAG	A	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022876;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:10,0:9,0:1,0	0/1:.:16:4,4:4,4:0,0
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chr20	57091116	.	A	C	.	PASS	DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21429	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:4,0:3,0:1,0	0/1:.:8:2,2:2,1:0,1
chr20	57392017	.	C	CGCCCCCACCACCCCAGGCCCCG	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:8,0:0,0:8,0	0/1:.:9:5,2:0,0:5,2
chr20	57394312	.	AGCCTGGCTCCCAGGTGAATGGGTCCCCTGGG	A	.	PASS	DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040748;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:30:28,1:17,1:11,0	0/1:.:33:26,7:10,3:16,4
chr20	57928552	.	C	A	.	PASS	DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17143	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:12,0:0,0:12,0	0/1:.:9:7,2:0,0:7,2
chr20	58468429	.	C	T	.	PASS	DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010842	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:19,2:11,1:8,1	0/1:.:32:15,17:8,7:7,10
chr20	61097719	.	AAGAAAGAAAG	A	.	PASS	DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090909;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:15,0:15,0:0,0	0/1:.:8:5,2:5,2:0,0
chr20	61406544	.	G	A	.	PASS	DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:8,1:3,0:5,1	0/1:.:9:3,6:2,5:1,1
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chr22	10571227	.	G	T	.	PASS	DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043616	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:31,3:29,1:2,2	0/1:.:19:13,6:10,4:3,2
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chr3	14685856	.	CTTT	C	.	PASS	DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:7,1:6,0:1,1	0/1:.:11:2,6:1,3:1,3
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chr3	17791499	.	C	T	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014907	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:13,0:0,0:13,0	0/1:.:13:7,5:0,2:7,3
chr3	19276175	.	A	ATGTG	.	PASS	DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10217;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:4,0:2,0:2,0	0/1:.:21:8,8:5,5:3,3
chr3	20924170	.	A	G	.	PASS	DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021448	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:33,0:17,0:16,0	0/1:.:22:18,4:10,3:8,1
chr3	21809661	.	T	TATACACATATAC	.	PASS	DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031968;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:26,2:15,0:11,2	0/1:.:32:22,9:10,3:12,6
chr3	23630177	.	A	AG	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02037;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:14,0:8,0:6,0	0/1:.:14:9,5:3,1:6,4
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chr3	81169589	.	T	G	.	PASS	DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0049585	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:29:29,0:9,0:20,0	0/1:.:23:17,6:12,4:5,2
chr3	82464437	.	ATATATATT	A	.	PASS	DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19231;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:7,0:2,0:5,0	0/1:.:17:4,2:1,1:3,1
chr3	85345313	.	C	CAA	.	PASS	DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088235;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:7,0:1,0:6,0	0/1:.:12:6,4:2,3:4,1
chr3	86091586	.	G	A	.	PASS	DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032518	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:25:25,0:12,0:13,0	0/1:.:20:16,4:7,2:9,2
chr3	86995551	.	T	TAC	.	PASS	DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27778;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:4,0:2,0:2,0	0/1:.:11:3,2:3,1:0,1
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chr3	90913783	.	G	A	.	PASS	DP=351;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026873	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:180:167,13:79,9:88,4	0/1:.:171:146,24:61,15:85,9
chr3	90954513	.	A	C	.	PASS	DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12318	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:12,0:0,0:12,0	0/1:.:19:15,4:0,2:15,2
chr3	91005899	.	C	T	.	PASS	DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:10,0:5,0:5,0	0/1:.:8:6,2:4,1:2,1
chr3	91053666	.	C	T	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04308	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:17,1:14,0:3,1	0/1:.:15:9,5:5,1:4,4
chr3	91086233	.	G	A	.	PASS	DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044477	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:17:17,0:2,0:15,0	0/1:.:16:12,4:1,0:11,4
chr3	91127343	.	T	G	.	PASS	DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042148	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:78:74,4:48,2:26,2	0/1:.:42:35,7:19,4:16,3
chr3	91159925	.	G	C	.	PASS	DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051948	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:18,0:1,0:17,0	0/1:.:18:14,4:1,0:13,4
chr3	91169058	.	A	G	.	PASS	DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022541	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:2,0:24,0	0/1:.:18:14,4:2,1:12,3
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chr3	91281496	.	A	C	.	PASS	DP=124;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023497	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:64:60,2:32,2:28,0	0/1:.:60:51,9:22,8:29,1
chr3	91402006	.	C	T	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00036687	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:8,0:18,0	0/1:.:30:19,11:5,3:14,8
chr3	92102478	.	T	G	.	PASS	DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:8:8,0:7,0:1,0	0/1:.:9:7,2:7,2:0,0
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chr3	195598452	.	G	A	.	PASS	DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037605	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:25:24,1:19,0:5,1	0/1:.:23:17,6:9,2:8,4
chr3	195703623	.	A	AAATT	.	PASS	DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032961;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:44:37,4:12,0:25,4	0/1:.:39:28,11:16,5:12,6
chr3	195984311	.	A	C	.	PASS	DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.0158	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:45:41,4:22,1:19,3	0/1:.:37:26,11:10,4:16,7
chr3	196484171	.	C	CTTTTT	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1592;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:3,0:6,0	0/1:.:17:13,4:7,3:6,1
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chr3	197663576	.	T	C	.	PASS	DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073271	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:24,0:9,0:15,0	0/1:.:37:32,5:10,3:22,2
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chr4	62328	.	T	A	.	PASS	DP=372;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088811	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:200:191,9:90,6:101,3	0/1:.:172:152,20:73,12:79,8
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chr4	158255622	.	GTATA	G	.	PASS	DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:3,0:3,0:0,0	1/1:.:25:0,2:0,1:0,1
chr4	161606240	.	A	ATTT	.	PASS	DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042986;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:8,1:5,0:3,1	0/1:.:13:3,5:3,4:0,1
chr4	161783723	.	CTTCTTTTCT	C	.	PASS	DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022704;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:10,0:0,0:10,0	0/1:.:12:6,5:3,2:3,3
chr4	162831799	.	C	T	.	PASS	DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028443	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:35:35,0:19,0:16,0	0/1:.:36:28,8:14,6:14,2
chr4	163079362	.	A	C	.	PASS	DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04394	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:33:21,2:10,2:11,0	0/1:.:24:8,5:6,2:2,3
chr4	170630775	.	T	A	.	PASS	DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012523	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:16,0:10,0	0/1:.:33:26,7:10,3:16,4
chr4	171272778	.	GA	G	.	PASS	DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010612;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:34,0:12,0:22,0	0/1:.:25:20,5:14,2:6,3
chr4	171272782	.	G	C	.	PASS	DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080363	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:34:34,0:14,0:20,0	0/1:.:23:18,5:13,2:5,3
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chr5	30416826	.	G	C	.	PASS	DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00070687	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:30:30,0:13,0:17,0	0/1:.:24:16,8:8,4:8,4
chr5	32079258	.	C	CA	.	PASS	DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048889;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:14:14,0:11,0:3,0	0/1:.:14:10,4:5,2:5,2
chr5	32564531	.	ACGCG	A	.	PASS	DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034533;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:12,1:5,1:7,0	0/1:.:16:5,5:2,1:3,4
chr5	33991732	.	A	G	.	PASS	DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034137	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:12,0:14,0	0/1:.:29:24,5:10,2:14,3
chr5	34662721	.	A	ATTTT	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040248;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:8,0:5,0:3,0	0/1:.:19:8,6:4,5:4,1
chr5	34665055	.	G	A	.	PASS	DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073684	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:11:11,0:4,0:7,0	0/1:.:9:6,3:2,2:4,1
chr5	34720401	.	ATT	A	.	PASS	DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041917;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:11,1:9,1:2,0	0/1:.:21:12,9:9,6:3,3
chr5	34799538	.	AC	A	.	PASS	DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04366;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:25:19,2:8,2:11,0	0/1:.:20:7,5:6,1:1,4
chr5	37701785	.	CAAA	C	.	PASS	DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052174;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:18:12,0:6,0:6,0	0/1:.:18:7,7:4,6:3,1
chr5	38505407	.	C	T	.	PASS	DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26667	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:22:7,0:6,0:1,0	0/1:.:21:6,2:2,1:4,1
chr5	38760468	.	C	A	.	PASS	DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:10:5,0:4,0:1,0	0/1:.:8:1,4:1,4:0,0
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chr5	124935735	.	AAT	A	.	PASS	DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004671;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:22:21,1:3,1:18,0	0/1:.:22:13,9:5,3:8,6
chr5	125196149	.	GTCTC	G	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065489;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:19,0:9,0:10,0	0/1:.:21:17,4:10,3:7,1
chr5	126494354	.	C	CA	.	PASS	DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004483;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:21,0:14,0:7,0	0/1:.:18:11,6:7,2:4,4
chr5	126734797	.	ATTATTATTATT	A	.	PASS	DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048573;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:23,1:10,0:13,1	0/1:.:25:18,6:10,2:8,4
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chr5	135665765	.	G	GAAA	.	PASS	DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016233;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:19,2:10,2:9,0	0/1:.:21:12,9:6,6:6,3
chr5	136787230	.	T	C	.	PASS	DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013867	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:16:15,1:7,1:8,0	0/1:.:15:8,7:2,2:6,5
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chr6	14382949	.	CTCTTCTTCCT	C	.	PASS	DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:22:19,0:9,0:10,0	0/1:.:19:13,4:5,3:8,1
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chr6	24499667	.	TC	T	.	PASS	DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:5,0:1,0:4,0	1/1:.:18:0,2:0,1:0,1
chr6	24558284	.	A	G	.	PASS	DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.00133	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:20,0:7,0:13,0	0/1:.:33:21,12:15,8:6,4
chr6	27358564	.	A	T	.	PASS	DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029233	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:13,0:13,0	0/1:.:35:29,6:16,4:13,2
chr6	27493768	.	A	AT	.	PASS	DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043479;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:25:21,2:10,0:11,2	0/1:.:29:19,9:9,3:10,6
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chr6	31709242	.	T	TTG	.	PASS	DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052114;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:31:30,0:20,0:10,0	0/1:.:25:18,6:7,2:11,4
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chr6	154075452	.	CT	C	.	PASS	DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010211;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:28:28,0:18,0:10,0	0/1:.:27:21,6:13,3:8,3
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chr7	102733493	.	A	C	.	PASS	DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060428	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:42:41,1:23,1:18,0	0/1:.:17:12,5:4,4:8,1
chr7	105205517	.	TCACACACACACA	T	.	PASS	DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004662;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:21:7,0:4,0:3,0	1/1:.:8:1,5:0,3:1,2
chr7	113538865	.	CAAAAAAAAAAAA	C	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019565;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:13:13,0:6,0:7,0	0/1:.:13:8,5:4,4:4,1
chr7	117426325	.	C	CA	.	PASS	DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.5906e-05;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:17,1:13,1:4,0	1/1:.:16:4,12:2,9:2,3
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chr7	122328161	.	G	A	.	PASS	DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037594	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:11,0:15,0	0/1:.:22:18,4:5,1:13,3
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chr8	14726262	.	C	CAA	.	PASS	DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082213;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:5,0:4,0	0/1:.:17:11,5:6,3:5,2
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chr9	66263636	.	G	GT	.	PASS	DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027039;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:46:43,3:20,3:23,0	0/1:.:29:19,10:8,8:11,2
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chr9	137492508	.	C	T	.	PASS	DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047431	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:15:14,1:14,1:0,0	0/1:.:9:5,4:5,4:0,0
chr9	138233204	.	C	G	.	PASS	DP=128;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03482	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:71:66,5:39,2:27,3	0/1:.:57:46,11:31,8:15,3
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chrX	3467498	.	CAAAA	C	.	PASS	DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037926;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:12:11,1:8,1:3,0	0/1:.:8:3,4:3,3:0,1
chrX	3788573	.	A	C	.	PASS	DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:20:4,0:2,0:2,0	0/1:.:17:1,2:0,1:1,1
chrX	4852243	.	A	ATATTTTATTTTATTT	.	PASS	DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019011;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:24:22,1:9,1:13,0	0/1:.:28:18,8:9,3:9,5
chrX	5146257	.	C	CA	.	PASS	DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0050505;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:19:7,1:4,1:3,0	0/1:.:13:1,7:0,6:1,1
chrX	5597091	.	C	CAAAAAAAAAAA	.	PASS	DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14387;INDEL	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:9:9,0:4,0:5,0	0/1:.:18:12,4:8,3:4,1
chrX	5711373	.	C	T	.	PASS	DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054874	GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR	0/0:.:26:26,0:12,0:14,0	0/1:.:32:24,8:16,4:8,4
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