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G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055746 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:14,0:14,0 0/1:.:28:24,4:9,3:15,1 +chr1 43320861 . T A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042105 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:13,0:6,0:7,0 0/1:.:23:5,3:1,1:4,2 +chr1 45001621 . C A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.002714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:13,0:20,0 0/1:.:28:21,7:9,4:12,3 +chr1 47103595 . C CT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:14:9,4:2,2:7,2 +chr1 49347252 . CT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0046977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:12,1:2,0 0/1:.:14:6,8:6,5:0,3 +chr1 50219749 . ATGTG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018425;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,1:4,0 0/1:.:10:5,5:3,2:2,3 +chr1 51426817 . G GTC . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0036934;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:15,0:11,1 0/1:.:28:16,9:7,5:9,4 +chr1 52711054 . C CA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,1:4,1:5,0 0/1:.:18:7,9:4,7:3,2 +chr1 55967690 . CT C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:8,0:4,0 0/1:.:14:10,4:10,4:0,0 +chr1 56683071 . ATTTT A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023736;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:8,0:2,1 0/1:.:8:3,5:0,2:3,3 +chr1 57238852 . C CACACAT . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:10,1:8,1 0/1:.:34:19,13:12,6:7,7 +chr1 60560469 . G GATAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030499;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,1:8,1:10,0 0/1:.:18:11,6:8,4:3,2 +chr1 60754843 . GCAAAAAA G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22807;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:4,0:2,0 0/1:.:18:11,4:10,4:1,0 +chr1 63493417 . AAAAC A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01607;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:9,0:12,1 0/1:.:28:19,9:10,3:9,6 +chr1 64067710 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01828;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,1:4,0 0/1:.:18:10,8:8,6:2,2 +chr1 69473350 . T A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098337 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:25:19,6:10,4:9,2 +chr1 72419883 . G T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18447 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:6,0:2,0:4,0 0/1:.:24:9,4:4,2:5,2 +chr1 75537034 . ATAT A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11429;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:3,0:0,0:3,0 1/1:.:15:1,3:0,2:1,1 +chr1 75546579 . T A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0091524 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:7,1:19,0 0/1:.:34:24,10:10,8:14,2 +chr1 77324980 . C CTTTTTTTTTTT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023615;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:13,2:8,0 0/1:.:21:13,8:4,6:9,2 +chr1 80588678 . C CAAA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:25,2:18,0:7,2 0/1:.:19:12,7:6,4:6,3 +chr1 82056094 . CTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:14:10,4:8,2:2,2 +chr1 84338432 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:6,1:3,0 0/1:.:16:6,9:4,8:2,1 +chr1 85315448 . C CA . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011313;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:24,0:20,0 0/1:.:30:23,7:13,5:10,2 +chr1 85933096 . AAAAAAG A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:19,0:4,0 0/1:.:20:16,4:10,3:6,1 +chr1 86996444 . A C . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:9,0:6,0:3,0 0/1:.:19:4,2:2,1:2,1 +chr1 89776376 . TA T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071318;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:9,0:12,0 0/1:.:24:20,4:16,1:4,3 +chr1 89978349 . G GT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062713;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:5,0:5,1 0/1:.:10:2,6:1,3:1,3 +chr1 90493929 . C CT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020026;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:4,1:11,0 0/1:.:22:10,12:6,7:4,5 +chr1 92757909 . A C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.3956 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:3,0:2,0 0/1:.:26:7,2:5,1:2,1 +chr1 95099053 . C CAAAA . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011696;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 +chr1 105107824 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00060106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,1:6,1 0/1:.:25:10,15:6,5:4,10 +chr1 105171195 . CTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032151;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:6,1:4,0 1/1:.:10:2,7:1,6:1,1 +chr1 105292156 . G GT . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057118;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,0:7,0:3,0 0/1:.:21:13,6:7,3:6,3 +chr1 108797339 . C CA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:6,0:4,0 0/1:.:15:10,4:5,3:5,1 +chr1 110511883 . A ACT . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00069014;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:8,0:13,2 0/1:.:28:13,15:4,4:9,11 +chr1 110511951 . TCTATCTG T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03183;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,0:5,1 0/1:.:21:12,9:5,3:7,6 +chr1 110890579 . AAG A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.099966;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,0:15,0:15,0 0/1:.:28:24,3:11,1:13,2 +chr1 112294488 . AG A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:12,0:1,0 0/1:.:26:22,4:18,3:4,1 +chr1 112845141 . C CTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:14,0:3,0 0/1:.:15:8,6:8,5:0,1 +chr1 113345311 . G A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11624 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 +chr1 114104666 . C CTCCA . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:10,0:16,2 0/1:.:32:20,10:12,4:8,6 +chr1 114145502 . GT G . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032809;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,1:15,1:5,0 0/1:.:17:9,8:6,7:3,1 +chr1 117151200 . C CT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025362;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:5,0:8,0 0/1:.:22:15,7:9,4:6,3 +chr1 120067241 . C CA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080302;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:20:12,8:5,5:7,3 +chr1 120203880 . C T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:10,0:1,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr1 120345124 . T G . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0022645 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:12,0:8,1 0/1:.:16:8,8:3,2:5,6 +chr1 120463475 . G T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033247 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,0:10,1 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3 +chr1 120521591 . C G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015705 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:36,1:18,1:18,0 0/1:.:38:30,8:14,2:16,6 +chr1 120900345 . T A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:7,0:4,0:3,0 0/1:.:23:5,2:2,1:3,1 +chr1 120962366 . AAC A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.093588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:15,0:8,0 0/1:.:30:26,4:19,3:7,1 +chr1 121398912 . C G . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038159 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:31,3:17,0:14,3 0/1:.:40:29,11:8,6:21,5 +chr1 121765516 . T G . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04668 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:33,2:13,0:20,2 0/1:.:36:28,8:8,1:20,7 +chr1 122382300 . C T . 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PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:23:18,2:11,0:7,2 0/1:.:31:14,14:6,8:8,6 +chr1 159075574 . C CATAT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033054;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:6,0:2,0 0/1:.:19:9,7:8,5:1,2 +chr1 160391405 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00011357 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:15,0:16,0 0/1:.:37:24,13:14,10:10,3 +chr1 162617912 . G GT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:13,2:7,0 0/1:.:15:7,8:5,4:2,4 +chr1 166310054 . TCTTC T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016858;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:14:9,5:1,2:8,3 +chr1 166691725 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:4,0:1,0:3,0 0/1:.:19:1,2:1,1:0,1 +chr1 167647130 . C A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:4,0:3,0:1,0 0/1:.:13:4,6:2,1:2,5 +chr1 168171400 . T C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037055 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:18,1:7,0:11,1 0/1:.:17:9,5:3,1:6,4 +chr1 169722126 . G GGTGTGTGTGT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031832;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,2:15,0:9,2 0/1:.:21:14,7:7,5:7,2 +chr1 170236123 . G T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04484 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:6,0:12,1 0/1:.:19:13,6:8,4:5,2 +chr1 171099759 . CTTTT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049774;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 0/1:.:17:6,6:3,3:3,3 +chr1 173849861 . CT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0079095;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,0:4,1 0/1:.:13:5,8:3,6:2,2 +chr1 176257332 . A C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:10,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1 +chr1 176281969 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:1,0:9,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr1 178695911 . AGATAGAT A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028465;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,0:14,0:15,0 0/1:.:31:25,5:13,4:12,1 +chr1 178695929 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059705 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,0:12,0:12,0 0/1:.:26:21,4:11,3:10,1 +chr1 178695952 . T TA . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011322;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:21,1:8,1:13,0 0/1:.:30:17,9:10,7:7,2 +chr1 178977187 . A AAC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013127;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:20,2:17,0:3,2 0/1:.:16:8,7:6,1:2,6 +chr1 179040531 . CG C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:14:10,4:6,1:4,3 +chr1 179040546 . CCT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088889;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 +chr1 181839873 . C CA . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016558;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:15,0:5,0 0/1:.:23:17,6:9,4:8,2 +chr1 183187321 . T A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:20,0:14,0 0/1:.:22:18,4:10,2:8,2 +chr1 183280775 . ATTT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.03028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:8,0:3,0 0/1:.:18:8,5:5,4:3,1 +chr1 186357747 . T A . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00065599 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:23,0:12,0 0/1:.:32:23,9:11,6:12,3 +chr1 190882332 . C A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:4,0:3,0:1,0 0/1:.:33:4,8:2,6:2,2 +chr1 191776081 . TA T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:9:4,5:3,3:1,2 +chr1 192226379 . A G . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022897 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:26,0:14,0 0/1:.:27:23,4:11,1:12,3 +chr1 195553401 . G T . 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A AACACACACACAC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:5,0:1,0 0/1:.:15:8,4:8,3:0,1 +chr1 208098432 . CCTCT C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029832;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:9,1:4,0 0/1:.:19:11,8:9,3:2,5 +chr1 211404566 . T A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062312 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:14,0:4,0 0/1:.:24:16,8:10,3:6,5 +chr1 211404567 . T C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0076974 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:12,0:5,0 0/1:.:24:16,8:10,3:6,5 +chr1 211604021 . C CT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032477;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,2:8,0 0/1:.:17:10,6:9,5:1,1 +chr1 213151146 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:4,0:9,0 0/1:.:18:15,3:5,1:10,2 +chr1 216050560 . T C . 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PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,1:8,0 0/1:.:19:11,7:8,4:3,3 +chr1 248443486 . TA T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019306;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:33,2:15,1:18,1 0/1:.:29:21,8:10,3:11,5 +chr1 248943718 . C T . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028437 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:28,1:8,0:20,1 0/1:.:41:32,9:6,2:26,7 +chr10 915832 . C CAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.056522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:14:9,4:5,3:4,1 +chr10 982116 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10613 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:8,0:1,0 0/1:.:18:13,5:8,4:5,1 +chr10 1102312 . T C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083915 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:14,0:13,0 0/1:.:33:29,4:10,2:19,2 +chr10 1444279 . CTA C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23077;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:7,0:4,0:3,0 0/1:.:9:5,2:2,1:3,1 +chr10 1617221 . A G . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.1371 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:6,0:9,0 0/1:.:17:14,3:6,2:8,1 +chr10 1987672 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051138 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:6,0:11,0 0/1:.:23:18,5:6,1:12,4 +chr10 3063357 . G A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:16,0:22,0 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr10 3070898 . A AATTATTATTATT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr10 3951784 . T C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092258 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:19,0:5,0 0/1:.:31:27,4:17,1:10,3 +chr10 6667093 . A T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034924 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:28,1:14,1:14,0 0/1:.:20:15,5:10,3:5,2 +chr10 7058192 . A C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.31818 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:1,0:4,0 0/1:.:9:5,2:1,1:4,1 +chr10 8006175 . AAAATACAC A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033075;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:11,0:7,0 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1 +chr10 8006185 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:16,1:12,0:4,1 0/1:.:24:15,8:9,7:6,1 +chr10 8269007 . T A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12238 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,0:2,0:4,0 0/1:.:16:4,3:1,2:3,1 +chr10 8362984 . A ATG . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026014;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,0:10,0:16,0 0/1:.:19:15,4:9,2:6,2 +chr10 8717758 . G A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.087777 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:15,0:8,0:7,0 0/1:.:38:21,5:13,3:8,2 +chr10 10462504 . TC T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065012;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:8,0:15,0 0/1:.:25:21,4:9,3:12,1 +chr10 10527446 . C CA . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043511;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:8,1:7,0 0/1:.:29:18,9:7,6:11,3 +chr10 13836755 . CTT C . 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T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:4,0:3,0:1,0 0/1:.:9:1,2:1,1:0,1 +chr10 54945339 . TA T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:33,1:13,0:20,1 0/1:.:26:20,6:10,2:10,4 +chr10 57230752 . G GAC . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024876;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,0:7,1 0/1:.:27:12,15:6,8:6,7 +chr10 58425110 . A G . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015017 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,1:10,0 0/1:.:9:5,4:4,3:1,1 +chr10 59305408 . G A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023764 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:32:24,8:14,4:10,4 +chr10 59783722 . G C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045113 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr10 60955043 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:6,0:1,0 0/1:.:22:11,7:7,3:4,4 +chr10 61280098 . G A . 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C CTTTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13725;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:6,0:5,0 0/1:.:8:5,2:5,2:0,0 +chr10 73642626 . C CT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0071948;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:15,0:5,0 0/1:.:14:9,5:5,4:4,1 +chr10 73704837 . CAA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04469;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,1:8,1:2,0 0/1:.:17:6,6:4,5:2,1 +chr10 74775807 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045751 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:16,0:14,0 0/1:.:29:22,7:15,5:7,2 +chr10 74792441 . C CA . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.008542;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:25,2:13,2:12,0 0/1:.:24:14,9:10,4:4,5 +chr10 76365105 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr10 79700446 . T C . PASS DP=98;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0069022 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:56:54,2:32,1:22,1 0/1:.:42:33,9:15,6:18,3 +chr10 82668422 . A G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016764 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:16,0:12,0 0/1:.:25:15,10:9,6:6,4 +chr10 83465349 . TTGTA T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034441;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:14,0:17,0 0/1:.:25:21,4:8,3:13,1 +chr10 85451948 . T C . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033651 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,1:17,1:13,0 0/1:.:21:16,5:10,1:6,4 +chr10 85769840 . G A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=41;GPV=1;SPV=6.6761e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:19,0:19,0 0/1:.:41:28,13:15,9:13,4 +chr10 87022072 . C T . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=41;GPV=1;SPV=6.6483e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:21,0:22,0 0/1:.:36:25,11:15,7:10,4 +chr10 87203254 . C CA . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037194;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:13,1:6,0 0/1:.:23:16,7:9,5:7,2 +chr10 87289952 . G C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14229 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:14,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,1:0,1 +chr10 87368808 . C G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:11,1:2,0 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 +chr10 87485200 . A T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031197 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:13,1:6,0 0/1:.:26:18,8:9,5:9,3 +chr10 90914733 . A C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.38182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:4,0:0,0:4,0 0/1:.:10:5,2:0,1:5,1 +chr10 93102839 . G GT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017149;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,1:5,0:3,1 0/1:.:18:6,10:3,6:3,4 +chr10 93965870 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028638;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,1:4,1:5,0 0/1:.:10:4,6:3,4:1,2 +chr10 94646651 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19246 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:6,0:8,0 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr10 95581746 . A C . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.41667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:3,0:2,0:1,0 0/1:.:33:4,2:3,1:1,1 +chr10 96053191 . T TCTCTGATTGGAGAGCTATGTGTAG . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041644;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:16,2:10,0 0/1:.:21:12,9:6,3:6,6 +chr10 100303191 . G GTTT . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029398;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:16,1:7,0 0/1:.:16:11,5:7,2:4,3 +chr10 100418410 . A AAG . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034783;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:9,0:1,0 0/1:.:17:10,6:7,5:3,1 +chr10 101259495 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:23:15,8:10,5:5,3 +chr10 102071131 . C CT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030651;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:9,0:5,0 0/1:.:18:11,5:8,3:3,2 +chr10 103143602 . ATT A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:6,0:2,0 0/1:.:16:6,5:3,1:3,4 +chr10 107015985 . A T . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12121 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:14,0:7,0:7,0 0/1:.:23:6,2:4,1:2,1 +chr10 110760998 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:8,2:10,0 0/1:.:29:17,12:11,9:6,3 +chr10 112925985 . A T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066957 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:12,0:6,0:6,0 0/1:.:18:10,4:4,2:6,2 +chr10 119275587 . G GCTCTCTCT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046775;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:21,1:7,0 0/1:.:18:12,4:10,2:2,2 +chr10 120083370 . T G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:13,0:5,0:8,0 0/1:.:13:5,2:4,1:1,1 +chr10 121437476 . ACCCC A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014495;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,0:10,0:9,0 0/1:.:27:19,7:8,4:11,3 +chr10 121571647 . C A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:5,0:2,0 0/1:.:14:6,2:5,1:1,1 +chr10 121878613 . G GA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00034776;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:26,2:18,2:8,0 0/1:.:20:9,11:6,8:3,3 +chr10 125780944 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094953;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,1:7,0 0/1:.:15:7,8:2,7:5,1 +chr10 126579255 . ATTTC A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003276;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,0:8,0:12,0 0/1:.:19:12,7:3,3:9,4 +chr10 128219580 . CCACTCACACACT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076628;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:11,0:2,0 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr10 129015805 . AAAAG A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042122;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:15,1:6,1 0/1:.:24:16,8:12,6:4,2 +chr10 130149935 . A T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,0:2,0:2,0 0/1:.:21:1,2:0,0:1,2 +chr10 131097202 . A C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:9,0:5,0:4,0 0/1:.:16:4,2:3,1:1,1 +chr10 131467195 . ATATATATATATTTTTTTTTTTTT A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:0,0:3,0 0/1:.:11:3,2:1,1:2,1 +chr10 131540052 . C CT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024163;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,1:6,0 0/1:.:17:10,7:4,5:6,2 +chr10 131544777 . C T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:31:23,8:7,4:16,4 +chr10 132820734 . C T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:3,0:8,0 0/1:.:10:7,2:1,1:6,1 +chr10 133291257 . CCT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10909;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:0,0:7,0 0/1:.:11:2,2:0,1:2,1 +chr10 133643917 . A G . PASS DP=132;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016447 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:58,3:19,0:39,3 0/1:.:71:58,13:21,4:37,9 +chr10 133645068 . G A . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041275 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:64,1:26,1:38,0 0/1:.:60:52,6:23,4:29,2 +chr10 133783431 . C G . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088926 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:11,0:3,0 0/1:.:37:30,7:21,6:9,1 +chr11 183702 . C T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022239 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:17:12,5:5,4:7,1 +chr11 600495 . T A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:5,0:1,0:4,0 1/1:.:19:1,3:0,1:1,2 +chr11 741547 . A C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:5,0:3,0:2,0 0/1:.:28:5,5:3,2:2,3 +chr11 1295042 . T C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072765 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,0:11,0:7,0 0/1:.:21:17,4:15,3:2,1 +chr11 4303268 . G C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.095104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:16,0:10,0 0/1:.:34:30,4:16,2:14,2 +chr11 4625289 . A G . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016294 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:35:24,11:11,2:13,9 +chr11 4809161 . A G . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.095104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:34:30,4:20,3:10,1 +chr11 5194343 . A C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:1,0:9,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr11 5608847 . A ATTTTTT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:10,0:5,1 0/1:.:17:9,7:6,4:3,3 +chr11 9778335 . CAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:16:8,7:4,6:4,1 +chr11 11247075 . G C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:10,0:3,0:7,0 0/1:.:11:5,4:2,1:3,3 +chr11 14252345 . T C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:4,0:12,0 0/1:.:20:17,3:6,1:11,2 +chr11 15502869 . CAG C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:12,0:11,0 0/1:.:21:16,4:8,1:8,3 +chr11 15686827 . A ATTT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022595;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:9,0:8,1 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 +chr11 18159595 . T G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023024 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:5,1:11,0 0/1:.:21:13,8:7,7:6,1 +chr11 18442660 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,1:7,0:4,1 0/1:.:15:8,7:5,5:3,2 +chr11 18719320 . G T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.098394 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:8,0:12,0 0/1:.:27:23,4:13,2:10,2 +chr11 19777024 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024738 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:16,1:6,1 0/1:.:22:14,8:8,4:6,4 +chr11 20717598 . T C . 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PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045025;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:13,0:11,1 0/1:.:19:14,5:11,3:3,2 +chr11 25651441 . C T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,0:4,0:4,0 0/1:.:17:6,5:1,3:5,2 +chr11 29636294 . C A . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025256 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:17,0:21,0 0/1:.:37:32,5:19,3:13,2 +chr11 30184762 . TA T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049793;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:17,2:5,0 0/1:.:26:18,8:14,7:4,1 +chr11 30635014 . T G . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024076 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:28:21,7:14,4:7,3 +chr11 39144319 . A G . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:12:8,4:4,1:4,3 +chr11 39787606 . ATGTG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034783;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:16:10,6:7,4:3,2 +chr11 41488761 . G C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090498 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,1:6,1:3,0 1/1:.:11:2,6:0,2:2,4 +chr11 42844485 . AT A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.067669;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chr11 43362149 . TTGTGTG T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0084738;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:15,1:7,1 0/1:.:27:16,11:8,8:8,3 +chr11 43488024 . G A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:26:21,5:11,3:10,2 +chr11 44037869 . A G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048788 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:9,1:12,0 0/1:.:32:24,8:12,5:12,3 +chr11 44212306 . AAT A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:8,1:4,1:4,0 0/1:.:30:4,6:2,5:2,1 +chr11 46418344 . T TTA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041789;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:7,0:8,0 0/1:.:19:14,5:5,4:9,1 +chr11 47122093 . T A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,1:2,0:4,1 1/1:.:12:2,6:0,2:2,4 +chr11 47348908 . T TTATATATATATATATATATATATA . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20798;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:1,0:4,0 0/1:.:14:8,4:3,3:5,1 +chr11 48131053 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015103 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:12,1:7,1:5,0 0/1:.:13:6,7:4,5:2,2 +chr11 49947563 . T G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00024011 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:13,1:6,1 0/1:.:34:14,20:9,12:5,8 +chr11 50229965 . CT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052904;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:15,1:6,0:9,1 0/1:.:13:4,6:1,5:3,1 +chr11 50426910 . G T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031253 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:23,0:19,0 0/1:.:32:28,4:13,2:15,2 +chr11 51480002 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090194 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:0,0:21,0 0/1:.:27:23,4:0,0:23,4 +chr11 51537090 . C A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:2,0:17,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr11 51729796 . A C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042105 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:9,0:4,0 0/1:.:8:5,3:2,2:3,1 +chr11 52688708 . C T . PASS DP=99;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048127 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:48,3:38,1:10,2 0/1:.:48:39,9:29,5:10,4 +chr11 52688895 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043382 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:0,0:16,0 0/1:.:15:11,4:0,0:11,4 +chr11 54290138 . G T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039244 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:10,0:8,0 0/1:.:16:12,4:7,3:5,1 +chr11 54359291 . T C . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046279 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:35,2:18,1:17,1 0/1:.:26:20,6:10,3:10,3 +chr11 54367920 . C T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041789 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:19:14,5:4,2:10,3 +chr11 54402839 . T G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:2,0:19,0 0/1:.:9:7,2:0,1:7,1 +chr11 54421550 . C G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr11 54533805 . G T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:2,0:6,0 0/1:.:14:10,4:2,1:8,3 +chr11 54535967 . C T . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016406 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:56,1:37,1:19,0 0/1:.:48:41,7:36,3:5,4 +chr11 55865684 . A T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058628 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:24:18,6:12,4:6,2 +chr11 60099331 . CAAA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:12,0:3,0:9,0 0/1:.:15:7,5:2,4:5,1 +chr11 66587869 . G GC . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058163;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:16,0:14,0 0/1:.:20:17,3:9,2:8,1 +chr11 66654684 . G GT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042555;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,0:4,1 0/1:.:22:14,8:8,7:6,1 +chr11 67565145 . C A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051209 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr11 68219436 . A G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12281 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,0:7,0:5,0 0/1:.:12:5,2:2,1:3,1 +chr11 68913043 . C A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:4,0:2,0 0/1:.:15:8,4:4,1:4,3 +chr11 69735373 . C CAA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098884;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,1:12,1:8,0 0/1:.:17:8,6:7,4:1,2 +chr11 69795361 . CT C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082251;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:2,0:14,0 0/1:.:20:16,4:1,1:15,3 +chr11 70539523 . A ACTCG . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0091635;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:26:17,8:8,5:9,3 +chr11 71174678 . C CAAAAA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011104;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,0:16,0:10,0 0/1:.:21:12,7:9,6:3,1 +chr11 72133546 . T TTTCTTC . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011884;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:8,0:19,0 0/1:.:22:16,5:7,2:9,3 +chr11 72785560 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013487;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:6,0:8,0 0/1:.:16:10,6:5,5:5,1 +chr11 75353801 . T A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030104 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:7,0:9,0 0/1:.:13:9,4:4,1:5,3 +chr11 76941041 . G A . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039653 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:20,1:11,0:9,1 0/1:.:33:14,6:11,3:3,3 +chr11 77252053 . TG T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.087179;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 +chr11 77252061 . T G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17679 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:6,0:4,0 0/1:.:20:16,4:9,1:7,3 +chr11 78263631 . TG T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059574;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:12,0:11,0 0/1:.:24:20,4:10,1:10,3 +chr11 80060021 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032123 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:13,0:25,0 0/1:.:33:26,7:10,3:16,4 +chr11 81523123 . T TAC . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,1:3,0 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2 +chr11 81523127 . T C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,1:3,0 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2 +chr11 82662384 . T C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:20:15,5:9,4:6,1 +chr11 83099163 . C CAAAAAAAAACA . 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PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15909;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:2,0:1,0 0/1:.:13:4,5:1,2:3,3 +chr11 87878251 . CATCT C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0087567;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:12,1:8,0:4,1 0/1:.:19:6,8:3,5:3,3 +chr11 94419465 . G GGAGAGA . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041183;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,1:12,1:7,0 0/1:.:29:20,8:11,6:9,2 +chr11 94908816 . T TACACACACACACAC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011868;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:7,0:3,1 0/1:.:12:4,7:4,3:0,4 +chr11 96555089 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01451 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:13,0:14,2 0/1:.:27:18,9:8,4:10,5 +chr11 96683307 . C CA . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014356;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:19,0:13,0 0/1:.:26:21,5:10,4:11,1 +chr11 96977486 . C T . 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PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016747 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:7,2:15,0 0/1:.:27:17,10:8,7:9,3 +chr11 112598573 . C CAAATAAATAAATAAATAAAT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:5,0:4,0 0/1:.:27:13,8:7,4:6,4 +chr11 114095249 . T TC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026903;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:9,1:11,0 0/1:.:22:15,7:5,4:10,3 +chr11 115601657 . A AT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,1:4,0:6,1 0/1:.:18:7,7:3,6:4,1 +chr11 115603737 . GAAATAAAT G . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001114;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:9,0:14,2 0/1:.:21:10,11:8,7:2,4 +chr11 116159183 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,0:2,0:6,0 0/1:.:24:10,4:3,3:7,1 +chr11 116995266 . CA C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016624;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:4,1:5,0 0/1:.:13:5,8:3,7:2,1 +chr11 118735506 . ATTCT A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:3,0:9,0 0/1:.:31:21,10:9,8:12,2 +chr11 118774464 . CT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057692;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:5,0:1,0 0/1:.:13:5,5:3,4:2,1 +chr11 118840260 . AAAAT A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:30,2:13,0:17,2 0/1:.:29:18,11:9,6:9,5 +chr11 118987025 . C CAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:10,1:3,0 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1 +chr11 119245956 . CTTTTTTTTTTT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028708;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:9,0:3,0 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 +chr11 119973299 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10745 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:15,0:7,0 0/1:.:31:27,4:19,1:8,3 +chr11 120699551 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16484 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:8,0:3,0:5,0 0/1:.:19:4,2:0,1:4,1 +chr11 121760881 . T C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,0:5,0:3,0 0/1:.:17:7,2:5,1:2,1 +chr11 122688621 . C CTTTAT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0041602;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:3,0:11,0 0/1:.:18:10,8:3,6:7,2 +chr11 123644802 . T A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 1/1:.:9:0,3:0,3:0,0 +chr11 124393474 . A G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:24:18,6:6,4:12,2 +chr11 128612874 . C CGT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012445;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:10,2:8,0 0/1:.:22:12,10:9,8:3,2 +chr11 128891439 . C CAG . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:14,1:8,0:6,1 0/1:.:27:8,6:3,5:5,1 +chr11 130891846 . C CTT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033806;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,2:6,0 0/1:.:17:10,7:5,5:5,2 +chr11 131263798 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012694;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:11,1:3,0 0/1:.:15:7,7:5,5:2,2 +chr11 132923091 . TA T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088906;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:11,0:11,0 0/1:.:28:24,4:9,3:15,1 +chr11 132954139 . T TG . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030521;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:11,0:13,0 0/1:.:33:27,6:15,2:12,4 +chr11 134406971 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024063 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:12,2:15,0 0/1:.:30:21,9:10,3:11,6 +chr11 134406996 . A C . 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PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15033 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:23:19,4:1,1:18,3 +chr12 55052474 . TTTTCTTTC T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075341;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:24,1:6,0:18,1 0/1:.:23:12,7:6,5:6,2 +chr12 55973075 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065637 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:18,0:7,0:11,0 0/1:.:23:16,4:11,2:5,2 +chr12 56123423 . AT A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,0:10,0:10,0 0/1:.:22:17,5:9,3:8,2 +chr12 56232161 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076023;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:4,0:4,0 0/1:.:14:9,5:3,4:6,1 +chr12 57447924 . A T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:2,0:3,0 0/1:.:11:5,5:4,2:1,3 +chr12 57508693 . A AG . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03845;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:23:19,4:9,3:10,1 +chr12 58706722 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.0348e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:20,0:20,0 0/1:.:36:24,12:10,5:14,7 +chr12 61653869 . C CAA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01049;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,0:5,0:2,0 0/1:.:11:3,6:3,5:0,1 +chr12 61859433 . A ATTTTGTTTTTGT . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036217;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:12,1:12,0 0/1:.:33:25,8:11,7:14,1 +chr12 63725567 . C CT . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:8,1:1,0 0/1:.:9:4,5:2,4:2,1 +chr12 64029724 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027601 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:13,1:6,1 0/1:.:28:14,14:7,8:7,6 +chr12 64945394 . AAG A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028251;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:10,0:17,0 0/1:.:28:23,5:10,4:13,1 +chr12 64946012 . TA T . 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CGAGGTTGAGACAGCTCCTGGTGAGACCTCA C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014141;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:8,0:9,1 0/1:.:23:14,9:9,8:5,1 +chr12 76122474 . G A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078894 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:19,0:7,0 0/1:.:18:13,5:10,2:3,3 +chr12 80178041 . TTTTC T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030556;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:5,0:8,0 0/1:.:15:10,5:2,3:8,2 +chr12 82773462 . CT C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00062289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:12,0:4,1 0/1:.:20:8,12:3,6:5,6 +chr12 84762680 . C A . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.001302 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:23,0:18,0 0/1:.:29:22,7:14,5:8,2 +chr12 85879185 . T TTTTATGTATA . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044505;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:24,0:12,0:12,0 0/1:.:31:13,6:8,3:5,3 +chr12 87256617 . T C . 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TG T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027772;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:5,0:8,1 0/1:.:10:5,5:3,2:2,3 +chr12 110858149 . AAAT A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12418;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:10,0:4,0 0/1:.:22:18,4:7,1:11,3 +chr12 111929504 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:10,1:9,1 0/1:.:15:9,6:4,4:5,2 +chr12 113047475 . G GAGAAAGAA . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11905;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:3,0:0,0 0/1:.:11:2,4:2,4:0,0 +chr12 113873041 . G A . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:40,2:23,2:17,0 0/1:.:32:25,7:13,6:12,1 +chr12 114474467 . A ATT . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04916;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:10,1:9,1 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr12 114653132 . G T . 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PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033651;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:24,0:14,0 0/1:.:30:26,4:18,1:8,3 +chr13 25408074 . TA T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046036;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:18,1:13,0 0/1:.:24:19,5:12,3:7,2 +chr13 25584417 . T G . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041988 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:25,0:7,0 0/1:.:28:24,4:13,1:11,3 +chr13 25637092 . CAA C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:4,0:2,0 0/1:.:13:8,4:1,3:7,1 +chr13 25977026 . T TCCACCCCCACCCCCACCC . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066411;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:1,0:13,0 0/1:.:16:12,4:1,0:11,4 +chr13 26622774 . CA C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0015456;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:7,1:11,1 0/1:.:23:10,13:6,5:4,8 +chr13 27336330 . C T . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=51;GPV=1;SPV=6.3118e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:20,0:11,0 0/1:.:48:28,20:16,8:12,12 +chr13 28787481 . C CAA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:12,0:3,0 0/1:.:14:9,4:6,3:3,1 +chr13 30523742 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015732 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:15,0:4,0 0/1:.:12:8,4:7,2:1,2 +chr13 31480147 . AAG A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0012812;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:20:10,10:6,5:4,5 +chr13 38129153 . T G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060128 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:15,0:13,0 0/1:.:29:25,4:17,2:8,2 +chr13 42389524 . T TTGTGTGTG . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:11,1:8,1:3,0 0/1:.:11:4,5:2,1:2,4 +chr13 42745737 . CA C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042547;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:13,0:1,0 0/1:.:21:13,5:9,4:4,1 +chr13 43603837 . G A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10791 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:15:11,4:7,2:4,2 +chr13 43936440 . T TATCTATCTATCAATC . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033787;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:32,1:16,0:16,1 0/1:.:19:12,4:5,2:7,2 +chr13 43936452 . TATCAATC T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030621;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:28,3:14,2:14,1 0/1:.:17:10,6:4,4:6,2 +chr13 45485135 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04252 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:37,3:14,0:23,3 0/1:.:32:24,8:3,3:21,5 +chr13 45663555 . CTT C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058687;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:18,0:5,0:13,0 0/1:.:25:15,4:2,2:13,2 +chr13 46496965 . G GTAAATAAATAAATAAATAAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,1:5,0:3,1 0/1:.:15:4,6:1,3:3,3 +chr13 48020311 . AAT A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0048821;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:3,0:6,1 0/1:.:13:2,7:2,6:0,1 +chr13 48027612 . A AT . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077337;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:35:31,4:15,3:16,1 +chr13 48027615 . A T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068696 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:33:29,4:15,3:14,1 +chr13 48027625 . ATATAAT A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064462;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:13,0:17,0 0/1:.:32:28,4:14,3:14,1 +chr13 48409570 . ATTT A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17128;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:6,0:2,0 0/1:.:18:12,4:8,3:4,1 +chr13 61304107 . C CAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:19,2:13,2:6,0 0/1:.:15:9,6:6,4:3,2 +chr13 63173625 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048994 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:14,0:11,0:3,0 0/1:.:29:14,5:6,1:8,4 +chr13 64411791 . A C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0012759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:16,0:5,0 0/1:.:13:7,6:4,2:3,4 +chr13 64895993 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001042 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:15,0:18,0 0/1:.:33:24,9:14,5:10,4 +chr13 68911615 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043382 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:7,0:9,0 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr13 69685047 . T C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060573 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:3,0:9,1 0/1:.:11:4,7:2,1:2,6 +chr13 69719211 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:3,0:1,0:2,0 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1 +chr13 69719213 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:3,0:1,0:2,0 0/1:.:27:1,2:1,1:0,1 +chr13 70378174 . CATATATATATATATAGATATAT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012174;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:14:6,8:4,6:2,2 +chr13 70701949 . T TACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026636;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:12,1:9,1:3,0 0/1:.:16:6,6:5,5:1,1 +chr13 73186864 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:9:7,2:2,1:5,1 +chr13 73187012 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05251 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:10,0:9,0 0/1:.:19:15,4:13,3:2,1 +chr13 73575568 . G A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05062 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:25:21,4:15,3:6,1 +chr13 75625432 . T C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:3,0:1,0:2,0 1/1:.:21:1,5:1,2:0,3 +chr13 75625433 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:3,0:1,0:2,0 1/1:.:20:1,4:1,1:0,3 +chr13 75938283 . A G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:3,0:2,0:1,0 0/1:.:18:1,2:1,2:0,0 +chr13 76876673 . T A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06964 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,0:13,0:13,0 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 +chr13 77964135 . G C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016258 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:15,0:19,0 0/1:.:25:16,9:5,7:11,2 +chr13 79460581 . A T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.25455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:1,0:2,0 0/1:.:12:5,4:2,1:3,3 +chr13 79801197 . G A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045625 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,3:15,2:15,1 0/1:.:23:16,7:8,3:8,4 +chr13 80252775 . T G . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01497 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:13,0:6,0:7,0 0/1:.:31:12,7:6,1:6,6 +chr13 81478017 . CA C . 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PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077778;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 +chr13 93037959 . C CAAATAAAT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025641;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:4,1:14,1 0/1:.:10:5,5:1,2:4,3 +chr13 97888192 . AAAAGAAAG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021739;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:3,0:8,0 0/1:.:15:9,6:7,3:2,3 +chr13 100015740 . A C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015152 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:10,0:3,0:7,0 1/1:.:22:0,2:0,1:0,1 +chr13 100328689 . A ATTT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:15:9,5:4,2:5,3 +chr13 100585822 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027191;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:12,1:4,0 0/1:.:15:9,6:7,5:2,1 +chr13 101254370 . C CAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:9,1:6,1:3,0 0/1:.:16:4,5:3,4:1,1 +chr13 102297723 . A T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:4,0:2,0:2,0 0/1:.:22:1,2:1,1:0,1 +chr13 102508430 . C CATTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:2,0:4,0 0/1:.:12:4,5:1,4:3,1 +chr13 103458612 . TAG T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:10,0:5,0 0/1:.:21:17,4:14,1:3,3 +chr13 103612130 . C CA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037112;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,1:5,1:2,0 0/1:.:19:4,7:3,4:1,3 +chr13 103953936 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042336 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:17,0:5,0 0/1:.:27:22,5:11,1:11,4 +chr13 104759932 . T C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048055 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:6,1:6,0 0/1:.:11:6,5:1,2:5,3 +chr13 104991284 . A AATAT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:5,0:1,0 0/1:.:11:4,5:4,4:0,1 +chr13 105992816 . T TCTTCCTTCCTTC . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11053;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:4,0:9,0 0/1:.:8:5,2:1,1:4,1 +chr13 106272976 . A C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:3,0:2,0 0/1:.:12:4,2:0,1:4,1 +chr13 108681464 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064593 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:20,0:8,0 0/1:.:30:26,4:13,2:13,2 +chr13 110527900 . T TACACACACACAC . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,0:11,0:5,0 0/1:.:16:12,4:11,4:1,0 +chr13 111631381 . T C . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046916 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:17,0:18,0 0/1:.:32:28,4:2,2:26,2 +chr13 112279789 . G A . 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TTTTA T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048514;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:4,0:17,2 0/1:.:21:14,7:4,1:10,6 +chr14 18930347 . A ATTTTT . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00091926;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:34,0:14,0:20,0 0/1:.:33:20,8:7,2:13,6 +chr14 19055978 . A G . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:45,0:27,0:18,0 0/1:.:36:31,5:16,1:15,4 +chr14 19071068 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.054106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:1,0:10,0 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3 +chr14 19084149 . G A . PASS DP=160;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021503 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:84:76,8:37,5:39,3 0/1:.:76:59,17:31,10:28,7 +chr14 19096590 . G T . PASS DP=162;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01558 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:88:83,5:44,3:39,2 0/1:.:74:61,13:31,7:30,6 +chr14 19106299 . C T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.039984 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:25,2:11,1:14,1 0/1:.:36:26,10:19,5:7,5 +chr14 19129924 . G A . PASS DP=108;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013761 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:61,0:32,0:29,0 0/1:.:47:42,5:25,1:17,4 +chr14 19132828 . T C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:20:16,4:8,1:8,3 +chr14 19156932 . A G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027424 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:24:17,7:12,6:5,1 +chr14 19181655 . C A . PASS DP=154;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:87,4:43,3:44,1 0/1:.:63:54,9:24,8:30,1 +chr14 19228330 . C G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04342 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:14,0:20,0 0/1:.:41:36,5:14,4:22,1 +chr14 19258912 . C T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024789 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:19,1:0,0 0/1:.:13:8,5:7,4:1,1 +chr14 19344454 . AG A . PASS DP=128;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013998;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:67:64,3:31,2:33,1 0/1:.:61:50,11:31,9:19,2 +chr14 19344457 . C A . PASS DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060586 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:69:66,3:31,2:35,1 0/1:.:67:54,13:31,10:23,3 +chr14 19353768 . T C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023715 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:0,0:13,0 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 +chr14 19405603 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022724 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:8,0:10,0 0/1:.:13:9,4:3,2:6,2 +chr14 19681182 . C CAA . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023735;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,0:18,0:17,0 0/1:.:47:37,6:24,1:13,5 +chr14 20980693 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:12,0:8,0 0/1:.:21:16,5:12,2:4,3 +chr14 21146026 . GTCTTTCTTTCTTTCTT G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:7,0:0,0:7,0 0/1:.:13:3,3:0,0:3,3 +chr14 21654412 . A ACACG . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:13,0:7,0:6,0 0/1:.:23:11,4:5,3:6,1 +chr14 23466153 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018485;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:20:10,10:8,8:2,2 +chr14 25698511 . A T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:3,0:0,0:3,0 0/1:.:19:1,2:0,0:1,2 +chr14 26687919 . TA T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:21,0:16,0 0/1:.:28:23,5:8,3:15,2 +chr14 28145940 . A C . PASS DP=87;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:49:49,0:20,0:29,0 0/1:.:38:33,5:14,2:19,3 +chr14 29028410 . G A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029457 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:15,1:12,2 0/1:.:32:18,14:10,4:8,10 +chr14 34325972 . CTT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10791;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:10,0:7,0:3,0 0/1:.:16:11,4:9,3:2,1 +chr14 34977853 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.3956 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:5,0:1,0:4,0 0/1:.:19:7,2:2,1:5,1 +chr14 35414163 . C CT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043327;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:5,0:6,1 0/1:.:24:14,10:10,7:4,3 +chr14 37596047 . T C . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15282 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:20,0:14,0:6,0 0/1:.:46:21,3:16,2:5,1 +chr14 38145609 . C CA . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012694;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:14,1:10,0:4,1 0/1:.:14:7,7:7,6:0,1 +chr14 38818307 . C CTATATATA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065801;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:17,0:14,0:3,0 0/1:.:21:15,4:13,2:2,2 +chr14 40532846 . G GTTTGTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018648;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:3,0:4,0 0/1:.:11:3,5:1,3:2,2 +chr14 46405223 . T A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:4,0:1,0:3,0 0/1:.:22:1,2:1,2:0,0 +chr14 49756200 . A ATATT . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049105;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:12,1:9,0 0/1:.:37:28,9:11,4:17,5 +chr14 52114937 . T TTTCCTTCCTTCC . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1114;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:17,6:6,3:11,3 +chr14 53895134 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:6,0:0,0:6,0 0/1:.:11:4,2:0,1:4,1 +chr14 53895185 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr14 54288840 . T TATATACATATACATATACATATAC . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:8,0:3,0:5,0 0/1:.:20:10,6:6,4:4,2 +chr14 56792199 . GT G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046407;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,1:4,0 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 +chr14 57095520 . T G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.7231e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:34:20,14:12,8:8,6 +chr14 59582919 . G A . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023817 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:25,0:19,0 0/1:.:30:26,4:14,3:12,1 +chr14 59750513 . TAA T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.125;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:10,0:2,0:8,0 0/1:.:8:4,2:0,1:4,1 +chr14 60202790 . C CTT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:6,0:1,0 0/1:.:14:8,5:6,4:2,1 +chr14 64164087 . C CTTAT . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035323;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:7,1:14,1 0/1:.:24:15,8:6,2:9,6 +chr14 65300809 . A ATGTGTG . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014047;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:16,0:10,0:6,0 0/1:.:13:6,4:3,3:3,1 +chr14 66445732 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027299 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:10,1:14,1 0/1:.:9:5,4:2,3:3,1 +chr14 68957636 . C T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:24:17,7:9,6:8,1 +chr14 70765735 . TA T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011229;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,1:5,0 0/1:.:18:9,9:5,8:4,1 +chr14 71290262 . C CA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044851;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:8,1:1,0 0/1:.:17:8,8:5,7:3,1 +chr14 71834185 . CAAAAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013155;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:10,0:5,1 0/1:.:13:6,6:3,4:3,2 +chr14 73143988 . TAA T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.098383;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:3,0:4,0 0/1:.:14:9,5:7,3:2,2 +chr14 73991608 . CA C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068649;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:15,0:6,2 0/1:.:11:5,6:3,4:2,2 +chr14 74190389 . C CTTT . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026515;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:5,0:1,0:4,0 0/1:.:8:2,5:1,4:1,1 +chr14 74890124 . CT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029799;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:11:6,5:2,3:4,2 +chr14 75293331 . A AACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:7,0:5,0:2,0 0/1:.:17:6,5:5,4:1,1 +chr14 76612005 . AGAGTGAGTGT A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031813;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:17,0:9,0:8,0 0/1:.:17:10,4:7,3:3,1 +chr14 77019656 . AAG A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088413;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,1:7,0 0/1:.:10:4,6:2,3:2,3 +chr14 77168290 . CAA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,0:5,0:3,0 0/1:.:15:6,5:4,4:2,1 +chr14 77534588 . T TACACACACACACACACAC . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010101;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:1,0:3,0 0/1:.:11:1,7:0,2:1,5 +chr14 77751844 . AC A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0019606;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:12,1:5,0 0/1:.:29:15,14:7,4:8,10 +chr14 78062571 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr14 83490690 . AAG A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:17,2:5,0 0/1:.:21:14,7:10,5:4,2 +chr14 84131363 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:7,0:7,1 0/1:.:15:8,6:6,2:2,4 +chr14 84320234 . CAA C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097902;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:4,0:1,0 0/1:.:9:4,4:0,3:4,1 +chr14 85453414 . G C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.15909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,0:3,0:2,0 0/1:.:21:4,3:1,2:3,1 +chr14 85535357 . A C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012445 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:9,0:10,2 0/1:.:21:11,9:3,1:8,8 +chr14 88205542 . C CT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070965;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,0:4,1 0/1:.:15:7,8:5,7:2,1 +chr14 91062558 . A T . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35897 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:5,0:3,0:2,0 0/1:.:11:6,2:2,1:4,1 +chr14 91979274 . G A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059574 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:9,0:14,0 0/1:.:24:20,4:5,2:15,2 +chr14 92634068 . CTT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,1:8,1:0,0 0/1:.:14:4,6:2,3:2,3 +chr14 92661723 . T TCACACACACA . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032462;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:10,1:6,0 0/1:.:30:20,10:15,5:5,5 +chr14 93300704 . TTGTGTGTGTGTGTG T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010536;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:4,0:10,0 0/1:.:15:9,6:2,2:7,4 +chr14 94913750 . T A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021726 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:7,1:14,1 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 +chr14 94940296 . T C . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044663 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:18,0:13,0 0/1:.:38:33,5:23,1:10,4 +chr14 96177063 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041383 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:17,1:8,0 0/1:.:30:23,7:14,5:9,2 +chr14 96407571 . CTTTCT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16319;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1 +chr14 96432202 . C CT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:13:9,4:7,3:2,1 +chr14 97032848 . CAG C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:12:5,4:3,3:2,1 +chr14 97849157 . TTC T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.070922;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:9,0:13,0 0/1:.:25:21,4:6,3:15,1 +chr14 98903849 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:8,0:5,0:3,0 0/1:.:17:4,4:3,3:1,1 +chr14 99199683 . T TGTGTGCGC . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048951;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,0:3,0:3,0 0/1:.:12:3,4:2,2:1,2 +chr14 101771222 . C CGTGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021798;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:9,1:10,0 0/1:.:21:13,7:6,3:7,4 +chr14 101840482 . CA C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:11:7,4:3,3:4,1 +chr14 103349709 . C CA . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015574;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:14,0:14,3 0/1:.:31:20,11:9,7:11,4 +chr14 103354084 . CAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.03028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,0:7,0:4,0 0/1:.:15:8,5:3,4:5,1 +chr14 104308858 . G T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:13,0:2,1 0/1:.:18:11,7:9,2:2,5 +chr14 104329521 . A AAAAGAAAGAAAGAAAG . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021554;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,0:12,0:11,0 0/1:.:22:17,5:9,2:8,3 +chr14 104776101 . G GCC . 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PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:8,0:6,1 0/1:.:14:7,6:4,5:3,1 +chr15 18911082 . G C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010357 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:30:27,3:21,2:6,1 0/1:.:31:16,15:13,13:3,2 +chr15 20129124 . G T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:0,0:11,0 0/1:.:16:12,4:0,0:12,4 +chr15 20232140 . AAG A . PASS DP=213;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026035;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:112:103,9:47,6:56,3 0/1:.:101:83,18:35,8:48,10 +chr15 20234884 . A G . PASS DP=279;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098403 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:155:142,13:72,5:70,8 0/1:.:124:101,23:48,9:53,14 +chr15 20237184 . CAA C . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:28,1:13,0:15,1 0/1:.:35:27,7:14,3:13,4 +chr15 20280020 . A G . 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T G . PASS DP=238;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0022054 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:128:105,7:56,5:49,2 0/1:.:110:79,20:44,8:35,12 +chr15 21276559 . T C . PASS DP=355;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047988 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:190:175,15:93,7:82,8 0/1:.:165:142,23:72,8:70,15 +chr15 21286227 . C T . PASS DP=340;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0091893 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:191:176,15:112,12:64,3 0/1:.:149:124,25:69,16:55,9 +chr15 21296427 . C A . PASS DP=213;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.02847 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:114:110,4:45,2:65,2 0/1:.:99:88,11:39,5:49,6 +chr15 21316685 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037123 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,1:17,1:18,0 0/1:.:32:26,6:14,4:12,2 +chr15 21343029 . A G . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:0,0:10,0 0/1:.:9:7,2:0,0:7,2 +chr15 21390865 . A AAAG . PASS DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02305;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:44,4:22,2:22,2 0/1:.:57:31,11:16,4:15,7 +chr15 21410756 . CACACAG C . PASS DP=97;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028252;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:51,3:18,1:33,2 0/1:.:43:31,12:10,3:21,9 +chr15 21443016 . G C . PASS DP=216;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019468 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:128:119,9:67,3:52,6 0/1:.:88:73,15:45,8:28,7 +chr15 21443017 . G A . PASS DP=226;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029634 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:135:126,9:76,3:50,6 0/1:.:91:77,14:45,7:32,7 +chr15 21460870 . G A . PASS DP=186;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03536 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:100:94,6:54,2:40,4 0/1:.:86:73,13:42,6:31,7 +chr15 21929679 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040724 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:22,1:15,0 0/1:.:28:22,5:15,4:7,1 +chr15 22056150 . T C . PASS DP=169;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013621 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:82:75,7:41,3:34,4 0/1:.:87:68,19:34,8:34,11 +chr15 22057973 . A G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:8:4,4:0,0:4,4 +chr15 22070707 . A G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024176 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:5,0:11,0 0/1:.:12:8,4:6,2:2,2 +chr15 22179639 . TACACACAC T . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03707;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:21,1:14,1:7,0 0/1:.:41:18,7:15,5:3,2 +chr15 22259109 . C T . PASS DP=273;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043752 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:159:151,8:72,3:79,5 0/1:.:114:101,13:49,6:52,7 +chr15 22272557 . T G . PASS DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041556 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:56,5:9,2:47,3 0/1:.:57:45,12:4,5:41,7 +chr15 22278023 . A G . PASS DP=247;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019687 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:142:129,13:76,5:53,8 0/1:.:105:85,20:49,12:36,8 +chr15 22280846 . T G . PASS DP=272;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033247 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:148:142,6:84,3:58,3 0/1:.:124:111,13:63,9:48,4 +chr15 22282183 . G A . PASS DP=209;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040096 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:114:104,10:51,3:53,7 0/1:.:95:78,17:39,9:39,8 +chr15 22304445 . GA G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024981;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:16,0:15,0 0/1:.:22:18,4:7,3:11,1 +chr15 22503416 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1025 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:13,0:5,0 0/1:.:25:21,4:19,4:2,0 +chr15 22821649 . C G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:5,0:4,0:1,0 0/1:.:9:1,2:0,1:1,1 +chr15 23140260 . C T . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030033 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:41,4:15,0:26,4 0/1:.:37:27,10:13,4:14,6 +chr15 23396711 . 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C T . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025854 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,3:19,3:11,0 0/1:.:24:16,8:5,7:11,1 +chr15 30182669 . C G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12491 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:9,0:7,0 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 +chr15 30238275 . G A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021848 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:13,1:6,1 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr15 30436747 . C CG . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029987;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:10,2:13,0 0/1:.:21:13,7:5,6:8,1 +chr15 31165579 . C CTT . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,1:2,0:3,1 0/1:.:8:0,4:0,3:0,1 +chr15 31697160 . G A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020863 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:12,0:12,0 0/1:.:16:10,6:5,1:5,5 +chr15 32187948 . C A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036704 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:16,0:18,0 0/1:.:28:24,4:12,3:12,1 +chr15 32195915 . TTTTG T . 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PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024256;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:10,1:6,1:4,0 0/1:.:21:7,8:4,7:3,1 +chr15 45907737 . A T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:6,0:3,0:3,0 0/1:.:17:4,4:1,2:3,2 +chr15 47622201 . CA C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024656;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:19,0:3,0 0/1:.:16:12,4:7,1:5,3 +chr15 49080608 . T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:10:7,2:3,1:4,1 +chr15 49294087 . C CAAAT . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.006083;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:30,2:11,1:19,1 0/1:.:26:16,9:8,7:8,2 +chr15 52427442 . C G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06964 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:14,0:12,0 0/1:.:29:25,4:20,2:5,2 +chr15 53591694 . ACACACAC A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15152;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:7,0:6,0:1,0 0/1:.:16:3,2:3,2:0,0 +chr15 54932443 . AT A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033333;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:3,1:1,1:2,0 1/1:.:8:0,6:0,4:0,2 +chr15 56757675 . G A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14229 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:14,0:7,0:7,0 0/1:.:14:7,2:4,1:3,1 +chr15 57240879 . C CAAAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:8,0:2,0:6,0 0/1:.:12:5,4:1,3:4,1 +chr15 61175541 . T TAAATAAAAAAA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034056;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,0:3,0:4,0 0/1:.:17:6,6:2,4:4,2 +chr15 63139197 . A C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032477 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,2:8,0 0/1:.:16:10,6:8,5:2,1 +chr15 63695384 . T A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051084 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:8,0:5,0:3,0 0/1:.:29:7,5:3,2:4,3 +chr15 65347967 . A C . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:28,0:16,0 0/1:.:29:23,6:15,4:8,2 +chr15 65347968 . AC A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0055447;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:25,0:10,0 0/1:.:28:22,6:14,4:8,2 +chr15 65441688 . A AC . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076205;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:11,0:12,0 0/1:.:27:23,4:7,2:16,2 +chr15 66568863 . C T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11067 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr15 67722173 . T A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=40;GPV=1;SPV=9.3592e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:12,0:14,0 0/1:.:25:14,11:6,4:8,7 +chr15 69625721 . TTC T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040169;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:7,0:17,0 0/1:.:21:17,4:5,2:12,2 +chr15 71087360 . A T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047958 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:13,1:9,0 0/1:.:23:17,6:8,3:9,3 +chr15 72026296 . AG A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:3,0:7,1 0/1:.:10:4,6:1,3:3,3 +chr15 72519475 . GTT G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:10,0:0,0 0/1:.:14:10,4:7,3:3,1 +chr15 73655279 . A C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:5,0:1,0:4,0 0/1:.:35:1,2:1,1:0,1 +chr15 75286206 . T C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11304 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:14:10,4:0,0:10,4 +chr15 75632802 . C CGTTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021053;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:11,0:1,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr15 76431676 . CAAAA C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,1:3,1:2,0 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0 +chr15 78632168 . TTTCTCTTTCTTTC T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07478;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:4,0:11,0 0/1:.:18:14,4:2,2:12,2 +chr15 79789080 . C CTT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045151;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,1:4,0 0/1:.:20:13,7:7,6:6,1 +chr15 82084048 . C CAG . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074047;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:14,0:10,0 0/1:.:32:24,8:14,3:10,5 +chr15 82096994 . ATTT A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040724;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:4,0:3,0 0/1:.:14:5,5:3,3:2,2 +chr15 82452998 . G A . PASS DP=171;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023137 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:93:89,4:42,0:47,4 0/1:.:78:67,11:25,3:42,8 +chr15 82474574 . G A . PASS DP=155;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0435 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:73:71,2:36,2:35,0 0/1:.:82:73,9:38,7:35,2 +chr15 82500774 . A G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025981 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:35,2:12,2:23,0 0/1:.:38:29,9:10,2:19,7 +chr15 82501765 . TATG T . 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PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:11,0:4,0:7,0 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1 +chr15 93681124 . T C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:5,1:9,0 0/1:.:13:7,6:3,5:4,1 +chr15 94148008 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr15 95251092 . ATTTC A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004222;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:6,0:15,2 0/1:.:18:9,9:1,2:8,7 +chr15 96823383 . A C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr15 97735334 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030583 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:11,1:9,1 0/1:.:18:11,7:4,5:7,2 +chr15 98495378 . T G . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065559 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:5,1:15,0 0/1:.:16:9,7:3,2:6,5 +chr15 98768939 . C A . 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C G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:21:17,4:9,2:8,2 +chr16 267639 . T TACAC . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.039955;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:25,2:12,2:13,0 0/1:.:23:16,7:4,1:12,6 +chr16 383197 . T G . PASS DP=88;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010578 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:50:49,1:32,0:17,1 0/1:.:38:31,7:18,2:13,5 +chr16 1429118 . A C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040741 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:14:9,4:3,1:6,3 +chr16 1507841 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0085545 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:7,1:8,0 0/1:.:19:10,9:3,4:7,5 +chr16 4127000 . C CAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010716;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:6,0:9,1 0/1:.:19:9,8:1,4:8,4 +chr16 4547689 . C T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010101 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:4,1:1,0:3,1 1/1:.:12:0,7:0,1:0,6 +chr16 6931279 . ATCTG A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:11,0:6,0 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 +chr16 6931335 . A C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:7,0:7,0 0/1:.:22:18,4:7,2:11,2 +chr16 6931337 . C A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:22:18,4:8,2:10,2 +chr16 6955080 . AC A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054348;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:16:8,7:4,4:4,3 +chr16 8394619 . CTTTT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048309;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:7,0:4,1 0/1:.:16:9,7:6,3:3,4 +chr16 8504640 . C CTT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024017;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:6,0:2,1 0/1:.:19:8,11:1,9:7,2 +chr16 10317308 . T A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017857 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:5,0:3,0:2,0 1/1:.:18:0,3:0,0:0,3 +chr16 11709259 . C CTTTTTTTTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018703;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:8,2:12,0 0/1:.:10:5,5:2,3:3,2 +chr16 11855961 . T G . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2381 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:3,0:3,0:0,0 0/1:.:11:3,3:3,1:0,2 +chr16 11926127 . G A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039244 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:12,0:6,0 0/1:.:16:12,4:8,2:4,2 +chr16 13679125 . CT C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032618;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:29,1:16,0:13,1 0/1:.:26:20,6:11,3:9,3 +chr16 13854035 . GAGGAAGGAAGGAAGGA G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:2,0:6,0 0/1:.:15:6,5:3,1:3,4 +chr16 14591391 . A T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22222 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:5,0:3,0:2,0 0/1:.:23:3,2:2,1:1,1 +chr16 15333620 . G T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:9,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr16 16386922 . A T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019425 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:23,0:5,3 0/1:.:25:16,9:10,2:6,7 +chr16 16398578 . A T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0036394 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:10,1:9,0 0/1:.:11:5,6:2,1:3,5 +chr16 16447767 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017571 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:9,1:12,1 0/1:.:23:14,9:6,4:8,5 +chr16 16658565 . TTTTTTG T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01389;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:13,1:11,1 0/1:.:14:8,6:6,4:2,2 +chr16 17868510 . TTA T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040043;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:5,1:4,1:1,0 1/1:.:9:1,5:1,3:0,2 +chr16 18241708 . GAAAGAAAGAAAGAGAC G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085095;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:11,0:3,0 0/1:.:21:14,4:12,3:2,1 +chr16 18663819 . T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:13,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr16 19092157 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00021629;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:11,0:8,0 0/1:.:14:6,8:2,5:4,3 +chr16 20913317 . GT G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014712;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:11,1:7,1 0/1:.:18:9,8:6,5:3,3 +chr16 22914606 . G GAGATGGGA . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0071226;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:12,1:5,0 0/1:.:29:17,12:8,7:9,5 +chr16 23818499 . A ATCTCTCTC . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039737;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:7,1:9,0 0/1:.:13:8,5:6,2:2,3 +chr16 23867054 . C T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:3,0:16,0 0/1:.:16:11,5:2,1:9,4 +chr16 23981588 . T C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051948 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:5,0:13,0 0/1:.:18:14,4:1,2:13,2 +chr16 24644081 . A ATTTTT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:2,0:8,1 0/1:.:8:3,4:2,2:1,2 +chr16 24664769 . T TCACA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037466;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:8,1:7,0 0/1:.:19:12,7:7,6:5,1 +chr16 24871264 . T C . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041838 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:15,0:8,0 0/1:.:28:23,5:11,4:12,1 +chr16 24871267 . GT G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016282;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:22,0:9,0 0/1:.:34:28,6:15,5:13,1 +chr16 26592304 . T TATATATATAG . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:10:6,4:2,2:4,2 +chr16 26921315 . G GTATATATATATATATATATATA . 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PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021397;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:13,2:14,0 0/1:.:46:33,13:19,8:14,5 +chr16 32375732 . G A . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058107 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:58:57,1:37,0:20,1 0/1:.:62:52,10:31,2:21,8 +chr16 32432148 . CTATTTT C . PASS DP=118;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078205;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:70:64,6:24,1:40,5 0/1:.:48:35,13:14,8:21,5 +chr16 32599509 . C CA . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046785;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:29,3:18,3:11,0 0/1:.:32:22,9:12,8:10,1 +chr16 32806459 . ATCATT A . PASS DP=124;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017061;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:72:66,2:29,1:37,1 0/1:.:52:44,8:22,2:22,6 +chr16 32837186 . T C . PASS DP=240;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040133 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:134:128,6:54,0:74,6 0/1:.:106:94,12:34,5:60,7 +chr16 32837269 . GGTTA G . 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PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:18,0:7,1 0/1:.:26:20,6:9,1:11,5 +chr16 33948101 . A C . PASS DP=93;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046823 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:49:45,4:19,3:26,1 0/1:.:44:34,10:15,9:19,1 +chr16 33966824 . C G . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:37,3:16,2:21,1 0/1:.:37:28,9:12,3:16,6 +chr16 34151621 . AG A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034946;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:20,1:15,1:5,0 0/1:.:17:10,5:5,3:5,2 +chr16 34801485 . C A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028951 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:21,0:21,0 0/1:.:21:16,5:9,2:7,3 +chr16 34821910 . A G . PASS DP=101;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027521 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:52,2:22,0:30,2 0/1:.:47:39,8:11,1:28,7 +chr16 36091496 . C T . PASS DP=213;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019783 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:122:112,10:43,2:69,8 0/1:.:91:74,17:23,13:51,4 +chr16 36091498 . T G . PASS DP=231;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033454 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:134:123,11:47,3:76,8 0/1:.:97:76,21:23,16:53,5 +chr16 36100859 . G C . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080998 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:81:76,5:40,1:36,4 0/1:.:80:64,16:38,7:26,9 +chr16 36105065 . TA T . PASS DP=151;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:86:84,2:63,2:21,0 0/1:.:65:58,7:38,4:20,3 +chr16 37680260 . C A . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024326 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:84:81,3:44,1:37,2 0/1:.:77:63,14:25,10:38,4 +chr16 46634392 . A T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:9,0:10,0 0/1:.:20:16,4:11,3:5,1 +chr16 47540819 . GT G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042724;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:6,1:10,0 0/1:.:18:11,6:5,5:6,1 +chr16 48635724 . A AGTGTGTGTGT . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088608;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:12,2:10,0 0/1:.:21:12,9:7,6:5,3 +chr16 48932270 . C G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22067 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:9,0:13,0 0/1:.:20:18,2:10,1:8,1 +chr16 49989145 . AC A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:3,0:3,0:0,0 1/1:.:17:0,2:0,0:0,2 +chr16 52826730 . AGT A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023788;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:8,1:7,1:1,0 0/1:.:26:9,12:5,8:4,4 +chr16 54440281 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077778 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:1,0:11,0 0/1:.:15:11,4:2,1:9,3 +chr16 55823925 . G A . PASS DP=93;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0083991 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:46:45,1:19,0:26,1 0/1:.:47:38,9:17,5:21,4 +chr16 56566700 . GAGAAAGAAAGAAAGAA G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024846;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:13,1:3,0 0/1:.:18:11,7:7,6:4,1 +chr16 56566741 . A G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.001204 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:11,0:3,0 0/1:.:12:5,7:3,6:2,1 +chr16 57230005 . C CT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11538;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:2,0:4,0 0/1:.:12:6,4:2,1:4,3 +chr16 57291035 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:2,0:9,0 0/1:.:16:10,6:6,3:4,3 +chr16 57654409 . AC A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066411;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:2,0:12,0 0/1:.:17:12,4:1,0:11,4 +chr16 57879741 . T TTTTCTTTC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.086103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:2,0:17,0 0/1:.:24:20,4:5,2:15,2 +chr16 58578452 . C CA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024893;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,1:5,0 0/1:.:25:14,10:8,4:6,6 +chr16 58603408 . AGTGTGTGTGT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060606;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:3,0:2,0:1,0 0/1:.:18:2,6:1,3:1,3 +chr16 58626406 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1226;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 0/1:.:21:11,6:9,5:2,1 +chr16 58805479 . T A . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:10,0:6,0:4,0 0/1:.:19:7,2:6,1:1,1 +chr16 58876696 . A T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00079103 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:15,0:7,0 0/1:.:19:11,8:6,2:5,6 +chr16 60240432 . A AT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027191;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,1:7,0 0/1:.:15:9,6:3,3:6,3 +chr16 61135184 . A ATATGTATACAC . 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A G . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047026 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:29,0:14,0 0/1:.:39:35,4:17,3:18,1 +chr17 8168035 . G T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028571 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:4,0:4,0:0,0 1/1:.:38:0,3:0,1:0,2 +chr17 9018549 . G GC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00033726;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:11,0:10,0 0/1:.:22:12,10:8,6:4,4 +chr17 10158341 . A C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010926 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:21,2:10,1:11,1 0/1:.:17:8,7:1,4:7,3 +chr17 11291170 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:16,0:22,0 0/1:.:38:31,7:24,4:7,3 +chr17 13213571 . G A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049645 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:15,0:9,0 0/1:.:23:19,4:12,1:7,3 +chr17 15317992 . T C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013393 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:7,0:6,1 0/1:.:16:8,8:4,2:4,6 +chr17 15749829 . C CGGCTGAGG . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:6,0:10,1 0/1:.:15:7,8:4,2:3,6 +chr17 15749845 . A G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017058 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:10:3,7:2,1:1,6 +chr17 16208206 . A ATTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:1,0:6,0 0/1:.:11:5,4:2,2:3,2 +chr17 18441065 . C T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057792 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:8:5,3:5,3:0,0 +chr17 18684907 . A AAAAAAAAAACC . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014025;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:23,1:6,0:17,1 0/1:.:15:8,5:1,3:7,2 +chr17 19278071 . C CAA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022999;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:3,0:3,0 0/1:.:25:7,9:5,4:2,5 +chr17 19760400 . A G . 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PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042772;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:20:14,6:11,3:3,3 +chr17 40444930 . G C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:6,0:5,0 0/1:.:8:3,3:3,2:0,1 +chr17 40984862 . TG T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1143;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:7,0:7,0 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2 +chr17 41730108 . GA G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:3,0:3,0:0,0 0/1:.:11:3,2:2,1:1,1 +chr17 42556492 . G A . PASS DP=110;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020445 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:59,2:24,1:35,1 0/1:.:49:41,8:24,2:17,6 +chr17 42944112 . A C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:3,0:1,0:2,0 1/1:.:25:1,3:0,1:1,2 +chr17 44329737 . TTTATTTATTTA T . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023569;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:11,1:3,0 0/1:.:17:7,10:3,4:4,6 +chr17 45598064 . T TA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16205;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,0:8,0:1,0 0/1:.:28:22,6:8,2:14,4 +chr17 45609454 . C T . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049733 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:19,0:24,0 0/1:.:40:36,4:16,1:20,3 +chr17 45615844 . T C . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021843 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:16,0:23,0 0/1:.:36:31,5:16,4:15,1 +chr17 46185710 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018362 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:37,4:28,1:9,3 0/1:.:27:18,9:11,6:7,3 +chr17 46245447 . C T . PASS DP=149;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0022454 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:72:66,6:27,4:39,2 0/1:.:77:56,21:22,8:34,13 +chr17 46657107 . G A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16374 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr17 46703664 . G C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024724 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:2,1:6,0 0/1:.:13:5,8:4,4:1,4 +chr17 47133052 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:8:6,2:4,1:2,1 +chr17 47197092 . G GT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019452;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,1:16,1:4,0 0/1:.:11:5,4:3,3:2,1 +chr17 47359679 . G A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017544 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:1,0:7,1 0/1:.:18:7,11:3,4:4,7 +chr17 48967359 . C CT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.091304;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:6,0:5,0 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chr17 49339196 . A ATT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:7,1:15,1 0/1:.:16:7,9:1,6:6,3 +chr17 49396044 . G GATT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012955;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:21,2:12,0:9,2 0/1:.:28:17,11:14,9:3,2 +chr17 53100905 . T G . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.09132 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:7,0:12,0 0/1:.:33:28,5:8,3:20,2 +chr17 53968315 . C T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00019803 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:18,0:18,0 0/1:.:27:18,9:8,6:10,3 +chr17 54564637 . C A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044153 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:23,2:9,2:14,0 0/1:.:25:9,5:4,3:5,2 +chr17 55350341 . T A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.42424 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:4,0:2,0:2,0 0/1:.:28:6,2:6,1:0,1 +chr17 56525117 . A G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023574 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:13,1:7,1:6,0 0/1:.:21:10,8:5,3:5,5 +chr17 56881329 . A ATATT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:6,0:1,0 0/1:.:13:3,3:3,1:0,2 +chr17 57191903 . G A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:15,0:6,0:9,0 0/1:.:35:8,5:4,2:4,3 +chr17 59540251 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013369 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:8,1:0,0 1/1:.:8:2,6:2,4:0,2 +chr17 60506622 . T A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:32:27,5:11,2:16,3 +chr17 61357262 . A T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:16,0:9,1 0/1:.:26:20,6:12,4:8,2 +chr17 61618646 . CTCTGTGTG C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057842;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:15,0:10,0:5,0 0/1:.:19:12,4:8,1:4,3 +chr17 62365588 . TACACACACACAC T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020875;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:11,1:7,1:4,0 0/1:.:22:9,9:7,6:2,3 +chr17 64294536 . T G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:9:7,2:4,1:3,1 +chr17 66057758 . TACAC T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0401;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:8,1:7,1:1,0 0/1:.:29:10,11:7,7:3,4 +chr17 66812965 . GTC G . 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A AAT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051645;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:18,1:9,1:9,0 0/1:.:22:9,8:5,4:4,4 +chr17 72670214 . T C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:13,1:8,1:5,0 0/1:.:18:7,6:6,4:1,2 +chr17 72754020 . GTATA G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr17 78587149 . AGAG A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028662;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:11,1:10,1 0/1:.:29:19,10:8,6:11,4 +chr17 78778318 . AAAG A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:4,1:6,0 0/1:.:23:9,8:7,4:2,4 +chr17 79930064 . T C . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:4,1:3,0 1/1:.:8:2,6:1,4:1,2 +chr17 81054242 . CT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1893;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:19:15,4:14,4:1,0 +chr17 82396320 . A G . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032315 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:12,1:11,0 0/1:.:26:19,7:11,4:8,3 +chr17 83022357 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:12:7,4:0,1:7,3 +chr18 51864 . T TC . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013944;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:18,0:18,2 0/1:.:34:25,9:13,1:12,8 +chr18 274948 . C G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:23:19,4:7,2:12,2 +chr18 696204 . CTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037185;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:15:9,6:3,5:6,1 +chr18 2767584 . CTT C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065359;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:8,0:2,0 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 +chr18 2858583 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:8:4,4:2,2:2,2 +chr18 3882526 . C CA . 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PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:5,1:3,0 0/1:.:11:4,7:2,4:2,3 +chr18 10591506 . T TAAA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,1:5,1:3,0 0/1:.:9:1,4:0,2:1,2 +chr18 12225701 . T TGTGCACGCGC . PASS DP=78;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.0307;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,1:20,1:17,0 0/1:.:39:32,7:19,6:13,1 +chr18 12292488 . A C . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.41667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:3,0:2,0:1,0 0/1:.:21:4,2:2,1:2,1 +chr18 12494838 . C CA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018593;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:6,0:1,0 0/1:.:19:8,9:4,8:4,1 +chr18 15162430 . C T . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:17,0:20,0 0/1:.:35:31,4:19,3:12,1 +chr18 15373143 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032384 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:13,0:27,0 0/1:.:31:27,4:14,3:13,1 +chr18 15407772 . G A . PASS DP=320;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088719 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:153:146,7:71,6:75,1 0/1:.:167:146,21:71,12:75,9 +chr18 15410003 . A T . PASS DP=246;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025184 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:126:120,6:60,4:60,2 0/1:.:120:105,15:52,7:53,8 +chr18 15493194 . T C . PASS DP=110;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017311 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:60:60,0:29,0:31,0 0/1:.:50:45,5:25,4:20,1 +chr18 15599941 . T A . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031632 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:65,1:15,0:50,1 0/1:.:54:48,6:14,3:34,3 +chr18 15600114 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012297 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:30,0:14,0 0/1:.:24:18,6:13,1:5,5 +chr18 15818067 . G A . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr18 16011003 . C T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04966 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:10,1:15,0 0/1:.:26:20,6:9,3:11,3 +chr18 16110291 . A G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:13,0:4,0 0/1:.:9:7,2:6,1:1,1 +chr18 17984917 . G T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr18 18140558 . A T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07913 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:14:10,4:9,3:1,1 +chr18 18168968 . C G . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060679 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:16,0:20,0 0/1:.:37:33,4:13,3:20,1 +chr18 18652648 . G C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:32,1:10,0:22,1 0/1:.:26:20,6:8,1:12,5 +chr18 18909928 . C G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr18 19025362 . C T . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018548 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:89,2:40,1:49,1 0/1:.:70:62,8:44,2:18,6 +chr18 19170562 . A G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034309 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:33,1:7,0:26,1 0/1:.:23:18,5:4,1:14,4 +chr18 19276510 . A G . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11166 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:0,0:12,0 0/1:.:18:14,4:0,0:14,4 +chr18 20330396 . A G . PASS DP=159;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:92:90,2:47,2:43,0 0/1:.:67:59,8:31,7:28,1 +chr18 20760315 . T A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036782 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:4,0:9,0 0/1:.:16:11,5:5,4:6,1 +chr18 21268560 . CATATAT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,1:4,1:3,0 0/1:.:16:4,8:3,5:1,3 +chr18 21577361 . T TA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017458;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:14,1:8,0:6,1 0/1:.:15:2,6:2,3:0,3 +chr18 22057625 . C CAAAAA . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036132;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:13,2:9,0 0/1:.:24:16,8:7,6:9,2 +chr18 24583250 . C CTTT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12238;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:3,0:0,0:3,0 0/1:.:14:4,6:2,4:2,2 +chr18 26304168 . G GT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:4,0:3,0:1,0 0/1:.:17:2,7:0,6:2,1 +chr18 26725024 . A AT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10779;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:11,0:2,0 0/1:.:19:15,4:6,3:9,1 +chr18 27426450 . T C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038561 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:18,0:14,0 0/1:.:27:23,4:17,1:6,3 +chr18 31342897 . G A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.000516 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:13,0:9,0:4,0 1/1:.:12:1,5:1,4:0,1 +chr18 32009632 . C CCTTTCTTT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097778;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:3,0:11,0 0/1:.:15:10,3:2,1:8,2 +chr18 36973812 . T TACAC . 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A T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017857 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:5,0:0,0 1/1:.:8:0,3:0,0:0,3 +chr18 44576090 . T TTGTGTG . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012836;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:12,1:6,0:6,1 0/1:.:21:7,8:2,4:5,4 +chr18 47066847 . T TTA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031702;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:6,1:3,1:3,0 0/1:.:11:2,6:1,3:1,3 +chr18 49466890 . C CT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10134;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:16,6:12,4:4,2 +chr18 50416874 . CT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015152;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,1:4,1:2,0 0/1:.:8:0,4:0,4:0,0 +chr18 51130149 . C T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0073959 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:17:10,7:2,2:8,5 +chr18 51130159 . C CT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,0:5,1 0/1:.:23:13,9:4,4:9,5 +chr18 51781600 . A AATAT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031857;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:4,1:3,1:1,0 0/1:.:10:1,7:1,5:0,2 +chr18 53619319 . A ATT . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028638;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,1:6,1:3,0 0/1:.:13:4,6:4,5:0,1 +chr18 54255770 . C CT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013215;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:14,2:6,0 0/1:.:21:12,9:6,4:6,5 +chr18 54344116 . C T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,1:7,0:18,1 0/1:.:18:13,5:5,1:8,4 +chr18 54875541 . G A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023061 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:18,1:6,0 0/1:.:20:14,6:8,3:6,3 +chr18 55142800 . TAGAGA T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013164;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,1:14,1:8,0 0/1:.:24:13,7:7,4:6,3 +chr18 55511330 . T TAAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:15,0:6,0 0/1:.:20:14,6:9,5:5,1 +chr18 55511331 . T A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037594 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,1:5,1:3,0 0/1:.:19:3,10:3,8:0,2 +chr18 57579265 . A ATATATATATGTGTGTATATC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.09062;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,0:8,0:8,0 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 +chr18 57687773 . ATT A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018157;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:29:16,13:7,8:9,5 +chr18 59504384 . CTT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011474;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:12,1:7,0 0/1:.:19:9,10:7,6:2,4 +chr18 60023593 . A AATATAT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27273;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:2,0:3,0 0/1:.:12:4,2:2,1:2,1 +chr18 63660930 . G A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:14,0:14,0 0/1:.:26:22,4:14,3:8,1 +chr18 64545677 . TATATAGGATATAC T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,1:12,1:9,0 0/1:.:23:14,7:11,3:3,4 +chr18 64962267 . T C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011012 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:6,0:10,1 0/1:.:15:8,7:4,2:4,5 +chr18 69190458 . A T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:3,0:1,0:2,0 0/1:.:31:1,2:0,1:1,1 +chr18 69299620 . TG T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025375;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:18,0:19,1 0/1:.:31:24,6:14,3:10,3 +chr18 69606273 . AAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAAT A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014275;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:15,1:5,1:10,0 0/1:.:25:10,8:5,1:5,7 +chr18 70540585 . GATATATATATATAT G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:2,0:2,0 0/1:.:11:6,4:4,2:2,2 +chr18 72388085 . T A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029463 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:18,0:18,0 0/1:.:27:23,4:13,1:10,3 +chr18 74266751 . A C . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:3,0:2,0:1,0 0/1:.:34:1,2:1,1:0,1 +chr18 76611781 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:8:4,4:0,3:4,1 +chr18 77446346 . A T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:23,2:10,1:13,1 0/1:.:21:7,6:5,4:2,2 +chr18 80092331 . GTATA G . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05154;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:17,0:4,0 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 +chr19 140571 . C T . PASS DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027769 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:63:59,4:23,2:36,2 0/1:.:56:45,11:18,6:27,5 +chr19 350566 . C T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017857 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:5,0:4,0:1,0 0/1:.:8:0,3:0,2:0,1 +chr19 2347162 . T TTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29601;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:26:22,3:9,2:13,1 +chr19 2405706 . CT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.00289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:15,0:2,0 0/1:.:13:7,6:5,5:2,1 +chr19 2582656 . AT A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037466;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:8,1:7,0 0/1:.:19:12,7:5,3:7,4 +chr19 3077993 . G A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03845 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 +chr19 3423759 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=49;GPV=1;SPV=1.256e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:16,0:18,0 0/1:.:31:18,13:12,7:6,6 +chr19 3491089 . T C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:3,0:7,0 0/1:.:22:17,5:5,2:12,3 +chr19 4125070 . G GAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030571;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:21,1:13,1:8,0 0/1:.:16:10,5:7,4:3,1 +chr19 4827372 . CAAAAAAAA C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14757;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:3,0:3,0 0/1:.:17:10,5:2,4:8,1 +chr19 5801650 . G T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031869 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:14,1:4,0 0/1:.:25:17,8:16,5:1,3 +chr19 5898868 . C T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011437 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:9,0:8,0 0/1:.:18:12,6:5,3:7,3 +chr19 6676927 . C CA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:7,0:6,0 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr19 7162326 . C CA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048889;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 +chr19 7197758 . A AGTGTGT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,1:4,0:2,1 0/1:.:8:1,4:1,3:0,1 +chr19 8076248 . G A . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042577 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:29,0:11,0:18,0 0/1:.:35:30,5:13,2:17,3 +chr19 8086465 . A ATTTT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032529;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:35:20,13:15,5:5,8 +chr19 8544330 . G A . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:24,0:13,0 0/1:.:29:25,4:8,2:17,2 +chr19 8574579 . C CTTTCTTTCTT . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.03989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:2,0:6,1 0/1:.:12:4,6:1,1:3,5 +chr19 8635325 . A T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:3,0:2,0:1,0 0/1:.:23:1,2:1,1:0,1 +chr19 8747672 . T A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:9,0:22,0 0/1:.:17:13,4:3,3:10,1 +chr19 8873540 . CT C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=5.9538e-05;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,1:5,0:5,1 0/1:.:17:0,9:0,4:0,5 +chr19 9030826 . A C . 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PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,0:10,0:8,0 0/1:.:17:13,4:8,1:5,3 +chr19 47579399 . T G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0097768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,2:9,0:19,2 0/1:.:23:14,8:6,5:8,3 +chr19 48521892 . G GTCTCTCTC . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22085;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:4,0:4,0 0/1:.:20:15,4:5,3:10,1 +chr19 49218115 . G A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028767 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:32,2:12,2:20,0 0/1:.:26:19,7:11,5:8,2 +chr19 49587479 . AT A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041254;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:24:18,6:11,4:7,2 +chr19 49625193 . G A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=51;GPV=1;SPV=7.2838e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:20,0:16,0 0/1:.:24:13,11:8,5:5,6 +chr19 50078397 . CAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG C . 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PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:8,1:2,1:6,0 0/1:.:8:1,4:1,2:0,2 +chr2 4522646 . C A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010543 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:29:23,6:10,3:13,3 +chr2 4651060 . CTT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023024;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:11,1:5,0 0/1:.:21:13,8:10,5:3,3 +chr2 4718956 . A T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1592 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:6,0:3,0 0/1:.:23:13,4:8,1:5,3 +chr2 6496000 . G T . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01931 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:34,1:12,1:22,0 0/1:.:38:30,8:19,4:11,4 +chr2 7174967 . AATCTATCT A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015677;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:10,1:10,0 0/1:.:23:15,8:7,4:8,4 +chr2 8686620 . A G . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045179 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:2,0:11,1 0/1:.:20:9,11:4,4:5,7 +chr2 8912377 . A G . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,0:5,0:1,0 0/1:.:27:6,3:1,2:5,1 +chr2 9503137 . C CA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.008898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:9,1:3,0 0/1:.:21:10,11:6,9:4,2 +chr2 10587017 . AAAAT A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,0:8,1 0/1:.:14:8,6:2,1:6,5 +chr2 11135668 . T G . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.46154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:4,0:2,0:2,0 0/1:.:31:7,2:4,1:3,1 +chr2 11339543 . A C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:5,0:3,0:2,0 1/1:.:26:0,2:0,0:0,2 +chr2 11630245 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=35;GPV=1;SPV=0.00029214 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:15,0:28,0 0/1:.:28:20,8:8,5:12,3 +chr2 13816704 . A T . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030759 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:13,0:14,0 0/1:.:21:17,4:7,2:10,2 +chr2 15528527 . T C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016908 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:12,0:6,0:6,0 0/1:.:32:9,6:5,1:4,5 +chr2 15781103 . A AGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0050173;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:10,0:5,1 0/1:.:25:13,12:7,10:6,2 +chr2 17623669 . CA C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033618;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:8,1:5,0 0/1:.:17:7,10:6,9:1,1 +chr2 18296497 . A ATATGTATG . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053015;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:8,0:12,0 0/1:.:20:16,4:5,1:11,3 +chr2 19218734 . C CGTGT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016023;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:8,2:10,0 0/1:.:23:13,10:9,6:4,4 +chr2 22200777 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:34,1:22,0:12,1 0/1:.:33:26,7:13,3:13,4 +chr2 22698282 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10784 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:4,0:3,0 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr2 25396731 . TA T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028886;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:19:9,10:7,7:2,3 +chr2 27183611 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019346;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:21:13,8:10,6:3,2 +chr2 27346016 . CT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082707;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2 +chr2 28878537 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.091949 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:3,0:3,0 0/1:.:35:11,7:4,4:7,3 +chr2 28887447 . C CAA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037112;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,1:5,1:2,0 0/1:.:13:4,7:4,5:0,2 +chr2 29099454 . A G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:20,0:11,0 0/1:.:25:20,5:12,2:8,3 +chr2 35920002 . A AGAAGGAAGGAAGGAAG . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038406;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:13,1:3,0:10,1 0/1:.:17:8,6:5,3:3,3 +chr2 38708107 . A AAAAAT . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024338;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:31,2:10,0:21,2 0/1:.:29:21,8:9,4:12,4 +chr2 42449514 . CTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031674;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,1:5,1:4,0 0/1:.:9:3,5:1,4:2,1 +chr2 42478956 . ATT A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0071642;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:11,2:9,0 0/1:.:33:19,14:9,9:10,5 +chr2 46632296 . AAG A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040224;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:12,0:15,0 0/1:.:32:27,5:10,2:17,3 +chr2 49666392 . C T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028148 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:19,0:15,0 0/1:.:35:27,8:15,4:12,4 +chr2 51733527 . A AACACACAC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011868;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:11,1:7,1 0/1:.:18:7,11:6,10:1,1 +chr2 52876921 . C T . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00011765 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:20,0:14,0 0/1:.:36:24,12:11,5:13,7 +chr2 54210141 . CAAAAAA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010716;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:11,1:4,0 0/1:.:17:9,8:6,6:3,2 +chr2 56201079 . CACACACA C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010718;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:9,1:6,0:3,1 0/1:.:22:5,9:4,7:1,2 +chr2 56204909 . C T . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:18,0:12,0 0/1:.:27:20,7:5,6:15,1 +chr2 58367990 . G GA . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012065;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:15,0:17,0 0/1:.:33:24,9:11,2:13,7 +chr2 59142055 . A T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021744 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:16,0:15,0 0/1:.:29:24,5:15,1:9,4 +chr2 60778343 . A AT . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085726;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:6,0:13,0 0/1:.:32:27,5:12,1:15,4 +chr2 61090718 . T TTGTGTGTGTG . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,0:4,0:3,0 0/1:.:23:6,11:3,6:3,5 +chr2 65166844 . T A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:7,0:4,0:3,0 0/1:.:14:2,2:2,1:0,1 +chr2 65555602 . T C . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.38182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:4,0:3,0:1,0 0/1:.:34:5,2:3,1:2,1 +chr2 68231129 . C CT . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0073133;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:18,0:13,0 0/1:.:27:21,6:14,2:7,4 +chr2 68750324 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22727 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:6,0:2,0:4,0 0/1:.:30:4,2:0,1:4,1 +chr2 69456268 . CT C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13684;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:5,0:3,0 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 +chr2 72466344 . C CA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0064629;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:7,1:8,0 0/1:.:27:14,12:9,10:5,2 +chr2 73188370 . G GACACACACACACACACACACAC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019258;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:12,1:2,0 0/1:.:28:16,11:11,9:5,2 +chr2 74729699 . CA C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041026;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:9,1:8,0 0/1:.:10:6,4:2,3:4,1 +chr2 76299016 . TCACA T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:6,1:5,0 0/1:.:24:12,10:8,5:4,5 +chr2 76719692 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020229 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:0,0:11,1 0/1:.:13:6,7:1,2:5,5 +chr2 77867054 . T A . 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PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025587 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:48:44,4:25,3:19,1 0/1:.:38:28,10:12,8:16,2 +chr2 87300700 . TTCTC T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010322;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:4,1:15,1 0/1:.:25:14,11:8,5:6,6 +chr2 87364750 . TGATGA T . PASS DP=129;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038426;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:69:68,1:44,1:24,0 0/1:.:60:54,6:27,3:27,3 +chr2 87879624 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:2,0:14,0 0/1:.:16:12,4:2,1:10,3 +chr2 89589711 . A G . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024263 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:60,6:34,0:26,6 0/1:.:39:29,10:19,6:10,4 +chr2 89650616 . C CTT . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006563;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:53,3:31,0:22,3 0/1:.:68:52,15:30,7:22,8 +chr2 89847500 . GT G . 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PASS DP=380;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027881 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:206:191,15:117,11:74,4 0/1:.:174:150,24:93,18:57,6 +chr2 92454884 . G A . PASS DP=99;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026193 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:62:61,1:52,1:9,0 0/1:.:37:32,5:21,4:11,1 +chr2 92557251 . C A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18479 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:22:17,5:12,1:5,4 +chr2 92557295 . G C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11275 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:10,0:2,0 0/1:.:24:19,5:15,1:4,4 +chr2 92602274 . T C . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036743 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:63,1:42,1:21,0 0/1:.:55:49,6:24,3:25,3 +chr2 92603441 . T C . PASS DP=164;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0059011 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:89:84,4:19,0:65,4 0/1:.:75:59,13:10,1:49,12 +chr2 92604879 . T G . PASS DP=232;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010682 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:123:119,4:44,3:75,1 0/1:.:109:96,13:34,6:62,7 +chr2 92616386 . A G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049522 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:11,0:22,0 0/1:.:31:27,4:2,0:25,4 +chr2 92620049 . A G . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04222 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:76:73,3:28,0:45,3 0/1:.:49:42,7:8,2:34,5 +chr2 92620365 . C G . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011236 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:12,1:19,0 0/1:.:36:27,9:14,6:13,3 +chr2 92650830 . GC G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024824;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:39,2:34,1:5,1 0/1:.:24:18,6:16,2:2,4 +chr2 92674343 . T C . PASS DP=317;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:177:170,7:118,2:52,5 0/1:.:140:126,14:73,9:53,5 +chr2 92696402 . A T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10217 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:5,0:3,0 0/1:.:12:8,4:4,3:4,1 +chr2 92826303 . T C . PASS DP=141;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003961 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:93:93,0:20,0:73,0 0/1:.:48:43,5:6,2:37,3 +chr2 92830613 . T C . 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PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017509;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,0:12,0:4,0 0/1:.:17:9,8:5,5:4,3 +chr2 106136965 . C CA . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:6,0:0,0 0/1:.:12:8,4:8,4:0,0 +chr2 106378110 . CA C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030792;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:8,0:8,0 0/1:.:18:13,5:6,3:7,2 +chr2 106438326 . TA T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015307;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:29,3:10,1:19,2 0/1:.:21:13,8:8,2:5,6 +chr2 106744093 . A ATTTT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019883;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:16,0:3,0 0/1:.:14:9,4:9,4:0,0 +chr2 107605727 . TAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11304;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,0:8,0:1,0 0/1:.:14:10,4:3,3:7,1 +chr2 111289114 . T C . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038685 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:41,1:20,0:21,1 0/1:.:37:28,9:14,1:14,8 +chr2 111295877 . A ATTTT . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:6,0:1,0:5,0 0/1:.:13:4,5:3,4:1,1 +chr2 111351659 . TAAA T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098662;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:15,0:12,0 0/1:.:32:25,7:11,4:14,3 +chr2 111351676 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019346 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:11,0:4,0:7,0 0/1:.:27:13,8:3,4:10,4 +chr2 111387092 . A G . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014318 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:7,0:9,1 0/1:.:22:13,9:7,3:6,6 +chr2 111574724 . T A . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024579 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:14,0:6,0 0/1:.:26:20,6:15,2:5,4 +chr2 111582374 . G A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021708 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:40,1:19,0:21,1 0/1:.:38:31,7:17,3:14,4 +chr2 111582375 . C CT . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098053;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:19,0:21,0 0/1:.:37:31,6:17,3:14,3 +chr2 111604697 . C T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01504 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:29,2:19,1:10,1 0/1:.:33:23,10:6,3:17,7 +chr2 111742985 . A AAAAGAAAAG . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03771;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:21,1:11,1:10,0 0/1:.:25:11,5:7,1:4,4 +chr2 111755684 . T C . PASS DP=88;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00034186 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:50:47,3:28,3:19,0 0/1:.:38:24,14:14,5:10,9 +chr2 111808044 . T C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21414 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:27:22,5:12,2:10,3 +chr2 111925836 . T A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:6,0:2,0:4,0 1/1:.:25:0,3:0,2:0,1 +chr2 112069116 . C T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018691 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:14,0:20,0 0/1:.:30:25,5:13,2:12,3 +chr2 113718952 . GAAGA G . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014275;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:12,1:3,0 0/1:.:18:10,8:9,7:1,1 +chr2 114321698 . TA T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014782;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:27:22,5:12,2:10,3 +chr2 114831858 . AT A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050152;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:13,0:12,0 0/1:.:24:20,4:19,1:1,3 +chr2 114831861 . T A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024795 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:12,0:13,0 0/1:.:18:14,4:14,1:0,3 +chr2 117516807 . C CT . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042772;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:11,0:1,0 0/1:.:20:14,6:11,5:3,1 +chr2 118200385 . TATAC T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.053471;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:6,0:15,0 0/1:.:22:17,4:10,3:7,1 +chr2 118200405 . C CAT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082707;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:9,0:2,0:7,0 0/1:.:22:8,4:6,3:2,1 +chr2 121206341 . C CTTT . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041958;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:3,0:3,0 0/1:.:10:4,5:2,2:2,3 +chr2 124086188 . CTTTTTT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057692;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:3,0:3,0 0/1:.:15:5,5:5,4:0,1 +chr2 125210926 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=5.096e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:10,0:18,0 0/1:.:31:18,13:8,5:10,8 +chr2 127243868 . T TA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027999;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:10,0:6,1 0/1:.:23:14,8:8,6:6,2 +chr2 129526980 . C A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=65;GPV=1;SPV=2.9935e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:25,0:15,0 0/1:.:22:10,12:5,5:5,7 +chr2 130248197 . G A . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088833 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:21,0:11,0 0/1:.:40:36,4:20,3:16,1 +chr2 130654200 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11302 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:17,0:0,0 0/1:.:25:21,4:20,4:1,0 +chr2 131038880 . G A . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014199 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:36:26,10:18,6:8,4 +chr2 131214489 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048895 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,2:18,1:19,1 0/1:.:34:27,7:16,3:11,4 +chr2 131270480 . GA G . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024918;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:34,3:21,0:13,3 0/1:.:44:32,12:16,8:16,4 +chr2 131769099 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,0:5,1 0/1:.:8:4,4:3,1:1,3 +chr2 137736499 . TATATAC T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047431;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:8,1:6,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr2 140068469 . T TATACCAGATTTTTACCATTTGTG . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049194;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:26,1:14,1:12,0 0/1:.:21:16,5:8,1:8,4 +chr2 141463595 . A AT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:13:9,4:2,3:7,1 +chr2 141690408 . T A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:4,0:2,0:2,0 0/1:.:16:5,4:4,1:1,3 +chr2 141947280 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014003 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:9,1:5,0 0/1:.:31:18,13:14,8:4,5 +chr2 145047601 . T A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12939 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:10,0:11,0 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 +chr2 146865588 . C G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045694 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:11,0:6,0:5,0 0/1:.:31:13,6:4,2:9,4 +chr2 148971290 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016129 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:19,2:11,0:8,2 0/1:.:25:10,8:8,6:2,2 +chr2 151376865 . CT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075758;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,1:0,1:5,0 0/1:.:10:0,6:0,4:0,2 +chr2 152146271 . C CA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017591;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:14,1:6,1:8,0 0/1:.:19:8,7:5,3:3,4 +chr2 152160902 . C T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:20,0:9,0 0/1:.:25:21,4:15,3:6,1 +chr2 153865602 . C T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027005 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:2,0:10,1 0/1:.:23:13,10:5,4:8,6 +chr2 157947343 . A G . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022163 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:22,2:11,1:11,1 0/1:.:19:11,7:5,5:6,2 +chr2 159455763 . GT G . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016317;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,1:2,0:5,1 0/1:.:9:1,5:1,4:0,1 +chr2 159617218 . G GTA . 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PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070315;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:37,3:18,1:19,2 0/1:.:22:14,8:8,5:6,3 +chr2 165291494 . T C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:9,0:3,0:6,0 0/1:.:17:5,3:1,2:4,1 +chr2 165744861 . T TAATC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040656;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:7,0:14,1 0/1:.:21:15,6:5,4:10,2 +chr2 165769407 . AAAT A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015866;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:9,1:7,1:2,0 0/1:.:20:7,10:4,5:3,5 +chr2 166999414 . G A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059824 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:13,0:12,0 0/1:.:26:22,4:12,2:10,2 +chr2 167179324 . T TTTTTTTTTTTC . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039653;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:9,0:11,1 0/1:.:21:14,6:6,3:8,3 +chr2 167469080 . A G . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0049585 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:23:17,6:11,4:6,2 +chr2 167649285 . G T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0073779 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:22,0:14,0 0/1:.:31:25,6:16,3:9,3 +chr2 169385034 . A AAATTTTTTTTTTTTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:7,0:3,1 0/1:.:17:9,8:4,6:5,2 +chr2 169466441 . A AT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060829;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:11,0:9,0 0/1:.:14:11,3:8,2:3,1 +chr2 169466445 . TA T . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020841;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:17,0:10,0:7,0 0/1:.:13:8,4:5,2:3,2 +chr2 169722209 . A ATTTCT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017965;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:8,0:16,2 0/1:.:22:14,8:6,3:8,5 +chr2 170246529 . GAC G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027123;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:11,1:7,0:4,1 0/1:.:20:4,9:3,2:1,7 +chr2 172255267 . C CAAA . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027473;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,1:6,1:5,0 0/1:.:10:0,4:0,3:0,1 +chr2 173618962 . T G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065325 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:9,0:4,0 0/1:.:20:15,5:7,2:8,3 +chr2 174599794 . T A . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088578 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:6,1:3,1:3,0 1/1:.:21:1,7:1,1:0,6 +chr2 176216868 . C CTT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011071;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,1:8,1:3,0 0/1:.:17:7,9:6,8:1,1 +chr2 176653173 . G A . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052006 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:22,0:19,0 0/1:.:39:35,4:19,2:16,2 +chr2 178102428 . GT G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045652;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:7,0:4,0 0/1:.:16:10,5:4,4:6,1 +chr2 178431116 . G T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0056346 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:8,1:5,0 0/1:.:23:11,12:6,4:5,8 +chr2 179071823 . CAA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031813;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:12,0:5,0 0/1:.:15:10,4:8,3:2,1 +chr2 179578958 . T C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036676 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:12,0:13,0 0/1:.:21:17,4:8,2:9,2 +chr2 179689827 . T G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:25,0:9,0:16,0 0/1:.:21:6,3:2,1:4,2 +chr2 179855572 . TGTATCA T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013288;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:18,0:19,0 0/1:.:29:24,5:15,3:9,2 +chr2 182021321 . CTTT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041176;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,0:5,0:4,0 0/1:.:11:5,4:2,3:3,1 +chr2 182021326 . T C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:8,0:5,0:3,0 0/1:.:11:4,4:2,3:2,1 +chr2 182885942 . G T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014016 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:15,0:16,0 0/1:.:28:20,8:10,4:10,4 +chr2 184648967 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0027718 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:20:14,6:7,3:7,3 +chr2 186450706 . G GA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.070707;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:3,0:2,0 0/1:.:10:3,4:3,4:0,0 +chr2 186694323 . A G . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:17,0:18,0 0/1:.:35:31,4:16,1:15,3 +chr2 189054691 . T C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17128 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:4,0:4,0 0/1:.:16:12,4:8,1:4,3 +chr2 189831677 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.5037e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:18,0:16,0 0/1:.:31:19,12:11,6:8,6 +chr2 190314347 . GTGTATATATACGTA G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:5,1:2,1:3,0 1/1:.:12:0,3:0,1:0,2 +chr2 190430818 . G C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:6,0:10,0 0/1:.:24:17,7:7,1:10,6 +chr2 191699833 . CAT C . PASS DP=70;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040758;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:40,1:22,1:18,0 0/1:.:29:24,5:14,2:10,3 +chr2 191699845 . T C . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036411 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:22,1:15,0 0/1:.:26:21,5:12,2:9,3 +chr2 192202056 . C CTT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036089;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:14,1:1,0 0/1:.:13:7,5:6,4:1,1 +chr2 197897185 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.074074 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,0:7,0:13,0 0/1:.:9:6,2:0,0:6,2 +chr2 197922877 . A G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:11,0:5,0 0/1:.:10:7,3:4,2:3,1 +chr2 198932135 . A AAT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055222;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:12,0:14,0 0/1:.:26:22,4:9,3:13,1 +chr2 200683512 . A ACC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017225;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:7,0:6,0 0/1:.:9:5,4:0,2:5,2 +chr2 201836041 . A ATT . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046548;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:15,0:13,1 0/1:.:23:17,5:10,4:7,1 +chr2 201836066 . ATTTATAT A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012299;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:31,2:16,1:15,1 0/1:.:25:17,8:10,5:7,3 +chr2 205941708 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029614;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:9,0:6,1 0/1:.:17:7,9:6,7:1,2 +chr2 206267100 . CTTTTTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:4,1:6,0 0/1:.:10:3,4:2,3:1,1 +chr2 206917458 . C A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,0:6,0:8,0 0/1:.:16:7,6:4,4:3,2 +chr2 208739374 . G GGTGTAGTAACTCTCCACCTGCTCCAGGACTGCAATGGGGTA . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013669;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:10,0:13,0 0/1:.:19:14,5:7,2:7,3 +chr2 209303733 . T A . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023791 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:9,1:4,0 0/1:.:29:13,16:8,10:5,6 +chr2 209303734 . C T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0035533 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:9,1:4,0 0/1:.:26:12,14:8,10:4,4 +chr2 209938710 . C G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030681 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:9,1:17,0 0/1:.:18:13,5:6,2:7,3 +chr2 211913659 . A G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047386 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:10,1:1,0:9,1 0/1:.:17:3,4:0,0:3,4 +chr2 211944164 . C CTA . 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PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:15,0:8,0 0/1:.:21:17,4:6,1:11,3 +chr2 221990260 . T A . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:1,0:8,0 0/1:.:24:19,5:6,4:13,1 +chr2 222084688 . C CTTTTT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:4,0:7,0 0/1:.:12:6,4:2,2:4,2 +chr2 223713425 . GA G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023173;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:13,0:8,0 0/1:.:15:11,4:6,3:5,1 +chr2 224044145 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036707 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:20,1:8,1:12,0 0/1:.:17:7,4:2,3:5,1 +chr2 224044146 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013765 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:20,0:7,0:13,0 0/1:.:18:8,4:2,3:6,1 +chr2 225589518 . T A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.063246 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:13:8,5:3,2:5,3 +chr2 226101648 . T C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010553 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:13,0:24,0 0/1:.:19:15,4:10,1:5,3 +chr2 227274238 . A AAAATAAATAAATAAAT . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0055971;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,2:9,1:15,1 0/1:.:27:16,11:8,5:8,6 +chr2 227291573 . AAAAAAACAAAAAAAAAAAAC A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr2 227697154 . GA G . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012296;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:17,0:21,0 0/1:.:29:24,5:14,4:10,1 +chr2 229505177 . A AGTGTGT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018593;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:7,0:2,0 0/1:.:20:8,7:3,6:5,1 +chr2 230968597 . CT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:12:6,5:3,3:3,2 +chr2 231081144 . T TAAAAA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011438;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:7,0:4,0 0/1:.:9:3,4:1,3:2,1 +chr2 231272500 . G GTGTT . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015019;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,2:17,2:11,0 0/1:.:29:19,9:8,6:11,3 +chr2 232326831 . T A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15451 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:11,0:8,0 0/1:.:44:39,5:19,3:20,2 +chr2 233927912 . C T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016087 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:7,0:16,2 0/1:.:14:8,6:2,1:6,5 +chr2 234018845 . A AAAATAAAT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032277;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:29,2:14,0:15,2 0/1:.:21:14,6:6,2:8,4 +chr2 234315820 . G A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14286 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:4,0:4,0:0,0 0/1:.:19:1,2:1,1:0,1 +chr2 234544671 . GAGGAAGGA G . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:11,1:3,1:8,0 0/1:.:10:4,5:3,4:1,1 +chr2 235764670 . G GT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17117;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:6,0:10,0 0/1:.:21:18,3:6,2:12,1 +chr2 235987108 . G GTTAT . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052029;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:8,1:13,1 0/1:.:27:15,12:3,7:12,5 +chr2 239346989 . CCTGT C . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088608;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:14,1:8,1 0/1:.:21:12,9:6,5:6,4 +chr2 240190692 . T C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011671 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:10,0:8,0 0/1:.:19:13,6:7,3:6,3 +chr2 241558052 . G GAAACAGACACACACACACACACACAC . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11996;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:15,0:9,0:6,0 0/1:.:26:19,4:10,1:9,3 +chr2 241741770 . A G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.084679 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:11,0:3,0 0/1:.:24:19,5:15,4:4,1 +chr2 242180880 . C G . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03735 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:3,0:15,1 0/1:.:18:12,6:2,1:10,5 +chr2 242181258 . T C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077519 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:20,0:1,0 0/1:.:25:21,4:15,2:6,2 +chr20 1766152 . TATATATATGTGTATAC T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022704;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:10,0:3,0:7,0 0/1:.:12:6,5:4,4:2,1 +chr20 1766249 . A G . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:11:7,4:4,3:3,1 +chr20 2237943 . C T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:0,0:9,0 0/1:.:9:6,2:0,0:6,2 +chr20 11769171 . CT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065359;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,0:6,0:4,0 0/1:.:11:3,5:1,3:2,2 +chr20 12877545 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0086346 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:18,0:13,0 0/1:.:35:28,7:10,4:18,3 +chr20 12987132 . A AT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038123;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:10,0:8,0 0/1:.:18:11,7:5,4:6,3 +chr20 13675308 . AAG A . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022876;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,0:9,0:1,0 0/1:.:16:4,4:4,4:0,0 +chr20 14567753 . A T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=50;GPV=1;SPV=9.6551e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:23,0:21,0 0/1:.:33:21,12:9,8:12,4 +chr20 17894872 . C CAAAAAA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078247;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:12,1:9,1:3,0 0/1:.:25:7,9:5,8:2,1 +chr20 18603220 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16591 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:5,0:10,0 0/1:.:28:24,4:15,3:9,1 +chr20 20090688 . CAAAAA C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035523;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:8,1:1,1:7,0 0/1:.:17:6,8:5,7:1,1 +chr20 21045937 . G GCACA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01404;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,0:9,0:9,0 0/1:.:22:14,6:6,2:8,4 +chr20 22049169 . CTCTT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.056522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:10,0:0,0:10,0 0/1:.:18:10,5:0,2:10,3 +chr20 23067956 . G GAAGGGCCTGTACAGGCCA . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021771;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:14,1:9,0 0/1:.:19:13,6:6,4:7,2 +chr20 23766959 . A T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034525 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:15,0:12,0 0/1:.:22:18,4:8,3:10,1 +chr20 26015237 . T C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr20 26509143 . T A . 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PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023908;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:9,1:9,1 0/1:.:8:3,4:0,2:3,2 +chr20 36981394 . C T . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044675 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:43,1:24,1:19,0 0/1:.:32:27,5:10,4:17,1 +chr20 37614565 . ATATATAT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013369;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:8,1:6,0:2,1 1/1:.:13:2,6:0,3:2,3 +chr20 38877952 . GT G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:6,0:1,0 0/1:.:8:4,2:3,1:1,1 +chr20 39652207 . G A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0020355 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:27:20,7:9,3:11,4 +chr20 43862624 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10577 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:5,0:1,0:4,0 0/1:.:14:6,5:1,1:5,4 +chr20 43867150 . CTTAT C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:19,2:5,1:14,1 0/1:.:22:12,8:5,4:7,4 +chr20 47293184 . GAGGCAGGC G . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12821;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:8,0:0,0 0/1:.:9:3,2:3,2:0,0 +chr20 47818900 . C T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073354 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:33:29,4:13,2:16,2 +chr20 47903273 . T C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064666 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:19,0:8,0 0/1:.:29:25,4:12,3:13,1 +chr20 47903274 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.074163 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:19,0:8,0 0/1:.:31:27,4:12,3:15,1 +chr20 48661556 . T C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:10:5,5:3,3:2,2 +chr20 48892265 . T C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10021 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:12,0:6,0:6,0 0/1:.:19:13,4:4,2:9,2 +chr20 50988466 . CTT C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:7,0:3,0 0/1:.:15:10,4:3,3:7,1 +chr20 51031528 . T C . 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PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014756 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:23,0:14,0 0/1:.:30:25,5:14,3:11,2 +chr20 56599418 . A G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12318 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:21:15,4:8,3:7,1 +chr20 56636525 . C CA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020223;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:16,1:2,1 0/1:.:28:16,11:8,6:8,5 +chr20 57091116 . A C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:3,0:1,0 0/1:.:8:2,2:2,1:0,1 +chr20 57392017 . C CGCCCCCACCACCCCAGGCCCCG . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:8,0:0,0:8,0 0/1:.:9:5,2:0,0:5,2 +chr20 57394312 . AGCCTGGCTCCCAGGTGAATGGGTCCCCTGGG A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040748;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,1:17,1:11,0 0/1:.:33:26,7:10,3:16,4 +chr20 57928552 . C A . 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A G . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037636 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:35,1:17,1:18,0 0/1:.:25:20,5:10,2:10,3 +chr21 16546313 . C CA . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049571;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:11,1:6,1:5,0 0/1:.:20:11,8:6,7:5,1 +chr21 18387612 . TACACACACAC T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0047012;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:16,2:4,0 0/1:.:25:12,11:10,3:2,8 +chr21 18524192 . T A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.6426e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:17,0:21,0 0/1:.:31:20,11:10,5:10,6 +chr21 20018873 . A T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:3,0:2,0:1,0 0/1:.:35:1,2:0,1:1,1 +chr21 20226487 . A C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:17,0:10,0 0/1:.:26:21,5:13,1:8,4 +chr21 20226496 . GAA G . 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CTT C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,0:4,0:4,0 0/1:.:11:6,4:5,2:1,2 +chr21 38418927 . CAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:9,1:4,1:5,0 0/1:.:12:5,7:3,6:2,1 +chr21 38933442 . C T . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023193 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:15,1:7,0:8,1 0/1:.:27:12,8:6,4:6,4 +chr21 39734817 . C T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00010085 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:21,0:8,0 0/1:.:31:19,12:14,9:5,3 +chr21 40026840 . T A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014419 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:9,0:8,0 0/1:.:28:20,8:11,6:9,2 +chr21 40533545 . T C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:7,0:0,0:7,0 0/1:.:11:5,2:0,1:5,1 +chr21 42267637 . G C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020875 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:3,0:8,1 0/1:.:18:9,9:4,3:5,6 +chr21 44426496 . G C . 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G T . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032338 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:37,2:22,1:15,1 0/1:.:42:33,9:18,5:15,4 +chr22 12428705 . G A . PASS DP=197;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023183 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:97:93,4:46,3:47,1 0/1:.:100:87,13:63,9:24,4 +chr22 12436989 . T A . PASS DP=174;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.000201 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:91,0:49,0:42,0 0/1:.:83:72,11:32,7:40,4 +chr22 12526811 . T C . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029433 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:16,0:3,0 0/1:.:15:11,4:9,3:2,1 +chr22 12540998 . T G . PASS DP=220;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028477 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:120:117,3:48,1:69,2 0/1:.:100:87,13:31,3:56,10 +chr22 12554552 . G T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.067038 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:10,0:5,0 0/1:.:23:18,5:15,2:3,3 +chr22 12570577 . A G . 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PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr22 18491797 . G T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr22 18570148 . A ATTTTT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018062;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:18,0:15,0:3,0 0/1:.:15:8,4:8,4:0,0 +chr22 18790921 . G A . PASS DP=107;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:51,3:39,2:12,1 0/1:.:53:43,10:33,8:10,2 +chr22 18812852 . C A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19094 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:0,0:11,0 0/1:.:23:19,4:0,0:19,4 +chr22 18872006 . A G . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031059 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:8,1:6,0 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 +chr22 18880547 . AT A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035432;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:29,2:9,1:20,1 0/1:.:30:22,8:6,2:16,6 +chr22 18891346 . TATA T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:3,1:6,0 0/1:.:13:6,7:3,3:3,4 +chr22 18891484 . C T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031734 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:4,0:6,1 0/1:.:11:5,6:2,1:3,5 +chr22 19843423 . C T . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.4636e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:22,0:15,0 0/1:.:49:33,16:12,8:21,8 +chr22 20848237 . C CA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03835;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,2:6,0 0/1:.:10:4,4:2,3:2,1 +chr22 20916663 . G GAA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058442;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:14,0:3,0 0/1:.:18:14,4:8,3:6,1 +chr22 21140356 . T C . PASS DP=98;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033878 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:48:47,1:21,0:26,1 0/1:.:50:43,7:24,2:19,5 +chr22 21174484 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07564 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:0,0:14,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr22 21234968 . C G . 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C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10034 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:9,0:10,0 0/1:.:26:22,4:7,2:15,2 +chr22 24582886 . A AT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0037259;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:14,1:4,1 0/1:.:28:14,14:8,8:6,6 +chr22 24811868 . C CAA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015459;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:15,1:4,0 0/1:.:24:14,8:13,5:1,3 +chr22 25001199 . GTA G . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041365;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:12,0:19,0 0/1:.:27:23,4:12,2:11,2 +chr22 25606170 . T C . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0053319 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:15,0:21,2 0/1:.:37:26,11:12,5:14,6 +chr22 28805331 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032805;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:7,1:3,0 0/1:.:21:11,10:7,9:4,1 +chr22 31171156 . C CTTATTTATTTAT . 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G A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030075 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:8,0:2,0 0/1:.:12:7,5:5,4:2,1 +chr22 48341751 . AGACAGAAGGAGCAGGATG A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065801;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:6,0:11,0 0/1:.:19:15,4:7,2:8,2 +chr22 48866683 . G GAAAA . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011329;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,1:14,1:5,0 0/1:.:24:15,9:8,8:7,1 +chr3 252361 . G GAT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,0:7,1 0/1:.:12:7,5:5,2:2,3 +chr3 698350 . A G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016425 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,0:7,1 0/1:.:14:7,7:5,4:2,3 +chr3 1074619 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:3,1:1,0:2,1 1/1:.:21:0,5:0,2:0,3 +chr3 3095594 . C T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.8798e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:14,0:21,0 0/1:.:21:12,9:3,4:9,5 +chr3 4924167 . TTTTCTTTC T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.083916;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:1,0:4,0 0/1:.:13:5,5:0,2:5,3 +chr3 5056919 . CAA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076628;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:8,0:5,0 0/1:.:16:12,4:11,4:1,0 +chr3 6471414 . T A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027235 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:46:46,0:28,0:18,0 0/1:.:33:29,4:17,3:12,1 +chr3 8587261 . C CAAAAAAAAAAAAAA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.093185;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:13,0:6,0 0/1:.:26:21,4:9,3:12,1 +chr3 10049365 . C T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0097768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,2:13,2:15,0 0/1:.:22:14,8:6,3:8,5 +chr3 14326719 . T TA . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:23:19,4:11,2:8,2 +chr3 14685856 . CTTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:7,1:6,0:1,1 0/1:.:11:2,6:1,3:1,3 +chr3 16902853 . C T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025708 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:5,0:10,0 0/1:.:20:11,5:8,2:3,3 +chr3 17462321 . A ATTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017591;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,1:8,1:6,0 0/1:.:16:8,7:6,6:2,1 +chr3 17791495 . C T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034325 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:0,0:11,1 0/1:.:13:6,6:0,3:6,3 +chr3 17791499 . C T . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014907 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:0,0:13,0 0/1:.:13:7,5:0,2:7,3 +chr3 19276175 . A ATGTG . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10217;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:2,0:2,0 0/1:.:21:8,8:5,5:3,3 +chr3 20924170 . A G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021448 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:17,0:16,0 0/1:.:22:18,4:10,3:8,1 +chr3 21809661 . T TATACACATATAC . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031968;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:26,2:15,0:11,2 0/1:.:32:22,9:10,3:12,6 +chr3 23630177 . A AG . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:14:9,5:3,1:6,4 +chr3 25130959 . ATAT A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10447;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:8,0:6,0 0/1:.:20:16,4:5,3:11,1 +chr3 25176334 . TTTCCTTCCTTCCTTCC T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011625;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,1:8,0 0/1:.:10:4,6:2,4:2,2 +chr3 25861269 . T TAA . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014575;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,1:12,1:12,0 0/1:.:22:15,7:7,1:8,6 +chr3 25861293 . A T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062586 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:10,2:14,0 0/1:.:18:10,8:4,3:6,5 +chr3 27549349 . C CT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:8,0:3,0 0/1:.:14:9,5:7,4:2,1 +chr3 27567166 . CA C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,0:7,0:2,0 0/1:.:12:7,5:6,4:1,1 +chr3 27640584 . C CT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0026087;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,0:9,0:4,0 0/1:.:14:6,7:3,5:3,2 +chr3 30112253 . T TTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023166;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:6,0:13,0 0/1:.:19:14,5:4,3:10,2 +chr3 32720831 . C T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:0,0:10,0 0/1:.:8:5,3:0,0:5,3 +chr3 32978763 . TTC T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019426;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,0:3,0:12,0 0/1:.:24:16,7:10,5:6,2 +chr3 38995819 . G A . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:21,0:8,0:13,0 0/1:.:33:14,4:7,3:7,1 +chr3 39227070 . C T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.0625 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:4,0:5,0 0/1:.:8:4,3:2,1:2,2 +chr3 39498333 . G T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016504 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:24,0:18,0 0/1:.:25:21,4:11,1:10,3 +chr3 40284824 . C CT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14404;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:2,0:5,0 0/1:.:21:15,6:9,4:6,2 +chr3 41155739 . GTAGGTGGT G . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049017;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:10,1:3,0 0/1:.:15:9,6:9,5:0,1 +chr3 47507948 . A AAGAAAAAAG . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038556;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:13,1:6,0 0/1:.:19:13,6:7,4:6,2 +chr3 47507950 . TAGCCAGTTTAG T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033075;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:15,2:6,0 0/1:.:20:10,10:6,7:4,3 +chr3 50591663 . C CGTGTGTGTGTGTGTGTGT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043842;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:17,1:8,1:9,0 0/1:.:21:12,6:6,4:6,2 +chr3 53564124 . T A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.0268 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:22,0:14,0 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 +chr3 55534685 . G A . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00024776 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:20,0:14,0 0/1:.:31:21,10:13,4:8,6 +chr3 56630714 . G A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012731 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:10,0:15,0 0/1:.:32:25,7:12,1:13,6 +chr3 57476564 . A AAAAAAAT . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0022986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:29,3:14,3:15,0 0/1:.:21:11,10:6,6:5,4 +chr3 59987066 . A ATATAT . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011858;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:15,0:10,0:5,0 0/1:.:20:5,4:5,2:0,2 +chr3 60860317 . G C . 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PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.051948 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:1,0:17,0 0/1:.:18:14,4:1,0:13,4 +chr3 91169058 . A G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022541 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:2,0:24,0 0/1:.:18:14,4:2,1:12,3 +chr3 91190594 . T A . PASS DP=153;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041003 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:85:78,6:31,0:47,6 0/1:.:68:56,12:21,4:35,8 +chr3 91281496 . A C . PASS DP=124;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023497 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:64:60,2:32,2:28,0 0/1:.:60:51,9:22,8:29,1 +chr3 91402006 . C T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00036687 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:8,0:18,0 0/1:.:30:19,11:5,3:14,8 +chr3 92102478 . T G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr3 92274760 . A C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:11,0:0,0 0/1:.:9:6,3:6,3:0,0 +chr3 92931404 . G C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:9,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr3 94849127 . A G . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045385 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:14,2:10,0 0/1:.:23:16,7:15,5:1,2 +chr3 96413460 . A AAC . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:6,1:4,1:2,0 0/1:.:24:8,12:4,8:4,4 +chr3 99691702 . TA T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021449;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,1:9,0:3,1 0/1:.:14:7,7:6,3:1,4 +chr3 101225427 . T A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018404 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:17,0:11,0:6,0 0/1:.:26:11,5:5,4:6,1 +chr3 101491346 . A C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031264 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:18:12,6:7,4:5,2 +chr3 101965445 . G GTAATAA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044376;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:11,1:5,1:6,0 0/1:.:12:2,6:1,3:1,3 +chr3 104522809 . AG A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012217;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:27,1:5,1:22,0 0/1:.:10:6,4:2,1:4,3 +chr3 105826095 . G A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041254 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:7,0:8,0 0/1:.:24:18,6:11,4:7,2 +chr3 106488192 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003184 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:20,0:13,0 0/1:.:35:27,8:16,4:11,4 +chr3 111007832 . TGTATATATAC T . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022459;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:29,1:15,1:14,0 0/1:.:34:13,5:3,2:10,3 +chr3 113703372 . CA C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:11,1:1,0 0/1:.:14:8,6:5,5:3,1 +chr3 115273515 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066957 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:12,0:7,0:5,0 0/1:.:22:10,4:6,2:4,2 +chr3 116447951 . GTTTTGTT G . 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PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:13:6,7:6,5:0,2 +chr3 133451110 . C CA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12771;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:1,0:3,0 0/1:.:23:8,7:5,5:3,2 +chr3 134063803 . AAAAGAAAG A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027191;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:16,1:10,1:6,0 0/1:.:19:9,6:5,3:4,3 +chr3 136468906 . T C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:12,0:16,0 0/1:.:26:22,4:11,1:11,3 +chr3 138890301 . C CT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:12,0:7,0:5,0 0/1:.:20:5,6:3,4:2,2 +chr3 138902538 . A AATAT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:7,1:2,1:5,0 0/1:.:22:6,9:2,8:4,1 +chr3 140236824 . A AGTGT . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036342;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:18,0:7,0:11,0 0/1:.:30:21,6:14,4:7,2 +chr3 140982625 . C CAA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02039;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:11,0:7,0:4,0 0/1:.:19:11,7:8,6:3,1 +chr3 141969152 . G GAT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019763;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:6,0:8,0 0/1:.:11:6,4:6,2:0,2 +chr3 149003115 . T A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:8,0:4,0:4,0 0/1:.:25:2,2:1,1:1,1 +chr3 151624121 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029252 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:3,0:10,1 0/1:.:21:9,12:5,4:4,8 +chr3 153312790 . C CAAAA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055478;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:22:16,6:11,4:5,2 +chr3 153441820 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012836 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,0:5,1 0/1:.:19:7,12:1,2:6,10 +chr3 156854542 . TTCC T . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1019;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:14,0:11,0 0/1:.:34:30,4:20,3:10,1 +chr3 160066329 . C CT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:4,0:1,0:3,0 0/1:.:16:5,6:4,4:1,2 +chr3 163465110 . C CA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0090498;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:6,0:3,0 0/1:.:9:3,5:3,4:0,1 +chr3 164818501 . C A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034373 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:26,0:9,0 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr3 168275645 . G GT . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023376;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,1:9,1:5,0 0/1:.:20:11,8:5,7:6,1 +chr3 171990754 . C CTT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:3,0:6,0 0/1:.:11:4,4:1,3:3,1 +chr3 174066516 . G GTCTC . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055901;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:8,0:3,0 0/1:.:13:8,4:5,3:3,1 +chr3 175120067 . TG T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072331;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:16,0:16,0 0/1:.:36:32,4:16,3:16,1 +chr3 177748197 . A T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017544 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:11,0:9,0:2,0 0/1:.:19:6,5:3,4:3,1 +chr3 178280786 . T TCA . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0034427;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:18,1:12,1:6,0 0/1:.:29:15,12:13,8:2,4 +chr3 179083570 . A ATCTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018436;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:15,1:7,0:8,1 0/1:.:20:11,8:8,2:3,6 +chr3 184617510 . G A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12846 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:6,0:3,0 0/1:.:15:11,4:11,2:0,2 +chr3 185067751 . C T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016781 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:13,0:15,0 0/1:.:36:26,10:13,7:13,3 +chr3 185877528 . C CT . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011985;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:9,0:9,2 0/1:.:11:5,6:2,1:3,5 +chr3 186480522 . T TA . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020181;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:9,2:10,0 0/1:.:25:15,10:6,6:9,4 +chr3 187669561 . C CGCACAA . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014432;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:23,0:15,0:8,0 0/1:.:30:19,6:11,3:8,3 +chr3 188422911 . CT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049017;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:7,1:6,0 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 +chr3 188720606 . T TA . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011391;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:15,1:11,1 0/1:.:25:16,9:7,4:9,5 +chr3 189813596 . T G . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055233 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:39:34,5:17,2:17,3 +chr3 190468732 . G T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047101 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:10,0:4,0:6,0 0/1:.:33:9,5:7,1:2,4 +chr3 192512835 . A AATAAATATATATATAT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04469;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:5,1:5,0 0/1:.:13:6,6:4,3:2,3 +chr3 192793855 . GTT G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046518;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:10,0:3,1 0/1:.:19:11,7:8,5:3,2 +chr3 195487256 . C G . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036132 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:15,1:7,1 0/1:.:24:16,8:14,7:2,1 +chr3 195489717 . G A . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044477 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:6,0:11,0 0/1:.:16:12,4:5,1:7,3 +chr3 195491151 . C T . PASS DP=104;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070764 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:57,0:35,0:22,0 0/1:.:47:41,6:20,5:21,1 +chr3 195492697 . T A . PASS DP=193;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017305 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:103:97,4:52,2:45,2 0/1:.:90:77,12:36,6:41,6 +chr3 195496763 . G T . PASS DP=89;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013939 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:42,0:12,0:30,0 0/1:.:46:37,6:12,1:25,5 +chr3 195499124 . T C . PASS DP=164;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017191 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:87:85,2:50,0:35,2 0/1:.:77:68,9:34,2:34,7 +chr3 195598452 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037605 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:19,0:5,1 0/1:.:23:17,6:9,2:8,4 +chr3 195703623 . A AAATT . PASS DP=83;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032961;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:37,4:12,0:25,4 0/1:.:39:28,11:16,5:12,6 +chr3 195984311 . A C . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.0158 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:41,4:22,1:19,3 0/1:.:37:26,11:10,4:16,7 +chr3 196484171 . C CTTTTT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.1592;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:17:13,4:7,3:6,1 +chr3 197663575 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,0:11,0:16,0 0/1:.:39:35,4:14,3:21,1 +chr3 197663576 . T C . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073271 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,0:9,0:15,0 0/1:.:37:32,5:10,3:22,2 +chr4 39613 . G C . PASS DP=394;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036443 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:220:206,14:94,6:112,8 0/1:.:174:153,21:80,11:73,10 +chr4 62328 . T A . PASS DP=372;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088811 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:200:191,9:90,6:101,3 0/1:.:172:152,20:73,12:79,8 +chr4 1195350 . C T . PASS DP=81;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00051483 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:21,0:19,0 0/1:.:41:30,10:16,4:14,6 +chr4 1312423 . A AT . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022967;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:5,1:2,0 0/1:.:10:3,7:2,4:1,3 +chr4 1318966 . A C . 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PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024476;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,1:1,1:4,0 0/1:.:11:2,8:0,5:2,3 +chr4 8131716 . CT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17679;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:4,0:6,0 0/1:.:20:16,4:3,2:13,2 +chr4 8632069 . G A . PASS DP=212;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038967 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:115:107,8:67,4:40,4 0/1:.:97:82,15:53,3:29,12 +chr4 9024475 . G A . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0493 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:40,1:22,1:18,0 0/1:.:31:26,5:11,4:15,1 +chr4 9253153 . C G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr4 10682135 . G A . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036411 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:15,0:22,1 0/1:.:26:21,5:9,3:12,2 +chr4 10970456 . G T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15385 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:2,0:3,0 0/1:.:13:6,4:5,2:1,2 +chr4 11140640 . T C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044913 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:7,0:19,2 0/1:.:20:14,6:5,1:9,5 +chr4 12217364 . T TACAC . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058287;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,0:14,0:11,0 0/1:.:17:11,5:6,2:5,3 +chr4 12647121 . C T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00075588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:19,0:14,0 0/1:.:41:30,11:19,3:11,8 +chr4 14306038 . A AAAAAAAG . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,1:5,0 0/1:.:16:7,6:5,3:2,3 +chr4 14621425 . TC T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0058282;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:13,2:8,0 0/1:.:39:23,16:10,8:13,8 +chr4 16905970 . CT C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02087;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:13,1:8,1:5,0 0/1:.:15:6,6:5,5:1,1 +chr4 18368880 . C T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028205 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,0:8,0:7,0 0/1:.:12:8,4:6,1:2,3 +chr4 19288835 . A G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0013149 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:17,0:8,0 0/1:.:19:12,7:6,5:6,2 +chr4 19935602 . A ATGTGTGTGTGTGTGTGTGTG . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023615;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:12,1:9,1 0/1:.:21:13,8:9,6:4,2 +chr4 24876292 . TAC T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015905;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,1:6,1:2,0 0/1:.:14:4,8:4,7:0,1 +chr4 26270440 . G A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:7,0:1,0 0/1:.:11:6,2:6,1:0,1 +chr4 28255358 . A T . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.006106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:13,1:8,1:5,0 1/1:.:11:1,4:1,2:0,2 +chr4 28467832 . G GTA . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023233;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:9,0:10,2 0/1:.:25:12,13:6,6:6,7 +chr4 28923714 . A G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044901 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:9,0:9,0 0/1:.:23:18,5:13,3:5,2 +chr4 31056460 . AG A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10217;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:5,0:3,0 0/1:.:15:8,4:6,1:2,3 +chr4 31918771 . C T . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:6,0:3,0 0/1:.:8:5,3:4,2:1,1 +chr4 36192168 . GTTT G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17677;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:5,0:2,0 0/1:.:19:14,5:8,4:6,1 +chr4 36720645 . A ATATC . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1016;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,0:10,0:5,0 0/1:.:24:17,4:6,2:11,2 +chr4 37012768 . G T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00039798 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:16,0:27,0 0/1:.:24:17,7:8,4:9,3 +chr4 37211052 . A T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.072233 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:22:18,4:13,2:5,2 +chr4 40332547 . C CA . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:22,1:15,0:7,1 0/1:.:26:18,8:14,7:4,1 +chr4 40466265 . CA C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:10,0:1,0 0/1:.:10:6,4:5,3:1,1 +chr4 42300053 . C CT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:0,0:18,0 0/1:.:17:13,4:0,0:13,4 +chr4 43758049 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012085 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:15,1:7,1 0/1:.:19:11,8:7,3:4,5 +chr4 43790633 . A G . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094883 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:17,0:14,0 0/1:.:29:23,6:14,4:9,2 +chr4 44118541 . A G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00038201 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:20,0:15,0 0/1:.:20:13,7:8,3:5,4 +chr4 45024171 . CTATATGTCTTCA C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:6,0:2,0 0/1:.:9:5,4:4,2:1,2 +chr4 47735942 . T TAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014224;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:11,1:6,0 0/1:.:12:4,7:2,6:2,1 +chr4 47923224 . A T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013912 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:14,0:7,1 0/1:.:31:21,10:12,5:9,5 +chr4 49123111 . C CATTCT . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0078297;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:31,0:15,0:16,0 0/1:.:27:16,5:6,1:10,4 +chr4 49209590 . C T . PASS DP=465;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068949 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:243:230,13:151,9:79,4 0/1:.:222:195,27:131,22:64,5 +chr4 49246893 . C G . PASS DP=338;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0022287 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:172:166,6:85,4:81,2 0/1:.:166:143,20:67,11:76,9 +chr4 49247587 . G GA . PASS DP=365;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0082951;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:216:201,14:83,4:118,10 0/1:.:149:127,22:59,7:68,15 +chr4 49248365 . C A . PASS DP=183;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034241 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:100:92,8:27,2:65,6 0/1:.:83:68,15:23,3:45,12 +chr4 49251530 . G A . PASS DP=725;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:393:357,36:187,17:170,19 0/1:.:332:284,48:146,19:138,29 +chr4 49267125 . A T . PASS DP=237;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041782 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:126:120,6:55,5:65,1 0/1:.:111:98,13:42,7:56,6 +chr4 49269765 . A T . PASS DP=514;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:270:251,19:156,13:95,6 0/1:.:244:213,31:130,14:83,17 +chr4 49306906 . A C . PASS DP=370;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0012745 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:187:178,8:58,4:120,4 0/1:.:183:158,25:74,11:84,14 +chr4 49527316 . G T . PASS DP=236;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040393 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:115:107,8:61,3:46,5 0/1:.:121:103,18:59,6:44,12 +chr4 49529267 . T C . PASS DP=416;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019249 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:231:215,16:153,12:62,4 0/1:.:185:160,25:116,19:44,6 +chr4 49532544 . G A . PASS DP=235;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0066161 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:128:122,6:60,3:62,3 0/1:.:107:91,16:41,12:50,4 +chr4 49543047 . G A . PASS DP=282;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040991 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:137:124,13:33,5:91,8 0/1:.:145:120,25:29,5:91,20 +chr4 49543892 . G T . PASS DP=112;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028896 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:52,5:29,3:23,2 0/1:.:55:42,13:21,6:21,7 +chr4 49952862 . G A . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:9,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr4 50471070 . T G . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10145 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:13,0:11,0 0/1:.:22:19,3:3,2:16,1 +chr4 50931098 . G A . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:9,0:0,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr4 50931278 . G T . 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PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098204;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:20,0:13,0 0/1:.:31:25,6:14,4:11,2 +chr4 54622576 . T C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05251 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:8,0:11,0 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chr4 55793260 . ATACCCAAGTATAATTTTGCACAAAGTTG A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046752;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:9,1:11,1 0/1:.:20:13,7:5,5:8,2 +chr4 56882454 . C CAA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:6,0:4,0 0/1:.:10:5,4:4,3:1,1 +chr4 59813173 . T TATATATATATATATATAC . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023812;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:14,0:10,0:4,0 0/1:.:24:16,7:9,3:7,4 +chr4 60365005 . T C . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00087744 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:18,0:15,0 0/1:.:32:23,9:8,2:15,7 +chr4 65522318 . A G . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085095 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:14,0:4,0:10,0 0/1:.:31:14,4:8,2:6,2 +chr4 65595586 . T A . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021328 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:42,1:29,0:13,1 0/1:.:32:26,6:19,2:7,4 +chr4 67990267 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23529 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:7,0:2,0 0/1:.:9:7,2:5,1:2,1 +chr4 68535465 . AT A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00037084;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:5,0:3,1 1/1:.:12:1,11:1,2:0,9 +chr4 68796080 . GA G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16752;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:8,0:4,0 0/1:.:30:25,5:22,2:3,3 +chr4 69350405 . G GACCT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.085139;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:8,0:3,0:5,0 0/1:.:13:7,4:0,1:7,3 +chr4 71089871 . T C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11624 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:2,0:9,0 0/1:.:17:13,4:3,1:10,3 +chr4 75933132 . C CAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0075758;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:5,1:4,1:1,0 0/1:.:13:0,6:0,4:0,2 +chr4 77661277 . TAA T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057842;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:16:12,4:9,3:3,1 +chr4 78249323 . CT C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:6,0:2,1 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 +chr4 81504254 . A G . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,0:6,0:4,0 0/1:.:20:7,2:3,1:4,1 +chr4 84111899 . CTTT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019565;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:8,0:5,0 0/1:.:13:8,5:6,1:2,4 +chr4 90529936 . A AATATATAT . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033483;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:22,0:11,0:11,0 0/1:.:20:14,4:5,1:9,3 +chr4 93524781 . A ATG . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037959;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:15:11,4:6,2:5,2 +chr4 95071654 . A G . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.42424 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:4,0:3,0:1,0 0/1:.:28:6,2:5,1:1,1 +chr4 98039688 . A ATATATATATC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029033;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:8,1:9,0 0/1:.:20:10,10:5,7:5,3 +chr4 100059931 . T TAAAA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010716;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:10,0:5,1 0/1:.:17:9,8:6,6:3,2 +chr4 103858931 . A C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.0004515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:19,0:5,0 0/1:.:22:13,9:12,5:1,4 +chr4 105123574 . CA C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018307;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:13,1:8,1:5,0 0/1:.:13:4,5:2,4:2,1 +chr4 108410188 . A G . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025768 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:8,1:14,0 0/1:.:28:20,8:5,4:15,4 +chr4 108575553 . G T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071429 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:4,0:1,0:3,0 1/1:.:14:1,3:0,2:1,1 +chr4 109069970 . T A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.03146 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:21,0:14,0 0/1:.:27:23,4:16,2:7,2 +chr4 109137986 . G A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043976 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:11,1:9,1 0/1:.:27:18,9:9,6:9,3 +chr4 114476437 . T A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=3;GPV=1;SPV=0.46154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,0:3,0:1,0 0/1:.:21:7,2:6,1:1,1 +chr4 120169393 . T G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013285 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:15:9,6:6,3:3,3 +chr4 121118015 . C T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:9,0:3,0:6,0 0/1:.:21:4,4:0,2:4,2 +chr4 121452408 . G GTT . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014318;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:9,1:7,0 0/1:.:22:13,9:7,6:6,3 +chr4 122090885 . A T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034965 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:8,0:4,0:4,0 0/1:.:28:2,3:1,1:1,2 +chr4 122112868 . G A . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:38,3:25,3:13,0 0/1:.:38:28,10:15,8:13,2 +chr4 124915672 . TTCTTTCTTTC T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:11:6,4:0,1:6,3 +chr4 126392918 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00044441 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:20,0:22,0 0/1:.:24:17,7:6,5:11,2 +chr4 127045665 . A AACACACACAC . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,1:10,0 0/1:.:26:18,8:7,3:11,5 +chr4 127939604 . CA C . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:4,0:4,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr4 129249804 . T A . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037605 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:24,1:14,0:10,1 0/1:.:28:17,6:7,2:10,4 +chr4 131743021 . C A . PASS DP=246;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052248 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:133:126,7:58,5:68,2 0/1:.:113:95,18:36,10:59,8 +chr4 131750565 . G A . PASS DP=219;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018113 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:120:117,3:58,2:59,1 0/1:.:99:89,10:41,7:48,3 +chr4 131792705 . T TAAAAAAAAA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038335;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:15,0:6,1 0/1:.:15:8,7:5,6:3,1 +chr4 131841374 . C T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12238 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:0,0:6,0 0/1:.:18:4,3:0,0:4,3 +chr4 132441528 . G GA . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1124;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:14,0:16,0 0/1:.:29:26,3:9,2:17,1 +chr4 133135063 . GTTTAT G . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006844;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:17,0:13,0 0/1:.:32:25,7:13,3:12,4 +chr4 134753849 . A T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03297 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:8,0:13,0 0/1:.:30:24,6:13,5:11,1 +chr4 135333344 . CTA C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01463;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:5,1:11,0 0/1:.:19:11,8:7,6:4,2 +chr4 136527084 . ATG A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014907;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:13,0:6,0:7,0 0/1:.:20:7,5:4,4:3,1 +chr4 139150518 . C CA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025825;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,1:5,0 0/1:.:26:16,9:13,8:3,1 +chr4 142298683 . C CA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0023815;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:9,0:4,0:5,0 0/1:.:18:3,7:2,6:1,1 +chr4 144628715 . CAA C . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038786;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:32,0:12,0:20,0 0/1:.:39:32,5:16,3:16,2 +chr4 147082224 . A G . 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PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037198 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:15:10,5:5,3:5,2 +chr4 157893572 . T G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:10,0:5,0:5,0 0/1:.:29:7,2:2,1:5,1 +chr4 158255622 . GTATA G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:3,0:3,0:0,0 1/1:.:25:0,2:0,1:0,1 +chr4 161606240 . A ATTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:8,1:5,0:3,1 0/1:.:13:3,5:3,4:0,1 +chr4 161783723 . CTTCTTTTCT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022704;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:0,0:10,0 0/1:.:12:6,5:3,2:3,3 +chr4 162831799 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028443 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:19,0:16,0 0/1:.:36:28,8:14,6:14,2 +chr4 163079362 . A C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04394 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:21,2:10,2:11,0 0/1:.:24:8,5:6,2:2,3 +chr4 170630775 . T A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012523 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:16,0:10,0 0/1:.:33:26,7:10,3:16,4 +chr4 171272778 . GA G . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010612;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:12,0:22,0 0/1:.:25:20,5:14,2:6,3 +chr4 171272782 . G C . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0080363 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:14,0:20,0 0/1:.:23:18,5:13,2:5,3 +chr4 172405423 . ATATATATATATATATATATATTTTTTTTTTT A . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017385;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,1:2,1:4,0 1/1:.:12:3,9:0,4:3,5 +chr4 176779741 . G GA . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015881;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:27,0:16,0:11,0 0/1:.:24:18,5:10,3:8,2 +chr4 180352148 . C A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.093333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:6,0:11,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr4 180944193 . A G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019565 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:13:8,5:2,1:6,4 +chr4 181110119 . AT A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036676;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:25,0:14,0:11,0 0/1:.:21:17,4:10,2:7,2 +chr4 181965355 . T G . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0039596 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:19,0:17,0 0/1:.:33:26,7:13,5:13,2 +chr4 184271113 . CATCTGTTT C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05461;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:16,0:8,0 0/1:.:24:20,4:13,2:7,2 +chr4 185034536 . ATGTGTG A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018959;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:26,2:15,2:11,0 0/1:.:16:10,6:7,4:3,2 +chr4 185238062 . C CAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017292;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:14,0:11,0:3,0 0/1:.:23:14,7:10,6:4,1 +chr4 186965189 . G A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:9,0:1,0 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr4 187454525 . T TA . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038747;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:11,1:1,0 0/1:.:23:13,9:7,7:6,2 +chr4 188085641 . G GC . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12458;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:6,0:9,0 0/1:.:16:13,3:12,2:1,1 +chr4 189155363 . A AT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022078;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:7,0:12,0 0/1:.:24:18,6:7,2:11,4 +chr4 190050837 . C T . PASS DP=188;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037426 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:106:98,8:54,6:44,2 0/1:.:82:68,14:33,7:35,7 +chr4 190109469 . A G . PASS DP=390;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041374 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:199:182,17:94,9:88,8 0/1:.:191:163,28:88,17:75,11 +chr4 190109982 . C A . PASS DP=394;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030815 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:192:179,13:89,4:90,9 0/1:.:202:176,26:88,11:88,15 +chr4 190114625 . C T . PASS DP=112;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020865 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:62:60,2:44,2:16,0 0/1:.:50:42,8:29,6:13,2 +chr5 41364 . A AACACACAC . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0089266;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:31,3:21,2:10,1 0/1:.:21:12,8:9,4:3,4 +chr5 237797 . A G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057767 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:32,3:21,3:11,0 0/1:.:19:11,8:5,6:6,2 +chr5 426872 . G A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019062 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:13,0:5,0 0/1:.:17:12,5:10,4:2,1 +chr5 484383 . G A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.070652 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:8,0:1,0 0/1:.:15:10,5:6,3:4,2 +chr5 630281 . C A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:9:7,2:3,1:4,1 +chr5 649105 . TG T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028986;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:6,1:7,0 0/1:.:13:7,6:4,3:3,3 +chr5 725250 . C T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.067288 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:13:9,4:5,2:4,2 +chr5 787451 . C T . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021821 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:44,0:22,0:22,0 0/1:.:29:25,4:14,3:11,1 +chr5 1272656 . C CCGTGA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22984;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:5,0:7,0 0/1:.:21:17,3:3,1:14,2 +chr5 1272657 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22984 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:20:17,3:3,1:14,2 +chr5 2491303 . C A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092532 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:20:16,4:10,2:6,2 +chr5 2844813 . A T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00085037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:25,0:11,0 0/1:.:29:21,8:9,6:12,2 +chr5 4190527 . T TTA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.00352;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:18,1:6,1 0/1:.:8:3,5:2,3:1,2 +chr5 5403476 . C CTTTTTTTTTTT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018404;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,0:9,0:8,0 0/1:.:16:11,5:4,4:7,1 +chr5 5520480 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00039082 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:9,0:9,0 0/1:.:20:10,10:5,5:5,5 +chr5 6007095 . A C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12281 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:12,0:5,0:7,0 0/1:.:16:5,2:5,1:0,1 +chr5 6218002 . C G . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013784 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:10,0:11,0 0/1:.:28:21,7:10,4:11,3 +chr5 7288789 . CTCTTCCTCT C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043206;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:3,1:16,0 0/1:.:24:17,7:7,1:10,6 +chr5 7958101 . G GGT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032417;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:21:18,2:10,1:8,1 0/1:.:20:12,8:8,6:4,2 +chr5 8084323 . G A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011528 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:5,0:10,0 0/1:.:20:13,7:5,2:8,5 +chr5 8690102 . AC A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022022;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:32,0:9,0:23,0 0/1:.:32:25,5:10,1:15,4 +chr5 9162382 . A ATGTG . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012187;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:25,2:13,0:12,2 0/1:.:21:13,8:5,4:8,4 +chr5 10084281 . T C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028886 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:19:9,10:5,4:4,6 +chr5 11026356 . C T . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:1,0:6,0 0/1:.:9:3,3:0,0:3,3 +chr5 11856151 . C T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082408 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:19,0:10,0 0/1:.:35:31,4:17,2:14,2 +chr5 12099553 . C G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060606 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:6,0:2,0:4,0 0/1:.:23:2,3:0,1:2,2 +chr5 13029345 . A G . 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PASS DP=822;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033543 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:436:394,42:214,15:180,27 0/1:.:386:332,54:181,12:151,42 +chr5 17595390 . GA G . PASS DP=460;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045967;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:236:216,20:118,14:98,6 0/1:.:224:193,31:102,16:91,15 +chr5 19179381 . G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036419 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:14,0:6,0:8,0 0/1:.:29:12,5:6,1:6,4 +chr5 19332247 . A C . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=47;GPV=1;SPV=1.826e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:22,0:18,0 0/1:.:25:15,10:7,7:8,3 +chr5 20802211 . C T . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045486 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:38,3:22,2:16,1 0/1:.:28:21,7:9,5:12,2 +chr5 21506984 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041383 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:12,0:12,0 0/1:.:29:24,5:15,2:9,3 +chr5 21845035 . AT A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055494;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:15,0:12,0 0/1:.:27:23,4:7,3:16,1 +chr5 24013047 . T TGC . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074494;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:4,0:11,0 0/1:.:21:11,7:1,1:10,6 +chr5 28795061 . C T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012996 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:12,0:15,0 0/1:.:28:22,6:11,2:11,4 +chr5 30416826 . G C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00070687 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:13,0:17,0 0/1:.:24:16,8:8,4:8,4 +chr5 32079258 . C CA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048889;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:11,0:3,0 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 +chr5 32564531 . ACGCG A . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:12,1:5,1:7,0 0/1:.:16:5,5:2,1:3,4 +chr5 33991732 . A G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034137 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:12,0:14,0 0/1:.:29:24,5:10,2:14,3 +chr5 34662721 . A ATTTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040248;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:8,0:5,0:3,0 0/1:.:19:8,6:4,5:4,1 +chr5 34665055 . G A . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073684 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:9:6,3:2,2:4,1 +chr5 34720401 . ATT A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041917;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,1:9,1:2,0 0/1:.:21:12,9:9,6:3,3 +chr5 34799538 . AC A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04366;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:19,2:8,2:11,0 0/1:.:20:7,5:6,1:1,4 +chr5 37701785 . CAAA C . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052174;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:12,0:6,0:6,0 0/1:.:18:7,7:4,6:3,1 +chr5 38505407 . C T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:7,0:6,0:1,0 0/1:.:21:6,2:2,1:4,1 +chr5 38760468 . C A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,0:4,0:1,0 0/1:.:8:1,4:1,4:0,0 +chr5 39454900 . G A . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00040343 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:20,0:22,0 0/1:.:29:21,8:12,3:9,5 +chr5 40263202 . AGAAGGAAG A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034965;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,1:5,1:0,0 0/1:.:11:2,7:2,6:0,1 +chr5 40696990 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:27:23,4:12,3:11,1 +chr5 41699847 . A T . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.6258e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:17,0:24,0 0/1:.:32:21,11:12,5:9,6 +chr5 43087178 . G A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035837 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:5,0:4,0 0/1:.:18:11,7:4,4:7,3 +chr5 45485396 . T A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00031835 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:14,0:21,0 0/1:.:33:23,10:12,6:11,4 +chr5 46708174 . A G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03602 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:16,0:1,1 0/1:.:17:11,6:9,2:2,4 +chr5 46721878 . T G . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:0,0:12,1 0/1:.:8:4,4:0,0:4,4 +chr5 47116276 . T G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052941 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:0,0:8,0 0/1:.:9:5,4:0,0:5,4 +chr5 49644212 . A C . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04859 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:41,4:9,1:32,3 0/1:.:41:31,10:5,1:26,9 +chr5 50132658 . T A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.097744 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:9,0:0,0 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr5 50136399 . T G . PASS DP=129;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024622 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:68:67,1:61,1:6,0 0/1:.:61:51,10:49,9:2,1 +chr5 54710909 . T A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:27,0:14,0:13,0 0/1:.:29:26,3:14,2:12,1 +chr5 55106286 . T TAA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16667;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:2,0:2,0 0/1:.:17:3,3:3,3:0,0 +chr5 55199266 . T TAAA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:3,0:8,0 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr5 56259971 . G T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017995 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:19,0:13,0 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr5 57138557 . T C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055901 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:9,0:2,0 0/1:.:12:8,4:4,2:4,2 +chr5 57374759 . G T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0026193 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:16,0:10,1 0/1:.:20:12,8:7,2:5,6 +chr5 58563637 . CCAGA C . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0096894;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:13:7,6:3,1:4,5 +chr5 59045556 . CA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0012236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,0:12,0:4,0 0/1:.:16:8,8:8,7:0,1 +chr5 60337390 . C T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.16374 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:3,0:8,0 0/1:.:8:6,2:1,1:5,1 +chr5 61985238 . GT G . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0015216;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:8,2:13,0 0/1:.:33:17,16:11,11:6,5 +chr5 65164491 . C T . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:19,0:19,0 0/1:.:27:23,4:12,1:11,3 +chr5 65275353 . GAGAA G . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0076628;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:20,0:13,0:7,0 0/1:.:12:6,4:4,3:2,1 +chr5 69632791 . A C . PASS DP=193;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065424 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:117:106,11:35,7:71,4 0/1:.:76:58,18:17,11:41,7 +chr5 69915727 . C T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044156 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:0,0:36,0 0/1:.:32:28,4:0,0:28,4 +chr5 70148203 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016242 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:7,1:6,0 0/1:.:22:12,10:6,6:6,4 +chr5 71002349 . A ATT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0071795;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:18,0:8,0:10,0 0/1:.:12:5,4:1,1:4,3 +chr5 73313066 . C CTCCTCCTCTTCT . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:9,0:3,0:6,0 0/1:.:21:9,5:6,1:3,4 +chr5 73875489 . T C . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04009 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:38,3:18,2:20,1 0/1:.:22:16,6:7,3:9,3 +chr5 75269392 . G C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.31818 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,0:0,0:5,0 0/1:.:10:5,2:2,1:3,1 +chr5 77043527 . G GT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:18:12,6:9,2:3,4 +chr5 77043528 . C G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.082213 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,0:8,0:1,0 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3 +chr5 82465826 . G GT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:10:5,4:2,1:3,3 +chr5 82503800 . C A . 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PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:15,1:5,0 0/1:.:10:4,5:2,4:2,1 +chr5 99412646 . C CA . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=38;GPV=1;SPV=0.00014325;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:16,0:19,0 0/1:.:21:13,8:8,6:5,2 +chr5 100593972 . CTA C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:14,0:9,0 0/1:.:25:20,5:11,3:9,2 +chr5 100594072 . A G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020588 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,1:17,0:13,1 0/1:.:31:22,7:12,2:10,5 +chr5 101559293 . T A . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:3,0:0,0:3,0 0/1:.:25:1,2:1,1:0,1 +chr5 103237446 . GCT G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025708;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:9,0:6,0 0/1:.:16:11,5:8,2:3,3 +chr5 103566798 . GAAAAA G . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,1:2,1:8,0 0/1:.:8:2,4:2,4:0,0 +chr5 104167434 . G GTA . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:3,0:2,0:1,0 0/1:.:20:3,10:2,8:1,2 +chr5 105821975 . TTTTATTTA T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011252;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,1:13,1:17,0 0/1:.:25:18,7:11,5:7,2 +chr5 107710313 . T TAGAGAGAGAGAGAGAG . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022876;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chr5 111135579 . G C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00071539 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:11,0:18,0 0/1:.:32:22,10:13,7:9,3 +chr5 114339814 . C T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016655 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:24,0:12,0:12,0 0/1:.:23:16,5:4,3:12,2 +chr5 115298457 . CAGG C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024256;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,1:6,1:4,0 0/1:.:16:7,8:4,7:3,1 +chr5 116703177 . G T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0079051 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:15,0:11,0:4,0 0/1:.:13:4,4:2,1:2,3 +chr5 116784220 . C T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017391 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,0:4,0:6,0 0/1:.:17:9,7:3,2:6,5 +chr5 120048705 . TAC T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,1:2,0:3,1 1/1:.:9:0,4:0,3:0,1 +chr5 120282276 . C T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039018 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:7,1:5,0 0/1:.:25:15,10:5,8:10,2 +chr5 122246774 . AT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:6,0:4,0:2,0 0/1:.:13:4,4:1,2:3,2 +chr5 122246777 . T A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.086687 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:10,0:7,0:3,0 0/1:.:13:6,3:2,2:4,1 +chr5 123337214 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0093079 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:18,0:12,0 0/1:.:28:22,6:10,2:12,4 +chr5 124935735 . AAT A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004671;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:3,1:18,0 0/1:.:22:13,9:5,3:8,6 +chr5 125196149 . GTCTC G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065489;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,0:9,0:10,0 0/1:.:21:17,4:10,3:7,1 +chr5 126494354 . C CA . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004483;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:14,0:7,0 0/1:.:18:11,6:7,2:4,4 +chr5 126734797 . ATTATTATTATT A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048573;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:10,0:13,1 0/1:.:25:18,6:10,2:8,4 +chr5 133025525 . A AAAG . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055341;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,0:2,0:5,0 0/1:.:16:8,6:2,4:6,2 +chr5 134021876 . A AT . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0069124;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:12,0:6,1 0/1:.:25:14,10:9,8:5,2 +chr5 135665765 . G GAAA . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016233;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:10,2:9,0 0/1:.:21:12,9:6,6:6,3 +chr5 136787230 . T C . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013867 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:7,1:8,0 0/1:.:15:8,7:2,2:6,5 +chr5 136787238 . C T . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039737 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,1:7,0 0/1:.:13:8,5:2,1:6,4 +chr5 138750371 . A AC . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35714;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:3,0:1,0:2,0 0/1:.:25:3,2:1,1:2,1 +chr5 139698355 . TTGTGTGTG T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.017391;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:7,0:4,0:3,0 0/1:.:24:9,10:4,7:5,3 +chr5 141000361 . GTCTCTC G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:2,0:11,0 0/1:.:15:11,4:5,3:6,1 +chr5 142136775 . G A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:3,0:7,0 0/1:.:8:6,2:2,1:4,1 +chr5 143160060 . CT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059497;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:7,0:1,0 0/1:.:16:10,6:7,4:3,2 +chr5 143461917 . CTTCTTTCTTTCTTTCT C . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18182;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:6,0:0,0:6,0 0/1:.:10:3,2:0,0:3,2 +chr5 144852267 . CT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039737;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:8,1:8,0 0/1:.:13:8,5:6,3:2,2 +chr5 148153667 . A AGTGTGTGTGTGT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010718;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,0:3,1 0/1:.:14:5,9:1,5:4,4 +chr5 149392936 . G GTGCGTGTGTGCA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.00203;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:9,0:17,0 0/1:.:18:11,6:5,1:6,5 +chr5 152835215 . T G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:6,0:14,0 0/1:.:22:18,4:14,1:4,3 +chr5 154430012 . T TGTTGTGGTGGTGGTGGTGGTG . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:4,1:3,1:1,0 0/1:.:8:0,5:0,4:0,1 +chr5 154598343 . G A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014116 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:16,1:12,2 0/1:.:27:17,10:11,4:6,6 +chr5 155029588 . C CTTTTTTT . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0057417;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,1:12,1:7,0 0/1:.:17:8,7:6,5:2,2 +chr5 155393009 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.080441 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:28:23,5:13,2:10,3 +chr5 155792433 . C CAA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046953;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:8,1:4,1:4,0 0/1:.:12:2,4:2,3:0,1 +chr5 160669608 . CTT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036405;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,1:3,1:4,0 0/1:.:13:3,6:1,2:2,4 +chr5 161161849 . A AT . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0069996;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:7,0:3,0 0/1:.:13:6,7:3,2:3,5 +chr5 162781503 . TGA T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05251;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,0:8,0:11,0 0/1:.:19:15,4:8,3:7,1 +chr5 163650622 . TTTAA T . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094974;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:16,0:9,0 0/1:.:22:19,3:14,2:5,1 +chr5 165094962 . GAATATTTAAATAAAATTTAAATA G . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015459;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:9,0:10,1 0/1:.:22:14,8:6,1:8,7 +chr5 167039614 . C CAA . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035568;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:17,0:9,0:8,0 0/1:.:25:15,5:6,4:9,1 +chr5 170248629 . C A . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.7869e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:14,0:14,0 0/1:.:34:20,14:8,10:12,4 +chr5 173810900 . G A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035721 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:2,1:16,0 0/1:.:10:6,4:0,2:6,2 +chr5 175449842 . ATTTTG A . 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PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11947 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:5,0:3,0 0/1:.:13:9,4:4,3:5,1 +chr5 178048361 . G C . PASS DP=90;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041995 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:47:44,3:19,3:25,0 0/1:.:43:34,9:14,7:20,2 +chr5 178063948 . T C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.29167 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:3,0:1,0:2,0 0/1:.:18:4,3:1,1:3,2 +chr5 178249716 . ACTCTCT A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:8,1:4,1:4,0 0/1:.:16:0,4:0,2:0,2 +chr5 179003538 . AT A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021449;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:16,0:14,0 0/1:.:28:23,5:14,1:9,4 +chr5 179558604 . G A . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=5.6032e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:22,0:20,0 0/1:.:30:20,10:10,4:10,6 +chr5 179679958 . CTT C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01246;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:17:10,7:6,4:4,3 +chr5 181004287 . T C . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070755 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,2:12,1:16,1 0/1:.:39:26,13:7,8:19,5 +chr6 371693 . G T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013865 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:16,0:8,1 0/1:.:26:18,8:8,4:10,4 +chr6 469123 . T C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.009828 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,1:9,0:10,1 0/1:.:20:12,8:6,3:6,5 +chr6 469154 . C CTG . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00081572;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,0:9,0:7,0 0/1:.:17:7,8:3,3:4,5 +chr6 1210780 . TAA T . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06993;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,0:6,0:0,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr6 3094011 . T C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15587 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:18,0:0,0 0/1:.:22:19,3:19,3:0,0 +chr6 5010339 . A ATT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013238;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:13,2:7,0 0/1:.:19:10,8:5,2:5,6 +chr6 5432314 . TA T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036522;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,0:8,1 0/1:.:18:7,6:2,5:5,1 +chr6 5533553 . G A . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.01268 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:18,0:21,0 0/1:.:30:25,5:13,2:12,3 +chr6 8263179 . CTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT C . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.080745;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,0:2,0:8,0 0/1:.:13:9,4:1,2:8,2 +chr6 10035301 . ATATATG A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076651;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:5,0:5,0 0/1:.:17:12,5:4,3:8,2 +chr6 10145924 . C CTTTTTTTT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015172;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:16,1:5,1:11,0 0/1:.:13:7,6:2,4:5,2 +chr6 10959869 . C CA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074587;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,0:14,0:4,0 0/1:.:26:17,8:12,5:5,3 +chr6 12972654 . C CT . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15152;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,0:2,0:5,0 0/1:.:18:3,2:3,2:0,0 +chr6 13793125 . CA C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0067861;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,1:12,1:5,0 0/1:.:20:11,9:9,8:2,1 +chr6 13991250 . A C . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.059497 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:8,0:4,0:4,0 0/1:.:24:10,6:3,3:7,3 +chr6 14382949 . CTCTTCTTCCT C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,0:9,0:10,0 0/1:.:19:13,4:5,3:8,1 +chr6 15231235 . C CT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0055944;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,1:5,0:1,1 0/1:.:13:1,8:0,6:1,2 +chr6 15336115 . G A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047242 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:11,1:11,0 0/1:.:33:25,8:13,2:12,6 +chr6 16221881 . C T . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27198 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:4,0:3,0:1,0 0/1:.:24:8,4:5,2:3,2 +chr6 16673020 . C CAAA . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039653;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:9,1:11,0 0/1:.:21:14,6:8,5:6,1 +chr6 19941238 . GAA G . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23077;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:7,0:0,0 0/1:.:8:5,2:5,1:0,1 +chr6 24362315 . G T . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069378 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:13,0:14,0 0/1:.:31:26,4:14,2:12,2 +chr6 24362346 . G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:20,0:11,0 0/1:.:25:20,5:9,2:11,3 +chr6 24499667 . TC T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:5,0:1,0:4,0 1/1:.:18:0,2:0,1:0,1 +chr6 24558284 . A G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.00133 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:7,0:13,0 0/1:.:33:21,12:15,8:6,4 +chr6 27358564 . A T . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029233 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:35:29,6:16,4:13,2 +chr6 27493768 . A AT . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043479;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:21,2:10,0:11,2 0/1:.:29:19,9:9,3:10,6 +chr6 28382995 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023384 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,1:4,0 0/1:.:16:9,7:8,4:1,3 +chr6 31063068 . A AAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAAG . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:5,1:4,0:1,1 0/1:.:9:0,4:0,3:0,1 +chr6 31106700 . A G . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012366 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:40,2:10,1:30,1 0/1:.:31:23,8:14,4:9,4 +chr6 31709242 . T TTG . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052114;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:30,0:20,0:10,0 0/1:.:25:18,6:7,2:11,4 +chr6 32915591 . T TAAA . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0092138;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:8,0:9,0 0/1:.:22:14,7:10,5:4,2 +chr6 34681845 . ATT A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01049;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,0:4,0:2,0 0/1:.:14:3,7:1,4:2,3 +chr6 34991703 . CATATAT C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027557;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:14,0:7,0 0/1:.:17:12,4:4,1:8,3 +chr6 36500758 . C CA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:8:4,4:1,3:3,1 +chr6 37035268 . A ATT . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034965;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:5,1:3,1:2,0 0/1:.:12:2,7:2,6:0,1 +chr6 37261944 . AGTGTGTGTGT A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:4,0:1,0 0/1:.:13:3,6:2,5:1,1 +chr6 37296837 . T G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.073359 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:17,0:7,0:10,0 0/1:.:33:16,4:9,3:7,1 +chr6 37715644 . C G . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=6.106e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:45,0:24,0:21,0 0/1:.:37:26,11:11,5:15,6 +chr6 39163215 . A AAATAATAATAATAATAAT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031556;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:8,1:5,0:3,1 0/1:.:22:9,11:6,3:3,8 +chr6 41391142 . G A . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,0:8,0:0,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr6 42000234 . CTTTTT C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031674;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:3,1:6,0 0/1:.:8:3,5:3,3:0,2 +chr6 42147800 . A AAT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.19231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,0:5,0:2,0 0/1:.:17:4,2:2,1:2,1 +chr6 42358783 . C CT . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023384;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:6,1:8,0 0/1:.:16:9,7:5,6:4,1 +chr6 42505795 . CT C . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:8,0:1,0 0/1:.:8:4,4:4,4:0,0 +chr6 42508638 . C T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=55;GPV=1;SPV=2.6543e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:19,0:21,0 0/1:.:37:22,15:10,11:12,4 +chr6 43294548 . C T . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015974 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:19,0:9,0 0/1:.:17:13,4:8,2:5,2 +chr6 43501929 . T A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.057792 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:11,0:9,0:2,0 0/1:.:12:5,3:4,1:1,2 +chr6 49493059 . T G . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.084757 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:32:28,4:17,2:11,2 +chr6 51807452 . AAAAAAAATAT A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042236;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:10,1:4,1:6,0 0/1:.:26:9,8:7,3:2,5 +chr6 51880779 . TA T . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:5,1:2,0 0/1:.:12:4,8:3,7:1,1 +chr6 54310682 . T TC . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011071;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:2,0:9,1 0/1:.:16:7,9:1,1:6,8 +chr6 55714671 . C A . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0019664 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:22,0:15,0 0/1:.:35:27,8:13,4:14,4 +chr6 61619437 . TTTTG T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023402;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:25,2:16,1:9,1 0/1:.:28:19,9:11,2:8,7 +chr6 61628239 . TTTC T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039732;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:3,0:5,0 0/1:.:13:6,5:0,2:6,3 +chr6 63641528 . ATGTGTGTG A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049017;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:4,1:9,0 0/1:.:16:9,6:5,4:4,2 +chr6 68678383 . C T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022618 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:15,0:11,0 0/1:.:25:20,5:11,4:9,1 +chr6 72013188 . T A . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.00036492 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:21,0:18,0 0/1:.:37:27,10:10,5:17,5 +chr6 73761014 . AACACACACAC A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0070913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,1:9,0:1,1 0/1:.:22:6,10:3,5:3,5 +chr6 76064360 . A AT . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048573;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:12,1:11,0 0/1:.:24:18,6:15,3:3,3 +chr6 76272161 . TTTTC T . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02381;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:5,1:2,1:3,0 1/1:.:14:0,4:0,2:0,2 +chr6 78185111 . G GTT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032575;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:12,1:9,1:3,0 0/1:.:18:4,8:2,6:2,2 +chr6 80824673 . A G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011208 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:16,0:7,1 0/1:.:20:13,7:5,1:8,6 +chr6 82306905 . A C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015905 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:8,1:0,0 0/1:.:12:4,8:1,7:3,1 +chr6 89857898 . T TA . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022489;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:10,1:3,0 0/1:.:15:8,7:3,6:5,1 +chr6 91214654 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11505 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:12,0:12,0 0/1:.:35:31,4:20,3:11,1 +chr6 98938041 . C CTTT . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.065489;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:10,0:9,0 0/1:.:21:17,4:9,1:8,3 +chr6 105675536 . C CAA . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066411;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:6,0:8,0 0/1:.:17:12,4:9,3:3,1 +chr6 107812878 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023974 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:32,1:16,0:16,1 0/1:.:20:15,5:5,2:10,3 +chr6 108466744 . A C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:5,0:3,0:2,0 0/1:.:15:1,2:1,1:0,1 +chr6 108967463 . T A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00043981 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:16,0:20,0 0/1:.:21:14,7:8,4:6,3 +chr6 115825283 . AGAAGGAAGGAAGGAAGGAAG A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:4,0:4,0:0,0 0/1:.:10:5,4:3,1:2,3 +chr6 116410721 . G A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0040786 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:14:8,6:5,3:3,3 +chr6 116544151 . A AAGAGAGAGAGAG . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:15,1:6,1:9,0 0/1:.:18:9,7:8,6:1,1 +chr6 116865983 . TTC T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:7,1:13,0 0/1:.:19:13,6:3,3:10,3 +chr6 117701245 . CT C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045767;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:7,0:5,0 0/1:.:11:5,6:4,1:1,5 +chr6 119169940 . A T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021584 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:20,0:9,0:11,0 0/1:.:24:10,4:5,1:5,3 +chr6 120578450 . G T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00046753 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:14,0:17,0 0/1:.:36:25,11:13,7:12,4 +chr6 121568353 . T C . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0081185 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:13,1:9,0 0/1:.:18:11,7:8,3:3,4 +chr6 121568354 . G A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0081185 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,1:10,0 0/1:.:18:11,7:9,3:2,4 +chr6 121869101 . CA C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0029805;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:17,1:3,0 0/1:.:11:5,6:4,5:1,1 +chr6 122377670 . G A . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0051869 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:15:6,9:4,7:2,2 +chr6 123433162 . A ATATAT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:11,0:5,0:6,0 0/1:.:19:12,4:6,1:6,3 +chr6 127383277 . C CA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024305;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,0:8,0:4,0 0/1:.:25:16,8:10,7:6,1 +chr6 128226761 . CATAT C . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046407;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:11,1:7,0:4,1 0/1:.:20:7,6:3,3:4,3 +chr6 133495466 . AAATAAATATAAAGAAATAT A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039538;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:14,1:5,0 0/1:.:32:23,9:16,7:7,2 +chr6 134687733 . T G . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015968 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:3,0:8,0 0/1:.:20:12,8:5,4:7,4 +chr6 134687734 . G A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.02835 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,1:6,0:8,1 0/1:.:23:14,9:6,4:8,5 +chr6 134687735 . TATCTATA T . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0052836;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,0:7,0:7,0 0/1:.:22:13,9:6,4:7,5 +chr6 134866611 . T G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.088889 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:5,0:7,0 0/1:.:16:12,4:4,2:8,2 +chr6 135749986 . C CTGTGTGTGTGTGTGTG . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027836;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:18,0:11,0:7,0 0/1:.:14:10,4:5,2:5,2 +chr6 145733307 . A T . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.1 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:3,0:2,0:1,0 1/1:.:28:0,2:0,0:0,2 +chr6 150198248 . C G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042981 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:21,2:6,0 0/1:.:25:18,7:14,4:4,3 +chr6 154075452 . CT C . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010211;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:18,0:10,0 0/1:.:27:21,6:13,3:8,3 +chr6 154109800 . G C . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040656 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:21,1:12,1:9,0 0/1:.:23:15,6:9,3:6,3 +chr6 154365670 . T A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043423 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:7,0:6,0 0/1:.:17:12,5:8,2:4,3 +chr6 154679970 . G A . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.26471 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:2,0:6,0 0/1:.:10:7,2:2,1:5,1 +chr6 154812292 . C CT . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024887;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:6,1:5,1:1,0 0/1:.:11:3,8:1,7:2,1 +chr6 155431415 . C A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014276 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:12,0:12,0 0/1:.:20:15,5:6,1:9,4 +chr6 155445938 . G T . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033472 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:9,1:7,0 0/1:.:23:15,8:5,6:10,2 +chr6 155865505 . GA G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012598;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:11,1:6,0 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr6 156533673 . C T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014421 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:37,1:21,1:16,0 0/1:.:24:16,8:7,3:9,5 +chr6 157242163 . GGT G . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019912;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:16,0:9,0:7,0 0/1:.:29:21,8:14,3:7,5 +chr6 157277137 . A AGTGTGTGTGTGTGTGT . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046752;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:7,1:13,1 0/1:.:21:13,7:6,3:7,4 +chr6 158169719 . T TAA . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037926;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:5,0:6,1 0/1:.:8:3,4:3,4:0,0 +chr6 158169746 . T A . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013595 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:4,0:7,1 0/1:.:12:5,7:4,4:1,3 +chr6 158710771 . C CTT . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013127;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,2:15,2:5,0 0/1:.:15:8,7:7,2:1,5 +chr6 159269281 . TATCTATCTATCC T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:3,1:8,0 0/1:.:9:4,5:0,2:4,3 +chr6 159633940 . C CAA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011679;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:13,1:4,0 0/1:.:19:11,8:8,5:3,3 +chr6 163499694 . A C . 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PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016464 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:13,0:10,0 0/1:.:26:20,6:14,1:6,5 +chr6 167289115 . C T . PASS DP=102;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014535 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:50,4:24,0:26,4 0/1:.:48:36,12:22,5:14,7 +chr6 167318045 . G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.074614 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:14,0:12,0 0/1:.:30:26,4:16,1:10,3 +chr6 167493261 . G GTCCCATGCACACAC . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.052632;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:1,0:14,0 0/1:.:8:3,2:0,0:3,2 +chr6 167564253 . G A . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011208 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:15,0:8,1 0/1:.:20:13,7:9,5:4,2 +chr6 168413051 . C T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=40;GPV=1;SPV=8.3077e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:19,0:12,0 0/1:.:43:28,15:14,8:14,7 +chr6 169319022 . C CTTTTTT . 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PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.0009583;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:5,1:14,1 0/1:.:17:6,10:2,7:4,3 +chr7 5895617 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027751 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:20,1:15,1:5,0 0/1:.:14:9,5:4,2:5,3 +chr7 11813723 . T A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.090909 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:6,0:4,0:2,0 0/1:.:15:3,3:1,2:2,1 +chr7 13140879 . CA C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014448;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,0:6,0:6,0 0/1:.:11:4,4:4,4:0,0 +chr7 15787290 . A AT . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010978;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,1:14,1:8,0 0/1:.:23:15,8:6,4:9,4 +chr7 15787294 . A T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0062662 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:15,1:7,1:8,0 0/1:.:23:9,9:5,4:4,5 +chr7 18773364 . TAC T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068627;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:10,0:8,0:2,0 0/1:.:11:5,3:4,1:1,2 +chr7 19524983 . TC T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015942;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:2,0:12,0 0/1:.:13:8,5:2,1:6,4 +chr7 20067485 . A T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:6,0:5,0:1,0 1/1:.:16:1,3:1,2:0,1 +chr7 23898260 . CAA C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029412;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:4,0:2,0:2,0 0/1:.:13:4,9:2,7:2,2 +chr7 24290778 . T A . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046942 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:24,1:15,1:9,0 0/1:.:14:10,4:6,3:4,1 +chr7 25697442 . T TACACACACACACACACAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011989;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,0:5,1 0/1:.:19:7,10:2,6:5,4 +chr7 28612543 . G GGTGTGT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047472;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:12,1:11,1:1,0 0/1:.:8:4,4:4,1:0,3 +chr7 30754636 . TATCC T . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0069119;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:11,0:5,1 0/1:.:11:5,6:2,5:3,1 +chr7 34349020 . C T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016807 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:17,0:19,0 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3 +chr7 38260126 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.036816 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:17,0:10,2 0/1:.:24:17,7:5,5:12,2 +chr7 39796351 . C A . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024657 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:51,0:20,0:31,0 0/1:.:35:31,4:17,3:14,1 +chr7 39915687 . T C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:3,0:0,0:3,0 0/1:.:9:1,2:0,1:1,1 +chr7 39938989 . A C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.12 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:16,0:10,0:6,0 0/1:.:19:7,2:4,1:3,1 +chr7 41061862 . TTCTTTCTC T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045455;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:6,1:2,0:4,1 1/1:.:11:1,4:0,0:1,4 +chr7 48001531 . G T . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043159 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:17,0:5,1 0/1:.:8:5,3:5,1:0,2 +chr7 51017427 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054027 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:19,0:14,0 0/1:.:20:15,5:11,3:4,2 +chr7 51108917 . G GACACACAC . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088061;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:8,0:9,1 0/1:.:16:8,7:4,5:4,2 +chr7 55027992 . ATATATATAT A . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024242;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:7,0:2,0:5,0 1/1:.:11:1,3:1,1:0,2 +chr7 55829820 . C CA . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23077;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:7,0:4,0:3,0 0/1:.:9:5,2:5,2:0,0 +chr7 56887197 . TTTG T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.001353;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:49,3:18,0:31,3 0/1:.:25:16,9:6,2:10,7 +chr7 56899350 . G A . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035957 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:59:56,3:29,1:27,2 0/1:.:23:18,5:10,4:8,1 +chr7 56967184 . C T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055138 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:10,0:0,0 0/1:.:11:7,4:7,4:0,0 +chr7 57053892 . G A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.01143 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:11,1:12,1 0/1:.:13:7,6:2,1:5,5 +chr7 58076007 . A C . PASS DP=79;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044015 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:47:45,2:19,2:26,0 0/1:.:32:26,6:12,1:14,5 +chr7 58082524 . T C . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010189 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:72:71,1:55,1:16,0 0/1:.:53:46,7:27,6:19,1 +chr7 58092305 . C A . PASS DP=100;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02166 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:49,2:27,0:22,2 0/1:.:49:40,9:24,7:16,2 +chr7 58092452 . C G . PASS DP=168;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00073262 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:92:90,2:46,2:44,0 0/1:.:76:63,13:32,4:31,9 +chr7 58094284 . C T . PASS DP=72;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026638 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:42,0:17,0:25,0 0/1:.:30:26,4:13,1:13,3 +chr7 58094849 . G A . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0042729 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:56:55,1:45,1:10,0 0/1:.:49:40,9:33,8:7,1 +chr7 60938678 . C A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003938 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:18,0:12,0 0/1:.:28:21,7:5,6:16,1 +chr7 60945377 . G A . PASS DP=76;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0050662 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:16,0:27,0 0/1:.:33:27,6:13,2:14,4 +chr7 60951075 . G A . PASS DP=130;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045285 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:87:81,6:45,0:36,6 0/1:.:43:35,8:21,1:14,7 +chr7 60955048 . G C . PASS DP=227;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016139 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:141:132,9:46,5:86,4 0/1:.:86:72,14:39,10:33,4 +chr7 60958173 . A C . PASS DP=88;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028969 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:44:36,3:23,3:13,0 0/1:.:44:28,10:22,6:6,4 +chr7 61181721 . T G . PASS DP=16;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.23333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:8,0:8,0:0,0 0/1:.:8:6,2:6,2:0,0 +chr7 61378938 . A T . 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PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00012037 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:16,0:23,0 0/1:.:18:11,7:5,6:6,1 +chr7 64471934 . GA G . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068111;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:7,0:0,0 0/1:.:15:5,9:3,8:2,1 +chr7 65103212 . CA C . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011874;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:38,1:21,1:17,0 0/1:.:19:14,5:6,4:8,1 +chr7 65579430 . ATATTAT A . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019268;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:54:49,5:28,3:21,2 0/1:.:26:18,8:11,4:7,4 +chr7 65590326 . T C . PASS DP=136;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:58,3:32,2:26,1 0/1:.:75:63,12:43,8:20,4 +chr7 65590350 . C A . PASS DP=102;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0054976 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:53:52,1:26,0:26,1 0/1:.:49:40,9:31,6:9,3 +chr7 65811073 . A AAAAAG . 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PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025287 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:14,0:10,0:4,0 0/1:.:23:10,5:4,2:6,3 +chr7 68896985 . T C . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:5,0:3,0:2,0 1/1:.:12:0,2:0,1:0,1 +chr7 70011314 . T TCTCTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014866;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:21,1:12,0:9,1 0/1:.:16:10,6:4,3:6,3 +chr7 70992281 . CT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029563;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:13,1:2,1:11,0 0/1:.:16:9,7:2,6:7,1 +chr7 71699475 . C CAA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0044924;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:8,1:3,1:5,0 0/1:.:12:2,8:0,6:2,2 +chr7 71840485 . TA T . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:14:8,6:3,3:5,3 +chr7 71949044 . TAA T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037926;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:10,1:5,1:5,0 0/1:.:11:4,5:3,4:1,1 +chr7 72273421 . C CA . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020898;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:10,1:8,1:2,0 0/1:.:10:4,6:2,4:2,2 +chr7 73300165 . A G . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030455 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:15,1:10,1:5,0 0/1:.:18:11,7:6,6:5,1 +chr7 73387420 . A AT . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0053746;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:14,1:5,1 0/1:.:20:10,10:2,6:8,4 +chr7 73609554 . T TTG . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03835;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,1:6,1 0/1:.:8:4,4:1,2:3,2 +chr7 74517023 . TTG T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038736;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:12,0:14,1 0/1:.:14:10,4:2,2:8,2 +chr7 75363270 . A G . PASS DP=85;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0074599 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:46:46,0:22,0:24,0 0/1:.:39:33,6:19,5:14,1 +chr7 76740096 . C T . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031493 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:39,1:22,1:17,0 0/1:.:26:21,5:11,2:10,3 +chr7 76976851 . G A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0068418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,1:8,0:15,1 0/1:.:18:11,7:5,5:6,2 +chr7 77063861 . C T . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:65,1:51,0:14,1 0/1:.:54:45,9:35,8:10,1 +chr7 77095255 . G A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0095925 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:28,3:8,0:20,3 0/1:.:22:13,9:7,2:6,7 +chr7 79028210 . CA C . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014706;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:5,0:4,0 0/1:.:9:4,5:2,2:2,3 +chr7 82288424 . C T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.066667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:4,0:2,0:2,0 1/1:.:14:0,2:0,0:0,2 +chr7 82624501 . C A . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=34;GPV=1;SPV=0.0003837 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:17,0:17,0 0/1:.:24:16,8:10,4:6,4 +chr7 82628340 . A ATGTG . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0014508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:22,2:16,1:6,1 0/1:.:16:7,9:4,5:3,4 +chr7 83655006 . GA G . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:13:6,7:4,6:2,1 +chr7 91015521 . GT G . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.006192;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:11,0:7,0:4,0 0/1:.:13:5,6:5,3:0,3 +chr7 92949210 . T TAA . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019763;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:14,0:0,0 0/1:.:10:6,4:6,4:0,0 +chr7 93675843 . ATTTTTTTTTTTTT A . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0046977;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:10,0:4,1 0/1:.:14:6,8:6,4:0,4 +chr7 94736272 . C CA . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,1:11,1:3,0 0/1:.:18:11,7:9,6:2,1 +chr7 95631906 . T A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.012138 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:11,0:12,0 0/1:.:13:9,4:4,2:5,2 +chr7 96164711 . T TACACACACAC . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025519;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:11,0:9,2 0/1:.:14:8,6:3,4:5,2 +chr7 96816404 . GGAAA G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014936;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:17,0:8,0 0/1:.:16:11,4:6,3:5,1 +chr7 97406995 . C CAAA . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046953;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,1:2,0:2,1 0/1:.:15:2,8:1,6:1,2 +chr7 99636046 . C CA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016957;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:8,0:3,0 0/1:.:14:8,6:4,5:4,1 +chr7 100279274 . TTG T . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039737;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:10,0:6,1 0/1:.:13:8,5:1,2:7,3 +chr7 101691434 . C T . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018182 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:8,0:7,0:1,0 1/1:.:12:1,3:1,1:0,2 +chr7 102527545 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=31;GPV=1;SPV=0.00078746 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:36,2:16,1:20,1 0/1:.:21:12,9:7,5:5,4 +chr7 102619936 . T TA . PASS DP=139;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011972;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:81:73,8:32,3:41,5 0/1:.:58:43,15:16,10:27,5 +chr7 102733493 . A C . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0060428 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:41,1:23,1:18,0 0/1:.:17:12,5:4,4:8,1 +chr7 105205517 . TCACACACACACA T . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004662;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:7,0:4,0:3,0 1/1:.:8:1,5:0,3:1,2 +chr7 113538865 . CAAAAAAAAAAAA C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019565;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:6,0:7,0 0/1:.:13:8,5:4,4:4,1 +chr7 117426325 . C CA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=44;GPV=1;SPV=3.5906e-05;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,1:13,1:4,0 1/1:.:16:4,12:2,9:2,3 +chr7 118598235 . T C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04188 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:19,1:9,0:10,1 0/1:.:17:4,3:2,2:2,1 +chr7 121327349 . C CT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055901;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:4,0:7,0 0/1:.:12:8,4:3,2:5,2 +chr7 121905650 . T TACACACACACACACACACAC . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012687;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:32,3:25,2:7,1 0/1:.:11:6,5:4,1:2,4 +chr7 122195673 . A G . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00016985 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:12,0:7,1 1/1:.:9:2,7:1,5:1,2 +chr7 122328161 . G A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037594 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:11,0:15,0 0/1:.:22:18,4:5,1:13,3 +chr7 123649428 . G GTTCC . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:36,1:16,0:20,1 0/1:.:20:15,4:7,2:8,2 +chr7 124625545 . A AAAATAAATAAAT . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0032765;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:8,0:10,2 0/1:.:11:4,7:2,2:2,5 +chr7 126214765 . TAAAAA T . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.009324;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:6,0:2,0:4,0 0/1:.:11:2,6:1,5:1,1 +chr7 128656465 . G C . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035627 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:30,2:17,1:13,1 0/1:.:26:19,7:11,4:8,3 +chr7 128784199 . A C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046154 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:20,0:12,0:8,0 0/1:.:18:4,2:4,1:0,1 +chr7 129798245 . A G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034545 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:6,1:10,0 0/1:.:16:10,6:4,5:6,1 +chr7 130115714 . C CA . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016317;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:3,0:3,0 0/1:.:9:2,5:2,3:0,2 +chr7 132469136 . A G . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0076667 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:10,0:13,2 0/1:.:15:8,7:5,2:3,5 +chr7 134654155 . A C . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:5,0:1,0:4,0 0/1:.:23:1,2:0,1:1,1 +chr7 135096576 . G C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:5,0:1,0 0/1:.:9:5,4:3,3:2,1 +chr7 136206888 . G T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0095459 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:11,1:4,0:7,1 0/1:.:13:2,5:1,2:1,3 +chr7 138036035 . T TAC . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03378;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:16,2:4,0 0/1:.:15:9,6:7,5:2,1 +chr7 138284350 . T TCACA . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088417;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:11:6,4:5,3:1,1 +chr7 138777631 . AAT A . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065226;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:22,2:10,1:12,1 0/1:.:17:9,8:6,4:3,4 +chr7 140468002 . C CAAAAA . PASS DP=18;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02028;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,1:5,1:2,0 0/1:.:10:2,6:0,3:2,3 +chr7 142101908 . C CA . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035372;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:12,2:6,0 0/1:.:15:8,6:6,5:2,1 +chr7 143177564 . T TGATAGATA . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0065226;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:22,2:12,1:10,1 0/1:.:25:9,8:8,5:1,3 +chr7 144149753 . G GATAT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016624;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:3,0:5,1 0/1:.:14:5,9:2,4:3,5 +chr7 144156173 . A AG . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03835;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:26:18,2:12,2:6,0 0/1:.:15:4,4:1,2:3,2 +chr7 144357378 . G A . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0098051 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:10,1:12,0 0/1:.:8:4,4:1,1:3,3 +chr7 144357390 . T C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022989 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:8,0:12,0 0/1:.:9:6,3:2,1:4,2 +chr7 144859651 . ACGCG A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0046858;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:26,1:9,1:17,0 0/1:.:11:6,5:1,4:5,1 +chr7 145138094 . G A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015152 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:4,1:2,1:2,0 1/1:.:15:0,6:0,2:0,4 +chr7 146872162 . ATT A . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0031331;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:17,1:13,0:4,1 0/1:.:16:7,8:4,4:3,4 +chr7 153506125 . TGA T . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.003045;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:10,0:15,0 0/1:.:18:12,6:3,5:9,1 +chr7 154374605 . T TTTTTTCTTTTTTTTC . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015843;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:19,2:7,2:12,0 0/1:.:17:8,7:5,4:3,3 +chr7 154580176 . T C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041353 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:17,1:7,1:10,0 0/1:.:15:1,2:0,1:1,1 +chr7 155027137 . CT C . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031674;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,1:5,1:4,0 0/1:.:11:3,5:2,4:1,1 +chr7 156049329 . AAAG A . PASS DP=22;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028708;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:9,0:3,0 0/1:.:10:6,4:5,1:1,3 +chr7 156049334 . A AAAG . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0077031;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:12,1:10,0:2,1 0/1:.:9:1,4:1,4:0,0 +chr7 156948631 . GA G . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0049024;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:21,0:13,0 0/1:.:20:15,5:11,2:4,3 +chr7 158992976 . G GC . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044449;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:21,0:6,2 0/1:.:16:11,5:8,3:3,2 +chr8 152500 . G A . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.01971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:3,0:6,0 0/1:.:18:10,8:7,3:3,5 +chr8 1024380 . G A . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041563 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:15,0:4,1 0/1:.:12:7,4:6,1:1,3 +chr8 1816286 . CGA C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.086103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:4,0:15,0 0/1:.:24:20,4:3,3:17,1 +chr8 1955152 . A G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025708 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:10,0:5,0 0/1:.:16:11,5:4,2:7,3 +chr8 2024846 . C CAAA . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018626;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:7,1:1,1:6,0 0/1:.:29:9,15:4,13:5,2 +chr8 2323637 . G A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05418 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:0,0:9,0 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 +chr8 2471118 . G T . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.021073 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:5,0:10,0 0/1:.:15:10,5:5,1:5,4 +chr8 3833803 . T A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00020887 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:14,0:17,0 0/1:.:28:18,10:9,6:9,4 +chr8 4519932 . T TGTGTGC . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019748;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:11,1:8,1 0/1:.:31:17,11:14,5:3,6 +chr8 6003697 . G T . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:11,0:20,0 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 +chr8 6115237 . A G . 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T A . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13283 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:13,0:7,0 0/1:.:32:28,4:20,1:8,3 +chr8 28452938 . C T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14256 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:12,0:9,0 0/1:.:35:31,4:21,1:10,3 +chr8 29395144 . TTTTCTTTCTTTC T . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022413;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:20,1:7,1:13,0 0/1:.:24:14,7:6,2:8,5 +chr8 31230149 . TTTCCTTCC T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018691;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:15,1:6,1:9,0 0/1:.:18:7,6:3,4:4,2 +chr8 31809741 . G GT . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.055341;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:6,0:1,0 0/1:.:18:8,6:7,5:1,1 +chr8 32101481 . T A . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047619 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:5,0:2,0:3,0 1/1:.:20:0,2:0,0:0,2 +chr8 35277132 . C T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016295 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:18,0:17,0 0/1:.:21:17,4:12,2:5,2 +chr8 39722217 . GTATATATATATA G . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.025641;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:4,0:2,0:2,0 0/1:.:14:3,8:2,2:1,6 +chr8 41099075 . A AGTGT . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0033588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:24,2:12,2:12,0 0/1:.:28:16,12:9,7:7,5 +chr8 44118102 . T C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.068111 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:5,0:4,0 0/1:.:11:7,4:2,3:5,1 +chr8 44294108 . C A . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027042 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:27,2:19,1:8,1 0/1:.:18:12,6:8,4:4,2 +chr8 45929471 . T A . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029409 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:81:77,4:20,1:57,3 0/1:.:80:68,12:25,7:43,5 +chr8 45942180 . T A . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032706 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:28,2:15,1:13,1 0/1:.:24:17,7:12,2:5,5 +chr8 45961557 . A T . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020851 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:35,0:19,0:16,0 0/1:.:32:27,5:13,4:14,1 +chr8 46549874 . G GA . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:13,0:2,0 0/1:.:13:9,4:9,3:0,1 +chr8 54624443 . CAAAA C . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr8 56484996 . C CAA . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010394;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:5,1:4,0 0/1:.:14:4,8:0,7:4,1 +chr8 57409417 . TTTCTTTCTTTC T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043976;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:5,2:15,0 0/1:.:27:18,9:4,5:14,4 +chr8 60605828 . A AATAT . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0082407;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:32:27,3:15,1:12,2 0/1:.:24:14,10:5,6:9,4 +chr8 60749370 . C CA . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.22807;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:4,0:2,0 0/1:.:19:11,4:4,3:7,1 +chr8 61046323 . C G . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00018082 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:9,0:11,0 0/1:.:25:13,12:7,8:6,4 +chr8 63242247 . T TGTGTGTGTGTGTGTGTGTAA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.071318;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:7,0:14,0 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 +chr8 64044374 . CA C . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:12,0:9,0:3,0 0/1:.:17:7,5:5,4:2,1 +chr8 64044703 . G A . PASS DP=34;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.094203 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:10,0:9,0:1,0 0/1:.:18:10,4:10,3:0,1 +chr8 64127380 . TAC T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13974;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:12,0:8,0 0/1:.:33:29,4:22,2:7,2 +chr8 66435914 . CT C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=22;GPV=1;SPV=0.0059289;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:14,0:12,0:2,0 0/1:.:10:5,5:4,4:1,1 +chr8 67159852 . TTTTCTTTCTTTC T . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048889;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:14,0:2,0:12,0 0/1:.:19:10,4:0,1:10,3 +chr8 68991887 . T C . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016421 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:17,0:22,0 0/1:.:23:17,6:10,2:7,4 +chr8 69249673 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.02451 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:12,0:5,0:7,0 0/1:.:10:3,3:2,2:1,1 +chr8 70038079 . CAAAAAAAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12846;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,0:5,0:4,0 0/1:.:16:11,4:9,3:2,1 +chr8 74081645 . C T . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00050291 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:33,0:18,0:15,0 0/1:.:20:13,7:8,3:5,4 +chr8 74127768 . ATCCT A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069231;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:7,0:0,0:7,0 0/1:.:9:5,4:0,1:5,3 +chr8 74673887 . G GTA . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030805;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:16,1:11,0:5,1 0/1:.:20:12,7:4,4:8,3 +chr8 75446537 . A G . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21053 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:10,0:10,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr8 76125777 . G A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=33;GPV=1;SPV=0.00042977 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:24:15,9:5,4:10,5 +chr8 76290902 . G A . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018018 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:10,1:10,1 0/1:.:16:9,7:4,3:5,4 +chr8 77358645 . C A . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028638 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:5,1:4,0 0/1:.:10:4,6:3,4:1,2 +chr8 79535289 . CT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.21429;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:3,0:3,0:0,0 0/1:.:17:7,6:4,4:3,2 +chr8 83561853 . T G . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064403 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:19,0:12,0 0/1:.:33:29,4:12,1:17,3 +chr8 83614515 . C T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046549 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:20,1:6,1:14,0 0/1:.:23:15,6:3,1:12,5 +chr8 86096193 . C CTTTT . 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PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0010395 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:15,0:14,0 0/1:.:25:17,8:6,4:11,4 +chr8 96103865 . A AAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAG . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:14:4,0:2,0:2,0 0/1:.:13:5,4:5,4:0,0 +chr8 97600759 . A T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:10,0:3,0 0/1:.:10:6,2:4,1:2,1 +chr8 98869034 . G GGAAGGAAGGAAA . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039271;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:15,2:9,0 0/1:.:15:9,5:7,4:2,1 +chr8 99365515 . TC T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14555;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:6,0:11,0 0/1:.:29:25,4:17,3:8,1 +chr8 100319312 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07913 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:11,0:5,0:6,0 0/1:.:26:10,4:4,1:6,3 +chr8 101382854 . CTTTT C . 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PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038274;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:12,0:10,0 0/1:.:19:15,4:6,2:9,2 +chr8 123550420 . T TTA . PASS DP=47;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041011;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:13,0:12,0 0/1:.:22:18,4:8,1:10,3 +chr8 124746234 . A G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.030242 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:20,0:17,0 0/1:.:28:24,4:8,2:16,2 +chr8 124818995 . G A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12943 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:12,0:11,0 0/1:.:36:32,4:19,2:13,2 +chr8 127774642 . A AAGATAGAT . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03177;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:23,2:11,1:12,1 0/1:.:28:19,9:9,4:10,5 +chr8 128209370 . T C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031714 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:28,1:19,1:9,0 0/1:.:25:19,6:12,1:7,5 +chr8 128361689 . C CTCTTTCTT . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026316;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:9,1:2,0:7,1 0/1:.:16:5,7:1,3:4,4 +chr8 128548496 . TTA T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047124;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:20,0:10,0:10,0 0/1:.:19:15,4:3,2:12,2 +chr8 129349739 . A AATGAAATG . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037681;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:7,1:1,1:6,0 0/1:.:29:7,10:0,5:7,5 +chr8 133804433 . G T . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=38;GPV=1;SPV=0.00014106 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:13,0:10,0 0/1:.:33:19,14:12,6:7,8 +chr8 134164026 . T A . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1228 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:12,0:9,0 0/1:.:32:28,4:14,2:14,2 +chr8 137879516 . G T . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:3,0:1,0:2,0 0/1:.:31:1,2:0,1:1,1 +chr8 138066282 . T G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044477 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:13,0:4,0 0/1:.:16:12,4:9,2:3,2 +chr8 138762608 . AC A . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.039873;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:20,0:14,0 0/1:.:29:25,4:13,2:12,2 +chr8 139593207 . G A . PASS DP=101;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0045608 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:53:49,4:30,4:19,0 0/1:.:48:34,14:19,7:15,7 +chr8 139687460 . T A . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14737 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:6,0:6,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr8 140454640 . C CA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022136;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:7,0:4,0:3,0 0/1:.:17:6,7:1,6:5,1 +chr8 141445441 . G A . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043563 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:31,2:3,0:28,2 0/1:.:23:17,6:4,2:13,4 +chr8 142223309 . T C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.093333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,0:8,0:9,0 0/1:.:8:6,2:3,1:3,1 +chr8 142637894 . C T . PASS DP=77;SOMATIC;SS=2;SSC=43;GPV=1;SPV=4.1953e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:23,0:13,0 0/1:.:41:27,14:16,11:11,3 +chr8 143405337 . C G . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041383 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:24,0:11,0:13,0 0/1:.:39:24,5:10,3:14,2 +chr9 1035755 . CA C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.10738;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:12,0:13,0 0/1:.:35:31,4:10,2:21,2 +chr9 1557027 . C CTGTGTGTGTGTGTG . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.092308;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:6,0:4,0:2,0 0/1:.:13:5,4:3,3:2,1 +chr9 2115570 . A G . PASS DP=65;SOMATIC;SS=2;SSC=48;GPV=1;SPV=1.5561e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:43:43,0:24,0:19,0 0/1:.:22:13,9:6,5:7,4 +chr9 2206529 . T TA . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.06523;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:10,0:11,0 0/1:.:23:19,4:10,2:9,2 +chr9 3415061 . CATAT C . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040741;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:14,0:7,0:7,0 0/1:.:14:9,4:1,2:8,2 +chr9 3435802 . T TA . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=10;GPV=1;SPV=0.091949;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:4,0:3,0 0/1:.:17:11,6:9,4:2,2 +chr9 3900153 . G A . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035568 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:10,0:7,0 0/1:.:20:15,5:10,2:5,3 +chr9 6136536 . C G . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0094148 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:11,0:7,2 0/1:.:21:11,10:5,5:6,5 +chr9 6136585 . C G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019899 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:9,0:7,0 0/1:.:20:14,6:6,2:8,4 +chr9 11180963 . TACAC T . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.022595;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:17,1:14,1:3,0 0/1:.:19:9,6:8,4:1,2 +chr9 12120236 . CATAT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.17622;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:4,0:4,0:0,0 0/1:.:13:5,4:3,3:2,1 +chr9 12228513 . T G . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.0268 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:36:36,0:19,0:17,0 0/1:.:26:22,4:12,3:10,1 +chr9 13325284 . A AGTATTGTATT . 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PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.27198;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:4,0:1,0:3,0 0/1:.:15:8,4:5,3:3,1 +chr9 25437560 . G T . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016301 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:15,0:15,0 0/1:.:33:27,6:13,3:14,3 +chr9 26927127 . C CTTTTTTTTT . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020486;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:14,0:8,0:6,0 0/1:.:19:12,6:9,5:3,1 +chr9 27010485 . G GT . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023838;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:20,2:12,2:8,0 0/1:.:17:10,7:6,4:4,3 +chr9 27568086 . C CAAA . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018648;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:5,0:3,0:2,0 0/1:.:15:3,7:2,6:1,1 +chr9 30467391 . CA C . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060295;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:12,0:18,0 0/1:.:31:27,4:15,1:12,3 +chr9 30668218 . TAC T . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.000795;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:8,0:14,1 0/1:.:13:5,7:1,1:4,6 +chr9 33353683 . C CT . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032508;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:10,0:7,0:3,0 0/1:.:9:5,4:5,4:0,0 +chr9 33605339 . GTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTC G . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00095261;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:9,1:5,1:4,0 1/1:.:18:2,10:1,3:1,7 +chr9 37123194 . T G . PASS DP=74;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.3 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:7,0:3,0:4,0 0/1:.:34:7,2:1,1:6,1 +chr9 38833653 . A C . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.15766 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:11,0:6,0 0/1:.:21:18,3:12,2:6,1 +chr9 38967545 . C T . PASS DP=115;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017549 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:68:63,5:32,4:31,1 0/1:.:47:33,14:13,9:20,5 +chr9 38975542 . T C . PASS DP=98;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029466 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:47,5:16,0:31,5 0/1:.:46:34,12:15,3:19,9 +chr9 38986958 . C A . PASS DP=104;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.006405 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:62:57,5:30,4:27,1 0/1:.:42:30,12:17,7:13,5 +chr9 38986960 . AT A . PASS DP=104;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0082588;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:61:56,5:30,4:26,1 0/1:.:43:31,12:17,7:14,5 +chr9 39015483 . G A . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040231 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:31,1:23,1:8,0 0/1:.:36:29,7:24,6:5,1 +chr9 39041924 . T C . PASS DP=175;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0017971 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:92:88,4:50,2:38,2 0/1:.:83:67,16:46,7:21,9 +chr9 39069432 . A G . PASS DP=159;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043685 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:75:68,7:32,5:36,2 0/1:.:84:67,17:25,5:42,12 +chr9 39074615 . G C . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.056405 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:17,0:14,0 0/1:.:31:27,4:16,3:11,1 +chr9 39077390 . C G . PASS DP=69;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048616 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:35:34,1:18,0:16,1 0/1:.:34:28,6:11,2:17,4 +chr9 39078329 . G A . PASS DP=110;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.012807 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:64:62,2:39,2:23,0 0/1:.:46:38,8:17,7:21,1 +chr9 39515811 . G A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015172 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:16,1:12,1:4,0 0/1:.:13:7,6:5,4:2,2 +chr9 39809116 . C T . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049758 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:47,4:11,2:36,2 0/1:.:35:27,8:9,1:18,7 +chr9 40020183 . TAC T . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020443;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:7,0:20,0 0/1:.:25:20,5:8,2:12,3 +chr9 40020376 . C T . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010989 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:33:30,3:15,2:15,1 0/1:.:38:25,13:17,7:8,6 +chr9 40038733 . CAT C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.07056;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:23,0:13,0:10,0 0/1:.:26:22,4:11,3:11,1 +chr9 40925271 . T C . PASS DP=178;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04843 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:83,8:29,6:54,2 0/1:.:87:71,16:44,6:27,10 +chr9 40952568 . C T . PASS DP=120;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00052191 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:60,5:38,3:22,2 0/1:.:55:37,18:26,11:11,7 +chr9 40959824 . C G . PASS DP=144;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042638 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:87:85,2:40,1:45,1 0/1:.:57:51,6:25,5:26,1 +chr9 40965059 . C T . PASS DP=141;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046114 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:71:69,2:43,1:26,1 0/1:.:70:62,8:37,3:25,5 +chr9 41000032 . G A . PASS DP=134;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020574 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:65:64,1:35,1:29,0 0/1:.:69:61,8:31,7:30,1 +chr9 41111345 . T A . PASS DP=134;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023364 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:74:68,6:39,1:29,5 0/1:.:60:47,13:27,4:20,9 +chr9 41111435 . G A . PASS DP=167;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.026048 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:89:82,7:44,3:38,4 0/1:.:78:63,15:34,7:29,8 +chr9 41277175 . C G . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:3,0:22,0 0/1:.:28:24,4:1,0:23,4 +chr9 41295628 . C G . PASS DP=161;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00022614 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:91:84,7:31,4:53,3 0/1:.:70:49,21:17,12:32,9 +chr9 41305679 . G A . PASS DP=152;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044651 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:77:75,2:42,1:33,1 0/1:.:75:67,8:40,4:27,4 +chr9 41544760 . C T . PASS DP=39;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.028936 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:19,0:3,0 0/1:.:17:13,4:12,4:1,0 +chr9 41554397 . T A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:13,0:0,0 0/1:.:13:9,4:9,4:0,0 +chr9 41668648 . G A . PASS DP=111;SOMATIC;SS=2;SSC=28;GPV=1;SPV=0.0015208 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:66:61,5:28,2:33,3 0/1:.:45:31,14:13,4:18,10 +chr9 41804189 . T C . PASS DP=98;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0028074 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:56:51,5:26,5:25,0 0/1:.:42:28,14:12,12:16,2 +chr9 41834472 . C T . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13473 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:12,0:12,0:0,0 0/1:.:20:16,4:16,4:0,0 +chr9 41906869 . G A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11288 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:0,0:25,0 0/1:.:36:32,4:0,0:32,4 +chr9 41958980 . A G . PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.058162 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:5,0:11,0 0/1:.:17:13,4:5,1:8,3 +chr9 41960038 . G A . PASS DP=101;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049589 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:46,5:25,1:21,4 0/1:.:50:38,12:20,8:18,4 +chr9 42236367 . G A . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0038304 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:42:39,3:26,2:13,1 0/1:.:40:27,13:19,9:8,4 +chr9 42413315 . G GT . PASS DP=80;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046951;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:40,1:21,0:19,1 0/1:.:39:33,6:10,2:23,4 +chr9 42822903 . A G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046146 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/1:.:20:18,2:11,1:7,1 0/1:.:15:9,6:5,2:4,4 +chr9 42826301 . T C . PASS DP=53;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.069922 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:9,0:16,0 0/1:.:28:24,4:13,2:11,2 +chr9 43277234 . CTG C . PASS DP=102;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0092325;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:56:52,4:29,4:23,0 0/1:.:46:34,12:16,8:18,4 +chr9 43298300 . G C . PASS DP=97;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.04041 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:52:48,4:23,3:25,1 0/1:.:45:35,10:17,4:18,6 +chr9 43456423 . A T . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.13333 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:3,0:10,0 0/1:.:8:6,2:0,0:6,2 +chr9 43498061 . G C . PASS DP=86;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011784 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:45:42,3:6,1:36,2 0/1:.:41:30,11:4,6:26,5 +chr9 43921902 . G A . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11077 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:17,0:17,0:0,0 0/1:.:9:7,2:7,2:0,0 +chr9 44061224 . T A . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.016828 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:29,3:3,2:26,1 0/1:.:25:16,9:3,8:13,1 +chr9 44281506 . G A . 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CTTTTTTTTCTTTTTTTTTT C . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.044851;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:4,0:5,1 0/1:.:16:8,8:2,4:6,4 +chrX 14037728 . C CA . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03913;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:13,0:8,0:5,0 0/1:.:12:8,4:5,3:3,1 +chrX 15026979 . TTCTCTC T . PASS DP=38;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0036482;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:13,1:4,1:9,0 0/1:.:22:6,9:2,5:4,4 +chrX 16333900 . C CTT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.015905;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,1:7,1:1,0 0/1:.:12:4,8:3,6:1,2 +chrX 16587503 . A AT . PASS DP=41;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011433;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:16,0:7,0 0/1:.:18:13,5:9,2:4,3 +chrX 19703696 . CTG C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.033935;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:14,1:7,1:7,0 0/1:.:29:15,9:10,5:5,4 +chrX 22379030 . CTTT C . 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PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015597 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:22,1:12,0:10,1 0/1:.:33:23,10:15,2:8,8 +chrX 32394921 . A AAAAAAAAAC . PASS DP=26;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.11304;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:9,0:6,0:3,0 0/1:.:15:10,4:7,3:3,1 +chrX 34043278 . C T . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.064526 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:31:27,4:12,1:15,3 +chrX 34667882 . G C . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037551 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:12,0:13,0 0/1:.:29:24,5:12,2:12,3 +chrX 35352707 . C A . PASS DP=82;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.031177 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:40:40,0:24,0:16,0 0/1:.:42:37,5:16,4:21,1 +chrX 35859544 . T A . PASS DP=71;SOMATIC;SS=2;SSC=38;GPV=1;SPV=0.00013979 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:12,0:20,0 0/1:.:39:26,13:14,9:12,4 +chrX 41018561 . AT A . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049808;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:15,0:8,0:7,0 0/1:.:15:11,4:5,2:6,2 +chrX 42276056 . TACAC T . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.014757;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:5,0:3,0 0/1:.:14:6,7:5,6:1,1 +chrX 44349974 . TTC T . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.14143;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:3,0:8,0 0/1:.:19:15,4:7,1:8,3 +chrX 44504233 . T G . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=30;GPV=1;SPV=0.00099051 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:18,0:20,0 0/1:.:37:28,9:7,5:21,4 +chrX 47786000 . T C . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.045366 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:8,1:4,0 0/1:.:29:18,11:7,6:11,5 +chrX 50864053 . C CTTT . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032869;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:14,1:9,1:5,0 0/1:.:8:4,4:2,3:2,1 +chrX 52078134 . TA T . PASS DP=46;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.004145;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:21:21,0:12,0:9,0 0/1:.:25:17,8:6,5:11,3 +chrX 53705975 . G A . PASS DP=61;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.03385 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:16,0:13,0 0/1:.:32:27,5:15,3:12,2 +chrX 54876276 . A T . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0025527 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:18,0:9,0 0/1:.:28:20,8:9,4:11,4 +chrX 56925486 . T A . PASS DP=59;SOMATIC;SS=2;SSC=57;GPV=1;SPV=1.944e-06 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:30:30,0:15,0:15,0 0/1:.:29:14,15:9,7:5,8 +chrX 57466158 . A C . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.050612 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:6,0:10,0 0/1:.:16:12,4:7,2:5,2 +chrX 57516019 . AT A . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0025362;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:17,1:13,0:4,1 0/1:.:30:16,14:8,8:8,6 +chrX 58948897 . G A . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035088 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:1,0:10,0 0/1:.:10:6,4:0,0:6,4 +chrX 60406610 . G A . PASS DP=125;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.046332 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:75:69,6:24,2:45,4 0/1:.:50:40,10:13,2:27,8 +chrX 61167576 . G T . PASS DP=105;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032769 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:55:53,2:13,0:40,2 0/1:.:50:42,8:21,3:21,5 +chrX 61341924 . T A . PASS DP=102;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020515 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:51:48,3:34,0:14,3 0/1:.:51:40,11:22,2:18,9 +chrX 62916769 . A T . PASS DP=75;SOMATIC;SS=2;SSC=65;GPV=1;SPV=2.5777e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:41:41,0:19,0:22,0 0/1:.:34:18,16:9,6:9,10 +chrX 63217312 . A G . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.010792 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:19,0:9,0:10,0 0/1:.:18:10,5:1,1:9,4 +chrX 68592885 . TATTA T . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=8;GPV=1;SPV=0.12846;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:15:11,4:2,3:9,1 +chrX 71021787 . A C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.042246 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:11,0:15,0 0/1:.:40:34,6:15,2:19,4 +chrX 71172639 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.032955 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:37:37,0:22,0:15,0 0/1:.:29:25,4:16,3:9,1 +chrX 72172701 . CAA C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.20979;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:18:4,0:3,0:1,0 0/1:.:25:6,4:3,1:3,3 +chrX 72741616 . T C . PASS DP=50;SOMATIC;SS=2;SSC=21;GPV=1;SPV=0.0063526 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:27:27,0:11,0:16,0 0/1:.:23:17,6:7,5:10,1 +chrX 77121961 . G A . PASS DP=36;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.040404 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:12,0:7,0 0/1:.:17:13,4:4,3:9,1 +chrX 79838647 . G GATTATATATATAT . PASS DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034533;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:12,1:9,0:3,1 0/1:.:12:5,5:3,3:2,2 +chrX 81417054 . T C . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.003548 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:11,0:15,0 0/1:.:34:25,9:15,4:10,5 +chrX 83091207 . T C . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=4;GPV=1;SPV=0.35217 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:4,0:3,0:1,0 0/1:.:28:11,4:6,3:5,1 +chrX 85044272 . A G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.062015 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:26,0:13,0:13,0 0/1:.:37:32,5:21,3:11,2 +chrX 85535286 . AAAAAG A . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=24;GPV=1;SPV=0.0035851;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:18,1:15,0:3,1 0/1:.:30:17,13:15,7:2,6 +chrX 86654260 . C G . PASS DP=35;SOMATIC;SS=2;SSC=32;GPV=1;SPV=0.00054683 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:10,0:9,0 0/1:.:16:8,8:3,3:5,5 +chrX 87205365 . G GA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037648;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:17:12,1:9,1:3,0 0/1:.:20:9,7:7,4:2,3 +chrX 88153701 . CAAAAAAA C . PASS DP=29;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.076023;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:5,0:3,0 0/1:.:18:9,5:3,4:6,1 +chrX 88291200 . A G . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.039683 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:4,0:2,0:2,0 1/1:.:19:1,4:1,2:0,2 +chrX 88972956 . C CAT . PASS DP=52;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019226;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:26:24,2:15,2:9,0 0/1:.:26:17,9:10,6:7,3 +chrX 90225678 . A T . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.049536 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:9,1:6,0:3,1 0/1:.:9:4,5:3,4:1,1 +chrX 90288143 . C CTTT . PASS DP=54;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0088935;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:19,2:13,1:6,1 0/1:.:32:17,13:8,5:9,8 +chrX 91126593 . 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PASS DP=33;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038324;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:4,1:8,0 0/1:.:20:11,8:2,5:9,3 +chrX 100761222 . A AAAATAAATAAATAAATAAAT . PASS DP=30;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.018634;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:12,0:7,0:5,0 0/1:.:15:7,5:1,3:6,2 +chrX 101005883 . A C . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=5;GPV=1;SPV=0.3 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:8:7,0:4,0:3,0 0/1:.:16:7,2:1,1:6,1 +chrX 101277151 . CA C . PASS DP=20;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029799;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:9,0:4,0:5,0 0/1:.:11:6,5:4,4:2,1 +chrX 104874285 . T C . PASS DP=48;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.05461 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:11,0:13,0 0/1:.:24:20,4:7,1:13,3 +chrX 106594129 . C T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=27;GPV=1;SPV=0.0016308 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:25,0:13,0:12,0 0/1:.:24:16,8:9,2:7,6 +chrX 110890534 . T C . PASS DP=66;SOMATIC;SS=2;SSC=68;GPV=1;SPV=1.3952e-07 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:38,0:24,0:14,0 0/1:.:28:13,15:4,10:9,5 +chrX 116556794 . T C . PASS DP=27;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.047826 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:12,1:9,1:3,0 0/1:.:14:8,6:6,5:2,1 +chrX 119340429 . GTATA G . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.029563;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:13,1:8,1:5,0 0/1:.:16:9,7:7,5:2,2 +chrX 119457100 . AAGAAAAAGGAAG A . PASS DP=42;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013669;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:16,0:7,0 0/1:.:19:14,5:9,3:5,2 +chrX 123169882 . C T . PASS DP=62;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00011169 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:13,0:15,0 0/1:.:34:21,13:10,7:11,6 +chrX 123184094 . T TTCTCTC . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.031674;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:15:9,1:5,1:4,0 0/1:.:9:3,5:2,4:1,1 +chrX 123259515 . A G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=11;GPV=1;SPV=0.077856 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:11,0:18,0 0/1:.:34:30,4:11,2:19,2 +chrX 123431027 . T TACACACAC . PASS DP=44;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.0001705;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:11,1:8,1:3,0 0/1:.:24:3,13:1,7:2,6 +chrX 123932936 . G A . PASS DP=73;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.038332 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:10,0:24,0 0/1:.:39:34,5:12,3:22,2 +chrX 124874612 . A G . PASS DP=67;SOMATIC;SS=2;SSC=36;GPV=1;SPV=0.00021342 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:13,0:16,0 0/1:.:38:25,13:13,7:12,6 +chrX 124920992 . CT C . PASS DP=43;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.048554;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:16:16,0:10,0:6,0 0/1:.:27:21,6:12,5:9,1 +chrX 127175813 . G C . PASS DP=56;SOMATIC;SS=2;SSC=20;GPV=1;SPV=0.0097742 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:23,0:11,0:12,0 0/1:.:33:25,8:11,2:14,6 +chrX 127666813 . A T . PASS DP=58;SOMATIC;SS=2;SSC=39;GPV=1;SPV=0.00012278 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:34:34,0:23,0:11,0 0/1:.:24:15,9:8,4:7,5 +chrX 128384999 . C CA . PASS DP=45;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037623;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:7,1:4,1:3,0 0/1:.:22:6,9:2,8:4,1 +chrX 130391848 . C G . PASS DP=78;SOMATIC;SS=2;SSC=15;GPV=1;SPV=0.027273 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:39:39,0:21,0:18,0 0/1:.:39:34,5:25,2:9,3 +chrX 130840522 . A AAAAT . PASS DP=40;SOMATIC;SS=2;SSC=23;GPV=1;SPV=0.0048364;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:22:22,0:10,0:12,0 0/1:.:18:12,6:6,5:6,1 +chrX 130956396 . CA C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.037461;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,1:5,1:3,0 0/1:.:12:5,7:3,5:2,2 +chrX 131144327 . A T . PASS DP=49;SOMATIC;SS=2;SSC=42;GPV=1;SPV=5.6363e-05 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:24:24,0:11,0:13,0 0/1:.:25:13,12:7,5:6,7 +chrX 133096047 . A AT . PASS DP=25;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2066;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:10:6,0:2,0:4,0 0/1:.:15:10,4:5,2:5,2 +chrX 133139703 . C G . PASS DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=12;GPV=1;SPV=0.060128 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:28:28,0:15,0:13,0 0/1:.:29:25,4:14,1:11,3 +chrX 135000271 . TTCTCTC T . PASS DP=23;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.023537;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:11,0:2,0:9,0 0/1:.:12:7,5:5,3:2,2 +chrX 136523021 . C CA . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=26;GPV=1;SPV=0.0024264;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:18,1:17,1:1,0 0/1:.:17:7,8:4,6:3,2 +chrX 136663480 . T TTA . PASS DP=24;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034325;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,1:6,0:5,1 0/1:.:12:6,6:3,5:3,1 +chrX 136835630 . G A . PASS DP=19;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034965 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:11:8,0:6,0:2,0 0/1:.:8:2,3:2,2:0,1 +chrX 136835631 . G C . PASS DP=21;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.043956 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:9,0:7,0:2,0 0/1:.:9:3,3:2,2:1,1 +chrX 139054904 . A G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015065 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:23:21,2:9,2:12,0 0/1:.:32:20,12:8,2:12,10 +chrX 140198031 . C CGTGTGTGTGTGT . PASS DP=32;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2488;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:13:6,0:4,0:2,0 0/1:.:19:12,4:7,2:5,2 +chrX 141053485 . G GT . PASS DP=88;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.015119;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:48:47,1:23,0:24,1 0/1:.:40:33,7:15,2:18,5 +chrX 141848048 . G T . PASS DP=64;SOMATIC;SS=2;SSC=37;GPV=1;SPV=0.00017351 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:32:32,0:15,0:17,0 0/1:.:32:21,11:9,2:12,9 +chrX 144614292 . C CTG . PASS DP=31;SOMATIC;SS=2;SSC=9;GPV=1;SPV=0.1037;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:12:11,0:8,0:3,0 0/1:.:19:12,4:9,3:3,1 +chrX 146144625 . AAAGAGAGTATGCTTT A . PASS DP=60;SOMATIC;SS=2;SSC=25;GPV=1;SPV=0.0030832;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:29:29,0:13,0:16,0 0/1:.:31:23,8:8,1:15,7 +chrX 146144641 . A G . PASS DP=63;SOMATIC;SS=2;SSC=29;GPV=1;SPV=0.0011851 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:31:31,0:15,0:16,0 0/1:.:32:23,9:10,1:13,8 +chrX 148581379 . CATAT C . PASS DP=103;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.041386;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:57:43,3:35,1:8,2 0/1:.:46:33,9:24,7:9,2 +chrX 150259453 . C T . PASS DP=17;SOMATIC;SS=2;SSC=6;GPV=1;SPV=0.2 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:9:8,0:6,0:2,0 0/1:.:8:5,2:0,0:5,2 +chrX 150423348 . C CTGTGTG . PASS DP=68;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034274;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:38:35,3:19,1:16,2 0/1:.:30:21,8:13,3:8,5 +chrX 150742816 . CA C . PASS DP=37;SOMATIC;SS=2;SSC=17;GPV=1;SPV=0.019656;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:19:19,0:16,0:3,0 0/1:.:18:13,5:6,4:7,1 +chrX 151394220 . T G . PASS DP=55;SOMATIC;SS=2;SSC=7;GPV=1;SPV=0.18462 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:25:6,0:2,0:4,0 0/1:.:30:6,3:4,2:2,1 +chrY 11114445 . CT C . PASS DP=198;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.025103;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:115:104,11:57,8:47,3 0/1:.:83:66,17:43,11:23,6 +chrY 11180197 . T A . PASS DP=51;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.035026 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:20:19,1:5,0:14,1 0/1:.:31:22,9:5,2:17,7 +chrY 11180229 . G T . 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A T . PASS DP=285;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.020174 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:151:144,7:60,2:84,5 0/1:.:134:118,16:66,6:52,10 +chrY 11283782 . G A . PASS DP=195;SOMATIC;SS=2;SSC=13;GPV=1;SPV=0.0414 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:99:93,6:50,0:43,6 0/1:.:96:82,14:43,8:39,6 +chrY 56876124 . CAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA C . PASS DP=170;SOMATIC;SS=2;SSC=19;GPV=1;SPV=0.011722;INDEL GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:100:67,1:40,1:27,0 0/1:.:70:45,7:30,5:15,2 +chrY 56879408 . T G . PASS DP=411;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024786 GT:GQ:DP:AD:ADF:ADR 0/0:.:235:219,16:88,8:131,8 0/1:.:176:153,23:57,8:96,15