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0
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1 #pdbqtcorrector2step.R prepare the out PDBQT file from pdbqtcorrector.R to run Vina
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2
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3 #!/usr/bin/env Rscript
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4 args = commandArgs(trailingOnly=TRUE)
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5
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6 if(length(args) < 2){
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7 stop("USE: Rscript pdbqtcorrector.R <receptor_name> <galaxy_file_pdbqt> <receptor_types>")
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8 }
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9
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10 #Argument definition
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11 receptor_name <- args[1]
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12 receptor_types_file_out <- args[3]
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13
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14 #Scan file
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15 original_file <- scan(args[1], what = character(), quiet = TRUE, na.strings = "NULLAJSKAJSFL")
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16
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17 #13FEB2019
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18 #In order to avoid col 1 and col 2 fussion, split by characters all words. Then paste characters fron col 1 in a word, and those for col 2, rest columns change by " "
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19
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20 buscador <- c()
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21 for(of in 1:length(original_file)){
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22 buscador <- c(buscador,strsplit(original_file[of], ""))
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23 }
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24
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25 fix_row_1 <- 0
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26 for(off in 1:length(buscador)){
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27 if(buscador[[off]][1] == "A"){
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28 if(length(buscador[[off]]) >= 3){
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29 if(buscador[[off]][2] == "T"){
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30 if(buscador[[off]][3] == "O"){
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31 if(buscador[[off]][4] == "M"){
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32 fix_row_1 <- fix_row_1 + 1
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33 buscador[[off]][1] <- paste(buscador[[off]][1], buscador[[off]][2], buscador[[off]][3], buscador[[off]][4], sep = "")
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34 if(length(buscador[[off]]) == 4){
|
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35 for(off1 in 2:length(buscador[[off]])){
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36 buscador[[off]][off1] <- ""
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37 }
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38 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){
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|
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39 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])]
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40
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41
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42 }
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|
43 }
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44 if(length(buscador[[off]]) > 4){
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45 var_aux <- c()
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46 for(off1 in 5:length(buscador[[off]])){
|
|
|
47 var_aux <- c(var_aux, paste(buscador[[off]][off1]))
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|
|
48 }
|
|
|
49 termino <- var_aux[1]
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|
50 for(ofu in 2:length(var_aux)){
|
|
|
51 termino <- paste(termino, var_aux[ofu], sep = "")
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|
52 }
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53
|
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|
54 buscador[[off]][2] <- termino
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55
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56 for(off1 in 3:length(buscador[[off]])){
|
|
|
57 buscador[[off]][off1] <- ""
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58 }
|
|
|
59 for(qu in 2:(length(buscador[[off]])-1)){
|
|
|
60 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])]
|
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61
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62
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63 }
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64 }
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65 }
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|
66 }
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67 }
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|
|
68 }
|
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|
69 }
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70 }
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71 #print(fix_row_1)
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72
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73
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74 fix_row_2 <- 0
|
|
|
75 for(off in 1:length(buscador)){
|
|
|
76 if(buscador[[off]][1] == "H"){
|
|
|
77 if(length(buscador[[off]]) >= 3){
|
|
|
78 if(buscador[[off]][2] == "E"){
|
|
|
79 if(buscador[[off]][3] == "T"){
|
|
|
80 if(buscador[[off]][4] == "A"){
|
|
|
81 if(buscador[[off]][5] == "T"){
|
|
|
82 if(buscador[[off]][6] == "M"){
|
|
|
83 fix_row_2 <- fix_row_2 + 1
|
|
|
84 buscador[[off]][1] <- paste(buscador[[off]][1], buscador[[off]][2], buscador[[off]][3], buscador[[off]][4], buscador[[off]][5], buscador[[off]][6], sep = "")
|
|
|
85 if(length(buscador[[off]]) == 6){
|
|
|
86 for(off1 in 2:length(buscador[[off]])){
|
|
|
87 buscador[[off]][off1] <- ""
|
|
|
88 }
|
|
|
89 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){
|
|
|
90 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])]
|
|
|
91
|
|
|
92
|
|
|
93 }
|
|
|
94 }
|
|
|
95 if(length(buscador[[off]]) > 6){
|
|
|
96 var_aux <- c()
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|
97 for(off1 in 7:length(buscador[[off]])){
|
|
|
98 var_aux <- c(var_aux, paste(buscador[[off]][off1]))
|
|
|
99 }
|
|
|
100 termino <- var_aux[1]
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|
|
101 for(ofu in 2:length(var_aux)){
|
|
|
102 termino <- paste(termino, var_aux[ofu], sep = "")
|
|
|
103 }
|
|
|
104
|
|
|
105 buscador[[off]][2] <- termino
|
|
|
106
|
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|
107 for(off1 in 3:length(buscador[[off]])){
|
|
|
108 buscador[[off]][off1] <- ""
|
|
|
109 }
|
|
|
110
|
|
|
111 for(qu in 2:(length(buscador[[off]])-1)){
|
|
|
112 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])]
|
|
|
113 }
|
|
|
114 }
|
|
|
115 }
|
|
|
116 }
|
|
|
117 }
|
|
|
118 }
|
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|
119 }
|
|
|
120 }
|
|
|
121 }
|
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|
122 }
|
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|
123 #print(fix_row_2)
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124
|
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125 fix_row_3 <- 0
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|
126 for(off in 1:length(buscador)){
|
|
|
127 if(buscador[[off]][1] == "T"){
|
|
|
128 if(length(buscador[[off]]) >= 3){
|
|
|
129 if(buscador[[off]][2] == "E"){
|
|
|
130 if(buscador[[off]][3] == "R"){
|
|
|
131 fix_row_3 <- fix_row_3 + 1
|
|
|
132 }
|
|
|
133 }
|
|
|
134 }
|
|
|
135 }
|
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|
136 }
|
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|
137 #print(fix_row_3)
|
|
|
138
|
|
|
139 final_row <- fix_row_1 + fix_row_2 + fix_row_3
|
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140
|
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141 #counter <- final_row
|
|
|
142 #print(counter)
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143
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144 # At this point roots "ATOM", "HETATM" and "TER" are isolated in case fusion. This step component differrent for those are pasted
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145 for(off in 1:length(buscador)){
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|
|
146 if(as.character(buscador[[off]][1]) != "ATOM" && buscador[[off]][1] != "HETATM"){
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|
147 #print(off)
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|
148 pegado <- buscador[[off]][1]
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|
149 for(fus in 2:length(buscador[[off]])){
|
|
|
150 if(length(buscador[[off]]) > 1){
|
|
|
151 pegado <- paste(pegado, buscador[[off]][fus], sep = "")
|
|
|
152 buscador[[off]][1] <- pegado
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|
|
153 }
|
|
|
154 }
|
|
|
155 if(length(buscador[[off]]) > 1){
|
|
|
156 for(qu in 1:(length(buscador[[off]])-1)){
|
|
|
157 buscador[[off]] <- buscador[[off]][-length(buscador[[off]])]
|
|
|
158 }
|
|
|
159 }
|
|
|
160 }
|
|
|
161 }
|
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|
162
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163
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164 # strsplit applied to the original_file return a list format. In this steps it is for changing list for vector format for buscador varible
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165
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|
166 total_original_file <- c()
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|
167 for(si in 1:length(buscador)){
|
|
|
168 total_original_file <- c(total_original_file, buscador[[si]])
|
|
|
169 }
|
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170 #13feb2019
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171
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|
172 original_file <- total_original_file
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|
173
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174 #Starts pdbqtcorrector
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175
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176 #Calculate first root word and "TER"
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177 for(e in 1:length(original_file)){
|
|
|
178 if(original_file[e] == "ATOM" || original_file[e] == "HETATM" || original_file[e] == "TER"){
|
|
|
179 k <- e
|
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180 break
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|
181 }
|
|
|
182 }
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183
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184 #Calculate the row number for table which conteins aligned x,y,z coordenates
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185 counter <- 0
|
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186 for(c in e:length(original_file)){
|
|
|
187 if(original_file[c] == "ATOM" || original_file[c] == "HETATM" || original_file[c] == "TER"){
|
|
|
188 counter <- counter + 1
|
|
|
189 }
|
|
|
190 }
|
|
|
191
|
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192 #Table to be fills in named tabla_ordenados
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193 tabla_ordenados <- matrix(1, nrow = (counter), ncol = 13)
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194
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195 #Calculate TER times and make a vector
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196 ele_ter_vector <- 1
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197 ter_vector <- c()
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198 k_position <- c()
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|
199 #ter_pos <- 0 #21sep2018
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|
200 for(o in 1:(length(original_file))){
|
|
|
201 if(original_file[o] =="TER"){
|
|
|
202 k_position <- c(k_position, o)
|
|
|
203 ter_pos <- o #21sep
|
|
|
204 for(g in o:(o+4)){
|
|
|
205 ter_vector <- c(ter_vector,original_file[g] )
|
|
|
206 }
|
|
|
207
|
|
|
208 }
|
|
|
209 }
|
|
|
210
|
|
|
211
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|
|
212 #Fill in the tabla_ordenados with values scaned until counter-1 since last row (ter) has diferent length and this could give you back an error
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213 for(i in 1:(counter-1)){
|
|
|
214 for(j in 1:13){
|
|
|
215 tabla_ordenados[i,j] <- original_file[k]
|
|
|
216 if(tabla_ordenados[i,13]=="ATOM" || tabla_ordenados[i,13]== "HETATM"|| tabla_ordenados[i,13]=="TER"){
|
|
|
217 corte <- c()
|
|
|
218 for(v in 4:12){
|
|
|
219 corte <- c(corte,tabla_ordenados[i,v])
|
|
|
220 }
|
|
|
221 coo_corte <- 1
|
|
|
222 tabla_ordenados[i,4] <- ""
|
|
|
223 for(m in 5:13){
|
|
|
224 tabla_ordenados[i,m] <- corte[coo_corte]
|
|
|
225 coo_corte <- coo_corte + 1
|
|
|
226 }
|
|
|
227 k <- k-1
|
|
|
228 }
|
|
|
229 # #################02julio2019################################
|
|
|
230
|
|
|
231 if(tabla_ordenados[i,12]=="ATOM" || tabla_ordenados[i,12]== "HETATM"|| tabla_ordenados[i,12]=="TER"){
|
|
|
232
|
|
|
233
|
|
|
234 #print("ENTERING")
|
|
|
235 #stop()
|
|
|
236
|
|
|
237 corte_2 <- c()
|
|
|
238 for(iv in 5:11){
|
|
|
239 corte_2 <- c(corte_2,tabla_ordenados[i,iv])
|
|
|
240 }
|
|
|
241
|
|
|
242 #print(corte_2)
|
|
|
243
|
|
|
244 first_number <- substr(corte_2[5], 1, 4)
|
|
|
245 second_number <- substr(corte_2[5], 5, 1000)
|
|
|
246
|
|
|
247
|
|
|
248
|
|
|
249 coo_corte_2 <- 1
|
|
|
250 tabla_ordenados[i,5] <- ""
|
|
|
251 tabla_ordenados[i,12] <- ""
|
|
|
252 tabla_ordenados[i,13] <- ""
|
|
|
253 for(im in 6:13){
|
|
|
254 tabla_ordenados[i,im] <- corte_2[coo_corte_2]
|
|
|
255 coo_corte_2 <- coo_corte_2 + 1
|
|
|
256 }
|
|
|
257 k <- k-2
|
|
|
258
|
|
|
259 tabla_ordenados[i,12] <- corte_2[6]
|
|
|
260 tabla_ordenados[i,10] <- first_number
|
|
|
261 tabla_ordenados[i,11] <- second_number
|
|
|
262
|
|
|
263
|
|
|
264
|
|
|
265
|
|
|
266 }
|
|
|
267
|
|
|
268
|
|
|
269
|
|
|
270 #################02julio2019################################
|
|
|
271
|
|
|
272
|
|
|
273 k <- k + 1
|
|
|
274 }
|
|
|
275 if(tabla_ordenados[i,1]=="TER"){
|
|
|
276 k <- k - 8
|
|
|
277 }
|
|
|
278 }
|
|
|
279
|
|
|
280 #Fill in TER row until last one
|
|
|
281 star_ter <- 2
|
|
|
282 mmm <- 1
|
|
|
283 for(ii in 1:counter){
|
|
|
284 if(tabla_ordenados[ii,1]=="TER"){
|
|
|
285 k <- k_position[mmm] + 4
|
|
|
286 mmm <- mmm + 1
|
|
|
287 y <- 2
|
|
|
288 for(l in star_ter:(star_ter+3)){
|
|
|
289 if(y%%3==0 && y!=6){
|
|
|
290 tabla_ordenados[ii,y] <- ""
|
|
|
291 y <- y + 1
|
|
|
292 tabla_ordenados[ii,y] <- ter_vector[l]
|
|
|
293 }
|
|
|
294 tabla_ordenados[ii,y] <- ter_vector[l]
|
|
|
295 y <- y +1
|
|
|
296 }
|
|
|
297 star_ter <- star_ter + 5
|
|
|
298 for(b in 7:13){
|
|
|
299 tabla_ordenados[ii,b] <- ""
|
|
|
300 }
|
|
|
301 }
|
|
|
302 }
|
|
|
303
|
|
|
304 ##Fill if last row is not TER root
|
|
|
305 if(ter_pos < (length(original_file)-14)){
|
|
|
306 tpnt <- 0
|
|
|
307 ntn <- length(original_file) - 12
|
|
|
308 for(jnt in 1:13){
|
|
|
309 tabla_ordenados[nrow(tabla_ordenados),jnt] <- original_file[ntn]
|
|
|
310
|
|
|
311 ntn <- ntn + 1
|
|
|
312 }
|
|
|
313 }
|
|
|
314
|
|
|
315 ##Fill in last row with TER row values ##
|
|
|
316 #ajustcel4 <-0
|
|
|
317 if(ter_pos > (length(original_file)-14)){
|
|
|
318 for(rtv in 1:length(ter_vector)){
|
|
|
319 ajustcel4 <- rtv #14nov2018
|
|
|
320 if(is.na(ter_vector[rtv])){
|
|
|
321 ajustcel4 <- rtv - 1
|
|
|
322 }
|
|
|
323 }
|
|
|
324
|
|
|
325 ter_vector_numeric <- strsplit(ter_vector[ajustcel4], "")
|
|
|
326
|
|
|
327 last_ter <- length(ter_vector)-4
|
|
|
328 if(length(ter_vector_numeric[[1]]) != 1){
|
|
|
329 if(length(ter_vector) < 5){
|
|
|
330
|
|
|
331 for(jj in 1:6){
|
|
|
332 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter]
|
|
|
333
|
|
|
334 if(jj%%3==0 && jj !=6 || jj == 4){ #he incluido el jj == 4
|
|
|
335 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
336 last_ter <- last_ter - 1
|
|
|
337 }
|
|
|
338 last_ter <- last_ter + 1
|
|
|
339 }
|
|
|
340 for(jj in 7:13){
|
|
|
341 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
342 }
|
|
|
343 }
|
|
|
344
|
|
|
345 if(length(ter_vector) >= 5){
|
|
|
346 for(jj in 1:7){
|
|
|
347 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter]
|
|
|
348 if(jj%%3==0 && jj !=6){ #he incluido el jj == 4
|
|
|
349 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
350 last_ter <- last_ter -1
|
|
|
351 }
|
|
|
352 last_ter <- last_ter + 1
|
|
|
353 }
|
|
|
354 for(jj in 8:13){
|
|
|
355 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
356 }
|
|
|
357 }
|
|
|
358 }
|
|
|
359
|
|
|
360 if(length(ter_vector_numeric[[1]]) == 1){
|
|
|
361 if(length(ter_vector) <= 5){
|
|
|
362
|
|
|
363 for(jj in 1:6){
|
|
|
364 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter]
|
|
|
365
|
|
|
366 if(jj%%3==0 && jj !=6 ){ #he incluido el jj == 4
|
|
|
367 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
368 last_ter <- last_ter - 1
|
|
|
369 }
|
|
|
370 last_ter <- last_ter + 1
|
|
|
371 }
|
|
|
372 for(jj in 7:13){
|
|
|
373 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
374 }
|
|
|
375 }
|
|
|
376
|
|
|
377 if(length(ter_vector) > 5){
|
|
|
378 for(jj in 1:7){
|
|
|
379 tabla_ordenados[counter,jj] <- ter_vector[last_ter]
|
|
|
380 if(jj%%3==0 && jj !=6){ #he incluido el jj == 4
|
|
|
381 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
382 last_ter <- last_ter -1
|
|
|
383 }
|
|
|
384 last_ter <- last_ter + 1
|
|
|
385 }
|
|
|
386 for(jj in 8:13){
|
|
|
387 tabla_ordenados[counter, jj] <- ""
|
|
|
388 }
|
|
|
389 }
|
|
|
390 }
|
|
|
391
|
|
|
392 }
|
|
|
393
|
|
|
394
|
|
|
395 #View(tabla_ordenados)
|
|
|
396
|
|
|
397 #19octubre2018
|
|
|
398
|
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|
399 #listacol11 <- matrix(0, nrow = nrow(tabla_ordenados), ncol = 1)
|
|
|
400 twopoint <- c()
|
|
|
401 for(dc11 in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
402 listacol11 <-strsplit(tabla_ordenados[dc11,11], "")
|
|
|
403
|
|
|
404 if(length(listacol11[[1]]) != 0){
|
|
|
405 num_poin <- 0
|
|
|
406 for(findpoint in 1:length(listacol11[[1]])){
|
|
|
407 if(listacol11[[1]][findpoint] == "."){
|
|
|
408 num_poin <- num_poin + 1
|
|
|
409 }
|
|
|
410 }
|
|
|
411 if(num_poin == 2){
|
|
|
412 twopoint <- c(twopoint, dc11)
|
|
|
413 unopto0 <- listacol11[[1]][1]
|
|
|
414 dospto0 <- listacol11[[1]][5]
|
|
|
415 for(div1pto in 2:4){
|
|
|
416 unopto0 <- paste(unopto0, listacol11[[1]][div1pto], sep = "")
|
|
|
417 }
|
|
|
418 for(div2pto in 6:length(listacol11[[1]])){
|
|
|
419 dospto0 <- paste(dospto0, listacol11[[1]][div2pto], sep = "")
|
|
|
420 }
|
|
|
421 #19oct2018 Voy a guardar cada fila en un vector para luego pegarlo
|
|
|
422 vec_guarfilas <- c()
|
|
|
423 for(vgf in 1:10){
|
|
|
424
|
|
|
425 if(tabla_ordenados[dc11,vgf] != ""){
|
|
|
426 vec_guarfilas <- c(vec_guarfilas, tabla_ordenados[dc11,vgf])
|
|
|
427 }
|
|
|
428 }
|
|
|
429 vec_guarfilas[10] <- unopto0
|
|
|
430 vec_guarfilas[11] <- dospto0
|
|
|
431 vec_guarfilas[12] <- tabla_ordenados[dc11,12]
|
|
|
432 vec_guarfilas[13] <- tabla_ordenados[dc11,13]
|
|
|
433
|
|
|
434 #print(vec_guarfilas)
|
|
|
435 for(mvc in 1:13){
|
|
|
436 tabla_ordenados[dc11,mvc] <- vec_guarfilas[mvc]
|
|
|
437 }
|
|
|
438
|
|
|
439 }
|
|
|
440 }
|
|
|
441 }
|
|
|
442
|
|
|
443 #View(tabla_ordenados)
|
|
|
444 #acaba 19octubre2018
|
|
|
445
|
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|
446
|
|
|
447
|
|
|
448 #Make a table containing for each cell the number of characters for each for the tabla_ordenados
|
|
|
449 tabla_ordenados_numcarac <- matrix(1, nrow = nrow(tabla_ordenados), ncol = ncol(tabla_ordenados))
|
|
|
450
|
|
|
451 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
452 for(j in 1:ncol(tabla_ordenados)){
|
|
|
453 caracteres <- strsplit(tabla_ordenados[i,j], "")
|
|
|
454 num_carac <- 0
|
|
|
455 # if(tabla_ordenados[i,j] == ""){
|
|
|
456 # num_carac <- ""
|
|
|
457 # }
|
|
|
458 #if(tabla_ordenados[i,j] != ""){
|
|
|
459 for(k in 1:length(caracteres[[1]])){
|
|
|
460 num_carac <- num_carac + 1
|
|
|
461 }
|
|
|
462 tabla_ordenados_numcarac[i,j] <- num_carac
|
|
|
463 #}
|
|
|
464 }
|
|
|
465 }
|
|
|
466 #View(tabla_ordenados_numcarac) #27mar2019
|
|
|
467
|
|
|
468 #################03julio2019###################3 ##
|
|
|
469
|
|
|
470 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
471
|
|
|
472 if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 3){
|
|
|
473 cambio_posicion5 <- tabla_ordenados[i,5]
|
|
|
474 tabla_ordenados[i,5] <- ""
|
|
|
475 tabla_ordenados_numcarac[i,5] <- 2
|
|
|
476 tabla_ordenados[i,4] <- cambio_posicion5
|
|
|
477 tabla_ordenados_numcarac[i,4] <- 3
|
|
|
478 }
|
|
|
479 }
|
|
|
480
|
|
|
481 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
482 if(tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
483 Aaposicion5 <- substr(tabla_ordenados[i,6], 1, 1)
|
|
|
484 cambio_posicion5 <- substr(tabla_ordenados[i,6], 2, 5)
|
|
|
485 tabla_ordenados[i,5] <- Aaposicion5
|
|
|
486 tabla_ordenados_numcarac[i,5] <- 1
|
|
|
487 tabla_ordenados[i,6] <- cambio_posicion5
|
|
|
488 tabla_ordenados_numcarac[i,6] <- 4
|
|
|
489 }
|
|
|
490 }
|
|
|
491
|
|
|
492 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
493 if(tabla_ordenados[i, 3] < 6 && tabla_ordenados[i, 4] == ""){
|
|
|
494 tabla_ordenados[i, 4] <- "XX"
|
|
|
495 }
|
|
|
496 }
|
|
|
497
|
|
|
498 #################03julio2019###################3 ##
|
|
|
499
|
|
|
500 # &&&&& 03sep2019 &&&&&&&&&&&&
|
|
|
501 if(tabla_ordenados_numcarac[counter,5] >= 5){
|
|
|
502 ter_5_col <- substr(tabla_ordenados[counter, 5], 1, 1)
|
|
|
503 ter_6_col <- substr(tabla_ordenados[counter, 5], 2, 1000)
|
|
|
504
|
|
|
505
|
|
|
506 tabla_ordenados[counter, 5] <- ter_5_col
|
|
|
507 tabla_ordenados[counter, 6] <- ter_6_col
|
|
|
508 }
|
|
|
509
|
|
|
510 # &&&&& 03sep2019 &&&&&&&&&&&&
|
|
|
511
|
|
|
512
|
|
|
513 ####····̣# &&&&& 30oct2019 &&&&&&&&&&&&
|
|
|
514 for(ac3 in 1:counter){
|
|
|
515 if(tabla_ordenados_numcarac[ac3,3] >= 7){
|
|
|
516 ter_3_col <- substr(tabla_ordenados[ac3, 3], 1, 4)
|
|
|
517 ter_4_col <- substr(tabla_ordenados[ac3, 3], 5, 1000)
|
|
|
518
|
|
|
519
|
|
|
520 tabla_ordenados[ac3, 3] <- ter_3_col
|
|
|
521 tabla_ordenados[ac3, 4] <- ter_4_col
|
|
|
522 tabla_ordenados_numcarac[ac3, 3] <- 4
|
|
|
523 tabla_ordenados_numcarac[ac3, 4] <- 3
|
|
|
524 }
|
|
|
525
|
|
|
526 }
|
|
|
527
|
|
|
528 ####····̣# &&&&& 30oct2019 &&&&&&&&&&&&
|
|
|
529
|
|
|
530
|
|
|
531
|
|
|
532
|
|
|
533
|
|
|
534 #:;:;:;:;:;:;:;:;________09septiembre2019. Remove line with "Na" in column 13 in tabla_ordenados and tabla_ordenados_numcarac
|
|
|
535
|
|
|
536 # quitar_fila <- 0
|
|
|
537 # for(ena in 1:counter){
|
|
|
538 # if(tabla_ordenados[ena,13] == "Na"){
|
|
|
539 # print(ena)
|
|
|
540 # tabla_ordenados_numcarac <- tabla_ordenados_numcarac[-ena,]
|
|
|
541 # ena <- ena - 1
|
|
|
542 # quitar_fila <- quitar_fila + 1
|
|
|
543 # counter <- counter - quitar_fila
|
|
|
544 #
|
|
|
545 # }
|
|
|
546 # }
|
|
|
547 #
|
|
|
548 # tabla_ordenados <- subset(tabla_ordenados, tabla_ordenados[,13] != "Na")
|
|
|
549
|
|
|
550 #:;:;:;:;:;:;:;:;________09septiembre2019
|
|
|
551
|
|
|
552 #View(tabla_ordenados)
|
|
|
553 #View(tabla_ordenados_numcarac)
|
|
|
554
|
|
|
555
|
|
|
556
|
|
|
557
|
|
|
558 #Fit spaces for write()
|
|
|
559 #Fit spaces for write()
|
|
|
560 #Pairwise 1col-2col con 1col == "ATOM"
|
|
|
561
|
|
|
562 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
|
|
|
563 linea <- c()
|
|
|
564 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4){
|
|
|
565 num_espacios <- 6
|
|
|
566 ajuste <- 0
|
|
|
567 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){
|
|
|
568 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
569 ajuste <- ajuste + 1
|
|
|
570 }
|
|
|
571 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
572 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste)
|
|
|
573 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2])
|
|
|
574 break
|
|
|
575 }
|
|
|
576 }
|
|
|
577 }
|
|
|
578
|
|
|
579 #1col == HETATM INI
|
|
|
580 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6){
|
|
|
581 num_espacios <- 4
|
|
|
582 ajuste <- 0
|
|
|
583 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){
|
|
|
584 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
585 ajuste <- ajuste + 1
|
|
|
586 }
|
|
|
587 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
588 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste)
|
|
|
589 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2])
|
|
|
590
|
|
|
591 ###21feb2019
|
|
|
592 if(tabla_ordenados_numcarac[i,2] == 5){
|
|
|
593 espacios <- rep(" ", (num_espacios-ajuste) + 1)
|
|
|
594 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2])
|
|
|
595 }
|
|
|
596 ###21feb2019
|
|
|
597
|
|
|
598 break
|
|
|
599 }
|
|
|
600 }
|
|
|
601 }
|
|
|
602 #1col == HETATM FIN
|
|
|
603
|
|
|
604 ##1col == TER INICIO
|
|
|
605 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){
|
|
|
606 num_espacios <- 7
|
|
|
607 ajuste <- 0
|
|
|
608 for(a in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,2])){
|
|
|
609 if(a != tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
610 ajuste <- ajuste + 1
|
|
|
611 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste)
|
|
|
612 }
|
|
|
613 if(a == tabla_ordenados_numcarac[i,2]){
|
|
|
614 espacios <- rep(" ", num_espacios-ajuste)
|
|
|
615 linea <- c(espacios, tabla_ordenados[i,2])
|
|
|
616 break
|
|
|
617 }
|
|
|
618 }
|
|
|
619 }
|
|
|
620 ##1col == TER FIN
|
|
|
621
|
|
|
622 ##Pairwise 2col-3col
|
|
|
623 linea2 <- c()
|
|
|
624 for(b in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,3])){
|
|
|
625 if(b < 4){
|
|
|
626 espacios2 <- rep(" ", 2)
|
|
|
627 }
|
|
|
628 if(b >= 4){
|
|
|
629 if(tabla_ordenados[i,4] == ""){
|
|
|
630 espacios2 <- rep(" ", 2)
|
|
|
631 }
|
|
|
632
|
|
|
633 if(tabla_ordenados[i,4]!= ""){
|
|
|
634 espacios2 <- rep(" ", 1)
|
|
|
635 }
|
|
|
636 }
|
|
|
637 }
|
|
|
638
|
|
|
639 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 8){
|
|
|
640 e_espacios2 <- length(espacios2)-1
|
|
|
641 espacios2 <- rep(" ",e_espacios2)
|
|
|
642
|
|
|
643
|
|
|
644 }
|
|
|
645
|
|
|
646 linea2 <- c(linea, espacios2, tabla_ordenados[i,3])
|
|
|
647
|
|
|
648 ###21feb2019
|
|
|
649 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,2] == 5){
|
|
|
650 espacios2 <- espacios2[-length(espacios2)]
|
|
|
651 linea2 <- c(linea, espacios2, tabla_ordenados[i,3])
|
|
|
652 }
|
|
|
653 ###21feb2019
|
|
|
654
|
|
|
655 ###Pairwise 3col-4col
|
|
|
656 linea3 <- c()
|
|
|
657
|
|
|
658 for(c in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,4])){
|
|
|
659
|
|
|
660 #28nov
|
|
|
661 if(c == 2){
|
|
|
662 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1){
|
|
|
663 espacios3 <- rep(" ", 2)
|
|
|
664 }
|
|
|
665 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2){
|
|
|
666 espacios3 <- rep(" ", 1)
|
|
|
667 }
|
|
|
668 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 6 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 1){
|
|
|
669 espacios3 <- rep(" ", 3)
|
|
|
670 }
|
|
|
671
|
|
|
672 #########21junio2019
|
|
|
673
|
|
|
674 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
675 espacios3 <- rep(" ", 2)
|
|
|
676 }
|
|
|
677 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
678 espacios3 <- rep(" ", 1)
|
|
|
679 }
|
|
|
680
|
|
|
681 ########21junio2019
|
|
|
682
|
|
|
683
|
|
|
684
|
|
|
685
|
|
|
686 }
|
|
|
687 #28nov. Hace falta corregir para el resto de HETATM
|
|
|
688
|
|
|
689
|
|
|
690 if(c == 3){
|
|
|
691 if(b == 1){
|
|
|
692 espacios3 <- rep(" ", 3)
|
|
|
693 }
|
|
|
694 if(b == 2){
|
|
|
695 espacios3 <- rep(" ", 2)
|
|
|
696 }
|
|
|
697 if(b >= 3){
|
|
|
698 espacios3 <- rep(" ", 1)
|
|
|
699 }
|
|
|
700 }
|
|
|
701 if(c == 4){
|
|
|
702 if(b == 1){
|
|
|
703 espacios3 <- rep(" ", 2)
|
|
|
704 }
|
|
|
705 if(b >= 2){
|
|
|
706 espacios3 <- rep(" ", 1)
|
|
|
707 }
|
|
|
708 }
|
|
|
709 #27mar2019 ######################################
|
|
|
710 if(c == 5){
|
|
|
711 if(b >= 2){
|
|
|
712 espacios3 <- rep("", 1)
|
|
|
713 }
|
|
|
714 }
|
|
|
715 #27mar2019 ######################################
|
|
|
716 }
|
|
|
717
|
|
|
718 linea3 <- c(linea2, espacios3, tabla_ordenados[i,4])
|
|
|
719 ####03julio2019####################### #####################
|
|
|
720 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
721 # linea3 <- c(linea2, " ", tabla_ordenados[i,4])
|
|
|
722 # }
|
|
|
723 ####03julio2019####################### #####################
|
|
|
724
|
|
|
725 #TER
|
|
|
726 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){
|
|
|
727 num_espacios4 <- 8
|
|
|
728 ajuste_t1 <- 0
|
|
|
729 for(l in 1:tabla_ordenados_numcarac[i,4]){
|
|
|
730 if(l != tabla_ordenados_numcarac[i,4]){
|
|
|
731 ajuste_t1 <-ajuste_t1 + 1
|
|
|
732 num_espacios4 <- 8 - ajuste_t1
|
|
|
733 }
|
|
|
734 if(l == tabla_ordenados_numcarac[i,4]){
|
|
|
735 num_espacios4 <- 8 - ajuste_t1
|
|
|
736 }
|
|
|
737 }
|
|
|
738 linea3 <- c(linea, rep(" ", num_espacios4), tabla_ordenados[i,4])
|
|
|
739
|
|
|
740 }
|
|
|
741
|
|
|
742 ####Pairwise 4col-5col
|
|
|
743 linea4 <- c()
|
|
|
744 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){
|
|
|
745 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 7){
|
|
|
746 linea4 <- c(linea3, tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
747 }
|
|
|
748 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] < 7){
|
|
|
749 linea4 <- c(linea3, " ", tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
750 ###18oct2018
|
|
|
751 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] >= 3 && tabla_ordenados[i,4] == ""){
|
|
|
752 linea4 <- c(linea2, " ", tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
753 }
|
|
|
754 ###18oct2018
|
|
|
755 }
|
|
|
756 #------------29julio2019--------------------#
|
|
|
757
|
|
|
758 if(isTRUE(tabla_ordenados[i,3] == "NA") && tabla_ordenados[i,4] == ""){
|
|
|
759 linea4 <- c(linea2, rep(" ", 6), tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
760 }
|
|
|
761
|
|
|
762
|
|
|
763 #------------29julio2019--------------------#
|
|
|
764 }
|
|
|
765
|
|
|
766
|
|
|
767
|
|
|
768
|
|
|
769 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){
|
|
|
770
|
|
|
771 linea4 <- c(linea3, " ", tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
772 ##
|
|
|
773 if(tabla_ordenados[i,4] == ""){
|
|
|
774 linea4 <- c(linea2,rep(" ", 4),tabla_ordenados[i,5])
|
|
|
775 }
|
|
|
776
|
|
|
777 ##
|
|
|
778
|
|
|
779
|
|
|
780 }
|
|
|
781
|
|
|
782 #####Pairwise 5col-6col. NO espacios4
|
|
|
783 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){
|
|
|
784 linea5 <-c()
|
|
|
785 for(d in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,6])){
|
|
|
786 if(d == 1){
|
|
|
787 espacios5 <- rep(" ", 3)
|
|
|
788 }
|
|
|
789 if(d == 2){
|
|
|
790 espacios5 <- rep(" ", 2)
|
|
|
791 }
|
|
|
792 if(d >= 3){
|
|
|
793 espacios5 <- rep(" ", 1)
|
|
|
794 }
|
|
|
795
|
|
|
796 ##################21junio2109#############
|
|
|
797
|
|
|
798 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
799 espacios5 <- rep(" ", 2)
|
|
|
800 }
|
|
|
801
|
|
|
802 ##################21junio2109#############
|
|
|
803 ###########03julio################ ############
|
|
|
804 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 3 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 2 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
805 #
|
|
|
806 # espacios5 <- ""
|
|
|
807 # }
|
|
|
808
|
|
|
809 ###########03julio################ ############
|
|
|
810
|
|
|
811
|
|
|
812 }
|
|
|
813 linea5 <- c(linea4, espacios5, tabla_ordenados[i,6])
|
|
|
814
|
|
|
815
|
|
|
816 }
|
|
|
817 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){
|
|
|
818 for(dd in 1:(tabla_ordenados_numcarac[i,6])){
|
|
|
819 if(dd == 1){
|
|
|
820 espacios55 <- rep(" ", 3)
|
|
|
821 }
|
|
|
822
|
|
|
823 #14nov
|
|
|
824 if(dd == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] == 3){
|
|
|
825 espacios55 <- rep(" ", 1)
|
|
|
826 }
|
|
|
827 #14nov
|
|
|
828
|
|
|
829 if(dd == 2){
|
|
|
830 espacios55 <- rep(" ", 2)
|
|
|
831 }
|
|
|
832 if(dd >= 3){
|
|
|
833 espacios55 <- rep(" ", 1)
|
|
|
834 }
|
|
|
835
|
|
|
836
|
|
|
837 }
|
|
|
838 linea5 <- c(linea4, espacios55, tabla_ordenados[i,6])
|
|
|
839
|
|
|
840 #------------------05sep2019------------#
|
|
|
841
|
|
|
842 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 1 && tabla_ordenados_numcarac[i,5] >= 5){
|
|
|
843 espacios55 <- rep(" ", 1)
|
|
|
844 linea5 <- c(linea4, espacios55, tabla_ordenados[i,6])
|
|
|
845 }
|
|
|
846
|
|
|
847 #------------------05sep2019------------#
|
|
|
848
|
|
|
849 }
|
|
|
850
|
|
|
851
|
|
|
852
|
|
|
853
|
|
|
854 ######Pairwise 6col-7col
|
|
|
855 linea6 <- c()
|
|
|
856 if(tabla_ordenados_numcarac[i,7] == 5){
|
|
|
857 espacios6 <- rep(" ", 7)
|
|
|
858 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
859
|
|
|
860 ###################21junio2109#################
|
|
|
861 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
862 espacios6 <- rep(" ", 6)
|
|
|
863 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
864 }
|
|
|
865
|
|
|
866 ###################21junio2109#################
|
|
|
867
|
|
|
868 ## 03julio2019 #########
|
|
|
869
|
|
|
870 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4){
|
|
|
871 espacios6 <- rep(" ", 6)
|
|
|
872 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
873 }
|
|
|
874
|
|
|
875 ## 03julio2019 #########
|
|
|
876
|
|
|
877
|
|
|
878 }
|
|
|
879
|
|
|
880 if(tabla_ordenados_numcarac[i,7] > 5){
|
|
|
881 out_spaces <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 5
|
|
|
882 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces))
|
|
|
883 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
884
|
|
|
885 ###################21junio2109#################
|
|
|
886 if(tabla_ordenados_numcarac[i,3] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 5){
|
|
|
887 out_spaces <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 4
|
|
|
888 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces))
|
|
|
889 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
890 }
|
|
|
891
|
|
|
892 ###################21junio2109#################
|
|
|
893 ## 03julio2019 #########
|
|
|
894
|
|
|
895 if(tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4 && tabla_ordenados_numcarac[i,6] == 4){
|
|
|
896 out_spaces_2 <- tabla_ordenados_numcarac[i,7] - 4
|
|
|
897 espacios6 <- rep(" ", (7-out_spaces_2))
|
|
|
898 linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
899 }
|
|
|
900
|
|
|
901 ## 03julio2019 #########
|
|
|
902
|
|
|
903
|
|
|
904 }
|
|
|
905
|
|
|
906 ######################################27mar2019
|
|
|
907 #
|
|
|
908 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] == 5){
|
|
|
909 # espacios6 <- rep(" ",5)
|
|
|
910 # linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
911 # }
|
|
|
912 #
|
|
|
913 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,4] > 5){
|
|
|
914 # espacios6 <- rep(" ",4)
|
|
|
915 # linea6 <-c(linea5, espacios6, tabla_ordenados[i,7])
|
|
|
916 # }
|
|
|
917
|
|
|
918 ######################################27mar2019
|
|
|
919
|
|
|
920
|
|
|
921 #######Pairwise 7col-8col
|
|
|
922 linea7 <- c()
|
|
|
923 ajuste3 <- 0
|
|
|
924 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] == 5){
|
|
|
925 espacios7 <- rep(" ", 3)
|
|
|
926 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8])
|
|
|
927 }
|
|
|
928 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] == 6){
|
|
|
929 espacios7 <- rep(" ", 2)
|
|
|
930 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8])
|
|
|
931 }
|
|
|
932 if(tabla_ordenados_numcarac[i,8] > 6){
|
|
|
933 espacios7 <- rep(" ", 1)
|
|
|
934 linea7 <-c(linea6, espacios7, tabla_ordenados[i,8])
|
|
|
935 }
|
|
|
936
|
|
|
937 ########Pairwise 8col-9col
|
|
|
938 linea8 <- c()
|
|
|
939 ajuste4 <- 0
|
|
|
940 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] == 5){
|
|
|
941 espacios8 <- rep(" ", 3)
|
|
|
942 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9])
|
|
|
943 }
|
|
|
944 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] == 6){
|
|
|
945 espacios8 <- rep(" ", 2)
|
|
|
946 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9])
|
|
|
947 }
|
|
|
948 if(tabla_ordenados_numcarac[i,9] > 6){
|
|
|
949 espacios8 <- rep(" ", 1)
|
|
|
950 linea8 <-c(linea7, espacios8, tabla_ordenados[i,9])
|
|
|
951 }
|
|
|
952
|
|
|
953 #########Pairwise 9col-10col
|
|
|
954 linea9 <- c()
|
|
|
955 if(tabla_ordenados_numcarac[i,10] == 4){
|
|
|
956 espacios9 <- rep(" ", 2)
|
|
|
957 linea9 <- c(linea8, espacios9, tabla_ordenados[i,10])
|
|
|
958 }
|
|
|
959 if(tabla_ordenados_numcarac[i,10] > 4){
|
|
|
960 espacios9 <- rep(" ", 1)
|
|
|
961 linea9 <- c(linea8, espacios9, tabla_ordenados[i,10])
|
|
|
962 }
|
|
|
963
|
|
|
964 ##########Pairwise 10col-11col
|
|
|
965 # linea10 <- c()
|
|
|
966 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 4){
|
|
|
967 # espacios10 <- rep(" ", 2)
|
|
|
968 # linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11])
|
|
|
969 # }
|
|
|
970 # if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] > 4){
|
|
|
971 # espacios10 <- rep(" ", 1)
|
|
|
972 # linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11])
|
|
|
973 # }
|
|
|
974 #22oct2018
|
|
|
975 ##########Pairwise 10col-11col
|
|
|
976 linea10 <- c()
|
|
|
977 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 4){
|
|
|
978 espacios10 <- rep(" ", 3)
|
|
|
979 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11])
|
|
|
980 }
|
|
|
981 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] == 5){
|
|
|
982 espacios10 <- rep(" ", 2)
|
|
|
983 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11])
|
|
|
984 }
|
|
|
985
|
|
|
986 if(tabla_ordenados_numcarac[i,11] > 5){
|
|
|
987 espacios10 <- rep(" ", 1)
|
|
|
988 linea10 <- c(linea9, espacios10, tabla_ordenados[i,11])
|
|
|
989 }
|
|
|
990 #22oct2018
|
|
|
991
|
|
|
992
|
|
|
993 ###########Pairwise 11col-12col
|
|
|
994 linea11 <- c()
|
|
|
995 if(tabla_ordenados_numcarac[i,12] == 5){
|
|
|
996 espacios11 <- rep(" ", 5)
|
|
|
997 linea11 <-c(linea10, espacios11, tabla_ordenados[i,12])
|
|
|
998 }
|
|
|
999 ajuste5 <- 0
|
|
|
1000 for(h in 6:tabla_ordenados_numcarac[i,12]){
|
|
|
1001 if(tabla_ordenados_numcarac[i,12] > 5){
|
|
|
1002 ajuste5 <- ajuste5 + 1
|
|
|
1003 espacios11 <- rep(" ", (5-ajuste5))
|
|
|
1004 ##espacios11 <- rep(" ", (5-ajuste5))
|
|
|
1005 linea11 <-c(linea10, espacios11, tabla_ordenados[i,12])
|
|
|
1006 }
|
|
|
1007 }
|
|
|
1008
|
|
|
1009 ############Pairwise 12col-13col
|
|
|
1010 linea12 <- c(linea11," ", tabla_ordenados[i,13])
|
|
|
1011
|
|
|
1012 #TER
|
|
|
1013 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] == 3){
|
|
|
1014 cabecera <- tabla_ordenados[i,1]
|
|
|
1015 for(w in 1:length(linea5)){
|
|
|
1016 cabecera <- paste(cabecera,linea5[w], sep = "")
|
|
|
1017 }
|
|
|
1018 #write(cabecera, file = "1z95_wo_198andwater_ph7_MOD.pdbqt", append = TRUE)
|
|
|
1019 write(cabecera, file = args[2], append = TRUE)
|
|
|
1020 }
|
|
|
1021
|
|
|
1022 #!= TER
|
|
|
1023 if(tabla_ordenados_numcarac[i,1] != 3){
|
|
|
1024 cabecera <- tabla_ordenados[i,1]
|
|
|
1025 for(w in 1:length(linea12)){
|
|
|
1026 cabecera <- paste(cabecera,linea12[w], sep = "")
|
|
|
1027 }
|
|
|
1028 #write(cabecera, file = "1z95_wo_198andwater_ph7_MOD.pdbqt", append = TRUE)
|
|
|
1029 write(cabecera, file = args[2], append = TRUE)
|
|
|
1030 }
|
|
|
1031 }
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1032
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1033 #21junio2019
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1034 # #### Make file receptor_atm_types.txt to be paste in the GPF file ###
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1035
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1036 prereceptor_atmtypes <- c()
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1037 for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
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1038 if(tabla_ordenados[i,13] != ""){
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1039 prereceptor_atmtypes <- c(prereceptor_atmtypes, tabla_ordenados[i,13])
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1040 }
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1041 }
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1042 #
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1043 receptor_atmtypes <- unique(prereceptor_atmtypes)
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1044 #
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1045
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1046 filtered_receptor <- c()
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1047 for(i in 1:length(receptor_atmtypes)){
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1048
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1049 #print(receptor_atmtypes[i])
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1050 #print(is.na(as.numeric(receptor_atmtypes[i])))
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1051
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1052 if(suppressWarnings(is.na(as.numeric(receptor_atmtypes[i])))){
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1053 filtered_receptor <- c(filtered_receptor, receptor_atmtypes[i])
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1054 }
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1055
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1056 }
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1057
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1058 receptor_atmtypes <- filtered_receptor
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1059
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1060 cabeceratm <- receptor_atmtypes[1]
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1061 for(rat in 2:length(receptor_atmtypes)){
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1062
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1063 cabeceratm <- paste(cabeceratm, receptor_atmtypes[rat], sep = " ")
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1064 }
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1065
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1066 write(cabeceratm, file = receptor_types_file_out, append = FALSE)
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1067
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1068
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1069 #21junio2019
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1070
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1071
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1072
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1073
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1074 # #::::::::06sep2019:::::::::::::::::#
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1075 #
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1076 # #Make the file receptor_types_file_out.txt removing duplicates and Na
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1077 # #21junio2019
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1078 #
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1079 # #
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1080 # prereceptor_atmtypes <- c()
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1081 # for(i in 1:nrow(tabla_ordenados)){
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1082 # if(tabla_ordenados[i,13] != ""){
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1083 # prereceptor_atmtypes <- c(prereceptor_atmtypes, tabla_ordenados[i,13])
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1084 # }
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1085 # }
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1086 # #
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1087 # # #print(prereceptor_atmtypes)
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1088 # #
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1089 # receptor_atmtypes <- unique(prereceptor_atmtypes)
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1090 # #21junio2019
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1091 #
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1092 # quitar <- 0
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1093 # for(i in 1:length(receptor_atmtypes)){
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1094 # if(isTRUE(receptor_atmtypes[i] == "Na")){
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1095 # quitar <- i
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1096 # break
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1097 # }
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1098 # }
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1099 #
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1100 # if(quitar == 0){
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1101 # cabeceratm <- receptor_atmtypes[1]
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1102 # for(rat in 2:length(receptor_atmtypes)){
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1103 # cabeceratm <- paste(cabeceratm, receptor_atmtypes[rat], sep = " ")
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1104 # }
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1105 #
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1106 # write(cabeceratm, file = "receptor_types_file_out.txt", append = FALSE)
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1107 # }
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1108 #
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1109 # if(quitar != 0){
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1110 # receptor_atmtypes <- receptor_atmtypes[-quitar]
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1111 # cabeceratm_types <- receptor_atmtypes[1]
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1112 # for(at_t in 2:length(receptor_atmtypes)){
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|
1113 # cabeceratm_types <- paste(cabeceratm_types, receptor_atmtypes[at_t], sep = " ")
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1114 # }
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1115 # write(cabeceratm_types, file = "receptor_types_file_out.txt", append = FALSE)
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1116 # }
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1117
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