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comparison ALFA/alfa_wrapper.sh @ 19:1239f24962d8 draft

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author charles-bernard
date Tue, 11 Oct 2016 11:08:33 -0400
parents a1e2ab10b317
children
comparison
equal deleted inserted replaced
18:a1e2ab10b317 19:1239f24962d8
1 #!usr/bin/bash 1 #!usr/bin/bash
2 2
3 ######################################################################################################### 3 #########################################################################################################
4 # ARGUMENTS FROM alfa_wrapper.xml # 4 # ARGUMENTS FROM alfa_wrapper.xml #
5 ######################################################################################################### 5 #########################################################################################################
6 configFile=$1; 6 galaxyRoot=$1;
7 logReport=$2; 7 toolDir=$2
8 configFile=$3;
9 logReport=$4;
8 sed -i -e '/^$/d; s/\t//g;' $configFile; 10 sed -i -e '/^$/d; s/\t//g;' $configFile;
9 printf "__________________________________________________________________\n\n" > $logReport 11 printf "__________________________________________________________________\n\n" > $logReport
10 printf " ALFA CONFIG \n" >> $logReport 12 printf " ALFA CONFIG \n" >> $logReport
11 printf "__________________________________________________________________\n" >> $logReport 13 printf "__________________________________________________________________\n" >> $logReport
12 cat $configFile >> $logReport 14 cat $configFile >> $logReport
66 fi 68 fi
67 69
68 ######################################################################################################### 70 #########################################################################################################
69 # CREATION OF A TMP DIRECTORY FOR THE OUTPUT FILES OF ALFA AND cd # 71 # CREATION OF A TMP DIRECTORY FOR THE OUTPUT FILES OF ALFA AND cd #
70 ######################################################################################################### 72 #########################################################################################################
71 outputDirectory=`mktemp -d /export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/database/tmp/tmpXXXXXX`; 73 outputDirectory=`mktemp -d "$galaxyRoot"/database/tmp/tmpXXXXXX`;
72 if [ -d $outputDirectory ]; then 74 if [ -d $outputDirectory ]; then
73 chmod -R ugo+wrx $outputDirectory; 75 chmod -R ugo+wrx $outputDirectory;
74 rm -R $outputDirectory; 76 rm -R $outputDirectory;
75 fi 77 fi
76 mkdir $outputDirectory; 78 mkdir $outputDirectory;
113 done 115 done
114 116
115 ######################################################################################################### 117 #########################################################################################################
116 # DETERMINATION OF THE APPROPRIATE SCRIPTS ARGUMENTS # 118 # DETERMINATION OF THE APPROPRIATE SCRIPTS ARGUMENTS #
117 ######################################################################################################### 119 #########################################################################################################
118 scriptPath="/export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/tools/alfa/"; 120 scriptPath="$toolDir/";
119 if [ "$annotationSource" == "index" ]; then 121 if [ "$annotationSource" == "index" ]; then
120 scriptInput="-g $index -i ""$readsInput"; 122 scriptInput="-g $index -i ""$readsInput";
121 elif [ "$annotationSource" == "built_in_index" ]; then 123 elif [ "$annotationSource" == "built_in_index" ]; then
122 scriptInput="-g $built_in_index_prefix -i ""$readsInput"; 124 scriptInput="-g $built_in_index_prefix -i ""$readsInput";
123 else 125 else