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diff ALFA/alfa_wrapper.sh @ 19:1239f24962d8 draft

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author charles-bernard
date Tue, 11 Oct 2016 11:08:33 -0400
parents a1e2ab10b317
children
line wrap: on
line diff
--- a/ALFA/alfa_wrapper.sh	Tue Oct 11 09:18:48 2016 -0400
+++ b/ALFA/alfa_wrapper.sh	Tue Oct 11 11:08:33 2016 -0400
@@ -3,8 +3,10 @@
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 # ARGUMENTS FROM alfa_wrapper.xml                                                                       #
 #########################################################################################################
-configFile=$1;
-logReport=$2;
+galaxyRoot=$1;
+toolDir=$2
+configFile=$3;
+logReport=$4;
 sed -i -e '/^$/d; s/\t//g;' $configFile;
 printf "__________________________________________________________________\n\n" > $logReport
 printf "                          ALFA CONFIG                             \n" >> $logReport
@@ -68,7 +70,7 @@
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 # CREATION OF A TMP DIRECTORY FOR THE OUTPUT FILES OF ALFA AND cd                                       #
 #########################################################################################################
-outputDirectory=`mktemp -d /export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/database/tmp/tmpXXXXXX`;
+outputDirectory=`mktemp -d "$galaxyRoot"/database/tmp/tmpXXXXXX`;
 if [ -d $outputDirectory ]; then
 	chmod -R ugo+wrx $outputDirectory;
 	rm -R $outputDirectory;
@@ -115,7 +117,7 @@
 #########################################################################################################
 # DETERMINATION OF THE APPROPRIATE SCRIPTS ARGUMENTS                                                    #
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-scriptPath="/export/home1/users/biocomp/chbernar/galaxy/tools/alfa/";
+scriptPath="$toolDir/";
 if [ "$annotationSource" == "index" ]; then
 	scriptInput="-g $index -i ""$readsInput";
 elif [ "$annotationSource" == "built_in_index" ]; then