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--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslator.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,130 +0,0 @@ -from .BiopythonTranslatorBase import BiopythonTranslatorBase - - -class BiopythonTranslator(BiopythonTranslatorBase): - """A translator from SeqRecords to dna_features_viewer GraphicRecord. - - This can be subclassed to create custom "themes" (see the example - ``custom_biopython_translator.py`` in the docs). - - This class is meant to be customized by subclassing and changing the - methods (``compute_feature_label``, etc.) and/or the attributes - (``default_feature_color`` etc). - - Attributes - ---------- - - default_feature_color = "#7245dc" - graphic_record_parameters - Dictionnary containing keyword arguments that will be passed to the - (Circular)GraphicRecord constructor - - ignored_features_types - A list or tuple of strings indicating all the feature types that should - always be ignored (i.e. not included in the graphic record) by the - translator - - label_fields - This list of strings provides the order in which the different - attributes of a Genbank feature will be considered, when automatically - determining the feature label. For instance if the list is - ["label", "source", "locus_tag"] and a feature has no label but has a - "source", the "source" will be displayed in the plots. - - Parameters - ---------- - - features_filters - List of filters (some_biopython_feature) => True/False. - Only features passing all the filters are kept. - This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` - - features_properties - A function (feature)=> properties_dict - - """ - - default_feature_color = "#7245dc" - ignored_features_types = () - label_fields = [ - "label", - "name", - "gene", - "product", - "source", - "locus_tag", - "note", - ] - - def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): - self.features_filters = features_filters - self.features_properties = features_properties - - def compute_feature_color(self, feature): - """Compute a color for this feature. - - If the feature has a ``color`` qualifier it will be used. Otherwise, - the classe's ``default_feature_color`` is used. - - To change the behaviour, create a subclass of ``BiopythonTranslator`` - and overwrite this method. - """ - if "color" in feature.qualifiers: - color = feature.qualifiers["color"] - if isinstance(color[0], str): - return "".join(feature.qualifiers["color"]) - else: - return color - else: - return self.default_feature_color - - def compute_feature_fontdict(self, feature): - """Compute a font dict for this feature.""" - return None - - def compute_feature_box_linewidth(self, feature): - """Compute a box_linewidth for this feature.""" - return 0.3 - - def compute_feature_box_color(self, feature): - """Compute a box_color for this feature.""" - return "auto" - - def compute_feature_label_link_color(self, feature): - """Compute the color of the line linking the label to its feature.""" - return "black" - - def compute_filtered_features(self, features): - """Return the list of features minus the ignored ones. - - By the method keeps any feature whose type is not in - ignored_features_types and for which all filter(f) pass - """ - return [ - f - for f in features - if all([fl(f) for fl in self.features_filters]) - and f.type not in self.ignored_features_types - ] - - def compute_feature_label(self, feature): - """Compute the label of the feature.""" - label = feature.type - for key in self.label_fields: - if key in feature.qualifiers and len(feature.qualifiers[key]): - label = feature.qualifiers[key] - break - if isinstance(label, list): - label = "|".join(label) - return label - - def compute_feature_linewidth(self, feature): - """Compute the edge width of the feature's arrow/rectangle.""" - return 1.0 - - def compute_feature_legend_text(self, feature): - return None - - def compute_feature_html(self, feature): - """Gets the 'label' of the feature.""" - return self.compute_feature_label(feature)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslatorBase.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,119 +0,0 @@ -from ..biotools import load_record -from ..GraphicRecord import GraphicRecord -from ..CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord -from ..GraphicFeature import GraphicFeature - - -class BiopythonTranslatorBase: - """Base class for all BiopythonTranslators. - - This class needs to be complemented with methods compute_feature_label, - compute_features_color, etc. to be usable. See BiopythonTranslator for - an example of minimal working subclass. - - Parameters - ---------- - - features_filters - List of filters (some_biopython_feature) => True/False. - Only features passing all the filters are kept. - This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` - - features_properties - A function (feature)=> properties_dict - - """ - graphic_record_parameters = {} - - def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): - self.features_filters = features_filters - self.features_properties = features_properties - - def translate_feature(self, feature): - """Translate a Biopython feature into a Dna Features Viewer feature.""" - properties = dict( - label=self.compute_feature_label(feature), - color=self.compute_feature_color(feature), - html=self.compute_feature_html(feature), - fontdict=self.compute_feature_fontdict(feature), - box_linewidth=self.compute_feature_box_linewidth(feature), - box_color=self.compute_feature_box_color(feature), - linewidth=self.compute_feature_linewidth(feature), - label_link_color=self.compute_feature_label_link_color(feature), - legend_text=self.compute_feature_legend_text(feature) - ) - if self.features_properties is not None: - other_properties = self.features_properties - if hasattr(other_properties, '__call__'): - other_properties = other_properties(feature) - properties.update(other_properties) - - return GraphicFeature( - start=feature.location.start, - end=feature.location.end, - strand=feature.location.strand, - **properties - ) - - def translate_record(self, record, record_class=None): - """Create a new GraphicRecord from a BioPython Record object. - - Parameters - ---------- - - record - A BioPython Record object or the path to a Genbank or a GFF file. - - record_class - The graphic record class to use, e.g. GraphicRecord (default) or - CircularGraphicRecord. Strings 'circular' and 'linear' can also be - provided. - """ - classes = { - "linear": GraphicRecord, - "circular": CircularGraphicRecord, - None: GraphicRecord, - } - if record_class in classes: - record_class = classes[record_class] - - if isinstance(record, str) or hasattr(record, 'read'): - record = load_record(record) - filtered_features = self.compute_filtered_features(record.features) - return record_class( - sequence_length=len(record), - sequence=str(record.seq), - features=[ - self.translate_feature(feature) - for feature in filtered_features - if feature.location is not None - ], - **self.graphic_record_parameters - ) - - @classmethod - def quick_class_plot(cls, record, figure_width=12, **kwargs): - """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. - - This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with - the "%matplotlib inline" setting. - - >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator - >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) - """ - graphic_record = cls().translate_record(record) - ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) - return ax - - def quick_plot(self, record, figure_width=12, **kwargs): - """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. - - This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with - the "%matplotlib inline" setting. - - >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator - >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) - """ - graphic_record = self.translate_record(record) - ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) - return ax
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BlackBoxlessLabelTranslator.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,13 +0,0 @@ -from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator - -class BlackBoxlessLabelTranslator(BiopythonTranslator): - """Translates Biopython records into GraphicRecords where annotations - appear black on a white background with no box. Which can be cleaner.""" - - def compute_feature_box_linewidth(self, feature): - """Return 0 as this translator doesn't show a box.""" - return 0 - - def compute_feature_box_color(self, feature): - """Return white.""" - return "white" \ No newline at end of file
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,4 +0,0 @@ -from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator -from .BlackBoxlessLabelTranslator import BlackBoxlessLabelTranslator - -__all__ = ["BiopythonTranslator", "BlackBoxlessLabelTranslator"] \ No newline at end of file
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/ArrowWedge.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,110 +0,0 @@ -"""Implements the missing Matplotlib ArrowWedge patch class. - -This is a plain arrow curved alongside a protion of circle, like you would -expect a circular genetic feature to look. -""" -import numpy as np -import matplotlib.patches as mpatches - - -class ArrowWedge(mpatches.Wedge): - """Matplotlib patch shaped as a tick fraction of circle with a pointy end. - - This is the patch used by CircularGraphicRecord to draw features. - - Parameters - ---------- - - center - Center of the circle around which the arrow-wedge is drawn. - - radius - Radius of the circle around which the arrow-wedge is drawn. - - theta1 - Start angle of the wedge - - theta2 - End angle of the wedge - - width - Width or thickness of the arrow-wedge. - - direction - Determines whether the pointy end points in direct sense (+1) or - indirect sense (-1) or no sense at all (0) - """ - - def __init__( - self, center, radius, theta1, theta2, width, direction=+1, **kwargs - ): - - self.direction = direction - self.radius = radius - mpatches.Wedge.__init__( - self, center, radius, theta1, theta2, width, **kwargs - ) - self._recompute_path() - - def _recompute_path(self): - """Recompute the full path forming the "tick" arrowed wedge - - This method overwrites "mpatches.Wedge._recompute_path" in the - super-class. - """ - - if self.direction not in [-1, +1]: - return mpatches.Wedge._recompute_path(self) - - theta1, theta2 = self.theta1, self.theta2 - arrow_angle = min(5, abs(theta2 - theta1) / 2) - normalized_arrow_width = self.width / 2.0 / self.radius - if self.direction == +1: - angle_start_arrow = theta1 + arrow_angle - arc = mpatches.Path.arc(angle_start_arrow, theta2) - outer_arc = arc.vertices[::-1] * (1 + normalized_arrow_width) - inner_arc = arc.vertices * (1 - normalized_arrow_width) - arrow_vertices = [ - outer_arc[-1], - np.array( - [np.cos(np.deg2rad(theta1)), np.sin(np.deg2rad(theta1))] - ), - inner_arc[0], - ] - else: - angle_start_arrow = theta2 - arrow_angle - arc = mpatches.Path.arc(theta1, angle_start_arrow) - outer_arc = ( - arc.vertices * (self.radius + self.width / 2.0) / self.radius - ) - inner_arc = ( - arc.vertices[::-1] - * (self.radius - self.width / 2.0) - / self.radius - ) - arrow_vertices = [ - outer_arc[-1], - np.array( - [np.cos(np.deg2rad(theta2)), np.sin(np.deg2rad(theta2))] - ), - inner_arc[0], - ] - p = np.vstack([outer_arc, arrow_vertices, inner_arc]) - - path_vertices = np.vstack([p, inner_arc[-1, :], (0, 0)]) - - path_codes = np.hstack( - [ - arc.codes, - 4 * [mpatches.Path.LINETO], - arc.codes[1:], - mpatches.Path.LINETO, - mpatches.Path.CLOSEPOLY, - ] - ) - path_codes[len(arc.codes)] = mpatches.Path.LINETO - - # Shift and scale the wedge to the final location. - path_vertices *= self.r - path_vertices += np.asarray(self.center) - self._path = mpatches.Path(path_vertices, path_codes)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/CircularGraphicRecord.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,171 +0,0 @@ -"""Implements the CircularGraphicRecord class. -""" - -import matplotlib.patches as mpatches -import numpy as np - -from ..GraphicRecord import GraphicRecord -from .ArrowWedge import ArrowWedge - - -class CircularGraphicRecord(GraphicRecord): - """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. - - Parameters - ---------- - - sequence_length - Length of the DNA sequence, in number of nucleotides - - features - list of GraphicalFeature objects. - - top_position - The index in the sequence that will end up at the top of the circle - - feature_level_height - Width in inches of one "level" for feature arrows. - - annotation_height - Width in inches of one "level" for feature annotations. - - labels_spacing - Distance in basepairs to keep between labels to avoid "quasi-collisions" - - **kw - Other keyword arguments - do not use, these parameters are allowed for - making it easier to use GraphicRecord and CircularGraphicRecord - interchangeably. - - """ - - default_elevate_outline_annotations = True - min_y_height_of_text_line = 0.1 - - def __init__( - self, - sequence_length, - features, - top_position=0, - feature_level_height=0.2, - annotation_height="auto", - labels_spacing=12, - **kw - ): - - self.radius = 1.0 - self.sequence_length = sequence_length - self.features = features - self.top_position = top_position - self.feature_level_height = feature_level_height - self.annotation_height = annotation_height - self.labels_spacing = labels_spacing - - def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler): - """Initialize the ax with a circular line, sets limits, aspect etc. - """ - - if draw_line: - circle = mpatches.Circle( - (0, -self.radius), self.radius, facecolor="none", edgecolor="k" - ) - ax.add_patch(circle) - ax.axis("off") - if with_ruler: - # only display the xaxis ticks - ax.set_frame_on(False) - ax.yaxis.set_visible(False) - ax.xaxis.tick_bottom() - else: - # don't display anything - ax.axis("off") - - ax.set_xlim(-1.1 * self.radius, 1.1 * self.radius) - ax.set_ylim(-self.radius, 3 * self.radius) - ax.set_aspect("equal") - - def finalize_ax( - self, - ax, - features_levels, - annotations_max_level, - auto_figure_height=False, - ideal_yspan=None, - annotations_are_elevated=True - ): - """Final display range and figure dimension tweakings.""" - annotation_height = self.determine_annotation_height( - annotations_max_level - ) - ymin = -2 * self.radius - self.feature_level_height * ( - features_levels + 1 - ) - ymax = ( - self.feature_level_height * (features_levels + 1) - + annotation_height * (annotations_max_level + 1) - ) - if ideal_yspan is not None: - ymax = max(annotation_height * ideal_yspan + ymin, ymax) - xmin = -self.radius - self.feature_level_height * (features_levels + 1) - xmax = -xmin - ax.set_xlim(xmin, xmax) - ax.set_ylim(ymin, ymax) - ratio = 1.0 * (ymax - ymin) / (xmax - xmin) - - if auto_figure_height: - figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] - ax.figure.set_size_inches(figure_width, figure_width * ratio) - - def plot_feature(self, ax, feature, level): - """Plot an ArrowWedge representing the feature at the giben height - level. - - - """ - a_start = self.position_to_angle(feature.start) - a_end = self.position_to_angle(feature.end) - a_start, a_end = sorted([a_start, a_end]) - r = self.radius + level * self.feature_level_height - patch = ArrowWedge( - center=(0, -self.radius), - radius=r, - theta1=a_start, - theta2=a_end, - width=0.7 * self.feature_level_height, - direction=feature.strand, - edgecolor=feature.linecolor, - linewidth=feature.linewidth, - facecolor=feature.color, - zorder=1, - ) - ax.add_patch(patch) - - def position_to_angle(self, position): - """Convert a sequence position into an angle in the figure.""" - a = 360.0 * (position - self.top_position) / self.sequence_length - return 90 - a - - def coordinates_in_plot(self, position, level): - """Convert a sequence position and height level to (x, y) coordinates. - """ - r = self.radius + level * self.feature_level_height - angle = self.position_to_angle(position) - rad_angle = np.deg2rad(angle) - return np.array( - [r * np.cos(rad_angle), r * np.sin(rad_angle) - self.radius] - ) - - def determine_annotation_height(self, max_annotations_level): - """Auto-select the annotations height. - - Annotation height is 0.2 at most, or else whatever will make - the figure a 5*radius tall rectangle where the circular plasmid - occupies the bottom-2 5th and the annotations occupy the top-3 5th. - """ - return min(0.25, 3.0 * self.radius / (1.0 + max_annotations_level)) - - def compute_padding(self, ax): - "" - ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width - xmin, xmax = ax.get_xlim() - return 3 * self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width) \ No newline at end of file
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord - -__all__ = ["CircularGraphicRecord"]
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicFeature.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,162 +0,0 @@ -from copy import deepcopy - -class GraphicFeature: - """Genetic Feature to be plotted. - - Parameters - ---------- - - start, end - Coordinates of the feature in the final sequence. - - strand - Directionality of the feature. can be +1/-1/0 for direct sense, - anti-sense, or no directionality. - - label - Short descriptive text associated and plotted with the feature - - color - Color of the feature, any Matplotlib-compatible format is accepted, - such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. - - linecolor - Color of the feature's border, any Matplotlib-compatible format is - accepted, such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. - - linewidth - Width of the line (=edge) surrounding the graphic feature, in pixels. - - thickness - Vertical span of the feature - - box_color - Color of the label box. Set to None for no box around the label. - Leave to "auto" for a box color that is a lightened version of the - feature's color. - - data - Any other keyword is kept into the feature.data[] dictionary. - - fontdict - A Matplotlib fontdict for the font to be used in the label, e.g. - ``size=11``, ``weight='bold'``, ``family='Helvetica'``, etc. - - open_left, open_right - Set to True if this feature does not end on the right or left because it - is a cropped version of a bigger feature. - - box_linewidth - Width of the line delimiting the text box when the annotation is outside - the graphic feature. Set to 0 for no box borders - - box_color - Background color of the annotation's text box. If left to "auto" the - color will be a lighter version of the feature's color. - - label_link_color - Color of the line linking the text annotation to its respective graphic - feature. Set to auto for the line to automatically be a darker version - of the feature's color. - """ - - feature_type = "feature" - - def __init__( - self, - start=None, - end=None, - strand=None, - label=None, - color="#000080", - thickness=14, - linewidth=1.0, - linecolor="#000000", - fontdict=None, - html=None, - open_left=False, - open_right=False, - box_linewidth=1, - box_color="auto", - legend_text=None, - label_link_color="black", - **data - ): - self.start = start - self.end = end - self.strand = strand - self.label = label - self.color = color - self.linecolor = linecolor - self.data = data - self.thickness = thickness - self.linewidth = linewidth - self.box_linewidth = box_linewidth - self.box_color = box_color - self.label_link_color = label_link_color - self.fontdict = dict( - [("fontsize", 11)] + list((fontdict or {}).items()) - ) - self.html = html - self.open_left = open_left - self.open_right = open_right - self.legend_text = legend_text - - def split_in_two(self, x_coord=0): - """Return two features by cutting this feature at x_coord.""" - copy1 = deepcopy(self) - copy2 = deepcopy(self) - copy1.end = x_coord - copy2.start = x_coord + 1 - return copy1, copy2 - - def crop(self, window): - """Return a the fragment of the feature that is in the window. - - If there is no overlap between the feature location and the window, - None is returned. - """ - s, e = window - if (s > self.end) or (e < self.start): - return None - copy = deepcopy(self) - if s > self.start: - copy.start = s - copy.open_left = True - if e < self.end: - copy.end = e - copy.open_right = True - return copy - - def overlaps_with(self, other): - """Return whether the feature's location overlaps with feature `other` - """ - loc1, loc2 = (self.start, self.end), (other.start, other.end) - loc1, loc2 = sorted(loc1), sorted(loc2) - loc1, loc2 = sorted([loc1, loc2], key=lambda loc: loc[0]) - return loc1[1] > loc2[0] - - @property - def length(self): - """Return the length of the feature (end-start)""" - return abs(self.end - self.start) - - @property - def x_center(self): - """Return the x-center of the feature, (start+end)/2""" - return 0.5 * (self.start + self.end - 1) - - @staticmethod - def from_biopython_feature(feature, **props): - """Create a GraphicalFeature from a Biopython.Feature object.""" - return GraphicFeature( - start=feature.location.start, - end=feature.location.end, - strand=feature.location.strand, - **props - ) - - def __repr__(self): - return ("GF(%(label)s, %(start)d-%(end)d " % self.__dict__) + ( - ")" if self.strand is None else "(%d))" % self.strand - )
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/BokehPlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,174 +0,0 @@ -try: - from bokeh.plotting import figure, ColumnDataSource - from bokeh.models import Range1d, HoverTool - - BOKEH_AVAILABLE = True -except ImportError: - BOKEH_AVAILABLE = False - -try: - import pandas as pd - - PANDAS_AVAILABLE = True -except ImportError: - PANDAS_AVAILABLE = False - -import matplotlib.pyplot as plt - - -class BokehPlottableMixin: - def bokeh_feature_patch( - self, - start, - end, - strand, - figure_width=5, - width=0.4, - level=0, - arrow_width_inches=0.05, - **kwargs - ): - """Return a dict with points coordinates of a Bokeh Feature arrow. - - Parameters - ---------- - - start, end, strand - - """ - hw = width / 2.0 - x1, x2 = (start, end) if (strand >= 0) else (end, start) - bp_per_width = figure_width / self.sequence_length - delta = arrow_width_inches / bp_per_width - if strand >= 0: - head_base = max(x1, x2 - delta) - else: - head_base = min(x1, x2 + delta) - result = dict( - xs=[x1, x1, head_base, x2, head_base, x1], - ys=[e + level for e in [-hw, hw, hw, 0, -hw, -hw]], - ) - result.update(kwargs) - return result - - def plot_with_bokeh(self, figure_width=5, figure_height="auto", tools="auto"): - """Plot the graphic record using Bokeh. - - Examples - -------- - - >>> - - - """ - if not BOKEH_AVAILABLE: - raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Bokeh installed.") - if not PANDAS_AVAILABLE: - raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Pandas installed.") - - # Set up default tools - if tools == "auto": - tools = [HoverTool(tooltips="@hover_html"), "xpan,xwheel_zoom,reset,tap"] - - # FIRST PLOT WITH MATPLOTLIB AND GATHER INFOS ON THE PLOT - ax, (features_levels, plot_data) = self.plot(figure_width=figure_width) - width, height = [int(100 * e) for e in ax.figure.get_size_inches()] - plt.close(ax.figure) - if figure_height == "auto": - height = int(0.5 * height) - else: - height = 100 * figure_height - height = max(height, 185) # Minimal height to see all icons - - max_y = max( - [data["annotation_y"] for f, data in plot_data.items()] - + list(features_levels.values()) - ) - - # BUILD THE PLOT () - plot = figure( - plot_width=width, - plot_height=height, - tools=tools, - x_range=Range1d(0, self.sequence_length), - y_range=Range1d(-1, max_y + 1), - ) - plot.patches( - xs="xs", - ys="ys", - color="color", - line_color="#000000", - source=ColumnDataSource( - pd.DataFrame.from_records( - [ - self.bokeh_feature_patch( - feature.start, - feature.end, - feature.strand, - figure_width=figure_width, - level=level, - color=feature.color, - label=feature.label, - hover_html=( - feature.html - if feature.html is not None - else feature.label - ), - ) - for feature, level in features_levels.items() - ] - ) - ), - ) - - if plot_data != {}: - plot.text( - x="x", - y="y", - text="text", - text_align="center", - text_font_size="12px", - text_font="arial", - text_font_style="normal", - source=ColumnDataSource( - pd.DataFrame.from_records( - [ - dict( - x=feature.x_center, - y=pdata["annotation_y"], - text=feature.label, - color=feature.color, - ) - for feature, pdata in plot_data.items() - ] - ) - ), - ) - plot.segment( - x0="x0", - x1="x1", - y0="y0", - y1="y1", - line_width=0.5, - color="#000000", - source=ColumnDataSource( - pd.DataFrame.from_records( - [ - dict( - x0=feature.x_center, - x1=feature.x_center, - y0=pdata["annotation_y"], - y1=pdata["feature_y"], - ) - for feature, pdata in plot_data.items() - ] - ) - ), - ) - - plot.yaxis.visible = False - plot.outline_line_color = None - plot.grid.grid_line_color = None - plot.toolbar.logo = None - - return plot
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/GraphicRecord.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,199 +0,0 @@ -from ..biotools import find_narrowest_text_wrap - -from Bio.Seq import Seq -from Bio.SeqRecord import SeqRecord -from Bio.SeqFeature import FeatureLocation, SeqFeature -from Bio.Alphabet import DNAAlphabet - -from .MatplotlibPlottableMixin import MatplotlibPlottableMixin -from .BokehPlottableMixin import BokehPlottableMixin - - -class GraphicRecord(MatplotlibPlottableMixin, BokehPlottableMixin): - """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. - - Parameters - ---------- - - sequence_length - Length of the DNA sequence, in number of nucleotides - - features - list of GraphicalFeature objects. - - feature_level_height - Width in inches of one "level" for feature arrows. - - annotation_height - Width in inches of one "level" for feature annotations. - - first_index - Indicates the first index to plot in case the sequence is actually a - subsequence of a larger one. For instance, if the Graphic record - represents the segment (400, 420) of a sequence, we will have - ``first_index=400`` and ``sequence_length=20``. - - plots_indexing - Indicates which standard to use to show nucleotide indices in the plots. - If 'biopython', the standard python indexing is used (starting at 0). - If 'genbank', the indexing follows the Genbank standard (starting at 1). - - labels_spacing - Number of pixels that will "pad" every labels to force some horizontal - space between two labels or between a label and the borders of a feature. - - ticks_resolution - Leave to "auto" for an auto-selected number of ticks on the ruler, or set - to e.g. 50 for a tick every 50 nucleotide. - - Attributes - ---------- - - default_font_family - Default font to use for a feature that doesn't declare a font. - - default_ruler_color - Default ruler color to use when no color is given at plot() time. - - default_box_color - Default box color for non-inline annotations. If set to None, no - boxes will be drawn unless the features declare a box_color. - If "auto", a color (clearer version of the feature's color) will be - computed, for all features also declaring their box_color as "auto". - - default_elevate_outline_annotations - Value to use for elevate_outline_annotations when no specific value is - given at ``graphic_record.plot(...)`` time. Set to true to have all - text annotations appears above all features, or false else. - """ - - default_font_family = None - default_ruler_color = "grey" - default_box_color = "auto" - min_y_height_of_text_line = 0.5 - - def __init__( - self, - sequence_length=None, - sequence=None, - features=(), - feature_level_height=1, - first_index=0, - plots_indexing="biopython", - labels_spacing=8, - ticks_resolution='auto' - ): - if sequence_length is None: - sequence_length = len(sequence) - self.features = features - self.sequence_length = sequence_length - self.feature_level_height = feature_level_height - self.sequence = sequence - self.first_index = first_index - self.plots_indexing = plots_indexing - self.labels_spacing = labels_spacing - self.ticks_resolution = ticks_resolution - - @property - def last_index(self): - return self.first_index + self.sequence_length - - @property - def span(self): - """Return the display span (start, end) accounting for first_index.""" - return self.first_index, self.last_index - - def to_biopython_record(self, sequence): - """ - Example - ------- - from Bio import SeqIO - gr_record = GraphicRecord(features=features, sequence_length=len(seq), - sequence=seq) - bio_record = gr_record.to_biopython_record() - with open("example.gb", "w+") as f: - SeqIO.write(record, f, "genbank") - """ - features = [ - SeqFeature( - FeatureLocation(f.start, f.end, f.strand), - type=f.feature_type, - qualifiers={"label": f.label}, - ) - for f in self.features - ] - if not isinstance(sequence, Seq): - sequence = Seq(sequence, alphabet=DNAAlphabet()) - return SeqRecord(seq=sequence, features=features) - - def crop(self, window): - start, end = window - first_index = self.first_index - if (start < first_index) or (end > self.last_index): - raise ValueError("out-of-bound cropping") - new_features = [] - for f in self.features: - cropped_feature = f.crop(window) - if cropped_feature is not None: # = has ovelap with the window - new_features.append(cropped_feature) - - return GraphicRecord( - sequence=self.sequence[start - first_index : end - first_index] - if self.sequence is not None - else None, - sequence_length=end - start, - features=new_features, - feature_level_height=self.feature_level_height, - first_index=start, - plots_indexing=self.plots_indexing, - labels_spacing=self.labels_spacing, - ticks_resolution=self.ticks_resolution - ) - - def determine_annotation_height(self, levels): - """By default the ideal annotation level height is the same as the - feature_level_height.""" - # TODO: Improve me! ideally, annotation width would be linked to the - # height of one line of text, so dependent on font size and ax - # height/span. - return self.feature_level_height - - def coordinates_in_plot(self, x, level): - """Convert a sequence position and height level into a (x, y) position. - """ - return (x, level * self.feature_level_height) - - def split_overflowing_features_circularly(self): - """Split the features that overflow over the edge for circular - constructs (inplace).""" - new_features = [] - for f in self.features: - if f.start < 0 < f.end: - f1, f2 = f.split_in_two(-1) - f1.start, f1.end = ( - f1.start + self.sequence_length, - f1.end + self.sequence_length, - ) - new_features += [f1, f2] - elif f.start < self.sequence_length < f.end: - f1, f2 = f.split_in_two(self.sequence_length - 1) - f2.start, f2.end = ( - f2.start - self.sequence_length, - f2.end - self.sequence_length, - ) - new_features += [f1, f2] - else: - new_features.append(f) - self.features = new_features - - def _format_label(self, label, max_label_length=50, max_line_length=40): - if len(label) > max_label_length: - label = label[: max_label_length - 1] + "…" - if len(label) > max_line_length: - label = find_narrowest_text_wrap(label, max_line_length) - return label - - def compute_padding(self, ax): - ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width - xmin, xmax = ax.get_xlim() - return self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MatplotlibPlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,651 +0,0 @@ -"""Useful functions for the library""" - -import colorsys - -import matplotlib.pyplot as plt -import matplotlib.patches as mpatches -from matplotlib.patches import Patch -import matplotlib.ticker as ticker - -from ..compute_features_levels import compute_features_levels -from ..GraphicFeature import GraphicFeature -from matplotlib.colors import colorConverter -from .MultilinePlottableMixin import MultilinePlottableMixin -from .SequenceAndTranslationMixin import SequenceAndTranslationMixin - - -class MatplotlibPlottableMixin( - MultilinePlottableMixin, SequenceAndTranslationMixin -): - """Class mixin for matplotlib-related methods.""" - - default_elevate_outline_annotations = False - default_strand_in_label_threshold = None - - def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler, ruler_color=None): - """Initialize the ax: remove axis, draw a horizontal line, etc. - - Parameters - ---------- - - draw_line - True/False to draw the horizontal line or not. - - with_ruler - True/False to draw the indices indicators along the line. - - """ - ruler_color = ruler_color or self.default_ruler_color - start, end = self.span - plot_start, plot_end = start - 0.8, end - 0.2 - if draw_line: - ax.plot([plot_start, plot_end], [0, 0], zorder=-1000, c="k") - - if with_ruler: # only display the xaxis ticks - ax.set_frame_on(False) - ax.yaxis.set_visible(False) - ax.xaxis.tick_bottom() - if ruler_color is not None: - ax.tick_params(axis="x", colors=ruler_color) - else: # don't display anything - ax.axis("off") - - ax.set_xlim(plot_start, plot_end) - if self.first_index != 0: - ax.ticklabel_format(useOffset=False, style="plain") - fmt = lambda x, p: "{:,}".format(int(x)) - ax.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(fmt)) - if self.ticks_resolution == "auto": - ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MaxNLocator(integer=True)) - else: - locator = ticker.MultipleLocator(self.ticks_resolution) - ax.xaxis.set_major_locator(locator) - - def finalize_ax( - self, - ax, - features_levels, - annotations_max_level, - auto_figure_height=False, - ideal_yspan=None, - annotations_are_elevated=True, - ): - """Prettify the figure with some last changes. - - Changes include redefining y-bounds and figure height. - - Parameters - ========== - ax - ax on which the record was plotted - - features_levels - - annotations_max_level - Number indicating to the method the maximum height for an - annotation, so the method can set ymax accordingly - - auto_figure_height - If true, the figure'height will be automatically re-set to a nice - value (counting ~0.4inch per level in the figure). - - ideal_yspan - if provided, can help the method select a better ymax to make sure - all constraints fit. - - """ - - # Compute the "natural" ymax - annotation_height = self.determine_annotation_height(None) - features_ymax = self.feature_level_height * (features_levels + 1) - annotations_ymax = annotation_height * annotations_max_level - if annotations_are_elevated: - ymax = features_ymax + annotations_ymax - else: - ymax = max(features_ymax, annotations_ymax) + 1 - ymin = min(ax.get_ylim()[0], -0.5) - - # ymax could be even bigger if a "ideal_yspan" has been set. - if (ideal_yspan is not None) and not (auto_figure_height): - ymax = max(ideal_yspan + ymin, ymax) - ax.set_ylim(ymin, ymax) - if auto_figure_height: - figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] - ax.figure.set_size_inches(figure_width, 1 + 0.4 * ymax) - ax.set_xticks( - [ - t - for t in ax.get_xticks() - if t <= self.last_index and t >= self.first_index - ] - ) - if self.plots_indexing == "genbank": - ax.set_xticklabels([int(i + 1) for i in ax.get_xticks()]) - return ideal_yspan / (ymax - ymin) - - @staticmethod - def _get_ax_width(ax, unit="inch"): - """Return the ax's width in 'inches' or 'pixel'.""" - transform = ax.figure.dpi_scale_trans.inverted() - bbox = ax.get_window_extent().transformed(transform) - width = bbox.width - if unit == "pixel": - width *= ax.figure.dpi - return width - - def plot_feature(self, ax, feature, level, linewidth=1.0): - """Create an Arrow Matplotlib patch with the feature's coordinates. - - The Arrow points in the direction of the feature's strand. - If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will - simply be a rectangle. - - The x-coordinates of the patch are determined by the feature's - `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` - """ - x1, x2 = feature.start, feature.end - if feature.open_left: - x1 -= 1 - if feature.open_right: - x2 += 1 - if feature.strand == -1: - x1, x2 = x2, x1 - x1, x2 = x1 - 0.5, x2 - 0.5 - - is_undirected = feature.strand not in (-1, 1) - head_is_cut = (feature.strand == 1 and feature.open_right) or ( - feature.strand == -1 and feature.open_left - ) - if is_undirected or head_is_cut: - head_length = 0.001 - else: - width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") - head_length = ( - 0.5 * width_pixel * feature.length / self.sequence_length - ) - head_length = min(head_length, 0.6 * feature.thickness) - - arrowstyle = mpatches.ArrowStyle.Simple( - head_width=feature.thickness, - tail_width=feature.thickness, - head_length=head_length, - ) - y = self.feature_level_height * level - patch = mpatches.FancyArrowPatch( - [x1, y], - [x2, y], - shrinkA=0.0, - shrinkB=0.0, - arrowstyle=arrowstyle, - facecolor=feature.color, - zorder=0, - edgecolor=feature.linecolor, - linewidth=feature.linewidth, - ) - ax.add_patch(patch) - return patch - - def autoselect_label_color(self, background_color): - """Autselect a color for the label font. - - In the current method the label will be black on clear backrgounds, - and white on dark backgrounds. - """ - r, g, b = colorConverter.to_rgb(background_color) - luminosity = 0.299 * r + 0.587 * g + 0.114 * b - return "black" if (luminosity >= 0.5) else "white" - - def annotate_feature( - self, - ax, - feature, - level, - inline=False, - max_label_length=50, - max_line_length=30, - padding=0, - indicate_strand_in_label=False, - ): - """Create a Matplotlib Text with the feature's label. - - The x-coordinates of the text are determined by the feature's - `x_center` while the y-coordinates are determined by the `level`. - - The text is horizontally and vertically centered. - - The Arrow points in the direction of the feature's strand. - If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will - simply be a rectangle. - - The x-coordinates of the patch are determined by the feature's - `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` - """ - x, y = self.coordinates_in_plot(feature.x_center, level) - label = feature.label - if indicate_strand_in_label: - if feature.strand == -1: - label = "⇦" + label - if feature.strand == 1: - label = label + "⇨" - - if not inline: - label = self._format_label( - label, - max_label_length=max_label_length, - max_line_length=max_line_length, - ) - nlines = len(label.split("\n")) - fontdict = dict(**feature.fontdict) - if "family" not in fontdict and (self.default_font_family is not None): - fontdict["family"] = self.default_font_family - if inline and ("color" not in fontdict): - color = self.autoselect_label_color(background_color=feature.color) - fontdict["color"] = color - box_color = feature.box_color - if box_color == "auto": - box_color = self.default_box_color - bbox = None - if (box_color is not None) and not inline: - bg_color = change_luminosity(feature.color, min_luminosity=0.95) - bbox = dict( - boxstyle="round", - fc=bg_color if box_color == "auto" else box_color, - ec="0.5", - lw=feature.box_linewidth, - ) - text = ax.text( - x, - y, - label, - horizontalalignment="center", - verticalalignment="center", - bbox=bbox, - fontdict=fontdict, - zorder=2, - ) - x1, y1, x2, y2 = get_text_box(text) - x1 -= padding - x2 += padding - overflowing = (x1 < feature.start) or (x2 > feature.end) - return text, overflowing, nlines, (x1, x2), (y2 - y1) - - def place_annotation( - self, - feature, - ax, - level, - annotate_inline, - max_line_length, - max_label_length, - indicate_strand_in_label=False, - ): - """"Place an annotation in the figure. Decide on inline vs. outline. - - Parameters - ---------- - - feature - Graphic feature to place in the figure - - ax - Matplotlib ax in which to place the feature. - - level - level at which the annotation should be placed - - annotate_inline - If true, the plotter will attempt to annotate inline, and fall back - to outline annotation. - - max_line_length - If an annotation label's length exceeds this number the label will - wrap over several lines. - - max_label_length, - If an annotation label's length exceeds this number the label will - be cut with an ellipsis (...). - - indicate_strand_in_label - If True, then the label will be represented as "<= label" or - "label =>" with an arrow representing the strand. - """ - padding = self.compute_padding(ax) - if annotate_inline: - # FIRST ATTEMPT TO ANNOTATE INSIDE THE FEATURE. CHECK FOR OVERFLOW - text, overflowing, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( - ax=ax, - feature=feature, - level=level, - inline=True, - padding=padding, - max_label_length=max_label_length, - max_line_length=max_line_length, - indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, - ) - - # IF OVERFLOW, REMOVE THE TEXT AND PLACE IT AGAIN, OUTLINE. - if overflowing: - text.remove() - text, _, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( - ax=ax, - feature=feature, - level=level, - inline=False, - padding=padding, - max_label_length=max_label_length, - max_line_length=max_line_length, - indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, - ) - return text, overflowing, lines, (x1, x2), height - else: - return self.annotate_feature( - ax=ax, feature=feature, level=level, padding=padding - ) - - def plot( - self, - ax=None, - figure_width=8, - draw_line=True, - with_ruler=True, - ruler_color=None, - plot_sequence=False, - annotate_inline=True, - max_label_length=50, - max_line_length=30, - level_offset=0, - strand_in_label_threshold="default", - elevate_outline_annotations="default", - x_lim=None, - figure_height=None, - sequence_params=None, - ): - """Plot all the features in the same Matplotlib ax - - Parameters - ---------- - - ax - The Matplotlib ax on which to plot the graphic record. If None is - provided, a new figure and ax is generated, the ax is returned at - the end. - - figure_width - Width of the figure (only if no ax was provided and a new figure is - created) in inches. - - draw_line - If True, a base line representing the sequence will be drawn. - - with_ruler - If true, the sequence indices will be indicated at regular intervals. - - plot_sequence - If True and the graphic record has a "sequence" attribute set, the - sequence will be displayed below the base line. - - annotate_inline - If true, some feature labels will be displayed inside their - corresponding feature if there is sufficient space. - - level_offset - All features and annotations will be pushed up by "level_offset". Can - be useful when plotting several sets of features successively on a - same ax. - - elevate_outline_annotations - If true, every text annotation will be above every feature. If false, - text annotations will be as close as possible to the features. - - strand_in_label_pixel_threshold - Number N such that, when provided, every feature with a graphical - width in pixels below N will have its strand indicated in the label - by an a left/right arrow - - x_lim - Horizontal axis limits to be set at the end. - - sequence_params - parameters for plot_sequence - """ - - if elevate_outline_annotations == "default": - default = self.default_elevate_outline_annotations - elevate_outline_annotations = default - if strand_in_label_threshold == "default": - default = self.default_strand_in_label_threshold - strand_in_label_threshold = default - - features_levels = compute_features_levels(self.features) - - for f in features_levels: - features_levels[f] += level_offset - max_level = ( - 1 - if (features_levels == {}) - else max(1, max(features_levels.values())) - ) - auto_figure_height = (ax is None) and (figure_height is None) - if ax is None: - height = figure_height or max_level - fig, ax = plt.subplots(1, figsize=(figure_width, height)) - - def strand_in_label(f): - """Anything under 0.1 inches in the figure""" - if strand_in_label_threshold is None: - return False - width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") - f_pixels = 1.0 * width_pixel * f.length / self.sequence_length - return f_pixels < strand_in_label_threshold - - self.initialize_ax(ax, draw_line=draw_line, with_ruler=with_ruler) - if x_lim is not None: - ax.set_xlim(*x_lim) - overflowing_annotations = [] - renderer = ax.figure.canvas.get_renderer() - bbox = ax.get_window_extent(renderer) - ax_height = bbox.height - ideal_yspan = 0 - - # sorting features from larger to smaller to make smaller features - # appear "on top" of smaller ones, in case it happens. May be useless - # now. - sorted_features_levels = sorted( - features_levels.items(), key=lambda o: -o[0].length - ) - for feature, level in sorted_features_levels: - self.plot_feature(ax=ax, feature=feature, level=level) - if feature.label is None: - continue - ( - text, - overflowing, - nlines, - (x1, x2,), - height, - ) = self.place_annotation( - feature=feature, - ax=ax, - level=level, - annotate_inline=annotate_inline, - max_line_length=max_line_length, - max_label_length=max_label_length, - indicate_strand_in_label=strand_in_label(feature), - ) - line_height = height / nlines - n_text_lines_in_axis = ax_height / line_height - min_y_height = self.min_y_height_of_text_line - feature_ideal_span = min_y_height * n_text_lines_in_axis - ideal_yspan = max(ideal_yspan, feature_ideal_span) - if overflowing or not annotate_inline: - # trick here: we are representing text annotations as - # GraphicFeatures so we can place them using - # compute_features_levels(). - # We are also storing all the info necessary for label plotting - # in these pseudo-graphic-features. - overflowing_annotations.append( - GraphicFeature( - start=x1, - end=x2, - feature=feature, - text=text, - feature_level=level, - nlines=nlines, - color=feature.color, - label_link_color=feature.label_link_color, - ) - ) - - # There are two ways to plot annotations: evelated, all above all the - # graphic feature. Or at the same levels as the graphic features ( - # every annotation above its respective feature, but some annotations - # can be below some features). - if elevate_outline_annotations: - - base_feature = GraphicFeature( - start=-self.sequence_length, - end=self.sequence_length, - fixed_level=0, - nlines=1, - is_base=True, - ) - overflowing_annotations.append(base_feature) - annotations_levels = compute_features_levels( - overflowing_annotations - ) - else: - for f in self.features: - f.data.update(dict(nlines=1, fixed_level=features_levels[f])) - annotations_levels = compute_features_levels( - overflowing_annotations + self.features - ) - annotations_levels = { - f: annotations_levels[f] for f in overflowing_annotations - } - - max_annotations_level = max([0] + list(annotations_levels.values())) - annotation_height = self.determine_annotation_height(max_level) - annotation_height = max( - self.min_y_height_of_text_line, annotation_height - ) - labels_data = {} - for feature, level in annotations_levels.items(): - if "is_base" in feature.data: - continue - text = feature.data["text"] - x, y = text.get_position() - if elevate_outline_annotations: - new_y = (max_level) * self.feature_level_height + ( - level - ) * annotation_height - else: - new_y = annotation_height * level - text.set_position((x, new_y)) - fx, fy = self.coordinates_in_plot( - feature.data["feature"].x_center, feature.data["feature_level"] - ) - - # PLOT THE LABEL-TO-FEATURE LINK - link_color = feature.label_link_color - if link_color == "auto": - link_color = change_luminosity(feature.color, luminosity=0.2) - ax.plot([x, fx], [new_y, fy], c=link_color, lw=0.5, zorder=-10) - labels_data[feature.data["feature"]] = dict( - feature_y=fy, annotation_y=new_y - ) - - if plot_sequence: - self.plot_sequence(ax, **(sequence_params or {})) - - self.finalize_ax( - ax=ax, - features_levels=max([1] + list(features_levels.values())), - annotations_max_level=max_annotations_level, - auto_figure_height=auto_figure_height, - ideal_yspan=ideal_yspan, - annotations_are_elevated=elevate_outline_annotations, - ) - return ax, (features_levels, labels_data) - - def plot_legend( - self, ax, allow_ambiguity=False, include_edge=True, **legend_kwargs - ): - handles = [] - features_parameters = {} - for feature in self.features: - text = feature.legend_text - if text is None: - continue - parameters = dict( - label=text, facecolor=feature.color, edgecolor="black", - ) - if include_edge: - parameters.update( - dict( - linewidth=feature.linewidth, - edgecolor=feature.linecolor, - ) - ) - if text in features_parameters: - previous_parameters = features_parameters[text] - if (not allow_ambiguity) and any( - [ - parameters[k] != previous_parameters[k] - for k in parameters - ] - ): - raise ValueError( - "Cannot generate an unambiguous legend as two" - ) - continue - features_parameters[text] = parameters - handles.append(Patch(**parameters)) - ax.legend(handles=handles, **legend_kwargs) - - -def change_luminosity( - color, luminosity=None, min_luminosity=None, factor=None -): - """Return a version of the color with different luminosity. - - Parameters - ---------- - color - A color in any Matplotlib-compatible format such as "white", "w", - (1,1,1), "#ffffff", etc. - luminosity - A float in 0-1. If provided, the returned color has this level of - luminosity. - factor - Only used if `luminosity` is not set. Positive factors increase - luminosity and negative factors decrease it. More precisely, the - luminosity of the new color is L^(-factor), where L is the current - luminosity, between 0 and 1. - """ - r, g, b = colorConverter.to_rgb(color) - h, l, s = colorsys.rgb_to_hls(r, g, b) - new_l = l - if luminosity is not None: - new_l = luminosity - if factor is not None: - new_l = l ** (-factor) - if min_luminosity is not None: - new_l = max(new_l, min_luminosity) - - return colorsys.hls_to_rgb(h, new_l, s) - - -def get_text_box(text, margin=0): - """Return the coordinates of a Matplotlib Text. - - `text` is a Matplotlib text obtained with ax.text(). - This returns `(x1,y1, x2, y2)` where (x1,y1) is the lower left corner - and (x2, y2) is the upper right corner of the text, in data coordinates. - If a margin m is supplied, the returned result is (x1-m, y1-m, x2+m, y2+m) - """ - renderer = text.axes.figure.canvas.get_renderer() - bbox = text.get_window_extent(renderer) # bounding box - __x1, y1, __x2, y2 = bbox.get_points().flatten() - bbox = bbox.transformed(text.axes.transData.inverted()) - x1, __y1, x2, __y2 = bbox.get_points().flatten() - return [x1, y1, x2, y2]
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/MultilinePlottableMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,153 +0,0 @@ -import matplotlib.pyplot as plt -from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages -import numpy - - -class MultilinePlottableMixin: - def plot_on_multiple_lines( - self, - n_lines=None, - nucl_per_line=None, - plot_sequence=False, - figure_width="auto", - **plot_params - ): - """Plot the features on different lines (one Matplotlib ax per line) - - Parameters - ---------- - - n_lines - Number of lines on which the record will be plotted. A number of - nucleotides per line can be provided instead (see below). - - nucl_per_line - Number of nucleotides to be represented on every line (determines - the number of lines ``n_lines``). - - plot_sequence - Whether to plot the nucleotide sequence on each line - - figure_width - Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 - (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches - (if a sequence is plotted). - - **plot_params - Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting - of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, - ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, - ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` - - Returns - ------- - - figure, axes - The matplotlib figure and axes generated. - """ - - if n_lines is None: - n_lines = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_line)) - else: - nucl_per_line = self.sequence_length // n_lines + 1 - - if figure_width == "auto": - if plot_sequence: - figure_width = 0.15 * nucl_per_line - else: - figure_width = 10 - - figures_heights = [] - - def plot_line(line_index, ax=None): - first, last = self.first_index, self.last_index - line_start = first + line_index * nucl_per_line - line_virtual_end = first + (line_index + 1) * nucl_per_line - line_end = min(last, line_virtual_end) - line_record = self.crop((line_start, line_end)) - line_ax, _ = line_record.plot( - figure_width=figure_width, - x_lim=(line_start, line_virtual_end), - ax=ax, - plot_sequence=plot_sequence, - **plot_params - ) - return line_ax - - for line_index in range(n_lines): - line_ax = plot_line(line_index) - figures_heights.append(line_ax.figure.get_figheight()) - plt.close(line_ax.figure) - fig, axes = plt.subplots( - n_lines, - 1, - gridspec_kw={"height_ratios": figures_heights}, - figsize=(figure_width, 0.9 * sum(figures_heights)), - ) - if n_lines == 1: - axes = [axes] - for line_index, ax in enumerate(axes): - plot_line(line_index, ax=ax) - fig.tight_layout() - return fig, axes - - def plot_on_multiple_pages( - self, - pdf_target, - n_lines=None, - nucl_per_line=None, - lines_per_page=5, - figure_width="auto", - **plot_params - ): - """Plot the features on different lines on different pages of a PDF. - - This function returns None - - Parameters - ---------- - - pdf_target - Either a path to a PDF, or a file(-like) handle. - - n_lines - Number of lines on which the record will be plotted. A number of - nucleotides per line can be provided instead (see below). - - nucl_per_line - Number of nucleotides to be represented on every line (determines - the number of lines ``n_lines``). - - lines_per_page - Number of lines on each page - - plot_sequence - Whether to plot the nucleotide sequence on each line - - figure_width - Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 - (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches - (if a sequence is plotted). - - **plot_params - Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting - of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, - ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, - ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` - """ - nucl_per_page = nucl_per_line * lines_per_page - number_of_pages = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_page)) - with PdfPages(pdf_target) as pdf: - for page_index in range(number_of_pages): - first, last = self.first_index, self.last_index - page_start = first + page_index * nucl_per_page - page_end = first + (page_index + 1) * nucl_per_page - page_end = min(last, page_end) - page_record = self.crop((page_start, page_end)) - fig, axes = page_record.plot_on_multiple_lines( - nucl_per_line=nucl_per_line, - figure_width=figure_width, - **plot_params - ) - pdf.savefig(fig) - plt.close(fig)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/SequenceAndTranslationMixin.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,145 +0,0 @@ -from ..biotools import extract_graphical_translation - - -class SequenceAndTranslationMixin: - def plot_sequence( - self, ax, location=None, y_offset=1, fontdict=None, guides_intensity=0 - ): - """Plot a sequence of nucleotides at the bottom of the plot. - - Parameters - ---------- - - ax - Which axes the translation should be plotted to - - location - location of the segment to translate, either (start, end) or - (start, end, strand) - - y_offset - Number of text levels under the plot's base line where to draw the - nucleotides. Should be 1 if the nucleotide sequence is to be plotted - directly under the main line. - - fontdict - Matplotlib fontdict for the text, e.g. - ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` - - background - tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each - nucleotide position to guide vision. Leave to None for no background. - - guides_intensity - Intensity of the vertical guides marking the different nucleotides - (0 = no guides) - """ - if self.sequence is None: - raise ValueError("No sequence in the graphic record") - if location is None: - location = self.span - location_start, location_end = location - fontdict = dict(size=11) - fontdict.update(fontdict or {}) - for i, nucleotide in enumerate(self.sequence): - index = i + location_start - if location_start <= index <= location_end: - ax.text( - index, - -0.7 * self.feature_level_height * y_offset, - nucleotide, - ha="center", - va="center", - fontdict=fontdict, - ) - if guides_intensity: - color = (0, 0, 0, guides_intensity) - for i in range(location_start, location_end + 1): - ax.axvline(i - 0.5, linewidth=0.1, color=color, zorder=-10000) - ymin = ax.get_ylim()[0] - if ymin < -500: - ymin = 0 - ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) - - def plot_translation( - self, - ax, - location=None, - y_offset=2, - fontdict=None, - guides_intensity=0.5, - translation=None, - long_form_translation=True, - ): - """Plot a sequence of amino-acids at the bottom of the plot. - - Parameters - ---------- - - ax - Which axes the translation should be plotted to - - location - location of the segment to translate (start, end) - - y_offset - Number of text levels under the plot's base line where to draw the - amino acid names. Should be 2 if the nucleotide sequence is also - plotted at level 1. - - fontdict - Matplotlib fontdict for the text, e.g. - ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` - - background - tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each - amino acid position to guide vision. Leave to None for no background. - - translation - Sequence of amino acids either as a string ``'MAKG...'`` or as a list - ``['Met', 'Ala', ...]`` - - - """ - start, end = location[0], location[1] - strand = location[2] if (len(location) == 3) else 1 - s, e = self.span - start = max(start, s + ((start - s) % 3)) - end = min(end, e - ((end - e) % 3)) - if translation is None: - new_loc = start - self.first_index, end - self.first_index, strand - translation = extract_graphical_translation( - self.sequence, - location=new_loc, - long_form=long_form_translation, - ) - texts = [ - ((start + 3 * i, start + 3 * (i + 1)), aa) - for i, aa in enumerate(translation) - ] - - y = -0.7 * y_offset * self.feature_level_height - ymin = ax.get_ylim()[0] - ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) - fontdict = fontdict or {} - guides_color = (0, 0, 0, guides_intensity) - for i, ((start, end), text) in enumerate(texts): - ax.text( - 0.5 * (start + end - 1), - y, - text, - ha="center", - va="center", - fontdict=fontdict, - ) - if guides_intensity: - ax.axvline( - start - 0.5, - linewidth=0.1, - color=guides_color, - zorder=-10000, - ) - if guides_intensity: - ax.axvline( - end - 0.5, linewidth=0.1, color=guides_color, zorder=-10000 - )
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/GraphicRecord/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,3 +0,0 @@ -from .GraphicRecord import GraphicRecord - -__all__ = ['GraphicRecord']
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/README.md Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,13 +0,0 @@ -# Code organization - -This document walks you trough the Geneblocks code. Please request changes if anything is unclear. - -- **GraphicFeature.py** implements a class for defining a *GraphicFeature*, which is an annotation (start, end, strand, label) with graphical properties (color, line width, font family...) - -- **GraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which can plot a set of *GraphicFeatures* using Matplotlib or Bokeh. To keep file sizes acceptable, many methods are implemented in separate files (*bokeh_plots.py*, *matplotlib_plots.py*) and added to *GraphicRecord* via class mixins. - -- **CircularGraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which inherits from *GraphicRecord* but draws features circularly using custom Matplotlib patches called "arrow-wedge" (defined in file *ArrowWedge.py*). - -- **compute_features_levels.py** implements the algorithm for deciding the levels on which the different features (and annotations) are drawn - -- **biotools.py** implements generic biology-related methods (reverse_complement, annotation of Biopython records, etc.)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/__init__.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,22 +0,0 @@ -""" dna_features_viewer/__init__.py """ - -from .GraphicRecord import GraphicRecord -from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord -from .GraphicFeature import GraphicFeature -from .BiopythonTranslator import ( - BiopythonTranslator, - BlackBoxlessLabelTranslator, -) -from .biotools import load_record, annotate_biopython_record - -from .version import __version__ - -__all__ = [ - "GraphicRecord", - "CircularGraphicRecord", - "GraphicFeature", - "BiopythonTranslator", - "BlackBoxlessLabelTranslator", - "annotate_biopython_record", - "__version__", -]
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/biotools.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,170 +0,0 @@ -import textwrap -from Bio.Seq import Seq -from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation -from Bio.PDB.Polypeptide import aa1, aa3 -from Bio import SeqIO - -try: - from BCBio import GFF -except ImportError: - - class GFF: - def parse(*a): - """Not available. Please install bcbio-gff.""" - raise ImportError( - "Please install the bcbio-gff library to parse GFF data" - ) - - -def complement(dna_sequence): - """Return the complement of the DNA sequence. - - For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"TACGGC"``. - - Uses BioPython for speed. - """ - return str(Seq(dna_sequence).complement()) - - -def reverse_complement(sequence): - """Return the reverse-complement of the DNA sequence. - - For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"GCCGTA"``. - - Uses BioPython for speed. - """ - return complement(sequence)[::-1] - - -aa_short_to_long_form_dict = { - _aa1: _aa3[0] + _aa3[1:].lower() - for (_aa1, _aa3) in zip(aa1 + "*", aa3 + ["*"]) -} - - -def translate(dna_sequence, long_form=False): - """Translate the DNA sequence into an amino-acids sequence MLKYQT... - - If long_form is true, a list of 3-letter amino acid representations - is returned instead (['Ala', 'Ser', ...]). - """ - result = str(Seq(dna_sequence).translate()) - if long_form: - result = [aa_short_to_long_form_dict[aa] for aa in result] - return result - - -def extract_graphical_translation(sequence, location, long_form=False): - """Return a string of the "graphical" translation of a sequence's subsegment. - - Here "graphical" means that the amino acid sequence is always given - left-to-right, as it will appear under the sequence in the plot. This matters - when the location is on the -1 strand. In this case, the amino-acids are - determined by (part of) the reverse-complement of the sequence, however - the sequence returned will be the mirror of the translated sequence, as - this is the left-to-right order in which the codons corresponding to the - amino-acids appear in the sequence. - - Parameters - ---------- - sequence - An "ATGC" string. - - location - Either (start, end) or (start, end, strand), with strand in (0, 1, -1). - - long_form - if True, a list of 3-letter amino acid representations is returned instead - (['Ala', 'Ser', ...]). - - """ - if len(location) == 3: - start, end, strand = location - else: - start, end = location - strand = 1 - subsequence = sequence[start:end] - if strand == -1: - subsequence = reverse_complement(subsequence) - translation = translate(subsequence, long_form=long_form) - if strand == -1: - translation = translation[::-1] - return translation - - -def load_record(path): - """Load a Genbank file """ - if isinstance(path, str): - # Input is a file path - if path.lower().endswith('.gff'): - return list(GFF.parse(path))[0] - else: - return SeqIO.read(path, "genbank") - else: - # Input is a file-like object - try: - return SeqIO.read(path, "genbank") - except: - path.seek(0) - return list(GFF.parse(path))[0] - - -def annotate_biopython_record( - seqrecord, - location="full", - feature_type="misc_feature", - margin=0, - **qualifiers -): - """Add a feature to a Biopython SeqRecord. - - Parameters - ---------- - - seqrecord - The biopython seqrecord to be annotated. - - location - Either (start, end) or (start, end, strand). (strand defaults to +1) - - feature_type - The type associated with the feature - - margin - Number of extra bases added on each side of the given location. - - qualifiers - Dictionnary that will be the Biopython feature's `qualifiers` attribute. - """ - if location == "full": - location = (margin, len(seqrecord) - margin) - - strand = location[2] if len(location) == 3 else 1 - seqrecord.features.append( - SeqFeature( - FeatureLocation(location[0], location[1], strand), - qualifiers=qualifiers, - type=feature_type, - ) - ) - - -def find_narrowest_text_wrap(text, max_line_length): - """Wrap the text into a multi-line text minimizing the longest line length. - - This is done by first wrapping the text using max_line_length, then - attempt new wraps by iteratively decreasing the line_length, as long as the - number of lines stays the same as with max_line_length. - """ - narrowest_wrap = textwrap.wrap(text, max_line_length) - narrowest_width = max([len(l) for l in narrowest_wrap]) - for line_length in range(max_line_length - 1, 0, -1): - wrap = textwrap.wrap(text, line_length) - if len(wrap) <= len(narrowest_wrap): - width = max([len(l) for l in wrap]) - if width < narrowest_width: - narrowest_wrap = wrap - narrowest_width = width - else: - break - return "\n".join(narrowest_wrap)
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/compute_features_levels.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,75 +0,0 @@ -"""Implements the method used for deciding which feature goes to which level -when plotting.""" - -import itertools -import math - - -class Graph: - """Minimal implementation of non-directional graphs. - - Parameters - ---------- - - nodes - A list of objects. They must be hashable - edges - A list of the form [(n1,n2), (n3,n4)...] where (n1, n2) represents - an edge between nodes n1 and n2 - """ - - def __init__(self, nodes, edges): - self.nodes = nodes - self.neighbors = {n: [] for n in nodes} - for n1, n2 in edges: - self.neighbors[n1].append(n2) - self.neighbors[n2].append(n1) - - -def compute_features_levels(features): - """Compute the vertical levels on which the features should be displayed - in order to avoid collisions. - - `features` must be a list of `dna_features_viewer.GraphicFeature`. - - The method used is basically a graph coloring: - - The nodes of the graph are features and they will be colored with a level - - Two nodes are neighbors if and only if their features's locations overlap - - Levels are attributed to nodes iteratively starting with the nodes - corresponding to the largest features. - - A node receives the lowest level (starting at 0) that is not already - the level of one of its neighbors. - """ - edges = [ - (f1, f2) - for f1, f2 in itertools.combinations(features, 2) - if f1.overlaps_with(f2) - ] - graph = Graph(features, edges) - levels = { - n: n.data.get("fixed_level", None) - for n in graph.nodes - } - - def collision(node, level): - """Return whether the node placed at base_level collides with its - neighbors in the graph.""" - line_factor = 0.5 - nlines = node.data.get("nlines", 1) - for neighbor in graph.neighbors[node]: - neighbor_level = levels[neighbor] - if neighbor_level is None: - continue - neighbor_lines = neighbor.data.get("nlines", 1) - min_distance = line_factor * (nlines + neighbor_lines) - if abs(level - neighbor_level) < min_distance: - return True - return False - - for node in sorted(graph.nodes, key=lambda f: -f.length): - if levels[node] is None: - level = 0 - while collision(node, level): - level += 0.5 - levels[node] = level - return levels
--- a/cpt_linear_genome_plot/dna_features_viewer/version.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1 +0,0 @@ -__version__ = "3.0.1"
--- a/cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.py Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,281 +0,0 @@ -#!/usr/bin/env python -from Bio import SeqIO -from dna_features_viewer import BiopythonTranslator, GraphicRecord -from matplotlib import rc_context -import matplotlib -import matplotlib.pyplot as plt -from itertools import cycle -import re -import sys -import argparse - -class CPTTranslator(BiopythonTranslator): - """ - This is a customized translator from the dna_features_viewer module to fit Galaxy - """ - - global custom_feature_colors - global box_status - global label_fields - global custom_name_colors - global ignored_features_types - global ignored_gene_labels - global ignored_feature_labels - - def compute_feature_color(self, feature): - if feature.type == "CDS": - if "product" in feature.qualifiers: - color_specific = any(re.search(("(\\b"+str(item)+"\\b)"),feature.qualifiers["product"][0]) for item in custom_name_colors.keys()) or any(re.search((item),feature.qualifiers["product"][0]) for item in custom_name_colors.keys()) - if color_specific: - try: - return custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] - except KeyError: - for item in custom_name_colors.keys(): - if item in feature.qualifiers["product"][0]: - custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] = custom_name_colors[item] - return custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] - #print(feature.qualifiers["product"][0]) - else: - try: - return custom_feature_colors[feature.type] - except KeyError: - return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) - else: - if feature.type not in ignored_features_types: - try: - return custom_feature_colors[feature.type] - except KeyError: - return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) - - def compute_feature_label(self, feature): # remove the chop_blocks - self.label_fields = label_fields - if feature.type == "CDS": - if "product" in feature.qualifiers: - if ignored_gene_labels: # product name drop - verify_chops = any(re.search(("(\\b"+str(item)+"\\b)"),feature.qualifiers["product"][0]) for item in ignored_gene_labels) or any(re.search((item), feature.qualifiers["product"][0]) for item in ignored_gene_labels) - if verify_chops: - return None - else: - return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) - else: - return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) - elif feature.type in ignored_feature_labels: - return None - else: - return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) - - def compute_filtered_features(self, features): - return [ - feature for feature in features if feature.type not in ignored_features_types - ] - - def compute_feature_legend_text(self, feature): - return feature.type - - def compute_feature_box_color(self, feature): - if feature.type == "CDS": - return "white" - - def compute_feature_label_link_color(self, feature): - return "black" - - def compute_feature_box_linewidth(self, feature): - if box_status: - return 0.5 - else: - return 0 - -def parse_gbk(file): - """ simple function to parse out the feature information AND products """ - - record = SeqIO.read(file,"genbank") - count = 0 - feature_types = {} - product_names = [] - for feat in record.features: - if feat.type not in feature_types: - feature_types[feat.type] = 1 - else: - feature_types[feat.type] += 1 - if "product" in feat.qualifiers: - product_names.append(feat.qualifiers["product"][0]) - - return feature_types, product_names, record - -if __name__ == "__main__": - parser = argparse.ArgumentParser(description="Linear Genome Plot") - # Input and Parameters - parser.add_argument("input_file",type=argparse.FileType("r"),help="genbank or gff3 file") - parser.add_argument("--plot_width",type=int,default=20) - #parser.add_argument("--plot_height",type=int,default=4) - parser.add_argument("--title",type=str,default="genome plot") # NEED TO ADD TO XML - parser.add_argument("--common_features_excluded", default="", help="common features to be excluded") - parser.add_argument("--features_excluded",default="",help="features to be excluded from plot, separate by commas") - parser.add_argument("--common_ignore_feature_labels", default="", help="common feature labels to be excluded") - parser.add_argument("--ignored_feature_labels",default="",help="ignore labeling of specific features") - parser.add_argument("--common_ignore_product_labels", default="", help="common product names to not label") - parser.add_argument("--ignore_labeling",default="",help="labeling for specific products to ignore, separate by commas") - parser.add_argument("--feature_label_order",default="locus_tag",help="label order, where the first choice is the first feature listed to pull name labels from") # NEED TO ADD TO XML - parser.add_argument("--label_box",action="store_true",help="Use to have label box around feature labels") - parser.add_argument("--label_algo",action="store_true",help="use dna features spacing algo for label placement (in or above feature)") - #parser.add_argument("--level_offset",type=int,default=0,help="All features and annotations will be pushed up by the input amount. Useful for when plotting several sets of features successively on the same axis.") # Will exclude for now - #parser.add_argument("--custom_region",action="store_true",help="cropped region for plot") - parser.add_argument("--sz",type=int,help="beginning location for crop") - parser.add_argument("--ez",type=int,help="end location for crop") - parser.add_argument("--st",type=int,help="start site of translation") - parser.add_argument("--et",type=int,help="end site of translation") - parser.add_argument("--translation_on",action="store_true",help="plot the translation sub-axis") - parser.add_argument("--feature_id",nargs="*",action="append",help="feature label to have custom color") # NEED TO ADD TO XML - parser.add_argument("--feature_id_color",nargs="*",action="append",help="feature's accompanying color") - parser.add_argument("--gene_id",nargs="*",action="append",help="gene/cds label to have custom color") - parser.add_argument("--gene_id_color",nargs="*",action="append",help="gene/cds's accompanying color") - parser.add_argument("--multiline",action="store_true",help="Plot multiline plot") - parser.add_argument("--nucl_per_line",type=int,help="nucleotides per line of multiline") - # Output - parser.add_argument("--file_stats",type=argparse.FileType("w"),default="out_stats.txt",help="output stat file") - #parser.add_argument("--tmp_img",dest="tmp_img",type=argparse.FileType("wb"),default="out_tmp.svg") - parser.add_argument("--out_img",dest="out_img",type=argparse.FileType("wb"),default="out_img.svg",help="svg genome plot") - args = parser.parse_args() - - - ## Part I ; Parse and send output of features count and the list of product names - feature_counts, products, genome = parse_gbk(args.input_file) - with args.file_stats as f: - f.writelines("---::: FILE BREAKDOWN :::---\n\n") - f.writelines("------::: Feature Count :::------\n") - for feature, count in feature_counts.items(): - f.writelines(f"Feature: {feature} ::::: Count: {count}\n") - f.writelines("------::: Product Names :::------\n") - if products != []: - for product in products: - f.writelines(f"Product Name: {product}\n") - else: - f.writelines("No Annotated Product Names Found") - - ## Part II ; Prep Global Variables - ## Make K:V pairs for Feature Colors - if args.label_box: - box_status = True - else: - box_status = False - - if args.feature_id: - feature_ids = [f for listed_obj in args.feature_id for f in listed_obj] - feature_ids_colors = [f for listed_obj in args.feature_id_color for f in listed_obj] - custom_feature_colors = dict(zip(feature_ids,feature_ids_colors)) - else: - custom_feature_colors = {} - - ## Make K:V pairs for Name Colors (as above) - if args.gene_id: - gene_ids = [g for listed_obj in args.gene_id for g in listed_obj] - gene_ids_colors = [g for listed_obj in args.gene_id_color for g in listed_obj] - custom_name_colors = dict(zip(gene_ids,gene_ids_colors)) - else: - custom_name_colors = {} - - ## Ignored Features - #ignored_features_types = str.split(args.features_excluded,",") - if args.common_features_excluded: - ignored_features_types = str.split(args.common_features_excluded, ",") - if args.features_excluded: - ignored_features_types += str.split(args.features_excluded,",") - elif args.features_excluded: - ignored_features_types = str.split(args.features_excluded,",") - else: - ignored_features_types = False - - print(ignored_features_types) - - ## product labels - if args.common_ignore_product_labels: - ignored_gene_labels = str.split(args.common_ignore_product_labels,",") - if args.ignore_labeling: - ignored_gene_labels += str.split(args.ignore_labeling,",") - elif args.ignore_labeling: - ignored_gene_labels = str.split(args.ignore_labeling,",") - else: - ignored_gene_labels = False - - print(ignored_gene_labels) - - if args.feature_label_order != ['']: - label_fields = str.split(args.feature_label_order,",") - - #if ignored_gene_labels == ['']: - # ignored_gene_labels = False - - ## Ignored Labeling - if args.common_ignore_feature_labels: - ignored_feature_labels = str.split(args.common_ignore_feature_labels,",") - if args.ignored_feature_labels: - ignored_feature_labels += str.split(args.ignored_feature_labels,",") - elif args.ignored_feature_labels: - ignored_feature_labels = str.split(args.ignored_feature_labels,",") - else: - ignored_feature_labels = False - - print(ignored_feature_labels) - ## Print Statements for Debugging - #print(custom_feature_colors) - #print(custom_name_colors) - #print(ignored_features_types) - #print(ignored_gene_labels) - #print(label_fields) - - ## Part III ; PLOT - # Housekeeping - rc_context({"font.family": ["monospace"],}) # courier-like - matplotlib.use('Agg') # I think this has to be used... - - if args.label_algo: - lab_algo = True - else: - lab_algo = False - - translator = CPTTranslator() - graphic_record = translator.translate_record(genome) - - with open("tmp.svg", "wb") as img: - img.truncate(0) - img.close() - - if args.sz and not args.multiline: # if user is wanting to look at a subset region of the genome - zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez - cropped = graphic_record.crop((zoom_start,zoom_end)) - ax, _ = cropped.plot(figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo,figure_height=None) - if args.translation_on: - crop_seq = (args.st - 1, args.et) - cropped.plot_translation(ax, location=crop_seq, fontdict={'size':8, 'weight':'bold'},y_offset=1) - ax.set_title(args.title) - # Galaxy specific shenanigans - tmp_fig = "./tmp.svg" - plt.savefig(tmp_fig) - plt.close() - elif args.multiline: - if args.sz: - zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez - else: - zoom_start, zoom_end = 1, graphic_record.sequence_length - cropped = graphic_record.crop((zoom_start,zoom_end)) - ax, _ = cropped.plot_on_multiple_lines( - figure_width=args.plot_width, - annotate_inline=lab_algo, - figure_height=None, - nucl_per_line=args.nucl_per_line, - plot_sequence=False - ) - #ax.set_title(args.title) - tmp_fig = "./tmp.svg" - plt.savefig(tmp_fig) - plt.close() - else: - ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo) - ax.set_title(args.title) - tmp_fig = "./tmp.svg" - # Galaxy specific shenanigans - plt.savefig(tmp_fig) - plt.close() - with open("tmp.svg", "rb") as img: - for line in img: - args.out_img.write(line)
--- a/cpt_linear_genome_plot/linear_genome_plot.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,289 +0,0 @@ -<tool id="edu.tamu.cpt.genome_viz.linear_genome_plot" name="Linear Genome Plot" version="1.0"> - <description>Linear Genome Plot</description> - <macros> - <import>macros.xml</import> - </macros> - <expand macro="requirements"> - </expand> - <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ -python $__tool_directory__/linear_genome_plot.py -$input_file ---plot_width $plot_width ---common_features_excluded "$common_features_excluded" ---features_excluded "$features_excluded" ---common_ignore_feature_labels "$common_ignore_feature_labels" ---ignored_feature_labels "$ignored_feature_labels" ---common_ignore_product_labels "$common_ignore_product_labels" ---ignore_labeling "$ignore_labeling" ---feature_label_order "$feature_label_order" ---title "$title" -$label_algo -$label_box -#if $selectregion.custom_region: - --sz $selectregion.start_zoom - --ez $selectregion.end_zoom -#end if -#if $multiline.multi_line: - --multiline - --nucl_per_line $multiline.nucl_per_line -#end if -#for $feature_color in $feature_colors: - #if $feature_color.feature_color_selector.feature_color_options == "add_colors": - --feature_id #for $feat_id in $feature_color.feature_color_selector.feature_id: - "${feat_id}" #end for - --feature_id_color #for $feat_col in $feature_color.feature_color_selector.feature_id_color: - "${feat_col}" #end for - #end if -#end for -#for $gene_color in $gene_colors: - #if $gene_color.gene_color_selector.gene_color_options == "add_colors": - --gene_id #for $gene_id in $gene_color.gene_color_selector.gene_id: - "${gene_id}" #end for - --gene_id_color #for $gene_col in $gene_color.gene_color_selector.gene_id_color: - "${gene_col}" #end for - #end if -#end for ---file_stats $file_stats ---out_img $out_img - ]]></command> - <inputs> - <param label="Annotated Genome File (Gbk)" name="input_file" type="data" format="genbank" /> - <param label="Plot Width" name="plot_width" type="integer" value="10" help="Width of the plot. Increase for larger genomes." /> - <param label="Box Label" name="label_box" type="boolean" checked="true" help="Select 'no' to have no label box around feature labels" truevalue="--label_box" falsevalue="" /> - <conditional name="selectregion"> - <param label="Select Custom Region" name="custom_region" type="boolean" checked="false" help="Plot a specific region of the genome" /> - <when value="true"> - <param name="start_zoom" label="Start Zoom" type="integer" help="start zoom" optional="true"/> - <param name="end_zoom" label="End Zoom" type="integer" help="end zoom" optional="true"/> - </when> - <when value="false"> - </when> - </conditional> - <conditional name="multiline"> - <param label="Multi Line Plot" name="multi_line" type="boolean" checked="false" help="Breaks up the plot into multiple lines"/> - <when value="true"> - <param name="nucl_per_line" label="Nucleotides Per Line" type="integer" optional="true" /> - </when> - <when value="false"> - </when> - </conditional> - <param argument="common_features_excluded" label="Common Feature(s) to EXCLUDE" type="select" multiple="true" help="Common Features to be excluded from the plot"> - <option value="source" selected="true">source</option> - <option value="gene" selected="true">gene</option> - <option value="CDS">CDS</option> - <option value="RBS">RBS</option> - <option value="misc_feature">misc_feature</option> - <option value="misc_difference">misc_difference</option> - </param> - <param label="Extra Feature(s) to EXCLUDE" name="features_excluded" type="text" optional="true" help="Feature(s) to exclude from plot (example: variation,misc_recomb). Separate by comma(s)." /> - <param argument="common_ignore_feature_labels" label="Common Feature(s) label(s) to EXCLUDE" type="select" multiple="true" help="Common Feature labels to exclude from the plot"> - <option value="source" selected="true">source</option> - <option value="gene" selected="true">gene</option> - <option value="CDS">CDS</option> - <option value="RBS" selected="true">RBS</option> - <option value="misc_feature">misc_feature</option> - <option value="misc_difference">misc_difference</option> - </param> - <param label="Extra Feature(s) label(s) to EXCLUDE" name="ignored_feature_labels" type="text" optional="true" help="If plotting multiple features, especially when using product names, and you want to ignore labeling certain types of features, input the feature(s) (example: variation,misc_recomb). For multiple feature labels to exclude, separate by commas." /> - <param argument="common_ignore_product_labels" label="Common Product names to EXCLUDE from labeling" type="select" multiple="true" help="Common product labels to ignore from the plot"> - <option value="hypothetical protein" selected="true">hypothetical protein</option> - <option value="uncharacterized protein" selected="true">uncharacterized protein</option> - <!--<option value="phage" selected="true">phage</option> MIGHT ADD THIS LATER--> - </param> - <param label="Extra Product(s) name label(s) to EXCLUDE" name="ignore_labeling" type="text" optional="true" help="Product names to ignore as well as character patterns (example: hypothetical protein, JX). Separate by commas" /> - <param label="Name ordering" help="Order of features to decide naming convention (example: locus_tag,product). Separate by commas." name="feature_label_order" type="text" value="product"/> - <param label="Title of Graph" name="title" type="text" value="Linear Genome Plot"/> - <param label="Label algorithm dictates label placement" name="label_algo" type="boolean" help="Some features will be displayed inside if there is sufficient space. If set to no, all labels will be placed in the box labels above the feature" checked="true" truevalue="--label_algo" falsevalue="" /> - <repeat name="feature_colors" title="Feature Colors"> - <conditional name="feature_color_selector"> - <param name="feature_color_options" type="select" label="Feature Color Options"> - <option value="none" selected="false"></option> - <option value="add_colors" selected="false">Add Custom Colors</option> - </param> - <when value="add_colors"> - <param name="feature_id" label="Feature Name" type="text" optional="true" multiple="true" help="Feature name. Example: CDS. Case Sensitive." /> - <param name="feature_id_color" label="Feature Color" type="color" optional="true" multiple="true" value="#FFFFFF" > - <sanitizer> - <valid initial="string.ascii_letters,string.digits"> - <add value="#" /> - </valid> - </sanitizer> - </param> - </when> - <when value="none"> - </when> - </conditional> - </repeat> - <repeat name="gene_colors" title="Product Name Colors"> - <conditional name="gene_color_selector" > - <param name="gene_color_options" type="select" label="Product Color Options"> - <option value="none" selected="false"></option> - <option value="add_colors" selected="false">Add Custom Colors</option> - </param> - <when value="add_colors"> - <param name="gene_id" label="Product Name" type="text" optional="true" multiple="true" help="Product Name. Example: holin. Case Sensitive." /> - <param name="gene_id_color" label="Product Color" type="color" optional="true" multiple="true" value="#D3D3D3" > - <sanitizer> - <valid initial="string.ascii_letters,string.digits"> - <add value="#" /> - </valid> - </sanitizer> - </param> - </when> - <when value="none"> - </when> - </conditional> - </repeat> - </inputs> - <outputs> - <data format="text" name="file_stats" label="out_stats.txt" /> - <data format="svg" name="out_img" label="genome_plot.svg" /> - </outputs> - <tests> - <test> <!-- Testing zoom and 95% or > sim --> - <param name="input_file" value="mu_reanno.gb" /> - <param name="plot_width" value="10" /> - <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature" /> - <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene" /> - <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS"/> - <param name="feature_label_order" value="product" /> - <param name="title" value="Mu Test label" /> - <param name="label algo" value="true" /> - <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein" /> - <conditional name="selectregion"> - <param name="custom_region" value="true" /> - <param name="start_zoom" value="7000" /> - <param name="end_zoom" value="12000" /> - </conditional> - <output name="file_stats" file="out_stats_zoom.txt" /> - <output name="out_img" file="out_img_zoom.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> - </test> - <test> <!-- Test nonzoom and extra params --> - <param name="input_file" value="mu_reanno.gb" /> - <param name="plot_width" value="100" /> - <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature" /> - <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene" /> - <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS"/> - <param name="feature_label_order" value="product" /> - <param name="title" value="Mu Test label" /> - <param name="label algo" value="true" /> - <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein" /> - <param name="ignore_labeling" value="testing_ignore_labeling,another_test" /> - <param name="ignored_feature_labels" value="testing_ignored_feature_labels,another_test" /> - <assert_command> - <has_text text='--ignore_labeling "testing_ignore_labeling,another_test" '/> - <has_text text='--ignored_feature_labels "testing_ignored_feature_labels,another_test" '/> - </assert_command> - <output name="file_stats" file="out_stats.txt" /> - <output name="out_img" file="out_img.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> - </test> - <test> <!-- Test for multiline plot and plotting custom colors --> - <param name="input_file" value="mu_reanno.gb" /> - <param name="plot_width" value="100" /> - <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature" /> - <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene" /> - <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS" /> - <param name="feature_label_order" value="product" /> - <param name="title" value="Mu Test label" /> - <param name="label algo" value="true" /> - <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein" /> - <conditional name="selectregion"> - <param name="custom_region" value="true" /> - <param name="start_zoom" value="7000" /> - <param name="end_zoom" value="12000" /> - </conditional> - <conditional name="multiline"> - <param name="multi_line" value="true" /> - <param name="nucl_per_line" value="1200" /> - </conditional> - <repeat name="feature_colors" > - <conditional name="feature_color_selector" > - <param name="feature_color_options" value="add_colors" /> - <param name="feature_id" value="RBS" /> - <param name="feature_id_color" value="#CD5C5C" /> - </conditional> - </repeat> - <repeat name="feature_colors" > - <conditional name="feature_color_selector" > - <param name="feature_color_options" value="add_colors" /> - <param name="feature_id" value="CDS" /> - <param name="feature_id_color" value="#FFFFFF" /> - </conditional> - </repeat> - <repeat name="gene_colors" > - <conditional name="gene_color_selector" > - <param name="gene_color_options" value="add_colors" /> - <param name="gene_id" value="spanin" /> - <param name="gene_id_color" value="#3355FF" /> - </conditional> - </repeat> - <repeat name="gene_colors" > - <conditional name="gene_color_selector" > - <param name="gene_color_options" value="add_colors" /> - <param name="gene_id" value="SAR endolysin" /> - <param name="gene_id_color" value="#33FFB2" /> - </conditional> - </repeat> - <output name="file_stats" file="out_stats_multi.txt" /> - <output name="out_img" file="out_img_multi.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> - <assert_command> - <has_text text="--multiline" /> - <has_text text="--nucl_per_line 1200" /> - <has_text text='--gene_id "SAR endolysin"' /> - <has_text text='--gene_id_color "#33FFB2"' /> - </assert_command> - </test> - </tests> - <help><![CDATA[ -.. class:: warningmark - -**TIP** This tool requires *genbank* format. - ------ - -Genome Plot - -*Description of some of the various parameters:* - -* Features to EXCLUDE :: The **"Common Feature(s) to EXCLUDE"** select menu has frequent features that are excluded. **"Extra Feature(s) to EXCLUDE"** is where you can pass one, or multiple, feature(s) to be excluded from the plot. Separate by commas with NO spaces. - -* Feature(s) label(s) to EXCLUDE :: The **"Common Feature(s) label(s) to EXCLUDE from labeling"** select menu has frequent labels from features that are excluded. Input specific features that you do not want to include in the **"Extra Feature(s) label(s) to EXCLUDE"**. Use this when you still want to plot the feature but not label it. A good sample case is if you are zoomed into a specific region and looking at overlapping genes but do not want to label all of the RBS sites. - -* Products(s) names label(s) to EXCLUDE :: The **"Common Product names to EXCLUDE from labeling"** select menu has frequent product names that are excluded. Input specific names that you do not want to include in the **"Extra Product(s) name label(s) to EXCLUDE"**. Any product with this name will NOT be labeled. It must be spelt, spaced, and capitalized exactly as it is within the file to be caught. However, if you wish to exclude labels with common patterns, say JX0101.orf01, you could pass "JX" to the input box and it will skip all names containing JX. Realize that passing something like protein will also eliminate labels such as DNA binding protein. Of note, if you choose to label by locus_tags, and want to skip over each, for example, hypothetical protein; the script will still pass their label and not label them. - -* Name ordering :: In case you want to customize the selection method of labeling genes by a specific feature, use this argument. "product" will use the product names from within the file. If you want to use product, and if there is no name, use locus_tag as the next name, pass the following: product,locus_tag. - -* Label algorithm dictates label placement :: DNA-features (the orginal python package) has a very nice spacing algorithm for deciding how to space and where to put the label. Selecting no will force ALL features to placed outside of their gene box. If more tuning is desired, a custom pixel control can be implemented as an argument (not currently implemented) to allow more user control for label placement within gene boxes. - -* Select Custom Region :: If you would like to zoom in and look at a specific region of select a start and end site to zoom in on. Values are based on Nucleotides. - -* Multiline :: Permits plotting of the genome across multiple lines. Select the amount of nucleotides per line you would like in the **"Nucleotides Per Line"** field. Smaller widths (which are recommended for multiline plots) and larger nucleotides per line will have faster compute times. This can also be combined with the custom region parameters. - -* Feature Colors :: Customizing Feature colors based on their exact name as listed in the file (check the output stats file for spelling). - -* Product Name Colors :: Customizing Product colors based on their exact name as listed in the file (check the output stats file for spelling). **NOW**, in addition to the exact name, general words can be used to grab similiarly named features. For example, if the genome has a two component spanin system (i-spanin + o-spanin), using "spanin" would change the color for both the i-spanin and o-spanin. - -**Output** - -* file_stats will output the different product names as well as the count of each respective feature -* svg output - -**Output Example** - -Using the zoom function and custom colors for various product names - -.. image:: $PATH_TO_IMAGES/sample.png - - ]]></help> - <citations> - <citation type="doi">https://doi.org/10.1101/2020.01.09.900589</citation> - <citation type="bibtex"> - @unpublished{galaxyTools, - author = {C. Ross}, - title = {CPT Galaxy Tools}, - year = {2020-}, - note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} - } - </citation> - </citations> -</tool>
--- a/cpt_linear_genome_plot/macros.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,19 +0,0 @@ -<?xml version="1.0"?> -<macros> - <xml name="requirements"> - <requirements> - <requirement type="package" version="3.8.13">python</requirement> - <requirement type="package" version="1.77">biopython</requirement> - <requirement type="package" version="1.2.2">cpt_gffparser</requirement> - <requirement type="package" version="1.0.5">pandas</requirement> - <requirement type="package" version="3.3.2">matplotlib</requirement> - <!-- <requirement type="package" version="3.0.1">dna-features-viewer</requirement> --> - <yield/> - </requirements> - <version_command> - <![CDATA[ - cd $__tool_directory__ && git rev-parse HEAD - ]]> - </version_command> - </xml> -</macros>
--- a/cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50-profile.xml.xml Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,8 +0,0 @@ -<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?> -<BRIG blastOptions="" legendPosition="upper-right"> - <cgview_settings arrowheadLength="medium" backboneColor="black" backboneRadius="600" backboneThickness="medium" backgroundColor="white" borderColor="black" featureSlotSpacing="medium" featureThickness="30" giveFeaturePositions="false" globalLabel="true" height="2500" isLinear="false" labelFont="SansSerif,plain,25" labelLineLength="medium" labelLineThickness="medium" labelPlacementQuality="best" labelsToKeep="1000" longTickColor="black" minimumFeatureLength="medium" moveInnerLabelsToOuter="true" origin="12" rulerFont="SansSerif,plain,35" rulerFontColor="black" rulerPadding="40" rulerUnits="bases" shortTickColor="black" shortTickThickness="medium" showBorder="true" showShading="true" showWarning="false" tickDensity="0.2333" tickThickness="medium" titleFont="SansSerif,plain,45" titleFontColor="black" useColoredLabelBackgrounds="false" useInnerLabels="true" warningFont="Default,plain,35" warningFontColor="black" width="2500" zeroTickColor="black" tickLength="medium" /> - <brig_settings Ring1="102,0,102" Ring2="0,102,102" Ring3="0,102,0" Ring4="0,0,153" Ring5="102,102,0" Ring6="0,153,0" Ring7="204,51,0" Ring8="0,102,102" Ring9="0,153,102" Ring10="204,0,51" defaultUpper="70" defaultLower="50" defaultMinimum="50" genbankFiles="gbk" fastaFiles="fna,faa,fas,fasta,fa" emblFiles="embl" blastLocation="" divider="3" multiplier="3" memory="1500" defaultSpacer="0" /> - <special value="GC Content" /> - <special value="GC Skew" /> -</BRIG> -
--- a/cpt_linear_genome_plot/test-data/Mu50.sam Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,50001 +0,0 @@ -@SQ SN:S.aureusMu50-plasmid-AP003367.gbk LN:25107 -r1.1 4 * 0 0 * * 0 0 GTTACCTCTTGCTCTAGTCTGATTCTAAACCTTTTTTTAGTTCTTTCGCTTAATAAGTTACCTCTAATTCAGCAAAACGCTACTCGATCATTGTAAAAAACATCTTTCCCATTGGGTCTTTTGTATTGATATTCATATCAATAATTTGTAATTCAATACTTATTATTTTCTAACCATTGGGCTAAATCTATCAGTTGCTTAGTAGTCCTGCCTAATCTATCTAGCTTGAAATAACTAAAGTGTCGCCTTCACGTAAATAATCTAAACTATTTATCTAGTTC * -r2.1 4 * 0 0 * * 0 0 TAAAAAAGAAAGTCTTTCCGTTTTTCTTAATAGTTATTAGGTTATTTCCGTATTGATCTGTTATAGAGCCATACACGGTATTATTGTCTTTATTTTTTATTCAATATTACTTTTAATTTTTTGTATTTGCTCATTGTATTGTTCTTGATTTTCTTTACTTTTAACTAAATAACACAAAGTTTTTAGCATCATTTTCAGATAAAGTTTCTTCTTTATTAGTATAACTTTTTAGCAATACTATTGTAGTCACTTATGTCTGTACTAATTTTTCAAATTCTTTAACGTTGTCCTTTAGCATTATTCAAACTGATTAAATAG * -r3.1 4 * 0 0 * * 0 0 GGTACGAAGATATATTAAATTGATTTTTGAATTTTTGAAAAAAGAAAGAAATAGCTAATGCAGTTACTTTTAGACCCTCATAAAAATAATCCAAGAGACAATAAGGGCATACCAAAAAATCTGGGTTTTAGAATTATTGAAGTATTGCCAGAACATGAATTACACGAGGGCAAAAAAGAAGATTGTTATTTAATGGAATATAGATATGATGATAATGCCACAAATGTTAAGGCAATGAAAATATTTAACTTGAGCATTACTTTGATAATTTCAAAGTAGATAG * -r4.1 4 * 0 0 * * 0 0 TAATCATCTAAATTAGTTAAGTTATAATCAAATTCAGAATCATACTAGTACTTATAATATGTGGTGTTTGATATTTTTTCGTTAGAATCGTCTAAATCATAAACTGGTTGAGTATACACTTCGTTATAGAAATTATTTTCTACTAGACGTAAACTTACCTACTATCGCTTTTTATTAGTACATATCTCTTTGATCATTCATTTGTTTATCACTTGCTGGCACAAAATAAAATTCAGAATTTAGTTCATAATCGGTGTTGTTCAAAAATTTCCTCGGGGTGTAA * -r5.1 4 * 0 0 * * 0 0 TATAAATGTTTTCTTTAAACCAAAGCTAATTTACCACATTGGGTTAAGTTTCTTATTATTAAAGAAGAACTTTGTATGATTTCAACTGCTTACTATCTTCTCATTTGGTTATTTCTCTCTTGTTTCTTCTTCTTTTTCTAGATGATTAATATTGTTTTGCTTTTCAGTTTCGTTCGCATAGTACATAAGAAAGTCACTAGCATTTATCGTTGGTAAATTAATGTGATTAGTTTGTTCATTTTCATGTTCAATACGATTGTCATGTATCATTTCTATCTACG * -r6.1 4 * 0 0 * * 0 0 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Mol. - Biol."; date: "2002"; volume: "317"; issue: "3"; pages: "337-359" -COMMENT SGRef: number: 2; type: "Journal Article"; journalName: "Submitted - (05-MAY-2009) National Center for Biotechnology Information, NIH, - Bethesda, MD 20894, USA" -COMMENT SGRef: number: 3; type: "Journal Article"; journalName: "Submitted - (13-AUG-1998) Pittsburgh Bacteriophage Institute and Department of - Biological Sciences, University of Pittsburgh, Pittsburgh, PA 15260, - USA" -COMMENT PROVISIONAL REFSEQ: This record has not yet been subject to final - NCBI review. 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/locus_tag="Mup04" - /product="AAA-ATPase DNA transposition protein" - /label=Mup04 - /note="B or MuB or ATP-dependent target DNA activator B; - see PMIDs 1646076, 11060014, 23776210, 12791691 and many - more; contains InterPro domains IPR003593 and IPR009084 - for AAA+ ATPase domain and B transposition protein - C-terminal region" - /db_xref="GeneID:2636257" - /protein_id="NP_050608.1" - /translation="MNISDIRAGLRTLVENEETTFKQIALESGLSTGTISSFINDKYNG - DNERVSQMLQRWLEKYHAVAELPEPPRFVETQTVKQIWTSMRFASLTESIAVVCGNPGV - GKTEAAREYRRTNNNVWMITITPSCASVLECLTELAFELGMNDAPRRKGPLSRALRRRL - EGTQGLVIIDEADHLGAEVLEELRLLQESTRIGLVLMGNHRVYSNMTGGNRTVEFARLF - SRIAKRTAINKTKKADVKAIADAWQINGEKELELLQQIAQKPGALRILNHSLRLAAMTA - HGKGERVNEDYLRQAFRELDLDVDISTLLRN" - gene 4299..4539 - /locus_tag="Mup05" - /label=Mup05 - /db_xref="GeneID:2636299" - RBS 4299..4303 - /locus_tag="Mup05" - CDS 4315..4539 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup05" - /product="protein kil" - /label=Mup05 - /note="Mup05 also known as cim for control of immunity; - see PMIDs 6234699, 2531953, 6237246" - /db_xref="GeneID:2636299" - /protein_id="NP_050609.1" - /translation="MARNIKMATDAQNWLQARGSHVNESYLGVARPILEITYPPVELVK - NAVRIMEHKSGVARSVWTARLNGCQIIWR" - gene 4532..4772 - /locus_tag="Mup06" - /label=Mup06 - /db_xref="GeneID:2636264" - RBS 4532..4535 - /locus_tag="Mup06" - CDS 4542..4772 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup06" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup06 - /note="gp6; previously called E5" - /db_xref="GeneID:2636264" - /protein_id="NP_050610.1" - /translation="MCIKAEKYIEWVKHCQCHGVPLTTYKCPGCGEQIMTQCSPEKEIR - DSLTCCPWCSAVFFKQVKGAKVKASAVIQNQ" - gene 4772..5047 - /locus_tag="Mup07" - /label=Mup07 - /db_xref="GeneID:2636268" - RBS 4772..4775 - /locus_tag="Mup07" - CDS 4784..5047 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup07" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup07 - /note="gp7; previously called E6" - /db_xref="GeneID:2636268" - /protein_id="NP_050611.1" - /translation="MAKVIIEIKNTVSGIKGRNLRTSIAVDGSAELDGDEGTLAGMVAL - LVLNKSQKIINESAHEAIEILKNDGVITSGRVTEMAVEKTCH" - gene 5049..5481 - /locus_tag="Mup08" - /label=Mup08 - /db_xref="GeneID:2636279" - RBS 5049..5052 - /locus_tag="Mup08" - CDS 5062..5481 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup08" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup08 - /note="gp8; previously called E7" - /db_xref="GeneID:2636279" - /protein_id="NP_050612.1" - /translation="MNVKIRNEIQALIRIQERNNNGGELREFICAREVDGYGEKTYLIT - FDHYSICARYCGESISRAIASGDAFNVDLWEYVMDREYICASDPEAREMWQRIWRDYRL - MAKGWARCCYSSLALKAVQLSLRHIPASLREPLLY" - gene 5484..5781 - /locus_tag="Mup09" - /label=Mup09 - /db_xref="GeneID:2636278" - RBS 5484..5486 - /locus_tag="Mup09" - CDS 5494..5781 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup09" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup09 - /note="gp9; previously called E8" - /db_xref="GeneID:2636278" - /protein_id="NP_050613.1" - /translation="MVTDMKCNRKRWSREDREFIEANVGKMTVEEMAEKLKVATTALRA - HARRHGISLCVYRISEHDKYLCRELYKEGLDIHVIARKMELSNRAVSSIVYSGY" - gene 5787..6325 - /locus_tag="Mup10" - /label=Mup10 - /db_xref="GeneID:2636288" - RBS 5787..5791 - /locus_tag="Mup10" - CDS 5801..6325 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup10" - /product="host nuclease inhibitor Gam" - /label=Mup10 - /note="inhibition of exonuclease digestion of Mu DNA; see - PMIDs 2945162 and 12524520" - /db_xref="GeneID:2636288" - /protein_id="NP_050614.1" - /translation="MAKPAKRIKSAAAAYVPQNRDAVITDIKRIGDLQREASRLETEMN - DAIAEITEKFAARIAPIKTDIETLSKGVQGWCEANRDELTNGGKVKTANLVTGDVSWRV - RPPSVSIRGMDAVMETLERLGLQRFIRTKQEINKEAILLEPKAVAGVAGITVKSGIEDF - SIIPFEQEAGI" - gene 6412..6954 - /locus_tag="Mup11" - /label=Mup11 - /db_xref="GeneID:2636297" - RBS 6412..6415 - /locus_tag="Mup11" - CDS 6424..6954 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup11" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup11 - /note="gp11; combines what was previously E10, E11, - andE12; those seqeuces either have frameshift sequencing - errors or there is strain variation" - /db_xref="GeneID:2636297" - /protein_id="NP_050615.1" - /translation="MVDAKILNGVSTLLRAYGRLTCGVLAEKMNMLPSSMVYFLRDAVD - AGVLTECNGFYDVPRPRPTPPVRRNATEQPAVDDAVWCNWRRSLPWVEGNTIPALAKEF - ATGVLTCESVHIVAEVDNRMCEQGMPRFVMAYIDIRLGRFICSSSVWNITDHVLRYLIL - DCSPAPAAVQEVA" - gene 6941..7484 - /locus_tag="Mup12" - /label=Mup12 - /db_xref="GeneID:2636294" - RBS 6941..6947 - /locus_tag="Mup12" - CDS 6954..7484 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup12" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup12 - /note="gp12; previously called E13" - /db_xref="GeneID:2636294" - /protein_id="NP_050616.1" - /translation="MFFKTSNPAALLAWDQFMADCLKLREEARHLDKVLGCGCRSVFST - SIGGRYFHGVNFPGNERPFSRELWTVQRPASGNSCRPRTSRIPAHLREQARELAKIWQE - NIPVTYARTDALLPALGLDFSATIFGPLQWFRVGDVIYVMTGMTPAQGRMTEILSDEFI - RAQKQAEVNNGKQ" - gene 7460..7653 - /locus_tag="Mup13" - /label=Mup13 - /db_xref="GeneID:2636290" - RBS 7460..7465 - /locus_tag="Mup13" - CDS 7471..7653 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup13" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup13 - /note="gp13; previously called E14" - /db_xref="GeneID:2636290" - /protein_id="NP_050617.1" - /translation="MENNKTSYSWLGKFTTVKQECPTCGNESPEYLKECPHCGGLKCNH - CDMGDDTACMNCEGE" - gene 7644..7957 - /locus_tag="Mup14" - /label=Mup14 - /db_xref="GeneID:2636262" - RBS 7644..7647 - /locus_tag="Mup14" - CDS 7655..7957 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup14" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup14 - /note="gp14; previously called E15 which has an different - earlier start site" - /db_xref="GeneID:2636262" - /protein_id="NP_050618.1" - /translation="MNNETKFTPLNIDNVMAEKGMLERVRAIVEYGIKHNLTAREVRDI - INREMNRLETVVALQNETAREEYIRRRLGLSDQDIVTDAHVFEAFEIRQHLGLTN" - gene complement(7896..8171) - /locus_tag="Mup15" - /label=Mup15 - /db_xref="GeneID:2636284" - CDS complement(7896..8162) - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup15" - /product="uncharacterized protein" - /note="overlaps a potential coding sequence on opposite - strand" - /note="gp15" - /label=Mup15 - /db_xref="GeneID:2636284" - /protein_id="NP_050619.1" - /translation="MENNVQPYDVAGYAIASALVRLLVKKAIITAEEGKAIFSSSAEIL - KDAPAMRTSRREKLQLSKIMEDIISSLDPDADGSQKPQTHERQ" - gene 7943..8127 - /locus_tag="Mup15r" - RBS 7943..7945 - /locus_tag="Mup15r" - CDS 7960..8127 - /locus_tag="Mup15r" - /product="hypothetical protein" - /note="unsure, but this is a plus strand protein between - 14 and 16 that could replace the 15 that overlaps 14 in - the opposite orientation" - /transl_table=11 - /translation="MSSMIFDSCSFSRRLVLIAGASFKISAEELKMALPSSAVMIAFF - TRRRTSADAIA" - RBS complement(8168..8171) - /locus_tag="Mup15" - gene 8221..8784 - /locus_tag="Mup16" - /label=Mup16 - /db_xref="GeneID:2636256" - RBS 8221..8226 - /locus_tag="Mup16" - CDS 8233..8784 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup16" - /product="protein GemA" - /label=Mup16 - /note="gp16; also called E16 and GemA for gene expression - modulation; see PMIDs 2543906 and 11278077" - /db_xref="GeneID:2636256" - /protein_id="NP_050620.1" - /translation="MSRTSLIKLIHVARRELQLDDDTYRAFLMQKTGKISCRELTVTQL - EQVLGAMKERGFKKQNKYPRRRFKGHVTPREKVYKIWQQMAEDGFITDGGDVALDKYVQ - RLTAKRNGGQGVSTLAWCHGDTLLTVLETLKQWHIRCIREAFSRHGLPLPVSPSGRELR - GYDAMTAAYAHARKTRRMAQ" - gene 8768..9170 - /locus_tag="Mup17" - /label=Mup17 - /db_xref="GeneID:2636272" - RBS 8768..8772 - /locus_tag="Mup17" - CDS 8781..9170 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup17" - /product="middle operon regulator Mor" - /label=Mup17 - /note="Mor, positive regulator of the middle operon, also - called E17 and formerly gemB; see PMIDs 2173258, 8790343 - and 9454718 and structures in PMIDs 14729670 and 21859715" - /db_xref="GeneID:2636272" - /protein_id="NP_050621.1" - /translation="MTEDLFGDLQDDTILAHLDNPAEDTSRFPALLAELNDLLRGELSR - LGVDPAHSLEIVVAICKHLGGGQVYIPRGQALDSLIRDLRIWNDFNGRNVSELTTRYGV - TFNTVYKAIRRMRRLKYRQYQPSLL" - gene 9235..9466 - /locus_tag="Mup18" - /label=Mup18 - /db_xref="GeneID:2636281" - RBS 9235..9238 - /locus_tag="Mup18" - CDS 9248..9466 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup18" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup18 - /note="E18" - /db_xref="GeneID:2636281" - /protein_id="NP_050622.1" - /translation="MGKGWNASFHLGRRERLRQEVLHRVAGGPRPAPRDYTGHDGTHGS - YYMKGWQSVDMPEILHHCLLYREKHYV" - gene 9448..9821 - /locus_tag="Mup19" - /label=Mup19 - /db_xref="GeneID:2636295" - RBS 9448..9451 - /locus_tag="Mup19" - CDS 9459..9821 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup19" - /product="pinholin" - /label=Mup19 - /note="E19; N-in C-in 4 transmembrane domain protein - predicted by Phobius and TMHMM" - /db_xref="GeneID:2636295" - /protein_id="NP_050623.1" - /translation="MSERSARQWPDFLSVVLLALLLWISLFCGWRALMFCCASVFSVAL - CVAADCLDALIMSCRVPEHFARFVWPLTWLGSLSGLGLAVMATSQLKTGPEHVIWALAG - LLTFWLSFRFRARLFG" - gene 9816..9950 - /locus_tag="Mup20" - /label=Mup20 - /db_xref="GeneID:2636298" - RBS 9816..9819 - /locus_tag="Mup20" - CDS 9831..9950 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup20" - /product="antiholin" - /label=Mup20 - /note="gp20; N-in C-out 1 transmembrane domain predicted - by Phobius and TMHMM" - /db_xref="GeneID:2636298" - /protein_id="NP_050624.1" - /translation="MYRKFSDECFGPSTLINAIKVIALVVLITISAVVYLSVC" - gene 9953..10385 - /locus_tag="Mup21" - /label=Mup21 - /db_xref="GeneID:2636301" - RBS 9953..9957 - /locus_tag="Mup21" - CDS 9963..10385 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup21" - /product="transcription regulator C" - /label=Mup21 - /note="C late protein transcriptional activator; contains - InterPro domain IPR014875 for the Mor transcription - activator" - /note="/color=192 192 192" - /db_xref="GeneID:2636301" - /protein_id="NP_050625.1" - /translation="MQHDLFEHDPAIRQLIGHIDNIPAPELESRWPRSVVDLIDVLENE - LKRQNVSNPRELARKQAVALSCFLGGRQFYIPCGDTILTALRDDLLYCQFNGRNMEELR - RQYRLSQPQIYQIIARQRKLHTRRHQPDLFSPETPK" - gene 10469..10995 - /locus_tag="Mup22" - /label=Mup22 - /db_xref="GeneID:2636261" - RBS 10469..10471 - /locus_tag="Mup22" - CDS 10477..10995 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup22" - /product="SAR endolysin" - /label=Mup22 - /note="Lys gp22; catalytic residues E37, D46, T52; - N-terminal signal-arrest-release domain; see PMID 4576742; - contains InterPro domain IPR002196 for lysozyme of the - Glycoside hydrolase family 24" - /db_xref="GeneID:2636261" - /protein_id="NP_050626.1" - /translation="MMAGIPKKLKAALLAVTIAGGGVGGYQEMTRQSLIHLENIAYMPYR - DIAGVLTVCVGHTGPDIEMRRYSHAECMALLDSDLKPVYAAIDRLVRVPLTPYQKTALA - TFIFNTGVTAFSKSTLLKKLNAGDYAGARDQMARWVFAAGHKWKGLMNRREVEMAIWNI - RGADDLRQ" - gene 10970..11365 - /locus_tag="Mup23" - /label=Mup23 - /db_xref="GeneID:2636265" - RBS 10970..10973 - /locus_tag="Mup23" - CDS 10979..11365 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup23" - /product="i-spanin" - /label=Mup23 - /note="gp23 inner membrane spanin subunit; 1 transmembrane - domain N-in C-out" - /db_xref="GeneID:2636265" - /protein_id="NP_050627.1" - /translation="MTFASKSLLLAAVFTAVLSGGLWHRLDSTRHDNQTLRRELQTEQQ - ARHTAEWLLHGQEQTMQVFSAIRAANRAARLADETEHHDAKEKITTAITGDNCSTRPVP - AVAADRLRELEKRTRAIGGDPARN" - gene 11091..11567 - /locus_tag="Mup23a" - misc_feature 11159 - /locus_tag="Mup23" - /label=possible alternate start site for gp23 - /note="possible alternate start site for gp23" - RBS 11213..11215 - /locus_tag="Mup23a" - CDS 11226..11567 - /codon_start=1 - /locus_tag="Mup23a" - /transl_table=11 - /product="o-spanin" - /label=gp23a - /note="outer membrane spanin subunit; lipoylation site - predicted at C29 with lipobox LTGC predicted by PROSITE - PS51257" - /translation="MMQKKKLQPPLLVTIAALVLCLPLLLTGCGNSKNAPVPSVVILPE - IDTELTEATPVPPMPQPLTWGASLLWNADLLMALGQCNRDKASVREQEIRRKEIYERRP - EPGGGAAAR" - gene 11511..11718 - /locus_tag="Mup24" - /label=Mup24 - /db_xref="GeneID:2636252" - RBS 11511..11514 - /locus_tag="Mup24" - CDS 11524..11718 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup24" - /product="uncharacterized protein" - /label=Mup24 - /note="gp24; HHPred hit with 93 probability over all of - query and most of target to PDB entry 2KGO E. coli YbiL - UniProt P41039" - 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helix DNA-binding domain superfamily" - /db_xref="GeneID:2636255" - /protein_id="NP_050630.1" - /translation="MINDILTEDRRLVILRSLMDCNNEANESILQDCLDAYGHNVSRDV - VRGQIDWLAEQQLVTVENLRGFYVVTLTSRGQDVAEGRARVAGVKRPRPRA" - gene 12306..12891 - /locus_tag="Mup27" - /label=Mup27 - /db_xref="GeneID:2636271" - RBS 12306..12310 - /locus_tag="Mup27" - CDS 12316..12891 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup27" - /product="terminase small subunit" - /label=Mup27 - /note="gp27 or D" - /db_xref="GeneID:2636271" - /protein_id="NP_050631.1" - /translation="MDRKTRGRASKVDLLPENVRKTLHEMLRDKAIPQARILEEINALI - EDAGLPDEMKLSRSGLNRYATNVEQVGHNLRQMREMTSALTAELGDKPMGETTKLILEM - ARSQLFKAMMRQIENPESDVDIDLLKNAMLAAQRLESTAMSSHRREKEIRQAFAEEAAN - AVSEELRGQDGISEELEQRIRDVLLGKA" - gene 12890..14554 - /locus_tag="Mup28" - /label=Mup28 - /db_xref="GeneID:2636303" - RBS 12890..12892 - /locus_tag="Mup28" - CDS 12899..14554 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup28" - /product="terminase large subunit" - /label=Mup28 - /note="gp28; formerly known as E; contains InterPro entry - G3DSA:3.40.50.300 for P-loop containing nucleotide - triphosphate hydrolases" - /db_xref="GeneID:2636303" - /protein_id="NP_050632.1" - /translation="MNTRENNLKALHAPRKINLREEAGLLGVDIVTDIGEAQPRNEPVF - LGYQRRWFEDESQICIAEKSRRTGLTWAEAGRNVMTAAKPKRRGGRNVFYVGSRQEMAL - EYIAACALFARAFNQLAKADVWEQTFWDSDKKEEILTYMIRFPNSGFKIQALSSRPSNL - RGLQGDVVIDEAAFHEALDELLKAAFALNMWGASVRIISTHNGVDNLFNQYIQDAREGR - KDYSVHRITLDDAIADGLYRRICYVTNQPWSPEAEKAWRDGLYRNAPNKESADEEYGCI - PKKSGGAYLSRVLIEAAMTPARDIPVLRFEAPDDFESLTPQMRHGIVQDWCEQELLPLL - DALSPLNKHVLGEDFARRGDLTVFVPLAITPDLRKRECFRVELRNVTYDQQRQILLFIL - SRLPRFTGAAFDATGNGGYLAEAARLIYGPEMIDCISLTPAWYQEWMPKLKGEFEAQNI - TIARHQTTLDDLLHIKVDKGIPQIDKGRTKDEGGKGRRHGDFAVALCMAVRASYMNGFV - IDEDSIQALPPRHRGDDVDNDDFDDYHQFERGGW" - gene 14543..16092 - /locus_tag="Mup29" - /label=Mup29 - /db_xref="GeneID:2636304" - RBS 14543..14547 - /locus_tag="Mup29" - CDS 14554..16092 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup29" - /product="portal protein" - /label=Mup29 - /note="gp29 or H" - /db_xref="GeneID:2636304" - /protein_id="NP_050633.1" - /translation="MGRILDISGQPFDFDDEMQSRSDELAMVMKRTQEHPSSGVTPNRA - AQMLRDAERGDLTAQADLAFDMEEKDTHLFSELSKRRLAIQALEWRIAPARDASAQEKK - DADMLNEYLHDAAWFEDALFDAGDAILKGYSMQEIEWGWLGKMRVPVALHHRDPALFCA - NPDNLNELRLRDASYHGLELQPFGWFMHRAKSRTGYVGTNGLVRTLIWPFIFKNYSVRD - FAEFLEIYGLPMRVGKYPTGSTNREKATLMQAVMDIGRRAGGIIPMGMTLDFQSAADGQ - SDPFMAMIGWAEKAISKAILGGTLTTEAGDKGARSLGEVHDEVRREIRNADVGQLARSI - NRDLIYPLLALNSDSTIDINRLPGIVFDTSEAGDITALSDAIPKLAAGMRIPVSWIQEK - LHIPQPVGDEAVFTIQPVVPDNGSQKEAALSAEDIPQEDDIDRMGVSPEDWQRSVDPLL - KPVIFSVLKDGPEAAMNKAASLYPQMDDAELIDMLTRAIFVADIWGRLDAAADH" - gene 16061..17392 - /locus_tag="Mup30" - /label=Mup30 - /db_xref="GeneID:2636300" - RBS 16061..16065 - /locus_tag="Mup30" - CDS 16073..17392 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup30" - /product="minor head protein" - /label=Mup30 - /note="gp30 or F; contains InterPro domain IPR006528 phage - SPP1_gp7 phage head morphogenesis protein SPP1 gp7 family; - see PMID 1385991 and 8599204" - /db_xref="GeneID:2636300" - /protein_id="NP_050634.1" - /translation="MPQQTIDLAYAARLPPKEAVAYFRAKGYNITWNWYEQLADAHARA - FTVAKATRMDVLTTIREEVERAVSEGITREEFTRTLAPRLQKLGWWGKQIIVDAEGNAK - EIELGSPRRLATIYNVNTRTAYGAGRYAQMMNTADLYPYWQYVAVMDGRTRPEHARLHN - MVFQYDDIFWQTHYPPNGWNCRCRVRALSAARMKELGLQVSYGASFMNTREVDAGTDES - TGEIFRTSSTTFDNGRVKMTPDVGWSYNPGSAAFGTDQALIRKLVEVRDAQLREQVVQT - LNNSRERQLAFSLWLKRLAGSRQTGHEIRALGFMTGSVAEAVYQRTGNMPARLLVMNGK - SLATTADAALKPEDLQRLPSLMAKPQAVLWDRENHQLLYVVATRDGTARIVVRTSQTVG - RQNDRADVLVSISRVSAQSLEAAIADGMIDVLEGHVEVNK" - gene 17377..17859 - /locus_tag="Mup31" - /label=Mup31 - /db_xref="GeneID:2636282" - RBS 17377..17382 - /locus_tag="Mup31" - CDS 17389..17859 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup31" - /product="capsid morphogenesis protein" - /label=Mup31 - /note="gp31 or G; contains InterPro domain IPR006522 Phage - virion morphogensis protein" - /db_xref="GeneID:2636282" - /protein_id="NP_050635.1" - /translation="MSLDMNVAVDVRRIQLALDELGTVTRDRAIPRVMAAALLSSTEQA - 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sequencing" - /db_xref="GeneID:2636267" - /protein_id="NP_050638.1" - /translation="MIVTPASIKALMTSWRKDFQGGLEDAPSQYNKIAMVVNSSTRSNT - YGWLGKFPTLKEWVGKRTIQQMEAHGYSIANKTFEGTVGISRDDFEDDNLGIYAPIFQE - MGRSAAVQPDELIFKLLKDGFTQPCYDGQNFFDKEHPVYPNVDGTGSAVNTSNIVEQDS - FSGLPFYLLDCSRAVKPLIFQERRKPELVARTRIDDDHVFMDNEFLFGASTRRAAGYGF - WQMAVAVKGDLTLDNLWKGWQLMRSFEGDGGKKLGLKPTHIVVPVGLEKAAEQLLNREL - FADGNTTVSNEMKGKLQLVVADYL" - gene 20106..20532 - /locus_tag="Mup35" - /label=Mup35 - /db_xref="GeneID:2636251" - RBS 20106..20111 - /locus_tag="Mup35" - CDS 20122..20532 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup35" - /product="head-to-tail connector complex protein" - /label=Mup35 - /note="gp35; see PMID 29767456; structure of homolog - HI1506 from FluMu of H. influenzae structure solved in - PMID 17400915" - /db_xref="GeneID:2636251" - /protein_id="NP_050639.1" - /translation="MSGTSLNSQRLDTSRITCTAIIKCLRPVYRRAGIAFTRGENTVEV - TEEQLAIIRADSVLSVVSASSAETLAEAGGLDVLGVGDLNTRIRATVAGLDKANPEHFT - AGGEPKVKAVSAALGEPVSSAQIKAALAEADA" - 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/locus_tag="Mup41a" - /product="tail assembly chaperone frameshift product" - /label=Mup41a - /ribosomal_slippage - /note="verified -2 translational frameshift in PMID - 15469818" - /db_xref="GeneID:2636287" - /protein_id="NP_050645.1" - /translation="MDEMNLGPEAQELHDSIVAEIQSGVLKLKDGLPFGTGDETEMQYD - VTLRELTAGDMIDAQAAAEKLVMSKEGPVLVSSPSRMGLEMLRRQIASVGCIKGPLSMA - LIRKLSVDDFQRLSLATEMYDMAVAASLTQERGREWLRCRNDIEKAATAIGVILKSGPE - WALSLPLSRFFRHCQQAKTLSQYHR" - gene 24120..26203 - /locus_tag="Mup42" - /label=Mup42 - /db_xref="GeneID:2636275" - RBS 24120..24123 - /locus_tag="Mup42" - CDS 24131..26203 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup42" - /product="tape measure protein" - /label=Mup42 - /note="gp42; based on position and weak similarity with - other tape measure proteins, as well as InterPro IPR013491 - the Caudovirus N-terminal tape measure domain" - /db_xref="GeneID:2636275" - /protein_id="NP_050646.1" - /translation="MTGKRLKASVIIDLNGNLSRRSRQYSNQINALSRSGQSSLRALRM - EVVRVSGAIDRMGSLSTRTFRMLSAGALGIAGVGYTANKLFIGAAAQREQQIIAMNSLY - 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27555589; on injection and circularization see PMIDs - 3023361, 11894948, 6306260" - /db_xref="GeneID:2636283" - /protein_id="NP_050647.1" - /translation="MFEDALNAVNAVRDKTGGGRKTTGKGTFRNVPFLVIEEQKQAGGR - RLVKREYPLRDTGGVNDLGKKLRSRTFSACILNSNAETARDEAGALMDALDAPGSGELV - HPDFGTVDVMVDSWECRTKADELNYYAFTVTVYPSLQDTAPDAETDTSAAVPAQAVAVT - GSLGDTLSSVWQTVKDGTAAATAVMEAVTGVIDDISDAVDNLGVTQTVSGLMGSLSAMK - GSVTSLINQPAMLASSLMGALSGVSSLCDTRTAFSTWNRLAQRFERRHAATAGRQGTIT - TSYNSPVAEKNIATLNYVMLAAAQTYRAEAASQALTAALDFSRRMDNAARAPVLDAPST - TTGTASGASSTSATVTQGQLQLTAITPDGGFSQVSFSDSGTATPPVFESVSDIEKTTAM - LGAALDSVILTASEQGFSTDSVQLTQLRLLVVADLEKRGLQLAGSESHHLPETLPAMVA - LYRFTGNSRNWQRLARRNGISNPLFVPGGVSIEVINE" - gene 27678..28827 - /locus_tag="Mup44" - /label=Mup44 - /db_xref="GeneID:2636285" - RBS 27678..27682 - /locus_tag="Mup44" - CDS 27688..28827 - /codon_start=1 - /transl_table=11 - /locus_tag="Mup44" - /product="baseplate hub protein" - /label=Mup44 - /note="Mup44 or P; see PMIDs 16125724 and 27555589" - /db_xref="GeneID:2636285" - 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121 gaaacgcgaa agatagtaaa aaattgcttt tgtttcattg aaaatacgaa aaacaaaaac - 181 actgcaaatc atttcaataa cagcttcaaa aaacgttcaa aaccgataac aaccaagctg - 241 tcaccaaatg actcatatca caaatcagct tatgccgttt aggtatgtta catgtgtgat - 301 tatgtgaggt gaagtatgtt ttagctggtt catggttgtt atacggcttt ttttacctcc - 361 tgtggttcct gtgaaggtac tacaacactt tcctgttcat gaatcccata ctttgacaaa - 421 atctctttgc gtttttcttc aggtaatgca tctagcatca tcaacgtctg aatactttgc - 481 tgtgaaaatc ctataaagct gtaaagtttc tgttcattaa atacaagagg cattaacgcc - 541 aacaaccccc ctttacttaa aagtttcagt gccttgcgtg cttcatctgg ttccagctct - 601 tcaatcatat tgattaaggt tgtggttaat ttgtttatca gttccgaaga atcctgtttc - 661 tcattggctt gagcaccagt atccggtgtg gataacccca agtgcgcaat aacttgctct - 721 cgttctttgg tgggcatcga catcacatcg tattcaacag ctttcccccc cttgacacct - 781 tccttttttt gcttcgtcca gccttgaaca tttgctcgat agtgaacacc agcaacagat - 841 ccaggcatac catcagcagc cataatttct tgcggcgaac accaaattga cttttcagta - 901 ttattctttt ctataaagtt acttttcaaa atttaaactc cttatttatc aacgcgttaa - 961 tcagtaatca aaggaattta ccaaaaagca gctttacaaa aagcttttca gtaattatct - 1021 ttttagtaag ctagctaagt ttttacactt agttaaattg ctaactttat agattacaaa - 1081 acttaggagg gtttttaaat gtgttccaac gaaaaggccc gtgattggca tcgtgcggat - 1141 gtgattgcgg gacttaagaa aagaaagctc tctttatcag ctctttcccg gcagtttggt - 1201 tatgcgccaa ctacattagc taatgcgcta gaacgacact ggccaaaggg tgagcagatt - 1261 attgctaacg ccttagaaac taaaccggaa gtaatctggc ctagccgata tcaagcaggt - 1321 gaataacatg gaactttggg tatcaccgaa agagtgtgcg aatcttcctg gtttgccgaa - 1381 aacatcggct ggtgtgattt atgttgctaa aaagcaagga tggcaaaacc gcactagagc - 1441 aggtgtcaaa ggtggtaaag caattgaata caatgcgaac tctttacctg ttgaagcgaa - 1501 agcggcgtta ttgctgagac aaggagagat tgaaacaagc ctggggtatt ttgaaatcgc - 1561 ccgccccacg ctggaagccc atgattatga tcgtgaggca ctgtggagca aatgggataa - 1621 cgccagcgat tcccagcgca gacttgctga aaaatggttg cctgcggttc aggctgcaga - 1681 cgaaatgctg aaccagggga tttcaacgaa aacggctttt gcgaccgttg cagggcatta - 1741 ccaggtcagc gcatccactt tgcgggacaa gtattaccag gtacagaagt ttgcgaagcc - 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5161 gttgatggct atggtgaaaa aacttacctg attactttcg accattacag catctgtgcg - 5221 cgttattgcg gcgaaagcat atcccgcgcc attgcgtctg gcgatgcgtt taacgtggat - 5281 ttatgggagt acgtcatgga ccgggaatac atctgcgcat cagaccctga agcccgtgaa - 5341 atgtggcagc gtatctggcg cgattaccgg ttaatggcaa aaggctgggc gcgctgctgt - 5401 tattcctcgc ttgccctgaa agcggttcag ttatcgctgc ggcatattcc ggcatcactg - 5461 cgcgagcctc tgctgtactg aatggtgact gacatgaagt gtaatcgtaa gcgctggtca - 5521 cgcgaagacc gggaatttat cgaagccaac gtcgggaaaa tgaccgttga agaaatggcg - 5581 gaaaaactga aagtcgccac aaccgccctc cgggcacatg ccagaaggca cggaatatca - 5641 ttgtgtgtat accgaatcag tgaacacgac aaatatttat gtcgtgaact ttataaagaa - 5701 ggactggata ttcatgttat tgcccgaaag atggaattaa gcaatcgagc tgtatccagc - 5761 attgtataca gcggatatta attaacagga gctttaattt atggctaaac cagcaaaacg - 5821 tatcaagagt gccgcagcgg cttatgtgcc acaaaaccgc gatgcggtga ttaccgatat - 5881 taaacgcatc ggggatttac agcgcgaagc atcacgtctg gaaacggaaa tgaatgatgc - 5941 catcgcggaa attacggaga aatttgcggc ccggattgca ccgattaaaa ccgatattga - 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</g> - <g id="line2d_27"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2703.48209 145.373538 -L 2703.48209 203.372308 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_28"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2747.781554 101.874462 -L 2747.781554 174.372923 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_29"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1084.2341 145.373538 -L 1084.2341 203.372308 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_30"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1572.74397 116.374154 -L 1572.74397 203.372308 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_31"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4181.093372 130.873846 -L 4181.093372 174.372923 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_32"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6349.94346 116.374154 -L 6349.94346 174.372923 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="line2d_33"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2403.035983 116.374154 -L 2403.035983 203.372308 -" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <g id="patch_2"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4567.098993 196.372308 -Q 4720.417677 196.372308 4873.736361 196.372308 -L 4873.736361 196.372308 -Q 4877.935325 199.872308 4882.13429 203.372308 -Q 4877.935325 206.872308 4873.736361 210.372308 -L 4873.736361 210.372308 -Q 4720.417677 210.372308 4567.098993 210.372308 -L 4567.098993 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_3"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1101.710733 196.372308 -Q 1248.87238 196.372308 1396.034027 196.372308 -L 1396.034027 196.372308 -Q 1400.235214 199.872308 1404.436401 203.372308 -Q 1400.235214 206.872308 1396.034027 210.372308 -L 1396.034027 210.372308 -Q 1248.87238 210.372308 1101.710733 210.372308 -L 1101.710733 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_4"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2860.1639 196.372308 -Q 2981.796525 196.372308 3103.429151 196.372308 -L 3103.429151 196.372308 -Q 3107.628279 199.872308 3111.827407 203.372308 -Q 3107.628279 206.872308 3103.429151 210.372308 -L 3103.429151 210.372308 -Q 2981.796525 210.372308 2860.1639 210.372308 -L 2860.1639 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_5"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3111.675436 167.372923 -Q 3224.418245 167.372923 3337.161053 167.372923 -L 3337.161053 167.372923 -Q 3341.359712 170.872923 3345.55837 174.372923 -Q 3341.359712 177.872923 3337.161053 181.372923 -L 3337.161053 181.372923 -Q 3224.418245 181.372923 3111.675436 181.372923 -L 3111.675436 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_6"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5680.588437 196.372308 -Q 5791.506324 196.372308 5902.424211 196.372308 -L 5902.424211 196.372308 -Q 5906.624142 199.872308 5910.824073 203.372308 -Q 5906.624142 206.872308 5902.424211 210.372308 -L 5902.424211 210.372308 -Q 5791.506324 210.372308 5680.588437 210.372308 -L 5680.588437 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_7"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4195.986502 196.372308 -Q 4304.851724 196.372308 4413.716945 196.372308 -L 4413.716945 196.372308 -Q 4417.917937 199.872308 4422.118929 203.372308 -Q 4417.917937 206.872308 4413.716945 210.372308 -L 4413.716945 210.372308 -Q 4304.851724 210.372308 4195.986502 210.372308 -L 4195.986502 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_8"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4882.742173 196.372308 -Q 4991.607394 196.372308 5100.472615 196.372308 -L 5100.472615 196.372308 -Q 5104.673607 199.872308 5108.8746 203.372308 -Q 5104.673607 206.872308 5100.472615 210.372308 -L 5100.472615 210.372308 -Q 4991.607394 210.372308 4882.742173 210.372308 -L 4882.742173 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_9"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3342.518955 196.372308 -Q 3438.618497 196.372308 3534.718039 196.372308 -L 3534.718039 196.372308 -Q 3538.919171 199.872308 3543.120302 203.372308 -Q 3538.919171 206.872308 3534.718039 210.372308 -L 3534.718039 210.372308 -Q 3438.618497 210.372308 3342.518955 210.372308 -L 3342.518955 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_13"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6227.075136 210.372308 -Q 6156.277431 210.372308 6085.479727 210.372308 -L 6085.479727 210.372308 -Q 6081.279882 206.872308 6077.080038 203.372308 -Q 6081.279882 199.872308 6085.479727 196.372308 -L 6085.479727 196.372308 -Q 6156.277431 196.372308 6227.075136 196.372308 -L 6227.075136 210.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_14"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1410.211288 196.372308 -Q 1477.361264 196.372308 1544.51124 196.372308 -L 1544.51124 196.372308 -Q 1548.711516 199.872308 1552.911792 203.372308 -Q 1548.711516 206.872308 1544.51124 210.372308 -L 1544.51124 210.372308 -Q 1477.361264 210.372308 1410.211288 210.372308 -L 1410.211288 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_15"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3808.309203 167.372923 -Q 3873.863758 167.372923 3939.418313 167.372923 -L 3939.418313 167.372923 -Q 3943.618317 170.872923 3947.818321 174.372923 -Q 3943.618317 177.872923 3939.418313 181.372923 -L 3939.418313 181.372923 -Q 3873.863758 181.372923 3808.309203 181.372923 -L 3808.309203 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_16"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6352.147036 196.372308 -Q 6403.11204 196.372308 6454.077044 196.372308 -L 6454.077044 196.372308 -Q 6458.27741 199.872308 6462.477776 203.372308 -Q 6458.27741 206.872308 6454.077044 210.372308 -L 6454.077044 210.372308 -Q 6403.11204 210.372308 6352.147036 210.372308 -L 6352.147036 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_17"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5278.929832 196.372308 -Q 5319.865381 196.372308 5360.80093 196.372308 -L 5360.80093 196.372308 -Q 5365.000684 199.872308 5369.200438 203.372308 -Q 5365.000684 206.872308 5360.80093 210.372308 -L 5360.80093 210.372308 -Q 5319.865381 210.372308 5278.929832 210.372308 -L 5278.929832 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_18"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1041.226387 210.372308 -Q 1000.519511 210.372308 959.812635 210.372308 -L 959.812635 210.372308 -Q 955.612164 206.872308 951.411694 203.372308 -Q 955.612164 199.872308 959.812635 196.372308 -L 959.812635 196.372308 -Q 1000.519511 196.372308 1041.226387 196.372308 -L 1041.226387 210.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_19"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6232.850023 196.372308 -Q 6272.872217 196.372308 6312.894411 196.372308 -L 6312.894411 196.372308 -Q 6317.095696 199.872308 6321.29698 203.372308 -Q 6317.095696 206.872308 6312.894411 210.372308 -L 6312.894411 210.372308 -Q 6272.872217 210.372308 6232.850023 210.372308 -L 6232.850023 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_20"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2771.564972 196.372308 -Q 2811.131824 196.372308 2850.698677 196.372308 -L 2850.698677 196.372308 -Q 2854.899391 199.872308 2859.100105 203.372308 -Q 2854.899391 206.872308 2850.698677 210.372308 -L 2850.698677 210.372308 -Q 2811.131824 210.372308 2771.564972 210.372308 -L 2771.564972 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_21"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4479.107948 196.372308 -Q 4517.840573 196.372308 4556.573199 196.372308 -L 4556.573199 196.372308 -Q 4560.772301 199.872308 4564.971403 203.372308 -Q 4560.772301 206.872308 4556.573199 210.372308 -L 4556.573199 210.372308 -Q 4517.840573 210.372308 4479.107948 210.372308 -L 4479.107948 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_22"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2151.068534 196.372308 -Q 2188.812684 196.372308 2226.556834 196.372308 -L 2226.556834 196.372308 -Q 2230.756602 199.872308 2234.95637 203.372308 -Q 2230.756602 206.872308 2226.556834 210.372308 -L 2226.556834 210.372308 -Q 2188.812684 210.372308 2151.068534 210.372308 -L 2151.068534 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_23"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3725.02925 138.373538 -Q 3762.7734 138.373538 3800.51755 138.373538 -L 3800.51755 138.373538 -Q 3804.717318 141.873538 3808.917086 145.373538 -Q 3804.717318 148.873538 3800.51755 152.373538 -L 3800.51755 152.373538 -Q 3762.7734 152.373538 3725.02925 152.373538 -L 3725.02925 138.373538 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_24"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4084.288025 196.372308 -Q 4121.804129 196.372308 4159.320232 196.372308 -L 4159.320232 196.372308 -Q 4163.520091 199.872308 4167.719949 203.372308 -Q 4163.520091 206.872308 4159.320232 210.372308 -L 4159.320232 210.372308 -Q 4121.804129 210.372308 4084.288025 210.372308 -L 4084.288025 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_28"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1956.697987 167.372923 -Q 1992.847376 167.372923 2028.996766 167.372923 -L 2028.996766 167.372923 -Q 2033.195602 170.872923 2037.394438 174.372923 -Q 2033.195602 177.872923 2028.996766 181.372923 -L 2028.996766 181.372923 -Q 1992.847376 181.372923 1956.697987 181.372923 -L 1956.697987 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_29"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5911.128015 196.372308 -Q 5947.048683 196.372308 5982.969352 196.372308 -L 5982.969352 196.372308 -Q 5987.168953 199.872308 5991.368554 203.372308 -Q 5987.168953 206.872308 5982.969352 210.372308 -L 5982.969352 210.372308 -Q 5947.048683 210.372308 5911.128015 210.372308 -L 5911.128015 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_30"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1781.47575 196.372308 -Q 1817.167975 196.372308 1852.860201 196.372308 -L 1852.860201 196.372308 -Q 1857.060289 199.872308 1861.260376 203.372308 -Q 1857.060289 206.872308 1852.860201 210.372308 -L 1852.860201 210.372308 -Q 1817.167975 210.372308 1781.47575 210.372308 -L 1781.47575 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_34"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4479.107948 167.372923 -Q 4507.9633 167.372923 4536.818652 167.372923 -L 4536.818652 167.372923 -Q 4541.016931 170.872923 4545.21521 174.372923 -Q 4541.016931 177.872923 4536.818652 181.372923 -L 4536.818652 181.372923 -Q 4507.9633 181.372923 4479.107948 181.372923 -L 4479.107948 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_35"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4019.700471 167.372923 -Q 4047.871885 167.372923 4076.043299 167.372923 -L 4076.043299 167.372923 -Q 4080.241647 170.872923 4084.439996 174.372923 -Q 4080.241647 177.872923 4076.043299 181.372923 -L 4076.043299 181.372923 -Q 4047.871885 181.372923 4019.700471 181.372923 -L 4019.700471 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_36"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2413.977874 196.372308 -Q 2441.91951 196.372308 2469.861145 196.372308 -L 2469.861145 196.372308 -Q 2474.061316 199.872308 2478.261488 203.372308 -Q 2474.061316 206.872308 2469.861145 210.372308 -L 2469.861145 210.372308 -Q 2441.91951 210.372308 2413.977874 210.372308 -L 2413.977874 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_61"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1064.781848 196.372308 -Q 1064.92254 196.372308 1065.063232 196.372308 -L 1065.063232 196.372308 -Q 1065.378452 199.872308 1065.693673 203.372308 -Q 1065.378452 206.872308 1065.063232 210.372308 -L 1065.063232 210.372308 -Q 1064.92254 210.372308 1064.781848 210.372308 -L 1064.781848 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_62"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2033.59517 196.372308 -Q 2033.735861 196.372308 2033.876553 196.372308 -L 2033.876553 196.372308 -Q 2034.191773 199.872308 2034.506994 203.372308 -Q 2034.191773 206.872308 2033.876553 210.372308 -L 2033.876553 210.372308 -Q 2033.735861 210.372308 2033.59517 210.372308 -L 2033.59517 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_63"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2149.244885 196.372308 -Q 2149.385577 196.372308 2149.526269 196.372308 -L 2149.526269 196.372308 -Q 2149.841489 199.872308 2150.15671 203.372308 -Q 2149.841489 206.872308 2149.526269 210.372308 -L 2149.526269 210.372308 -Q 2149.385577 210.372308 2149.244885 210.372308 -L 2149.244885 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_79"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6334.06252 196.372308 -Q 6334.179763 196.372308 6334.297006 196.372308 -L 6334.297006 196.372308 -Q 6334.55969 199.872308 6334.822374 203.372308 -Q 6334.55969 206.872308 6334.297006 210.372308 -L 6334.297006 210.372308 -Q 6334.179763 210.372308 6334.06252 210.372308 -L 6334.06252 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_80"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1100.039055 167.372923 -Q 1100.131662 167.372923 1100.224269 167.372923 -L 1100.224269 167.372923 -Q 1100.435603 170.872923 1100.646938 174.372923 -Q 1100.435603 177.872923 1100.224269 181.372923 -L 1100.224269 181.372923 -Q 1100.131662 181.372923 1100.039055 181.372923 -L 1100.039055 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_81"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1588.62491 167.372923 -Q 1588.717517 167.372923 1588.810124 167.372923 -L 1588.810124 167.372923 -Q 1589.021459 170.872923 1589.232793 174.372923 -Q 1589.021459 177.872923 1588.810124 181.372923 -L 1588.810124 181.372923 -Q 1588.717517 181.372923 1588.62491 181.372923 -L 1588.62491 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_82"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1625.097882 167.372923 -Q 1625.190489 167.372923 1625.283097 167.372923 -L 1625.283097 167.372923 -Q 1625.494431 170.872923 1625.705765 174.372923 -Q 1625.494431 177.872923 1625.283097 181.372923 -L 1625.283097 181.372923 -Q 1625.190489 181.372923 1625.097882 181.372923 -L 1625.097882 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_83"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1667.193771 196.372308 -Q 1667.286378 196.372308 1667.378985 196.372308 -L 1667.378985 196.372308 -Q 1667.590319 199.872308 1667.801654 203.372308 -Q 1667.590319 206.872308 1667.378985 210.372308 -L 1667.378985 210.372308 -Q 1667.286378 210.372308 1667.193771 210.372308 -L 1667.193771 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_84"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1874.329858 196.372308 -Q 1874.422465 196.372308 1874.515072 196.372308 -L 1874.515072 196.372308 -Q 1874.726407 199.872308 1874.937741 203.372308 -Q 1874.726407 206.872308 1874.515072 210.372308 -L 1874.515072 210.372308 -Q 1874.422465 210.372308 1874.329858 210.372308 -L 1874.329858 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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<path d="M 5.515625 54.6875 -L 48.1875 54.6875 -L 48.1875 46.484375 -L 14.40625 7.171875 -L 48.1875 7.171875 -L 48.1875 0 -L 4.296875 0 -L 4.296875 8.203125 -L 38.09375 47.515625 -L 5.515625 47.515625 -z -" id="DejaVuSans-122"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-68"/> - <use x="77.001953" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> - <use x="151.806641" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="220.214844" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="252.001953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="373.628906" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="428.609375" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="491.988281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="519.771484" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="581.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="622.164062" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> - <use x="702.4375" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="763.716797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="802.925781" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="830.708984" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="891.890625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="955.269531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="987.056641" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1089.396484" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1150.578125" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1189.787109" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1251.310547" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1279.09375" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_18"> - <!-- minor head protein --> - <g transform="translate(3390.046269 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 45.40625 46.390625 -L 45.40625 75.984375 -L 54.390625 75.984375 -L 54.390625 0 -L 45.40625 0 -L 45.40625 8.203125 -Q 42.578125 3.328125 38.25 0.953125 -Q 33.9375 -1.421875 27.875 -1.421875 -Q 17.96875 -1.421875 11.734375 6.484375 -Q 5.515625 14.40625 5.515625 27.296875 -Q 5.515625 40.1875 11.734375 48.09375 -Q 17.96875 56 27.875 56 -Q 33.9375 56 38.25 53.625 -Q 42.578125 51.265625 45.40625 46.390625 -z -M 14.796875 27.296875 -Q 14.796875 17.390625 18.875 11.75 -Q 22.953125 6.109375 30.078125 6.109375 -Q 37.203125 6.109375 41.296875 11.75 -Q 45.40625 17.390625 45.40625 27.296875 -Q 45.40625 37.203125 41.296875 42.84375 -Q 37.203125 48.484375 30.078125 48.484375 -Q 22.953125 48.484375 18.875 42.84375 -Q 14.796875 37.203125 14.796875 27.296875 -z -" id="DejaVuSans-100"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="188.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="290.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="322.65625" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="386.035156" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="447.558594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="508.837891" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="572.314453" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="604.101562" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="667.578125" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="706.441406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="767.623047" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="806.832031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="868.355469" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="896.138672" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_19"> - <!-- baseplate hub protein --> - <g transform="translate(5133.733158 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="586.816406" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="650.195312" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="713.671875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="745.458984" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="808.935547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="847.798828" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="908.980469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="948.189453" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1009.712891" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1037.496094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_20"> - <!-- capsid maturation protease --> - <g transform="translate(3650.439409 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="116.259766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.736328" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="231.835938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="259.619141" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="323.095703" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="354.882812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="452.294922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="513.574219" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="552.783203" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="616.162109" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="657.275391" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="718.554688" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="757.763672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="785.546875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="846.728516" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="910.107422" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="941.894531" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1005.371094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1044.234375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1105.416016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1144.625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1206.148438" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1267.427734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="1319.527344" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - </g> - <g id="text_21"> - <!-- baseplate wedge protein --> - <g transform="translate(5449.112091 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 4.203125 54.6875 -L 13.1875 54.6875 -L 24.421875 12.015625 -L 35.59375 54.6875 -L 46.1875 54.6875 -L 57.421875 12.015625 -L 68.609375 54.6875 -L 77.59375 54.6875 -L 63.28125 0 -L 52.6875 0 -L 40.921875 44.828125 -L 29.109375 0 -L 18.5 0 -z -" id="DejaVuSans-119"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - 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<use x="586.328125" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="649.804688" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="747.216797" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="808.740234" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="872.119141" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - </g> - </g> - <g id="text_23"> - <g id="patch_117"> - <path d="M 1424.341774 174.654996 -L 1538.781306 174.654996 -Q 1542.081306 174.654996 1542.081306 171.354996 -L 1542.081306 148.391465 -Q 1542.081306 145.091465 1538.781306 145.091465 -L 1424.341774 145.091465 -Q 1421.041774 145.091465 1421.041774 148.391465 -L 1421.041774 171.354996 -Q 1421.041774 174.654996 1424.341774 174.654996 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- AAA-ATPase DNA --> - <g transform="translate(1434.991149 156.749746)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 4.890625 31.390625 -L 31.203125 31.390625 -L 31.203125 23.390625 -L 4.890625 23.390625 -z -" id="DejaVuSans-45"/> - <path d="M -0.296875 72.90625 -L 61.375 72.90625 -L 61.375 64.59375 -L 35.5 64.59375 -L 35.5 0 -L 25.59375 0 -L 25.59375 64.59375 -L -0.296875 64.59375 -z -" id="DejaVuSans-84"/> - <path d="M 19.671875 64.796875 -L 19.671875 37.40625 -L 32.078125 37.40625 -Q 38.96875 37.40625 42.71875 40.96875 -Q 46.484375 44.53125 46.484375 51.125 -Q 46.484375 57.671875 42.71875 61.234375 -Q 38.96875 64.796875 32.078125 64.796875 -z -M 9.8125 72.90625 -L 32.078125 72.90625 -Q 44.34375 72.90625 50.609375 67.359375 -Q 56.890625 61.8125 56.890625 51.125 -Q 56.890625 40.328125 50.609375 34.8125 -Q 44.34375 29.296875 32.078125 29.296875 -L 19.671875 29.296875 -L 19.671875 0 -L 9.8125 0 -z -" id="DejaVuSans-80"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="71.158203" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="142.316406" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="208.474609" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="242.308594" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="302.966797" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="364.050781" xlink:href="#DejaVuSans-80"/> - <use x="419.853516" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="481.132812" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="533.232422" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="594.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="626.542969" xlink:href="#DejaVuSans-68"/> - <use x="703.544922" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> - <use x="778.349609" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - </g> - <!-- transposition protein --> - <g transform="translate(1424.341774 169.06734)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="381.738281" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="433.837891" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="461.621094" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="500.830078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="528.613281" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="589.794922" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="653.173828" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="684.960938" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="748.4375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="787.300781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="848.482422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="887.691406" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="949.214844" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="976.998047" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_24"> - <!-- major capsid protein --> - <g transform="translate(3821.366497 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 9.421875 54.6875 -L 18.40625 54.6875 -L 18.40625 -0.984375 -Q 18.40625 -11.421875 14.421875 -16.109375 -Q 10.453125 -20.796875 1.609375 -20.796875 -L -1.8125 -20.796875 -L -1.8125 -13.1875 -L 0.59375 -13.1875 -Q 5.71875 -13.1875 7.5625 -10.8125 -Q 9.421875 -8.453125 9.421875 -0.984375 -z -M 9.421875 75.984375 -L 18.40625 75.984375 -L 18.40625 64.59375 -L 9.421875 64.59375 -z -" id="DejaVuSans-106"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="158.691406" xlink:href="#DejaVuSans-106"/> - <use x="186.474609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="288.769531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="375.537109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="436.816406" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="500.292969" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="552.392578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="580.175781" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="643.652344" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="675.439453" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="738.916016" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="777.779297" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="838.960938" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="878.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="939.693359" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="967.476562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_25"> - <g id="patch_118"> - <path d="M 6349.298578 87.656843 -L 6465.326234 87.656843 -Q 6468.626234 87.656843 6468.626234 84.356843 -L 6468.626234 61.393311 -Q 6468.626234 58.093311 6465.326234 58.093311 -L 6349.298578 58.093311 -Q 6345.998578 58.093311 6345.998578 61.393311 -L 6345.998578 84.356843 -Q 6345.998578 87.656843 6349.298578 87.656843 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- adenine modification --> - <g transform="translate(6349.298578 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="186.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="277.441406" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="340.820312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="402.34375" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="434.130859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="531.542969" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="592.724609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="656.201172" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="683.984375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="719.189453" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="746.972656" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="801.953125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="863.232422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="902.441406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="930.224609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="991.40625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - <!-- enzyme Mom --> - <g transform="translate(6370.342953 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 32.171875 -5.078125 -Q 28.375 -14.84375 24.75 -17.8125 -Q 21.140625 -20.796875 15.09375 -20.796875 -L 7.90625 -20.796875 -L 7.90625 -13.28125 -L 13.1875 -13.28125 -Q 16.890625 -13.28125 18.9375 -11.515625 -Q 21 -9.765625 23.484375 -3.21875 -L 25.09375 0.875 -L 2.984375 54.6875 -L 12.5 54.6875 -L 29.59375 11.921875 -L 46.6875 54.6875 -L 56.203125 54.6875 -z -" id="DejaVuSans-121"/> - <path d="M 9.8125 72.90625 -L 24.515625 72.90625 -L 43.109375 23.296875 -L 61.8125 72.90625 -L 76.515625 72.90625 -L 76.515625 0 -L 66.890625 0 -L 66.890625 64.015625 -L 48.09375 14.015625 -L 38.1875 14.015625 -L 19.390625 64.015625 -L 19.390625 0 -L 9.8125 0 -z -" id="DejaVuSans-77"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="61.523438" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> - <use x="177.392578" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="236.572266" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="333.984375" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="395.507812" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="427.294922" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="513.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="574.755859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - </g> - </g> - <g id="text_26"> - <g id="patch_119"> - <path d="M 5259.724588 124.997123 -L 5388.405682 124.997123 -Q 5391.705682 124.997123 5391.705682 121.697123 -L 5391.705682 111.051185 -Q 5391.705682 107.751185 5388.405682 107.751185 -L 5259.724588 107.751185 -Q 5256.424588 107.751185 5256.424588 111.051185 -L 5256.424588 121.697123 -Q 5256.424588 124.997123 5259.724588 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate spike protein --> - <g transform="translate(5259.724588 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 9.078125 75.984375 -L 18.109375 75.984375 -L 18.109375 31.109375 -L 44.921875 54.6875 -L 56.390625 54.6875 -L 27.390625 29.109375 -L 57.625 0 -L 45.90625 0 -L 18.109375 26.703125 -L 18.109375 0 -L 9.078125 0 -z -" id="DejaVuSans-107"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="575.537109" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="639.013672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="666.796875" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> - <use x="721.082031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="782.605469" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="814.392578" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="877.869141" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="916.732422" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="977.914062" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1017.123047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1078.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1106.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_27"> - <g id="patch_120"> - <path d="M 944.359509 182.995892 -L 1048.278572 182.995892 -Q 1051.578572 182.995892 1051.578572 179.695892 -L 1051.578572 169.049954 -Q 1051.578572 165.749954 1048.278572 165.749954 -L 944.359509 165.749954 -Q 941.059509 165.749954 941.059509 169.049954 -L 941.059509 179.695892 -Q 941.059509 182.995892 944.359509 182.995892 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- repressor protein c --> - <g transform="translate(944.359509 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="163.863281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="202.726562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.25" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="316.349609" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="368.449219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="429.630859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="470.744141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="502.53125" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="566.007812" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="604.871094" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="666.052734" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="705.261719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="766.785156" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="794.568359" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="857.947266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="889.734375" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - </g> - </g> - <g id="text_28"> - <g id="patch_121"> - <path d="M 6212.000767 153.996507 -L 6342.146236 153.996507 -Q 6345.446236 153.996507 6345.446236 150.696507 -L 6345.446236 140.05057 -Q 6345.446236 136.75057 6342.146236 136.75057 -L 6212.000767 136.75057 -Q 6208.700767 136.75057 6208.700767 140.05057 -L 6208.700767 150.696507 -Q 6208.700767 153.996507 6212.000767 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- serine recombinase Gin --> - <g transform="translate(6212.000767 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 59.515625 10.40625 -L 59.515625 29.984375 -L 43.40625 29.984375 -L 43.40625 38.09375 -L 69.28125 38.09375 -L 69.28125 6.78125 -Q 63.578125 2.734375 56.6875 0.65625 -Q 49.8125 -1.421875 42 -1.421875 -Q 24.90625 -1.421875 15.25 8.5625 -Q 5.609375 18.5625 5.609375 36.375 -Q 5.609375 54.25 15.25 64.234375 -Q 24.90625 74.21875 42 74.21875 -Q 49.125 74.21875 55.546875 72.453125 -Q 61.96875 70.703125 67.390625 67.28125 -L 67.390625 56.78125 -Q 61.921875 61.421875 55.765625 63.765625 -Q 49.609375 66.109375 42.828125 66.109375 -Q 29.4375 66.109375 22.71875 58.640625 -Q 16.015625 51.171875 16.015625 36.375 -Q 16.015625 21.625 22.71875 14.15625 -Q 29.4375 6.6875 42.828125 6.6875 -Q 48.046875 6.6875 52.140625 7.59375 -Q 56.25 8.5 59.515625 10.40625 -z -" id="DejaVuSans-71"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="113.623047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="154.736328" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="182.519531" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="245.898438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="307.421875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="339.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="378.072266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="439.595703" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="494.576172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="555.757812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="653.169922" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="716.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="744.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="807.808594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="869.087891" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="921.1875" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="982.710938" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1014.498047" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="1091.988281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1119.771484" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_29"> - <g id="patch_122"> - <path d="M 2748.993944 153.996507 -L 2881.671132 153.996507 -Q 2884.971132 153.996507 2884.971132 150.696507 -L 2884.971132 140.05057 -Q 2884.971132 136.75057 2881.671132 136.75057 -L 2748.993944 136.75057 -Q 2745.693944 136.75057 2745.693944 140.05057 -L 2745.693944 150.696507 -Q 2745.693944 153.996507 2748.993944 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- terminase small subunit --> - <g transform="translate(2748.993944 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="442.048828" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="503.572266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="535.359375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="587.458984" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="684.871094" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="746.150391" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="773.933594" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="801.716797" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="833.503906" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="885.603516" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="948.982422" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="1012.458984" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="1075.837891" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1139.216797" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1167" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - </g> - </g> - <g id="text_30"> - <g id="patch_123"> - <path d="M 4454.715379 145.655612 -L 4589.363973 145.655612 -Q 4592.663973 145.655612 4592.663973 142.355612 -L 4592.663973 119.392081 -Q 4592.663973 116.092081 4589.363973 116.092081 -L 4454.715379 116.092081 -Q 4451.415379 116.092081 4451.415379 119.392081 -L 4451.415379 142.355612 -Q 4451.415379 145.655612 4454.715379 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail assembly chaperone --> - <g transform="translate(4454.715379 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - <!-- frameshift product --> - <g transform="translate(4470.955848 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="35.205078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="76.318359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="137.597656" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="235.009766" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="296.533203" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="348.632812" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="412.011719" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="439.794922" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="473.25" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="512.458984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="544.246094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="607.722656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="646.585938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="707.767578" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="771.244141" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="834.623047" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="889.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - </g> - </g> - <g id="text_31"> - <g id="patch_124"> - <path d="M 2154.950733 124.997123 -L 2231.074171 124.997123 -Q 2234.374171 124.997123 2234.374171 121.697123 -L 2234.374171 111.051185 -Q 2234.374171 107.751185 2231.074171 107.751185 -L 2154.950733 107.751185 -Q 2151.650733 107.751185 2151.650733 111.051185 -L 2151.650733 121.697123 -Q 2151.650733 124.997123 2154.950733 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- protein GemA --> - <g transform="translate(2154.950733 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="464.693359" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="526.216797" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="623.628906" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - </g> - </g> - <g id="text_32"> - <g id="patch_125"> - <path d="M 3710.139262 124.997123 -L 3823.807074 124.997123 -Q 3827.107074 124.997123 3827.107074 121.697123 -L 3827.107074 111.051185 -Q 3827.107074 107.751185 3823.807074 107.751185 -L 3710.139262 107.751185 -Q 3706.839262 107.751185 3706.839262 111.051185 -L 3706.839262 121.697123 -Q 3706.839262 124.997123 3710.139262 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- scaffolding protein Z --> - <g transform="translate(3710.139262 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 5.609375 72.90625 -L 62.890625 72.90625 -L 62.890625 65.375 -L 16.796875 8.296875 -L 64.015625 8.296875 -L 64.015625 0 -L 4.5 0 -L 4.5 7.515625 -L 50.59375 64.59375 -L 5.609375 64.59375 -z -" id="DejaVuSans-90"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="107.080078" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="168.359375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="203.564453" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="238.769531" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="299.951172" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="327.734375" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="391.210938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="418.994141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="482.373047" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="545.849609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="577.636719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="641.113281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="679.976562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="741.158203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="780.367188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="841.890625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="869.673828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="933.052734" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="964.839844" xlink:href="#DejaVuSans-90"/> - </g> - </g> - <g id="text_33"> - <g id="patch_126"> - <path d="M 4065.148206 95.997738 -L 4186.859768 95.997738 -Q 4190.159768 95.997738 4190.159768 92.697738 -L 4190.159768 82.0518 -Q 4190.159768 78.7518 4186.859768 78.7518 -L 4065.148206 78.7518 -Q 4061.848206 78.7518 4061.848206 82.0518 -L 4061.848206 92.697738 -Q 4061.848206 95.997738 4065.148206 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail terminator protein --> - <g transform="translate(4065.148206 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="288.574219" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="327.9375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="425.349609" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="453.132812" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="516.511719" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="577.791016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="617" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="678.181641" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="719.294922" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="751.082031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="814.558594" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="853.421875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="914.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="953.8125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1015.335938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1043.119141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_34"> - <g id="patch_127"> - <path d="M 5571.144577 153.996507 -L 5707.816139 153.996507 -Q 5711.116139 153.996507 5711.116139 150.696507 -L 5711.116139 140.05057 -Q 5711.116139 136.75057 5707.816139 136.75057 -L 5571.144577 136.75057 -Q 5567.844577 136.75057 5567.844577 140.05057 -L 5567.844577 150.696507 -Q 5567.844577 153.996507 5571.144577 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate wedge protein --> - <g transform="translate(5571.144577 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_35"> - <g id="patch_128"> - <path d="M 5964.106946 124.997123 -L 6108.292884 124.997123 -Q 6111.592884 124.997123 6111.592884 121.697123 -L 6111.592884 111.051185 -Q 6111.592884 107.751185 6108.292884 107.751185 -L 5964.106946 107.751185 -Q 5960.806946 107.751185 5960.806946 111.051185 -L 5960.806946 121.697123 -Q 5960.806946 124.997123 5964.106946 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail fiber assembly protein --> - <g transform="translate(5964.106946 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1018.847656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1057.710938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1118.892578" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1158.101562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1219.625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1247.408203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_36"> - <g id="patch_129"> - <path d="M 5869.575003 153.996507 -L 6032.921565 153.996507 -Q 6036.221565 153.996507 6036.221565 150.696507 -L 6036.221565 140.05057 -Q 6036.221565 136.75057 6032.921565 136.75057 -L 5869.575003 136.75057 -Q 5866.275003 136.75057 5866.275003 140.05057 -L 5866.275003 150.696507 -Q 5866.275003 153.996507 5869.575003 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail fiber assembly chaperone --> - <g transform="translate(5869.575003 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="1010.351562" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="1073.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1135.009766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1198.486328" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1260.009766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1298.873047" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1360.054688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1423.433594" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - </g> - <g id="text_37"> - <g id="patch_130"> - <path d="M 1743.90572 182.995892 -L 1898.830407 182.995892 -Q 1902.130407 182.995892 1902.130407 179.695892 -L 1902.130407 169.049954 -Q 1902.130407 165.749954 1898.830407 165.749954 -L 1743.90572 165.749954 -Q 1740.60572 165.749954 1740.60572 169.049954 -L 1740.60572 179.695892 -Q 1740.60572 182.995892 1743.90572 182.995892 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- host nuclease inhibitor Gam --> - <g transform="translate(1743.90572 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - 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<use x="998.974609" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1038.183594" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1099.365234" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1140.478516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1172.265625" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="1249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - </g> - </g> - <g id="text_38"> - <g id="patch_131"> - <path d="M 2492.211677 124.997123 -L 2570.842771 124.997123 -Q 2574.142771 124.997123 2574.142771 121.697123 -L 2574.142771 111.051185 -Q 2574.142771 107.751185 2570.842771 107.751185 -L 2492.211677 107.751185 -Q 2488.911677 107.751185 2488.911677 111.051185 -L 2488.911677 121.697123 -Q 2488.911677 124.997123 2492.211677 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- SAR endolysin --> - <g transform="translate(2492.211677 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 44.390625 34.1875 -Q 47.5625 33.109375 50.5625 29.59375 -Q 53.5625 26.078125 56.59375 19.921875 -L 66.609375 0 -L 56 0 -L 46.6875 18.703125 -Q 43.0625 26.03125 39.671875 28.421875 -Q 36.28125 30.8125 30.421875 30.8125 -L 19.671875 30.8125 -L 19.671875 0 -L 9.8125 0 -L 9.8125 72.90625 -L 32.078125 72.90625 -Q 44.578125 72.90625 50.734375 67.671875 -Q 56.890625 62.453125 56.890625 51.90625 -Q 56.890625 45.015625 53.6875 40.46875 -Q 50.484375 35.9375 44.390625 34.1875 -z -M 19.671875 64.796875 -L 19.671875 38.921875 -L 32.078125 38.921875 -Q 39.203125 38.921875 42.84375 42.21875 -Q 46.484375 45.515625 46.484375 51.90625 -Q 46.484375 58.296875 42.84375 61.546875 -Q 39.203125 64.796875 32.078125 64.796875 -z -" id="DejaVuSans-82"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-83"/> - <use x="65.351562" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="133.759766" xlink:href="#DejaVuSans-82"/> - <use x="203.242188" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="235.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="296.552734" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="359.931641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="423.408203" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="484.589844" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="512.373047" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="571.552734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="623.652344" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="651.435547" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_39"> - <g id="patch_132"> - <path d="M 3495.156132 153.996507 -L 3661.446914 153.996507 -Q 3664.746914 153.996507 3664.746914 150.696507 -L 3664.746914 140.05057 -Q 3664.746914 136.75057 3661.446914 136.75057 -L 3495.156132 136.75057 -Q 3491.856132 136.75057 3491.856132 140.05057 -L 3491.856132 150.696507 -Q 3491.856132 153.996507 3495.156132 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- capsid morphogenesis protein --> - <g transform="translate(3495.156132 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="116.259766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.736328" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="231.835938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="259.619141" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="323.095703" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="354.882812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="452.294922" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="513.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="554.589844" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="618.066406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="681.445312" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="742.626953" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="806.103516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="867.626953" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="931.005859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="992.529297" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="1044.628906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1072.412109" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="1124.511719" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1156.298828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1219.775391" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1258.638672" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1319.820312" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1359.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1420.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1448.335938" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_40"> - <g id="patch_133"> - <path d="M 5333.538361 153.996507 -L 5470.209923 153.996507 -Q 5473.509923 153.996507 5473.509923 150.696507 -L 5473.509923 140.05057 -Q 5473.509923 136.75057 5470.209923 136.75057 -L 5333.538361 136.75057 -Q 5330.238361 136.75057 5330.238361 140.05057 -L 5330.238361 150.696507 -Q 5330.238361 153.996507 5333.538361 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate wedge protein --> - <g transform="translate(5333.538361 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_41"> - <g id="patch_134"> - <path d="M 4444.837282 95.997738 -L 4579.485876 95.997738 -Q 4582.785876 95.997738 4582.785876 92.697738 -L 4582.785876 82.0518 -Q 4582.785876 78.7518 4579.485876 78.7518 -L 4444.837282 78.7518 -Q 4441.537282 78.7518 4441.537282 82.0518 -L 4441.537282 92.697738 -Q 4441.537282 95.997738 4444.837282 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail assembly chaperone --> - <g transform="translate(4444.837282 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - </g> - <g id="text_42"> - <g id="patch_135"> - <path d="M 3990.862968 145.655612 -L 4113.277499 145.655612 -Q 4116.577499 145.655612 4116.577499 142.355612 -L 4116.577499 119.392081 -Q 4116.577499 116.092081 4113.277499 116.092081 -L 3990.862968 116.092081 -Q 3987.562968 116.092081 3987.562968 119.392081 -L 3987.562968 142.355612 -Q 3987.562968 145.655612 3990.862968 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- head-to-tail connector --> - <g transform="translate(3990.862968 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> - <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_43"> - <g id="patch_136"> - <path d="M 2378.625228 153.996507 -L 2513.614134 153.996507 -Q 2516.914134 153.996507 2516.914134 150.696507 -L 2516.914134 140.05057 -Q 2516.914134 136.75057 2513.614134 136.75057 -L 2378.625228 136.75057 -Q 2375.325228 136.75057 2375.325228 140.05057 -L 2375.325228 150.696507 -Q 2375.325228 153.996507 2378.625228 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- transcription regulator C --> - <g transform="translate(2378.625228 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 64.40625 67.28125 -L 64.40625 56.890625 -Q 59.421875 61.53125 53.78125 63.8125 -Q 48.140625 66.109375 41.796875 66.109375 -Q 29.296875 66.109375 22.65625 58.46875 -Q 16.015625 50.828125 16.015625 36.375 -Q 16.015625 21.96875 22.65625 14.328125 -Q 29.296875 6.6875 41.796875 6.6875 -Q 48.140625 6.6875 53.78125 8.984375 -Q 59.421875 11.28125 64.40625 15.921875 -L 64.40625 5.609375 -Q 59.234375 2.09375 53.4375 0.328125 -Q 47.65625 -1.421875 41.21875 -1.421875 -Q 24.65625 -1.421875 15.125 8.703125 -Q 5.609375 18.84375 5.609375 36.375 -Q 5.609375 53.953125 15.125 64.078125 -Q 24.65625 74.21875 41.21875 74.21875 -Q 47.75 74.21875 53.53125 72.484375 -Q 59.328125 70.75 64.40625 67.28125 -z -" id="DejaVuSans-67"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="312.060547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="353.173828" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="380.957031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="444.433594" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="483.642578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="511.425781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="572.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="635.986328" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="667.773438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="706.636719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="768.160156" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="831.636719" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="895.015625" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="922.798828" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="984.078125" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1023.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1084.46875" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1125.582031" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1157.369141" xlink:href="#DejaVuSans-67"/> - </g> - </g> - <g id="text_44"> - <g id="patch_137"> - <path d="M 3927.871106 87.656843 -L 4050.285637 87.656843 -Q 4053.585637 87.656843 4053.585637 84.356843 -L 4053.585637 61.393311 -Q 4053.585637 58.093311 4050.285637 58.093311 -L 3927.871106 58.093311 -Q 3924.571106 58.093311 3924.571106 61.393311 -L 3924.571106 84.356843 -Q 3924.571106 87.656843 3927.871106 87.656843 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- head-to-tail connector --> - <g transform="translate(3927.871106 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - <!-- complex protein --> - <g transform="translate(3944.472512 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> - <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_45"> - <g id="patch_138"> - <path d="M 2185.17723 153.996507 -L 2342.788324 153.996507 -Q 2346.088324 153.996507 2346.088324 150.696507 -L 2346.088324 140.05057 -Q 2346.088324 136.75057 2342.788324 136.75057 -L 2185.17723 136.75057 -Q 2181.87723 136.75057 2181.87723 140.05057 -L 2181.87723 150.696507 -Q 2181.87723 153.996507 2185.17723 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- middle operon regulator Mor --> - <g transform="translate(2185.17723 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="188.671875" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="252.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="279.931641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="341.455078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="373.242188" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="434.423828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="559.423828" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="598.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="659.46875" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="722.847656" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="754.634766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="793.498047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.021484" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="918.498047" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="981.876953" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="1009.660156" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1070.939453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1110.148438" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1171.330078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1212.443359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1244.230469" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="1330.509766" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1391.691406" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - </g> - <g id="text_46"> - <!-- i-spanin --> - <g transform="translate(2576.047707 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_47"> - <g id="patch_139"> - <path d="M 2343.069584 95.997738 -L 2386.865053 95.997738 -Q 2390.165053 95.997738 2390.165053 92.697738 -L 2390.165053 82.0518 -Q 2390.165053 78.7518 2386.865053 78.7518 -L 2343.069584 78.7518 -Q 2339.769584 78.7518 2339.769584 82.0518 -L 2339.769584 92.697738 -Q 2339.769584 95.997738 2343.069584 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- pinholin --> - <g transform="translate(2343.069584 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="279.199219" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_48"> - <g id="patch_140"> - <path d="M 4406.469064 66.998353 -L 4494.757814 66.998353 -Q 4498.057814 66.998353 4498.057814 63.698353 -L 4498.057814 53.052416 -Q 4498.057814 49.752416 4494.757814 49.752416 -L 4406.469064 49.752416 -Q 4403.169064 49.752416 4403.169064 53.052416 -L 4403.169064 63.698353 -Q 4403.169064 66.998353 4406.469064 66.998353 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail tube protein --> - <g transform="translate(4406.469064 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="290.429688" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="353.90625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="415.429688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="447.216797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="510.693359" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="549.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="610.738281" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="711.470703" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="739.253906" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_49"> - <g id="patch_141"> - <path d="M 2608.224664 153.996507 -L 2655.583101 153.996507 -Q 2658.883101 153.996507 2658.883101 150.696507 -L 2658.883101 140.05057 -Q 2658.883101 136.75057 2655.583101 136.75057 -L 2608.224664 136.75057 -Q 2604.924664 136.75057 2604.924664 140.05057 -L 2604.924664 150.696507 -Q 2604.924664 153.996507 2608.224664 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- o-spanin --> - <g transform="translate(2608.224664 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="63.056641" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="99.140625" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="151.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="214.716797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="275.996094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="339.375" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="367.158203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_50"> - <g id="patch_142"> - <path d="M 2681.7992 153.996507 -L 2725.164981 153.996507 -Q 2728.464981 153.996507 2728.464981 150.696507 -L 2728.464981 140.05057 -Q 2728.464981 136.75057 2725.164981 136.75057 -L 2681.7992 136.75057 -Q 2678.4992 136.75057 2678.4992 140.05057 -L 2678.4992 150.696507 -Q 2678.4992 153.996507 2681.7992 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- releasin --> - <g transform="translate(2681.7992 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_51"> - <g id="patch_143"> - <path d="M 2690.192257 116.656227 -L 2805.370851 116.656227 -Q 2808.670851 116.656227 2808.670851 113.356227 -L 2808.670851 90.392696 -Q 2808.670851 87.092696 2805.370851 87.092696 -L 2690.192257 87.092696 -Q 2686.892257 87.092696 2686.892257 90.392696 -L 2686.892257 113.356227 -Q 2686.892257 116.656227 2690.192257 116.656227 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- winged HTH domain- --> - <g transform="translate(2690.192257 98.750977)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 9.8125 72.90625 -L 19.671875 72.90625 -L 19.671875 43.015625 -L 55.515625 43.015625 -L 55.515625 72.90625 -L 65.375 72.90625 -L 65.375 0 -L 55.515625 0 -L 55.515625 34.71875 -L 19.671875 34.71875 -L 19.671875 0 -L 9.8125 0 -z -" id="DejaVuSans-72"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="81.787109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="109.570312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="172.949219" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="236.425781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="297.949219" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="361.425781" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="393.212891" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> - <use x="468.408203" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="529.492188" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> - <use x="604.6875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="636.474609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="699.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="761.132812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="858.544922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="919.824219" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="947.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1010.986328" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - </g> - <!-- containing protein --> - <g transform="translate(2697.564836 111.068571)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="179.541016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="218.75" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="280.029297" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="307.8125" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="371.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="398.974609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="462.353516" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="525.830078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="557.617188" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="621.09375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="659.957031" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="721.138672" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="760.347656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="821.871094" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="849.654297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_52"> - <g id="patch_144"> - <path d="M 1017.696991 153.996507 -L 1150.77121 153.996507 -Q 1154.07121 153.996507 1154.07121 150.696507 -L 1154.07121 140.05057 -Q 1154.07121 136.75057 1150.77121 136.75057 -L 1017.696991 136.75057 -Q 1014.396991 136.75057 1014.396991 140.05057 -L 1014.396991 150.696507 -Q 1014.396991 153.996507 1017.696991 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- DNA binding protein ner --> - <g transform="translate(1017.696991 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-68"/> - <use x="77.001953" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> - <use x="151.806641" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="220.214844" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="252.001953" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="315.478516" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="343.261719" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="406.640625" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="470.117188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="561.279297" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="624.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="656.542969" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="720.019531" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="758.882812" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="820.064453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="859.273438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="920.796875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="948.580078" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1011.958984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1043.746094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1107.125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1168.648438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - </g> - <g id="text_53"> - <g id="patch_145"> - <path d="M 1545.207017 124.997123 -L 1600.280923 124.997123 -Q 1603.580923 124.997123 1603.580923 121.697123 -L 1603.580923 111.051185 -Q 1603.580923 107.751185 1600.280923 107.751185 -L 1545.207017 107.751185 -Q 1541.907017 107.751185 1541.907017 111.051185 -L 1541.907017 121.697123 -Q 1541.907017 124.997123 1545.207017 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- protein kil --> - <g transform="translate(1545.207017 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> - <use x="445.113281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="472.896484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - </g> - </g> - <g id="text_54"> - <g id="patch_146"> - <path d="M 4130.568138 145.655612 -L 4231.618606 145.655612 -Q 4234.918606 145.655612 4234.918606 142.355612 -L 4234.918606 119.392081 -Q 4234.918606 116.092081 4231.618606 116.092081 -L 4130.568138 116.092081 -Q 4127.268138 116.092081 4127.268138 119.392081 -L 4127.268138 142.355612 -Q 4127.268138 145.655612 4130.568138 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- putative sheath --> - <g transform="translate(4137.77056 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 2.984375 54.6875 -L 12.5 54.6875 -L 29.59375 8.796875 -L 46.6875 54.6875 -L 56.203125 54.6875 -L 35.6875 0 -L 23.484375 0 -z -" id="DejaVuSans-118"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="126.855469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="166.064453" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="227.34375" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="266.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="294.335938" xlink:href="#DejaVuSans-118"/> - <use x="353.515625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="415.039062" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="446.826172" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="498.925781" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="562.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="623.828125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="685.107422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="724.316406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - </g> - <!-- terminator protein --> - <g transform="translate(4130.568138 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - 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</g> - </g> - <g id="xtick_10"> - <g id="line2d_12"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> - </g> - </g> - <g id="text_10"> - <!-- 8,400 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(111.174688 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> - <defs> - <path d="M 37.796875 64.3125 -L 12.890625 25.390625 -L 37.796875 25.390625 -z -M 35.203125 72.90625 -L 47.609375 72.90625 -L 47.609375 25.390625 -L 58.015625 25.390625 -L 58.015625 17.1875 -L 47.609375 17.1875 -L 47.609375 0 -L 37.796875 0 -L 37.796875 17.1875 -L 4.890625 17.1875 -L 4.890625 26.703125 -z -" id="DejaVuSans-52"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_11"> - <g id="line2d_13"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="211.505313" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> - </g> - </g> - <g id="text_11"> - <!-- 8,550 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(197.19125 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_12"> - <g id="line2d_14"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="297.521875" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> - </g> - </g> - <g id="text_12"> - <!-- 8,700 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(283.207813 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-55"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_13"> - <g id="line2d_15"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="383.538438" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> - </g> - </g> - <g id="text_13"> - <!-- 8,850 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(369.224375 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_14"> - <g id="line2d_16"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> - </g> - </g> - <g id="text_14"> - <!-- 9,000 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(455.240938 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - 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</g> - <g id="matplotlib.axis_4"> - <g id="xtick_25"> - <g id="line2d_32"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472188" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> - </g> - </g> - <g id="text_31"> - <!-- 10,650 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(21.976875 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-54"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> - <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_26"> - <g id="line2d_33"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> - </g> - </g> - <g id="text_32"> - <!-- 10,800 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(107.993438 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - 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</g> - <g id="patch_11"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 616.366461 196.372308 -Q 632.209192 196.372308 648.051923 196.372308 -L 648.051923 196.372308 -Q 648.053857 199.872308 648.055791 203.372308 -Q 648.053857 206.872308 648.051923 210.372308 -L 648.051923 210.372308 -Q 632.209192 210.372308 616.366461 210.372308 -L 616.366461 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_12"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 219.691929 181.372923 -Q 208.994366 181.372923 198.296802 181.372923 -L 198.296802 181.372923 -Q 194.098149 177.872923 189.899496 174.372923 -Q 194.098149 170.872923 198.296802 167.372923 -L 198.296802 167.372923 -Q 208.994366 167.372923 219.691929 167.372923 -L 219.691929 181.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_13"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 340.758559 167.372923 -Q 348.778273 167.372923 356.797988 167.372923 -L 356.797988 167.372923 -Q 360.996519 170.872923 365.195049 174.372923 -Q 360.996519 177.872923 356.797988 181.372923 -L 356.797988 181.372923 -Q 348.778273 181.372923 340.758559 181.372923 -L 340.758559 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_14"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 594.719525 167.372923 -Q 601.398211 167.372923 608.076897 167.372923 -L 608.076897 167.372923 -Q 612.27747 170.872923 616.478044 174.372923 -Q 612.27747 177.872923 608.076897 181.372923 -L 608.076897 181.372923 -Q 601.398211 181.372923 594.719525 181.372923 -L 594.719525 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_15"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 142.477084 167.372923 -Q 148.486787 167.372923 154.496491 167.372923 -L 154.496491 167.372923 -Q 158.696554 170.872923 162.896617 174.372923 -Q 158.696554 177.872923 154.496491 181.372923 -L 154.496491 181.372923 -Q 148.486787 181.372923 142.477084 181.372923 -L 142.477084 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_16"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 197.040753 196.372308 -Q 202.214613 196.372308 207.388472 196.372308 -L 207.388472 196.372308 -Q 211.587513 199.872308 215.786554 203.372308 -Q 211.587513 206.872308 207.388472 210.372308 -L 207.388472 210.372308 -Q 202.214613 210.372308 197.040753 210.372308 -L 197.040753 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_17"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 405.81095 196.372308 -Q 408.306838 196.372308 410.802726 196.372308 -L 410.802726 196.372308 -Q 415.001767 199.872308 419.200808 203.372308 -Q 415.001767 206.872308 410.802726 210.372308 -L 410.802726 210.372308 -Q 408.306838 210.372308 405.81095 210.372308 -L 405.81095 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_18"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 141.24968 167.372923 -Q 141.352981 167.372923 141.456281 167.372923 -L 141.456281 167.372923 -Q 141.687727 170.872923 141.919173 174.372923 -Q 141.687727 177.872923 141.456281 181.372923 -L 141.456281 181.372923 -Q 141.352981 181.372923 141.24968 181.372923 -L 141.24968 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_19"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 226.163694 196.372308 -Q 226.266994 196.372308 226.370295 196.372308 -L 226.370295 196.372308 -Q 226.601741 199.872308 226.833187 203.372308 -Q 226.601741 206.872308 226.370295 210.372308 -L 226.370295 210.372308 -Q 226.266994 210.372308 226.163694 210.372308 -L 226.163694 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_22"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2151.068534 196.372308 -Q 2188.812684 196.372308 2226.556834 196.372308 -L 2226.556834 196.372308 -Q 2230.756602 199.872308 2234.95637 203.372308 -Q 2230.756602 206.872308 2226.556834 210.372308 -L 2226.556834 210.372308 -Q 2188.812684 210.372308 2151.068534 210.372308 -L 2151.068534 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_23"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3725.02925 138.373538 -Q 3762.7734 138.373538 3800.51755 138.373538 -L 3800.51755 138.373538 -Q 3804.717318 141.873538 3808.917086 145.373538 -Q 3804.717318 148.873538 3800.51755 152.373538 -L 3800.51755 152.373538 -Q 3762.7734 152.373538 3725.02925 152.373538 -L 3725.02925 138.373538 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_24"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4084.288025 196.372308 -Q 4121.804129 196.372308 4159.320232 196.372308 -L 4159.320232 196.372308 -Q 4163.520091 199.872308 4167.719949 203.372308 -Q 4163.520091 206.872308 4159.320232 210.372308 -L 4159.320232 210.372308 -Q 4121.804129 210.372308 4084.288025 210.372308 -L 4084.288025 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_28"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1956.697987 167.372923 -Q 1992.847376 167.372923 2028.996766 167.372923 -L 2028.996766 167.372923 -Q 2033.195602 170.872923 2037.394438 174.372923 -Q 2033.195602 177.872923 2028.996766 181.372923 -L 2028.996766 181.372923 -Q 1992.847376 181.372923 1956.697987 181.372923 -L 1956.697987 167.372923 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_29"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5911.128015 196.372308 -Q 5947.048683 196.372308 5982.969352 196.372308 -L 5982.969352 196.372308 -Q 5987.168953 199.872308 5991.368554 203.372308 -Q 5987.168953 206.872308 5982.969352 210.372308 -L 5982.969352 210.372308 -Q 5947.048683 210.372308 5911.128015 210.372308 -L 5911.128015 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_30"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1781.47575 196.372308 -Q 1817.167975 196.372308 1852.860201 196.372308 -L 1852.860201 196.372308 -Q 1857.060289 199.872308 1861.260376 203.372308 -Q 1857.060289 206.872308 1852.860201 210.372308 -L 1852.860201 210.372308 -Q 1817.167975 210.372308 1781.47575 210.372308 -L 1781.47575 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_67"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1408.38764 196.372308 -Q 1408.504883 196.372308 1408.622126 196.372308 -L 1408.622126 196.372308 -Q 1408.88481 199.872308 1409.147493 203.372308 -Q 1408.88481 206.872308 1408.622126 210.372308 -L 1408.622126 210.372308 -Q 1408.504883 210.372308 1408.38764 210.372308 -L 1408.38764 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_68"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1553.215733 196.372308 -Q 1553.332976 196.372308 1553.450219 196.372308 -L 1553.450219 196.372308 -Q 1553.712903 199.872308 1553.975587 203.372308 -Q 1553.712903 206.872308 1553.450219 210.372308 -L 1553.450219 210.372308 -Q 1553.332976 210.372308 1553.215733 210.372308 -L 1553.215733 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_69"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1779.34816 196.372308 -Q 1779.465403 196.372308 1779.582646 196.372308 -L 1779.582646 196.372308 -Q 1779.84533 199.872308 1780.108014 203.372308 -Q 1779.84533 206.872308 1779.582646 210.372308 -L 1779.582646 210.372308 -Q 1779.465403 210.372308 1779.34816 210.372308 -L 1779.34816 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_70"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2232.372868 167.372923 -Q 2232.490111 167.372923 2232.607354 167.372923 -L 2232.607354 167.372923 -Q 2232.870037 170.872923 2233.132721 174.372923 -Q 2232.870037 177.872923 2232.607354 181.372923 -L 2232.607354 181.372923 -Q 2232.490111 181.372923 2232.372868 181.372923 -L 2232.372868 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_71"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2412.458167 196.372308 -Q 2412.57541 196.372308 2412.692653 196.372308 -L 2412.692653 196.372308 -Q 2412.955337 199.872308 2413.218021 203.372308 -Q 2412.955337 206.872308 2412.692653 210.372308 -L 2412.692653 210.372308 -Q 2412.57541 210.372308 2412.458167 210.372308 -L 2412.458167 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_72"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2770.045264 196.372308 -Q 2770.162507 196.372308 2770.27975 196.372308 -L 2770.27975 196.372308 -Q 2770.542434 199.872308 2770.805118 203.372308 -Q 2770.542434 206.872308 2770.27975 210.372308 -L 2770.27975 210.372308 -Q 2770.162507 210.372308 2770.045264 210.372308 -L 2770.045264 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_73"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3110.003758 167.372923 -Q 3110.121001 167.372923 3110.238244 167.372923 -L 3110.238244 167.372923 -Q 3110.500928 170.872923 3110.763612 174.372923 -Q 3110.500928 177.872923 3110.238244 181.372923 -L 3110.238244 181.372923 -Q 3110.121001 181.372923 3110.003758 181.372923 -L 3110.003758 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_74"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3340.695307 196.372308 -Q 3340.81255 196.372308 3340.929793 196.372308 -L 3340.929793 196.372308 -Q 3341.192477 199.872308 3341.45516 203.372308 -Q 3341.192477 206.872308 3340.929793 210.372308 -L 3340.929793 210.372308 -Q 3340.81255 210.372308 3340.695307 210.372308 -L 3340.695307 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_75"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3722.90166 167.372923 -Q 3723.018903 167.372923 3723.136146 167.372923 -L 3723.136146 167.372923 -Q 3723.39883 170.872923 3723.661514 174.372923 -Q 3723.39883 177.872923 3723.136146 181.372923 -L 3723.136146 181.372923 -Q 3723.018903 181.372923 3722.90166 181.372923 -L 3722.90166 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</g> - <g id="patch_79"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6334.06252 196.372308 -Q 6334.179763 196.372308 6334.297006 196.372308 -L 6334.297006 196.372308 -Q 6334.55969 199.872308 6334.822374 203.372308 -Q 6334.55969 206.872308 6334.297006 210.372308 -L 6334.297006 210.372308 -Q 6334.179763 210.372308 6334.06252 210.372308 -L 6334.06252 196.372308 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_80"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1100.039055 167.372923 -Q 1100.131662 167.372923 1100.224269 167.372923 -L 1100.224269 167.372923 -Q 1100.435603 170.872923 1100.646938 174.372923 -Q 1100.435603 177.872923 1100.224269 181.372923 -L 1100.224269 181.372923 -Q 1100.131662 181.372923 1100.039055 181.372923 -L 1100.039055 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_81"> - <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1588.62491 167.372923 -Q 1588.717517 167.372923 1588.810124 167.372923 -L 1588.810124 167.372923 -Q 1589.021459 170.872923 1589.232793 174.372923 -Q 1589.021459 177.872923 1588.810124 181.372923 -L 1588.810124 181.372923 -Q 1588.717517 181.372923 1588.62491 181.372923 -L 1588.62491 167.372923 -z -" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="188.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="290.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="322.65625" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="386.035156" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="447.558594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="508.837891" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="572.314453" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="604.101562" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="667.578125" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="706.441406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="767.623047" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="806.832031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="868.355469" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="896.138672" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_19"> - <!-- baseplate hub protein --> - <g transform="translate(5133.733158 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="586.816406" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="650.195312" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="713.671875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="745.458984" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="808.935547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="847.798828" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="908.980469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="948.189453" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - 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<path d="M 19.671875 64.796875 -L 19.671875 37.40625 -L 32.078125 37.40625 -Q 38.96875 37.40625 42.71875 40.96875 -Q 46.484375 44.53125 46.484375 51.125 -Q 46.484375 57.671875 42.71875 61.234375 -Q 38.96875 64.796875 32.078125 64.796875 -z -M 9.8125 72.90625 -L 32.078125 72.90625 -Q 44.34375 72.90625 50.609375 67.359375 -Q 56.890625 61.8125 56.890625 51.125 -Q 56.890625 40.328125 50.609375 34.8125 -Q 44.34375 29.296875 32.078125 29.296875 -L 19.671875 29.296875 -L 19.671875 0 -L 9.8125 0 -z -" id="DejaVuSans-80"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="71.158203" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="142.316406" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="208.474609" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="242.308594" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="302.966797" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="364.050781" xlink:href="#DejaVuSans-80"/> - <use x="419.853516" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="481.132812" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="533.232422" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - 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<use x="684.960938" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="748.4375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="787.300781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="848.482422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="887.691406" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="949.214844" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="976.998047" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_24"> - <!-- major capsid protein --> - <g transform="translate(3821.366497 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 9.421875 54.6875 -L 18.40625 54.6875 -L 18.40625 -0.984375 -Q 18.40625 -11.421875 14.421875 -16.109375 -Q 10.453125 -20.796875 1.609375 -20.796875 -L -1.8125 -20.796875 -L -1.8125 -13.1875 -L 0.59375 -13.1875 -Q 5.71875 -13.1875 7.5625 -10.8125 -Q 9.421875 -8.453125 9.421875 -0.984375 -z -M 9.421875 75.984375 -L 18.40625 75.984375 -L 18.40625 64.59375 -L 9.421875 64.59375 -z -" id="DejaVuSans-106"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="158.691406" xlink:href="#DejaVuSans-106"/> - <use x="186.474609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="288.769531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="375.537109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="436.816406" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="500.292969" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="552.392578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="580.175781" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="643.652344" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="675.439453" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="738.916016" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="777.779297" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="838.960938" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="878.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="939.693359" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="967.476562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_25"> - <g id="patch_118"> - <path d="M 6349.298578 87.656843 -L 6465.326234 87.656843 -Q 6468.626234 87.656843 6468.626234 84.356843 -L 6468.626234 61.393311 -Q 6468.626234 58.093311 6465.326234 58.093311 -L 6349.298578 58.093311 -Q 6345.998578 58.093311 6345.998578 61.393311 -L 6345.998578 84.356843 -Q 6345.998578 87.656843 6349.298578 87.656843 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- adenine modification --> - <g transform="translate(6349.298578 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="186.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="277.441406" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="340.820312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="402.34375" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="434.130859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="531.542969" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="592.724609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="656.201172" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="683.984375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="719.189453" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="746.972656" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="801.953125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="863.232422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="902.441406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="930.224609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="991.40625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - <!-- enzyme Mom --> - <g transform="translate(6370.342953 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 32.171875 -5.078125 -Q 28.375 -14.84375 24.75 -17.8125 -Q 21.140625 -20.796875 15.09375 -20.796875 -L 7.90625 -20.796875 -L 7.90625 -13.28125 -L 13.1875 -13.28125 -Q 16.890625 -13.28125 18.9375 -11.515625 -Q 21 -9.765625 23.484375 -3.21875 -L 25.09375 0.875 -L 2.984375 54.6875 -L 12.5 54.6875 -L 29.59375 11.921875 -L 46.6875 54.6875 -L 56.203125 54.6875 -z -" id="DejaVuSans-121"/> - <path d="M 9.8125 72.90625 -L 24.515625 72.90625 -L 43.109375 23.296875 -L 61.8125 72.90625 -L 76.515625 72.90625 -L 76.515625 0 -L 66.890625 0 -L 66.890625 64.015625 -L 48.09375 14.015625 -L 38.1875 14.015625 -L 19.390625 64.015625 -L 19.390625 0 -L 9.8125 0 -z -" id="DejaVuSans-77"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="61.523438" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> - <use x="177.392578" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="236.572266" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="333.984375" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="395.507812" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="427.294922" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="513.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="574.755859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - </g> - </g> - <g id="text_26"> - <g id="patch_119"> - <path d="M 5259.724588 124.997123 -L 5388.405682 124.997123 -Q 5391.705682 124.997123 5391.705682 121.697123 -L 5391.705682 111.051185 -Q 5391.705682 107.751185 5388.405682 107.751185 -L 5259.724588 107.751185 -Q 5256.424588 107.751185 5256.424588 111.051185 -L 5256.424588 121.697123 -Q 5256.424588 124.997123 5259.724588 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate spike protein --> - <g transform="translate(5259.724588 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 9.078125 75.984375 -L 18.109375 75.984375 -L 18.109375 31.109375 -L 44.921875 54.6875 -L 56.390625 54.6875 -L 27.390625 29.109375 -L 57.625 0 -L 45.90625 0 -L 18.109375 26.703125 -L 18.109375 0 -L 9.078125 0 -z -" id="DejaVuSans-107"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="575.537109" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="639.013672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="666.796875" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> - <use x="721.082031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="782.605469" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="814.392578" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="877.869141" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="916.732422" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="977.914062" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1017.123047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1078.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1106.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_27"> - <g id="patch_120"> - <path d="M 944.359509 182.995892 -L 1048.278572 182.995892 -Q 1051.578572 182.995892 1051.578572 179.695892 -L 1051.578572 169.049954 -Q 1051.578572 165.749954 1048.278572 165.749954 -L 944.359509 165.749954 -Q 941.059509 165.749954 941.059509 169.049954 -L 941.059509 179.695892 -Q 941.059509 182.995892 944.359509 182.995892 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- repressor protein c --> - <g transform="translate(944.359509 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="163.863281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="202.726562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.25" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="316.349609" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="368.449219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="429.630859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="470.744141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="502.53125" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="566.007812" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="604.871094" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="666.052734" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="705.261719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="766.785156" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="794.568359" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="857.947266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="889.734375" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - </g> - </g> - <g id="text_28"> - <g id="patch_121"> - <path d="M 6212.000767 153.996507 -L 6342.146236 153.996507 -Q 6345.446236 153.996507 6345.446236 150.696507 -L 6345.446236 140.05057 -Q 6345.446236 136.75057 6342.146236 136.75057 -L 6212.000767 136.75057 -Q 6208.700767 136.75057 6208.700767 140.05057 -L 6208.700767 150.696507 -Q 6208.700767 153.996507 6212.000767 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- serine recombinase Gin --> - <g transform="translate(6212.000767 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 59.515625 10.40625 -L 59.515625 29.984375 -L 43.40625 29.984375 -L 43.40625 38.09375 -L 69.28125 38.09375 -L 69.28125 6.78125 -Q 63.578125 2.734375 56.6875 0.65625 -Q 49.8125 -1.421875 42 -1.421875 -Q 24.90625 -1.421875 15.25 8.5625 -Q 5.609375 18.5625 5.609375 36.375 -Q 5.609375 54.25 15.25 64.234375 -Q 24.90625 74.21875 42 74.21875 -Q 49.125 74.21875 55.546875 72.453125 -Q 61.96875 70.703125 67.390625 67.28125 -L 67.390625 56.78125 -Q 61.921875 61.421875 55.765625 63.765625 -Q 49.609375 66.109375 42.828125 66.109375 -Q 29.4375 66.109375 22.71875 58.640625 -Q 16.015625 51.171875 16.015625 36.375 -Q 16.015625 21.625 22.71875 14.15625 -Q 29.4375 6.6875 42.828125 6.6875 -Q 48.046875 6.6875 52.140625 7.59375 -Q 56.25 8.5 59.515625 10.40625 -z -" id="DejaVuSans-71"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="113.623047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="154.736328" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="182.519531" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="245.898438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="307.421875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="339.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="378.072266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="439.595703" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="494.576172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="555.757812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="653.169922" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="716.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="744.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="807.808594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="869.087891" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="921.1875" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="982.710938" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1014.498047" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="1091.988281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1119.771484" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_29"> - <g id="patch_122"> - <path d="M 2748.993944 153.996507 -L 2881.671132 153.996507 -Q 2884.971132 153.996507 2884.971132 150.696507 -L 2884.971132 140.05057 -Q 2884.971132 136.75057 2881.671132 136.75057 -L 2748.993944 136.75057 -Q 2745.693944 136.75057 2745.693944 140.05057 -L 2745.693944 150.696507 -Q 2745.693944 153.996507 2748.993944 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- terminase small subunit --> - <g transform="translate(2748.993944 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="442.048828" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="503.572266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="535.359375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="587.458984" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="684.871094" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="746.150391" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="773.933594" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="801.716797" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="833.503906" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="885.603516" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="948.982422" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="1012.458984" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="1075.837891" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1139.216797" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1167" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - </g> - </g> - <g id="text_30"> - <g id="patch_123"> - <path d="M 4454.715379 145.655612 -L 4589.363973 145.655612 -Q 4592.663973 145.655612 4592.663973 142.355612 -L 4592.663973 119.392081 -Q 4592.663973 116.092081 4589.363973 116.092081 -L 4454.715379 116.092081 -Q 4451.415379 116.092081 4451.415379 119.392081 -L 4451.415379 142.355612 -Q 4451.415379 145.655612 4454.715379 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail assembly chaperone --> - <g transform="translate(4454.715379 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - <!-- frameshift product --> - <g transform="translate(4470.955848 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="35.205078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="76.318359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="137.597656" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="235.009766" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="296.533203" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="348.632812" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="412.011719" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="439.794922" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="473.25" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="512.458984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="544.246094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="607.722656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="646.585938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="707.767578" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="771.244141" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="834.623047" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="889.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - </g> - </g> - <g id="text_31"> - <g id="patch_124"> - <path d="M 2154.950733 124.997123 -L 2231.074171 124.997123 -Q 2234.374171 124.997123 2234.374171 121.697123 -L 2234.374171 111.051185 -Q 2234.374171 107.751185 2231.074171 107.751185 -L 2154.950733 107.751185 -Q 2151.650733 107.751185 2151.650733 111.051185 -L 2151.650733 121.697123 -Q 2151.650733 124.997123 2154.950733 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- protein GemA --> - <g transform="translate(2154.950733 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="464.693359" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="526.216797" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="623.628906" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - </g> - </g> - <g id="text_32"> - <g id="patch_125"> - <path d="M 3710.139262 124.997123 -L 3823.807074 124.997123 -Q 3827.107074 124.997123 3827.107074 121.697123 -L 3827.107074 111.051185 -Q 3827.107074 107.751185 3823.807074 107.751185 -L 3710.139262 107.751185 -Q 3706.839262 107.751185 3706.839262 111.051185 -L 3706.839262 121.697123 -Q 3706.839262 124.997123 3710.139262 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- scaffolding protein Z --> - <g transform="translate(3710.139262 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 5.609375 72.90625 -L 62.890625 72.90625 -L 62.890625 65.375 -L 16.796875 8.296875 -L 64.015625 8.296875 -L 64.015625 0 -L 4.5 0 -L 4.5 7.515625 -L 50.59375 64.59375 -L 5.609375 64.59375 -z -" id="DejaVuSans-90"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="107.080078" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="168.359375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="203.564453" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="238.769531" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="299.951172" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="327.734375" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="391.210938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="418.994141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="482.373047" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="545.849609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="577.636719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="641.113281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="679.976562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="741.158203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="780.367188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="841.890625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="869.673828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="933.052734" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="964.839844" xlink:href="#DejaVuSans-90"/> - </g> - </g> - <g id="text_33"> - <g id="patch_126"> - <path d="M 4065.148206 95.997738 -L 4186.859768 95.997738 -Q 4190.159768 95.997738 4190.159768 92.697738 -L 4190.159768 82.0518 -Q 4190.159768 78.7518 4186.859768 78.7518 -L 4065.148206 78.7518 -Q 4061.848206 78.7518 4061.848206 82.0518 -L 4061.848206 92.697738 -Q 4061.848206 95.997738 4065.148206 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail terminator protein --> - <g transform="translate(4065.148206 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="288.574219" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="327.9375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="425.349609" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="453.132812" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="516.511719" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="577.791016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="617" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="678.181641" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="719.294922" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="751.082031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="814.558594" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="853.421875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="914.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="953.8125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1015.335938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1043.119141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_34"> - <g id="patch_127"> - <path d="M 5571.144577 153.996507 -L 5707.816139 153.996507 -Q 5711.116139 153.996507 5711.116139 150.696507 -L 5711.116139 140.05057 -Q 5711.116139 136.75057 5707.816139 136.75057 -L 5571.144577 136.75057 -Q 5567.844577 136.75057 5567.844577 140.05057 -L 5567.844577 150.696507 -Q 5567.844577 153.996507 5571.144577 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate wedge protein --> - <g transform="translate(5571.144577 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - 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</g> - <!-- tail fiber assembly protein --> - <g transform="translate(5964.106946 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1018.847656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1057.710938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1118.892578" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1158.101562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1219.625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1247.408203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_36"> - <g id="patch_129"> - <path d="M 5869.575003 153.996507 -L 6032.921565 153.996507 -Q 6036.221565 153.996507 6036.221565 150.696507 -L 6036.221565 140.05057 -Q 6036.221565 136.75057 6032.921565 136.75057 -L 5869.575003 136.75057 -Q 5866.275003 136.75057 5866.275003 140.05057 -L 5866.275003 150.696507 -Q 5866.275003 153.996507 5869.575003 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail fiber assembly chaperone --> - <g transform="translate(5869.575003 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> - <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> - <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="1010.351562" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="1073.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1135.009766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1198.486328" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1260.009766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1298.873047" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1360.054688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1423.433594" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - </g> - </g> - <g id="text_37"> - <g id="patch_130"> - <path d="M 1743.90572 182.995892 -L 1898.830407 182.995892 -Q 1902.130407 182.995892 1902.130407 179.695892 -L 1902.130407 169.049954 -Q 1902.130407 165.749954 1898.830407 165.749954 -L 1743.90572 165.749954 -Q 1740.60572 165.749954 1740.60572 169.049954 -L 1740.60572 179.695892 -Q 1740.60572 182.995892 1743.90572 182.995892 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- host nuclease inhibitor Gam --> - <g transform="translate(1743.90572 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="124.560547" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.660156" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="215.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="374.414062" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="429.394531" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="457.177734" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="518.701172" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="579.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="632.080078" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="693.603516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="725.390625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="753.173828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="816.552734" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="879.931641" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="907.714844" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="971.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="998.974609" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1038.183594" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1099.365234" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1140.478516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1172.265625" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> - <use x="1249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - </g> - </g> - <g id="text_38"> - <g id="patch_131"> - <path d="M 2492.211677 124.997123 -L 2570.842771 124.997123 -Q 2574.142771 124.997123 2574.142771 121.697123 -L 2574.142771 111.051185 -Q 2574.142771 107.751185 2570.842771 107.751185 -L 2492.211677 107.751185 -Q 2488.911677 107.751185 2488.911677 111.051185 -L 2488.911677 121.697123 -Q 2488.911677 124.997123 2492.211677 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- SAR endolysin --> - <g transform="translate(2492.211677 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 44.390625 34.1875 -Q 47.5625 33.109375 50.5625 29.59375 -Q 53.5625 26.078125 56.59375 19.921875 -L 66.609375 0 -L 56 0 -L 46.6875 18.703125 -Q 43.0625 26.03125 39.671875 28.421875 -Q 36.28125 30.8125 30.421875 30.8125 -L 19.671875 30.8125 -L 19.671875 0 -L 9.8125 0 -L 9.8125 72.90625 -L 32.078125 72.90625 -Q 44.578125 72.90625 50.734375 67.671875 -Q 56.890625 62.453125 56.890625 51.90625 -Q 56.890625 45.015625 53.6875 40.46875 -Q 50.484375 35.9375 44.390625 34.1875 -z -M 19.671875 64.796875 -L 19.671875 38.921875 -L 32.078125 38.921875 -Q 39.203125 38.921875 42.84375 42.21875 -Q 46.484375 45.515625 46.484375 51.90625 -Q 46.484375 58.296875 42.84375 61.546875 -Q 39.203125 64.796875 32.078125 64.796875 -z -" id="DejaVuSans-82"/> - 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</g> - <!-- capsid morphogenesis protein --> - <g transform="translate(3495.156132 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="116.259766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.736328" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="231.835938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="259.619141" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="323.095703" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="354.882812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="452.294922" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="513.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="554.589844" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="618.066406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="681.445312" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="742.626953" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="806.103516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="867.626953" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="931.005859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="992.529297" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="1044.628906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1072.412109" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="1124.511719" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1156.298828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="1219.775391" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1258.638672" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1319.820312" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1359.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1420.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1448.335938" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_40"> - <g id="patch_133"> - <path d="M 5333.538361 153.996507 -L 5470.209923 153.996507 -Q 5473.509923 153.996507 5473.509923 150.696507 -L 5473.509923 140.05057 -Q 5473.509923 136.75057 5470.209923 136.75057 -L 5333.538361 136.75057 -Q 5330.238361 136.75057 5330.238361 140.05057 -L 5330.238361 150.696507 -Q 5330.238361 153.996507 5333.538361 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- baseplate wedge protein --> - <g transform="translate(5333.538361 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_41"> - <g id="patch_134"> - <path d="M 4444.837282 95.997738 -L 4579.485876 95.997738 -Q 4582.785876 95.997738 4582.785876 92.697738 -L 4582.785876 82.0518 -Q 4582.785876 78.7518 4579.485876 78.7518 -L 4444.837282 78.7518 -Q 4441.537282 78.7518 4441.537282 82.0518 -L 4441.537282 92.697738 -Q 4441.537282 95.997738 4444.837282 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail assembly chaperone --> - <g transform="translate(4444.837282 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - 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</g> - </g> - <g id="text_42"> - <g id="patch_135"> - <path d="M 3990.862968 145.655612 -L 4113.277499 145.655612 -Q 4116.577499 145.655612 4116.577499 142.355612 -L 4116.577499 119.392081 -Q 4116.577499 116.092081 4113.277499 116.092081 -L 3990.862968 116.092081 -Q 3987.562968 116.092081 3987.562968 119.392081 -L 3987.562968 142.355612 -Q 3987.562968 145.655612 3990.862968 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- head-to-tail connector --> - <g transform="translate(3990.862968 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - <!-- complex protein --> - <g transform="translate(4007.464374 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 54.890625 54.6875 -L 35.109375 28.078125 -L 55.90625 0 -L 45.3125 0 -L 29.390625 21.484375 -L 13.484375 0 -L 2.875 0 -L 24.125 28.609375 -L 4.6875 54.6875 -L 15.28125 54.6875 -L 29.78125 35.203125 -L 44.28125 54.6875 -z -" id="DejaVuSans-120"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> - <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_43"> - <g id="patch_136"> - <path d="M 2378.625228 153.996507 -L 2513.614134 153.996507 -Q 2516.914134 153.996507 2516.914134 150.696507 -L 2516.914134 140.05057 -Q 2516.914134 136.75057 2513.614134 136.75057 -L 2378.625228 136.75057 -Q 2375.325228 136.75057 2375.325228 140.05057 -L 2375.325228 150.696507 -Q 2375.325228 153.996507 2378.625228 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- transcription regulator C --> - <g transform="translate(2378.625228 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 64.40625 67.28125 -L 64.40625 56.890625 -Q 59.421875 61.53125 53.78125 63.8125 -Q 48.140625 66.109375 41.796875 66.109375 -Q 29.296875 66.109375 22.65625 58.46875 -Q 16.015625 50.828125 16.015625 36.375 -Q 16.015625 21.96875 22.65625 14.328125 -Q 29.296875 6.6875 41.796875 6.6875 -Q 48.140625 6.6875 53.78125 8.984375 -Q 59.421875 11.28125 64.40625 15.921875 -L 64.40625 5.609375 -Q 59.234375 2.09375 53.4375 0.328125 -Q 47.65625 -1.421875 41.21875 -1.421875 -Q 24.65625 -1.421875 15.125 8.703125 -Q 5.609375 18.84375 5.609375 36.375 -Q 5.609375 53.953125 15.125 64.078125 -Q 24.65625 74.21875 41.21875 74.21875 -Q 47.75 74.21875 53.53125 72.484375 -Q 59.328125 70.75 64.40625 67.28125 -z -" id="DejaVuSans-67"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - 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<use x="1084.46875" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1125.582031" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1157.369141" xlink:href="#DejaVuSans-67"/> - </g> - </g> - <g id="text_44"> - <g id="patch_137"> - <path d="M 3927.871106 87.656843 -L 4050.285637 87.656843 -Q 4053.585637 87.656843 4053.585637 84.356843 -L 4053.585637 61.393311 -Q 4053.585637 58.093311 4050.285637 58.093311 -L 3927.871106 58.093311 -Q 3924.571106 58.093311 3924.571106 61.393311 -L 3924.571106 84.356843 -Q 3924.571106 87.656843 3927.871106 87.656843 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- head-to-tail connector --> - <g transform="translate(3927.871106 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - <!-- complex protein --> - <g transform="translate(3944.472512 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> - <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_45"> - <g id="patch_138"> - <path d="M 2185.17723 153.996507 -L 2342.788324 153.996507 -Q 2346.088324 153.996507 2346.088324 150.696507 -L 2346.088324 140.05057 -Q 2346.088324 136.75057 2342.788324 136.75057 -L 2185.17723 136.75057 -Q 2181.87723 136.75057 2181.87723 140.05057 -L 2181.87723 150.696507 -Q 2181.87723 153.996507 2185.17723 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- middle operon regulator Mor --> - <g transform="translate(2185.17723 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="188.671875" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="252.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="279.931641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="341.455078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="373.242188" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="434.423828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="559.423828" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="598.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="659.46875" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="722.847656" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="754.634766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="793.498047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="855.021484" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="918.498047" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="981.876953" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="1009.660156" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="1070.939453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1110.148438" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1171.330078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1212.443359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1244.230469" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="1330.509766" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1391.691406" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - </g> - <g id="text_46"> - <!-- i-spanin --> - <g transform="translate(2576.047707 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_47"> - <g id="patch_139"> - <path d="M 2343.069584 95.997738 -L 2386.865053 95.997738 -Q 2390.165053 95.997738 2390.165053 92.697738 -L 2390.165053 82.0518 -Q 2390.165053 78.7518 2386.865053 78.7518 -L 2343.069584 78.7518 -Q 2339.769584 78.7518 2339.769584 82.0518 -L 2339.769584 92.697738 -Q 2339.769584 95.997738 2343.069584 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- pinholin --> - <g transform="translate(2343.069584 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="279.199219" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_48"> - <g id="patch_140"> - <path d="M 4406.469064 66.998353 -L 4494.757814 66.998353 -Q 4498.057814 66.998353 4498.057814 63.698353 -L 4498.057814 53.052416 -Q 4498.057814 49.752416 4494.757814 49.752416 -L 4406.469064 49.752416 -Q 4403.169064 49.752416 4403.169064 53.052416 -L 4403.169064 63.698353 -Q 4403.169064 66.998353 4406.469064 66.998353 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- tail tube protein --> - <g transform="translate(4406.469064 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="290.429688" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="353.90625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="415.429688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="447.216797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="510.693359" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="549.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="610.738281" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="711.470703" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="739.253906" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_49"> - <g id="patch_141"> - <path d="M 2608.224664 153.996507 -L 2655.583101 153.996507 -Q 2658.883101 153.996507 2658.883101 150.696507 -L 2658.883101 140.05057 -Q 2658.883101 136.75057 2655.583101 136.75057 -L 2608.224664 136.75057 -Q 2604.924664 136.75057 2604.924664 140.05057 -L 2604.924664 150.696507 -Q 2604.924664 153.996507 2608.224664 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- o-spanin --> - <g transform="translate(2608.224664 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="63.056641" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="99.140625" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="151.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="214.716797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="275.996094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="339.375" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="367.158203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_50"> - <g id="patch_142"> - <path d="M 2681.7992 153.996507 -L 2725.164981 153.996507 -Q 2728.464981 153.996507 2728.464981 150.696507 -L 2728.464981 140.05057 -Q 2728.464981 136.75057 2725.164981 136.75057 -L 2681.7992 136.75057 -Q 2678.4992 136.75057 2678.4992 140.05057 -L 2678.4992 150.696507 -Q 2678.4992 153.996507 2681.7992 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- releasin --> - <g transform="translate(2681.7992 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-119"/> - <use x="81.787109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="109.570312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="172.949219" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="236.425781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="297.949219" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="361.425781" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="393.212891" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> - <use x="468.408203" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="529.492188" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> - <use x="604.6875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="636.474609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="699.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="761.132812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="858.544922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="919.824219" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="947.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1010.986328" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - </g> - <!-- containing protein --> - <g transform="translate(2697.564836 111.068571)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="179.541016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="218.75" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="280.029297" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="307.8125" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="371.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="398.974609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="462.353516" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="525.830078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="557.617188" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="621.09375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="659.957031" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="721.138672" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="760.347656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="821.871094" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="849.654297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_52"> - <g id="patch_144"> - <path d="M 1017.696991 153.996507 -L 1150.77121 153.996507 -Q 1154.07121 153.996507 1154.07121 150.696507 -L 1154.07121 140.05057 -Q 1154.07121 136.75057 1150.77121 136.75057 -L 1017.696991 136.75057 -Q 1014.396991 136.75057 1014.396991 140.05057 -L 1014.396991 150.696507 -Q 1014.396991 153.996507 1017.696991 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- DNA binding protein ner --> - <g transform="translate(1017.696991 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-68"/> - <use x="77.001953" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> - <use x="151.806641" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> - <use x="220.214844" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="252.001953" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="315.478516" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="343.261719" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="406.640625" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> - <use x="470.117188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="561.279297" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> - <use x="624.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="656.542969" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="720.019531" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="758.882812" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="820.064453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="859.273438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="920.796875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="948.580078" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1011.958984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1043.746094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="1107.125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="1168.648438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - </g> - </g> - <g id="text_53"> - <g id="patch_145"> - <path d="M 1545.207017 124.997123 -L 1600.280923 124.997123 -Q 1603.580923 124.997123 1603.580923 121.697123 -L 1603.580923 111.051185 -Q 1603.580923 107.751185 1600.280923 107.751185 -L 1545.207017 107.751185 -Q 1541.907017 107.751185 1541.907017 111.051185 -L 1541.907017 121.697123 -Q 1541.907017 124.997123 1545.207017 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- protein kil --> - <g transform="translate(1545.207017 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> - <use x="445.113281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="472.896484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - </g> - </g> - <g id="text_54"> - <g id="patch_146"> - <path d="M 4130.568138 145.655612 -L 4231.618606 145.655612 -Q 4234.918606 145.655612 4234.918606 142.355612 -L 4234.918606 119.392081 -Q 4234.918606 116.092081 4231.618606 116.092081 -L 4130.568138 116.092081 -Q 4127.268138 116.092081 4127.268138 119.392081 -L 4127.268138 142.355612 -Q 4127.268138 145.655612 4130.568138 145.655612 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- putative sheath --> - <g transform="translate(4137.77056 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 2.984375 54.6875 -L 12.5 54.6875 -L 29.59375 8.796875 -L 46.6875 54.6875 -L 56.203125 54.6875 -L 35.6875 0 -L 23.484375 0 -z -" id="DejaVuSans-118"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="126.855469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="166.064453" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="227.34375" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="266.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="294.335938" xlink:href="#DejaVuSans-118"/> - <use x="353.515625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="415.039062" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="446.826172" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="498.925781" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="562.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="623.828125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="685.107422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="724.316406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - </g> - <!-- terminator protein --> - <g transform="translate(4130.568138 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="429.158203" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="490.339844" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="531.453125" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="563.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="626.716797" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="665.580078" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="726.761719" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="765.970703" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="827.494141" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="855.277344" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_55"> - <g id="patch_147"> - <path d="M 6274.926898 124.997123 -L 6424.960023 124.997123 -Q 6428.260023 124.997123 6428.260023 121.697123 -L 6428.260023 111.051185 -Q 6428.260023 107.751185 6424.960023 107.751185 -L 6274.926898 107.751185 -Q 6271.626898 107.751185 6271.626898 111.051185 -L 6271.626898 121.697123 -Q 6271.626898 124.997123 6274.926898 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- translational activator Com --> - <g transform="translate(6274.926898 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="284.863281" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="346.142578" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="385.351562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="413.134766" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="474.316406" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="537.695312" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="598.974609" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="626.757812" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="658.544922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="719.824219" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> - <use x="774.804688" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="814.013672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="841.796875" xlink:href="#DejaVuSans-118"/> - <use x="900.976562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="962.255859" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="1001.464844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1062.646484" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="1103.759766" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="1135.546875" xlink:href="#DejaVuSans-67"/> - <use x="1205.371094" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="1266.552734" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> - </g> - </g> - <g id="text_56"> - <g id="patch_148"> - <path d="M 2379.103248 124.997123 -L 2426.968717 124.997123 -Q 2430.268717 124.997123 2430.268717 121.697123 -L 2430.268717 111.051185 -Q 2430.268717 107.751185 2426.968717 107.751185 -L 2379.103248 107.751185 -Q 2375.803248 107.751185 2375.803248 111.051185 -L 2375.803248 121.697123 -Q 2375.803248 124.997123 2379.103248 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- antiholin --> - <g transform="translate(2379.103248 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="124.658203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="163.867188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="191.650391" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="255.029297" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="316.210938" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="343.994141" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="371.777344" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_57"> - <!-- Mu Test label --> - <g transform="translate(3650.880938 23.376)scale(0.12 -0.12)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="86.279297" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="149.658203" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="181.445312" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="225.529297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="287.052734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="339.152344" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="378.361328" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="410.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - 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</g> - <g id="matplotlib.axis_5"> - <g id="xtick_33"> - <g id="line2d_41"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472188" xlink:href="#m865a180ad8" y="710.84"/> - </g> - </g> - <g id="text_43"> - <!-- 11,850 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(21.976875 725.438438)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> - <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> - <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-56"/> - <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> - <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> - </g> - </g> - </g> - <g id="xtick_34"> - <g id="line2d_42"> - <g> - <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="710.84"/> - </g> - </g> - <g id="text_44"> - <!-- 12,000 --> - <g style="fill:#808080;" transform="translate(107.993438 725.438438)scale(0.1 -0.1)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> - <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> - 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--- a/cpt_linear_genome_plot/test-data/tmp_zoom.svg Fri Jun 17 12:59:24 2022 +0000 +++ /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 @@ -1,1688 +0,0 @@ -<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> -<!DOCTYPE svg PUBLIC "-//W3C//DTD SVG 1.1//EN" - "http://www.w3.org/Graphics/SVG/1.1/DTD/svg11.dtd"> -<!-- Created with matplotlib (https://matplotlib.org/) --> -<svg height="244.8pt" version="1.1" viewBox="0 0 720 244.8" width="720pt" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> - <metadata> - <rdf:RDF xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"> - <cc:Work> - <dc:type rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage"/> - <dc:date>2020-10-19T13:19:51.116707</dc:date> - <dc:format>image/svg+xml</dc:format> - <dc:creator> - <cc:Agent> - <dc:title>Matplotlib v3.3.2, https://matplotlib.org/</dc:title> - </cc:Agent> - </dc:creator> - </cc:Work> - </rdf:RDF> - 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</g> - <g id="patch_2"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 227.50268 196.372308 -Q 254.098268 196.372308 280.693856 196.372308 -L 280.693856 196.372308 -Q 284.89494 199.872308 289.096025 203.372308 -Q 284.89494 206.872308 280.693856 210.372308 -L 280.693856 210.372308 -Q 254.098268 210.372308 227.50268 210.372308 -L 227.50268 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_3"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 477.893017 196.372308 -Q 502.647694 196.372308 527.402371 196.372308 -L 527.402371 196.372308 -Q 531.603261 199.872308 535.804151 203.372308 -Q 531.603261 206.872308 527.402371 210.372308 -L 527.402371 210.372308 -Q 502.647694 210.372308 477.893017 210.372308 -L 477.893017 196.372308 -z -" style="fill:#ffc0cb;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - </g> - <g id="patch_4"> - <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 89.921892 196.372308 -Q 112.780722 196.372308 135.639551 196.372308 -L 135.639551 196.372308 -Q 139.839392 199.872308 144.039234 203.372308 -Q 139.839392 206.872308 135.639551 210.372308 -L 135.639551 210.372308 -Q 112.780722 210.372308 89.921892 210.372308 -L 89.921892 196.372308 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_15"> - <g id="patch_38"> - <path d="M 362.656817 66.998353 -L 406.452286 66.998353 -Q 409.752286 66.998353 409.752286 63.698353 -L 409.752286 53.052416 -Q 409.752286 49.752416 406.452286 49.752416 -L 362.656817 49.752416 -Q 359.356817 49.752416 359.356817 53.052416 -L 359.356817 63.698353 -Q 359.356817 66.998353 362.656817 66.998353 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- pinholin --> - <g transform="translate(362.656817 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> - <defs> - <path d="M 54.890625 33.015625 -L 54.890625 0 -L 45.90625 0 -L 45.90625 32.71875 -Q 45.90625 40.484375 42.875 44.328125 -Q 39.84375 48.1875 33.796875 48.1875 -Q 26.515625 48.1875 22.3125 43.546875 -Q 18.109375 38.921875 18.109375 30.90625 -L 18.109375 0 -L 9.078125 0 -L 9.078125 75.984375 -L 18.109375 75.984375 -L 18.109375 46.1875 -Q 21.34375 51.125 25.703125 53.5625 -Q 30.078125 56 35.796875 56 -Q 45.21875 56 50.046875 50.171875 -Q 54.890625 44.34375 54.890625 33.015625 -z -" id="DejaVuSans-104"/> - </defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> - <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="279.199219" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_16"> - <g id="patch_39"> - <path d="M 556.869373 124.997123 -L 604.227811 124.997123 -Q 607.527811 124.997123 607.527811 121.697123 -L 607.527811 111.051185 -Q 607.527811 107.751185 604.227811 107.751185 -L 556.869373 107.751185 -Q 553.569373 107.751185 553.569373 111.051185 -L 553.569373 121.697123 -Q 553.569373 124.997123 556.869373 124.997123 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- o-spanin --> - <g transform="translate(556.869373 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-111"/> - <use x="63.056641" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> - <use x="99.140625" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="151.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> - <use x="214.716797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="275.996094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="339.375" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="367.158203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_17"> - <g id="patch_40"> - <path d="M 610.472445 153.996507 -L 653.838226 153.996507 -Q 657.138226 153.996507 657.138226 150.696507 -L 657.138226 140.05057 -Q 657.138226 136.75057 653.838226 136.75057 -L 610.472445 136.75057 -Q 607.172445 136.75057 607.172445 140.05057 -L 607.172445 150.696507 -Q 607.172445 153.996507 610.472445 153.996507 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- releasin --> - <g transform="translate(610.472445 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> - <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - </g> - </g> - <g id="text_18"> - <g id="patch_41"> - <path d="M 388.573145 95.997738 -L 436.438613 95.997738 -Q 439.738613 95.997738 439.738613 92.697738 -L 439.738613 82.0518 -Q 439.738613 78.7518 436.438613 78.7518 -L 388.573145 78.7518 -Q 385.273145 78.7518 385.273145 82.0518 -L 385.273145 92.697738 -Q 385.273145 95.997738 388.573145 95.997738 -z -" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> - </g> - <!-- antiholin --> - <g transform="translate(388.573145 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> - <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> - <use x="124.658203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="163.867188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> - 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</defs> - <use xlink:href="#DejaVuSans-77"/> - <use x="86.279297" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> - <use x="149.658203" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="181.445312" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> - <use x="225.529297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="287.052734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> - <use x="339.152344" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> - <use x="378.361328" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> - <use x="410.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - <use x="437.931641" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> - <use x="499.210938" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> - <use x="562.6875" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> - <use x="624.210938" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> - </g> - </g> - </g> - </g> - <defs> - <clipPath id="pf91a91e396"> - <rect height="188.496" width="558" x="90" y="29.376"/> - </clipPath> - </defs> -</svg>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslator.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,130 @@ +from .BiopythonTranslatorBase import BiopythonTranslatorBase + + +class BiopythonTranslator(BiopythonTranslatorBase): + """A translator from SeqRecords to dna_features_viewer GraphicRecord. + + This can be subclassed to create custom "themes" (see the example + ``custom_biopython_translator.py`` in the docs). + + This class is meant to be customized by subclassing and changing the + methods (``compute_feature_label``, etc.) and/or the attributes + (``default_feature_color`` etc). + + Attributes + ---------- + + default_feature_color = "#7245dc" + graphic_record_parameters + Dictionnary containing keyword arguments that will be passed to the + (Circular)GraphicRecord constructor + + ignored_features_types + A list or tuple of strings indicating all the feature types that should + always be ignored (i.e. not included in the graphic record) by the + translator + + label_fields + This list of strings provides the order in which the different + attributes of a Genbank feature will be considered, when automatically + determining the feature label. For instance if the list is + ["label", "source", "locus_tag"] and a feature has no label but has a + "source", the "source" will be displayed in the plots. + + Parameters + ---------- + + features_filters + List of filters (some_biopython_feature) => True/False. + Only features passing all the filters are kept. + This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` + + features_properties + A function (feature)=> properties_dict + + """ + + default_feature_color = "#7245dc" + ignored_features_types = () + label_fields = [ + "label", + "name", + "gene", + "product", + "source", + "locus_tag", + "note", + ] + + def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): + self.features_filters = features_filters + self.features_properties = features_properties + + def compute_feature_color(self, feature): + """Compute a color for this feature. + + If the feature has a ``color`` qualifier it will be used. Otherwise, + the classe's ``default_feature_color`` is used. + + To change the behaviour, create a subclass of ``BiopythonTranslator`` + and overwrite this method. + """ + if "color" in feature.qualifiers: + color = feature.qualifiers["color"] + if isinstance(color[0], str): + return "".join(feature.qualifiers["color"]) + else: + return color + else: + return self.default_feature_color + + def compute_feature_fontdict(self, feature): + """Compute a font dict for this feature.""" + return None + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + """Compute a box_linewidth for this feature.""" + return 0.3 + + def compute_feature_box_color(self, feature): + """Compute a box_color for this feature.""" + return "auto" + + def compute_feature_label_link_color(self, feature): + """Compute the color of the line linking the label to its feature.""" + return "black" + + def compute_filtered_features(self, features): + """Return the list of features minus the ignored ones. + + By the method keeps any feature whose type is not in + ignored_features_types and for which all filter(f) pass + """ + return [ + f + for f in features + if all([fl(f) for fl in self.features_filters]) + and f.type not in self.ignored_features_types + ] + + def compute_feature_label(self, feature): + """Compute the label of the feature.""" + label = feature.type + for key in self.label_fields: + if key in feature.qualifiers and len(feature.qualifiers[key]): + label = feature.qualifiers[key] + break + if isinstance(label, list): + label = "|".join(label) + return label + + def compute_feature_linewidth(self, feature): + """Compute the edge width of the feature's arrow/rectangle.""" + return 1.0 + + def compute_feature_legend_text(self, feature): + return None + + def compute_feature_html(self, feature): + """Gets the 'label' of the feature.""" + return self.compute_feature_label(feature)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BiopythonTranslatorBase.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,120 @@ +from ..biotools import load_record +from ..GraphicRecord import GraphicRecord +from ..CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord +from ..GraphicFeature import GraphicFeature + + +class BiopythonTranslatorBase: + """Base class for all BiopythonTranslators. + + This class needs to be complemented with methods compute_feature_label, + compute_features_color, etc. to be usable. See BiopythonTranslator for + an example of minimal working subclass. + + Parameters + ---------- + + features_filters + List of filters (some_biopython_feature) => True/False. + Only features passing all the filters are kept. + This only works if you haven't redefined ``compute_filtered_features`` + + features_properties + A function (feature)=> properties_dict + + """ + + graphic_record_parameters = {} + + def __init__(self, features_filters=(), features_properties=None): + self.features_filters = features_filters + self.features_properties = features_properties + + def translate_feature(self, feature): + """Translate a Biopython feature into a Dna Features Viewer feature.""" + properties = dict( + label=self.compute_feature_label(feature), + color=self.compute_feature_color(feature), + html=self.compute_feature_html(feature), + fontdict=self.compute_feature_fontdict(feature), + box_linewidth=self.compute_feature_box_linewidth(feature), + box_color=self.compute_feature_box_color(feature), + linewidth=self.compute_feature_linewidth(feature), + label_link_color=self.compute_feature_label_link_color(feature), + legend_text=self.compute_feature_legend_text(feature), + ) + if self.features_properties is not None: + other_properties = self.features_properties + if hasattr(other_properties, "__call__"): + other_properties = other_properties(feature) + properties.update(other_properties) + + return GraphicFeature( + start=feature.location.start, + end=feature.location.end, + strand=feature.location.strand, + **properties + ) + + def translate_record(self, record, record_class=None): + """Create a new GraphicRecord from a BioPython Record object. + + Parameters + ---------- + + record + A BioPython Record object or the path to a Genbank or a GFF file. + + record_class + The graphic record class to use, e.g. GraphicRecord (default) or + CircularGraphicRecord. Strings 'circular' and 'linear' can also be + provided. + """ + classes = { + "linear": GraphicRecord, + "circular": CircularGraphicRecord, + None: GraphicRecord, + } + if record_class in classes: + record_class = classes[record_class] + + if isinstance(record, str) or hasattr(record, "read"): + record = load_record(record) + filtered_features = self.compute_filtered_features(record.features) + return record_class( + sequence_length=len(record), + sequence=str(record.seq), + features=[ + self.translate_feature(feature) + for feature in filtered_features + if feature.location is not None + ], + **self.graphic_record_parameters + ) + + @classmethod + def quick_class_plot(cls, record, figure_width=12, **kwargs): + """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. + + This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with + the "%matplotlib inline" setting. + + >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator + >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) + """ + graphic_record = cls().translate_record(record) + ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) + return ax + + def quick_plot(self, record, figure_width=12, **kwargs): + """Allows super quick and dirty plotting of Biopython records. + + This is really meant for use in a Jupyter/Ipython notebook with + the "%matplotlib inline" setting. + + >>> from dna_features_viewer import BiopythonTranslator + >>> BiopythonTranslator.quick_plot(my_record) + """ + graphic_record = self.translate_record(record) + ax, _ = graphic_record.plot(figure_width=figure_width, **kwargs) + return ax
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/BlackBoxlessLabelTranslator.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,14 @@ +from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator + + +class BlackBoxlessLabelTranslator(BiopythonTranslator): + """Translates Biopython records into GraphicRecords where annotations + appear black on a white background with no box. Which can be cleaner.""" + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + """Return 0 as this translator doesn't show a box.""" + return 0 + + def compute_feature_box_color(self, feature): + """Return white.""" + return "white"
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/BiopythonTranslator/__init__.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,4 @@ +from .BiopythonTranslator import BiopythonTranslator +from .BlackBoxlessLabelTranslator import BlackBoxlessLabelTranslator + +__all__ = ["BiopythonTranslator", "BlackBoxlessLabelTranslator"]
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/ArrowWedge.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,98 @@ +"""Implements the missing Matplotlib ArrowWedge patch class. + +This is a plain arrow curved alongside a protion of circle, like you would +expect a circular genetic feature to look. +""" +import numpy as np +import matplotlib.patches as mpatches + + +class ArrowWedge(mpatches.Wedge): + """Matplotlib patch shaped as a tick fraction of circle with a pointy end. + + This is the patch used by CircularGraphicRecord to draw features. + + Parameters + ---------- + + center + Center of the circle around which the arrow-wedge is drawn. + + radius + Radius of the circle around which the arrow-wedge is drawn. + + theta1 + Start angle of the wedge + + theta2 + End angle of the wedge + + width + Width or thickness of the arrow-wedge. + + direction + Determines whether the pointy end points in direct sense (+1) or + indirect sense (-1) or no sense at all (0) + """ + + def __init__(self, center, radius, theta1, theta2, width, direction=+1, **kwargs): + + self.direction = direction + self.radius = radius + mpatches.Wedge.__init__(self, center, radius, theta1, theta2, width, **kwargs) + self._recompute_path() + + def _recompute_path(self): + """Recompute the full path forming the "tick" arrowed wedge + + This method overwrites "mpatches.Wedge._recompute_path" in the + super-class. + """ + + if self.direction not in [-1, +1]: + return mpatches.Wedge._recompute_path(self) + + theta1, theta2 = self.theta1, self.theta2 + arrow_angle = min(5, abs(theta2 - theta1) / 2) + normalized_arrow_width = self.width / 2.0 / self.radius + if self.direction == +1: + angle_start_arrow = theta1 + arrow_angle + arc = mpatches.Path.arc(angle_start_arrow, theta2) + outer_arc = arc.vertices[::-1] * (1 + normalized_arrow_width) + inner_arc = arc.vertices * (1 - normalized_arrow_width) + arrow_vertices = [ + outer_arc[-1], + np.array([np.cos(np.deg2rad(theta1)), np.sin(np.deg2rad(theta1))]), + inner_arc[0], + ] + else: + angle_start_arrow = theta2 - arrow_angle + arc = mpatches.Path.arc(theta1, angle_start_arrow) + outer_arc = arc.vertices * (self.radius + self.width / 2.0) / self.radius + inner_arc = ( + arc.vertices[::-1] * (self.radius - self.width / 2.0) / self.radius + ) + arrow_vertices = [ + outer_arc[-1], + np.array([np.cos(np.deg2rad(theta2)), np.sin(np.deg2rad(theta2))]), + inner_arc[0], + ] + p = np.vstack([outer_arc, arrow_vertices, inner_arc]) + + path_vertices = np.vstack([p, inner_arc[-1, :], (0, 0)]) + + path_codes = np.hstack( + [ + arc.codes, + 4 * [mpatches.Path.LINETO], + arc.codes[1:], + mpatches.Path.LINETO, + mpatches.Path.CLOSEPOLY, + ] + ) + path_codes[len(arc.codes)] = mpatches.Path.LINETO + + # Shift and scale the wedge to the final location. + path_vertices *= self.r + path_vertices += np.asarray(self.center) + self._path = mpatches.Path(path_vertices, path_codes)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/CircularGraphicRecord.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,162 @@ +"""Implements the CircularGraphicRecord class. +""" + +import matplotlib.patches as mpatches +import numpy as np + +from ..GraphicRecord import GraphicRecord +from .ArrowWedge import ArrowWedge + + +class CircularGraphicRecord(GraphicRecord): + """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. + + Parameters + ---------- + + sequence_length + Length of the DNA sequence, in number of nucleotides + + features + list of GraphicalFeature objects. + + top_position + The index in the sequence that will end up at the top of the circle + + feature_level_height + Width in inches of one "level" for feature arrows. + + annotation_height + Width in inches of one "level" for feature annotations. + + labels_spacing + Distance in basepairs to keep between labels to avoid "quasi-collisions" + + **kw + Other keyword arguments - do not use, these parameters are allowed for + making it easier to use GraphicRecord and CircularGraphicRecord + interchangeably. + + """ + + default_elevate_outline_annotations = True + min_y_height_of_text_line = 0.1 + + def __init__( + self, + sequence_length, + features, + top_position=0, + feature_level_height=0.2, + annotation_height="auto", + labels_spacing=12, + **kw + ): + + self.radius = 1.0 + self.sequence_length = sequence_length + self.features = features + self.top_position = top_position + self.feature_level_height = feature_level_height + self.annotation_height = annotation_height + self.labels_spacing = labels_spacing + + def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler): + """Initialize the ax with a circular line, sets limits, aspect etc.""" + + if draw_line: + circle = mpatches.Circle( + (0, -self.radius), self.radius, facecolor="none", edgecolor="k" + ) + ax.add_patch(circle) + ax.axis("off") + if with_ruler: + # only display the xaxis ticks + ax.set_frame_on(False) + ax.yaxis.set_visible(False) + ax.xaxis.tick_bottom() + else: + # don't display anything + ax.axis("off") + + ax.set_xlim(-1.1 * self.radius, 1.1 * self.radius) + ax.set_ylim(-self.radius, 3 * self.radius) + ax.set_aspect("equal") + + def finalize_ax( + self, + ax, + features_levels, + annotations_max_level, + auto_figure_height=False, + ideal_yspan=None, + annotations_are_elevated=True, + ): + """Final display range and figure dimension tweakings.""" + annotation_height = self.determine_annotation_height(annotations_max_level) + ymin = -2 * self.radius - self.feature_level_height * (features_levels + 1) + ymax = self.feature_level_height * (features_levels + 1) + annotation_height * ( + annotations_max_level + 1 + ) + if ideal_yspan is not None: + ymax = max(annotation_height * ideal_yspan + ymin, ymax) + xmin = -self.radius - self.feature_level_height * (features_levels + 1) + xmax = -xmin + ax.set_xlim(xmin, xmax) + ax.set_ylim(ymin, ymax) + ratio = 1.0 * (ymax - ymin) / (xmax - xmin) + + if auto_figure_height: + figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] + ax.figure.set_size_inches(figure_width, figure_width * ratio) + + def plot_feature(self, ax, feature, level): + """Plot an ArrowWedge representing the feature at the giben height + level. + + + """ + a_start = self.position_to_angle(feature.start) + a_end = self.position_to_angle(feature.end) + a_start, a_end = sorted([a_start, a_end]) + r = self.radius + level * self.feature_level_height + patch = ArrowWedge( + center=(0, -self.radius), + radius=r, + theta1=a_start, + theta2=a_end, + width=0.7 * self.feature_level_height, + direction=feature.strand, + edgecolor=feature.linecolor, + linewidth=feature.linewidth, + facecolor=feature.color, + zorder=1, + ) + ax.add_patch(patch) + + def position_to_angle(self, position): + """Convert a sequence position into an angle in the figure.""" + a = 360.0 * (position - self.top_position) / self.sequence_length + return 90 - a + + def coordinates_in_plot(self, position, level): + """Convert a sequence position and height level to (x, y) coordinates.""" + r = self.radius + level * self.feature_level_height + angle = self.position_to_angle(position) + rad_angle = np.deg2rad(angle) + return np.array([r * np.cos(rad_angle), r * np.sin(rad_angle) - self.radius]) + + def determine_annotation_height(self, max_annotations_level): + """Auto-select the annotations height. + + Annotation height is 0.2 at most, or else whatever will make + the figure a 5*radius tall rectangle where the circular plasmid + occupies the bottom-2 5th and the annotations occupy the top-3 5th. + """ + return min(0.25, 3.0 * self.radius / (1.0 + max_annotations_level)) + + def compute_padding(self, ax): + """""" + ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width + xmin, xmax = ax.get_xlim() + return 3 * self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/CircularGraphicRecord/__init__.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,3 @@ +from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord + +__all__ = ["CircularGraphicRecord"]
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicFeature.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,160 @@ +from copy import deepcopy + + +class GraphicFeature: + """Genetic Feature to be plotted. + + Parameters + ---------- + + start, end + Coordinates of the feature in the final sequence. + + strand + Directionality of the feature. can be +1/-1/0 for direct sense, + anti-sense, or no directionality. + + label + Short descriptive text associated and plotted with the feature + + color + Color of the feature, any Matplotlib-compatible format is accepted, + such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. + + linecolor + Color of the feature's border, any Matplotlib-compatible format is + accepted, such as "white", "w", "#ffffff", (1,1,1), etc. + + linewidth + Width of the line (=edge) surrounding the graphic feature, in pixels. + + thickness + Vertical span of the feature + + box_color + Color of the label box. Set to None for no box around the label. + Leave to "auto" for a box color that is a lightened version of the + feature's color. + + data + Any other keyword is kept into the feature.data[] dictionary. + + fontdict + A Matplotlib fontdict for the font to be used in the label, e.g. + ``size=11``, ``weight='bold'``, ``family='Helvetica'``, etc. + + open_left, open_right + Set to True if this feature does not end on the right or left because it + is a cropped version of a bigger feature. + + box_linewidth + Width of the line delimiting the text box when the annotation is outside + the graphic feature. Set to 0 for no box borders + + box_color + Background color of the annotation's text box. If left to "auto" the + color will be a lighter version of the feature's color. + + label_link_color + Color of the line linking the text annotation to its respective graphic + feature. Set to auto for the line to automatically be a darker version + of the feature's color. + """ + + feature_type = "feature" + + def __init__( + self, + start=None, + end=None, + strand=None, + label=None, + color="#000080", + thickness=14, + linewidth=1.0, + linecolor="#000000", + fontdict=None, + html=None, + open_left=False, + open_right=False, + box_linewidth=1, + box_color="auto", + legend_text=None, + label_link_color="black", + **data + ): + self.start = start + self.end = end + self.strand = strand + self.label = label + self.color = color + self.linecolor = linecolor + self.data = data + self.thickness = thickness + self.linewidth = linewidth + self.box_linewidth = box_linewidth + self.box_color = box_color + self.label_link_color = label_link_color + self.fontdict = dict([("fontsize", 11)] + list((fontdict or {}).items())) + self.html = html + self.open_left = open_left + self.open_right = open_right + self.legend_text = legend_text + + def split_in_two(self, x_coord=0): + """Return two features by cutting this feature at x_coord.""" + copy1 = deepcopy(self) + copy2 = deepcopy(self) + copy1.end = x_coord + copy2.start = x_coord + 1 + return copy1, copy2 + + def crop(self, window): + """Return a the fragment of the feature that is in the window. + + If there is no overlap between the feature location and the window, + None is returned. + """ + s, e = window + if (s > self.end) or (e < self.start): + return None + copy = deepcopy(self) + if s > self.start: + copy.start = s + copy.open_left = True + if e < self.end: + copy.end = e + copy.open_right = True + return copy + + def overlaps_with(self, other): + """Return whether the feature's location overlaps with feature `other`""" + loc1, loc2 = (self.start, self.end), (other.start, other.end) + loc1, loc2 = sorted(loc1), sorted(loc2) + loc1, loc2 = sorted([loc1, loc2], key=lambda loc: loc[0]) + return loc1[1] > loc2[0] + + @property + def length(self): + """Return the length of the feature (end-start)""" + return abs(self.end - self.start) + + @property + def x_center(self): + """Return the x-center of the feature, (start+end)/2""" + return 0.5 * (self.start + self.end - 1) + + @staticmethod + def from_biopython_feature(feature, **props): + """Create a GraphicalFeature from a Biopython.Feature object.""" + return GraphicFeature( + start=feature.location.start, + end=feature.location.end, + strand=feature.location.strand, + **props + ) + + def __repr__(self): + return ("GF(%(label)s, %(start)d-%(end)d " % self.__dict__) + ( + ")" if self.strand is None else "(%d))" % self.strand + )
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/BokehPlottableMixin.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,174 @@ +try: + from bokeh.plotting import figure, ColumnDataSource + from bokeh.models import Range1d, HoverTool + + BOKEH_AVAILABLE = True +except ImportError: + BOKEH_AVAILABLE = False + +try: + import pandas as pd + + PANDAS_AVAILABLE = True +except ImportError: + PANDAS_AVAILABLE = False + +import matplotlib.pyplot as plt + + +class BokehPlottableMixin: + def bokeh_feature_patch( + self, + start, + end, + strand, + figure_width=5, + width=0.4, + level=0, + arrow_width_inches=0.05, + **kwargs + ): + """Return a dict with points coordinates of a Bokeh Feature arrow. + + Parameters + ---------- + + start, end, strand + + """ + hw = width / 2.0 + x1, x2 = (start, end) if (strand >= 0) else (end, start) + bp_per_width = figure_width / self.sequence_length + delta = arrow_width_inches / bp_per_width + if strand >= 0: + head_base = max(x1, x2 - delta) + else: + head_base = min(x1, x2 + delta) + result = dict( + xs=[x1, x1, head_base, x2, head_base, x1], + ys=[e + level for e in [-hw, hw, hw, 0, -hw, -hw]], + ) + result.update(kwargs) + return result + + def plot_with_bokeh(self, figure_width=5, figure_height="auto", tools="auto"): + """Plot the graphic record using Bokeh. + + Examples + -------- + + >>> + + + """ + if not BOKEH_AVAILABLE: + raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Bokeh installed.") + if not PANDAS_AVAILABLE: + raise ImportError("``plot_with_bokeh`` requires Pandas installed.") + + # Set up default tools + if tools == "auto": + tools = [HoverTool(tooltips="@hover_html"), "xpan,xwheel_zoom,reset,tap"] + + # FIRST PLOT WITH MATPLOTLIB AND GATHER INFOS ON THE PLOT + ax, (features_levels, plot_data) = self.plot(figure_width=figure_width) + width, height = [int(100 * e) for e in ax.figure.get_size_inches()] + plt.close(ax.figure) + if figure_height == "auto": + height = int(0.5 * height) + else: + height = 100 * figure_height + height = max(height, 185) # Minimal height to see all icons + + max_y = max( + [data["annotation_y"] for f, data in plot_data.items()] + + list(features_levels.values()) + ) + + # BUILD THE PLOT () + plot = figure( + plot_width=width, + plot_height=height, + tools=tools, + x_range=Range1d(0, self.sequence_length), + y_range=Range1d(-1, max_y + 1), + ) + plot.patches( + xs="xs", + ys="ys", + color="color", + line_color="#000000", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + self.bokeh_feature_patch( + feature.start, + feature.end, + feature.strand, + figure_width=figure_width, + level=level, + color=feature.color, + label=feature.label, + hover_html=( + feature.html + if feature.html is not None + else feature.label + ), + ) + for feature, level in features_levels.items() + ] + ) + ), + ) + + if plot_data != {}: + plot.text( + x="x", + y="y", + text="text", + text_align="center", + text_font_size="12px", + text_font="arial", + text_font_style="normal", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + dict( + x=feature.x_center, + y=pdata["annotation_y"], + text=feature.label, + color=feature.color, + ) + for feature, pdata in plot_data.items() + ] + ) + ), + ) + plot.segment( + x0="x0", + x1="x1", + y0="y0", + y1="y1", + line_width=0.5, + color="#000000", + source=ColumnDataSource( + pd.DataFrame.from_records( + [ + dict( + x0=feature.x_center, + x1=feature.x_center, + y0=pdata["annotation_y"], + y1=pdata["feature_y"], + ) + for feature, pdata in plot_data.items() + ] + ) + ), + ) + + plot.yaxis.visible = False + plot.outline_line_color = None + plot.grid.grid_line_color = None + plot.toolbar.logo = None + + return plot
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/GraphicRecord.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,198 @@ +from ..biotools import find_narrowest_text_wrap + +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqRecord import SeqRecord +from Bio.SeqFeature import FeatureLocation, SeqFeature +from Bio.Alphabet import DNAAlphabet + +from .MatplotlibPlottableMixin import MatplotlibPlottableMixin +from .BokehPlottableMixin import BokehPlottableMixin + + +class GraphicRecord(MatplotlibPlottableMixin, BokehPlottableMixin): + """Set of Genetic Features of a same DNA sequence, to be plotted together. + + Parameters + ---------- + + sequence_length + Length of the DNA sequence, in number of nucleotides + + features + list of GraphicalFeature objects. + + feature_level_height + Width in inches of one "level" for feature arrows. + + annotation_height + Width in inches of one "level" for feature annotations. + + first_index + Indicates the first index to plot in case the sequence is actually a + subsequence of a larger one. For instance, if the Graphic record + represents the segment (400, 420) of a sequence, we will have + ``first_index=400`` and ``sequence_length=20``. + + plots_indexing + Indicates which standard to use to show nucleotide indices in the plots. + If 'biopython', the standard python indexing is used (starting at 0). + If 'genbank', the indexing follows the Genbank standard (starting at 1). + + labels_spacing + Number of pixels that will "pad" every labels to force some horizontal + space between two labels or between a label and the borders of a feature. + + ticks_resolution + Leave to "auto" for an auto-selected number of ticks on the ruler, or set + to e.g. 50 for a tick every 50 nucleotide. + + Attributes + ---------- + + default_font_family + Default font to use for a feature that doesn't declare a font. + + default_ruler_color + Default ruler color to use when no color is given at plot() time. + + default_box_color + Default box color for non-inline annotations. If set to None, no + boxes will be drawn unless the features declare a box_color. + If "auto", a color (clearer version of the feature's color) will be + computed, for all features also declaring their box_color as "auto". + + default_elevate_outline_annotations + Value to use for elevate_outline_annotations when no specific value is + given at ``graphic_record.plot(...)`` time. Set to true to have all + text annotations appears above all features, or false else. + """ + + default_font_family = None + default_ruler_color = "grey" + default_box_color = "auto" + min_y_height_of_text_line = 0.5 + + def __init__( + self, + sequence_length=None, + sequence=None, + features=(), + feature_level_height=1, + first_index=0, + plots_indexing="biopython", + labels_spacing=8, + ticks_resolution="auto", + ): + if sequence_length is None: + sequence_length = len(sequence) + self.features = features + self.sequence_length = sequence_length + self.feature_level_height = feature_level_height + self.sequence = sequence + self.first_index = first_index + self.plots_indexing = plots_indexing + self.labels_spacing = labels_spacing + self.ticks_resolution = ticks_resolution + + @property + def last_index(self): + return self.first_index + self.sequence_length + + @property + def span(self): + """Return the display span (start, end) accounting for first_index.""" + return self.first_index, self.last_index + + def to_biopython_record(self, sequence): + """ + Example + ------- + from Bio import SeqIO + gr_record = GraphicRecord(features=features, sequence_length=len(seq), + sequence=seq) + bio_record = gr_record.to_biopython_record() + with open("example.gb", "w+") as f: + SeqIO.write(record, f, "genbank") + """ + features = [ + SeqFeature( + FeatureLocation(f.start, f.end, f.strand), + type=f.feature_type, + qualifiers={"label": f.label}, + ) + for f in self.features + ] + if not isinstance(sequence, Seq): + sequence = Seq(sequence, alphabet=DNAAlphabet()) + return SeqRecord(seq=sequence, features=features) + + def crop(self, window): + start, end = window + first_index = self.first_index + if (start < first_index) or (end > self.last_index): + raise ValueError("out-of-bound cropping") + new_features = [] + for f in self.features: + cropped_feature = f.crop(window) + if cropped_feature is not None: # = has ovelap with the window + new_features.append(cropped_feature) + + return GraphicRecord( + sequence=self.sequence[start - first_index : end - first_index] + if self.sequence is not None + else None, + sequence_length=end - start, + features=new_features, + feature_level_height=self.feature_level_height, + first_index=start, + plots_indexing=self.plots_indexing, + labels_spacing=self.labels_spacing, + ticks_resolution=self.ticks_resolution, + ) + + def determine_annotation_height(self, levels): + """By default the ideal annotation level height is the same as the + feature_level_height.""" + # TODO: Improve me! ideally, annotation width would be linked to the + # height of one line of text, so dependent on font size and ax + # height/span. + return self.feature_level_height + + def coordinates_in_plot(self, x, level): + """Convert a sequence position and height level into a (x, y) position.""" + return (x, level * self.feature_level_height) + + def split_overflowing_features_circularly(self): + """Split the features that overflow over the edge for circular + constructs (inplace).""" + new_features = [] + for f in self.features: + if f.start < 0 < f.end: + f1, f2 = f.split_in_two(-1) + f1.start, f1.end = ( + f1.start + self.sequence_length, + f1.end + self.sequence_length, + ) + new_features += [f1, f2] + elif f.start < self.sequence_length < f.end: + f1, f2 = f.split_in_two(self.sequence_length - 1) + f2.start, f2.end = ( + f2.start - self.sequence_length, + f2.end - self.sequence_length, + ) + new_features += [f1, f2] + else: + new_features.append(f) + self.features = new_features + + def _format_label(self, label, max_label_length=50, max_line_length=40): + if len(label) > max_label_length: + label = label[: max_label_length - 1] + "…" + if len(label) > max_line_length: + label = find_narrowest_text_wrap(label, max_line_length) + return label + + def compute_padding(self, ax): + ax_width = ax.get_window_extent(ax.figure.canvas.get_renderer()).width + xmin, xmax = ax.get_xlim() + return self.labels_spacing * (xmax - xmin) / (1.0 * ax_width)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/MatplotlibPlottableMixin.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,630 @@ +"""Useful functions for the library""" + +import colorsys + +import matplotlib.pyplot as plt +import matplotlib.patches as mpatches +from matplotlib.patches import Patch +import matplotlib.ticker as ticker + +from ..compute_features_levels import compute_features_levels +from ..GraphicFeature import GraphicFeature +from matplotlib.colors import colorConverter +from .MultilinePlottableMixin import MultilinePlottableMixin +from .SequenceAndTranslationMixin import SequenceAndTranslationMixin + + +class MatplotlibPlottableMixin(MultilinePlottableMixin, SequenceAndTranslationMixin): + """Class mixin for matplotlib-related methods.""" + + default_elevate_outline_annotations = False + default_strand_in_label_threshold = None + + def initialize_ax(self, ax, draw_line, with_ruler, ruler_color=None): + """Initialize the ax: remove axis, draw a horizontal line, etc. + + Parameters + ---------- + + draw_line + True/False to draw the horizontal line or not. + + with_ruler + True/False to draw the indices indicators along the line. + + """ + ruler_color = ruler_color or self.default_ruler_color + start, end = self.span + plot_start, plot_end = start - 0.8, end - 0.2 + if draw_line: + ax.plot([plot_start, plot_end], [0, 0], zorder=-1000, c="k") + + if with_ruler: # only display the xaxis ticks + ax.set_frame_on(False) + ax.yaxis.set_visible(False) + ax.xaxis.tick_bottom() + if ruler_color is not None: + ax.tick_params(axis="x", colors=ruler_color) + else: # don't display anything + ax.axis("off") + + ax.set_xlim(plot_start, plot_end) + if self.first_index != 0: + ax.ticklabel_format(useOffset=False, style="plain") + fmt = lambda x, p: "{:,}".format(int(x)) + ax.xaxis.set_major_formatter(ticker.FuncFormatter(fmt)) + if self.ticks_resolution == "auto": + ax.xaxis.set_major_locator(ticker.MaxNLocator(integer=True)) + else: + locator = ticker.MultipleLocator(self.ticks_resolution) + ax.xaxis.set_major_locator(locator) + + def finalize_ax( + self, + ax, + features_levels, + annotations_max_level, + auto_figure_height=False, + ideal_yspan=None, + annotations_are_elevated=True, + ): + """Prettify the figure with some last changes. + + Changes include redefining y-bounds and figure height. + + Parameters + ========== + ax + ax on which the record was plotted + + features_levels + + annotations_max_level + Number indicating to the method the maximum height for an + annotation, so the method can set ymax accordingly + + auto_figure_height + If true, the figure'height will be automatically re-set to a nice + value (counting ~0.4inch per level in the figure). + + ideal_yspan + if provided, can help the method select a better ymax to make sure + all constraints fit. + + """ + + # Compute the "natural" ymax + annotation_height = self.determine_annotation_height(None) + features_ymax = self.feature_level_height * (features_levels + 1) + annotations_ymax = annotation_height * annotations_max_level + if annotations_are_elevated: + ymax = features_ymax + annotations_ymax + else: + ymax = max(features_ymax, annotations_ymax) + 1 + ymin = min(ax.get_ylim()[0], -0.5) + + # ymax could be even bigger if a "ideal_yspan" has been set. + if (ideal_yspan is not None) and not (auto_figure_height): + ymax = max(ideal_yspan + ymin, ymax) + ax.set_ylim(ymin, ymax) + if auto_figure_height: + figure_width = ax.figure.get_size_inches()[0] + ax.figure.set_size_inches(figure_width, 1 + 0.4 * ymax) + ax.set_xticks( + [ + t + for t in ax.get_xticks() + if t <= self.last_index and t >= self.first_index + ] + ) + if self.plots_indexing == "genbank": + ax.set_xticklabels([int(i + 1) for i in ax.get_xticks()]) + return ideal_yspan / (ymax - ymin) + + @staticmethod + def _get_ax_width(ax, unit="inch"): + """Return the ax's width in 'inches' or 'pixel'.""" + transform = ax.figure.dpi_scale_trans.inverted() + bbox = ax.get_window_extent().transformed(transform) + width = bbox.width + if unit == "pixel": + width *= ax.figure.dpi + return width + + def plot_feature(self, ax, feature, level, linewidth=1.0): + """Create an Arrow Matplotlib patch with the feature's coordinates. + + The Arrow points in the direction of the feature's strand. + If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will + simply be a rectangle. + + The x-coordinates of the patch are determined by the feature's + `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` + """ + x1, x2 = feature.start, feature.end + if feature.open_left: + x1 -= 1 + if feature.open_right: + x2 += 1 + if feature.strand == -1: + x1, x2 = x2, x1 + x1, x2 = x1 - 0.5, x2 - 0.5 + + is_undirected = feature.strand not in (-1, 1) + head_is_cut = (feature.strand == 1 and feature.open_right) or ( + feature.strand == -1 and feature.open_left + ) + if is_undirected or head_is_cut: + head_length = 0.001 + else: + width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") + head_length = 0.5 * width_pixel * feature.length / self.sequence_length + head_length = min(head_length, 0.6 * feature.thickness) + + arrowstyle = mpatches.ArrowStyle.Simple( + head_width=feature.thickness, + tail_width=feature.thickness, + head_length=head_length, + ) + y = self.feature_level_height * level + patch = mpatches.FancyArrowPatch( + [x1, y], + [x2, y], + shrinkA=0.0, + shrinkB=0.0, + arrowstyle=arrowstyle, + facecolor=feature.color, + zorder=0, + edgecolor=feature.linecolor, + linewidth=feature.linewidth, + ) + ax.add_patch(patch) + return patch + + def autoselect_label_color(self, background_color): + """Autselect a color for the label font. + + In the current method the label will be black on clear backrgounds, + and white on dark backgrounds. + """ + r, g, b = colorConverter.to_rgb(background_color) + luminosity = 0.299 * r + 0.587 * g + 0.114 * b + return "black" if (luminosity >= 0.5) else "white" + + def annotate_feature( + self, + ax, + feature, + level, + inline=False, + max_label_length=50, + max_line_length=30, + padding=0, + indicate_strand_in_label=False, + ): + """Create a Matplotlib Text with the feature's label. + + The x-coordinates of the text are determined by the feature's + `x_center` while the y-coordinates are determined by the `level`. + + The text is horizontally and vertically centered. + + The Arrow points in the direction of the feature's strand. + If the feature has no direction (strand==0), the returned patch will + simply be a rectangle. + + The x-coordinates of the patch are determined by the feature's + `start` and `end` while the y-coordinates are determined by the `level` + """ + x, y = self.coordinates_in_plot(feature.x_center, level) + label = feature.label + if indicate_strand_in_label: + if feature.strand == -1: + label = "⇦" + label + if feature.strand == 1: + label = label + "⇨" + + if not inline: + label = self._format_label( + label, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + ) + nlines = len(label.split("\n")) + fontdict = dict(**feature.fontdict) + if "family" not in fontdict and (self.default_font_family is not None): + fontdict["family"] = self.default_font_family + if inline and ("color" not in fontdict): + color = self.autoselect_label_color(background_color=feature.color) + fontdict["color"] = color + box_color = feature.box_color + if box_color == "auto": + box_color = self.default_box_color + bbox = None + if (box_color is not None) and not inline: + bg_color = change_luminosity(feature.color, min_luminosity=0.95) + bbox = dict( + boxstyle="round", + fc=bg_color if box_color == "auto" else box_color, + ec="0.5", + lw=feature.box_linewidth, + ) + text = ax.text( + x, + y, + label, + horizontalalignment="center", + verticalalignment="center", + bbox=bbox, + fontdict=fontdict, + zorder=2, + ) + x1, y1, x2, y2 = get_text_box(text) + x1 -= padding + x2 += padding + overflowing = (x1 < feature.start) or (x2 > feature.end) + return text, overflowing, nlines, (x1, x2), (y2 - y1) + + def place_annotation( + self, + feature, + ax, + level, + annotate_inline, + max_line_length, + max_label_length, + indicate_strand_in_label=False, + ): + """ "Place an annotation in the figure. Decide on inline vs. outline. + + Parameters + ---------- + + feature + Graphic feature to place in the figure + + ax + Matplotlib ax in which to place the feature. + + level + level at which the annotation should be placed + + annotate_inline + If true, the plotter will attempt to annotate inline, and fall back + to outline annotation. + + max_line_length + If an annotation label's length exceeds this number the label will + wrap over several lines. + + max_label_length, + If an annotation label's length exceeds this number the label will + be cut with an ellipsis (...). + + indicate_strand_in_label + If True, then the label will be represented as "<= label" or + "label =>" with an arrow representing the strand. + """ + padding = self.compute_padding(ax) + if annotate_inline: + # FIRST ATTEMPT TO ANNOTATE INSIDE THE FEATURE. CHECK FOR OVERFLOW + text, overflowing, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( + ax=ax, + feature=feature, + level=level, + inline=True, + padding=padding, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, + ) + + # IF OVERFLOW, REMOVE THE TEXT AND PLACE IT AGAIN, OUTLINE. + if overflowing: + text.remove() + text, _, lines, (x1, x2), height = self.annotate_feature( + ax=ax, + feature=feature, + level=level, + inline=False, + padding=padding, + max_label_length=max_label_length, + max_line_length=max_line_length, + indicate_strand_in_label=indicate_strand_in_label, + ) + return text, overflowing, lines, (x1, x2), height + else: + return self.annotate_feature( + ax=ax, feature=feature, level=level, padding=padding + ) + + def plot( + self, + ax=None, + figure_width=8, + draw_line=True, + with_ruler=True, + ruler_color=None, + plot_sequence=False, + annotate_inline=True, + max_label_length=50, + max_line_length=30, + level_offset=0, + strand_in_label_threshold="default", + elevate_outline_annotations="default", + x_lim=None, + figure_height=None, + sequence_params=None, + ): + """Plot all the features in the same Matplotlib ax + + Parameters + ---------- + + ax + The Matplotlib ax on which to plot the graphic record. If None is + provided, a new figure and ax is generated, the ax is returned at + the end. + + figure_width + Width of the figure (only if no ax was provided and a new figure is + created) in inches. + + draw_line + If True, a base line representing the sequence will be drawn. + + with_ruler + If true, the sequence indices will be indicated at regular intervals. + + plot_sequence + If True and the graphic record has a "sequence" attribute set, the + sequence will be displayed below the base line. + + annotate_inline + If true, some feature labels will be displayed inside their + corresponding feature if there is sufficient space. + + level_offset + All features and annotations will be pushed up by "level_offset". Can + be useful when plotting several sets of features successively on a + same ax. + + elevate_outline_annotations + If true, every text annotation will be above every feature. If false, + text annotations will be as close as possible to the features. + + strand_in_label_pixel_threshold + Number N such that, when provided, every feature with a graphical + width in pixels below N will have its strand indicated in the label + by an a left/right arrow + + x_lim + Horizontal axis limits to be set at the end. + + sequence_params + parameters for plot_sequence + """ + + if elevate_outline_annotations == "default": + default = self.default_elevate_outline_annotations + elevate_outline_annotations = default + if strand_in_label_threshold == "default": + default = self.default_strand_in_label_threshold + strand_in_label_threshold = default + + features_levels = compute_features_levels(self.features) + + for f in features_levels: + features_levels[f] += level_offset + max_level = ( + 1 if (features_levels == {}) else max(1, max(features_levels.values())) + ) + auto_figure_height = (ax is None) and (figure_height is None) + if ax is None: + height = figure_height or max_level + fig, ax = plt.subplots(1, figsize=(figure_width, height)) + + def strand_in_label(f): + """Anything under 0.1 inches in the figure""" + if strand_in_label_threshold is None: + return False + width_pixel = self._get_ax_width(ax, unit="pixel") + f_pixels = 1.0 * width_pixel * f.length / self.sequence_length + return f_pixels < strand_in_label_threshold + + self.initialize_ax(ax, draw_line=draw_line, with_ruler=with_ruler) + if x_lim is not None: + ax.set_xlim(*x_lim) + overflowing_annotations = [] + renderer = ax.figure.canvas.get_renderer() + bbox = ax.get_window_extent(renderer) + ax_height = bbox.height + ideal_yspan = 0 + + # sorting features from larger to smaller to make smaller features + # appear "on top" of smaller ones, in case it happens. May be useless + # now. + sorted_features_levels = sorted( + features_levels.items(), key=lambda o: -o[0].length + ) + for feature, level in sorted_features_levels: + self.plot_feature(ax=ax, feature=feature, level=level) + if feature.label is None: + continue + (text, overflowing, nlines, (x1, x2,), height,) = self.place_annotation( + feature=feature, + ax=ax, + level=level, + annotate_inline=annotate_inline, + max_line_length=max_line_length, + max_label_length=max_label_length, + indicate_strand_in_label=strand_in_label(feature), + ) + line_height = height / nlines + n_text_lines_in_axis = ax_height / line_height + min_y_height = self.min_y_height_of_text_line + feature_ideal_span = min_y_height * n_text_lines_in_axis + ideal_yspan = max(ideal_yspan, feature_ideal_span) + if overflowing or not annotate_inline: + # trick here: we are representing text annotations as + # GraphicFeatures so we can place them using + # compute_features_levels(). + # We are also storing all the info necessary for label plotting + # in these pseudo-graphic-features. + overflowing_annotations.append( + GraphicFeature( + start=x1, + end=x2, + feature=feature, + text=text, + feature_level=level, + nlines=nlines, + color=feature.color, + label_link_color=feature.label_link_color, + ) + ) + + # There are two ways to plot annotations: evelated, all above all the + # graphic feature. Or at the same levels as the graphic features ( + # every annotation above its respective feature, but some annotations + # can be below some features). + if elevate_outline_annotations: + + base_feature = GraphicFeature( + start=-self.sequence_length, + end=self.sequence_length, + fixed_level=0, + nlines=1, + is_base=True, + ) + overflowing_annotations.append(base_feature) + annotations_levels = compute_features_levels(overflowing_annotations) + else: + for f in self.features: + f.data.update(dict(nlines=1, fixed_level=features_levels[f])) + annotations_levels = compute_features_levels( + overflowing_annotations + self.features + ) + annotations_levels = { + f: annotations_levels[f] for f in overflowing_annotations + } + + max_annotations_level = max([0] + list(annotations_levels.values())) + annotation_height = self.determine_annotation_height(max_level) + annotation_height = max(self.min_y_height_of_text_line, annotation_height) + labels_data = {} + for feature, level in annotations_levels.items(): + if "is_base" in feature.data: + continue + text = feature.data["text"] + x, y = text.get_position() + if elevate_outline_annotations: + new_y = (max_level) * self.feature_level_height + ( + level + ) * annotation_height + else: + new_y = annotation_height * level + text.set_position((x, new_y)) + fx, fy = self.coordinates_in_plot( + feature.data["feature"].x_center, feature.data["feature_level"] + ) + + # PLOT THE LABEL-TO-FEATURE LINK + link_color = feature.label_link_color + if link_color == "auto": + link_color = change_luminosity(feature.color, luminosity=0.2) + ax.plot([x, fx], [new_y, fy], c=link_color, lw=0.5, zorder=-10) + labels_data[feature.data["feature"]] = dict( + feature_y=fy, annotation_y=new_y + ) + + if plot_sequence: + self.plot_sequence(ax, **(sequence_params or {})) + + self.finalize_ax( + ax=ax, + features_levels=max([1] + list(features_levels.values())), + annotations_max_level=max_annotations_level, + auto_figure_height=auto_figure_height, + ideal_yspan=ideal_yspan, + annotations_are_elevated=elevate_outline_annotations, + ) + return ax, (features_levels, labels_data) + + def plot_legend( + self, ax, allow_ambiguity=False, include_edge=True, **legend_kwargs + ): + handles = [] + features_parameters = {} + for feature in self.features: + text = feature.legend_text + if text is None: + continue + parameters = dict( + label=text, + facecolor=feature.color, + edgecolor="black", + ) + if include_edge: + parameters.update( + dict( + linewidth=feature.linewidth, + edgecolor=feature.linecolor, + ) + ) + if text in features_parameters: + previous_parameters = features_parameters[text] + if (not allow_ambiguity) and any( + [parameters[k] != previous_parameters[k] for k in parameters] + ): + raise ValueError("Cannot generate an unambiguous legend as two") + continue + features_parameters[text] = parameters + handles.append(Patch(**parameters)) + ax.legend(handles=handles, **legend_kwargs) + + +def change_luminosity(color, luminosity=None, min_luminosity=None, factor=None): + """Return a version of the color with different luminosity. + + Parameters + ---------- + color + A color in any Matplotlib-compatible format such as "white", "w", + (1,1,1), "#ffffff", etc. + luminosity + A float in 0-1. If provided, the returned color has this level of + luminosity. + factor + Only used if `luminosity` is not set. Positive factors increase + luminosity and negative factors decrease it. More precisely, the + luminosity of the new color is L^(-factor), where L is the current + luminosity, between 0 and 1. + """ + r, g, b = colorConverter.to_rgb(color) + h, l, s = colorsys.rgb_to_hls(r, g, b) + new_l = l + if luminosity is not None: + new_l = luminosity + if factor is not None: + new_l = l ** (-factor) + if min_luminosity is not None: + new_l = max(new_l, min_luminosity) + + return colorsys.hls_to_rgb(h, new_l, s) + + +def get_text_box(text, margin=0): + """Return the coordinates of a Matplotlib Text. + + `text` is a Matplotlib text obtained with ax.text(). + This returns `(x1,y1, x2, y2)` where (x1,y1) is the lower left corner + and (x2, y2) is the upper right corner of the text, in data coordinates. + If a margin m is supplied, the returned result is (x1-m, y1-m, x2+m, y2+m) + """ + renderer = text.axes.figure.canvas.get_renderer() + bbox = text.get_window_extent(renderer) # bounding box + __x1, y1, __x2, y2 = bbox.get_points().flatten() + bbox = bbox.transformed(text.axes.transData.inverted()) + x1, __y1, x2, __y2 = bbox.get_points().flatten() + return [x1, y1, x2, y2]
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/MultilinePlottableMixin.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,153 @@ +import matplotlib.pyplot as plt +from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages +import numpy + + +class MultilinePlottableMixin: + def plot_on_multiple_lines( + self, + n_lines=None, + nucl_per_line=None, + plot_sequence=False, + figure_width="auto", + **plot_params + ): + """Plot the features on different lines (one Matplotlib ax per line) + + Parameters + ---------- + + n_lines + Number of lines on which the record will be plotted. A number of + nucleotides per line can be provided instead (see below). + + nucl_per_line + Number of nucleotides to be represented on every line (determines + the number of lines ``n_lines``). + + plot_sequence + Whether to plot the nucleotide sequence on each line + + figure_width + Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 + (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches + (if a sequence is plotted). + + **plot_params + Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting + of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, + ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, + ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` + + Returns + ------- + + figure, axes + The matplotlib figure and axes generated. + """ + + if n_lines is None: + n_lines = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_line)) + else: + nucl_per_line = self.sequence_length // n_lines + 1 + + if figure_width == "auto": + if plot_sequence: + figure_width = 0.15 * nucl_per_line + else: + figure_width = 10 + + figures_heights = [] + + def plot_line(line_index, ax=None): + first, last = self.first_index, self.last_index + line_start = first + line_index * nucl_per_line + line_virtual_end = first + (line_index + 1) * nucl_per_line + line_end = min(last, line_virtual_end) + line_record = self.crop((line_start, line_end)) + line_ax, _ = line_record.plot( + figure_width=figure_width, + x_lim=(line_start, line_virtual_end), + ax=ax, + plot_sequence=plot_sequence, + **plot_params + ) + return line_ax + + for line_index in range(n_lines): + line_ax = plot_line(line_index) + figures_heights.append(line_ax.figure.get_figheight()) + plt.close(line_ax.figure) + fig, axes = plt.subplots( + n_lines, + 1, + gridspec_kw={"height_ratios": figures_heights}, + figsize=(figure_width, 0.9 * sum(figures_heights)), + ) + if n_lines == 1: + axes = [axes] + for line_index, ax in enumerate(axes): + plot_line(line_index, ax=ax) + fig.tight_layout() + return fig, axes + + def plot_on_multiple_pages( + self, + pdf_target, + n_lines=None, + nucl_per_line=None, + lines_per_page=5, + figure_width="auto", + **plot_params + ): + """Plot the features on different lines on different pages of a PDF. + + This function returns None + + Parameters + ---------- + + pdf_target + Either a path to a PDF, or a file(-like) handle. + + n_lines + Number of lines on which the record will be plotted. A number of + nucleotides per line can be provided instead (see below). + + nucl_per_line + Number of nucleotides to be represented on every line (determines + the number of lines ``n_lines``). + + lines_per_page + Number of lines on each page + + plot_sequence + Whether to plot the nucleotide sequence on each line + + figure_width + Width of the figure in inches. Leave to auto for a width of either 10 + (if not sequence is plotted) or 0.15*nucl_per_line inches + (if a sequence is plotted). + + **plot_params + Parameters from ``graphic_record.plot()`` to be used in the plotting + of the individual lines. This includes ``draw_line``, ``with_ruler``, + ``annotate_inline``, ``plot_sequence``, + ``evelate_outline_annotations``, ``strand_in_label_pixel_threshold`` + """ + nucl_per_page = nucl_per_line * lines_per_page + number_of_pages = int(numpy.ceil(self.sequence_length / nucl_per_page)) + with PdfPages(pdf_target) as pdf: + for page_index in range(number_of_pages): + first, last = self.first_index, self.last_index + page_start = first + page_index * nucl_per_page + page_end = first + (page_index + 1) * nucl_per_page + page_end = min(last, page_end) + page_record = self.crop((page_start, page_end)) + fig, axes = page_record.plot_on_multiple_lines( + nucl_per_line=nucl_per_line, + figure_width=figure_width, + **plot_params + ) + pdf.savefig(fig) + plt.close(fig)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/SequenceAndTranslationMixin.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,143 @@ +from ..biotools import extract_graphical_translation + + +class SequenceAndTranslationMixin: + def plot_sequence( + self, ax, location=None, y_offset=1, fontdict=None, guides_intensity=0 + ): + """Plot a sequence of nucleotides at the bottom of the plot. + + Parameters + ---------- + + ax + Which axes the translation should be plotted to + + location + location of the segment to translate, either (start, end) or + (start, end, strand) + + y_offset + Number of text levels under the plot's base line where to draw the + nucleotides. Should be 1 if the nucleotide sequence is to be plotted + directly under the main line. + + fontdict + Matplotlib fontdict for the text, e.g. + ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` + + background + tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each + nucleotide position to guide vision. Leave to None for no background. + + guides_intensity + Intensity of the vertical guides marking the different nucleotides + (0 = no guides) + """ + if self.sequence is None: + raise ValueError("No sequence in the graphic record") + if location is None: + location = self.span + location_start, location_end = location + fontdict = dict(size=11) + fontdict.update(fontdict or {}) + for i, nucleotide in enumerate(self.sequence): + index = i + location_start + if location_start <= index <= location_end: + ax.text( + index, + -0.7 * self.feature_level_height * y_offset, + nucleotide, + ha="center", + va="center", + fontdict=fontdict, + ) + if guides_intensity: + color = (0, 0, 0, guides_intensity) + for i in range(location_start, location_end + 1): + ax.axvline(i - 0.5, linewidth=0.1, color=color, zorder=-10000) + ymin = ax.get_ylim()[0] + if ymin < -500: + ymin = 0 + ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) + + def plot_translation( + self, + ax, + location=None, + y_offset=2, + fontdict=None, + guides_intensity=0.5, + translation=None, + long_form_translation=True, + ): + """Plot a sequence of amino-acids at the bottom of the plot. + + Parameters + ---------- + + ax + Which axes the translation should be plotted to + + location + location of the segment to translate (start, end) + + y_offset + Number of text levels under the plot's base line where to draw the + amino acid names. Should be 2 if the nucleotide sequence is also + plotted at level 1. + + fontdict + Matplotlib fontdict for the text, e.g. + ``{'size': 11, 'weight':'bold'}`` + + background + tuple (color1, color2) of alternate colors to plot behind each + amino acid position to guide vision. Leave to None for no background. + + translation + Sequence of amino acids either as a string ``'MAKG...'`` or as a list + ``['Met', 'Ala', ...]`` + + + """ + start, end = location[0], location[1] + strand = location[2] if (len(location) == 3) else 1 + s, e = self.span + start = max(start, s + ((start - s) % 3)) + end = min(end, e - ((end - e) % 3)) + if translation is None: + new_loc = start - self.first_index, end - self.first_index, strand + translation = extract_graphical_translation( + self.sequence, + location=new_loc, + long_form=long_form_translation, + ) + texts = [ + ((start + 3 * i, start + 3 * (i + 1)), aa) + for i, aa in enumerate(translation) + ] + + y = -0.7 * y_offset * self.feature_level_height + ymin = ax.get_ylim()[0] + ax.set_ylim(bottom=min(ymin, -y_offset * self.feature_level_height)) + fontdict = fontdict or {} + guides_color = (0, 0, 0, guides_intensity) + for i, ((start, end), text) in enumerate(texts): + ax.text( + 0.5 * (start + end - 1), + y, + text, + ha="center", + va="center", + fontdict=fontdict, + ) + if guides_intensity: + ax.axvline( + start - 0.5, + linewidth=0.1, + color=guides_color, + zorder=-10000, + ) + if guides_intensity: + ax.axvline(end - 0.5, linewidth=0.1, color=guides_color, zorder=-10000)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/GraphicRecord/__init__.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,3 @@ +from .GraphicRecord import GraphicRecord + +__all__ = ["GraphicRecord"]
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/README.md Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,13 @@ +# Code organization + +This document walks you trough the Geneblocks code. Please request changes if anything is unclear. + +- **GraphicFeature.py** implements a class for defining a *GraphicFeature*, which is an annotation (start, end, strand, label) with graphical properties (color, line width, font family...) + +- **GraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which can plot a set of *GraphicFeatures* using Matplotlib or Bokeh. To keep file sizes acceptable, many methods are implemented in separate files (*bokeh_plots.py*, *matplotlib_plots.py*) and added to *GraphicRecord* via class mixins. + +- **CircularGraphicRecord/** implements the *GraphicRecord* class, which inherits from *GraphicRecord* but draws features circularly using custom Matplotlib patches called "arrow-wedge" (defined in file *ArrowWedge.py*). + +- **compute_features_levels.py** implements the algorithm for deciding the levels on which the different features (and annotations) are drawn + +- **biotools.py** implements generic biology-related methods (reverse_complement, annotation of Biopython records, etc.)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/__init__.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,22 @@ +""" dna_features_viewer/__init__.py """ + +from .GraphicRecord import GraphicRecord +from .CircularGraphicRecord import CircularGraphicRecord +from .GraphicFeature import GraphicFeature +from .BiopythonTranslator import ( + BiopythonTranslator, + BlackBoxlessLabelTranslator, +) +from .biotools import load_record, annotate_biopython_record + +from .version import __version__ + +__all__ = [ + "GraphicRecord", + "CircularGraphicRecord", + "GraphicFeature", + "BiopythonTranslator", + "BlackBoxlessLabelTranslator", + "annotate_biopython_record", + "__version__", +]
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/biotools.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,163 @@ +import textwrap +from Bio.Seq import Seq +from Bio.SeqFeature import SeqFeature, FeatureLocation +from Bio.PDB.Polypeptide import aa1, aa3 +from Bio import SeqIO + +try: + from BCBio import GFF +except ImportError: + + class GFF: + def parse(*a): + """Not available. Please install bcbio-gff.""" + raise ImportError("Please install the bcbio-gff library to parse GFF data") + + +def complement(dna_sequence): + """Return the complement of the DNA sequence. + + For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"TACGGC"``. + + Uses BioPython for speed. + """ + return str(Seq(dna_sequence).complement()) + + +def reverse_complement(sequence): + """Return the reverse-complement of the DNA sequence. + + For instance ``complement("ATGCCG")`` returns ``"GCCGTA"``. + + Uses BioPython for speed. + """ + return complement(sequence)[::-1] + + +aa_short_to_long_form_dict = { + _aa1: _aa3[0] + _aa3[1:].lower() for (_aa1, _aa3) in zip(aa1 + "*", aa3 + ["*"]) +} + + +def translate(dna_sequence, long_form=False): + """Translate the DNA sequence into an amino-acids sequence MLKYQT... + + If long_form is true, a list of 3-letter amino acid representations + is returned instead (['Ala', 'Ser', ...]). + """ + result = str(Seq(dna_sequence).translate()) + if long_form: + result = [aa_short_to_long_form_dict[aa] for aa in result] + return result + + +def extract_graphical_translation(sequence, location, long_form=False): + """Return a string of the "graphical" translation of a sequence's subsegment. + + Here "graphical" means that the amino acid sequence is always given + left-to-right, as it will appear under the sequence in the plot. This matters + when the location is on the -1 strand. In this case, the amino-acids are + determined by (part of) the reverse-complement of the sequence, however + the sequence returned will be the mirror of the translated sequence, as + this is the left-to-right order in which the codons corresponding to the + amino-acids appear in the sequence. + + Parameters + ---------- + sequence + An "ATGC" string. + + location + Either (start, end) or (start, end, strand), with strand in (0, 1, -1). + + long_form + if True, a list of 3-letter amino acid representations is returned instead + (['Ala', 'Ser', ...]). + + """ + if len(location) == 3: + start, end, strand = location + else: + start, end = location + strand = 1 + subsequence = sequence[start:end] + if strand == -1: + subsequence = reverse_complement(subsequence) + translation = translate(subsequence, long_form=long_form) + if strand == -1: + translation = translation[::-1] + return translation + + +def load_record(path): + """Load a Genbank file""" + if isinstance(path, str): + # Input is a file path + if path.lower().endswith(".gff"): + return list(GFF.parse(path))[0] + else: + return SeqIO.read(path, "genbank") + else: + # Input is a file-like object + try: + return SeqIO.read(path, "genbank") + except: + path.seek(0) + return list(GFF.parse(path))[0] + + +def annotate_biopython_record( + seqrecord, location="full", feature_type="misc_feature", margin=0, **qualifiers +): + """Add a feature to a Biopython SeqRecord. + + Parameters + ---------- + + seqrecord + The biopython seqrecord to be annotated. + + location + Either (start, end) or (start, end, strand). (strand defaults to +1) + + feature_type + The type associated with the feature + + margin + Number of extra bases added on each side of the given location. + + qualifiers + Dictionnary that will be the Biopython feature's `qualifiers` attribute. + """ + if location == "full": + location = (margin, len(seqrecord) - margin) + + strand = location[2] if len(location) == 3 else 1 + seqrecord.features.append( + SeqFeature( + FeatureLocation(location[0], location[1], strand), + qualifiers=qualifiers, + type=feature_type, + ) + ) + + +def find_narrowest_text_wrap(text, max_line_length): + """Wrap the text into a multi-line text minimizing the longest line length. + + This is done by first wrapping the text using max_line_length, then + attempt new wraps by iteratively decreasing the line_length, as long as the + number of lines stays the same as with max_line_length. + """ + narrowest_wrap = textwrap.wrap(text, max_line_length) + narrowest_width = max([len(l) for l in narrowest_wrap]) + for line_length in range(max_line_length - 1, 0, -1): + wrap = textwrap.wrap(text, line_length) + if len(wrap) <= len(narrowest_wrap): + width = max([len(l) for l in wrap]) + if width < narrowest_width: + narrowest_wrap = wrap + narrowest_width = width + else: + break + return "\n".join(narrowest_wrap)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/compute_features_levels.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,72 @@ +"""Implements the method used for deciding which feature goes to which level +when plotting.""" + +import itertools +import math + + +class Graph: + """Minimal implementation of non-directional graphs. + + Parameters + ---------- + + nodes + A list of objects. They must be hashable + edges + A list of the form [(n1,n2), (n3,n4)...] where (n1, n2) represents + an edge between nodes n1 and n2 + """ + + def __init__(self, nodes, edges): + self.nodes = nodes + self.neighbors = {n: [] for n in nodes} + for n1, n2 in edges: + self.neighbors[n1].append(n2) + self.neighbors[n2].append(n1) + + +def compute_features_levels(features): + """Compute the vertical levels on which the features should be displayed + in order to avoid collisions. + + `features` must be a list of `dna_features_viewer.GraphicFeature`. + + The method used is basically a graph coloring: + - The nodes of the graph are features and they will be colored with a level + - Two nodes are neighbors if and only if their features's locations overlap + - Levels are attributed to nodes iteratively starting with the nodes + corresponding to the largest features. + - A node receives the lowest level (starting at 0) that is not already + the level of one of its neighbors. + """ + edges = [ + (f1, f2) + for f1, f2 in itertools.combinations(features, 2) + if f1.overlaps_with(f2) + ] + graph = Graph(features, edges) + levels = {n: n.data.get("fixed_level", None) for n in graph.nodes} + + def collision(node, level): + """Return whether the node placed at base_level collides with its + neighbors in the graph.""" + line_factor = 0.5 + nlines = node.data.get("nlines", 1) + for neighbor in graph.neighbors[node]: + neighbor_level = levels[neighbor] + if neighbor_level is None: + continue + neighbor_lines = neighbor.data.get("nlines", 1) + min_distance = line_factor * (nlines + neighbor_lines) + if abs(level - neighbor_level) < min_distance: + return True + return False + + for node in sorted(graph.nodes, key=lambda f: -f.length): + if levels[node] is None: + level = 0 + while collision(node, level): + level += 0.5 + levels[node] = level + return levels
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/dna_features_viewer/version.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,1 @@ +__version__ = "3.0.1"
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/linear_genome_plot.py Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,396 @@ +#!/usr/bin/env python +from Bio import SeqIO +from dna_features_viewer import BiopythonTranslator, GraphicRecord +from matplotlib import rc_context +import matplotlib +import matplotlib.pyplot as plt +from itertools import cycle +import re +import sys +import argparse + + +class CPTTranslator(BiopythonTranslator): + """ + This is a customized translator from the dna_features_viewer module to fit Galaxy + """ + + global custom_feature_colors + global box_status + global label_fields + global custom_name_colors + global ignored_features_types + global ignored_gene_labels + global ignored_feature_labels + + def compute_feature_color(self, feature): + if feature.type == "CDS": + if "product" in feature.qualifiers: + color_specific = any( + re.search( + ("(\\b" + str(item) + "\\b)"), feature.qualifiers["product"][0] + ) + for item in custom_name_colors.keys() + ) or any( + re.search((item), feature.qualifiers["product"][0]) + for item in custom_name_colors.keys() + ) + if color_specific: + try: + return custom_name_colors[feature.qualifiers["product"][0]] + except KeyError: + for item in custom_name_colors.keys(): + if item in feature.qualifiers["product"][0]: + custom_name_colors[ + feature.qualifiers["product"][0] + ] = custom_name_colors[item] + return custom_name_colors[ + feature.qualifiers["product"][0] + ] + # print(feature.qualifiers["product"][0]) + else: + try: + return custom_feature_colors[feature.type] + except KeyError: + return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) + else: + if feature.type not in ignored_features_types: + try: + return custom_feature_colors[feature.type] + except KeyError: + return BiopythonTranslator.compute_feature_color(self, feature) + + def compute_feature_label(self, feature): # remove the chop_blocks + self.label_fields = label_fields + if feature.type == "CDS": + if "product" in feature.qualifiers: + if ignored_gene_labels: # product name drop + verify_chops = any( + re.search( + ("(\\b" + str(item) + "\\b)"), + feature.qualifiers["product"][0], + ) + for item in ignored_gene_labels + ) or any( + re.search((item), feature.qualifiers["product"][0]) + for item in ignored_gene_labels + ) + if verify_chops: + return None + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + elif feature.type in ignored_feature_labels: + return None + else: + return BiopythonTranslator.compute_feature_label(self, feature) + + def compute_filtered_features(self, features): + return [ + feature + for feature in features + if feature.type not in ignored_features_types + ] + + def compute_feature_legend_text(self, feature): + return feature.type + + def compute_feature_box_color(self, feature): + if feature.type == "CDS": + return "white" + + def compute_feature_label_link_color(self, feature): + return "black" + + def compute_feature_box_linewidth(self, feature): + if box_status: + return 0.5 + else: + return 0 + + +def parse_gbk(file): + """simple function to parse out the feature information AND products""" + + record = SeqIO.read(file, "genbank") + count = 0 + feature_types = {} + product_names = [] + for feat in record.features: + if feat.type not in feature_types: + feature_types[feat.type] = 1 + else: + feature_types[feat.type] += 1 + if "product" in feat.qualifiers: + product_names.append(feat.qualifiers["product"][0]) + + return feature_types, product_names, record + + +if __name__ == "__main__": + parser = argparse.ArgumentParser(description="Linear Genome Plot") + # Input and Parameters + parser.add_argument( + "input_file", type=argparse.FileType("r"), help="genbank or gff3 file" + ) + parser.add_argument("--plot_width", type=int, default=20) + # parser.add_argument("--plot_height",type=int,default=4) + parser.add_argument( + "--title", type=str, default="genome plot" + ) # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument( + "--common_features_excluded", default="", help="common features to be excluded" + ) + parser.add_argument( + "--features_excluded", + default="", + help="features to be excluded from plot, separate by commas", + ) + parser.add_argument( + "--common_ignore_feature_labels", + default="", + help="common feature labels to be excluded", + ) + parser.add_argument( + "--ignored_feature_labels", + default="", + help="ignore labeling of specific features", + ) + parser.add_argument( + "--common_ignore_product_labels", + default="", + help="common product names to not label", + ) + parser.add_argument( + "--ignore_labeling", + default="", + help="labeling for specific products to ignore, separate by commas", + ) + parser.add_argument( + "--feature_label_order", + default="locus_tag", + help="label order, where the first choice is the first feature listed to pull name labels from", + ) # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument( + "--label_box", + action="store_true", + help="Use to have label box around feature labels", + ) + parser.add_argument( + "--label_algo", + action="store_true", + help="use dna features spacing algo for label placement (in or above feature)", + ) + # parser.add_argument("--level_offset",type=int,default=0,help="All features and annotations will be pushed up by the input amount. Useful for when plotting several sets of features successively on the same axis.") # Will exclude for now + # parser.add_argument("--custom_region",action="store_true",help="cropped region for plot") + parser.add_argument("--sz", type=int, help="beginning location for crop") + parser.add_argument("--ez", type=int, help="end location for crop") + parser.add_argument("--st", type=int, help="start site of translation") + parser.add_argument("--et", type=int, help="end site of translation") + parser.add_argument( + "--translation_on", action="store_true", help="plot the translation sub-axis" + ) + parser.add_argument( + "--feature_id", + nargs="*", + action="append", + help="feature label to have custom color", + ) # NEED TO ADD TO XML + parser.add_argument( + "--feature_id_color", + nargs="*", + action="append", + help="feature's accompanying color", + ) + parser.add_argument( + "--gene_id", + nargs="*", + action="append", + help="gene/cds label to have custom color", + ) + parser.add_argument( + "--gene_id_color", + nargs="*", + action="append", + help="gene/cds's accompanying color", + ) + parser.add_argument("--multiline", action="store_true", help="Plot multiline plot") + parser.add_argument( + "--nucl_per_line", type=int, help="nucleotides per line of multiline" + ) + # Output + parser.add_argument( + "--file_stats", + type=argparse.FileType("w"), + default="out_stats.txt", + help="output stat file", + ) + # parser.add_argument("--tmp_img",dest="tmp_img",type=argparse.FileType("wb"),default="out_tmp.svg") + parser.add_argument( + "--out_img", + dest="out_img", + type=argparse.FileType("wb"), + default="out_img.svg", + help="svg genome plot", + ) + args = parser.parse_args() + + ## Part I ; Parse and send output of features count and the list of product names + feature_counts, products, genome = parse_gbk(args.input_file) + with args.file_stats as f: + f.writelines("---::: FILE BREAKDOWN :::---\n\n") + f.writelines("------::: Feature Count :::------\n") + for feature, count in feature_counts.items(): + f.writelines(f"Feature: {feature} ::::: Count: {count}\n") + f.writelines("------::: Product Names :::------\n") + if products != []: + for product in products: + f.writelines(f"Product Name: {product}\n") + else: + f.writelines("No Annotated Product Names Found") + + ## Part II ; Prep Global Variables + ## Make K:V pairs for Feature Colors + if args.label_box: + box_status = True + else: + box_status = False + + if args.feature_id: + feature_ids = [f for listed_obj in args.feature_id for f in listed_obj] + feature_ids_colors = [ + f for listed_obj in args.feature_id_color for f in listed_obj + ] + custom_feature_colors = dict(zip(feature_ids, feature_ids_colors)) + else: + custom_feature_colors = {} + + ## Make K:V pairs for Name Colors (as above) + if args.gene_id: + gene_ids = [g for listed_obj in args.gene_id for g in listed_obj] + gene_ids_colors = [g for listed_obj in args.gene_id_color for g in listed_obj] + custom_name_colors = dict(zip(gene_ids, gene_ids_colors)) + else: + custom_name_colors = {} + + ## Ignored Features + # ignored_features_types = str.split(args.features_excluded,",") + if args.common_features_excluded: + ignored_features_types = str.split(args.common_features_excluded, ",") + if args.features_excluded: + ignored_features_types += str.split(args.features_excluded, ",") + elif args.features_excluded: + ignored_features_types = str.split(args.features_excluded, ",") + else: + ignored_features_types = False + + print(ignored_features_types) + + ## product labels + if args.common_ignore_product_labels: + ignored_gene_labels = str.split(args.common_ignore_product_labels, ",") + if args.ignore_labeling: + ignored_gene_labels += str.split(args.ignore_labeling, ",") + elif args.ignore_labeling: + ignored_gene_labels = str.split(args.ignore_labeling, ",") + else: + ignored_gene_labels = False + + print(ignored_gene_labels) + + if args.feature_label_order != [""]: + label_fields = str.split(args.feature_label_order, ",") + + # if ignored_gene_labels == ['']: + # ignored_gene_labels = False + + ## Ignored Labeling + if args.common_ignore_feature_labels: + ignored_feature_labels = str.split(args.common_ignore_feature_labels, ",") + if args.ignored_feature_labels: + ignored_feature_labels += str.split(args.ignored_feature_labels, ",") + elif args.ignored_feature_labels: + ignored_feature_labels = str.split(args.ignored_feature_labels, ",") + else: + ignored_feature_labels = False + + print(ignored_feature_labels) + ## Print Statements for Debugging + # print(custom_feature_colors) + # print(custom_name_colors) + # print(ignored_features_types) + # print(ignored_gene_labels) + # print(label_fields) + + ## Part III ; PLOT + # Housekeeping + rc_context( + { + "font.family": ["monospace"], + } + ) # courier-like + matplotlib.use("Agg") # I think this has to be used... + + if args.label_algo: + lab_algo = True + else: + lab_algo = False + + translator = CPTTranslator() + graphic_record = translator.translate_record(genome) + + with open("tmp.svg", "wb") as img: + img.truncate(0) + img.close() + + if ( + args.sz and not args.multiline + ): # if user is wanting to look at a subset region of the genome + zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez + cropped = graphic_record.crop((zoom_start, zoom_end)) + ax, _ = cropped.plot( + figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo, figure_height=None + ) + if args.translation_on: + crop_seq = (args.st - 1, args.et) + cropped.plot_translation( + ax, + location=crop_seq, + fontdict={"size": 8, "weight": "bold"}, + y_offset=1, + ) + ax.set_title(args.title) + # Galaxy specific shenanigans + tmp_fig = "./tmp.svg" + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + elif args.multiline: + if args.sz: + zoom_start, zoom_end = args.sz, args.ez + else: + zoom_start, zoom_end = 1, graphic_record.sequence_length + cropped = graphic_record.crop((zoom_start, zoom_end)) + ax, _ = cropped.plot_on_multiple_lines( + figure_width=args.plot_width, + annotate_inline=lab_algo, + figure_height=None, + nucl_per_line=args.nucl_per_line, + plot_sequence=False, + ) + # ax.set_title(args.title) + tmp_fig = "./tmp.svg" + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + else: + ax, _ = graphic_record.plot( + figure_width=args.plot_width, annotate_inline=lab_algo + ) + ax.set_title(args.title) + tmp_fig = "./tmp.svg" + # Galaxy specific shenanigans + plt.savefig(tmp_fig) + plt.close() + with open("tmp.svg", "rb") as img: + for line in img: + args.out_img.write(line)
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/linear_genome_plot.xml Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,292 @@ +<tool id="edu.tamu.cpt.genome_viz.linear_genome_plot" name="Linear Genome Plot" version="1.0"> + <description>Linear Genome Plot</description> + <macros> + <import>macros.xml</import> + </macros> + <expand macro="requirements"> + </expand> + <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[ +python '$__tool_directory__/linear_genome_plot.py' +'$input_file' +--plot_width '$plot_width' +--common_features_excluded "$common_features_excluded" +--features_excluded "$features_excluded" +--common_ignore_feature_labels "$common_ignore_feature_labels" +--ignored_feature_labels "$ignored_feature_labels" +--common_ignore_product_labels "$common_ignore_product_labels" +--ignore_labeling "$ignore_labeling" +--feature_label_order "$feature_label_order" +--title "$title" +$label_algo +$label_box +#if $selectregion.custom_region: + --sz '$selectregion.start_zoom' + --ez '$selectregion.end_zoom' +#end if +#if $multiline.multi_line: + --multiline + --nucl_per_line '$multiline.nucl_per_line' +#end if +#for $feature_color in $feature_colors: + #if $feature_color.feature_color_selector.feature_color_options == "add_colors": + --feature_id #for $feat_id in $feature_color.feature_color_selector.feature_id: + "${feat_id}" #end for + --feature_id_color #for $feat_col in $feature_color.feature_color_selector.feature_id_color: + "${feat_col}" #end for + #end if +#end for +#for $gene_color in $gene_colors: + #if $gene_color.gene_color_selector.gene_color_options == "add_colors": + --gene_id #for $gene_id in $gene_color.gene_color_selector.gene_id: + "${gene_id}" #end for + --gene_id_color #for $gene_col in $gene_color.gene_color_selector.gene_id_color: + "${gene_col}" #end for + #end if +#end for +--file_stats '$file_stats' +--out_img '$out_img' + ]]></command> + <inputs> + <param label="Annotated Genome File (Gbk)" name="input_file" type="data" format="genbank"/> + <param label="Plot Width" name="plot_width" type="integer" value="10" help="Width of the plot. Increase for larger genomes."/> + <param label="Box Label" name="label_box" type="boolean" checked="true" help="Select 'no' to have no label box around feature labels" truevalue="--label_box" falsevalue=""/> + <conditional name="selectregion"> + <param label="Select Custom Region" name="custom_region" type="boolean" checked="false" help="Plot a specific region of the genome"/> + <when value="true"> + <param name="start_zoom" label="Start Zoom" type="integer" help="start zoom" optional="true"/> + <param name="end_zoom" label="End Zoom" type="integer" help="end zoom" optional="true"/> + </when> + <when value="false"> + </when> + </conditional> + <conditional name="multiline"> + <param label="Multi Line Plot" name="multi_line" type="boolean" checked="false" help="Breaks up the plot into multiple lines"/> + <when value="true"> + <param name="nucl_per_line" label="Nucleotides Per Line" type="integer" optional="true"/> + </when> + <when value="false"> + </when> + </conditional> + <param argument="common_features_excluded" label="Common Feature(s) to EXCLUDE" type="select" multiple="true" help="Common Features to be excluded from the plot"> + <option value="source" selected="true">source</option> + <option value="gene" selected="true">gene</option> + <option value="CDS">CDS</option> + <option value="RBS">RBS</option> + <option value="misc_feature">misc_feature</option> + <option value="misc_difference">misc_difference</option> + </param> + <param label="Extra Feature(s) to EXCLUDE" name="features_excluded" type="text" optional="true" help="Feature(s) to exclude from plot (example: variation,misc_recomb). Separate by comma(s)."/> + <param argument="common_ignore_feature_labels" label="Common Feature(s) label(s) to EXCLUDE" type="select" multiple="true" help="Common Feature labels to exclude from the plot"> + <option value="source" selected="true">source</option> + <option value="gene" selected="true">gene</option> + <option value="CDS">CDS</option> + <option value="RBS" selected="true">RBS</option> + <option value="misc_feature">misc_feature</option> + <option value="misc_difference">misc_difference</option> + </param> + <param label="Extra Feature(s) label(s) to EXCLUDE" name="ignored_feature_labels" type="text" optional="true" help="If plotting multiple features, especially when using product names, and you want to ignore labeling certain types of features, input the feature(s) (example: variation,misc_recomb). For multiple feature labels to exclude, separate by commas."/> + <param argument="common_ignore_product_labels" label="Common Product names to EXCLUDE from labeling" type="select" multiple="true" help="Common product labels to ignore from the plot"> + <option value="hypothetical protein" selected="true">hypothetical protein</option> + <option value="uncharacterized protein" selected="true">uncharacterized protein</option> + <!--<option value="phage" selected="true">phage</option> MIGHT ADD THIS LATER--> + </param> + <param label="Extra Product(s) name label(s) to EXCLUDE" name="ignore_labeling" type="text" optional="true" help="Product names to ignore as well as character patterns (example: hypothetical protein, JX). Separate by commas"/> + <param label="Name ordering" help="Order of features to decide naming convention (example: locus_tag,product). Separate by commas." name="feature_label_order" type="text" value="product"/> + <param label="Title of Graph" name="title" type="text" value="Linear Genome Plot"/> + <param label="Label algorithm dictates label placement" name="label_algo" type="boolean" help="Some features will be displayed inside if there is sufficient space. If set to no, all labels will be placed in the box labels above the feature" checked="true" truevalue="--label_algo" falsevalue=""/> + <repeat name="feature_colors" title="Feature Colors"> + <conditional name="feature_color_selector"> + <param name="feature_color_options" type="select" label="Feature Color Options"> + <option value="none" selected="false"/> + <option value="add_colors" selected="false">Add Custom Colors</option> + </param> + <when value="add_colors"> + <param name="feature_id" label="Feature Name" type="text" optional="true" multiple="true" help="Feature name. Example: CDS. Case Sensitive."/> + <param name="feature_id_color" label="Feature Color" type="color" optional="true" multiple="true" value="#FFFFFF"> + <sanitizer> + <valid initial="string.ascii_letters,string.digits"> + <add value="#"/> + </valid> + </sanitizer> + </param> + </when> + <when value="none"> + </when> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="gene_colors" title="Product Name Colors"> + <conditional name="gene_color_selector"> + <param name="gene_color_options" type="select" label="Product Color Options"> + <option value="none" selected="false"/> + <option value="add_colors" selected="false">Add Custom Colors</option> + </param> + <when value="add_colors"> + <param name="gene_id" label="Product Name" type="text" optional="true" multiple="true" help="Product Name. Example: holin. Case Sensitive."/> + <param name="gene_id_color" label="Product Color" type="color" optional="true" multiple="true" value="#D3D3D3"> + <sanitizer> + <valid initial="string.ascii_letters,string.digits"> + <add value="#"/> + </valid> + </sanitizer> + </param> + </when> + <when value="none"> + </when> + </conditional> + </repeat> + </inputs> + <outputs> + <data format="text" name="file_stats" label="out_stats.txt"/> + <data format="svg" name="out_img" label="genome_plot.svg"/> + </outputs> + <tests> + <test> + <!-- Testing zoom and 95% or > sim --> + <param name="input_file" value="mu_reanno.gb"/> + <param name="plot_width" value="10"/> + <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature"/> + <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene"/> + <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS"/> + <param name="feature_label_order" value="product"/> + <param name="title" value="Mu Test label"/> + <param name="label algo" value="true"/> + <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein"/> + <conditional name="selectregion"> + <param name="custom_region" value="true"/> + <param name="start_zoom" value="7000"/> + <param name="end_zoom" value="12000"/> + </conditional> + <output name="file_stats" file="out_stats_zoom.txt"/> + <output name="out_img" file="out_img_zoom.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> + </test> + <test> + <!-- Test nonzoom and extra params --> + <param name="input_file" value="mu_reanno.gb"/> + <param name="plot_width" value="100"/> + <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature"/> + <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene"/> + <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS"/> + <param name="feature_label_order" value="product"/> + <param name="title" value="Mu Test label"/> + <param name="label algo" value="true"/> + <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein"/> + <param name="ignore_labeling" value="testing_ignore_labeling,another_test"/> + <param name="ignored_feature_labels" value="testing_ignored_feature_labels,another_test"/> + <assert_command> + <has_text text="--ignore_labeling "testing_ignore_labeling,another_test" "/> + <has_text text="--ignored_feature_labels "testing_ignored_feature_labels,another_test" "/> + </assert_command> + <output name="file_stats" file="out_stats.txt"/> + <output name="out_img" file="out_img.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> + </test> + <test> + <!-- Test for multiline plot and plotting custom colors --> + <param name="input_file" value="mu_reanno.gb"/> + <param name="plot_width" value="100"/> + <param name="common_features_excluded" value="source,misc_feature"/> + <param name="features_excluded" value="misc_difference,gene"/> + <param name="common_ignore_feature_labels" value="RBS"/> + <param name="feature_label_order" value="product"/> + <param name="title" value="Mu Test label"/> + <param name="label algo" value="true"/> + <param name="common_ignore_product_labels" value="uncharacterized protein,hypothetical protein"/> + <conditional name="selectregion"> + <param name="custom_region" value="true"/> + <param name="start_zoom" value="7000"/> + <param name="end_zoom" value="12000"/> + </conditional> + <conditional name="multiline"> + <param name="multi_line" value="true"/> + <param name="nucl_per_line" value="1200"/> + </conditional> + <repeat name="feature_colors"> + <conditional name="feature_color_selector"> + <param name="feature_color_options" value="add_colors"/> + <param name="feature_id" value="RBS"/> + <param name="feature_id_color" value="#CD5C5C"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="feature_colors"> + <conditional name="feature_color_selector"> + <param name="feature_color_options" value="add_colors"/> + <param name="feature_id" value="CDS"/> + <param name="feature_id_color" value="#FFFFFF"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="gene_colors"> + <conditional name="gene_color_selector"> + <param name="gene_color_options" value="add_colors"/> + <param name="gene_id" value="spanin"/> + <param name="gene_id_color" value="#3355FF"/> + </conditional> + </repeat> + <repeat name="gene_colors"> + <conditional name="gene_color_selector"> + <param name="gene_color_options" value="add_colors"/> + <param name="gene_id" value="SAR endolysin"/> + <param name="gene_id_color" value="#33FFB2"/> + </conditional> + </repeat> + <output name="file_stats" file="out_stats_multi.txt"/> + <output name="out_img" file="out_img_multi.svg" compare="sim_size" delta_frac="0.05"/> + <assert_command> + <has_text text="--multiline"/> + <has_text text="--nucl_per_line 1200"/> + <has_text text="--gene_id "SAR endolysin""/> + <has_text text="--gene_id_color "#33FFB2""/> + </assert_command> + </test> + </tests> + <help><![CDATA[ +.. class:: warningmark + +**TIP** This tool requires *genbank* format. + +----- + +Genome Plot + +*Description of some of the various parameters:* + +* Features to EXCLUDE :: The **"Common Feature(s) to EXCLUDE"** select menu has frequent features that are excluded. **"Extra Feature(s) to EXCLUDE"** is where you can pass one, or multiple, feature(s) to be excluded from the plot. Separate by commas with NO spaces. + +* Feature(s) label(s) to EXCLUDE :: The **"Common Feature(s) label(s) to EXCLUDE from labeling"** select menu has frequent labels from features that are excluded. Input specific features that you do not want to include in the **"Extra Feature(s) label(s) to EXCLUDE"**. Use this when you still want to plot the feature but not label it. A good sample case is if you are zoomed into a specific region and looking at overlapping genes but do not want to label all of the RBS sites. + +* Products(s) names label(s) to EXCLUDE :: The **"Common Product names to EXCLUDE from labeling"** select menu has frequent product names that are excluded. Input specific names that you do not want to include in the **"Extra Product(s) name label(s) to EXCLUDE"**. Any product with this name will NOT be labeled. It must be spelt, spaced, and capitalized exactly as it is within the file to be caught. However, if you wish to exclude labels with common patterns, say JX0101.orf01, you could pass "JX" to the input box and it will skip all names containing JX. Realize that passing something like protein will also eliminate labels such as DNA binding protein. Of note, if you choose to label by locus_tags, and want to skip over each, for example, hypothetical protein; the script will still pass their label and not label them. + +* Name ordering :: In case you want to customize the selection method of labeling genes by a specific feature, use this argument. "product" will use the product names from within the file. If you want to use product, and if there is no name, use locus_tag as the next name, pass the following: product,locus_tag. + +* Label algorithm dictates label placement :: DNA-features (the orginal python package) has a very nice spacing algorithm for deciding how to space and where to put the label. Selecting no will force ALL features to placed outside of their gene box. If more tuning is desired, a custom pixel control can be implemented as an argument (not currently implemented) to allow more user control for label placement within gene boxes. + +* Select Custom Region :: If you would like to zoom in and look at a specific region of select a start and end site to zoom in on. Values are based on Nucleotides. + +* Multiline :: Permits plotting of the genome across multiple lines. Select the amount of nucleotides per line you would like in the **"Nucleotides Per Line"** field. Smaller widths (which are recommended for multiline plots) and larger nucleotides per line will have faster compute times. This can also be combined with the custom region parameters. + +* Feature Colors :: Customizing Feature colors based on their exact name as listed in the file (check the output stats file for spelling). + +* Product Name Colors :: Customizing Product colors based on their exact name as listed in the file (check the output stats file for spelling). **NOW**, in addition to the exact name, general words can be used to grab similiarly named features. For example, if the genome has a two component spanin system (i-spanin + o-spanin), using "spanin" would change the color for both the i-spanin and o-spanin. + +**Output** + +* file_stats will output the different product names as well as the count of each respective feature +* svg output + +**Output Example** + +Using the zoom function and custom colors for various product names + +.. image:: $PATH_TO_IMAGES/sample.png + + ]]></help> + <citations> + <citation type="doi">https://doi.org/10.1101/2020.01.09.900589</citation> + <citation type="bibtex"> + @unpublished{galaxyTools, + author = {C. Ross}, + title = {CPT Galaxy Tools}, + year = {2020-}, + note = {https://github.com/tamu-cpt/galaxy-tools/} + } + </citation> + </citations> +</tool>
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/macros.xml Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,18 @@ +<macros> + <xml name="requirements"> + <requirements> + <requirement type="package" version="3.8.13">python</requirement> + <requirement type="package" version="1.77">biopython</requirement> + <requirement type="package" version="1.2.2">cpt_gffparser</requirement> + <requirement type="package" version="1.0.5">pandas</requirement> + <requirement type="package" version="3.3.2">matplotlib</requirement> + <!-- <requirement type="package" version="3.0.1">dna-features-viewer</requirement> --> + <yield/> + </requirements> + <version_command> + <![CDATA[ + cd '$__tool_directory__' && git rev-parse HEAD + ]]> + </version_command> + </xml> +</macros>
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Biol. 317 (3), 337-359 (2002) + PUBMED 11922669 +REFERENCE 2 (bases 1 to 36717) + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (05-MAY-2009) National Center for Biotechnology + Information, NIH, Bethesda, MD 20894, USA +REFERENCE 3 (bases 1 to 36717) + AUTHORS Morgan G, Hatfull G, Hendrix R. + TITLE Direct Submission + JOURNAL Submitted (13-AUG-1998) Pittsburgh Bacteriophage Institute and + Department of Biological Sciences, University of Pittsburgh, + Pittsburgh, PA 15260, USA +REFERENCE 4 (bases 1 to 36717) + AUTHORS . + TITLE Direct Submission + JOURNAL Exported Wednesday, Jun 3, 2020 from SnapGene 5.1.3 + https://www.snapgene.com +COMMENT SGRef: number: 1; type: "Journal Article"; journalName: "J. 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IPR004189, IPR015378 which are Mu-type HTH + domain, Mu DNA binding I gamma subdomain, and transposase + domains" + /db_xref="GeneID:2636292" + /protein_id="NP_050607.1" + /translation="MELWVSPKECANLPGLPKTSAGVIYVAKKQGWQNRTRAGVKGGKA + IEYNANSLPVEAKAALLLRQGEIETSLGYFEIARPTLEAHDYDREALWSKWDNASDSQR + RLAEKWLPAVQAADEMLNQGISTKTAFATVAGHYQVSASTLRDKYYQVQKFAKPDWAAA + LVDGRGASRRNVHKSEFDEDAWQFLIADYLRPEKPAFRKCYERLELAAREHGWSIPSRA + TAFRRIQQLDEAMVVACREGEHALMHLIPAQQRTVEHLDAMQWINGDGYLHNVFVRWFN + GDVIRPKTWFWQDVKTRKILGWRCDVSENIDSIRLSFMDVVTRYGIPEDFHITIDNTRG + AANKWLTGGAPNRYRFKVKEDDPKGLFLLMGAKMHWTSVVAGKGWGQAKPVERAFGVGG + LEEYVDKHPALAGAYTGPNPQAKPDNYGDRAVDAELFLKTLAEGVAMFNARTGRETEMC + GGKLSFDDVFEREYARTIVRKPTEEQKRMLLLPAEAVNVSRKGEFTLKVGGSLKGAKNV + YYNMALMNAGVKKVVVRFDPQQLHSTVYCYTLDGRFICEAECLAPVAFNDAAAGREYRR + RQKQLKSATKAAIKAQKQMDALEVAELLPQIAEPAAPESRIVGIFRPSGNTERVKNQER + DDEYETERDEYLNHSLDILEQNRRKKAI" + gene 3346..4296 + /locus_tag="Mup04" + /label=Mup04 + /db_xref="GeneID:2636257" + RBS 3346..3350 + /locus_tag="Mup04" + CDS 3358..4296 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup04" + /product="AAA-ATPase DNA transposition protein" + /label=Mup04 + /note="B or MuB or ATP-dependent target DNA activator B; + see PMIDs 1646076, 11060014, 23776210, 12791691 and many + more; contains InterPro domains IPR003593 and IPR009084 + for AAA+ ATPase domain and B transposition protein + C-terminal region" + /db_xref="GeneID:2636257" + /protein_id="NP_050608.1" + /translation="MNISDIRAGLRTLVENEETTFKQIALESGLSTGTISSFINDKYNG + DNERVSQMLQRWLEKYHAVAELPEPPRFVETQTVKQIWTSMRFASLTESIAVVCGNPGV + GKTEAAREYRRTNNNVWMITITPSCASVLECLTELAFELGMNDAPRRKGPLSRALRRRL + EGTQGLVIIDEADHLGAEVLEELRLLQESTRIGLVLMGNHRVYSNMTGGNRTVEFARLF + SRIAKRTAINKTKKADVKAIADAWQINGEKELELLQQIAQKPGALRILNHSLRLAAMTA + HGKGERVNEDYLRQAFRELDLDVDISTLLRN" + gene 4299..4539 + /locus_tag="Mup05" + /label=Mup05 + /db_xref="GeneID:2636299" + RBS 4299..4303 + /locus_tag="Mup05" + CDS 4315..4539 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup05" + /product="protein kil" + /label=Mup05 + /note="Mup05 also known as cim for control of immunity; + see PMIDs 6234699, 2531953, 6237246" + /db_xref="GeneID:2636299" + /protein_id="NP_050609.1" + /translation="MARNIKMATDAQNWLQARGSHVNESYLGVARPILEITYPPVELVK + NAVRIMEHKSGVARSVWTARLNGCQIIWR" + gene 4532..4772 + /locus_tag="Mup06" + /label=Mup06 + /db_xref="GeneID:2636264" + RBS 4532..4535 + /locus_tag="Mup06" + CDS 4542..4772 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup06" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup06 + /note="gp6; previously called E5" + /db_xref="GeneID:2636264" + /protein_id="NP_050610.1" + /translation="MCIKAEKYIEWVKHCQCHGVPLTTYKCPGCGEQIMTQCSPEKEIR + DSLTCCPWCSAVFFKQVKGAKVKASAVIQNQ" + gene 4772..5047 + /locus_tag="Mup07" + /label=Mup07 + /db_xref="GeneID:2636268" + RBS 4772..4775 + /locus_tag="Mup07" + CDS 4784..5047 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup07" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup07 + /note="gp7; previously called E6" + /db_xref="GeneID:2636268" + /protein_id="NP_050611.1" + /translation="MAKVIIEIKNTVSGIKGRNLRTSIAVDGSAELDGDEGTLAGMVAL + LVLNKSQKIINESAHEAIEILKNDGVITSGRVTEMAVEKTCH" + gene 5049..5481 + /locus_tag="Mup08" + /label=Mup08 + /db_xref="GeneID:2636279" + RBS 5049..5052 + /locus_tag="Mup08" + CDS 5062..5481 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup08" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup08 + /note="gp8; previously called E7" + /db_xref="GeneID:2636279" + /protein_id="NP_050612.1" + /translation="MNVKIRNEIQALIRIQERNNNGGELREFICAREVDGYGEKTYLIT + FDHYSICARYCGESISRAIASGDAFNVDLWEYVMDREYICASDPEAREMWQRIWRDYRL + MAKGWARCCYSSLALKAVQLSLRHIPASLREPLLY" + gene 5484..5781 + /locus_tag="Mup09" + /label=Mup09 + /db_xref="GeneID:2636278" + RBS 5484..5486 + /locus_tag="Mup09" + CDS 5494..5781 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup09" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup09 + /note="gp9; previously called E8" + /db_xref="GeneID:2636278" + /protein_id="NP_050613.1" + /translation="MVTDMKCNRKRWSREDREFIEANVGKMTVEEMAEKLKVATTALRA + HARRHGISLCVYRISEHDKYLCRELYKEGLDIHVIARKMELSNRAVSSIVYSGY" + gene 5787..6325 + /locus_tag="Mup10" + /label=Mup10 + /db_xref="GeneID:2636288" + RBS 5787..5791 + /locus_tag="Mup10" + CDS 5801..6325 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup10" + /product="host nuclease inhibitor Gam" + /label=Mup10 + /note="inhibition of exonuclease digestion of Mu DNA; see + PMIDs 2945162 and 12524520" + /db_xref="GeneID:2636288" + /protein_id="NP_050614.1" + /translation="MAKPAKRIKSAAAAYVPQNRDAVITDIKRIGDLQREASRLETEMN + DAIAEITEKFAARIAPIKTDIETLSKGVQGWCEANRDELTNGGKVKTANLVTGDVSWRV + RPPSVSIRGMDAVMETLERLGLQRFIRTKQEINKEAILLEPKAVAGVAGITVKSGIEDF + SIIPFEQEAGI" + gene 6412..6954 + /locus_tag="Mup11" + /label=Mup11 + /db_xref="GeneID:2636297" + RBS 6412..6415 + /locus_tag="Mup11" + CDS 6424..6954 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup11" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup11 + /note="gp11; combines what was previously E10, E11, + andE12; those seqeuces either have frameshift sequencing + errors or there is strain variation" + /db_xref="GeneID:2636297" + /protein_id="NP_050615.1" + /translation="MVDAKILNGVSTLLRAYGRLTCGVLAEKMNMLPSSMVYFLRDAVD + AGVLTECNGFYDVPRPRPTPPVRRNATEQPAVDDAVWCNWRRSLPWVEGNTIPALAKEF + ATGVLTCESVHIVAEVDNRMCEQGMPRFVMAYIDIRLGRFICSSSVWNITDHVLRYLIL + DCSPAPAAVQEVA" + gene 6941..7484 + /locus_tag="Mup12" + /label=Mup12 + /db_xref="GeneID:2636294" + RBS 6941..6947 + /locus_tag="Mup12" + CDS 6954..7484 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup12" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup12 + /note="gp12; previously called E13" + /db_xref="GeneID:2636294" + /protein_id="NP_050616.1" + /translation="MFFKTSNPAALLAWDQFMADCLKLREEARHLDKVLGCGCRSVFST + SIGGRYFHGVNFPGNERPFSRELWTVQRPASGNSCRPRTSRIPAHLREQARELAKIWQE + NIPVTYARTDALLPALGLDFSATIFGPLQWFRVGDVIYVMTGMTPAQGRMTEILSDEFI + RAQKQAEVNNGKQ" + gene 7460..7653 + /locus_tag="Mup13" + /label=Mup13 + /db_xref="GeneID:2636290" + RBS 7460..7465 + /locus_tag="Mup13" + CDS 7471..7653 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup13" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup13 + /note="gp13; previously called E14" + /db_xref="GeneID:2636290" + /protein_id="NP_050617.1" + /translation="MENNKTSYSWLGKFTTVKQECPTCGNESPEYLKECPHCGGLKCNH + CDMGDDTACMNCEGE" + gene 7644..7957 + /locus_tag="Mup14" + /label=Mup14 + /db_xref="GeneID:2636262" + RBS 7644..7647 + /locus_tag="Mup14" + CDS 7655..7957 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup14" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup14 + /note="gp14; previously called E15 which has an different + earlier start site" + /db_xref="GeneID:2636262" + /protein_id="NP_050618.1" + /translation="MNNETKFTPLNIDNVMAEKGMLERVRAIVEYGIKHNLTAREVRDI + INREMNRLETVVALQNETAREEYIRRRLGLSDQDIVTDAHVFEAFEIRQHLGLTN" + gene complement(7896..8171) + /locus_tag="Mup15" + /label=Mup15 + /db_xref="GeneID:2636284" + CDS complement(7896..8162) + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup15" + /product="uncharacterized protein" + /note="overlaps a potential coding sequence on opposite + strand" + /note="gp15" + /label=Mup15 + /db_xref="GeneID:2636284" + /protein_id="NP_050619.1" + /translation="MENNVQPYDVAGYAIASALVRLLVKKAIITAEEGKAIFSSSAEIL + KDAPAMRTSRREKLQLSKIMEDIISSLDPDADGSQKPQTHERQ" + gene 7943..8127 + /locus_tag="Mup15r" + RBS 7943..7945 + /locus_tag="Mup15r" + CDS 7960..8127 + /locus_tag="Mup15r" + /product="hypothetical protein" + /note="unsure, but this is a plus strand protein between + 14 and 16 that could replace the 15 that overlaps 14 in + the opposite orientation" + /transl_table=11 + /translation="MSSMIFDSCSFSRRLVLIAGASFKISAEELKMALPSSAVMIAFF + TRRRTSADAIA" + RBS complement(8168..8171) + /locus_tag="Mup15" + gene 8221..8784 + /locus_tag="Mup16" + /label=Mup16 + /db_xref="GeneID:2636256" + RBS 8221..8226 + /locus_tag="Mup16" + CDS 8233..8784 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup16" + /product="protein GemA" + /label=Mup16 + /note="gp16; also called E16 and GemA for gene expression + modulation; see PMIDs 2543906 and 11278077" + /db_xref="GeneID:2636256" + /protein_id="NP_050620.1" + /translation="MSRTSLIKLIHVARRELQLDDDTYRAFLMQKTGKISCRELTVTQL + EQVLGAMKERGFKKQNKYPRRRFKGHVTPREKVYKIWQQMAEDGFITDGGDVALDKYVQ + RLTAKRNGGQGVSTLAWCHGDTLLTVLETLKQWHIRCIREAFSRHGLPLPVSPSGRELR + GYDAMTAAYAHARKTRRMAQ" + gene 8768..9170 + /locus_tag="Mup17" + /label=Mup17 + /db_xref="GeneID:2636272" + RBS 8768..8772 + /locus_tag="Mup17" + CDS 8781..9170 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup17" + /product="middle operon regulator Mor" + /label=Mup17 + /note="Mor, positive regulator of the middle operon, also + called E17 and formerly gemB; see PMIDs 2173258, 8790343 + and 9454718 and structures in PMIDs 14729670 and 21859715" + /db_xref="GeneID:2636272" + /protein_id="NP_050621.1" + /translation="MTEDLFGDLQDDTILAHLDNPAEDTSRFPALLAELNDLLRGELSR + LGVDPAHSLEIVVAICKHLGGGQVYIPRGQALDSLIRDLRIWNDFNGRNVSELTTRYGV + TFNTVYKAIRRMRRLKYRQYQPSLL" + gene 9235..9466 + /locus_tag="Mup18" + /label=Mup18 + /db_xref="GeneID:2636281" + RBS 9235..9238 + /locus_tag="Mup18" + CDS 9248..9466 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup18" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup18 + /note="E18" + /db_xref="GeneID:2636281" + /protein_id="NP_050622.1" + /translation="MGKGWNASFHLGRRERLRQEVLHRVAGGPRPAPRDYTGHDGTHGS + YYMKGWQSVDMPEILHHCLLYREKHYV" + gene 9448..9821 + /locus_tag="Mup19" + /label=Mup19 + /db_xref="GeneID:2636295" + RBS 9448..9451 + /locus_tag="Mup19" + CDS 9459..9821 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup19" + /product="pinholin" + /label=Mup19 + /note="E19; N-in C-in 4 transmembrane domain protein + predicted by Phobius and TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636295" + /protein_id="NP_050623.1" + /translation="MSERSARQWPDFLSVVLLALLLWISLFCGWRALMFCCASVFSVAL + CVAADCLDALIMSCRVPEHFARFVWPLTWLGSLSGLGLAVMATSQLKTGPEHVIWALAG + LLTFWLSFRFRARLFG" + gene 9816..9950 + /locus_tag="Mup20" + /label=Mup20 + /db_xref="GeneID:2636298" + RBS 9816..9819 + /locus_tag="Mup20" + CDS 9831..9950 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup20" + /product="antiholin" + /label=Mup20 + /note="gp20; N-in C-out 1 transmembrane domain predicted + by Phobius and TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636298" + /protein_id="NP_050624.1" + /translation="MYRKFSDECFGPSTLINAIKVIALVVLITISAVVYLSVC" + gene 9953..10385 + /locus_tag="Mup21" + /label=Mup21 + /db_xref="GeneID:2636301" + RBS 9953..9957 + /locus_tag="Mup21" + CDS 9963..10385 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup21" + /product="transcription regulator C" + /label=Mup21 + /note="C late protein transcriptional activator; contains + InterPro domain IPR014875 for the Mor transcription + activator" + /note="/color=192 192 192" + /db_xref="GeneID:2636301" + /protein_id="NP_050625.1" + /translation="MQHDLFEHDPAIRQLIGHIDNIPAPELESRWPRSVVDLIDVLENE + LKRQNVSNPRELARKQAVALSCFLGGRQFYIPCGDTILTALRDDLLYCQFNGRNMEELR + RQYRLSQPQIYQIIARQRKLHTRRHQPDLFSPETPK" + gene 10469..10995 + /locus_tag="Mup22" + /label=Mup22 + /db_xref="GeneID:2636261" + RBS 10469..10471 + /locus_tag="Mup22" + CDS 10477..10995 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup22" + /product="SAR endolysin" + /label=Mup22 + /note="Lys gp22; catalytic residues E37, D46, T52; + N-terminal signal-arrest-release domain; see PMID 4576742; + contains InterPro domain IPR002196 for lysozyme of the + Glycoside hydrolase family 24" + /db_xref="GeneID:2636261" + /protein_id="NP_050626.1" + /translation="MMAGIPKKLKAALLAVTIAGGGVGGYQEMTRQSLIHLENIAYMPYR + DIAGVLTVCVGHTGPDIEMRRYSHAECMALLDSDLKPVYAAIDRLVRVPLTPYQKTALA + TFIFNTGVTAFSKSTLLKKLNAGDYAGARDQMARWVFAAGHKWKGLMNRREVEMAIWNI + RGADDLRQ" + gene 10970..11365 + /locus_tag="Mup23" + /label=Mup23 + /db_xref="GeneID:2636265" + RBS 10970..10973 + /locus_tag="Mup23" + CDS 10979..11365 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup23" + /product="i-spanin" + /label=Mup23 + /note="gp23 inner membrane spanin subunit; 1 transmembrane + domain N-in C-out" + /db_xref="GeneID:2636265" + /protein_id="NP_050627.1" + /translation="MTFASKSLLLAAVFTAVLSGGLWHRLDSTRHDNQTLRRELQTEQQ + ARHTAEWLLHGQEQTMQVFSAIRAANRAARLADETEHHDAKEKITTAITGDNCSTRPVP + AVAADRLRELEKRTRAIGGDPARN" + gene 11091..11567 + /locus_tag="Mup23a" + misc_feature 11159 + /locus_tag="Mup23" + /label=possible alternate start site for gp23 + /note="possible alternate start site for gp23" + RBS 11213..11215 + /locus_tag="Mup23a" + CDS 11226..11567 + /codon_start=1 + /locus_tag="Mup23a" + /transl_table=11 + /product="o-spanin" + /label=gp23a + /note="outer membrane spanin subunit; lipoylation site + predicted at C29 with lipobox LTGC predicted by PROSITE + PS51257" + /translation="MMQKKKLQPPLLVTIAALVLCLPLLLTGCGNSKNAPVPSVVILPE + IDTELTEATPVPPMPQPLTWGASLLWNADLLMALGQCNRDKASVREQEIRRKEIYERRP + EPGGGAAAR" + gene 11511..11718 + /locus_tag="Mup24" + /label=Mup24 + /db_xref="GeneID:2636252" + RBS 11511..11514 + /locus_tag="Mup24" + CDS 11524..11718 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup24" + /product="uncharacterized protein" + /label=Mup24 + /note="gp24; HHPred hit with 93 probability over all of + query and most of target to PDB entry 2KGO E. coli YbiL + UniProt P41039" + /db_xref="GeneID:2636252" + /protein_id="NP_050628.1" + /translation="MNEDQNRAVALLLAELWQGDTRDIPRPAAYDPPVLCAGCGRELRP + DVLRQQPMANYCHWCRGAE" + gene 11707..12017 + /locus_tag="Mup25" + /label=Mup25 + /db_xref="GeneID:2636263" + RBS 11707..11710 + /locus_tag="Mup25" + CDS 11718..12017 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup25" + /product="releasin" + /label=Mup25 + /note="gp25; contains InterPro domain IPR020269 domain of + unknown function 2730; N-out C-in 1 transmembrane domain + predicted by TMHMM" + /db_xref="GeneID:2636263" + /protein_id="NP_050629.1" + /translation="MDLISVLALWPYLLPVVAGGAVWAMRRSFASTERVERLENRMTEM + ETRYASIPGTEDVHEMRLRIAELSGDIRVLSQRVQSFSHQLELLLENAVNRSNS" + gene 12004..12304 + /locus_tag="Mup26" + /label=Mup26 + /db_xref="GeneID:2636255" + RBS 12004..12007 + /locus_tag="Mup26" + CDS 12014..12304 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup26" + /product="winged HTH domain-containing protein" + /label=Mup26 + /note="gp26; contains InterPro entry IPR036390 for Winged + helix DNA-binding domain superfamily" + /db_xref="GeneID:2636255" + /protein_id="NP_050630.1" + /translation="MINDILTEDRRLVILRSLMDCNNEANESILQDCLDAYGHNVSRDV + VRGQIDWLAEQQLVTVENLRGFYVVTLTSRGQDVAEGRARVAGVKRPRPRA" + gene 12306..12891 + /locus_tag="Mup27" + /label=Mup27 + /db_xref="GeneID:2636271" + RBS 12306..12310 + /locus_tag="Mup27" + CDS 12316..12891 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup27" + /product="terminase small subunit" + /label=Mup27 + /note="gp27 or D" + /db_xref="GeneID:2636271" + /protein_id="NP_050631.1" + /translation="MDRKTRGRASKVDLLPENVRKTLHEMLRDKAIPQARILEEINALI + EDAGLPDEMKLSRSGLNRYATNVEQVGHNLRQMREMTSALTAELGDKPMGETTKLILEM + ARSQLFKAMMRQIENPESDVDIDLLKNAMLAAQRLESTAMSSHRREKEIRQAFAEEAAN + AVSEELRGQDGISEELEQRIRDVLLGKA" + gene 12890..14554 + /locus_tag="Mup28" + /label=Mup28 + /db_xref="GeneID:2636303" + RBS 12890..12892 + /locus_tag="Mup28" + CDS 12899..14554 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup28" + /product="terminase large subunit" + /label=Mup28 + /note="gp28; formerly known as E; contains InterPro entry + G3DSA:3.40.50.300 for P-loop containing nucleotide + triphosphate hydrolases" + /db_xref="GeneID:2636303" + /protein_id="NP_050632.1" + /translation="MNTRENNLKALHAPRKINLREEAGLLGVDIVTDIGEAQPRNEPVF + LGYQRRWFEDESQICIAEKSRRTGLTWAEAGRNVMTAAKPKRRGGRNVFYVGSRQEMAL + EYIAACALFARAFNQLAKADVWEQTFWDSDKKEEILTYMIRFPNSGFKIQALSSRPSNL + RGLQGDVVIDEAAFHEALDELLKAAFALNMWGASVRIISTHNGVDNLFNQYIQDAREGR + KDYSVHRITLDDAIADGLYRRICYVTNQPWSPEAEKAWRDGLYRNAPNKESADEEYGCI + PKKSGGAYLSRVLIEAAMTPARDIPVLRFEAPDDFESLTPQMRHGIVQDWCEQELLPLL + DALSPLNKHVLGEDFARRGDLTVFVPLAITPDLRKRECFRVELRNVTYDQQRQILLFIL + SRLPRFTGAAFDATGNGGYLAEAARLIYGPEMIDCISLTPAWYQEWMPKLKGEFEAQNI + TIARHQTTLDDLLHIKVDKGIPQIDKGRTKDEGGKGRRHGDFAVALCMAVRASYMNGFV + IDEDSIQALPPRHRGDDVDNDDFDDYHQFERGGW" + gene 14543..16092 + /locus_tag="Mup29" + /label=Mup29 + /db_xref="GeneID:2636304" + RBS 14543..14547 + /locus_tag="Mup29" + CDS 14554..16092 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup29" + /product="portal protein" + /label=Mup29 + /note="gp29 or H" + /db_xref="GeneID:2636304" + /protein_id="NP_050633.1" + /translation="MGRILDISGQPFDFDDEMQSRSDELAMVMKRTQEHPSSGVTPNRA + AQMLRDAERGDLTAQADLAFDMEEKDTHLFSELSKRRLAIQALEWRIAPARDASAQEKK + DADMLNEYLHDAAWFEDALFDAGDAILKGYSMQEIEWGWLGKMRVPVALHHRDPALFCA + NPDNLNELRLRDASYHGLELQPFGWFMHRAKSRTGYVGTNGLVRTLIWPFIFKNYSVRD + FAEFLEIYGLPMRVGKYPTGSTNREKATLMQAVMDIGRRAGGIIPMGMTLDFQSAADGQ + SDPFMAMIGWAEKAISKAILGGTLTTEAGDKGARSLGEVHDEVRREIRNADVGQLARSI + NRDLIYPLLALNSDSTIDINRLPGIVFDTSEAGDITALSDAIPKLAAGMRIPVSWIQEK + LHIPQPVGDEAVFTIQPVVPDNGSQKEAALSAEDIPQEDDIDRMGVSPEDWQRSVDPLL + KPVIFSVLKDGPEAAMNKAASLYPQMDDAELIDMLTRAIFVADIWGRLDAAADH" + gene 16061..17392 + /locus_tag="Mup30" + /label=Mup30 + /db_xref="GeneID:2636300" + RBS 16061..16065 + /locus_tag="Mup30" + CDS 16073..17392 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup30" + /product="minor head protein" + /label=Mup30 + /note="gp30 or F; contains InterPro domain IPR006528 phage + SPP1_gp7 phage head morphogenesis protein SPP1 gp7 family; + see PMID 1385991 and 8599204" + /db_xref="GeneID:2636300" + /protein_id="NP_050634.1" + /translation="MPQQTIDLAYAARLPPKEAVAYFRAKGYNITWNWYEQLADAHARA + FTVAKATRMDVLTTIREEVERAVSEGITREEFTRTLAPRLQKLGWWGKQIIVDAEGNAK + EIELGSPRRLATIYNVNTRTAYGAGRYAQMMNTADLYPYWQYVAVMDGRTRPEHARLHN + MVFQYDDIFWQTHYPPNGWNCRCRVRALSAARMKELGLQVSYGASFMNTREVDAGTDES + TGEIFRTSSTTFDNGRVKMTPDVGWSYNPGSAAFGTDQALIRKLVEVRDAQLREQVVQT + LNNSRERQLAFSLWLKRLAGSRQTGHEIRALGFMTGSVAEAVYQRTGNMPARLLVMNGK + SLATTADAALKPEDLQRLPSLMAKPQAVLWDRENHQLLYVVATRDGTARIVVRTSQTVG + RQNDRADVLVSISRVSAQSLEAAIADGMIDVLEGHVEVNK" + gene 17377..17859 + /locus_tag="Mup31" + /label=Mup31 + /db_xref="GeneID:2636282" + RBS 17377..17382 + /locus_tag="Mup31" + CDS 17389..17859 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup31" + /product="capsid morphogenesis protein" + /label=Mup31 + /note="gp31 or G; contains InterPro domain IPR006522 Phage + virion morphogensis protein" + /db_xref="GeneID:2636282" + /protein_id="NP_050635.1" + /translation="MSLDMNVAVDVRRIQLALDELGTVTRDRAIPRVMAAALLSSTEQA + FERQADPDTGKGWEAWSDSWLAWRQDHGFVPGSILTLHGDLARSITTDYGQDYALIGSP + KIYAAIHQWGGTPDMAPRPAGVPARPYMGLDKTGEQEIFDAIRKRVSAALRQ" + misc_feature 17879..17880 + /label=gyrase cut site + /note="gyrase cut site" + gene 18044..19141 + /locus_tag="Mup32" + /label=Mup32 + /db_xref="GeneID:2636253" + RBS 18044..18046 + /locus_tag="Mup32" + CDS 18056..19141 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup32" + /product="capsid maturation protease" + /label=Mup32 + /note="I; contains InterPro domain IPR012106 Protease, Mu + phage/prophage I type; gene has potential internal start + site for p20 (Z) the postulated scaffold protein -- a + structural feature also found in bacteriophage lambda" + /db_xref="GeneID:2636253" + /protein_id="NP_050636.1" + /translation="MKKHAIGIAALNALSIDDDGWCQLLPAGHFSARDGRPFDVTGGQG + WFIDGEIAGRLVEGVRALNQDVLIDYEHNQLRKDKGLPPEQLVAAGWFNADEMQWREGE + GLFIHPRWTAAAQQRIDDGEFGYLSAVFPYDTATGAVLQIRLAALTNDPGATGMKKLTA + LAADLPDILQQENKPMNETLRKLLARLGVTVPENADITDEQATAALTALDTLEINAGKV + AALSAELEKAQKAAVDLTKYVPVESYNALRDELAQATAQSATASLSAVLDKAEQEGRIF + KSERTYLEQLGGQIGVAALSAQLEKKQPIAALSAMQTTTAKIPSQEKTAVAVLSADEQA + AVKALGITEAEYLKMKQEQEK" + gene 18576..19141 + /locus_tag="Mup33" + /label=Mup33 + /db_xref="GeneID:2636276" + RBS 18576..18580 + /locus_tag="Mup33" + CDS 18590..19141 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup33" + /product="scaffolding protein Z" + /label=Mup33 + /note="Z, also called p20; see PMIDs 3904174 and 11922669; + start site internal to gene I" + /db_xref="GeneID:2636276" + /protein_id="NP_050637.1" + /translation="MNETLRKLLARLGVTVPENADITDEQATAALTALDTLEINAGKVA + ALSAELEKAQKAAVDLTKYVPVESYNALRDELAQATAQSATASLSAVLDKAEQEGRIFK + SERTYLEQLGGQIGVAALSAQLEKKQPIAALSAMQTTTAKIPSQEKTAVAVLSADEQAA + VKALGITEAEYLKMKQEQEK" + gene 19125..20055 + /locus_tag="Mup34" + /label=Mup34 + /db_xref="GeneID:2636267" + RBS 19125..19128 + /locus_tag="Mup34" + CDS 19138..20055 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup34" + /product="major capsid protein" + /label=Mup34 + /note="gp34 or T; startsite confirmed by amino acid + sequencing" + /db_xref="GeneID:2636267" + /protein_id="NP_050638.1" + /translation="MIVTPASIKALMTSWRKDFQGGLEDAPSQYNKIAMVVNSSTRSNT + YGWLGKFPTLKEWVGKRTIQQMEAHGYSIANKTFEGTVGISRDDFEDDNLGIYAPIFQE + MGRSAAVQPDELIFKLLKDGFTQPCYDGQNFFDKEHPVYPNVDGTGSAVNTSNIVEQDS + FSGLPFYLLDCSRAVKPLIFQERRKPELVARTRIDDDHVFMDNEFLFGASTRRAAGYGF + WQMAVAVKGDLTLDNLWKGWQLMRSFEGDGGKKLGLKPTHIVVPVGLEKAAEQLLNREL + FADGNTTVSNEMKGKLQLVVADYL" + gene 20106..20532 + /locus_tag="Mup35" + /label=Mup35 + /db_xref="GeneID:2636251" + RBS 20106..20111 + /locus_tag="Mup35" + CDS 20122..20532 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup35" + /product="head-to-tail connector complex protein" + /label=Mup35 + /note="gp35; see PMID 29767456; structure of homolog + HI1506 from FluMu of H. influenzae structure solved in + PMID 17400915" + /db_xref="GeneID:2636251" + /protein_id="NP_050639.1" + /translation="MSGTSLNSQRLDTSRITCTAIIKCLRPVYRRAGIAFTRGENTVEV + TEEQLAIIRADSVLSVVSASSAETLAEAGGLDVLGVGDLNTRIRATVAGLDKANPEHFT + AGGEPKVKAVSAALGEPVSSAQIKAALAEADA" + gene 20518..20954 + /locus_tag="Mup36" + /label=Mup36 + /db_xref="GeneID:2636296" + RBS 20518..20521 + /locus_tag="Mup36" + CDS 20529..20954 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup36" + /product="head-to-tail connector complex protein" + /label=Mup36 + /note="gp36 or J; see PMID 3904174 and structure in PMID + 29767456" + /db_xref="GeneID:2636296" + /protein_id="NP_050640.1" + /translation="MNYATVNDLCARYTRTRLDILTRPKTADGQPDDAVAEQALADASA + FIDGYLAARFVLPLTVVPSLLKRQCCVVAWFYLNESQPTEQITATYRDTVRWLEQVRDG + KTDPGVESRTAASPEGEDLVQVQSDPPVFSRKQKGFI" + gene 20943..21502 + /locus_tag="Mup37" + /label=Mup37 + /db_xref="GeneID:2636286" + RBS 20943..20946 + /locus_tag="Mup37" + CDS 20954..21502 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup37" + /product="tail terminator protein" + /label=Mup37 + /note="gp37 or K; see PMID 3904174, 29767456, and + 19426744" + /db_xref="GeneID:2636286" + /protein_id="NP_050641.1" + /translation="MLEETEAALLARVRELFGATLRQVEPLTGTWTNEDVHRLFLAPPS + VFLAWMGCGEGRTRREVESRWAFFVVAELLNGEPVNRPGIYQIVERLIAGVNGQTFGPT + TGMRLTQVRNLCDDNRINAGVVLYGVLFSGTTPLPSVVDLDSLDDYERHWQTWKFPDET + PEFAAHINVNQEKDHDAEN" + gene 21474..21692 + /locus_tag="Mup38" + /label=Mup38 + /db_xref="GeneID:2636273" + RBS 21474..21477 + /locus_tag="Mup38" + CDS 21489..21692 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup38" + /product="putative sheath terminator protein" + /label=Mup38 + /note="gp38" + /db_xref="GeneID:2636273" + /protein_id="NP_050642.1" + /translation="MLKIKPAAGKAIRDPLTMKLLASEGEEKPRNSFWIRRLAAGDVVE + VGSTENTADDTDAAPKKRSKSK" + gene 21676..23176 + /locus_tag="Mup39" + /label=Mup39 + /db_xref="GeneID:2636269" + RBS 21676..21679 + /locus_tag="Mup39" + CDS 21689..23176 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup39" + /product="tail sheath" + /label=Mup39 + /note="gp39 or L; startsite confirmed by amino acid + sequencing in PMID 9714755; contains InterPro domains + IPR035326, IPR035089, IPR020287 which are phage tail + sheath domains" + /db_xref="GeneID:2636269" + /protein_id="NP_050643.1" + /translation="MSDISFNAIPSDVRVPLTYIEFDNSNAVSGTPAPRQRVLMFGQSG + SKASAAPNVPVRIRSGSQASAAFGQGSMLALMADAFLNANRVAELWCIPQGNGTGNAAV + GEISLSGTAGENGSLVTYIAGQRLAVSVAAGATGAALADLLVARIKGQPDLPVTAEVRA + DSGDDDTHADVVLSAKFTGALSAVDVRWNYYAGETTPYGIITAFKAASGKNGNPDISAS + IAGMGDLQYKYIVMPYTDEPNLNLLRTELQERWGPVNQADGFAVTVLSGTYGDISTFGV + SRNDHLISCMGIAGAPEPSYLYAATLCAVASQALSIDPARPLQTLTLPGRMPPAVGDRF + TWSERNALLFDGISTFNVNDGGEMQIERMITMYRTNKYGDSDPSYLNVNTIATLSYLRY + SLRTRITQKFPNYKLASDGTRFATGQAVVTPSVIKTELLALFEEWENAGLVEDFDTFKE + ELYVARNKDDKDRLDVLCGPNLINQFRIFAAQVQFIL" + gene 23176..23542 + /locus_tag="Mup40" + /label=Mup40 + /db_xref="GeneID:2636260" + RBS 23176..23180 + /locus_tag="Mup40" + CDS 23186..23542 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup40" + /product="tail tube protein" + /label=Mup40 + /note="M; startsite amino acids determined by protein + sequencing from bands of pure tails in PMID: 9714755; also + see PMID 29767456; contains InterPro domain IPR019596 + bacteriophage Mu GpM tail tube" + /db_xref="GeneID:2636260" + /protein_id="NP_050644.1" + /translation="MAGNQRQGVAFIRVNGMELESMEGASFTPSGITREEVTGSRVYGW + KGKPRAAKVECKIPGGGPIGLDEIIDWENITVEFQADTGETWMLANAWQADEPKNDGGE + ISLVLMAKQSKRIA" + gene 23543..23986 + /locus_tag="Mup41" + /label=Mup41 + /db_xref="GeneID:2636287" + gene 23543..24116 + /locus_tag="Mup41a" + /label=Mup41a + /db_xref="GeneID:2636287" + RBS 23543..23546 + /locus_tag="Mup41" + RBS 23543..23546 + /locus_tag="Mup41a" + CDS 23552..23986 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup41" + /product="tail assembly chaperone" + /label=Mup41 + /note="in the structurally homologous position, the + protein in bacteriophage P2 (and lambda) contains a + programmed translational frameshift which is verified in + PMID 15469818; contains InterPro domain IPR019289 for + phage tail assembly chaperones" + /db_xref="GeneID:2636287" + /protein_id="NP_050645.1" + /translation="MDEMNLGPEAQELHDSIVAEIQSGVLKLKDGLPFGTGDETEMQYD + VTLRELTAGDMIDAQAAAEKLVMSKEGPVLVSSPSRMGLEMLRRQIASVGCIKGPLSMA + LIRKLSVDDFQRLSLATEMYDMAVAASLTQERGRVAAVPE" + CDS join(23552..23965,23964..24116) + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup41a" + /product="tail assembly chaperone frameshift product" + /label=Mup41a + /ribosomal_slippage + /note="verified -2 translational frameshift in PMID + 15469818" + /db_xref="GeneID:2636287" + /protein_id="NP_050645.1" + /translation="MDEMNLGPEAQELHDSIVAEIQSGVLKLKDGLPFGTGDETEMQYD + VTLRELTAGDMIDAQAAAEKLVMSKEGPVLVSSPSRMGLEMLRRQIASVGCIKGPLSMA + LIRKLSVDDFQRLSLATEMYDMAVAASLTQERGREWLRCRNDIEKAATAIGVILKSGPE + WALSLPLSRFFRHCQQAKTLSQYHR" + gene 24120..26203 + /locus_tag="Mup42" + /label=Mup42 + /db_xref="GeneID:2636275" + RBS 24120..24123 + /locus_tag="Mup42" + CDS 24131..26203 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup42" + /product="tape measure protein" + /label=Mup42 + /note="gp42; based on position and weak similarity with + other tape measure proteins, as well as InterPro IPR013491 + the Caudovirus N-terminal tape measure domain" + /db_xref="GeneID:2636275" + /protein_id="NP_050646.1" + /translation="MTGKRLKASVIIDLNGNLSRRSRQYSNQINALSRSGQSSLRALRM + EVVRVSGAIDRMGSLSTRTFRMLSAGALGIAGVGYTANKLFIGAAAQREQQIIAMNSLY + 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N-terminus; also a baseplate hub protein see PMID + 27555589; on injection and circularization see PMIDs + 3023361, 11894948, 6306260" + /db_xref="GeneID:2636283" + /protein_id="NP_050647.1" + /translation="MFEDALNAVNAVRDKTGGGRKTTGKGTFRNVPFLVIEEQKQAGGR + RLVKREYPLRDTGGVNDLGKKLRSRTFSACILNSNAETARDEAGALMDALDAPGSGELV + HPDFGTVDVMVDSWECRTKADELNYYAFTVTVYPSLQDTAPDAETDTSAAVPAQAVAVT + GSLGDTLSSVWQTVKDGTAAATAVMEAVTGVIDDISDAVDNLGVTQTVSGLMGSLSAMK + GSVTSLINQPAMLASSLMGALSGVSSLCDTRTAFSTWNRLAQRFERRHAATAGRQGTIT + TSYNSPVAEKNIATLNYVMLAAAQTYRAEAASQALTAALDFSRRMDNAARAPVLDAPST + TTGTASGASSTSATVTQGQLQLTAITPDGGFSQVSFSDSGTATPPVFESVSDIEKTTAM + LGAALDSVILTASEQGFSTDSVQLTQLRLLVVADLEKRGLQLAGSESHHLPETLPAMVA + LYRFTGNSRNWQRLARRNGISNPLFVPGGVSIEVINE" + gene 27678..28827 + /locus_tag="Mup44" + /label=Mup44 + /db_xref="GeneID:2636285" + RBS 27678..27682 + /locus_tag="Mup44" + CDS 27688..28827 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup44" + /product="baseplate hub protein" + /label=Mup44 + /note="Mup44 or P; see PMIDs 16125724 and 27555589" + /db_xref="GeneID:2636285" + /protein_id="NP_050648.1" + /translation="MSNTVTLRADGRLFTGWTSVSVTRSIESVAGYFELGVNVPPGTDL + SGLAPGKKFTLEIGGQIVCTGYIDSRRRQMTADSMKITVAGRDKTADLIDCAAVYSGGQ + WKNRTLEQIARDLCAPYGVTVRWELSDKESSAAFPGFTLDHSETVYEALVRASRARGVL + MTSNAAGELVFSRAASTATDELVLGENLLTLDFEEDFRDRFSEYTVKGYARANGAEGDD + IDAKSIVSRKGTATDSDVTRYRPMIIIADSKITAKDAQARALREQRRRLAKSITFEAEI + DGWTRKDGQLWMPNLLVTIDASKYAIKTTELLVSKVTLILNDQDGLKTRVSLAPREGFL + VPVESDRKNRKGGDSNGGIDALVEDYYRRHPEKTPPWKE" + gene 28800..29408 + /locus_tag="Mup45" + /label=Mup45 + /db_xref="GeneID:2636280" + RBS 28800..28803 + /locus_tag="Mup45" + CDS 28815..29408 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup45" + /product="baseplate spike protein" + /label=Mup45 + /note="gp45; maybe P2 gene V homolog; see PMIDs 22922659 + and 27555589" + /db_xref="GeneID:2636280" + /protein_id="NP_050649.1" + /translation="MERVNDSALNRLLTPLMRRVRLMLARAVVNVINDGRKVQNLQVGL + 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/locus_tag="Mup49" + /label=Mup49 + /db_xref="GeneID:2636293" + RBS 31447..31450 + /locus_tag="Mup49" + CDS 31458..32972 + /codon_start=1 + /transl_table=11 + /locus_tag="Mup49" + /product="tail fiber S" + /label=Mup49 + /note="S; responsible for host range see PMID 6250048 and + 31209305 for structure" + /db_xref="GeneID:2636293" + /protein_id="NP_050653.1" + /translation="MFYIDNDSGVTVMPPVSAQRSAIVRWFSEGDGNNVITWPGMDWFN + IVQAELLNTLEEAGIQPDKTKLNQLALSIKAIMSNNALLIKNNLSEIKTAGASAQRTAR + ENLDIYDASLNKKGLVQLTSATDSPSETLAATAKAVKIAMDNANARLAKDRNGADIPNK + PLFIQNLGLQETVNRARNAVQKNGDTLSGGLTFENDSILAWIRNTDWAKIGFKNDADSD + TDSYMWFETGDNGNEYFKWRSKQSTTTKDLMNLKWDALSVLVNAIVNGEVISKSANGLR + IAYGNYGFFIRNDGSNTYFMLTNSGDNMGTYNGLRPLWINNATGAVSMGRGLNVSGDTL + SDRFAINSSNGMWIQMRDNNAIFGKNIVNTDSAQALLRQNHADRKFMIGGLGNKQFGIY + MINNSRTANGTDGQAYMDNNGNWLCGAQVIPGNYANFDSRYVRDVRLGTQSLTGGLSRD + YKAPSGHVITGFHTNGDWEMQGGDDKVYIRPVQKNINGTWYNVASA" + misc_feature 31458..31966 + /locus_tag="Mup49" + /note="encodes amino terminal end of tail 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gataacccca agtgcgcaat aacttgctct + 721 cgttctttgg tgggcatcga catcacatcg tattcaacag ctttcccccc cttgacacct + 781 tccttttttt gcttcgtcca gccttgaaca tttgctcgat agtgaacacc agcaacagat + 841 ccaggcatac catcagcagc cataatttct tgcggcgaac accaaattga cttttcagta + 901 ttattctttt ctataaagtt acttttcaaa atttaaactc cttatttatc aacgcgttaa + 961 tcagtaatca aaggaattta ccaaaaagca gctttacaaa aagcttttca gtaattatct + 1021 ttttagtaag ctagctaagt ttttacactt agttaaattg ctaactttat agattacaaa + 1081 acttaggagg gtttttaaat gtgttccaac gaaaaggccc gtgattggca tcgtgcggat + 1141 gtgattgcgg gacttaagaa aagaaagctc tctttatcag ctctttcccg gcagtttggt + 1201 tatgcgccaa ctacattagc taatgcgcta gaacgacact ggccaaaggg tgagcagatt + 1261 attgctaacg ccttagaaac taaaccggaa gtaatctggc ctagccgata tcaagcaggt + 1321 gaataacatg gaactttggg tatcaccgaa agagtgtgcg aatcttcctg gtttgccgaa + 1381 aacatcggct ggtgtgattt atgttgctaa aaagcaagga tggcaaaacc gcactagagc + 1441 aggtgtcaaa ggtggtaaag caattgaata caatgcgaac tctttacctg ttgaagcgaa + 1501 agcggcgtta ttgctgagac aaggagagat tgaaacaagc ctggggtatt ttgaaatcgc + 1561 ccgccccacg ctggaagccc atgattatga tcgtgaggca ctgtggagca aatgggataa + 1621 cgccagcgat tcccagcgca gacttgctga aaaatggttg cctgcggttc aggctgcaga + 1681 cgaaatgctg aaccagggga tttcaacgaa aacggctttt gcgaccgttg cagggcatta + 1741 ccaggtcagc gcatccactt tgcgggacaa gtattaccag gtacagaagt ttgcgaagcc + 1801 tgactgggcg gctgcacttg ttgatggacg tggagcatcc cgtcgcaatg ttcacaaaag + 1861 tgaatttgac gaggatgcct ggcagtttct gattgcagat tatctgcgac cggaaaaacc + 1921 cgctttccgc aaatgttatg agcgtctgga actggcagcc cgcgagcatg gctggagtat + 1981 tccctcccgt gccacggcct ttcgccggat tcagcaactg gacgaggcaa tggttgttgc + 2041 ctgtcgtgaa ggtgaacatg cactgatgca tctgataccg gcacagcagc gaactgtgga + 2101 acacctggac gccatgcagt ggatcaacgg cgacggttat ctgcataacg tctttgtacg + 2161 ctggtttaac ggtgatgtga tccgtccgaa aacatggttc tggcaggatg tgaaaacccg + 2221 aaaaattctg ggctggcgct gcgatgtgag cgagaacatt gattcaattc gcctctcgtt + 2281 catggatgtt gtgactcgct acggtatccc ggaggatttt cacatcacca ttgataacac + 2341 ccgtggtgct gcgaataaat ggctgacggg aggcgcgccc aatcgctacc gctttaaggt + 2401 aaaagaggac gatccaaaag gactgttttt actgatgggg gcgaaaatgc actggacaag + 2461 cgttgttgcc ggtaaaggct ggggccaggc aaaacctgtt gaacgtgctt tcggtgttgg + 2521 tgggcttgag gaatacgttg ataagcatcc ggcactggct ggcgcatata cggggccaaa + 2581 tccgcaggca aaacctgata actatggcga ccgcgctgtt gatgcagagc tgtttctgaa + 2641 aacccttgcc gaaggtgtgg cgatgttcaa tgccagaaca ggccgtgaaa cagaaatgtg + 2701 cgggggcaaa ctctcgtttg atgatgtttt cgagcgtgaa tacgccagaa cgattgtgcg + 2761 taagccaacc gaagaacaaa aacggatgct gttactgcct gccgaggcgg tgaacgtttc + 2821 acgcaaaggc gagtttacgc ttaaagttgg cggctccctt aaaggcgcga aaaacgttta + 2881 ttacaacatg gcattaatga atgccggcgt gaaaaaagtt gtggtcaggt ttgatccgca + 2941 gcagctacac agcacggttt attgctacac cctggacggt cggtttatct gtgaagcgga + 3001 atgtctggca cctgttgcat ttaatgatgc tgcggcaggc cgtgaatatc gccgccgcca + 3061 gaaacaactg aaatctgcga cgaaagcagc cattaaggcg cagaaacaaa tggacgcgct + 3121 ggaagttgct gaactgctgc cgcagatagc 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cgggcacatg ccagaaggca cggaatatca + 5641 ttgtgtgtat accgaatcag tgaacacgac aaatatttat gtcgtgaact ttataaagaa + 5701 ggactggata ttcatgttat tgcccgaaag atggaattaa gcaatcgagc tgtatccagc + 5761 attgtataca gcggatatta attaacagga gctttaattt atggctaaac cagcaaaacg + 5821 tatcaagagt gccgcagcgg cttatgtgcc acaaaaccgc gatgcggtga ttaccgatat + 5881 taaacgcatc ggggatttac agcgcgaagc atcacgtctg gaaacggaaa tgaatgatgc + 5941 catcgcggaa attacggaga aatttgcggc ccggattgca ccgattaaaa ccgatattga + 6001 aaccctttca aaaggcgttc agggatggtg tgaagcgaac cgcgacgaac tgacgaacgg + 6061 cggcaaagtg aagacggcga atcttgtcac cggtgatgta tcgtggcggg tccgtccacc + 6121 atcagtaagt attcgtggta tggatgcagt gatggaaacg ctggagcgtc ttggcctgca + 6181 acgctttatt cgcacgaagc aggaaatcaa caaggaagcg attttactgg aaccgaaagc + 6241 ggtcgcaggc gttgccggaa ttacagttaa atcaggcatt gaggattttt ctattattcc + 6301 atttgaacag gaagccggta tttaatacca ccattaatat ttaattaatt cacattcttt + 6361 taattatggc gcgatacgtc aggagattgc tcgcgcctga aacagattac tgaggaataa + 6421 aacatggttg 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style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_25"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4450.613439 58.375385 +L 4450.613439 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_26"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2631.903883 145.373538 +L 2631.903883 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_27"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2703.48209 145.373538 +L 2703.48209 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_28"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2747.781554 101.874462 +L 2747.781554 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_29"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1084.2341 145.373538 +L 1084.2341 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_30"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1572.74397 116.374154 +L 1572.74397 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_31"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4181.093372 130.873846 +L 4181.093372 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_32"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6349.94346 116.374154 +L 6349.94346 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_33"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2403.035983 116.374154 +L 2403.035983 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="patch_2"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4567.098993 196.372308 +Q 4720.417677 196.372308 4873.736361 196.372308 +L 4873.736361 196.372308 +Q 4877.935325 199.872308 4882.13429 203.372308 +Q 4877.935325 206.872308 4873.736361 210.372308 +L 4873.736361 210.372308 +Q 4720.417677 210.372308 4567.098993 210.372308 +L 4567.098993 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_3"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1101.710733 196.372308 +Q 1248.87238 196.372308 1396.034027 196.372308 +L 1396.034027 196.372308 +Q 1400.235214 199.872308 1404.436401 203.372308 +Q 1400.235214 206.872308 1396.034027 210.372308 +L 1396.034027 210.372308 +Q 1248.87238 210.372308 1101.710733 210.372308 +L 1101.710733 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_4"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2860.1639 196.372308 +Q 2981.796525 196.372308 3103.429151 196.372308 +L 3103.429151 196.372308 +Q 3107.628279 199.872308 3111.827407 203.372308 +Q 3107.628279 206.872308 3103.429151 210.372308 +L 3103.429151 210.372308 +Q 2981.796525 210.372308 2860.1639 210.372308 +L 2860.1639 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_5"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3111.675436 167.372923 +Q 3224.418245 167.372923 3337.161053 167.372923 +L 3337.161053 167.372923 +Q 3341.359712 170.872923 3345.55837 174.372923 +Q 3341.359712 177.872923 3337.161053 181.372923 +L 3337.161053 181.372923 +Q 3224.418245 181.372923 3111.675436 181.372923 +L 3111.675436 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_6"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5680.588437 196.372308 +Q 5791.506324 196.372308 5902.424211 196.372308 +L 5902.424211 196.372308 +Q 5906.624142 199.872308 5910.824073 203.372308 +Q 5906.624142 206.872308 5902.424211 210.372308 +L 5902.424211 210.372308 +Q 5791.506324 210.372308 5680.588437 210.372308 +L 5680.588437 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_7"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4195.986502 196.372308 +Q 4304.851724 196.372308 4413.716945 196.372308 +L 4413.716945 196.372308 +Q 4417.917937 199.872308 4422.118929 203.372308 +Q 4417.917937 206.872308 4413.716945 210.372308 +L 4413.716945 210.372308 +Q 4304.851724 210.372308 4195.986502 210.372308 +L 4195.986502 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_8"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4882.742173 196.372308 +Q 4991.607394 196.372308 5100.472615 196.372308 +L 5100.472615 196.372308 +Q 5104.673607 199.872308 5108.8746 203.372308 +Q 5104.673607 206.872308 5100.472615 210.372308 +L 5100.472615 210.372308 +Q 4991.607394 210.372308 4882.742173 210.372308 +L 4882.742173 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_9"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3342.518955 196.372308 +Q 3438.618497 196.372308 3534.718039 196.372308 +L 3534.718039 196.372308 +Q 3538.919171 199.872308 3543.120302 203.372308 +Q 3538.919171 206.872308 3534.718039 210.372308 +L 3534.718039 210.372308 +Q 3438.618497 210.372308 3342.518955 210.372308 +L 3342.518955 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_10"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5107.658834 167.372923 +Q 5190.08289 167.372923 5272.506945 167.372923 +L 5272.506945 167.372923 +Q 5276.706198 170.872923 5280.905451 174.372923 +Q 5276.706198 177.872923 5272.506945 181.372923 +L 5272.506945 181.372923 +Q 5190.08289 181.372923 5107.658834 181.372923 +L 5107.658834 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_11"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3643.876887 196.372308 +Q 3722.197699 196.372308 3800.51851 196.372308 +L 3800.51851 196.372308 +Q 3804.717798 199.872308 3808.917086 203.372308 +Q 3804.717798 206.872308 3800.51851 210.372308 +L 3800.51851 210.372308 +Q 3722.197699 210.372308 3643.876887 210.372308 +L 3643.876887 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_12"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5435.155729 196.372308 +Q 5513.247628 196.372308 5591.339527 196.372308 +L 5591.339527 196.372308 +Q 5595.539771 199.872308 5599.740016 203.372308 +Q 5595.539771 206.872308 5591.339527 210.372308 +L 5591.339527 210.372308 +Q 5513.247628 210.372308 5435.155729 210.372308 +L 5435.155729 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_13"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6227.075136 210.372308 +Q 6156.277431 210.372308 6085.479727 210.372308 +L 6085.479727 210.372308 +Q 6081.279882 206.872308 6077.080038 203.372308 +Q 6081.279882 199.872308 6085.479727 196.372308 +L 6085.479727 196.372308 +Q 6156.277431 196.372308 6227.075136 196.372308 +L 6227.075136 210.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_14"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1410.211288 196.372308 +Q 1477.361264 196.372308 1544.51124 196.372308 +L 1544.51124 196.372308 +Q 1548.711516 199.872308 1552.911792 203.372308 +Q 1548.711516 206.872308 1544.51124 210.372308 +L 1544.51124 210.372308 +Q 1477.361264 210.372308 1410.211288 210.372308 +L 1410.211288 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_15"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3808.309203 167.372923 +Q 3873.863758 167.372923 3939.418313 167.372923 +L 3939.418313 167.372923 +Q 3943.618317 170.872923 3947.818321 174.372923 +Q 3943.618317 177.872923 3939.418313 181.372923 +L 3939.418313 181.372923 +Q 3873.863758 181.372923 3808.309203 181.372923 +L 3808.309203 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_16"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6352.147036 196.372308 +Q 6403.11204 196.372308 6454.077044 196.372308 +L 6454.077044 196.372308 +Q 6458.27741 199.872308 6462.477776 203.372308 +Q 6458.27741 206.872308 6454.077044 210.372308 +L 6454.077044 210.372308 +Q 6403.11204 210.372308 6352.147036 210.372308 +L 6352.147036 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_17"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5278.929832 196.372308 +Q 5319.865381 196.372308 5360.80093 196.372308 +L 5360.80093 196.372308 +Q 5365.000684 199.872308 5369.200438 203.372308 +Q 5365.000684 206.872308 5360.80093 210.372308 +L 5360.80093 210.372308 +Q 5319.865381 210.372308 5278.929832 210.372308 +L 5278.929832 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1041.226387 210.372308 +Q 1000.519511 210.372308 959.812635 210.372308 +L 959.812635 210.372308 +Q 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<g id="patch_23"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3725.02925 138.373538 +Q 3762.7734 138.373538 3800.51755 138.373538 +L 3800.51755 138.373538 +Q 3804.717318 141.873538 3808.917086 145.373538 +Q 3804.717318 148.873538 3800.51755 152.373538 +L 3800.51755 152.373538 +Q 3762.7734 152.373538 3725.02925 152.373538 +L 3725.02925 138.373538 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_24"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4084.288025 196.372308 +Q 4121.804129 196.372308 4159.320232 196.372308 +L 4159.320232 196.372308 +Q 4163.520091 199.872308 4167.719949 203.372308 +Q 4163.520091 206.872308 4159.320232 210.372308 +L 4159.320232 210.372308 +Q 4121.804129 210.372308 4084.288025 210.372308 +L 4084.288025 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_25"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5598.220309 167.372923 +Q 5635.28107 167.372923 5672.341832 167.372923 +L 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_30"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1781.47575 196.372308 +Q 1817.167975 196.372308 1852.860201 196.372308 +L 1852.860201 196.372308 +Q 1857.060289 199.872308 1861.260376 203.372308 +Q 1857.060289 206.872308 1852.860201 210.372308 +L 1852.860201 210.372308 +Q 1817.167975 210.372308 1781.47575 210.372308 +L 1781.47575 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_31"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2492.090823 196.372308 +Q 2527.326997 196.372308 2562.563171 196.372308 +L 2562.563171 196.372308 +Q 2566.763398 199.872308 2570.963625 203.372308 +Q 2566.763398 206.872308 2562.563171 210.372308 +L 2562.563171 210.372308 +Q 2527.326997 210.372308 2492.090823 210.372308 +L 2492.090823 196.372308 +z +" style="fill:#ffc0cb;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_32"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 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clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2234.348487 167.372923 +Q 2259.781089 167.372923 2285.213691 167.372923 +L 2285.213691 167.372923 +Q 2289.415379 170.872923 2293.617066 174.372923 +Q 2289.415379 177.872923 2285.213691 181.372923 +L 2285.213691 181.372923 +Q 2259.781089 181.372923 2234.348487 181.372923 +L 2234.348487 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_40"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2568.380123 167.372923 +Q 2593.584783 167.372923 2618.789442 167.372923 +L 2618.789442 167.372923 +Q 2622.991116 170.872923 2627.19279 174.372923 +Q 2622.991116 177.872923 2618.789442 181.372923 +L 2618.789442 181.372923 +Q 2593.584783 181.372923 2568.380123 181.372923 +L 2568.380123 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_41"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2337.384633 196.372308 +Q 2360.766952 196.372308 2384.149271 196.372308 +L 2384.149271 196.372308 +Q 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id="patch_46"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2725.669815 167.372923 +Q 2743.58027 167.372923 2761.490725 167.372923 +L 2761.490725 167.372923 +Q 2765.692009 170.872923 2769.893294 174.372923 +Q 2765.692009 177.872923 2761.490725 181.372923 +L 2761.490725 181.372923 +Q 2743.58027 181.372923 2725.669815 181.372923 +L 2725.669815 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_47"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1734.82074 196.372308 +Q 1752.503809 196.372308 1770.186878 196.372308 +L 1770.186878 196.372308 +Q 1774.387592 199.872308 1778.588306 203.372308 +Q 1774.387592 206.872308 1770.186878 210.372308 +L 1770.186878 210.372308 +Q 1752.503809 210.372308 1734.82074 210.372308 +L 1734.82074 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_48"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2140.430584 181.372923 +Q 2124.340285 181.372923 2108.249987 181.372923 +L 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_53"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2305.318812 167.372923 +Q 2317.760811 167.372923 2330.202811 167.372923 +L 2330.202811 167.372923 +Q 2334.401605 170.872923 2338.600399 174.372923 +Q 2334.401605 177.872923 2330.202811 181.372923 +L 2330.202811 181.372923 +Q 2317.760811 181.372923 2305.318812 181.372923 +L 2305.318812 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_54"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4165.592359 167.372923 +Q 4176.89455 167.372923 4188.196742 167.372923 +L 4188.196742 167.372923 +Q 4192.395563 170.872923 4196.594385 174.372923 +Q 4192.395563 177.872923 4188.196742 181.372923 +L 4188.196742 181.372923 +Q 4176.89455 181.372923 4165.592359 181.372923 +L 4165.592359 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_55"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 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clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2033.59517 196.372308 +Q 2033.735861 196.372308 2033.876553 196.372308 +L 2033.876553 196.372308 +Q 2034.191773 199.872308 2034.506994 203.372308 +Q 2034.191773 206.872308 2033.876553 210.372308 +L 2033.876553 210.372308 +Q 2033.735861 210.372308 2033.59517 210.372308 +L 2033.59517 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_63"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2149.244885 196.372308 +Q 2149.385577 196.372308 2149.526269 196.372308 +L 2149.526269 196.372308 +Q 2149.841489 199.872308 2150.15671 203.372308 +Q 2149.841489 206.872308 2149.526269 210.372308 +L 2149.526269 210.372308 +Q 2149.385577 210.372308 2149.244885 210.372308 +L 2149.244885 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_64"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3540.688771 167.372923 +Q 3540.829462 167.372923 3540.970154 167.372923 +L 3540.970154 167.372923 +Q 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1043.084764 196.372308 1043.202007 196.372308 +L 1043.202007 210.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_67"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1408.38764 196.372308 +Q 1408.504883 196.372308 1408.622126 196.372308 +L 1408.622126 196.372308 +Q 1408.88481 199.872308 1409.147493 203.372308 +Q 1408.88481 206.872308 1408.622126 210.372308 +L 1408.622126 210.372308 +Q 1408.504883 210.372308 1408.38764 210.372308 +L 1408.38764 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_68"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1553.215733 196.372308 +Q 1553.332976 196.372308 1553.450219 196.372308 +L 1553.450219 196.372308 +Q 1553.712903 199.872308 1553.975587 203.372308 +Q 1553.712903 206.872308 1553.450219 210.372308 +L 1553.450219 210.372308 +Q 1553.332976 210.372308 1553.215733 210.372308 +L 1553.215733 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_69"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1779.34816 196.372308 +Q 1779.465403 196.372308 1779.582646 196.372308 +L 1779.582646 196.372308 +Q 1779.84533 199.872308 1780.108014 203.372308 +Q 1779.84533 206.872308 1779.582646 210.372308 +L 1779.582646 210.372308 +Q 1779.465403 210.372308 1779.34816 210.372308 +L 1779.34816 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_70"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2232.372868 167.372923 +Q 2232.490111 167.372923 2232.607354 167.372923 +L 2232.607354 167.372923 +Q 2232.870037 170.872923 2233.132721 174.372923 +Q 2232.870037 177.872923 2232.607354 181.372923 +L 2232.607354 181.372923 +Q 2232.490111 181.372923 2232.372868 181.372923 +L 2232.372868 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_71"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2412.458167 196.372308 +Q 2412.57541 196.372308 2412.692653 196.372308 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181.372923 +Q 3110.121001 181.372923 3110.003758 181.372923 +L 3110.003758 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_74"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3340.695307 196.372308 +Q 3340.81255 196.372308 3340.929793 196.372308 +L 3340.929793 196.372308 +Q 3341.192477 199.872308 3341.45516 203.372308 +Q 3341.192477 206.872308 3340.929793 210.372308 +L 3340.929793 210.372308 +Q 3340.81255 210.372308 3340.695307 210.372308 +L 3340.695307 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_75"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3722.90166 167.372923 +Q 3723.018903 167.372923 3723.136146 167.372923 +L 3723.136146 167.372923 +Q 3723.39883 170.872923 3723.661514 174.372923 +Q 3723.39883 177.872923 3723.136146 181.372923 +L 3723.136146 181.372923 +Q 3723.018903 181.372923 3722.90166 181.372923 +L 3722.90166 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_76"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4421.966959 167.372923 +Q 4422.084202 167.372923 4422.201445 167.372923 +L 4422.201445 167.372923 +Q 4422.464128 170.872923 4422.726812 174.372923 +Q 4422.464128 177.872923 4422.201445 181.372923 +L 4422.201445 181.372923 +Q 4422.084202 181.372923 4421.966959 181.372923 +L 4421.966959 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_77"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5106.139127 167.372923 +Q 5106.25637 167.372923 5106.373613 167.372923 +L 5106.373613 167.372923 +Q 5106.636297 170.872923 5106.89898 174.372923 +Q 5106.636297 177.872923 5106.373613 181.372923 +L 5106.373613 181.372923 +Q 5106.25637 181.372923 5106.139127 181.372923 +L 5106.139127 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_78"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6231.026374 196.372308 +Q 6231.143617 196.372308 6231.26086 196.372308 +L 6231.26086 196.372308 +Q 6231.523544 199.872308 6231.786228 203.372308 +Q 6231.523544 206.872308 6231.26086 210.372308 +L 6231.26086 210.372308 +Q 6231.143617 210.372308 6231.026374 210.372308 +L 6231.026374 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_79"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6334.06252 196.372308 +Q 6334.179763 196.372308 6334.297006 196.372308 +L 6334.297006 196.372308 +Q 6334.55969 199.872308 6334.822374 203.372308 +Q 6334.55969 206.872308 6334.297006 210.372308 +L 6334.297006 210.372308 +Q 6334.179763 210.372308 6334.06252 210.372308 +L 6334.06252 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_80"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1100.039055 167.372923 +Q 1100.131662 167.372923 1100.224269 167.372923 +L 1100.224269 167.372923 +Q 1100.435603 170.872923 1100.646938 174.372923 +Q 1100.435603 177.872923 1100.224269 181.372923 +L 1100.224269 181.372923 +Q 1100.131662 181.372923 1100.039055 181.372923 +L 1100.039055 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_81"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1588.62491 167.372923 +Q 1588.717517 167.372923 1588.810124 167.372923 +L 1588.810124 167.372923 +Q 1589.021459 170.872923 1589.232793 174.372923 +Q 1589.021459 177.872923 1588.810124 181.372923 +L 1588.810124 181.372923 +Q 1588.717517 181.372923 1588.62491 181.372923 +L 1588.62491 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_82"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1625.097882 167.372923 +Q 1625.190489 167.372923 1625.283097 167.372923 +L 1625.283097 167.372923 +Q 1625.494431 170.872923 1625.705765 174.372923 +Q 1625.494431 177.872923 1625.283097 181.372923 +L 1625.283097 181.372923 +Q 1625.190489 181.372923 1625.097882 181.372923 +L 1625.097882 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_83"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1667.193771 196.372308 +Q 1667.286378 196.372308 1667.378985 196.372308 +L 1667.378985 196.372308 +Q 1667.590319 199.872308 1667.801654 203.372308 +Q 1667.590319 206.872308 1667.378985 210.372308 +L 1667.378985 210.372308 +Q 1667.286378 210.372308 1667.193771 210.372308 +L 1667.193771 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_84"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1874.329858 196.372308 +Q 1874.422465 196.372308 1874.515072 196.372308 +L 1874.515072 196.372308 +Q 1874.726407 199.872308 1874.937741 203.372308 +Q 1874.726407 206.872308 1874.515072 210.372308 +L 1874.515072 210.372308 +Q 1874.422465 210.372308 1874.329858 210.372308 +L 1874.329858 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_85"> + <path 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<g id="patch_92"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2679.014805 196.372308 +Q 2679.107412 196.372308 2679.200019 196.372308 +L 2679.200019 196.372308 +Q 2679.411353 199.872308 2679.622688 203.372308 +Q 2679.411353 206.872308 2679.200019 210.372308 +L 2679.200019 210.372308 +Q 2679.107412 210.372308 2679.014805 210.372308 +L 2679.014805 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_93"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2724.150108 167.372923 +Q 2724.242715 167.372923 2724.335322 167.372923 +L 2724.335322 167.372923 +Q 2724.546656 170.872923 2724.757991 174.372923 +Q 2724.546656 177.872923 2724.335322 181.372923 +L 2724.335322 181.372923 +Q 2724.242715 181.372923 2724.150108 181.372923 +L 2724.150108 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_94"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3806.333584 167.372923 +Q 3806.426191 167.372923 3806.518798 167.372923 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style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_99"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4477.740212 196.372308 +Q 4477.832819 196.372308 4477.925426 196.372308 +L 4477.925426 196.372308 +Q 4478.13676 199.872308 4478.348095 203.372308 +Q 4478.13676 206.872308 4477.925426 210.372308 +L 4477.925426 210.372308 +Q 4477.832819 210.372308 4477.740212 210.372308 +L 4477.740212 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_100"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4477.740212 167.372923 +Q 4477.832819 167.372923 4477.925426 167.372923 +L 4477.925426 167.372923 +Q 4478.13676 170.872923 4478.348095 174.372923 +Q 4478.13676 177.872923 4477.925426 181.372923 +L 4477.925426 181.372923 +Q 4477.832819 181.372923 4477.740212 181.372923 +L 4477.740212 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_101"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 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+ </g> + <g id="patch_115"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5366.768906 167.372923 +Q 5366.838362 167.372923 5366.907817 167.372923 +L 5366.907817 167.372923 +Q 5367.066318 170.872923 5367.224819 174.372923 +Q 5367.066318 177.872923 5366.907817 181.372923 +L 5366.907817 181.372923 +Q 5366.838362 181.372923 5366.768906 181.372923 +L 5366.768906 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_116"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5909.304366 167.372923 +Q 5909.373822 167.372923 5909.443277 167.372923 +L 5909.443277 167.372923 +Q 5909.601778 170.872923 5909.760278 174.372923 +Q 5909.601778 177.872923 5909.443277 181.372923 +L 5909.443277 181.372923 +Q 5909.373822 181.372923 5909.304366 181.372923 +L 5909.304366 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_1"> + <g id="xtick_1"> + <g id="line2d_34"> + <defs> + <path d="M 0 0 +L 0 3.5 +" id="meec96eee3b" 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style="fill:#808080;" transform="translate(3314.157737 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 33.015625 40.375 +Q 26.375 40.375 22.484375 35.828125 +Q 18.609375 31.296875 18.609375 23.390625 +Q 18.609375 15.53125 22.484375 10.953125 +Q 26.375 6.390625 33.015625 6.390625 +Q 39.65625 6.390625 43.53125 10.953125 +Q 47.40625 15.53125 47.40625 23.390625 +Q 47.40625 31.296875 43.53125 35.828125 +Q 39.65625 40.375 33.015625 40.375 +z +M 52.59375 71.296875 +L 52.59375 62.3125 +Q 48.875 64.0625 45.09375 64.984375 +Q 41.3125 65.921875 37.59375 65.921875 +Q 27.828125 65.921875 22.671875 59.328125 +Q 17.53125 52.734375 16.796875 39.40625 +Q 19.671875 43.65625 24.015625 45.921875 +Q 28.375 48.1875 33.59375 48.1875 +Q 44.578125 48.1875 50.953125 41.515625 +Q 57.328125 34.859375 57.328125 23.390625 +Q 57.328125 12.15625 50.6875 5.359375 +Q 44.046875 -1.421875 33.015625 -1.421875 +Q 20.359375 -1.421875 13.671875 8.265625 +Q 6.984375 17.96875 6.984375 36.375 +Q 6.984375 53.65625 15.1875 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33.015625 +z +" id="DejaVuSans-104"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="239.941406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="303.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="364.84375" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="426.123047" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="465.332031" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + </g> + </g> + <g id="text_17"> + <!-- DNA circularization protein --> + <g transform="translate(4921.973464 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 8.109375 +L 31.59375 8.109375 +Q 46.6875 8.109375 53.6875 14.9375 +Q 60.6875 21.78125 60.6875 36.53125 +Q 60.6875 51.171875 53.6875 57.984375 +Q 46.6875 64.796875 31.59375 64.796875 +z +M 9.8125 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<use x="373.628906" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="428.609375" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="491.988281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="519.771484" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="581.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="622.164062" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> + <use x="702.4375" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="763.716797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="802.925781" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="830.708984" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="891.890625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="955.269531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="987.056641" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1089.396484" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1150.578125" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1189.787109" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1251.310547" 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id="DejaVuSans-100"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="188.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="290.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="322.65625" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="386.035156" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="447.558594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="508.837891" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="572.314453" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="604.101562" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="667.578125" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="706.441406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="767.623047" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="806.832031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="868.355469" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="896.138672" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_19"> + <!-- baseplate hub protein --> + <g transform="translate(5133.733158 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="586.816406" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="650.195312" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="713.671875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="745.458984" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="808.935547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="847.798828" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="908.980469" 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<use x="718.554688" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="757.763672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="785.546875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="846.728516" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="910.107422" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="941.894531" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1005.371094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1044.234375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1105.416016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1144.625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1206.148438" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1267.427734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="1319.527344" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + </g> + <g id="text_21"> + <!-- baseplate wedge protein --> + <g transform="translate(5449.112091 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 4.203125 54.6875 +L 13.1875 54.6875 +L 24.421875 12.015625 +L 35.59375 54.6875 +L 46.1875 54.6875 +L 57.421875 12.015625 +L 68.609375 54.6875 +L 77.59375 54.6875 +L 63.28125 0 +L 52.6875 0 +L 40.921875 44.828125 +L 29.109375 0 +L 18.5 0 +z +" id="DejaVuSans-119"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_22"> + <!-- tail fiber fragment --> + <g transform="translate(6101.955399 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="483.935547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="525.048828" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="586.328125" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="649.804688" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="747.216797" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="808.740234" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="872.119141" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_23"> + <g id="patch_117"> + <path d="M 1424.341774 174.654996 +L 1538.781306 174.654996 +Q 1542.081306 174.654996 1542.081306 171.354996 +L 1542.081306 148.391465 +Q 1542.081306 145.091465 1538.781306 145.091465 +L 1424.341774 145.091465 +Q 1421.041774 145.091465 1421.041774 148.391465 +L 1421.041774 171.354996 +Q 1421.041774 174.654996 1424.341774 174.654996 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- AAA-ATPase DNA --> + <g transform="translate(1434.991149 156.749746)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 4.890625 31.390625 +L 31.203125 31.390625 +L 31.203125 23.390625 +L 4.890625 23.390625 +z +" id="DejaVuSans-45"/> + <path d="M -0.296875 72.90625 +L 61.375 72.90625 +L 61.375 64.59375 +L 35.5 64.59375 +L 35.5 0 +L 25.59375 0 +L 25.59375 64.59375 +L -0.296875 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-84"/> + <path d="M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 37.40625 +L 32.078125 37.40625 +Q 38.96875 37.40625 42.71875 40.96875 +Q 46.484375 44.53125 46.484375 51.125 +Q 46.484375 57.671875 42.71875 61.234375 +Q 38.96875 64.796875 32.078125 64.796875 +z +M 9.8125 72.90625 +L 32.078125 72.90625 +Q 44.34375 72.90625 50.609375 67.359375 +Q 56.890625 61.8125 56.890625 51.125 +Q 56.890625 40.328125 50.609375 34.8125 +Q 44.34375 29.296875 32.078125 29.296875 +L 19.671875 29.296875 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-80"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="71.158203" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="142.316406" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="208.474609" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="242.308594" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="302.966797" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> + <use x="364.050781" xlink:href="#DejaVuSans-80"/> + <use x="419.853516" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="481.132812" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="533.232422" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="594.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="626.542969" xlink:href="#DejaVuSans-68"/> + <use x="703.544922" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> + <use x="778.349609" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + </g> + <!-- transposition protein --> + <g transform="translate(1424.341774 169.06734)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="381.738281" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="433.837891" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="461.621094" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="500.830078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="528.613281" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="589.794922" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="653.173828" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="684.960938" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="748.4375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="787.300781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="848.482422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="887.691406" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="949.214844" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="976.998047" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_24"> + <!-- major capsid protein --> + <g transform="translate(3821.366497 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.421875 54.6875 +L 18.40625 54.6875 +L 18.40625 -0.984375 +Q 18.40625 -11.421875 14.421875 -16.109375 +Q 10.453125 -20.796875 1.609375 -20.796875 +L -1.8125 -20.796875 +L -1.8125 -13.1875 +L 0.59375 -13.1875 +Q 5.71875 -13.1875 7.5625 -10.8125 +Q 9.421875 -8.453125 9.421875 -0.984375 +z +M 9.421875 75.984375 +L 18.40625 75.984375 +L 18.40625 64.59375 +L 9.421875 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-106"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="158.691406" xlink:href="#DejaVuSans-106"/> + <use x="186.474609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="288.769531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="375.537109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="436.816406" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="500.292969" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="552.392578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="580.175781" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="643.652344" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="675.439453" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="738.916016" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="777.779297" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="838.960938" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="878.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="939.693359" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="967.476562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_25"> + <g id="patch_118"> + <path d="M 6349.298578 87.656843 +L 6465.326234 87.656843 +Q 6468.626234 87.656843 6468.626234 84.356843 +L 6468.626234 61.393311 +Q 6468.626234 58.093311 6465.326234 58.093311 +L 6349.298578 58.093311 +Q 6345.998578 58.093311 6345.998578 61.393311 +L 6345.998578 84.356843 +Q 6345.998578 87.656843 6349.298578 87.656843 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- adenine modification --> + <g transform="translate(6349.298578 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="186.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="277.441406" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="340.820312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="402.34375" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="434.130859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="531.542969" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="592.724609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="656.201172" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="683.984375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="719.189453" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="746.972656" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="801.953125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="863.232422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="902.441406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="930.224609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="991.40625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + <!-- enzyme Mom --> + <g transform="translate(6370.342953 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 32.171875 -5.078125 +Q 28.375 -14.84375 24.75 -17.8125 +Q 21.140625 -20.796875 15.09375 -20.796875 +L 7.90625 -20.796875 +L 7.90625 -13.28125 +L 13.1875 -13.28125 +Q 16.890625 -13.28125 18.9375 -11.515625 +Q 21 -9.765625 23.484375 -3.21875 +L 25.09375 0.875 +L 2.984375 54.6875 +L 12.5 54.6875 +L 29.59375 11.921875 +L 46.6875 54.6875 +L 56.203125 54.6875 +z +" id="DejaVuSans-121"/> + <path d="M 9.8125 72.90625 +L 24.515625 72.90625 +L 43.109375 23.296875 +L 61.8125 72.90625 +L 76.515625 72.90625 +L 76.515625 0 +L 66.890625 0 +L 66.890625 64.015625 +L 48.09375 14.015625 +L 38.1875 14.015625 +L 19.390625 64.015625 +L 19.390625 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-77"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="61.523438" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> + <use x="177.392578" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="236.572266" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="333.984375" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="395.507812" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="427.294922" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> + <use x="513.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="574.755859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + </g> + </g> + <g id="text_26"> + <g id="patch_119"> + <path d="M 5259.724588 124.997123 +L 5388.405682 124.997123 +Q 5391.705682 124.997123 5391.705682 121.697123 +L 5391.705682 111.051185 +Q 5391.705682 107.751185 5388.405682 107.751185 +L 5259.724588 107.751185 +Q 5256.424588 107.751185 5256.424588 111.051185 +L 5256.424588 121.697123 +Q 5256.424588 124.997123 5259.724588 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate spike protein --> + <g transform="translate(5259.724588 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.078125 75.984375 +L 18.109375 75.984375 +L 18.109375 31.109375 +L 44.921875 54.6875 +L 56.390625 54.6875 +L 27.390625 29.109375 +L 57.625 0 +L 45.90625 0 +L 18.109375 26.703125 +L 18.109375 0 +L 9.078125 0 +z +" id="DejaVuSans-107"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="575.537109" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="639.013672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="666.796875" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> + <use x="721.082031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="782.605469" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="814.392578" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="877.869141" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="916.732422" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="977.914062" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1017.123047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1078.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1106.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_27"> + <g id="patch_120"> + <path d="M 944.359509 182.995892 +L 1048.278572 182.995892 +Q 1051.578572 182.995892 1051.578572 179.695892 +L 1051.578572 169.049954 +Q 1051.578572 165.749954 1048.278572 165.749954 +L 944.359509 165.749954 +Q 941.059509 165.749954 941.059509 169.049954 +L 941.059509 179.695892 +Q 941.059509 182.995892 944.359509 182.995892 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- repressor protein c --> + <g transform="translate(944.359509 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="163.863281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="202.726562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.25" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="316.349609" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="368.449219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="429.630859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="470.744141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="502.53125" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="566.007812" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="604.871094" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="666.052734" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="705.261719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="766.785156" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="794.568359" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="857.947266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="889.734375" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + </g> + </g> + <g id="text_28"> + <g id="patch_121"> + <path d="M 6212.000767 153.996507 +L 6342.146236 153.996507 +Q 6345.446236 153.996507 6345.446236 150.696507 +L 6345.446236 140.05057 +Q 6345.446236 136.75057 6342.146236 136.75057 +L 6212.000767 136.75057 +Q 6208.700767 136.75057 6208.700767 140.05057 +L 6208.700767 150.696507 +Q 6208.700767 153.996507 6212.000767 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- serine recombinase Gin --> + <g transform="translate(6212.000767 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 59.515625 10.40625 +L 59.515625 29.984375 +L 43.40625 29.984375 +L 43.40625 38.09375 +L 69.28125 38.09375 +L 69.28125 6.78125 +Q 63.578125 2.734375 56.6875 0.65625 +Q 49.8125 -1.421875 42 -1.421875 +Q 24.90625 -1.421875 15.25 8.5625 +Q 5.609375 18.5625 5.609375 36.375 +Q 5.609375 54.25 15.25 64.234375 +Q 24.90625 74.21875 42 74.21875 +Q 49.125 74.21875 55.546875 72.453125 +Q 61.96875 70.703125 67.390625 67.28125 +L 67.390625 56.78125 +Q 61.921875 61.421875 55.765625 63.765625 +Q 49.609375 66.109375 42.828125 66.109375 +Q 29.4375 66.109375 22.71875 58.640625 +Q 16.015625 51.171875 16.015625 36.375 +Q 16.015625 21.625 22.71875 14.15625 +Q 29.4375 6.6875 42.828125 6.6875 +Q 48.046875 6.6875 52.140625 7.59375 +Q 56.25 8.5 59.515625 10.40625 +z +" id="DejaVuSans-71"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="113.623047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="154.736328" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="182.519531" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="245.898438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="307.421875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="339.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="378.072266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="439.595703" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="494.576172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="555.757812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="653.169922" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="716.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="744.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="807.808594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="869.087891" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="921.1875" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="982.710938" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1014.498047" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="1091.988281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1119.771484" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_29"> + <g id="patch_122"> + <path d="M 2748.993944 153.996507 +L 2881.671132 153.996507 +Q 2884.971132 153.996507 2884.971132 150.696507 +L 2884.971132 140.05057 +Q 2884.971132 136.75057 2881.671132 136.75057 +L 2748.993944 136.75057 +Q 2745.693944 136.75057 2745.693944 140.05057 +L 2745.693944 150.696507 +Q 2745.693944 153.996507 2748.993944 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- terminase small subunit --> + <g transform="translate(2748.993944 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="442.048828" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="503.572266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="535.359375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="587.458984" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="684.871094" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="746.150391" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="773.933594" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="801.716797" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="833.503906" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="885.603516" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="948.982422" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="1012.458984" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="1075.837891" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1139.216797" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1167" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_30"> + <g id="patch_123"> + <path d="M 4454.715379 145.655612 +L 4589.363973 145.655612 +Q 4592.663973 145.655612 4592.663973 142.355612 +L 4592.663973 119.392081 +Q 4592.663973 116.092081 4589.363973 116.092081 +L 4454.715379 116.092081 +Q 4451.415379 116.092081 4451.415379 119.392081 +L 4451.415379 142.355612 +Q 4451.415379 145.655612 4454.715379 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail assembly chaperone --> + <g transform="translate(4454.715379 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + <!-- frameshift product --> + <g transform="translate(4470.955848 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="35.205078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="76.318359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="137.597656" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="235.009766" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="296.533203" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="348.632812" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="412.011719" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="439.794922" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="473.25" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="512.458984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="544.246094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="607.722656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="646.585938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="707.767578" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="771.244141" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="834.623047" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="889.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_31"> + <g id="patch_124"> + <path d="M 2154.950733 124.997123 +L 2231.074171 124.997123 +Q 2234.374171 124.997123 2234.374171 121.697123 +L 2234.374171 111.051185 +Q 2234.374171 107.751185 2231.074171 107.751185 +L 2154.950733 107.751185 +Q 2151.650733 107.751185 2151.650733 111.051185 +L 2151.650733 121.697123 +Q 2151.650733 124.997123 2154.950733 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- protein GemA --> + <g transform="translate(2154.950733 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="464.693359" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="526.216797" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="623.628906" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + </g> + </g> + <g id="text_32"> + <g id="patch_125"> + <path d="M 3710.139262 124.997123 +L 3823.807074 124.997123 +Q 3827.107074 124.997123 3827.107074 121.697123 +L 3827.107074 111.051185 +Q 3827.107074 107.751185 3823.807074 107.751185 +L 3710.139262 107.751185 +Q 3706.839262 107.751185 3706.839262 111.051185 +L 3706.839262 121.697123 +Q 3706.839262 124.997123 3710.139262 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- scaffolding protein Z --> + <g transform="translate(3710.139262 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 5.609375 72.90625 +L 62.890625 72.90625 +L 62.890625 65.375 +L 16.796875 8.296875 +L 64.015625 8.296875 +L 64.015625 0 +L 4.5 0 +L 4.5 7.515625 +L 50.59375 64.59375 +L 5.609375 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-90"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="107.080078" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="168.359375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="203.564453" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="238.769531" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="299.951172" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="327.734375" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="391.210938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="418.994141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="482.373047" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="545.849609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="577.636719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="641.113281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="679.976562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="741.158203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="780.367188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="841.890625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="869.673828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="933.052734" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="964.839844" xlink:href="#DejaVuSans-90"/> + </g> + </g> + <g id="text_33"> + <g id="patch_126"> + <path d="M 4065.148206 95.997738 +L 4186.859768 95.997738 +Q 4190.159768 95.997738 4190.159768 92.697738 +L 4190.159768 82.0518 +Q 4190.159768 78.7518 4186.859768 78.7518 +L 4065.148206 78.7518 +Q 4061.848206 78.7518 4061.848206 82.0518 +L 4061.848206 92.697738 +Q 4061.848206 95.997738 4065.148206 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail terminator protein --> + <g transform="translate(4065.148206 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="288.574219" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="327.9375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="425.349609" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="453.132812" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="516.511719" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="577.791016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="617" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="678.181641" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="719.294922" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="751.082031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="814.558594" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="853.421875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="914.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="953.8125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1015.335938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1043.119141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_34"> + <g id="patch_127"> + <path d="M 5571.144577 153.996507 +L 5707.816139 153.996507 +Q 5711.116139 153.996507 5711.116139 150.696507 +L 5711.116139 140.05057 +Q 5711.116139 136.75057 5707.816139 136.75057 +L 5571.144577 136.75057 +Q 5567.844577 136.75057 5567.844577 140.05057 +L 5567.844577 150.696507 +Q 5567.844577 153.996507 5571.144577 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate wedge protein --> + <g transform="translate(5571.144577 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_35"> + <g id="patch_128"> + <path d="M 5964.106946 124.997123 +L 6108.292884 124.997123 +Q 6111.592884 124.997123 6111.592884 121.697123 +L 6111.592884 111.051185 +Q 6111.592884 107.751185 6108.292884 107.751185 +L 5964.106946 107.751185 +Q 5960.806946 107.751185 5960.806946 111.051185 +L 5960.806946 121.697123 +Q 5960.806946 124.997123 5964.106946 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail fiber assembly protein --> + <g transform="translate(5964.106946 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1018.847656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1057.710938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1118.892578" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1158.101562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1219.625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1247.408203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_36"> + <g id="patch_129"> + <path d="M 5869.575003 153.996507 +L 6032.921565 153.996507 +Q 6036.221565 153.996507 6036.221565 150.696507 +L 6036.221565 140.05057 +Q 6036.221565 136.75057 6032.921565 136.75057 +L 5869.575003 136.75057 +Q 5866.275003 136.75057 5866.275003 140.05057 +L 5866.275003 150.696507 +Q 5866.275003 153.996507 5869.575003 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail fiber assembly chaperone --> + <g transform="translate(5869.575003 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="1010.351562" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="1073.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1135.009766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1198.486328" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1260.009766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1298.873047" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1360.054688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1423.433594" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + </g> + <g id="text_37"> + <g id="patch_130"> + <path d="M 1743.90572 182.995892 +L 1898.830407 182.995892 +Q 1902.130407 182.995892 1902.130407 179.695892 +L 1902.130407 169.049954 +Q 1902.130407 165.749954 1898.830407 165.749954 +L 1743.90572 165.749954 +Q 1740.60572 165.749954 1740.60572 169.049954 +L 1740.60572 179.695892 +Q 1740.60572 182.995892 1743.90572 182.995892 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- host nuclease inhibitor Gam --> + <g transform="translate(1743.90572 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="124.560547" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.660156" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="215.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="374.414062" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="429.394531" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="457.177734" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="518.701172" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="579.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="632.080078" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="693.603516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="725.390625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="753.173828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="816.552734" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="879.931641" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="907.714844" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="971.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="998.974609" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1038.183594" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.365234" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1140.478516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1172.265625" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="1249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + </g> + </g> + <g id="text_38"> + <g id="patch_131"> + <path d="M 2492.211677 124.997123 +L 2570.842771 124.997123 +Q 2574.142771 124.997123 2574.142771 121.697123 +L 2574.142771 111.051185 +Q 2574.142771 107.751185 2570.842771 107.751185 +L 2492.211677 107.751185 +Q 2488.911677 107.751185 2488.911677 111.051185 +L 2488.911677 121.697123 +Q 2488.911677 124.997123 2492.211677 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- SAR endolysin --> + <g transform="translate(2492.211677 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 44.390625 34.1875 +Q 47.5625 33.109375 50.5625 29.59375 +Q 53.5625 26.078125 56.59375 19.921875 +L 66.609375 0 +L 56 0 +L 46.6875 18.703125 +Q 43.0625 26.03125 39.671875 28.421875 +Q 36.28125 30.8125 30.421875 30.8125 +L 19.671875 30.8125 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +L 9.8125 72.90625 +L 32.078125 72.90625 +Q 44.578125 72.90625 50.734375 67.671875 +Q 56.890625 62.453125 56.890625 51.90625 +Q 56.890625 45.015625 53.6875 40.46875 +Q 50.484375 35.9375 44.390625 34.1875 +z +M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 38.921875 +L 32.078125 38.921875 +Q 39.203125 38.921875 42.84375 42.21875 +Q 46.484375 45.515625 46.484375 51.90625 +Q 46.484375 58.296875 42.84375 61.546875 +Q 39.203125 64.796875 32.078125 64.796875 +z +" id="DejaVuSans-82"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-83"/> + <use x="65.351562" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="133.759766" xlink:href="#DejaVuSans-82"/> + <use x="203.242188" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="235.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="296.552734" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="359.931641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="423.408203" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="484.589844" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="512.373047" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="571.552734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="623.652344" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="651.435547" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_39"> + <g id="patch_132"> + <path d="M 3495.156132 153.996507 +L 3661.446914 153.996507 +Q 3664.746914 153.996507 3664.746914 150.696507 +L 3664.746914 140.05057 +Q 3664.746914 136.75057 3661.446914 136.75057 +L 3495.156132 136.75057 +Q 3491.856132 136.75057 3491.856132 140.05057 +L 3491.856132 150.696507 +Q 3491.856132 153.996507 3495.156132 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- capsid morphogenesis protein --> + <g transform="translate(3495.156132 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="116.259766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.736328" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="231.835938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="259.619141" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="323.095703" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="354.882812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="452.294922" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="513.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="554.589844" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="618.066406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="681.445312" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="742.626953" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="806.103516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="867.626953" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="931.005859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="992.529297" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="1044.628906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1072.412109" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="1124.511719" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1156.298828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1219.775391" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1258.638672" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1319.820312" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1359.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1420.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1448.335938" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_40"> + <g id="patch_133"> + <path d="M 5333.538361 153.996507 +L 5470.209923 153.996507 +Q 5473.509923 153.996507 5473.509923 150.696507 +L 5473.509923 140.05057 +Q 5473.509923 136.75057 5470.209923 136.75057 +L 5333.538361 136.75057 +Q 5330.238361 136.75057 5330.238361 140.05057 +L 5330.238361 150.696507 +Q 5330.238361 153.996507 5333.538361 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate wedge protein --> + <g transform="translate(5333.538361 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_41"> + <g id="patch_134"> + <path d="M 4444.837282 95.997738 +L 4579.485876 95.997738 +Q 4582.785876 95.997738 4582.785876 92.697738 +L 4582.785876 82.0518 +Q 4582.785876 78.7518 4579.485876 78.7518 +L 4444.837282 78.7518 +Q 4441.537282 78.7518 4441.537282 82.0518 +L 4441.537282 92.697738 +Q 4441.537282 95.997738 4444.837282 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail assembly chaperone --> + <g transform="translate(4444.837282 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + </g> + <g id="text_42"> + <g id="patch_135"> + <path d="M 3990.862968 145.655612 +L 4113.277499 145.655612 +Q 4116.577499 145.655612 4116.577499 142.355612 +L 4116.577499 119.392081 +Q 4116.577499 116.092081 4113.277499 116.092081 +L 3990.862968 116.092081 +Q 3987.562968 116.092081 3987.562968 119.392081 +L 3987.562968 142.355612 +Q 3987.562968 145.655612 3990.862968 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- head-to-tail connector --> + <g transform="translate(3990.862968 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + <!-- complex protein --> + <g transform="translate(4007.464374 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 54.890625 54.6875 +L 35.109375 28.078125 +L 55.90625 0 +L 45.3125 0 +L 29.390625 21.484375 +L 13.484375 0 +L 2.875 0 +L 24.125 28.609375 +L 4.6875 54.6875 +L 15.28125 54.6875 +L 29.78125 35.203125 +L 44.28125 54.6875 +z +" id="DejaVuSans-120"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="213.574219" 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+" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- transcription regulator C --> + <g transform="translate(2378.625228 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 64.40625 67.28125 +L 64.40625 56.890625 +Q 59.421875 61.53125 53.78125 63.8125 +Q 48.140625 66.109375 41.796875 66.109375 +Q 29.296875 66.109375 22.65625 58.46875 +Q 16.015625 50.828125 16.015625 36.375 +Q 16.015625 21.96875 22.65625 14.328125 +Q 29.296875 6.6875 41.796875 6.6875 +Q 48.140625 6.6875 53.78125 8.984375 +Q 59.421875 11.28125 64.40625 15.921875 +L 64.40625 5.609375 +Q 59.234375 2.09375 53.4375 0.328125 +Q 47.65625 -1.421875 41.21875 -1.421875 +Q 24.65625 -1.421875 15.125 8.703125 +Q 5.609375 18.84375 5.609375 36.375 +Q 5.609375 53.953125 15.125 64.078125 +Q 24.65625 74.21875 41.21875 74.21875 +Q 47.75 74.21875 53.53125 72.484375 +Q 59.328125 70.75 64.40625 67.28125 +z +" id="DejaVuSans-67"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" 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x="984.078125" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1023.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1084.46875" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1125.582031" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1157.369141" xlink:href="#DejaVuSans-67"/> + </g> + </g> + <g id="text_44"> + <g id="patch_137"> + <path d="M 3927.871106 87.656843 +L 4050.285637 87.656843 +Q 4053.585637 87.656843 4053.585637 84.356843 +L 4053.585637 61.393311 +Q 4053.585637 58.093311 4050.285637 58.093311 +L 3927.871106 58.093311 +Q 3924.571106 58.093311 3924.571106 61.393311 +L 3924.571106 84.356843 +Q 3924.571106 87.656843 3927.871106 87.656843 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- head-to-tail connector --> + <g transform="translate(3927.871106 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="186.181641" 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complex protein --> + <g transform="translate(3944.472512 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> + <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_45"> + <g id="patch_138"> + <path d="M 2185.17723 153.996507 +L 2342.788324 153.996507 +Q 2346.088324 153.996507 2346.088324 150.696507 +L 2346.088324 140.05057 +Q 2346.088324 136.75057 2342.788324 136.75057 +L 2185.17723 136.75057 +Q 2181.87723 136.75057 2181.87723 140.05057 +L 2181.87723 150.696507 +Q 2181.87723 153.996507 2185.17723 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- middle operon regulator Mor --> + <g transform="translate(2185.17723 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="188.671875" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="252.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="279.931641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="341.455078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="373.242188" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="434.423828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="559.423828" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="598.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="659.46875" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="722.847656" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="754.634766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="793.498047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.021484" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="918.498047" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="981.876953" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="1009.660156" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1070.939453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1110.148438" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1171.330078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1212.443359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1244.230469" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> + <use x="1330.509766" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1391.691406" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + </g> + <g id="text_46"> + <!-- i-spanin --> + <g transform="translate(2576.047707 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_47"> + <g id="patch_139"> + <path d="M 2343.069584 95.997738 +L 2386.865053 95.997738 +Q 2390.165053 95.997738 2390.165053 92.697738 +L 2390.165053 82.0518 +Q 2390.165053 78.7518 2386.865053 78.7518 +L 2343.069584 78.7518 +Q 2339.769584 78.7518 2339.769584 82.0518 +L 2339.769584 92.697738 +Q 2339.769584 95.997738 2343.069584 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- pinholin --> + <g transform="translate(2343.069584 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="279.199219" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_48"> + <g id="patch_140"> + <path d="M 4406.469064 66.998353 +L 4494.757814 66.998353 +Q 4498.057814 66.998353 4498.057814 63.698353 +L 4498.057814 53.052416 +Q 4498.057814 49.752416 4494.757814 49.752416 +L 4406.469064 49.752416 +Q 4403.169064 49.752416 4403.169064 53.052416 +L 4403.169064 63.698353 +Q 4403.169064 66.998353 4406.469064 66.998353 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail tube protein --> + <g transform="translate(4406.469064 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="290.429688" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="353.90625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="415.429688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="447.216797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="510.693359" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="549.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="610.738281" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="711.470703" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="739.253906" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_49"> + <g id="patch_141"> + <path d="M 2608.224664 153.996507 +L 2655.583101 153.996507 +Q 2658.883101 153.996507 2658.883101 150.696507 +L 2658.883101 140.05057 +Q 2658.883101 136.75057 2655.583101 136.75057 +L 2608.224664 136.75057 +Q 2604.924664 136.75057 2604.924664 140.05057 +L 2604.924664 150.696507 +Q 2604.924664 153.996507 2608.224664 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- o-spanin --> + <g transform="translate(2608.224664 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="63.056641" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="99.140625" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="151.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="214.716797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="275.996094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="339.375" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="367.158203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_50"> + <g id="patch_142"> + <path d="M 2681.7992 153.996507 +L 2725.164981 153.996507 +Q 2728.464981 153.996507 2728.464981 150.696507 +L 2728.464981 140.05057 +Q 2728.464981 136.75057 2725.164981 136.75057 +L 2681.7992 136.75057 +Q 2678.4992 136.75057 2678.4992 140.05057 +L 2678.4992 150.696507 +Q 2678.4992 153.996507 2681.7992 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- releasin --> + <g transform="translate(2681.7992 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_51"> + <g id="patch_143"> + <path d="M 2690.192257 116.656227 +L 2805.370851 116.656227 +Q 2808.670851 116.656227 2808.670851 113.356227 +L 2808.670851 90.392696 +Q 2808.670851 87.092696 2805.370851 87.092696 +L 2690.192257 87.092696 +Q 2686.892257 87.092696 2686.892257 90.392696 +L 2686.892257 113.356227 +Q 2686.892257 116.656227 2690.192257 116.656227 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- winged HTH domain- --> + <g transform="translate(2690.192257 98.750977)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.8125 72.90625 +L 19.671875 72.90625 +L 19.671875 43.015625 +L 55.515625 43.015625 +L 55.515625 72.90625 +L 65.375 72.90625 +L 65.375 0 +L 55.515625 0 +L 55.515625 34.71875 +L 19.671875 34.71875 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-72"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="81.787109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="109.570312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="172.949219" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="236.425781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="297.949219" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="361.425781" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="393.212891" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> + <use x="468.408203" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> + <use x="529.492188" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> + <use x="604.6875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="636.474609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="699.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="761.132812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="858.544922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="919.824219" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="947.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1010.986328" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + </g> + <!-- containing protein --> + <g transform="translate(2697.564836 111.068571)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="179.541016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="218.75" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="280.029297" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="307.8125" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="371.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="398.974609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="462.353516" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="525.830078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="557.617188" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="621.09375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="659.957031" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="721.138672" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="760.347656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="821.871094" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="849.654297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_52"> + <g id="patch_144"> + <path d="M 1017.696991 153.996507 +L 1150.77121 153.996507 +Q 1154.07121 153.996507 1154.07121 150.696507 +L 1154.07121 140.05057 +Q 1154.07121 136.75057 1150.77121 136.75057 +L 1017.696991 136.75057 +Q 1014.396991 136.75057 1014.396991 140.05057 +L 1014.396991 150.696507 +Q 1014.396991 153.996507 1017.696991 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- DNA binding protein ner --> + <g transform="translate(1017.696991 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-68"/> + <use x="77.001953" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> + <use x="151.806641" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="220.214844" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="252.001953" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="315.478516" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="343.261719" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="406.640625" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="470.117188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="561.279297" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="624.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="656.542969" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="720.019531" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="758.882812" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="820.064453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="859.273438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="920.796875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="948.580078" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1011.958984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1043.746094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1107.125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1168.648438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + </g> + <g id="text_53"> + <g id="patch_145"> + <path d="M 1545.207017 124.997123 +L 1600.280923 124.997123 +Q 1603.580923 124.997123 1603.580923 121.697123 +L 1603.580923 111.051185 +Q 1603.580923 107.751185 1600.280923 107.751185 +L 1545.207017 107.751185 +Q 1541.907017 107.751185 1541.907017 111.051185 +L 1541.907017 121.697123 +Q 1541.907017 124.997123 1545.207017 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- protein kil --> + <g transform="translate(1545.207017 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> + <use x="445.113281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="472.896484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + </g> + </g> + <g id="text_54"> + <g id="patch_146"> + <path d="M 4130.568138 145.655612 +L 4231.618606 145.655612 +Q 4234.918606 145.655612 4234.918606 142.355612 +L 4234.918606 119.392081 +Q 4234.918606 116.092081 4231.618606 116.092081 +L 4130.568138 116.092081 +Q 4127.268138 116.092081 4127.268138 119.392081 +L 4127.268138 142.355612 +Q 4127.268138 145.655612 4130.568138 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- putative sheath --> + <g transform="translate(4137.77056 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 2.984375 54.6875 +L 12.5 54.6875 +L 29.59375 8.796875 +L 46.6875 54.6875 +L 56.203125 54.6875 +L 35.6875 0 +L 23.484375 0 +z +" id="DejaVuSans-118"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="126.855469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="166.064453" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="227.34375" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="266.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="294.335938" xlink:href="#DejaVuSans-118"/> + <use x="353.515625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="415.039062" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="446.826172" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="498.925781" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="562.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="623.828125" 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/out_img_multi.svg Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,2135 @@ +<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> +<!DOCTYPE svg PUBLIC "-//W3C//DTD SVG 1.1//EN" + "http://www.w3.org/Graphics/SVG/1.1/DTD/svg11.dtd"> +<!-- Created with matplotlib (https://matplotlib.org/) --> +<svg height="738.72pt" version="1.1" viewBox="0 0 720 738.72" width="720pt" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> + <metadata> + <rdf:RDF xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"> + <cc:Work> + <dc:type rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage"/> + <dc:date>2020-10-20T14:36:18.903835</dc:date> + <dc:format>image/svg+xml</dc:format> + <dc:creator> + <cc:Agent> + <dc:title>Matplotlib v3.3.2, https://matplotlib.org/</dc:title> + </cc:Agent> + </dc:creator> + </cc:Work> + </rdf:RDF> + </metadata> 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style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="145.02386"/> + </g> + </g> + <g id="text_7"> + <!-- 7,950 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(541.2575 159.622297)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 10.984375 1.515625 +L 10.984375 10.5 +Q 14.703125 8.734375 18.5 7.8125 +Q 22.3125 6.890625 25.984375 6.890625 +Q 35.75 6.890625 40.890625 13.453125 +Q 46.046875 20.015625 46.78125 33.40625 +Q 43.953125 29.203125 39.59375 26.953125 +Q 35.25 24.703125 29.984375 24.703125 +Q 19.046875 24.703125 12.671875 31.3125 +Q 6.296875 37.9375 6.296875 49.421875 +Q 6.296875 60.640625 12.9375 67.421875 +Q 19.578125 74.21875 30.609375 74.21875 +Q 43.265625 74.21875 49.921875 64.515625 +Q 56.59375 54.828125 56.59375 36.375 +Q 56.59375 19.140625 48.40625 8.859375 +Q 40.234375 -1.421875 26.421875 -1.421875 +Q 22.703125 -1.421875 18.890625 -0.6875 +Q 15.09375 0.046875 10.984375 1.515625 +z +M 30.609375 32.421875 +Q 37.25 32.421875 41.125 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+" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_12"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 343.110653 240.591861 +Q 450.733076 240.591861 558.355498 240.591861 +L 558.355498 240.591861 +Q 562.554607 244.091861 566.753716 247.591861 +Q 562.554607 251.091861 558.355498 254.591861 +L 558.355498 254.591861 +Q 450.733076 254.591861 343.110653 254.591861 +L 343.110653 240.591861 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_13"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 610.908884 266.515884 +Q 655.062706 266.515884 699.216527 266.515884 +L 699.216527 266.515884 +Q 699.217874 270.015884 699.219222 273.515884 +Q 699.217874 277.015884 699.216527 280.515884 +L 699.216527 280.515884 +Q 655.062706 280.515884 610.908884 280.515884 +L 610.908884 266.515884 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_14"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 21.982153 266.515884 +Q 22.733118 266.515884 23.484083 266.515884 +L 23.484083 266.515884 +Q 24.453449 270.015884 25.422816 273.515884 +Q 24.453449 277.015884 23.484083 280.515884 +L 23.484083 280.515884 +Q 22.733118 280.515884 21.982153 280.515884 +L 21.982153 266.515884 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_15"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 335.655884 240.591861 +Q 336.281688 240.591861 336.907493 240.591861 +L 336.907493 240.591861 +Q 337.715298 244.091861 338.523103 247.591861 +Q 337.715298 251.091861 336.907493 254.591861 +L 336.907493 254.591861 +Q 336.281688 254.591861 335.655884 254.591861 +L 335.655884 240.591861 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_16"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 603.454116 266.515884 +Q 603.953639 266.515884 604.453162 266.515884 +L 604.453162 266.515884 +Q 605.100526 270.015884 605.747891 273.515884 +Q 605.100526 277.015884 604.453162 280.515884 +L 604.453162 280.515884 +Q 603.953639 280.515884 603.454116 280.515884 +L 603.454116 266.515884 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_2"> + <g id="xtick_9"> + <g id="line2d_11"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472187" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_9"> + <!-- 8,250 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(25.158125 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_10"> + <g id="line2d_12"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_10"> + <!-- 8,400 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(111.174688 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 37.796875 64.3125 +L 12.890625 25.390625 +L 37.796875 25.390625 +z +M 35.203125 72.90625 +L 47.609375 72.90625 +L 47.609375 25.390625 +L 58.015625 25.390625 +L 58.015625 17.1875 +L 47.609375 17.1875 +L 47.609375 0 +L 37.796875 0 +L 37.796875 17.1875 +L 4.890625 17.1875 +L 4.890625 26.703125 +z +" id="DejaVuSans-52"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_11"> + <g id="line2d_13"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="211.505313" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_11"> + <!-- 8,550 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(197.19125 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use 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</g> + <g id="text_13"> + <!-- 8,850 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(369.224375 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_14"> + <g id="line2d_16"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_14"> + <!-- 9,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(455.240938 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_15"> + <g id="line2d_17"> + 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 43.773016 407.969919 +Q 143.652438 407.969919 243.531861 407.969919 +L 243.531861 407.969919 +Q 247.732479 411.469919 251.933097 414.969919 +Q 247.732479 418.469919 243.531861 421.969919 +L 243.531861 421.969919 +Q 143.652438 421.969919 43.773016 421.969919 +L 43.773016 407.969919 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_19"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 627.538753 407.969919 +Q 663.3768 407.969919 699.214847 407.969919 +L 699.214847 407.969919 +Q 699.217034 411.469919 699.219222 414.969919 +Q 699.217034 418.469919 699.214847 421.969919 +L 699.214847 421.969919 +Q 663.3768 421.969919 627.538753 421.969919 +L 627.538753 407.969919 +z +" style="fill:#33ffb2;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_20"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 257.094091 407.969919 +Q 287.302788 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421.969919 +Q 327.680032 421.969919 327.054228 421.969919 +L 327.054228 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_23"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 37.465134 407.969919 +Q 37.964658 407.969919 38.464181 407.969919 +L 38.464181 407.969919 +Q 39.111545 411.469919 39.758909 414.969919 +Q 39.111545 418.469919 38.464181 421.969919 +L 38.464181 421.969919 +Q 37.964658 421.969919 37.465134 421.969919 +L 37.465134 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_24"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 248.492434 382.045897 +Q 248.991958 382.045897 249.491481 382.045897 +L 249.491481 382.045897 +Q 250.138845 385.545897 250.786209 389.045897 +Q 250.138845 392.545897 249.491481 396.045897 +L 249.491481 396.045897 +Q 248.991958 396.045897 248.492434 396.045897 +L 248.492434 382.045897 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_25"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 622.951203 407.969919 +Q 623.325846 407.969919 623.700488 407.969919 +L 623.700488 407.969919 +Q 624.186011 411.469919 624.671534 414.969919 +Q 624.186011 418.469919 623.700488 421.969919 +L 623.700488 421.969919 +Q 623.325846 421.969919 622.951203 421.969919 +L 622.951203 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_3"> + <g id="xtick_17"> + <g id="line2d_22"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472187" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_19"> + <!-- 9,450 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(25.158125 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_18"> + <g id="line2d_23"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_20"> + <!-- 9,600 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(111.174687 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-54"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_19"> + <g id="line2d_24"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="211.505312" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_21"> + <!-- 9,750 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(197.19125 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" 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442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_22"> + <g id="line2d_27"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_24"> + <!-- 10,200 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(452.059688 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_23"> + <g id="line2d_28"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_25"> + <!-- 10,350 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(538.07625 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-51"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_24"> + <g id="line2d_29"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="641.588125" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_26"> + <!-- 10,500 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(624.092813 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use 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699.216282 563.423954 +L 699.216282 563.423954 +Q 675.133114 563.423954 651.049947 563.423954 +L 651.049947 549.423954 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_33"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 222.114022 523.499932 +Q 222.613545 523.499932 223.113068 523.499932 +L 223.113068 523.499932 +Q 223.760433 526.999932 224.407797 530.499932 +Q 223.760433 533.999932 223.113068 537.499932 +L 223.113068 537.499932 +Q 222.613545 537.499932 222.114022 537.499932 +L 222.114022 523.499932 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_34"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 532.347091 523.499932 +Q 532.846614 523.499932 533.346137 523.499932 +L 533.346137 523.499932 +Q 533.993501 526.999932 534.640866 530.499932 +Q 533.993501 533.999932 533.346137 537.499932 +L 533.346137 537.499932 +Q 532.846614 537.499932 532.347091 537.499932 +L 532.347091 523.499932 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_35"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 644.742066 549.423954 +Q 645.241589 549.423954 645.741112 549.423954 +L 645.741112 549.423954 +Q 646.388476 552.923954 647.035841 556.423954 +Q 646.388476 559.923954 645.741112 563.423954 +L 645.741112 563.423954 +Q 645.241589 563.423954 644.742066 563.423954 +L 644.742066 549.423954 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_36"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 361.460853 549.423954 +Q 361.835496 549.423954 362.210138 549.423954 +L 362.210138 549.423954 +Q 362.695661 552.923954 363.181184 556.423954 +Q 362.695661 559.923954 362.210138 563.423954 +L 362.210138 563.423954 +Q 361.835496 563.423954 361.460853 563.423954 +L 361.460853 549.423954 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_4"> + <g id="xtick_25"> + <g id="line2d_32"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472188" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_31"> + <!-- 10,650 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(21.976875 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-54"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_26"> + <g id="line2d_33"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_32"> + <!-- 10,800 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(107.993438 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" 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</g> + <g id="text_34"> + <!-- 11,100 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(280.026563 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_29"> + <g id="line2d_36"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="383.538438" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_35"> + <!-- 11,250 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(366.043125 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_30"> + <g id="line2d_37"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_36"> + <!-- 11,400 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(452.059688 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_31"> + <g id="line2d_38"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_37"> + <!-- 11,550 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(538.07625 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use 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id="text_42"> + <g id="patch_37"> + <path d="M 653.164972 513.198878 +L 696.530753 513.198878 +Q 699.830753 513.198878 699.830753 509.898878 +L 699.830753 499.252941 +Q 699.830753 495.952941 696.530753 495.952941 +L 653.164972 495.952941 +Q 649.864972 495.952941 649.864972 499.252941 +L 649.864972 509.898878 +Q 649.864972 513.198878 653.164972 513.198878 +z +" style="fill:#ffffff;"/> + </g> + <!-- releasin --> + <g transform="translate(653.164972 507.611222)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="axes_5"> + <g id="line2d_40"> + <path clip-path="url(#p9e40ee8b5d)" d="M 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/out_img_zoom.svg Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,1688 @@ +<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> +<!DOCTYPE svg PUBLIC "-//W3C//DTD SVG 1.1//EN" + "http://www.w3.org/Graphics/SVG/1.1/DTD/svg11.dtd"> +<!-- Created with matplotlib (https://matplotlib.org/) --> +<svg height="244.8pt" version="1.1" viewBox="0 0 720 244.8" width="720pt" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> + <metadata> + <rdf:RDF xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"> + <cc:Work> + <dc:type rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage"/> + <dc:date>2020-10-19T13:19:51.116707</dc:date> + <dc:format>image/svg+xml</dc:format> + <dc:creator> + <cc:Agent> + <dc:title>Matplotlib v3.3.2, https://matplotlib.org/</dc:title> + </cc:Agent> + </dc:creator> + </cc:Work> + </rdf:RDF> + </metadata> + <defs> + <style type="text/css">*{stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:round;}</style> + </defs> + <g id="figure_1"> + <g id="patch_1"> + <path d="M 0 244.8 +L 720 244.8 +L 720 0 +L 0 0 +z +" style="fill:#ffffff;"/> + </g> + <g id="axes_1"> + <g id="line2d_1"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 90 203.372308 +L 647.977684 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:1.5;"/> + </g> + <g id="line2d_2"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 258.299352 116.374154 +L 258.299352 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_3"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 506.848584 145.373538 +L 506.848584 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_4"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 444.139418 116.374154 +L 444.139418 203.372308 +" 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 141.24968 167.372923 +Q 141.352981 167.372923 141.456281 167.372923 +L 141.456281 167.372923 +Q 141.687727 170.872923 141.919173 174.372923 +Q 141.687727 177.872923 141.456281 181.372923 +L 141.456281 181.372923 +Q 141.352981 181.372923 141.24968 181.372923 +L 141.24968 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_19"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 226.163694 196.372308 +Q 226.266994 196.372308 226.370295 196.372308 +L 226.370295 196.372308 +Q 226.601741 199.872308 226.833187 203.372308 +Q 226.601741 206.872308 226.370295 210.372308 +L 226.370295 210.372308 +Q 226.266994 210.372308 226.163694 210.372308 +L 226.163694 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_20"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 287.199128 167.372923 +Q 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style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_32"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 560.017477 196.372308 +Q 560.068474 196.372308 560.11947 196.372308 +L 560.11947 196.372308 +Q 560.235847 199.872308 560.352224 203.372308 +Q 560.235847 206.872308 560.11947 210.372308 +L 560.11947 210.372308 +Q 560.068474 210.372308 560.017477 210.372308 +L 560.017477 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_1"> + <g id="xtick_1"> + <g id="line2d_11"> + <defs> + <path d="M 0 0 +L 0 3.5 +" id="m70b2d54734" style="stroke:#808080;stroke-width:0.8;"/> + </defs> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="112.405695" xlink:href="#m70b2d54734" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_1"> + <!-- 7,200 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(98.091633 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 8.203125 72.90625 +L 55.078125 72.90625 +L 55.078125 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<g id="xtick_2"> + <g id="line2d_12"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="179.354983" xlink:href="#m70b2d54734" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_2"> + <!-- 7,800 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(165.040921 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 31.78125 34.625 +Q 24.75 34.625 20.71875 30.859375 +Q 16.703125 27.09375 16.703125 20.515625 +Q 16.703125 13.921875 20.71875 10.15625 +Q 24.75 6.390625 31.78125 6.390625 +Q 38.8125 6.390625 42.859375 10.171875 +Q 46.921875 13.96875 46.921875 20.515625 +Q 46.921875 27.09375 42.890625 30.859375 +Q 38.875 34.625 31.78125 34.625 +z +M 21.921875 38.8125 +Q 15.578125 40.375 12.03125 44.71875 +Q 8.5 49.078125 8.5 55.328125 +Q 8.5 64.0625 14.71875 69.140625 +Q 20.953125 74.21875 31.78125 74.21875 +Q 42.671875 74.21875 48.875 69.140625 +Q 55.078125 64.0625 55.078125 55.328125 +Q 55.078125 49.078125 51.53125 44.71875 +Q 48 40.375 41.703125 38.8125 +Q 48.828125 37.15625 52.796875 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<!-- i-spanin --> + <g transform="translate(533.75965 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 4.890625 31.390625 +L 31.203125 31.390625 +L 31.203125 23.390625 +L 4.890625 23.390625 +z +" id="DejaVuSans-45"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_15"> + <g id="patch_38"> + <path d="M 362.656817 66.998353 +L 406.452286 66.998353 +Q 409.752286 66.998353 409.752286 63.698353 +L 409.752286 53.052416 +Q 409.752286 49.752416 406.452286 49.752416 +L 362.656817 49.752416 +Q 359.356817 49.752416 359.356817 53.052416 +L 359.356817 63.698353 +Q 359.356817 66.998353 362.656817 66.998353 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- pinholin --> + <g transform="translate(362.656817 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 54.890625 33.015625 +L 54.890625 0 +L 45.90625 0 +L 45.90625 32.71875 +Q 45.90625 40.484375 42.875 44.328125 +Q 39.84375 48.1875 33.796875 48.1875 +Q 26.515625 48.1875 22.3125 43.546875 +Q 18.109375 38.921875 18.109375 30.90625 +L 18.109375 0 +L 9.078125 0 +L 9.078125 75.984375 +L 18.109375 75.984375 +L 18.109375 46.1875 +Q 21.34375 51.125 25.703125 53.5625 +Q 30.078125 56 35.796875 56 +Q 45.21875 56 50.046875 50.171875 +Q 54.890625 44.34375 54.890625 33.015625 +z +" id="DejaVuSans-104"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="279.199219" 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id="line2d_25"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4450.613439 58.375385 +L 4450.613439 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_26"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2631.903883 145.373538 +L 2631.903883 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_27"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2703.48209 145.373538 +L 2703.48209 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_28"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2747.781554 101.874462 +L 2747.781554 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_29"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1084.2341 145.373538 +L 1084.2341 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_30"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1572.74397 116.374154 +L 1572.74397 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_31"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4181.093372 130.873846 +L 4181.093372 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_32"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6349.94346 116.374154 +L 6349.94346 174.372923 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_33"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2403.035983 116.374154 +L 2403.035983 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="patch_2"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4567.098993 196.372308 +Q 4720.417677 196.372308 4873.736361 196.372308 +L 4873.736361 196.372308 +Q 4877.935325 199.872308 4882.13429 203.372308 +Q 4877.935325 206.872308 4873.736361 210.372308 +L 4873.736361 210.372308 +Q 4720.417677 210.372308 4567.098993 210.372308 +L 4567.098993 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_3"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1101.710733 196.372308 +Q 1248.87238 196.372308 1396.034027 196.372308 +L 1396.034027 196.372308 +Q 1400.235214 199.872308 1404.436401 203.372308 +Q 1400.235214 206.872308 1396.034027 210.372308 +L 1396.034027 210.372308 +Q 1248.87238 210.372308 1101.710733 210.372308 +L 1101.710733 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_4"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2860.1639 196.372308 +Q 2981.796525 196.372308 3103.429151 196.372308 +L 3103.429151 196.372308 +Q 3107.628279 199.872308 3111.827407 203.372308 +Q 3107.628279 206.872308 3103.429151 210.372308 +L 3103.429151 210.372308 +Q 2981.796525 210.372308 2860.1639 210.372308 +L 2860.1639 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_5"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3111.675436 167.372923 +Q 3224.418245 167.372923 3337.161053 167.372923 +L 3337.161053 167.372923 +Q 3341.359712 170.872923 3345.55837 174.372923 +Q 3341.359712 177.872923 3337.161053 181.372923 +L 3337.161053 181.372923 +Q 3224.418245 181.372923 3111.675436 181.372923 +L 3111.675436 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_6"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5680.588437 196.372308 +Q 5791.506324 196.372308 5902.424211 196.372308 +L 5902.424211 196.372308 +Q 5906.624142 199.872308 5910.824073 203.372308 +Q 5906.624142 206.872308 5902.424211 210.372308 +L 5902.424211 210.372308 +Q 5791.506324 210.372308 5680.588437 210.372308 +L 5680.588437 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_7"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4195.986502 196.372308 +Q 4304.851724 196.372308 4413.716945 196.372308 +L 4413.716945 196.372308 +Q 4417.917937 199.872308 4422.118929 203.372308 +Q 4417.917937 206.872308 4413.716945 210.372308 +L 4413.716945 210.372308 +Q 4304.851724 210.372308 4195.986502 210.372308 +L 4195.986502 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_8"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4882.742173 196.372308 +Q 4991.607394 196.372308 5100.472615 196.372308 +L 5100.472615 196.372308 +Q 5104.673607 199.872308 5108.8746 203.372308 +Q 5104.673607 206.872308 5100.472615 210.372308 +L 5100.472615 210.372308 +Q 4991.607394 210.372308 4882.742173 210.372308 +L 4882.742173 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_9"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3342.518955 196.372308 +Q 3438.618497 196.372308 3534.718039 196.372308 +L 3534.718039 196.372308 +Q 3538.919171 199.872308 3543.120302 203.372308 +Q 3538.919171 206.872308 3534.718039 210.372308 +L 3534.718039 210.372308 +Q 3438.618497 210.372308 3342.518955 210.372308 +L 3342.518955 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_10"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5107.658834 167.372923 +Q 5190.08289 167.372923 5272.506945 167.372923 +L 5272.506945 167.372923 +Q 5276.706198 170.872923 5280.905451 174.372923 +Q 5276.706198 177.872923 5272.506945 181.372923 +L 5272.506945 181.372923 +Q 5190.08289 181.372923 5107.658834 181.372923 +L 5107.658834 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_11"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3643.876887 196.372308 +Q 3722.197699 196.372308 3800.51851 196.372308 +L 3800.51851 196.372308 +Q 3804.717798 199.872308 3808.917086 203.372308 +Q 3804.717798 206.872308 3800.51851 210.372308 +L 3800.51851 210.372308 +Q 3722.197699 210.372308 3643.876887 210.372308 +L 3643.876887 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_12"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5435.155729 196.372308 +Q 5513.247628 196.372308 5591.339527 196.372308 +L 5591.339527 196.372308 +Q 5595.539771 199.872308 5599.740016 203.372308 +Q 5595.539771 206.872308 5591.339527 210.372308 +L 5591.339527 210.372308 +Q 5513.247628 210.372308 5435.155729 210.372308 +L 5435.155729 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_13"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6227.075136 210.372308 +Q 6156.277431 210.372308 6085.479727 210.372308 +L 6085.479727 210.372308 +Q 6081.279882 206.872308 6077.080038 203.372308 +Q 6081.279882 199.872308 6085.479727 196.372308 +L 6085.479727 196.372308 +Q 6156.277431 196.372308 6227.075136 196.372308 +L 6227.075136 210.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_14"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1410.211288 196.372308 +Q 1477.361264 196.372308 1544.51124 196.372308 +L 1544.51124 196.372308 +Q 1548.711516 199.872308 1552.911792 203.372308 +Q 1548.711516 206.872308 1544.51124 210.372308 +L 1544.51124 210.372308 +Q 1477.361264 210.372308 1410.211288 210.372308 +L 1410.211288 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_15"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3808.309203 167.372923 +Q 3873.863758 167.372923 3939.418313 167.372923 +L 3939.418313 167.372923 +Q 3943.618317 170.872923 3947.818321 174.372923 +Q 3943.618317 177.872923 3939.418313 181.372923 +L 3939.418313 181.372923 +Q 3873.863758 181.372923 3808.309203 181.372923 +L 3808.309203 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_16"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6352.147036 196.372308 +Q 6403.11204 196.372308 6454.077044 196.372308 +L 6454.077044 196.372308 +Q 6458.27741 199.872308 6462.477776 203.372308 +Q 6458.27741 206.872308 6454.077044 210.372308 +L 6454.077044 210.372308 +Q 6403.11204 210.372308 6352.147036 210.372308 +L 6352.147036 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_17"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5278.929832 196.372308 +Q 5319.865381 196.372308 5360.80093 196.372308 +L 5360.80093 196.372308 +Q 5365.000684 199.872308 5369.200438 203.372308 +Q 5365.000684 206.872308 5360.80093 210.372308 +L 5360.80093 210.372308 +Q 5319.865381 210.372308 5278.929832 210.372308 +L 5278.929832 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1041.226387 210.372308 +Q 1000.519511 210.372308 959.812635 210.372308 +L 959.812635 210.372308 +Q 955.612164 206.872308 951.411694 203.372308 +Q 955.612164 199.872308 959.812635 196.372308 +L 959.812635 196.372308 +Q 1000.519511 196.372308 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id="patch_21"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4479.107948 196.372308 +Q 4517.840573 196.372308 4556.573199 196.372308 +L 4556.573199 196.372308 +Q 4560.772301 199.872308 4564.971403 203.372308 +Q 4560.772301 206.872308 4556.573199 210.372308 +L 4556.573199 210.372308 +Q 4517.840573 210.372308 4479.107948 210.372308 +L 4479.107948 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_22"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2151.068534 196.372308 +Q 2188.812684 196.372308 2226.556834 196.372308 +L 2226.556834 196.372308 +Q 2230.756602 199.872308 2234.95637 203.372308 +Q 2230.756602 206.872308 2226.556834 210.372308 +L 2226.556834 210.372308 +Q 2188.812684 210.372308 2151.068534 210.372308 +L 2151.068534 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_23"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3725.02925 138.373538 +Q 3762.7734 138.373538 3800.51755 138.373538 +L 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181.372923 +Q 5635.28107 181.372923 5598.220309 181.372923 +L 5598.220309 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_26"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 6076.776096 210.372308 +Q 6040.397707 210.372308 6004.019318 210.372308 +L 6004.019318 210.372308 +Q 5999.821526 206.872308 5995.623734 203.372308 +Q 5999.821526 199.872308 6004.019318 196.372308 +L 6004.019318 196.372308 +Q 6040.397707 196.372308 6076.776096 196.372308 +L 6076.776096 210.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_27"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1876.153507 196.372308 +Q 1912.302896 196.372308 1948.452286 196.372308 +L 1948.452286 196.372308 +Q 1952.651122 199.872308 1956.849958 203.372308 +Q 1952.651122 206.872308 1948.452286 210.372308 +L 1948.452286 210.372308 +Q 1912.302896 210.372308 1876.153507 210.372308 +L 1876.153507 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_28"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1956.697987 167.372923 +Q 1992.847376 167.372923 2028.996766 167.372923 +L 2028.996766 167.372923 +Q 2033.195602 170.872923 2037.394438 174.372923 +Q 2033.195602 177.872923 2028.996766 181.372923 +L 2028.996766 181.372923 +Q 1992.847376 181.372923 1956.697987 181.372923 +L 1956.697987 167.372923 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_29"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 5911.128015 196.372308 +Q 5947.048683 196.372308 5982.969352 196.372308 +L 5982.969352 196.372308 +Q 5987.168953 199.872308 5991.368554 203.372308 +Q 5987.168953 206.872308 5982.969352 210.372308 +L 5982.969352 210.372308 +Q 5947.048683 210.372308 5911.128015 210.372308 +L 5911.128015 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_30"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 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+L 2035.266848 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_58"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2109.580528 196.372308 +Q 2118.146467 196.372308 2126.712407 196.372308 +L 2126.712407 196.372308 +Q 2130.912008 199.872308 2135.111609 203.372308 +Q 2130.912008 206.872308 2126.712407 210.372308 +L 2126.712407 210.372308 +Q 2118.146467 210.372308 2109.580528 210.372308 +L 2109.580528 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_59"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2393.91774 196.372308 +Q 2398.835269 196.372308 2403.752798 196.372308 +L 2403.752798 196.372308 +Q 2407.953512 199.872308 2412.154226 203.372308 +Q 2407.953512 206.872308 2403.752798 210.372308 +L 2403.752798 210.372308 +Q 2398.835269 210.372308 2393.91774 210.372308 +L 2393.91774 196.372308 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_60"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1954.722367 167.372923 +Q 1954.886508 167.372923 1955.050648 167.372923 +L 1955.050648 167.372923 +Q 1955.418405 170.872923 1955.786162 174.372923 +Q 1955.418405 177.872923 1955.050648 181.372923 +L 1955.050648 181.372923 +Q 1954.886508 181.372923 1954.722367 181.372923 +L 1954.722367 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_61"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1064.781848 196.372308 +Q 1064.92254 196.372308 1065.063232 196.372308 +L 1065.063232 196.372308 +Q 1065.378452 199.872308 1065.693673 203.372308 +Q 1065.378452 206.872308 1065.063232 210.372308 +L 1065.063232 210.372308 +Q 1064.92254 210.372308 1064.781848 210.372308 +L 1064.781848 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_62"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2033.59517 196.372308 +Q 2033.735861 196.372308 2033.876553 196.372308 +L 2033.876553 196.372308 +Q 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181.372923 3540.688771 181.372923 +L 3540.688771 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_65"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 3955.416857 196.372308 +Q 3955.557549 196.372308 3955.698241 196.372308 +L 3955.698241 196.372308 +Q 3956.013461 199.872308 3956.328682 203.372308 +Q 3956.013461 206.872308 3955.698241 210.372308 +L 3955.698241 210.372308 +Q 3955.557549 210.372308 3955.416857 210.372308 +L 3955.416857 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_66"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1043.202007 210.372308 +Q 1043.084764 210.372308 1042.967521 210.372308 +L 1042.967521 210.372308 +Q 1042.704837 206.872308 1042.442153 203.372308 +Q 1042.704837 199.872308 1042.967521 196.372308 +L 1042.967521 196.372308 +Q 1043.084764 196.372308 1043.202007 196.372308 +L 1043.202007 210.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_67"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1408.38764 196.372308 +Q 1408.504883 196.372308 1408.622126 196.372308 +L 1408.622126 196.372308 +Q 1408.88481 199.872308 1409.147493 203.372308 +Q 1408.88481 206.872308 1408.622126 210.372308 +L 1408.622126 210.372308 +Q 1408.504883 210.372308 1408.38764 210.372308 +L 1408.38764 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_68"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1553.215733 196.372308 +Q 1553.332976 196.372308 1553.450219 196.372308 +L 1553.450219 196.372308 +Q 1553.712903 199.872308 1553.975587 203.372308 +Q 1553.712903 206.872308 1553.450219 210.372308 +L 1553.450219 210.372308 +Q 1553.332976 210.372308 1553.215733 210.372308 +L 1553.215733 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_69"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 1779.34816 196.372308 +Q 1779.465403 196.372308 1779.582646 196.372308 +L 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<g id="patch_90"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2567.012386 167.372923 +Q 2567.104994 167.372923 2567.197601 167.372923 +L 2567.197601 167.372923 +Q 2567.408935 170.872923 2567.620269 174.372923 +Q 2567.408935 177.872923 2567.197601 181.372923 +L 2567.197601 181.372923 +Q 2567.104994 181.372923 2567.012386 181.372923 +L 2567.012386 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_91"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2649.228544 167.372923 +Q 2649.321152 167.372923 2649.413759 167.372923 +L 2649.413759 167.372923 +Q 2649.625093 170.872923 2649.836427 174.372923 +Q 2649.625093 177.872923 2649.413759 181.372923 +L 2649.413759 181.372923 +Q 2649.321152 181.372923 2649.228544 181.372923 +L 2649.228544 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_92"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 2679.014805 196.372308 +Q 2679.107412 196.372308 2679.200019 196.372308 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style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_97"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4163.312798 167.372923 +Q 4163.405405 167.372923 4163.498013 167.372923 +L 4163.498013 167.372923 +Q 4163.709347 170.872923 4163.920681 174.372923 +Q 4163.709347 177.872923 4163.498013 181.372923 +L 4163.498013 181.372923 +Q 4163.405405 181.372923 4163.312798 181.372923 +L 4163.312798 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_98"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 4194.010883 196.372308 +Q 4194.10349 196.372308 4194.196097 196.372308 +L 4194.196097 196.372308 +Q 4194.407432 199.872308 4194.618766 203.372308 +Q 4194.407432 206.872308 4194.196097 210.372308 +L 4194.196097 210.372308 +Q 4194.10349 210.372308 4194.010883 210.372308 +L 4194.010883 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_99"> + <path clip-path="url(#p27f68a7d99)" d="M 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</g> + </g> + </g> + <g id="xtick_2"> + <g id="line2d_35"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="1508.004445" xlink:href="#meec96eee3b" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_2"> + <!-- 4,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(1493.690382 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 37.796875 64.3125 +L 12.890625 25.390625 +L 37.796875 25.390625 +z +M 35.203125 72.90625 +L 47.609375 72.90625 +L 47.609375 25.390625 +L 58.015625 25.390625 +L 58.015625 17.1875 +L 47.609375 17.1875 +L 47.609375 0 +L 37.796875 0 +L 37.796875 17.1875 +L 4.890625 17.1875 +L 4.890625 26.703125 +z +" id="DejaVuSans-52"/> + <path d="M 11.71875 12.40625 +L 22.015625 12.40625 +L 22.015625 4 +L 14.015625 -11.625 +L 7.71875 -11.625 +L 11.71875 4 +z +" id="DejaVuSans-44"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="159.033203" 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</g> + </g> + </g> + <g id="xtick_4"> + <g id="line2d_37"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="2723.770181" xlink:href="#meec96eee3b" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_4"> + <!-- 12,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(2706.274869 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 12.40625 8.296875 +L 28.515625 8.296875 +L 28.515625 63.921875 +L 10.984375 60.40625 +L 10.984375 69.390625 +L 28.421875 72.90625 +L 38.28125 72.90625 +L 38.28125 8.296875 +L 54.390625 8.296875 +L 54.390625 0 +L 12.40625 0 +z +" id="DejaVuSans-49"/> + <path d="M 19.1875 8.296875 +L 53.609375 8.296875 +L 53.609375 0 +L 7.328125 0 +L 7.328125 8.296875 +Q 12.9375 14.109375 22.625 23.890625 +Q 32.328125 33.6875 34.8125 36.53125 +Q 39.546875 41.84375 41.421875 45.53125 +Q 43.3125 49.21875 43.3125 52.78125 +Q 43.3125 58.59375 39.234375 62.25 +Q 35.15625 65.921875 28.609375 65.921875 +Q 23.96875 65.921875 18.8125 64.3125 +Q 13.671875 62.703125 7.8125 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<defs> + <path d="M 33.015625 40.375 +Q 26.375 40.375 22.484375 35.828125 +Q 18.609375 31.296875 18.609375 23.390625 +Q 18.609375 15.53125 22.484375 10.953125 +Q 26.375 6.390625 33.015625 6.390625 +Q 39.65625 6.390625 43.53125 10.953125 +Q 47.40625 15.53125 47.40625 23.390625 +Q 47.40625 31.296875 43.53125 35.828125 +Q 39.65625 40.375 33.015625 40.375 +z +M 52.59375 71.296875 +L 52.59375 62.3125 +Q 48.875 64.0625 45.09375 64.984375 +Q 41.3125 65.921875 37.59375 65.921875 +Q 27.828125 65.921875 22.671875 59.328125 +Q 17.53125 52.734375 16.796875 39.40625 +Q 19.671875 43.65625 24.015625 45.921875 +Q 28.375 48.1875 33.59375 48.1875 +Q 44.578125 48.1875 50.953125 41.515625 +Q 57.328125 34.859375 57.328125 23.390625 +Q 57.328125 12.15625 50.6875 5.359375 +Q 44.046875 -1.421875 33.015625 -1.421875 +Q 20.359375 -1.421875 13.671875 8.265625 +Q 6.984375 17.96875 6.984375 36.375 +Q 6.984375 53.65625 15.1875 63.9375 +Q 23.390625 74.21875 37.203125 74.21875 +Q 40.921875 74.21875 44.703125 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</g> + </g> + </g> + <g id="xtick_7"> + <g id="line2d_40"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="4547.418786" xlink:href="#meec96eee3b" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_7"> + <!-- 24,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(4529.923473 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_8"> + <g id="line2d_41"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="5155.301654" xlink:href="#meec96eee3b" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_8"> + <!-- 28,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(5137.806341 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="63.623047" 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<use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="239.941406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="303.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="364.84375" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="426.123047" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="465.332031" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + </g> + </g> + <g id="text_17"> + <!-- DNA circularization protein --> + <g transform="translate(4921.973464 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 8.109375 +L 31.59375 8.109375 +Q 46.6875 8.109375 53.6875 14.9375 +Q 60.6875 21.78125 60.6875 36.53125 +Q 60.6875 51.171875 53.6875 57.984375 +Q 46.6875 64.796875 31.59375 64.796875 +z +M 9.8125 72.90625 +L 30.078125 72.90625 +Q 51.265625 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0 +L 52.6875 0 +L 40.921875 44.828125 +L 29.109375 0 +L 18.5 0 +z +" id="DejaVuSans-119"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_22"> + <!-- tail fiber fragment --> + <g transform="translate(6101.955399 206.40762)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="483.935547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="525.048828" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="586.328125" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="649.804688" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="747.216797" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="808.740234" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="872.119141" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_23"> + <g id="patch_117"> + <path d="M 1424.341774 174.654996 +L 1538.781306 174.654996 +Q 1542.081306 174.654996 1542.081306 171.354996 +L 1542.081306 148.391465 +Q 1542.081306 145.091465 1538.781306 145.091465 +L 1424.341774 145.091465 +Q 1421.041774 145.091465 1421.041774 148.391465 +L 1421.041774 171.354996 +Q 1421.041774 174.654996 1424.341774 174.654996 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- AAA-ATPase DNA --> + <g transform="translate(1434.991149 156.749746)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 4.890625 31.390625 +L 31.203125 31.390625 +L 31.203125 23.390625 +L 4.890625 23.390625 +z +" id="DejaVuSans-45"/> + <path d="M -0.296875 72.90625 +L 61.375 72.90625 +L 61.375 64.59375 +L 35.5 64.59375 +L 35.5 0 +L 25.59375 0 +L 25.59375 64.59375 +L -0.296875 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-84"/> + <path d="M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 37.40625 +L 32.078125 37.40625 +Q 38.96875 37.40625 42.71875 40.96875 +Q 46.484375 44.53125 46.484375 51.125 +Q 46.484375 57.671875 42.71875 61.234375 +Q 38.96875 64.796875 32.078125 64.796875 +z +M 9.8125 72.90625 +L 32.078125 72.90625 +Q 44.34375 72.90625 50.609375 67.359375 +Q 56.890625 61.8125 56.890625 51.125 +Q 56.890625 40.328125 50.609375 34.8125 +Q 44.34375 29.296875 32.078125 29.296875 +L 19.671875 29.296875 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-80"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="71.158203" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="142.316406" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="208.474609" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="242.308594" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="302.966797" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> + <use x="364.050781" xlink:href="#DejaVuSans-80"/> + <use x="419.853516" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="481.132812" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="533.232422" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="594.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="626.542969" xlink:href="#DejaVuSans-68"/> + <use x="703.544922" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> + <use x="778.349609" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + </g> + <!-- transposition protein --> + <g transform="translate(1424.341774 169.06734)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="381.738281" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="433.837891" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="461.621094" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="500.830078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="528.613281" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="589.794922" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="653.173828" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="684.960938" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="748.4375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="787.300781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="848.482422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="887.691406" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="949.214844" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="976.998047" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_24"> + <!-- major capsid protein --> + <g transform="translate(3821.366497 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.421875 54.6875 +L 18.40625 54.6875 +L 18.40625 -0.984375 +Q 18.40625 -11.421875 14.421875 -16.109375 +Q 10.453125 -20.796875 1.609375 -20.796875 +L -1.8125 -20.796875 +L -1.8125 -13.1875 +L 0.59375 -13.1875 +Q 5.71875 -13.1875 7.5625 -10.8125 +Q 9.421875 -8.453125 9.421875 -0.984375 +z +M 9.421875 75.984375 +L 18.40625 75.984375 +L 18.40625 64.59375 +L 9.421875 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-106"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="158.691406" xlink:href="#DejaVuSans-106"/> + <use x="186.474609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="288.769531" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="320.556641" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="375.537109" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="436.816406" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="500.292969" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="552.392578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="580.175781" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="643.652344" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="675.439453" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="738.916016" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="777.779297" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="838.960938" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="878.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="939.693359" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="967.476562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_25"> + <g id="patch_118"> + <path d="M 6349.298578 87.656843 +L 6465.326234 87.656843 +Q 6468.626234 87.656843 6468.626234 84.356843 +L 6468.626234 61.393311 +Q 6468.626234 58.093311 6465.326234 58.093311 +L 6349.298578 58.093311 +Q 6345.998578 58.093311 6345.998578 61.393311 +L 6345.998578 84.356843 +Q 6345.998578 87.656843 6349.298578 87.656843 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- adenine modification --> + <g transform="translate(6349.298578 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="61.279297" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="186.279297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="277.441406" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="340.820312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="402.34375" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="434.130859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="531.542969" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="592.724609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="656.201172" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="683.984375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="719.189453" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="746.972656" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="801.953125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="863.232422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="902.441406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="930.224609" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="991.40625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + <!-- enzyme Mom --> + <g transform="translate(6370.342953 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 32.171875 -5.078125 +Q 28.375 -14.84375 24.75 -17.8125 +Q 21.140625 -20.796875 15.09375 -20.796875 +L 7.90625 -20.796875 +L 7.90625 -13.28125 +L 13.1875 -13.28125 +Q 16.890625 -13.28125 18.9375 -11.515625 +Q 21 -9.765625 23.484375 -3.21875 +L 25.09375 0.875 +L 2.984375 54.6875 +L 12.5 54.6875 +L 29.59375 11.921875 +L 46.6875 54.6875 +L 56.203125 54.6875 +z +" id="DejaVuSans-121"/> + <path d="M 9.8125 72.90625 +L 24.515625 72.90625 +L 43.109375 23.296875 +L 61.8125 72.90625 +L 76.515625 72.90625 +L 76.515625 0 +L 66.890625 0 +L 66.890625 64.015625 +L 48.09375 14.015625 +L 38.1875 14.015625 +L 19.390625 64.015625 +L 19.390625 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-77"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="61.523438" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-122"/> + <use x="177.392578" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="236.572266" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="333.984375" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="395.507812" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="427.294922" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> + <use x="513.574219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="574.755859" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + </g> + </g> + <g id="text_26"> + <g id="patch_119"> + <path d="M 5259.724588 124.997123 +L 5388.405682 124.997123 +Q 5391.705682 124.997123 5391.705682 121.697123 +L 5391.705682 111.051185 +Q 5391.705682 107.751185 5388.405682 107.751185 +L 5259.724588 107.751185 +Q 5256.424588 107.751185 5256.424588 111.051185 +L 5256.424588 121.697123 +Q 5256.424588 124.997123 5259.724588 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate spike protein --> + <g transform="translate(5259.724588 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.078125 75.984375 +L 18.109375 75.984375 +L 18.109375 31.109375 +L 44.921875 54.6875 +L 56.390625 54.6875 +L 27.390625 29.109375 +L 57.625 0 +L 45.90625 0 +L 18.109375 26.703125 +L 18.109375 0 +L 9.078125 0 +z +" id="DejaVuSans-107"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="575.537109" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="639.013672" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="666.796875" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> + <use x="721.082031" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="782.605469" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="814.392578" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="877.869141" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="916.732422" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="977.914062" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1017.123047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1078.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1106.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_27"> + <g id="patch_120"> + <path d="M 944.359509 182.995892 +L 1048.278572 182.995892 +Q 1051.578572 182.995892 1051.578572 179.695892 +L 1051.578572 169.049954 +Q 1051.578572 165.749954 1048.278572 165.749954 +L 944.359509 165.749954 +Q 941.059509 165.749954 941.059509 169.049954 +L 941.059509 179.695892 +Q 941.059509 182.995892 944.359509 182.995892 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- repressor protein c --> + <g transform="translate(944.359509 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="163.863281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="202.726562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.25" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="316.349609" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="368.449219" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="429.630859" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="470.744141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="502.53125" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="566.007812" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="604.871094" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="666.052734" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="705.261719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="766.785156" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="794.568359" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="857.947266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="889.734375" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + </g> + </g> + <g id="text_28"> + <g id="patch_121"> + <path d="M 6212.000767 153.996507 +L 6342.146236 153.996507 +Q 6345.446236 153.996507 6345.446236 150.696507 +L 6345.446236 140.05057 +Q 6345.446236 136.75057 6342.146236 136.75057 +L 6212.000767 136.75057 +Q 6208.700767 136.75057 6208.700767 140.05057 +L 6208.700767 150.696507 +Q 6208.700767 153.996507 6212.000767 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- serine recombinase Gin --> + <g transform="translate(6212.000767 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 59.515625 10.40625 +L 59.515625 29.984375 +L 43.40625 29.984375 +L 43.40625 38.09375 +L 69.28125 38.09375 +L 69.28125 6.78125 +Q 63.578125 2.734375 56.6875 0.65625 +Q 49.8125 -1.421875 42 -1.421875 +Q 24.90625 -1.421875 15.25 8.5625 +Q 5.609375 18.5625 5.609375 36.375 +Q 5.609375 54.25 15.25 64.234375 +Q 24.90625 74.21875 42 74.21875 +Q 49.125 74.21875 55.546875 72.453125 +Q 61.96875 70.703125 67.390625 67.28125 +L 67.390625 56.78125 +Q 61.921875 61.421875 55.765625 63.765625 +Q 49.609375 66.109375 42.828125 66.109375 +Q 29.4375 66.109375 22.71875 58.640625 +Q 16.015625 51.171875 16.015625 36.375 +Q 16.015625 21.625 22.71875 14.15625 +Q 29.4375 6.6875 42.828125 6.6875 +Q 48.046875 6.6875 52.140625 7.59375 +Q 56.25 8.5 59.515625 10.40625 +z +" id="DejaVuSans-71"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="113.623047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="154.736328" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="182.519531" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="245.898438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="307.421875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="339.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="378.072266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="439.595703" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="494.576172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="555.757812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="653.169922" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="716.646484" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="744.429688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="807.808594" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="869.087891" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="921.1875" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="982.710938" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1014.498047" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="1091.988281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1119.771484" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_29"> + <g id="patch_122"> + <path d="M 2748.993944 153.996507 +L 2881.671132 153.996507 +Q 2884.971132 153.996507 2884.971132 150.696507 +L 2884.971132 140.05057 +Q 2884.971132 136.75057 2881.671132 136.75057 +L 2748.993944 136.75057 +Q 2745.693944 136.75057 2745.693944 140.05057 +L 2745.693944 150.696507 +Q 2745.693944 153.996507 2748.993944 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- terminase small subunit --> + <g transform="translate(2748.993944 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="442.048828" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="503.572266" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="535.359375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="587.458984" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="684.871094" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="746.150391" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="773.933594" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="801.716797" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="833.503906" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="885.603516" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="948.982422" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="1012.458984" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="1075.837891" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1139.216797" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1167" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_30"> + <g id="patch_123"> + <path d="M 4454.715379 145.655612 +L 4589.363973 145.655612 +Q 4592.663973 145.655612 4592.663973 142.355612 +L 4592.663973 119.392081 +Q 4592.663973 116.092081 4589.363973 116.092081 +L 4454.715379 116.092081 +Q 4451.415379 116.092081 4451.415379 119.392081 +L 4451.415379 142.355612 +Q 4451.415379 145.655612 4454.715379 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail assembly chaperone --> + <g transform="translate(4454.715379 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + <!-- frameshift product --> + <g transform="translate(4470.955848 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="35.205078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="76.318359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="137.597656" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="235.009766" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="296.533203" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="348.632812" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="412.011719" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="439.794922" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="473.25" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="512.458984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="544.246094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="607.722656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="646.585938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="707.767578" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="771.244141" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="834.623047" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="889.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + </g> + </g> + <g id="text_31"> + <g id="patch_124"> + <path d="M 2154.950733 124.997123 +L 2231.074171 124.997123 +Q 2234.374171 124.997123 2234.374171 121.697123 +L 2234.374171 111.051185 +Q 2234.374171 107.751185 2231.074171 107.751185 +L 2154.950733 107.751185 +Q 2151.650733 107.751185 2151.650733 111.051185 +L 2151.650733 121.697123 +Q 2151.650733 124.997123 2154.950733 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- protein GemA --> + <g transform="translate(2154.950733 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="464.693359" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="526.216797" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="623.628906" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + </g> + </g> + <g id="text_32"> + <g id="patch_125"> + <path d="M 3710.139262 124.997123 +L 3823.807074 124.997123 +Q 3827.107074 124.997123 3827.107074 121.697123 +L 3827.107074 111.051185 +Q 3827.107074 107.751185 3823.807074 107.751185 +L 3710.139262 107.751185 +Q 3706.839262 107.751185 3706.839262 111.051185 +L 3706.839262 121.697123 +Q 3706.839262 124.997123 3710.139262 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- scaffolding protein Z --> + <g transform="translate(3710.139262 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 5.609375 72.90625 +L 62.890625 72.90625 +L 62.890625 65.375 +L 16.796875 8.296875 +L 64.015625 8.296875 +L 64.015625 0 +L 4.5 0 +L 4.5 7.515625 +L 50.59375 64.59375 +L 5.609375 64.59375 +z +" id="DejaVuSans-90"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="52.099609" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="107.080078" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="168.359375" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="203.564453" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="238.769531" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="299.951172" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="327.734375" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="391.210938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="418.994141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="482.373047" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="545.849609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="577.636719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="641.113281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="679.976562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="741.158203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="780.367188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="841.890625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="869.673828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="933.052734" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="964.839844" xlink:href="#DejaVuSans-90"/> + </g> + </g> + <g id="text_33"> + <g id="patch_126"> + <path d="M 4065.148206 95.997738 +L 4186.859768 95.997738 +Q 4190.159768 95.997738 4190.159768 92.697738 +L 4190.159768 82.0518 +Q 4190.159768 78.7518 4186.859768 78.7518 +L 4065.148206 78.7518 +Q 4061.848206 78.7518 4061.848206 82.0518 +L 4061.848206 92.697738 +Q 4061.848206 95.997738 4065.148206 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail terminator protein --> + <g transform="translate(4065.148206 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="288.574219" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="327.9375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="425.349609" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="453.132812" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="516.511719" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="577.791016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="617" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="678.181641" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="719.294922" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="751.082031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="814.558594" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="853.421875" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="914.603516" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="953.8125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1015.335938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1043.119141" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_34"> + <g id="patch_127"> + <path d="M 5571.144577 153.996507 +L 5707.816139 153.996507 +Q 5711.116139 153.996507 5711.116139 150.696507 +L 5711.116139 140.05057 +Q 5711.116139 136.75057 5707.816139 136.75057 +L 5571.144577 136.75057 +Q 5567.844577 136.75057 5567.844577 140.05057 +L 5567.844577 150.696507 +Q 5567.844577 153.996507 5571.144577 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate wedge protein --> + <g transform="translate(5571.144577 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_35"> + <g id="patch_128"> + <path d="M 5964.106946 124.997123 +L 6108.292884 124.997123 +Q 6111.592884 124.997123 6111.592884 121.697123 +L 6111.592884 111.051185 +Q 6111.592884 107.751185 6108.292884 107.751185 +L 5964.106946 107.751185 +Q 5960.806946 107.751185 5960.806946 111.051185 +L 5960.806946 121.697123 +Q 5960.806946 124.997123 5964.106946 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail fiber assembly protein --> + <g transform="translate(5964.106946 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1018.847656" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1057.710938" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1118.892578" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1158.101562" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1219.625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1247.408203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_36"> + <g id="patch_129"> + <path d="M 5869.575003 153.996507 +L 6032.921565 153.996507 +Q 6036.221565 153.996507 6036.221565 150.696507 +L 6036.221565 140.05057 +Q 6036.221565 136.75057 6032.921565 136.75057 +L 5869.575003 136.75057 +Q 5866.275003 136.75057 5866.275003 140.05057 +L 5866.275003 150.696507 +Q 5866.275003 153.996507 5869.575003 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail fiber assembly chaperone --> + <g transform="translate(5869.575003 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-102"/> + <use x="223.046875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="250.830078" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="314.306641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="375.830078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="416.943359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="448.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="510.009766" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="562.109375" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="614.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="675.732422" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="773.144531" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="836.621094" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="864.404297" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="923.583984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="955.371094" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="1010.351562" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="1073.730469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1135.009766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1198.486328" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1260.009766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1298.873047" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1360.054688" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1423.433594" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + </g> + <g id="text_37"> + <g id="patch_130"> + <path d="M 1743.90572 182.995892 +L 1898.830407 182.995892 +Q 1902.130407 182.995892 1902.130407 179.695892 +L 1902.130407 169.049954 +Q 1902.130407 165.749954 1898.830407 165.749954 +L 1743.90572 165.749954 +Q 1740.60572 165.749954 1740.60572 169.049954 +L 1740.60572 179.695892 +Q 1740.60572 182.995892 1743.90572 182.995892 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- host nuclease inhibitor Gam --> + <g transform="translate(1743.90572 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="124.560547" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.660156" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="215.869141" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="247.65625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="374.414062" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="429.394531" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="457.177734" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="518.701172" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="579.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="632.080078" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="693.603516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="725.390625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="753.173828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="816.552734" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="879.931641" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="907.714844" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="971.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="998.974609" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1038.183594" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.365234" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1140.478516" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1172.265625" xlink:href="#DejaVuSans-71"/> + <use x="1249.755859" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1311.035156" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + </g> + </g> + <g id="text_38"> + <g id="patch_131"> + <path d="M 2492.211677 124.997123 +L 2570.842771 124.997123 +Q 2574.142771 124.997123 2574.142771 121.697123 +L 2574.142771 111.051185 +Q 2574.142771 107.751185 2570.842771 107.751185 +L 2492.211677 107.751185 +Q 2488.911677 107.751185 2488.911677 111.051185 +L 2488.911677 121.697123 +Q 2488.911677 124.997123 2492.211677 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- SAR endolysin --> + <g transform="translate(2492.211677 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 44.390625 34.1875 +Q 47.5625 33.109375 50.5625 29.59375 +Q 53.5625 26.078125 56.59375 19.921875 +L 66.609375 0 +L 56 0 +L 46.6875 18.703125 +Q 43.0625 26.03125 39.671875 28.421875 +Q 36.28125 30.8125 30.421875 30.8125 +L 19.671875 30.8125 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +L 9.8125 72.90625 +L 32.078125 72.90625 +Q 44.578125 72.90625 50.734375 67.671875 +Q 56.890625 62.453125 56.890625 51.90625 +Q 56.890625 45.015625 53.6875 40.46875 +Q 50.484375 35.9375 44.390625 34.1875 +z +M 19.671875 64.796875 +L 19.671875 38.921875 +L 32.078125 38.921875 +Q 39.203125 38.921875 42.84375 42.21875 +Q 46.484375 45.515625 46.484375 51.90625 +Q 46.484375 58.296875 42.84375 61.546875 +Q 39.203125 64.796875 32.078125 64.796875 +z +" id="DejaVuSans-82"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-83"/> + <use x="65.351562" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="133.759766" xlink:href="#DejaVuSans-82"/> + <use x="203.242188" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="235.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="296.552734" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="359.931641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="423.408203" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="484.589844" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="512.373047" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="571.552734" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="623.652344" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="651.435547" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_39"> + <g id="patch_132"> + <path d="M 3495.156132 153.996507 +L 3661.446914 153.996507 +Q 3664.746914 153.996507 3664.746914 150.696507 +L 3664.746914 140.05057 +Q 3664.746914 136.75057 3661.446914 136.75057 +L 3495.156132 136.75057 +Q 3491.856132 136.75057 3491.856132 140.05057 +L 3491.856132 150.696507 +Q 3491.856132 153.996507 3495.156132 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- capsid morphogenesis protein --> + <g transform="translate(3495.156132 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="116.259766" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.736328" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="231.835938" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="259.619141" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="323.095703" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="354.882812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="452.294922" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="513.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="554.589844" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="618.066406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="681.445312" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="742.626953" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="806.103516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="867.626953" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="931.005859" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="992.529297" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="1044.628906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1072.412109" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="1124.511719" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1156.298828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="1219.775391" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1258.638672" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1319.820312" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1359.029297" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1420.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1448.335938" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_40"> + <g id="patch_133"> + <path d="M 5333.538361 153.996507 +L 5470.209923 153.996507 +Q 5473.509923 153.996507 5473.509923 150.696507 +L 5473.509923 140.05057 +Q 5473.509923 136.75057 5470.209923 136.75057 +L 5333.538361 136.75057 +Q 5330.238361 136.75057 5330.238361 140.05057 +L 5330.238361 150.696507 +Q 5330.238361 153.996507 5333.538361 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- baseplate wedge protein --> + <g transform="translate(5333.538361 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="124.755859" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="176.855469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="238.378906" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="301.855469" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="329.638672" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="390.917969" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="430.126953" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="491.650391" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="523.4375" xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="605.224609" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="666.748047" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="730.224609" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="793.701172" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.224609" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="887.011719" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="950.488281" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="989.351562" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1050.533203" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1089.742188" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1151.265625" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="1179.048828" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_41"> + <g id="patch_134"> + <path d="M 4444.837282 95.997738 +L 4579.485876 95.997738 +Q 4582.785876 95.997738 4582.785876 92.697738 +L 4582.785876 82.0518 +Q 4582.785876 78.7518 4579.485876 78.7518 +L 4444.837282 78.7518 +Q 4441.537282 78.7518 4441.537282 82.0518 +L 4441.537282 92.697738 +Q 4441.537282 95.997738 4444.837282 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail assembly chaperone --> + <g transform="translate(4444.837282 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="249.121094" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="301.220703" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="353.320312" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="414.84375" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="512.255859" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="575.732422" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="603.515625" xlink:href="#DejaVuSans-121"/> + <use x="662.695312" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="694.482422" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="749.462891" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="812.841797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="874.121094" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="937.597656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="999.121094" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1037.984375" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1099.166016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1162.544922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + </g> + </g> + <g id="text_42"> + <g id="patch_135"> + <path d="M 3990.862968 145.655612 +L 4113.277499 145.655612 +Q 4116.577499 145.655612 4116.577499 142.355612 +L 4116.577499 119.392081 +Q 4116.577499 116.092081 4113.277499 116.092081 +L 3990.862968 116.092081 +Q 3987.562968 116.092081 3987.562968 119.392081 +L 3987.562968 142.355612 +Q 3987.562968 145.655612 3990.862968 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- head-to-tail connector --> + <g transform="translate(3990.862968 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + <!-- complex protein --> + <g transform="translate(4007.464374 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 54.890625 54.6875 +L 35.109375 28.078125 +L 55.90625 0 +L 45.3125 0 +L 29.390625 21.484375 +L 13.484375 0 +L 2.875 0 +L 24.125 28.609375 +L 4.6875 54.6875 +L 15.28125 54.6875 +L 29.78125 35.203125 +L 44.28125 54.6875 +z +" id="DejaVuSans-120"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> + <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_43"> + <g id="patch_136"> + <path d="M 2378.625228 153.996507 +L 2513.614134 153.996507 +Q 2516.914134 153.996507 2516.914134 150.696507 +L 2516.914134 140.05057 +Q 2516.914134 136.75057 2513.614134 136.75057 +L 2378.625228 136.75057 +Q 2375.325228 136.75057 2375.325228 140.05057 +L 2375.325228 150.696507 +Q 2375.325228 153.996507 2378.625228 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- transcription regulator C --> + <g transform="translate(2378.625228 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 64.40625 67.28125 +L 64.40625 56.890625 +Q 59.421875 61.53125 53.78125 63.8125 +Q 48.140625 66.109375 41.796875 66.109375 +Q 29.296875 66.109375 22.65625 58.46875 +Q 16.015625 50.828125 16.015625 36.375 +Q 16.015625 21.96875 22.65625 14.328125 +Q 29.296875 6.6875 41.796875 6.6875 +Q 48.140625 6.6875 53.78125 8.984375 +Q 59.421875 11.28125 64.40625 15.921875 +L 64.40625 5.609375 +Q 59.234375 2.09375 53.4375 0.328125 +Q 47.65625 -1.421875 41.21875 -1.421875 +Q 24.65625 -1.421875 15.125 8.703125 +Q 5.609375 18.84375 5.609375 36.375 +Q 5.609375 53.953125 15.125 64.078125 +Q 24.65625 74.21875 41.21875 74.21875 +Q 47.75 74.21875 53.53125 72.484375 +Q 59.328125 70.75 64.40625 67.28125 +z +" id="DejaVuSans-67"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="80.322266" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="141.601562" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="204.980469" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="257.080078" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="312.060547" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="353.173828" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="380.957031" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="444.433594" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="483.642578" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="511.425781" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="572.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="635.986328" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="667.773438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="706.636719" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="768.160156" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="831.636719" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="895.015625" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="922.798828" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="984.078125" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1023.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1084.46875" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1125.582031" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1157.369141" xlink:href="#DejaVuSans-67"/> + </g> + </g> + <g id="text_44"> + <g id="patch_137"> + <path d="M 3927.871106 87.656843 +L 4050.285637 87.656843 +Q 4053.585637 87.656843 4053.585637 84.356843 +L 4053.585637 61.393311 +Q 4053.585637 58.093311 4050.285637 58.093311 +L 3927.871106 58.093311 +Q 3924.571106 58.093311 3924.571106 61.393311 +L 3924.571106 84.356843 +Q 3924.571106 87.656843 3927.871106 87.656843 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- head-to-tail connector --> + <g transform="translate(3927.871106 69.751593)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="63.378906" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="124.902344" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="186.181641" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="249.658203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="285.742188" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="324.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="388.007812" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="424.091797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="463.300781" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="524.580078" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="552.363281" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="580.146484" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="611.933594" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="666.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="728.095703" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="791.474609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="854.853516" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="916.376953" xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="971.357422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1010.566406" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1071.748047" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + <!-- complex protein --> + <g transform="translate(3944.472512 82.069186)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="213.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="277.050781" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="304.833984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="364.607422" xlink:href="#DejaVuSans-120"/> + <use x="423.787109" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="455.574219" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="519.050781" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="557.914062" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="619.095703" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="658.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="719.828125" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="747.611328" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_45"> + <g id="patch_138"> + <path d="M 2185.17723 153.996507 +L 2342.788324 153.996507 +Q 2346.088324 153.996507 2346.088324 150.696507 +L 2346.088324 140.05057 +Q 2346.088324 136.75057 2342.788324 136.75057 +L 2185.17723 136.75057 +Q 2181.87723 136.75057 2181.87723 140.05057 +L 2181.87723 150.696507 +Q 2181.87723 153.996507 2185.17723 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- middle operon regulator Mor --> + <g transform="translate(2185.17723 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="97.412109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="125.195312" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="188.671875" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="252.148438" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="279.931641" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="341.455078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="373.242188" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="434.423828" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="559.423828" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="598.287109" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="659.46875" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="722.847656" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="754.634766" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="793.498047" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="855.021484" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="918.498047" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="981.876953" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="1009.660156" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="1070.939453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="1110.148438" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1171.330078" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="1212.443359" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1244.230469" xlink:href="#DejaVuSans-77"/> + <use x="1330.509766" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="1391.691406" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + </g> + <g id="text_46"> + <!-- i-spanin --> + <g transform="translate(2576.047707 177.408236)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_47"> + <g id="patch_139"> + <path d="M 2343.069584 95.997738 +L 2386.865053 95.997738 +Q 2390.165053 95.997738 2390.165053 92.697738 +L 2390.165053 82.0518 +Q 2390.165053 78.7518 2386.865053 78.7518 +L 2343.069584 78.7518 +Q 2339.769584 78.7518 2339.769584 82.0518 +L 2339.769584 92.697738 +Q 2339.769584 95.997738 2343.069584 95.997738 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- pinholin --> + <g transform="translate(2343.069584 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="279.199219" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="306.982422" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="334.765625" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_48"> + <g id="patch_140"> + <path d="M 4406.469064 66.998353 +L 4494.757814 66.998353 +Q 4498.057814 66.998353 4498.057814 63.698353 +L 4498.057814 53.052416 +Q 4498.057814 49.752416 4494.757814 49.752416 +L 4406.469064 49.752416 +Q 4403.169064 49.752416 4403.169064 53.052416 +L 4403.169064 63.698353 +Q 4403.169064 66.998353 4406.469064 66.998353 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- tail tube protein --> + <g transform="translate(4406.469064 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="100.488281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="128.271484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="156.054688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="187.841797" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="227.050781" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="290.429688" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="353.90625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="415.429688" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="447.216797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="510.693359" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="549.556641" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="610.738281" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="649.947266" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="711.470703" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="739.253906" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_49"> + <g id="patch_141"> + <path d="M 2608.224664 153.996507 +L 2655.583101 153.996507 +Q 2658.883101 153.996507 2658.883101 150.696507 +L 2658.883101 140.05057 +Q 2658.883101 136.75057 2655.583101 136.75057 +L 2608.224664 136.75057 +Q 2604.924664 136.75057 2604.924664 140.05057 +L 2604.924664 150.696507 +Q 2604.924664 153.996507 2608.224664 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- o-spanin --> + <g transform="translate(2608.224664 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="63.056641" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="99.140625" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="151.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="214.716797" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="275.996094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="339.375" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="367.158203" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_50"> + <g id="patch_142"> + <path d="M 2681.7992 153.996507 +L 2725.164981 153.996507 +Q 2728.464981 153.996507 2728.464981 150.696507 +L 2728.464981 140.05057 +Q 2728.464981 136.75057 2725.164981 136.75057 +L 2681.7992 136.75057 +Q 2678.4992 136.75057 2678.4992 140.05057 +L 2678.4992 150.696507 +Q 2678.4992 153.996507 2681.7992 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- releasin --> + <g transform="translate(2681.7992 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_51"> + <g id="patch_143"> + <path d="M 2690.192257 116.656227 +L 2805.370851 116.656227 +Q 2808.670851 116.656227 2808.670851 113.356227 +L 2808.670851 90.392696 +Q 2808.670851 87.092696 2805.370851 87.092696 +L 2690.192257 87.092696 +Q 2686.892257 87.092696 2686.892257 90.392696 +L 2686.892257 113.356227 +Q 2686.892257 116.656227 2690.192257 116.656227 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- winged HTH domain- --> + <g transform="translate(2690.192257 98.750977)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 9.8125 72.90625 +L 19.671875 72.90625 +L 19.671875 43.015625 +L 55.515625 43.015625 +L 55.515625 72.90625 +L 65.375 72.90625 +L 65.375 0 +L 55.515625 0 +L 55.515625 34.71875 +L 19.671875 34.71875 +L 19.671875 0 +L 9.8125 0 +z +" id="DejaVuSans-72"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-119"/> + <use x="81.787109" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="109.570312" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="172.949219" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="236.425781" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="297.949219" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="361.425781" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="393.212891" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> + <use x="468.408203" xlink:href="#DejaVuSans-84"/> + <use x="529.492188" xlink:href="#DejaVuSans-72"/> + <use x="604.6875" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="636.474609" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="699.951172" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="761.132812" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="858.544922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="919.824219" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="947.607422" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1010.986328" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + </g> + <!-- containing protein --> + <g transform="translate(2697.564836 111.068571)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-99"/> + <use x="54.980469" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="116.162109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="179.541016" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="218.75" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="280.029297" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="307.8125" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="371.191406" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="398.974609" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="462.353516" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="525.830078" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="557.617188" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="621.09375" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="659.957031" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="721.138672" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="760.347656" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="821.871094" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="849.654297" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_52"> + <g id="patch_144"> + <path d="M 1017.696991 153.996507 +L 1150.77121 153.996507 +Q 1154.07121 153.996507 1154.07121 150.696507 +L 1154.07121 140.05057 +Q 1154.07121 136.75057 1150.77121 136.75057 +L 1017.696991 136.75057 +Q 1014.396991 136.75057 1014.396991 140.05057 +L 1014.396991 150.696507 +Q 1014.396991 153.996507 1017.696991 153.996507 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- DNA binding protein ner --> + <g transform="translate(1017.696991 148.408851)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-68"/> + <use x="77.001953" xlink:href="#DejaVuSans-78"/> + <use x="151.806641" xlink:href="#DejaVuSans-65"/> + <use x="220.214844" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="252.001953" xlink:href="#DejaVuSans-98"/> + <use x="315.478516" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="343.261719" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="406.640625" xlink:href="#DejaVuSans-100"/> + <use x="470.117188" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="497.900391" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="561.279297" xlink:href="#DejaVuSans-103"/> + <use x="624.755859" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="656.542969" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="720.019531" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="758.882812" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="820.064453" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="859.273438" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="920.796875" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="948.580078" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1011.958984" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="1043.746094" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="1107.125" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="1168.648438" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + </g> + </g> + <g id="text_53"> + <g id="patch_145"> + <path d="M 1545.207017 124.997123 +L 1600.280923 124.997123 +Q 1603.580923 124.997123 1603.580923 121.697123 +L 1603.580923 111.051185 +Q 1603.580923 107.751185 1600.280923 107.751185 +L 1545.207017 107.751185 +Q 1541.907017 107.751185 1541.907017 111.051185 +L 1541.907017 121.697123 +Q 1541.907017 124.997123 1545.207017 124.997123 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- protein kil --> + <g transform="translate(1545.207017 119.409466)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="102.339844" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="163.521484" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="202.730469" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="264.253906" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="292.037109" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="355.416016" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="387.203125" xlink:href="#DejaVuSans-107"/> + <use x="445.113281" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="472.896484" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + </g> + </g> + <g id="text_54"> + <g id="patch_146"> + <path d="M 4130.568138 145.655612 +L 4231.618606 145.655612 +Q 4234.918606 145.655612 4234.918606 142.355612 +L 4234.918606 119.392081 +Q 4234.918606 116.092081 4231.618606 116.092081 +L 4130.568138 116.092081 +Q 4127.268138 116.092081 4127.268138 119.392081 +L 4127.268138 142.355612 +Q 4127.268138 145.655612 4130.568138 145.655612 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- putative sheath --> + <g transform="translate(4137.77056 127.750362)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 2.984375 54.6875 +L 12.5 54.6875 +L 29.59375 8.796875 +L 46.6875 54.6875 +L 56.203125 54.6875 +L 35.6875 0 +L 23.484375 0 +z +" id="DejaVuSans-118"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-117"/> + <use x="126.855469" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="166.064453" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="227.34375" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="266.552734" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="294.335938" xlink:href="#DejaVuSans-118"/> + <use x="353.515625" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="415.039062" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="446.826172" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="498.925781" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="562.304688" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="623.828125" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="685.107422" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="724.316406" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + </g> + <!-- terminator protein --> + <g transform="translate(4130.568138 140.067956)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="39.208984" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.732422" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="140.095703" xlink:href="#DejaVuSans-109"/> + <use x="237.507812" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="265.291016" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="328.669922" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="389.949219" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="429.158203" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="490.339844" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="531.453125" xlink:href="#DejaVuSans-32"/> + <use x="563.240234" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="626.716797" xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="665.580078" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="726.761719" xlink:href="#DejaVuSans-116"/> + <use x="765.970703" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="827.494141" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/tmp_multi.svg Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,2135 @@ +<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> +<!DOCTYPE svg PUBLIC "-//W3C//DTD SVG 1.1//EN" + "http://www.w3.org/Graphics/SVG/1.1/DTD/svg11.dtd"> +<!-- Created with matplotlib (https://matplotlib.org/) --> +<svg height="738.72pt" version="1.1" viewBox="0 0 720 738.72" width="720pt" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> + <metadata> + <rdf:RDF xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"> + <cc:Work> + <dc:type rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage"/> + <dc:date>2020-10-20T14:36:18.903835</dc:date> + <dc:format>image/svg+xml</dc:format> + <dc:creator> + <cc:Agent> + <dc:title>Matplotlib v3.3.2, https://matplotlib.org/</dc:title> + </cc:Agent> + </dc:creator> + </cc:Work> + </rdf:RDF> + </metadata> + 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style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="145.02386"/> + </g> + </g> + <g id="text_7"> + <!-- 7,950 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(541.2575 159.622297)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 10.984375 1.515625 +L 10.984375 10.5 +Q 14.703125 8.734375 18.5 7.8125 +Q 22.3125 6.890625 25.984375 6.890625 +Q 35.75 6.890625 40.890625 13.453125 +Q 46.046875 20.015625 46.78125 33.40625 +Q 43.953125 29.203125 39.59375 26.953125 +Q 35.25 24.703125 29.984375 24.703125 +Q 19.046875 24.703125 12.671875 31.3125 +Q 6.296875 37.9375 6.296875 49.421875 +Q 6.296875 60.640625 12.9375 67.421875 +Q 19.578125 74.21875 30.609375 74.21875 +Q 43.265625 74.21875 49.921875 64.515625 +Q 56.59375 54.828125 56.59375 36.375 +Q 56.59375 19.140625 48.40625 8.859375 +Q 40.234375 -1.421875 26.421875 -1.421875 +Q 22.703125 -1.421875 18.890625 -0.6875 +Q 15.09375 0.046875 10.984375 1.515625 +z +M 30.609375 32.421875 +Q 37.25 32.421875 41.125 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+" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_12"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 343.110653 240.591861 +Q 450.733076 240.591861 558.355498 240.591861 +L 558.355498 240.591861 +Q 562.554607 244.091861 566.753716 247.591861 +Q 562.554607 251.091861 558.355498 254.591861 +L 558.355498 254.591861 +Q 450.733076 254.591861 343.110653 254.591861 +L 343.110653 240.591861 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_13"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 610.908884 266.515884 +Q 655.062706 266.515884 699.216527 266.515884 +L 699.216527 266.515884 +Q 699.217874 270.015884 699.219222 273.515884 +Q 699.217874 277.015884 699.216527 280.515884 +L 699.216527 280.515884 +Q 655.062706 280.515884 610.908884 280.515884 +L 610.908884 266.515884 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_14"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 21.982153 266.515884 +Q 22.733118 266.515884 23.484083 266.515884 +L 23.484083 266.515884 +Q 24.453449 270.015884 25.422816 273.515884 +Q 24.453449 277.015884 23.484083 280.515884 +L 23.484083 280.515884 +Q 22.733118 280.515884 21.982153 280.515884 +L 21.982153 266.515884 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_15"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 335.655884 240.591861 +Q 336.281688 240.591861 336.907493 240.591861 +L 336.907493 240.591861 +Q 337.715298 244.091861 338.523103 247.591861 +Q 337.715298 251.091861 336.907493 254.591861 +L 336.907493 254.591861 +Q 336.281688 254.591861 335.655884 254.591861 +L 335.655884 240.591861 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_16"> + <path clip-path="url(#pe825af461e)" d="M 603.454116 266.515884 +Q 603.953639 266.515884 604.453162 266.515884 +L 604.453162 266.515884 +Q 605.100526 270.015884 605.747891 273.515884 +Q 605.100526 277.015884 604.453162 280.515884 +L 604.453162 280.515884 +Q 603.953639 280.515884 603.454116 280.515884 +L 603.454116 266.515884 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_2"> + <g id="xtick_9"> + <g id="line2d_11"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472187" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_9"> + <!-- 8,250 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(25.158125 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_10"> + <g id="line2d_12"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_10"> + <!-- 8,400 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(111.174688 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 37.796875 64.3125 +L 12.890625 25.390625 +L 37.796875 25.390625 +z +M 35.203125 72.90625 +L 47.609375 72.90625 +L 47.609375 25.390625 +L 58.015625 25.390625 +L 58.015625 17.1875 +L 47.609375 17.1875 +L 47.609375 0 +L 37.796875 0 +L 37.796875 17.1875 +L 4.890625 17.1875 +L 4.890625 26.703125 +z +" id="DejaVuSans-52"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_11"> + <g id="line2d_13"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="211.505313" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_11"> + <!-- 8,550 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(197.19125 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use 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</g> + <g id="text_13"> + <!-- 8,850 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(369.224375 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-56"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_14"> + <g id="line2d_16"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="286.477895"/> + </g> + </g> + <g id="text_14"> + <!-- 9,000 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(455.240938 301.076332)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_15"> + <g id="line2d_17"> + 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 43.773016 407.969919 +Q 143.652438 407.969919 243.531861 407.969919 +L 243.531861 407.969919 +Q 247.732479 411.469919 251.933097 414.969919 +Q 247.732479 418.469919 243.531861 421.969919 +L 243.531861 421.969919 +Q 143.652438 421.969919 43.773016 421.969919 +L 43.773016 407.969919 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_19"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 627.538753 407.969919 +Q 663.3768 407.969919 699.214847 407.969919 +L 699.214847 407.969919 +Q 699.217034 411.469919 699.219222 414.969919 +Q 699.217034 418.469919 699.214847 421.969919 +L 699.214847 421.969919 +Q 663.3768 421.969919 627.538753 421.969919 +L 627.538753 407.969919 +z +" style="fill:#33ffb2;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_20"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 257.094091 407.969919 +Q 287.302788 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421.969919 +Q 327.680032 421.969919 327.054228 421.969919 +L 327.054228 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_23"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 37.465134 407.969919 +Q 37.964658 407.969919 38.464181 407.969919 +L 38.464181 407.969919 +Q 39.111545 411.469919 39.758909 414.969919 +Q 39.111545 418.469919 38.464181 421.969919 +L 38.464181 421.969919 +Q 37.964658 421.969919 37.465134 421.969919 +L 37.465134 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_24"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 248.492434 382.045897 +Q 248.991958 382.045897 249.491481 382.045897 +L 249.491481 382.045897 +Q 250.138845 385.545897 250.786209 389.045897 +Q 250.138845 392.545897 249.491481 396.045897 +L 249.491481 396.045897 +Q 248.991958 396.045897 248.492434 396.045897 +L 248.492434 382.045897 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_25"> + <path clip-path="url(#p4d11cbafed)" d="M 622.951203 407.969919 +Q 623.325846 407.969919 623.700488 407.969919 +L 623.700488 407.969919 +Q 624.186011 411.469919 624.671534 414.969919 +Q 624.186011 418.469919 623.700488 421.969919 +L 623.700488 421.969919 +Q 623.325846 421.969919 622.951203 421.969919 +L 622.951203 407.969919 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_3"> + <g id="xtick_17"> + <g id="line2d_22"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472187" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_19"> + <!-- 9,450 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(25.158125 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_18"> + <g id="line2d_23"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_20"> + <!-- 9,600 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(111.174687 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" xlink:href="#DejaVuSans-54"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_19"> + <g id="line2d_24"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="211.505312" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_21"> + <!-- 9,750 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(197.19125 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-57"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="95.410156" 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442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_22"> + <g id="line2d_27"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_24"> + <!-- 10,200 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(452.059688 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_23"> + <g id="line2d_28"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_25"> + <!-- 10,350 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(538.07625 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-51"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_24"> + <g id="line2d_29"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="641.588125" xlink:href="#m865a180ad8" y="427.93193"/> + </g> + </g> + <g id="text_26"> + <!-- 10,500 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(624.092813 442.530367)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use 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699.216282 563.423954 +L 699.216282 563.423954 +Q 675.133114 563.423954 651.049947 563.423954 +L 651.049947 549.423954 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_33"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 222.114022 523.499932 +Q 222.613545 523.499932 223.113068 523.499932 +L 223.113068 523.499932 +Q 223.760433 526.999932 224.407797 530.499932 +Q 223.760433 533.999932 223.113068 537.499932 +L 223.113068 537.499932 +Q 222.613545 537.499932 222.114022 537.499932 +L 222.114022 523.499932 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_34"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 532.347091 523.499932 +Q 532.846614 523.499932 533.346137 523.499932 +L 533.346137 523.499932 +Q 533.993501 526.999932 534.640866 530.499932 +Q 533.993501 533.999932 533.346137 537.499932 +L 533.346137 537.499932 +Q 532.846614 537.499932 532.347091 537.499932 +L 532.347091 523.499932 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_35"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 644.742066 549.423954 +Q 645.241589 549.423954 645.741112 549.423954 +L 645.741112 549.423954 +Q 646.388476 552.923954 647.035841 556.423954 +Q 646.388476 559.923954 645.741112 563.423954 +L 645.741112 563.423954 +Q 645.241589 563.423954 644.742066 563.423954 +L 644.742066 549.423954 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_36"> + <path clip-path="url(#paf4c887adf)" d="M 361.460853 549.423954 +Q 361.835496 549.423954 362.210138 549.423954 +L 362.210138 549.423954 +Q 362.695661 552.923954 363.181184 556.423954 +Q 362.695661 559.923954 362.210138 563.423954 +L 362.210138 563.423954 +Q 361.835496 563.423954 361.460853 563.423954 +L 361.460853 549.423954 +z +" style="fill:#cd5c5c;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_4"> + <g id="xtick_25"> + <g id="line2d_32"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="39.472188" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_31"> + <!-- 10,650 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(21.976875 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-54"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_26"> + <g id="line2d_33"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="125.48875" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_32"> + <!-- 10,800 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(107.993438 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="127.246094" 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</g> + <g id="text_34"> + <!-- 11,100 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(280.026563 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_29"> + <g id="line2d_36"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="383.538438" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_35"> + <!-- 11,250 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(366.043125 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-50"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-53"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_30"> + <g id="line2d_37"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="469.555" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_36"> + <!-- 11,400 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(452.059688 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="63.623047" xlink:href="#DejaVuSans-49"/> + <use x="127.246094" xlink:href="#DejaVuSans-44"/> + <use x="159.033203" xlink:href="#DejaVuSans-52"/> + <use x="222.65625" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + <use x="286.279297" xlink:href="#DejaVuSans-48"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="xtick_31"> + <g id="line2d_38"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="555.571563" xlink:href="#m865a180ad8" y="569.385965"/> + </g> + </g> + <g id="text_37"> + <!-- 11,550 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(538.07625 583.984402)scale(0.1 -0.1)"> + <use 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id="text_42"> + <g id="patch_37"> + <path d="M 653.164972 513.198878 +L 696.530753 513.198878 +Q 699.830753 513.198878 699.830753 509.898878 +L 699.830753 499.252941 +Q 699.830753 495.952941 696.530753 495.952941 +L 653.164972 495.952941 +Q 649.864972 495.952941 649.864972 499.252941 +L 649.864972 509.898878 +Q 649.864972 513.198878 653.164972 513.198878 +z +" style="fill:#ffffff;"/> + </g> + <!-- releasin --> + <g transform="translate(653.164972 507.611222)scale(0.11 -0.11)"> + <use xlink:href="#DejaVuSans-114"/> + <use x="38.863281" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="100.386719" xlink:href="#DejaVuSans-108"/> + <use x="128.169922" xlink:href="#DejaVuSans-101"/> + <use x="189.693359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="250.972656" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="303.072266" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="330.855469" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + </g> + <g id="axes_5"> + <g id="line2d_40"> + <path clip-path="url(#p9e40ee8b5d)" d="M 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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/test-data/tmp_zoom.svg Mon Jun 05 02:45:31 2023 +0000 @@ -0,0 +1,1688 @@ +<?xml version="1.0" encoding="utf-8" standalone="no"?> +<!DOCTYPE svg PUBLIC "-//W3C//DTD SVG 1.1//EN" + "http://www.w3.org/Graphics/SVG/1.1/DTD/svg11.dtd"> +<!-- Created with matplotlib (https://matplotlib.org/) --> +<svg height="244.8pt" version="1.1" viewBox="0 0 720 244.8" width="720pt" xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" xmlns:xlink="http://www.w3.org/1999/xlink"> + <metadata> + <rdf:RDF xmlns:cc="http://creativecommons.org/ns#" xmlns:dc="http://purl.org/dc/elements/1.1/" xmlns:rdf="http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#"> + <cc:Work> + <dc:type rdf:resource="http://purl.org/dc/dcmitype/StillImage"/> + <dc:date>2020-10-19T13:19:51.116707</dc:date> + <dc:format>image/svg+xml</dc:format> + <dc:creator> + <cc:Agent> + <dc:title>Matplotlib v3.3.2, https://matplotlib.org/</dc:title> + </cc:Agent> + </dc:creator> + </cc:Work> + </rdf:RDF> + </metadata> + <defs> + <style type="text/css">*{stroke-linecap:butt;stroke-linejoin:round;}</style> + </defs> + <g id="figure_1"> + <g id="patch_1"> + <path d="M 0 244.8 +L 720 244.8 +L 720 0 +L 0 0 +z +" style="fill:#ffffff;"/> + </g> + <g id="axes_1"> + <g id="line2d_1"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 90 203.372308 +L 647.977684 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:1.5;"/> + </g> + <g id="line2d_2"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 258.299352 116.374154 +L 258.299352 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_3"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 506.848584 145.373538 +L 506.848584 203.372308 +" style="fill:none;stroke:#000000;stroke-linecap:square;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <g id="line2d_4"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 444.139418 116.374154 +L 444.139418 203.372308 +" 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style="fill:#ffffff;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_18"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 141.24968 167.372923 +Q 141.352981 167.372923 141.456281 167.372923 +L 141.456281 167.372923 +Q 141.687727 170.872923 141.919173 174.372923 +Q 141.687727 177.872923 141.456281 181.372923 +L 141.456281 181.372923 +Q 141.352981 181.372923 141.24968 181.372923 +L 141.24968 167.372923 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_19"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 226.163694 196.372308 +Q 226.266994 196.372308 226.370295 196.372308 +L 226.370295 196.372308 +Q 226.601741 199.872308 226.833187 203.372308 +Q 226.601741 206.872308 226.370295 210.372308 +L 226.370295 210.372308 +Q 226.266994 210.372308 226.163694 210.372308 +L 226.163694 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_20"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 287.199128 167.372923 +Q 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style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="patch_32"> + <path clip-path="url(#pf91a91e396)" d="M 560.017477 196.372308 +Q 560.068474 196.372308 560.11947 196.372308 +L 560.11947 196.372308 +Q 560.235847 199.872308 560.352224 203.372308 +Q 560.235847 206.872308 560.11947 210.372308 +L 560.11947 210.372308 +Q 560.068474 210.372308 560.017477 210.372308 +L 560.017477 196.372308 +z +" style="fill:#ff0000;stroke:#000000;stroke-linecap:round;"/> + </g> + <g id="matplotlib.axis_1"> + <g id="xtick_1"> + <g id="line2d_11"> + <defs> + <path d="M 0 0 +L 0 3.5 +" id="m70b2d54734" style="stroke:#808080;stroke-width:0.8;"/> + </defs> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="112.405695" xlink:href="#m70b2d54734" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_1"> + <!-- 7,200 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(98.091633 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 8.203125 72.90625 +L 55.078125 72.90625 +L 55.078125 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<g id="xtick_2"> + <g id="line2d_12"> + <g> + <use style="fill:#808080;stroke:#808080;stroke-width:0.8;" x="179.354983" xlink:href="#m70b2d54734" y="217.872"/> + </g> + </g> + <g id="text_2"> + <!-- 7,800 --> + <g style="fill:#808080;" transform="translate(165.040921 232.470438)scale(0.1 -0.1)"> + <defs> + <path d="M 31.78125 34.625 +Q 24.75 34.625 20.71875 30.859375 +Q 16.703125 27.09375 16.703125 20.515625 +Q 16.703125 13.921875 20.71875 10.15625 +Q 24.75 6.390625 31.78125 6.390625 +Q 38.8125 6.390625 42.859375 10.171875 +Q 46.921875 13.96875 46.921875 20.515625 +Q 46.921875 27.09375 42.890625 30.859375 +Q 38.875 34.625 31.78125 34.625 +z +M 21.921875 38.8125 +Q 15.578125 40.375 12.03125 44.71875 +Q 8.5 49.078125 8.5 55.328125 +Q 8.5 64.0625 14.71875 69.140625 +Q 20.953125 74.21875 31.78125 74.21875 +Q 42.671875 74.21875 48.875 69.140625 +Q 55.078125 64.0625 55.078125 55.328125 +Q 55.078125 49.078125 51.53125 44.71875 +Q 48 40.375 41.703125 38.8125 +Q 48.828125 37.15625 52.796875 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<!-- i-spanin --> + <g transform="translate(533.75965 90.410082)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 4.890625 31.390625 +L 31.203125 31.390625 +L 31.203125 23.390625 +L 4.890625 23.390625 +z +" id="DejaVuSans-45"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="27.783203" xlink:href="#DejaVuSans-45"/> + <use x="63.867188" xlink:href="#DejaVuSans-115"/> + <use x="115.966797" xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="179.443359" xlink:href="#DejaVuSans-97"/> + <use x="240.722656" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="304.101562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="331.884766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + </g> + </g> + <g id="text_15"> + <g id="patch_38"> + <path d="M 362.656817 66.998353 +L 406.452286 66.998353 +Q 409.752286 66.998353 409.752286 63.698353 +L 409.752286 53.052416 +Q 409.752286 49.752416 406.452286 49.752416 +L 362.656817 49.752416 +Q 359.356817 49.752416 359.356817 53.052416 +L 359.356817 63.698353 +Q 359.356817 66.998353 362.656817 66.998353 +z +" style="fill:#ffffff;stroke:#808080;stroke-linejoin:miter;stroke-width:0.5;"/> + </g> + <!-- pinholin --> + <g transform="translate(362.656817 61.410697)scale(0.11 -0.11)"> + <defs> + <path d="M 54.890625 33.015625 +L 54.890625 0 +L 45.90625 0 +L 45.90625 32.71875 +Q 45.90625 40.484375 42.875 44.328125 +Q 39.84375 48.1875 33.796875 48.1875 +Q 26.515625 48.1875 22.3125 43.546875 +Q 18.109375 38.921875 18.109375 30.90625 +L 18.109375 0 +L 9.078125 0 +L 9.078125 75.984375 +L 18.109375 75.984375 +L 18.109375 46.1875 +Q 21.34375 51.125 25.703125 53.5625 +Q 30.078125 56 35.796875 56 +Q 45.21875 56 50.046875 50.171875 +Q 54.890625 44.34375 54.890625 33.015625 +z +" id="DejaVuSans-104"/> + </defs> + <use xlink:href="#DejaVuSans-112"/> + <use x="63.476562" xlink:href="#DejaVuSans-105"/> + <use x="91.259766" xlink:href="#DejaVuSans-110"/> + <use x="154.638672" xlink:href="#DejaVuSans-104"/> + <use x="218.017578" xlink:href="#DejaVuSans-111"/> + <use x="279.199219" 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