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changeset 8:b5c1b167df3c draft

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planemo upload commit d5c5c50edba8add19aff616c3cbe8bc0c2f36ea5
author cpt
date Fri, 20 Sep 2024 03:03:00 +0000
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line diff
Binary file __pycache__/cpt.cpython-311.pyc has changed
Binary file __pycache__/spaninFuncs.cpython-311.pyc has changed
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+++ b/generate-putative-isp.xml	Fri Sep 20 03:03:00 2024 +0000
@@ -4,7 +4,7 @@
         <import>macros.xml</import>
     </macros>
     <expand macro="requirements">
-        <requirement type="package" version="2019.06.08">regex</requirement>
+        <requirement type="package" version="2024.9.11">regex</requirement>
     </expand>
     <command detect_errors="aggressive"><![CDATA[
 python '$__tool_directory__/generate-putative-isp.py'
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@@ -0,0 +1,4 @@
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+cpt_gffparser==1.2.2
+regex==2024.9.11
+planemo
\ No newline at end of file
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/test-data/t1.fa	Fri Sep 20 03:03:00 2024 +0000
@@ -0,0 +1,699 @@
+>NC_005833.1 Enterobacteria phage T1, complete genome
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+GTTACCAGGTTCGCCTGGTAGTCATCTCCATTTTTAGCAAAAAGTGCTATCGATTACGATTACGCTTGAT
+TGCGTGTTAATCATTGTATATGATTTGCCTAAATCGCAATCGTATACAAAATTACGCCAAATTACGCCTT
+ATAATATACATATAGATATATGTATATATATAATATATAAGTGTTTTTTTTATTTATATATATAGATACT
+ATTATTTGTAATATGGTTGTATAGCGTGTCTTTTATGTTAATCGTTGGATGCTCTGATTATGATGCTCAT
+GTTTATATATACAGTAGTTTTATCGGCGCATATTTATTTAGGGAAATCGATTAACACGATTAACACGATT
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+ATAACACCAAAAAATTTACTGTTGGCAAAATTTACGATGTTCCGACTGAGCACGCAGAGCAAACCGTAGC
+TCTGACCGACGACACGGGCCGCAACCGAATTGCAACCGTAACTCACAACGGTGAAGGTCTTCGCTGGAAT
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+AAATACCTCCAGAATAGCACACTACTACAAATCTGAGGTGTCGGCAGTGCAATTGGTCCACGAAATTTTA
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+TGGAAGGCCAAATCATCTAAATACAGTAGAGCTAAAATAGGAGGCGCGGCAGGAAGCAAGGATAAAGACG
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+AGATTGGTAACGAGAACCATAAATAACAGGAATCAAAAAAAGAGATCTGATAACACAACCGGAGTATCCG
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+AATGTTGCTCAATACCAGTTGCGATACATGGAGTCGGTTTGCAATCAGGTTTTAGGTGTAAGTTTTTCAT
+TCAAAGGTGATAAATAATGTTCGGTTTAAGCGAAGCGGAGTGGAATGTTGTAAAGCGTGCCGCGAAAGAA
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+ACTAATGGTCAATTCGAAATTAATGATTGACCTAAATCCCTGAGCGGTGATAGTATTAATCCCGTAGACA
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+GCGGGTTTTTTTATGCCTGCAATATGGTAAAATAGCACTAAATGTTAAACAAAGAGGATGTATTTATGAG
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+AGCTTGCCGCCAACGGTGTTATTAATGCCTCCTTTATCGGTAAGGATCTCGGAATCGATAAGCCAGCCTC
+AATCAATATCGAAAACTCGTCAGCTTCCGCATCGACAGTAGTCGCCACTACTGAGGATGCGATGAAAGAG
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+TCCGGGTATGGTTGCGGATACTTCAAAGTACAATATTGACGGCGCTTGTGTCGTTAATGAAGGTGATGTT
+CTTGTTGGCGCTGCCGTACAAGTTGTTCAAGCTCAGGCGGTTGATGGTCATAAGTTGGTTAAGGCTCTTA
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+AAACAACCTGGACCTACGCTGGCGGTTGGACTAAATACAAAGATATTCAGCTTGTTGAGGTTCAGTTGCA
+TCAACTGTAATTAGCGTTTAATATGGGGACTATCCTTTTTTGGATAGTCCTTTTTTTATGGAGAAATCAT
+TATGGCTTACGAAAATTTAATGTTGCGCCCGGCGTGTCCGGGAAATCTTTCTGATACTTCAACCTACAAT
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+GGTTCGGGTGAAACAAAATGCTTTCATCGTTCCACCGCCGCCGCCCCCTGTCGTTCTTGTTGAATCCGCT
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+ATAAAAACACTTTGACGCTTTAACAAAAAGTGCTATTATTGAAGCCGTGAACATAATCACGGTTTTTTAT
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