Mercurial > repos > devteam > sam2interval
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--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sam2interval.py Mon Aug 26 15:12:38 2013 -0400 @@ -0,0 +1,96 @@ +#!/usr/bin/env python + +import sys +import optparse +import re + +def stop_err( msg ): + sys.stderr.write( msg ) + sys.exit() + +def main(): + usage = """%prog [options] + +options (listed below) default to 'None' if omitted + """ + parser = optparse.OptionParser(usage=usage) + + parser.add_option( + '-f','--input_sam_file', + metavar="INPUT_SAM_FILE", + dest='input_sam', + default = False, + help='Name of the SAM file to be filtered. STDIN is default') + + parser.add_option( + '-c','--flag_column', + dest='flag_col', + default = '2', + help='Column containing SAM bitwise flag. 1-based') + + parser.add_option( + '-s','--start_column', + dest='start_col', + default = '4', + help='Column containing position. 1-based') + + parser.add_option( + '-g','--cigar_column', + dest='cigar_col', + default = '6', + help='Column containing CIGAR or extended CIGAR string') + + parser.add_option( + '-r','--ref_column', + dest='ref_col', + default = '3', + help='Column containing name of the reference sequence coordinate. 1-based') + + parser.add_option( + '-e','--read_column', + dest='read_col', + default = '1', + help='Column containing read name. 1-based') + + parser.add_option( + '-p','--print_all', + dest='prt_all', + action='store_true', + default = False, + help='Print coordinates and original SAM?') + + options, args = parser.parse_args() + + if options.input_sam: + infile = open ( options.input_sam, 'r') + else: + infile = sys.stdin + + cigar = re.compile( '\d+M|\d+N|\d+D|\d+P' ) + + print '#chrom\tstart\tend\tstrand\tread_name' # provide a (partial) header so that strand is automatically set in metadata + + for line in infile: + line = line.rstrip( '\r\n' ) + if line and not line.startswith( '#' ) and not line.startswith( '@' ) : + fields = line.split( '\t' ) + start = int( fields[ int( options.start_col ) - 1 ] ) - 1 + end = 0 + for op in cigar.findall( fields[ int( options.cigar_col) - 1 ] ): + end += int( op[ 0:len( op ) - 1 ] ) + + strand = '+' + if bool( int( fields[ int( options.flag_col ) - 1 ] ) & 0x0010 ): + strand = '-' + read_name = fields[ int( options.read_col ) - 1 ] + ref_name = fields[ int( options.ref_col ) - 1 ] + + if ref_name != '*': + # Do not print lines with unmapped reads that contain '*' instead of chromosome name + if options.prt_all: + print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand, line) + else: + print '%s\t%s\t%s\t%s\t%s' % (ref_name, str(start), str(end+start), strand, read_name) + +if __name__ == "__main__": main() +
--- /dev/null Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000 +++ b/sam2interval.xml Mon Aug 26 15:12:38 2013 -0400 @@ -0,0 +1,72 @@ +<tool id="sam2interval" name="Convert SAM" version="1.0.1"> + <description>to interval</description> + <command interpreter="python">sam2interval.py --input_sam_file=$input1 $print_all > $out_file1 + </command> + <inputs> + <param format="sam" name="input1" type="data" label="Select dataset to convert"/> + <param name="print_all" type="select" label="Print all?" help="Do you want to retain original SAM fields? See example below."> + <option value="-p">Yes</option> + <option value="">No</option> + </param> + </inputs> + <outputs> + <data format="interval" name="out_file1" label="Converted Interval" /> + </outputs> +<tests> + <test> + <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/> + <param name="print_all" value="Yes"/> + <output name="out_file1" file="sam2interval_printAll.dat" ftype="interval"/> + </test> + <test> + <param name="input1" value="sam_bioinf_example.sam" ftype="sam"/> + <param name="print_all" value="No"/> + <output name="out_file1" file="sam2interval_noprintAll.dat" ftype="interval"/> + </test> + <test> + <param name="input1" value="sam2interval-test3.sam" ftype="sam"/> + <param name="print_all" value="No"/> + <output name="out_file1" file="sam2interval_with_unmapped_reads_noprintAll.dat" ftype="interval"/> + </test> + +</tests> + <help> + +**What it does** + +Converts positional information from a SAM dataset into interval format with 0-based start and 1-based end. CIGAR string of SAM format is used to compute the end coordinate. + +----- + +**Example** + +Converting the following dataset:: + + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +into Interval format will produce the following if *Print all?* is set to **Yes**:: + + ref 6 22 + r001 163 ref 7 30 8M2I4M1D3M = 37 39 TTAGATAAAGGATACTA * + ref 8 19 + r002 0 ref 9 30 3S6M1P1I4M * 0 0 AAAAGATAAGGATA * + ref 8 14 + r003 0 ref 9 30 5H6M * 0 0 AGCTAA * NM:i:1 + ref 15 40 + r004 0 ref 16 30 6M14N5M * 0 0 ATAGCTTCAGC * + ref 28 33 - r003 16 ref 29 30 6H5M * 0 0 TAGGC * NM:i:0 + ref 36 45 - r001 83 ref 37 30 9M = 7 -39 CAGCGCCAT * + +Setting *Print all?* to **No** will generate the following:: + + ref 6 22 + r001 + ref 8 19 + r002 + ref 8 14 + r003 + ref 15 40 + r004 + ref 28 33 - r003 + ref 36 45 - r001 + + + </help> +</tool>
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