|
0
|
1 CC
|
|
|
2 CC Descriptions:
|
|
|
3 CC
|
|
|
4 CC CC comments
|
|
|
5 CC PS start of a phase set
|
|
|
6 CC FL filtered region
|
|
|
7 CC M[012] markers; 0 for singletons, 1 for phased and 2 for filtered
|
|
|
8 CC EV supporting reads; SAM format
|
|
|
9 CC // end of a phase set
|
|
|
10 CC
|
|
|
11 CC Formats of PS, FL and M[012] lines (1-based coordinates):
|
|
|
12 CC
|
|
|
13 CC PS chr phaseSetStart phaseSetEnd
|
|
|
14 CC FL chr filterStart filterEnd
|
|
|
15 CC M? chr PS pos allele0 allele1 hetIndex #supports0 #errors0 #supp1 #err1
|
|
|
16 CC
|
|
|
17 CC
|
|
|
18 PS chrI 1412 1542
|
|
|
19 M1 chrI 1412 1412 T C 1 7 0 9 0
|
|
|
20 M1 chrI 1412 1414 G A 2 7 0 9 0
|
|
|
21 M1 chrI 1412 1421 G A 3 7 0 9 0
|
|
|
22 M1 chrI 1412 1471 T C 4 5 0 6 0
|
|
|
23 M1 chrI 1412 1542 C T 5 3 0 2 0
|
|
|
24 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1340
|
|
|
25 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1374
|
|
|
26 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1346
|
|
|
27 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1366
|
|
|
28 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1409
|
|
|
29 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1359
|
|
|
30 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1353
|
|
|
31 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1343
|
|
|
32 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1379
|
|
|
33 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1350
|
|
|
34 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1389
|
|
|
35 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 CAA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1348
|
|
|
36 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 TGGT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1407
|
|
|
37 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1358
|
|
|
38 EV 0 chrI 1 40 3M * 0 0 TGG * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:3 YO:i:0 YS:i:1341
|
|
|
39 EV 0 chrI 1 40 4M * 0 0 CAAC * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:4 YO:i:0 YS:i:1392
|
|
|
40 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1462
|
|
|
41 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1468
|
|
|
42 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1444
|
|
|
43 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 CT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1457
|
|
|
44 EV 0 chrI 4 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:1461
|
|
|
45 //
|
|
|
46 PS chrI 3611 3731
|
|
|
47 M1 chrI 3611 3611 T A 6 5 0 4 0
|
|
|
48 M1 chrI 3611 3659 C T 7 9 0 6 0
|
|
|
49 M1 chrI 3611 3731 T A 8 4 0 1 1
|
|
|
50 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3578
|
|
|
51 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
|
|
|
52 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3590
|
|
|
53 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3571
|
|
|
54 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3576
|
|
|
55 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3559
|
|
|
56 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3569
|
|
|
57 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 AT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3568
|
|
|
58 EV 0 chrI 6 40 2M * 0 0 TC * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3609
|
|
|
59 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3651
|
|
|
60 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3647
|
|
|
61 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TA * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
|
|
|
62 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3644
|
|
|
63 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 TT * YP:i:1 YF:i:0 YI:i:1 YO:i:1 YS:i:3657
|
|
|
64 EV 0 chrI 7 40 2M * 0 0 CT * YP:i:0 YF:i:0 YI:i:2 YO:i:0 YS:i:3637
|
|
|
65 //
|
