Mercurial > repos > erick-antezana > onto-toolkit
comparison onto-toolkit/datatypes_conf.xml @ 1:d2d26d330236
v 0.2: tools added for OPPL-galaxy
author | easr |
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date | Wed, 11 Apr 2012 10:33:41 +0200 |
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1 <?xml version="1.0"?> | |
2 <datatypes> | |
3 <registration converters_path="lib/galaxy/datatypes/converters"> | |
4 <datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.binary:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/> | |
5 <datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/> | |
6 <datatype extension="bam" type="galaxy.datatypes.binary:Bam" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"> | |
7 <converter file="bam_to_bai.xml" target_datatype="bai"/> | |
8 </datatype> | |
9 <datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true"> | |
10 <converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/> | |
11 <converter file="interval_to_coverage.xml" target_datatype="coverage"/> | |
12 <converter file="bed_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/> | |
13 </datatype> | |
14 <datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.binary:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/> | |
15 <datatype extension="len" type="galaxy.datatypes.chrominfo:ChromInfo" display_in_upload="true"> | |
16 <!-- no converters yet --> | |
17 </datatype> | |
18 <datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true"> | |
19 <indexer file="coverage.xml" /> | |
20 </datatype> | |
21 <datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/> | |
22 <datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/> | |
23 <datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/> | |
24 <datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true"> | |
25 <converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/> | |
26 </datatype> | |
27 <datatype extension="fastq" type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq" display_in_upload="true"/> | |
28 <datatype extension="fastqsanger" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSanger" display_in_upload="true"/> | |
29 <datatype extension="genetrack" type="galaxy.datatypes.tracks:GeneTrack"/> | |
30 <datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true"> | |
31 <converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/> | |
32 </datatype> | |
33 <datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/> | |
34 <datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/> | |
35 <datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/> | |
36 <datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/> | |
37 <datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true"> | |
38 <converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/> | |
39 <indexer file="interval_awk.xml" /> | |
40 </datatype> | |
41 <datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/> | |
42 <datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/> | |
43 <datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/> | |
44 <datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true"> | |
45 <converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/> | |
46 <converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/> | |
47 </datatype> | |
48 <datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="application/pdf"/> | |
49 <datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/> | |
50 <datatype extension="qualsolexa" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSolexa" display_in_upload="true"/> | |
51 <datatype extension="qualsolid" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD" display_in_upload="true"/> | |
52 <datatype extension="qual454" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454" display_in_upload="true"/> | |
53 <datatype extension="sam" type="galaxy.datatypes.tabular:Sam" display_in_upload="true"/> | |
54 <datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.binary:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/> | |
55 <datatype extension="sff" type="galaxy.datatypes.binary:Sff" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/> | |
56 <datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/> | |
57 <datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/> | |
58 <datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/> | |
59 <datatype extension="blastxml" type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml" display_in_upload="true"/> | |
60 <datatype extension="txtseq.zip" type="galaxy.datatypes.data:Txtseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/> | |
61 <datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true"> | |
62 <converter file="wiggle_to_array_tree_converter.xml" target_datatype="array_tree"/> | |
63 <converter file="wiggle_to_simple_converter.xml" target_datatype="interval"/> | |
64 </datatype> | |
65 <datatype extension="array_tree" type="galaxy.datatypes.data:Data" /> | |
66 <datatype extension="interval_index" type="galaxy.datatypes.data:Data" /> | |
67 <!-- Start EMBOSS tools --> | |
68 <datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
69 <datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
70 <datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
71 <datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
72 <datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
73 <datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
74 <datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
75 <datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
76 <datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
77 <datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
78 <datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
79 <datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
80 <datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
81 <datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
82 <datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
83 <datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
84 <datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
85 <datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
86 <datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
87 <datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
88 <datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
89 <datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
90 <datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
91 <datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
92 <datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
93 <datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
94 <datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
95 <datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
96 <datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
97 <datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
98 <datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
99 <datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
100 <datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
101 <datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
102 <datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
103 <datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
104 <datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
105 <datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
106 <datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
107 <datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
108 <datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
109 <datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
110 <datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
111 <datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
112 <datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
113 <datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
114 <datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
115 <datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
116 <datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
117 <datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
118 <datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
119 <datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
120 <datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
121 <datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
122 <datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
123 <datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
124 <datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
125 <datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
126 <datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
127 <datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
128 <datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
129 <datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
130 <datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
131 <datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
132 <datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
133 <datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
134 <datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
135 <datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
136 <datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
137 <datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
138 <datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
139 <datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
140 <datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
141 <datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
142 <datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
143 <datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
144 <datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
145 <datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
146 <datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
147 <datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
148 <datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
149 <datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
150 <datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
151 <datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
152 <datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
153 <datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
154 <datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
155 <datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
156 <datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
157 <datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
158 <datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
159 <datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
160 <datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
161 <datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
162 <datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
163 <datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
164 <!-- End EMBOSS tools --> | |
165 <!-- Start ONTO-PERL tools --> | |
166 <datatype extension="obo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/> | |
167 <!-- End ONTO-PERL tools --> | |
168 <!-- Start RGenetics Datatypes --> | |
169 <datatype extension="affybatch" type="galaxy.datatypes.genetics:Affybatch" display_in_upload="true"/> | |
170 <!-- eigenstrat pedigree input file --> | |
171 <datatype extension="eigenstratgeno" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratgeno"/> | |
172 <!-- eigenstrat pca output file for adjusted eigenQTL eg --> | |
173 <datatype extension="eigenstratpca" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratpca"/> | |
174 <datatype extension="eset" type="galaxy.datatypes.genetics:Eset" display_in_upload="true" /> | |
175 <!-- fbat/pbat format pedigree (header row of marker names) --> | |
176 <datatype extension="fped" type="galaxy.datatypes.genetics:Fped" display_in_upload="true"/> | |
177 <!-- phenotype file - fbat format --> | |
178 <datatype extension="fphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Fphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/> | |
179 <!-- genome graphs ucsc file - first col is always marker then numeric values to plot --> | |
180 <datatype extension="gg" type="galaxy.datatypes.genetics:GenomeGraphs"/> | |
181 <!-- part of linkage format pedigree --> | |
182 <datatype extension="lmap" type="galaxy.datatypes.genetics:Lmap" display_in_upload="true"/> | |
183 <datatype extension="malist" type="galaxy.datatypes.genetics:MAlist" display_in_upload="true"/> | |
184 <!-- linkage format pedigree (separate .map file) --> | |
185 <datatype extension="lped" type="galaxy.datatypes.genetics:Lped" display_in_upload="true"> | |
186 <converter file="lped_to_fped_converter.xml" target_datatype="fped"/> | |
187 <converter file="lped_to_pbed_converter.xml" target_datatype="pbed"/> | |
188 </datatype> | |
189 <!-- plink compressed file - has bed extension unfortunately --> | |
190 <datatype extension="pbed" type="galaxy.datatypes.genetics:Pbed" display_in_upload="true"> | |
191 <converter file="pbed_to_lped_converter.xml" target_datatype="lped"/> | |
192 </datatype> | |
193 <datatype extension="pheno" type="galaxy.datatypes.genetics:Pheno"/> | |
194 <!-- phenotype file - plink format --> | |
195 <datatype extension="pphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Pphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/> | |
196 <datatype extension="rexpbase" type="galaxy.datatypes.genetics:RexpBase"/> | |
197 <datatype extension="rgenetics" type="galaxy.datatypes.genetics:Rgenetics"/> | |
198 <datatype extension="snptest" type="galaxy.datatypes.genetics:Snptest" display_in_upload="true"/> | |
199 <datatype extension="snpmatrix" type="galaxy.datatypes.genetics:SNPMatrix" display_in_upload="true"/> | |
200 <datatype extension="xls" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/> | |
201 <!-- End RGenetics Datatypes --> | |
202 </registration> | |
203 <sniffers> | |
204 <!-- | |
205 The order in which Galaxy attempts to determine data types is | |
206 important because some formats are much more loosely defined | |
207 than others. The following list should be the most rigidly | |
208 defined format first, followed by next-most rigidly defined, | |
209 and so on. | |
210 --> | |
211 <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Bam"/> | |
212 <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Sff"/> | |
213 <sniffer type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml"/> | |
214 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/> | |
215 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/> | |
216 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta"/> | |
217 <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD"/> | |
218 <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454"/> | |
219 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/> | |
220 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq"/> | |
221 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/> | |
222 <sniffer type="galaxy.datatypes.images:Html"/> | |
223 <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/> | |
224 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/> | |
225 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/> | |
226 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/> | |
227 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/> | |
228 <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/> | |
229 <sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Sam"/> | |
230 </sniffers> | |
231 </datatypes> |