--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/onto-toolkit/datatypes_conf.xml	Wed Apr 11 10:33:41 2012 +0200
@@ -0,0 +1,231 @@
+<?xml version="1.0"?>
+<datatypes>
+    <registration converters_path="lib/galaxy/datatypes/converters">
+        <datatype extension="ab1" type="galaxy.datatypes.binary:Ab1" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="axt" type="galaxy.datatypes.sequence:Axt" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="bam" type="galaxy.datatypes.binary:Bam" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true">
+            <converter file="bam_to_bai.xml" target_datatype="bai"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="bed" type="galaxy.datatypes.interval:Bed" display_in_upload="true">
+            <converter file="bed_to_gff_converter.xml" target_datatype="gff"/>
+            <converter file="interval_to_coverage.xml" target_datatype="coverage"/>
+            <converter file="bed_to_interval_index_converter.xml" target_datatype="interval_index"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="binseq.zip" type="galaxy.datatypes.binary:Binseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="len" type="galaxy.datatypes.chrominfo:ChromInfo" display_in_upload="true">
+            <!-- no converters yet -->
+        </datatype>
+        <datatype extension="coverage" type="galaxy.datatypes.coverage:LastzCoverage" display_in_upload="true">
+            <indexer file="coverage.xml" />
+        </datatype>
+        <datatype extension="customtrack" type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
+        <datatype extension="csfasta" type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="data" type="galaxy.datatypes.data:Data" mimetype="application/octet-stream"/>
+        <datatype extension="fasta" type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta" display_in_upload="true">
+            <converter file="fasta_to_tabular_converter.xml" target_datatype="tabular"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="fastq" type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="fastqsanger" type="galaxy.datatypes.sequence:FastqSanger" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="genetrack" type="galaxy.datatypes.tracks:GeneTrack"/>
+        <datatype extension="gff" type="galaxy.datatypes.interval:Gff" display_in_upload="true">
+            <converter file="gff_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="gff3" type="galaxy.datatypes.interval:Gff3" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="gif" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/gif"/>
+        <datatype extension="gmaj.zip" type="galaxy.datatypes.images:Gmaj" mimetype="application/zip"/>
+        <datatype extension="html" type="galaxy.datatypes.images:Html" mimetype="text/html"/>
+        <datatype extension="interval" type="galaxy.datatypes.interval:Interval" display_in_upload="true">
+            <converter file="interval_to_bed_converter.xml" target_datatype="bed"/>
+            <indexer file="interval_awk.xml" />
+        </datatype>
+        <datatype extension="jpg" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/jpeg"/>
+        <datatype extension="laj" type="galaxy.datatypes.images:Laj"/>
+        <datatype extension="lav" type="galaxy.datatypes.sequence:Lav" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="maf" type="galaxy.datatypes.sequence:Maf" display_in_upload="true">
+            <converter file="maf_to_fasta_converter.xml" target_datatype="fasta"/>
+            <converter file="maf_to_interval_converter.xml" target_datatype="interval"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="pdf" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="application/pdf"/>
+        <datatype extension="png" type="galaxy.datatypes.images:Image" mimetype="image/png"/>
+        <datatype extension="qualsolexa" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSolexa" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="qualsolid" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="qual454" type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="sam" type="galaxy.datatypes.tabular:Sam" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="scf" type="galaxy.datatypes.binary:Scf" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="sff" type="galaxy.datatypes.binary:Sff" mimetype="application/octet-stream" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="taxonomy" type="galaxy.datatypes.tabular:Taxonomy" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="tabular" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="txt" type="galaxy.datatypes.data:Text" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="blastxml" type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="txtseq.zip" type="galaxy.datatypes.data:Txtseq" mimetype="application/zip" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="wig" type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle" display_in_upload="true">
+            <converter file="wiggle_to_array_tree_converter.xml" target_datatype="array_tree"/>
+            <converter file="wiggle_to_simple_converter.xml" target_datatype="interval"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="array_tree" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
+        <datatype extension="interval_index" type="galaxy.datatypes.data:Data" />
+        <!-- Start EMBOSS tools -->
+        <datatype extension="acedb" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="asn1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="btwisted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="cai" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="charge" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="checktrans" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="chips" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="clustal" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="codata" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="codcmp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="coderet" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="compseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="cpgplot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="cpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="cusp" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="cut" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="dan" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="dbmotif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="diffseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="digest" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="dreg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="einverted" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="embl" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="epestfind" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="equicktandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="est2genome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="etandem" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="excel" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="feattable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="fitch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="freak" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="fuzznuc" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="fuzzpro" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="fuzztran" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="garnier" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="gcg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="geecee" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="genbank" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="helixturnhelix" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="hennig86" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="hmoment" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="ig" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="isochore" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="jackknifer" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="jackknifernon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="markx10" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="markx1" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="markx0" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="markx3" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="markx2" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="match" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="mega" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="meganon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="motif" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="msf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="nametable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="ncbi" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="needle" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="newcpgreport" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="newcpgseek" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="nexus" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="nexusnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="noreturn" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="pair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="palindrome" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="pepcoil" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="pepinfo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="pepstats" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="phylip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="phylipnon" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="pir" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="polydot" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="preg" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="prettyseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="primersearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="regions" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="score" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="selex" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="seqtable" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="showfeat" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="showorf" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="simple" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="sixpack" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="srs" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="srspair" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="staden" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="strider" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="supermatcher" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="swiss" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="syco" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="table" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="textsearch" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="vectorstrip" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="wobble" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="wordcount" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <datatype extension="tagseq" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+        <!-- End EMBOSS tools -->
+	<!-- Start ONTO-PERL tools -->
+	<datatype extension="obo" type="galaxy.datatypes.data:Text"/>
+	<!-- End ONTO-PERL tools -->
+        <!-- Start RGenetics Datatypes -->
+        <datatype extension="affybatch" type="galaxy.datatypes.genetics:Affybatch" display_in_upload="true"/>
+        <!-- eigenstrat pedigree input file -->
+        <datatype extension="eigenstratgeno" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratgeno"/>
+        <!-- eigenstrat pca output file for adjusted eigenQTL eg -->
+        <datatype extension="eigenstratpca" type="galaxy.datatypes.genetics:Eigenstratpca"/>
+        <datatype extension="eset" type="galaxy.datatypes.genetics:Eset" display_in_upload="true" />
+        <!-- fbat/pbat format pedigree (header row of marker names) -->
+        <datatype extension="fped" type="galaxy.datatypes.genetics:Fped" display_in_upload="true"/>
+        <!-- phenotype file - fbat format -->
+        <datatype extension="fphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Fphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
+        <!-- genome graphs ucsc file - first col is always marker then numeric values to plot -->
+        <datatype extension="gg" type="galaxy.datatypes.genetics:GenomeGraphs"/>
+        <!-- part of linkage format pedigree -->
+        <datatype extension="lmap" type="galaxy.datatypes.genetics:Lmap" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="malist" type="galaxy.datatypes.genetics:MAlist" display_in_upload="true"/>
+        <!-- linkage format pedigree (separate .map file) -->
+        <datatype extension="lped" type="galaxy.datatypes.genetics:Lped" display_in_upload="true">
+            <converter file="lped_to_fped_converter.xml" target_datatype="fped"/>
+            <converter file="lped_to_pbed_converter.xml" target_datatype="pbed"/>
+        </datatype>
+        <!-- plink compressed file - has bed extension unfortunately -->
+        <datatype extension="pbed" type="galaxy.datatypes.genetics:Pbed" display_in_upload="true">
+            <converter file="pbed_to_lped_converter.xml" target_datatype="lped"/>
+        </datatype>
+        <datatype extension="pheno" type="galaxy.datatypes.genetics:Pheno"/>
+        <!-- phenotype file - plink format -->
+        <datatype extension="pphe" type="galaxy.datatypes.genetics:Pphe" display_in_upload="true" mimetype="text/html"/>
+        <datatype extension="rexpbase" type="galaxy.datatypes.genetics:RexpBase"/>
+        <datatype extension="rgenetics" type="galaxy.datatypes.genetics:Rgenetics"/>
+        <datatype extension="snptest" type="galaxy.datatypes.genetics:Snptest" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="snpmatrix" type="galaxy.datatypes.genetics:SNPMatrix" display_in_upload="true"/>
+        <datatype extension="xls" type="galaxy.datatypes.tabular:Tabular"/>
+        <!-- End RGenetics Datatypes -->
+    </registration>
+    <sniffers>
+        <!--
+          The order in which Galaxy attempts to determine data types is 
+          important because some formats are much more loosely defined 
+          than others.  The following list should be the most rigidly 
+          defined format first, followed by next-most rigidly defined, 
+          and so on.
+        -->
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Bam"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.binary:Sff"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.xml:BlastXml"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Maf"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Lav"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:csFasta"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScoreSOLiD"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.qualityscore:QualityScore454"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fasta"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Fastq"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Wiggle"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.images:Html"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.sequence:Axt"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Bed"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:CustomTrack"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Gff3"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.interval:Interval"/>
+        <sniffer type="galaxy.datatypes.tabular:Sam"/>
+    </sniffers>
+</datatypes>