diff SeqSero/database/FliC_Family_k,z_special_genes.fasta @ 0:c577b57b7c74 draft

Uploaded
author estrain
date Wed, 06 Dec 2017 15:59:29 -0500
parents
children
line wrap: on
line diff
--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/SeqSero/database/FliC_Family_k,z_special_genes.fasta	Wed Dec 06 15:59:29 2017 -0500
@@ -0,0 +1,52 @@
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.42:k:e,n,x,z15_AY353436
+GATAGCAAACCAGCGCAGAGCATTAAACTGGATACCAGTGCTCTTACTGCTACTGCAATTAAAAATGGTGTAACTGGTGCATCGACAGATGGTGCCCTAAAAGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGCACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGATACTGCTAAAGGTGGTTTCCTTAAAGTAGATGTTGATTCCGCTACTGGTGCAGTTACCGTTCCGGGTACGGCAGCAACAGCAGCTGCAACTAAACCTGCCGGTGTGAAAGAGGTTACAGAAGTACAAGGTAAAATCCCAGCATCTACTGCTATTCAAGACCAATTGAAAGCAGGCGGTGTGACTACTGCAGATGCAGCTACTGCTGAAGTT
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.61:k:1,5_AY353539
+GATAGCAAACCAGCGCAGAGCATTAAACTGGATACCAGTGCTCTTACTGCTACTGCAATTAAAAATGGTGTAACTGGTGCATCGACAGATGGTGCCCTAAAAGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGCACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGATACTGCTAAAGGTGGTTTCCTTAAAGTAGATGTTGATTCCGCTACTGGTGCAGTTACCGTTCCGGGTACGGCAGCAACAGCAGCTGCAACTAAACCTGCCGGTGTGAAAGAGGTTACAGAAGTACAAGGTAAAATCCCAGCATCTACTGCTATTCAAGACCAATTGAAAGCAGGCGGTGTGACTACTGCAGATGCAGCTACTGCTGAA
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.50:k:z_AY353538
+GATAGCAAACCAGCGCAGAGCATTAAACTGGATACCAGTGCTCTTACTGCTACTGCAATTAAAGATGGTGTAACTGGTGCATCGACAGATGGTGCCCTAAAAGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGCACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGATTCTGCTAAAAGTGGTTTCCTTAAAGTAGATGTTGATTCCGCTACTGGTGCAGTTACCGTTCCGGGTACGGCAGCAACAGCAGCTGCAACTAAACCTGCCGGTGTGAAAGAGGTTACAGAAGTACAAGGTAAAATCCCAGCATCTACTGCTATTCAAGACCAATTGAAAGCAGGCGGTGTGACTACTGCAGATGCAGCTACTGCTGAA
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.50:k:z53_AY353440
+GATAGCAAACCAGCGCAGAGCATTAAACTGGATACCAGTGCTCTTACTGCTACTGCAATTAAAGATGGTGTAACTGGTGCATCGACAGATGGTGCCCTAAAAGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGCACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGATACTGCTAAAGGTGGTTTCCTTAAAGTAGATGTTGATTCCGCTACTGGTGCAGTTACCGTTCCGGGTACGGCAGCAACAGCAGCTGCAACTAAACCTGCCGGTGTGAAAGAGGTTACAGAAGTACAAGGTAAAATCCCAGCATCTACTGCTATTCAAGACCAATTGAAAGCAGGCGGTGTGACTACTGCAGATGCAGCTACTGCTGAA
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.17:k:z_AY353437
+GATAGCAAACCAGCGCAGAGCATTAAACTGGATACCAGTGCTCTTACTGCTACTGCAATTAAAGATGGTGTAACTGGTGCATCGACAGATGGTGCCCTAAAAGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGCACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGATACTGCTAAAGGTGGTTTCCTTAAAGTAGATGTTGATTCCGCTACTGGTGCAGTTACCGTTCCGGGTACGGCAGCAACAGCAGCTGCAACTAAACCTGCCGGTGTGAAAGAGGTTACAGAAGTACAAGGTAAAATCCCAGCATCTACTGCTATTCAAGACCAATTGAAAGCAGGCGGTGTGACTACTGCAGATGCAGCTACTGCTGAAGTT
+>fliC_(k)_Salmonella.enterica_IIIb.16:(k):e,n,x,z15_AY353541
+GATAGCAAACCAACAAGTATGAAGTTGGATACTAGCGGTATAACAGCGGAGGCAATTAAAAACGGTGTAACTGGCGCAACGACAGATGGTGCACTTAAAGACGGCAAGATTTATTCCGATGGTACTAACTACTACGTAGAAGTTAGCTTTGCTGCTACCGCAGACACAAGTAAAGGCGGTTTTCTTAAAGTGGATGTTGATTCCTCTAATGGTAAAGTGTCTATTCCTACCACTGCTGCATCTGCTGTCGCGGCAAAACCAGCTGGAGTAAAAGAAGTTTCTGAAGTTCAAGGGAAAATTGCTGCATCAACAGATGTTAAAAATCAATTGACAGCAGGCGGTATTGATGCTGGTGTTGCCGCCAATGCAGAAATG
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.65:(k):z_AY353438
+GATAGCAAACCAACAAGTATGAAGTTGGATACTAGCGGTATAACAGCGGAGGCAATTAAAAACGGTGTAACTGGCGCAACGACAGATGGTGCACTTAAAGACGGCAAGATTTATTCCGATGGTACTAACTACTACGTAGAAGTTAGCTTTGCTGCTACCGCAGACACAAGTAAAGGCGGTTTTCTTAAAGTGGATGTTGATTCCTCTAATGGTAAAGTGTCTATTCCTACCACTGCTGCATCTGCTGTCGCGGCAAAACCAGCTGGAGTAAAAGAAGTTTCTGAAGTTCAAGGGAAAATTGCTGCATCAACAGATGTTAAAAATCAATTGACAGCAGGCGGTATTGATGCTGGTGTTGCCGCCAATGCAGAAATG
+>fliC_(k)_Salmonella.enterica_IIIb.42:(k):z35_AY353542
+GATAGCAAACCAACAAGTATGAAGTTGGATACTAGCGGTATAACAGCGGAGGCAATTAAAAACGGTGTAACTGGCGCAACGACAGATGGTGCACTTAAAGACGGCAAGATTTATTCCGATGGTACTAACTACTACGTAGAAGTTAGCTTTGCTGCTACCGCAGACACAAGTAAAGGCGGTTTTCTTAAAGTGGATGTTGATTCCTCTAATGGTAAAGTGTCTATTCCTACCACTGCTGCATCTGCTGTCGCGGCAAAACCAGCTGGAGTAAAAGAAGTTTCTGAAGTTCAAGGGAAAATTGCTGCATCAACAGATGTTAAAAATCAATTGACAGCAGGCGGTATTGATGCTGGTGTTGCCGCCAATGCAGAAATGGTC
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.38:(k):z53_AY353540
+GATAGCAAACCAACAAGTATGAAGTTGGATACTAGCGGTATAACAGCGGAGGCAATTAAAAACGGTGTAACTGGCGCAACGACAGATGGTGCACTTAAAGACGGCAAGATTTATTCCGATGGTACTAACTACTACGTAGAAGTTAGCTTTGCTGCTACCGCAGACACAAGTAAAGGCGGTTTTCTTAAAGTGGATGTTGATTCCTCTAATGGTAAAGTGTCTATTCCTACCACTGCTGCATCTGCTGTCGCGGCAAAACCAGCTGGAGTAAAAGAAGTTTCTGAAGTTCAAGGGAAAATTGCTGCATCAACAGATGTTAAAAATCAATTGACAGCAGGCGGTATTGATGCTGGTGTTGCCGCCAATGCAGAAATGGTC
+>fliC_k_Salmonella.enterica_IIIb.38:(k):z35_AY353439
+GATAGCAAACCAACAAGTATGAAGTTGGATACTAGCGGTATAACAGCGGAGGCAATTAAAAACGGTGTAACTGGCGCAACGACAGATGGTGCACTTAAAGACGGCAAGATTTATTCCGATGGTACTAACTACTACGTAGAAGTTAGCTTTGCTGCTACCGCAGACACAAGTAAAGGCGGTTTTCTTAAAGTGGATGTTGATTCCTCTAATGGTAAAGTGTCTATTCCTACCACTGCTGCATCTGCTGTCGCGGCAAAACCAGCTGGAGTAAAAGAAGTTTCTGAAGTTCAAGGGAAAATTGCTGCATCAACAGATGTTAAAAATCAATTGACAGCAGGCGGTATTGATGCTGGTGTTGCCGCCAATGCAGAAATGGTC
+>fliC_z6_Salmonella.enterica_II.48:e,n,x,z15:z6_AY353519
+GATAGCAAAGCTGTAACAGTAGCTGCTAATTTAGATATTACTGATCTTAATAAAGATGCGGCCCTTAAAGCAGGGACTGGTGCTACAACAGGTACTGCAGCAATAAAAGATGACAAAGTTTATTATGATAGTGCTAGCAAAAACTACTACGTTGAAGTTACCGGTCTGACTACCCCTGATGACGGTAAAAATGGCTTCTATAAAGTAAATGTCGCCGATGATGGTAAGGTATCTATGGCCGCTGGTACGGCTATGGAGGCGGGTAAACCAGCTGGTGCGGTAGAAGTAACAAAAACTCAGGAAGAGAAAAATCCATTACCGTTATCAGCAGATCTCAAGACTTCTCTTAAATCTGGCGGGGTTACAGATCCAGAAATTGCTGCTGCCCAAGTT
+>fliC_z_Salmonella.enterica_II.16:z:z42_AY353469
+GATAGCAAAGCTGTGACCGGTGTTTCTAATTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCGCAGCTATTAAAACTGGCGTTGCTGGAGCTACCACTACGAGTGGTTCCATTAAAAATGACAAAGTATACTATGATGATGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTGCTAAAGAAGCCGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGATGTGAAAGCTGCTCTGACTGCTGGTGGCGTTGATACTGCTGATGCAGCTACG
+>fliC_k_Thompsonstr_AOXP01000022
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAAATGTCT
+>fliC_k_Thompsonstr_AMSN01000007
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAAATGTCT
+>fliC_k_Salmonella.enterica_Blockley_AY353442
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTG
+>fliC_z_Indianastr_AOZC01000051
+GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCGCGAATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGCTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGCGTCGATGCTGCTGATGCAGCTACGGCAGAAATGGTC
+>fliC_z_Salmonella.enterica_Indiana_AY353468
+GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCGCGAATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGCTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGCGTCGATGCTGCTGATGCAGCTACG
+>fliC_z41_Salmonella.enterica_Maska_AY353511
+GATAGCAAAGCTGTTACTGCAACTCTTGATCTGGATGTGACAGATCTTGATACTAATGCTTTGAAAACCGCAACTGGTATCAGTGCAGGTAATCCTGCTGTTAAAGACGATAAAGTTTATTATGACAGCGCAAATAATAATTATTATGTAGAGGTTGAGGGCTTTACTGATAATACGAAAGATGGTTTCTACAAAGTTCAGGTTGGTGATGATGGCAAAGTGTCAATGGCCACAACTACCAATAAAGAAACAGCTACTCCTCCCGGAATTGTTGAAGTAAGTAAAACTCATGATGAGAAAGCTCTTAAAGCTTCTGCAGAGGTTAAAGCAGCTCTGATGGCTGGAAATATTGATACTGCTGATGCAGATGCTGCTGAAATGGTCAAAATG
+>fliC_z_Salmonella.enterica_II.40:z:z42_AY353470
+GATAGCAAAGCTGTGACCGGTGTTTCTACTTTGGATACTGCAGGACTTACTGGCGCAGCTATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGTTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTTTGATGATGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGAGTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGTACTGTTACAATGGGGGCTTCGACTACTAAAGAAGCCGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGTTGATGTGAAAGCTGCTCTGACTGCTGGTGGCGTTGATACTGCTGATGCAGCTACGGCAGAAATG
+>fliC_k_Invernessstr_AOZD01000019
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAAATGTCT
+>fliC_k_Salmonella.enterica_Inverness_AY353441
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGACTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGACGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCGAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTG
+>fliC_z44_Salmonella.enterica_Quinhon_AY353513_k,z
+GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCACGGATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGACTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTGCTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGACGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGTGTCGATACTGCTGATGTAGCTACGGCAGAAATG
+>fliC_z_Salmonella.enterica_Poona_AY353467
+GATAGCAAAGCTGTGACTGGTGTTTCTACTTTGGATACTACAGGTCTTACTGGCACGGATATTAAAACTGGCGTTGATGGAGCTACCACTACGAGTGGCTCCATTAAAGATGGCAAAGTATACTATGATGGTGCTACTAAAAATTATTATGTTGAAGTAGACTTTTCTGATGCCGCTGATACTGCTAAAAATGGCTACTATAAAGTCAATGTTGCTGATGATGGCACTGTTACAATGGGGGCCTCGACTACTAAAGAACCTGCGAAACCTGCAGGTGTTGTTGAAGTAACGAAAACCCAAGAAGAGAAAGCAATTAAGGCGTCTGCTGAGGTGAAAGCTGCTTTGACTGCTGGTGGTGTCGATGCTGCTGATGTAGCTACG
+>fliC_z41_Salmonella.enterica_Ottawa_AY353510
+GATAGCAAAGCTGTTACTGCAACTCTTGATCTGGATGTGACAGATCTTGATACTAATGCTTTGAAAACCGCAACTGGGATCAGTGCAGGTAATCCTGCTGTTAAAGACGATAAAGTTTATTATGACAGCGCAAATAATAATTATTATGTAGAGGTTGAGGGCTTTACTGATAATACGAAAGATGGTTTCTACAAAGTTCAGGTTGGTGATGATGGCAAAGTGTCAATGGCCACAACTACCAATAAAGAAACAGCTACTCCTCCCGGAATTGTTGAAGTAAGTAAAACTCATGATGAGAAAGCTCTTAAAGCTTCTGCAGAGGTTAAAGCAGCTCTGATTGCTGGAGATATTGATACTGCTGATGCAGATGCTGCTGAAATG
+>fliC_z44_Salmonella.enterica_Bulovka_AY353512_k,z
+CAAGCTACAGTTGAAAACAGTGTCAAACTGGATACTAGTGCTCTTACTGCCGATGCAATTAAAGGTGGCGTAACAGGTGCGACAACAGCTGGTGCCCTCAAGGACGGTAAAGTTTACTCTAATGGTACAGATTACTATGTAGAAGTAAGCTTTGCTGATGCGGCTGACTCAGGTAAAAATGGTTTCCTTAAAGTTGATGTTAATACAACTACTGGAGCGGTTACAGTTCCTGCAGCAGCAAATACTGTAGCAGCAAAACCAGCAGGTGTGTCTGAAGTTACTGAAGTTCAGGGACTAAATACACCAAGTTCGGCTGTACAAGATCAGTTAACAGCTGCAGGTGTAAGTGCCGCTGATGCTGCTAAATCTGAAGTTGTGAAA
+>fliC_z69_Salmonella.enterica_Pietersburg_AY353520
+GATAGTAAAGCTGTAACAGTAGCTGCTGATTTAGATATTACCGCTCTTAATACCGATGCAGCTCTTAAAGCAGGAACGGGAGCTACAACAGGTACTCCATCAATAAAAGATGACAAAGTTTATTATGATAGTGCCAGCAAAAACTACTACGTTGAAGTTACCGGATTAACCGCCCCTGATGATGCTAAGAATGGCTTCTATAAAGTAAATGTTGCTGATGACGGTACAGTATCCATGGCCGCTAATACAGCTATAGAGGCGGGTAAACCAGCCGGTGCAGTAGAAGTAACAAAAACTCAAGAAGAAAAAAACCCATTACCATTATCAGCAGATCTCAAAACTTCTCTTAAATCTGGCGAGATTACAGATCCAGACATT