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planemo upload for repository https://github.com/geraldinepascal/FROGS-wrappers/tree/v3.1.0 commit 08296fc88e3e938c482c631bd515b3b7a0499647
author frogs
date Thu, 28 Feb 2019 10:14:49 -0500
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## Application
Software :/home/maria/workspace/git/FROGS/FROGS_master/test/../app/clustering.py (version : 3.1)
Command : /home/maria/workspace/git/FROGS/FROGS_master/test/../app/clustering.py --distance 3 --denoising --input-fasta res/01-prepro-vsearch.fasta --input-count res/01-prepro-vsearch.tsv --output-biom res/02-clustering.biom --output-fasta res/02-clustering.fasta --output-compo res/02-clustering_compo.tsv --log-file res/02-clustering.log --nb-cpus 4

########################################################################################################
# Sort pre-clusters by abundancies. (sortAbundancies.py version : 1.5.0)
Command:
	sortAbundancies.py --size-separator ';size=' --input-file res/01-prepro-vsearch.fasta --output-file res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_sorted.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:12:32
	end:   13 Feb 2019 11:12:32

repalce N tags by A. in: res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_sorted.fasta out : res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_sorted_NtoA.fasta
########################################################################################################
# Clustering sequences. (swarm version : 2.2.2)
Command:
	swarm --differences 1 --threads 4 --log res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_log.txt --output-file res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_composition.txt res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_sorted_NtoA.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:12:32
	end:   13 Feb 2019 11:12:50

########################################################################################################
# Extracts seeds sequences to produce the seeds fasta. (extractSwarmsFasta.py version : 1.4.1)
Command:
	extractSwarmsFasta.py --input-fasta res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_sorted_NtoA.fasta --input-swarms res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_composition.txt --output-fasta res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_seeds.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:12:50
	end:   13 Feb 2019 11:12:50

########################################################################################################
# Sort pre-clusters by abundancies. (sortAbundancies.py version : 1.5.0)
Command:
	sortAbundancies.py --size-separator '_' --input-file res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_resizedSeeds.fasta --output-file res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_sortedSeeds.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:12:51
	end:   13 Feb 2019 11:12:51

########################################################################################################
# Clustering sequences. (swarm version : 2.2.2)
Command:
	swarm --differences 3 --threads 4 --log res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_swarm_log.txt --output-file res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_swarmD3_composition.txt res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_sortedSeeds.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:12:51
	end:   13 Feb 2019 11:13:13

########################################################################################################
# Converts swarm output to abundance file (format BIOM). (swarm2biom.py version : 1.4.0)
Command:
	swarm2biom.py --clusters-file res/02-clustering_compo.tsv --count-file res/01-prepro-vsearch.tsv --output-file res/02-clustering.biom

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:13:13
	end:   13 Feb 2019 11:13:14

########################################################################################################
# Extracts seeds sequences to produce the seeds fasta. (extractSwarmsFasta.py version : 1.4.1)
Command:
	extractSwarmsFasta.py --input-fasta res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_denoising_sortedSeeds.fasta --input-swarms res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_swarmD3_composition.txt --output-fasta res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_final_seeds.fasta

Execution:
	start: 13 Feb 2019 11:13:14
	end:   13 Feb 2019 11:13:14

repalce A tags by N. in: res/1550052751.99_3808_01-prepro-vsearch_final_seeds.fasta out : res/02-clustering.fasta