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planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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date Mon, 03 Nov 2025 09:27:29 +0000
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92 ##ALT=<ID=CNV,Description="Copy Number Polymorphism">
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93 ##ALT=<ID=DEL,Description="Deletion">
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94 ##ALT=<ID=DUP,Description="Duplication">
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95 ##ALT=<ID=INS:ME:ALU,Description="Insertion of ALU element">
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96 ##ALT=<ID=INS:ME:LINE1,Description="Insertion of LINE1 element">
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97 ##ALT=<ID=INS:ME:SVA,Description="Insertion of SVA element">
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98 ##ALT=<ID=INS:MT,Description="Nuclear Mitochondrial Insertion">
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99 ##ALT=<ID=INV,Description="Inversion">
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100 ##ALT=<ID=CN0,Description="Copy number allele: 0 copies">
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101 ##ALT=<ID=CN1,Description="Copy number allele: 1 copy">
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102 ##ALT=<ID=CN2,Description="Copy number allele: 2 copies">
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103 ##ALT=<ID=CN3,Description="Copy number allele: 3 copies">
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104 ##ALT=<ID=CN4,Description="Copy number allele: 4 copies">
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105 ##ALT=<ID=CN5,Description="Copy number allele: 5 copies">
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106 ##ALT=<ID=CN6,Description="Copy number allele: 6 copies">
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107 ##ALT=<ID=CN7,Description="Copy number allele: 7 copies">
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108 ##ALT=<ID=CN8,Description="Copy number allele: 8 copies">
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109 ##ALT=<ID=CN9,Description="Copy number allele: 9 copies">
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111 ##ALT=<ID=CN11,Description="Copy number allele: 11 copies">
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112 ##ALT=<ID=CN12,Description="Copy number allele: 12 copies">
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a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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201 ##ALT=<ID=CN101,Description="Copy number allele: 101 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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202 ##ALT=<ID=CN102,Description="Copy number allele: 102 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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203 ##ALT=<ID=CN103,Description="Copy number allele: 103 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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204 ##ALT=<ID=CN104,Description="Copy number allele: 104 copies">
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205 ##ALT=<ID=CN105,Description="Copy number allele: 105 copies">
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206 ##ALT=<ID=CN106,Description="Copy number allele: 106 copies">
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207 ##ALT=<ID=CN107,Description="Copy number allele: 107 copies">
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208 ##ALT=<ID=CN108,Description="Copy number allele: 108 copies">
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209 ##ALT=<ID=CN109,Description="Copy number allele: 109 copies">
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210 ##ALT=<ID=CN110,Description="Copy number allele: 110 copies">
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211 ##ALT=<ID=CN111,Description="Copy number allele: 111 copies">
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212 ##ALT=<ID=CN112,Description="Copy number allele: 112 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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213 ##ALT=<ID=CN113,Description="Copy number allele: 113 copies">
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214 ##ALT=<ID=CN114,Description="Copy number allele: 114 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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215 ##ALT=<ID=CN115,Description="Copy number allele: 115 copies">
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216 ##ALT=<ID=CN116,Description="Copy number allele: 116 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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217 ##ALT=<ID=CN117,Description="Copy number allele: 117 copies">
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218 ##ALT=<ID=CN118,Description="Copy number allele: 118 copies">
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219 ##ALT=<ID=CN119,Description="Copy number allele: 119 copies">
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220 ##ALT=<ID=CN120,Description="Copy number allele: 120 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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221 ##ALT=<ID=CN121,Description="Copy number allele: 121 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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222 ##ALT=<ID=CN122,Description="Copy number allele: 122 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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223 ##ALT=<ID=CN123,Description="Copy number allele: 123 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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224 ##ALT=<ID=CN124,Description="Copy number allele: 124 copies">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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225 ##FORMAT=<ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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226 ##INFO=<ID=CIEND,Number=2,Type=Integer,Description="Confidence interval around END for imprecise variants">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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227 ##INFO=<ID=CIPOS,Number=2,Type=Integer,Description="Confidence interval around POS for imprecise variants">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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228 ##INFO=<ID=CS,Number=1,Type=String,Description="Source call set.">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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229 ##INFO=<ID=END,Number=1,Type=Integer,Description="End coordinate of this variant">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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230 ##INFO=<ID=IMPRECISE,Number=0,Type=Flag,Description="Imprecise structural variation">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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231 ##INFO=<ID=MC,Number=.,Type=String,Description="Merged calls.">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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232 ##INFO=<ID=MEINFO,Number=4,Type=String,Description="Mobile element info of the form NAME,START,END<POLARITY; If there is only 5' OR 3' support for this call, will be NULL NULL for START and END">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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233 ##INFO=<ID=MEND,Number=1,Type=Integer,Description="Mitochondrial end coordinate of inserted sequence">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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234 ##INFO=<ID=MLEN,Number=1,Type=Integer,Description="Estimated length of mitochondrial insert">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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235 ##INFO=<ID=MSTART,Number=1,Type=Integer,Description="Mitochondrial start coordinate of inserted sequence">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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236 ##INFO=<ID=SVLEN,Number=.,Type=Integer,Description="SV length. It is only calculated for structural variation MEIs. For other types of SVs; one may calculate the SV length by INFO:END-START+1, or by finding the difference between lengthes of REF and ALT alleles">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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237 ##INFO=<ID=SVTYPE,Number=1,Type=String,Description="Type of structural variant">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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238 ##INFO=<ID=TSD,Number=1,Type=String,Description="Precise Target Site Duplication for bases, if unknown, value will be NULL">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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239 ##INFO=<ID=AC,Number=A,Type=Integer,Description="Total number of alternate alleles in called genotypes">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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240 ##INFO=<ID=AF,Number=A,Type=Float,Description="Estimated allele frequency in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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241 ##INFO=<ID=NS,Number=1,Type=Integer,Description="Number of samples with data">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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242 ##INFO=<ID=AN,Number=1,Type=Integer,Description="Total number of alleles in called genotypes">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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243 ##INFO=<ID=EAS_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the EAS populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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244 ##INFO=<ID=EUR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the EUR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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245 ##INFO=<ID=AFR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the AFR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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246 ##INFO=<ID=AMR_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the AMR populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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247 ##INFO=<ID=SAS_AF,Number=A,Type=Float,Description="Allele frequency in the SAS populations calculated from AC and AN, in the range (0,1)">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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248 ##INFO=<ID=DP,Number=1,Type=Integer,Description="Total read depth; only low coverage data were counted towards the DP, exome data were not used">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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249 ##INFO=<ID=AA,Number=1,Type=String,Description="Ancestral Allele. Format: AA|REF|ALT|IndelType. AA: Ancestral allele, REF:Reference Allele, ALT:Alternate Allele, IndelType:Type of Indel (REF, ALT and IndelType are only defined for indels)">
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250 ##INFO=<ID=VT,Number=.,Type=String,Description="indicates what type of variant the line represents">
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251 ##INFO=<ID=EX_TARGET,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a variant is within the exon pull down target boundaries">
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252 ##INFO=<ID=MULTI_ALLELIC,Number=0,Type=Flag,Description="indicates whether a site is multi-allelic">
a21e02af4488 planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/main/tools/fastreer commit 6e38d3e17b87a9e9804bd90fa2dba708c2361a0b
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253 #CHROM POS ID REF ALT QUAL FILTER INFO FORMAT HG00096 HG00097 HG00099 HG00100 HG00101 HG00102 HG00103 HG00105 HG00106 HG00107 HG00108 HG00109 HG00110 HG00111 HG00112 HG00113 HG00114 HG00115 HG00116 HG00117 HG00118 HG00119 HG00120 HG00121 HG00122 HG00123 HG00125 HG00126 HG00127 HG00128 HG00129 HG00130 HG00131 HG00132 HG00133 HG00136 HG00137 HG00138 HG00139 HG00140 HG00141 HG00142 HG00143 HG00145 HG00146 HG00148 HG00149 HG00150 HG00151 HG00154 HG00155 HG00157 HG00158 HG00159 HG00160 HG00171 HG00173 HG00174 HG00176 HG00177 HG00178 HG00179 HG00180 HG00181 HG00182 HG00183 HG00185 HG00186 HG00187 HG00188 HG00189 HG00190 HG00231 HG00232 HG00233 HG00234 HG00235 HG00236 HG00237 HG00238 HG00239 HG00240 HG00242 HG00243 HG00244 HG00245 HG00246 HG00250 HG00251 HG00252 HG00253 HG00254 HG00255 HG00256 HG00257 HG00258 HG00259 HG00260 HG00261 HG00262
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254 22 16050075 . A G 100 PASS AC=1;AF=0.000199681;AN=5008;NS=2504;DP=8012;EAS_AF=0;AMR_AF=0;AFR_AF=0;EUR_AF=0;SAS_AF=0.001;AA=.|||;VT=SNP GT 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0 0|0
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