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comparison test-data/mitos2_NC_012920.mitos @ 4:033755194fe9 draft

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2 NC_012920 rRNA rrnS mitfi 647 1600 1 0.0 769.2 - None . . ...(((((.......))))).((((((.(((.((((((((....(((.(((..(......)......(((.......(((.(..(((.....)))..).)))....(((.(...............)..)))...(..((...)).)...)))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((................)))..............))))).))).))))))....((((......((((.(((((...............(((((((.....(((.(((((((......)))).))).))).............((....))))))))).....))).)).))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(......................))))).((.......((((....)))).....))........((((.((((((((.......(((((..((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((..((((((((.(....((....(((.....)))...........)).....(((....))).....).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).....((((.....))))..........(((((((.......)))))))..........))))).....(((((((.........)))))))...........)))))))))).))..............((((((................................................))))))................((((((((((....))))))))))....... 2 NC_012920\trRNA\trrnS\tmitfi\t647\t1600\t1\t[-0-9.e]+\t769\.2\t-\tNone\t\.\t\.\t\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\(\.\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\(\(\(\.\(\(\(\.\.\(\.\.\.\.\.\.\)\.\.\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\)\.\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\.\.\)\)\)\.\.\.\(\.\.\(\(\.\.\.\)\)\.\)\.\.\.\)\)\)\.\.\.\(\(\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\)\)\)\)\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\)\)\)\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\)\)\)\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\)\)\)\.\)\)\.\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\.\.\.\(\(\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\.\(\(\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\(\.\.\.\.\(\(\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\)\.\)\.\)\)\)\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.
3 NC_012920 tRNA trnL2 mitfi 3229 3303 1 2.10000007428e-06 34.1 TAA 35 . . (((((((..((..............)).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))). 3 NC_012920\ttRNA\ttrnL2\tmitfi\t3229\t3303\t1\t[-0-9.e]+\t34\.1\tTAA\t35\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
4 NC_012920 tRNA trnI mitfi 4262 4330 1 6.00000021223e-07 36.3 GAT 29 . . (((((((..(((......))).(((((.......))))).....(((.(.......).)))))))))). 4 NC_012920\ttRNA\ttrnI\tmitfi\t4262\t4330\t1\t[-0-9.e]+\t36\.3\tGAT\t29\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
5 NC_012920 tRNA trnM mitfi 4401 4468 1 0.00340000004508 21.1 CAT 30 . . ((((.((..((((.....)))).(((((.......)))))....(..((......))..))).)))). 5 NC_012920\ttRNA\ttrnM\tmitfi\t4401\t4468\t1\t[-0-9.e]+\t21\.1\tCAT\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\.\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\.\.\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\.\.\)\)\)\.\)\)\)\)\.
6 NC_012920 tRNA trnA mitfi 5586 5654 -1 0.00179999996908 22.2 TGC 30 . . (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). 6 NC_012920\ttRNA\ttrnA\tmitfi\t5586\t5654\t-1\t[-0-9.e]+\t22\.2\tTGC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
7 NC_012920 tRNA trnN mitfi 5656 5728 -1 0.0740000009537 15.7 GTT 33 . . (((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))). 7 NC_012920\ttRNA\ttrnN\tmitfi\t5656\t5728\t-1\t[-0-9.e]+\t15\.7\tGTT\t33\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
8 NC_012920 tRNA trnY mitfi 5825 5890 -1 4.20000016347e-15 69.2 GTA 29 . . (((((((..(((......))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))). 8 NC_012920\ttRNA\ttrnY\tmitfi\t5825\t5890\t-1\t[-0-9.e]+\t69\.2\tGTA\t29\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
9 NC_012920 tRNA trnS2 mitfi 7445 7513 -1 0.0399999991059 16.8 TGA 30 . . (((((((((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). 9 NC_012920\ttRNA\ttrnS2\tmitfi\t7445\t7513\t-1\t[-0-9.e]+\t16\.8\tTGA\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
10 NC_012920 tRNA trnD mitfi 7517 7584 1 0.000709999992978 23.9 GTC 30 . . (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......)))))))))))). 10 NC_012920\ttRNA\ttrnD\tmitfi\t7517\t7584\t1\t[-0-9.e]+\t23\.9\tGTC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
11 NC_012920 tRNA trnK mitfi 8294 8363 1 0.0379999987781 16.9 TTT 28 . . (((((((..((((...)))).(((((.......))))).....(((((.........)))))))))))). 11 NC_012920\ttRNA\ttrnK\tmitfi\t8294\t8363\t1\t[-0-9.e]+\t16\.9\tTTT\t28\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
12 NC_012920 tRNA trnR mitfi 10404 10468 1 0.00510000018403 20.4 TCG 30 . . (((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((...)))))).))))). 12 NC_012920\ttRNA\ttrnR\tmitfi\t10404\t10468\t1\t[-0-9.e]+\t20\.4\tTCG\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\.\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\)\)\)\)\)\.
13 NC_012920 tRNA trnH mitfi 12137 12205 1 1.99999999495e-06 34.2 GTG 30 . . (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....((.((.......)).))))))))). 13 NC_012920\ttRNA\ttrnH\tmitfi\t12137\t12205\t1\t[-0-9.e]+\t34\.2\tGTG\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
14 NC_012920 tRNA trnL1 mitfi 12265 12335 1 0.0260000005364 17.6 TAG 32 . . (((((((..((((.......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))). 14 NC_012920\ttRNA\ttrnL1\tmitfi\t12265\t12335\t1\t[-0-9.e]+\t17\.6\tTAG\t32\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
15 NC_012920 gene nad6 mitos 14148 14669 -1 39.7 . - - . . . 15 NC_012920\tgene\tnad6\tmitos\t14148\t14669\t-1\t39\.7\t\.\t-\t-\t\.\t\.\t\.
16 NC_012920 tRNA trnE mitfi 14673 14741 -1 0.0320000015199 17.2 TTC 30 . . (((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))). 16 NC_012920\ttRNA\ttrnE\tmitfi\t14673\t14741\t-1\t[-0-9.e]+\t17\.2\tTTC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
17 NC_012920 tRNA trnT mitfi 15887 15952 1 0.001200000057 23.0 TGT 31 . . (((((((..((((......)))).((.(.........).))....(((((...)))))))))))). 17 NC_012920\ttRNA\ttrnT\tmitfi\t15887\t15952\t1\t[-0-9.e]+\t23\.0\tTGT\t31\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\.\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
18 NC_012920 tRNA trnP mitfi 15955 16022 -1 0.00520000001416 20.4 TGG 31 . . (((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))). 18 NC_012920\ttRNA\ttrnP\tmitfi\t15955\t16022\t-1\t[-0-9.e]+\t20\.4\tTGG\t31\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.