diff test-data/mitos2_NC_012920.mitos @ 4:033755194fe9 draft

planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/mitos commit 5eec533bf2834c3a35cc248acd6e24635c619484
author iuc
date Wed, 01 Mar 2023 22:39:37 +0000
parents dd589aa77943
children
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/mitos2_NC_012920.mitos	Tue Jun 14 17:16:16 2022 +0000
+++ b/test-data/mitos2_NC_012920.mitos	Wed Mar 01 22:39:37 2023 +0000
@@ -1,18 +1,18 @@
-NC_012920	tRNA	trnF	mitfi	576	646	1	9.99999974738e-06	31.3	GAA	34	.	.	(((((((..((((.........)))).(.(((.......))).)....(((.........)))))))))).
-NC_012920	rRNA	rrnS	mitfi	647	1600	1	0.0	769.2	-	None	.	.	...(((((.......))))).((((((.(((.((((((((....(((.(((..(......)......(((.......(((.(..(((.....)))..).)))....(((.(...............)..)))...(..((...)).)...)))...((....)).....))))))........((((...(((((....))))).)))).)).)))))).....((((((((................)))..............))))).))).))))))....((((......((((.(((((...............(((((((.....(((.(((((((......)))).))).))).............((....))))))))).....))).)).))))....((((((...((...((((.........))))...))))))))..........(......................))))).((.......((((....)))).....))........((((.((((((((.......(((((..((((((((((...((((........))))........(((((((.......((.((..((((((((.(....((....(((.....)))...........)).....(((....))).....).).)))...))))))))....)))))))..)).)))))))).....((((.....))))..........(((((((.......)))))))..........))))).....(((((((.........)))))))...........)))))))))).))..............((((((................................................))))))................((((((((((....)))))))))).......
-NC_012920	tRNA	trnL2	mitfi	3229	3303	1	2.10000007428e-06	34.1	TAA	35	.	.	(((((((..((..............)).((((.........)))).....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnI	mitfi	4262	4330	1	6.00000021223e-07	36.3	GAT	29	.	.	(((((((..(((......))).(((((.......))))).....(((.(.......).)))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnM	mitfi	4401	4468	1	0.00340000004508	21.1	CAT	30	.	.	((((.((..((((.....)))).(((((.......)))))....(..((......))..))).)))).
-NC_012920	tRNA	trnA	mitfi	5586	5654	-1	0.00179999996908	22.2	TGC	30	.	.	(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnN	mitfi	5656	5728	-1	0.0740000009537	15.7	GTT	33	.	.	(((((((..(((..........))).(((((.......))))).....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnY	mitfi	5825	5890	-1	4.20000016347e-15	69.2	GTA	29	.	.	(((((((..(((......))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnS2	mitfi	7445	7513	-1	0.0399999991059	16.8	TGA	30	.	.	(((((((((((.......)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnD	mitfi	7517	7584	1	0.000709999992978	23.9	GTC	30	.	.	(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnK	mitfi	8294	8363	1	0.0379999987781	16.9	TTT	28	.	.	(((((((..((((...)))).(((((.......))))).....(((((.........)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnR	mitfi	10404	10468	1	0.00510000018403	20.4	TCG	30	.	.	(((((.(..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((...)))))).))))).
-NC_012920	tRNA	trnH	mitfi	12137	12205	1	1.99999999495e-06	34.2	GTG	30	.	.	(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....((.((.......)).))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnL1	mitfi	12265	12335	1	0.0260000005364	17.6	TAG	32	.	.	(((((((..((((.......)))).((((.........))))....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	gene	nad6	mitos	14148	14669	-1	39.7	.	-	-	.	.	.
-NC_012920	tRNA	trnE	mitfi	14673	14741	-1	0.0320000015199	17.2	TTC	30	.	.	(((((((..((((.....)))).(((((.......)))))....(((((.......)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnT	mitfi	15887	15952	1	0.001200000057	23.0	TGT	31	.	.	(((((((..((((......)))).((.(.........).))....(((((...)))))))))))).
-NC_012920	tRNA	trnP	mitfi	15955	16022	-1	0.00520000001416	20.4	TGG	31	.	.	(((((((..((((......)))).(((((.......)))))....(((((.....)))))))))))).
+NC_012920\ttRNA\ttrnF\tmitfi\t576\t646\t1\t[-0-9.e]+\t31\.3\tGAA\t34\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\)\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\trRNA\trrnS\tmitfi\t647\t1600\t1\t[-0-9.e]+\t769\.2\t-\tNone\t\.\t\.\t\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\(\.\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\(\(\(\.\(\(\(\.\.\(\.\.\.\.\.\.\)\.\.\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\)\.\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\.\.\)\)\)\.\.\.\(\.\.\(\(\.\.\.\)\)\.\)\.\.\.\)\)\)\.\.\.\(\(\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\)\)\)\)\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\)\)\)\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\)\)\)\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\)\)\)\.\)\)\.\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\.\.\.\(\(\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\(\(\.\(\(\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\.\(\.\.\.\.\(\(\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\.\.\.\.\.\)\.\)\.\)\)\)\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\.\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnL2\tmitfi\t3229\t3303\t1\t[-0-9.e]+\t34\.1\tTAA\t35\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnI\tmitfi\t4262\t4330\t1\t[-0-9.e]+\t36\.3\tGAT\t29\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnM\tmitfi\t4401\t4468\t1\t[-0-9.e]+\t21\.1\tCAT\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\.\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\.\.\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\.\.\)\)\)\.\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnA\tmitfi\t5586\t5654\t-1\t[-0-9.e]+\t22\.2\tTGC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnN\tmitfi\t5656\t5728\t-1\t[-0-9.e]+\t15\.7\tGTT\t33\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnY\tmitfi\t5825\t5890\t-1\t[-0-9.e]+\t69\.2\tGTA\t29\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnS2\tmitfi\t7445\t7513\t-1\t[-0-9.e]+\t16\.8\tTGA\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnD\tmitfi\t7517\t7584\t1\t[-0-9.e]+\t23\.9\tGTC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnK\tmitfi\t8294\t8363\t1\t[-0-9.e]+\t16\.9\tTTT\t28\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnR\tmitfi\t10404\t10468\t1\t[-0-9.e]+\t20\.4\tTCG\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\.\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\)\)\.\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnH\tmitfi\t12137\t12205\t1\t[-0-9.e]+\t34\.2\tGTG\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\.\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnL1\tmitfi\t12265\t12335\t1\t[-0-9.e]+\t17\.6\tTAG\t32\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\tgene\tnad6\tmitos\t14148\t14669\t-1\t39\.7\t\.\t-\t-\t\.\t\.\t\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnE\tmitfi\t14673\t14741\t-1\t[-0-9.e]+\t17\.2\tTTC\t30\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnT\tmitfi\t15887\t15952\t1\t[-0-9.e]+\t23\.0\tTGT\t31\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\.\(\.\.\.\.\.\.\.\.\.\)\.\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.
+NC_012920\ttRNA\ttrnP\tmitfi\t15955\t16022\t-1\t[-0-9.e]+\t20\.4\tTGG\t31\t\.\t\.\t\(\(\(\(\(\(\(\.\.\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\.\.\.\.\(\(\(\(\(\.\.\.\.\.\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\)\.