Mercurial > repos > iuc > pygenometracks

comparison test-data/testpyGT.sh @ 9:2824d77cd8f8 draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
"planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tools/pygenometracks commit d1b394c8e588a78d1b94e3e57922f7ce684ac835"
author iuc
date Wed, 18 Nov 2020 21:33:46 +0000
parents 4ac4e7083b7e
children 7dd841a32245
comparison
equal deleted inserted replaced
8:4ac4e7083b7e 9:2824d77cd8f8
1 . <(planemo conda_env pyGenomeTracks.xml) 1 . <(planemo conda_env pyGenomeTracks.xml)
2 # pgt --tracks test-data/test1.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/master_TADs_plot.png 2 pgt --tracks test-data/test1.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_plot.png
3 # pgt --tracks test-data/test2.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/bigwig_multiple.png 3 pgt --tracks test-data/test2.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/bigwig_multiple.png
4 # pgt --tracks test-data/test3.ini --region chrX:3000000-3500000 -o test-data/master_TADs_BW_plot.png 4 pgt --tracks test-data/test3.ini --region chrX:3000000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/master_TADs_BW_plot.png
5 # pgt --tracks test-data/test4.ini --region X:2700000-3100000 -o test-data/test_alpha.png 5 pgt --tracks test-data/test4.ini --region X:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_alpha.png
6 # pgt --tracks test-data/test5.ini --region X:3000000-3300000 -o test-data/test_gtf_bed4.png 6 pgt --tracks test-data/test5.ini --region X:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_bed4.png
7 # pgt --tracks test-data/test6.ini --region X:2760000-2802000 -o test-data/test_narrowPeak.png 7 pgt --tracks test-data/test6.ini --region X:2760000-2802000 --fontSize 12 -o test-data/test_narrowPeak.png
8 # pgt --tracks test-data/test7.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_gtf_flybase_param.png 8 pgt --tracks test-data/test7.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_gtf_flybase_param.png
9 # pgt --tracks test-data/test8.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_ucsc_param.png 9 pgt --tracks test-data/test8.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_ucsc_param.png
10 # pgt --tracks test-data/test9.ini --region X:3133000-3138000 -o test-data/test_arrowhead_zoom.png 10 pgt --tracks test-data/test9.ini --region X:3133000-3138000 --fontSize 12 -o test-data/test_arrowhead_zoom.png
11 # pgt --tracks test-data/test10.ini --region X:3340000-3380000 -o test-data/test_middle_triangle.png 11 pgt --tracks test-data/test10.ini --region X:3340000-3380000 --fontSize 12 -o test-data/test_middle_triangle.png
12 # pgt --tracks test-data/test11.ini --region chrX:3250000-3400000 -o test-data/test_TADs_bdgm.png 12 pgt --tracks test-data/test11.ini --region chrX:3250000-3400000 --fontSize 12 -o test-data/test_TADs_bdgm.png
13 # pgt --tracks test-data/test12.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_link.png 13 pgt --tracks test-data/test12.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link.png
14 # pgt --tracks test-data/test13.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_link2.png 14 pgt --tracks test-data/test13.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_link2.png
15 # pgt --tracks test-data/test14.ini --region chrX:3000000-3300000 --title "Scale bar" --trackLabelFraction 0.5 --trackLabelHAlign center -o test-data/test_scale_bar.png 15 pgt --tracks test-data/test14.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 --title "Scale bar" --trackLabelFraction 0.5 --trackLabelHAlign center -o test-data/test_scale_bar.png
16 # pgt --tracks test-data/test15.ini --region chrX:3300000-3500000 -o test-data/test_tssarrow.png 16 pgt --tracks test-data/test15.ini --region chrX:3300000-3500000 --fontSize 12 -o test-data/test_tssarrow.png
17 # pgt --tracks test-data/test4.ini --region chrX:2700000-3100000 --decreasingXAxis -o test-data/test_alpha_dec.png 17 pgt --tracks test-data/test4.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 --decreasingXAxis -o test-data/test_alpha_dec.png
18 # pgt --tracks test-data/test17.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 -o test-data/test_log.png 18 pgt --tracks test-data/test17.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log.png
19 # pgt --tracks test-data/test18.ini --region chrX:2700000-3100000 -o test-data/test_operation.png 19 pgt --tracks test-data/test18.ini --region chrX:2700000-3100000 --fontSize 12 -o test-data/test_operation.png
20 # pgt --tracks test-data/test19.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 -o test-data/test_log_grid.png 20 pgt --tracks test-data/test19.ini --region chr2:73,800,000-75,744,000 --fontSize 12 -o test-data/test_log_grid.png
21 pgt --tracks test-data/test20.ini --region chrX:3000000-3300000 -o test-data/test_arcs_use_middle.png 21 pgt --tracks test-data/test20.ini --region chrX:3000000-3300000 --fontSize 12 -o test-data/test_arcs_use_middle.png
22 pgt --tracks test-data/test21.ini --region X:3000000-3600000 --fontSize 12 --trackLabelFraction 0.3 --plotWidth 12 --dpi 20 -o test-data/master_scale_bar_startend.png
22 23
23 conda_env_deactivate 24 conda_env_deactivate