Mercurial > repos > iuc > samtools_coverage

comparison test-data/results_3.txt @ 2:8a477224dfee draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/sam_to_bam commit 3a5a4ad75547c6c27430d85e6ddf3c2ff1ece0ba
author iuc
date Wed, 31 May 2023 17:15:17 +0000
parents 90f2dd176d80
children
comparison
equal deleted inserted replaced
1:ae36fab06bc2 2:8a477224dfee
1 insert (599bp)
2 > 90.00% │ █ █ │ Number of reads: 4
3 > 80.00% │ █ █ │
4 > 70.00% │ ██ ██ │ Covered bases: 20bp
5 > 60.00% │ ██ ██ │ Percent covered: 3.339%
6 > 50.00% │ ██ ██ │ Mean coverage: 0.0668x
7 > 40.00% │ ██ ██ │ Mean baseQ: 32
8 > 30.00% │ ██ ██ │ Mean mapQ: 30
9 > 20.00% │ ██ ██ │
10 > 10.00% │ ███ ███ │ Histo bin width: 5bp
11 > 0.00% │ ███ ███ │ Histo max bin: 100%
12 1 50 100 150 200 250 300 350 400 450 599
13
14 ref1 (45bp)
15 > 90.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Number of reads: 12
16 > 80.00% │ ████████████████ █████ ██████████│
17 > 70.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Covered bases: 31bp
18 > 60.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Percent covered: 68.89%
19 > 50.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Mean coverage: 2.49x
20 > 40.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Mean baseQ: 255
21 > 30.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Mean mapQ: 30
22 > 20.00% │ ████████████████ █████ ██████████│
23 > 10.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Histo bin width: 1bp
24 > 0.00% │ ████████████████ █████ ██████████│ Histo max bin: 100%
25 1 10 20 30 45
26
27 ref2 (40bp)
28 > 90.00% │████████████████████████████████████ │ Number of reads: 12
29 > 80.00% │████████████████████████████████████ │
30 > 70.00% │████████████████████████████████████ │ Covered bases: 36bp
31 > 60.00% │████████████████████████████████████ │ Percent covered: 90%
32 > 50.00% │████████████████████████████████████ │ Mean coverage: 6.75x
33 > 40.00% │████████████████████████████████████ │ Mean baseQ: 63.3
34 > 30.00% │████████████████████████████████████ │ Mean mapQ: 30
35 > 20.00% │████████████████████████████████████ │
36 > 10.00% │████████████████████████████████████ │ Histo bin width: 1bp
37 > 0.00% │████████████████████████████████████ │ Histo max bin: 100%
38 1 10 20 30 40