Mercurial > repos > iuc > samtools_coverage

diff test-data/results_3.txt @ 2:8a477224dfee draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/sam_to_bam commit 3a5a4ad75547c6c27430d85e6ddf3c2ff1ece0ba
author iuc
date Wed, 31 May 2023 17:15:17 +0000
parents 90f2dd176d80
children
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/results_3.txt	Mon Aug 15 09:15:40 2022 +0000
+++ b/test-data/results_3.txt	Wed May 31 17:15:17 2023 +0000
@@ -0,0 +1,38 @@
+insert (599bp)
+>  90.00% │          █     █                                                                                   │ Number of reads: 4
+>  80.00% │          █     █                                                                                   │ 
+>  70.00% │          ██    ██                                                                                  │ Covered bases:   20bp
+>  60.00% │          ██    ██                                                                                  │ Percent covered: 3.339%
+>  50.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean coverage:   0.0668x
+>  40.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean baseQ:      32
+>  30.00% │          ██    ██                                                                                  │ Mean mapQ:       30
+>  20.00% │          ██    ██                                                                                  │ 
+>  10.00% │         ███   ███                                                                                  │ Histo bin width: 5bp
+>   0.00% │         ███   ███                                                                                  │ Histo max bin:   100%
+          1         50       100       150       200       250       300       350       400       450        599   
+
+ref1 (45bp)
+>  90.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Number of reads: 12
+>  80.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
+>  70.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Covered bases:   31bp
+>  60.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Percent covered: 68.89%
+>  50.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean coverage:   2.49x
+>  40.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean baseQ:      255
+>  30.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean mapQ:       30
+>  20.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
+>  10.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo bin width: 1bp
+>   0.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo max bin:   100%
+          1         10        20        30             45   
+
+ref2 (40bp)
+>  90.00% │████████████████████████████████████    │ Number of reads: 12
+>  80.00% │████████████████████████████████████    │ 
+>  70.00% │████████████████████████████████████    │ Covered bases:   36bp
+>  60.00% │████████████████████████████████████    │ Percent covered: 90%
+>  50.00% │████████████████████████████████████    │ Mean coverage:   6.75x
+>  40.00% │████████████████████████████████████    │ Mean baseQ:      63.3
+>  30.00% │████████████████████████████████████    │ Mean mapQ:       30
+>  20.00% │████████████████████████████████████    │ 
+>  10.00% │████████████████████████████████████    │ Histo bin width: 1bp
+>   0.00% │████████████████████████████████████    │ Histo max bin:   100%
+          1         10        20        30         40