Mercurial > repos > iuc > samtools_coverage

diff test-data/results_2.txt @ 2:8a477224dfee draft

Find changesets by keywords (author, files, the commit message), revision number or hash, or revset expression.
planemo upload for repository https://github.com/galaxyproject/tools-iuc/tree/master/tool_collections/samtools/sam_to_bam commit 3a5a4ad75547c6c27430d85e6ddf3c2ff1ece0ba
author iuc
date Wed, 31 May 2023 17:15:17 +0000
parents 90f2dd176d80
children
line wrap: on
line diff
--- a/test-data/results_2.txt	Mon Aug 15 09:15:40 2022 +0000
+++ b/test-data/results_2.txt	Wed May 31 17:15:17 2023 +0000
@@ -0,0 +1,38 @@
+insert (599bp)
+>  73.64% │       █                                          │ Number of reads: 2
+>  65.45% │       █                                          │ 
+>  57.27% │       █                                          │ Covered bases:   20bp
+>  49.09% │    ▅  █                                          │ Percent covered: 3.339%
+>  40.91% │    █  █                                          │ Mean coverage:   0.0334x
+>  32.73% │    █▄ █                                          │ Mean baseQ:      32
+>  24.55% │    ██ █                                          │ Mean mapQ:       30
+>  16.36% │    ██ █                                          │ 
+>   8.18% │    ██ █▁                                         │ Histo bin width: 11bp
+>   0.00% │    ██ ██                                         │ Histo max bin:   81.818%
+          1        110       220       330       440        599   
+
+ref1 (45bp)
+>  90.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Number of reads: 6
+>  80.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
+>  70.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Covered bases:   31bp
+>  60.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Percent covered: 68.89%
+>  50.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean coverage:   1.24x
+>  40.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean baseQ:      255
+>  30.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Mean mapQ:       30
+>  20.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ 
+>  10.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo bin width: 1bp
+>   0.00% │      ████████████████      █████  ██████████│ Histo max bin:   100%
+          1         10        20        30             45   
+
+ref2 (40bp)
+>  90.00% │████████████████████████████████████    │ Number of reads: 6
+>  80.00% │████████████████████████████████████    │ 
+>  70.00% │████████████████████████████████████    │ Covered bases:   36bp
+>  60.00% │████████████████████████████████████    │ Percent covered: 90%
+>  50.00% │████████████████████████████████████    │ Mean coverage:   3.38x
+>  40.00% │████████████████████████████████████    │ Mean baseQ:      63.3
+>  30.00% │████████████████████████████████████    │ Mean mapQ:       30
+>  20.00% │████████████████████████████████████    │ 
+>  10.00% │████████████████████████████████████    │ Histo bin width: 1bp
+>   0.00% │████████████████████████████████████    │ Histo max bin:   100%
+          1         10        20        30         40