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author iuc
date Thu, 26 Sep 2024 16:52:37 +0000
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files axttomaf.xml test-data/2.axt test-data/hg38.noprefix.fasta.fai test-data/mm39.noprefix.fasta.fai
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+<tool id="ucsc_axtomaf" name="axtToMaf" version="@TOOL_VERSION@+galaxy1" profile="21.05" license="MIT">
     <description>
         Convert dataset from axt to MAF format
     </description>
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             '$query_reference_index_source.que_ref_index_file.fields.path'
         #end if
+        #if str($t_prefix)
+            -tPrefix='$t_prefix'
+        #end if
+        #if str($q_prefix)
+            -qPrefix='$q_prefix'
+        #end if
+        $score
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         '$out'
     ]]></command>
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         </conditional>
 
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+            <expand macro="sanitize_query"/>
+        </param>
+        <param name="q_prefix" type="text" optional="true" label="add this to start of QUERY sequence name in maf" help="Typically organism name and a dot (mm10.) is used">
+            <expand macro="sanitize_query"/>
+        </param>
+        <param argument="-score" type="boolean" truevalue="-score" falsevalue="" label="Recalculate score" />
+        <param argument="-scoreZero" type="boolean" truevalue="-scoreZero" falsevalue="" label="Recalculate score if zero" />
     </inputs>
     <outputs>
         <data name="out" format="maf" />
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         <test>
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+                <param name="target_reference_index_source_selector" value="history" />
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+            </conditional>
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+        </test>
+        <test>
             <param name="in_axt" value="1.axt"/>
             <conditional name="target_reference_index_source">
                 <param name="target_reference_index_source_selector" value="cached" />
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+
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+
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