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comparison test-data/alignment_result1.fasta @ 0:fae6527990af draft

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author iuc
date Thu, 21 May 2015 03:58:09 -0400
parents
children 4258854759ba
comparison
equal deleted inserted replaced
-1:000000000000 0:fae6527990af
1 vsearch --threads 1 --notrunclabels --id 0.97 --iddef 2 --allpairs_global /tmp/tmpn4c95N/files/000/dataset_1.dat --alnout /tmp/tmpn4c95N/files/000/dataset_2.dat --query_cov 0.95
2 vsearch v1.1.3_linux_x86_64, 7.7GB RAM, 4 cores
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4 Query >RF00177;SSU_rRNA_bacteria;CP001742.1/177780-176277 666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
5 %Id TLen Target
6 100% 1497 RF01959;SSU_rRNA_archaea;CP001742.1/177775-176279 666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
7
8 Query 1504nt >RF00177;SSU_rRNA_bacteria;CP001742.1/177780-176277 666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
9 Target 1497nt >RF01959;SSU_rRNA_archaea;CP001742.1/177775-176279 666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
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11 Qry 6 + ACUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACUGCUAUCGGGGUGAGGCUAAGCCAUGGGAGUCGCGCG 69
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13 Tgt 1 + ACUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACUGCUAUCGGGGUGAGGCUAAGCCAUGGGAGUCGCGCG 64
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15 Qry 70 + CCCAGCCGCCGCUGGGCGCGGCGCACGGCUGAGUAACACGUAGCUAACCUACCCUCGGGACGGG 133
16 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
17 Tgt 65 + CCCAGCCGCCGCUGGGCGCGGCGCACGGCUGAGUAACACGUAGCUAACCUACCCUCGGGACGGG 128
18
19 Qry 134 + GAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAAUGGUCCCUCGCCG 197
20 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
21 Tgt 129 + GAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAAUGGUCCCUCGCCG 192
22
23 Qry 198 + AAAGGGACCCUGGGGGGUUAUCGCCUGGGGUCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAUGGU 261
24 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
25 Tgt 193 + AAAGGGACCCUGGGGGGUUAUCGCCUGGGGUCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAUGGU 256
26
27 Qry 262 + AGUUGGCGGGGUAAUGGCCCGCCAAGCCGACGACGGGUAGGGGCCGUGGGAGCGGGAGCCCCCA 325
28 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
29 Tgt 257 + AGUUGGCGGGGUAAUGGCCCGCCAAGCCGACGACGGGUAGGGGCCGUGGGAGCGGGAGCCCCCA 320
30
31 Qry 326 + GAUGGGCCCUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGC 389
32 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
33 Tgt 321 + GAUGGGCCCUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGC 384
34
35 Qry 390 + GGGAAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUGCAAGGAGG 453
36 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
37 Tgt 385 + GGGAAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUGCAAGGAGG 448
38
39 Qry 454 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 517
40 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
41 Tgt 449 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 512
42
43 Qry 518 + UCGGGACGUCUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCCGUAAGUCCCUCCUGAAAGCCCUG 581
44 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
45 Tgt 513 + UCGGGACGUCUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCCGUAAGUCCCUCCUGAAAGCCCUG 576
46
47 Qry 582 + GGCUCAACCCAGGGAGUGGGGGGGAUACUGCGGGGCUAGGGGGCGGGAAAGGCCGGGGGUACCC 645
48 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
49 Tgt 577 + GGCUCAACCCAGGGAGUGGGGGGGAUACUGCGGGGCUAGGGGGCGGGAAAGGCCGGGGGUACCC 640
50
51 Qry 646 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 709
52 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
53 Tgt 641 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 704
54
55 Qry 710 + ACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCC 773
56 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
57 Tgt 705 + ACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCC 768
58
59 Qry 774 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 837
60 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
61 Tgt 769 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 832
62
63 Qry 838 + CCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUUAAGGAAUUGGCGGGGGG 901
64 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
65 Tgt 833 + CCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUUAAGGAAUUGGCGGGGGG 896
66
67 Qry 902 + GCACACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGAC 965
68 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
69 Tgt 897 + GCACACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGAC 960
70
71 Qry 966 + AGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCCGACGCGCUGAGGGGAGGUGCAUGGCCGUCGC 1029
72 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
73 Tgt 961 + AGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCCGACGCGCUGAGGGGAGGUGCAUGGCCGUCGC 1024
74
75 Qry 1030 + CAGCUCGUGCUGUGAAGUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCGCCCCUAGUUGCG 1093
76 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
77 Tgt 1025 + CAGCUCGUGCUGUGAAGUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCGCCCCUAGUUGCG 1088
78
79 Qry 1094 + ACCCGGCGGGAGACCGCUGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGCUAAGGCGGAGGAAGGAGGG 1157
80 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
81 Tgt 1089 + ACCCGGCGGGAGACCGCUGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGCUAAGGCGGAGGAAGGAGGG 1152
82
83 Qry 1158 + GGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCUAAACCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACA 1221
84 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
85 Tgt 1153 + GGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCUAAACCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACA 1216
86
87 Qry 1222 + GCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUCAAACCCCGCCGUAGUCGGGAUUGGGGGC 1285
88 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
89 Tgt 1217 + GCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUCAAACCCCGCCGUAGUCGGGAUUGGGGGC 1280
90
91 Qry 1286 + UGUAACUCGCCCCCAUGAACCUGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUCAACAUCGCGCGGUGAAUAC 1349
92 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
93 Tgt 1281 + UGUAACUCGCCCCCAUGAACCUGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUCAACAUCGCGCGGUGAAUAC 1344
94
95 Qry 1350 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1413
96 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
97 Tgt 1345 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1408
98
99 Qry 1414 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1477
100 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
101 Tgt 1409 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1472
102
103 Qry 1478 + GGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCUC 1502
104 |||||||||||||||||||||||||
105 Tgt 1473 + GGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCUC 1497
106
107 1497 cols, 1497 ids (100.0%), 0 gaps (0.0%)
108
109 Query >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118 7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
110 %Id TLen Target
111 100% 134 RF00426;SCARNA15;AAVX01260432.1/2252-2119 7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
112
113 Query 136nt >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118 7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
114 Target 134nt >RF00426;SCARNA15;AAVX01260432.1/2252-2119 7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
115
116 Qry 2 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 65
117 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
118 Tgt 1 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 64
119
120 Qry 66 + GAAAAGUGGUGGAAGAACAGGUCUUCUCUUGUGGCUGUGGAGUUCUGACCUACUUAAUCCACUC 129
121 ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
122 Tgt 65 + GAAAAGUGGUGGAAGAACAGGUCUUCUCUUGUGGCUGUGGAGUUCUGACCUACUUAAUCCACUC 128
123
124 Qry 130 + ACAAGU 135
125 ||||||
126 Tgt 129 + ACAAGU 134
127
128 134 cols, 134 ids (100.0%), 0 gaps (0.0%)