vsearch --threads 1 --notrunclabels --id 0.97 --iddef 2 --allpairs_global /tmp/tmpn4c95N/files/000/dataset_1.dat --alnout /tmp/tmpn4c95N/files/000/dataset_2.dat --query_cov 0.95 
vsearch v1.1.3_linux_x86_64, 7.7GB RAM, 4 cores

Query >RF00177;SSU_rRNA_bacteria;CP001742.1/177780-176277   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
 %Id   TLen  Target
100%   1497  RF01959;SSU_rRNA_archaea;CP001742.1/177775-176279   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15

 Query 1504nt >RF00177;SSU_rRNA_bacteria;CP001742.1/177780-176277   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15
Target 1497nt >RF01959;SSU_rRNA_archaea;CP001742.1/177775-176279   666510:Acidilobus saccharovorans 345-15

Qry    6 + ACUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACUGCUAUCGGGGUGAGGCUAAGCCAUGGGAGUCGCGCG 69
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt    1 + ACUCCGGUUGAUCCUGCCGGACCCGACUGCUAUCGGGGUGAGGCUAAGCCAUGGGAGUCGCGCG 64

Qry   70 + CCCAGCCGCCGCUGGGCGCGGCGCACGGCUGAGUAACACGUAGCUAACCUACCCUCGGGACGGG 133
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt   65 + CCCAGCCGCCGCUGGGCGCGGCGCACGGCUGAGUAACACGUAGCUAACCUACCCUCGGGACGGG 128

Qry  134 + GAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAAUGGUCCCUCGCCG 197
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  129 + GAUAACCCCGGGAAACUGGGGCUAAUCCCCGAUAGGCGAGGGGGCCUGGAAUGGUCCCUCGCCG 192

Qry  198 + AAAGGGACCCUGGGGGGUUAUCGCCUGGGGUCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAUGGU 261
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  193 + AAAGGGACCCUGGGGGGUUAUCGCCUGGGGUCCGCCCGAGGAUGGGGCUGCGGCCCAUCAUGGU 256

Qry  262 + AGUUGGCGGGGUAAUGGCCCGCCAAGCCGACGACGGGUAGGGGCCGUGGGAGCGGGAGCCCCCA 325
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  257 + AGUUGGCGGGGUAAUGGCCCGCCAAGCCGACGACGGGUAGGGGCCGUGGGAGCGGGAGCCCCCA 320

Qry  326 + GAUGGGCCCUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGC 389
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  321 + GAUGGGCCCUGAGACAAGGGCCCAGGCCCUACGGGGCGCACCAGGCGCGAAACCUCCGCAAUGC 384

Qry  390 + GGGAAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUGCAAGGAGG 453
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  385 + GGGAAACCGUGACGGGGUCACCCCGAGUGCUCCCGUAAGGGAGCUUUUCCCCGCUGCAAGGAGG 448

Qry  454 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 517
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  449 + CGGGGGAAUAAGCGGGGGGCAAGUCUGGUGUCAGCCGCCGCGGUAAUACCAGCCCCGCGAGUGG 512

Qry  518 + UCGGGACGUCUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCCGUAAGUCCCUCCUGAAAGCCCUG 581
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  513 + UCGGGACGUCUACUGGGCCUAAAGCGCCCGUAGCCGGCCCCGUAAGUCCCUCCUGAAAGCCCUG 576

Qry  582 + GGCUCAACCCAGGGAGUGGGGGGGAUACUGCGGGGCUAGGGGGCGGGAAAGGCCGGGGGUACCC 645
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  577 + GGCUCAACCCAGGGAGUGGGGGGGAUACUGCGGGGCUAGGGGGCGGGAAAGGCCGGGGGUACCC 640

Qry  646 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 709
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  641 + CAGGGGUAGGGGCGAAAUCCGAUAAUCCCUGGGGGACCACCAGUGGCGAAAGCGCCCGGCUGGA 704

Qry  710 + ACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCC 773
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  705 + ACGCGCCCGACGGUGAGGGGCGAAAGCCGGGGGAGCGAACCGGAUUAGAUACCCGGGUAGUCCC 768

Qry  774 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 837
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  769 + GGCUGUAAACGAUGCGGGCUAGGUGUCGGGCGGGCGUUAGAGCCCGCCCGGUGCCGCAGGGAAG 832

Qry  838 + CCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUUAAGGAAUUGGCGGGGGG 901
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  833 + CCGUUAAGCCCGCCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGCUGAAACUUUAAGGAAUUGGCGGGGGG 896

Qry  902 + GCACACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGAC 965
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  897 + GCACACAAGGGGUGGAGCCUGCGGCUCAAUUGGAGUCAACGCCGGGAACCUCACCGGGGGCGAC 960

Qry  966 + AGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCCGACGCGCUGAGGGGAGGUGCAUGGCCGUCGC 1029
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  961 + AGCAGGAUGACGGCCAGGCUAACGACCUUGCCCGACGCGCUGAGGGGAGGUGCAUGGCCGUCGC 1024

Qry 1030 + CAGCUCGUGCUGUGAAGUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCGCCCCUAGUUGCG 1093
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1025 + CAGCUCGUGCUGUGAAGUGUCCUGUUAAGUCAGGCAACGAGCGAGACCCCCGCCCCUAGUUGCG 1088

Qry 1094 + ACCCGGCGGGAGACCGCUGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGCUAAGGCGGAGGAAGGAGGG 1157
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1089 + ACCCGGCGGGAGACCGCUGGGGCACACUAGGGGGACUGCCGCCGCUAAGGCGGAGGAAGGAGGG 1152

Qry 1158 + GGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCUAAACCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACA 1221
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1153 + GGCCACGGCAGGUCAGCAUGCCCCUAAACCCCCGGGCUGCACGCGGGCUACAAUGGCGGGGACA 1216

Qry 1222 + GCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUCAAACCCCGCCGUAGUCGGGAUUGGGGGC 1285
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1217 + GCGGGAUCCGACCCCGAAAGGGGGAGGCAAUCCCUCAAACCCCGCCGUAGUCGGGAUUGGGGGC 1280

Qry 1286 + UGUAACUCGCCCCCAUGAACCUGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUCAACAUCGCGCGGUGAAUAC 1349
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1281 + UGUAACUCGCCCCCAUGAACCUGGAAUCCCUAGUAACCGCGCGUCAACAUCGCGCGGUGAAUAC 1344

Qry 1350 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1413
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1345 + GUCCCUGCCCCUUGUACACACUGCCCGUCGCUCCACCUGAGAGAAGGAGGGGUGAGGCUUCCUC 1408

Qry 1414 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1477
           ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt 1409 + CUUCGGGAGGGAGUCGAACCCCUCCUUCUCGAGGGGGGAGAAGUCGUAACAAGGUAGCCGUAGG 1472

Qry 1478 + GGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCUC 1502
           |||||||||||||||||||||||||
Tgt 1473 + GGAACCUGCGGCUGGAUCACCUCUC 1497

1497 cols, 1497 ids (100.0%), 0 gaps (0.0%)

Query >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
 %Id   TLen  Target
100%    134  RF00426;SCARNA15;AAVX01260432.1/2252-2119   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)

 Query 136nt >RF00423;SCARNA4;AAVX01260432.1/2253-2118   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)
Target 134nt >RF00426;SCARNA15;AAVX01260432.1/2252-2119   7868:Callorhinchus milii (ghost shark)

Qry   2 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 65
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt   1 + UCGGAGGAAUAAGAAAGCACAGUCUCGAGAGUGUCCAUGACUUUGCUGAUACUCUCCUCCUAUA 64

Qry  66 + GAAAAGUGGUGGAAGAACAGGUCUUCUCUUGUGGCUGUGGAGUUCUGACCUACUUAAUCCACUC 129
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Tgt  65 + GAAAAGUGGUGGAAGAACAGGUCUUCUCUUGUGGCUGUGGAGUUCUGACCUACUUAAUCCACUC 128

Qry 130 + ACAAGU 135
          ||||||
Tgt 129 + ACAAGU 134

134 cols, 134 ids (100.0%), 0 gaps (0.0%)