--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/calculating_chrom.sizes.py	Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,28 @@
+# input a genome file and return a file genome.chrom.sizes to be associated with the custom build (or just have it as an output to be used later in the history.
+# adapted from https://bioexpressblog.wordpress.com/2014/04/15/calculate-length-of-all-sequences-in-an-multi-fasta-file/
+from sys import argv
+# python calculating_chrom.sizes.py genome_input.fa output.chrom.sizes
+genome = str(argv[1])
+output = str(argv[2])
+# genome = 'test-data/test.fasta'
+# output = "test-data/test_chrom.sizes"
+
+chromSizesoutput = open(output,"w")
+
+records = []
+record = False
+for line in open(genome, 'r').readlines():
+	if line[0] == '>':
+		if record:
+			records.append(record)
+		record = [line.strip("\n").split(' ')[0][1:], 0]
+
+	else:
+		sequence = line.strip('\n')
+		record[1] += len(sequence)
+		
+for seq_record in records:
+	output_line = '%s\t%i\n' % (seq_record[0], seq_record[1])
+	chromSizesoutput.write(output_line)
+
+chromSizesoutput.close()

--- a/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Wed Mar 23 12:53:08 2022 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/get_chrom_sizes.xml	Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000
@@ -1,24 +1,24 @@
-<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="1.0">
-    <description>order of storing aligned sequences</description>
-    <command><![CDATA[
-        cut -f1,2 '${input1}' > '${output1}' 
-    ]]></command>
+<tool id="get_chrom_sizes" name="Get Chromosome Sizes" version="2.0">
+    <description>Chromosome sizes are needed for the creation of ribosome profiles. This tool generates a tab delimited chrom.sizes file from an inputted fasta</description>
+    <command>
+        python $__tool_directory__/calculating_chrom.sizes.py ${input1} ${output1}
+    </command>
     <inputs>
-        <param name="input1" type="data" format="fai" label="FASTA FAI File" />
+        <param name="input1" type="data" format="fasta" label="FASTA File" />
     </inputs>
     <outputs>
        <data name="output1" format="tabular"/>
     </outputs>
     <tests>
         <test>
-            <param name="input1" value="test.fasta.fai" ftype="fai" />
+            <param name="input1" value="test.fasta" ftype="fasta" />
             <output name="output1" file="test.fasta.sizes" ftype="tabular" lines_diff="4" />
         </test>
     </tests>
     <help>
 **What it does**
 
-creates a chromosome sizes file from a fai index
+creates a chromosome sizes file from a fasta file
     </help>
     <citations/>
 </tool>

--- /dev/null	Thu Jan 01 00:00:00 1970 +0000
+++ b/get_chrom_sizes/test-data/test.fasta	Mon Apr 04 09:56:18 2022 +0000
@@ -0,0 +1,271320 @@
+>YAL012W
+GACCCCATACCACTTCTTTTTGTTATTCTTAAATATGTTGTAACGCTATG
+TAATTCCACCCTTCATTACTAATAATTAGCCATTCACGTGATCTCAGCCA
+GTTGTGGCGCCACACTTTTTTTTCCATAAAAATCCTCGAGGAAAAGAAAA
+GAAAAAAATATTTCAGTTATTTAAAGCATAAGATGCCAGGTAGATGGAAC
+TTGTGCCGTGCCAGATTGAATTTTGAAAGTACAATTGAGGCCTATACACA
+TAGACATTTGCACCTTATACATATACACACAAGACAAAACCAAAAAAAAT
+ATGACTCTACAAGAATCTGATAAATTTGCTACCAAGGCCATTCATGCCGG
+TGAACATGTGGACGTTCACGGTTCCGTGATCGAACCCATTTCTTTGTCCA
+CCACTTTCAAACAATCTTCTCCAGCTAACCCTATCGGTACTTACGAATAC
+TCCAGATCTCAAAATCCTAACAGAGAGAACTTGGAAAGAGCAGTTGCCGC
+TTTAGAGAACGCTCAATACGGGTTGGCTTTCTCCTCTGGTTCTGCCACCA
+CCGCCACAATCTTGCAATCGCTTCCTCAGGGCTCCCATGCGGTCTCTATC
+GGTGATGTGTACGGTGGTACCCACAGATACTTCACCAAAGTCGCCAACGC
+TCACGGTGTGGAAACCTCCTTCACTAACGATTTGTTGAACGATCTACCTC
+AATTGATAAAGGAAAACACCAAATTGGTCTGGATCGAAACCCCAACCAAC
+CCAACTTTGAAGGTCACCGACATCCAAAAGGTGGCAGACCTTATCAAGAA
+GCACGCTGCCGGCCAAGACGTGATCTTGGTTGTCGACAACACCTTCTTGT
+CCCCATATATCTCCAATCCATTGAACTTCGGTGCAGACATCGTTGTCCAC
+TCCGCTACAAAGTACATCAACGGTCACTCAGACGTTGTGCTCGGTGTCCT
+GGCCACTAATAACAAGCCATTGTACGAGCGTCTGCAGTTCTTACAAAACG
+CCATTGGTGCTATCCCATCTCCTTTCGATGCTTGGTTGACCCACAGAGGT
+TTGAAGACTTTGCATCTACGTGTCAGACAAGCTGCCCTCAGCGCCAACAA
+AATCGCTGAATTCTTGGCAGCAGACAAGGAAAACGTTGTCGCAGTCAACT
+ACCCAGGTTTGAAGACACACCCTAACTACGACGTAGTGTTAAAGCAACAC
+CGTGATGCCCTTGGTGGTGGTATGATCTCCTTCAGAATCAAGGGTGGTGC
+TGAAGCTGCTTCCAAGTTCGCCTCCTCCACAAGACTGTTCACATTGGCCG
+AATCCCTTGGTGGTATCGAATCTCTATTGGAAGTGCCCGCTGTGATGACC
+CACGGTGGTATCCCAAAGGAGGCCAGAGAGGCCTCTGGTGTTTTTGACGA
+CTTGGTTAGAATCTCTGTCGGTATTGAAGACACTGACGATCTTTTGGAAG
+ACATCAAGCAAGCCTTGAAACAAGCCACCAACTAATCGCCAGTGCCACGT
+CTCTGCCTTCGACCGGACCTTTTTAAGTACGATAAATATCCTTTTATAAA
+TATATAGTCTAAAATATCCATTAATACTGTGCTCAATCAATCGTGTTAGA
+TGATTTAGTTTTTTCCAAATCGTTATTATAGTGCAGAAGTAGTATACATA
+AAGGCATATGCATGCGATTTGGAAGTAACGCTCGCCGTAGACAAGTAAGA
+ATGCCTGCTGTCTTGAGAACCAGGTCCAAAGAATCCTCTATAGAGCAGAA
+GCCTGCTTCCAGAACTAGAACGAGATCAAGAAGGG
+>YAL069W
+CACACCACACCACACCCACACACACACATCCTAACACTACCCTAACACAG
+CCCTAATCTAACCCTGGCCAACCTGTCTCTCAACTTACCCTCCATTACCC
+TGCCTCCACTCGTTACCCTGTCCCATTCAACCATACCACTCCGAACCACC
+ATCCATCCCTCTACTTACTACCACTCACCCACCGTTACCCTCCAATTACC
+CATATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCAT
+GACCTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAA
+ATGATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCAC
+CACATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACG
+GATGCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACT
+TCACTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATC
+ATTATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCA
+TAACGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTC
+CCAAATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCAC
+CATATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAA
+ATCCCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATA
+ATACATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAA
+CGTAAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGA
+ATATTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACT
+GTCGTAACACTCTTT
+>YAL068W_A
+ATCCAACCCACTGCCACTTACCCTACCATTACCCTACCATCCACCATGAC
+CTACTCACCATACTGTTCTTCTACCCACCATATTGAAACGCTAACAAATG
+ATCGTAAATAACACACACGTGCTTACCCTACCACTTTATACCACCACCAC
+ATGCCATACTCACCCTCACTTGTATACTGATTTTACGTACGCACACGGAT
+GCTACAGTATATACCATCTCAAACTTACCCTACTCTCAGATTCCACTTCA
+CTCCATGGCCCATCTCTCACTGAATCAGTACCAAATGCACTCACATCATT
+ATGCACGGCACTTGCCTCAGCGGTCTATACCCTGTGCCATTTACCCATAA
+CGCCCATCATTATCCACATTTTGATATCTATATCTCATTCGGCGGTCCCA
+AATATTGTATAACTGCCCTTAATACATACGTTATACCACTTTTGCACCAT
+ATACTTACCACTCCATTTATATACACTTATGTCAATATTACAGAAAAATC
+CCCACAAAAATCACCTAAACATAAAAATATTCTACTTTTCAACAATAATA
+CATAAACATATTGGCTTGTGGTAGCAACACTATCATGGTATCACTAACGT
+AAAAGTTCCTCAATATTGCAATTTGCTTGAACGGATGCTATTTCAGAATA
+TTTCGTACTTACACAGGCCATACATTAGAATAATATGTCACATCACTGTC
+GTAACACTCTTTATTCACCGAGCAATAATACGGTAGTGGCTCAAACTCAT
+GCGGGTGCTATGATACAATTATATCTTATTTCCATTCCCATATGCTAACC
+GCAATATCCTAAAAGCATAACTGATGCATCTTTAATCTTGTATGTGACAC
+TACTC
+>YAL068C
+TGCGCATACGAATACACATAAGCGCCATAAAACAGTACTCCACATACGAA
+ACCTATGAAAGATTTATGATTCGTTCAGAAACAAGAGCATCTCCATAGAG
+ATAATGAGATTGTGTGAAAGATGAGATATAGAGAATATTTGATGAGGAAC
+TGGTGCCAGTCAGCGATCGTTTAAATAGCAACAACCCATGAGGGAATGGG
+TATAAATAGAGCTGCTTCAACTATATGCCTTTGAGAATATGTCTTTATTC
+TTTCCTTTCCTGTTAAGCTTATATCAGCACTAACAAACAAAACAAATACA
+ATGGTCAAATTAACTTCAATCGCCGCTGGTGTCGCTGCCATCGCTGCTAC
+TGCTTCTGCAACCACCACTCTAGCTCAATCTGACGAAAGAGTCAACTTGG
+TGGAATTGGGTGTCTACGTCTCTGATATCAGAGCTCACTTAGCCCAATAC
+TACATGTTCCAAGCCGCCCACCCAACTGAAACCTACCCAGTCGAAGTTGC
+TGAAGCCGTTTTCAACTACGGTGACTTCACCACCATGTTGACCGGTATTG
+CTCCAGACCAAGTGACCAGAATGATCACCGGTGTTCCATGGTACTCCAGC
+AGATTAAAGCCAGCCATCTCCAGTGCTCTATCCAAGGACGGTATCTACAC
+TATCGCAAACTAGAGACAAACGCCAATTTTACGAACGGGTTTCCATAGAA
+ATTGAAAATTAACGAACAAAATAAAATAAAAAAACTACTTTTTTTTGATG
+ATATAAATACCGTAGATTATATAAATGTATATTAATATTATAGACCTATT
+TGATCAATGACGGTGTTCGTGAAGCATTTTATGAATACGATGAACATAAG
+AAAGAAACTTCTACACTATTGTAGAAAAAACGTGGACGGTAATAAAGCTA
+ACAGTGTATGTCCAATAAACAACAATGAAATTGGAAATGTGCGGCTTCGC
+AACCTTTGTCCTT
+>YAL067W_A
+TTGTTTGTTAGTGCTGATATAAGCTTAACAGGAAAGGAAAGAATAAAGAC
+ATATTCTCAAAGGCATATAGTTGAAGCAGCTCTATTTATACCCATTCCCT
+CATGGGTTGTTGCTATTTAAACGATCGCTGACTGGCACCAGTTCCTCATC
+AAATATTCTCTATATCTCATCTTTCACACAATCTCATTATCTCTATGGAG
+ATGCTCTTGTTTCTGAACGAATCATAAATCTTTCATAGGTTTCGTATGTG
+GAGTACTGTTTTATGGCGCTTATGTGTATTCGTATGCGCAGAATGTGGGA
+ATGCCAATTATAGGGGTGCCGAGGTGCCTTATAAAACCCTTTTCTGTGCC
+TGTGACATTTCCTTTTTCGGTCAAAAAGAATATCCGAATTTTAGATTTGG
+ACCCTCGTACAGAAGCTTATTGTCTAAGCCTGAATTCAGTCTGCTTTAAA
+CGGCTTCCGCGGAGGAAATATTTCCATCTCTTGAATTCGTACAACATTAA
+ACGTGTGTTGGGAGTCGTATACTGTTAGGGTCTGTAAACTTGTGAACTCT
+CGGCAAATGCCTTGGTGCAATTACGTAATTTTAGCCGCTGAGAAGCGGAT
+GGTAATGAGACAAGTTGATATCAAACAGATACATATTTAAAAGAGGGTAC
+CGCTAATTTAGCAGGGCAGTATTATTGTAGTTTGATATGTACGGCTAACT
+GAACCTAAGTAGGGATATGAGAGTAAGAACGTTCGGCTACTCTTCTTTCT
+AAGTGGGATTTTTCTTAATCCTTGGATTCTTAAAAGGTTATTAAAGTTCC
+GCACAAAGAACGCTTGGAAATCGCATTC
+>YAL067C
+AATCATTAGAAATAGTAAAAACTGTGTAATGGTAAAGATTGTGTCACTGG
+AAAAAAACTGCTACAAATAATAAATAAATAAAAAAATACGAAAGCACAGT
+ACTACGGGTGCCTCCACAAATAGATAAGAAACCAAGCGGAGACATGCGTT
+TAGATGAGGATATAAATTATTTATACAACCAGACTATATAAAAGAGCATC
+TAGTTTACCTGTTATGATGAATGGACATTCGCTACATATCTTACTCTCTA
+TTTGTTAAAAAAAATTACAAAGAGAACTACTGCATATATAAATAACATAC
+ATGTATTCAATTGTTAAAGAGATTATTGTAGATCCTTACAAAAGACTAAA
+ATGGGGTTTTATTCCAGTAAAGCGGCAGGTGGAAGACCTGCCAGATGACT
+TAAATTCAACAGAAATTGTCACTATCTCCAACAGTATCCAGAGTCATGAA
+ACAGCTGAAAATTTCATCACGACTACAAGTGAAAAAGATCAACTACATTT
+TGAGACTAGTAGCTATAGTGAACATAAAGACAATGTGAACGTTACTAGAA
+GTTATGAATATAGAGATGAAGCCGATAGGCCATGGTGGAGATTTTTCGAT
+GAACAAGAGTATCGGATCAATGAAAAGGAAAGATCTCACAATAAATGGTA
+TAGTTGGTTCAAACAGGGTACCTCTTTCAAAGAAAAAAAATTATTAATTA
+AATTGGATGTCCTTTTAGCCTTTTATTCTTGTATTGCTTATTGGGTGAAA
+TATCTGGATACGGTTAATATAAACAACGCTTACGTTTCGGGAATGAAGGA
+AGATTTAGGCTTTCAAGGTAATGATTTGGTGCATACTCAAGTAATGTACA
+CAGTTGGTAATATTATATTTCAATTGCCATTTTTGATTTACCTGAACAAG
+CTCCCATTAAACTATGTTTTACCAAGCCTCGACTTATGTTGGTCGCTTTT
+AACCGTTGGTGCTGCATATGTCAATTCTGTACCACACTTGAAAGCAATTA
+GGTTTTTCATTGGGGCTTTTGAAGCGCCAAGTTATTTGGCATACCAATAT
+TTGTTTGGTTCCTTTTACAAACATGATGAAATGGTGCGTCGTTCTGCTTT
+TTACTATTTGGGCCAGTATATCGGTATTCTATCCGCTGGTGGGATCCAGT
+CAGCCGTATATTCATCGTTAAATGGTGTAAATGGTTTAGAGGGATGGAGA
+TGGAACTTTATTATTGACGCTATTGTGTCTGTCGTAGTGGGCCTTATTGG
+ATTTTACTCCCTGCCAGGTGACCCATACAACTGTTATTCTATTTTCTTAA
+CTGATGATGAAATTAGGTTGGCGAGGAAAAGATTAAAAGAAAACCAAACA
+GGTAAAAGTGATTTTGAAACAAAAGTATTCGATATTAAACTGTGGAAAAC
+AATTTTCAGTGATTGGAAAATATACATTTTAACTTTATGGAATATTTTCT
+GTTGGAATGACAGTAATGTTTCATCTGGGGCATACCTACTATGGTTGAAA
+TCTTTGAAAAGATACTCTATTCCTAAGCTCAATCAGTTATCCATGATTAC
+TCCGGGTTTAGGTATGGTTTATTTGATGCTTACTGGTATTATTGCAGATA
+AATTACACTCTCGTTGGTTTGCGATTATTTTTACTCAGGTTTTCAATATC
+ATTGGTAACTCCATATTAGCCGCTTGGGACGTCGCAGAAGGAGCCAAATG
+GTTTGCATTTATGCTGCAATGTTTTGGTTGGGCTATGGCTCCTGTTTTAT
+ACTCTTGGCAAAACGATATTTGTCGCCGAGATGCTCAAACTAGAGCTATT
+ACTTTAGTTACAATGAATATTATGGCTCAATCATCTACCGCATGGATAAG
+TGTTTTGGTTTGGAAAACAGAAGAAGCTCCCAGGTATTTAAAGGGGTTTA
+CTTTCACTGCATGTTCTGCTTTTTGTCTCTCCATTTGGACTTTTGTTGTA
+CTCTACTTCTATAAACGTGATGAAAGGAACAATGCCAAGAAGAACGGTAT
+TGTGCTTTATAACTCTAAACATGGTGTGGAAAAGCCAACGTCAAAAGACG
+TTGAAACCTTATCAGTATCTGATGAAAAATAATACGAGAATAATTTCTCA
+TCATCCAGCTTTAACACAAAATTCGCACAGTTTTCGTTAAGAGAACTTAA
+CATTTTCTTATGACGTAAATGAAGTTTATATATAAATTTCCTTTTTATTG
+GATAATATGCCTATGCCGCATAATTTTTATATCTTTCTCCTAACAAAACA
+TTCGCTTGTAAAGTATTATATTTAGGAAAAAAATAATCGATAAAGGCTCA
+TCCGAAGATCAGTTAGATTCTTTTTGCAAGTCCTGAAGAAATTTTCACAC
+TACTACTATAAAAAAAAAATATCATAAAAAGG
+>YAL066W
+TAGTTATGAAAGGAACGTCAAACCAAATGGTTTTTCAGATAAGAAATTGA
+CAGTATCTGAGAATTTGCTATCAAAGCTCAGAGGATTTACATATTTTAAC
+GTAATTAAAACATTTTTATGTTCGATATATTAGCAAATAGCGTATTAATA
+TACAGCTGTTGCGCTCATGGTAAAATTTAGCGATATACTTTGCATCTTGG
+CTGCAAAGAAGAATGAATCGGATATACTATTTTTGATCATAATGACGGAC
+ATCATGATATAATAACGTTATACGGATAACTTTATTTCAAAAGCACCATC
+ATGTTATCTCTTGTAAAAAGAAGTATTCTTCATTCAATACCAATTACTCG
+TCACATTCTTCCAATCCAATTAATATTGGTTAAAATGAACCATGTGCAAA
+TCAGAAACATAAAATTATATCACTTTATTTCATATGGTTTCATGCTTACA
+AAGCTTACTGTCTTTCTCTTTAACTTATTTTTCTACAGGCTACGAATTCT
+TTGCAGGCTTACTTTACTCATATTATCATTACCTGTACAAATATATATTA
+AAGAAATCCAAACAAAAATGCTTGAAAAGCATACAGCTTCCGATACATCA
+TGTATATAGAAAATCACAGTACAAAAATTTTGAATTTATGTATAACCGTT
+TCGCCTGATATATGTAAGAGCTCTTGATTGTCGGAATAGTTCGGGAATTC
+TGGGTGGAACTAGTAGCTGGAGATGCGTTCTAAAGGATCTAAAATCAGAC
+TCACCCCAAAAACCAAAATTTTGATATTCAACTTTAGTATTAGCCAGTCT
+TAAAATGATTTTTTGCCAAGAAAGCCGAAGTTTAACGAGCGTTTTAAAAT
+ATGCACAAGTCCATTAATTAAATTTGATCACAGTGATTACCAATTTTGTT
+GAAAGCAGT
+>YAL065C
+ACAATTTCTTCTTGTGAATCTGACGTATGCTCTAAGACTGCTTCTCCAGC
+CATTGTATCTATAAGCACTGCTACTATTAACGGCGTTACCACAGAATACA
+CGACATGGTGTCCTATTTCCACCACAGAATCGAGGCAACAAACTACGCTA
+GTTACTGTTACTTCCTGCGAATCTGGTGTGTGTTCCGAAACTGCTTCACC
+TGCCATTGTTTCGACGGCCACGGCTACTGTGAATGATGTTGTTACGGTCT
+ATCCAACATGGAGGCCACAGACTACGAATGAAGAGTCTGTCAGCTCTAAA
+ATGAACAGTGCTACCAGTGAGACAACAACCAATACTGGAGCTGCTGAGAC
+AACTACCAGTACTGGAGCTGCTGAGACGAAAACAGTAGTCACCTCTTCAA
+TTTCAAGATTCAATCATGCTGAAACACAGACGGCTTCCGCGACCGATGTG
+ATTGGTCACAGCAGTAGTGTTGTTTCTGTATCCGAAACTGGCAACACCAA
+GAGTCTAATAACTTCCGGGTTAAGTACTATGTCGCAACAGCCTCGTAGCA
+CACCAGCAAGTAGCATAATAGGATCTAGTACTGCCTCTTTAGAAATCTCA
+ACCTACGTTGGTATTGCCAATGGTCTGTTGACCAATAATGGCATAAGTGT
+TTTTATTTCCACCGTATTGCTGGCAATCGTATGGTAAACGCACGGCATCA
+TCTTATATTAATAATTCTATCATCACGCTTATAGTGTTTACACATTTTTT
+CCCATTTACTTCGTTCTTTAATATATTAAATACCATAGGATTCATAAACC
+TTTTTAAATGTCTAAGAGTACATTTTTAGCCTAACTATTCGGCTTTGCAT
+TATTTTGTTTCAGATGTGTTGTTATCAAAAAATATTACCACAATAAAATA
+AGTGTTTACATAGAGTTTGTTTCGAGGTATCTGTGTTTTAACATTATTAA
+TTCTCTTGTTAGTTAATGGCCATTCACACATTCTTTT
+>YAL064W_B
+AGACTCTTGGTGTTGCCAGTTTCGGATACAGAAACAACACTACTGCTGTG
+ACCAATCACATCGGTCGCGGAAGCCGTCTGTGTTTCAGCATGATTGAATC
+TTGAAATTGAAGAGGTGACTACTGTTTTCGTCTCAGCAGCTCCAGTACTG
+GTAGTTGTCTCAGCAGCTCCAGTATTGGTTGTTGTCTCACTGGTAGCACT
+GTTCATTTTAGAGCTGACAGACTCTTCATTCGTAGTCTGTGGCCTCCATG
+TTGGATAGACCGTAACAACATCATTCACAGTAGCCGTGGCCGTCGAAACA
+ATGGCAGGTGAAGCAGTTTCGGAACACACACCAGATTCGCAGGAAGTAAC
+AGTAACTAGCGTAGTTTGTTGCCTCGATTCTGTGGTGGAAATAGGACACC
+ATGTCGTGTATTCTGTGGTAACGCCGTTAATAGTAGCAGTGCTTATAGAT
+ACAATGGCTGGAGAAGCAGTCTTAGAGCATACGTCAGATTCACAAGAAGA
+AATTGTAACTACTGTGGTTTGCTCTGTTGTCCCCTTGGTTTGCTTTGTTG
+TCTCCGTAGTTTGCTTTGTTATCTCTGTGGTAGAAATAGGGCACCATGTG
+GTATACTCTGTTGTGGCACCGCTAACAGTAACGGTGGCCGTGGAAACAAT
+TGCAGAGGAGATGGATTCAGTGCACACATGAGATTCGCAGGATGTCACGG
+TAACCAAAGTGGTTTGTTCGCTCGTTTTTGTAGTGGTAGCAGGTGGTAAT
+GAAGAAGCAGTTTCCTGGCTTGTTGTTGTACTGATAACAGGTGGTAATGA
+TGAAGTAATTTCCTGACTTGCTGTCGCACTGGTAACAGGTGGTAATGAAG
+AAGTAATTTCCTGACTTGTTGTTGTACTGGTAACAGGTGGTAATGATGAA
+GTAATTTCCTGACTTGTTGTTGTACTGGTAACAGGTGGTAATGAAGAAGT
+AATTTCCTGACTTGTTGTTGCACTGGTAACA
+>YAL064C_A
+GGATGAATGTCAACTTTTGTACTCATTACTGAATTCAACAACGTATTCCT
+ACCCGCAATATATGACTTCTGGATATGCCTCGAATTGGAATTAGGTTCCG
+TTGGCGGACAGACGGATTTCTCAATTGACTACGATCTTTCTTGTGTTATC
+TCTTCAGGAACTTTTAAATGTGCTCAATCAGATGCTTATGGAAACTGGGG
+ATGCAGAGGTCATAGTGAATGTTCAAAATAGCCAGGAAAGACCTATTGGA
+GTACTGATTTACTTGGTTTCTATACTATCCCAAAAAACGCTACTCTAGAA
+ATGACAGGTTACTTTTTACCACCACAAACAAGTTCTTACACGTTCAGGTT
+TGCTAAGGTCGATGACTCTGCAATTCTATCAGTCGGTGGCGACGTTGCAT
+TCGGATGCTGTGCACAAGAGCAACCTCCAATTACATCCACAAACTTTACG
+ATTAATGGTATCAAGCCATGGCAAGGAAGATTGCCCGATAACATTGCAGG
+GACTGTGTATATGTATGCTGGATTCTACTGTCCAATGAAGATTGTCTACT
+CAAACGCTGTTTCTTGGCATACACTGCCAGTTAGCGTGGAATTGCCTGAT
+GTTACTACTGTTAGCGATGATTTTGCAGGGCACGTTTACTCTTTTGACGA
+TGACCTAACAGCCCAATTGTACTATCCCTGATCCTTCAAAACATACTACT
+AGCACCATCGCAACTACCACTTCGACTTCTACTGAGATGACTACTGTCAC
+TGGCACTAATGGTCAACCAACTGACGAAACCGTTATTGTTGCTAAAAGTC
+CAACCACTGCCACCTCATCCAGTTTGTCATCATCTTCTTCAGAACAAATA
+ACCAGCTCTATCACGTCTTAGCATCCAATTATTACCCCATTCTATCCTAG
+CAATGGAACTTCTGTGATTTCCTCCTCAGTAATTTCTTCCTCAGACACTT
+CTTCTCTAGTCATTTCTTCCTCAGTCACTTC
+>YAL064W
+TTTTATTTTTTGACAAGGAAGAAAAAGATGCAAGCAAAGAGAAATTTACT
+AAGTACAAGCTCATTTCCAAAAATTCAGTTTGCCTGTAACAATGGGTAGC
+GATCTTCAACATATGGGATTATGCCTTGAATGAGATTTTTGAACGTAGAG
+GAAAAAATCGCAGACAGGCTTTATTGTGCTGTTTGACATAGTATACTCAG
+CCGTTGTGGTGTTAATGAATACTATCGATGTGTATACAAACGTACTTCAA
+ATAAGCAATGCGAATATACTGCAACTTTTCGGCCTTTGCAACGATTTGTA
+ATGAATCCTTTTGCATCGCTAGAAGGACAAGATAATATTTCTTCTGTTTT
+TTTTTTACATATGCAACAATTTGAAAGTCAGGTCAAAGACAGATTCCGGT
+TCCCCATATTCAGATTGGAGAGAAAAACTTTTGGCAACTCATGTTACCAA
+GTCGAGACGCTTAAAGTTAAGTGTCGGCCAAGACACGCAAAATCTTGTAA
+TCTTTTAACGCTGCTCTTCAAATCACGGACGCAATCAGTACTTGTACCTA
+ATTTTGGTTTTCTAATATTGAATAGCGAACCATAGGTCGAAAATTTAAGG
+CCACATAAATCCAGAGCCCGCAACTTGGATAGGTATTTACTTGATTTTTA
+GTTTGCTTTCAATAGTGTCGTGAAATTATAAAGTACGCCGCATATATATC
+TTGATTAGTTAAAAATAGCAGTGTTCAATGATGATTTGATAGGGTTCATA
+ACTGGTACCAGCGTAGTACAATTACGATTATCCATGAACATAAAAGTGGT
+TTAAGTACTATATATCAGTGAAGCTTCAAAGTAAGCAAACGAGATACCAA
+GATCTTGTAGGACCACGATATATAAGAAGCCTAGT
+>YAL063C_A
+CGCTTTTCAATTGAAAAAAATTTGGTGGTTATTCGTTTCTTGCTTGACCT
+CTTTACTTTTTATACTTCTGTGATGAGAAGCAAGTTCGAGGATTTTACGA
+TAAAGCCTACTGGTTATATTTGTATAAATTAGAACGTTGTCCTTATTTCT
+CTTTTCGAACAGTATCAAAATAAAGTTTTTGATCAGGGCCAGATTCTCTT
+CAAGGAAGAGATACCTCACGTCTGTAATATCTAAGAGCTAATGTTTCGAT
+CGAACTTTCCTTTGCTTTTTTTCTGGATCTCATGAGGTCCCACTGTATGT
+ATGTGCCCTCGCACAGTTTTGCTCATCATAAACATTAATCATTGGTTTTA
+TGATAAGAATATCGTAAGAATTATTTTAACTTTCAGATTAGATTCCGGCC
+ATATTTCTGACATTTGTTTTATTAATAAAAATTTGGCGAATGCTTTGATA
+ACTGCTGATATTTCATTGTTGAAAAGGCATGATATAAGATGCACAAAGTA
+TATTATAACTTATTATCAGAGATATAGGAACAAAGAAAAAGGGAAATTCA
+TATCTCTATGTAAAAATACCATTATTTCCTCTTCTGTTTAATATGCTGTC
+CTTAATTTTCATGTTACATTATCAACTTTTGCATTTCAGTGTCCATTAGA
+TCTTGGGACCATTTCCTCAATCTTCATGTCGTCTTTTCACACCGTATATA
+ATATACTAGTAATATAAGTACTAGTCGATAGCTCGCAGTTGAGTCTTATT
+CCAACAGTTAATGACTCACTGTGCTTTCTGTTGCTGTAGAATTTCTGAGG
+CATTGTCGCTCTCTTCTATGTGATGCTACAACGGAACTAGGCTTCTTATA
+TATCGTGGTCCTACAAGATCTTGGTATCTCGTTTGCTTACT
+>YAL063C
+ATTCAGATGGCATAAAGAAAACGTTCGCAGTCAGATCAATTAGAAAGCAT
+AACTCAAAATCTATCGGGTGGTATAACACAGAAATTTAAGCAGCTAAAAA
+ATTTTTTCTCTTTTAAAGGTATTCGATTTCCTCCTTTGCTAACACATTAT
+CCTGCCAAATTATTCTACCTTCTTATATATTACATAAAATTCGATGACAC
+TAAAAGTCCATTAATAACATAACGTTCTTCCTTCTTATTTACAGGTACGC
+TCTTTAAATTGCAATTTAAAAAGAACAATTGTACAATAAAAGCCCCAAAA
+ATGTCTCTGGCACATTATTGTTTACTACTAGCCATCGTCACATTGCTGGG
+ATTAACTAATGTTGTCTCTGCGACTACAGCGGCATGCCTGCCAGCAAACT
+CAAGGAAGAATGGTATGAATGTAAACTTTTACCAGTATTCATTGAGAGAT
+TCCTCCACATATTCGAATGCAGCATATATGGCTTATGGATATGCCTCAAA
+AACTAAACTGGGTTCTGTCGGAGGACAAACTGATATCTCGATTGATTATA
+ATATTCCTTGTGTTAGTTCATCAGGCACATTTCCTTGTCCTCAAGAAGAT
+TTATATGGTAATTGGGGATGCAAAGGAATTGGTGCTTGTTCTAATAATCC
+AATAATTGCATACTGGAGTACTGATTTATTTGGTTTCTATACTACCCCAA
+CAAACGTAACCCTAGAAATGACAGGTTATTTTTTACCACCACAGACGGGT
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