|
11
|
1 #:lav
|
|
|
2 d {
|
|
|
3 "blastz out.seq1m seq2data Y=3400 H=0 W=8 B=2 K=3000 C=0 m=83886080 P=0
|
|
|
4 A C G T
|
|
|
5 91 -114 -31 -123
|
|
|
6 -114 100 -125 -31
|
|
|
7 -31 -125 100 -114
|
|
|
8 -123 -31 -114 91
|
|
|
9 O = 400, E = 30, K = 3000, L = 3000, M = 50"
|
|
|
10 }
|
|
|
11 #:lav
|
|
|
12 s {
|
|
|
13 "out.seq1m" 1 1680 0 1
|
|
|
14 "seq2data" 1 1680 0 1
|
|
|
15 }
|
|
|
16 h {
|
|
|
17 ">seqmask seq1data out.repeats"
|
|
|
18 ">seq2"
|
|
|
19 }
|
|
|
20 a {
|
|
|
21 s 161304
|
|
|
22 b 1 1
|
|
|
23 e 1680 1680
|
|
|
24 l 1 1 1680 1680 100
|
|
|
25 }
|
|
|
26 a {
|
|
|
27 s 15173
|
|
|
28 b 186 251
|
|
|
29 e 450 505
|
|
|
30 l 186 251 244 309 92
|
|
|
31 l 256 310 280 334 84
|
|
|
32 l 281 336 307 362 78
|
|
|
33 l 308 374 329 395 91
|
|
|
34 l 341 396 367 422 81
|
|
|
35 l 369 423 419 473 94
|
|
|
36 l 422 474 425 477 75
|
|
|
37 l 426 481 450 505 96
|
|
|
38 }
|
|
|
39 a {
|
|
|
40 s 12134
|
|
|
41 b 191 343
|
|
|
42 e 361 503
|
|
|
43 l 191 343 215 367 80
|
|
|
44 l 216 369 244 397 86
|
|
|
45 l 256 398 361 503 95
|
|
|
46 }
|
|
|
47 a {
|
|
|
48 s 4422
|
|
|
49 b 192 431
|
|
|
50 e 276 505
|
|
|
51 l 192 431 212 451 100
|
|
|
52 l 223 452 244 473 95
|
|
|
53 l 247 474 254 481 63
|
|
|
54 l 255 484 276 505 91
|
|
|
55 }
|
|
|
56 a {
|
|
|
57 s 6872
|
|
|
58 b 192 311
|
|
|
59 e 330 450
|
|
|
60 l 192 311 215 334 83
|
|
|
61 l 216 336 275 395 73
|
|
|
62 l 286 396 307 417 91
|
|
|
63 l 308 428 330 450 96
|
|
|
64 }
|
|
|
65 a {
|
|
|
66 s 14437
|
|
|
67 b 192 224
|
|
|
68 e 472 505
|
|
|
69 l 192 224 223 255 84
|
|
|
70 l 224 257 255 288 84
|
|
|
71 l 257 289 277 309 90
|
|
|
72 l 288 310 308 330 90
|
|
|
73 l 309 342 362 395 85
|
|
|
74 l 374 396 395 417 91
|
|
|
75 l 396 428 417 449 95
|
|
|
76 l 428 450 449 471 95
|
|
|
77 l 450 483 472 505 91
|
|
|
78 }
|
|
|
79 a {
|
|
|
80 s 7306
|
|
|
81 b 192 399
|
|
|
82 e 308 505
|
|
|
83 l 192 399 244 451 94
|
|
|
84 l 256 452 277 473 91
|
|
|
85 l 280 474 283 477 100
|
|
|
86 l 284 481 308 505 92
|
|
|
87 }
|
|
|
88 a {
|
|
|
89 s 11180
|
|
|
90 b 193 290
|
|
|
91 e 396 505
|
|
|
92 l 193 290 212 309 100
|
|
|
93 l 223 310 280 367 76
|
|
|
94 l 281 369 332 420 88
|
|
|
95 l 333 422 335 424 100
|
|
|
96 l 336 429 341 434 83
|
|
|
97 l 342 451 396 505 87
|
|
|
98 }
|
|
|
99 a {
|
|
|
100 s 14437
|
|
|
101 b 224 192
|
|
|
102 e 505 472
|
|
|
103 l 224 192 255 223 84
|
|
|
104 l 257 224 288 255 84
|
|
|
105 l 289 257 309 277 90
|
|
|
106 l 310 288 330 308 90
|
|
|
107 l 342 309 395 362 85
|
|
|
108 l 396 374 417 395 91
|
|
|
109 l 428 396 449 417 95
|
|
|
110 l 450 428 471 449 95
|
|
|
111 l 483 450 505 472 91
|
|
|
112 }
|
|
|
113 a {
|
|
|
114 s 15173
|
|
|
115 b 251 186
|
|
|
116 e 505 450
|
|
|
117 l 251 186 309 244 92
|
|
|
118 l 310 256 334 280 84
|
|
|
119 l 336 281 362 307 78
|
|
|
120 l 374 308 395 329 91
|
|
|
121 l 396 341 422 367 81
|
|
|
122 l 423 369 473 419 94
|
|
|
123 l 474 422 477 425 75
|
|
|
124 l 481 426 505 450 96
|
|
|
125 }
|
|
|
126 a {
|
|
|
127 s 11180
|
|
|
128 b 290 193
|
|
|
129 e 505 396
|
|
|
130 l 290 193 309 212 100
|
|
|
131 l 310 223 367 280 76
|
|
|
132 l 369 281 420 332 88
|
|
|
133 l 422 333 424 335 100
|
|
|
134 l 429 336 434 341 83
|
|
|
135 l 451 342 505 396 87
|
|
|
136 }
|
|
|
137 a {
|
|
|
138 s 6872
|
|
|
139 b 311 192
|
|
|
140 e 450 330
|
|
|
141 l 311 192 334 215 83
|
|
|
142 l 336 216 395 275 73
|
|
|
143 l 396 286 417 307 91
|
|
|
144 l 428 308 450 330 96
|
|
|
145 }
|
|
|
146 a {
|
|
|
147 s 12134
|
|
|
148 b 343 191
|
|
|
149 e 503 361
|
|
|
150 l 343 191 367 215 80
|
|
|
151 l 369 216 397 244 86
|
|
|
152 l 398 256 503 361 95
|
|
|
153 }
|
|
|
154 a {
|
|
|
155 s 7306
|
|
|
156 b 399 192
|
|
|
157 e 505 308
|
|
|
158 l 399 192 451 244 94
|
|
|
159 l 452 256 473 277 91
|
|
|
160 l 474 280 477 283 100
|
|
|
161 l 481 284 505 308 92
|
|
|
162 }
|
|
|
163 a {
|
|
|
164 s 4422
|
|
|
165 b 431 192
|
|
|
166 e 505 276
|
|
|
167 l 431 192 451 212 100
|
|
|
168 l 452 223 473 244 95
|
|
|
169 l 474 247 481 254 63
|
|
|
170 l 484 255 505 276 91
|
|
|
171 }
|
|
|
172 x {
|
|
|
173 n 0
|
|
|
174 }
|
|
|
175 m {
|
|
|
176 n 0
|
|
|
177 }
|
|
|
178 #:eof
|
